Professional Documents
Culture Documents
FIZICKI FAKULTET
Molekularni motori
Uvod u nanofiziku
Seminarski rad
Marijana Rogić
2022/3068
12/20/2023
Beograd, 2023.
Sadržaj
1 Uvod ................................................................................................................................................ 1
2 Ţivi sistemi kao termodinamiĉki sistemi ......................................................................................... 2
2.1 Principi termodinamike ........................................................................................................... 2
2.2 Entropija .................................................................................................................................. 3
2.3 Entropija ţivih sistema ............................................................................................................ 4
3 Ćelije ............................................................................................................................................... 4
3.1 Molekularni motori unutar ćelija ............................................................................................. 5
3.2 Braunovo kretanje ................................................................................................................... 7
3.3 Maksvelov demon ................................................................................................................... 8
3.4 Molekularni demon ................................................................................................................. 9
4 Veštacki molekularni motori ........................................................................................................... 9
4.1 Idealna toplotna mašina ........................................................................................................ 10
4.2 Mehanizam rada molekularnih motora .................................................................................. 11
5 Zaključak ........................................................................................................................................ 15
6 LITERATURA ................................................................................................................................... 16
2
1 Uvod
1
2 Živi sistemi kao termodinamički sistemi
Navedena relacija nam govori da se dovedena koliĉina toplote troši na povećanje unutrašnje
energije i rad. Ostavlja teorijsku mogućnost da se sva unutrašnja energija pretvori u
mehaniĉki rad. MeĊutim praksa je pokazala da ne postoji mogućnost pretvaranje celokupne
unutrašnje energije u mehaniĉki rad bez gubitaka enerijge. TakoĊe, ne odreĊuje smer u kome
će se vršiti proces pretvaranja energije. Drugi princip termodinamike ima nekoliko
formulacija koje su meĊusobno ekvivalentne i zbog vaţnosti ovog zakona navešćemo neke od
formulacije:
1. Kelvin-ova formulacija – Ne postoji termodinamiĉki proces ĉiji bi se jedini efekt
sastojao u izdvajanju odreĊene koliĉine toplote iz datog rezervoara i njeogovog
kompletnog prezvaranja u rad.
2. Clausius-ova formulacija – Ne postoji termodinamiĉki proces koji bi se jedino
sastojao u izdvajanju izvesne koliĉine toplote iz hladnijeg rezervoara i predavanju
iste koliĉine toplote toplijem rezervoaru.
2
Zakljuĉujemo da drugi princip odreĊuje smer u kome će se vršiti neki proces
pretvaranje energije.
TakoĊe, uvodi jednu od najbitnijih termodinamiĉkih karakteristika, entropiju. Entropija
predstavlja funkciju stanja i definisana je od strane Clausis-a 1850. godine kao:
Entropija je veliĉina koja nam pokazuje smer odvijanja termodinamiĉkih procesa, a mogući su
samo oni procesi u kojima entropija raste. Zbog vaţnosti entropije, posvetićemo jedan kratak
odeljak entropiji.
2.2 Entropija
Entropiju smo definisali kao meru neureĊenosti sistema, što je sistem ureĊeniji, to je
njegova entropija manja i obrnutno. Koliko je entropija bitna govori nam ĉinjenica da sve što
se dešava u prirodi znaĉi povećanje entropije dela sistema u kome se odvija promena. Sve
pojave u prirodi su posledica haotiĉnog kretanja molekula i u izolovanim sistemima entropija
moţe samo da raste dostiţući svoj maksimum u stanju termodinamiĉke ravnoteţe. Drugi
princip termodinamike nam u suštini govori:
Verovatnoća nalaţenja datog sistema u nekom stanju za koji se raĉuna entropija data je sa W,
dok je k Bolcmanovu konstanta. Veliĉinu moţemo predstaviti i kao broj raspoloţivih
stanja u kojima sistem moţe da se naĊe u datim uslovima. Kaţemo da entropija nekog sistema
zavisi od broja stanja koje sistem moţe da zauzme sa datom energijom i datim uslovima.
3
Entropija je povezana i sa teroijom informacije. Moţemo reći da je entropija mera našeg
nedostatka informacije o sistemu. Što više informacija imamo o sistemu manja je entropija i
obrnuto.
3 Ćelije
4
same ćelije, imaju ulogu u signalizaciji preko receptora koji se nalaze na membrani i koji
primaju i prenose signale iz okoline u untrašnjost i omogućavaju direktan kontakt sa drugim
ćelijama. Ćelijska membrana okruţuje citoskelet koji se sastoji od tri tipa struktura:
mikrotubule, aktinski filamenti i intermedijarni filament. Za naš rad je ovo dovoljno da
navedemo o ĉelijama. Svi citoskeletni elementi su proteini odreĊene duţine i svaki protein
ima neku odreĊenu funkciju.
U ćelijama mali molekuli se prenose difuzijom, dok veliki molekuli se prenose drugim
mehanizmima, takozvanom aktivnom formom premeštanja. U prirodi joni teku od višeg ka
niţem elektrohemijskom potencijalu. MeĊutim postoje molekulski motori koji imaju ulogu da
premeštaju jone u suprotnom smeru, odrţavajući elektrohemijski gradijent neophodan za
5
ţivot. Unutar ćelija molekulski motori su proteini koji pretvaraju hemijsku energiju u
mehaniĉki rad, odnosno kretanje. Većina prirodnih molekularnih motora zasnovani su na
proteinima koji direktno ili indirektno koriste energiju dobijuenu hidrolizim ATP-a ( adenozin
trifosfata). Drugi izvori energije ma molekularnom nivou ukljuĉuju transmembranski jonski
gradijenti koji podstiĉu sintezu ATP-a i većinu jonskih transpornih procesa, i sunĉeva svetlost
koja obezbeĊuje energiju za fotosintezu. Dobijenu energiju hidrolizom ATP-a pretvaraju je u
mehaniĉku energiju kretanja. Postoji veliki broj prirodnih molekularnih motora gde su
najpoznatiji proteini citoskeleta i proteini unutar ćelijske membrane. Proteini citoskeleta se
dele na aktinski miozin i na mikrotubularni kinezin i dinein, dok kod ćelijskih membrana su
jonske pumpe i nosaĉi.
Nećemo ulaziti u detaljno analiziranje navedenih proteina. Ono što moţemo reći da svi
proteini pored mnogobrojnih funkcija imaju ulogu i da prenesu supstance sa jednog mesta na
drugo i premeštaju ih u odreĊenom smeru.
Na slici 2 prikazani su proteinski motori koji imaju aktivnu formu premeštanja. Primer
koji ćemo mi da obradimo jeste molekul koji se zove kinesin. Pretpostavimo da imamo
kinesin koji se nalazi na vrlo kompleksnom proteinu. Jedan kraj kinesina je zakaĉen za protein
i moţe da se kreće po njemu. Kako? Energija mora biti data sistemu, rad mora biti izvršen na
neki naĉin. Taj rad dolazi iz specifiĉne hemijske reakcije, dekompozicije adenozin trifosfata,
poznat kao ATP molekul do adenozin difosfata odnosno ADP-a. O samim ATP i ADP
molekulima nećemo priĉati u ovom radu. ATP- veza se ukine i oslobodi se odreĊena koliĉina
energije, ta energija je osloboĊena u sistemu i dozvoljava da kinesin šeta po proteinu. Ono što
se u suštini dešava je da se hemijska energija konvertuje u napon koji kontroliše kretnje.
Problem u razumevanju kretanja kinesina je taj što je energija data sistemu kao random
elektriĉni impulsi, dok se kinesin moţe kretati u samo jednom smeru. Drugim reĉima, kinesin
se kreće usmereno usled bombardovanja okolnih ĉestica koje imaju takozvano Braunovsko
kretanje. O samom Braunovskom kretanju biće reĉi u narednom odeljku.
Na slici 3 nalaze se jonska pumpa i nosaĉi. Ukratko, jonska pumpa je protein koji
ĉesticu premešta kroz ćelijsku membranu i to od niţeg ka višem elektrohemijskom
potencijalu. Jonska pumpa zasnovana je na jonskom kanalu. Kroz jonski kanal joni mogu
slobodno da se kreću od višeg ka niţem elektrohemijskom potencijalu, to je spontani proces.
Za okretanje kanala u pumpu potrebna je energije koju obezbeĊuje hidroliza ATP molekula.
6
Kod nosaĉa postoje najmanje dve kapije. Prvo se otvaraju na jednoj strani, vezuje se molekul
koji transportuje, zatvaraju se na toj strani zatim se otvaraju sa druge strane i oslobodi se
molekul. Postoje razliĉiti tipovi nosaĉa, neki transportuju molekule u smeru opadanja
elektrohemijskog gradijenta dok neki u suprotnom smeru.
Pored navedenih proteina postoje mnogi drugi proteini koji takoĊe spadaju u
molekularne motore. Svima njima je zajedniĉka stvar da se kreću u odreĊenom smeru. Bilo je
poteškoća da se razume naĉin njihovog kretanja, kakav je to mehanizam koji omogućava
kretanje u odreĊenom smeru u sredini gde vladaju termalne fluktuacije i viskozne sile.
Reći ćemo nešto ukratko i o Braunovom kretanju. Braunovo kretanje je moţda najvaţniji
stohastiĉki proces koji poznajemo. Rober Braun je 1827. Godine primetio da se polenova zrna
u vodi kreću nasumiĉno ĉak i kada voda izgleda mirno. Nije mogao da odredi mehanizme koji
su izazivali ovakvo kretanje.
Teorijski fiziĉar Albert Einstein je 1905. Godine objavio rad u kome je modelova
kretanje ĉestica polena koje pokreću pojedini molekuli vode. Zakljuĉeno je da je Braunovsko
kretanje nasumiĉno kretanje ĉestica unutar fluida. Takvo kretanje je posledica bombardovanja
atoma ili molekla gasa ili teĉnosti. U nekom trenutku ĉestica je više pogoĊena u jednu stranu
nego u drugu stranu, što izaziva kretanje ĉestice u smeru u kome je više pogoĊena. Na taj
naĉin ĉestice stiĉu Braunovo kretanje. Primer Braunovog kretanja data je na sledećoj slici.
Opisivanje Braunovskog kretanja se ne moţe rešiti tako što ćemo posmatrati svaki
molekul posebno, to je nemoguće. Moţemo samo priĉati o verovatnoći koje se mogu
iskorititi da se ovaj vid kretanja opiše. Prvu matematiĉku formulaciju Braunovog kretanja
izvršio je Winner 1923. godine i zbog toga se ovo kretanje ĉesto naziva i Wiener-ov proces.
Nećemo matematiĉki analizirati Braunovo kretanje jer nije tema ovog rada.
7
3.3 Maksvelov demon
8
3.4 Molekularni demon
Sauvage je poznat po stvaranju katenona, dva prstenasta molekula povezana zajedno kao
lanac. Ova konfiguracija pokazuje slabiju mehaniĉku vezu. Stodart je poĉastvovan za razvoj
rotaksana, molekularni prsten navuĉen na molekularne osovine koje je koristio za razvoj
molekularnih podizaĉa, mišića i kompjuterskih ĉipova. Feringa je zasluţan da izgradnju prvoh
molekularnih motora.
Osnovna funkcija, bilo prirodnih ili veštaĉkih molekularnih mašina jeste kretanje.
Posmatranje veštaĉkih mašina je problematiĉno zbog njihovih malih veliĉina i sloţenog
ponašanja. Njihovo ponašanje u velikoj meri zavisi od okoline i na njih mogu uticati faktori
kao što su temperatura, pritisak i prisustvo drugih molekula. Molekularne mašine rade u
uslovima gde su gravitacija i inercija zanemarene, a dominiraju viskozne sile i Braunovo
kretanje. Kod projektovanja veštaĉkih molekularnih motora nije izazov u tome da se
9
proizvede kretanje na molekularnom nivou, već u dobijanju i kontrolisanju usmerenog
kretanja na skali od samo nekoliko nanometara gde vladaju toplotne fluktuacije.
Veštaĉke mašine uglavnom ukljuĉuju takozvane molekularne prekidaĉe i molekularne
motore. Molekularni prekidaĉ je jedan molekul koji se moţe reverzibilno menjati izmeĊu dva
stanja koa odgovor na promenu temperature, PH vrednosti, svetlosti ili kao odgovor na
prisustvo drugih jona u okruţenju. Molekularni motori koriste nasumiĉne termiĉke fluktuacije
da bi proizveli usmereno kretanje. Objašnjenje kako nasumiĉne fluktuacije mogu obezbediti
usereno kretanje dao je Richard Feynman, o ĉemu će biti reĉi kasnije.
U toku jednog ciklusa gas od grejaĉa prima koliĉinu toplote , a hladnjaku predaje
koliĉinu toplote , tako da se izvrši rad:
10
Zakljuĉujemo da koeficijent korisnog dejstva moţe biti jednak jedinici samo ako je
temperatura hladnjaka jednaka apsolutnoj nuli , što je nemoguće postići u prirodi.
Drugim reĉima, η samo ako nema predaje energije hladnijem rezervoaru , što
znaĉi da se sva dovedena koliĉina toplote troši na vršenje rada. U skladu sa drugim principom
termodinamike ovako nešto nije moguće. Sada vidimo zašto smo stavili akcenat na drugi
princip termodinamike na poĉetku ovog rada. Setimo se Kelvinove i Klauzijusove formulacije
drugog principa termodinamike.
TakoĊe, idealna toplotna mašina moţe da radi i reverzibilno, odnosno u suprotnom smeru.
Takav ciklus predstavlja idealnu mašinu za hlaĊenje. Tada spoljašnje sile vrše rad na gasu koji
je jednak radu koji izvrši gas pri direktnom ciklusu.
Posledica drugog principa termodinamike jeste ta da ne postoji toplotna mašina koja
moţe da ima koeficijent korisnog dejstva jednak jedinici, uvek moraju da postoje gubici
toplote.
Nekoliko puta do sada smo rekli da u svetu na molekularnom nivou vladaju termiĉke
fluktuacije i viskozne sile. Molekularni motori koriste te nasumiĉne termiĉke fluktuacije da bi
proizveli usmereno kretanje dok se enrgija troši da bi se suprotstavila silama koje bi proizvele
kretanje u suprotnom smeru.
Richard Faynman je u svom radu opisao mehanizam dobijanja kretanja u jednom
smeru usled bombardovanja okolnih ĉestica. Zamenio je Maksvelovog demona koji na
osnovu brzina rasporeĊuje molekule pri ĉemu se dobija temperaturna razlika i odrţava se
sistem daleko od termodinamiĉke ravnoteţe, sa mehanizmom koji se sastoji od ĉegrtaljke sa
papuĉicom i opruge.
11
moţe da se okreće u jednom smeru, ali mu je onemogućeno kretanje u suprotnom smeru
pomoću papuĉice. Osnovna ideja je da imamo dva rezervoara toplote na razliĉitim
temperaturama, odnosno da imamo temperaturnu razliku pri ĉemu dolazi do prenosa tolote sa
rezervoara više temperature na rezervoar niţe temperature. Ideja je da dobijemo motor koji bi
konvertovao deo te toplote u koristan rad.
12
biva se topliji. Moţemo staviti gas oko toĉka da preuzme deo te toplote. Ponovo, kako se
proces ponavlja iznova i iznova temperatura toĉka i gasa stalno raste. Papuĉica i dalje moţe
da se odbija elastiĉno. Zakljuĉujemo da je okretanje u oba smera moguće, odnosno kada je
temperatura na obe strane jednaka, neće biti proseĉnog kretanja toĉka, kretaće se napred-
nazad ali neće raditi ono za sta je konstruisan, da se okreće u samo jednom smeru. Zašto?
Neophodno je da se vrši rad protiv opruge da bi se papuĉica podigla do vrha zuba.
Verovatnoća da sistem akumulira energiju , da bi se papuĉica prebacila preko vrha zuba je
. Sa druge strane, verovatnoća da se papuĉica sluĉajno podigne je jednaka . Vidimo
da su ove dve verovatnoće jednake, i dobijamo “ravnoteţu“ i toĉak se neće okretati.
Kretanje unpared
𝐿𝜃 - izvršeni rad
𝜏
𝑒 𝑘𝑇 - verovatnoda po sekundi
13
Kretanje unazad
𝐿𝜃 - oslobođeni rad
𝜏
𝑒 𝑘𝑇 - verovatnoda po sekundi
14
5 Zaključak
Proteinski motori su ovo kretanje usavršavali tokom milion godina evolucije u svakoj
našoj ćeliji. Iako je Richard Feynman mehanizam usmerenog kretanja objasnio postojanjem
temperaturne razlike dva rezervoara, u prirodnim molekularnim mašinama odnosno u
ćelijama javlja se elektrohemijski gradijent.
15
6 LITERATURA
Kassem Salma, v. L. (2017). Aritificial molecular motors. Chemical Society Reviews, 2592-2621.
Solange Flatt, D. M. (2023, August 08). ABC transpoerters are billion year old Maxwell Demons.
Preuzeto sa Communication physics: https://www.nature.com/articles/s42005-023-01320-
y?fbclid=IwAR07n92z7Ccv1M5ASIZBBWjC6hx0wK-nhUvue-gLXFfomwOcTKl3XaNVVFk
Turkovid, M. (2016, januar 25). Model gustode molekularnih motora na mikrotubulama. Zagreb,
Hrvatska.
16