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MUC16 Antibodies PDF
MUC16 Antibodies PDF
(12)发明专利申请
(10)申请公布号 CN 114127116 A
(43)申请公布日 2022.03.01
(21)申请号 202080048696 .9 (74)专利代理机构 北京坤瑞律师事务所 11494
代理人 封新琴
(22)申请日 2020 .05 .07
(51)Int .Cl .
(30)优先权数据
62/845 ,065 2019 .05 .08 US C07K 16/28 (2006 .01)
C07K 16/30 (2006 .01)
(85)PCT国际申请进入国家阶段日 C07K 14/705 (2006 .01)
2021 .12 .31 A61P 35/00 (2006 .01)
(86)PCT国际申请的申请数据
PCT/US2020/031886 2020 .05 .07
(87)PCT国际申请的公布数据
WO2020/227538 EN 2020 .11 .12
(71)申请人 纪念斯隆凯特琳癌症中心
地址 美国纽约
申请人 优瑞科生物技术公司
(72)发明人 D·斯普里格斯 D·塔皮 言甦
刘诚 权利要求书5页 说明书99页 附图30页
(54)发明名称
针对黏蛋白-16的人源化抗体及其使用方法
(57)摘要
本文提供涉及免疫特异性结合黏蛋白‑16
(MUC16)的表位的抗黏蛋白‑16(MUC16)剂的组合
物、 方法和用途。本文还提供用于管理、 治疗或预
防与阳性MUC16表达相关的诸如癌症的障碍和疾
病的用途和方法。
CN 114127116 A
CN 114127116 A 权 利 要 求 书 1/5 页
1 .一种抗黏蛋白16(MUC16)构建体, 其包含免疫特异性识别黏蛋白16(MUC16)多肽的抗
体部分, 其中所述抗体部分包含:
(a)
(i)包含分别为SEQ ID NO:17、18和19的重链互补决定区1(HC‑CDR1)、HC‑CDR2和HC‑
CDR3以及分别为SEQ ID NO:136、 137和138的重链框架区1(HC‑FW1)、 HC‑FW2和HC‑FW3的可
变重(VH)链, 其中选自SEQ ID NO:136的氨基酸位置1、 3、5、11和19、SEQ ID NO:137的氨基
酸位置5、 7、8和9以及SEQ ID NO:138的氨基酸位置12、 14、18、22和23的一个或多个氨基酸
相对于分别为SEQ ID NO:124、 125和126的小鼠HC‑FW1、 HC‑FW2和HC‑FW3发生人源化; 以及
(ii)包含分别为SEQ ID NO:14、 15和16的轻链互补决定区1(LC‑CDR1)、LC‑CDR2和LC‑
CDR3以及分别为SEQ ID NO:120、 121、122和123的轻链框架区1(LC‑FW1)、 LC‑FW2、 LC‑FW3和
LC‑FW4的可变轻(VL)链, 其中选自SEQ ID NO:120的位置3、 9、15、18和22、 SEQ ID NO:122的
氨基酸位置7和27以及SEQ ID NO:123的氨基酸位置3和9的一个或多个氨基酸相对于分别
为SEQ ID NO:104、105、106和107的小鼠LC‑FW1、 LC‑FW2、LC‑FW3和LC‑FW4发生人源化; 或者
(b)
(i)包含SEQ ID NO:4或5的可变重(VH)链; 以及
(ii)包含SEQ ID NO:2或3的可变轻(VL)链; 或者
(c)
(i)包含分别为SEQ ID NO:35、36和37的重链互补决定区1(HC‑CDR1)、HC‑CDR2和HC‑
CDR3以及分别为SEQ ID NO:175、 176、177和178的重链框架区1(HC‑FW1)、 HC‑FW2、 HC‑FW3和
HC‑FW4的可变重(VH)链, 其中选自SEQ ID NO:175的氨基酸位置10、 11、12、 13、 15、 19和23、
SEQ ID NO:177的氨基酸位置5、 14、16、18、22和23以及SEQ ID NO:178的氨基酸位置6的一
个或多个氨基酸相对于分别为SEQ ID NO:159、 160、161和162的小鼠HC‑FW1、HC‑FW2、HC‑
FW3和HC‑FW4发生人源化; 以及
(ii)包含分别为SEQ ID NO:32、33和34的轻链互补决定区1(LC‑CDR1)、LC‑CDR2和LC‑
CDR3以及分别为SEQ ID NO:155、 156、157和158的轻链框架区1(LC‑FW1)、 LC‑FW2、 LC‑FW3和
LC‑FW4的可变轻(VL)链, 其中选自SEQ ID NO:155的位置7、9、 11和18、SEQ ID NO:156的氨
基酸位置5以及SEQ ID NO:157的氨基酸位置9和18的一个或多个氨基酸相对于分别为SEQ
ID NO:139、 140、
141和142的小鼠LC‑FW1、 LC‑FW2、LC‑FW3和LC‑FW4发生人源化;
或者
(d)
(i)包含SEQ ID NO:22或23的可变重(VH)链; 以及
(ii)包含SEQ ID NO:20或21的可变轻(VL)链,
其中所述VH链和VL链发生人源化, 并且任选地其中所述MUC16多肽是人MUC16。
2 .根据权利要求1所述的抗MUC16构建体, 其中:
(a)(i)的所述HC‑FW1包含SEQ ID NO:130;
(a)(i)的所述HC‑FW2包含SEQ ID NO:131;
(a)(i)的所述HC‑FW3包含SEQ ID NO:132;
(a)(ii)的所述LC‑FW1包含SEQ ID NO:112;
(a)(ii)的所述LC‑FW2包含SEQ ID NO:113;
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的重链和轻链恒定区, 任选地其中所述重链恒定区具有选自γl、γ2、γ3和γ4的同种型,
并且任选地其中所述轻链恒定区具有选自κ和λ的同种型。
11 .根据权利要求1‑10中任一项所述的抗MUC16构建体, 其中所述抗体部分是包含两条
相同重链和两条相同轻链的免疫球蛋白, 任选地其中所述免疫球蛋白是IgG。
12 .根据权利要求1‑11中任一项所述的抗MUC16构建体, 其中所述抗MUC16构建体是单
特异性、 多特异性或双特异性, 任选地其中所述多特异性或双特异性抗MUC16构建体包含抗
CD3抗体部分。
13 .根据权利要求1‑12中任一项所述的抗MUC16构建体, 其中所述抗MUC16构建体是(i)
串联scFv, 任选地其中所述串联scFv包含通过肽接头连接的两个scFv;(ii)双抗体(Db) ;
(iii)单链双抗体(scDb) ;(iv)双亲和力重靶向(DART)抗体,(v)F(ab ')2;(vi)双可变结构
域(DVD)抗体;(vii)杵臼结构(KiH)抗体;(viii)对接锁定(DNL)抗体;(ix)化学交联抗体;
(x)异多聚抗体; 或者(xi)异缀合物抗体。
14 .根据权利要求12‑13中任一项所述的抗MUC16构建体, 其中所述多特异性或双特异
性抗MUC16构建体包含免疫特异性识别MUC16的第一抗体部分, 以及免疫特异性识别第二抗
原的第二抗体部分。
15 .根据权利要求14所述的抗MUC16构建体, 其中所述第二抗原是在T细胞的表面上表
达的抗原, 任选地其中所述第二抗原是选自CD3γ、CD3δ、CD3ε和CD3ζ的CD3多肽和/或任选
地其中所述抗MUC16构建体包含SEQ ID NO:42、 69‑75和88‑95中的任一项。
16 .根据权利要求1‑9中任一项所述的抗MUC16构建体, 其中所述抗MUC16构建体是包含
以下中的至少一种的嵌合抗原受体(CAR): (i)共刺激结构域, (ii)CD3 zeta(ζ)链胞质信号
传导结构域,(iii)SEQ ID NO:53‑68中的任一项的scFv, 或者(iv)SEQ ID NO:80‑87和97‑
103中的任一项。
17 .根据权利要求1‑16中任一项所述的抗MUC16构建体, 其进一步与肽剂、 检测剂、 显像
剂、 治疗剂或细胞毒性剂缀合。
18 .根据权利要求17所述的抗MUC16构建体, 其中所述抗MUC16构建体与α发射体、 Auger
发射体、 β发射体、γ发射体、正电子发射体或x射线发射体缀合, 任选地其中所述正电子发
射体是89Zr‑去铁敏B(DFO)。
19 .一种多肽,其包含SEQ ID NO:2‑5、10‑13、20‑23和28‑31中一项或多项的氨基酸序
列, 或者根据权利要求1‑18中任一项所述的抗MUC16构建体的氨基酸序列。
20 .一种多核苷酸, 其包含编码根据权利要求19所述的一种或多种多肽的核酸序列。
21 .一种载体,其包含与启动子可操作地连接的根据权利要求20所述的多核苷酸。
22 .一种细胞,其包含根据权利要求1‑18中任一项所述的抗MUC16构建体、根据权利要
求19所述的多肽、根据权利要求20所述的多核苷酸或根据权利要求21所述的载体, 任选地
其中所述细胞是哺乳动物细胞、 免疫细胞、 淋巴细胞、 T细胞或B细胞。
23 .一种药物组合物 ,其包含 :治疗有效量的根据权利要求1‑18中任一项所述的抗
MUC16构建体、根据权利要求19所述的多肽、 根据权利要求20所述的多核苷酸、 或根据权利
要求21所述的载体或根据权利要求22所述的细胞; 以及药学上可接受的载体。
24 .一种治疗有需要的患者的MUC16相关疾病或障碍的方法, 其包括向所述患者施用治
疗有效量的根据权利要求1‑18中任一项所述的抗MUC16构建体或根据权利要求23所述的药
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物组合物, 任选地其中所述MUC16相关疾病或障碍是癌症。
25 .根据权利要求24所述的方法, 其中所述癌症是转移性癌症和/或卵巢癌、肺癌、 胰腺
癌、 乳腺癌、 子宫癌、 输卵管癌或原发性腹膜癌。
26 .根据权利要求24‑25中任一项所述的方法, 其中所述药物组合物抑制或降低所述患
者体内的转移, 任选地其中所述患者是人患者。
27 .一种产生效应细胞的方法 ,其包括用编码根据权利要求1‑18中任一项所述的抗
MUC16构建体或根据权利要求19所述的多肽的一种或多种核酸对细胞进行遗传修饰。
28 .一种治疗方法, 其包括将编码根据权利要求1‑18中任一项所述的抗MUC16构建体或
根据权利要求19所述的多肽的一种或多种核酸引入从患者分离的一种或多种原代细胞中,
以及将包含所述一种或多种核酸的细胞施用至所述患者, 任选地其中所述原代细胞是淋巴
细胞或T细胞。
29 .根据权利要求28所述的方法, 其还包括在将所述细胞施用至所述患者之前扩增所
述细胞。
30 .根据权利要求28‑29中任一项所述的方法, 其还包括将治疗有效量的另外的治疗剂
施用至所述患者。
31 .一种检测样品中的MUC16的方法, 其包括:(a)使所述样品与根据权利要求1‑18中任
一项所述的抗MUC16构建体接触; 以及(b)检测在所述抗MUC16构建体与所述样品中的MUC16
多肽之间的直接或间接结合, 任选地其中所述抗MUC16构建体与选自以下的可检测标记缀
合: 发色标记、 酶促标记、 放射性同位素标记、 同位素标记、 荧光标记、毒性标记、 化学发光标
记以及核磁共振造影剂。
32 .一种诊断疑似患有MUC16相关疾病或障碍的个体的方法, 其包括:
a)将有效量的根据权利要求1‑13中任一项所述的抗MUC16构建体施用至所述个体; 以
及
b)确定在所述抗MUC16构建体与所述个体中的MUC16多肽之间的直接或间接结合, 其中
直接或间接结合的水平高于阈值水平表明所述个体患有所述MUC16相关疾病或障碍。
33 .一种诊断疑似患有MUC16相关疾病或障碍的个体的方法, 其包括:
a)使包含源自所述个体的细胞的样品与根据权利要求1‑13中任一项所述的抗MUC16构
建体接触; 以及
b)确定所述样品中与所述抗MUC16构建体结合的细胞数量, 其中与所述抗MUC16构建体
结合的细胞数量的值高于阈值水平表明所述个体患有所述MUC16相关疾病或障碍。
34 .一种试剂盒, 其包含根据权利要求1‑18中任一项所述的抗MUC16构建体、 鼠抗MUC16
抗体或其抗原结合片段以及使用说明书, 其中所述鼠抗MUC16抗体或抗原结合片段包括
(a)包含分别为SEQ ID NO:17、18和19的重链互补决定区1(HC‑CDR1)、HC‑CDR2和HC‑
CDR3的可变重(VH) 链以及包含分别为SEQ ID NO:14、15和16的轻链互补决定区1 (LC‑
CDR1)、 LC‑CDR2和LC‑CDR3的可变轻(VL)链;或者
(b)包含分别为SEQ ID NO:35、36和37的重链互补决定区1(HC‑CDR1)、HC‑CDR2和HC‑
CDR3的可变重(VH) 链以及包含分别为SEQ ID NO:32、33和34的轻链互补决定区1 (LC‑
CDR1)、 LC‑CDR2和LC‑CDR3的可变轻(VL)链。
35 .根据权利要求34所述的试剂盒, 其中所述鼠抗MUC16抗体或抗原结合片段用于鉴定
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对使用所述抗MUC16构建体的治疗有反应的患者。
36 .根据权利要求34或35所述的试剂盒,其中所述鼠抗MUC16抗体或抗原结合片段用于
经由蛋白质印迹、 免疫组织化学、高效液相色谱(HPLC)、
液相色谱‑质谱(LC/MS)、
酶联免疫
吸附测定(ELISA)、免疫沉淀或免疫电泳来检测从所述患者获得的样品中表达MUC16的肿
瘤。
37 .一种在体内检测受试者的癌症的方法, 其包括
(a)向所述受试者施用有效量的根据权利要求1‑17中任一项所述的抗MUC16构建体, 其
中所述抗MUC16构建体被配置为定位至表达MUC16的癌细胞并用放射性同位素标记; 以及
(b)通过检测所述抗MUC16构建体发射的高于参考值的放射性水平来检测所述受试者
中肿瘤的存在, 任选地其中所述放射性同位素是89Zr‑去铁敏B(DFO)。
38 .根据权利要求37所述的方法, 其中使用正电子发射断层摄影或单光子发射计算机
断层摄影来检测由所述抗MUC16构建体发射的放射性水平。
39 .根据权利要求37‑38中任一项所述的方法,其还包括向所述受试者施用有效量的免
疫缀合物, 所述免疫缀合物包含与放射性核素缀合的根据权利要求1‑17中任一项所述的抗
MUC16构建体。
40 .根据权利要求39所述的方法, 其中所述放射性核素是发射α粒子的同位素、 发射β粒
子的同位素、 Auger发射体或其任何组合。
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针对黏蛋白‑16的人源化抗体及其使用方法
相关申请的交叉引用
[0001] 本申请要求2019年5月8日提交的美国临时专利申请号62/845 ,065的权益和优先
权, 将其全部内容通过引用并入本文。
政府支持声明
[0002] 本发明是在美国国立卫生研究院授予的P01 CA190174‑01、P01 CA190174‑02和
P01 CA190174‑03下由政府支持完成的。政府拥有本发明中的某些权利。
背景技术
[0003] 黏蛋白是用于细胞稳态和上皮表面保护的重要生物分子。 癌症(如卵巢癌)中黏蛋
白表达的改变可用作用于诊断、预后和治疗的生物标记物(Singh AP等人 ,Lancet Oncol
2008; 9(11):1076‑85)。MUC16是在大多数卵巢癌细胞上过表达的黏蛋白, 并且是已确立的
用于卵巢癌的检测和进展的替代血清标记物(CA‑125) (Badgwell D等人 ,Dis Markers 23
(5‑6):397410(2007) ; Bast RC ,Jr等人 ,Int J Gynecol Cancer 15 Suppl 3:274‑81
(2005) ; Fritsche HA等人 ,Clin Chem 44(7) :1379‑80(1998) ; 以及Krivak TC等人 ,
Gynecol Oncol 115(1):81‑5(2009))。
[0004] MUC16是高度糖基化黏蛋白, 其由被切割并释放的大细胞外结构域(CA‑125)和保
留结构域(MUC‑CD)构成(图1)。MUC‑CD包含切割位点附近的非重复细胞外结构域(MUC16胞
外域)、跨膜结构域和具有潜在磷酸化位点的胞质尾区。在切割位点远端, 释放的细胞外结
构域(CA‑125)含有16‑20个具有156个氨基酸的串联重复, 其各自具有许多潜在的糖基化位
点(O 'Brien TJ等人 ,Tumor Biol 22(6):348‑66(2001))。 由于MUC16抗原原本仅在子宫、 子
宫内膜、输卵管、卵巢以及腹腔和胸腔的浆膜的正常组织中以低水平表达, 所以MUC16是用
于基于免疫的疗法(包括癌症的靶向和治疗)的有潜在吸引力的靶标。
[0005] MUC16的细胞外结构域的大部分被切割并分泌(即, CA‑125) , 这限制了MUC16的此
部分用作卵巢癌上的靶抗原的实用性。许多报道的MUC16单克隆抗体与糖蛋白的大分泌CA‑
125部分上的表位结合 ,并且不与保留的MUC16胞外域结合 (Bellone S Am J Obstet
Gynecol 200(1):75el‑10(2009) ; Berek JS .Expert Opin Biol Ther .4(7):1159‑65
(2004) ;O 'Brien TJ等人 ,Int J Biol Markers 13(4):188‑95(1998))。因此, 出于诊断和
治疗目的, 需要生成针对MUC16的未脱落区域的新抗体。
发明内容
[0006] 本文提供抗黏蛋白16(MUC16)构建体的组合物、 方法和用途, 所述构建体包含与黏
蛋白16(MUC16)免疫特异性结合的抗体部分, 并且调节MUC16的表达和/或活性,
用于管理或
治疗MUC16介导的障碍, 如癌症。
[0007] 在某些实施方案中, 本文提供抗黏蛋白16(MUC16)构建体, 其包含免疫特异性识别
黏蛋白16(MUC16)多肽的抗体部分, 其中所述抗体部分包含4H11或18C6鼠单克隆抗体的人
源化重链可变结构域和人源化轻链可变结构域。在一些实施方案中, 所述抗体部分包含(a)
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和28‑31中一项或多项的氨基酸序列或本文提供的抗MUC16构建体的氨基酸。
[0018] 在某些实施方案中, 本文还提供多核苷酸, 所述多核苷酸包含编码一种或多种多
肽的核酸序列, 所述一种或多种多肽包含SEQ ID NO:2‑5、10‑13、
20‑23和28‑31中一项或多
项的氨基酸序列或本文提供的抗MUC16构建体的氨基酸。在某些实施方案中, 本文提供载
体, 所述载体包含与启动子可操作地连接的本文提供的多核苷酸。
[0019] 在某些实施方案中 , 本文还提供包含本文提供的抗MUC16构建体、本文提供的多
肽、 本文提供的多核苷酸或本文提供的载体的细胞。在一些实施方案中, 所述细胞是哺乳动
物细胞。在一些实施方案中, 所述细胞是免疫细胞。在一些实施方案中, 所述细胞是淋巴细
胞。在一些实施方案中, 所述细胞是T细胞或B细胞。
[0020] 在某些实施方案中, 本文还提供药物组合物, 其包含: 治疗有效量的本文提供的抗
MUC16构建体、本文提供的多肽、本文提供的多核苷酸或本文提供的载体; 以及药学上可接
受的载体。
[0021] 在某些实施方案中, 本文还提供治疗有需要的患者的MUC16相关疾病或障碍的方
法, 其包括向所述患者施用药物组合物, 所述药物组合物包含治疗有效量的本文提供的抗
MUC16构建体、本文提供的多肽、本文提供的多核苷酸或本文提供的载体。在一些实施方案
中, 所述MUC16相关疾病或障碍是癌症。在一些实施方案中, 所述癌症是卵巢癌、肺癌、胰腺
癌、乳腺癌、子宫癌、输卵管癌或原发性腹膜癌。在一些实施方案中, 所述癌症是转移性癌
症。在一些实施方案中, 所述药物组合物抑制或降低所述患者的转移。在一些实施方案中,
所述患者是人患者。
[0022] 在某些实施方案中, 本文还提供用于产生效应细胞的方法, 其包括用编码本文提
供的抗MUC16构建体的一种或多种核酸对细胞进行遗传修饰。
[0023] 在某些实施方案中, 本文还提供包括以下的方法: 将编码本文提供的抗MUC16构建
体的一种或多种核酸引入从患者分离的一种或多种原代细胞中, 并且将包含所述一种或多
种核酸的细胞施用至所述患者。在一些实施方案中, 所述方法还包括在将所述细胞施用至
所述患者之前扩增所述细胞。在一些实施方案中, 所述原代细胞是淋巴细胞。在一些实施方
案中, 所述原代细胞是T细胞。
[0024] 在一些实施方案中, 本文提供的治疗方法还包括将治疗有效量的另一种治疗剂施
用至所述患者。在一些实施方案中, 所述治疗剂是抗癌剂。在一些实施方案中, 所述治疗剂
是化学治疗剂。
[0025] 在某些实施方案中, 本文还提供检测样品中的MUC16的方法, 其包括:(a)使所述样
品与本文提供的抗MUC16构建体接触; 以及(b)直接或间接检测所述抗MUC16构建体与存在
于所述样品中的MUC16之间的结合。在一些实施方案中, 所述抗MUC16构建体缀合至可检测
标记。在一些实施方案中, 所述可检测标记是发色剂、酶剂、放射性同位素药剂、 同位素药
剂、 荧光剂、 毒性剂、 化学发光剂、 核磁共振造影剂。在一些实施方案中, 所述抗MUC16构建体
与所述样品中的任何MUC16之间的结合是通过检测所述可检测标记直接检测。在一些实施
方案中, 所述抗MUC16构建体与所述样品中的任何MUC16之间的结合是使用二抗间接检测。
[0026] 在某些实施方案中, 本文还提供诊断疑似患有MUC16相关疾病或障碍的个体的方
法, 其包括: a)将有效量的本文提供的抗MUC16构建体施用至所述个体; 以及b)直接或间接
确定所述抗MUC16构建体与所述个体中的任何MUC16之间的结合水平, 其中结合水平高于阈
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值水平表明所述个体患有所述MUC16相关疾病或障碍。在一些实施方案中, 所述抗MUC16构
建体缀合至可检测标记。在一些实施方案中, 所述可检测标记是发色剂、 酶剂、放射性同位
素药剂、 同位素药剂、 荧光剂、毒性剂、 化学发光剂、核磁共振造影剂。在一些实施方案中, 所
述抗MUC16构建体与所述样品中的任何MUC16之间的结合是通过检测所述可检测标记直接
检测。在一些实施方案中, 所述抗MUC16构建体与所述样品中的任何MUC16之间的结合是使
用二抗间接检测。
[0027] 一种诊断疑似患有MUC16相关疾病或障碍的个体的方法, 包括a)使包含源自所述
个体的细胞的样品与本文提供的抗MUC16构建体接触; 以及b) 确定所述样品中与所述抗
MUC16构建体结合的细胞数量, 其中与所述抗MUC16构建体结合的细胞数量的值高于阈值水
平表明所述个体患有所述MUC16相关疾病或障碍。在一些实施方案中, 所述抗MUC16构建体
缀合至可检测标记。在一些实施方案中, 所述可检测标记是发色剂、 酶剂、放射性同位素药
剂、 同位素药剂、 荧光剂、毒性剂、 化学发光剂、 核磁共振造影剂。
在一些实施方案中, 所述抗MUC16构建体与所述样品中的任何MUC16之间的结合是
通过检测所述可检测标记直接检测。在一些实施方案中, 所述抗MUC16构建体与所述样品中
的任何MUC16之间的结合是使用二抗间接检测。
[0028] 在某些实施方案中, 本文还提供本文提供的抗MUC16构建体、 抗MUC16多肽、编码抗
MUC16构建体或抗MUC16多肽的多核苷酸、包含所述多核苷酸的载体、 或包含任何所述多肽
及其多核苷酸的细胞用于治疗与阳性MUC16表达相关的疾病或障碍的用途。在一些实施方
案中, 与阳性MUC16表达相关的所述疾病或障碍是癌症。
[0029] 在某些实施方案中, 本文还提供本文提供的抗MUC16构建体、 抗MUC16多肽、编码抗
MUC16构建体或抗MUC16多肽的多核苷酸、包含所述多核苷酸的载体、 或包含任何所述多肽
及其多核苷酸的细胞在制造用于治疗与阳性MUC16表达相关的疾病或障碍的药剂中的用
途。在一些实施方案中, 与阳性MUC16表达相关的所述疾病或障碍是癌症。
[0030] 在某些实施方案中, 本文还提供本文提供的抗MUC16构建体、 抗MUC16多肽、编码抗
MUC16构建体或抗MUC16多肽的多核苷酸、 包含所述多核苷酸的载体或包含任何所述多肽及
其多核苷酸的细胞用于诊断与阳性MUC16表达相关的疾病或障碍的用途。在一些实施方案
中, 与阳性MUC16表达相关的所述疾病或障碍是癌症。
附图说明
[0031] 图1A显示MUC16的结构的示意图。 图1B显示MUC16的截短形式(称为MUC16c114, SEQ
ID NO:44)的示意图和氨基酸序列, 其包含58个氨基酸的胞外域、 25个氨基酸的跨膜结构域
和31个氨基酸的胞质尾区。图中的编号是基于鉴定Muc16的原始出版物, 即Yin和Lloyd
(2001)J Biol Chem 276:27371‑27375。
[0032] 图2显示野生型MUC16‑C114(SEQ ID NO:44)与N30突变体MUC16‑C114(SEQ ID NO:
50)胞外域之间的氨基酸比对。
[0033] 图3A‑图3E说明与MUC16羧基末端结合的抗体的体外表征。 图3A显示MUC16超结构
的分子布局的卡通图, 其突出显示4个不同区域: N末端结构域、串联重复[TR]区域、SEA(精
子蛋白、肠激酶和聚集蛋白)结构域以及包括近膜[JM]区域或胞外域和跨膜[TM]区域的羧
基末端结构域。显示MUC16肽‑2的序列, 所述MUC16肽‑2是在胞外域区域内发现的, 并且是此
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研究中测试的抗体的靶标结合位点。 图3B提供显示两种先导抗体候选物的放射性标记的变
体的饱和结合测定结果的图。显示[ Zr]Zr‑DFO‑9C9(左图)和[89Zr]Zr‑DFO‑4H11(右图)
89
(实线)相比于对照抗体(虚线)的结合亲和力曲线。图3C显示[89Zr]Zr‑DFO‑4H11与[89Zr]
Zr‑DFO‑9C9的细胞内化特征, 其显示在SKOV3c114细胞中任一种抗体在4℃下的最小摄取, 但
89 89
是与[ Zr]Zr‑DFO‑9C9的慢摄取相比 , [ Zr]Zr‑DFO‑4H11在37℃下的相对快的摄取; 图3D
89 89
提供图形表示, 其显示[ Zr]Zr‑DFO‑4H11与[ Zr]Zr‑DFO‑9C9的可比较的体外血清稳定
性。 图3E提供图形表示, 其显示在过量未标记9C9抗体的存在下[89Zr]Zr‑DFO‑4H11与在链霉
亲和素功能化的磁珠上捕获的生物素化的MUC16肽‑2的结合的阻断(比较未阻断的(中条
形)与阻断的(右条形); 也显示不含MUC16肽‑2的对照样品(左条形))。
[0034] 图4A‑图4D说明[89Zr]Zr‑DFO‑9C9和[89Zr]Zr‑DFO‑4H11的放射药理学特征的体内
表征。 图4A提供[89Zr]Zr‑DFO‑9C9(170‑200μCi; 6 .29‑7 .4MBq, 悬浮于经由侧尾静脉注射的
c114
200μL经chelex处理的PBS中)在SKOV3 异种移植物中的代表性系列PET图像[顶部: 冠状
切片; 底部: 最大密度投影(MIP)], 其显示在注射后(p .i .)24h的肿瘤(T)轮廓以及肿瘤中直
至96h p .i .逐渐增加的活性摄取。在早期时间点在肝(L)和肾(K)中可见高活性浓度, 但是
89
在后续时间点逐渐降低。 图4B提供[ Zr]Zr‑DFO‑4H11(170‑200μCi; 6 .29‑7 .4MBq,
悬浮于经
c114
由侧尾静脉注射的200μL经chelex处理的PBS中)在SKOV3 异种移植物中的代表性系列
PET图像[顶部: 冠状切片; 底部: 最大密度投影(MIP)], 其描绘在注射后(p .i .)24h肿瘤(T)
和淋巴结(LN)的轮廓, 其中肿瘤中的PET信号强度逐渐增加直至96h p .i .。用[89Zr]Zr‑DFO‑
4H11获得高对比PET图像, 并且肝(L)和淋巴结(LN)是在后续时间点展示背景活性的唯一非
图4C提供[ Zr]Zr‑DFO‑9C9和[89Zr]Zr‑DFO‑4H11在SKOV3c114异种移植物中的体
89
肿瘤组织。
内生物分布的图形表示, 其显示与两种放射性免疫缀合物相关的活性的高且可比较的肿瘤
摄取。[ Zr]Zr‑DFO‑9C9和[89Zr]Zr‑DFO‑4H11在SKOV3c114 肿瘤中的摄取可能在与所述抗体
89
的相应放射性标记变体共注射的过量未标记抗体的存在下被阻断, 并且显著高于同种型对
照的所述摄取。在非肿瘤组织中的体内活性浓度之间的差异在肾与腋窝淋巴结(LN)之间最
显著。[89Zr]Zr‑DFO‑9C9展示显著高于[89Zr]Zr‑DFO‑4H11和同种型对照的在肾中的活性浓
度, 而[89Zr]Zr‑DFO‑4H11展示在注射[89Zr]Zr‑DFO‑9C9或同种型对照的小鼠的LN中显著更
高的活性浓度。**指示p值≤0 .005; ***指示p值≤0 .0005; ***指示p值≤0 .00005。 图4D提供
89 89
条形图 , 其展示[ Zr]Zr‑DFO‑9C9与[ Zr]Zr‑DFO‑4H11的体内放射药理学特征之间的比
较, 如根据目的生命器官中的肿瘤与背景(T:B)活性浓度比率所评价。
[0035] 图5A‑图5E说明人源化4H11抗体的体外表征。 图5A提供DFO缀合的人源化4H11抗体
(DFO‑hu4H11)的卡通图。图5B提供来自流式细胞术分析的直方图 , 其显示DFO‑hu4H11与
c114
SKOV3 细胞(或SKOV3+细胞, 实线)的结合相比于缺少与SKOV3细胞的结合(虚线) ; 图5C提
89 89 89
供 Zr标记的hu4H11抗体([ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11)的卡通图。 图5D提供[ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11
的质量控制, 其显示相比于尺寸排阻纯化的放射性免疫缀合物, 粗标记反应的瞬时薄层色
89
谱分析上的高放射化学纯度; 图5E提供[ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11对在链霉亲和素功能化的
DynaBeads上捕获的生物素化的MUC16肽‑2的低非特异性结合和高(>90%)免疫反应分数的
图形表示。 借助在显著过量的未标记DFO‑hu4H11的存在下[89Zr]Zr‑DFO‑hu4H11与磁珠上的
MUC16肽‑2的结合的阻断来确立靶标结合的特异性。
[0036] 图6A‑图6C说明人源化4H11抗体的放射药理学特征的体内表征。 图6A提供[89Zr]
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达MUC16 c344和c114肽的转染子SKOV3细胞系的侵袭。采用表达突变体MUC16肽N123mut
c114的SKOV3细胞系作为侵袭的阴性对照。
具体实施方式
[0043] 本申请在一个方面提供抗MUC16抗体剂, 如抗MUC16构建体, 其包含特异性识别
MUC16的表位(如MUC16的保留细胞外结构域(MUC16胞外域)的表位)的抗体部分。
[0044] 使用噬菌体展示技术, 鉴定对人MUC16的保留细胞外结构域具有特异性的scFv。流
式细胞术测定证实, 这些抗体识别表达MUC16的癌细胞系。本申请由此提供抗MUC16抗体剂,
如抗MUC16构建体, 其包含免疫特异性结合MUC16的抗体部分。所述抗MUC16抗体剂包括例如
抗MUC16抗体(例如, 全长抗MUC16抗体及其抗原结合片段)、 抗MUC16 scFv、抗MUC16抗体融
合蛋白(例如, 抗MUC16 Fc融合蛋白和嵌合抗原受体(CAR))、 多特异性抗体(例如, 双特异性
抗体)及其抗MUC16抗体缀合物(即, 抗MUC16免疫缀合物)。
[0045] 在另一个方面, 提供编码抗MUC16抗体剂的核酸, 所述抗MUC16抗体剂如抗MUC16抗
体(例如, 全长抗MUC16抗体及其抗原结合片段)、 抗MUC16 scFv、 抗MUC16抗体融合蛋白(例
如, 抗MUC16 Fc融合蛋白和嵌合抗原受体(CAR))、 多特异性抗体(例如, 双特异性抗体)及其
抗MUC16抗体缀合物(即, 抗MUC16免疫缀合物)。
[0046] 在另一方面, 提供包含抗MUC16抗体剂的组合物, 如药物组合物, 所述抗MUC16抗体
剂如全长抗MUC16抗体及其抗原结合片段、 抗MUC16 scFv、 抗MUC16抗体融合蛋白(例如, 抗
MUC16 Fc融合蛋白和嵌合抗原受体(CAR))、多特异性抗体(例如, 双特异性抗体)及其抗
MUC16抗体缀合物(即, 抗MUC16免疫缀合物)。
[0047] 本文还提供制备和使用所述抗MUC16抗体剂和抗体(如用于治疗癌症)的方法, 以
及可用于此类方法的试剂盒和制品。
[0048] 本文还公开用于检测和/或治疗MUC16相关病状的试剂盒, 其包含本技术的至少一
种抗MUC16抗体剂或其功能变体(例如, 取代变体)和使用说明书。在某些实施方案中, 所述
抗MUC16抗体剂与一种或多种可检测标记偶联。在一个实施方案中, 所述一种或多种可检测
标记包括放射性标记、 荧光标记或发色标记。
[0049] 另外地或可替代地, 在一些实施方案中, 所述试剂盒还包含与本文所述的抗MUC16
抗体剂特异性结合的二抗。在一些实施方案中, 所述二抗与选自放射性标记、 荧光标记或发
色标记的至少一种可检测标记偶联。
定义
[0050] 除非另外定义, 否则本文使用的所有技术和科学术语均具有与本公开文本所属领
域的技术人员通常所理解的含义。 以下参考文献为技术人员提供本技术中所用的许多术语
的一般定义: Singleton等人 ,Dictionary of Microbiology and Molecular Biology(第2
版1994) ; The Cambridge Dictionary of Science and Technology(Walker编辑 ,1988) ;
The Glossary of Genetics ,第5版 ,R .Rieger等人 ,(编辑) ,Springer Verlag(1991); 以及
Hale和Marham ,The Harper Collins Dictionary of Biology(1991)。如本文所用, 除非另
有说明, 否则以下术语具有以下赋予它们的含义。本文所用的术语仅用于描述特定实施方
案的目的, 而不旨在限制本公开文本。
[0051] 如本文所用, 术语“MUC16”或“MUC16多肽”或“MUC16肽”是指MUC16连接的黏蛋白,
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分离和/或回收的抗体或抗原结合蛋白。 “合成抗体”或“重组抗体”通常使用重组技术或使
用本领域技术人员已知的肽合成技术来产生。
[0064] 如本文所用, 术语“单链可变片段”或“scFv”是免疫球蛋白(例如, 小鼠或人)的重
链可变区(VH)和轻链可变区(VL) (共价连接以形成VH:VL异二聚体)的融合蛋白。重链(VH)和
轻链(VL)直接接合或通过肽编码接头(例如, 约10、15、20、25个氨基酸)接合, 所述肽编码接
头将VH的N末端与VL的C末端连接, 或者将VH的C末端与VL的N末端连接。接头通常富含甘氨酸
以获得柔性, 并且富含丝氨酸或苏氨酸以获得溶解性。接头可以连接细胞外抗原结合结构
域的重链可变区和轻链可变区。
[0065] 尽管去除恒定区并引入接头, 但是scFv蛋白保留原始免疫球蛋白的特异性。单链
F v 多 肽 抗 体 可 以 从 包 含 V H 和 V L 编 码 序 列 的 核 酸 表 达 ,如 H u s t o n 等 人 ,
Proc .Nat .Acad .Sci .USA ,85:5879‑5883(1988)所述。还参见美国专利号5 ,091 ,513、 5 ,132 ,
405和4 ,956 ,778; 以及美国专利公开号20050196754和20050196754。 已经描述具有抑制活
性的拮抗性scFv(参见例如, Zhao等人 ,Hybridoma(Larchmt)27(6):455‑51(2008); Peter等
人 ,J Cachexia Sarcopenia Muscle(2012) ;Shieh等人 ,J Imunol 183(4):2277‑85
(2009); Giomarelli等人 ,Thromb Haemost 97(6):955‑63(2007); Fife等人 ,J Clin Invst
116(8):2252‑61(2006) ; Brocks等人 ,Immunotechnology 3(3):173‑84(1997) ;
Moosmayer
等人 ,Ther Immunol 2(10):31‑40(1995)。 已经描述具有刺激活性的激动性scFv(参见例
如, Peter等人 ,J Biol Chem 25278(38):36740‑7(2003) ; Xie等人 ,Nat Biotech 15(8):
768‑71(1997) ; Ledbetter等人 ,Crit Rev Immunol 17(5‑6):427‑55(1997) ;Ho等人 ,Bio
Chim Biophys Acta 1638(3):257‑66(2003))。
[0066] 如本文所用, “抗原”是指抗体(或其抗原结合片段)可以选择性结合的分子。靶抗
原可以是蛋白质、 碳水化合物、 核酸、 脂质、 半抗原或其他天然存在的或合成的化合物。在一
些实施方案中, 靶抗原可以是多肽(例如, MUC16多肽)。也可以将抗原施用至动物以在动物
中产生免疫应答。
[0067] 术语“抗原结合片段”是指完整免疫球蛋白结构的片段, 所述片段具有负责与抗原
结合的多肽部分。可用于本技术中的抗原结合片段的例子包括scFv、(scFv) 2、 scFvFc、 Fab、
Fab '和F(ab ') 2 ,
但不限于此。
[0068] 如本文所用, 术语“生物样品”或“样品”意指源自活细胞的样品材料。生物样品可
以包括从受试者分离的组织、 细胞、 细胞的蛋白质或膜提取物、和生物流体(例如, 腹水或脑
脊液(CSF)) , 以及存在于受试者体内的组织、 细胞和流体。本技术的生物样品包括但不限于
取自以下的样品: 乳腺组织、 肾组织、子宫颈、子宫内膜、头或颈、胆囊、腮腺组织、前列腺、
脑、脑下垂体、 肾脏组织、肌肉、食道、 胃、小肠、 结肠、 肝脏、脾脏、胰腺、 甲状腺组织、心脏组
织、肺组织、膀胱、脂肪组织、 淋巴结组织、子宫、卵巢组织、 肾上腺组织、睾丸组织、扁桃体、
胸腺、 血液、 毛发、 颊、 皮肤、 血清、 血浆、 CSF、精子、 前列腺液、 精液、 尿、 粪便、 汗液、 唾液、 痰、
粘液、骨髓、 淋巴和泪液。生物样品也可以从内脏的活检或从癌症获得。生物样品可以从受
试者获得以进行诊断或研究; 或者可以从未患病的个体获得, 作为对照或用于基础研究。样
品可以通过标准方法获得, 所述标准方法包括例如静脉穿刺和手术活检。在某些实施方案
中, 生物样品是通过针吸活检获得的组织样品。
[0069] 如本文所用, “双特异性抗体”或“BsAb”是指可以同时与具有不同结构的两种靶标
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(例如, 两种不同靶抗原或同一靶抗原上的两种不同表位)结合的抗体。多种不同双特异性
抗体结构是本领域中已知的。在一些实施方案中, 双特异性抗体中的每个抗原结合部分都
包括VH 和/或VL区; 在一些此类实施方案中, VH 和/或VL区是在特定单克隆抗体中发现的那
些。在一些实施方案中, 双特异性抗体含有两个抗原结合部分, 每个抗原结合部分包括来自
不同单克隆抗体的VH和/或VL区。在一些实施方案中, 双特异性抗体含有两个抗原结合部分,
其中两个抗原结合部分中的一个包括具有VH 和/或VL区的免疫球蛋白分子, 所述VH 和/或VL
区含有来自第一单克隆抗体的CDR; 并且另一个抗原结合部分包括具有VH 和/或VL区的抗体
片段(例如, Fab、F(ab ')、
F(ab ') 2、
Fd、Fv、dAB、scFv等),所述VH和/或VL区含有来自第二单克
隆抗体的CDR。
[0070] 如本文所用, 术语“缀合的”是指通过本领域技术人员已知的任何方法使两个分子
缔合。合适的缔合类型包括化学键和物理结合。化学键包括例如共价键和配位键。物理结合
包括例如氢键、 偶极相互作用、 范德华力、 静电相互作用、 疏水性相互作用和芳环堆积。
[0071] 如本文所用, “对照”是实验中出于比较目的使用的替代样品。对照可以是“阳性”
或“阴性”的。例如, 在实验的目的是确定治疗剂对治疗特定类型的疾病的功效的相关性的
情况下, 通常使用阳性对照(已知展现出所希望的治疗效果的组合物)和阴性对照(不接受
疗法或接受安慰剂的受试者或样品)。
[0072] 如本文所用, 术语“共有FR”意指共有免疫球蛋白序列中的框架(FR)抗体区域。抗
体的FR区不与抗原接触。
[0073] 如本文所用, 术语“有效量”是指足以实现期望的治疗和/或预防效果的量, 例如导
致预防或减少本文所述疾病或病症或者与本文所述疾病或病症相关的一种或多种体征或
症状的量。在治疗或预防应用的情况下, 施用至受试者的组合物的量将根据组合物、 疾病的
程度、 类型和严重程度以及根据个体的特征(如一般健康状况、 年龄、 性别、 体重和药物耐受
性)而变化。技术人员将能够根据这些和其他因素确定合适的剂量。 组合物也可以与一种或
多种另外的治疗化合物组合施用。在本文所述的方法中, 可以将治疗组合物施用至具有本
文所述疾病或病症的一种或多种体征或症状的受试者。如本文所用, 组合物的“治疗有效
量”指其中疾病或病症的生理作用得到改善或消除的组合物水平。可以将治疗有效量在一
次或多次施用中给予。
[0074] 如本文所用, 术语“表达”是指多核苷酸转录成mRNA的过程和/或转录的mRNA随后
被翻译成肽、多肽或蛋白质的过程。如果所述多核苷酸源自基因组DNA, 则在真核细胞中表
达可以包括mRNA的剪接。可以通过测量细胞或组织样品中mRNA或蛋白质的量来确定基因的
表达水平。在一个方面, 可以将来自一个样品的基因的表达水平直接与来自对照或参考样
品的所述基因的表达水平进行比较。在另一个方面, 可以将来自一个样品的基因的表达水
平直接与施用本文公开的组合物后来自相同样品的所述基因的表达水平进行比较。术语
“表达”还是指以下事件中的一种或多种: (1)在细胞内由DNA序列产生RNA模板(例如通过转
录) ;(2)在细胞内加工RNA转录物(例如, 通过剪接、编辑、5 '帽形成和/或3 '端形成) ;(3)在
细胞内将RNA序列翻译成多肽或蛋白质; (4)在细胞内对多肽或蛋白质的翻译后修饰; (5)将
多肽或蛋白质呈递在细胞表面上; 以及(6)从细胞分泌或呈递或释放多肽或蛋白质。
[0075] 术语“接头”是指接连或连接两个序列(例如, 连接两个多肽结构域)的合成序列
(例如, 氨基酸序列)。在一些实施方案中, 接头含有1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸序
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列。
[0076] 如本文所用, 非人(例如, 鼠)抗体的“人源化”形式是嵌合抗体, 其含有源自非人免
疫球蛋白的最小序列。对于大部分, 人源化抗体是人免疫球蛋白, 其中受体的高变区残基被
来自非人物种(如小鼠、 大鼠、 兔子或非人灵长类动物)的具有所需的特异性、 亲和力和能力
的高变区残基(供体抗体)替代。在一些实施方案中, 人免疫球蛋白的Fv框架区(FR)残基被
相应的非人残基替代。此外, 人源化抗体可以包含在受体抗体或供体抗体中未发现的残基。
进行这些修饰以进一步完善抗体性能如结合亲和力。通常, 人源化抗体将包含至少一个、 通
常两个可变结构域(例如, Fab、Fab '、 F(ab ') 2或Fv)的基本上全部, 其中全部或基本上全部
的高变环对应于非人免疫球蛋白的那些高变环, 并且全部或基本上全部的FR区是人免疫球
蛋白共有FR序列的那些FR区, 但所述FR区可以包括改善结合亲和力的一个或多个氨基酸取
代。FR中这些氨基酸取代的数量通常在H链中不超过6个, 并且在L链中不超过3个。所述人源
化抗体任选地也可以包含免疫球蛋白恒定区(Fc)的至少一部分, 通常是人免疫球蛋白恒定
区的至少一部分。关于进一步的细节 ,参见Jones等人 ,Nature 321:522‑525 (1986) ;
Reichmann等人 ,Nature 332:323‑329(1988) ; 以及Presta ,Curr .Op .Struct .Biol .2:593‑
596(1992)。 参见例如, Ahmed和Cheung ,FEBS Letters 588(2):288‑297(2014)。
[0077] 如本文所用, 术语“高变区”是指抗体中负责抗原结合的氨基酸残基。高变区通常
包含来自“互补决定区”或“CDR”的氨基酸残基(例如, VL中的残基24‑34(L1)、50‑56(L2)和
89‑97 (L3)前后, 以及V H 中的31‑35B(H1) 、50‑65 (H2) 和95‑102(H3)前后(Kabat等人 ,
Sequences of Proteins of Immunological Interest ,第5版 .Public Health Service ,
National Institutes of Health ,贝塞斯达 ,马里兰州 .(1991年))和/或来自“高变环”的
那些残基(例如, VL中的残基26‑32(L1)、50‑52(L2)和91‑96(L3) , 以及VH中的26‑32(H1)、
52A‑55(H2)和96‑101(H3)(Chothia和Lesk J .Mol .Biol .196:901‑917(1987))。
[0078] 如本文所用, “F(ab)”是指与抗原结合但是单价的并且没有Fc部分的抗体结构片
段, 例如, 被木瓜蛋白酶消化的抗体产生两个F(ab)片段和一个Fc片段(例如, 重(H)链恒定
区; 不结合抗原的Fc区)。
[0079] 如本文所用, “F(ab ') 2”是指通过对完整IgG抗体进行胃蛋白酶消化而产生的抗体
片段, 其中此片段具有两个抗原结合(ab1)(二价)区, 其中每个(ab1)区包含两个单独的氨基
酸链(用于结合抗原的通过S‑S键连接的H链的一部分和轻(L)链)并且其中其余的H链部分
连接在一起。 可以将“F(ab ') 2”片段分为两个单独的Fab '片段。
[0080] 如本文所用, “CDR”被定义为抗体的互补决定区氨基酸序列, 其作为免疫球蛋白重
链和轻链的高变区。参见例如, Kabat等人 ,Sequences of Proteins of Immunological
Interest ,4th U .S .Department of Health and Human Services ,National Institutes
of Health(1987)。通常, 抗体在可变区中包含三个重链和三个轻链CDR或CDR区。CDR提供大
多数接触残基, 以使抗体与抗原或表位结合。在某些实施方案中, 使用Kabat系统描绘CDR区
(Kabat ,E .A .等人 ,Sequences of Proteins of Immunological Interest ,第五版 ,
U .S .Department of Health and Human Services ,NIH Publication No .91‑3242
(1991))。
[0081] 如本文所用, 术语“恒定区”或“恒定结构域”是可互换的并且具有本领域中常见的
含义。恒定区是未直接参与抗体与抗原的结合但可展现出各种效应子功能(如与Fc受体的
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相互作用)的抗体部分, 例如轻链和/或重链的羧基末端部分。免疫球蛋白分子的恒定区通
常具有相对于免疫球蛋白可变结构域更保守的氨基酸序列。
[0082] 如本文所用, “表位”是本领域中的术语并且可以是指抗体可以免疫特异性结合的
抗原的局部区域。表位可以是例如多肽的连续氨基酸(线性或连续表位) , 或者表位可以例
如由一种或多种多肽的两个或更多个非连续区域一起形成(构象、 非线性、 不连续或非连续
表位)。
[0083] 如本文所用, 术语“配体”是指与受体结合的分子。特定地, 配体结合另一细胞上的
受体, 从而允许细胞与细胞间的识别和/或相互作用。
[0084] 如本文所用, 术语“亲和力”意指结合强度的量度。不受理论的束缚, 亲和力取决于
在抗体的结合位点与抗原决定簇之间的立体化学配合的紧密度、它们之间的接触区域的尺
寸、和带电荷和疏水基团的分布。亲和力也包括术语“亲合力”, 所述亲合力是指在形成可逆
复合物(例如, 单价或多价的)后抗原‑抗体键的强度。用于计算抗体对抗原的亲和力的方法
是本领域已知的, 包括使用结合实验来计算亲和力。功能测定(例如, 流式细胞术测定)中的
抗体活性也反映了抗体亲和力。可以使用功能测定(例如, 流式细胞术测定)在表型上表征
和比较抗体和亲和力。当前公开的主题中有用的核酸分子包括编码多肽或其片段的任何核
酸分子。在某些实施方案中, 当前公开的主题中有用的核酸分子包括编码抗体或其抗原结
合部分的核酸分子。此类核酸分子无需与内源核酸序列100%相同, 但是通常会展现显著同
一性。与内源序列具有“显著同源性”或“显著同一性”的多核苷酸通常能够与双链核酸分子
的至少一条链杂交。 “杂交”意指在各种严格条件下在互补多核苷酸序列(例如, 本文描述的
基因)或其部分之间配对以形成双链分子。(参见例如, Wahl ,G .M .和S .L .Berger ,Methods
Enzymol .152:399(1987); Kimmel ,A .R .,Methods Enzymol .152:507(1987))。
[0085] 如本文所用, 术语“免疫特异性结合”、 “免疫特异性识别”、 “特异性结合”和“特异
性识别”是抗体背景下的类似术语并且是指经由抗原结合位点结合抗原(例如表位或免疫
复合物)的抗体及其抗原结合片段, 如本领域技术人员理解的, 并且不排除抗体或抗原结合
片段与其他抗原的交叉反应性。
[0086] 术语“基本上同源的”或“基本上相同的”意指展现出相对于参考氨基酸序列(例
如, 本文描述的任何一种氨基酸序列)或核酸序列(例如, 本文描述的任何一种核酸序列)至
少50%或更大同源性或同一性的多肽或核酸分子。例如, 相对于用于比较的序列(例如, 野
生型或天然序列) ,此类序列在氨基酸水平或核酸上是至少约60%、约65%、约70%、约
75%、约80%、约85%、约90%、约95%或约99%同源或相同的。在一些实施方案中, 相对于
用于比较的序列, 基本上同源或基本上相同的多肽含有一个或多个氨基酸的氨基酸取代、
插入、 或缺失。在一些实施方案中, 基本上同源或基本上相同的多肽含有一个或多个非天然
氨基酸或氨基酸类似物(包括D‑氨基酸和逆反氨基酸)以替代同源序列。
[0087] 通常使用序列分析软件(例如, 威斯康星大学生物技术中心(大学大道1710, 麦迪
逊 ,威斯康星州53705)遗传计算组的序列分析软件包(Sequence Analysis Software
Package of the Genetics Computer Group ,University of Wisconsin Biotechnology
Center)、 BLAST、 BESTFIT、 GAP或PILEUP/PRETTYBOX程序)来测量序列同源性或序列同一性。
此类软件通过对不同的取代、缺失和/或其他修饰分配同源性程度而将相似的序列进行匹
配。在确定同一性程度的示例性方法中, 可使用BLAST程序, 其中在e‑3与e‑100之间的概率得
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分指示密切相关的序列。
[0088] 如本文所用, 术语“类似物”是指具有参考多肽或核酸分子的功能的结构相关的多
肽或核酸分子。
[0089] 如本文所用, 术语“保守序列修饰”是指不显著影响或改变当前公开的包含氨基酸
序列的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段的结合特征的氨基酸修饰。保守修饰可以包括氨
基酸取代、 添加和缺失。可以通过本领域已知的标准技术(如定点诱变和PCR介导的诱变)将
修饰引入当前公开的抗MUC16抗体或其抗原结合片段的人scFv中。氨基酸可以根据其理化
特性(如电荷和极性)分为若干组。保守氨基酸取代是其中氨基酸残基被具有相同基团的氨
基酸残基替代的取代。例如, 氨基酸可以按电荷归类: 带正电荷的氨基酸包括赖氨酸、精氨
酸和组氨酸; 带负电荷的氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸; 中性电荷氨基酸包括丙氨酸、 天冬
酰胺、半胱氨酸、谷氨酰胺、甘氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、 甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、丝氨
酸、 苏氨酸、 色氨酸、 酪氨酸和缬氨酸。另外, 氨基酸可以按极性归类: 极性氨基酸包括精氨
酸(碱性极性)、 天冬酰胺和天冬氨酸(酸性极性)、 谷氨酸(酸性极性)、 谷氨酰胺、组氨酸(碱
性极性)、赖氨酸(碱性极性)、丝氨酸、 苏氨酸和酪氨酸; 非极性氨基酸包括丙氨酸、 半胱氨
酸、甘氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、 甲硫氨酸、 苯丙氨酸、脯氨酸、 色氨酸和缬氨酸。因此, CDR区
中的一个或多个氨基酸残基可以被同一组中的其他氨基酸残基替代, 并且可以使用本文描
述的功能测定来测试改变的抗体的保留功能(即, 在上面(c)至(1)中列出的功能)。在某些
实施方案中, 改变指定序列或CDR区中不超过一个、不超过两个、不超过三个、不超过四个、
不超过五个残基。
[0090] 如本文所用, 术语“异源核酸分子或多肽”是指通常不存在于细胞或从细胞获得的
样品中的核酸分子(例如, cDNA、DNA或RNA分子)或多肽。这种核酸可来自另一种生物体, 或
者它可以是例如在细胞或样品中通常不表达的mRNA分子。
[0091] 如本文所用, 术语“调节”是指正或负改变。示例性的调节包括约1%、约2%、约
5%、 约10%、约25%、约50%、 约75%、 或约100%的变化。
[0092] 如本文所用, 术语“增加”是指正改变至少约5%, 包括但不限于正改变约5%、约
10%、 约25%、约30%、约50%、 约75%、或约100%。
[0093] 如本文所用, 术语“减少”是指负改变至少约5%, 包括但不限于负改变约5%、约
10%、 约25%、约30%、约50%、 约75%、或约100%。
[0094] 如本文所用, “分离的”多核苷酸或核酸分子是与存在于核酸分子的天然来源(例
如在小鼠或人体内)的其他核酸分子分离的多核苷酸或核酸分子。此外, “分离的”核酸分子
(如cDNA分子)在通过重组技术产生时可以基本上不含其他细胞材料或培养基, 或在化学合
成时基本上不含化学前体或其他化学品。例如, 语言“基本上不含”包括具有少于约15%、
10%、5%、2%)、1%)、0 .5%)或0 .1%)的其他材料(例如, 细胞材料、培养基、其他核酸分
子、 化学前体和/或其他化学品)的多核苷酸或核酸分子的制剂。
[0095] 如本文所用, 术语“分离的细胞”是指与天然伴随细胞的分子和/或细胞组分分离
的细胞。
[0096] 如本文所用, 术语“瘤形成”是指以细胞或组织的病理增生及其随后向其他组织或
器官的迁移或侵袭为特征的疾病。瘤形成生长通常是不受控制和进行性的, 并且在不会引
发正常细胞繁殖或会导致正常细胞繁殖停止的条件下发生。瘤形成可以影响多种细胞类
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克隆抗体、重组产生的抗体、 单特异性抗体、多特异性抗体(包括双特异性抗体(BsAb))、 人
抗体、 人源化抗体、 嵌合抗体、 免疫球蛋白、 合成抗体、 包含两条重链和两条轻链分子的四聚
抗体、抗体轻链单体、抗体重链单体、抗体轻链二聚体、抗体重链二聚体、抗体轻链‑抗体重
链对、 胞内抗体、 单结构域抗体、 单价抗体、 单链抗体或单链可变片段(scFv)、驼源化抗体、
亲和体(affybody)和二硫键连接的Fv(dsFv)、 Fc融合蛋白、 免疫缀合物或其片段。此类抗体
和抗原结合片段可以通过本领域已知的方法制成。
[0107] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂是特异性结合MUC16的全长抗体(例如, 全长
IgG)或其抗原结合片段。
[0108] 在一些实施方案中, 提及与MUC16免疫特异性结合的抗体剂时意指抗体剂与MUC16
结合的亲和力是其对非靶标的结合亲和力的至少约10倍(包括例如至少约10、 102、
103、
104、
105 、
106或107倍中的任一者)。在一些实施方案中, 所述非靶标是并非MUC16的抗原。结合亲
和力可以通过本领域已知的方法(如ELISA、 荧光激活细胞分选(FACS)分析或放射免疫沉淀
测定(RIA))来确定。Kd可以通过本领域已知的方法(如利用例如Biacore仪器的表面等离子
体共振(SPR)测定或利用例如Sapidyne仪器的动力排斥测定(KinExA))来确定。
[0109] 尽管本文深入地讨论了含有人序列(例如, 包含人CDR序列的人重链和轻链可变结
构域序列)的抗MUC16抗体剂, 还考虑非人抗MUC16抗体剂。在一些实施方案中, 非人抗MUC16
抗体剂包含来自如本文所述的抗MUC16抗体剂的人CDR序列和非人框架序列。在一些实施方
案中, 非人框架序列包括可用于使用一种或多种如本文所述的人CDR序列生成合成重链和/
或轻链可变结构域的任何序列, 包括例如哺乳动物, 例如小鼠、 大鼠、 兔、猪、 牛(例如母牛、
公牛、 水牛)、鹿、绵羊、 山羊、鸡、猫、狗、雪貂、灵长类动物(例如狨猴、 猕猴)等。在一些实施
方案中, 非人抗MUC16抗体剂包括通过将一种或多种如本文所述的人CDR序列接枝到非人框
架序列(例如, 小鼠或鸡框架序列)上来生成的抗MUC16抗体剂。
[0110] 示例性人MUC16的完整氨基酸序列包括SEQ ID NO:1的氨基酸序列或由其组成。 在
一些实施方案中, 本文所述的抗MUC16抗体剂特异性识别人MUC16内的表位。在一些实施方
案中, 本文所述的抗MUC16抗体剂特异性识别人MUC16的保留细胞外结构域内的表位。在一
些实施方案中, 本文所述的抗MUC16抗体剂与该MUC16胞外域免疫特异性结合(图1)。在一些
实施方案中, 本文所述的抗MUC16抗体剂与表达人MUC16的细胞免疫特异性结合。在一些实
施方案中, 本文所述的抗MUC16抗体剂与表达重组MUC16多肽的细胞免疫特异性结合。在一
些实施方案中, MUC16多肽是具有SEQ ID NO:43中所示氨基酸序列的MUC16‑c344。在一些实
施方案中, MUC16多肽是具有SEQ ID NO:44中所示氨基酸序列的MUC16‑c114。
[0111] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂与来自除人以外的物种的MUC16多肽交叉反
应。在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂对人MUC16具有完全特异性并且并未展现出物种或
其他类型的非人交叉反应性。
[0112] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂特异性识别在癌细胞(如实体瘤)的细胞表面
上表达的MUC16。在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂特异性识别在以下中的一种或多种细
胞的细胞表面上表达的MUC16: 卵巢癌细胞、乳腺癌细胞、 前列腺癌细胞、 结肠癌细胞、肺癌
细胞、脑癌细胞、胰腺癌细胞、 肾癌细胞、输卵管癌细胞、子宫(例如子宫内膜)癌细胞、原发
性腹膜癌细胞或表达MUC16的任何其他组织的癌细胞。在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂
特异性识别在癌细胞系(例如卵巢癌细胞系, 如OVCAR3、
OVCA‑432、
OVCA‑433和CAOV3)的细
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胞表面上表达的MUC16。
[0113] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂与MUC16蛋白或其片段的至少一种等位基因变
体交叉反应。在一些实施方案中, 当与天然存在的MUC16或其片段相比时, 等位基因变体具
有多达约30个(如约1、2、 3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或30个中的任一者)氨基酸取代, 如
保守氨基酸取代。在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂不与MUC16蛋白或其片段的任何等位
基因变体交叉反应。
[0114] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂与MUC16蛋白的至少一种物种间变体交叉反
应。在一些实施方案中, 例如, MUC16蛋白或其片段是人MUC16, 并且MUC16蛋白的物种间变体
或其片段是其小鼠或大鼠变体。在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂不与MUC16蛋白的任何
物种间变体交叉反应。
[0115] 在一些实施方案中, 根据本文所述的任何抗MUC16抗体剂, 所述抗MUC16抗体剂包
含与MUC16特异性结合的抗MUC16抗体部分。
[0116] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体部分包含抗体重链可变结构域和抗体轻链可变
结构域。在一些实施方案中, 抗MUC16抗体部分包含人源化18C6抗MUC16抗体的抗体重链可
变结构域和抗体轻链可变结构域。
[0117] 人源化4H11抗MUC16抗体剂
[0118] 在一些实施方案中, 本文所述的抗MUC16抗体剂包含4H11抗MUC16抗体(PCT公开号
WO2011/119979)的抗体重链可变结构域和/或抗体轻链可变结构域, 其中4H11抗MUC16重链
可变结构域和/或抗体轻链可变结构域的一个或多个框架区的一个或多个氨基酸残基被修
饰为人抗体重链框架区(HC‑FW)或轻链框架区(LC‑FW)中的对应氨基酸。
[0119] 在一些实施方案中, 小鼠4H11抗MUC16重链可变结构域和/或抗体轻链可变结构域
的框架区的1、 2、3、
4、5、
6、 7、8、9、10、11、
12、13、14、15、16、17、
18、
19、
20、21、22、
23、24、25或
更多个氨基酸残基被修饰为人抗体HC‑FW和/或LC‑FW中的对应氨基酸。在一些实施方案中,
所述人LC‑FW来自免疫球蛋白κ可变4‑1(IGKV4‑1)基因或免疫球蛋白κ接合2(IGKJ2)基因。
在一些实施方案中, 所述人HC‑FW来自免疫球蛋白重链可变3‑21(IGHV3‑21)基因。在一些实
施方案中, 本文所述的抗MUC16抗体剂更像小鼠的, 这意味着小鼠4H11抗MUC16重链可变结
构域和/或抗体轻链可变结构域的框架区的约10个或更少氨基酸残基被修饰为人抗体HC‑
FW或LC‑FW中的对应氨基酸。在一些实施方案中, 本文所述的抗MUC16抗体剂更像人的, 这意
味着小鼠4H11抗MUC16重链可变结构域和/或抗体轻链可变结构域的框架区的10个或更多
氨基酸残基被修饰为人抗体HC‑FW或LC‑FW中的对应氨基酸。在一些实施方案中, 相对于小
鼠4H11抗MUC16抗体序列进行的人氨基酸取代越多, 预期抗MUC16抗体剂在施用至人时的免
疫原性越低。在一些实施方案中, 一个或多个氨基酸可能相对于小鼠序列是未修饰的, 以维
持抗体的结构和/或活性。
[0120] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体部分包含含有SEQ ID NO:4或5的一个、 两个或三
个HC‑CDR的重链可变结构域。在一些实施方案中, 抗MUC16抗体部分包含含有SEQ ID NO:4
或5的重链可变结构域的HC‑CDR1、 HC‑CDR2和HC‑CDR3的重链可变结构域。在一些实施方案
中, 抗MUC16抗体部分包含含有分别在SEQ ID NO:17、 18和19中所示的HC‑CDR1、 HC‑CDR2和
HC‑CDR3的重链可变结构域。
[0121] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体部分包含含有分别在SEQ ID NO:124、 125和126
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表2 .示例性抗MUC16抗体VH和VL结构域序列。
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胞或NK细胞)特异性和反应性以MHC限制性(在TCR‑模拟抗体的情形中)或非MHC限制性(在
针对细胞表面蛋白的抗体的情形中)方式重引导至选定靶标的能力, 从而利用单克隆抗体
的抗原结合特性。 非MHC限制性抗原识别给予表达CAR的免疫细胞(例如, T细胞或NK细胞)不
依赖抗原加工而识别抗原的能力, 从而绕过肿瘤逃逸的主要机制。
[0169] 在一些实施方案中, 抗MUC16 CAR包含根据本文所述的任何抗MUC16抗体部分的抗
MUC16抗体部分。例如, 在一些实施方案中, 提供包含抗MUC16抗体部分的抗MUC16 CAR。在一
些实施方案中, 抗MUC16 CAR的抗MUC16抗体部分包含a)含有SEQ ID NO:4或5的重链可变结
构域; 以及b)含有SEQ ID NO:2或3的轻链可变结构域。在一些实施方案中, 重链可变结构域
包含SEQ ID NO:4或5的氨基酸序列, 或其具有至少约95%(例如至少约96%、97%、98%或
99%中的任一者)序列同一性的变体, 并且轻链可变结构域包含SEQ ID NO:2或3的氨基酸
序列, 或其具有至少约95%序列同一性的变体。在一些实施方案中, 抗MUC16 CAR包含选自
SEQ ID NO:80‑83或97‑99的序列。
[0170] 在一些实施方案中, 抗MUC16 CAR的抗MUC16抗体部分包含a)含有SEQ ID NO:22或
23的重链可变结构域; 以及b)含有SEQ ID NO:20或21的轻链可变结构域。在一些实施方案
中, 重链可变结构域包含SEQ ID NO:22或23的氨基酸序列, 或其具有至少约95%(例如至少
约96%、97%、98%或99%中的任一者)序列同一性的变体, 并且轻链可变结构域包含SEQ
ID NO:20或21的氨基酸序列, 或其具有至少约95%序列同一性的变体。在一些实施方案中,
抗MUC16 CAR包含选自SEQ ID NO:84‑87或100‑103的序列。
[0171] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂是包含T细胞受体(TCR)跨膜结构域的抗MUC16
嵌 合 受 体 。例 如 ,在 一 些 实 施 方 案 中 ,抗 M U C 1 6 抗 体 剂 是 如 P C T 专 利 申 请 公 开 号 W O
2017070608中所述的抗体‑T细胞受体(abTCR) , 所述文献的公开内容明确并入本文用于本
技术中并且可能包括在本文的一项或多项权利要求中。在一些实施方案中, 抗MUC16 abTCR
包含根据本文所述的任何抗MUC16抗体部分的抗MUC16抗体部分。例如, 在一些实施方案中,
提供包含抗MUC16抗体部分的抗MUC16 abTCR。
[0172] 在一些实施方案中, 抗MUC16 abTCR的抗MUC16抗体部分包含a)含有SEQ ID NO:4
或5的重链可变结构域; 以及b)含有SEQ ID NO:2或3的轻链可变结构域。在一些实施方案
中, 抗MUC16 abTCR的重链可变结构域包含SEQ ID NO:4或5的氨基酸序列, 或其具有至少约
95%(例如至少约96%、 97%、 98%或99%中的任一者)序列同一性的变体, 并且轻链可变结
构域包含SEQ ID NO:2或3的氨基酸序列, 或其具有至少约95%序列同一性的变体。
[0173] 在一些实施方案中, 抗MUC16 abTCR的抗MUC16抗体部分包含a)含有SEQ ID NO:22
或23的重链可变结构域; 以及b)含有SEQ ID NO:20或21的轻链可变结构域。在一些实施方
案中, 抗MUC16 abTCR的重链可变结构域包含SEQ ID NO:22或23的氨基酸序列, 或其具有至
少约95%(例如至少约96%、 97%、98%或99%中的任一者)序列同一性的变体, 并且轻链可
变结构域包含SEQ ID NO:20或21的氨基酸序列, 或其具有至少约95%序列同一性的变体。
[0174] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂是包含与MUC16特异性结合的抗MUC16抗体部
分和共刺激信号传导结构域的嵌合共刺激受体。在一些实施方案中, 抗MUC16嵌合共刺激受
体能够刺激免疫细胞, 其在所述免疫细胞的表面上在结合MUC16后功能性表达。在一些实施
方案中, 抗MUC16嵌合共刺激受体缺乏功能性初级免疫细胞信号传导序列。在一些实施方案
中, 抗MUC16嵌合共刺激受体缺乏任何初级免疫细胞信号传导序列。在一些实施方案中, 抗
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约10‑12M、约10‑9M至约10‑11M、约10‑9M至约10‑10M、约5×10‑10M至约1×10‑13M、约5×10‑10M至
约1×10‑12M、 约5×10‑10M至约1×10‑11M、 约10‑10M至约10‑13M、 约1×10‑10M至约5×10‑13M至约
1×10‑10M至约1×10‑12M、约1×10‑10M至约5×10‑12M、约1×10‑10M至约1×10‑11M、约10‑11M至
约10‑13M、约1×10‑11M至约5×10‑13M、约10‑11至约10‑12M或约10‑12M至约10‑13M。在一些实施方
案中, 抗nMUC16抗体剂与nMUC16之间的结合的Kd是约10‑7M至约10‑13M。
[0187] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂与非靶标之间的结合的Kd大于抗MUC16抗体剂
与靶标之间的结合的Kd , 并且在本文中在一些实施方案中称为抗MUC16抗体剂与靶标(例
如, 细胞表面结合的MUC16)的结合亲和力高于与非靶标的结合亲和力。在一些实施方案中,
所述非靶标是并非MUC16的抗原。在一些实施方案中 , 抗MUC16抗体剂(针对nMUC16)与非
MUC16靶标之间的结合的Kd可以是抗MUC16抗体剂与靶标MUC16之间的结合的Kd的至少约10
倍, 如约10‑100倍、约100‑1000倍、约103‑104倍、约104‑105倍、约105‑106倍、约106‑107倍、约
107‑108倍、 约108‑109倍、 约109‑1010倍、 约1010‑1011倍或约1011‑1012倍。
[0188] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂与非靶标结合的Kd 为约10‑1 M至约10‑6M(如约
10‑1M至约10‑6M、约10‑1M至约10‑5M或约10‑2M至约10‑4M)。在一些实施方案中, 所述非靶标是
并非MUC16的抗原。因此, 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂与非MUC16靶标之间的结合的
Kd是约10 M至约10 M、约1×10 M至约5×10 M、约10‑1M至约10‑5M、约1×10‑1M至约5×10‑
‑1 ‑6 ‑1 ‑6
5
M、 约10‑1M至约10‑4M、 约1×10‑1M至约5×10‑4M、 约10‑1M至约10‑3M、 约1×10‑1M至约5×10‑3M、
约10‑1M至约10‑2M、约10‑2M至约10‑6M、约1×10‑2M至约5×10‑6M、约10‑2M至约10‑5M、约1×10‑
2
M至约5×10‑5M、 约10‑2M至约10‑4M、 约1×10‑2M至约5×10‑4M、 约10‑2M至约10‑3M、
约10‑3M至约
10‑6M、约1×10‑3M至约5×10‑6M、约10‑3M至约10‑5M、约1×10‑3M至约5×10‑5M、约10‑3M至约10
‑4
M、 约10‑4M至约10‑6M、 约1×10‑4M至约5×10‑6M、 约10‑4M至约10‑5M或约10‑5M至约10‑6M。
[0189] 在一些实施方案中, 在提及抗MUC16抗体剂以高结合亲和力特异性识别靶标MUC16
(例如, 细胞表面结合的MUC16)并且以低结合亲和力结合非靶标时, 抗MUC16抗体剂将以约
10 M至约10 M(如约10 M至约10 M、约10 M至约10 M或约10 M至约10‑12M)的Kd与靶标
‑7 ‑13 ‑7 ‑13 ‑9 ‑13 ‑10
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M a n o m e ,Y .等 人 ,B i o c h e m i s t r y 3 2 : 1 0 6 0 7 ‑ 1 0 6 1 3 (1 9 9 3 ) ;D a t t a ,R .等 人 ,
Proc .Natl .Acad .Sci .USA 89:1014‑10153(1992))。用于体外或体内哺乳动物系统中的其
他示例性诱导型启动子系统综述于Gingrich等人 ,Annual Rev .Neurosci 21:377‑405
(1998)中。在一些实施方案中, 用于表达抗MUC16抗体剂的诱导型启动子系统是Tet系统。在
一些实施方案中,用于表达抗MUC16抗体剂的诱导型启动子系统是来自大肠杆菌(E .coli)
的lac阻遏物系统。
[0215] 用于本技术的示例性诱导型启动子系统是Tet系统。此类系统是基于由Gossen等
人 ,(1993)所述的Tet系统。在一个示例性实施方案中, 目的多核苷酸是处于包含一个或多
个Tet操纵基因(TetO)位点的启动子的控制下。在无活性状态下, Tet阻遏物(TetR)将结合
TetO位点并且阻遏来自启动子的转录。在活性状态下, 例如, 在诱导剂(如四环素(Tc)、 无水
四环素、 多西环素(Dox)或其活性类似物)的存在下, 所述诱导剂引起从TetO释放TetR, 从而
允许发生转录。多西环素是四环素抗生素家族的成员, 具有化学名1‑二甲基氨基‑2 ,4a ,5 ,
7 ,12‑五羟基‑11‑甲基‑4 ,6‑二氧代‑1 ,4a ,11 ,11a ,12 ,12a‑六氢并四苯‑3‑甲酰胺。
[0216] 在一个实施方案中, TetR进行密码子优化用于在哺乳动物细胞(例如, 鼠细胞或人
细胞)中表达。 由于遗传密码的简并性, 大部分氨基酸由超过一个密码子编码, 从而允许给
定核酸的核苷酸序列中的大量变化, 而不存在由核酸编码的氨基酸序列的任何改变。然而,
许多生物体在密码子使用方面表现出差异, 这称为“密码子偏向”(即, 对于给定氨基酸偏向
使用一种或多种特定密码子)。密码子偏向通常与特定密码子的主要tRNA种类的存在相关,
这进而增加mRNA翻译的效率。因此, 源自特定生物体(例如原核生物)的编码序列可以通过
密码子优化进行定制以用于改进在不同生物体(例如真核生物)中的表达。
[0217] Tet系统的其他特异性变化包括以下“Tet‑Off”和“Tet‑On”系统。 在Tet‑Off系统
中, 转录在Tc或Dox的存在下无活性。在该系统中, 由与来自单纯疱疹病毒的VP16的强反式
激活结构域融合的TetR构成的四环素控制的反式激活因子蛋白(tTA)调节在四环素响应性
启动子元件(TRE)的转录控制下的靶核酸的表达。TRE由与启动子(通常为源自人巨细胞病
毒(hCMV)即刻早期启动子的微小启动子序列)融合的TetO序列多联体构成。在不存在Tc或
Dox的情况下, tTA与TRE结合并激活靶基因的转录。在Tc或Dox的存在下, tTA不能与TRE结
合, 并且来自靶基因的表达保持无活性。
[0218] 相反, 在Tet‑On系统中, 转录在Tc或Dox的存在下有活性。所述Tet‑On系统是基于
反向四环素控制的反式激活因子rtTA。与tTA一样, rtTA是由TetR阻遏物和VP16反式激活结
构域构成的融合蛋白。然而, TetR DNA结合部分中的四个氨基酸的变化改变rtTA的结合特
征, 使得其可仅在Dox的存在下识别靶转基因的TRE中的tetO序列。因此, 在Tet‑On系统中,
仅在Dox的存在下由rtTA刺激TRE调节的靶基因的转录。
[0219] 另一种诱导型启动子系统是来自大肠杆菌的lac阻遏物系统 (参见Brown等人 ,
Cell 49:603‑612(1987))。lac阻遏物系统通过调节可操作地连接至包含lac操纵基因
(lacO)的启动子的目的多核苷酸的转录来起作用。lac阻遏物(lacR)与LacO结合, 从而预防
目的多核苷酸的转录。 目的多核苷酸的表达由合适诱导剂例如异丙基‑β‑D‑硫代吡喃半乳
糖苷(IPTG)诱导。
[0220] 为了评估多肽或其部分的表达, 待引入细胞中的表达载体还可以含有选择性标记
基因或报告基因或二者, 以便于从寻求通过病毒载体被转染或感染的细胞群中鉴定并选择
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表达细胞。在其他方面, 选择性标记物可以载于一段单独的DNA上并且用于共转染程序。选
择性标记物和报告基因二者可以侧接有适当的调节序列以使得能在宿主细胞中表达。有用
的选择性标记物包括例如抗生素抗性基因, 如neo等。
[0221] 报告基因用于鉴定潜在感染的细胞和评价调节序列的功能性。 通常, 报告基因是
如下基因, 所述基因在接受者生物体或组织中不存在或不表达, 并且编码如下多肽, 所述多
肽的表达表现为一些易于检测的特性, 例如, 酶活性。在已将DNA引入接受者细胞中之后合
适的时间, 测定报告基因的表达。合适的报告基因可以包括编码萤光素酶、 β‑半乳糖苷酶、
氯霉素乙酰转移酶、分泌的碱性磷酸酶的基因或绿色荧光蛋白基因(例如, Ui‑Tel等人 ,
2000FEBS Letters 479:79‑82)。合适的表达系统是熟知的并且可使用已知技术制备或在
商业上获得。通常, 将具有最小5 '侧接区域且显示报告基因的最高表达水平的构建体鉴定
为启动子。此类启动子区域可以连接至报告基因, 并用于评价药剂调节启动子驱动的转录
的能力。
[0222] 在一些实施方案中 , 提供编码根据本文所述的任何全长抗MUC16抗体的全长抗
MUC16抗体的核酸。在一些实施方案中, 核酸包含编码全长抗MUC16抗体的重链和轻链的一
个或多个核酸序列。在一些实施方案中, 一个或多个核酸序列各自含于单独载体中。在一些
实施方案中, 至少一些核酸序列含于同一载体中。在一些实施方案中, 所有核酸序列均含于
同一载体中。载体可以选自例如哺乳动物表达载体和病毒载体(如源自逆转录病毒、腺病
毒、 腺相关病毒、 疱疹病毒和慢病毒的那些)。
[0223] 将基因引入细胞并将其在细胞中表达的方法是本领域已知的。 在表达载体的背景
下, 可以通过本领域的任何方法将载体容易地引入宿主细胞, 例如哺乳动物、细菌、酵母或
昆虫细胞中。例如, 表达载体可以通过物理、 化学或生物手段转移到宿主细胞中。
[0224] 用于将多核苷酸引入宿主细胞中的物理方法包括磷酸钙沉淀、脂质转染、粒子轰
击、显微注射、 电穿孔等。用于产生包含载体和/或外源核酸的细胞的方法是本领域中熟知
的。参见例如, Green和Sambrook(2013 ,Molecular Cloning:A Laboratory Manual ,Cold
Spring Harbor Laboratory ,纽约)。在一些实施方案中, 将多核苷酸引入宿主细胞中是通
过磷酸钙转染进行的。
[0225] 将目的多核苷酸引入宿主细胞中的生物学方法包括使用DNA和RNA载体。 病毒载
体, 并且尤其是逆转录病毒载体, 已成为将基因插入哺乳动物(例如, 人)细胞中的最广泛使
用的方法。其他病毒载体可以源自慢病毒、痘病毒、单纯疱疹病毒1、腺病毒和腺相关病毒
等。 参见例如, 美国专利号5 ,350 ,674和5 ,585 ,362。
[0226] 将多核苷酸引入宿主细胞中的化学手段包括胶体分散系统, 如大分子复合物、纳
米胶囊、微球、 珠粒、和基于脂质的系统(包括水包油乳剂、胶束、 混合胶束和脂质体)。用作
体外和体内递送媒介物的示例性胶体系统是脂质体(例如, 人造膜囊)。
[0227] 在利用非病毒递送系统的情况下, 示例性递送媒介物是脂质体。考虑使用脂质配
制品以将核酸引入宿主细胞(体外、离体或体内)中。在另一方面, 核酸可以与脂质关联。与
脂质相关的核酸可以被包封在脂质体的水性内部, 散布在脂质体的脂质双层内, 经由与脂
质体和寡核苷酸二者相关的连接分子附接至脂质体, 包埋在脂质体中, 与脂质体复合, 分散
在含有脂质的溶液中, 与脂质混合, 与脂质组合, 以悬浮液形式包含在脂质中、包含在胶束
中或与胶束复合, 或以其他方式与脂质关联。脂质、脂质/DNA或脂质/表达载体关联的组合
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物不限于溶液中的任何特定结构。例如, 它们可以以双层结构、胶束或“塌陷”结构存在。它
们也可以简单地散布在溶液中, 可能形成大小或形状不均匀的聚集体。脂质是脂肪物质, 这
些脂肪物质可以是天然存在的或合成的脂质。例如, 脂质包括天然存在于细胞质中的脂肪
滴以及含有长链脂族烃及其衍生物(如脂肪酸、 醇、胺、氨基醇和醛)的化合物类。
[0228] 不管使用何种方法将外源核酸引入宿主细胞中或以其他方式将细胞暴露于本技
术的抑制剂, 为了确认重组DNA序列在宿主细胞中的存在, 可以进行多种测定。此类测定包
括例如本领域技术人员熟知的“分子生物学”测定, 如DNA印迹法和RNA印迹法、RT‑PCR和
PCR;“生物化学”测定, 如检测特定肽的存在或不存在, 例如通过免疫学手段(ELISA和蛋白
质印迹法)或通过本文所述的测定以鉴定属于本技术范围内的药剂。
抗MUC16抗体剂和抗MUC16抗体部分的制备
[0229] 在一些实施方案中, 抗MUC16抗体剂是单克隆抗体或源自单克隆抗体。在一些实施
方案中, 抗MUC16抗体剂包含来自单克隆抗体的VH和VL结构域或其变体。在一些实施方案中,
抗MUC16抗体剂还包含来自单克隆抗体的CH1和CL结构域或其变体。单克隆抗体可以例如使
用本领域已知的方法来制备, 所述方法包括杂交瘤方法、 噬菌体展示方法或使用重组DNA方
法。另外, 在本文中和以下实施例中描述了示例性噬菌体展示方法。
[0230] 在杂交瘤方法中, 通常将仓鼠、 小鼠或其他适当宿主动物用免疫剂进行免疫, 以引
发产生或能够产生将与免疫剂特异性结合的抗体的淋巴细胞。可替代地, 淋巴细胞可在体
外进行免疫。 免疫剂可以包括目的蛋白质的多肽或融合蛋白。一般而言, 如果需要人起源的
细胞, 则使用外周血淋巴细胞(“PBL”) , 或者如果需要非人哺乳动物来源, 则使用脾细胞或
淋巴结细胞。然后使用适宜融合剂(如聚乙二醇)将淋巴细胞与永生化细胞系融合, 以形成
杂交瘤细胞。永生化细胞系通常是经转化哺乳动物细胞, 特别是啮齿动物、 牛和人来源的骨
髓瘤细胞。通常, 采用大鼠或小鼠骨髓瘤细胞系。可将杂交瘤细胞在适宜培养基中培养, 所
述培养基优选地含有一种或多种抑制未融合的永生化细胞生长或存活的物质。例如, 如果
亲代细胞缺少酶次黄嘌呤‑鸟嘌呤磷酸核糖基转移酶(HGPRT或HPRT), 则杂交瘤的培养基通
常将包括次黄嘌呤、 氨基蝶呤和胸苷(“HAT培养基”), 其防止HGPRT缺陷型细胞生长。
[0231] 在一些实施方案中, 永生化细胞系有效融合, 支持所选抗体产生细胞中抗体的稳
定高水平表达, 并且对培养基(如HAT培养基)敏感。在一些实施方案中, 永生化细胞系是鼠
骨髓瘤细胞系, 其可以例如从加利福尼亚州圣地亚哥的索尔克研究所细胞分布中心(Salk
Institute Cell Distribution Center)和弗吉尼亚州马纳萨斯的美国典型培养物保藏中
心(American Type Culture Collection)获得。也已描述人骨髓瘤和小鼠‑人异种骨髓瘤
细胞系用于产生人单克隆抗体。
[0232] 然后可以测定培养杂交瘤细胞的培养基中针对所述多肽的单克隆抗体的存在。 由
杂交瘤细胞产生的单克隆抗体的结合特异性可以通过免疫沉淀或通过体外结合测定(如放
射免疫测定(RIA)或酶联免疫吸附测定(ELISA))来确定。此类技术和测定是本领域中已知
的。单克隆抗体的结合亲和力可以例如通过Munson和Pollard ,Anal .Biochem .,107:220
(1980)的Scatchard分析来确定。
[0233] 在鉴定所需的杂交瘤细胞后, 可以将克隆通过有限稀释程序进行亚克隆, 并且通
过标准方法生长。 Goding ,同上。用于这个目的的合适培养基包括例如达尔伯克改良伊格尔
培养基和RPMI‑1640培养基。可替代地, 杂交瘤细胞可以作为哺乳动物中的腹水在体内生
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长。
[0234] 亚克隆分泌的单克隆抗体可以通过常规免疫球蛋白纯化程序从培养基或腹水液
体分离或纯化, 所述纯化程序如例如蛋白A‑琼脂糖、 羟基磷灰石色谱、凝胶电泳、透析或亲
和色谱。
[0235] 在一些实施方案中, 根据本文所述的任何抗MUC16抗体剂, 抗MUC16抗体剂包含来
自选自抗体文库(如呈现scFv或Fab片段的噬菌体文库)的克隆的序列。克隆可以通过针对
具有一种或多种所需活性的抗体片段筛选组合文库来鉴定。例如,用于产生噬菌体展示文
库并且针对具有所需结合特征的抗体筛选此类文库的多种方法是本领域已知的。此类方法
综述于例如Hoogenboom等人 ,Methods in Molecular Biology 178:1‑37(O 'Brien等人编
辑 ,Human Press ,托托华 ,新泽西 州 ,2001) 中 ,并且进一步描述于 例如以 下文献中 :
McCafferty等人 ,Nature 348:552‑554; Clackson等人 ,Nature 352:624‑628(1991); Marks
等人 ,J .Mol .Biol .222:581‑597 (1992) ;Marks和Bradbury ,Methods in Molecular
Biology 248:161‑175(Lo编辑 ,Human Press ,托托华 ,新泽西州 ,2003) ;Sidhu等人 ,
J .Mol .Biol .338(2):299‑310(2004) ; Lee等人 ,J .Mol .Biol .340(5):1073‑1093(2004) ;
Fellouse ,Proc .Natl .Acad .Sci .USA 101 (34) :12467‑12472(2004) ; 以及Lee等人 ,
J .Immunol .Methods 284(1‑2):119‑132(2004)。
[0236] 在某些噬菌体展示方法中, 通过聚合酶链式反应(PCR)单独克隆VH和VL基因库, 并
在噬菌体文库中随机重组, 随后可以针对抗原结合噬菌体对其进行筛选, 如Winter等人 ,
Ann .Rev .Immunol .,12:433‑455(1994)中所述。 噬菌体通常展示作为scFv片段或作为Fab片
段的抗体片段。来自免疫源的文库在不需要构建杂交瘤的情况下提供针对免疫原的高亲和
力抗体。可替代地, 可以克隆天然库(例如, 从人)以在不进行任何免疫的情况下提供针对多
种非自身和自身抗原的单一来源的抗体, 如Griffiths等人 ,EMBO J ,12:725‑734(1993)所
述。最后, 还可以通过以下方式合成地制造幼稚文库: 从干细胞克隆未重排的V基因区段, 并
使用含有随机序列的PCR引物编码高可变CDR3区域并在体外完成重排, 如Hoogenboom和
Winter ,J .Mol .Biol .,227:381‑388(1992)所述。描述人抗体噬菌体文库的专利公开案包括
例如: 美国专利号5 ,750 ,373以及美国专利公开号2005/0079574、2005/0119455、2005/
0266000、 2007/0117126、 2007/0160598、2007/0237764、 2007/0292936和2009/0002360。
[0237] 抗MUC16抗体剂可以使用噬菌体展示针对对靶标MUC16(例如nMUC16)具有特异性
的抗MUC16抗体部分筛选文库来制备。所述文库可以是人scFv噬菌体展示文库, 其具有至少
9 9 9 9 9 10 10 10
1x10 (如至少约1×10 、 2 .5×10 、5×10 、7 .5×10 、 1×10 、 2 .5×10 、 5×10 、 7 .5×1010
或1×1011中任一者)个独特人抗体片段。在一些实施方案中, 所述文库是由从来自健康供体
的人PMBC和脾脏提取的DNA构建的原初人文库, 涵盖所有人重链和轻链亚家族。在一些实施
方案中, 所述文库是由从自患有各种疾病的患者如患有自身免疫性疾病的患者、癌症患者
和患有感染性疾病的患者分离的PBMC提取的DNA构建的原初人文库。在一些实施方案中, 所
述文库是半合成人文库, 其中重链CDR3被完全随机化, 其中所有氨基酸(除了半胱氨酸)同
等可能地存在于任何给定位置(参见例如, Hoet ,R .M .等人 ,Nat .Biotechnol .23(3):344‑
348 ,2005)。在一些实施方案中, 半合成人文库的重链CDR3的长度为约5至约24(如约5、 6、7、
8、 9、10、 11、12、 13、14、 15、 16、17、18、
19、20、 21、22、 23或24中任一者)个氨基酸。在一些实施
方案中, 所述文库是全合成噬菌体展示文库。在一些实施方案中, 所述文库是非人噬菌体展
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示文库。
[0238] 以高亲和力结合靶标MUC16(例如, nMUC16)的噬菌体克隆可以通过使噬菌体迭代
结合靶标MUC16(其结合至固体支持物(如例如,用于溶液淘选的珠粒或用于细胞淘选的哺
乳动物细胞))、 随后去除未结合噬菌体并洗脱特异性结合的噬菌体来选择。然后洗脱结合
的噬菌体克隆并将其用于感染适当的宿主细胞, 如大肠杆菌XL1‑Blue, 以用于表达和纯化。
在细胞淘选的例子中, 将在细胞表面上过表达MUC16的HEK293细胞与噬菌体文库混合, 之后
收集细胞并洗脱结合的克隆并将其用于感染适当的宿主细胞以用于表达和纯化(参见所有
实施例)。可以使用溶液淘选、 细胞淘选或两者的组合进行多轮(如约2、 3、4、5、 6或更多轮中
任一者)淘选, 以富集与靶标MUC16特异性结合的噬菌体克隆。可以通过本领域已知的任何
方法(包括例如ELISA和FACS)测试富集的噬菌体克隆与靶标MUC16的特异性结合。
[0239] 单克隆抗体也可以通过重组DNA方法来制备, 所述重组DNA方法如美国专利号4 ,
816 ,567中所述的那些。编码本技术的单克隆抗体的DNA可以使用常规程序(例如, 通过使用
能够与编码鼠抗体的重链和轻链的基因特异性结合的寡核苷酸探针)容易地分离并测序。
如上所述的杂交瘤细胞或本技术的MUC16特异性噬菌体克隆可以用作这种DNA的来源。一旦
被分离, 可以将所述DNA置入表达载体中, 然后将所述表达载体转染至原本不产生免疫球蛋
白的宿主细胞(如猿猴COS细胞、 中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或骨髓瘤细胞)中, 以获得单克隆
抗体在重组宿主细胞中的合成。还可以例如通过以下方式修饰所述DNA: 用人重链和轻链恒
定结构域和/或框架区的编码序列取代同源非人序列(美国专利号4 ,816 ,567; Morrison等
人 ,同上)或将非免疫球蛋白多肽的编码序列的全部或部分共价接合至免疫球蛋白编码序
列。这种非免疫球蛋白多肽可以取代本技术的抗体剂的恒定结构域, 或者可以取代本技术
的抗体剂的一个抗原组合位点的可变结构域, 以产生嵌合二价抗体剂。
[0240] 所述抗体可以是单价抗体。 用于制备单价抗体的方法是本领域已知的。例如, 一种
方法涉及重组表达免疫球蛋白轻链和修饰的重链。重链通常在Fc区的任一点处截短, 以防
止发生重链交联。可替代地, 相关半胱氨酸残基用另一个氨基酸残基取代或缺失以防止发
生交联。
[0241] 体外方法也适用于制备单价抗体。 可以使用本领域已知的任何方法来完成抗体的
消化以产生其片段, 特别是Fab片段。
[0242] 具有所需结合特异性(抗体‑抗原组合位点)的抗体可变结构域可以与免疫球蛋白
恒定结构域序列融合。融合物优选地具有免疫球蛋白重链恒定结构域, 其包含铰链、CH2和
CH3区的至少一部分。在一些实施方案中 ,含有轻链结合所需的位点的第一重链恒定区
(CH1)存在于至少一个融合物中。将编码免疫球蛋白重链融合物和(如果期望)免疫球蛋白
轻链的DNA插入单独表达载体中, 并且共转染至合适的宿主生物体中。
[0243] 人和人源化抗体
[0244] 抗MUC16抗体剂(例如全长抗MUC16抗体)或其抗原结合片段可以是人源化抗体剂
或人抗体剂。非人(例如, 鼠)抗体部分的人源化形式是通常含有源自非人免疫球蛋白的最
小序列的嵌合免疫球蛋白、 免疫球蛋白链或其片段(如Fv、 Fab、
Fab '、
F(ab ') 2 、scFv或抗体
的其他抗原结合子序列)。人源化抗体部分包含人免疫球蛋白、 免疫球蛋白链或其片段(接
受者抗体) , 其中来自接受者的CDR的残基被来自如小鼠、大鼠或兔等的非人物种(供体抗
体)的具有所需特异性、 亲和力和能力的CDR的残基替代。在一些情况下, 人免疫球蛋白的Fv
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框架残基被相应的非人残基替代。人源化抗体部分还可以包含既未发现于接受者抗体中也
未发现于输入CDR或框架序列中的残基。通常, 人源化抗体可以基本上包含至少一个(并且
通常是两个)可变结构域的全部, 其中所有或基本上所有CDR区对应于非人免疫球蛋白的那
些, 并且所有或基本上所有FR区是人免疫球蛋白共有序列的那些。
[0245] 总体上, 人源化抗体剂具有从非人来源引入其中的一个或多个氨基酸残基。这些
非人氨基酸残基通常被称为“输入”残基, 其通常取自“输入”可变结构域。根据一些实施方
案, 人源化可以基本上根据Winter和同事的方法(Jones等人 ,Nature ,321:522‑525(1986);
Riechmann等人 ,Nature ,332:323‑327(1988) ; Verhoeyen等人 ,Science ,239:1534‑1536
(1988)) , 通过用啮齿动物CDR或CDR序列取代人抗体的对应序列来进行。因此, 此类“人源
化”抗体部分是如下抗体部分(美国专利号4 ,816 ,567), 其中显著小于完整的人可变结构域
已被来自非人物种的对应序列取代。 实际上, 人源化抗体部分通常是人抗体部分, 其中一些
CDR残基和可能一些FR残基被来自啮齿动物抗体中的类似部位的残基取代。
[0246] 作为人源化的替代方案, 可以生成人抗体部分。例如, 现在有可能产生在不存在内
源免疫球蛋白产生的情况下能够在免疫后产生人抗体完整组库的转基因动物(例如小鼠)。
例如, 已经描述了嵌合和种系突变小鼠中抗体重链连接区(JH)基因的纯合缺失导致内源抗
体产生的完全抑制。将人种系免疫球蛋白基因阵列转移到此类种系突变小鼠中会导致在抗
原激发后产生人抗体。参见例如, Jakobovits等人 ,PNAS USA ,90:2551(1993) ; Jakobovits
等人 ,Nature ,362:255‑258(1993); Bruggemann等人 ,Year in Immunol .,7:33(1993); 美国
专利号5 ,545 ,806、 5 ,569 ,825、 5 ,591 ,669、 5 ,545 ,807; 以及WO 97/17852。 可替代地, 人抗体
可以通过将人免疫球蛋白基因座引入其中内源免疫球蛋白基因已部分或完全灭活的转基
因动物(例如, 小鼠)中来制备。在激发后, 观察到人抗体产生, 这与在人中在所有方面(包括
基因重排、 组装和抗体库)所观察到者非常相似。这种方法描述于例如以下文献中: 美国专
利号5 ,545 ,807; 5 ,545 ,806; 5 ,569 ,825; 5 ,625 ,126; 5 ,633 ,425;和5 ,661 ,016;
以及Marks等
人 ,Bio/Technology ,10:779‑783(1992) ; Lonberg等人 ,Nature ,368:856‑859(1994) ;
Morrison ,Nature ,368:812‑813(1994) ; Fishwild等人 ,Nature Biotechnology ,14:845‑
851 (1996) ;Neuberger ,Nature Biotechnology ,14:826(1996) ;Lonberg和Huszar ,
Intern .Rev .Immunol .,13:65‑93(1995)。
[0247] 人抗体剂也可以由体外激活的B细胞(参见美国专利5 ,567 ,610和5 ,229 ,275)或通
过使用本领域已 知的各种技术 (包括噬菌体展示文库) 来生成。Hoogenboom和Winter ,
J .Mol .Biol .,227:381(1991) ; Marks等人 ,J .Mol .Biol .,222:581(1991)。Cole等人和
Boerner等人的技术也可用于制备人单克隆抗体。Cole等人 ,Monoclonal Antibodies and
Cancer Therapy ,Alan R .Liss ,第77页(1985); 以及Boerner等人 ,J .Immunol .,147(1):86‑
95(1991)。
抗MUC16抗体剂变体
[0248] 在一些实施方案中, 考虑本文提供的抗MUC16抗体剂(例如, 全长抗MUC16抗体)或
其抗原结合片段的氨基酸序列变体。例如, 可能希望改善抗体剂的结合亲和力和/或其他生
物学特性。抗体剂的氨基酸序列变体可以通过在编码所述抗体剂的核苷酸序列中引入适当
的修饰或通过肽合成来制备。此类修饰包括例如抗体剂的氨基酸序列内残基的缺失和/或
插入和/或取代。可以进行缺失、插入和取代的任何组合以获得最终的构建体, 条件是最终
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的构建体具有所需的特征(例如, 抗原结合)。
[0249] 在一些实施方案中,提供具有一个或多个氨基酸取代的抗MUC16抗体剂。用于取代
性诱变的目的位点包括HVR和FR。可以将氨基酸取代引入目的抗体剂中, 并针对所需活性筛
选产物, 所述所需活性例如保留/改善的抗原结合、
降低的免疫原性、或改善的ADCC或CDC。
[0250] 保守取代显示于下表3中。
表3:
保守取代
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用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性地鉴定抗原结合中所涉及的HVR残基。特定地, 通常靶向
CDR‑H3和CDR‑L3。
[0254] 在一些实施方案中, 取代、插入或缺失可以在一个或多个HVR内发生, 只要此类改
变基本上不降低抗体剂结合抗原的能力。例如, 可以在HVR中进行基本上不降低结合亲和力
的保守改变(例如, 如本文提供的保守取代)。此类改变可以位于HVR“热点”或SDR的外部。在
上文所提供的变体VH和VL序列的一些实施方案中, 每个HVR不发生改变或者含有不超过一
个、 两个或三个氨基酸取代。
[0255] 用于鉴定可以靶向进行诱变的抗体剂残基或区域的有用方法称为“丙氨酸扫描诱
变”, 如Cunningham和Wells(1989)Science ,244:1081‑1085所述。在此方法中, 鉴定残基或
靶残基组(例如, 带电残基, 如Arg、Asp、His、Lys和Glu)并用中性或带负电的氨基酸(如, 丙
氨酸或聚丙氨酸)替代以确定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始取代显
示功能敏感性的氨基酸位置引入进一步取代。可替代地或另外地, 可以确定抗原‑抗体剂复
合物的晶体结构以鉴定抗体剂与抗原之间的接触点。可以靶向或消除此类接触残基和邻近
残基作为取代候选物。 可以筛选变体以确定它们是否含有所需特性。
[0256] 氨基酸序列插入包括氨基和/或羧基末端融合, 长度范围从一个残基到含有一百
个或更多个残基的多肽, 以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入物的例子包
括具有N末端甲硫氨酰基残基的抗体剂。所述抗体剂分子的其他插入变体包括将所述抗体
剂的N末端或C末端与酶(例如, 用于ADEPT)或增加所述抗体剂的血清半衰期的多肽融合。
[0257] Fc区变体
[0258] 在一些实施方案中, 可以将一个或多个氨基酸修饰引入本文提供的抗体剂(例如,
全长抗MUC16抗体或抗MUC16 Fc融合物)的Fc区中, 从而生成Fc区变体。在一些实施方案中,
Fc区变体具有增强的ADCC效应子功能, 通常与和Fc受体(FcR)的结合相关。在一些实施方案
中, Fc区变体具有降低的ADCC效应子功能。有许多可改变效应子功能的Fc序列的变化或突
变的例子。例如, WO 00/42072和Shields等人 ,J Biol .Chem .9(2):6591‑6604(2001)描述具
有增强的或减小的与FcR的结合的抗体变体。 这些出版物的内容通过引用明确并入本文。
[0259] 抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)是治疗性抗体针对肿瘤细胞的作用机制。
ADCC是细胞介导的免疫防御, 因此免疫系统的效应细胞主动裂解靶细胞(例如癌细胞) , 所
述靶细胞的膜表面抗原已由特异性抗体(例如抗MUC16抗体)结合。典型ADCC涉及通过抗体
激活NK细胞。NK细胞表达Fc受体CD16。此受体识别并结合至与靶细胞的表面结合的抗体的
Fc部分。NK细胞表面上最常见的Fc受体称为CD16或FcγRIII。Fc受体与抗体的Fc区的结合
导致NK细胞激活、细胞溶解颗粒释放和后续靶细胞凋亡。可以使用特定测试测量ADCC对肿
瘤细胞杀伤的贡献, 所述测试使用已用高亲和力FcR转染的NK‑92细胞。将结果与不表达FcR
的野生型NK‑92细胞相比较。
[0260] 在一些实施方案中, 本发明考虑抗MUC16抗体剂变体(如全长抗MUC16抗体变体) ,
其包含具有一些但并非所有效应子功能的Fc区, 这使所述抗体剂变体成为如下应用的期望
候选物, 在所述应用中抗MUC16抗体剂的体内半衰期是重要的, 而某些效应子功能(如CDC和
ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定以确认CDC和/或ADCC活
性的降低/耗尽。例如, 可以进行Fc受体(FcR)结合测定以确保抗体剂缺少FcγR结合(因此
可能缺少ADCC活性) ,但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的原代细胞NK细胞仅表达Fcγ
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[0284] 合适的发色标记的非限制性例子包括二氨基联苯胺和4‑羟基偶氮‑苯‑2‑甲酸。
[0285] 合适的酶标记的非限制性例子包括苹果酸脱氢酶、 葡萄球菌核酸酶、 δ‑5‑类固醇
异构酶、 酵母醇脱氢酶、 α‑甘油磷酸脱氢酶、磷酸丙糖异构酶、 过氧化物酶、碱性磷酸酶、 天
冬酰胺酶、 葡萄糖氧化酶、 β‑半乳糖苷酶、 核糖核酸酶、 脲酶、 过氧化氢酶、 葡萄糖‑6‑磷酸脱
氢酶、 葡糖淀粉酶和乙酰胆碱酯酶。
[0286] 合适的放射性同位素为本领域技术人员已熟知的并且包括β发射体、 γ发射体、 正
3 18 111
电子发射体和x射线发射体。合适的放射性同位素标记的非限制性例子包括 H、 F、 In、
125 131
I、32P、33P、35S、 11 14
C、51Cr、57To、58Co、59Fe、75Se、
152
I、 C、 Eu、90Y、67Cu、217Ci、211 At、212Pb、
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Sc、223Ra、223Ra、89Zr、177Lu和109Pd。在某些实施方案中, 111
In是用于体内成像的优选同位
125 131
素, 因为它避免了 I或 I‑标记的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段在肝脏内脱溴化的问
111
题。此外, In具有对于成像更有利的γ发射能量(Perkins等人 ,Eur .J .Nucl .Med .70:296‑
301(1985); Carasquillo等人 ,J .Nucl .Med .25:281‑287(1987))。例如, 与具有1‑(P‑异硫氰
111
基苄基)‑DPTA的单克隆抗体偶联的 In在非肿瘤组织(特别是肝脏)中显示很少的摄取, 并
因此增强了肿瘤定位的特异性(Esteban等人 ,J .Nucl .Med .28:861‑870(1987))。
55 162 52
[0287] 合适的非放射性同位素标记的非限制性例子包括157Gd、 Mn、 Dy、 Tr和56Fe。
[0288] 合适的荧光标记的非限制性例子包括152Eu标记、 荧光素标记、 异硫氰酸盐标记、罗
丹明标记、 藻红蛋白标记、 藻蓝蛋白标记、别藻蓝蛋白标记、 绿色荧光蛋白(GFP)标记、邻苯
二甲醛标记和荧光胺标记。
[0289] 化学发光标记的非限制性例子包括鲁米诺标记、 异鲁米诺标记、芳香族吖啶酯标
记、 咪唑标记、 吖啶盐标记、 草酸酯标记、 萤光素标记、 萤光素酶标记和水母发光蛋白标记。
[0290] 核磁共振造影剂的非限制性例子包括重金属核, 如Gd、 Mn和铁。
[0291] 本领域普通技术人员已知的用于将上文所述的标记缀合至所述抗MUC16抗体剂或
其抗原结合片段、 双特异性抗体、 抗体重链、 抗体轻链和融合蛋白的技术描述于例如以下文
献中: Kennedy等人 ,Clin .CMm .Acta 70:1‑31(1976); 以及Schurs等人 ,Clin .CMm .Acta 81:
1‑40(1977)。后一文献中提及的偶联技术是戊二醛方法、 高碘酸盐方法、二马来酰亚胺方
法、 m‑马来酰亚胺苄基‑N‑羟基‑琥珀酰亚胺酯方法, 所有所述方法均通过引用并入本文中。
[0292] 细胞毒性剂的非限制性例子包括细胞抑制剂或杀细胞剂、 放射性金属离子(例如,
α发射体)和毒素(例如, 假单胞菌外毒素A、相思豆毒蛋白、霍乱毒素、蓖麻毒素A和白喉毒
素。
[0293] 在某些实施方案中, 所述药剂是诊断剂。诊断剂是可用于通过定位含有所述抗原
的细胞来诊断或检测疾病的药剂。有用的诊断剂包括但不限于放射性同位素、 染料(如采用
生物素‑链霉亲和素复合物)、造影剂、荧光化合物或分子以及磁共振成像(MRI)的增强剂
(例如顺磁性离子)。美国专利号6 ,331 ,175描述MRI技术和与MRI增强剂缀合的抗体的制备,
并且通过引用以其整体并入。优选地, 诊断剂选自放射性同位素、用于磁共振成像的增强剂
和荧光化合物。为了使抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段负载放射性金属或顺磁性离子, 可
能需要使所述抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段与具有长尾部的试剂发生反应, 所述长尾
部附接有多种用于结合离子的螯合基团。这种尾部可以是聚合物, 如聚赖氨酸、 多糖或其他
衍生化或可衍生的链, 所述聚合物具有可与螯合基团结合的侧基, 所述螯合基团是例如乙
二胺四乙酸(EDTA)、 二乙烯三胺五乙酸(DTPA)、 卟啉、多胺、 冠醚、双缩氨基硫脲、 聚肟和已
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知可用于此目的的类似基团。螯合物使用标准化学偶联至抗体。螯合物通常通过如下基团
与抗体连接, 所述基团能够在免疫反应性损失最小并且聚集和/或内部交联最小的情况下
与分子形成键, 其他更不常见的用于将螯合物缀合至抗体的方法和试剂披露于在1989年4
月25日发布的Hawthorne的题为“Antibody Conjugates”的美国专利号4 ,824 ,659中,所述
专利的公开内容通过引用以其整体并入本文。特别有用的金属‑螯合物组合包括与诊断性
同位素一起用于放射成像的2‑苄基‑DTPA及其一甲基和环己基类似物。在与非放射性金属
(如锰、铁和钆)复合时, 在与本文提供的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段一起使用时, 相
同螯合物可用于MRI。
[0294] 大环螯合物如NOTA、 DOTA和TETA分别与多种金属和放射性金属(最具体地与镓、 钇
和铜的放射性核素)一起使用。可以通过使环的大小适合目的金属来使此类金属‑螯合物复
合物非常稳定。本文涵盖对于稳定结合核素(如用于RAIT的 223Ra)感兴趣的其他环型螯合
物, 如大环聚醚。
药物组合物
[0295] 本文还提供包含抗MUC16抗体剂(如全长抗MUC16抗体)或其抗原结合片段的组合
物(如药物组合物, 在本文中也称为配制品)、编码所述抗体剂的核酸、 包含编码所述抗体剂
的核酸的载体、 或包含所述核酸或载体的宿主细胞。在一些实施方案中, 提供药物组合物,
其包含抗MUC16抗体剂和任选地药学上可接受的载体。
[0296] 抗MUC16抗体剂(如抗MUC16抗体, 例如全长抗MUC16抗体)或其抗原结合片段的合
适配制品是通过将具有所需纯度的抗MUC16抗体剂与任选的药学上可接受的载体、 赋形剂
或稳定剂混合以 冻干配制品或水溶液形式来获得的 (Remington 's Pharmaceutical
Sciences第16版 ,Osol ,A .编辑(1980))。可接受的载体、 赋形剂或稳定剂在所使用的剂量和
浓度下对接受者无毒, 并且包括缓冲液, 例如磷酸盐、 柠檬酸盐和其他有机酸; 抗氧化剂, 包
括抗坏血酸和甲硫氨酸; 防腐剂(例如十八烷基二甲基苄基氯化铵; 六甲氯铵;苯扎氯铵、 苄
索氯铵; 苯酚、丁醇或苄醇; 烷基对羟基苯甲酸酯, 例如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸
丙酯; 儿茶酚; 间苯二酚; 环己醇; 3‑戊醇; 和间甲酚) ;低分子量(少于约10个残基)多肽; 蛋
白质, 例如血清白蛋白、 明胶或免疫球蛋白; 亲水性聚合物, 例如聚乙烯吡咯烷酮; 氨基酸,
例如甘氨酸、 谷氨酰胺、 天冬酰胺、 组氨酸、 精氨酸或赖氨酸; 单糖、 二糖和其他碳水化合物,
包括葡萄糖、 甘露糖或糊精; 螯合剂例如EDTA; 糖类,例如蔗糖、 甘露醇、 海藻糖或山梨糖醇;
成盐抗衡离子例如钠; 金属络合物(例如, 锌‑蛋白质络合物) ; 和/或非离子表面活性剂, 例
TM TM
如TWEEN 、PLURONICS 或聚乙二醇(PEG)。示例性配制品描述于WO 98/56418中, 所述专利
通过引用明确并入本文。适于皮下施用的冻干配制品描述于WO 97/04801中。可以使用合适
稀释剂将此类冻干配制品重构至高蛋白质浓度, 并且可将重构的配制品向本文中待治疗的
个体皮下施用。 Lipofectin或脂质体可以用于将本技术的抗MUC16抗体剂递送至细胞中。
[0297] 本文中的配制品可以除了含有抗MUC16抗体剂(如全长抗MUC16抗体)或其抗原结
合片段以外还含有如正治疗的特定适应症所必需的一种或多种活性化合物, 优选地是具有
不会不利地彼此影响的互补活性的那些化合物。例如, 除了抗MUC16抗体剂或其抗原结合片
段以外, 可能希望进一步提供一种抗肿瘤剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或化学治疗剂。此类
分子适合地以对预期目的有效的量组合存在。此类其他药剂的有效量取决于配制品中存在
的抗MUC16抗体剂的量、 疾病或障碍或治疗的类型以及上面讨论的其他因素。这些药剂通常
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以相同剂量并使用如本文所述的施用途径或约1%至99%迄今采用的剂量使用。
[0298] 抗MUC16抗体剂(如抗MUC16抗体, 例如全长抗MUC16抗体)或其抗原结合片段也可
以包埋在例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊(例如分别为羟甲基纤维素或明
胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)中, 包埋在胶体药物递送系统(例如脂质体、 白蛋
白微球、 微乳液、纳米颗粒和纳米胶囊)中, 或包埋在粗乳液中。 可以制备缓释制剂。
[0299] 可以制备抗MUC16抗体剂(如抗MUC16抗体, 例如全长抗MUC16抗体)或其抗原结合
片段的缓释制剂。 缓释制剂的合适例子包括含有所述抗体剂(或其片段)的固体疏水聚合物
的半透性基质, 所述基质呈成型制品(例如薄膜或微胶囊)的形式。缓释基质的例子包括聚
酯、 水凝胶(例如, 聚(2‑羟乙基‑甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、 聚交酯(美国专利号3 ,773 ,
919)、L‑谷氨酸和乙基‑L‑谷氨酸酯的共聚物、不可降解的乙烯‑乙酸乙烯酯、可降解的乳
酸‑乙醇酸共聚物(如LUPRON DEPOTTM (由乳酸‑乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林构成的可注射
微球))和聚‑D‑(‑)‑3‑羟基丁酸。 虽然如乙烯‑乙酸乙烯酯和乳酸‑乙醇酸等聚合物能够释
放分子超过100天, 某些水凝胶在更短时间段内释放蛋白质。当包封的抗体剂长时间保持在
体内时, 它们可由于暴露于37℃的湿度下而变性或聚集, 从而导致生物活性丧失和可能的
免疫原性改变。可以设计合理策略来根据所涉及的机制稳定抗MUC16抗体剂。例如, 如果发
现聚集机制是通过硫代‑二硫化物互换进行的分子间S‑S键形成, 则可以通过修饰巯基残
基、 由酸性溶液冻干、 控制湿度含量、 使用适当添加剂并使特定聚合物基质组合物展开来实
现稳定。
[0300] 在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂(如全长抗MUC16抗体)或其抗原结合片段配
制于包含柠檬酸盐、 NaCl、乙酸盐、 琥珀酸盐、甘氨酸、 聚山梨醇酯80(Tween80)或前述任何
组合的缓冲液中。在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段配制于包含约
100mM至约150mM甘氨酸的缓冲液中。在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或其抗原结合片
段配制于包含约50mM至约100mM NaCl的缓冲液中。在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或
其抗原结合片段配制于包含约10mM至约50mM乙酸盐的缓冲液中。在一些实施方案中, 将抗
MUC16抗体剂或其抗原结合片段配制于包含约10mM至约50mM琥珀酸盐的缓冲液中。在一些
实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段配制于包含约0 .005%至约0 .02%聚山梨
醇酯80的缓冲液中。在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段配制于具有约
5 .1与5 .6之间的pH的缓冲液中。在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段配
制于包含10mM柠檬酸盐、 100mM NaCl、100mM甘氨酸和0 .01%聚山梨醇酯80的缓冲液中, 其
中所述配制品处于pH 5 .5。
[0301] 用于体内施用的配制品必须是无菌的。这可以通过例如经无菌过滤膜进行过滤容
易地实现。
使用抗MUC16抗体剂的治疗方法
[0302] 在某些实施方案中, 本文提供用于治疗受试者的癌症(具体地是受试者的MUC16阳
性癌症)的方法, 其包括向有需要的受试者施用治疗有效量的抗MUC16抗体剂或其抗原结合
片段。在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段以治疗有效剂量(如本文所
述的剂量)施用。在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段根据如本文所述
的方法来施用。在一些实施方案中, 将抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段与一种或多种另外
的药物活性剂组合施用。
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案中, 标记用于诊断目的的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段。
[0310] 在某些实施方案中, 本文提供用于检测本文所述的病症的方法, 其包括(a)使用一
种或多种本文所述的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段测定受试者的细胞或组织样品中
MUC16或其片段的表达; 并且(b)比较MUC16或其片段表达水平与对照水平, 例如正常组织样
品(例如来自未患有本文所述的病症的受试者或来自在病症发作前的同一位患者)中的水
平, 由此与MUC16或其片段表达的对照水平相比MUC16或其片段表达的测定水平的增加或减
少指示本文所述的病症。
[0311] 本文所述的抗体可以用于使用如本文所述或如本领域技术人员已知的经典免疫
组 织 学 方 法 测 定 生 物 样 品 中 M U C 1 6 或 其 片 段 的 水 平 (参 见 例 如 ,J a l k a n e n 等 人 ,
J .Cell .Biol .101:976‑985(1985) ;
以及Jalkanen等人 ,J .Cell .Biol .105:3087‑3096
(1987))。可用于检测蛋白质基因表达的其他基于抗体的方法包括免疫测定, 如酶联免疫吸
附测定(ELISA)和放射免疫测定(RIA)。合适的抗体测定标记是本领域已知的并且包括酶标
记, 如葡萄糖氧化酶; 放射性同位素, 如碘(125I、 碳(14C)、
121I)、 硫(35S)、 氚(3H)、 铟(121In)和
锝(99Tc); 发光标记, 如鲁米诺; 和荧光标记, 如荧光素和罗丹明, 以及生物素。在一些实施方
案中, 将测定标记与本文提供的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段缀合用于直接检测。在一
些实施方案中, 将测定标记与结合本文提供的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段的二抗缀
合。根据一抗的类别(例如IgG或IgM)、 来源宿主和优选的标记的种类来选择二抗类型。在一
些实施方案中, 二抗是一种类别或同种型特异性抗体(例如IgG、 IgM、 IgA、 IgE或IgG)。在一
些实施方案中, 二抗是一种亚类特异性抗体(例如IgG1、 IgG2、
IgG2、 IgG4、 IgA1或IgA2)。在
一些实施方案中, 二抗结合一种或多种类别或亚类的抗体。在一些实施方案中, 二抗结合一
抗的重链。在一些实施方案中, 二抗结合一抗的轻链。在一些实施方案中, 二抗结合一抗的κ
轻链。在一些实施方案中 , 二抗结合一抗的λ轻链。在一些实施方案中 , 二抗是抗Fc或抗F
(ab)或抗(Fab ')2片段抗体。在一些实施方案中, 二抗是兔、 小鼠、 山羊、 驴或鸡抗体。
[0312] 在某些实施方案中, 通过在初始诊断后一段时间内重复用于诊断的方法来进行对
本文所述的病症(例如, MUC16阳性癌症)的监测。
[0313] 使用本领域已知的用于体内扫描的方法检测受试者(即体内)中标记的分子的存
在。技术人员将能够确定用于检测特定标记的适当方法。可用于本发明的诊断方法中的方
法和装置包括但不限于计算机断层摄影(CT)、 全身扫描(如正电子发射断层摄影(PET))、 磁
共振成像(MRI)和超声波扫描。
[0314] 本文还公开一种在体内检测受试者的癌症的方法, 其包括(a)向所述受试者施用
有效量的任何本文公开的抗MUC16构建体, 其中所述抗MUC16构建体被配置为定位至表达
MUC16的癌细胞并用放射性同位素标记; 以及(b)通过检测所述抗MUC16构建体发射的高于
参考值的放射性水平来检测所述受试者中肿瘤的存在, 任选地其中所述放射性同位素是
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Zr‑去铁敏B(DFO)。在一些实施方案中, 所述受试者被诊断患有或怀疑患有癌症。另外地或
可替代地, 在一些实施方案中, 使用正电子发射断层摄影或单光子发射计算机断层摄影来
检测所述抗MUC16构建体发射的放射性水平。在任何前述实施方案中, 所述方法还包括向所
述受试者施用有效量的包含与放射性核素缀合的本技术的抗MUC16构建体的免疫缀合物。
所述放射性核素可以是发射α粒子的同位素、 发射β粒子的同位素、 Auger发射体或其任何组
合。
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抗MUC16抗体剂的递送
[0315] 可以将如本文所述的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段、 或本文所述的含有所述
抗体或其抗原结合片段的组合物、 或表达所述抗体或其抗原结合片段的细胞通过多种途径
递送至受试者。这些途径包括但不限于肠胃外、 鼻内、气管内、 口服、皮内、局部、肌内、腹膜
内、 透皮、 静脉内、肿瘤内、 结膜和皮下途径。也可以例如通过使用吸入器或雾化器并用气雾
剂配制以用作喷雾剂来采用肺部施用。在一个实施方案中, 向受试者肠胃外施用本文所述
的抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段或组合物。在一些实施方案中, 所述肠胃外施用是静脉
内、 肌内或皮下。
[0316] 抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段或组合物将有效于治疗和/或预防病症的量将
取决于疾病的性质, 并且可以通过标准临床技术来确定。
[0317] 待用于组合物中的精确剂量还将取决于施用途径以及癌症的类型, 并且应当根据
从业者的判断和每名受试者的情况决定。例如, 有效剂量也可以根据施用手段、靶位点、患
者的生理学状况(包括年龄、体重和健康)、患者是人还是动物、 所施用的其他药物、 或治疗
是预防性还是治疗性的来改变。 最佳地滴定治疗剂量以优化安全性和功效。
[0318] 在某些实施方案中, 采用体外测定来帮助鉴定最佳剂量范围。可以从源自体外或
动物模型测试系统的剂量反应曲线外推有效剂量。
[0319] 对于抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段, 剂量可在约0 .0001至100mg/kg患者体重
且更通常在0 .01至15mg/kg患者体重的范围内。例如, 剂量可以是1mg/kg体重、 10mg/kg体重
或在1‑10mg/kg范围内, 或换言之, 对于70kg患者, 可以分别是70mg或700mg或在70‑700mg范
围内。通常, 由于对外来多肽的免疫应答, 人抗体在人体内的半衰期长于来自其他物种的抗
体。 因此, 较低剂量的人抗体和较少施用频率通常是可能的。
[0320] 在某些实施方案中, 如在表达所述抗体或其抗原结合片段或CAR的工程化细胞的
施用中, 向受试者施用约100万至约1000亿的范围的细胞, 如例如100万至约500亿个细胞
(例如, 约500万个细胞、约2500万个细胞、约5亿个细胞、约10亿个细胞、约50亿个细胞、约
200亿个细胞、约300亿个细胞、约400亿个细胞, 或由任两个前述值限定的范围) , 如约1000
万至约1000亿个细胞(例如, 约2000万个细胞、约3000万个细胞、约4000万个细胞、约6000万
个细胞、约7000万个细胞、约8000万个细胞、约9000万个细胞、约100亿个细胞、约250亿个细
胞、约500亿个细胞、约750亿个细胞、约900亿个细胞, 或由任两个前述值限定的范围) , 并且
在一些情况下约1亿个细胞至约500亿个细胞(例如, 约1 .2亿个细胞、约2 .5亿个细胞、约3 .5
亿个细胞、约4 .5亿个细胞、约6 .5亿个细胞、约8亿个细胞、约9亿个细胞、约30亿个细胞、约
300亿个细胞、约450亿个细胞)或在这些范围之间的任何值。在一些实施方案中, 总细胞的
4 9
剂量和/或单独细胞亚群的剂量在为或约10 与为或约10 个细胞/公斤(kg)体重之间的范围
内, 如在105 与106个细胞/kg体重之间, 例如, 为或约1x105个细胞/kg、1 .5x105个细胞/kg、
2x105个细胞/kg、 或1x106个细胞/kg、 2x106个细胞/kg、5x106个细胞/kg、
或10x106个细胞/kg
体重。例如, 在一些实施方案中, 将细胞以如下剂量施用: 在为或约104与为或约109个T细胞/
公斤(kg)体重之间, 如在105与107个T细胞/kg体重之间, 或在其一定误差范围内。
[0321] 可以在多种情况下施用抗MUC16抗体剂或其抗原结合片段。 单次剂量之间的间隔
可以是1周、 2周、 3周、4周、 1个月、 2个月、 3个月、 6个月、1年或2年。
组合疗法
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度, 之后使用它们进行动物实验。
[0343] 为了确定血清稳定性, 将100μL的每种放射性免疫缀合物与900μL人血清(H4522;
Sigma Aldrich)在恒温混匀仪套装上在37℃下一起孵育并不断搅动。在第0、 1、3、5和7天从
每个微量离心管取样并经由放射性ITLC进行分析。所有样品以一式三份进行分析。将放射
性免疫缀合物的血清稳定性测量为保留在放射性ITLC带的原点的89Zr的百分比并报告为完
整%。
[0344] 使用遵循Lindmo等人(1984)J Immunol Methods 72:77‑89描述的程序的经修改
的细胞结合测定来确定 89 Zr‑DFO‑抗体的免疫反应分数。为此, 使SKOV3 c114 细胞以范围为
5 .0x105‑5 .0x106个细胞/mL的浓度悬浮于微量离心管中的500μL补充有1%BSA的PBS(pH
7 .4)中。将各种放射性免疫缀合物的等分样品(50μL 1μCi/mL原液)添加至每个管, 之后将
每个管中细胞和放射性免疫缀合物的总体积补足至500μL。将样品在恒温混匀仪套装上在
37℃和500rpm下孵育60min。然后通过离心(在1400rpm下持续4min)使处理的细胞沉淀, 抽
出上清液并用冰冷的PBS将沉淀洗涤三次, 之后去除上清液并计数与细胞沉淀相关的放射
性。对活性数据进行背景校正, 并与适当对照样品中的计数总数进行比较。通过对针对归一
化细胞浓度的倒数作图的总/结合放射性的线性回归分析来确定免疫反应分数。另外, 在基
89
于珠的结合测定中评价先导抗体[ Zr]Zr‑DFO‑4H11的免疫反应性(参见图5)。
[0345] 为了生成SKOV3c114 细胞, 将购自美国典型培养物保藏中心(ATCC, 马纳萨斯, 弗吉
c114
尼亚州)的SKOV3细胞用质粒phrGFP‑MUC16 转染, 所述质粒编码来自MUC16的羧基末端的
114个氨基酸。还培养未转染的SKOV3 (野生型) 细胞并在实验中 用作阴性对照。在RPMI
McCoy 's 5A培养基中培养所述细胞, 所述培养基被修改以含有1 .5mM L‑谷氨酰胺、 100个单
位/mL青霉素G和100μg/mL链霉素以及10%胎牛血清和800μg/mL遗传霉素G418。将细胞维持
在37℃下的水套式培养箱中并供应5%CO2。每周一次使用不含钙和镁的Hank缓冲盐溶液中
的0 .25%胰蛋白酶/0 .53mM EDTA通过分割T‑150烧瓶(1:5)对细胞系进行传代培养。MUC16
表达OVCAR3细胞是从ATCC获得并使用RPMI 1640培养基培养, 所述培养基补充有热灭活胎
牛血清(20%v/v, GIBCO, Life Technologies)、2mM L‑谷氨酰胺、 10mM HEPES、 1mM丙酮酸
钠、4 .5g/L葡萄糖、1 .5g/L碳酸氢钠、0 .01mg/mL牛胰岛素(Gemini Bio‑Products, 700‑
112P)、 100个单位/mL青霉素和100μg/mL链霉素。
[0346] 对于饱和结合研究, 将六个浓度(0 .1、 1、
5、10、 25、
50和100nM)的MUC16羧基末端结
合抗体的 Zr标记变体在37℃下与悬浮于补充有1%BSA的PBS中的500 ,000个SKOV3c114细胞
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力, 但是9C9和4H11的 89Zr‑放射性免疫缀合物展示不同速率的细胞摄取特征(图3C)。在4℃
下, 两种放射性免疫缀合物与SKOV3c114 细胞的结合较低并且是可比较的。然而, 在37℃下,
89
[ Zr]Zr‑DFO‑4H11展现更高放射性摄取, 其中归一化的所施加活性的12 .47%±3 .02%在4
小时内被内化, 之后缓慢积累, 在24小时达到14 .09±1 .34%(图3C)。另一方面, [89Zr]Zr‑
DFO‑9C9展示相对缓慢的细胞摄取, 指示为5 .22%±1 .34%截至1小时被内化, 之后逐渐积
累, 在24小时达到11 .89±2 .21%。两种先导抗体候选物实现的细胞摄取速率和最大细胞内
化值的这些差异可以归因于多于一种因素, 包括放射性免疫缀合物的总电荷, 其可能受抗
体类别中的氨基酸组成或与MUC16肽‑2结合的几何学差异的影响, 所述几何学差异可以从
9C9与4H11的scFv的一个或多个结合袋的晶体结构推导出来。在血清中孵育时, 两种先导抗
体候选物的放射性免疫缀合物显示可比较的高稳定性(图3D)。有趣的是, 一项旨在探索使
用9C9和4H11的单链可变片段(scFv)开发CAR T细胞的无关研究揭示, 来自这两种抗体的
scFv序列是相同的(数据未显示) , 表明两种抗体可能由于与MUC16胞外域的近膜区域内肽‑
2序列中的相同表位结合而在MUC16上具有相同的分子足迹。这在本研究中通过在过量未标
记9C9抗体的存在下实现对[89Zr]Zr‑DFO‑mu4H11与生物素化的肽‑2的结合的阻断而以实验
方式得以验证(图3E)。
实施例2: 与MUC16的羧基末端结合的抗体的体内表征
[0352] 将9C9和4H11鉴定为两种先导候选物后, 用这些抗体进行研究第二阶段。此第二阶
段涉及对这些抗体的肿瘤靶向能力和总体放射药理学特征的体内表征。为此, 合成具有高
89 89
放射化学纯度和高摩尔活性的放射性免疫缀合物[ Zr]Zr‑DFO‑9C9和[ Zr]Zr‑DFO‑4H11,
并且在携带皮下异种移植的SKOV3 c114 肿瘤的小鼠中经由PET成像和生物分布研究进行测
试。
[0353] 8‑10周龄nu/nu雌性小鼠购自Charles River实验室。 将动物饲养在通风笼中, 随
意进食进水, 并使其适应大约1周, 之后接种肿瘤细胞。经由皮下注射在150μL新鲜培养基/
BD Matrigel(356234,BD Biosciences)的1:1混合物的细胞悬浮液中的5×106个细胞在每
只小鼠的右肩上植入SKOV3c114 肿瘤。在注射SKOV3c114细胞后大约3周进行实验。为了生成双
侧肿瘤模型, 将5x106 个SKOV3细胞接种于8‑10周龄雌性nu/nu小鼠的右肩上, 在两周后将
6 c114 6
5x10 个SKOV3 细胞接种于左肩上。将10x10 个OVCAR3细胞植入6‑8周龄雌性裸鼠的右肩
中。用于HGSOC患者来源的异种移植物的种子是由MSKCC抗肿瘤评估核心提供, 并且传代和
扩增为皮下异种移植物。
[0354] 在Inveon PET/CT扫描仪(Siemens Healthcare)上进行PET成像实验。 经由静脉内
c114
尾静脉注射向在右肩上携带皮下异种移植的SKOV3 肿瘤的小鼠施用先导MUC16羧基末端
结合抗体的 89 Zr标记的放射性免疫缀合物变体(150‑260μCi; 5 .55‑9 .62MBq ,
在200μL经
chelex处理的PBS中)。通过吸入2%异氟醚(Baxter Healthcare)和医用空气气体混合物来
麻醉动物, 并将其置于扫描床上。在注射放射性免疫缀合物后的不同时间点经由静态扫描
记录每只小鼠的PET数据。施用ASIPro VM软件(Concorde Microsystems)分析图像。使用
Inveon PET/CT扫描仪中的小鼠旅馆(mouse hotel)采集双侧肿瘤模型的PET图像, 并使用
AMIDE软件分析所述图像。简言之, 将3维有序子集最大期望值法(3D OSEM)重构的图像针对
示踪剂的注射剂量进行校准, 并通过应用1 .5的半峰全宽(FWHM)值使用高斯函数平滑化, 之
后将PET图像与CT图像重叠。
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阻断[89Zr]Zr‑DFO‑9C9和[89Zr]Zr‑DFO‑4H11的特异性摄取。在预期靶标介导的放射性免疫
缀合物的摄取及其相关活性会降低的同时, 预期展示非特异性摄取的组织中的活性浓度会
保持不变。然而, 对肿瘤中靶标介导的放射性免疫缀合物的特异性摄取的阻断经常可以表
现为充分灌注的非靶标背景器官(包括心脏、肺、肝、脾和肾)中略微增加的活性浓度。这可
以归因于由于阻断了由肿瘤提供的富靶标库而在全身循环中持久存在的大量放射性免疫
缀合物。
[0359] 总之, [89Zr]Zr‑DFO‑9C9和[89Zr]Zr‑DFO‑4H11的生物分布特征与两种放射性免疫
缀合物的PET成像特征一致。 除了在PET成像研究中记录的少数病例特异性例外以外, 大多
89
数非靶标背景器官中的活性摄取是可比较的且低的(≤5%ID/g)。 具体而言, [ Zr]Zr‑DFO‑
89
9C9在肾中显示高活性浓度(11 .2±2 .35%ID/g) , 其显著高于[ Zr]Zr‑DFO‑4H11(4 .3±
89
1 .00%ID/g; p值=0 .0016)和[ Zr]Zr‑DFO‑同种型IgG(4 .9±0 .57%ID/g; p值=0 .002)在
c114
此器官中的摄取。与50倍过量的未标记9C9抗体共注射的SKOV3 异种移植物没有显示对
肾中[89Zr]Zr‑DFO‑9C9的活性摄取的阻断(13 .3±2 .64%ID/g) , 从而表明此器官中的活性
摄取可能是非特异性的。
[0360] 有趣的是, 与PET图像不同, 比较性生物分布研究确认, 在两种MUC16靶向放射性免
89 89
疫缀合物([ Zr]Zr‑DFO‑9C9的9 .1±2 .49%ID/g与[ Zr]Zr‑DFO‑4H11的6 .3±1 .41%ID/
g ;p值=0 .099)或同种型IgG (6 .4±1 .02%ID/g ;p值=0 .091)之间 ,在96h p .i .肝中
SKOV3 c114 异种移植物的放射性浓度没有显著不同。尽管相对于[ 89 Zr]Zr‑DFO‑9C9(4 .2±
0 .48%ID/g; p值=0 .002)或同种型IgG(3 .4±0 .40%ID/g; p值=0 .001) ,在与[89Zr]Zr‑
DFO‑4H11一起注射的SKOV3c114 异种移植物的腋窝淋巴结中活性浓度升高(11 .5±2 .80%
ID/g) ,但是这些组织中的摄取是非特异性的, 因为在共注射50倍过量的未标记4H11抗体的
小鼠中未能阻断所述摄取(13 .2±2 .72%ID/g; p值=0 .43)。对从注射[89Zr]Zr‑DFO‑4H11的
SKOV3c114异种移植物收获的PET阳性和生物分布阳性淋巴结的H&E染色切片的另外的组织
病理学分析没有揭示赘生细胞的存在。最后, [ 89 Zr]Zr‑DFO‑9C9(18 .7±2 .37%ID/g) 和
[89Zr]Zr‑DFO‑4H11(17 .4±2 .51%ID/g)的肿瘤摄取是可比较的, 并且显著高于同种型IgG
(4 .7±0 .42%ID/g; p值分别=0 .00002和0 .00006)。另外, 在将MUC16靶向放射性免疫缀合
物与50倍过量的其相应未标记变体共注射时可以阻断[ Zr]Zr‑DFO‑9C9和[89Zr]Zr‑DFO‑89
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胞与SKOV3细胞测试DFO免疫缀合物的靶标结合。
[0363] 在直方图的X轴上荧光峰向右移位指示DFO‑hu4H11免疫缀合物与SKOV3c114细胞的
阳性结合 ,而与未染色细胞和仅用二抗染色的细胞相比 缺少荧光峰移位指示不存在与
SKOV3(wt)细胞的结合(图5B)。值得注意, SKOV3(wt)细胞系更能代表卵巢透明细胞癌, 一种
89
已知不依赖于MUC16表达的OvCa亚型。而且, 用 Zr放射性标记DFO‑hu4H11始终提供放射性
免疫缀合物的高放射化学产率和纯度, 其摩尔活性为23 .6MBq/nmol(n=9)(图5C‑图5D)。 发
89
现[ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11的靶标结合分数为96±0 .53%, 并且在基于珠的放射性配体结合测
定中, 在显著过量的未标记4H11抗体的存在下, 可以部分阻断放射性免疫缀合物与在链霉
亲和素磁珠上捕获的生物素化的MUC16肽‑2的结合(图5E)。
[0364] 在表征体外靶标结合能力后, 进一步测试hu4H11免疫缀合物以评价其体内生物分
布和放射药理学特征。与通过其鼠前驱物纵向PET成像研究展示的体内特征一致, hu4H11能
c114
够在注射放射性免疫缀合物后的早期时间点清楚地描绘皮下异种移植的SKOV3 肿瘤的
轮廓(图6A)。尽管在72h p .i .的中间时间点观察到全身循环中一定活性的持久存在, 但是
截至144h p .i .,绝大部分注射的活性是在肿瘤中被发现。来自生物分布研究的结果与来自
PET图像的观察结果一致, 并且显示伴随血池中背景活性的降低, 活性在SKOV3c114 肿瘤中逐
渐堆积(图6B)。[89Zr]Zr‑DFO‑hu4H11的肿瘤摄取在阻断组中被抑制, 其中向小鼠共注射40
倍过量(以质量计)的未标记hu4H11抗体并在72h p .i .评价体内生物分布。(22 .4±3 .65与
14 .3±1 .50%ID/g; p值=0 .006)。与其鼠前驱物不同, [89Zr]Zr‑DFO‑hu4H11在SKOV3c114异
种移植物中没有显示PET阳性腋窝淋巴结。然而, 在生物分布研究中收获双侧腋窝淋巴结揭
示活性浓度的范围在36h p .i .的7 .9±1 .23%ID/g‑144h p .i .的10 .3±4 .04%ID/g之间。
值得注意, 在72h p .i .在阻断组小鼠的腋窝淋巴结中不存在被抑制的放射性浓度表明, 此
89
组织中的摄取可能是非特异性的。作为放射性示踪剂, [ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11显示极佳的肿
瘤与背景器官比率(图6C)。这种有利的体内特征预示着未来开发用于免疫PET和靶向放射
疗法的包括放射性药品的基于hu4H11的药物的好前景。
[0365] 在双侧肿瘤模型中进行对[89Zr]Zr‑DFO‑hu4H11与MUC16羧基末端表达细胞的结合
的体内特异性的进一步检查, 其中在nu/nu小鼠的左肩上植入SKOV3c114细胞, 并在右肩上植
89 c114
入SKOV3肿瘤。[ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11显示与由SKOV3 细胞表达的靶标的结合的极佳特异
性, 如通过此肿瘤中放射性的高肿瘤摄取与SKOV3肿瘤中的最小非特异性摄取所显示(图
7A)。后者一般归因于在较差血管化实体瘤组织中基于全长抗体的显像剂的体内增强的渗
透性和保持。
[0366] 对来自注射[ 89 Zr]Zr‑DFO‑hu4H11的小鼠的双侧肿瘤的离体分析揭示放射性在
MUC16羧基末端表达SKOV3c114 肿瘤的血管周空间和富含健康肿瘤细胞的区域中的局灶性积
累(图7B和图7C; 虚线圆形)。另一方面, SKOV3c114 肿瘤的坏死区域(图7B和图7C; 虚线三角
89
形)揭示不存在放射性。与双侧肿瘤模型中的[ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11的PET图像一致, 靶标阴
性SKOV3肿瘤显示放射性的最小积累(图7B)。经由H&E染色对双侧肿瘤的组织病理学分析揭
示SKOV3c114 肿瘤携带与透明细胞质的典型细胞形态显著不同的体系结构和形态特征, 所述
透明细胞质是代表卵巢透明细胞癌的细胞系SKOV3细胞的特征(图7D)。先前报告已经显示,
MUC16的羧基末端结构域在NIH/3T3细胞中的表达诱导此细胞系中的转化并增强转移特性,
而羧基末端结构域在SKOV3细胞中的异位表达增加体外细胞运动性和侵袭性和体内致瘤
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性。
[0367] 为了测试基于4H11的放射性示踪剂在并非人工过表达MUC16肽‑2的模型中的实用
性, 使用OVCAR3细胞开发皮下异种移植物模型, 所述OVCAR3细胞是用于HGSOC的代表性细胞
89
系并且天然地表达大量MUC16。 此模型中[ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11的PET图像显示在72h p .i .的
中间时间点OVCAR3肿瘤中的高放射性浓度(图8A)。最后, 为了探索在临床中使用[89Zr]Zr‑
DFO‑hu4H11作为免疫PET剂的可行性并显示概念验证, 使用代表HGSOC的患者来源的异种移
89
植(PDX)模型。此模型中[ Zr]Zr‑DFO‑hu4H11的PET图像揭示在72h p .i .的PDX肿瘤中的高
放射性浓度。值得注意, 来自OVCAR3以及PDX模型的PET图像揭示在小鼠血池(BP)(包括心脏
和降主动脉)中持久存在的背景活性。这与来自使用人源化4H11抗体的先前实验的观察结
果一致(图5‑图7) , 并且似乎是与由一种或多种肿瘤提供的靶标库容积无关的现象。 活性在
全身循环中的持久存在可以指示抗体在体内的药代动力学和生物半衰期的特征性特征。
[0368] 所述研究突出显示了放射药理学筛选在基于抗体的药物开发期间鉴定最佳候选
物的实用性。尽管发展出几种核和无标记生物物理学和生物化学分析方法来表征抗体的关
键特征(包括其结合亲和力和细胞内化率) , 但是这些技术在预测或表征先导抗体候选物的
体内行为的能力方面仍然有限。源自体外放射测量测定的结果可以与通过非侵袭性核成像
和生物分布研究揭示的体内放射药理学特征组合用作可以更好地筛选并表征先导抗体候
选物的策略。放射药理学筛选提供抗体的体内药代动力学的可视化、可追踪性和定量评价
的独特益处, 所有这些都可以以微量给药下的高灵敏度来实现。获得此信息可以促进更好
地理解并表征抗体的可及性以及抗体与其同源靶标的接合以限定其作为药物的效能, 同时
概述其可能与非靶标器官发生的可能导致潜在毒性的任何异常相互作用。
实施例4: 人源化4H11抗体的表面等离子体共振(SPR)表征
[0369] 通过 表面等离子体共振使 用具 有生 物素 C AP芯 片的 BI ACo re ‑X1 00仪器 (G E
Healthcare)来比较4H11人源化抗体(H1L1、 H1L2、 H2L1、H2L2)的相对结合亲和力。所述测定
形式由以下组成: 将生物素化的MUC16肽‑2(TLDRSSVLVDGYSPNRNE; SEQ ID NO:52)捕获至链
霉亲和素涂布的传感器上, 然后使用单一循环动力学使抗体以各种浓度流经。通过使0 .5μ
g/ml生物素化的MUC16肽‑2以5μl/分钟的速率流动65秒来进行配体捕获。然后使4H11人源
化抗体以各种测试浓度(150nM、 75nM、
37 .5nM、 18 .8nM和9 .4nM)流经。用于测量所添加抗体
的作用的测定条件如下: 缔合时间为2分钟, 解离时间为10min, 并且流速为30μl/分钟。
[0370] 所有4种抗体的相对结合亲和力是可比较的, 具有1‑3nM KD (表5)。小鼠IgG4H11的
传感图显示与人源化抗体(未显示)类似的趋势。然而, 尤其在高浓度下, 观察动力学解离步
骤的黏稠度。
表5:4H11抗体的结合参数
实施例5:
人源化18C6抗体的表面等离子体共振(SPR)表征
[0371] 通过表面等离子体共振使用具有CM5芯片的BIACore‑X100仪器(GE Healthcare)
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实施例6: 通过荧光激活细胞分选分析表征人源化4H11和18C6抗体
[0374] 在此实施例中 , 评估抗体与MUC16阳性细胞 (OVCAR3)或表达MUC16肽(SKOV3和
A2780转染子)的细胞结合的能力。
[0375] OVCAR3、 SKOV3和A2780细胞系是通过美国典型培养物保藏中心(ATCC, 马纳萨斯,
弗吉尼亚州)获得并且根据供应商的说明书保持在培养中。MUC16表达细胞系是通过使用
Vitality phrGFP载体表达系统(其生成绿色荧光蛋白融合蛋白) (Stratagene, 拉荷亚, 加
利福尼亚州)用C末端MUC16的序列元件(其是肿瘤促进作用必需的)转染MUC16阴性人卵巢
癌细胞 系 (SKO V3 和A27 80) 来 产生。(A27 80‑ phrGF P‑MUC16c344 和SKO V3‑ phrGF P‑
MUC16c344)。稳定细胞系是使用遗传霉素(G418, Invitrogen,
格兰德岛, 纽约)在其相应培
养基中选择, 并且依据绿色荧光蛋白的表达进行分离。将稳定转染子分别以常规方式维持
在其培养基中的G418中。ΔMUC16c114转染子具有从假定切割位点至羧基末端(氨基酸1776
至1890)的MUC16蛋白的细胞表面表达。ΔMUC16c344转染子具有从氨基酸1547至羧基末端
(氨基酸1890)的MUC16蛋白的细胞表面表达。
[0376] 通过0 .05%胰蛋白酶和0 .1%EDTA去除粘附靶细胞, 进行洗涤, 并且通过血细胞计
数器进行计数。将细胞分配至多个Eppendorf管中, 每个管中具有至少0 .5‑1×106个细胞。
用含有1%FCS和0 .025%叠氮化钠的磷酸盐缓冲盐水(PBS)(FACS缓冲液)洗涤细胞。对于内
部FACS染色, 用1:10稀释的FACS渗透化溶液2(BD BioSciences, 圣何塞, 加利福尼亚州)将
Eppendorf管中的细胞在室温下渗透化处理10分钟, 然后用冰冷的FACS缓冲液洗涤两次。对
于表面FACS染色, 将细胞不与或与1mg/管的与Alex Fluor 647缀合的4H11或18C6小鼠mAb
或4H11或18C6人源化抗体在冰上一起孵育30分钟。用FACS缓冲液将所有细胞洗涤3次。将用
4H11或18C6小鼠mAb标记的细胞与1mg/管的第二抗体山羊抗小鼠IgG2b‑PE(藻红蛋白)在冰
上一起进一步孵育30分钟, 然后用FACS缓冲液洗涤3次。通过FACS Calibur机器分析细胞。
4H11或18C6小鼠mAb测定的平均PE荧光和PE阳性细胞百分比的数据显示于图9A和图9B中。
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4H11或18C6人源化抗体测定的平均Alexa‑647荧光和Alexa‑647阳性细胞百分比的数据显
示于图9C和图9D中。显示H1L2人源化4H11抗体和H1L1人源化18C6抗体的数据。
[0377] 在单独实验中, 测定包含4H11抗体的人源化重链和轻链可变区的不同组合的全长
人源化4H11抗体(IgG1‑Fc)。采用抗人IgG1‑Fc‑PE抗体进行表达MUC16肽的MUC16阳性
OVCAR3或SKOV3转染子细胞的荧光染色。 图10A和图10B提供所测定的4H11 H1L1、 H1L2、 H2L1
和H2L2抗体的平均PE荧光和PE阳性细胞百分比的数据。
[0378] 4H11 L1、 L2、H1和H2可变区的氨基酸序列在本文中分别提供为SEQ ID NO:2、3、 4
和5。 18C6 L1、 L2、
H1和H2可变区的氨基酸序列在本文中分别提供为SEQ ID NO:20、 21、 22和
23。
实施例7: 通过Matrigel侵袭测定表征人源化4H11和18C6抗体
[0379] 在Matrigel侵袭室中确定基膜侵袭的抗体抑制, 如先前由Rao等人 (2017) ACS
Chem .Biol .12(8):2085‑2096所述, 所述文献通过引用以其整体并入。如上所述来生成表达
侵袭所需的MUC16的C末端部分的SKOV3细胞系。在暴露于Matrigel侵袭室之前, 将转染的细
胞以及野生型MUC16表达卵巢癌细胞(OVCAR3、 OVCA‑433和CAOV3)不用或用全长人源化4H11
抗体(IgG1‑Fc)进行预处理, 所述全长人源化4H11抗体包含4H11抗体的人源化重链和轻链
可变区的不同组合。计数侵袭细胞的数量。 图11显示MUC16阳性OVCAR、 VCA‑433和CAOV3细胞
系的示例性数据, 并且图12显示MUC16表达SKOV3细胞系和亲代SKOV3细胞系的示例性数据。
采用表达突变体MUC16肽N123mut c114的SKOV3细胞系作为侵袭的阴性对照。
实施例8: 抗MUC16双特异性抗体的生成
[0380] 此实施例描述从人源化4H11和18C6抗MUC16 scFv生成抗MUC16双特异性抗体
(BsAb)。生成包含位于N末端的抗MUC16 scFv和位于C末端的小鼠单克隆抗体的抗人CD3ε
scFv的单链BsAb。使用标准DNA技术通过将编码源自亲代克隆L2K的抗MUC16 scFv和抗人
CD3εscFv抗体的DNA片段克隆至表达载体中来生成4H11抗MUC16 BsAb和18C6抗MUC16
BsAb。在C末端的抗MUC16 BsAb的下游插入六组氨酸(His)标签用于抗体纯化和检测。示例
性4H11抗MUC16 BsAb的序列提供于SEQ ID NO:44、69‑71和88‑91中。示例性18C6抗MUC16
BsAb的序列提供于SEQ ID NO:72‑75和92‑95中。
[0381] 用抗MUC16 BsAb表达载体转染中国仓鼠卵巢(CHO)细胞, 并且通过使用甲硫氨酸
硫酰亚胺(MSX)的标准药物选择(一种基于谷氨酰胺合成酶(GS)的方法)实现稳定表达(Fan
等人 ,Biotechnology Bioengineering .109(4) ,1007‑1005(2012))。收集含有分泌的抗
M U C 1 6 B s A b分 子的 C H O 细 胞 上 清 液 。通 过 F P L C A K T A 系统 使 用H i s T ra p H P 柱 (G E
healthcare)纯化抗MUC16 BsAb。简言之, 澄清CHO细胞培养物并将其加载至具有低咪唑浓
度(20mM)的柱上, 然后使用等度高咪唑浓度洗脱缓冲液(500mM)来洗脱结合的抗MUC16双特
异性抗体蛋白。 通过SDS‑PAGE观察BsAb的区带, 表明BsAb已被成功纯化。
实施例9: 抗MUC16 BsAb‑MUC16+细胞特异性
[0382] 在此实施例中, 评估4H11和18C6抗MUC16 BsAb与表达MUC16的癌细胞的结合的特
异性。在一项研究中, 采用两种靶细胞系, 即MUC16+ OVCAR3细胞系和MUC16 ‑ SKOV3细胞系。
OVCAR3和SKOV3细胞系是通过美国典型培养物保藏中心(ATCC, 马纳萨斯, 弗吉尼亚州)获
得, 并且根据ATCC文献保持在培养中。对抗MUC16抗体与两种靶细胞系的结合进行FACS分析
以确认, 仅观察到与MUC16+OVCAR3细胞系的抗体结合。将SKOV3或OVCAR3细胞系与抗MUC16
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测所述CAR。
[0388] 生成稳定HEK293T病毒产生细胞系, 将其亚克隆并且用于转导原代人T细胞, 如先
前所述(Curran等人American Society of Gene Therapy 23(4):769‑78(2015))。在转导
后, 使用用于检测抗MUC16 scFv的抗独特型抗体通过流式细胞术来检验CAR表达。
实施例13: 抗MUC16嵌合抗原受体(CAR)的表征
[0389] 在此实施例中 , 评估表达包含4H11或18C6抗MUC16 scFv的CAR的CART细胞诱导
MUC16特异性细胞毒性的能力。将激活的4H11抗MUC16 CART细胞或18C6抗MUC16 CART细胞
与MUC16+OVCAR3靶细胞系或MUC16‑SKOV3靶细胞系以5:1的效应子:靶标(E:T)比率一起孵育
16小时。通过乳酸脱氢酶(LDH)释放测定测量细胞毒性。预期4H11抗MUC16 CART细胞或18C6
抗MUC16 CART细胞能够诱导OVCAR3细胞的细胞裂解, 而预期SKOV3的细胞裂解极低, 从而表
+
明T细胞激活需要MUC16 靶标特异性。所述实验证实 , 4H11抗MUC16 CART细胞或18C6抗
+
MUC16 CART细胞可以诱导对MUC16 癌细胞系的强效特异性杀伤。
实施例14: 在NSG小鼠中对人MUC16+转移性卵巢癌的疗法
[0390] 在此实施例中, 评估表达包含4H11或18C6抗MUC16 scFv的CAR的CART细胞在转移
性卵巢癌的小鼠异种移植物模型中的体内治疗功效。在第0天(D0)向6‑8周龄之间的雌性
NSG小鼠腹膜内(i .p .)注射3x106个被修饰以表达MUC16‑C114和GFP‑LUC的SKOV3‑MUC‑CD肿
瘤细胞。然后用1x107个4H11抗MUC16 CART细胞或18C6抗MUC16CART细胞或对照T细胞对这
些小鼠进行静脉内(i .v .)治疗。可以以顺序间隔静脉内施用使用4H11抗MUC16 CART细胞或
18C6抗MUC16 CART细胞的另外的治疗以供多次治疗。在D14、D21、D28和D42对动物进行成
像。
[0391] 预期与未治疗小鼠或用对照T细胞治疗的小鼠相比 , 用4H11抗MUC16 CART细胞或
18C6抗MUC16 CART细胞治疗的动物会展现延迟的疾病进展。预期与仅T细胞疗法或无治疗
相比 , 使用4H11抗MUC16 CART细胞或18C6抗MUC16 CART细胞的治疗会显著延长携带肿瘤的
小鼠的存活。预期用4H11抗MUC16 CART细胞或18C6抗MUC16 CART细胞治疗的携带肿瘤的小
鼠会在治疗后7天显示显著升高的全身IL‑2和IFN‑γ水平, 表明诱导出抗肿瘤免疫应答。这
些结果证实, 在MUC16+转移性卵巢癌的异种移植物模型中, 4H11抗MUC16 CART细胞或18C6
抗MUC16 CART细胞的施用延迟疾病进展并改进存活。
示例性实施方案
[0392] 可以根据以下非限制性实施方案描述本公开文本:
[0393] 实施方案1: 本申请在一个方面提供一种抗黏蛋白16(MUC16)构建体, 其包含免疫
特异性识别黏蛋白16(MUC16)多肽的抗体部分。在一些实施方案中, 所述抗体部分包含: (a)
(i)包含分别为SEQ ID NO:17、 18和19的重链互补决定区1(HC‑CDR1)、 HC‑CDR2和HC‑CDR3以
及分别为SEQ ID NO:136、137和138的重链框架区1(HC‑FW1)、HC‑FW2和HC‑FW3的可变重
(VH)链, 其中选自SEQ ID NO:136的氨基酸位置1、 3、5、11和19、SEQ ID NO:137的氨基酸位
置5、 7、8和9以及SEQ ID NO:138的氨基酸位置12、 14、18、22和23的一个或多个氨基酸相对
于分别为SEQ ID NO:124、 125和126的小鼠HC‑FW1、 HC‑FW2和HC‑FW3发生人源化; 以及(ii)
包含分别为SEQ ID NO:14、 15和16的轻链互补决定区1(LC‑CDR1)、 LC‑CDR2和LC‑CDR3以及
分别为SEQ ID NO:120、121、 122和123的轻链框架区1(LC‑FW1)、 LC‑FW2、 LC‑FW3和LC‑FW4的
可变轻(VL)链, 其中选自SEQ ID NO:120的位置3、 9、15、18和22、 SEQ ID NO:122的氨基酸位
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分包含人来源的重链和轻链恒定区。
[0414] 实施方案22: 根据实施方案21所述的抗MUC16构建体, 其中所述重链恒定区具有选
自以下的同种型: γl、 γ2、γ3和γ4。
[0415] 实施方案23: 根据实施方案21或22中任一项所述的抗MUC16构建体, 其中所述轻链
恒定区具有选自κ和λ的同种型。
[0416] 实施方案24: 根据实施方案1‑23中任一项所述的抗MUC16构建体, 其中所述抗体部
分是包含两条相同重链和两条相同轻链的免疫球蛋白。
[0417] 实施方案25: 根据实施方案24所述的抗MUC16构建体, 其中所述免疫球蛋白是IgG。
[0418] 实施方案26 : 根据实施方案1‑24中任一项所述的抗MUC16构建体 ,其中所述抗
MUC16构建体是单特异性的。
[0419] 实施方案27 : 根据实施方案1‑24中任一项所述的抗MUC16构建体 ,其中所述抗
MUC16构建体是多特异性的。
[0420] 实施方案28 : 根据实施方案1‑24中任一项所述的抗MUC16构建体 ,其中所述抗
MUC16构建体是多特异性的。
[0421] 实施方案29: 根据实施方案21或实施方案28所述的抗MUC16构建体, 其中所述多特
异性或双特异性抗MUC16构建体还可以包含抗CD3抗体部分。
[0422] 实施方案30 : 根据实施方案1‑24中任一项所述的抗MUC16构建体 ,其中所述抗
MUC16构建体是串联scFv、双抗体(Db)、 单链双抗体(scDb)、双亲和力重靶向(DART)抗体、
F
(ab ')2、双可变结构域(DVD)抗体、杵臼结构(KiH)抗体、对接锁定(DNL)抗体、化学交联抗
体、 异多聚抗体或异缀合物抗体。
[0423] 实施方案31: 根据实施方案30所述的抗MUC16构建体, 其中所述构建体是包含通过
肽接头连接的两个scFv的串联scFv。
[0424] 实施方案32: 根据实施方案27‑31中任一项所述的抗MUC16构建体, 其中免疫特异
性识别MUC16的所述抗体部分是第一抗体部分, 并且其中所述抗MUC16构建体还包含免疫特
异性识别第二抗原的第二抗体部分。
[0425] 实施方案33: 根据实施方案14所述的抗MUC16构建体, 其中所述第二抗原是T细胞
表面上的抗原。
[0426] 实施方案34: 根据实施方案33所述的抗MUC16构建体, 其中所述第二抗原是CD3。
[0427] 实施方案35: 根据实施方案34所述的抗MUC16构建体, 其中所述第二抗原选自CD3
γ、 CD3δ、 CD3ε和CD3ζ。
[0428] 实施方案36: 根据实施方案36所述的抗MUC16构建体, 其中所述第二抗原是CD3ε。
[0429] 实施方案37: 根据实施方案36所述的抗MUC16构建体, 其中所述抗MUC16构建体包
含SEQ ID NO:42、
69‑75和88‑95中的任一项。
[0430] 实施方案38 : 根据实施方案1‑19中任一项所述的抗MUC16构建体 ,其中所述抗
MUC16构建体是嵌合抗原受体(CAR)。
[0431] 实施方案39: 根据权利要求16所述的抗MUC16构建体, 其中所述CAR包含共刺激结
构域。
[0432] 实施方案40: 根据实施方案38或39所述的抗MUC16构建体, 其中所述CAR包含CD3
zeta(ζ)链胞质信号传导结构域。
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种原代细胞中, 以及将包含所述一种或多种核酸的细胞施用至所述患者。
[0453] 实施方案61:根据实施方案60所述的方法, 其还包括在将所述细胞施用至所述患
者之前扩增所述细胞。
[0454] 实施方案62:
根据实施方案60或61所述的方法, 其中所述原代细胞是淋巴细胞。
[0455] 实施方案63:
根据实施方案62所述的方法, 其中所述原代细胞是T细胞。
[0456] 实施方案64:根据实施方案53‑63中任一项所述的方法, 其中所述方法还包括将治
疗有效量的另外的治疗剂施用至所述患者。
[0457] 实施方案65:根据权利要求24‑30中任一项所述的方法, 其中所述抗MUC16构建体
是根据实施方案1‑43中任一项所述的抗MUC16构建体。
[0458] 实施方案66:
一种检测样品中的MUC16的方法, 其包括:(a)使所述样品与根据实施
方案1‑31中任一项所述的抗MUC16构建体接触; 以及(b)直接或间接检测在所述抗MUC16构
建体与所述样品中的任何MUC16之间的结合。
[0459] 实施方案67:根据实施方案31所述的方法, 其中所述抗MUC16构建体与可检测标记
缀合。
[0460] 实施方案68:根据实施方案31所述的方法, 其中所述可检测标记是发色剂、酶促
剂、 放射性同位素药剂、 同位素药剂、荧光剂、 毒性剂、化学发光剂、 核磁共振造影剂。
[0461] 实施方案69:根据实施方案67或68所述的方法, 其中在所述抗MUC16构建体与所述
样品中的任何MUC16之间的结合是通过检测所述可检测标记直接检测。
[0462] 实施方案70:根据实施方案66所述的方法, 其中在所述抗MUC16构建体与所述样品
中的任何MUC16之间的结合是使用二抗间接检测。
[0463] 实施方案71:一种诊断疑似患有MUC16相关疾病或障碍的个体的方法, 其包括: a)
将有效量的根据实施方案1‑31中任一项所述的抗MUC16构建体施用至所述个体; 以及b)直
接或间接确定在所述抗MUC16构建体与所述个体中的任何MUC16之间的结合水平, 其中所述
结合水平高于阈值水平表明所述个体患有所述MUC16相关疾病或障碍。
[0464] 实施方案72:一种诊断疑似患有MUC16相关疾病或障碍的个体的方法, 其包括: a)
使包含源自所述个体的细胞的样品与根据实施方案1‑31中任一项所述的抗MUC16构建体接
触; 以及b)确定所述样品中与所述抗MUC16构建体结合的细胞数量, 其中与所述抗MUC16构
建体结合的细胞数量的值高于阈值水平表明所述个体患有所述MUC16相关疾病或障碍。
[0465] 实施方案73:
根据实施方案1‑43中任一项所述的抗MUC16构建体、 根据实施方案44
所述的多肽、根据实施方案45所述的多核苷酸、根据实施方案46所述的载体或根据实施方
案47‑51中任一项所述的细胞用于治疗与阳性MUC16表达相关的疾病或障碍的用途。
[0466] 实施方案74:
根据实施方案1‑43中任一项所述的抗MUC16构建体、 根据实施方案44
所述的多肽、根据实施方案45所述的多核苷酸、根据实施方案46所述的载体或根据实施方
案47‑51中任一项所述的细胞在制造用于治疗与阳性MUC16表达相关的疾病或障碍的药剂
中的用途。
[0467] 实施方案75:根据实施方案1‑31中任一项所述的抗MUC16构建体用于诊断与阳性
MUC16表达相关的疾病或障碍的用途。
[0468] 实施方案76:根据实施方案62‑75中任一项所述的用途, 其中与阳性MUC16表达相
关的所述疾病或障碍是癌症。
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