Міністерство освіти і науки України

Національний технічний університет

«Харківський політехнічний інститут»
Кафедра біотехнології,
біофізики та аналітичної хімії

«Нові способи
біодеградації
антропогенних хімікатів»
Виконав студент групи: ХТ-419б
Мясоєдов Роман Сергійович
Перевірила
Проф. Близнюк О. М.

Харків 2023р.
 ПЛАН
Вступ
1. Поняття про біодеградацію антропогенних хімікатів
2. Залучення різнорідних ферментів для виконання нових
функцій біодеградації
3. Залучення кількох ферментів для виконання нових
функцій біодеградації
4. Фактори, що впливають на ефективність біодеградації
5. Стратегії покращення існуючих шляхів біодеградації
6. Стратегії для розробки нових шляхів біодеградації
7. Завдання для майбутніх дослідів біодеградації
 ВСТУП
Антропогенні сполуки, що використовуються як пестициди, та розчинники,
часто зберігаються в навколишньому середовищі і можуть викликати
токсичність для людей та дикої природи. Стійкість антропогенних сполук
обумовлена їх недавнім потраплянням в навколишнє середовище; у мікробів
в грунті і воді було відносно мало часу, щоб виробити ефективні механізми
розкладання цих нових сполук.
Деякі антропогенні сполуки легко розкладаються, тоді як інші розкладаються
дуже повільно або лише частково, що призводить до накопичення токсичних
продуктів. Ця доповідь буде про те, як мікроби створюють нові шляхи для
детоксикації або розкладання антропогенних сполук і як ефективність
біодеградації може бути підвищена шляхом оптимізації природних шляхів і
об'єднання нових шляхів з використанням ферментів з різних організмів
 Поняття про біодеградацію
антропогенних хімікатів
Антропогенні хімічні речовини широко використовуються в сільському
господарстві, промисловості, медицині та військових операціях.
Приклади включають пестициди, такі як атразин, пентахлорфенол (далі
ПХФ), вибухові речовини, такі як тринітротолуол (ТНТ); розчинники, такі
як трихлоретилен; та діелектричні рідини, такі як поліхлоровані
дифеніли (ПХБ). Доля антропогенних хімічних речовин в
навколишньому середовищі викликала мало занепокоєння до тих пір,
поки на кінець двадцятого століття несприятливий вплив на дику
природу в кінцевому підсумку привернув увагу до того факту, що деякі
антропогенні хімічні речовини зберігаються в навколишньому
середовищі, оскільки вони нелегко розкладаються мікробами.
 Приклад біодеградації
антропогенного хіміката

Рисунок 1 – шляхи деградації атразину в штамі Pseudomonas

sp. ADP Синім кольором виділена частина кожного шляху,
яка перетворює антропогенну сполуку в проміжну ланку в
стандартному метаболічному шляху
 Залучення різнорідних ферментів для
виконання нових функцій біодеградації
Потенціал залучення різнорідних ферментів для виконання нових функцій у новому
шляху залежить від кількох факторів. По-перше, склад ферментів різний в різних
організмах, і, отже, набір різнорідних активностей також повинен бути різним. Таким
чином, мікроби можуть з'єднати різні нові шляхи, оскільки вони мають різні колекції
різнорідних ферментів. Наприклад, деградація 4-нітротолуолу відбувається різними
шляхами у грамнегативної бактерії Pseudomonas штам 4NT і грампозитивної бактерії
Mycobacterium штам HL 4-NT-1

Рисунок 2 – Шляхи деградації 4-

нітротолуолу в штамі Pseudomonas 4-NT
і штаму Mycobacterium HL 4-NT-1
 Залучення різнорідних ферментів для
виконання нових функцій біодеградації
• Другим важливим фактором є рівень безладної активності, яка
повинна досягти певного порогу, щоб бути фізіологічно значущою.
• Третім фактором, що впливає на потенціал рекрутування
різнорідних ферментів, є вимога до експресії ферменту в умовах,
при яких необхідна різнорідна активність.
• Четвертим фактором, що впливає на залучення різнорідних
ферментів, є необхідність того, щоб залучений фермент
продовжував виконувати свою первісну функцію.
 Залучення кількох ферментів для виконання
нових функцій біодеградації

Необхідність залучення декількох ферментів для перетворення

антропогенної сполуки в метаболіт стандартним шляхом піднімає
питання про те, чи повинні всі ферменти залучатися одночасно, або
еволюція шляху може відбуватися поетапно. Відповідь залежить від
природи вихідної сполуки та інших проміжних продуктів на шляху.
Розглянемо гіпотетичний шлях, показаний у рівнянні, який перетворює
антропогенну сполуку а в проміжний продукт у загальному
метаболічному шляху (Е).

A→B→C→D→E
 Фактори, що впливають на ефективність біодеградації
Ефективність біодеградації антропогенних сполук сильно різниться. Атразин і 1,3-
дихлорпропен розкладаються дуже ефективно. ПХФ розкладається повільно, але може бути
повністю мінералізований. Ці відмінності пояснюються багатьма факторами: структуру та
фізичні властивості сполуки, умови навколишнього середовища, в яких накопичується
сполука, та примхи процесу складання шляхів розкладання з різнорідних ферментів.
Ефективне розщеплення атразину можна пояснити легкістю залучення ферментів, які
перетворюють атразин у звичайний метаболіт. Ферменти, що перетворюють атразин в
ціанурову кислоту, виникли на основі вже існуючих ферментів широкої специфічності.
Амідогідролази, що каталізують гідролітичну заміну заступників на ароматичні та
гетероароматичні кільця широко поширені в природі. Активні центри в цьому
суперсімействі розташовані в гирлі α/β бочки і містять один або два іони металу, які
активують воду для атаки на різних субстратах. Адаптація активного сайту до нового
субстрату супроводжується точковими мутаціями і врізками в петлі, що оточують активний
центр. Розвитку більш ефективних ферментів для розкладання атразину сприяла б перевага
росту, що забезпечується вивільненням аміаку із заступників і S-триазинового кільця, а
також вивільненням вуглецю із заступників
 Фактори, що впливають на ефективність
біодеградації
Еволюція ефективних шляхів затруднена у випадках, коли утворюється токсичний
проміжний продукт. Деградація ПХФ надзвичайно неефективна, ймовірно, з цієї причини.
Погані каталітичні здібності гідроксилази ПХФ обмежують потік шляхом розкладання. ПХФ-
гідроксилаза є членом сімейства флавіномонооксигеназФерменти цього сімейства
гідроксилюють широкий спектр субстратів, тому в ґрунтових мікроорганізмах повинно бути
багато ферментів, які можна використовувати для гідроксилювання ПХФ. Однак два аспекти
реакції, каталізованої ПХФ-гідроксилазою, роблять цей етап проблематичним. По-перше,
ферменти цього сімейства стають "незв'язаними" під час обороту бідних субстратів, коли
проміжний продукт С4a-гідропероксифлавін не здатний гідроксилювати субстрат і замість
цього усуває H2O2
Рисунок 3 – наслідки набору
флавіномонооксигенази для гідроксилювання
ПХФ включають припинення утворення С4a-
гідропероксифлавіну та гідроксилювання
субстрату, що призводить до утилізації NADPH
та утворення H2O2, а також утворення
токсичного тетрахлорбензохінону
 Стратегії покращення існуючих шляхів біодеградації
• Спрямована еволюція може бути використана для поліпшення поганої
каталітичної ефективності ферментів. Цей процес передбачає створення великої
бібліотеки варіантів ферментів з використанням мутагенної ПЛР, перетасовки ДНК
або варіантів цих методів з подальшою ідентифікацією вдосконалених варіантів
шляхом відбору або скринінгу.
• Перетасовка геному - це ще один неупереджений метод пом'якшення впливу
токсичних метаболітів, а також поліпшення фізичної форми за допомогою інших
непередбачених механізмів. Перетасовка геному передбачає генерацію мутантів з
посиленим фенотипом, за якими слідують кілька раундів злиття протопластів, щоб
забезпечити рекомбінацію між геномами
 Стратегії для розробки нових шляхів
біодеградації
Рисунок 4 – розроблений спосіб розкладання
параоксону, в якому використовуються ферменти багатьох проблем, які обмежують ефективність
чотирьох різних мікробів
Розростання інформації про повні геномні
послідовності, досягнення в методах спрямованої
еволюції та високопродуктивного скринінгу, створили
передумови для створення нових шляхів для
біорозкладу антропогенних сполук. Цей підхід може
використовувати ферменти, отримані з багатьох
організмів, і дозволяє створювати нові шляхи в
мікробах, які легко вирощувати, піддаються
генетичним маніпуляціям і, для застосування в
біоремедіації in situ, здатні виживати в природному
середовищі. Розроблені шляхи могли б уникнути
біодеградації, таких як проміжний продукт токсичних
метаболітів та необхідність як відновних, так і
окислювальних перетворень, які часто не
виявляються у мікробів в одному екологічному
компартменті.
 Завдання для майбутніх дослідів біодеградації
Зберігаються проблеми з розробкою нових шляхів деградації стійких
забруднювачів. В даний час немає каталогу потенційно корисних безладних дій
або навіть дуже хорошого уявлення про типи безладних дій, доступних серед
природних ферментів. Прогнози ферментів, які могли б мати відповідну
неоднорідну активність, можуть бути зроблені на основі пошуку ферментів, які
каталізують подібні перетворення функціональних груп, або надсімейств
ферментів, які каталізують одну або кілька елементарних хімічних стадій,
необхідних для бажаної трансформації, використовуючи базу даних структурно-
функціональних зв'язків. Альтернативною стратегією було б використання
алгоритмів стикування для ідентифікації ферментів, які могли б зв'язувати
молекулу-мішень в активному місці. Ферменти, які, за прогнозами, зв'язують
субстрати поблизу каталітичних груп, необхідних для бажаної трансформації,
можуть бути перевірені на їх здатність каталізувати бажану реакцію.