Ngoài ra, các vua Minh Mạng, Thiệu Trị và Tự Đức ngăn cấm truyền

bá Công giáo mà họ coi là "tả đạo". Tiếp nối các thừa sai Dòng Tên dưới
quy chế bảo trợ Bồ Đào Nha là các thừa sai Pháp và Tây Ban Nha đến
truyền giáo từ nửa sau thế kỉ 17. Một số giáo sĩ Pháp nổi bật cũng hỗ trợ
nhân lực và vật lực cho nhà Nguyễn trong cuộc chiến với nhà Tây Sơn dẫn
đến chiến thắng của vua Gia Long. Đến giữa thế kỷ 19, có khoảng 450.000
người Công giáo.[18] Chính quyền nhà Nguyễn dưới các triều vua này lo
ngại sự lớn mạnh của một tôn giáo khác biệt và có tổ chức nên đã ra lệnh
cấm truyền đạo Công giáo, đồng thời đàn áp những người theo đạo Công
giáo và san bằng nhiều xóm đạo.

Thời kỳ hiện đại (1858–nay)

Thời kỳ Pháp thuộc (1858–1945)
Xem thêm: Chiến tranh Pháp-Đại Nam

Bài chi tiết: Pháp thuộc và Việt Nam trong Chiến tranh thế giới thứ nhất

Việt Nam bị chia làm ba kỳ thuộc Liên bang Đông Dương

Ngày 31 tháng 8 năm 1858, Hải quân Pháp đổ bộ tấn công vào cảng Đà

Nẵng và sau đó rút vào xâm chiếm Sài Gòn. Tháng 6 năm 1862, Vua Tự
Đức ký hiệp ước nhượng ba tỉnh miền Đông cho Pháp.
Năm 1867, Pháp chiếm nốt ba tỉnh miền Tây kế tiếp để tạo thành một lãnh
thổ thuộc địa Nam Kỳ (Cochinchine). Sau khi củng cố vị trí vững chắc
ở Nam Kỳ, từ năm 1873 đến năm 1886, Pháp xâm chiếm nốt những phần
còn lại của Việt Nam qua những cuộc chiến phức tạp ở Bắc Kỳ. Miền
Bắc khi đó rất hỗn độn do những mối bất hòa giữa người Việt và người
Hoa lưu vong. Chính quyền Việt Nam không thể kiểm soát nổi mối bất hòa
này. Cả Trung Hoa và Pháp đều coi khu vực này thuộc tầm ảnh hưởng của
mình và gửi quân đến đó, nhưng cuối cùng thì người Pháp đã chiến thắng.
Pháp tuyên bố là họ sẽ "bảo hộ" Bắc Kỳ (Tonkin) và Trung Kỳ (Annam),
nơi họ tiếp tục duy trì các vua nhà Nguyễn cho đến Bảo Đại (làm vua
từ 1926 đến 1945) cùng bộ máy quan lại. Nhà Nguyễn tuy tiếp tục tồn tại ở
Trung Kỳ và Bắc Kỳ nhưng chỉ còn quyền lực hạn chế, mọi vấn đề lớn phải
được Toàn quyền Đông Dương của Pháp thông qua. Vào năm 1885, các
quan lại Việt Nam tổ chức phong trào kháng chiến Cần Vương chống Pháp
nhưng thất bại. Các vua Nguyễn là Hàm Nghi, Duy Tân và Thành Thái có ý
phản kháng đều bị Pháp truất ngôi và đưa đi đày.