Bộ gene học - Genomics

Bộ gen học là ngành khoa học nghiên cứu

về bộ gen và vai trò của chúng, bao gồm
riêng lẻ từng gen hay toàn bộ các gen, nhằm
xác định cấu trúc, mà chúng điều khiển sự
tăng trưởng và phát triển, cũng như kiểm
soát các chức năng sinh học
 Bộ gen học
Thomas Roderick là người đã đặt tên môn học là “bộ gen
học” năm 1986, liên quan đến ngành khoa học mới về vẽ
bản đồ gen, xác định trình tự chuỗi và phân tích bộ gen.

Tuy nhiên, môn học này hiện nay đang chuyển hướng dần
từ việc vẽ bản đồ và giải mã trình tự chuỗi sang hướng
phân tích chức năng của gen.

Thể hiện việc chuyển hướng này sự phân tích bộ gen ngày
nay có thể được chia làm 2 lãnh vực rõ rệt: nghiên cứu
cấu trúc và chức năng của bộ gen.
Cấu trúc bộ gen, lãnh vực này tượng trưng cho giai
đoạn khởi đầu của việc phân tích bộ gen và có điểm
dừng rõ rệt – là việc xây dựng bản đồ di truyền có độ
phân giải cao, bản đồ vật lý và bản đồ sao mã của
sinh vật.
Mục đích cuối cùng của bản đồ vật lý ở sinh vật là giải
mã toàn bộ trình tự chuỗi bộ gen của sinh vật.
Chức năng bộ gen, liên quan đến sự phát triển và ứng
dụng toàn bộ các phương pháp thí nghiệm để đánh giá
chức năng của các gen bằng cách dùng thông tin và
các phản ứng hoá học được cung cấp bởi cấu trúc bộ
gen.

Lãnh vực này được đặc tính hoá bởi các phương pháp
thí nghiệm trên diện rộng kết hợp với việc phân tích
thống kê máy tính của các kết quả.
 Bộ gen

Cấu trúc bộ gen Chức năng bộ gen

Phân tích liên kết Sự biểu hiện gen
DT tế bào phân tử Forward Genetics
Bản đồ vật lý Reverse Genetics
Trình tự chuỗi EST Tin sinh học
Trình tự chuỗi bộ gen So sánh bộ gen
Tổ chức bộ gen Protein học
Biến dưỡng học
XYZ omics???
Tin sinh học hay Sinh học máy tính thực hiện vai trò then chốt và mở
rộng phạm vi nghiên cứu này: khi đó cấu trúc bộ gen được đặc tính
hoá bởi việc quản lý dữ liệu còn chức năng bộ gen sẽ được đặc tính
hoá bởi việc khai thác bộ dữ liệu đặc biệt là những thông tin giá trị.

Chức năng bộ gen hứa hẹn làm rút ngắn nhanh khoảng cách giữa
trình tự chuỗi và chức năng và tạo ra những hiểu biết mới về đặc tính
của các hệ thống sinh học
 Dữ liệu trình tự chuỗi có thể cung cấp thông tin cơ bản cho:
z Việc phát triển các kiểm nghiệm chẩn đoán các bệnh ở người,
trên thực vật và động vật.
z Việc tìm ra những dấu di truyền nhằm giúp các nhà chọn giống
lai tạo giống mới nhanh hơn.
z Việc phát hiện các vi khuẩn với khả năng duy nhất sinh hoá
trong quá trình công nghệ chế biến lương thực.
z Việc phát hiện sự lây nhiễm di truyền đối với vài loại bệnh.
z Việc phát hiện sự lây nhiễm vi khuẩn trên thực phẩm và máu.
z Việc phát hiện các ĐB của HIV kháng thuốc và các tác nhân gây
bệnh khác nhằm giúp bệnh nhận có được thuốc mớI hiệu quả hơn
z Việc phát triển các liệu pháp như vắc xin DNA hoặc liệu pháp gen
TỔ CHỨC & CẤU TRÚC
BỘ GEN THỰC VẬT
 CÁC KHÁC BIỆT CHÍNH GIỮA BỘ GEN NHÓM SINH VẬT
TIỀN HẠCH VÀ SINH VẬT CHÂN HẠCH

Nhóm Kích Nhiễm Tâm Đoạn Tổ chức Trình

sinh vật thước sắc thể động đầu tự lặp
bộ gen mút
Tiền dạng mật độ không
hạch nhỏ vòng đơn, không không gen cao, có
một ít không có hoặc ít
thẳng “intron”
Chân mật độ nhiều
hạch lớn thẳng, kép có có gen thấp,
có “intron”
 Kỹ thuật “động thái tái bổ sung DNA”
(Reassociation Kinetics)

Các thí nghiệm “Reassociation kinetic” được biểu hiện

bằng cách làm tách sợi đôi DNA và cho phép chúng bắt
cặp trở lại hoặc là phân tử DNA với những phân tử khác
như DNA hoặc RNA. Động thái bắt cặp trở lại này sẽ
cung cấp dữ liệu có thể được dùng để phân tích toàn bộ
cấu trúc, tiến hoá và sự biểu hiện bộ gen của loài.

Nhiệt độ làm biến tính sợi đôi DNA là 100oC

 Làm thế nào chúng ta có thể điều khiển
sự biến tính và hồi tính DNA?

Phương pháp thông dụng nhất là đo sự hấp thu

quang phổ (tia UV) thay đổi ở bước sóng 260nm.
Đặc tính quan trọng là làm biến tính sợi đôi DNA,
thành sợi đơn DNA khi đó hấp thu khoảng 40%
hơn so với sợi đôi ở cùng bước sóng 260 nm. Nếu
chúng đun nóng từ từ DNA sự hấp thu sẽ gia tăng
đáng kể trên một khoảng nhiệt độ ngắn
 Nhiệt độ nóng chảy : Tm

Là điểm giữa của sự dịch chuyển này

Dưới các điều kiện vật lý, nhiệt độ nóng chảy Tm thường
nằm trong khoảng 85-95oC. Như vậy, với các điều kiện
không làm thay đổi tế bào, sợi đôi DNA sẽ ổn định trong
tế bào.
Hình 1. Cơ chế DNA biến tính dưới tác động nhiệt. Nhiệt đ
ộ mà 50% đôi base bị biến tính được gọi là nhiệt độ nóng c
hảy, và ký hiệu Tm.
Hình 2. Nhiệt độ chính xác mà sợi DNA nóng chảy phụ thuộc nhiều yếu
tố. Hàm lượng GC là quan trọng bởi vì đôi base GC có 3 cầu nối
hydrogen khi được so sánh với đôi base AT có 2 cầu nối hydrogen. Như
vậy, càng nhiều GC thì nhiệt độ Tm càng cao.
Tm : 87oC với 40% nồng độ GC Tm : 95oC khi 60% nồng độ GC
 Quá trình nghịch : sự hồi tính

Sự biến tính DNA có thể bị đảo ngược

Đây là quá trình đòi hỏi phải hạ thấp nhiệt độ từ từ.

Khi nhiệt độ hạ thấp xảy ra, sẽ dẫn đến:

1. Các sợi đơn sẽ bắt cặp ngẫu nhiên trở lại.

2. Từng chuổi bổ sung ngắn kéo dài, sợi đôi DNA tạo
thành.
3. Sợi DNA sau đó sẽ gắn bổ sung lại để tạo cấu trúc
ban đầu
 Lai acid nhân (nucleic)

Là sự cặp đôi bổ sung của acid nucleic

Môt điều hiển nhiên nếu phân tử sợi đơn bị biến tính
thì nó có thể tái bắt cặp trở lại hoàn toàn. Nhưng nếu
hai phân tử riêng biệt cùng bị biến tính, chẳng hạn
DNA của lúa mì và DNA của lúa mạch DNA, sau đó
vùng bổ sung giữa hai sợi DNA có thể sẽ tạo thành
sợi đôi. Khả năng hai phân tử hồi tính được gọi là
hiện tượng lai.

Vấn đề là: Lai trong môi trường lỏng hay lai qua màng lọc???
Kích thước bộ gen liên quan đến bộ gen đơn bội do các tế bào
khác nhau trong sinh vật đơn bào có thể khác nhau số đa bội.
Các tế bào sinh dục thường đơn bội, trong khi tế bào sinh dưỡng
thường lưỡng bội.
Kích thước bộ gen được biết qua giá trị C, và được đo bởi động
thái tái liên kết. Sau khi biến tính, tốc độ tái liên kết phụ thuộc
vào kích thước bộ gen.
 Sự phân tích bộ gen bằng thí nghiệm “tái bổ sung”

Khi một phân tử DNA bị nóng chảy và được tái bổ sung, tính
phức tạp của bộ gen sẽ điều khiển tốc độ tái bổ sung sợi đôi
DNA sẽ được tạo thành.

Nếu chúng ta xem một phân tử đơn giản cấu tạo bởi các
thành phần GC thay đổi, phân tử này có thể sẽ tạo sợi đôi
nhanh hơn phân tử có cấu tạo bởi các khối lặp lại AGCT.

Do nhiều tổ hợp khác nhau của các base gia tăng, thời gian
cần thiết cho sự tạo thành sợi đôi hoàn toàn xảy ra sẽ gia
tăng. Sự hồi tính, hoặc sự tạo thành sợi đôi đòi hỏi sự bắt
cặp bổ sung ngẫu nhiên giữa hai phân tử sợi đơn.
 Phương pháp thí nghiệm

- cắt DNA cần phân tích thành những đoạn dài khoảng 300 bp.

- nung chảy DNA (thường trong dung dịch 0.12 M phosphate)

bằng cách đun trong 5 phút.

- nhanh chóng đặt ở nhiệt độ 60oC.

- lấy các ống vào những thời điểm khác nhau. Tách riêng các sợI
đơn DNA từ sợi đôi DNA bằng hydroxyapatite. Đo hàm lượng
DNA sợI được hấp thụ bởI bước sóng 260 nm.

- vẽ đồ thị số lượng sợi đơn đối với giá trị Cot. Giá trị Cot được
biểu thị bằng đường logarithm tương đương. Đồ thị này mô tả
đường cong giá trị Cot.
Hình 3. Đơn vị dùng
là số moles của
nucleotides/lít/giây
 Bộ gen càng lớn
trình tự chuỗi DNA
lặp lại càng nhiều

thời gian tái bắt

cặp càng lâu, giá trị
C càng cao
Tính phức tạp - được xem là
tổng chiều dài của các trình
Hình 4. tự khác nhau
Hình 5.
 DNA nhóm sinh vật chân hạch
(các thành phần nhanh, trung gian, và
chậm)

bộ gen của nhóm sinh vật chân hạch được đặc tính
hoá bởi các trình tự chuổi được tượng trưng bởi
nhiều bản sao khác nhau. Khi một trình tự được tìm
thấy nhiều lần trong bộ gen, nó sẽ tái bổ sung bắt cặp
nhanh hơn các trình tự khác tìm thấy chỉ có một trong
cùng bộ gen.

Như vậy, đường cong giá trị tương đương Cot đối với
bộ gen của nhóm sinh vật chân hạch sẽ khác hơn bộ
gen, như của vi khuẩn E. coli, chỉ chứa một trình tự
bản sao duy nhất.
Hình 6.
Làm thế nào để chuyển hoá tính phức tạp của
mỗi thành phần?

Sự so sánh giá trị Cot của mỗI thành phần này với E. coli
chuẩn

Tính phức tạp của thành phần chậm của bộ gen thì lớn
hơn đối với hai thành phần khác và được xem như đại
diện một phần bản sao đơn của bộ gen.

Tính phức tạp của thành phần chậm có thể được dùng
như ước lượng tốt nhất kích thước bộ gen.

Kích thước bộ gen sẽ là tổng chiều dài của tất cả các

trình tự chuỗi duy nhất.
Hình 7.
Hình 8.
Tính phức tạp của thành phần chậm hoặc bản sao
đơn của bộ gen có thể được xem tương đương vớI
kích thước bộ gen.

Thành phần chậm : 3 x 108 bp

Thành phần trung gian : 6 x 105
Thành phần từ chậm đến trung gian : 2 x 10-3.
Hình 9.
 SỰ BIẾN DỊ KÍCH THƯỚC BỘ GEN

Hàm lượng DNA của bộ gen đơn bội biến thiên trong
khoảng 5x103 đối với virus đến 1011 bp đối với thực vật
hiển hoa. Đối với động vật có vú chỉ có sự khác biệt
gấp 2 lần giữa giá trị C cao nhất và thấp nhất.
Tuy nhiên, có sự biến dị lên đến hàng trăm lần về kích
thước bộ gen của nhóm hiển hoa thực vật
Hình 10. So sánh kích thước bộ gen của các sin
h vật nhóm chân hạch
Hình 11. Hàm lượng DNA của bộ gen đơn bội của ngành sinh
vật. Khoảng giá trị trong ngành được tô đen
Hình 12. Kích thước bộ gen tối thiểu được tìm thấy trong ngành
sinh vật gia tăng từ nhóm SV tiền hạch đến động vật có vú
Động thái tái bổ sung : các trình tự lặp là đặc
điểm phổ biến của DNA nhóm SV chân hạch.

Các thành phần nhanh và trung gian được cấu tạo

các trình tự chuỗi được tìm thấy nhiều lần trong bộ
gen.

Các trình tự này được gọi là trình tự lặp và biến dị về

kích thước từ 100 bp đến 1000 bp hoặc hơn.

Hơn thế nữa, các tình tự này rất đa dạng bằng cách
thêm đoạn hoặc mất đoạn hoặc bằng cách thay đổi
trình tự chuỗi cặp base.
 Trình tự chuỗi phức tạp

Trong một ngành, số lượng gen trong mỗi sinh vật thì hoàn
toàn giống nhau mặc dù kích thước bộ gen có sự khác biệt
đến hàng trăm lần.
Người ta ước lượng rằng số lượng gen trong ngành thực
vật là 30 đến 50 ngàn gen, nhưng sự biến dị trong kích
thước bộ gen khoảng 100 lần (Arabidopsis so với lúa mì).
Đó là vì vài kích thước bộ gen lớn chứa tỉ lệ trình tự lặp
DNA cao.
Hình 13

Vùng DNA có đoạn lặp cao thường gặp quanh tâm động và hai đầu
mút của NST- đó là trình lặp ngẫu nhiên, trong khi đó trình tự lặp
trung bình là trình tự lặp phân tán nằm rãi khắp các nhiễm sắc thể.
 KHÁI NIỆM TRÌNH TỰ LẶP

Là những trình tự hiện diện hơn 1 bản sao trong mỗi bộ gen

Trình tự lặp ngẫu nhiên là những đoạn lặp nằm kế tiếp nhau
trên cùng nhiễm sắc thể

Trình tự lặp phân tán là những đoạn lặp nằm phân tán trên
các nhiễm sắc thể của bộ gen
Trình tự lặp trung bình: là trình tự lặp có cấu tạo chiều
dài khoảng 100-500bp, và số lần lặp khoảng 100-10.000
lần

Trình tự lặp cao: là trình tự lặp có cấu tạo chiều dài

ngắn khoảng <10bp, nhưng số lần lặp nhiều hơn khoảng
10.000 lần
Trình tự lặp cao và phân tán : chia làm hai nhóm

SINES (Short Interspersed Elements): là những trình tự

lặp phân tán ngắn : chiều dài đoạn lặp <500bp và có
khoảng 105-6 bản sao

LINES (Long Interspersed Elements): là những trình tự

lặp phân tán dài : chiều dài >5kb và hiện diện ít nhất 104
bản sao
 Chức năng của những trình tự lặp phân tán ???

Nhóm trình tự lặp có vai trò điều hoà biểu hiện gen

Nhóm trình tự lặp bản chất không có chức năng

(-DNA ích kỷ), đối với nhóm này có vai trò gây đột
bíến thêm/mất đoạn như Alu
DNA vệ tinh (Satellite DNA)

Minisatellite DNA

Microsatellite DNA
Phương pháp phát hiện DNA vệ tinh

Buoyant density (D)

(in a solution of CsCl)

D = 1.660 + 0.00098 (%GC) g/m3

Sự phân hủy các vệ tinh tinh sạch DNA

Đơn vị lặp căn bản có chiều dài là 358bp

và có cấu tạo một điểm “endonuclease
Hind I”.
Những đơn vị này đủ nhiều để có thể
thấy như là một băng đối vớI những
đoạn băng khác mờ thể hiện sau khi
điện di trên gel agarose và được nhuộm
với EtBr
 Đơn vị INTRON và EXON

INTRON: là đoạn DNA không dịch mã protein

EXON: là vùng mã hoá của gen

INTRON: phát hiện lần đầu tiên trên gen “ovabulmin” ở

gà, gen “globin” ở chuột và thỏ năm 1977. Chúng ít thấy
ở nhóm sinh vật tiền hạch nhưng đặc biệt không phổ biến
và ít hơn ở sinh vật nhóm chân hạch như “nấm men”
Sử dụng Minisatellite ở Người
(trong pháp y)
Microsatellite DNA
 Cấu trúc nhiễm sắc thể ở sinh vật chân hạch

Tâm động (centromere): là thể kiểm soát sự di chuyển

của nhiễm sắc thể trong suốt quá trình phân chia tế bào

Đoạn đầu mút (telomere): là đoạn tận cùng của nhiễm

sắc thể

Vùng dị nhiễm sắc chất (heterochromatin): là vùng tập

trung ở tâm động và hai đầu mút, ăn màu sậm khi tế bào
phân chia

Vùng đồng nhiễm sắc chất (euchromatin): là vùng nằm

giữa tâm động và hai đầu mút của nhiễm sắc thể, ăn màu
nhạt hơn
Kích thước nhiễm sắc thể ở các loài thực vật khác nhau
Vị trí trình tự lặp trên nhiễm sắc thể tiêu biểu
 TÓM TẮT
1. Có sự khác biệt đáng kể về kích thước bộ gen giữa nhóm sinh
vật tiền hạch với nhóm sinh vật chân hạch
2. Cùng trong một ngành, số lượng gen trong mỗi sinh vật hoàn
toàn giống nhau mặc dù kích thước bộ gen có sự khác biệt lên
đến hàng 100 lần
3. Sở dĩ kích thước bộ gen của sinh vật gia tăng, đó là do có tỉ lệ
phần trăm trình tự lặp cao

4. Sinh vật càng cao, càng có nhiều đoạn intron xen kẻ với những
đoạn exon trong mỗi gen của bộ gen loài
 Tổ chức bộ gen lục lạp
(Chloroplast Genome Organization)

Hầu hết nhóm thực vật hiển hoa bí tử (hạt kín-

angiosperm) và nhóm thực vật đất đều có
kích thước cpDNAs trong khoảng 120-160 kb;

Ngoại trừ 3 trường hợp dưới đây:

N. accuminati : 171 kb
Duckweed : 180 kb
Geranium (phong lữ): 217 kb
Cấu tạo của cp DNA

Tất cả phân tử cpDNA có dạng vòng.

Rất ít yếu tố lặp được tìm thấy khác

hơn trình tự ngắn <100 bp. Một ngoại lệ
đáng kể là phần lặp đảo có kích thước
lớn (10-76 kb), khi nó hiện diện, luôn có
cấu tạo các gen rRNA. (Nhóm họ đậu
Legumes như đậu Hà lan không chứa
đoạn lặp này)

Đối với đa số các loài, vùng đoạn lặp

này có kích thước khoảng 22-26 kb.
Thứ tự di truyền của các đơn vị
ribosome được bảo tồn trong tất cả các
loài:
16S - tRNAile - tRNAala - 23S - 5S
 Các đặc tính cơ bản của cp DNA

Đặc tính Liverwort Thuốc lá Lúa

Các loạn lặp đảo 10058 bp 25339 bp 20799 bp

Chuỗi duy nhất ngắn 19813 bp 18482 bp

Chuỗi duy nhất dài 81095 bp 86684 bp

Tổng chiều dài bộ gen 121024 bp 155844 bp 134525 bp

Số lượng gen 128 84

Số lượng gen có đoạn intron 20 15 18

 Chức năng chính của lục lạp

Phản ứng Chức năng

Phản ứng tối rbcS (gen trong nhân đảm trách)

rbcL (gen lục lạp đảm trách)
Phản ứng sáng apoproteins for PSI andPSII
cytochrome b6
cytochrome f
6 of 9 ATPase subunits
cab, LHC proteins (gen trong nhân)
plastocyanin (gen trong nhân)
ferredoxin (gen trong nhân)
Khác 19/60 ribosome gắn kết proteins
các yếu tố dịch mã (translation factors)
RNA polymerase subunits
các gen tRNA và rRNA
 Sự tiến hoá thay đổi của cp DNA
Các thay đổi đa số thường là thêm và mất đoạn nhỏ
thường từ 1-106bp; đáng kể, chiều dài một ít đột biến từ
50-1200 bp được xếp vào “vùng nóng”.

Mất đoạn lớn nhất đã xảy ra ở đậu Hà lan nơi đó toàn bộ

bộ phận rRNA bị mất.

Sự thay đổi tiến hoá phổ biến là trật tự gen. Các thay đổi
nhỏ xảy ra ở trật tự gen, đặc biệt nhất là tảo, nhưng đảo
đoạn có thể tái sinh làm thay đổi trật tự gen trên diện
rộng:
Đậu - 50 kb đảo đoạn mang gen rbcL gần hơn psbA
Lúa mì - 25 kb đảo đoạn mang gen atpA gẩn hơnr gen rbcL
 Tổ chức bộ gen của ty thể
(Mitochondria Genome Organization)

Khi so sánh với bộ gen lục lạp, kích thước bộ gen

ty thể thì rất biến dị.
Hoa Turnip : 218 kb, Bắp : 570 kb, Muskmelon : 2400kb

Kích thước bộ gen ty thể ở ĐV thay đổi từ 15-18

kb, và kích thước bộ gen của nấm từ 18-78 kb.
Sự biểu hiện của Gen
Phân biệt sự biểu hiện gen giữa sinh vật
tiền hạch và chân hạch

1. Sinh vật chân hạch là sinh vật đa bào

2. Sự phát triển biểu hiện gen và mô chuyên biệt.
3. Có nhiều copies đối với các gen; một lượng lớn
DNA không thiết yếu.
4. Các gen bị gián đoạn bởi những đoạn DNA không
mã hoá.
5. Tiền chất mRNA được biến đổi nhiều trước khi
dịch mã.
6. Các gen nằm trong nhân. Dịch mã xảy ra ở TBC.
7. Sao mã và dịch mã không diễn ra cùng lúc
8. Polycistronic mRNAs hiếm.
So sánh các gen giữa nhóm SV tiền hạch và chân hạch
Sự biểu hiện gen ở sinh vật chân hạch
 Khái quát về sự biểu hiện gen
ở sinh vật chân hạch

DNA ở trong nhân chứa các gen điều khiển các proteins
chuyên biệt.

Dưới các tín hiệu điều hoà trực tiếp, các gen được sao
chép thành tiền chất mRNA.

mRNA sẽ trải qua quá trình mRNA trưởng thành trong

nhân, sau đó được chuyển ra tế bào chất.

mRNA trưởng thành được dịch mã thành protein ở

ribosome trong tế bào chất.
 Intron & Exon

Đoạn Introns trải dài trên sợi DNA mà quá trình

sao mã không thực hiện từ mRNA trưởng thành.

Trong khi đó đoạn Exons thì trải dài trên DNA mà

nó sẽ thực hiện quá trình sao mã trên mRNA
Cấu trúc và sao mã các gen ở nhóm SV chân hạch
 Lai giữa DNA và RNA

mRNA có thể lai

với sợi DNA khuôn
theo nguyên tắc bổ
sung các cặp base.

kỹ thuật này quan

trọng cho việc
phân lập gen và
khám phá các
intron.
Quan sát kính hiển vi điện tử của phân tử lai
giữa DNA-RNA

• các gen mRNA, tRNA, rRNA

trong nhân nhóm SV chân hạch
• DNA của lục lạp và ty thể
• hiếm thấy ở nhóm SV tiền hạch
và các gen ở vi khuẩn
Các Introns được thấy bởi việc lai
 Nhiều gen ở sinh vật chân hạch bị gián
đoạn bởi những vùng DNA không mã hoá

Mối liên hệ giữa biến dị chuỗi mã và

không mã hoá???