WYKŁAD 12 - ENZYMY cz1.

Reakcja chemiczna: kinetyka i równowaga

Enzymy jako biokatalizatory

Kraków, 2023-03-15
Wydział Lekarski, Kierunek Dietetyka
Szybkość reakcji.
Energia aktywacji.
Katalizatory.
Enzymy, jako biokatalizatory.
Swoistość i wydajność katalityczna, jednostki aktywności.
Znaczenie parametrów v0, Km i Vmax.
Czynniki wpływające na aktywność enzymów.
Kinetyka enzymatyczna. Cz. I
Skala czasu – kinetyka reakcji
i procesów fizycznych
 CZAS – reakcje chemiczne
Niektóre z nich,
takie jak m.in. rdzewienia żelaza

Czy rozkład tworzyw sztucznych w środowisku, odbywają się bardzo powoli.

Reakcje chemiczne mogą przebiegać w
rożnym czasie.
Inne,
Spalanie benzyny

Czy wybuch prochu

Przebiegają bardzo szybko

 Organizmy żywe:
układy otwarte
wymieniają z otoczeniem energię i masę

Charakteryzują się następującymi właściwościami

➢wyraźną odrębnością od otoczenia, w tym także odrębnością
➢składu chemicznego
➢ wysokim stopniem złożoności zarówno na poziomie
cząsteczkowym jak i w skali całego organizmu
➢ zdolnością do wzrostu i rozmnażania się
➢ przemianą materii, jak i towarzyszącą jej przemianą energii
➢ zdolnością do precyzyjnej kontroli różnych procesów
➢ zdolnością do reagowania na bodźce zewnętrzne
➢ zdolnością do adaptacji w danym środowisku
 Teoria zderzeń – energia aktywacji

Zgodnie z teorią zderzeń reakcja zachodzi tylko wtedy, gdy dochodzi do

zderzenia cząsteczek:

Im większe stężenie tym większe prawdopodobieństwo zderzenia cząsteczek

➢ zderzenie musi być efektywne - zakończone połączeniem się

cząsteczek, (zderzenie musi mieć odpowiednią orientację – geometrie)
➢ końcowym efektem musi być zmiana chemicznej natury
reagujących substancji.
➢ utworzenie nowych wiązań chemicznych (utworzenie nowego związku)
wymaga przemian energetycznych
➢ substancje stabilne chemicznie - posiadają niską energię
➢ substancje nietrwałe chemicznie – bogato-energetyczne
➢ oddanie części energii zapewnia powstanie nowego, trwalszego Produktu

➢ do zerwania starego lub utworzenia nowego wiązania - aby zderzenie

było efektywne - musi być dostarczona energia większa od pewnej
określonej granicy zwana energią aktywacji.
Im wyższa temp. tym większa energia cząsteczek, tym zderzenia sa bardziej
efektywne, wzrasta szybkość reakcji
TEORIA ZDERZEŃ
energia aktywacji jest różna dla różnych reakcji

Dla reakcji elementarnych energia aktywacji to

minimalna porcja energii, jak muszą pozyskać
substraty, aby mogły przereagować, przejście
od substratów do produktów wymaga pokonania
odpowiedniej bariery energetycznej

➢ zostaje zużyta między innymi na pokonanie sił odpychania

➢ między cząsteczkami, a wynikających

z różnych oddziaływań elektrostatycznych
jest niezbędna do:

➢ rozluźnienia wiązań w reagujących substratach

➢ odpowiedniego przegrupowania atomów i elektronów w
cząsteczkach produktów pośrednich.
Teoria kompleksu aktywnego
zgodnie z teorią stanu przejściowego zderzające
się efektywnie cząsteczki tworzą w chwili
zetknięcia kompleks aktywny, który jest
układem wzajemnie na siebie oddziaływujących
atomów

cechy charakterystyczne kompleksu aktywnego:

- osiąga stan energetyczny niezbędny do zajścia
reakcji;
- czas życia kompleksu jest bardzo krótki
- kompleks aktywny może ulegać rozpadowi do
substratów reakcji lub przekształć się w produkty
 Teoria kompleksu aktywnego
1. teoria kompleksu aktywnego ułatwia ustalenie wielkości
energii aktywacji dla danej reakcji chemicznej.

2. zgodnie z teorią zderzeń aktywnych energia powinna

mieć duże wartości, gdyż tylko takie zapewniają rozerwanie wiązań

3. teoria kompleksu aktywnego tłumaczy, dlaczego wartości te

nie są aż tak bardzo duże

zapotrzebowanie na energię, związaną z rozrywaniem się

wiązań, jest częściowo kompensowane przez uwalnianie się
energii podczas powstawania nowych wiązań w wyniku
przekształcania się kompleksu aktywnego w produkty reakcji

4. szybkość reakcji zależy więc od czynników;

stężenia kompleksu aktywnego
prędkości z jaką on ulega rozpadowi na produkty
ENERGIA AKTYWACJI
Różnica między entalpią w stanie
wzbudzonym, a entalpią
substratów określa

prawdopodobieństwo
kinetyczne reakcji –E+
zmiana entalpii swobodnej,
czyli różnica między entalpiami
produktów i substratów określa

termodynamiczne
prawdopodobieństwo reakcji E
 KINETYKA CHEMICZNA

➢ Badaniem szybkości
reakcji chemicznych poprzez
analizę eksperymentalną i teoretyczną.

➢ Zdefiniowanie równania kinetycznego dla danej reakcji wymaga

danych eksperymentalnych dotyczących głównie zależności między
stężeniem reagentów a szybkością reakcji.

➢ Wpływem różnych zmiennych na szybkość reakcji, takich jak

temperatura czy obecność katalizatorów.

➢ Zebrane dane eksperymentalne, poddawane są analizie teoretycznej

w celu ustalenia mechanizmu, stechiometrii reakcji oraz dopasowania
odpowiedniego równania kinetycznego.
 Charakterystykę
kinetyczną reakcji możemy
wyznaczyć metodami:

a. podstawiania do wzoru – otrzymane w doświadczeniu

wartości zmian stężeń podstawiamy do wzorów na stałą
szybkości różnych rzędów i sprawdzamy, dla którego z
nich stała szybkości ma rzeczywiście stałą wartość

b. graficznej analizy danych:

otrzymane dane doświadczalne dotyczące zmian stężeń
w czasie nanosimy na wykres w zależności od czasu, i
sprawdzamy, który wykres jest najbardziej zbliżony do
linii prostej,
KINETYKA REAKCJI CHEMICZNYCH

główne parametry kinetyczne określające

przebieg reakcji:

1. stała szybkości reakcji,

2. rzędowość
3. cząsteczkowość reakcji
cząsteczkowość reakcji wskazuje na liczbę
cząstek biorących udział w danym procesie
 Równanie kinetyczne
Równanie kinetyczne jest to doświadczalnie (empirycznie) wyznaczona
zależność szybkości reakcji od stężeń reagentów uczestniczących w reakcji,
Zależność ta nie zawsze jest zgodna z zależnością stechiometryczną zbilansowanego
równania chemicznego – może być bardziej skomplikowana ze względu na mechanizm,
według którego zachodzi.

Stałe szybkości reakcji (k) są współczynnikami proporcjonalności w

równaniu kinetycznym, łączącymi szybkość reakcji ze stężeniami
reagentów. Stałe te są zależne od temperatury i mają jednostkę
zależną od postaci równania kinetycznego.
Stała szybkości jest charakterystyczna dla danej reakcji i nie zależy
od stężenia reagentów.

Zakładając, że reakcja przebiega bez etapów pośrednich, można w niektórych przypadkach

przyjąć, że szybkość reakcji zależy wyłącznie od stężenia substratów i tylko w tych
warunkach można napisać równanie kinetyczne wprost w oparciu o równanie reakcji:
k – stała szybkości
[A]; [B] chwilowe molowe stężenia
substratów
α(x), β(y) – współczynniki zwane rzędami
reakcji względem odpowiednich substratów
szybkość reakcji mierzymy oznaczając:
-przyrost stężenia produktów

- ubytek stężenia substratów

reakcji w czasie

szybkość reakcji w dowolnym momencie jest

równa tangensowi kąta nachylenia
stycznej do krzywej zmiany
stężeń substratów (produktów) w czasie

w miarę postępu reakcji

wartość tg maleje
 Czynniki wpływające na kinetykę reakcji
Każda reakcja chemiczna w określonych warunkach ma swoją
ściśle określona szybkość reakcji wyrażaną poprzez stałą kinetyczną
szybkość reakcji zależna jest od właściwości reagentów.

Czynniki wpływające na szybkość reakcji kontrolowane

podczas jej przebiegu:

- Stężenie – molekuły reagujących substancji muszą się ze sobą zderzać.

- Stan skupienia – molekuły muszą być ze sobą zmieszane by doszło
do zderzeń.
- Temperatura – molekuły muszą się zderzać z odpowiednią energią
by doszło do rekcji.
- Użycie katalizatora.
 Od czego zależy szybkość reakcji?
Szybkość reakcji jest cechą charakterystyczną dla danego
zespołu reagentów.
Zależy od wielu czynników

Najważniejsze z nich to:

➢ stężenie reagentów
➢ temperatura
➢ ciśnienie (gdy reakcja przebiega w fazie gazowej)
➢ promieniowanie elektromagnetyczne (gdy reakcja jest
fotochemiczna)
➢ rozwinięcie powierzchni (w przypadku reakcji
powierzchniowych)
➢ obecność katalizatora lub inhibitora.
➢ rodzaj rozpuszczalnika
➢ rozdrobnienie reagentów
➢ mieszanie
STAŁA SZYBKOŚCI REAKCJI ZALEŻY OD:
rodzaju rekcji chemicznej, warunków jej przebiegu
jest charakterystyczna dla danej temperatury.

Im stała szybkości jest większa, tym reakcja ma szybszy przebieg.

Liczbowo stała szybkości reakcji równa się takiej szybkości, jaka
jest gdy stężenia reagujących składników są równe 1 mol/litr

Wykładniki potęgowe w równaniu kinetycznym, oznaczone

symbolami x i y noszą nazwę rzędów reakcji.

Ich suma określa rząd reakcji chemicznej.

Rząd reakcji jest liczbą całkowitą lub ułamkową, ale zawsze

mniejszą od liczby 3.
ZALEŻNOŚĆ PRĘDKOŚCI REAKCJI OD TEMPERATURY
Zapoczątkowanie zachodzenia reakcji związane jest z
dostarczeniem pewnych ilości energii.
Wzrost temperatury powoduje zwiększenie liczby cząstek
obdarzonych energią kinetyczną wystarczająco wysoką,
aby zderzenie było efektywne.
Efekt - wzrost prędkości poruszania się cząstek, przez co
zderzenia stają się bardziej liczne i bardziej gwałtowne.
Zderzenia cząstek, których energia kinetyczna jest
większa od energii aktywacji, to zderzenie może być
efektywne.
Wraz ze wzrostem temperatury rośnie prędkość reakcji.
 Zależność szybkości reakcji od temperatury
Wzrost temperatury zwiększa szybkość reakcji chemicznej.
Szybkość reakcji chemicznej rośnie wraz z temperaturą wykładniczo.
Ze wzrostem temperatury rośnie szybkość poruszających
się cząstek, liczba i gwałtowność zderzeń, co zwiększa
prawdopodobieństwo zajścia reakcji,

Reguła van 't Hoffa

Jest to empiryczna reguła wyrażająca zmianę szybkości reakcji w zależności od
temperatury.
Według tej reguły wzrost temperatury o 10K (lub 10OC) powoduje 2-4-krotny
wzrost szybkości reakcji.
Reguła van 't Hoffa jest spełniona dla reakcji homogenicznych, w temperaturze do
500°C.
współczynnik temperaturowy reakcji γ – liczba wyrażająca zwiększenie stałej
szybkości reakcji przy ogrzaniu o ok. 10K

T −T
v=v
2 1γ = 2
gdzie
k 1k
10
 Zależność stałej kinetycznej
od temperatury
Równanie Arrheniusa
Energię aktywacji można wyznaczyć na
 podstawie równania Arrheniusa, jeżeli
Ea   znamy stałą szybkości dla co najmniej
k (T ) = Aexp −   dwóch temperatur
RT  

Energia aktywacji jest zawsze dodatnia,
nie zależy od temperatury i jest
charakterystycznym parametrem danej reakcji
zachodzącej w danej fazie.

ln k = ln A - Ea/RT Im większa warto energii aktywacji tym

silniejsza zależność szybkości
k – stała szybkości reakcji reakcji od temperatury
Ea – energia aktywacji
R – stała gazowa
T – temperatura (K)
zależność stałej k od temperatury jest
k2 Ea 1 1 wykładnicza - małe zmiany
ln = - - temperatury powodują duże zmiany prędkości
k1 RT T2 T1 reakcji
 Rzędowość reakcji chemicznych
Z pojęciem równania kinetycznego związane jest pojęcie rzędowości
reakcji chemicznej stanowiąca kryterium podziału reakcji
przyporządkowując im odpowiednie równanie kinetyczne.

Rząd reakcji definiuje się jako, wykładnik potęgi w której występuje

stężenie danego reagenta w równaniu kinetycznym reakcji

Rząd reakcji rozpatruje się zwykle ze względu na dany reagent [A]

i [B], których suma składa się na całkowity rząd reakcji.

+ B  P v = k[ A][ B]
Reakcja 1-ego rzędu ze względu na [A] lub [B] o całkowitym rzędzie -> 2
REAKCJE 0 RZĘDU v = k [A]0=k

reakcje, w których szybkość nie zależy od stężeń substratów.

reakcje elektrodowe, fotoelektryczne,
enzymatyczne -
maksymalna szybkość jest przy całkowitym
wysyceniu enzymu substratem.

REAKCJA I RZĘDU A  B v = k [A]

reakcje, w których wyznaczona doświadczalnie szybkość zmienia

się proporcjonalne do stężenia jednej z reagujących substancji
Procesy biologiczne stanowią prawie wyłącznie reakcje
pierwszego rzędu.

REAKCJA II RZĘDU A + B  C + D v = k [A][B]

2A  B + D v = k [A]2

reakcje, których szybkość doświadczalna jest

proporcjonalna do iloczynu stężeń reagujących
substancji , lub do kwadratu stężenia jednego substratu
Porównanie parametrów kinetycznych
dla reakcji 0, I, II rzędu

Krzywe
kinetyczne c(t)

Krzywe
zależności
szybkości reakcji
od stężenia
OKRES PÓŁTRWANIA (OKRES POŁOWICZNEJ
PRZEMIANY) – t0.5  t1/2

czas po upływie którego przereagowuje połowa

początkowej ilości substratu.

 1 
 po czasie t 0.5 , c = c  
 2 
Dla reakcji 1-rzędu:
ln 2 0.693
Dla reakcji 1 rzędu: t1/2 = =
k k
[ A] = [ A]0
1
2 t = t1/ 2
[ A]0 [ A]0 ln 2
ln = kt kt1/ 2 = ln 1 = ln 2 t1/ 2 =
[ A] 2 [ A]0 k
Dla reakcji 1 rzędu –
Nie zależy od stężenia
 Czasy połówkowe vs. rząd reakcji

Reakcja „0” rzędu Reakcja „1” rzędu Reakcja „2” rzędu

t1/ 2 = [ A0 ] / 2k t1/ 2 = ln 2 / k t1/ 2 = 1 / k[ A0 ]

 OKRES PÓŁTRWANIA
212Po ROZPAD RADIOAKTYWNY
3x10-7 s JEST TYPOWYM PRZYKŁADEM
214Po 1,62x10-4 s
REAKCJI 1-go RZĘDU
226Ra 1622 lat

Oblicz ile procent atomów pierwiastka promieniotwórczego A

pozostanie po 15 dniach, wiedząc że okres połowicznego
rozpadu wynosi t1/2 = 5 dni

5 dni 50%
10dni 25%
15dni 12,5

(1 / 2n) x 100% n – ilość okresów półtrwania

 Rząd reakcji a równanie chemiczne
1 k[A]
Równania kinetyczne: 2 k[A]2
2 k[A][B]
v1 = k 1 [A] 2 oraz v2 = k 2 [A][B] 3 k[A]2[B]
wskazują na sumaryczny rząd reakcji 2, 3 k[A][B][C]
lecz z pierwszego równania wynika drugi rząd reakcji względem A,
a z drugiego – pierwszy względem A i B.

równanie równanie jednostka stałej

rząd reakcji
stechiometryczne kinetyczne szybkości

N2O5 --> 2 NO2 + ½

v = k [N2O5] I 1/s
O2

H2 + I2 --> 2 HI v = k [H2]·[I2] II dm3/(mol · s)

2 NO + O2 → 2 NO2 v = k [NO]2 [O2] III (dm3)2/(mol2 · s)

 DANE EKSPERYMENTALNE
• Prędkości początkowe reakcji dla przeprowadzonych eksperymentów
O2(g) + 2NO(g) → 2 NO2(g)
v0 = k[O2]m[NO]n or v0 = k[O2]x[NO]y
wyznaczanie “m” & “n” (x , y) dla danych eksperymentalnych
Poczatkowe stężenia substratów (mol/L)
Prędkość
Eksperyment O2 NO początkowa
Mol/Ls
1 1.10x10-2 1.30x10-2 3.21x10-3
2 2.20x10-2 1.30x10-2 6.40x10-3
3 1.10x10-2 2.60x10-2 12.8x10-3
4 3.30x10-2 1.30x10-2 9.60x10-3
5 1.10x10-2 3.90x10-2 28.8x10-3
Porównanie dwóch eksperymentów, przy zachowaniu stałości stężenia jednego z nich,
pozwala na obliczenie rzędu reakcji dla każdego z reagentów a następnie całkowitego
rzędu reakcji
 Katalizator właściwości:

• Bierze udział w reakcji katalizowanej (tworząc

kompleks typu kowalencyjnego lub
niekowalencyjnego
• Przyspiesza reakcje w obu kierunkach
• Skraca czas osiągnięcia stanu równowagi reakcji
• Nie zmienia stałej równowagi reakcji K
• Nie zużywa się w trakcie reakcji
• Nie może katalizować reakcji termodynamicznie
niemożliwej ΔG>0
Aktywność katalizatora Ak określa się jako różnicę między szybkościami reakcji
chemicznej zachodzącej w obecności katalizatora, vk, i bez niego, vh:
Ak = vk - vh

TOF – turnover frequecy „ częstość obrotów” ( częstość cykli katalitycznych) –

określamy jako liczbę moli substratu reagujących w jednostce czasu w przeliczeniu
na mol katalizatora [mol. s-1.mol-1];

TON – turnover number „ liczba obrotów” ( ilość cykli katalitycznych ) – liczba moli
substratu ulegającego reakcji w przeliczeniu na mol katalizatora [mol.mol-1];

Vwł – szybkość właściwą, która może być odniesiona

do powierzchni właściwej katalizatora [mol.m-2.s-1]
do jednostki masy katalizatora [mol.g-1.s-1]
do objętości katalizatora [mol.cm-3. s-1].
ENZYMY JAKO KATALIZATORY

Enzymy odpowiedzialne za przyśpieszenie większości

procesów przebiegających w organizmie żywym

Reakcja osiąga dostateczną szybkość w obecności

enzymu jedynie wtedy gdy jest termodynamicznie możliwa,
czyli wtedy , gdy towarzyszy jej spadek entalpii swobodnej
G<0

- optymalna temperatura 30- 40 stopni Celsjusza

- zmiany pH nie mogą być duże , wraz ze zmianą stężenia

jonów wodorowych zmienia się struktura enzymu i jego
zdolności katalityczne
Efekt obecności biokatalizatora w środowisku
REAKCJA NIEKATALIZOWANA

ENERGIA AKTYWACJI
BEZ UDZIAŁU ENZYMU
REAKCJA KATALIZOWANA

ENERGIA AKTYWACJI
Z UDZIAŁEM ENZYMU
ENERGIA

SUBSTARTY

WYDZIELONA
ENERGIA

PRODUKTY

POSTĘP REAKCJI
 Enzymy
Wprowadzenie do enzymologii.
Enzymy jako katalizatory biologiczne.
Swoistość i wydajność katalityczna.
Centrum aktywne enzymów.
Kompleks enzym – substrat.
Kinetyka reakcji katalizowanej enzymatycznie
 Enzymy
➢ Enzymy jako biokatalizatory

A/ białka (globularne)
1. funkcjonują same, bez dodatkowego udziału czynników nie
białkowych
2. wymagają udziału czynników nie białkowych – kofaktorów (grupy
prostetyczne; koenzymy; jony metali)

B/ rybozymy (kwasy rybonukleinowe)

C/ deoksyrybozymy (jednoniciowe kwasy
deoksrybonukleinowe)
 CECHY CHARAKTERYZUJĄCE ENZYMY
jako KATALIZATORY

1. SPRAWNOŚĆ (WYDAJNOŚĆ)
2. SWOISTOŚĆ
3. FUNKCJONOWANIE W ŁAGODNYCH
WARUNKACH
4. MOŻLIWOŚĆ REGULOWANIA AKTYWNOŚCI
ENZYMY - katalizatory reakcji chemicznych w
organizmach żywych.
W ich obecności katalizowana reakcja może
przebiegać 106 –1012 razy szybciej, poprzez
zdolność obniżania energii aktywacji cząsteczek,
(minimalnej energii koniecznej do przebiegu
reakcji chemicznej i przeprowadzenia cząsteczek
w stan aktywny.

Enzymy wykazują specyficzność wobec typu

katalizowanej reakcji lub substratu tzn.
katalizują tylko określone reakcje biochemiczne
z udziałem określonych substratów.
WYTWARZANE TYLKO PRZEZ ŻYWE
KOMÓRKI (ALE MOGĄ DZIAŁAĆ
POZAKOMÓRKOWO)

NIE ZUŻYWAJĄ SIĘ, NIE ZMIENIAJĄ

SIĘ TRWALE PODCZAS REAKCJI

DZIAŁAJĄ SELEKTYWNIE →
REGULUJĄ PROCESY METABOLICZNE –
WSPOMAGAJĄ UTRZYMANIE
HOMEOSTAZY
 ENZYMY są KATALIZATORAMI
CHARAKTERYZUJĄCYMI się
WYSOKĄ EFEKTYWNOŚCIĄ/WYDAJNOŚCIĄ
KATALITYCZNĄ
co oznacza, że zwiększają szybkość reakcji średnio
106 – 1012 (lub nawet więcej)

np. 108-krotny wzrost szybkości reakcji oznacza, że

reakcja katalizowana enzymatycznie, która
przebiega w ciągu 1s trwałaby bez udziału enzymu
około 3 LAT !!!
1s vs 3 x 365 x 24 x 60 x 60s (94.608.000s) (~108 s)
 ENZYMY JAKO BIOKATALIZATORY
❖NIE ZMIENIAJĄ KOŃCOWEGO SKŁADU
MIESZANINY (ODTWARZAJĄ SIĘ PO REAKCJI)

❖ NIE ZMIENIAJĄ STAŁEJ RÓWNOWAGI

DANEJ REAKCJI ODWRACALNEJ

❖ PRZYSPIESZAJĄ OSIĄGNIĘCIE RÓWNOWAGI

W REAKCJACH TERMODYNAMICZNIE
MOŻLIWYCH

❖ ZMIENIAJĄ MECHANIZM REAKCJI –

TWORZĄ ZWIĄZKI PRZEJŚCIOWE
 ENZYMY ZMIENIAJĄ
SZYBKOŚĆ REAKCJI POPRZEZ:
✓LOKALNE ZWIĘKSZANIE STĘŻENIA
SUBSTRATU I UTRZYMANIA
SUBSTRATÓW W KONFORMACJI, KTÓRA
SPRZYJA SPECYFICZNYM REAKCJOM
CHEMICZNYM
✓ DOSTARCZENIE RESZT
AMINOKWASOWYCH, KTÓRYCH GRUPY
FUNKCYJNE ODGRYWAJĄ SPECYFICZNĄ
ROLĘ W KATALIZIE
✓ OBNIŻENIE ENERGII AKTYWACJI DLA
TWORZENIA STANÓW PRZEJŚCIOWYCH
 ENZYMY
EFEKTYWNE KATALIZATORY
Jedną z najważniejszych cech enzymów jest przyśpieszanie reakcji
chemicznych w stopniu znacznie większym niż katalizatory
nieenzymatyczne.
Nadtlenek wodoru H2O2 rozkładany jest do wody w obecności
opiłków żelaza (atom żelaza jest katalizatorem).
Nadtlenek wodoru jest toksycznym produktem ubocznym wielu
reakcji enzymatycznych i jest silną trucizną dla komórki.
Jednak komórka posiada peroksysomy – organelle, które
zawierają enzym – katalazę, która wykazuje olbrzymie
zdolności katalityczne.
1 cząsteczka katalazy w temperaturze ciała ludzkiego powoduje
rozkład około 7 mln cząsteczek nadtlenku wodoru w ciągu
minuty. Aby zneutralizować taką samą ilość nadtlenku wodoru,
jaką rozszczepia jedna cząsteczka katalazy (zawierającej
jeden atom żelaza) w ciągu jednej minuty / sekundy,
pojedynczy atom potrzebowałby 3000 / 50 lat.
 Kinetyka reakcji
enzymatycznych

KINETYKA ZAJMUJE SIĘ

SZYBKOŚCIĄ REAKCJI
DZIĘKI CZEMU UZYSKUJEMY
m.in. INFORMACJE
O MECHANIZMACH REAKCJI
 SZYBKOŚĆ REAKCJI
S  P
Vo = (+/−) dc/dt ; −d[S]/dt = d[P]/dt
[S] – stężenie substratu, [P] – stężenie produktu

Krzywe kinetyczne

S4

S3
Produkt

S2
S1

Czas
 1. SZYBKOŚĆ REAKCJI (definicja)

V = (+/−) dc/dt ; −d[S]/dt = d[P]/dt S  P

[S] – stężenie substratu, [P] – stężenie produktu
2. SZYBKOŚĆ REAKCJI (równanie kinetyczne)
V = k x cA x cB ...x cN A + B + C + …+ N  P + R + …
cA , cB ,...cN – stężenia reagentów
k – stała szybkości reakcji gdy T → k
gdy ΔE → k
k = Axe−E/RT = A/eΔE/RT

A – stała Arheniusa; R – stała gazowa; T – temperatura;

E – energia aktywacji (KATALIZATOR!)
 SZYBKOŚĆ REAKCJI

Vo = (+/−) dc/dt ; −d[S]/dt = d[P]/dt E

[S] – stężenie substratu, [P] – stężenie produktu S  P

Krzywe kinetyczne

Szybkość początkowa (vo)!!!

reakcji katalizowanej
Produkt

enzymatycznie zależy od
początkowego stężenia
substratu [S]o oraz.......

Czas
 ......od stężenia enzymu [E]o

Szybkość reakcji
katalizowanej
jest wprost
proporcjonalna do
stężenia enzymu!!
Produkt utworzony

Czas
 S + E  P + E

2. SZYBKOŚĆ REAKCJI (równanie kinetyczne)

V = k x cS x cE
c1S , c2E – stężenia substratu i enzymu reagentów
k – stała szybkości reakcji

k=Ax e−E/RT

A – stała Arheniusa; R – stała gazowa; T – temperatura;

E – energia aktywacji (KATALIZATOR!)

gdy ΔE →k →v
 S  P ΔG’O = -2.3RT X logK

[P]
Keq=
[S]

ΔG’O = -5,71RT X logK

 ZMIANA POTENCJAŁU TERMODYNAMICZNEGO
G JEST KRYTERIUM SPONTANICZNOŚCI
PROCESU i MIARĄ PRACY UŻYTECZNEJ, KTÓRĄ
DANY SYSTMEM MOŻE WYKONAĆ (przy stałym p i T)

jeśli G < 0 proces (reakcja) zachodzi

SPONTANICZNIE i MOŻE WYKONAĆ PRACĘ
jeśli G = 0 proces (reakcja) JEST W
RÓWNOWADZE i NIE MOŻE WYKONAĆ PRACY
jeśli G > 0 proces (reakcja) NIE MOŻE
ZAJŚĆ SPONTANICZNIE i aby zaszedł wymaga
SPRZĘŻENIA z procesem, który dostarcza energii
G1 + G2 = G3
C12H22O11 (sacharoza) + 12O2 12CO2 + 11 H2O
o
∆G = -5,693 kJ/mol
Dlaczego cukier w cukierniczce nie ulega
spaleniu na naszych oczach?
∆Go mówi nam tylko czy reakcja może przebiegać bez
konieczności wykorzystania dodatkowej energii aby
przekształcić substrat w produkt, czy też wymaga nakładu
energii aby przetworzyć substrat w produkt, ale nic nam
nie mówi na temat prawdopodobieństwa zajścia takiej
reakcji – kiedy i jak szybko to nastąpi
 o
W szczególności ∆G nie informuje na temat
Free Energy (²G )

SZYBKOŚCI z jak reakcja zachodzi

Zmiana
potencjału

Stan przejściowy
termodynamicznego
Transition State

ENERGIA
AKTYWACJI
ΔE

∆G
Substrates
SUBSTRATY
O

PRODUKTY
Products
Postęp reakcji
Reaction Coordinate
 (Stan przejściowy)

Reakcji
Ea - Energia niekatalizowanej
aktywacji reakcji
niekatalizowanej
Reakcji
katalizowanej

Substraty Energia
swobodna
reakcji
Produkty

Postęp reakcji
O
•Mechanizm reakcji nie ma wpływu na ΔG
•Enzymy przyspieszają reakcję przez stabilizację stanu przejściowego
 ZDECYDOWANA WIĘKSZOŚĆ REAKCJI
PRZEBIEGAJĄCYCH W ŻYWYM ORGANIZMIE,
ABY MOGŁA ZAJŚĆ WYMAGA OD SUBSTRATÓW
POKONANIA BARIERY W POSTACI ENERGII
AKTYWACJI.
ZAPOBIEGA TO SPONTANICZNEMU
SPŁONIĘCIU ORGANIZMU.

ENZYMY OBNIŻAJĄ ENERGIE AKTYWACJI

PRZYSPIESZAJĄC REAKCJE W SPOSÓB
KONTROLOWANY
I DZIĘKI TEMU ZAPOBIEGA POWSTAWANIU
NIEPOŻĄDANYCH PRODUKTÓW
I ZNISZCZENIU ORGANIZMU.
P
O
IDENTYCZNE OBNIŻENIE ENERGII
T AKTYWACJI i SZYBKOŚCI REAKCJI w OBU
E
N KIERUNKACH
C REAKCJA NIEKATALIZOWANA
J
A
Ł

T
E
R
M REKCJA
O KATALIZOWANA
D
Y
N
A
M
I
C
ZN
Y POSTĘP REAKCJI
 SUBSTRAT ENZYM

POWSTAWANIE KOMPLEKSU ENZYM-SUBSTRAT (ES)

Pokonanie barier termodynamicznych i fizykochemicznych
A/ rozproszenie i ruchliwość cząsteczek; B/ uwodnienie
substratu; C/ stabilność utrwalonej struktury
substratu(ów)
 SUBSTRATY

ENZYM
CENTRUM
AKTYWNE
ZBLIŻENIE i ODPOWIEDNIE
USTAWIENIE SUBSTRATÓW
UMOŻLIWIA UZYSKANIE
STANU PRZEJŚCIOWEGO STAN
PRZEJŚCIOWY
WIĄZANIE SUBSTRATÓW POZWALA
NA OBNIŻENIE ENERGII AKTYWACJI

PRODUKT
 Centrum / Miejsce Aktywne
• hydrofobowe mikrośrodowisko
(szczelina lub zagłębienie niedostępne
dla cząsteczek wody
+
• układ przestrzenny złożony z
polarnych grup reszt aminokwasowych
leżących w różnych pozycjach liniowej
sekwencji aminokwasów (wiązanie
substratu, kataliza – centra
katalityczne)
CENTRUM
AKTYWNE
chymotrypsyny
Dwa modele oddziaływania enzym-substrat:

(a) model zamka i klucza

(b) model wzbudzonego dopasowania

Konformacja stanu przejściowego

1. ZBLIŻENIE i ODPOWIEDNIE SUBSTRATY
USTAWIENIE SUBSTRATÓW (efekty
entropijne)
ENZYM
2. HYDROFOBOWOŚĆ CENTRUM
AKTYWNEGO (wzmocnienie oddziaływań
w środowisku o zmniejszonym i
ograniczonym dostępie wody)

3. WYWOŁANIE NAPRĘŻEŃ i
ODKSZTAŁCEŃ w SUBSTRACIE
(przybliżanie struktury stanu STAN
PRZEJŚCIOWY
przejściowego)
UMOŻLIWIAJĄ UZYSKANIE i
STABILIZACJĘ STANU
PRZEJŚCIOWEGO

PRODUKT
 Substrat
Produkt
ES
Enzym- KINETYKA REAKCJI
stężenia
Substrat ENZYMATYCZNYCH
kompleks

Enzym

czas

Enzym-Substrat
kompleks
VO !!!; [SO] Enzym

cS >> cE stężenia

Produkt

czas
S
T
Ę
Ż
E
N
I
A

CZAS

STAN PRE- STAN STACJONARNY: STĘŻENIE

STACJONARNY: KOMPLEKSU ES UTRZYMUJE SIĘ NA
POWSTAWANIE NIEMAL NIEZMIENIONYM POZIOMIE
KOMPLEKSU
ES
E+S ES EP E+P
STAŁE
SZYBKOŚCI
REAKCJI

NIEALLOSTERYCZNA KINETYKA
REAKCJI ENZYMATYCZNYCH
ZAŁOŻENIE ISTNIENIA STANU STACJONARNEGO
ZAŁOŻENIE ISTNIENIA STANU STACJONARNEGO
czyli istnienia stałego stężenia kompleksu ES
SZYBKOŚĆ TWORZENIA SZYBKOŚĆ ROZPADU
KOMPLEKSU ES = KOMPLEKSU ES

[E][S] k-1+ k2
[ES] k1
 POCZĄTKOWA SZYBKOŚĆ
REAKCJI

k+1
STĘŻENIE WOLNEGO ENZYMU
W STANIE RÓWNOWAGI

CAŁKOWITE STĘŻENIE ENZYMU

TWORZENIE SIĘ ROZPAD

KOMPLEKSU ES KOMPLEKSU ES
TWORZENIE SIĘ ROZPAD
KOMPLEKSU ES KOMPLEKSU ES

STAŁA MICHAELISA KM
V VaO
o
VOo
o

V
o
VoO
o

SZYBKOŚĆ REAKCJI Vo
ZALEŻYPOCZĄTKOWA
SZYBKOŚĆ od STĘŻENIA
KOMPLEKSU
REAKCJI VES
O
([ES])
 GDY
STĘŻENIE
KOMPLEKSU CAŁKOWITE STĘŻENIE
ES

Vo

MAKSYMALNA SZYBKOŚĆ
REAKCJI Vmax
 Vmax

o
Vo
o

Vo
o

RÓWNANIE
MICHAELISA-MENTEN
 In general
RÓWNANIE MICHAELIS-MENTEN

kV [E]t[S]
max
cat
v=
Km + [S] k2 = kcat

Vmax = kcat[E]t
CO OZNACZAJĄ, JAK ODCZYTYWAĆ Km i Vmax ??? tzw
PARAMETRY KINETYCZNE REAKCJI ENZYMATYCZNEJ
 Szybkość początkowa
tworzenia produktu
Stężenie substratu

Rząd reakcji – suma wykładników stężeń w równaniu szybkości reakcji

➢ reakcje 1-rzędu v = k[S]1
➢ reakcje 2-rzędu v = k[S1]1 [S2]1
➢ reakcje 0-rzędu v = k0, zwiększenie stężenia substratu nie wpływa na wzrost
szybkości reakcji (wysycone wszystkie miejsca katalityczne -
enzym pracuje z maksymalną prędkością)
 Vmax
When v = , [S] = Km
2
KM

gdy [S] << KM to vo = a [S] o

gdy [S] >> KM to vo = Vmax

VO

STĘŻENIE SUBSTRATU
 „Duże” K i „małe” k
„Duże” K = stałe dysocjacji
„Małe” k = stałe szybkości reakcji
k1 [E][S]
E+S k-1
ES K=
[ES]
k1 = stała szybkości „przekształcenia”
substratu w kompleks ES (asocjacja)
k-1 = stała szybkości „przekształcenia”
kompleksu ES w substrat (dysocjacja)
 ZAŁOŻENIE ISTNIENIA
STANU STACJONARNEGO
SZYBKOŚĆ TWORZENIA SZYBKOŚĆ ROZPADU
KOMPLEKSU ES = KOMPLEKSU ES

[E][S]
[E][S] k-1+k-1k+2 k2
[ES] k = Km
[ES] 1 k1
 Km jest zatem stałą dysocjacji

ES E + S
→


[E][S]
Km =
[ES]
ALE nie typową stałą dysocjacji, gdyż nie mamy do
czynienia ze stanem równowagi TYLKO ze „stałą
dysocjacji Michaelis-Menten (M-M)” lub dysocjacji
kompleksu ES. Oznacza to, że jeśli Km ma małą wartość
to istnieje duże powinowactwo E do S i na odwrót.
 In general

k−1 + kk cat [E]t [S]

KM = v = 2
Km + [S]
k1
Vmax = kcat [E]t
k2 - jest to liczba obrotów enzymu,
Vmax = k2[Eo], {k2[=]s-1}, k2 - kcat
Gdy k2>>k−1 wówczas
kcat – liczba
k2 x kobrotów,
1 k2/KM = k1 (szybkość
k2/K M = szybkości tworzenia
stała produktujest
reakcji enzymatycznej
k−1 + k2 ograniczona szybkością dotarcia
substratu do centrum aktywnego
SPRAWNOŚĆ
KATALITYCZNA enzymu – k1= wsp. dyfuzji )
 W warunkach fizjologicznych stężenie substratu(ów) jest(są)
bardzo małe i w związku z tym równanie M-M można rozpatrywać
następująco:

STAŁA
SZYBKOŚCI
REAKCJI TO
k2/KM
i SZYBKOŚĆ
BARDZO
ZALEŻY OD
STĘŻENIA
SUBSTRATU
[S]
RÓWNANIE M-M
 Gdy k2<< k−1 wówczas
k−1 + k2 KM odpowiada w zasadzie stałej
KM = dysocjacji kompleksu ES tym
k1 samym informuje nas o
wzajemnym powinowactwie
ENZYMU i SUBSTRATU
k2 - jest to liczba obrotów enzymu,
Vmax = k2[Eo], {k2[=]s-1}, k2 - kcat
Gdy k2>>k−1 wówczas
k22 xx k11 k2/KM = k1 (szybkość
k2/KM = reakcji enzymatycznej jest
k−1 + k2 ograniczona szybkością dotarcia
substratu do centrum aktywnego
SPRAWNOŚĆ
KATALITYCZNA enzymu – k1= wsp. dyfuzji )
RÓWNANIE MICHAELISA-MENTEN

o
o

ODWROTNOŚĆ RÓWNANIA M-M

o
o
o
o o

ZALEŻNOŚĆ LINIOWA – RÓWNANIE LINEWEAVER-BURKE

Vmax Nachylenie = KM/Vmax

1/Vmax

KM
o o

ZALEŻNOŚĆ HIPERBOLICZNA ZALEŻNOŚĆ LINIOWA

MICHAELIS-MENTEN LINEWEAVERA-BURKE
 MICHAELIS-
MENTEN

nachylenie punkt przecięcia

z osią Y
LINEWEAVER-
BURKE
 1 = Km 1 + 1
v V
max [S] Vmax

1
v Slope =
Km
Vmax

Przecięcie osi y =
1
y-intercept
Vmax

Przecięcie osi x
x-intercept =
-1 1
Km [S]
 1
Let = 0
gdy
v
Km 1 1
+ =0
Vmax [S] Vmax
1 -Vmax 1
=
[S] K m Vmax
1 -1
= = xpunkt przecięcia
− intercept z
[S] Km osią X
Zależność szybkości reakcji od stężenia
substratu – równanie Michaelisa-Menten
 Km- stała Michaelisa
• Km- stała Michaelisa jest to
takie stężenie substratu dla
którego predkość reakcji
jest równa połowie prędkości
maksymalnej

• Km jest miarą powinowactwa

enzymu do substratu
• Czym mniejsze Km tym
większe jest powinowactwo

• Km= (k1+k3)/k2
• Jednostka -mol/l
 Vmax- szybkość maksymalna
reakcji
• Vmax- szybkość
maksymalna reakcji to
najwyższa prędkość
reakcji przy danym
stężeniu enzymu

• Vmax= k3[E]= kcat[E]

 kcat- stała katalityczna, liczba
obrotów enzymu

• kcat- stała katalityczna

to ilość cząsteczek
substratu przetworzona
przez 1 mol enzymu w
ciągu 1 sekundy

• Jest miarą reaktywności

enzymu

• Vmax= k3[E]= kcat[E]

• Jednostka s-1
Jednostki aktywności enzymatycznej
U (jednostka standardowa aktywności enzymatycznej) jest to taka ilość
enzymu, która katalizuje przemianę 1 mikromola substratu w
temperaturze 30ºC w ciągu 1 minuty w warunkach optymalnych (pH, skład
buforu, przy wysyceniu enzymu substratem)
Katal- to jest to taka ilość enzymu, która katalizuje przemianę 1 mola
substratu w temperaturze 30ºC w ciągu 1 sekundy w warunkach
optymalnych (pH, skład buforu, przy wysyceniu enzymu substratem)
k3 = kkat - stała szybkości reakcji powstawania produktu, tzw. liczba
obrotów
-ilość moli produktu tworzonych w jednostce czasu (s) przez jeden mol
enzymu; jednostki odwrotności czasu s-1

Aktywność właściwa- (związana z czystością preparatu) liczba jednostek

enzymu na 1mg białka
Skuteczność- stosunek stałej katalitycznej do stałej Michaelisa Menten
 Różnice pomiędzy
katalizatorami chemicznymi a enzymami
1. Efektywność katalizy
-katalizatory chemiczne przyśpieszają reakcje rzędu 1000- 10 tyś. razy
-enzymy przyśpieszają reakcje kilkadziesiąt tysięcy do kilku miliardów
razy

2. Swoistość reakcji
- w wyniku katalizy chemicznej powstaje mieszanina
produktów trudnych do przewidzenia
- w wyniku reakcji enzymatycznej powstają określone produkty

3. Warunki reakcji
-drastyczne w przypadku katalizatorów chemicznych
-łagodne w przypadku enzymów.

4. Możliwość regulacji
-nie jest możliwa w przypadku katalizatorów chemicznych
- możliwa w przypadku enzymów
Wykorzystanie wiedzy o enzymach
w medycynie praktycznej
BADANIA BIOCHEMICZNE są STOSOWANE na
KAŻDYM ETAPIE DZIAŁALNOŚCI KLINICZNEJ
WYNIKI TESTÓW BIOCHEMICZNYCH są WYKORZYSTYWANE w:

1. 2. MONITOROWANIU
DIAGNOSTYCE LECZENIA

3. EPIDEMIOLOGII 4. PROGNOZOWNIU
 PODSTAWOWE TESTY BIOCHEMICZNE

SÓD, POTAS, CHLORKI, WODOROWĘGLANY

MOCZNIK, KREATYNINA
WAPŃ & FOSFORANY
BIAŁKO CAŁKOWITE & ALBUMINA
BILIRUBINA, GLUKOZA
TYROKSYNA & TSH
H+ , pCO2 , pO2
AMINOTRANSFERAZY: ALA & ASP (ALT, AST) E
KINAZA (FOSFO)KREATYNOWA (CK, CPK) N
-GLUTAMYL TRANSPEPTIDASE Z
AMYLAZA Y
ALKALICZNA FOSFATAZA M
DEHYDROGENAZA MLECZANOWA (LDH, LD) Y
 ENZYMY w SUROWICY KRWI
1. WYSTĘPUJĄCE NATURALNIE i PEŁNIĄCE OKREŚLONE
FUNKCJE jak np. enzymy kaskady krzepnięcia krwi (jako
proenzymy)
2. PRZYPADKOWO POJAWIAJĄCE SIĘ w wyniku
USZKODZENIA TKANEK, PROCESÓW ZAPALNYCH lub
PROLIFERACYJNYCH (łagodne przerosty, nowotwory)

POMIAR AKTYWNOŚCI (ILOŚCI) ENZYMÓW w

SUROWICY KRWI MA ISTOTNE ZNACZENIE
DIAGNOSTYCZNE
W celach diagnostycznych w płynach biologicznych
(np. surowica, mocz) oznacza się stężenie
enzymów,
takich jak:

✓ fosfataza alkaliczna i kwaśna

✓ amylaza
✓ dehydrogenaza mleczanowa
✓ kinaza (fosfo)kreatynowa (kreatynowa)
✓ acetylocholinesteraza
✓ aminotransferaza asparaginianowa i alaninowa

Stężenie enzymu wyraża się jako:

• stężenie aktywności w płynie biologicznym
(U/L lub kat/L)
• mol/L (M) - dla czystych, homogennych
roztworów enzymów
Jednostki aktywności:

➢ jednostki międzynarodowe (IU, U)

1U to aktywność wytwarzająca 1 μmol

produktu / min

➢ katale

1 kat to aktywność wytwarzająca 1 mol

produktu / s

1 kat = 6 · 107 U 1U = 16.67 nkat (10-9 kat)

 ENZYMY o ZNACZENIU DIAGNOSTYCZNYM
Enzym Lokalizacja Przyczyna podwyższonego poziomu
•Kwaśna fosfataza prostata Rak prostaty
•Aminotransferaza alaninowa wątroba (mięsień, serce, nerka) Zapalenie wątroby,
żółtaczka,
•Alkaliczna fosfataza kości, wątroba Krzywica, demineralizacja i rak kości,
niedoczynność przytarczyc, żółtaczka
mechaniczna, rak wątroby
•Amylaza trzustka Ostre zapalenie trzustki, wrzód trawienny
•Aminotransferaza serce Niedotlenienie mięśnia sercowego
asparaginianowa mięsień Uszkodzenie mięśnia
erytrocyty Anemia
wątroba Zapalenie wątroby
•Kinaza kreatynowa
CK-1 mózg, jelito
CK-2 serce Niedotlenienie mięśnia sercowego
CK-3 mięsień szkieletowy Dystrofia mięśniowa
•Transferaza γ-gltamylowa wątroba, nerka, trzustka Zapalenie wątroby, alkoholowe
uszkodzenie wątroby
•Dehydrogenaza mleczanowa
LDH1>LDH2 serce, nerka Niedotlenienie mięśnia sercowego, choroby nerek,
anemia megaloblastyczna, leukemia
LDH2, LDH3
LD5 wątroba, mięsień Choroby wątroby, choroby/uszkodzenia mięśni