Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

CHƯƠNG 1
1. Khái niệm HCTN
- Là các hợp chất hữu cơ được tìm thấy trong tự nhiên do sinh vật (động vật, thực vật, vi
sinh vật và nấm) tạo ra. Các hợp chất này là các chất trao đổi bậc hai, ví dụ như các
nhóm hợp chất hiện được biết đến như terpenoid, alkaloid, sterol, phenol, chất kháng
sinh. Đa số người ta rất mơ hồ về vai trò của các hợp chất này trong cơ thể sinh vật tạo
ra chúng (vật chủ). Chúng chỉ được tìm thấy giới hạn trong một loài sinh vật cụ thể hay
nhóm sinh vật có cùng đặc điểm. VD: Morphin chỉ được tìm thấy trong một số loài thuốc
phiện (Papaver, họ á phiện) không đóng vai trò gì rõ rệt trong đời sống các cây này.
Salicin tìm thấy trong cây dương (Populú) và cây liễu (Salix) có dẫn xuất tổng hợp là
Aspirin là thuốc hạ sốt, chống kết tập tiểu cầu,… nhưng vai trò của nó với vật chủ vẫn
chưa được biết đến. Dù vậy, nhưng cũng rất hợp lý nếu nói các HCTN này được xem như
các chất dẫn dụ (mùi thơm, màu sắc, pheromone…), bảo vệ, repelling (mùi hôi, màu sắc,
chất gây độc…),… nên thật hợp lý nếu nói cái về mặt nào đó HCTN hẳn phải có công dụng
đối với vật chủ.

2. Các tiền chất tổng hợp nên các HCTN là các trung gian quan trọng trong quá trình trao
đổi chất bậc một
- Acetyl coenzym A (acetyl-CoA) - con đường Acetate

- Mevalonic acid (MVA) - con đường Melalonate

- Shikimic acid – con đường Shikimate

- Methyerylthriol phosphate (MEP) – con đường Methyerylthriol phosphate (MEP)

- Các amino acid cơ bản cũng là một nhóm đơn vị quan trọng để tổng hợp nên các HCTN
+ L-glycine

+ L-alanine

+ L-valine
Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

. .
+ L-leucine

+ L-serine

+ L-cysteine

+ L-phenylalanine

+ L-tyrosine

+ L-tryptophane

+ L-ornithine

+ L-lysine

3. Các quá trình STH (bắt đầu từ trang 17 – sách HCTN)

 OXH – Hoàn nguyên (trang 22)
OXH Hoàn nguyên
- NAD+ (nicotinamide adenine - NADH
dinucleotide) - NADPH
Coenzym - NADP+ (nicotinamide adenine
e dinucleotide phosphate)
- FAD (flavine adenine dinucleotide)
- FMN (flavine mononucleotide)
Enzyme - Oxidase
- Monooxygenase
- Dioxygenase (catechol, quinol)
- Flavoprotein (porphyrine, cytochrome P-
450
- Monoamine oxidase (FAD)
- Diamine oxidase (FAD)
Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

- FAD dependent monoogenase (cần có

thêm NADPH và O2)

 Phản ứng Transamine hoá (trang 48)

Enzyme NADH hoặc HADPH
Coenzyme PLP (pyridoxal phosphate)

 Phản ứng tách loại nhóm carboxyl

Coenzyme PLP (pyridoxal phosphate)

 Phản ứng glycosyl hoá

Tác chất Nucleoside diphosphosugar (VD: UDPglucose – uridin diphosphate glucose)
Enzyme B-glucosidase hay B-galactosidase

 Phản ứng ghép cặp Phenol (trang 33)

- Oxidase
- Peroxidase
Enzyme
- Laccase
- Cytochrome P-450-dependent protein
Coenzyme - NADPH cùng với O2 (nhưng oxygen ở đây không kết hợp với chất nền)

 Phản ứng methyl hoá (trang 34)

Enzyme - ATP + L-Methionine -> SAM (S-Adenosylmethionine) – O/N/C-methyl hoá
Coenzyme

 Phản ứng isoprenyl hoá (trang 36)

Tác chất
- DAMPP (dimethylallyl diphosphate)

 Phản ứng đóng vòng nội phân tử (trang 37)

Tác chất - Tách loại 1 nhóm nguyên tử theo theo cơ chế Sn1 : diphosphate
Enzyme - Proton hoá alken hoặc proton hoá

Ngưng tụ Claisen (trang 41)

- Các thioester của Coenzyme A như acetyl-CoA ưu điểm hơn các oxygen
ester như ethyl acetate
Coenzyme
- Hoặc dễ dàng hơn nếu đổi thành malonyl-CoA sử dụng ATP và coenzyme
biotin (vitamin H) bởi phản ứng carborxyl hoá

 Proton hoá alken hoặc proton hoá Phản ứng chuyển vị Wagner – Meerwein
 Phản ứng aldol hoá
 Phản ứng tạo thành base Schiff và phản ứng Mannich
Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

4. Khảo sát quá trình sinh tổng hợp

- Phương pháp đánh dấu đồng vị : đây là phương pháp chắc chắn về con đường sinh tổng
hợp thông qua sự đánh dấu và theo dõi các đồng vị dựa trên các biến đổi của các tiền
chất dự đoán. Các hợp chất đơn giản có đánh dấu đồng vị và bán sẵn, các hợp chất phức
tạp thì phải cần tổng hợp

+ Đồng vị phóng xạ : trước đây 14C và 3H thường được sử dụng có chu kỳ sống là 5600
và 12,26 năm. VD như tyrosin đánh dấu bằng 14C ở C-2 làm tiền chất trong quá trình
STH morphine. Bằng các đếm số tín hiệu nhấp nháy thông qua sự phát xạ Beta của các
đồng vị này, sử dụng máy đo ví dụ như Geiger counter có thể đếm được số lần phân huỷ
và phát ra bức xạ dưới dạng tia Beta mỗi phút (hiện nay đến mức mỗi giây) –
disintergration per minute/second – dpm/dps. Nếu giá trị dpm/dps càng lớn thì độ hoạt
động phóng xạ càng cao. Dù rằng 14C và 3H đều phát ra bức xạ Beta nhưng có thể đo
được độc lập độ hoạt động của 14C và 3H do năng lượng phát ra của 14C > 3H. Muốn
biết cụ thể vị trí của đồng vị phóng xạ đánh dấu trong phân tử cần phải thực hiện phản
ứng giảm cấp. Ví dụ như đánh dấu phân tử acetate kết hợp thế nào trong việc tạo thành
6-methylsalicylic acid do nấm Penicillin tạo ra, nếu cho nấm này ăn hợp chất đc đánh
dấu [2-14C]acetate có thể dự đoán đồng vị như hình vẽ 1.32 trang 14. Từ đó có thể xác
định vị trí của đồng vị phóng xạ bằng cách đến sự nhấp nháy phải đi kèm với phản ứng
giảm cấp để xác định vị trí của đồng vị. Tuy nhiên đôi khi không xác định được tất cả các
nguyên tử, phương pháp đồng vị bền giúp xác định nguồn gốc mà không cần giảm cấp
và đánh dấu đồng vị phóng xạ.

+ Đồng vị phóng xạ bền : sử dụng các đồng vị phóng xạ bền như 12/13C, 2H, 15N, 18O
gia tăng nhanh chóng. Phương pháp thông dụng nhất là 13C (1,1%, còn lại là 12C không
có cộng hưởng từ hạt nhân trong NMR), số lượng nguyên tử 13C trong 1 phân tử nhiều
nhất là 1, đôi khi là 0, đo phổ NMR kèm theo chiếu xạ proton thì sẽ loại bỏ được sự ghép
cặp 13C – 1H và ta sẽ nhận được 1 chuỗi vạch đơn trên phổ NMR, hơn nữa do tỷ lệ 13C
chỉ 1,1% nên mỗi phân tử chỉ có 0 hay 1 nguyên tử 13C nên sự ghép cặp 13C – 13C sẽ
không có (điều này không hẳn đúng vì có thể 2 hay nhiều phân tử có mặt 13C lân cận
nhau cũng có thể xảy ra ghép cặp tạo thành mũi đôi Satellite peak nhưng rất thấp bị
trùng lẫn với đường nền). Việc nuôi sinh vật với các tiền chất được đánh dấu đồng vị
13C thì cường độ tín hiệu trong phổ NMR sẽ tăng lên, so sánh với phổ chuẩn của chất
định phân đang đối chiếu với phổ NMR của chất đó nhưng không có sự nuôi bằng tiền
chất có chứa 13C ta sẽ thấy được sự gia tăng cường độ trong phổ và xác định mũi nào có
sự gia tăng thì ta cũng đồng thời xác định được có bao nhiêu vị trí có trong phân tử đánh
dấu, ta cũng sẽ biết đó là C nào, vị trí nào. (trang 15)

+ Phương pháp cho sinh vật ăn tiền chất chứa đồng vị đánh dấu : dung dịch có chứa tiền
chất đánh dấu đồng vị thường được thêm vào môi trường nuôi cấy vi sinh vật ở thời
điểm định trước, sau một thời gian cô lập và tinh chế. Ở thực vật thì khó khăn hơn. Có
nhiều phương pháp được sử dụng : dùng tim đèn ngấm dung dịch tiền chất đánh dấu
quấn quanh phần dưới của cây, tiền chất thấm qua rễ khi cho cây đứng trong dung dịch
Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

tiền chất, tiên voà lỗ trên thân hay vào vỏ hạt, cắt mỏ 1 phần trên thân cho dung dịch
nước chứa tiền chất
! Các vấn đề thường gặp :
<1> 1 lượng rất nhỏ hay không có tiền chất tham gia vào quá trình STH, có thể vì (i) do
không đến được vị trí thích hợp cho sự STH, (ii) tiền chất trên thực tế không tham gia
vào quá trình STH đang khảo sát, (iii) hiệu suất chuyển hoá của tiền chất cho 1 quá trình
khác (đang không khảo sát) hiệu quả hơn so với quá trình đang khảo sát
<2> Sự tiến hành khảo sát không xảy ra ở thời điểm thí nghiệm, vì vậy sự phủ định ở
<1> đôi khi là không phải 1 kết luận hoàn toàn thoả đáng và chắc chắn
<3> Ví dụ chất đánh dấu C chứng tỏ là một tiền chất chuyển hoá hữu hiệu nên D không
có nghĩa nó là trung gian trong quá trình STH A -> D, nó cũng có thể là chất nền lạ và
thuận tiện cho sự khảo sát trên vật thể. Nếu có bằng chứng C là tiền chất xuất hiện trong
cơ thể sinh vật thông qua các thí nghiệm thích hợp với các enzyme phân lập từ cơ thể
vật đó thì có thể kết luận C là trung gian STH từ A -> D
A -> B -> C -> D

+ Phương pháp lý thuyết, đề xuất : tham khảo câu 3

5. Các mối quan hệ sinh thái

 Thực vật <-> động vật
- Các alkaloid, cardenolid, tannin (polyphenol), glucoside cyanate là các chất có vị đắng và
thậm chí là độc tính, nên các loài động vật như chim, thú, bò sát tránh ăn các loại thực
vật có chứa các hợp chất này. Trừ côn trùng và động vật chuyên ăn cỏ
- Lá cây bạch đàn dù có chứa rất nhiều terpenoid và phenol nhưng nhờ có chất trợ tiêu
hay enzyme thuỷ giải các chất này nên con gấu Koala vẫn ăn lá của loài cây này
- Loài hươu trắng cũng nhờ thế mà ăn nhiều lá cây đỗ quyên, nguyệt quế vốn chứa nhiều
alkaloid
- Như trên, allicin, sinigrin là chất xua đuổi nhiều loại côn trùng, thậm chí là động vật
- Isotiocyanate allyl (s199) có thể thuỷ giải ra HCN gây độc và là nhóm hợp chất có chứa
sulfur nên có mùi rất hăng và cay

 Động vật <-> thực vật (trang 72)

Ví dụ
Chất dẫn dụ
Hương hoa (mono- hay
serquiterpenoid hoặc các
chất hữu cơ có mùi thơm
(hoặc không, như các
amine), dễ bay hơi)
- Cây bắp tổng hợp chất ngăn chặn sự tấn công
của sâu bọ bằng cách dẫn dụ ong bắp cày (vò
vẽ) – (3Z)-hexen-1-yl-acetate, linalool, indole
- Hoa xác thối chứa methyl-, ethyl-, propyl-,
butylamine
- Hoa lan chứa các monoter dễ bay hơi như
linalool, citronellol, citronellal, geraniol,
geranial, (E,E)-farnesol (*74)
- Hàm lượng anthocyanine trong cánh hoa ở
Arizona Mỹ thay đổi theo mùa cho phù hợp
với các loài công trùn giúp thụ phấn
Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

- Cây Datura innoxia nhờ vào bướm Manduca

quinquemaculata bởi chất Hyoscyamine
(tropan – alkaloid), là chất gây nghiện cho loài
bướm này đến và thụ phấn
Chất ngăn chăn - Cây dương xỉ - Prunansin, Dhurrin (*75) –
- Cyanoglucoside, Tannin – Polyphenol
Các chất mang nhóm - Cây thuốc lá hoang – Nicotine, Retronecine –
cyano (mang độc) hay Alkaloid (*76) – mùi hôi
alkaloid (có độc tính hoặc - Cây neem – Azadirachtin - Limonoid (mùi hôi
có mùi hôi), terpenoid,… và có độc) (*67) – ngăn cản trực tiếp sự phát
triển và làm chậm trễ sự sinh trưởng, giảm
sinh sản
- Cỏ lác có chứa lượng rất lớn kích thích tố sâu
non Juvenile Hormone (JH) – serquiterpenoid
(*76). Làm cho loài châu chấu ăn vào sẽ vô
sinh hay bất dục
- Vỏ cây keo có chứa Juvabion đóng vai trò kích
thích sâu non làm cản trở sự trưởng thánh các
ấu trùng mọc trên cây keo (*76) –
serquiterpenoid
- Cây bắp tổng hợp chất ngăn chặn sự tấn công
của sâu bọ bằng cách dẫn dụ ong bắp cày (vò
vẽ) – (3Z)-hexen-1-yl-acetate, linalool
(monoterpenoid), indole (Alkaloid) (*77)
- Bướm Danaus plexippus và cây bông tai
calotropin, calactin, uscharidin – glycoside
cardenoild, có vị đắng và hoạt tính sinh lý. Lợi
dụng điều này cùng với sự tiến hoá giải độc
chất này, loài bướm này ăn và sinh sản trên cây
bông tai để các HCTN này ngấm vào ấu trùng,
các con chim nhất là chim giẻ cùi xanh khi ăn
ấu trùng này vào sẽ nôn ra và có 1 lượng ấu
trùng hoặc sâu còn sống, loài chim này theo
tập tính cũng không ăn loài sâu bướm hay ấu
trùng này nữa (*78)
- Bọ rùa có chứa chất độc coccinelin (*16 – slide
1st) – alkaloid
- Sinigrin (cyano glucoside) -> allyl isotiocyanat
có vị hăng cay và độc tính nên là nơi thuận lợi
cho loài bướm Pieris (nguồn thức ăn khác)
sinh sản

 Côn trùng <-> côn trùng

Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

Ví dụ
Chất dẫn dụ giới tính - Bướm tơ tiết ra Bombicol để thu hút loài
bướm đực (*81)
- Bướm đêm ăn cải bắp và bướm đêm ăn đậu
nành đều tiết ra (7Z)-dodecenyl acetate(*82)
+ Riêng loài bướm đêm ăn cải bắp còn tiết
thêm 3 chất (*82)
+ Riêng loài bướm đêm ăn đậu hành tiết
thêm 2 chất (*82)
- Nhện có thể đánh lừa bướm đực và cuối
cùng là biến thành món ăn, loài nhện có thể
thay đổi các pheromone cho phù hợp với các
loài trong suốt cả năm, 3 chất (*82 và slide
185)
- Giống đực của loài sâu phá bông vải bị thu
hút đến cây bông bằng một hỗn hợp
sesquiterpene dễ bay hơi (*83). Loài sâu này
tiêu thụ các chất trên và lợi dụng chúng làm
chất nền cho sự STH các pheromone giới tính
Chất dẫn dụ đường đi - Do côn trùng sống thành đàn như kiến, mối,
ong và một số ấu trùng tiết ra để đánh dấu
đường đi từ tổ đến nguồn thức ăn. Geraniol
là chất dẫn dụ đường đi của ong mật, là chất
dẫn đường đi của kiến thợ (*84)
- Gỗ bị nhiếm nấm Lenzites trabea sẽ bị loài
mối Reticulitermes flavipes tấn công do loài
này sinh ra chất (3Z,6Z,8E)-3,6,8-
dodecatrienol là chất dẫn dụ (139 - *84)
Chất dẫn dụ báo động - Kiến Oecophylla longinoda tiết ra một hỗn
hợp 4 CxHy mang Oxygen dễ bay hơi (1) 1-
hexanal là chất dễ bay hơi cảnh báo các con
kiến khác; (2) sau đó 1-hexanol thu hút
chúng đến hiện trường để gia nhập với con
kiến đầu tiên; (3) chất 2-butyl-1-octenal kích
thích chúng tấn công kẻ thù; (4) chất 3-
undecanone giúp định hướng ở khoảng cách
gần (*84 – s189)
- Kiến vàng điên…. (s190) phun formic acid vào
mắt con mồi để thông báo cho cả đàn cùng
tấn công
- Nọc ong chứa iso pentenyl acatate kích thích
các con ong khác cùng đốt mục tiêu (s190)
- Sự cô lập hoá các chất độc và các chất gây
mùi hôi. Các loài bướm thuộc bộ Danainae và
Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

Ithomiinae lưu trữ các pyrrolizidin – alkaloid,

các alkaloid này có nhiều trong các bông hoa
thuộc tộc Eupatorieae (họ Cúc) và trong lá
mục của họ Vòi voi. Các chất này làm cho
bướm có mùi vị khó chịu và cũng là một chất
hỗ trợ cho giao phối, các hợp chất này được
chuyển từ bướm đực sang bướm cái sau khi
giao phối và bướm cái sử dụng các hợp chất
này để bảo vệ mình và bảo vệ của cái mình
Chất dẫn dụ đẻ trứng - Loài ruồi Rhagoletis ceratis chỉ để trứng trên
1 quả hườm và để lại mùi cho con khác biết
trái này đã bị chiếm (1,145 - *85) – glycoside
chứa sulphonic acid
- Con xén tóc có thể phát hiện ra chất
verbenone do con cái trước đó đẻ trứng để
lại trên cây (*85)
Chất dẫn dụ lãnh thổ - Động vật thường để lại mùi đánh dấu vùng
lãnh thổ chúng cư ngụ để cảnh báo các loài
khác. Thường là nước tiểu hay tuyến mùi hôi
đối với bò, hươu, nai. Các loài cá cũng tiết ra
chất dẫn dụ lãnh thổ trong thổ trong chất
nhờn (*85)

- 6-n-pentyl-2-pyrone được tiết ra bởi

loài kiến Pristomyrex pungens trong tuyến độc
của loài này, và vài monoterpene cũng tiết ra theo
trong quá trình đó nhưng chỉ đóng vai trò phụ kèm
theo với chất chính trên
- Loài kiến Aphaenogaster rudis include anabaseine

, anabasine , and 2,3'-bipyridyl ,

though the third contributes less than the other
two.[9] When secreted, this trail pheromone does
not recruit ants directly from their nest; instead,
worker ants may stumble upon to the trail
unintentionally and follow it thereafter to the food
source.
- Bees can use trail pheromones to mark food
sources[11] and the entrance of their hives.
[12]
Oftentimes, when finding a source, bees will
mark that exact location as well as secreting
pheromones along the flight back to their hives.
Employment of trail pheromones is extensively
studied in honey bees and stingless bees, for both
are highly social.
Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

- The trail pheromone of the stingless bee Trigona

recursa is produced by its labial glands.[13] One of its
key compounds is hexyl decanoate
(C6H13COOC9H19), and when secreted, the
pheromone will recruit other bees towards the
source. The stingless bee Scaptotrigona
pectoralis, like ants, can utilize another colony's
food trail. Specifically, they can learn foreign
pheromone trails at a
source, broadening their options for foraging.
[14]
However, in some cases of aggressive bees,
like Trigona corvina, encounters between
individuals from different colonies at a food source
will result in fights and ultimately death amongst
both parties.[15]
- Termites use trail pheromones primarily as a means
of foraging. They can lay pheromones along a trail
as their abdomens touch the ground, specifically
through their abdominal sternal glands.[16] As the
other termites follow, they will continue to add to
the trail.
- The basal termite Mastotermes
darwiniensis produces trail pheromones from at
least two sternal glands despite every other species
producing theirs from only one.[17] This pheromone,
composed soley of a norsesquiterpene alcohol,
elicits trail-following from other termites. As
aforementioned, these successive termites can add
to the trail, depending if it is used for foraging or
recruiting workers to complete tasks. In the case
of Reticulitermes santonensis, foraging trails have
spotted markings throughout the path, whereas
recruitment trails are more continuous from the
termites dragging their bodies along the path.[18]
-

 Thực vật <-> thực vật

- Cây hồ đào tiết ra glycosid (*86) không độc nhưng gặp mưa thì thuỷ giải thành chất độc
juglone ngăn cản sự phát triển sự nảy mầm của các cây xung quanh vì chất này ức chết
sự phát triển sự nảy mầm từ rễ, nên không ảnh hưởng đến cây hồ đào mọc sẵn và người
ta nhận thấy các cây khác mọc cách cây hồ đào vài mét
- Cây cứu thảo và ngải đắng mọc ở nam California khô hạn tiết ra camphor và 1,8-cinelol
(*86) dễ bay hơi làm ức chế hô hấp các cây khác và các chất này được hấp thu, tiết vào
đất làm ức chế sự nảy mầm hạt giống cây khác
- Trong nông nghiệp có 1 thuật ngữ là companion plants, nghĩa là các loài thực vật được
trồng chung với nhau có tác dụng tương hỗ giúp đỡ nhau tránh khỏi các loài sâu bệnh, ví
dụ :
Ôn tập HCTN – GK – Trac Gia Hy

+ Alliums : khi trồng hành tây, tỏi tây, tỏi voi củ hẹ,… với các loài cây như cải bắp, cà
chua, tiêu, cà rốt (các loài cây ra trái, có bóng râm nói chung). Trong các loài cây này
thường có các hợp chất có mùi hăng cay, khó chịu và dễ bay hơi của nhóm hợp chất
allium sulfur, tiêu biểu nhất là allicin làm cho các loài chim, sâu hại, thỏ, giun đất,…
cảm thấy cay, hôi và khó chịu, khiến chúng tránh xa sau 1 lần đến tấn công vườn, và chất
này cũng có tác dụng làm cay mắt rất mạnh với 1 lượng nhỏ bám lên lông, da của các
loài chim, thú làm cho chúng bị cay mắt dữ dội. Allicin lại làm phân huỷ tế bào hồng cầu
của chó và mèo. Ngược lại nó lại thu hút bọ trĩ và không thuận lợi cho sự phát triển của
cây đậu.

 Động vật <-> động vật

- Loài bướm biển ăn loài hải miên (sản sinh nhiều chất…) tuy là các loài yếu đuối, thân
mềm nhưng nó tiết ra một chất isocyano sesquiterpene rất hôi, gây độc cho cá (*87,
s202)
- Động vật thân mềm Tambje tiết ra Bipyrol (*87) ngăn cản đc nhiều loài cá nhưng không
ngăn được Roboastra tigris do thích ứng chất này từ 1 loài rêu mà chúng ăn
- Cá bơn Thái Bình Dương tạo ra các steroid pavoninin I (*87) chống lại sự tấn công của cá
mập
- …

 Thực vật – vsv

- Cây thông cối (Juniperus communis) tổng hợp hợp chất pinosylvil trong lõi gỗ để đề
kháng sự mục nát. (s210)

- Acid benzoic trong cây việt quất (Vaccinium) đóng vai trò là chất bảo quản.

- Nhiều hợp chất phenol như dx của acid benzoic mang nhóm thế hydroxyl, acid cinnamic
và các flavonoid mang nhóm thế hydroxyl và methoxyl có hoạt tính diệt nấm.

- …