Biokemija

Uvod u biokemiju

izv. prof. dr. sc. Ivica Strelec

Djelatnici na kolegiju
izv. prof. dr. sc. Ivica Strelec
Ivica.Strelec@ptfos.hr
tel: 224-342; 224-329

Tihomir Kova, mag. ing. proc., asistent

Tihomir.Kova@ptfos.hr
tel: 224-378; 224-329

Biljana Crevar, dipl. ing., tehniar

tel: 224-329
Uvod u biokemiju 2
Kako doi do informacija o
biokemiji i nastavnih materijala?

Uvod u biokemiju 3
http://www.ptfos.unios.hr/
Naini polaganja ispita iz biokemije

KONTINUIRANO
PRAENJE CJELOKUPNI ISPIT IZ
sustavom bodovanja BIOKEMIJE
- prisustvo predavanjima
- pismeni ispit
- prisustvo vjebama
- usmeni ispit
- aktivnost na vjebama
- 2 parcijalna ispita

Detalje o nainu polaganja ispita moete proitati

pod nastavnim materijalima!
Naziv dokumenta: Informacije o kolegiju Biokemija i nainu polaganja ispita

Uvod u biokemiju 4
Kontinuirano praenje

Vrsta provjere Broj Bodovi Ukupno % ocjene

Prisustvo predavanjima 60 h 0,25 15 11,1

Prisustvo vjebama 6 1 6 4,4

Aktivnost na vjebama 6 2,33 14 10,4

Parcijalni pismeni 2 50 100 74,1

Ukupno bodova 135 100 %

Uvod u biokemiju 5
Kontinuirano praenje
Min Max
Ciljevi predmeta Aktivnost koja se prati
bodova bodova
Prisustvo predavanjima 6 15
Odsluan
Prisustvo vjebama 6 6
predmet
Aktivnost na vjebama 3 14
Prisustvo predavanjima 6 15
Osloboenje od Prisustvo vjebama 6 6
pismenog dijela Aktivnost na vjebama 3 14
ispita Parcijalni ispit 1 30 50
Parcijalni ispit 2 30 50
Prisustvo predavanjima 6 15
Prisustvo vjebama 6 6
Poloen ispit Aktivnost na vjebama 3 14
Parcijalni ispit 1 45 50
Parcijalni ispit 2 45 50
Uvod u biokemiju 6
Literatura
Preporuena literatura

JM Berg, JL Tymoczko, L Stryer:

Biokemija, kolska knjiga, Zagreb 2013
L Stryer: Biokemija, kolska knjiga,
Zagreb, 1991
P Karlson: Biokemija, kolska knjiga,
Zagreb, 1993
Pisani materijali uz predavanja - dostupno
na webu pod nastavnim materijalima
Praktikum iz Biokemije, interna skripta,
PTF Osijek, 2013 dostupno na webu
pod nastavnim materijalima
Uvod u biokemiju 7
Literatura
Dodatna literatura dostupna u knjinici PTF-a
L Stryer: Biochemistry (4 Ed), W. H. Freeman and
Company, USA, 1999
T McKee, JR McKee: Biochemistry, The McGraw-Hill
Companies Inc., USA, 1996
G Zubay: Biochemistry, Wm. C. Brown Communications,
Inc., USA, 1993
CK Mathews, KE Van Holde: Biochemistry, The
Benjamin/Cummings Publishing Company, Inc., USA,
1996
D Voet, JG Voet, CW Prat: Fundamentals of
Biochemistry, John Wiley and Sons, Inc., USA, 1999

Uvod u biokemiju 8
Laboratorijske vjebe
Vjebe se odravaju u 6 termina
Za svaku vjebu potrebno se
pripremiti prouiti teoriju i
pokuse u praktikumu na poetku
svake vjebe kratka pitanja
vezana uz teoriju vjebe -
bodovanje
Za vjebe potrebno:
Laboratorijski mantil
Kalkulator
Praktikum iz biokemije
kare, ljepilo za papir

Uvod u biokemiju 9
Laboratorijske vjebe

Termin Broj vjebe u

Naziv metodske jedinice
vjebi praktikumu
1 Metode odreivanja koncentracije proteina Vjebe 1, 2 i 3
2 Metode odreivanja aktivnosti enzima Vjebe 4, 5 i 6
Pretraivanje proteinskih i enzimskih baza
3 Vjeba 7
podataka
4 Enzimska kinetika Vjebe 8, 9 i 10
Organizacija eukariotske DNA u vie
5 Vjeba 11
strukture
6 Uvod u metabolizam probava hrane Vjeba 12

Uvod u biokemiju 10
to emo danas nauiti?

Funkcionalne skupine biomolekula

Glavne vrste biomolekula
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Nekovalentne molekulske interakcije u vodenoj sredini
Graa stanica

Uvod u biokemiju 11
Funkcionalne skupine biomolekula

ivi organizmi su izgraeni od tisua razliitih vrsta

anorganskih i organskih molekula (biomolekula)!

Anorganske molekule
Voda ini 50 95 % stanine mase
Ioni (Na+, K+, Mg2+, Ca2+) oko 1 %

Organske molekule (biomolekule) ine 4 49 % stanine mase

Biomolekule su u principu izgraene od 6 osnovnih elemenata: C,
H, O, N, P, S
Veinu biomolekula moemo smatrati derivatima ugljikovodika

Uvod u biokemiju 12
Funkcionalne skupine biomolekula
Ugljikovodici su hidrofobne molekule sastavljene od
ugljika i vodika (hidrofobno = netopljivo u vodi).

Metan Etan Heksan Cikloheksan

Ukoliko na C-atom/e ugljikovodika dodamo neke druge

atome ili grupe atoma nastaju novi organski spojevi
(biomolekule) drugaijih svojstava.

Uvod u biokemiju 13
Funkcionalne skupine biomolekula
Svojstva tih novih organskih spojeva (biomolekula) odreena
su rasporedom dodanih atoma koje nazivamo funkcionalnim
skupinama.

Primjer dodatka grupe atoma na ugljikovodik dolazi do

promjene svojstava (metan je plin, metanol je tekuina)

OH

Metan Metanol

Uvod u biokemiju 14
Funkcionalne skupine biomolekula
Vrsta spoja Struktura Skupina Svojstva
Alkoholi Hidroksilna Polarna, stvara vodikove veze

Aldehidi Karbonilna Polarna, stvara vodikove veze

Ketoni Karbonilna Polarna, stvara vodikove veze

Karboksilne Slabo kisela, nosi negativan naboj kada
kiseline Karboksilna disocira
Amini Amino Slabo bazina, nosi pozitivan kada protonira

Amidi Amido Polarna, stvara vodikove veze

Tioli Tiolna Lako oksidira, stvara disulfidne veze S-S-

Esteri Esterska Polarna, nalazi se u nekim lipidima

Alkeni Alkenska Strukturni element u nekim lipidima

Uvod u biokemiju 15
Funkcionalne skupine biomolekula
Zadatak: Oznaite i imenujte funkcionalne skupine u
prikazanim biomolekulama.

Uvod u biokemiju 16
Glavne vrste biomolekula
Stanice sadre 4 glavne vrste malih molekula:
aminokiseline, eere, masne kiseline i nukleotide!

Mala molekula Polimer Opa funkcija

Aminokiseline Proteini Graevni elementi proteina

eeri Ugljikohidrati Izvor energije i graevni elementi

(monosaharidi) (polisaharidi)

Masne kiseline - Izvor energije i graevni elementi lipida

Nukleotidi DNA Genetska informacija (DNA)

RNA Sinteza proteina (RNA)

Uvod u biokemiju 17
Glavne vrste biomolekula
Aminokiseline
Aminokiseline su male organske molekule koje sadre
karboksilnu i amino skupinu.
U prirodi postoji 100-tinjak razliitih aminokiselina koje
se dijele na , ili -aminokiseline obzirom na poloaj
amino skupine u odnosu na karboksilnu skupinu.

Glutamin -alanin -aminobutirina kiselina (GABA)

Uvod u biokemiju 18
Glavne vrste biomolekula
Aminokiseline
20 standardnih -aminokiselina se ugrauje u proteine
peptidnom vezom.
Osnovna funkcija -aminokiselina je izgradnja polimernih
struktura (proteina)
Neke -aminokiseline imaju i fizioloke funkcije
(neurotransmiteri-prijenosnici ivanih signala- Gly, Glu)

Peptidna veza

Uvod u biokemiju 19
Glavne vrste biomolekula
eeri
eeri su organske molekule koji sadre karbonilnu i
hidroksilne skupine.

Glukoza Fruktoza Riboza 2-deoksiriboza

(aldoheksoza) (ketoheksoza) (aldopentoza) (aldopentoza)
Uvod u biokemiju 20
Glavne vrste biomolekula
eeri

Jednostavni eeri (monosaharidi) izgrauju sloene

eere (polisaharide) poput celuloze, amiloze i
amilopektina, glikogena.

Glavne funkcije eera su:

Graevni blokovi sloenih ugljikohidrata (polisaharida)
Izvor energije
Graevni elementi nukleinskih kiselina, glikolipida i
glikoproteina

Uvod u biokemiju 21
Glavne vrste biomolekula
Masne kiseline
Masne kiseline su monokarboksilne kiseline koje
najee sadre paran broj ugljikovih atoma (4 - 24).

Palmitinska kiselina
(zasiena, C16)

Oleinska kiselina
(nezasiena, C16)

Uvod u biokemiju 22
Glavne vrste biomolekula
Masne kiseline
Masne kiseline se u slobodnom obliku u organizmu
nalaze samo u tragovima.
U naem organizmu slue kao izvor energije.
Ugrauju se u lipide strukturni elementi su lipida.
Lipidi su netopljivi u vodi.

Triacilglicerol Fosfatidilkolin
(lipid) (fosfolipid)
Uvod u biokemiju 23
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi
Nukleotidi su sloene molekule izgraene od:
eera (deoksiriboze ili riboze)
Duine baze
Fosfatne grupe (jedne ili vie)

Adenin

Nukleotid
Adenozin-trifosfat
ATP
3 fosfatne skupine Riboza

Uvod u biokemiju 24
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi

Duine baze su
heterocikliki aromatski
prstenovi.
Postoje 2 grupe
duinih baza Adenin (A) Gvanin (G)
Bicikliki purini (A, G) Bicikliki purini
Adenin (A)
Gvanin (G)
Monocikliki pirimidini
Timin (T)
Citozin (C)
Timin (T) Citozin (C) Uracil (U)
Uracil (U)
Monocikliki pirimidini
Uvod u biokemiju 25
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi

Glavne funkcije nukleotida su:

Graevni blokovi za izgradnju nukleinskih kiselina

DNA (deoksiribonukleinske kiseline)
RNA (ribonukleinske kiseline)

Sudjeluju u brojnim biosintetskim putevima (UDP-glukoza)

Slue za pohranu energije (ATP)

Uvod u biokemiju 26
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi i nukleinske kiseline
DNA je nositelj genetske informacije
Gen je dio DNA koji kodira slijed aminokiselina u proteinu

Fosfodiesterska
veza

Dvostruka Vodikova veza

uzvojnica
Uvod u biokemiju 27
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi i nukleinske kiseline

RNA je posrednik u prijenosu genetske informacije!

Razlikuje se od DNA u nekoliko svojstava:
Jednolanana je molekula
Sadri eer ribozu
Umjesto duine baze timina (T) sadri uracil (U)

Postoje tri tipa RNA

Glasnika RNA (mRNA) nosi informaciju prepisanu sa
molekule DNA
Ribosomska RNA (rRNA) sastavni dio ribosoma (ribosomi
su organele za sintezu proteina)
Transportna RNA (tRNA) koja nosi aminokiseline

Uvod u biokemiju 28
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi i nukleinske kiseline
Prijenos genetske informacije
Transkripcija (prepisivanje)
Informacija sa molekule DNA se
prepisuje u molekulu mRNA
Translacija (prevoenje)
Molekula mRNA se vee na ribosom
Ribosom se pomie po mRNA od
poetnog (start) kodona za duinu
od tri baze (kodon)
tRNA (koja nosi specifinu
aminokiselinu) se svojim
antikodonom vee na kodon.
Aminokiseline se spajaju.
Ribosom se ponovo pomie za tri
baze.

Uvod u biokemiju 29
Glavne vrste biomolekula
Zadatak

Prikazane strukture pridruite

odreenoj grupi biomolekula!

Uvod u biokemiju 30
Kljune reakcije u biolokim sustavima

Osnovne bioloke funkcije naeg i svih ostalih ivih

organizama su:

Rast
Razvoj
Razmnoavanje (davanje potomstva)

Da bi to mogao provesti na organizam crpi hranu

(energiju) iz okoline i pretvara je u energiju i graevne
blokove potrebne za izgradnju organizma (rast i razvoj) i
reprodukciju (davanje potomstva).

Uvod u biokemiju 31
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Suma svih biokemijskih reakcija u organizmu kojima se
energija iz okoline (pohranjena u obliku makromolekula
hrane) pretvara u energiju neophodnu za odravanje i
izgradnju biomolekula organizma ini metabolizam.

Osnovne funkcije metabolizma su:

Koritenje i stvaranje energije (energija hrane ATP)
Sinteza biomolekula neophodnih za strukturu i funkcioni-
ranje stanica (proteini, ugljikohidrati, lipidi, nukleinske
kiseline)
Rast i razvoj
Uklanjanje otpadnih produkata (NH3, CO2, H2O)

Uvod u biokemiju 32
Kljune reakcije u biolokim sustavima
U organizmu se odvijaju tisue razliitih biokemijskih
reakcija koje su katalizirane djelovanjem specifinih
molekula - biokatalizatora (enzima)!

Sve te biokemijske reakcije moemo ugrubo svrstati u 5

osnovnih tipova kemijskih reakcija:

Reakcije nukleofilne supstitucije

Reakcije eliminacije
Reakcije adicije
Reakcije izomerizacije
Reakcije oksido-redukcije (redoks reakcije)

Uvod u biokemiju 33
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije nukleofilne supstitucije

U reakcijama nukleofilne supstitucije (supstitucija =

zamjena) jedan se atom ili grupa zamjenjuje drugim.

Nukleofil Elektrofil
(voli jezgru) (voli elektrone)

Nukleofili su anioni ili grupe koje sadre slobodan

elektronski par.
Elektrofili su atomi ili grupe koje su siromane u
elektronskoj gustoi (nose parcijalno pozitivan naboj).
Uvod u biokemiju 34
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije nukleofilne supstitucije

Nukleofil Elektrofil
(voli jezgru) (voli elektrone)

Glukoza Adenozin-trifosfat

Glukoza-6-fosfat Adenozin-difosfat

Uvod u biokemiju 35
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije nukleofilne supstitucije

Reakcije hidrolize su oblik nukleofilne supstitucije.

Nukleofil Elektrofil
(voli jezgru) (voli elektrone)

Uvod u biokemiju 36
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije nukleofilne supstitucije

Nukleofil
(voli jezgru)

Elektrofil
(voli elektrone)
Adenozin-trifosfat

Hidroliza ATP

Energija

Adenozin-difosfat Anorganski fosfat

Uvod u biokemiju 37
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije eliminacije

U reakcijama eliminacije (eliminacija = uklanjanje)

uklanjaju se atomi iz molekule i nastaje dvostruka veza.

dehidracija

2-fosfoglicerat Fosfoenolpiruvat
Uvod u biokemiju 38
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije adicije

U reakcijama adicije (adicija = dodavanje) dvije se

molekule kombiniraju te nastaje nova molekula.

Hidracija

Dehidracija
(eliminacija)

Uvod u biokemiju 39
Fumarat Malat
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije izomerizacije

Izomerizacija je reakcija unutarmolekularne preraspodjele

atoma ili grupa.
Izomeri su spojevi iste kemijske formule i iste molekularne mase
koji se meusobno razlikuju u rasporedu atoma unutar molekule.

Aldoza Ketoza

Uvod u biokemiju 40
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije oksido-redukcije

Oksidacija = otputanje elektrona

Redukcija = primanje elektrona

U reakcijama oksido-redukcije dolazi do prijenosa

elektrona sa elektron-donora (reducensa) na elektron-
akceptor (oksidans).
Kada elektron donor (reducens) preda svoje elektrone on
postaje oksidiran
Kada elektron akceptor (oksidans) primi elektrone on
postaje reduciran.

Uvod u biokemiju 41
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije oksido-redukcije

Postoje 2 jednostavna pravila koja moemo uporabiti za

redoks reakcije u biokemijskim reakcijama kako bismo
shvatili da li je dolo do oksidacije ili redukcije molekule:
Molekula je oksidirana ukoliko je primila kisik ili izgubila
vodik

Molekula je reducirana ukoliko je izgubila kisik ili dobila

vodik

Uvod u biokemiju 42
Kljune reakcije u biolokim sustavima
Reakcije oksido-redukcije

Molekula je oksidirana - primila kisik ili izgubila vodik

Molekula je reducirana - izgubila kisik ili primila vodik

Koja je molekula reducirana, a koja oksidirana na prikazanoj

reverzibilnoj enzimskoj reakciji pretvorbe piruvata u laktat?

Laktat
dehidrogenaza

Piruvat Laktat

Uvod u biokemiju 43
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini

Jedan od najvanijih
imbenika evolucije ivota na
zemlji je izobilje tekue vode
koja postoji na povrini
planeta Zemlje

Trudy McKee, James R. McKee:

Biochemistry,
The McGraw-Hill Companies Inc., USA,
1996

Uvod u biokemiju 44
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Kada se pojavila tekua voda na Zemlji?

Prije 13,7 milijardi godina

Nastanak svemira
Veliki prasak

Prije 4,6 milijardi godina

Kontrakcija solarne nebule
Formiranje naeg sunevog
sustava - sunca i planeta

Uvod u biokemiju 45
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Kada je nastala voda?

Prije 4,54 milijardi godina

Formiranje planeta zemlje
Protoplanet
Hadsko doba

Prije 4, 53 milijardi godina

Veliko bombardiranje
meteoritima
Sudar s Theia-om
Nastanak mjeseca

Uvod u biokemiju 46
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Kada je nastala voda?

Prije 4,5 4,2 milijardi godina

Formiranje atmosfere
Pojava vodene pare
Hlaenje zemlje

Prije 4, 2 milijardi godina

Prve kie trajale 60 000 godina
Nastanak oceana

Uvod u biokemiju 47
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Struktura molekule vode

Molekula vode je sastavljena od jednog atoma

kisika i dva atoma vodika.
Tetraedarske je strukture zbog sp3 hibridizacije
kisikova atoma.

Uvod u biokemiju 48
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Svojstva molekule vode

Kisik je elektronegativniji od vodika

(vie privlai elektrone iz kovalentne
veze sa vodikom)
Elektroni iz kovalentnih veza sa vodikom
su vie pomaknuti ka kisiku (distribucija
elektronskog oblaka je vie pomaknuta
ka kisiku)
Kisik nosi parcijalno negativan naboj -
Vodik nosi parcijalno pozitivan naboj +

Molekula vode je polarna!

Molekula vode je dipol!

Uvod u biokemiju 49
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Svojstva molekule vode

Voda stvara vodikove veze!

Parcijalno negativno nabijen kisik
(-) jedne molekule vode privlai
parcijalno pozitivno nabijen (+)
vodikov atom druge molekule
vode.
Vodikova veza nije kovalentna
veza nego je nekovalentna
molekulska interakcija!
Zbog sposobnosti stvaranja
vodikovih veza izmeu svojih
molekula, voda ima visoku
temperaturu ledita i visoku
temperaturu vrelita.
Uvod u biokemiju 50
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Svojstva molekule vode

Zbog sposobnosti stvaranja vodikovih

veza izmeu molekula vode, voda ima
visoku temperaturu ledita i visoku
temperaturu vrelita.
Temperatura Temperatura
Spoj Mm
ledita (C) vrelita (C)
CH4 16,04 -182 -164

NH3 17,03 -78 -33

H2O 18,02 0 +100

H2S 34,08 -86 -61

Uvod u biokemiju 51
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Svojstva molekule vode

Voda je polarno otapalo!

Otapa soli stvarajui hidrata-
cijski ovoj oko iona soli
(vodikova veza)!
U vodi se otapaju sve tvari koje
s vodom mogu stvoriti
vodikovu vezu!

Uvod u biokemiju 52
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Tipovi nekovalentnih molekulskih interakcija

Jakosti veza koje moemo pronai u ivim organizmima

Vrsta veze Jakost veze (kJ/mol)
Kovalentna 150-950
Nekovalentna
Elektrostatska interakcija 4-80
Vodikova veza 12-30
van der Wallsove sile 0,3-9
Hidrofobna interakcija 3-12

Uvod u biokemiju 53
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Elektrostatska interakcija (ionska interakcija)

Ionska (elektrostatska) intera-

kcija nastaje izmeu suprotno
nabijenih atoma (Na+, Cl-) ili
grupa (NH3+, COO-).
Jakost ionske interakcije (Q)
definirana je Coulombovim
zakonom
q1 q 2
Q
Dr2
q1 i q2 naboji grupa
r udaljenost izmeu grupa
D dielektrina konstanta medija

Uvod u biokemiju 54
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Elektrostatska interakcija (ionska interakcija)

Dielektrina konstanta (D)

Dielektrina
medija (otapala) je mjera Otapalo
konstanta (D)
kapaciteta medija (otapala) da
smanji privlane sile meu Voda 78,5
ionima.
Metanol 32,6
Voda ima vrlo visoku
dielektrinu kostantu (D)! Etanol 24,3
to to znai? Kako voda Aceton 20,7
djeluje na jakost ionske
Octena kiselina 6,2
interakcije?
Kako organska otapala djeluju Benezen 2,3
na jakost ionske interakcije?
q1 q 2
Q
Dr2
Uvod u biokemiju 55
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Vodikova veza

Kovalentna veza vodika sa

kisikom, duikom ili sumporom u
veini biomolekula je dovoljno
polarna da bi vodik poprimio
parcijalno pozitivan naboj (+) i Vodikova veza

bio privuen parcijalno izmeu hidroksilne

skupine alkohola i
Vodikova veza
izmeu karbonilne
vode
negativnom naboju (-) na drugoj grupe ketona i vode
Vodikova veza
izmeu karbonilne i
molekuli nastaje vodikova veza. amino skupine u
peptidu

Vodikova veza
izmeu nukleotida u
molekuli DNA

Uvod u biokemiju 56
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Van der Wallsove sile

Van der Wallsove sile su

relativno slabe kratkotrajne
elektrostatske interakcije.
Mogu biti privlane ili odbojne
to ovisi o udaljenosti atoma ili
grupa ukljuenih u interakciju.
Najjae privlane sile izmeu
molekula su pri van der
Wallsovom radijusu.
van der Wallsov radijus je
najmanja dozvoljena udaljenost
izmeu dviju molekula

Uvod u biokemiju 57
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Van der Wallsove sile

Tri su osnovna tipa van der Wallsovih

interakcija:
Dipol-dipol interakcije se pojavljuju izmeu
molekula koje sadre elektronegativni atom.
Molekule se okreu jedna prema drugoj tako da
(a) Dipol dipol interakcije
pozitivan kraj jedne molekule stupa u interakciju
sa negativnim krajem druge molekule.
Dipol-inducirani dipol interakcije. Molekula
dipol svojim nabojem utjee na drugu molekulu i
uzrokuje promjenu u razdiobi elektronskog oblaka
(inducira parcijalne naboje na drugoj molekuli) i
(b) Dipol inducirani dipol interakcije
dolazi do interakcije.
Inducirani dipol inducirani dipol interakcija.
Kretanje naboja u blizini nepolarne molekule
moe uzrokovati blagu promjenu u razdiobi
elektronskog oblaka te nastajanje kratkotrajnog
dipola. Kratkotrajni dipol polarizira susjedne
nepolarne molekule (nastaje jo jedan inducirani (c) Inducirani dipol inducirani dipol interakcije
dipol) i dolazi do interakcije.
Uvod u biokemiju 58
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Van der Wallsove sile
Van der Wallsove interakcije
inducirani dipol - inducirani dipol
nazivaju se jo i Londonovim silama!

Pozitivno nabijeni ion u blizini molekule

benzena utjee na promjenu razdiobe
naboja nastaje dipol

Primjer
van der Wallsove interakcije Inducirani dipol benzena utjee na promjenu
inducirani dipol-inducirani dipol razdiobe naboja u drugoj molekuli bezena
Uvod u biokemiju 59
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Hidrofobne interakcije

Hidrofobne interakcije nisu u

pravom smislu interakcije budui
ne nastaju zbog privlanih sila
izmeu hidrofobnih molekula.
Hidrofobne interakcije nastaju
zato to okolne molekule vode
guraju hidrofobne molekule
zajedno.
Kad se hidrofobne molekule
nau zgurane jedna uz drugu,
tada izmeu njih mogu nastati
slabe van der Wallsove
interakcije tipa inducirani dipol
inducirani dipol.

Uvod u biokemiju 60
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Hidrofobne interakcije

to se zapravo dogaa?
Kada se nepolarna (hidrofobna) molekula
doda u vodenu sredinu molekule vode oko nje
stvaraju klatrinsku (kavezastu) strukturu
Ukoliko je vie nepolarnih molekula prisutno u
vodenoj sredini, tada ih molekule vode guraju
zajedno u jednu veu kavezastu strukturu.
Zato?
Zato to je to energetski povoljnije.
Za jednu veu kavezastu strukturu potrebno je
manje molekula vode nego za svaku
pojedinanu kavezastu strukturu!
to je vie molekula vode slobodno vea je
entropija sustava!

Uvod u biokemiju 61
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Hidrofobne interakcije

Shematski prikaz hidrofobne interakcije

1 1 6
4 2
5 2

3 5
11 3

6 8
10 4

7 9

Uvod u biokemiju 62
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
ZADATAK

Na prikazanim strukturama biomolekula oznaite parcijalne

naboje na atomima koji sudjeluju u stvaranju vodikove veze.

Uvod u biokemiju 63
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
ZADATAK

Koje od prikazanih molekula mogu stvarati vodikove

veze sa molekulom poput vode?

Uvod u biokemiju 64
Graa stanica
Sve ive stanice se mogu ugrubo svrstati u dvije kategorije:
prokariotske i eukariotske.
Glavna razlika izmeu prokariotskih i eukariotskih stanica je u
tome to prokariotske stanice ne sadre jezgru.

Svojstvo Prokariotske stanice Eukariotske stanice

Veliina d = 0,2 5 m d = 10-50 m (veina)

Organele Nema Ima
Smjetena u jezgri,
Slobodna u citoplazmi kao
Lokalizacija DNA kondenzirana s proteinima
nukleoid
u kromosome

Detaljnije o grai stanica moete pronai u popratnim materijalima!

Uvod u biokemiju 65
Graa stanica
Prokariotske stanice

Uvod u biokemiju 66
Graa stanica
Eukariotske animalne stanice

Uvod u biokemiju 67
Graa stanica
Eukariotske biljne stanice

Uvod u biokemiju 68
Graa stanica
Stanina membrana

Stanina membrana
je fosfolipidni dvosloj
koji titi unutranjost
stanice od okoline. Uvod u biokemiju 69
Graa stanica
Stanina membrana

Stanina membrana je visoko selektivna

polupropusna barijera koja kontrolira ulazak i
izlazak molekula u stanicu ili izvan stanice.
Uvod u biokemiju 70
Graa stanica
Jezgra i jezgrica
Jezgra je organela. U jezgri je sadrana nasljedna informacija stanice, DNA,
odvojena od ostatka stanice jezgrinom membranom!

Jezgrica je gusta
nakupina rRNA i
proteina za sintezu
rRNA.

Uvod u biokemiju 71
Graa stanica
Endoplazmatski retikulum
Endoplazmatski retikulum (ER) je opsean sustav meusobno
povezanih membranskih kanala, mjeinica i velikih spljotenih
vreica nastao viestrukim uvijanjem membrane.

Uvod u biokemiju 72
Graa stanica
Endoplazmatski retikulum
Postoje 2 osnovna tipa
ER-a:

Hrapavi ER (RER) vezani

ribosomi biosinteza proteina
procesiranje (obrada) u ER
umatanje, modifikacije proteina

Glatki ER (SER) biosinteza

lipida

Uvod u biokemiju 73
Graa stanica
Golgijev aparat, vezikule
Golgijev aparat je nakupina relativno velikih, spoljtenih,
vreastih mjeinica. Svaka je od tih spljotenih mjeinica
(cisterni) odvojena membranom od druge spljotene mjeinice .

Primarna uloga daljnja

modifikacija i sortiranje
proteina i lipida iz ER-a, te
odailjanje u druge
organele ili izvan stanice.

Proteini i lipidi iz ER-a

dolaze vezikularnim
transportom.
Uvod u biokemiju 74
Graa stanica
Egzocitoza

Egzocitoza je proces
izvanstaninog izluivanja
(sekrecije) molekula!
Uvod u biokemiju 75
Graa stanica
Lizosomi i endocitoza

Endocitoza je proces staninog

gutanja molekula!
Uvod u biokemiju 76
Graa stanica
Mitohondriji
Mitohondriji su organele. To su stanine elektrane koje oksidiraju
ugljikohidrate, lipide i aminokiseline. Energija osloboena oksidacijom
molekula pohranjuje se u obliku energetske valute stanice ATP-a.

Uvod u biokemiju 77
Graa stanica
Kloroplasti
Kloroplasti su organele u kojima se provodi pretvorba svjetlosne u
kemijsku energiju procesom fotosinteze.

Uvod u biokemiju 78
Graa stanica
Citoskelet

Stanini citoskelet je
trodimenzionalna mrea
proteinskih vlakana koja
stanici daje mehaniku
vrstou!

Filmi put kroz stanicu

Uvod u biokemiju 79
Graa stanica
Izvanstanini matriks

Izvanstanini matriks
je ljepljiva elatinozna
masa sastavljena od
proteina i
ugljikohidrata koja
povezuje stanice u
tkiva.

Uvod u biokemiju 80