LIỆU PHÁP GEN VÀ TẾ BÀO

(GENE AND
CELL TARGETED THERAPY)

TS. BÙI CHÍ BẢO

10-2017
 Nội Dung

1. Giới thiệu hệ phân tử “OMICS”

Ø Genomics, Transcriptomics, Proteomics, Metabolomics

2. Xây dựng & đánh giá hệ thống liệu pháp gen

Ø trúng đích “targeted therapy”, hiệu chỉnh gen “gene
editing”
3. Xây dựng & đánh giá hệ thống liệu trị tế bào
Ø Cấy ghép (tbg), CAR-T miễn dịch

4. Ứng dụng và triển vọng hướng đến mục tiêu “Y học

cá thể” precision medicine/personalized medicine
Tỷ lệ tử vong do bệnh (1900-2010)

NJEM, WHO
So sánh tỷ lệ tử vong do bệnh của
Hoa Kì (1950-2003)

NIH, 2003

Tim mạch Stroke Cúm Ung Thư

Xu hướng tử vong do ung thư tăng hơn so các bệnh nhiễm
tại Nhật Bản
Ø Ung thư chiếm tỉ lệ tử vong hàng
đầu thế giới.
Ø Mỗi phút có hai người được phát
hiện mắc ung thư.
Ø Hơn 11 triệu người đang sống với
ung thư.
Ø Hơn 3,5 triệu bệnh nhân ung thư
mới được chẩn đoán hàng năm.
Ø 1500 bệnh nhân chết mỗi ngày.
Ø Cứ 4 người thì có 1 người chết (2/3
bệnh nhân sống sót >5 năm nhưng
phải chịu sự liệu trị khắt khe.
Ø Bệnh ung thư chiếm khoảng chi
phí 265 tỉ $/ năm cho chăm sóc y tế
Sau hơn 50 năm nghiên cứu
điều trị bệnh ung thư…
ØPhương pháp điều trị truyền
thống có thể làm chậm tốc độ
phát triển bệnh nhưng không loại
bỏ hoàn toàn.
ØPhẫu thuật thì không chắc chắn
vị trí, kích cỡ và giai đoạn.
ØXạ trị gây nguy hiểm cho các bộ
phận khác trong cơ thể.
ØHóa trị liệu tấn công toàn bộ hệ
ung thư + cơ quan.
 Precision medicine is a medical model that
proposes the customisation of healthcare with
medical decisions, practices and/or druggable
products being tailored to the individual patients.

Asks for $215 million for Precision Medicine

 Genomics England- mission
• 100,000 whole genome sequences in patients
with rare inherited disease and cancers

• Improve health

• UK are world-leaders in Genomic Medicine

 -OMICS là gì?

q Hệ thống/công cụ nghiên cứu ở mức phân

tử:
Ø Hệ gen: Genomics
Ø Hệ gen biểu hiện: Transcriptomics
Ø Hệ protein: Proteomics
Ø Hệ chuyển hoá tương tác vi sinh vật với sức
khoẻ người: Metabolomics
DỰ ÁN BỘ GENOME NGƯỜI
} Mục tiêu: dữ liệu tham khảo di truyền trên người để
hỗ trợ hướng điều trị y học cá thể “personalized
medicine”
} Bản nháp “Draft” 2001;Hoàn thành chính thức 2003
} Đến 2013, chỉnh sửa hệ gen quy chiếu tham khảo
§ “Human Reference Genome” à h19
§ Tuỳ chủng tộc nên có hệ gen quy chiếu riêng
} Giải trình tự bộ gen người 2013: $8.000-
10.000/người
} Ước tính 2020 : $1.000/người
3,000,000,000 (x2) base pairs, but only coding
25,000 genes
Human
 Mục tiêu và ứng dụng hệ gen?

1. What is it (genetic diagnosis)?

2. What is likely to happen in the future
(prognosis)?
3. What is the best
treatment/surveillance?
4. Why did it happen (inheritance)?
5. Will it happen again (recurrence risk)?
6. What support is available (potential
clinical trial)?
 > Đơn gen / hội chứng

> KH rõ ràng trong vòng vài tháng đầu đời

> hội chứng cấu trúc/số lượng NST

> Đa gen / hội chứng

> Di truyền soma

(HC dày lớp sừng)
Ehlers- danlos syndrome (COL5A1) “HC nhão da”

Age = 26
Hệ
Hệthống
thốnggiải
giảitrình
trìnhtự
tự
thế
thếhệ
hệmới
mới

-Tìm ra đột biến gây

3 triệu biến thể/ bệnh
người -Diễn giải cơ chế bệnh
25,000 protein mã -So sánh hiệu quả
hoá từ gen trong điều trị -
Pharmacogenetics
 Our preliminary study showed 36% (18/50)
mutation of SCN1A
D1059V GEFS+
(SC04)

A201E C336Y S626G L969P A1440V

Misense (SC17) (SC14) (SC05) (SC02) (SC08)

26 exon 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
SCN1A

SNP V404= V764= A1067T

Splicing
Synonymous L863=
(SC16) effect

Nonsense R712X Dravet R1525X

(SC07) syndrome (SC01)

Nafosted # 106-YS.05-2013.05 HT Do, BC Bui 2017

Pharmacogenetics trong bệnh động
kinh tại Việt Nam - ứng dụng NGS
epilepsy panel
Nhóm 1: điều trị bằng thuốc TSC1, TSC2, CDKL5, ARX,
Vigabatrinbatrin STXBP1 và MEF2C

Nhóm 2: điều trị bằng thuốc SLC6A8; GAMT và GATM

Creatine

Nhóm 5: tránh dùng thuốc CSTB

nhóm GABA

Nhóm 4: tránh dùng Valproic POLG

acid
TÌM VÙNG GEN TRÊN NST LIÊN KẾT BỆNH
PARKINSON

} Genome-Wide Association Study (GWAS): tập

hợp gen
§ Mẫu lớn, tần suất biến dị dễ so sánh
GENOME ĐẾN BẢN ĐỒ GENOME WIDE
ASSOCIATION STUDY (GWAS)
Rối loạn lưỡng cực (Bipolar disorder)

Xơ vữa động mạch

Cao huyết áp

Tiểu đường týp 1

Tiểu đường týp 1I

Suy đoán những nhóm gen mục tiêu gây bệnh

 TỪ BẢN ĐỒ LIÊN KẾT GENE ĐẾN
HỆ GEN LIÊN KẾT PHỔ RỘNG
} Từ Linkage map đến Genome-Wide Association Study
(GWAS)
§ Cỡ mẫu lớn
§ Khoanh vùng gen chức năng, tìm ra tần suất gen bệnh và
hướng điều trị
§ Tìm được gen mới liên quan bệnh
§ Ứng dụng cho nghiên cứu bệnh liên quan đến đa gen (ung
thư, tự kỉ, béo phì, tiểu đường type II…)
§ Chi phí nghiên cứu cao
§ Cần hệ thống sinh tin học mạnh để chuẩn hoá phân tích
§ Cần đánh giá kiểm định lại gen bệnh
MUTATION OF C-KIT
Mouse

Human
HỆ GEN (GENOME) vs HỆ GEN BIỂU HIỆN
(TRANSCRIPTOME)
Harvard Wellcome
Yale Trust
UCBerkeley Sanger
MIT Institute
Stanford
Cold
Texas Spring
Columbia Harbor
Lab

Riken Kobe Institute

Max planck Institute
Hệ gen biểu hiện ung thư là gì?

} Thông tin vùng mã hoá chức năng cho biết

lỗi thực sự trên bộ gen bệnh.
} Những gen ứng cử viên gây ung thư:
1. Tumor suppressor genes >>>>>> gen ức
chế
2. Oncogenes >>>>>> gen sinh ung
3. House-keeping genes, checkpoints
>>>>bảo tồn, sửa sai lỗi trên DNA >>>>
trạm đăng kiểm
GIẢI TRÌNH TỰ EXOMES “HỆ GEN BIỂU
HIỆN” TRÊN CÁC UNG THƯ

~ 12 BỆNH UNG THƯ ĐÃ ĐƯỢC GIẢI TRÌNH TỰ

 Một trường hợp trình tự toàn bộ exome
của bệnh nhân ung thư tuyến tuỵ
T/S đột biến

# bệnh nhân n=24

Volberg et al., John Hopkins Hospital 2012
 khối lượng trung bình 2000 cm3,
UNBTK đôi khi đạt khối lượng 10,000 cm3
Nodular Ganglion
 Dòng tế bào 1

Sự dị hợp trong quần thể khối u

Dòng tế bào 3
Dòng tế bào 2

“Dị hợp quần thể”

Ví dụ điều trị 1 cas ung thư da (melanoma) giai đoạn IV
Braf đột biến
 Intertumor và intratumor
heterogeneity…

1. Heterogeneity/variation (không
đồng nhất/tính đa dòng)
2. Biến đổi di truyền khác, bao gồm
cả epigenetic

} Sự kháng thuốc
} Tế bào gốc ung thư tiềm ẩn
Kết luận:
} Đã có thông tin hệ gen người, thông tin,
vị trí hệ gen lỗi gây bệnh học
} Mô hình hỗ trợ chẩn đoán, nghiên cứu
} Khó khăn (ung thư):
} từng cá thể/nhóm ung thư bệnh có thông tin
gen lỗi khác nhau
} Sự dị hợp trong các quần thể khối u, mỗi
quần thể có hệ gen không ổn định
LÀM THẾ NÀO THAO TÁC TRÊN
DỮ LIỆU THÔNG TIN GENOME
ĐỂ ĐƯA VÀO ĐIỀU TRỊ ĐÍCH?
« Targeted gene therapy »
 Y học cá thể (Personalized Medicine)

“It is more important to

know what sort
of person has a
disease than to know
what sort of a disease
Hippocrates
a person has” (published by Glogster)
 Personalized Medicine - Y học cá thể

“Điều trị hướng:

• Đúng loại
bệnh
• Đúng thuốc,
• Đúng liều
Nhóm bệnh • Đúng thời
nhân với điểm”.
cùng bệnh lý
(lâm sàng)
 Cơ sở của y học cá thể ung thư
Dựa trên sự tích hợp:
Ø Thông tin phân nhóm lâm sàng, Lâm sàng
GP bệnh học +
Ø Phân nhóm phân tử (nhân tố Phân tử
của hệ gen, hệ protein ung thư) +
Ø Tiên lượng diễn tiến ung thư ‘Big data’
Ø Cơ chế có/không đáp ứng thuốc
GIẢI PHÁP ĐA MÔ THỨC
1. Phần lớn các đột biến trên “hot-
spot”: oncogen/tumor suppressor
2. Các đột biến đếu hướng hội tụ đến ~
12 con đường tín hiệu tế bào “core
pathway” hoặc “signaling pathway”
 TGF-B
Shh Invasion

Apoptosis Integrin
UNG THƯ
K-Ras
TUYẾN Notch
TỤY
DNA
Mitosis
damage

G1/S GTPas INK

e
Kinzler KW, et al., Science, 2008
 TGF-
Keap1
B
Interleukin
cKit 1
Tomp4 VEGF
Bệnh Bệnh
EGF
R nhân #1 nhân #2
TGF- Brca
p53 Plk1 B 1

Nrf2
p63

TGF-
B
Arresti
IV3 G1/S n
K-
Ras

Bệnh TGF- Bệnh

TGF- B
nhân #3 B nhân #4

NfK
Phát đồ liệu trị INK
p62
B TGF-B
 Precision Medicine approaches
?
Druggable
Yes –––
No
?
Genetic change?
Yes –––
No –––
? ?
Direct drug target?
Yes –––
No pathway, activation –––
No symth, lethal/pred marker ------
? ? ?
Evidence level?
Confirmed –––
Presumed –––
Possible ------
? ? ? ?
Entity specific?
Yes or not relevance ––––
No ––––

Score Very high High Moderate Intermediate Borderline Low Very Low
 Case: ALK overexpression in Neuroblastoma

Druggable ?
Yes –––
No
?
Genetic change?
Yes –––
No –––
? ?
Direct drug target?
Yes –––
No pathway, activation –––
No symth, lethal/pred marker ------
? ? ?
Evidence level?
Confirmed –––
Presumed –––
Possible ------
? ? ? ?
Entity specific?
Yes or not relevance ––––
No ––––

Score Very high High Moderate Intermediate Borderline Low Very Low
 Case: BRAF V600E mutation in glioma or melanoma

Druggable ?
Yes –––
No
?
Genetic change?
Yes –––
No –––
? ?
Direct drug target?
Yes –––
No pathway, activation –––
No symth, lethal/pred marker ------
? ? ?
Evidence level?
Confirmed –––
Presumed –––
Possible ------
? ? ? ?
Entity specific?
Yes or not relevance ––––
No ––––

Score Very high High Moderate Intermediate Borderline Low Very Low
PHẦN 3: GIẢI PHÁP TẾ BÀO

1. Cấy-ghép: thay thế tế bào bệnh bằng tế

bào lành
+ CAR-T cells
+ tế bào máu, cơ quan gan thận…
+ kết hợp liệu pháp gen
2. Tiêu diệt tế bào bệnh “từ trong ra ngoài”
+ ‘inside out’ sử dụng vi sinh vật
1. LIỆU PHÁP TẾ BÀO GỐC

“Somatic cell nuclear transfer”

“Induced pluripotent Stem (iPS) cells”

TẾ BÀO GỐC CHO LIỆU PHÁP Y KHOA
1. Toàn năng: tạo/thu nhận gia đoạn blastocyst
của quá trình tạo phôi
2. Tế bào sinh dưỡng (soma) được chuyển nhân
(Somatic cell nuclear transfer): “Dolly
cloning”
3. Kích hoạt nhóm gen quan trọng cho tái biệt
hoá chu trình tế bào đa năng: iPSC
 Các phương pháp trong điều trị
cấy ghép bằng tế bào gốc
Dựa trên nguồn gốc của tế bào gốc, phương pháp
này có thể chia ra làm 3 loại: Tự ghép (Autologous),
Dị ghép (Allogeneic), Đồng ghép (Syngeneic)
1/ Tự ghép (Autologous) – lấy tế bào từ chính cơ
thể bệnh nhân
2/ Dị ghép (Allogeneic) – lấy tế bào từ cơ thể một
người tương hợp (matched) với bệnh nhân, có thể
có liên quan gia đình, họ hàng (related) hoặc không
(unrelated)
3/ Đồng ghép (Syngeneic) – lấy tế bào từ
anh/chị/em song sinh cùng trứng (twin)
Dị ghép (Allogeneic)
 1990

Severe Combined Immunodeficiency: bệnh thiếu hụt miễn dịch

tổ hợp trầm trọng
“Bubble boy”/X-linked SCID
Hướng và kết quả liệu trị SCID:
} Thay thế tuỷ xương, và có tiến triển, phục
hồi chức năng gen ADA liên quan đến hội
chứng X-lined SCID
Kết quả liệu trị:
} Thay thế tuỷ xương có tiến triển, phục hồi
chức năng gen ADA liên quan đến hội
chứng X-lined SCID
} Tuy nhiên, tế bào gốc tuỷ có 1 nhóm tế
bào tiềm năng tế bào gố ung thư (các
oncogene biểu hiện) à cậu bé David mất
vì bị ung thư
} 5/10 trường hợp điều trị giống như David:
có dấu hiệu tế bào gốc ung thư
“CAR-T cells”
CAR T cell trials over time and geographical distribution

Jessica Hartmann et al. EMBO Mol Med. 2017;9:1183-1197

CAR T cell therapy—principle and clinical trial overview

Jessica Hartmann et al. EMBO Mol Med. 2017;9:1183-1197

Bước 1: đào thải tế bào bạch cầu và thu nhận riêng biệt tế bào T
Bước 2: Nuôi cấy tế bào T và chuyển nạp gen vào tế bào T
Tăng sinh tế bào lành khỏe mạnh:
nuôi cấy in vitro
 Quy trình sx
thương mại
khép kín
chuẩn GMP

Chuyển đến
bệnh viện
Kết luận 2:
} Liệu pháp cấy ghép tế bào đã được biết
đến cho các ca điều trị bệnh hiếm
} Mô hình: ex vivo hoặc in vivo
} iPS cells trong liệu trị
} Khó khăn
} Quản lý từng khâu phân nhóm tế bào, điều
khiển gen mục tiêu trong biệt hóa
} Nghiên cứu cơ chế bất thường tế bào gốc
ung thư
Liệu pháp “từ trong ra ngoài”
Liệu pháp “từ trong ra ngoài”
C. Novyi
Vi khuẩn kị khí
 Kết quả của liệu trị C. Novyi
trên ung thư

Trước Sau 12 giờ

Tiêm C.Novyi Chết do độc
tố vi khuẩn
NHỮNG TIẾN TRIỂN
• Hơn 800 ca điều trị về sự phát triển
của liêu pháp gen và tế bào.
• Nhiều trường đại học và viện nghiên
cứu hỗ trợ nghiên cứu các liệu pháp
dựa trên gen và tế bào.
• Hàng ngàn bệnh nhân tham gia thử
nghiệm.
• Ngày càng có nhiều công trình nghiên
cứu và các báo cáo khoa học về liệu
pháp điều trị trúng đích đối với từng
loại bệnh ung thư.
• Nhiều loại thuốc đã được FDA phê
chuẩn và cấp giấy phép sử dụng trên
các quốc gia.
LIỆU PHÁP ĐIỀU TRỊ TRÚNG
ĐÍCH:
“CUỘC CÁCH MẠNG”
Những liệu pháp dựa trên gen và tế bào là
những biện pháp điều trị trúng đích- sử dụng
chính những tế bào của bệnh nhân để chống lại
bệnh ung thư mà không gây ảnh hưởng tới
các phần khác trong cơ thể.
• Thuốc được phân phối trực tiếp tới khối u để
làm dễ sự chết tế bào ung thư.
• Vắc xin tăng khả năng loại bỏ và tiêu diệt
bệnh ung thư của hệ thống miễn dịch.
• Liệu pháp gen và tế bào tiêu diệt tế bào gốc
ung thư – nguồn gốc của ung thư.
"As for the future, your task is not to foresee, but to enable
it", tạm dịch là “Trong tương lai, nhiệm vụ của bạn không
phải để dự đoán trước mà là khởi động nó” Saint-Exupéry

Personalized Medicine