ENZIMOLOGIJA

NUKLEAZE
 ENZIMOLOGIJA - NUKLEAZE

1 EGZONUKLEAZE

hidrolizuju fosfodiestarske veze terminalnih nukleotida

2 ENDONUKLEAZE

hidrolizuju fosfodiestarske veze unutar nukleotidnog lanca

NUKLEAZE 3’ ili a tipa

NUKLEAZE 5’ ili b tipa

 ENZIMOLOGIJA - NUKLEAZE
5’ 3’

(3’) a
B B B B B B B
2’ H
OH 2’ H
OH 2’ H
OH 2’ H
OH 2’ H
OH 2’ H
OH 2’ H
OH

3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’

P P P P P P P OH

5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 3’- kraj
5’- kraj

RNK
DNK
(5’) b
(Shematski prikaz nukleinske kiseline)
 NUKLEAZE 3’ ili a tipa

5’ 3’

1 EGZONUKLEAZE (3’) a
B B B B B B
Fosfodiestaraza zmijskog otrova
3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’
Supstrat: RNK i DNK
P P P P P OH
P OH

5’ Produkt
5’ reakcije:
5’ nukleozid-5’-fosfati
5’ 5’ (N-5’-P)
5’

N-5’-P
KOBRA
POSKOK
 NUKLEAZE 3’ ili a tipa
5’ 3’

2 ENDONUKLEAZE
(3’) a
B B B B
Dezoksiribonukleaza B
I (DNaza I)B (pankreas)
B

3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’
Supstrat: DNK
P P P P OH
P P P OH

5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
Produkt reakcije: oligonukleotidi sa 5’-P i 3’-OH terminusima
Oligonukleotidi
 NUKLEAZE 5’ ili b tipa
5’ 3’

B B B B B B
1 EGZONUKLEAZE

3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’
Fosfodiestaraza slezine
P
HO P
HO P P P P OH

Supstrat: RNK5’ i DNK5’ 5’ 5’ 5’ 5’

N-3’-P Produkt reakcije: nukleozid-3’-fosfati (N-3’-P)

(5’) b
 NUKLEAZE 5’ ili b tipa

2 Endonukleaze
5’ 3’

Dezoksiribonukleaza II (DNaza II) (slezina, bakterije)

B B B B B B B
Supstrat: DNK

3’
Produkt reakcije: oligonukleotidi
3’ 3’ sa 3’5’-OH i3’ 3’-P terminusima
3’ 3’

P P P P
HO P P P OH

5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
Ribonukleaza T1 (RNaza T1) (gljive i plesni)
Oligonukleotidi
Supstrat: RNK (5’-veza sa 3’-bazom PURIN)
(5’) b

Ribonukleaza A (RNaza A) (pankreas)

Supstrat: RNK (5’-veza sa 3’-bazom PIRIMIDIN)
 ENZIM Ribonukleaza A (RNaza A)
- PRINCIP HIDROLIZE RNK -
5'-OH terminus

O
5’ HO CH2 Baza
O O P O CH2 Pirimidin 5’
O
5’ O
O P O CH2 Pirimidin 4’ 1’
O 4’ 1’ H H
O H H 3’ 2’
O 4’
H
3’
H
2’
1’
H
3’ 2’
H + H
O OH
H

H H O O
P O P O
O OH
O O O
O P O
2',3'-ciklični fosfat
O
Baza H2O
5’
CH2 +
O H
4’ 1’
H H
3’ 2’ O
H H
RNK O OH
O P O
5’
CH2 Pirimidin
O
O P O
O
O H H
3’
H H
O OH
3'-P terminus O P O
O
 5’
Mehanizam 5’
RO CH2 Pirimidin CH2 Pirimidin
O delovanja RO
O
4’ 1’ 4’ 1’
H
3’
H
2’ N NH
RNaze A H
3’
H
2’ N NH
H H H H
O O H His12 O O H His12
+ O P O + O P O
Lys41 NH3 Lys41 NH3
O O H
R’
H H
N N
+ +
His119 His119
N N
H H

5’
RO CH2 Pirimidin
O
4’ 1’
H H +
H2 O 3’ 2’ H N NH
H H
, O O His12
R O H P
+
Lys41 NH3 O O
O H
H

N
His119
N
H
 KARAKTERISTIKE NEKIH RESTRIKCIONIH
ENZIMA Tipa 
Enzim Prepoznatljiva sekvenca Mikroorganizam

Alu  AGC#T Arthrobacter luteus

Bam H GGATC#C Bacillus amyloliquefaciens H

Bgl  AGATCT Bacillus globigii

Eco R GAA#TTC Escherichia coli RY13

Eco RV GA#TATC Escherichia coli J62P7G74

Hin d A#AGCTT Haemophilus influenzae Rd

Pst  CTGCA#G Providencia stuartii 164

Pvu  CAGC#TG Proteus vulgaris

Sal  GTCGAC Streptomyces albus

Taq  TCGA# Thermus aquaticus

 = mesto sečenja DNK sekvence restrikcionim enzimom

# = baza koja može biti modifikovana
 SPECIFIČNOST DELOVANJA NEKIH
RESTRIKCIONIH ENZIMA

5’ GA A TTC 3’ 5’ G 5’ A A T TC 3’
Eco RI
3’ C T TAAG 5’ 3’ C TTA A 5’ G 5’

Produkti sa 5‘-asimetričnim krajevima

5’ C C G C GG 3’ 5’ CC G C 3’ GG 3’
SacI
3’ G G CGCC 5’ 3’ GG 3’ C G CC 5’

Produkti sa 3‘-asimetričnim krajevima

5’ GGC C 3’ 5’ GG 3’ 5’ CC 3’
HaeIII
3’ C C GG 5’ 3’ CC 5’ 3’ GG 5’

Produkti s ravnim krajevima

 RIBOZIMI

 RNK molekuli sa enzimskom aktivnošću

 osnova za hipotezu

da su u praćelijskom periodu molekuli RNK bili prvi

biološki katalizatori, a da su proteini kao mnogo
moćniji i hemijski raznovrsniji katalizatori relativno
mlađeg porekla u evoluciji makromolekula.