Biokemija

Uvod u biokemiju

Dr. sc. Ivica Strelec, docent

 Biokemija
Biokemija je znanost o
molekulskim temeljima
života!
Kontinuirano praćenje nastave, način
polaganja ispita i formiranja ocjene

Vrste provjere Broj Bodovi Ukupno % ocjene

Parcijalni pismeni 4 25 100 66,7

Domaća zadaća 4 5 20 13,3

Prisustvo predavanjima 12(15) 1 12 8

Laboratorijske vježbe 6 1 6 4

Rad na vježbama 6 2 12 8

Ukupno bodova 150 100 %

Uvod u biokemiju 3
Kontinuirano praćenje nastave, način
polaganja ispita i formiranja ocjene

Ciljevi Vrsta provjere Bodovi

Prisustvovanje nastavi 6
Odslušan predmet Prisustvo vježbama 6
Aktivnost na vježbama 3
Prisustvovanje nastavi 6
Domaća zadaća 8
Oslobođenje od pismenog
Prisustvo vježbama 6
dijela ispita
Aktivnost na vježbama 6
Parcijalni ispiti 52
Prisustvovanje nastavi 6
Domaća zadaća 8
Položen ispit Prisustvo vježbama 6
Aktivnost na vježbama 6
Parcijalni ispiti 72

Uvod u biokemiju 4
Literatura
 Preporučena literatura
 Lubert Stryer: Biokemija, Školska knjiga,
Zagreb, 1991
 Lubert Stryer: Biochemistry (4 Ed), W. H.
Freeman and Company, USA, 1999
 Peter Karlson: Biokemija, Školska knjiga,
Zagreb, 1993
 Trudy McKee, James R. McKee:
Biochemistry, The McGraw-Hill
Companies Inc., USA, 1996
 Praktikum iz Biokemije, interna skripta,
PTF Osijek, 2009 – dostupno na webu
Uvod u biokemiju 5
Literatura

 Dodatna literatura dostupna u knjižnici PTF-a

 Geoffrey Zubay: Biochemistry, Wm. C. Brown
Communications, Inc., USA, 1993
 Christopher K. Mathews, K. E. Van Holde: Biochemistry,
The Benjamin/Cummings Publishing Company, Inc., USA,
1996
 Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Prat:
Fundamentals of Biochemistry, John Wiley and Sons, Inc.,
USA, 1999

Uvod u biokemiju 6
Laboratorijske vježbe
 Vježbe se održavaju u 6 termina
 Za svaku pojedinu vježbu treba se
pripremiti – proučiti pokuse u
praktikumu

 Za vježbe potrebno:
 Laboratorijski mantil
 Kalkulator
 Radni listovi iz biokemije
 Praktikum iz biokemije
 Škare, ljepilo za papir

Uvod u biokemiju 7
Što ćemo danas naučiti?

Funkcionalne skupine biomolekula

 Glavne vrste biomolekula
 Ključne reakcije u biološkim sustavima
 Nekovalentne molekulske interakcije u vodenoj sredini
 Struktura i građa stanica

Uvod u biokemiju 8
Funkcionalne skupine biomolekula

 Živi organizmi su izgrađeni od tisuća različitih vrsta

anorganskih i organskih molekula (biomolekula)!

 Anorganske molekule
 Voda čini 50 – 95 % stanične mase
 Ioni (Na+, K+, Mg2+, Ca2+) oko 1 %

 Organske molekule (biomolekule) čine 4 – 49 % stanične mase

 Biomolekule su u principu izgrađene od 6 osnovnih elemenata: C,
H, O, N, P, S
 Većinu biomolekula možemo smatrati derivatima ugljikovodika

Uvod u biokemiju 9
Funkcionalne skupine biomolekula
 Ugljikovodici su hidrofobne molekule sastavljene od
ugljika i vodika (hidrofobno = netopljivo u vodi).

Metan Etan Heksan Cikloheksan

 Ukoliko na C-atom/e ugljikovodika dodamo neke druge

atome ili grupe atoma nastaju novi organski spojevi
(biomolekule) drugačijih svojstava.

Uvod u biokemiju 10
Funkcionalne skupine biomolekula
 Svojstva tih novih organskih spojeva (biomolekula) određena
su rasporedom dodanih atoma koje nazivamo funkcionalnim
skupinama.

Primjer dodatka grupe atoma na ugljikovodik – dolazi do

promjene svojstava (metan je plin, metanol je tekućina)

OH

Metan Metanol

Uvod u biokemiju 11
Funkcionalne skupine biomolekula
Vrsta spoja Struktura Skupina Svojstva
Alkoholi Hidroksilna Polarna, stvara vodikove veze

Aldehidi Karbonilna Polarna, stvara vodikove veze

Ketoni Karbonilna Polarna, stvara vodikove veze

Karboksilne Slabo kisela, nosi negativan naboj kada
kiseline Karboksilna disocira
Amini Amino Slabo bazična, nosi pozitivan kada protonira

Amidi Amido Polarna, stvara vodikove veze

Tioli Tiolna Lako oksidira, stvara disulfidne veze –S-S-

Esteri Esterska Polarna, nalazi se u nekim lipidima

Alkeni Alkenska Strukturni element u nekim lipidima

Uvod u biokemiju 12
Funkcionalne skupine biomolekula
 Zadatak: Označite i imenujte funkcionalne skupine u
prikazanim biomolekulama.

Uvod u biokemiju 13
Glavne vrste biomolekula
 Stanice sadrže 4 glavne vrste biomolekula:
aminokiseline, šećere, masne kiseline i nukleotide!

Biomolekule Polimer Opća funkcija biomolekule

Aminokiseline Proteini Građevni elementi proteina

Šećeri Ugljikohidrati Izvor energije i građevni elementi

(monosaharidi) (polisaharidi)

Masne kiseline - Izvor energije i građevni elementi lipida

Nukleotidi DNA Genetska informacija (DNA)

RNA Sinteza proteina (RNA)

Uvod u biokemiju 14
Glavne vrste biomolekula
Aminokiseline
 Aminokiseline su male organske molekule (biomolekule)
koje sadrže karboksilnu i amino skupinu.
 U prirodi postoji 100-tinjak različitih aminokiselina koje
se dijele na ,  ili -aminokiseline obzirom na položaj
amino skupine u odnosu na karboksilnu skupinu.

    

Glutamin ß-alanin  -aminobutirična kiselina (GABA)

Uvod u biokemiju 15
Glavne vrste biomolekula
Aminokiseline
 20 standardnih -aminokiselina se ugrađuje u proteine
peptidnom vezom.
 Osnovna funkcija -aminokiselina je izgradnja polimernih
struktura (proteina)
 Neke -aminokiseline imaju i fiziološke funkcije
(neurotransmiteri-prijenosnici živčanih signala- Gly, Glu)

Peptidna veza

Uvod u biokemiju 16
Glavne vrste biomolekula
Šećeri
 Šećeri su organske molekule koji sadrže karbonilnu i
hidroksilne skupine.

Glukoza Fruktoza Riboza 2-deoksiriboza

(aldoheksoza) (ketoheksoza) (aldopentoza) (aldoheksoza)
Uvod u biokemiju 17
Glavne vrste biomolekula
Šećeri

 Jednostavni šećeri (monosaharidi) izgrađuju složene

šećere (polisaharide) poput celuloze, amiloze i
amilopektina, glikogena.

 Glavne funkcije šećera su:

 Građevni blokovi složenih ugljikohidrata (polisaharida)
 Izvor energije
 Građevni elementi nukleinskih kiselina, glikolipida i
glikoproteina

Uvod u biokemiju 18
Glavne vrste biomolekula
Masne kiseline
 Masne kiseline su monokarboksilne kiseline koje
najčešće sadrže paran broj ugljikovih atoma (4 - 24).

Palmitinska kiselina
(zasićena, C16)

Oleinska kiselina
(nezasićena, C16)

Uvod u biokemiju 19
Glavne vrste biomolekula
Masne kiseline
 Masne kiseline se u slobodnom obliku u organizmu
nalaze samo u tragovima.
 U našem organizmu služe kao izvor energije.
 Ugrađuju se u lipide – strukturni elementi su lipida.
 Lipidi su netopljivi u vodi.

Triacilglicerol Fosfatidilkolin
(lipid) (fosfolipid)
Uvod u biokemiju 20
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi
 Nukleotidi su složene molekule izgrađene od:
 Šećera (deoksiriboze ili riboze)
 Dušične baze
 Fosfatne grupe (jedne ili više)

Adenin

Nukleotid
Adenozin-trifosfat
ATP
3 fosfatne skupine Riboza

Uvod u biokemiju 21
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi
 Dušične baze su
heterociklički aromatski
prstenovi.
 Postoje 2 grupe
dušičnih baza Adenin (A) Gvanin (G)
 Biciklički purini (A, G) Biciklički purini
 Adenin (A)
 Gvanin (G)
 Monociklički pirimidini
 Timin (T)
 Citozin (C) Timin (T) Citozin (C) Uracil (U)
 Uracil (U)
Monociklički pirimidini
Uvod u biokemiju 22
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi

 Glavne funkcije nukleotida su:

 Građevni blokovi za izgradnju nukleinskih kiselina

 DNA (deoksiribonukleinske kiseline)
 RNA (ribonukleinske kiseline)

 Sudjeluju u brojnim biosintetskim putevima (UDP-glukoza)

 Služe za pohranu energije (ATP)

Uvod u biokemiju 23
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi i nukleinske kiseline
 DNA je nositelj genetske informacije
 Gen je dio DNA koji kodira slijed aminokiselina u proteinu

Fosfodiesterska
veza

Dvostruka Vodikova veza

uzvojnica
Uvod u biokemiju 24
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi i nukleinske kiseline

 RNA je posrednik u prijenosu genetske informacije!

 Razlikuje se od DNA u nekoliko svojstava:
 Jednolančana je molekula
 Sadrži šećer ribozu
 Umjesto dušične baze timina (T) sadrži uracil (U)

 Postoje tri tipa RNA

 Glasnička RNA (mRNA) nosi informaciju prepisanu sa
molekule DNA
 Ribosomska RNA (rRNA) sastavni dio ribosoma (ribosomi
su organele za sintezu proteina)
 Transportna RNA (tRNA) koja nosi aminokiseline

Uvod u biokemiju 25
Glavne vrste biomolekula
Nukleotidi i nukleinske kiseline
Prijenos genetske informacije
 Transkripcija (prepisivanje)
 Informacija sa molekule DNA se
prepisuje u molekulu mRNA
 Translacija (prevođenje)
 Molekula mRNA se veže na ribosom
 Ribosom se pomiče po mRNA od
početnog (start) kodona za dužinu
od tri baze (kodon)
 tRNA (koja nosi specifičnu
aminokiselinu) se svojim
antikodonom veže na kodon.
Aminokiseline se spajaju.
 Ribosom se ponovo pomiče za tri
baze.

Uvod u biokemiju 26
Glavne vrste biomolekula
Zadatak

Prikazane strukture pridružite

određenoj grupi biomolekula!

Uvod u biokemiju 27
Ključne reakcije u biološkim sustavima

 Osnovne biološke funkcije našeg i svih ostalih živih

organizama su:

 Rast
 Razvoj
 Razmnožavanje (davanje potomstva)

 Da bi to mogao provesti naš organizam crpi hranu

(energiju) iz okoline i pretvara je u energiju i građevne
blokove potrebne za izgradnju organizma (rast i razvoj) i
reprodukciju (davanje potomstva).

Uvod u biokemiju 28
Ključne reakcije u biološkim sustavima
 Suma svih biokemijskih reakcija u organizmu kojima se
energija iz okoline (pohranjena u obliku makromolekula
hrane) pretvara u energiju neophodnu za održavanje i
izgradnju biomolekula organizma čini metabolizam.

 Osnovne funkcije metabolizma su:

 Korištenje i stvaranje energije (energija hrane  ATP)
 Sinteza biomolekula neophodnih za strukturu i funkcioni-
ranje stanica (proteini, ugljikohidrati, lipidi, nukleinske
kiseline)
 Rast i razvoj
 Uklanjanje otpadnih produkata (NH3, CO2, H2O)

Uvod u biokemiju 29
Ključne reakcije u biološkim sustavima
 U organizmu se odvijaju tisuće različitih biokemijskih
reakcija koje su katalizirane djelovanjem specifičnih
molekula - biokatalizatora (enzima)!

 Sve te biokemijske reakcije možemo ugrubo svrstati u 5

osnovnih tipova kemijskih reakcija:

 Reakcije nukleofilne supstitucije

 Reakcije eliminacije
 Reakcije adicije
 Reakcije izomerizacije
 Reakcije oksido-redukcije (redoks reakcije)

Uvod u biokemiju 30
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije nukleofilne supstitucije

 U reakcijama nukleofilne supstitucije (supstitucija =

zamjena) jedan se atom ili grupa zamjenjuje drugim.

Nukleofil Elektrofil
(voli jezgru) (voli elektrone)

 Nukleofili su anioni ili grupe koje sadrže slobodan

elektronski par.
 Elektrofili su atomi ili grupe koje su siromašne u
elektronskoj gustoći (nose parcijalno pozitivan naboj).
Uvod u biokemiju 31
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije nukleofilne supstitucije

Nukleofil Elektrofil
(voli jezgru) (voli elektrone)

Glukoza Adenozin-trifosfat

Glukoza-6-fosfat Adenozin-difosfat

Uvod u biokemiju 32
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije nukleofilne supstitucije
 Reakcije hidrolize su oblik nukleofilne supstitucije.

Nukleofil Elektrofil
(voli jezgru) (voli elektrone)

Uvod u biokemiju 33
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije nukleofilne supstitucije

Nukleofil
(voli jezgru)

Elektrofil
(voli elektrone)
Adenozin-trifosfat

Hidroliza ATP

Energija

Adenozin-difosfat Anorganski fosfat

Uvod u biokemiju 34
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije eliminacije

 U reakcijama eliminacije (eliminacija = uklanjanje)

uklanjaju se atomi iz molekule i nastaje dvostruka veza.

dehidracija

2-fosfoglicerat Fosfoenolpiruvat
Uvod u biokemiju 35
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije adicije

 U reakcijama adicije (adicija = dodavanje) dvije se

molekule kombiniraju te nastaje nova molekula.

Hidracija

Dehidracija
(eliminacija)

Uvod u biokemiju 36
Fumarat Malat
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije izomerizacije

 Izomerizacija je reakcija unutarmolekularne preraspodjele

atoma ili grupa.
 Izomeri su spojevi iste kemijske formule i iste molekularne mase
koji se međusobno razlikuju u rasporedu atoma unutar molekule.

Aldoza Ketoza

Uvod u biokemiju 37
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije oksido-redukcije

 Oksidacija = otpuštanje elektrona

 Redukcija = primanje elektrona

 U reakcijama oksido-redukcije dolazi do prijenosa

elektrona sa elektron-donora (reducensa) na elektron-
akceptor (oksidans).
 Kada elektron donor (reducens) preda svoje elektrone on
postaje oksidiran
 Kada elektron akceptor (oksidans) primi elektrone on
postaje reduciran.

Uvod u biokemiju 38
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije oksido-redukcije

 Postoje 2 jednostavna pravila koja možemo uporabiti za

redoks reakcije u biokemijskim reakcijama kako bismo
shvatili da li je došlo do oksidacije ili redukcije molekule:
 Molekula je oksidirana ukoliko je primila kisik ili izgubila
vodik

 Molekula je reducirana ukoliko je izgubila kisik ili dobila

vodik

Uvod u biokemiju 39
Ključne reakcije u biološkim sustavima
Reakcije oksido-redukcije
 Molekula je oksidirana - primila kisik ili izgubila vodik
 Molekula je reducirana - izgubila kisik ili primila vodik

 Koja je molekula reducirana, a koja oksidirana na prikazanoj

reverzibilnoj enzimskoj reakciji pretvorbe piruvata u laktat?

Laktat
dehidrogenaza

Piruvat Laktat

Uvod u biokemiju 40
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini

“Jedan od najvažnijih
čimbenika evolucije života na
zemlji je izobilje tekuće vode
koja postoji na površini
planeta Zemlje”

Trudy McKee, James R. McKee:

Biochemistry,
The McGraw-Hill Companies Inc., USA,
1996

Uvod u biokemiju 41
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Kada se pojavila tekuća voda na Zemlji?

Prije 13,7 milijardi godina

Nastanak svemira
Veliki prasak

Prije 4,6 milijardi godina

Kontrakcija solarne nebule
Formiranje našeg sunčevog
sustava - sunca i planeta

Uvod u biokemiju 42
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Kada je nastala voda?

Prije 4,54 milijardi godina

Formiranje planeta zemlje
Protoplanet
Hadsko doba

Prije 4, 53 milijardi godina

Veliko bombardiranje
meteoritima
Sudar s Theia-om
Nastanak mjeseca

Uvod u biokemiju 43
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Kada je nastala voda?

Prije 4,5 – 4,2 milijardi godina

Formiranje atmosfere
Pojava vodene pare
Hlađenje zemlje

Prije 4, 2 milijardi godina

Prve kiše trajale 60 000 godina
Nastanak oceana

Uvod u biokemiju 44
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Struktura molekule vode

 Molekula vode je sastavljena od jednog atoma

kisika i dva atoma vodika.
 Tetraedarske je strukture zbog sp3 hibridizacije
kisikova atoma.

Uvod u biokemiju 45
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Svojstva molekule vode

 Kisik je elektronegativniji od vodika

(više privlači elektrone iz kovalentne
veze sa vodikom)
 Elektroni iz kovalentnih veza sa vodikom
su više pomaknuti ka kisiku (distribucija
elektronskog oblaka je više pomaknuta
ka kisiku)
 Kisik nosi parcijalno negativan naboj -
 Vodik nosi parcijalno pozitivan naboj +

 Molekula vode je polarna!

 Molekula vode je dipol!

Uvod u biokemiju 46
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Svojstva molekule vode

 Voda stvara vodikove veze!

 Parcijalno negativno nabijen kisik
(-) jedne molekule vode privlači
parcijalno pozitivno nabijen (+)
vodikov atom druge molekule
vode.
 Vodikova veza nije kovalentna
veza nego je nekovalentna
molekulska interakcija!
 Zbog sposobnosti stvaranja
vodikovih veza između svojih
molekula, voda ima visoku
temperaturu ledišta i visoku
temperaturu vrelišta.
Uvod u biokemiju 47
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Svojstva molekule vode

 Zbog sposobnosti stvaranja vodikovih

veza između molekula vode, voda ima
visoku temperaturu ledišta i visoku
temperaturu vrelišta.
Temperatura Temperatura
Spoj Mm
ledišta (°C) vrelišta (°C)
CH4 16,04 -182 -164

NH3 17,03 -78 -33

H2O 18,02 0 +100

H2S 34,08 -86 -61

Uvod u biokemiju 48
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Svojstva molekule vode

 Voda je polarno otapalo!

 Otapa soli stvarajući hidrata-
cijski ovoj oko iona soli
(vodikova veza)!
 U vodi se otapaju sve tvari koje
s vodom mogu stvoriti
vodikovu vezu!

Uvod u biokemiju 49
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Tipovi nekovalentnih molekulskih interakcija

Jakosti veza koje možemo pronaći u živim organizmima

Vrsta veze Jakost veze (kJ/mol)
Kovalentna 150-950
Nekovalentna
Elektrostatska interakcija 4-80
Vodikova veza 12-30
van der Wallsove sile 0,3-9
Hidrofobna interakcija 3-12

Uvod u biokemiju 50
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Elektrostatska interakcija (ionska interakcija)

 Ionska (elektrostatska) intera-

kcija nastaje između suprotno
nabijenih atoma (Na+, Cl-) ili
grupa (NH3+, COO-).
 Jakost ionske interakcije (Q)
definirana je Coulombovim
zakonom
q1  q 2
Q
Dr2
q1 i q2 – naboji grupa
r – udaljenost između grupa
D – dielektrična konstanta medija

Uvod u biokemiju 51
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Elektrostatska interakcija (ionska interakcija)

 Dielektrična konstanta (D)

Dielektrična
medija (otapala) je mjera Otapalo
konstanta (D)
kapaciteta medija (otapala) da
smanji privlačne sile među Voda 78,5
ionima.
Metanol 32,6
 Voda ima vrlo visoku
Etanol 24,3
dielektričnu kostantu (D)!
 Što to znači? Kako voda Aceton 20,7
djeluje na jakost ionske
Octena kiselina 6,2
interakcije?
 Kako organska otapala djeluju Benezen 2,3
na jakost ionske interakcije?
q1  q 2
Q
D r2
Uvod u biokemiju 52
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Vodikova veza

 Kovalentna veza vodika sa

kisikom, dušikom ili sumporom u
većini biomolekula je dovoljno
polarna da bi vodik poprimio
parcijalno pozitivan naboj (+) i bio Vodikova veza
privučen parcijalno negativnom između hidroksilne
skupine alkohola i
Vodikova veza
između karbonilne
naboju (-) na drugoj molekuli – vode grupe ketona i vode
Vodikova veza
između karbonilne i
nastaje vodikova veza. amino skupine u
peptidu

Vodikova veza
između nukleotida u
molekuli DNA

Uvod u biokemiju 53
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Van der Wallsove sile

 Van der Wallsove sile su

relativno slabe kratkotrajne
elektrostatske interakcije.
 Mogu biti privlačne ili odbojne
što ovisi o udaljenosti atoma ili
grupa uključenih u interakciju.
 Najjače privlačne sile između
molekula su pri van der
Wallsovom radijusu.
 van der Wallsov radijus je
najmanja dozvoljena udaljenost
između dviju molekula

Uvod u biokemiju 54
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Van der Wallsove sile

 Tri su osnovna tipa van der Wallsovih

interakcija:
 Dipol-dipol interakcije se pojavljuju između
molekula koje sadrže elektronegativni atom.
Molekule se okreću jedna prema drugoj tako da
(a) Dipol – dipol interakcije
pozitivan kraj jedne molekule stupa u interakciju
sa negativnim krajem druge molekule.
 Dipol-inducirani dipol interakcije. Molekula
dipol svojim nabojem utječe na drugu molekulu i
uzrokuje promjenu u razdiobi elektronskog oblaka
(inducira parcijalne naboje na drugoj molekuli) i
(b) Dipol – inducirani dipol interakcije
dolazi do interakcije.
 Inducirani dipol – inducirani dipol interakcija.
Kretanje naboja u blizini nepolarne molekule
može uzrokovati blagu promjenu u razdiobi
elektronskog oblaka te nastajanje kratkotrajnog
dipola. Kratkotrajni dipol polarizira susjedne
nepolarne molekule (nastaje još jedan inducirani (c) Inducirani dipol – inducirani dipol interakcije
dipol) i dolazi do interakcije.
Uvod u biokemiju 55
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Van der Wallsove sile
Van der Wallsove interakcije
inducirani dipol - inducirani dipol
nazivaju se još i Londonovim silama!

Pozitivno nabijeni ion u blizini molekule

benzena utječe na promjenu razdiobe
naboja – nastaje dipol

Primjer
van der Wallsove interakcije Inducirani dipol benzena utječe na promjenu
inducirani dipol-inducirani dipol razdiobe naboja u drugoj molekuli bezena
Uvod u biokemiju 56
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Hidrofobne interakcije

 Hidrofobne interakcije nisu u

pravom smislu interakcije budući
ne nastaju zbog privlačnih sila
između hidrofobnih molekula.
 Hidrofobne interakcije nastaju
zato što okolne molekule vode
“guraju” hidrofobne molekule
zajedno.
 Kad se hidrofobne molekule
nađu zgurane jedna uz drugu,
tada između njih mogu nastati
slabe van der Wallsove
interakcije tipa inducirani dipol –
inducirani dipol.

Uvod u biokemiju 57
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Hidrofobne interakcije

Što se zapravo događa?

 Kada se nepolarna (hidrofobna) molekula
doda u vodenu sredinu molekule vode oko nje
stvaraju klatrinsku (kavezastu) strukturu
 Ukoliko je više nepolarnih molekula prisutno u
vodenoj sredini, tada ih molekule vode guraju
zajedno u jednu veću kavezastu strukturu.
Zašto?
 Zato što je to energetski povoljnije.
 Za jednu veću kavezastu strukturu potrebno je
manje molekula vode nego za svaku
pojedinačnu kavezastu strukturu!
 Što je više molekula vode slobodno veća je
entropija sustava!

Uvod u biokemiju 58
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
Hidrofobne interakcije

Shematski prikaz hidrofobne interakcije

1 1 6
4 2
5 2

3 5
11 3
8
6 10 4

7 9

Uvod u biokemiju 59
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
ZADATAK

 Na prikazanim strukturama biomolekula označite parcijalne

naboje na atomima koji sudjeluju u stvaranju vodikove veze.

Uvod u biokemiju 60
Nekovalentne molekulske interakcije u
vodenoj sredini
ZADATAK

 Koje od prikazanih molekula mogu stvarati vodikove

veze sa molekulom poput vode?

Uvod u biokemiju 61
Struktura i građa stanica
 Sve žive stanice se mogu ugrubo svrstati u dvije kategorije:
prokariotske i eukariotske.
 Glavna razlika između prokariotskih i eukariotskih stanica je u
tome što prokariotske stanice ne sadrže jezgru.

Svojstvo Prokariotske stanice Eukariotske stanice

Veličina d = 0,2 – 5 µm d = 10-50 µm (većina)

Organele Nema Ima
Smještena u jezgri,
Slobodna u citoplazmi kao
Lokalizacija DNA kondenzirana s proteinima
nukleoid
u kromosome

Detaljnije o strukturi i građi stanica možete pronaći u popratnim materijalima!

Uvod u biokemiju 62
Struktura i građa stanica
Prokariotske stanice

Uvod u biokemiju 63
Struktura i građa stanica
Eukariotske animalne stanice

Uvod u biokemiju 64
Struktura i građa stanica
Eukariotske biljne stanice

Uvod u biokemiju 65
Struktura i građa stanica
Stanična membrana

Stanična membrana
je fosfolipidni dvosloj
koji štiti unutrašnjost
stanice od okoline. Uvod u biokemiju 66
Struktura i građa stanica
Stanična membrana

Stanična membrana je visoko selektivna

polupropusna barijera koja kontrolira ulazak i
izlazak molekula u stanicu ili izvan stanice.
Uvod u biokemiju 67
Struktura i građa stanica
Jezgra i jezgrica
 Jezgra je organela. U jezgri je sadržana nasljedna informacija stanice, DNA,
odvojena od ostatka stanice jezgrinom membranom!

Jezgrica je gusta
nakupina rRNA i
proteina za sintezu
rRNA.

Uvod u biokemiju 68
Struktura i građa stanica
Endoplazmatski retikulum
 Endoplazmatski retikulum (ER) je opsežan sustav međusobno
povezanih membranskih kanala, mješinica i velikih spljoštenih
vrećica nastao višestrukim uvijanjem membrane.

Uvod u biokemiju 69
Struktura i građa stanica
Endoplazmatski retikulum
 Postoje 2 osnovna tipa
ER-a:

 Hrapavi ER (RER) – vezani

ribosomi – biosinteza proteina
– procesiranje (obrada) u ER –
umatanje, modifikacije proteina

 Glatki ER (SER) – biosinteza

lipida

Uvod u biokemiju 70
Struktura i građa stanica
Golgijev aparat, vezikule
 Golgijev aparat je nakupina relativno velikih, spoljštenih,
vrećastih mješinica. Svaka je od tih spljoštenih mješinica
(cisterni) odvojena membranom od druge spljoštene mješinice .

Primarna uloga – daljnja

modifikacija i sortiranje
proteina i lipida iz ER-a, te
odašiljanje u druge
organele ili izvan stanice.

Proteini i lipidi iz ER-a

dolaze vezikularnim
transportom.
Uvod u biokemiju 71
Struktura i građa
stanica
Egzocitoza

Egzocitoza je proces
izvanstaničnog izlučivanja
(sekrecije) molekula!
Uvod u biokemiju 72
Struktura i građa
stanica
Lizosomi i endocitoza

Endocitoza je proces staničnog

gutanja molekula!
Uvod u biokemiju 73
Struktura i građa stanica
Mitohondriji
 Mitohondriji su organele. To su stanične elektrane koje oksidiraju
ugljikohidrate, lipide i aminokiseline. Energija oslobođena oksidacijom
molekula pohranjuje se u obliku energetske valute stanice – ATP-a.

Uvod u biokemiju 74
Struktura i građa stanica
Kloroplasti
 Kloroplasti su organele u kojima se provodi pretvorba svjetlosne u
kemijsku energiju procesom fotosinteze.

Uvod u biokemiju 75
Struktura i građa stanica
Citoskelet

Stanični citoskelet je
trodimenzionalna mreža
proteinskih vlakana koja
stanici daje mehaničku
čvrstoću!

Filmić – put kroz stanicu

Uvod u biokemiju 76
Struktura i građa stanica
Izvanstanični matriks

Izvanstanični matriks
je ljepljiva želatinozna
masa sastavljena od
proteina i
ugljikohidrata koja
povezuje stanice u
tkiva.

Uvod u biokemiju 77