2022/2/14

BIOCHEMISTRY
Lecturers

A/Prof. Nguyễn Đình Thắng, PhD

Lê Thị Hồng Nhung, PhD

Tài liệu tham khảo

1. Phạm Thị Trân Châu, Trần Thị Áng. Hoá sinh học. NXB GD.

2. Nelson D.L., Cox M.M. Lehninger Principles of Biochemistry.

Worth Publishers, New York

3. Berg, J. M., Tymoczko, J. L., Stryer, L. Biochemistry. W. H.

Freeman, New York.

2. Nguyễn Quang Vinh, Bùi Phương Thuận, Phan Tuấn Nghĩa.

Thực tâp hoá sinh học, NXB Đại học Quốc gia Hà Nội.

1
 2022/2/14

Nội dung
Phần giới thiệu
Chương 1: Amino acid - Protein
Chương 2: Enzyme
Chương 3: Carbohydrate
Chương 4: Lipid
Chương 5: Acid nucleic
Chương 6: Vitamin, Hormone
Chương 7: Giới thiệu chung về trao đổi chất và năng lượng
Chương 8: Chuyển hóa carbohydrate
Chương 9: Chuyển hóa lipid
Chương 10: Chuyển hóa acid nucleic
Chương 11: Chuyển hóa protein

On Life and Chemistry

• “Living things are composed of lifeless

molecules” (Albert Lehninger)

• “Chemistry is the logic of biological

phenomena” (Garrett and Grisham)

2
 2022/2/14

Simple Molecules are the Units

for Building Complex Structures

Biomolecules: The Molecules of Life

Earth’s crust Sea water Human body

3
 2022/2/14

Properties of Biomolecules Reflect

Their Fitness to the Living Condition

• Macromolecules and Their Building Blocks Have a

“Sense” or Directionality

• Macromolecules are Informational

• Biomolecules Have Characteristic 3-D Architecture

• Weak Forces Maintain Biological Structure and

Determine Biomolecular Interactions

Distinctive Properties of Living Systems

• Organisms are complicated

and highly organized
• Biological structures serve
functional purposes
• Living systems are actively
engaged in energy
transformations
• Living systems have a
remarkable capacity for
self-replication

4
 2022/2/14

Chương I: Protein

Nội dung chương 1

 Tổng quan về protein
 Aminoacid
 Liên kết peptide
 Vai trò của các liên kết yếu
 Protein dạng cầu
 Cấu trúc bậc I
 Cấu trúc bậc II
 Cấu trúc bậc III
 Cấu trúc bậc IV
 Protein dạng sợi
 Protein xuyên màng
 Protein gắn kết DNA
 Phân tích protein

5
 2022/2/14

 Cấu trúc và chức năng của protein

 Chức năng protein

• Xúc tác
• Cấu trúc
• Vận chuyển
• Vận chuyển qua màng
• Chất độc
• Co rút, vận động
• Hormones
• Điều hòa
• Bảo vệ
• Năng lượng

6
 2022/2/14

 Các đặc tính cơ bản của một protein có cấu trúc

 Có chức năng (function)

 Gắn kết đặc hiệu (binding specificity)
 Độ mềm dẻo (flexibility)
 Độ bền (stability)
 Khả năng hòa tan (solubility or lipophilicity)
 Khả năng bị phân hủy (degradability)

 Một số cấu trúc điển hình của protein

• Globular proteins
• Fibrous proteins
• Transmembrane proteins
• DNA-binding proteins

7
 2022/2/14

Aminoacid

20 aminoacid thông dụng trong tổng hợp protein

8
 2022/2/14

Aminoacid
pK1

pK2

Lysine

9
 2022/2/14

Phân loại aminoacid dựa vào sự khác nhau của

mạch nhánh R

1- Aminoacid trung tính

2- Các aminoacid có tính acid
3- Các aminoacid có tính kiềm
4- Aminoacid mạch thẳng chứa lưu huỳnh
5- Các hydroxyl aminoacid mạch thẳng
6- Iminoacid
7- Các aminoacid chứa nhân thơm

Aminoacid trung tính

Glycine Alanine Valine

Leucine Isoleucine

10
 2022/2/14

Các aminoacid có tính acid

Các aminoacid có tính kiềm

11
 2022/2/14

Aminoacid mạch thẳng chứa lưu huỳnh

Các hydroxyl aminoacid mạch thẳng

12
 2022/2/14

Iminoaccid

pK1 : 2.0

pK2 : 10.6

Các aminoacid chức nhân thơm

13
 2022/2/14

Một số tính chất của aminoacid

• Tính tan
– dễ tan trong nước, trong acid và kiềm loãng (trừ tyrosine)
– khó tan trong alcohol và ether (trừ proline và hydroxyproline)
• Biểu hiện tính quang học
– biểu hiện hoạt tính quang học (trừ glycine)
– hấp thụ tia cực tím ở khoảng 220-280 nm
• Tính lưỡng tính

Một số tính chất của aminoacid

• Điểm đẳng điện và sự ion hóa aminoacid

pH < pI pH = pI pH > pI

14
 2022/2/14

Thí nghiệm: xác định điểm đẳng điện của cazein

 pH 

Phản ứng tạo muối (acid, base)

15
 2022/2/14

Phản ứng tạo phức chelate

Phản ứng tạo phức ester

Phản ứng oxy hoá khử

Cysteine và cystine đóng vai trò quan trọng trong việc vận
chuyển e- và H+ của quá trình oxy hoá khử nói riêng và quá
trình trao đổi chất nói chung

16
 2022/2/14

Phản ứng tạo amide (do nhóm -COOH)

Phản ứng khử amine hoá bởi HNO2 (do nhóm -NH2)

Một số phản ứng đặc trưng

Phản ứng xanthoprotein Phản ứng Phản ứng Folia

(Tyr, Phe, Trp) Adamkievic (Trp) (Cys, Met)
+ Lòng trắng trứng
+ Đối chứng gelatin

• nitro hoá / halogen hoá / phản ứng với aldehyd formic / ninhydrin...

17
 2022/2/14

Liên kết peptide

Peptide

amino acid amino acid peptide water

H R O H R O H R O H R O

N C C + N C C N C C N C C + O

H H O H H H O H H H H O H H H

amino carboxylic amino peptide

group acid group bond
group

18
 2022/2/14

Liên kết peptide

 LK peptide là một liên kết lai giữa liên kết đơn và một liên kết đôi
 Cấu trúc tương đối cứng và gần như phẳng
 Phù hợp với sự hình thành cấu trúc dạng trans

Phản ứng biure (LK peptide)

19
 2022/2/14

Liên kếp peptide: Cis - Trans

Hầu hết các aminoacid đều ở dạng cấu hình trans

Cấu trúc phẳng của nhóm peptide

20
 2022/2/14

Các góc nhị diện f và y

21
 2022/2/14

Các lực yếu và vai trò của chúng trong sự hình

thành cấu trúc bậc cao của protein

 Liên kết hydrogen: 12-30 kJ/mol

 Lực van der Waals: 0.4 - 4 kJ/mol
 Tương tác tĩnh điện: 20 kJ/mol
 Tương tác kỵ nước: <40 kJ/mol

22
 2022/2/14

Liên kết hydrogen

23
 2022/2/14

Tương tác kỵ nước

24
 2022/2/14

Tương tác tĩnh điện

Lực van der Waals

• Lực Van der Wals gồm lực hút và lực đẩy.

• Lực hút Van der Waals gồm:
– Lực định hướng: Các phân tử phân cực hút lẫn nhau bằng các lực
ngược dấu của lưỡng cực phân tử. Nhờ vậy mà phân tử này định
hướng lại với phân tử kia theo một trật tự xác định.
– Lực cảm ứng: Khi phân tử không phân cực tiến gần phân tử phân cực
thì dưới ảnh hưởng của điện trường gây ra bởi lưỡng cực, các phân
tử không phân cực bị cảm ứng điện và xuất hiện lưỡng cực cảm ứng.
– Lực khuyếch tán (phân tán london): Là lực hút xuất hiện nhờ các
lưỡng cực tạm thời trong phân tử.

25
 2022/2/14

 Các liên kết tham gia hình thành potein

 Cấu trúc bậc I

• Trình tự các α-L-aminoacid thông

qua các liên kết peptide
• Cơ sở xác định cấu trúc không
gian của protein.
• Cơ sở phân tử hoạt tính sinh học,
tính chất của protein.
• Bản dịch mã di truyền.
• Yếu tố quan trọng góp phần trong
nghiên cứu bệnh lý phân tử
• Cơ sở để tổng hợp nhân tạo
protein bằng phương pháp hoá học
hoặc bằng công nghệ sinh học Ribonuclease A

26
 2022/2/14

 Cấu trúc bậc II

Sự sắp xếp cục bộ của chuỗi polypeptide

Ribbon Diagram Stick Diagram Shows the

Space Filling Model
Highlights Secondary Position of Heavy Atoms
Features Surface Topology
Structure (not H)

 Cấu trúc bậc II – Dạng xoắn 

• Đường kính trong 4 – 5 Å

• Đường kính ngoài 10–12 Å
• 0 < y < -70
• Xoắn tay phải chứa trung bình 3.6
gốc (5.4 Å) trên mỗi vòng xoắn

27
 2022/2/14

 Xu hướng của các aminoacid trong

việc hình thành cấu trúc xoắn anpha

 Cấu trúc bậc II – Dạng phiến β

Phiến b song song Phiến b đối song

90 < y < 180

28
 2022/2/14

Β-Turns

Proline

29
 2022/2/14

 Motif và Domain trong cấu trúc protein

Motif ngón tay kẽm

G-actin

 Các motif cấu trúc bậc II

• All-α
• All-β
• α/β
•α+β

30
 2022/2/14

 Motif trong cấu trúc protein

 Domain trong cấu trúc protein

+ Small proteins

+ Multi-domain proteins

+ Membrane and cell

surface proteins

31
 2022/2/14

 Domain

Các AA trừ Gly và Pro Xoắn anpha

 Xác định cấu trúc
của Protein

Phiến bêta Xoắn (coil)

Glycine Proline

32
 2022/2/14

 Cấu trúc bậc III

 Cấu trúc 3-D

 Chuỗi peptide phải đảm bảo được cấu
trúc cố hữu của nó
 Hầu hết các gốc phân cực nằm ở mặt
ngoài của protein và tương tác với nước.
 Hầu hết các gốc kỵ nước nằm bên mặt
trong của protein và tương tác với nhau.
 Tồn tại một số vùng không gian rỗng
trong cấu trúc
 Vùng không gian rỗng sẽ hình thành các Myoglobin (Mb)
hốc nhỏ.

 Cấu trúc bậc IV

 Hình thành các vùng gắn kết

có ái lực mạnh cho các phân
tử lớn (sự gắn kháng nguyên
vào kháng thể)
 Tăng hoạt tính nhờ sự hoạt
động của mỗi tiểu đơn vị
cũng như sự tương tác cộng
hợp giữa các tiểu đơn vị.

33
 2022/2/14

Hemoglobin
(2b2 tetramer)

Các hợp chất có chứa nhóm heme

• Hemoglobin (Hb)
• Myoglobin (Mb)
• Cytochromes
• Catalases
• Peroxidases

34
 2022/2/14

Khả năng mang O2 của hemoglobin

• Erythrocytes/ml blood: 5 billion ( 5 x 109 )

• Hemoglobin/red cell: 280 million ( 2.8 x 108 )
• O2 molecules/hemoglobin: 4
• O2 ml blood: (5 x 109)(2.8 x 108)(4) = (5.6 x 1018)
or (5.6 x 1020) molecules of O2/100 ml blood
• Hb conc. in blood of an adult man 135 – 175 g/L

• Hb conc. in blood of an adult woman 120 – 168 g/L

Heme - một metaloporphyrine

Heme chứa:
 Hệ thống các LK đôi liên hợp
 4 nguyên tử nitrogen (N)
 1 cation Fe2+
gắn vào trung tâm của khung
tetrapyrrole bằng các liên kết
cộng hóa trị; tạo 6 liên kết:
• 4 LK tới vòng pyrrole
• 1 LK tới một protein
• 1 LK tới một oxygen

35
 2022/2/14

Chức năng của hemoglobin

• Hb tạo hệ đệm pH trong tế bào hồng cầu (Hb/Hb-H+)

• Hb vận chuyển O2 và CO2
• Ái lực gắn O2 vào Hb phụ thuộc áp suất oxygen.
• Sự gắn phân tử O2 đầu tiên vào Hb làm tăng khả năng gắn
kết của các phân tử O2 tiếp sau (ảnh hưởng dị lập thể).

Sự gắn O2 làm thay đổi cấu trúc bậc 4

36
 2022/2/14

Trạng thái T và R của hemoglobin

Sự tăng áp suất riêng phần của oxygen cũng dẫn tới sự chuyển từ
T-form sang R-form. T  R Hb + ↑pO2  HbO2

Trạng thái T và R của hemoglobin

Cooperativity of O2Binding in Hemoglobin

37
 2022/2/14

Sự gắn kết ở trạng thái R và trạng thái T

Gắn kết O2 của hemoglobin & myoglobin

P50 = 2 torr

P50 = 26 torr

Có sự ảnh hưởng của áp suất oxy

38
 2022/2/14

Khả năng vận chuyển O2

Ảnh hưởng của pH

39
 2022/2/14

Ảnh hưởng của CO2

Sự hình thành
carbamate

Ảnh hưởng của CO

CO có ái lực gắn vào Fe2+ của nhòm heme cao gấp 200 lần so với O2

40
 2022/2/14

Ảnh hưởng của 2,3-BPG đến sự giảm

ái lực gắn O2

5 mM

2,3-bisphosphoglycerate
(2,3-BPG)

Sự gắn kết bisphosphoglycerate

41
 2022/2/14

Các loại hemoglobin

 Oxyhemoglobin (oxyHb) = Hb with O2
 Deoxyhemoglobin (deoxyHb) = Hb without O2
 Methemoglobin (metHb) contains Fe3+ instead of Fe2+ in heme
groups

 Carbonylhemoglobin (HbCO) – CO binds to Fe2+ in heme in case of

CO poisoning or smoking. CO has 200x higher affinity to Fe2+ than O2.

Carbaminohemoglobin (HbCO2) - CO2 is non-covalently bound to

globin chain of Hb. HbCO2 transports CO2 in blood (about 23%).
 Glycohemoglobin (HbA1c) is formed spontaneously by
nonenzymatic reaction with Glc.

Các loại hemoglobin

 Hb người trưởng thành (Hb A): 4 tiểu đơn vị 2 α và 2 β
HbA1 là dạng chính trong người lớn và trẻ em trên 7 tháng tuổi.
HbA2 (2 α, 2 δ) là dạng phụ ở người lớn, thường chỉ chiếm
khoảng 3%.

 Hb bào thai (Hb F): 4 tiểu đơn vị 2 α và 2 γ

- Trong bào thai và trẻ em sơ sinh, Hb F có ái lực gắn kết với
O2 lớn hơn so với Hb A.
- Sau khi sinh 5 tháng, Hb F được thay thế dần bởi Hb A.

 Hb S: trong chuỗi β-globin, Glu được thay bằng Val

 dạng Hb bất thường điển hình (bệnh hồng cầu lưỡi liềm)

42
 2022/2/14

Một số bệnh liên quan đến đột biến trên hemoglobin

1. Sickle cell anemia

Một số bệnh liên quan đến đột biến trên hemoglobin

2. Thalassemia: β-thalassemia và α-thalassemia

3. Porphyrias

43
 2022/2/14

2. Protein dạng sợi

α-keratin

 -keratin is rich in the

hydrophobic amino acids
Ala, Val, Leu, Met, and Phe.
 -keratins are strengthened
by covalent disulfide bond
cross-links between
monomers in the coiled-coil
and higher order structures.

44
 2022/2/14

-Keratins

Collagen

45
 2022/2/14

Collagen

- 35 % glycine
- 11 % alanine
- 10 % proline
- 10 % 4-OH-proline*
- 0.5 % 3-OH-proline*
- 1 % 5-OH-lysine*
- no tryptophan

* Post-translational
modification

Collagen fibrils

46
 2022/2/14

Nguồn collagen
GOTU-KOLA (tích huyết thảo) NONI (nhàu rừng, họ cafe)

CUCUMBER (dưa leo)

Vai trò của collagen trong quá trình liền vết thương

6 hours

24 hours

2 days

1 week

47
 2022/2/14

3. Protein xuyên màng

β2-Adrenergic receptor

48
 2022/2/14

Protein xuyên màng

G-Protein-Coupled Receptors (GPCRs)

Protein xuyên màng

Signal
Enzymes

Receptor
ATP

Transport Enzymatic activity Signal transduction

49
 2022/2/14

Protein xuyên màng

Glyco-
protein

Cell-cell recognition Intercellular joining Attachment to the

cytoskeleton and extra-
cellular matrix (ECM)

Sự vận chuyển qua màng

Net diffusion Net diffusion Equilibrium

Net diffusion Net diffusion Equilibrium

50
 2022/2/14

Sự vận chuyển qua màng

Passive transport Active transport

ATP
Diffusion Facilitated diffusion

Sự vận chuyển qua màng

EXTRACELLULAR [Na+] high Na+
FLUID [K+] low Na+

Na+ Na+ Na+

Na+ Na+

Na+

[Na+] low ATP

Na+ P P
CYTOPLASM [K+] high
ADP
Cytoplasmic Na+
bonds to Na+
binding stimulates Phosphorylation causes
the sodium-potassium pump phosphorylation by ATP. the protein to change its
conformation, expelling Na+
to the outside.

P
P

Extracellular K+ binds Loss of the phosphate K+ is released and Na+

to the protein, triggering restores the protein’s sites are receptive again;
release of the phosphate original conformation. the cycle repeats.
group.

51
 2022/2/14

Sự thẩm thấu qua màng tế bào

Hypotonic solution Isotonic solution Hypertonic solution
Animal
cell
H 2O H 2O H 2O H 2O

Lysed Normal Shriveled

Plant H 2O H 2O H 2O H 2O
cell

Turgid (normal) Flaccid Plasmolyzed

4. Protein gắn kết DNA

52
 2022/2/14

Protein gắn kết DNA Motif ngón tay kẽm

Domain hoạt hóa

của các yếu tố điều
hòa phiên mã

Hai yếu tố phiên mã gắn cộng hợp vào vào các vị trí
gần nhau trong một trình tự điều khiển

53
 2022/2/14

5. Sự gấp cuộn và sự hình thành

protein có chức năng

• More than 1000 folds have now been recognized

Cơ chế gấp cuộn

54
 2022/2/14

Một sự tìm kiếm ngẫu nhiên trong

rất nhiều cấu hình có thể hình thành
từ một trình tự riêng biệt nào đó only 1 amino
acid sequence

Possible starting configurations : 10^16

Compact configurations : 10^10

Transition states : 10^3

Native conformation : 1
(Lowest energy state)

Chuỗi polypeptide tìm

kiếm trạng thái năng
lượng thấp nhất bằng
cách thức thử và sai

Lowest energy state

55
 2022/2/14

Cơ chế gấp cuộn

56