Nükleik Asitler Kromozom Genom

Nükleik asitler,
Kromozom, Genom
Öğr. Gör. Dr. Hamza Malik OKUYAN
hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

hmokuyan@mku.edu.tr hmokuyan@mku.edu.tr hmokuyan@mku.edu.tr
• Hücresel DNA’nın toplam

uzunluğu bir hücrenin
çapının yüz bin katı kadardır.
dolayısıyla DNA
• DNA 3 önemli
özelliğinden dolayı
Genetik Bilginin Taşıyıcısı DNA
paketlenmesi hücre mimarisi yaşamın temelidir;
için çok önemlidir. • 1869 yılında Friedrich Miescher
– Yeni asidik büyük moleküllerden oluşmuş fosfor içeren bir madde
keşfetmiş ve Nüklein olarak isimlendirmiştir.
• DNA’nın çekirdek içerisine  Kalıtsal bilgiyi taşır – Ancak bu dönemde biyolojik rol açıklanamamıştır.
yerleşebilmesi için yüksek
oranda yoğunlaşması ve  Bu bilgiyi kopyalar • 1889 yılında Richard Altmann
paketlenmesi gereklidir.
 Ve değiştirir – DNA olarak bilinen nükleik asit terimini kullanmıştır.
• 1900 yılı itibariyle
• 2 metre olan DNA 5-10 – Pürin ve pirimidin bazları aydınlatılır.
mikron çapa paketlenir. • 1920 lerde
• James Watson – İki tip nükleik asit (DNA ve RNA) ayırt edilir.
• Bu yüzden DNA çekirdek • Francis Crick • 1928 yılında rastlantısal fakat dikkatli gözlemler ile 1944 yılındaki
içerisinde çeşitli seviyelerden
oluşan bir paketlenme • Rosalind Fraklin ayrıntılı araştırmalar DNA’ nın genetik bilginin taşıyıcısı olduğunu
organizasyonu gösterir. gösterdi.
25 nisan 1953-nature
hmokuyan@gmail.com,
hmokuyan@mku.edu.tr
magazine hmokuyan@gmail.com,
hmokuyan@mku.edu.tr
hmokuyan@gmail.com,
hmokuyan@mku.edu.tr
1
Genetik Bilginin Taşıyıcısı DNA • Ökaryotlar prokaryotlardan
– daha fazla gen bölgesine • Birçok intron yaklaşık 90 bç uzunluğunda olsa da insan
– Aynı zamanda protein ya da herhangi bir başka işlevsel ürün genlerinde ortalama intron uzunluğu 3.3 kb’dır, en uzun intron
kodlamayan çok miktarda DNA’ya sahiptir. 17,106 bç uzunluğundadır.
• Bir hücrenin çekirdeğinde bulunan DNA, sadece açılacak
olursa bir metre kadar bir boya ulaşabilir.
• İnsan genomu tipik bir bakteri genomuna kıyasla • Bir çok insan eksonu sadece 50-200 bç içerir.
– 1000 kat daha fazla nükleotid çiftine
• En küçük insan kromozomunun DNA sı açılacak olursa, – 20 kat daha fazla gene
uzunluğu 14 milyon metre olabilir. • Yaklaşık 50.000 bç uzunluğunda olan insan geninde;
– 10.000 kat daha fazla kodlamayan DNA’ya sahiptir.
– % 95’ten fazlası intronlar ve kodlama yapmayan komşu bölgelerden
oluşur.
• Kromozomal proteinler, DNA’nın bu uzun boyunu çekirdekte – İnsan genomunun %98,5’i kodlamayan DNA dan oluşur.
birkaç mikron küp hacme sığacak şekilde paketler. – E.coli bakterisinde ise bu durum %11 oranındadır.

Nükleik asit nedir? Transformasyon
• Kalıtsal bilgiyi taşıyan ve kullanılmasını sağlayan

moleküllerdir.
• Bu bilgiyi protein sentezine de aktarırlar.

2
Genetik materyal DNA’dır protein değil
• Genetik materyal olan molekül 4 önemli

özelliğe sahip olmalıdır
1. Kendi kendisini eşlemeli
2. Bilgiyi depo etmeli
3. Bilgiyi ifade etmeli
4. Mutasyonlarla değişiklikler oluşturmalıdır

Gen nedir?
• Fonksiyonel bir biyolojik ürünün sentezi için gerekli bilgiyi
• Genomun bir kitap olduğunu hayal edin; • On binlerce gen arasından tek bir tanesindeki bir
içeren DNA parçası GEN olarak adlandırılmaktadır. – Kromozom denilen 23 bölümü var değişiklik, ömrün ortalarında bir yerde dramatik bir
• Genler protein tarifleridir!!! – Her bölümde gen denilen binlerce hikaye kişilik değişikliği ile sonuçlanacaktır (Sapolsky, R. M.
• Çok farklı boyutlarda olabilirler; – Her hikaye ekson denilen paragraflardan oluşur ve 2004).
– globin geni (küçük) 850 bç,
bunlar intron denilen reklamlarla bölünür – Frontal korteksteki hasarlar kişilik değişikliğine yol açar
– Distrofin geni (dev boyutta) 2,225,000 bç,
• Saldırganlık
– her paragraf kodon denilen kelimelerden oluşur
• Hiperseksüalite
– her kelime baz denilen harflerle yazılmıştır. • Dürtüsel ve toplumsal kuralları hiçe sayan davranışlar
– İçinde bir milyar kelimenin bulunduğu genom • Alex ve Julia’nın hikayesi
kitabı incil’den 800 kat daha uzundur

3
• Babanın alkol alması, gençliğinde yağlı diyet,
• İnsan β globin geninin nükleotid dizisi: bu gen kanda oksijen
vb.. epigenetik olarak çocuğa aktarılıyor ve taşıyan hemoglobin molekülünün iki alt biriminden birinin
çocukta otizm, atetoskleroz, şizofreni, amino asit dizisi için genetik bilgiyi içerir.
doğumsal defekt, metabolizma sendrom, • β globin geni içeren DNA çift sarmalının iki ipliğinden sadece
düşük doğum ağırlığı riski artıyor. İyi çocuk için biri gösterilmiştir.
baba, anne kadar önemli...
• Sarı işaretlenmiş DNA dizileri β globin proteini için amino asit
dizisini belirleyen genin üç bölgesini göstermektedir.
Jonathan Day, Soham Savani, Benjamin D Krempley, Matthew Nguyen, Joanna B
Kitlinska. Influence of paternal preconception exposures on their offspring:
through epigenetics to phenotype. Am J Stem Cells, 2016;5(1):11-18

• Bir bireydeki bütün çekirdekli hücreler aynı genoma sahiptir • Hücreler taşıdığı genetik bilginin çok az bir kısmını özel bir
fakat hücre tiplerinin çoğunda belirli bir zaman aralığında şekilde kullanır
– Hemoglobin genini bütün hücreler taşır fakat sadece kırmızı kan
toplam genlerin yalnızca küçük bir bölümü anlamlı bir düzeyde hücreleri aktive eder
eksprese olur. – Herbir eritrositte yaklaşık 280 milyon HB molekülü vardır
– Herbir HB 4 molekül oksijen bağlar
• Genlerin % 80’i sadece belli zamanlarda ve yerlerde eksprese
– HB’nin 400’ün üzerinde mutantı vardır ve bunların çoğu benign dir
olurlar. Ör. İnsülin
• Geriye kalan % 20’lik kısım ‘housekeeping’ genler temel
metabolik aktiviteler için gereklidir

4
• Mutasyon
– Hücre bölünmesi başına tahmin
edilen kendiliğinden mutasyon
oranı 10-6
– İnsan vücudunda tahmini 1016

hücre bölünmesinde yaklaşık
1010 mutasyon meydana gelebilir

Hastalıkların genetik özelliklerinin

İnsan genomu ile ilgili önemli bilgiler
belirlenmesi neden önemli?
İnsan Genomu
1. Hastalık klinik olarak ortaya çıkmadan önce DNA uzunluğu 3,2 x 10⁹ Nükleotid çifti
moleküler genetik teknikler ile risk profilini Gen sayısı Yaklaşık 25.000
belirleyerek koruyucu önlemler alınabilir
En büyük gen 2,4 x 10⁶ Nükleotid çifti
2. Etkilenen proteinlerin biyolojik etkisinin bilinmesi ile Ortalama gen boyutu 27,000 nükleotid çifti
farklı tedavi seçenekleri geliştirilebilir Psödogen sayısı 20,000 den fazla
En büyük ekson boyutu 17,106 nükleotid çifti
Ortalama ekson boyutu 145 nükleotid çifti
5
• E. coli genomu bütünüyle genlerin birleşmesi ile oluşur.
• Kompleks organizmalar azalmış gen yoğunluğuna sahiptir.
• Ökaryotik kromozomal DNA bölgelerinde genler az yer kaplar.
• Bu azalmış gen bölgelerinin olmasında intergenik sekanslar, regülatör
sekanslar ve intronlar önemli rol oynamaktadır.

Tek kopya gen Genetik parmak izi
Gen Bölgesi Multigen • İnsanlarda, LİNE-1 ve Alu dizileri, her tür genin
yapısına girerek mutasyonlara neden olmuşlardır.
Örneğin pıhtılaşma faktörü geninin ortasına
Psödogen
yerleşmeleri hemofili hastalığıyla sonuçlanır
Nükleer DNA Satellit
• İnsan türünün diğer türlere göre DNA asalaklarıyla
başı daha az derttedir
Ardışık(Tandem) Mini Sat. • Alec Jeffreys ve teknisyeni Vicky Wilson 1984
• Miyoglobin geni çalışırken minisatellitte dizilerini buluyorlar
İntergenik • İnsanlarda her 700 mutasyondan biri sıçrayan genlere • Buckland
Mikro Sat.
Bölge bağlıyken farelerde bu oran % 10’nu bulur • Kasabada yaşamadığı halde kelly polise kan verdi
• Colin Pitchfork 23 ocak 1988
Serpiştirilmiş SİNE-LİNE
Genom organizasyonu
6
A Geni B Geni C Geni İnsülin ekspresyonu
Gen Ekspresyonu
4 temel moleküler genetik olay
• Replikasyon
• Transkripsiyon
• RNA işlenmesi
hmokuyan@gmail.com,
hmokuyan@mku.edu.tr
• mRNA translasyonu
hmokuyan@gmail.com,
hmokuyan@mku.edu.tr
hmokuyan@gmail.com,
hmokuyan@mku.edu.tr
7
A Geni B Geni

Genetik kod nedir?
– Nükleotid dizisidir.
• Bir organizmanın sahip olduğu tüm DNA materyali genom – mRNA boyunca üçlü gruplar halinde bulunur.
olarak adlandırılır. – ve protein sentezleme sırasında üretilen amino asit
dizilerinin düzenini belirler.
– Çift iplikli DNA’nın sadece biri protein kodlar bundan
• Alman botanikçi ‘Hans Winkler’ genom terimini: dolayı genetik kod baz çifti yerine baz dizilimi olarak
– 1920’de GEN ve kromozOM kelimelerini birleştirerek terminolojiye yazılmaktadır.
kazandırmıştır. – Her bir üçlü nükleotid dizilimi bir kodon olarak
adlandırılır.
– Kodon üzerindeki her bir pozisyonda dört
nükleotidden biri bulunacağından 20 amino asit için
• 4³=64 farklı muhtemel üçlü nükleotid dizilimi vardır.
• Sistron: tek bir polipeptid kodlayan genetik birimdir.
8
Genetik bilginin transferinde
ve kullanımındaki
3 önemli aşama
• Replikasyon Genetik
……GGCACGAGGGTAAATATGGCATAAGTTAATAACAAG materyalin kopyalanması
CTTTTCCCCAAAATGGTGCTTTGGATTTGAAAAGG G aşamasıdır. Hücre
GTCTGATGGGGAGAAGGAGAACGTATCATCCTAGC bölündüğü sırada genomun
TTCCTCTCTTAATAAACCTAGAAAAACGGGTAGTA A
AACTGTGGATAGTCAGGAAAACACCCAGCAAGGGA yavru hücrelere aktarılması
CACAGC TGTCAGGAAATGAATCTTCCCCCCAACCC için gereklidir.
CCACCATGCAGATGGATAGACAGAATCTTTCCTGA T
CTAGTCATTAGGATCAGGGGCCTCTGTTGGATTTGT • Transkripsiyon DNA’daki
GTTTCTTGAAGAATAGCTGGCAGAGTGGTATAAAAG genetik mesajın okunduğu
GACACGAATATCTCCTGGTCTATAAGGATACTCTGA ve sonuçta Messenger RNA
TTTGGGGTTTGCATTTTTCATGGTTTTTATTTCCTGT (mRNA) nın oluşarak protein
TCCCCCTGGAGTTTTCCATTAGTGAGTTTTTGGAGC....
sentez bölgelerine gerekli
bilgiyi taşımak için nukleusu
terk ettiği aşamaya denir .
• Translasyon mRNA’nın
taşıdığı genetik mesajın
kodunun çözülerek protein
sentezinde kullanıldığı
aşamadır.
Farklı türlerin DNA yapısında yer alan bazların relatif % oranları Chargaff kuralı
• DNA yapısında yer alan 4 baz eşit oranda bulunmaz.

Organizma A T G C
İnsan 30,9 29,4 19,9 19,8 • DNA yapısında yer alan pürinlerin toplamı, primidinlerin
E. Coli 24,7 23,6 26,0 25,7 toplamına eşittir. A=T, G=C oranı 1’dir.
Tavuk 28,8 29,2 20,5 21,5
• Fakat (A+T) : (G+C) oranının 1 olması gerekmez. Bu oran
Maya 31,3 32,9 18,7 17,1
türden türe farklılık gösterir.

9
• pH
– Ana omurgada bulunan fosfat gruplarından dolayı pH yaklaşık 4
civarındadır.
• DNA çift sarmalının 1.5
• DNA çift sarmalında
dönüşünün uzaysal modeli; • Çözeltideki DNA
tamamlayıcı baz çiftleri: – Çok büyük boya sahip olan DNA molekülü çözelti içinde diffüz olarak
DNA’nın her dönüşünde etrafa çok miktarda solüsyonuda beraberinde götürür.
• Antiparalel yapı
10.4 nükleotid bulunur ve – DNA molekülü çözündüğü zaman kendi hacminin 10.000 katı kadar
• Bazların şekilleri ve kimyasal
yapıları sadece A ile T arasında bitişik nükleotid çiftleri çözelti tutar.
ve G ile C arasında etkin H arasındaki merkezden – Oda sıcaklığında pH=7 civarında DNA molekülü oldukça viskoz bir yapı
gösterir.
bağları oluşturabilen atomların merkeze uzaklık 3.4 nm’dir.
çift sarmalı bozmadan İki dizinin birbiri etrafında
birbiriyle yakın duruma dönmesi çift sarmalda iki • Tek sarmallı DNA çift sarmallı DNA’dan daha yüksek
gelmesine olanak sağlar. yoğunluğa sahiptir.
oluşturur.
• RNA molekülü hem tek hem de çift sarmal DNA’dan daha

büyük bir yoğunluğa sahiptir.
Nükleik asitlerin yapısını oluşturan üniteler
• Çift sarmaldaki dört Pentoz şekerler, pürin ve pirimidin bazları

baz çiftinin yandan
görünümü;
nükleotidler bir Fosfat grubu
şekerin 3’ hidroksil (-
OH) grubu ile bir
sonrakinin 5’ fosfat (P) Nükleozitler (baz + şeker)
grubu arasındaki
fosfodiester bağlarıyla
kovalan olarak Nükleotidler ( Nükleozid + fosfat)
birbirine bağlanır. • TATA kutusu-bağlanma proteininin korunmuş C uç kısmı, çift sarmalı
çözerek ve onu keskin bir şekilde eğerek özel DNA dizilerinin A ve T
Az rastlananları ise ksantin, hipoksantin ve ürik
açısından zengin küçük oluk kısımlarına bağlanır. asittir

10
Nükleik asit yapısındaki bazlar Nükleik asit yapısındaki bazlar
• Pirimidinler
• Pürinler
Nükleozid Nükleotid
Ester bağı
N- Glikozidik bağ


11
Baz formülü) Baz (X=H) Nükleozid Nükleotid ( X=
(X=Şeker) Fosfatlanmış şeker)
Adenin Adenozin Adenozin monofosfat Nükleik asit yapısı Polinükleotitler nelerdir?

AMP
A
• Nükleotid monomerleri
Guanin Guanozin Guanozin monofosfat fosfodiester bağlarıyla düzenli
GMP
• Nükleik asitler nükleotidlerin polimerize olmasıyla olarak birbirine bağlanarak zincir
G meydana gelir. şeklinde polinükleotidleri
Sitozin Sitidin Sitidin monofosfat oluştururlar.
CMP
C • Molekülün ana omurgası şeker ve fosfat ünitelerinin
Üridin monofosfat fosfodiester bağıyla birbirlerine bağlanması sonucu • DNA ise çift zincir sarmalı
Urasil Üridin şeklinde sentezlenir.
UMP oluşur.
U
Timin Timidin Timidin monofosfat
TMP • Bazlar ise iki omurgayı bir arada tutar.
T
• Bazı nükleotidler
Nükleotidlerin fonksiyonları Nükleotidlerin fonksiyonları hücre dışındaki
reseptörlerin
algıladıkları
• Nükleik asitlerin (DNA ve RNA) yapı taşlarıdır. uyarıları hücre
içindeki ikincil
• Enerjice zengin bileşiklerdir. • Metabolik ara bileşenlerin ve Pek çok enzim
haberciye iletilir ve
• Hücrelerde biyosentez işlerini yürütürler. kofaktörünün yapısal bileşenidirler. hücre içinde
• Enerji taşınmasında görevleri vardır ve hücrede kimyasal – Nikotinamid adenin dinükleotit (NAD) iletişim sağlanır.
enerji taşırlar. – Flavin adenin nükleotit (FAD) – İkincil haberci
genellikle bir
• Hücrede adenozin trifosfat (ATP) ve diğer UTP, CTP, GTP nükleotiddir.
nükleozid trifosfatların hidrolizi ile enerji oluşur.

12
Biyolojik olarak, Nükleik asitlerin iki farklı çeşidi
evrensel hücre içi enerji kaynağı
bulunmaktadır
• Deoksiribonükleik asitler (DNA)
• Ribonükleik asitler (RNA)
• http://www.johnkyrk.com/DNAanatomy.tr.swf
• http://www.johnkyrk.com/DNAreplication.tr.html
• cAMP (adenozin 3’,5’-monofosfat) hücre içinde ikincil haberci olarak • http://www.johnkyrk.com/chromosomestructure.tr.html
işlev yapar.
DNA & RNA DNA’nın yapısı
• Genetik bilgiyi taşıyan DNA’dır. • DNA’da deoksiriboz, RNA’da ise riboz şeklinde şeker • DNA’da, iki polinükleotid zinciri birbirlerine bazları
• RNA ise DNA tarafından taşınan genetik bilginin bulunur. arasındaki eşleşmelerle bağlanır.
kullanılmasını sağlar. adenin ------ timin
• Primer yapıları benzer fakat üç boyutlu yapıları guanin ------ sitozinle
oldukça farklıdır. • Polinükleotidler, 3’,5’-fosfodiester köprüleriyle bağlı
nükleozidlerden oluşmuştur. • DNA molekülleri histonlarla etkileşime girerek
• İnsan hücresi çekirdeğinde bulunan DNA bir miktar nükleozom ipliklerini yapar.
da mitokondride bulunur.
• Genetik bilgi, polinükleotid zinciri boyunca yerleşmiş
• RNA çekirdekte sentezlenir ve sitoplazmaya aktarılır. baz dizelerinde bulunur. • Bunlar sıkıca sarmalanmış oluşumlardır.

13
• Her bir DNA molekülü karşılıklı bazlar arasında oluşan
hidrojen bağlarıyla birbirine bağlı iki polinükleotid
• DNA’nın A Heliksi: zincirinden oluşmuştur.
– DNA’nın her bir polinükleotid zinciri
• bir azot bazı (A, G, C veya T) • Bir zincir üzerindeki adenin, diğer zincirdeki timinle
• deoksiriboz iki hidrojen bağı ile bir baz çifti oluştururken, guanin,
sitozinle üç hidrojen bağı ile bir baz çifti oluşturur.
• ve fosfattan oluşan nükleotidler içerir.
– Fosfodiester bağları bir şekerin 3’-karbonunu bir
sonrakinin 5’-karbonuna bağlar • Oluşan zincirler antiparaleldir ve bir zincir 5’→3’
Biyolojik tehlike durumu: Olası mutajen, Olası teratojen, Deriyle yönüne giderken diğeri 3’→5’ yönüne doğru hareket
teması zararlıdır, Çalışırken önlük ve eldiven kullan eder.
DPA: DNA’nın kolorimetrik olarak görüntülenmesinde kullanılır
EtBr: DNA molekülünün florensans görüntülenmesinde kullanılır
• İki sarmalı birleştiren baz çiftleri molekülün iç A DNA, B DNA, Z DNA Yapıları
tarafında spiral bir merdiven gibi üst üste dizilirken • DNA’nın B Heliksi:
fosfat grupları heliksin dışında yer alır.
– İlk olarak Watson ve Crick tarafından tanımlanmış olup
sağa dönüşlüdür ve her dönüşte 10 baz çifti içerir.
• Her bir fosfatın iki asidik grubu fosfodiester bağıyla

– DNA’nın A formu B’ye göre daha kompakt yapıdadır.
birbirine bağlanır.
– Ayrıca bazları heliksin daha periferine doğru yerleşim
gösteren Z formu da bulunur.
• Üçüncüsü ise serbesttir ve fizyolojik pH’da protonuna – Z formu 1979 da keşfedilmiştir
ayrışarak moleküle negatif bir yük kazandırır. – Z formu sentetik DNA fragmanıdır
– Z formu zigzag bir yapı oluşturur

14
• B-DNA formu fizyolojik koşullarda DNA’nın en kararlı DNA’nın farklı sarmal formlarına ait özellikler Polinükleozom
olduğu formdur.
• A-DNA formu, sudan yoksun çözeltilerde, sağ-el
durumundaki çift sarmal yapısında düzenlenmiştir.
– Her baz çifti arasındaki uzaklık 0.23 nm dir.. Sarmal Tipi Dönüş Başına Baz Çifti Sarmal Çapı
– Her bir dönüşte 11 baz çifti vardır. Baz Çifti Başına Dönüş
• A formu B formuna göre daha kısa ve daha geniş A Formu 11 + 34.7 23 Å
çaplıdır. B Formu 10 + 34.0 19 Å
• Z formu, birbirini sıra ile izleyen pürin ve pirimidin Z Formu 12 - 30.0 18 Å
dizilerine içeren polimerlerde oluşur.
• Z formu diğer formlara göre daha ince yapıdadır ve
sol el durumunda çift sarmala sahiptir.
DNA’ nın anti paralel sarmalları DNA’ nın baz çiftleri
DNA (Çift Sarmalı)

15
• Alkali veya ısı, DNA sarmallarının ayrılmasına yol açar fakat
fosfodiester bağları koparmaz. (denatürasyon)
• Heliks yapısının yarısının açıldığı ısıya, DNA’nın erime derecesi

(melting temperature, Tm) denir.
• Polinükleotid sarmalının
• A ve T’den zengin DNA, G ve C’den zengin DNA’ya kıyasla daha
bir segmenti düşük ısıda denatüre olur.
• Formamide ve Üre hidrojen bağlarını ayırır

UV ışığı DNA’ da hasar oluşturabilir • DNA molekülü uygun ortam

bulduğu zaman DNA’nın
tamamlayıcı sarmalları tekrar
bir araya gelir. (renatürasyon)
• DNA’nın tek bir sarmalının,

DNA veya RNA’nın diğer
sarmalı üzerindeki tamamlayıcı
baz dizisiyle eşleşmesine ise
hibridizasyon denir.
• En uzun insan
kromozomundaki DNA
molekülü lineerdir ve uzunluğu
7.2cm’den fazladır.

16
Laboratuarda DNA nasıl saklanır? RNA’nın yapısı
• DNA susuz ortamlarda
son derece kararlıdır.
• Kısa süreli depolamalar için en iyi sıcaklık 2-8 ⁰C’dir • RNA ile DNA arasındaki bazı farklar vardır:
• Fosillerden DNA elde • Bu sıcaklıklarda DNA numunesi, DNA kırılmasına yol açan
– RNA, deoksiriboz yerine riboz ve timin yerine urasil içerir
etmek bile olasıdır. dondur-çöz döngüsü olmaksızın kolaylıkla tekrar tekrar
kullanılabilir – DNA çift sarmallı iken RNA genellikle tek sarmallıdır. Bu
• Ribozun ikinci karbonundaki • Uzun süreli (5 yıl veya daha fazla) depolamalarda, - 70 ⁰C yüzden adenin içeriği timine, guanin içeriği sitozine eşit
hidroksil grubu RNA’yı kullanılmalıdır olmak zorunda değildir
DNA’dan kimyasal olarak • - 20 ⁰C genellikle önerilmez çünkü bu sıcaklık DNA
daha kararsız yapar.
kırılmalarına neden olabilir çünkü bu sıcaklıkta moleküler bağlı
su donmuş değildir

• Bazı RNA molekülleri reaksiyonların katalizörü olarak

• RNA’lar
fonksiyon görürler yani proteinler gibi enzimatik
aktiviteye sahip olabilirler. (ribozimler) • cRNA, katalitik RNA’lar sitoplazma da bir çok
– Tüm Ökaryotik hücreler;
reaksiyonu katalizlerler.
ribozomal RNA,
• RNA alkali ile muamele edildiğinde hidroliz olurken transfer RNA,
DNA alkaliye dayanıklıdır. haberci RNA • SnRNA, small nucleer RNA’nın işlenmesinde rol alır.
küçük nükleer RNA (snRNA)
• SnoRNA, small nucleolar RNA’lar ribozomların
• RNA’nın alkaliye dayanıksızlığından hem tanı hem de
yapımınıda kapsayan çeşitli fonksiyonları vardır.
analiz için faydalanılır.

17
Tip Kısaltma İşlev Dağılım
Mesajcı RNA mRNA
RNA Biyolojisi Protein kodlaması. Tüm canlılar
Ribozomal RNA
Taşıyıcı RNA
rRNA
tRNA
Protein sentezi
Protein sentezi
Tüm canlılar
Tüm canlılar
Haberci RNA (mRNA):
Takılıp kalmış ribozomların
Taşıyıcı-mesajcı RNA tmRNA Bakteriler
kurtarılması
– Büyüklük ve kararlılık açısından en heterojen RNA
Ters anlamlı RNA (İng. antisense RNA) aRNA Gen düzenlemesi Tüm canlılar
grubudur.
Küçük enterferanscı RNA (İng. Small interfering RNA)
siRNA Gen düzenlemesi Çoğu ökaryot
Mikro RNA miRNA Gen düzenlemesi Çoğu ökaryot

– Hücre içindeki RNA’nın sadece %5’ini oluşturur.
Bitkiler (Arabidopsis
trans-etken siRNA (İng. trans-acting siRNA) tasiRNA Gen düzenlemesi
thaliana)
Piwi-etkileşimli RNA (İng. Piwi-interacting RNA) piRNA Gen düzenlemesi Hayvanlar – mRNA bir gendeki bilgiyi ribozomlara aktarmakla ve
protein sentezi için kalıp olmakla görevlidir.
küçük nükleer RNA (İng. Small nuclear RNA) snRNA Çeşitli Ökaryotlar ve arkeler
RNA'nın çekirdekte
Küçük nükleolar RNA (İng. Small nucleolar RNA) snoRNA
– mRNA bir şapka (cap) yapısı ve bir poli(A) kuyruğu
Ökaryotlar ve arkeler
modifikasyonu
Kinetoplastid
Yönledirici RNA (İng. Guide RNA) gRNA mRNA modifikasyonu
mitokondrileri içerir.
Ribonükleaz P RNaz P tRNA erginleşmesi Tüm canlılar
– Nükleotid sayısı 500-4500+

rRNA erginleşmesi, DNA
Ribonükleaz MRP RNaz MRP Ökaryotlar
replikasyonu
RNA işlenmesi, DNA
Y RNA Hayvanlar
hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, replikasyonu hmokuyan@gmail.com,
Telomeraz RNA Telomer sentezi Çoğu ökaryot
• Şapka;
mRNA’nın 5’ ucundaki ribozun hidroksil grubuna bağlı
Transfer RNA (tRNA) Transfer RNA (tRNA)
metillenmiş guanin trifosfattan oluşurken, • Hücredeki RNA’nın %15 kadarını oluşturur. • tRNA’ların çoğu homojen formda elde edilmiştir.
poli (A) kuyruğu mRNA’nın 3’ ucundaki hidroksil grubuna
• tRNA molekülleri RNA’lar arasında en küçük boyuta sahip • Nükleik asit dizilimi yapılan ilk tRNA
bağlı 20-200 arası adenin nükleotidi içerir. olanıdır. – 1965 yılında Robert W. Holley ve ark. tarafından mayadaki
alanin tRNA sıdır.
• 5’ ucundaki kapalı uç (şapka) hem mRNA’yı 5’- • Bakterilerde ve ökaryotlarda 73 ila 93 arasında nükleotide
sahiptirler. – Alanin tRNA’sı
ekzonükleazların saldırısından korur hem de protein sentezi • 10 tanesi modifiye baz olan 76 adet nükleotidden
için bir başlangıç noktası olarak hizmet eder. oluşur.
• tRNA molekülleri, bağladıkları amino asitleri ribozoma
taşıyarak protein sentezine amino asit sağlarlar.
• Kuyruk kısmının görevi tam olarak bilinmemekle birlikte 3’-
ekzonüklazların saldırısına karşı mRNA’yı koruyarak • İnsanların yapısında bulunan 20 amino asitin her birine özgü
en az bir tRNA molekülü mevcuttur.
kararlılığını arttırdığı sanılmaktadır.
18
tRNA’ların ortak özellikleri
• Antikodon, kodona karşılık gelen bir nükleotid dizisi
• taşır ve tRNA’nın özgüllüğünden sorumludur.
Hepsi yonca yaprağına benzeyen bir • tRNA yapısı
yapıya sahiptir.
• D kolu ve TψC kolu tüm tRNA’larda ortak olan diğer
• Hepsi 3’-ucunda ACC dizesi taşır (alıcı kol)
ve bu kol amino asitlerin karboksil yapılardır.
grubuna bir ester bağı ile bağlanır.
• Fazladan kol, tRNA’nın en değişken niteliğidir ve
• Bütün tRNA’lar, kalıp mRNA’nın üçlü
nükleotid dizesini veya kodonunu tanıyan tRNA’ların uzunluklarının farklılıklarından sorumludur.
antikodon taşırlar.

• Ribozomal RNA (rRNA): Ribozomların bileşimi

– Hücredeki RNA’nın %80’ini oluşturur
– Memeli ribozomlarının sedimentasyondaki çökelme hızları

80S’dir (Svedberg, S) ve büyüğü 60S, küçüğü 40S olan iki
nükleoprotein alt biriminden oluşur.
– rRNA molekülleri sedimentasyon katsayıları yönünden

farklılık gösterirler.
– ribozomları oluşturmak üzere proteinlerle ilişkiye girerler.
– Nükleotid sayıları 100-3000

19
Nükleotid metabolizması bozukluklarına
Nükleotid metabolizması bozuklukları örnekler
• Bunların bir kısmında sentez bozukluğu, bir kısmında
da yıkım bozukluğu vardır. • Gut hastalığı
Nükleik asitlerdeki nükleotidler birbirlerine hangi bağlarla
bağlanır? • Genetik geçişli olanların bazıları X kromozomuna • Lesch-Nyhan sendromu
a. Asit anhidrid bağlarıyla bağlı olarak geçer.
b. Glikozidik bağlarla • Moleküler düzeyde bir kimyasal reaksiyonu • Adenozin deaminaz (ADA) eksikliği
c. Peptid bağlarıyla gerçekleştiren enzimin yetmezliği veya yokluğu • Orotik asidüri
d. 3’-5’ fosfodiester bağlarıyla hastalığın asıl nedeni olabilir. • Hipoürisemi
e. 5’-3’ şeker-eter bağlarıyla
• Bunun yanında hastalık oluşumunu etkileyen başka • Pürin nükleozid fosforilaz eksikliği
faktörler de vardır.

Gut Hastalığı Lesch-Nyhan sendromu

• Gut hastalığında Pürin yıkımı bozuktur. • Hipoksantin guanin fosforibozil transferaz enzimi yetersizdir
veya yoktur.
• Genellikle erkeklerde görülür.
• Guanin ve hipoksantin katabolizması arttığından kanda ürik
• Kanda ürik asit artar. asit artar.
• Eklemlerde sodyum ürat kristalleri birikmesine bağlı • Erkeklerde görülen genetik hastalıklardan birisidir.
eklem ağrıları ve artrit oluşur. • 2-3 yaşında nörolojik belirtiler görülür.
• Çoğunlukla önce ayak başparmağını sonra diğer • Yaşlanınca Gut hastalığı ortaya çıkar.
eklemleri tutar. • X kromozomuna bağlı resesif geçiş gösteren bir hastalıktır.
• Böbreklerde ürat kristalleri birikirse hasar meydana • Kognitif fonksiyonları etkiler, agresif davranışlar,
gelir.
20
Adenozin deaminaz (ADA) eksikliği Orotik asidüri Hipoürisemi
• Adenozin deaminaz (ADA) eksikliğinde ADA eksikliğine bağlı • Orotik asidüri’de Pirimidin sentezinde görevli orotat • Hipoürisemi’de Ürat sentezi azalmış veya atılması
olarak pürin nükleotidlerinin metabolizması bozuktur. fosforibozil transferaz ve/veya orotat monofosfat artmıştır.
dekarboksilaz enzim eksikliğine bağlı pirimidin
• T ve B lenfositlerinin fonksiyonları ileri derecede bozuk metabolizması bozuktur.
olduğundan enfeksiyonlara dayanıksızdır ve çoğu 2 yaşından • Kalıtsal veya bazı ilaçların kullanımına bağlı olarak
önce kaybedilir. ortaya çıkar.
• İdrar ile aşırı miktarda orotik asit atılır.
• Ürik asit düzeyi düşüktür.

Pürin nükleozid fosforilaz eksikliği
• Pürin nükleozid fosforilaz enzim eksikliğinden dolayı T

lenfositlerinde fonksiyon bozukluğu vardır.
• Pürin nükleotidlerinin yıkımı azaldığından guanozin,

• Ökaryotik hücre döngüsünün basitleştirilmiş görünümü
deoksiguanozin, inozin ve deoksiinozin düzeyleri artar.
• İnterfaz boyunnca hücre protein sentezler, DNA
• Tüm kombine immün yetmezliklerin %1-2’sini oluşturur. replikasyonu gerçekleştirir. DNA replikasyonu
• Progresif nörolojik semptomlar gerçekleştikten sonra hücre mitoz evresine geçer, ve
mitoz ile çekirdek bölünür.
• Hücre döngüsünde zamanın büyük bölümü interfazda
geçer, bir çok memeli hücresinde mitoz yaklaşık 1 saat
sürer.

21
KROMOZOM ADLANDIRMA SİSTEMİ
KROMOZOM ADLANDIRMA SİSTEMİ • Danver sisteminde önce total kromozom sayısı,sonra
cinsiyet kromozomlarının yapısı ve daha sonra varsa
• Uluslar arası düzeyde anlam bütünlüğünü kromozom bozukluğu belirtilmektedir.
sağlamak,bulguları standartlaştırmak ve belli ilkeleri
saptamak için ; Bu adlandırma sistemine göre ; kromozom tanısında beş
• 1960 Danver’de kriter esas alınmaktadır.
• 1963 Londra
• 1) Kromozomun total uzunluğu
• 1966 Chicago
• 2)Ayrı ayrı kol uzunlukları
• 1971 Paris
• Bu kromozomlar (bir erkeğe ait) çekirdek bölünmesi mitoz sırasında
• 3)Sentromerin pozisyonu
• gibi yerlerde bir dizi toplantılar yapılmıştır.
ayrıştırılmıştır, bu nedenle fazlaca yoğunlaşmışlardır. • 4)Sekonder darlığının bulunup bulunmaması ve varsa yeri
• Kromozom terimi ile genetik materyal kastedilebilirse de, kromozom • Sonuç olarak; Danver sistemi geliştirilerek insan
• 5)Kromozomların bant ve otoradyografik özellikleri
özellikle DNA’nın hücre bölünmesi sırasında; kromozomları ortak bir adlandırma sistemi kabul
– DNA zinciri ile protein zincirlerinin katlanması ile ayrı ayrı gözlemlenebilen edilmiştir.
yoğunlaşmış, kısa ve kalın şeklidir. • Bu özellikler dikkate alınarak kromozomlar ; A’dan G’ye
• Kromozom = Renkli Cisim kadar 7 gruba ayrılırlar.(A,B,C,D,E,F,G)
KROMOZOM ADLANDIRMA SİSTEMİ
• Kişilik sahibi • Cinsiyet dışındaki kromozomlar en büyükten başlamak

üzere 1-22 arasında numaralandırılır
kromozomlar ???
• Kromozomların belli bir sisteme göre sıralanmalarına
• Haylaz genler bir karyotip denir
kromozomda
• Aynı karyotipin şema halinde çizilmesine idiyogram denir
toplanabilir mi? (19.
KRMZM)

22
A grubu Kromozomlar :
• Bunlar 1,2 ve 3 numaralı, sentromeri ortada ve en büyük
kromozomlardır • 1. kromozom
• En büyük metasentrik ,1 numaralı kromozomdur – 3000 üzerinde gen • 2. kromozom
• 2 numaralı kromozom 1 numaralı kromozomdan biraz içerir
küçük ve sentromeri merkezden biraz uzaklaştığı için – 2500 üzerinde gen
daha submetasentriktir
– Yaklaşık 240 milyon içerir
baz çifti içerir
• 3.kromozom ise metasentriktir – Yaklaşık 240 milyon
– Yaklaşık % 90’ı baz çifti içerir
tanımlanmıştır
– Yaklaşık % 95’ı
tanımlanmıştır

B grubu Kromozomlar :
• Wolf-Hirschhorn sendromu
– Nadir ve ciddi bir hastalık
• Submetasentrik olan 4 ve 5 numaralı kromozomlar solit
• 3. kromozom boyama ile birbirlerinden ayırt etmek zordur.
– Kurbanları genç yaşta ölürler
– Hastalığa neden olan gen 4. kromozomdadır
– 1900 üzerinde gen • Aralarındaki tek fark 5 numaralı kromozomun 4 • Huntington hastalığı
içerir numaralıdan biraz daha küçük olmasıdır. – Hastalık geni 4. kromozomda lokalize
• Günümüzde gelişmiş bantlama yöntemleri ile iki – Bu hastalığa neden olan gen defalarca tekrar içerir
– Yaklaşık 200 milyon – 8-35 CAG tekrarı taşıyan bireyler normalken, 42-86 CAG tekrarı taşıyan
kromozom kolaylıkla birbirinden ayırt edilebilmektedir.
baz çifti içerir bireyler hastalıktan etkilenmişlerdir
– Eğer bu kelime 39 kez veya daha fazla tekrarlanmışsa, orta yaşlara
– Yaklaşık % 95’ı vardığınızda yavaş yavaş dengenizi kaybetmeye başlarsınız, kendinize
tanımlanmıştır bakma beceriniz azalır ve erken yaşta ölürsünüz
– Deliliğin başlama yaşı tamamen bu gendeki CAG dizisinin başlama
yaşına bağlıdır
– Genomumuzda 1 milyar adet 3 harfli kelime var ama yine de delilikle
aramızda duran yegane şey bu 3 harfli motifin uzunluğu..

23
• 4. kromozom • 5. kromozom C grubu Kromozomlar :
– 1600 üzerinde gen – 1700 üzerinde gen
içerir içerir
– Yaklaşık 190 milyon – Yaklaşık 180 milyon • Submetasentrik ve orta büyüklükteki kromozomlar olup,
baz çifti içerir baz çifti içerir 6 ile 12 numaralı kromozomlar arasındaki yedi çiftten
– Yaklaşık % 95’ı – Yaklaşık % 95’ı oluşurlar.
tanımlanmıştır tanımlanmıştır • Standart teknikle, birbirinden ayrılmaları oldukça güçtür.
• Bantlama yöntemi ile kolaylıkla ayırt edilirler.
• 9 numaralı kromozomda sekonder darlık görülür.

• 6. kromozom • 7. kromozom
içerir içerir
– Yaklaşık 170 milyon – Yaklaşık 150 milyon
baz çifti içerir baz çifti içerir
– Yaklaşık % 95’ı – Yaklaşık % 95’ı
tanımlanmıştır tanımlanmıştır

24
• 10. kromozom
– 1400 üzerinde gen
• 8. kromozom • 9. kromozom içerir
– 1400 üzerinde gen – 1400 üzerinde gen – Yaklaşık 130 milyon
içerir içerir baz çifti içerir
– Yaklaşık 140 milyon – Yaklaşık 130 milyon – Yaklaşık % 95’ı
baz çifti içerir baz çifti içerir tanımlanmıştır
tanımlanmıştır tanımlanmıştır CYP17 geni burada lokalize.

D grubu kromozomlar :
• 11. kromozom
• 12. kromozom • Akrosentrik kromozomlar,orta boyda olup diğer gruplardan
içerir – 1600 üzerinde gen kolaylıkla ayırt edilirler.
• Bu gruptaki 13,14,15 numaralı kromozomlar bantlama yöntemleri
içerir
– Yaklaşık 130 milyon sayesinde birbirlerinden kolayca ayırt edilebilirler.
baz çifti içerir – Yaklaşık 130 milyon • Her üç çiftin kısa kollarında satellit bulunur.
baz çifti içerir • Bu kromozomlara büyük akrosentrik kromozomlar da denir.
tanımlanmıştır – Yaklaşık % 95’ı
tanımlanmıştır

25
• 13. kromozom • 14. kromozom • 15. kromozom
– 800 üzerinde gen – 1200 üzerinde gen – 1200 üzerinde gen
içerir içerir içerir
– Yaklaşık 110 milyon – Yaklaşık 100 milyon – Yaklaşık 100 milyon
baz çifti içerir baz çifti içerir baz çifti içerir
– Yaklaşık % 80’ı – Yaklaşık % 80’ı – Yaklaşık % 80’ı
tanımlanmıştır tanımlanmıştır tanımlanmıştır

E grubu Kromozomlar :
• 16,17,18 numaralı, göreceli olarak kısa ve submetasentrik

kromozomlardır. – 1300 üzerinde gen – 1600 üzerinde gen
• 16 numaralı kromozom metasentriğe çok yakındır ve sekonder içerir içerir
darlık taşır.
– Yaklaşık 90 milyon – Yaklaşık 80 milyon

26
F grubu kromozomlar :
• 19 ve 20. kromozomlar,en küçük metasentrik

• 18. kromozom kromozomlardır. • 19. kromozom
– 600 üzerinde gen • Çoğunlukla kelebeğe benzer görünüştedirler.
içerir • Bantlama yöntemleri ile iki çift birbirinden kolayca ayırt
edilebilir içerir
– Yaklaşık 70 milyon
baz çifti içerir
baz çifti içerir
tanımlanmıştır
tanımlanmıştır

G grubu Kromozomlar :
içerir • Son iki yani,21 ve 22 numaralı kromozomları içeren bu içerir
– Yaklaşık 60 milyon grup,en küçük akrosentrik kromozomlardan oluşur. – Yaklaşık 40 milyon

27
Eşey Kromozomlar :
• 22. kromozom
– 800 üzerinde gen içerir
• X ve Y kromozomlarıdır.
– Yaklaşık 40 milyon baz çifti içerir • X kromozomu, C grubunun büyük kromozomlarına
– Yaklaşık % 70’ı tanımlanmıştır benzer ve büyüklük bakımından 6 numaralı
kromozomdan sonra gelir.
• Günümüzde, karyotipteki yeri Y kromozomu ile birlikte
22 numaralı kromozomdan sonra ayrı bir grup gibi
yazılmaktadır.
• Y kromozomu ise G grubu kromozomlara benzemekle
birlikte koyu boyanması ve uzun kollarının birbirine
yakın olması nedeniyle G grubu kromozomlarından
morfolojik olarak ayrılır.
• Karyotipteki yeri X kromozomundan sonradır.
• X kromozom • Y kromozomu
içerir içerir
– Yaklaşık 150
milyon baz çifti
içerir baz çifti içerir

28
• İnsan kromozomlarının bant
şekilleri:
• Kromozomlar 1 den 22’ye
kadar yaklaşık büyüklerine
göre numaralandırılmıştır.
• Tipik bir insan hücresi bu
kromozomların her birinden
ikişer adet, bunlara ek olarak • İki yakın ilişkili
da iki cinsiyet kromozomu geyik türünün çok
(XX,XY) içerir. farklı kromozom
• Bu haritaları yapmak için sayıları
kromozomlar tam
yoğunlaşmadıkları erken mitoz
evresinde boyanmıştır.
• Bu şekiller kromozomların
Giemsa boyasıyla boyanıp ışık
mikroskobu altında
gözlenmesiyle elde edilmiştir.
A. En küçük insan kromozomlarından biri olan 22. kromozom 48 x 10⁶

nükleotid çifti içerir. İnsan genomunun yaklaşık % 1.5 oluşturur. Bu
kromozomun sol kolu özellikle yoğun bir kromatin şeklinde paketlenmiş,
kısa tekrarlanan DNA dizileri içerir.
B. Kromozom 22’nin bir parçası on kez büyütülmüş hali, yaklaşık 40 kadar

gen görülmektedir. Koyu kahverengi gösterilenler bilinen genler, açık
kahverengi olanlar ise varsayılan genlerdir.
C. B’nin büyütülmüş bir parçası çeşitli genlerin tam uzunluğunu içerir.
D. Tipik bir genin on kez büyütülmüş hali, intronlar (gri), ve eksonlar (kırmızı,
protein kodlayan kısımlar).
• İnsan genomu nükleotid dizi içeriğinin gösterimi; basit dizi tekrarları
kendilerini yineleyen, kısa nükleotid dizileridir.

29
Kromozom sayısının değişkenliği, Ploitlik nedir ? • Öploitlik (euploidy) : n'in tam katı
kromozom
• Haploitlik (haploidy) : n kadar
kromozom
• Diploitlik (diploidy) : 2n kadar
• Temel kromozom takımı n ile kromozom
gösterilir. • Poliploitlik (poliploidy) : 2n 'den
fazla kromozom
• Anöploitlik (aneuploidy) : n'in tam
katları olmayan kromozom
• Ploitlik: n ile çarpıldığında • Hipoploitlik (hypoploidy) : n'in tam
hücredeki toplam kromozom katından biraz daha az sayıda
kromozom
sayısını veren rasyonel sayının
• Hiperploitlik (hyperploidy) : n'in tam
bir tam sayı olup olmamasına katından biraz daha fazla sayıda
göre sınıflandırılır. kromozom

Kromozomlar nasıl oluşur? Kromozom yapısı dinamik bir yapıdır. Kromozomlar sirküler veya Lineer olabilir.
• İnterfaz evresinde kromatin ağı şeklinde bulunan DNA, profazda
Kromozomlar dinamik yapısından dolayı hücre döngüsüne • DNA nın proteinlerle sarılması organizasyonu; prokaryot, ökaryot ve hatta
kısalıp kalınlaşmaya başlar ve metafazda en kısa duruma gelir. virüslerde de bulunmaktadır.
uyumlu şekilde yoğunlaşmaktadır.
• İnterfazda 1000 kat yoğunlaşma olurken, • Prokaryotların genomu tek bir kromozom olup sirküler DNA şeklindedir.
• Metafazda yaklaşık 10.000 kat kısalmış ve yoğunlaşmış • Ökaryot genomu ise lineer DNA molekülünden oluşan çok sayıda
• Kromozomlar; İ, V, J harfleri gibi biçimlerde görünür ve boyutları Kromozom paketlenmesi DNA’ya gerektiğinde kolayca
kromozom içerir.
mikronla ölçülür. erişilebilmesine olanak verecek şekilde olmaktadır.
• Genom büyüklüğü ve kromozom sayısı farklı olmakla birlikte DNA’nın
yapısı ve paketlenmesi temelde aynıdır.
İnterfaz kromozomlarının farklı

bölgeleri 3 önemli görev için yoğunlaşır
ve gevşer.
• 1. Gen ifadesinin sağlanması

• 2. DNA replikasyonu
• 3. DNA tamiri
30
Genom boyutu organizmanın kompleksliği ile
Her hücre karekteristik kromozom sayısına sahiptir. bağlantılıdır.
• Genom boyutu farklı organizmalar arasında önemli ölçüde değişir.
• Tek hücreli ökaryotların genomları, genellikle 50 Mb az
• Prokaryotik hücreler nükleoid yapısı ve plasmidlere sahiptir.
• Karmaşık protozoanlar 200 Mb’dan büyük genoma sahip olabilir.
• Nükleoid, ökaryotik hücrelerdeki nükleusun karşılığı olup, prokaryotlarda
• Çok hücreli organizmaların genom boyutları büyük 100.000 Mb
sitoplazmada DNA’nın lokalize olduğu alandır.
• Görünüşte benzer organizmalar çoğunun çok farklı genom boyutları
• Prokaryot DNA’sı tek bir çembersel molekül olup 2000 gen içerir. var
• Nükleoidde çekirdek zarı, mitotik aygıt ve histon bulunmadığından • Genom boyutu ve organizma arasında bir korelasyon olmasına
ökaryot çekirdeklerden farklıdır. rağmen karmaşıklık, mükemmel olmaktan uzaktır.
• Plazmidler: Kromozom dışı, çift iplikli dairesel DNA molekülleri olup bakteri • Organizma karmaşıklığı gen sayısının yerine genomu içinde
kromozomundan bağımsız olarak replikasyona uğrama yeteneğine sahiptir. genişleme boyutu daha yakından ilişkili olduğu görülmektedir.

DNA’nın kromozom şeklinde paketlenmesi

önemli fonksiyonlara hizmet etmektedir Kromatin
• DNA hücre döngüsünün farklı evrelerinde farklı şekiller almaktadır.
• 1. Kromozomlar DNA’nın kompakt formunun oluşmasını sağlar. • Prokaryotların DNA’sı çok az protein içerirken, ökaryotların hücre
• 2. DNA’nın hasarlardan korunmasını sağlar. döngüsünde ise önemli oranda protein bulunur.
• 3. Naked DNA unstabil halde iken, Kromozomal DNA stabil hale • Ökaryot DNA ve proteinlerin oluşturduğu yapıya interfaz evresinin
gelir. büyük bir kısmında kromatin adı verilir.
• 4. Kromozomal yapı, DNA’ nın yavru hücrelere etkili şekilde • İnterfazda bazik boyalarla boyanan uzun iplik şeklinde nükleoprotein
aktarılmasını sağlar. yumakları-toplulukları olan kromatinler; DNA ve histonların birleşmesi
• 5. Paketleme organizasyonu ile gen ekspresyonu kolaylaşır ve ile oluşan nükleozom denen yapılardan meydana gelir.
genetik çeşitlilik sağlayan rekombinasyon oluşumu olur.

31
Heterokromatin-Ökromatin Gen ekspresyonunda Kromatinin yapısının rolü Ökaryotik kromatinde bulunan proteinler
• Hücre çekirdeğinde koyu ve açık olarak gözlenen Kromatinler, • 1/3 ü beş çeşit histon proteini
• Kromatinin üç-boyutlu paketlenmesi gene ekspresyonunu • 1/3 ü yaklaşık 1000 çeşit bazik olmayan non histon proteinleri
deoksiribonükleoproteinleri içermesinden dolayı bazofil boyalarla boyanır. etkileyen önemli bir parametredir.
• Boyanmada koyu olanları heterokromatin, açık olanları ise ökromatindir. • 1/3 ü ise DNA’ dan oluşur.
• Kromatin iki konformasyon arasında değişkenlik gösteren oldukça
• DNA’nın 2 katı kadar protein vardır.
dinamik bir yapıya sahiptir.
– Kapalı konformasyon (Heterokromatin) • Histonlardaki pozitif yüklü temel temel aa ler (arginin ve lizin)
negatif yüklü DNA molekülüne bağlanır.
• Kromatin oldukça sıkı paketlenmiştir.
• Transkripsiyon zor veya imkansızdır.
– Açık konformasyon (Ökromatin)
• Kromatin oldukça açılmıştır. Histon olmayan proteinler ne işe yarar?
• Transkripsiyon gerçekleşebilir.
• DNA’nın paketlenmesi
• Replikasyon ve
• Gen ekspresyonunda da görev yapar.
DNA’dan-Kromozoma farklı boyutlar

RNA splicing Transpozonlar
• Bakteri, virus ve ökaryotik hücre

kromozomlarında bulunan ve genom içinde
hareket ederek yer değiştiren DNA
segmentlerine transpozon denir.
• Geçişi transpozon üzerindeki genler sağlar.
• Sadece kendi transferlerini sağlayan genleri
taşıyan transpozonlara IS (insertion
sequences) elementleri denir.
İntronlar • Transfer genleri yanı sıra antibiyotiklere direnç
transkripsiyondan sonra genlerini taşıyan transpozonlara kompleks
RNA splicing işlemi ile transpozonlar denir.
çıkarılmaktadır: • Hücreden bağımsız kendi replikasyonlarını
sağlayacak genetik bilgiye sahip değillerdir.

32
Kromozomlar üzerinde bulunan bölgeler
Sentromer sayıları farklı olabilir
Sentromer
• Hücre bölünmesi sırasında kromozomu
mitotik iplikçiğe bağlayan proteinler için bir
bağlantı alanı olarak iş gören DNA dizisidir.
• Kromozom da kardeş kromatitleri bir arada
tutar
• Bu bağlantı, kromozom ve kromatidlerin
mitoz ve mayoz sırasında kardeş hücrelere eşit
ve düzenli olarak dağıtım için gereklidir.
• Sentromer kardeş kromatidlerin mitoz
sırasında zıt kutuplara gidebilmeleri için
bölünür.
• Sentromerler Mayoz sırasında ise mayoz II’ye
• Ökaryot hücre bölünmesi sırasında kromozomda kadar değişmeden kalır.
– 1 tane Sentromer,
– 2 adet Telomer ve
– Birçok replikasyon origin bölgeleri bulunmaktadır.
Sentromere göre kromozom sınıflandırılması  Telomer:

Kromozom şekilleri ökaryotik doğrusal kromozomların uçlarında bulunur,
• Somatik kromozomların şekilleri, metafaz evresindeki gen kodlamayan, özelleşmiş heterokromatin yapılarıdır.
morfoloji ve görünümlerine göre oluşur. • Telomerlerin varlığı, kromozomların uçlarının rastgele çift
• Sentromerin lokalizasyonu,total ve kol uzunluklarına göre zincir DNA kırılmalarından koruyarak istenmeyen kromozom uçlarının
gruplandırılırlar. birleşmesinden ya da kromozomu nükleolitik parçalanmadan korur.
2.
4. Telosentrik
1. Metasentrik Submetasentrik 3. Akrosentrik
kromozom :
kromozom: kromozom : kromozom :
Sentromeri en
Sentromeri Sentromeri Sentromeri
uçta bulunan
ortada ve iki merkezden uzak kromozomun bir
kromozomlar
kolu birbirine ve iki kolu ucuna çok yakın
olup,normal
eşit olan birbirine eşit olan
insanda
kromozomlardır. olmayan kromozomlardır
görülmezler.
kromozomlardır.

33
Kromozomların fiziksel korunmasının dışında telomerin görevleri Replikasyon orijini ?
Telomer, Telomeraz, Yaşlanma
• Kromatin organizasyonu,
• Kromozom üzerinde ikileşmenin
• Kromozomların replikasyonu ve • Bu bölgeler ayakkabı bağlarının uç kısımlarındaki plastik başladığı ilk bölgedir.
parçalar gibidirler ve kromozom uçlarını yıpranmaktan • DNA ikileşmesi (replikasyonu) bu
• Hücre çoğalmasını gibi önemli hücresel görevleri vardır. noktadan itibaren ya tek olarak
korurlar. devam eder ya da ikiye ayrılarak
• kromozomlar her kopyalandığında, kromozomların uç ikileşme çatalını oluşturur.
• Prokaryotlar halkasal kromozomda
kısımlarındaki telomerlerde kısalmalar olur. Birkaç yüz bir tane ikileşme orijini
kopyalamanın ardından, kromozomun uçları o kadar kısalır ki bulundururlar.
genler tehlike altına girer. İnsan vücudundaki telomerler yılda • Ökaryotlar kromozomlaında birçok
ikileşme orijini bulundurular.
yaklaşık olarak 30 harf kısalırlar, bazı dokularda bu sayı daha • Çoklu ikileşme orijini genetik
fazla olabilir. Hücresel yaşlanmanın ve belli bir yaştan sonra materyallerin eşlenmesinde hız
kazandırır.
gelen çöküşün nedeni budur aslında. 80 yaşındaki bir insanın
• Buradaki her bir tekli orijin oluşturan
telomer boyu, doğumdakinin yaklaşık 5/8 i kadardır. DNA segmenti "replikon" olarak
isimlendirirlir.

• Hücrelerde mitozdan sonra döngü

İğ iplikleri Kinetokorlar Mitoz G1-S-G2 ve M (Mitoz) şeklinde tekrarlanır.
Bu süreçte • Hücrenin bölünme sinyali almadıkları
hücre uyarımı, büyüme ve sürece istirahat fazı G0 denir.
• Hücre bölünmesi sırasında homolog kromozomların (mayoz) veya • G1, S, G2 hücre siklusunun %90’nını
kardeş kromatidlerin (mitoz) sentromerlerinden tutunarak karşı kutuplara • Sentromerlerin üzerinde olup bölünme meydana gelmektedir.
kapsar ve 16-24 saat sürer.
çekilmesini sağlayan ipliksi yapıdır. sentrozomlardan gelen iğ ipliklerine • Mitoz bölünme (M)ise 1-2 saat
kanca görevi gören kinetokor sürmektedir.
• S fazında eşlenen sentrozomlar profaz sırasında ayrı kutuplara doğru
miktotübülleri oluşur. • G1 fazında hücreler kendi çevrelerini
hareket eder.
• Bunlardan farklı olarak iki sentrozom kontrol eder, sinyalleri alır ve büyümeyi
• Mikrotübüller interfaz sırasında hızla parçalanır ve serbest kalan tübülinler indükler. Bu fazda DNA replikasyonu için
arasında uzanan kutupsal
sentrozomlardan ışınlar halinde yayılacak şekilde yeniden polimerleşir hazırlık yapılır. RNA ve protein sentezi olur.
mikrotübüller ise bölünme sırasında
(yıldızsı mikrotübüller). • S fazında ise DNA replikasyonu olur.
hücrenin kutuplarını ters yönlere • G2 fazında hücre büyümeye devam eder
iterler. aynı zamanda RNA sentezi, protein sentezi
• Hücre bölünmesinin gerçekleşir ve hücre mitoza hazırlanır.
tamamlanmasını takiben iğ iplikleri • M (Mitoz); profaz, metafaz, anafaz ve
tübülinlere ayrılarak tekrar hücre telofazdan oluşmaktadır.
iskeletini oluşturan interfaz • Telofazda sitoplazmik bölünme
tamamlanır ve aynı genetik materyalli iki
mikrotübüllerine dönüşürler. yeni hücre meydana gelir.

34
Hücre döngüsünün GAP fazları önceki bölünmenin doğruluğunu
kontrol ederken sonraki bölünmeye hazırlık oluşturur.
• Hücre siklusunda bir faz

tamamlanmadan sonraki faza
geçilirse genetik materyal tam ve
doğru kopyalanmadığı için
hücrede hasar meydana gelebilir.
• Hücre siklusunda G1-S geçişinde,

G2-M geçişinde ve metafaz-anafaz
geçişinde kontrol noktaları vardır.
Bu kontrol noktalarında hücrenin siklusa devam

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,
edip etmeyeceği kararı verilir.
hmokuyan@gmail.com,
• Cohesin mitoz veya mayoz sırasında Cohesin ve Condensin

G1-R kontrol noktaları kardeş kromatid ayrılmasını
düzenleyen bir protein kompleksidir.
• Hücre büyümesi G1 fazında
• Cohesin dört alt birimden, Scc1, Scc3,
kısıtlayıcı nokta (R point) Smc1 ve Smc3 oluşur. Smc1 ve Smc3
tarafından koordine edilir. Structural Maintenance of
Chromosomes (SMC) familyasının
üyeleridir.
• R point noktada hücre ya
durur veya siklusunu
• Condensin Ökaryotik kromozom
tamamlar. yapımı ve segregasyon merkezi bir rol
oynayan protein kompleksidir.
• condensin I ve condensin II olarak

ayrılıp, SMC familyasının SMC2 ve
SMC4 birimlerinden oluşur.
35
Bivalent attachment-Monovalent attachment
• Bivalent attachment: Mikrotübüllerin her iki kromotidlerdeki kinetokorlara

bağlanması
• Monovalent attachment: Mikrotübüllerin sadece tek kromotitdeki
kinetokora bağnlamasıdır.

Mitoz parental kromozom sayısını düşürmezken, Mayoz parental MAYOZUN SAFALARI

Maternal-Paternal-Parental-Kiazma kromozom sayısını yarıya düşürür. MAYOZ I
Ebeveynden gelen
İNTERFAZ
• Mayoz Eşeyli üreyen, organizmalarda eşey hücrelerinin kromozom PROFAZ
sayısını yarıya indirmek amacıyla gerçekleşen bölünme çeşididir. ◦ Leptoten
• Böylece iki haploid hücre, fertilizasyon ile birleşince diploid (2n) zigot ◦ Zigoten
Anneden gelen
Babadan gelen oluşabilir. ◦ Pakiten
◦ Diploten
◦ Diakinez
METAFAZ MAYOZ II
ANAFAZ PROFAZ
TELOFAZ METAFAZ
ANAFAZ
Homolog kromozomların TELOFAZ
birbirine değerek krosing
over oluşturdukları bölge
Bivalent yapı:hmokuyan@gmail.com,
2 hmokuyan@gmail.com,
Mayoz II Mitoz bölünmenin aynısıdır. hmokuyan@gmail.com,
hmokuyan@mku.edu.tr
homolog kromozom hmokuyan@mku.edu.tr hmokuyan@mku.edu.tr
36
Crosover-Crossing Over
• Mayoz I in en önemli olayları Crossing Over olayı ve Homolog kromozomların

ayrılmasıdır.
• Crosover Mayozun profaz I evresinde çift halde bulunan kromozomların yaptığı
parça değişimidir.
• Farklı kromozomlar sinapsis olayı ile alelleri birbiriyle yer değiştirir. Sonuçta
genetik rekombinasyon meydana gelir.
• Krosover genellikle, eşleşmiş kromozomların eşleşme bölgelerinin kırılıp sonra
tekrar diğer kromozomla birleşmesi sonucu meydana gelir.

Histonlar DNA’YI
GEVŞETEREK
DAHA AZ
Kromozom oluşumunda proteinler • Çoğunlukla ökaryotik hücrelerde bulunan, küçük molekül ağırlıklı, bazik KOMPAKT
proteinlerdir. OLAN
ÖKROMATİNE
• Ökaryotik kromozomlarında DNA’ya bağlanan proteinler • Lizin ve arginin içeriklerine göre, H1 (veya H5), H2A, H2B, H3, H4 ve arkeal PAKETLENMESİ
• 1.Histonlar- Bazik histonlar olmak üzere 6 tiptir.
• 2.Histon olmayan proteinler-Asidik • H3 ve H4 are arjinice zengin
• H2A ve H2B lizince daha zengin TRANSKRİPSİYON,
• Her iki sınıftaki proteinler ökaryot hücrelerin
çekirdeklerindeki DNA ile beraber kromatin karmaşımını • Arjinin ve lizin, histon proteinlerinin bazik ve pozitif yüklü olmasına Histonlar bir REPLİKASYON,
neden olur. çok hücresel DNA’NIN REKOMBİNASYON
oluştururlar. olayı BASKILANMIŞ, VE TAMİR
• Ökaryotlarda kromatin oluşmasında DNA'nın bazik histon proteinlere HETEROKROMA
• Histonlar kromatindeki toplam kütleleri DNA’nınkine bağlanması önemli bir rol oynar; prokaryotlarda ise çeşitli başka protein
düzenlerler.
TİN, ŞEKLİNDE
eşittir. türleri DNA'ya bağlanır. PAKETLENMESİ
• Histon proteinleri, histon olmayan proteinlere göre  Histonların bazik kalıntıları ile DNA'nın şeker-fosfat omurgasındaki asidik fosfatlar
daha küçüktür. arasındaki iyonik bağlar, non-spesifik bir etkileşim oluşturur.
 Bu etkileşim baz dizisinden büyük ölçüde bağımsızdırlar.

37
Histon kuyrukları Histonların Post-translasyonal modifikasyonlar nelerdir? Histon modifikasyonlarının genel etkileri nelerdir?
• Histonların her birinin DNA-Histon oktomeri yapısından dışarı uzanan ‘’N’’ ucu uzun bir
amino asit kuyruğu oluşturur. • Asetilasyon
• Histonlar hücresel olayları histon kuyruklarının post-translasyonal modifikasyonları ile • Metilasyon
düzenlerler. • Fosforilasyon
• N –terminal kuyruklar kovalent olarak post-translasyonal modifikasyonlarla modifiye • Ubikuinasyon
edilirler.
– Diğerleri
• Histon kuyruklarının modifikasyonları kromatinin konfigürasyonlarını ve dolayısıyla gen
ekspresyonunu etkiler. sumoylasyon, ribozilasyon, glikolizasyon, biyotinasyon ve karbonilasyon.
• Bu kimyasal değişimler, DNA'nın histonlarla etkileşimini etkiler, bunun sonucunda
DNA'ya transkripsyon faktörlerinin erişimi ve transkripsiyon hızı değişir.
Ac - acetil (lysine), Me - metil (lysine), P -

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,
fosphoril (Ser veya Thr)
hmokuyan@gmail.com,
Histon kuyruklarının asetilasyonu kromatin yapısını çözerek transkripsiyona

imkan sağlar.
Monomerler
Dimerler
Oktamer
Histon asetiltransferazlar (HATs) Tetramer
Histon deasetilazlar(HDAC)s
1 tetramer (H3+H4)+2 dimer (H2A+H2B) =OKTAMER
38
İskelet (scaffold) proteinler
Scaffold proteinler
 Scaffold kromozom yapısında 30 farklı protein izole edilmiştir.
 Scaffold proteinlerinin bazılarının işlevsel görevleri olan “DNA binding” proteinlerdir.
Scaffold Nonhiston proteinler  Bu iskelet proteinleri, kromozom yapısına katılan proteinlerin %10’unu oluşturmaktadır.
kromozomlarda  İzole edilen 30 proteinden 2 tanesinde belirgin bir yoğunluk görülmektedir.
merkezi bir iskelet  Bunlar:
oluştururlar.  1.Topoizomeraz II (Topo II)
 2. SCII (Bir çeşit ATPaz): Mitotik kromozom yoğunlaşmasında ve kardeş kromatidlerin
dağılımında gereklidir.
Nonhiston High Mobility Bu özellikleri ile
Proteinler Group (HMG) yapısal bir görev
yüklenen nonhiston Metafaz kromozomunun elektron mikrografisi.
proteinlere Scaffold-central core-kromozom yapısı boyunca ana iskelet
“kromozomal ya da olarak yapısını korumaktadır.
metafaz iskelet
Regülatör (scaffold) proteinler
denir.

*DNA üzerinde değişen aralıklarla tekrarlayan bazı baz dizilerinin, SAR(Scaffold Attachment Region) :

• SAR’lar veya MAR’lar hücre yaşam evreleri boyunca sabit olarak kromozom
nonhiston proteinlerince tanınmasıyla olmaktadır. MAR (Matrix Attachment Region)
iskeletinde nonhiston proteinler tarafından bağlı tutulurlar.
 “Bu bölgelere SAR (Scaffold Attachment Region) veya MAR (Matrix
Attachment Region) denir.” • 300-1000 bp’lik dizinler olup, • Çekirdek iskeletini oluşturan proteinler (Lamin A, B ve C …) de aynı SAR
üzerlerinde birden fazla bölgesini tanır. Ama diğerinden farkı hücre evrelerinde değişiklik gösteren geri
bağlanma bölgesi dönüşümlü bir bağlanma gösterirler.
bulundururlar.
• Protein kodlamayan
bölgelerdir.
• 3-112 kb aralıklarla
yerleşimlidir.
• Bazı SAR’lar “enhancer”
benzeri düzenleyici elemanlara
çok yakın bulunurlar.
• Genellikle gen aktivasyonunda
Scaffold yapısına bağlanan loop rolü olup, nükleaza duyarlı
bölgelere yakındırlar.
(halka) oluşumunun kontrolü  Drosophila’da haritalanan bazı loop domain’leri.
hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,  Gen lokusları ve SAR (scafford Attachment Region) bölgeleri
hmokuyan@gmail.com,
39
Kromozom yapısında diğer proteinler High-mobility group proteins (HMG)
“DNA binding” proteinler
• HMG kromozomal protein grubu olup transkripsiyon, replikasyon, rekombinasyon
MCP1( Metafaz kromozom protein1): Mitoz sırasında yoğunlaşan kromozoma ve DNA repair mekanizmasında görev alır.
ve interfaz sırasında nüklear matrikse sıkıca bağlanır.
• Bükülmüş veya distorte olmuş DNA'ya bağlanır.
CEN-C ve CEN-E (Sentromerik Proteinler): Kinetokor fonksiyonunda • Bu proteinler, bitişik nükleozom gruplarını bükerek daha büyük ölçekli yapılar
gereklidirler. oluştururlar ve kromozomları meydana gelmesinde rol oynarlar.
INCENPs (İç Sentromerik Proteinler): Anafazın başlangıcından sitokineze kadar
kromatid adezyonunun devam etmesinden sorumludur.

HMG protein nükleozumun stabilitesinin korunmasına yardımcı olur. DNA’dan-Kromozom aşamaları

High Mobility Group (HMG) Proteinler : Bağlayıcı Bir nükleozomda aynı grup HMG proteini bulunur.
Proteinlerdir.
• 1. Nükleozom
• Bağlanma bölgelerinde DNA ve kromatinde kısa ve uzun alan değişikliklerine
neden olurlar. • 2. Solenoid
• Ceşitli regulatör proteinlerinin bağlanma dizilerinde bulunurlar. • 3. Kromatit
• HMG proteinlerinin, hücresel fenotipi etkileyen birtakım proseslerin
regülasyonunda, DNA ve kromatinin yapısal modifikasyonuna yol açar
• Bazı HMG proteinlerinin genetik kodlanmasındaki değişikliklerin, iyi huylu
bazı tümör hastalıklarıyla bağlantı gösterdiği bulunmuştur.
• HMG-1 ve HMG-2 proteinleri anti-kanser ilaç olan cisplatinyumun etki
mekanizmasında önemli bir rolü olduğu saptanmıştır.
• Otoimmun hastalıklı bireylerde HMG proteinlerine karşı antikorlar
saptanmıştır.

40
1.Nükleozom aşaması Nükleozomlar sicim üzerine dizilmiş boncuk taneleridir. Nükleozomda DNA ile Histon nüvesini bir arada tutan
etkileşimler
• DNA’nın, hücre çekirdeğinin içerisindeki paketlenmesinin ilk basamağıdır
• Kromatinin tekrarlayan alt birimleridir. • Tesbih= İp+Boncuk • 1. Hidrojen bağları-142 tane
• Nükleozomlar, DNA ipliğinin histonlar üzerine sarılmasıyla oluşan yaklaşık 100 A0 • DNA=İp
• Boncuk= Nükleozom • 2. Hidrofobik etkileşimler
aralıklarla yerleşmiş 4'lü formda bulunan nükleoproteinleridir.
• Kısa süreliğine nükleaz enzimi ile muamele edildiğinde nükleazlar, nükleozom • 3. Tuz bağları
• Yapısında,145-147 bç DNA ve histonun 8’li oktamer yapısı mevcuttur. yapılarını birbirine bağlayan linker DNA’yı keser.
• 11 nm çapındadır.
• Bütün yapı, 100.000 dalton’dur.
• Her nükleozomda H2A,H2B,H3 ve H4 histonlarından ikişer tane bulunur.
• H1 histonu herbirinden 2 adet bulunan 4 nükleozomal proteini sarıp bir arada tutan
linker DNA ya da spacer DNA bağlanarak nükleozomun oluşmasını sağlar.
• Nükleozomlar üst üste kıvrılarak nükleozom paketlerini oluşturur, kıvrımların
artmasıyla kromatin ipliği yoğunlaşır.

2. Solenoid yapının oluşması 3. Kromatid aşaması-Solenoid organizasyonu Loop formation: Kromatin fibrillerinin oluşturduğu yapı
• 30 nm solenoid organizasyonu ile oluşan fiberin halkalar şeklinde yine • Nükleozom- solenoid- süpersolenoid paketlenme modeli ile ancak 30 kez
• Nükleozomun daha ileri katlanan DNA molekülü, metafaz kromozomu halinde iken 8-10 bin kez
organizasyonu 6 nükleozom protein bir iskelet üzerinde şekillenmesi ile 300 nm çapında kromatin
iplikleri, sonrasında ise 700 nm çapında kromatid yapı, sonrasında ise 1400 sıkışmıştır.
biraraya gelerek helikal kromatin
yapısını daha da sıkılaştırarak nm metafaz kromozomlarının oluşturmasını içerir. • Bu yapı DNA’nın belli bir iskelet yapısı üzerinde kıvrılıp loop formasyonu
oluşturduğu yapıdır. • Nükleozomları birbirine bağlayan Linker DNA uzunlukları farklı oluşturması ve yoğunlaşmasıyla meydana gelir.
• 30 nm çapındadır. olabilmektedir. • Kromatin fibrilleri 30 nm’den daha yukarı seviyelerde, scaffold
• 30 nm fiber yapı hem interfaz hem proteinlerince 50-150 kb uzunluğundaki loop domain’leri oluşturmaya
mitoz kromozomlarında bulunur. zorlanırlar. “ Loop formation” modeli 300 nm yapı içerisindedir.

41
DNA üzerindeki nükleozomların yerleşimini 2 etken
belirlemektedir. Nükleozomlar sabit midir?
• 2nm çapındaki DNA • 1. DNA’nın minor oluğunda A-T den zengin dizileri sıkıştırmak ve açmak, G-
• 11 nm çapında nükleozom C den zengin dizilere göre daha kolay olduğundan, her histon oktameri ile • ATP güdümlü kromatin yeniden biçimlendirme
DNA’nın temas yerinde A-T den zengin diziler bulunur. düzenekleri nükleozomun yapısını
• 30 nm kromatin iplikleri değiştirmektedir.
(solenoid)  Ayrıca oktamerin dış yüzeyinde ise DNA nın esnek olduğu yerler A-T den
• Nüve histonları ile DNA arasındaki bağlantı sabit
• sayısız 30 nm solenoidler zengin bölgeler olduğu için DNA oktomere daha rahat sarılabilmektedir.
olmayıp, ATP hidrolizi ile açığa çıkan enerji
• 300 nm çapında kromatin kullanılarak nükleozomların yapısı geçici olarak
iplikleri • 2. DNA’ya esneklik sağlayan DNA üzerindeki diğer proteinlerde nükleozom değiştirilip DNA’nın histon nüveye daha gevşek
yerleşimini belirlemektedir. bağlanması sağlanır.
• 700 nm çapında kromatit
• Nükleozomun yeniden biçimlendirilmesinin 2
• kardeş kromatitler önemli sonucu vardır.
• 1400 nm kromozom • 1. Gen ifadesi, DNA replikasyonu, DNA onarımı
sırasında ilgili proteinlerin nükleozomal DNA’ya kolay
ulaşması sağlanır.
• 2. Nükleozomların DNA boyunca yer değiştirilmesi,
hatta histon nüvelerinin bir DNA molekülünden diğer
DNA molekülüne aktarılması sağlanır.

DNA’dan Kromozoma DNA Paketlenmesi DNA paketlenmesi

Histone Histone
octomer octomer
Histone proteinleri Histone proteinleri
B DNA Helix 2 nm B DNA Helix 2 nm

42
DNA Paketlenmesi DNA Paketlenmesi DNA Paketlenmesi
11 nm Histone Histone H1 Histone H1
octomer
Histone proteinleri
Nucleosome
B DNA Helix 2 nm

DNA Paketlenmesi DNA Paketlenmesi

“Beads on 11 nm 11 nm
a string” Nucleosomes
Metaphase
Chromosome
30 nm Looped 30 nm 700 nm
Tight helical 200 nm Domains Tight helical fiber 200 nm Looped Domains
fiber
2 nm
Protein scaffold Protein scaffold
hmokuyan@gmail.com,
B DNA Helix hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,
43
İnsan Genom Projesi İnsan Genom Projesi İnsan Genom Projesi
• İnsan genomunun ökromatik bölümünün • Uluslararası bir örgüt olan insan genom • Medikal Önemi
dizilenmesini amaçlar. organizasyonu (HUGO) insan genom projesinin bir – Kuramsal ve uygulamalı tıbba önemli getirisi vardır
• Uluslar arası işbirliği ile 1990 da başlatıldı. çok yönüyle ilgilenir.
– İnsan genlerinin tam anlaşılması;
– 5 büyük merkezin (dördü Birleşik devletlerde biri Birleşik – Gen ve genom işlevleri (işlevsel genomik)
• daha kesin tanı konmasına,
krallıkta) liderliğinde yürütülmektedir – Tüm transkripsiyon süreci (transkriptom)
• genetik risklerin daha iyi değerlendirilmesine
– Amerika, İngiltere, Fransa, Almanya, Japonya, Çin – Tüm insan proteinlerinin analizi (Proteom)
katılımıyla sürdürülmektedir • ve tedavilerin geliştirilmesine yol açacaktır
– Karşılaştırmalı genomik
– Yaygın karmaşık hastalıklara neden olan bazı allel haplotip
• İnsan genom dizininin ilk taslağı 2001 de tam – Çok büyük miktardaki veriyi değerlendirebilmek için yeni
bileşimlerinin belirlenmesi muhtemeldir
versiyonu 2004 te yayınlandı. yöntemlerin geliştirilmesi (Biyoinformatik)
– Epigenetik işlevler (epigenom)

A-G : • Kromozom grupları

Kromozom Terminolojisi End : • endoreduplikasyon
1-22 : • Otozom numaları

S: • satellit
X ve Y : • Eşey kromozomları
• Danver, Chicago ve Paris konferanslarında kabul p: • kromozomun kısa kolu Chi : • kimera
edilen adlandırma sistemine göre
q: • kromozomun uzun kolu
Mat : • maternal orijinli
simgeler ve anlamları Cen : • sentromer
Pat : • paternal orijinli
• Asentrik kromozom
Ace :
parçası(sentromer yok)
Dic : • disentrik kromozom (iki sentromerli) Ter : • terminal ya da uç
44
• Eksilme,46,XY,del(5),(p14);5.kromozomun kısa
Diyagonal(/) ; mozaik durumlarda, Del (delesyon); kolunun 1.bölgesinin 4.bandında terminal bir r (ring) : • Yüzük veya halka şeklindeki kromozom ; 46,XY,r(16)
değişik yapıdaki hücre gruplarını • Örnek 46,XY/47,XY,+21(%30) delesyonu göstermektedir.
ayırmada kullanılır. • İki yada daha fazla kromozom arasındaki parça
değişimlerini belirtir; dengeli veya dengesiz olabilir.
• Artma,46,XX,dup(1),(q22q25); 1.kromozomun q22 46,XX,t(2;5)(q21;p14);2 ve 5 numaralı
Dup (duplikasyon) ; ve q25 bandları arasındaki bir duplikasyonu t(translokasyon) : kromozomlar arasında resiprokal translokasyon,
Artı (+) simgesi ; özel bir kromozomdaki gösterir. 46,XY,t(13;21)(p11;q11) ise 13.ve 21.
sayısal veya yapısal bir artışı göstermek • 47,XY,+18 ve 47,XXY veya 1p+ kromozomlarda Robertsonian translokasyonu
için kromozomdan önce yazılır. gösterir.
• 46,X,i(Xq) ; X kromozomlarından birisinin uzun kolu
İ (izokromozom) ; için izokromozomu gösterir. • marker kromozom,orijini kesin olarak
mar(marker) : bilinmeyen anormal bir kromozomdur.
Eksi (-) simgesi ; kromozomdaki sayısal
• 45,XY,C-46,XY,5p- gibi • küçük sentromersiz kromozom parçasını ifade
veya kısmi bir kaybı gösterir. • ters dönme,46,XY,inv(2)(p;q) ; 2.kromozomda bir min(minute) :
İnv (inversiyon) ; perisentrik inversiyonu,46,XY,inv(3)(p13.p13) ise eder.
parasentriktir.
• kromozom kolları üzerinde görülen az
Soru işareti (?) ; ilgili kromozomun fra(frajil bölge) :
boyanan açılmalardır.
numarası ya da yapısına ilişkin • iki veya daha fazla kromozom arasında gözlenen
• 47,XX,?G+,47,XY,?21+ gibi.
tanımlamanın kesin olmadığını ve Der (derivatif) ; yeniden düzenlemeleri gösterir.
kuşkulu olduğunu gösterir. 46,XY,der(5)t(5;7)(p15;p11). sce : • kardeş kromatit değişimini gösterir.
hmokuyan@gmail.com,
hmokuyan@mku.edu.tr
45

Nükleik Asitler Kromozom Genom

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Nükleik Asitler Kromozom Genom

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Nükleik asitler,

Öğr. Gör. Dr. Hamza Malik OKUYAN

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

• Hücresel DNA’nın toplam

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

Nükleik asit nedir? Transformasyon

• Kalıtsal bilgiyi taşıyan ve kullanılmasını sağlayan

• Bu bilgiyi protein sentezine de aktarırlar.

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

• Genetik materyal olan molekül 4 önemli

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

– İnsan vücudunda tahmini 1016

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

Hastalıkların genetik özelliklerinin

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

Tek kopya gen Genetik parmak izi

A Geni B Geni C Geni İnsülin ekspresyonu

4 temel moleküler genetik olay

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

Genetik kod nedir?

• DNA yapısında yer alan 4 baz eşit oranda bulunmaz.

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

• RNA molekülü hem tek hem de çift sarmal DNA’dan daha

Nükleik asitlerin yapısını oluşturan üniteler

• Çift sarmaldaki dört Pentoz şekerler, pürin ve pirimidin bazları

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

Adenin Adenozin Adenozin monofosfat Nükleik asit yapısı Polinükleotitler nelerdir?

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

• Deoksiribonükleik asitler (DNA)

• Ribonükleik asitler (RNA)

DNA & RNA DNA’nın yapısı

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

• Her bir fosfatın iki asidik grubu fosfodiester bağıyla

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

DNA’ nın anti paralel sarmalları DNA’ nın baz çiftleri

DNA (Çift Sarmalı)

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

• Heliks yapısının yarısının açıldığı ısıya, DNA’nın erime derecesi

• Formamide ve Üre hidrojen bağlarını ayırır

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

UV ışığı DNA’ da hasar oluşturabilir • DNA molekülü uygun ortam

• DNA’nın tek bir sarmalının,

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

• Bazı RNA molekülleri reaksiyonların katalizörü olarak

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

Mikro RNA miRNA Gen düzenlemesi Çoğu ökaryot

– Nükleotid sayısı 500-4500+

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

• Ribozomal RNA (rRNA): Ribozomların bileşimi

– Memeli ribozomlarının sedimentasyondaki çökelme hızları

– rRNA molekülleri sedimentasyon katsayıları yönünden

– ribozomları oluşturmak üzere proteinlerle ilişkiye girerler.

– Nükleotid sayıları 100-3000

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

Gut Hastalığı Lesch-Nyhan sendromu

hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com, hmokuyan@gmail.com,

Pürin nükleozid fosforilaz eksikliği