Безсумнівно, головною заслугою Іллі Ілліча є відкриття у 1883 році
процесу фагоцитозу, в рамках якого клітини організму знешкоджують і в подальшому знищують смертоносні бацили. Її вчений описав у своїй праці «Несприйнятливість в інфекційних хворобах» 1901 року. За неї він отримав в 1908 році Нобелівську премію.
Без наукових досліджень Мечникова людству довелося б ще довго
обходитися без антибіотиків і протиепідемічних вакцин. Примітно, що в розробці вакцин проти чуми, черевного тифу, холери та ряду інших захворювань Мечников працював досить активно.
По праву саме Мечникова вважають засновником такої науки як
геронтологія, яка вивчає методи продовження людського життя. На думку вченого, людина може прожити не менше 120 років.
Вчений є засновником теорії зародкових листків і одним з авторів
еволюційної порівняльної ембріології.
Крім фагоцитарної теорії імунітету, Мечников є також одним з авторів
теорії порівняльної патології.
Мечникова називають автором вчення про цитотоксини.
Також Ілля Ілліч світовою наукою визнається як один із засновників