Professional Documents
Culture Documents
4. Ензими
4. Ензими
проф. Б. Галунска
Ензими
1. Обща характеристика
2. Номенклатура и класификация
3. Кофактори на ензимите
• Водоразтворимите витамини като
ензимни кофактори
4. Механизъм на ензимното действие
• Активен център
• Активираща енергия
1
9/26/2023
Биологични катализатори
Голяма част са протеини
Малка част са РНК-и рибозими
катализират хидролизата на фосфодиестерни връзки
в РНК-и при процеси на сплайсинг
Многократно увеличават скоростта на реакциите, които
катализират 103-108 пъти → 100 -1000 молекули
субстрат/сек
Специфична локализация в клетките
(компартментаризация)
Номенклатура на ензимите
Наименования на ензимите
Тривиални – най-широко използвани
име на субстрата + аза: Пример: гликозидaза, уреaза, лактaза
тип на ензимната реакция: лактат дехидрогеназа, ацил-КоА
синтетаза
Систематични – според номенклатура, изработена от
международния съюз по биохимия и молекулярна биология (IUBMB)
7 главни класа, всеки от които има 4-13 подкласа
всеки ензим има 4 цифрен кодов номер (EC):
2
9/26/2023
Номенклатура на ензимите
Пример: EC 2.7.1.1
2 – клас трансферази
7 – подклас фосфотрансферази (пренасящи
фосфатна група)
1 – подподклас с акцептор на фосфатната група
алкохол
1 – специфична информация за ензима:
хексокиназа (ATP:D-хексозо 6-
фосфотрансфераза)
Класификация на ензимите
Оксидоредуктази
дехидрогенази, оксидази, редуктази, пероксидази, каталаза,
оксигенази, хидроксилази
Трансферази
кинази, трансалдолази, транскетолази, ацил-, метил-, гликозил-,
аминотрансферази
Хидролази
естерази, гликозидази, пептидази, фосфатази, липази,
рибонуклеази
Лиази
декарбоксилази, алдолази, дехидратази, синтази
Изомерази
мутази, епимерази, рацемази
Лигази
синтетази, карбоксилази
Транслокази
Ензимни класове
Номер
Име Реакция, която катализира
по ред
5. Изомерази A=B
6. Лигази A + B + НТФ = A-B + НДФ + Фн (или НМФ + ФФн)
7. Транслокази
Keith Tipton and Andrew McDonald. A Brief Guide to
Enzyme Nomenclature and Classification
3
9/26/2023
Класификация на ензимите
1. Оксидоредуктази – окислително-редукционни реакции
CH3-CHOH-COO- +НAД+ CH3-CO-COO- + НAДH + H+
лактат
лактат пируват
дехидрогеназа
(ЛДХ)
Класификация на ензимите
4. Лиази – разкъсване на C-C, C-S, C-N връзки
CH3-CO-COO- → CH3-CHO + CO2
пируват пируват ацеталдехид
декарбоксилаза
CH3 метилмалонил
метилмалонил-КоА мутаза сукцинил-КоА
СИНТАЗА vs СИНТЕТАЗА
• Синтаза – ензим, катализиращ
кондензацията на две молекули A
субстрат без участие на АТФ лиаза синтаза
– Класифицира се като лиаза (ЕС 4)
– Пример: цитрулин + аспартат =
аргининосукцинат; B C
– ензим: аргининосукцинат лиаза
• Синтетаза – ензим, катализиращ
биосинтеза на продукт с участие на A + B + АТФ
АТФ
– Класифицира се като лигаза (ЕС 6) синтетаза
– СО2+Н2О+АТФ = карбамоилфосфат +
АМФ
– ензим: карбамоилфосфат синтетаза 1
C
4
9/26/2023
Класификация на ензимите
7. Транслокази – пренос през мембрани
карнитин-
ацилкарнитин
транслоказа
Кофактори на ензимите
5
9/26/2023
Пиридоксол (B6)
Биотин
Тиамин (B1)
6
9/26/2023
кобаламин (В12)
цианокобаламин (В12)
7
9/26/2023
8
9/26/2023
Активен център
Тримерна структура от ензима, комплементарна на
структурата на субстрата
Формира се от АК-остатъци на апоензима
Към активния център специфично се свързва субстрата
чрез нековалентни връзки (водородни, електростатични,
хидрофобни)
хидрофобен
активен участък полярен участък
център участък за разпознаване
на субстрата
9
9/26/2023
Субстрат
+ -
Субстрат - +
+ - + - +
Ензим
Ензим
10
9/26/2023
некатализирана
Енергия
реакция
некатализирана
реакция
Еа ензимна реакция
реагиращи
в-ва
∆Go
продукти
Реакционен път
11
9/26/2023
Максимална скорост
Vmax
образуване на
V (скорост на
продукта)
Хипербола
12
9/26/2023
k1 k
E+S ←→ ES →2 E + P
k-1
k1 k
E+S → ES →2 E + P
←
k-1
vo = Vmax[S]
KM + [S]
A. [S]<< Kм
v0 е пропорционална на [S]
B
B. [S]>> Kм
начална скорост (vo)
13
9/26/2023
характеристика на E за определен S
характеристика на E
Определяне на Км и Vmax
Метод на Лайнуивър и Бърк
Методът на Лайнуивър и
Бърк е полезен за:
изчисляване на
наклон
Kм и Vmax
определяне на типа
инхибитор
14
9/26/2023
центрове на Е са наситени
със S
⇓
Колкото пъти се увеличава
[E], толкова пъти се
повишава скоростта
време
Температура оС
15
9/26/2023
Ензим с рН Ензим с рН
оптимум ~ 4 оптимум ~ 10
V
pH на реакционната смес
16
9/26/2023
Необратими инхибитори
Необратими инхибитори
Образуват ковалентна връзка с АК от активния център на ензима.
Не може да се възстанови активността на ензима.
17
9/26/2023
Необратими инхибитори
Примери
Ковалентна връзка
Обратими инхибитори
Обратими инхибитори
свързването с активния център е
нековалентно
ензимната активност може да се възстанови
компетитивни (конкурентни)
некомпетитивни (неконкурентни)
18
9/26/2023
Компетитивно инхибиране
1/Vo
+ инхибитор
1/Vmax = 1/Vmax
- 1/Км 1/[S]
- 1/Км
Некомпетитивно инхибиране
1/Vo
+ инхибитор
Vmax > Vmax (инхибитор)
Kм = Км (инхибитор) - инхибитор
1/Vmax
1/Vmax
1/[S]
- 1/Км = - 1/Км
19
9/26/2023
Лекарствата – ензимни
инхибитори (1)
Сулфонамиди
структурни аналози на р-аминобензоената к-на
конкурентно инхибират синтеза на фолиева к-на в
бактериите
↓бактериалния растеж и развитие
Метотрексат
структурен аналог на
тетрахидрофолиевата к-
метотрексат
на
конкурентен инхибитор
на дихидрофолат
редуктазата
инхибира синтеза на
TMФ (ДНК)
тетрахидрофолат
(ТХФ)
F
5-флуорурацил урацил
Антиметаболити
5-флуорурацил (5-FU)
Структурен аналог на пиримидиновата база
урацил
Необратим инхибитор на ензима тимидилат
синтаза потиска биосинтеза на
пиримидинови нуклеотиди и на ДНК
20
9/26/2023
статини
АСЕ - инхибитори
• За лечение на хипертония и сърдечна недостатъчност
• вазорелаксация, намалява се кръвния обем, снижава се кръвното
налягане
• Потискат образуването на ангиотензин II
• Повишават нивата на брадикинин (вазодилататор)
• Примери: benazepril, zofenopril, perindopril, trandolapril, captopril,
enalapril, lisinopril, ramipril, сартани.
21
9/26/2023
• COX-2 инхибитори
– Селективни (НПВЛ), намаляват болка, треска, възпаление
– По-малко нежелани ефекти върху ГИТ
– примери: celecoxib, valdecoxib, rofecoxib
22
9/26/2023
Алостерични ензими
1. Обща характеристика
2. Особености в кинетиката
Сигмоидна крива
К0,5, Vmax
Влияние на активатори и инхибитори
3. Регулация на ензимното действие
Концентрация на субстрата
Алостерична регулация
Лимитирана протеолиза
Обратима ковалентна модификация
Алостерични ензими
Обща характеристика
Четвъртична структура
Регулаторни ензими за даден метаболитен път
Освен активен център имат и алостеричен
(регулаторен) център
• В алостеричния център се свързват с некованлентни
връзки алостеричните ефектори (регулатори)
• Ефекторите могат да бъдат:
положителни – активират ензима
отрицателни – инхибират ензима
• Свързването на ефектора води до
промяна в конформацията на ензима
↓(↑) афинитета към субстрата и/или Vmax
Алостерични ензими
Обща характеристика
протеинкиназа А алостеричен център
(неактивна)
регулаторна
субединица
Каталитична Каталитична
субединица субединица
алостеричен ефектор
(активатор)
23
9/26/2023
Алостерични ензими
Кинетика
Кинетичната крива е сигмоидна кооперативно свързване на S
К0.5 е концентрацията на S, при която V=Vmax/2
положителните ефектори (активатори) изместват кривата наляво
отрицателните ефектори (инхибитори) изместват кривата надясно
V0
Vmax
без ефектор
+ положителен
ефектор
Vmax/2 + отрицателен ефектор
[S]
К0,5 К0,5 К0,5
Регулация на ензимната
активност
Ензимите, регулиращи метаболитните пътища
са алостерични.
Тяхната активност се регулира чрез следните
механизми:
Промяна в концентрация на субстрата
Промяна в количество на ензима чрез
индукция/репресия на ензимния синтез
Алостерична регулация
Лимитирана протеолиза
Обратима ковалентна модификация
24
9/26/2023
Регулация на ензимната
активност
1. Концентрация на субстрата
↑[S] → активиране на ензима, тъй като
скоростта на ензимната реакция е
правопропорционална на [S] при [S]<Км
Субстратите са активатори на алостеричните
ензими
Бърза промяна в ензимната активност
Регулация на ензимната
активност
3. Алостерична регулация
Отрицателни ефектори (продукт на реакцията)
инхибиране (ретроинхибиране) на ензима
Положителни ефектори (субстрат)
активиране на ензима
Бърза промяна в ензимната активност
A B C D E
─
25
9/26/2023
Регулация на ензимната
активност
4. Лимитирана протеолиза
пептидаза
Неактивен про-ензим активен ензим + инхибиторен
пептид
Пример: пепсиноген (неактивен) → пепсин (активен)
Лимитирана
протеолиза инхибитор
неактивен про-ензим + активен ензим
Регулация на ензимната
активност
5. Обратима ковалентна модификация
Добавяне/отделяне на групи в алостеричния център на
ензима
фосфатна (Фн) фосфорилиране/дефосфорилиране
метилова (СН3) метилиране/деметилиране
аденилова (АМФ) аденилиране/деаденилиране
АК-остатъци, свързващи тези групи са най-често: Сер,
Тир, Тре
Фосфорилиране/дефосфорилиране е най-често срещания
механизъм на обратима ковалентна модификация
донор на фосфатна група е АТФ
участват 2 ензима: протеинкиназа и протеинфосфатаза
Бърза промяна в ензимната активност (до минути)
хормон хормон
протеинкиназа протеинфосфатаза
(глюкагон) (инсулин)
26
9/26/2023
Обща характеристика
Различни форми на един и същ ензим
Катализират една и съща ензимна реакция
Имат IV-на структура, образувана от свързването на различен брой
независимо кодирани субединици
Различават се по:
• структура
• химични и физични свойства
• афинитет към субстрата
• Км
• клетъчна/тъканна локализация
Много от тях имат диагностично значение
Диагностично значение на
ензимите
27
9/26/2023
Плазмени ензими
• функционални
• нефункционални
Критерий за Нефункционални плазмени
Функционални плазмени ензими
сравнение ензими
плазмена по-висока отколкото в тъканите по-ниска отколкото в тъканите
концентрация
функция известна неизвестна
• Източници
– Повишена скорост на ензимен синтез
– Увеличен мембранен пермеабилитет
– Клетъчна увреда – освобождаване на ензими в
кръвта
• Клинично значение
– диагностично
– прогностично
– предиктивно
28
9/26/2023
ХБДХ
ЛДХ
29