Biosinteza proteina

DNK A C C A A A C C G A G T
matrični 3’ 5’
lanac

kod
TRANSKRIPCIJA
kodon

iRNK 5’ 3’
U G G U U U G G C U C A
Trp
tRNK
TRANSLACIJA
ACC
antikodon

polipeptid
Trp Phe Gly Ser
TRANSKRIPCIJA
 rastući RNK lanac

RNK
formiranje polimeraza
fosfodiestarske
veze

ribonukleozid trifosfat

5’-3’ pravac
polimerizacije

Osnovna reakcija transkripcije

formiranje fosfodiestarske veze
matrični lanac DNK
 Prepisuje se samo deo jednog lanca DNK, a drugi ne. Koji od
lanaca će biti prepisan određuju enzimi polimeraze koji mogu
da deluju samo u pravcu 5'-3' znači da će lanac matrica biti
3'-5'

5‘ - 3'
3' ‘ - 5

Transkribujući lanac (Matrica, Templat strand, Antisense) - orijentacija 3’- 5’

Netranskribujući lanac (Kodirajući, Nontemplat Strand, Sense) - orijentacija 5’ - 3’
 PROKARIOTSKI G E N

promotor RNK kodirajuća sekvenca terminator nematrični lanac

5’ 3’
DNK
3’ 5’
matrični lanac
mesto otpočinjanja
mesto završetka
transkripcije
transkripcije
RNK polimeraza holoenzim
 RNK polimeraze
• Primarni enzimi transkripcije
• U svim ćelijama, počev od bakterija do čoveka,
• RNK polimeraze obavljaju istu funkciju –
• katalizuju stvaranje fosfodiestarske veze između
rNTP
• Prokarioti imaju jednu RNK polimerazu
• Eukarioti imaju 3 različite RNK polimeraze:
– Pol II transkribuje skoro sve protein-kodirajuće
gene
– Pol I i Pol III transkribuju RNK-kodirajuće gene:
Pol I transkribuje gen za prekursore rRNK
Pol III prepisuje gene za tRNK, snRNK i 5S rRNK
 OSNOVNE FAZE TRANSKRIPCIJE

1. Prepoznavanje promotora
PROMOTOR
5’ 3’

3’ 5’
RNK polimeraza

2. I n i c i j a c i j a

5’ 3’

3’ 5’
DNK matrica

RNK transkript
 3. E l o n g a c i j a

5’ 3’

3’ 5’

4. Terminacija

5’ 3’

3’ 5’

RNK transkript
 promotor transkripciona jedinica terminator

start
RNK polimeraza
1. inicijacija

RNK
DNK matrica

2. elongacija

3. terminacija

transkript
 TRANSKRIPCIJA KOD PROKARIOTA
STARTNI SIGNAL

matrični DNK lanac

RNK polimeraza •PROMOTOR-DVA NIZA OD 6 NUKLEOTIDA,

PRVI- UZVODNO NA -35 NUKLEOTIDA OD
MESTA POČETKA TRANSKRIPCIJE
TTGACA I DRUGI, PRIBNOVLJEV BLOK ,
NA -10 NUKLEOTIDA, TATAAT

– Promotor - DNK sekvenca

za koju se RNK polimeraza
RNK pol holoenzim = RNK pol +  faktor
veže i inicira transkripciju.
 Sekvenca u okviru promotor
regiona koju prepoznaje
holoenzim RNK-polimeraze
Start
transkripcije
- 35 Pribnovljev
sekvenca blok
-25 baza TATAA -10 baza 3’
5’ TTGACA T
DNK

3’ 5’

Sekvenca u okviru promotor regiona

koju prepoznaje RNK-polimeraza II Start
Hognesov transkripcije
CAAT
blok blok
5’ 40 baza (TATA) 25 baza 3’

DNK
3’ 5’
 Inicijacija transkripcije kod prokariota
Odvija se u dve faze:
Prva faza je vezivanje RNK polimeraze za
RNK polimeraza dvolančanu DNK, za heksanuklotid na poziciji -
35 od mesta početka transkripcije
promotor DNK

- 35 - 10  Faktor prepoznaje promotor i vezuje

 faktor
RNK pol holoenzim za njega
Druga faza je lokalna denaturacija
DNK pomoću enzima
helikaze, počev od pozicije -10
u dužini od 17 nukleotida,
posle čega se oslobađa sigma
subjedinica DNK

 faktor inicijalni
ribonukleotid
 smer transkripcije

DNK

 faktor DNK/RNK hibrid

oslobadjanje  faktora

RNK
-produžavanje transkripta. Faza elongacije traje
sve dok RNK polimeraza ne stigne do signala za
terminaciju-terminatora.
Terminacija transkripcije-rho factor zavisna terminacija

ρ faktor
DNK Terminacioni protein
( ρ protein)
ρ faktor zavisna terminacija
prepoznaje terminacionu
RNK sekvencu na molekuli DNK,
RNK polimeraza destabilizuje vezu
N polimeraze i matrice,
N N
polimeraza disosuje
N
. C
N i transkripcija se završava.
. G
.
.
.
.
.
.

.....NNNN NNNNNN........
- sinteza
niza od nekoliko URACILA naspram niza od nekoliko
ADENINA u matrici. Invertovani ponovak koji nastaje u
novosintetisanoj RNK stvara zavojnicu u vidu ukosnice (engl.
Hair-pin) koja je signal za završetak transkripcije i olakšava
odvajanje RNK od DNK.
DNK

RNK
segment sa transkript
dvostrukom simetrijom

formiranje
terminalne
petlje
- Poli
–U/Poli A RNK/DNK
hibrid ubrzo disosuje i RNK kao
i RNK polimeraza se odvajaju.
 PROKARIOTE EUKARIOTE

DNK
DNK
transkripcija
transkripcija pre-iRNK
iRNK
obrada
polipeptid
translacija
iRNK

translacija

TRANSKRIPCIJA KOD EUKARIOTA polipeptid

• Tranksripcija i translacija vremenski i prostorno odvojene

• RNK polimeraze (14-18 subjed.)
 EUKARIOTSKI G E N

5’ promotor egzon 1 intron egzon 2 intron egzon 3 nematrični lanac

3’
DNK
5’
3’ matrični lanac
mesto otpočinjanja
transkripcije
poly (A) mesto
 RNK polimeraze u eukariotskoj ćeliji

lokalizacija produkti

RNK pol I nukleolus 28S , 18S , 5.8S rRNK

RNK pol II nukleus iRNK i neke snRNK

RNK pol III

nukleus tRNK , 5S rRNK i neke snRNK
Transkripcioni faktori
 PROMOTOR

TATAAAA
5’ 3’
3’ 5’
ATATTTT
GC CAAT
TATA box matrični lanac DNK
-90 -75
-30

transkripcioni
faktor
TATAAAA
5’ 3’
3’ 5’
ATATTTT

transkripcioni faktori

TATAAAA
5’ 3’
3’ 5’
ATATTTT

RNK polimeraza II
promotor II D DNK

GC CAAT
-90 -75 TATA box početak transkripcije
- 30

RNK polimeraza II
TF IIB + TF IIF

II D II B II F

TATA box
TF IIE + TF IIH

II D II B II F

II E II H
kompletni preinicijalni
kompleks (PIK)
 RNK polimeraza II
• Transkripti koje proizvodi
RNK polimeraza II označeni
su kao heterogene nuklearne
RNK. Glavno svojstvo im je
različita dužina.
 metil grupa
g
u
a
n
i
n

početak iRNK
CAP
(7’ metil-guanozin)

metil grupe
baza
Kako nascentna pre-iRNK
izlazi iz RNK kanala Pol II i
dostigne dužinu od oko 20
do 40 nt na 5’kraju se dodaje
zaštitna 5’ kapa koja se
sastoji od 7-metilguanozina
povezanog preko 5’-5’
trifosfatne veze sa 5’ krajem,
i metilovane riboze prva dva
nukleotida u RNK. 5’ kapa
markira nascentni molekul
RNK kao prekursora iRNK i
štiti je od 5’ egzonukleaza u
nukleusu i citoplazmi.
 SINTEZA poly (A) REPA
50-250 nukleotida Adenina uz pomoć poly A polimeraze na 3 kraj pre i-RNK

pre-iRNK

RNK polimeraza

sinteza RNK
 jedinica transkripcije
5’ egzon 1 intron egzon 2 intron egzon 3 3’
DNK
3’ promotor 5’
transkripcija

egzon 1 intron egzon 2 intron egzon 3

5’ 3’
hn RNK (primarni transkript)
obrada
m7GpppN1 egzon 1 intron egzon 2 intron egzon 3
(Cap) OH
5’ pre-i RNK 3’
obrada
egzon 1 intron egzon 2 intron egzon 3
Cap AAAAA….
5’ 3’
isecanje introna poly(A) rep

egzon 1 egzon 2 egzon 3

Cap AAAAA…. poly(A) rep
5’ 3’
zrela iRNK
 RNK transkript (pre-iRNK)
Egzon 1 Egzon 2

protein
snRNK drugi proteini

snRNK
splajsozom

komponente
splajsozoma
isečeni intron
iRNK
Egzon 1 Egzon 2
Post-transkripcione modifikacije iRNK

jedro
Primarni transkript (hnRNK) je linearna kopija
transkripcione jedinicei uglavnom predstavlja
funkcionalno neaktivan molekul RNK.
transkripcija DNK

Modifikacije iRNK pre-iRNK Tri vrste modifikacija hnRNK:

-povećava stabilnost iRNK
iRNK - olakšava inicijaciju translacije
1. adicija 5’ kape
ribozom
2. adicija poli-A repa
translacija

polipeptid 3. isecanje introna -zaštita 3’-kraja od egzonukleaza

-olakšava transport iRNK u citoplazmu
-olakšava translaciju

Pre-iRNK 5’
Egzon Intron Egzon Intron Egzon
3’
5’ kapa Poli-A rep

Kodirajući Introni se isecaju a

segment egzoni spajaju u iRNK

iRNK 5’ kapa Poli-A rep

Informaciona RNK

Prokariotska iRNK Eukariotska iRNK

-policistronska -monocistronska
-odmah podleže -post-transkripcione
translaciji modifikacije pre
translacije

-nema “kapu” na 5’ kraju -ima “kapu” na 5’ kraju

- nema poli-A rep na 3’ - ima poli-A- rep
- ima Šajn-Dalgarnov niz -nema Šajn-Dalgarnov niz
- nema introna - primarni transkript ima
introna

Šajn-Dalgarnov niz Kodirajući region

5’ kapa AGGA AUG UAA

Gppp  pApApApApApA-OH

5’-kraj Start kodon 3’-kraj

Stop kodon
Nekodirajići region
 PROKARIOTSKI RIBOZOM EUKARIOTSKI RIBOZOM

70s 80s

50s 30s
60s 40s

5S RNK 23S RNK 16S RNK 5S RNK 5,8 S RNK 18S RNK
28S RNK

34 proteina 21 protein 49 proteina 33 proteina

 3’ A mesto vezivanja
C aminokiseline
C

5’

antikodon
TRANSLACIJA
 DNK A C C A A A C C G A G T
matrični 3’ 5’
lanac

kod
TRANSKRIPCIJA

kodon

iRNK 5’ 3’
U G G U UG U G C U C A
Trp
Translacija je proces u kome se
tRNK genetička informacija sadržana u
TRANSLACIJA redosledu nukleotida u iRNK prevo-
ACC di u linearni redosled aminokiselina
antikodon polipeptidnom lancu.
polipeptid
Trp Phe Gly Ser
Translacija

INICIJACIJA
ELONGACIJA
TERMINACIJA

- Proces kojim se informacija sadržana u iRNK molekulu prevodi u polipeptidni

lanac.
- formiranje peptidne veze između COOH grupe na kraju rastućeg p.p. lanca i
NH2 grupe aktivirane AK
- Aktivacija AK : aminoacil-tRNK sintetaza (ATP)
 5’ II nukleotid 3’
I nukleotid U C A G III nukleotid

Phe Ser Tyr Cys U

U Phe
Ser
Ser
Tyr
STOP
Cys
STOP
C
A
Ser Trp G
Leu STOP
Leu Pro His Arg U
Leu
C Leu
Leu
Pro His
Gln
Arg
Arg
C
A
Leu Pro Gln Arg G
Pro
Ile Thr Asn Ser U

A Ile
Ile
Thr
Thr
Asn
Lys Ser
C
A
Met Thr Lys G
Arg
Val Ala Asp Gly U
G Val
Val
Ala Asp
Glu
Arg
Gly
Gly C
Val Ala Glu Gly
 5’ 3’
CUC AGC GUU ACC AU
1.
Leu Ser Val Thr

5’ 3’
C UCA G C GU U A CCA U
2.
Ser Ala Leu Pro

5’ 3’
CU CAG CGU UAC CAU
3.
Gln Arg Tyr His
Genetički kod: 64 tripleta = 61 kodon (20 AK) + 3 stop kodona
- IZROĐENOST
- UNIVERZALNOST

Tablica kodona
Kako se čita
tablica kodona??
 DNK - kod
Kod - Kodon - Antikodon

iRNK - kodon

tRNK - antikodon

Anti
kodon

Genetički kod
Translaciona mašinerija, međutim, “prevodi” samo deo iRNK, i to deo
koji počinje STARTkodonom i završava se STOP kodonom.
Niz nukelotida između START i STOP kodona koji predstavlja
genetičku informaciju za sintezu jednog polipeptidnog lanca naziva se
otvoreni okvir čitanja (eng. ORF od open reading frame).
Ključne uloge u procesu translacije pripadaju molekulima
RNK. iRNK nose genetičku informaciju o strukturi
proteina koji se sintetiše, tRNK prevode genetičku
informaciju sa ”jezika nukleotida” na ”jezik
aminokiselina”, a rRNK katalizuje formiranje peptidne
veze.
 AMK

tRNK
AMK

antikodon
antikodonska
petlja
antikodon
kodon
iRNK
 aminoacil-tRNK
sintetaza Reakcija vezivanja
aminokiselina
aminokiseline za tRNK odvija
se u aktivnom centru enzima,
u dve faze . U prvoj fazi ovog
procesa enzim katalizuje
vezivanje COOH grupe
pirofosfat aminokiseline za AMP nastao
pirofosfatnom hidrolizom
ATP-a. U drugoj fazi, AMP se
oslobađa, a COOH grupa
aminokiseline se prenosi na
tRNK OH grupu riboze adeninskog
nukleotida na 3’-kraju tRNK,
tako da nastaje kompleks
cAMP aminoacil-tRNK u kome je
aminokiselina vezana za 3’-
kraj tRNK aktiviranom
estarskom vezom
aminoacil tRNK
Aktivirana AK
aminoacyl-tRNK
sintetaza
 Aktivacija amino kiselina
AMK
(triptofan)

tRNK se
tRNKTrp vezuje za
UGG kodon
aminoacil-
tRNK antikodon
sintetaza
(specifična za aminoacil-
triptofan) tRNK kodon
iRNK
Biohemijskim i genetičkim eksperimentima Krajnji rezultat je
nesumnjivo je dokazano da upravo tRNK triptofan selektovan
određuju mesto svake pojedinačne aminokiseline svojim kodonom
u polipeptidnom lancu
Translacija - INICIJACIJA
Proces u kome se ribozomske subjedinice i tRNK udružuju sa iRNK gradeći
kompleks koji može da otpočne elongaciju p.p. lanca sa tačno odeđenog mesta
Dok velika subjedinica katalizira formiranje peptidnih
veza koje povezuju aminokiseline u polipeptidni lanec.

 Mala subedinica vrši sparivanje tRNK

molekula sa kodonima na mRNK,
 Hemizam translacije
peptidna veza

Peptidil t RNK Aminoacil

vezana za C t RNK
kraj rastućeg Molekul t RNK
polipeptidnog oslobođen svoje
Novi molekul
lanca pept, veze peptidyl t RNK
vezan za rastući
lanac

Osnovna hemijska reakcija na kojoj se zasniva sinteza

polipeptidnog lanca je formiranje peptidne veze između
COOH grupe na kraju rastućeg polipeptidnog lanca i NH 2

grupe aktivirane aminokiseline.

Mesto vezivanja male podjedinice
ribozoma 30 s
SHINE-DALGARNO SEKVENCA
startni kodon

3’ kraj 16S rRNK

 INICIJACIJA TRANSLACIJE KOD E. coli

SHINE-DALGARNO SEKVENCA

5’ AUG 3’ f Met
iRNK
inicijator tRNK

3 UAC
2 f Met
1 GTP

UAC
5’ AUG 3’
30S 3
30S inicijalni kompleks

faktori inicijacije
 INICIJACIJA TRANSLACIJE KOD E. coli

f Met
50S
f Met

UAC UAC
5’ AUG 3’
5’ AUG 3’
P A
1 2 GDP + P

70S inicijalni kompleks

 Elongacija translacije Aminoacil-tRNK se vezuje za A mesto na ribozomu
koje je prazno, dok je P mesto zauzeto (na P mestu
amino kraj se nalazi ili inicijatorska tRNK ili peptidil-tRNK)
polipeptidnog lanca
ELONGACIJA
e ću Raskida se veza između
ed COOH kraja rastućeg p.p.
sl lanca u P mestu i
a
i m FORMIRA SE PEPTIDNA
e uz K VEZA sa NH2 grupom AK
pr RN koja je vezana za tRNK na
t i RNK
z om cil A mestu. Reakciju
bo oa
Peptidil-tRNK ri i n formiranja veze katalizuje
am peptidil-transferaza
A prazna strana Aminoacil tRNK

i ja
ac
T

d
ra

Peptidil-tRNK t i
ns

p
pe
lo

s
ka

an
ci

r
ja

T
Nova peptidil-tRNK se translocira sa A mesta
na P mesto, dok se ribozom pomera za tačno 3
nt duž iRNK aktivnošću enzima translokaze uz
hidrolizu GTP U GDP neaktivna tRNK
 ELONGACIJA KOD E. coli

peptidna veza

f Met Ser f Met Ser

UAC AGG UAC AGG

AUG UCC AAG AUG UCC AAG

P A P A
 ELONGACIJA KOD E. coli

f Met Ser
EF-G

AGG
AUG UCC AAG GDP + P

P A GTP
EF-G

f Met Ser

AGG
AUG UCC AAG

P A
 INICIJACIJA
kod eukariota

Met
Met
inicijator tRNKMet

5’
UAC
AUGCUGUUU iRNK + UAC
AUGCUGUUU
3’
P A
mala subjedinica velika subjedinica
ribozoma ribozoma
 ELONGACIJA

peptidna veza

Met Leu Met Leu

UAC GAC
UAC GAC
AUG CUG UUU AUG CUG UUU

P A P A
 ELONGACIJA

pomeranje za jedan kodon

Met Leu Met Leu

UAC GAC
GAC
AUG CUG UUU AUG CUG UUU GAC
P A P A
 ELONGACIJA

Met Leu Phe Met Leu Phe

GAC AAA GAC AAA

AUG CUG UUU GAC AUG CUG UUU GAC

P A P A
 ELONGACIJA

pomeranje za jedan kodon

Met Leu Phe Met Leu Phe

GAC AAA AAA

AUG CUG UUU GAC AUG CUG UUU GAC

P A P A
 TERMINACIJA
Ala Tyr Asp Phe Leu Met
Gly

Ala Cys Val

Ala Tyr Asp Phe Leu Met

Gly
faktor
Ala Cys Val terminacije

CAA
CAA
GUU UAG

P A
G
GUUUA

GUUU
AUGCU

Kada se na A mestu nađe STOP kodon, za A mesto se vezuje

faktor terminacije, stimulisano je oslobađanje sintetisanog
p.p. lanca od tRNK , oslobađanje iRNK i tRNK od ribozoma,
kao i razdvajanje ribozoma na dve subjedinice.
 DNK

transkripcija

RNK polimeraza
RNK transkript egzon
RNK obrada pre-iRNK
intron
aminoacil-
tRNK-sintetaza
nukleus
AMK
citoplazma
tRNK
aktivacija
m RNK AMK
polipeptid

ribozomske
subjedinice translacija

antikodon

m RNK
 RNK polimeraza transkripcija
DNK

poliribozom

ribozomi

m RNK polipeptid