MİKROBİYOLOJİ

HAFTA 5

Dr. Öğretim Üyesi

Soykan AĞAR
 VİRAL REPLİKASYON DÖNGÜSÜ

1. Reseptöre tutunma
7. Olgunlaşma

6. Salınım
U UU

2. Penetrasyon 5. Biraraya gelme

4. Biyosentez
3. Kapsid soyulması
 HAFTA 5

1. KISIM - VİROLOJİ
 1) Biyosentez
Biyosentezin birbiri ile ilişkili 2 basamağı
vardır. Bunlar basamaklar:
1. viral genomun replikasyonu ve
2. viral genlerin ekspresyonudur.
⚫ Genel bir kural olarak:
⚫ Poxvirus dışındaki tüm DNA viruslerı
nükleusta,
⚫ Retrovirus dışındaki tüm RNA viruslerı
ise sitozolde replike olur.
 1) Biyosentez
A ) Genom replikasyonu:
⚫ Virusler genom replikasyon
stratejilerine göre 7 sınıfa ayrılmaktadır.
(Bu sınıflama, ilk öneren bilim adamının adına itafen,
Baltimore sınıflandırması olarak adlandırılmaktadır.)
⚫ Sözkonusu 7 sınıf şunlardır:
 Sınıf I: Çift iplikli DNA (ds DNA)
(Adenovirus, Herpesvirus, Poxvirus, Papovavirus):
Viral
Bu tip virusler replikasyon mRNA Immediate Early (çok
DNA
özellikleri bakımından 2 erken) proteinler

grupta incelenebilir.

Progeni mRNA
1) Replikasyonları nükleusta DNA
olan virusler: (Adeno,
Early (Erken)
Herpes ve Papovavirusler) proteinler

mRNA
Geç
proteinler

Progeni
virus
 Sınıf I: Çift iplikli DNA (ds DNA)
(Adenovirus, Herpesvirus, Poxvirus, Papovavirus):

2) Sitozolde replike olan virus (Poxvirus):

⚫ Poxvirus transkripsiyon ve translasyon
için gerekli tüm faktörleri (enzimler, vb)
kodlayabilir.

⚫ Bu nedenle konak hücrenin enzimatik

mekanizmalarına gerek duymaksızın (ör
DNA polimeraz) sitozolde replike
olabilmektedir.
 Sınıf II: Tek iplikli DNA
(Parvovirus):
⚫ Replikasyon Viral DNA

nükleusta Hücresel

gerçekleşir. proteinler

⚫ Önce çift iplikli ara bir

form sentezlenir. ds DNA

⚫ Ardından, bu form mRNA

kalıp olarak
kullanılarak progeni
DNA sentezi
gerçekleşir. Viral proteinler

Progeni virus
 Sınıf III: Çift iplikli RNA (ds RNA)
(Reoviruslar):
⚫ Bu viruslerın genomları Virion
segmentlidir... enzim-
leri
⚫ Sitozolde replike olurlar.
⚫ Her bir segment ayrı ayrı
Viral Viral
transkripte edilerek RNA
mRNA
proteinler
monosistronik mRNA’lar
yapılır.
⚫ Transkripsiyon viral partikül
içinde bulunan ds RNA
bağımlı RNA polimeraz
enzimi tarafından Biraraya

gerçekleştirilir. gelme

⚫ Bu enzim, ökaryotik hücrelerde

bulunmaz, dolayısıyla, virusun
bu enzime sahip olması
Progeni
gereklidir. virus
 Sınıf IV: Tek iplikli pozitif polariteli RNA
(Picornaviruslar, Flaviviruslar, Caliciviruslar, Togaviruslar,
Coronaviruslar):
⚫ Bu tip virusler tek iplikli RNA taşırlar.
⚫ Bu viruslerdeki RNA molekülü doğrudan
mRNA olarak iş görebildiğinden pozitif
polariteli ya da “positive sense” olarak
adlandırılmaktadır.
⚫ Bu tip viruslar replikasyon özellikleri
bakımından 2 grupta incelenebilir.
1. Polisistronik mRNA oluşturan Picornavirus
2. Karmaşık bir transkripsiyon mekanizmasına
sahip olan Togavirus
 Sınıf IV: Tek iplikli pozitif polariteli RNA

1. Picornavirus gibi Polisistronik mRNA

oluşturan virusler:
⚫ Oluşan polisistronik mRNA transle edilerek
önce büyük bir poliprotein oluşur…

…Bu poliprotein, daha sonra proteaz enzimleri

tarafından parçalanarak olgun, düzgün 3D
morfolojisi oturmuş proteinler haline getirilir.
 Sınıf IV: Tek iplikli pozitif polariteli RNA

2. Togavirus gibi karmaşık transkripsiyon

mekanizmasına sahip olan virusler:

⚫ Bu viruslerde en az 2 translasyon aşaması ile

genomik RNA yapımı gerçekleştirilir.

⚫ Pozitif polariteli RNA viruslerinda genom doğrudan

mRNA gibi iş görür ve önce viral proteinlerin
sentezi sağlanır.

⚫ Bu enzim genomun replikasyonunu sağlar. Bu

enzim de ökaryotik hücrelerde bulunmayan bir
enzimdir.
 Sınıf V: Tek iplikli negatif polariteli RNA
(Orthomyxoviruslar, Paramyxoviruslar,
Rhabdovirus, Filoviruslar, Bunyaviruslar):

⚫ Bu viruslerde RNA genomu Virion

enzim-
doğrudan mRNA olarak iş
leri
göremez. Bu nedenle negatif
polariteli ya da negatif sense
olarak adlandırılır. Viral
mRNA
Viral
RNA proteinler

⚫ mRNA sentezi için negatif

iplik kalıp olarak kullanılarak
pozitif polariteli ara bir form
sentezlenir.
(+) RNA

Progeni
virus
 Sınıf V: Tek iplikli negatif polariteli RNA
(Orthomyxovirusler, Paramyxovirusler,
Rhabdovirus, Filovirusler, Bunyavirusler):
⚫ Tek iplikli RNA genomuna sahip
viruslerden bazıları (ör. Bunyavirusler
ve Orthomyxoviruslar) segmenter
genoma sahiptir.
⚫ Bu tip viruslerde segmentlerin herbiri
ayrı ayrı transkripte edilir.
⚫ Rhabdovirus gibi bazı negatif polariteli
viruslerin genomları ise segmentsizdir.
 Sınıf VI: Retrovirusler
⚫ Tek iplikli + RNA genomu olup DNA ara
formu vardır.
Virion
enzimleri
⚫ Retrovirusler iki tane birbirinin aynı tek
iplikli RNA genomuna sahiptir (diploid
RNA).

⚫ Virus hücre içine girdikten sonra sahip Viral RNA

dsDNA
olduğu ters transkriptaz (reverse
transcriptase) enzimi ile RNA’yı kalıp
olarak kullanarak önce tek sonra çift
iplikli bir DNA sentezler.
mRNA

⚫ Bu DNA molekülü daha sonra konak

hücre genomuna integre olur.
Viral proteinler
Progeni virus
⚫ Konak hücre genomuna entegre olmuş
viral DNA formuna proviral DNA adı
verilir.
 Sınıf VII: Hepadnavirusler
⚫ Kısmi çift iplikli DNA genomu ve RNA
formu da vardır.

⚫ Hepadnavirusların insanlarda
enfeksiyonlara neden olan türü Hepatit
B virusudur.

⚫ HBV genomu kısmi çift iplikli bir DNA

molekülüdür.
 Sınıf VII: Hepadnavirusler
⚫ Replikasyon hücre nükleusunda olur ve
ilk olarak kısa olan iplik tamamlanır ve
ardından süper kıvrımlı DNA molekülü Viral Süper kıvrımlı
haline gelir. DNA
DNA

⚫ Bir sonraki basamakta RNA transkriptleri

sentezlenir. Bu transkriptlerden biri
pregenom RNA molekülüdür.

⚫ Pregenom RNA molekülü kapsid mRNA

proteinleri tarafından çevrelenir.

⚫ Kapsid içinde, viral polimeraz enziminin

reverse transcriptase etkinliği ile RNA
dan DNA sentezi yapılır. Viral
Progeni
proteinler
virus
⚫ Hepadnavirusler reverse transcriptase
etkinliğine sahip yegane DNA virusudur.
 1) Biyosentez
B ) Gen ekspresyonu:
⚫ Viral replikasyon gen ekspresyonunun sıkı
bir biçimde düzenlenmesi ile kontrol edilir.
⚫ Bu amaçla virusler tarafından kullanılan
mekanizmalar virus genomuna / replikasyon
stratejisine bağlıdır.
⚫ Buna ilişkin bazı genellemeler yapılabilir:
⚫ Segmentli genoma sahip olan viruslarda
segmentlerin her biri ayrı ayrı transkripte edilerek
monosistronik mRNA’lar sentezlenir.
⚫ Segmentsiz olan genomlar genellikle polisistronik
mRNA biçiminde transkripte edilir. Translasyon
sonucu oluşan poliprotein daha sonra
proteazlarca (viral ya da hücresel kökenli)
parçalanarak olgun proteinler oluşturulur.
 1) Biyosentez
B ) Gen ekspresyonu:
⚫ Viral mRNA’ların ribozomlarda okunabilmesi için
hücresel mRNA’lara benzer özellikler taşıması
gerekir. Bunlara örnek olarak ribozom-bağlanma
bölgeleri, poliadenilasyon sinyalleri verilebilir.

⚫ Adenovirus gibi bazı viruslar kendi DNA polimeraz

enzimlerini kodlamasına karşın replikasyonları
için yine de diğer hücresel faktörlere gerek duyar.

⚫ Herpesvirus gibi karmaşık ve büyük viruslar DNA

sentezinde görev alan proteinlerden çoğunu
kodladığından, replikasyonu hücresel faktörlerden
büyük oranda bağımsızdır.
HAFTA 5

2. KISIM
2) Biraraya gelme (Assembly)
⚫ Biyosentez basamağında replike olan viral
genom ile sentezlenen viral yapısal proteinler
bir araya gelerek virus partikülünü oluşturur.
⚫ Virusların hücrede biraraya gelme yerleri
arasında bazı farklılıklar vardır.
Örneğin:
⚫ Picorna, Reo ve Poxvirusler sitozolde
⚫ Adeno, Parvo ve Papovavirusler nükleusta
⚫ Retroviruslar hücre zarının iç kısmında
biraraya gelirler.
⚫ Genel bir kural olarak zarflı viruslar, hangi
membrandan tomurcuklanacak ise o
membranın iç kısmında biraraya gelir.
 3) Salınım
⚫ Çıplak virusların bir çoğu
hücrenin parçalanması ile dış
ortama salınırlar.
⚫ Zarflı viruslar ise hücre
membranlarından
tomurcuklanarak salınırlar.
⚫ Tomurcuklanma sırasında
hücre ölebilir ya da
ölmeyebilir.
⚫ Tomurcuklanma kapsid Salınım

proteinleri ile hücre

membranının iç kısmı
arasındaki etkileşimin bir
sonucudur. Biraraya gelme

Hücre zarı

viral glikoproteinler
kapsid proteinleri matriks proteinleri
viral genom
 4) Olgunlaşma (Matürasyon)
⚫ Bu basamak virüsün enfeksiyöz hale geldiği
basamak olup genellikle viral partiküldeki yapısal
değişimler ile karakterizedir.

⚫ Bu değişikliklerin büyük bir bölümü kapsid

proteinlerdeki değişiklikler ile ilişkilidir. Bu aşamada
kapsid proteinlerinde parçalanmalar ve buna bağlı
konformasyonel değişiklikler ortaya çıkar.

⚫ Bazı viruslerde, salınım ve olgunlaşma basamakları

birbirlerinden ayırt edilemez.

⚫ Bazılarında ise olgunlaşma salınımdan sonra

gerçekleşir. Olgunlaşmış ve infeksiyöz nitelik
kazanmış viral partiküllere virion da denmektedir.
Viral replikasyon basamakları
VİRAL REPLİKASYON DÖNGÜSÜ

1. Reseptöre tutunma
7. Olgunlaşma

6. Salınım
U UU

2. Penetrasyon 5. Biraraya gelme

4. Biyosentez
3. Kapsid soyulması
Özet
HAFTA 5

3. KISIM
 Viruslerin in vitro üretilmesi
⚫ Virusların çoğalmak için canlı hücrelere gerek duyulur.
Virüslerin üretilebilmesi için:
1. Hücre kültürü
2. Embryolu yumurtalar (tavuk ya da ördek, vb)
3. Deney hayvanları kullanılır.
⚫ Viruslerin üretilmesi için klinik laboratuvarlarda en sık
hücre kültürleri kullanılır.
⚫ Embryolu yumurtalar daha çok viral antijen elde
edilmesinde işe yarar. Kullanılan viral aşılardan bazıları
(örneğin, influenza) embryolu yumurtalarda üretilen
viruslerden elde edilmektedir.
⚫ Deney hayvanları daha çok araştırmalarda
kullanılmaktadır. Bu amaçla, fareler, şempanzeler gibi
değişik hayvanlardan yararlanılmaktadır.
 Hücre kültürleri
⚫ Hücre kültürleri çeşitli dokulardan
elde edilen hücrelerin in vitro
koşullarda üretilmesidir.
⚫ Üç grupta toplanır:
1. Primer hücre kültürleri
2. Diploid hücre kültürleri
3. Sürekli hücre kültürleri
 1) Primer kültürler
⚫ Taze dokuların tripsin, kollajenaz gibi proteolitik
enzimlerle (hücreleri birbirinden ayırmak için)
işlendikten sonra elde edilen hücrelerin uygun
besleyici ortamlar kullanılarak çoğaltılması ile elde
edilir.
⚫ Primer kültürler, viruslerin üretilmesi için en uygun
ortam olmalarına karşın, elde edilme zorlukları
nedeniyle rutinde pek kullanılmazlar.
⚫ Primer kültür için en çok kullanılan dokular hayvan
embriyolarından ya da aborte fetuslerden elde edilen
akciğer ve böbrek dokularıdır. Bunlara örnek olarak
primer tavşan böbrek hücre kültürü (PRK: primary
rabbit kidney) verilebilir.
 2) Diploid kültürler
⚫ Primer kültürlerin pasajlanması ile elde edilir.
⚫ Pasaj, üremiş olan hücrelerden bir miktarının ortama taze besiyeri
konarak yeniden çoğaltılmasıdır.
⚫ Çoğalma hücrelerin mitoz bölünmesi ile gerçekleşir. Primer
kültürler, ilk pasajları yapıldıktan sonra diploid hücre kültürü
olarak adlandırılır.
⚫ Bu hücrelerin, fenotipik ve genotipik özellikleri değişmeden ancak
40-50 kez pasajları yapılabilir.
⚫ Bunun nedeni, telomerlerin her mitoz sonrasında boylarının
kısalması ve 40-50 pasaj sonra DNA replikasyonunu başlatmaya
yetecek uzunlukta telomerlerin bulunmamasıdır.
⚫ Pasaj sayısı ilerledikçe (genellikle 30. pasajdan sonra) hücrelerin
büyük bölümünde spontan dejenerasyon başlar. Bazılarında ise
spontan transformasyon ortaya çıkabilir.
 3) Sürekli hücre kültürleri
⚫ Spontan transformasyona uğramış diploid
hücre kültürlerinden ya da kanserli
dokulardan alınan transforme hücrelerin
çoğaltılması ile elde edilir.
⚫ Bu hücreler teorik olarak, tıpkı kanser
hücreleri gibi, sonsuza kadar pasajlanabilir
ve canlı tutulabilir.
⚫ Sürekli hücre kültürlerine örnek olarak HeLa
(insan serviks karsinom hücreleri) ve Hep-2
(insan nazofaringeal karsinom hücreleri)
hücre dizileri verilebilir.
5. HAFTANIN SONU

TEŞEKKÜRLER

Kocaeli Health & Technology University

Faculty of Pharmacy

Assistant Professor Soykan AĞAR