1

ISOMERISM
CHAPTER I

LECTURER : PHAN THỊ HOÀNG ANH

REFERENCES
[1] Hoa T. V. Tran, Nam T. S. Phan, ‘Organic chemistry’, VNU-HCMC Publisher,
2007
[2] Nam T. S. Phan,‘Study guide to organic chemistry’, VNU-HCMC Publisher, 2009
[3] Paula Y. Bruice, ‘Organic chemistry’, fifth edition, Pearson Prentice Hall, 2007
[4] Francis A. Carey, ‘Organic chemistry’, fifth edition, McGraw-Hill, 2003
[5] Paula Y. Bruice, ‘Study guide and solutions manual - Organic chemistry’, fifth
edition, Pearson Prentice Hall, 2007
[6] Graham T.W. Solomons, Craig B. Fryhle, ‘Organic chemistry’, eighth edition,
John Wiley & Sons, 2004

2
COURSE OUTLINE
Chapter 1 - Isomerism
Chapter 2 - Electronic & steric effects
Chapter 3 - Common reaction mechanisms
Chapter 4 - Alkanes
Chapter 5 - Alkenes, alkadienes, alkynes
Chapter 6 - Aromatic hydrocarbons
Chapter 7 - Alkyl halides
Chapter 8 - Alcohols & phenols
Chapter 9 - Aldehydes & ketones
Chapter 10 - Carboxylic acids
Chapter 11 - Amines & diazoniums 3
 Isomers : compounds with the same
Đồng phân Isomers molecular formula but not identical

Cùng trật tự sắp xếp nguyên tử

Constitutional Stereoisomers trong phân tử, khác nhau trật tự
isomers sắp xếp trong không gian
Đồng phân cấu trúc Đồng phân lập thể
Khác trật tự sắp xếp nguyên tử trong phân tử

Conformational Configurational
isomers isomers
Đồng phân cấu dạng Đồng phân cấu hình

Geometric Optical
isomers isomers
Đồng phân hình học Đồng phân quang học

Enantiomers Diastereomers

Đồng phân quang học đối quang Đồng phân quang học không đối quang
4
CONSTITUTIONAL ISOMERS
Differ in their bonding sequence
I. Differ in C sequence

II. Differ in the locations of functional groups

III. Differ in their funtional groups

5
B. STEREOISOMERS (ĐỒNG PHÂN LẬP THỂ)
▪ The same bonding sequence, but differ in how their atoms are
oriented in space.

Stereoisomers Đồng phân lập thể

Conformational Configurational Đồng phân cấu hình

isomer isomer
Đồng phân cấu dạng
Geometric
isomers
Đồng phân hình học

Optical
isomers
6
Đồng phân quang học
I. CONFORMATIONAL ISOMERS
Different arrangements formed by rotations about a single bond

▪ Pure conformers cannot be isolated in most cases, because

the molecules are constantly rotating through all the
possible conformations.
7
sp3
orbital
sp2 orbital
sp orbital
CONFORMATIONAL ISOMERS
1. Perpective formula
or Wedge-and-dash
(Công thức phối cảnh hay
nét đậm-nét rời)

2. Sawhorse projection
(CT giá cưa)

3. Newman Projection
(CT chiếu Newman)

Staggered conformation Eclipsed conformation 11

Conformations of ETHANE C2H6:

CHE KHUẤT

XEN KẼ

12
Eclipsed conformation: maximum repulsive interaction between the electron
pairs of the six C—H bonds ⇒ has the highest energy ⇒ least stable
conformation.

Staggered conformation: allows the maximum separation of the electron

pairs of the six C—H bonds ⇒ has the lowest energy ⇒ most stable
conformation.

→ 12 kJ/mol :Torsional strain - the resistance to twisting

13
CONFORMATIONS OF N-BUTANE C4H10:

14
XEN KẼ KỀ XEN KẼ ĐỐI

15
16
17
18
II. GEOMETRIC ISOMERS
Geometric isomers are molecules that are locked into their spatial positions
with respect to one another due to a double bond or a ring structure.

19
20
NAMING GEOMETRIC ISOMERS
1. CIS – TRANS : only with abC=Cac
2. E – Z: abC=Ccd

(Z is for zusammen, German for “together”) (E is for entgegen, German for “opposite”). 21
 CAHN-INGOLD-PRELOG CONVENTION
▪ Rule 1: Higher atomic number takes precedence over lower.

In the case of isotopes, the mass number is used to determine the relative priorities.

22
 CAHN-INGOLD-PRELOG CONVENTION
▪ Rule 2: When two atoms directly attached to the double bond are identical,
compare the atoms attached with these two on the basis of their atomic numbers.
Precedence is determined at the first point of difference.

Arrange the relative priorities of following substituents

2
a) C(CH3)3 , CH(CH3)2 và CH2CH3
b) CH2CH2OH và CH(CH3)2
23
c) CH2OH và C(CH3)3
B.-PR.10-P.192

24
25
▪ Rule 3: An atom that is multiply bonded to another atom is considered to be
replicated as a substituent on that atom
Double bond ≡ two single bond to that atom
Triple bond ≡ three single bond to that atom

26
3

27
28
III. OPTICAL ISOMERS
PLANE-POLARIZED LIGHT

Optically active compounds: A compound that can rotates the plane of

polarization → chiral compound.
Achiral compounds are optically inactive 29
 CHIRALITY
▪ A chiral object has a nonsuperimposable mirror image.

An achiral object

• An achiral object has a superimposable mirror image. 30

Chiral molecules: can exist as two different stereoisomers, that are
nonsuperimposable mirror-image molecules called enantiomers

Enantiomers have identical physical properties except for the rotation of plane-
polarized light and how they react with other chiral molecules
31
An achiral molecule has a superimposable mirror image

32
Most chiral organic compounds have at least one asymmetric carbon atom
(or chiral carbon)

Chiral Carbon: C that is bonded to

4 different substituents

33
 D.

M1.

34
S. 5.8, 5.12
DRAWING OPTICAL ISOMERS
❑ Perspective fomulas

❑ Fischer projection

36
ABSOLUTE CONFIGURATION (R,S) Rotate from 1 → 2 → 3
Clockwise → (R)
Order of priority Anti-clockwise → (S)
1>2>3>4

lowest priority
group is directed
away

37
38
39
 ALLOWED MOTIONS FOR FISCHER PROJECTION
▪ 90o rotation: Rotation of a Fischer projection by 90° inverts its meaning.

• 180o rotation

40
41
42
43
RACEMIC MIXTURE
▪ A mixture of equal amounts of two enantiomers is called a racemic
mixture or a racemate.
▪ Racemic mixtures do not rotate the plane of polarized light →
optically inactive

50% (R-) + 50% (S-) → racemic mixture 44

ISOMERS WITH MORE THAN ONE ASYMMETRIC CARBON

Fischer projection

(2R,3R)-dihydroxybutanoic acid. 45
46
47
A compound with n asymmetric carbons can have a maximum of 2n stereoisomers

48
DIASTEREOMERS
Diastereomers are stereoisomers that are not enantiomers.

enantiomers

diastereomers

49
MESO COMPOUNDS

50
▪ Has two or more asymmetric carbons and a plane of symmetry →
optically inactive even though it has asymmetric carbons.

51
M1.

52
Compounds with symmetric formular Cabx-Cabx → 3 stereoisomers
(1 meso + 2 enantiomers)

53
SF.5.35. Designate the (R) or (S ) con guration at each chirality center in the following molecules.

S. 5.67.
Saquinavir (trade name Invirase) belongs to a class of drugs called protease inhibitors, which are used to treat
HIV (human immunodefi ciency virus). Locate all stereogenic centers in saquinavir, and label each stereogenic
center as Ror S.
S. 5.49
Label the stereogenic center(s) in each drug asRor S. L-Dopa is used to treat Parkinson’s disease. Ketamine is
an anesthetic. Enalapril belongs to a class of drugs called ACE inhibitors, which are used to lower blood
pressure
56
▪ Thalidomide từ năm 1954 từng được nhiều bà bầu tin dùng để rồi sinh ra hơn 10.000 em bé bị dị tật tay, chân. Vụ việc này bị đánh
giá là một trong những bê bối y khoa trầm trọng nhất lịch sử loài người.
▪ Năm 1954, Thalidomide lần đầu tiên được tổng hợp bởi Công ty dược phẩm Chemie Grünenthal (Đức). Thử nghiệm trên động vật
chứng tỏ thuốc không độc hại. Hai năm sau đó, giới khoa học xác nhận Thalidomide an toàn cho người. Dần dần, Thalidomide
được thai phụ khắp thế giới sử dụng để giảm ốm nghén.
▪ Cuối thập niên 50, các bác sĩ Đức bắt đầu nhận thấy sự gia tăng đột biến về số ca dị tật bẩm sinh. Năm 1960, bác sĩ nhi Widukind
Lenz chính thức công bố mối liên hệ giữa dị tật trẻ sơ sinh và Thalidomide. Ngay lập tức, công ty Grünenthal thu hồi toàn bộ sản
phẩm khỏi thị trường nội địa. Tại các nước khác, động thái can thiệp diễn ra chậm hơn. Năm 1962, mọi dược phẩm chứa
Thalidomide hoàn toàn biến mất trên thị trường.
▪ Tuy vậy Thalidomide đã ảnh hưởng tới hơn 120.000 đứa trẻ. Hầu hết các bé chết trước khi chào đời, khoảng 10.000 em sinh
ra với tay, chân ngắn dị thường và các đốt, ngón không rõ ràng, thậm chí dính lại với nhau.
▪ Suốt thời gian dài, các nhà khoa học không biết vì sao Thalidomide làm hại thai nhi đến vậy. Gần đây, các nhà khoa học từ Viện
Ung thư Dana-Farber (Mỹ) mới phát hiện nó phá vỡ một loạt protein như SALL4 liên quan đến việc giải mã gen. Thiếu
các protein này, mô không thể phát triển hoàn thiện thành nội tạng và các chi của thai nhi

Butch Lumpkins, một nạn nhân của Thalidomide. Ảnh: DM

https://suckhoe.vnexpress.net/tin-tuc/suc-khoe/60-nam-moi-biet-ly-do-thuoc-khien-hon-10-000-em-be-di-tat-3788016.html
58
59
A living organism is a sea of chiral molecules. Many drugs are chiral, and often they must interact with a chiral
receptor or a chiral enzyme to be effective. One enantiomer of a drug may effectively treat a disease whereas
its mirror image may be ineffective. Alternatively, one enantiomer may trigger one biochemical response and
its mirror image may elicit a totally different response
62
63