UNIVERSITETI SHTETEROR I TETOVES

► BIOKIMIA
► Websajt: besad.wordpress.com
► Email: besadalipi@yahoo.com
► Biokimia mund te ndahet-
► Biokimia statistike ose deskriptive
► Biokimia dinamike-metabolizmin
► Gjenetika molekulare-ekspresioni dhe
informata gjenetike
► Biokimia gjithashtu mund te ndahet ne
► Biokimia e bimeve
► Biokimia e shtazeve
► Biokimia e mikroorganizmave
► Biokimi Krahasuese
► Biokimia Klinike
► Biokimia si discipline e pavarur dhe shkence
multidisciplinare eshte e lidhur ngushte me
► Fiziologjine
► Patofiziologjine
► Medicinen interne
► Pedijatri
► Biologjine molekulare
Elementet kimike dhe atomet
Elementet kimike dhe atomet
 BIOELEMENTI
=============
BIOMOLEKULI
Aminoacidet,monosaharidet,bazat azotike,ac.yndyrore,gliceroli
==============
BIOMAKROMOLEKULAT
Proteinat,acidet nukleike,polisaharidet,lipidet
================
MAKROMOLEKULAT KOMPLEKSE
Lipoproteinat,sistemet multienzimatike,kromozomet
================
Organelet qelizore
==============
QELIZA
===============
INDET
===============
ORGANET
================
SISTEMET E ORGANEVE
======================
ORGANIZMI
 Energjia diellore-Fotosinteza-sinteza e materjeve organike
Organizmat autotrof(fototrof)
Organizmat hetotrof
Reaksionet egzoterme-janë ato reaksione të cilët lirojnë energji
në ambientin e jashtëm.
Reaksionet endoterme-janë ato reaksione të cilët e marin energjinë nga ambienti i
jashtëm.
Entallpija-paraqet sasinë e energjisë së një komponimi kimik
Entropija-paraqet shkallën e sistemeve jo stabile(të ndryshueshme)
Gjatë oksidimit të materjeve ushqyese në organizëm
Usqimi+oksigjen_______fitohet uji,dioksidi i karbonit,energjia
ATP-është molekulë energjetike
METABOLIZMI
KATABOLIZMI
ANABOLIZMI
ELEKTOLITËT
UJI-INTRACELULAR,EKSTRACELULAR,INTERSTICIEL
Njeriu i cili peshon rreth 70Kg përmban në vete diku rreth
42 litra ujë.Prej të cilave 28 litra si lëng intracelular
14 litra lëng extracelular dhe3.5 litra gjendet në plazëm.
Ose e shprehur në përqindje65% ujë përmbajnë meshkujt
55% përmbajnë femrat.Mirëpo kjo sasi varet edhe nga mosha.
Përbërja kimike e qelizes
-Materjet joorganik janë:
-Uji, oksigjeni, dioksidi i karbonit,
krypërat e natriumit, kaliumit,
kalciumit, magnezit etj.
-Materje organike janë:
-Proteinat, karbohidratet, lipidet dhe
acidet nukleike.
 PROTEINAT
-Kimisti holandez G. J. Mulder (1802-1880) përdori termin Proteinë
-Barzelius-i – fjala proteno dmth. i pari, më i rëndësishëm
-Escheria coli – përmban 3000 lloje të proteinave
-Njeriu – përmban diku 5 milion proteina të ndryshme
P R O T E I N A T JANË MOLEKULA KUATERNARE (C, H, O N)
Elementet biogjene C% H% O% N%
Shtazët 21 10 62 3
Bimët E gjelbërta 54 7 38 0.03
PROTEINAT KURRË NUK SHËRBEJNË SI BURIM PRIMAR I ENERGJISË
Substancat proteinike përmbajnë në veti
a) 50-55 % -C
b) 21.5 % - 23.5 % - O
c) 6.8 % - 4.3 % - H
d) 15.0 % - 18.7 % - N
Në sasira më të vogla te proteinat gjenden edhe:
S, P, Fe, Ba, Mg, Mn, etj. që marrin pjesë në ndërtimin e grupeve prostetike.
Peptidet molekula e të cilave përmban 2-10 a-acide quhet OLIGOPEPTIDE

Peptidet me 10-100 a-acide quhet POLIPEPTIDE

Aminoacidi i cili e fut në reaksion grupin karboksil, mer prapashtesën –il.psh.

Egzistojnë oligo dhe polipeptidet natyrore që kanë rëndësi fiziologjike p.sh.

-Dipeptidi njohur i izoluar nga muskuli është KARNOZINA, e cila për nga
struktura kimike është alanil-histidina dhe anserina.
 Aminoacidet
Përmbajnë: C, H, O, N si dhe S
Grupet funksionale:
NH2 - grupi amin
COOH - grupi karboksil
Formula e përgjithshme e amino-acideve

Aminoacidet dallohen në mes vedi:

a) forma
b) madhësia
c) polariteti
Dallohen dy forma sterile të aminoacideve:

α, L (+) aminoacidi α, D (-) aminoacidi

Për çdo aminoacid egziston një vlerë e pH së caktuar në të cilin aminoacidet
nuk janë të eletrizuar dhe nuk lëvizin në fushën elektrike. Ajo vlerë e pH në
të cilkën molekulat nuk lëvizin në fushën elektrike dhe nuk kanë ngarkesë
Elektrike quhet PIKA IZOELEKTRIKE.
Aminoacide Pika izoelektrike
Glicina 6,1
Ac. Asparagjnik 3,9
Lizina 9,7
Reaksionet e grupit karboksil të aminoacideve
R-CH-COOH + HO – X → R-CH-COOH + H2O

NH2 alkoli NH2 esteri

amonoacidi
Amonoacidet me NH3 japin amide:
R-CH-COOH + NH3 → R-CH-COOH2 + H2O

NH2
aminoacidet NH2 amidi
5. NOMENKLATRURA (emërtimi) i aminoacidit
α
CH3 – COOH → CH2NH2-COOH
acidi acetik ac. α – aminoacetik (glicina)
α
CH3 - CH2 – COOH → CH3CHNH2-COOH
ac. α – amino-propionik(alanina)
Përdorimi i emrave trivial të aminoacideve:
Acididi asparagenik – asparagus (lloj bime)
Acisteina – cystic (fshikë) sepse është izolim nga guri i fshiv-s unius
Serina – seros (mëndafsh)
Tirszina – tiros (djathë)
Lucina është a-acid i parë që është izoluar – leuks (i bardhe )
Klasifikimi kimik i aminoacidit

1. AMINOACINDET ALIFATIKE
C) Aminoacidet që përmnajnë sulfur

12. Cisteina
13. Cistina
14. Metionina

D) Aminoacidet alifatike bazike

15. Lizina
16. Hidroksilizina
17. Arginina

2) AMINOACIDET AROMATIKE

18. Fenilalina
19. Tirozina
20. Dijodtirozina
21. Dibromtirozina
22. Trioksina
3) AMINOACIDET HETEROCIKLIKE

23. Triptofani
24. Histidina
25. Prolina
26. Hidroksiprolina
 Klasifikimi biologjik i aminoacideve
a) Aminoacidet e pazëvendësueshme (esenciale)

a) Aminoacidet e zëvendësueshme (jo speciale)

Tab. 5 Klasifikimi biologjik i aminoacideve

Aminoacidet esenciale Aminoacidet joesenciale
arginina metionina alanina citrulina
histidina izoleucina cistina tirozina
fenilalanina leucina glicina prolina
treonina triptofani as. asparaginik hidroksiprolina
valina lizina ac. glutamink serina
Peptidet – me hidrolizën e peptideve fitohen amonoacidet.

Sipas numrit të aminoacideve peptidet ndahen:

-Dipeptide – të përbëra prej 2 aminoacideve

-Tripeptide – të përbëra prej 3 a. acideve

-Tetra peptide – të përbëra prej 4 a. acideve

Gulatationi është tripeptid: gulataminil-cisteinil-glicina

-në reaksionet oksido-reduktuese

INSULINA –hormon peptidik

GLUKAGONI –hormon polipeptidik

OKSITOCINA -

VAZO PRESINA-
}
oligopeptide (8 a-acide)

}
Adrenokortikotrop (ACTH)-pëmban 39 a.acide
polipeptide
Melanotropina-(hormoni melanostimulues)-përmban 13-22 a.acide

}
PENICILINA-
antibiotik prej 10 a-acideve
Gramicidina-
Helmi i bletës

Helmi i gjarpërit
} përbëjnë peptide prej 18-26 a acide
 Roli i proteineve në organizëm

Tab. 7 Funksionet biologjike te proteinave

► KlasifikimiI proteinave
► Proteinat e thjeshta
► 1.protaminat
► 2.Histonet
► 3.prolaminat
► 4.glutelinat
► 5.globulinat
► Albuminat
► Proteinat kontraktile
► 8.Skleroprotinat
► a)keratinat
► B)fibroinat
► C)kolagjenet
► D)elastinat
► E)retikulinat
► Proteinat e denatyruara
► 1. acidalbuminat
► 2.alkalalbuminat
► 3.albumozat dhe peptonet
► Proteinat e perbera
► 1.Glikoproteinat
► 2.fosfoproteinat
► 3.nukleoproteinat
► 4.kromoproteidet
► 5.lipopropteinat
 Hidroliza e nukleoproteinave na jep

► Ac.nukleike proteinat e thjeshta

► Nukleotidet histonet
► Acidfosfor. +
► Nukleozid
► Nga nukleozidi fitohet
► Pentoza +baza azotike—purine+primidine
► Riboza nga pentoza
► HIDROLIZA E VARGUT POLIPETIDIK ME CIJANUR
BROMID
DHE TRIPSINË
► CNBr CNBr
► ↓ ↓
► Phe-Trp-Met-Gly-Ala-Lys-Leu-Pro-Met-Asp-Gly-Arg-
Cys-Ala-Gln
► ↑ ↑
► Tripsina
Tripsina
► CNBr: Phe-Trp-Met
► Gly-Ala-Lys-Leu-Pro-Met
► Asp-Gly-Arg-Cys-Ala-Gln
►
► Tripsina: Phe-Trp-Met-Gly-Ala-Lts
► Leu-Pro-Met-Asp-Gly-Arg
► Cys-Ala-Gln
 Denatyrimi dhe rinatyrimi i proteinave
► Numri më i madh i proteinave e kryejnë rolin e tyre biologjik, vetëm në
kufijtë e ngushtë të temperaturës, dhe vlerave të pH. Zbërthimi i
proteinave nga vlerat ekstreme të pH ose temperaturës së lartë, sjell deri te
denatyrimi i tyre, që është e përcjellë me agregacion dhe me zvogëlimin e
tretshmërisë (koagulimi).
► Denatyrimi është prishja e konformacionit të molekulës proteinike
(strukturës sekondare, terciare dhe kuaternare). Struktura primare e
proteinës ngel e paprekur, pasi që lidhjet kovalente në kushte të këtilla nuk
shkëputen. Shumica e proteinave globulare, bien nën ndikimin e denatyrimit
kur i nënshtrohen temperaturës mbi 60 ose 70ºC.
► Denatyrimi është i përcjellë jo vetëm me koagulim, por edhe me humbjen e
aktivitetit biologjik. Humbja e aktivitetit biologjik është rezultat i kalimit nga
konformacioni nativ, në formë rastësisht të palosur (angl. random coil).
► Megjithatë, struktura primare e proteinave nuk është e mjaftueshme, që të
siguroj aktivitetin biologjik të sajë. Por prapëseprapë, ajo në tërësi
kushtëzon aktivitet biologjik, pasi që interaksionet e grupeve anësore të
aminoacideve, me tretësin dhe molekulat tjera varen nga natyra dhe
renditja e aminoacideve në vargun polipeptidik.
► Është treguar që denatyrimi është proces reversibil. Shumica e proteinave
të denatyruar munden në mënyrë spontane të kalojnë në gjendja native në
formë aktive biologjike. Procesi i tillë është rinatyrimi.
TATA - binding protein
 Numri i saktë dhe radhitja e aminoacideve
është e njohur te një numër i vogël i proteinave
si: hemoglobina, mioglobina, insulina etj.

► Sipas përbërjes molekulare proteinat

ndahen në dy grupe:
► Proteinat e thjeshta - si të tilla në qelizë janë
albuminat, globulinat dhe prolaminat.
► Në kuadër të bërthamës ato ndahen në:
proteinat histone dhe proteine johistone.
► Proteinat e përbëra (proteidet) -ku përveç
proteinës së thjeshtë kanë edhe një grup joproteinik -
grupin prostetik.

► Varësisht prej grupit prostetik (jo proteinik)

proteinat ndahen në :
► 1. Glikoproteine - me grupin prostetik të
karbohidrateve
► 2. Lipoproteine - me grupin prosteik të lipideve
► 3. Kromoproteinet - me materie pigmentuese
► 4. Nukleoproteinet -që përmbajnë acidet nukleike
ose nukleotidet.
► Albuminat, përbëjnë 52–56 % të proteinave të
përgjithshme të organizmit, sintetizohen në mëlçi dhe luajnë
rol në mirëmbajtjen e shpërndarjes normale të ujit nëpër
organizëm (shtypjen osmotike koloidale), ato kryejnë
transportin e joneve, pigmenteve, hormoneve, bilirubinës,
enzimave, acideve yndyrore dhe disa barnave. Zvogëlimi i
nivelit të albuminave të plazmës së gjakut, çon në zvogëlim
të shtypjes osmotike të gjakut, si pasojë e kësaj më pak lëng
do të thithet në fundin e kapilarëve venoz, dhe kjo çon në
grumbullimin e lëngjeve nëpër hapësirat trupore, d.m.th. çon
në edemi (ënjtje të trupit).
► Alfa një-globulinat, transportojnë lipide dhe vitaminat e
tretura në to (në yndyra).
► Alfa dy-globulainat
► Beta globulinat transportojnë lipidet, hormonet dhe
vitaminat që treten në yndyra, p.sh. globulina e cila lidhet për
tiroidenë (Thyroid binding globulin), metaloproteinat,
apolipoproteinat dhe proteinat që lidhin steroidet, të gjitha
këto janë globulina transportuese.
► Gama globulinat (imunoglobulinat) prodhohen prej
rruazave të bardha të gjakut, si prej plazmociteve dhe luajnë
rol në mbrojtjen e organizmit.
Në bazë të funksionit biologjik proteinat i
ndajmë në:
► Proteina transportues që bartin molekula tjera si p.sh:
► Hemoglbina:- proteinë që bartë O2 dhe CO2 në eritrocite.
► Albuminat- e serumit në plazmë transportojnë acide yndyrore.
► Mioglobina - transporton dhe rezervon oksigjenin në qelizat e
muskulaturës. Mioglobina është një pigment që përmban hekur
(Fe++) dhe i jep ngjyrën e kuqe muskulaturës. Dëmtimi i
muskulaturës së skeletit ose të zemrës rezulton në çlirimin e
mioglobinës.
► Transferina - transporton hekurin.
► Apolipoproteinat - transportojnë gliceridet.
► Tireoglobulina - e lidhur për proteine, lidh dhe transporton
hormonin e tiroidesë –tiroksinën.
► Beta një lipoproteina - luan rol në funksionin e mëlçisë.
Proteinat grumbulluese

► Feritina- është proteinë që grumbullon

hekurin në mëlçi. Kjo mund të gjendet në mëlçi
dhe shpretkë.
► Kazeina- proteinë e qumështit
► Ovalbuminat- proteinat e të bardhës së vesë
Struktura e exonukleazave tek E. coli
Proteinat strukturale
► Kolagjena- indit lidhorë, është proteinë mjaft
e shpërndarë nëpër shumë pjesë të trupit, që i
jep strukturën qelizës nëpër shumë inde, si atë
të tendinëve, dermës së lëkurës, kartilagut
(kërcit), kockës dhe shumë indeve tjera.
► Elastina- e indit lidhorë, është proteinë që
ndihmon organizmin në zgjatje (tendosje).
► Keratina- e lëkurës është proteinë e fortë e
thonjve, qimeve dhe lëkurës, i jep forcë dhe
mbron lëkurën nga lagështia.
► Fibrina- luan rol në koagulimin e gjakut.
Proteinat kontraktuese (tkurrëse) ose
mobile

► Aktina dhe miozina- e muskulaturës, luajnë

rol në tkurrjen muskulore.

► Tubulina- e mikrotubuleve

► Dineina dhe kinezina- tek ciliet dhe

flagjelatet.
 Proteinat mbrojtëse (imunoglobulinat
apo antitrupat) realizojnë mbrojtjen
imunitare të organizmit.
► Iminoglobulinat- (antitrupat A,G ,M ,E, D) janë proteina të prodhuara prej
plazmociteve (qelizave me prejardhje nga limfocitet B) që ndihmojnë në
pengimin e shpërndarjes së infeksioneve dhe eliminimin e materialit të huaj.

► Antigjenet- janë lëndë të huaja (si toksina ose helmet) apo organizma (si
bakteret ose viruse), të cilët kur hynë në organizëm, stimulojnë prodhimin e
imunoglobulinave (antitrupave) që përgjigjen në mënyrë specifike ndaj
antigjeneve, ato neutralizojnë, shkatërrojnë ose së paku e dobësojnë
antigjenin.
► Interleukinat (citokinët)- janë proteinë-hormone, të tajuara nga
limfocitet dhe qelizat që paraqesin antigjenin, si makrofaget, B-qelizat dhe
qelizat dendritike të Langerhansit të lëkurës, fibroblastet, qelizat endoteliale
(epiteliale) dhe monocitet.

► Autokrinet (citokinët)- që veprojnë në ato qeliza prej të cilave

sekretohen), parakrine quhen ato që veprojnë në qelizat e rrethit.
► Trombina dhe fibrinogjeni- luajnë rol në koagulimin e gjakut.
► Toksina dhe helmet e ndryshme- luajnë rol toksik në qelizë.
► Enzymes catalytic activity A ------> BTransport Proteinsbind &
carry ligand molecules (hemoglobins
( )Storage Proteins
ovalbumin (egg), ferretin (iron), casein (milk)Contractile
Proteinscan contract, change shape (actin
( & myosins) and
make up elements of cytoskeleton & musclesStructural
Proteinsprovide support... collagen fibers of tendons (wounds),
elastin of ligaments, keratin of hair & feathers,
fibroin of silk & spider websDefensive Proteinsprovide
protection: antibodies (IgG), fibrinogen,
thrombin, and snake venoms (digestive
enzymes)Regulatory Proteinsregulate metabolic processes:
includes hormones,
transcription factors & enhancers nomeclature
protein nomenclature is based on solubility * table 1*
Concept Activity - 5.4 - Protein Functions
 Disa oligopeptide natyrale me më pak se 40 a.acide

insulina
2 polypeptides 1. alpha chain of 30 aa’s
2. beta chain of 21 aa regulates
blood sugars

glukagoni
pancreatic hormone of 29 aa, opposes insulin action

kortikotrop
39 aa anterior pituitary hormone- stimulates
adrenal cortex

oksitocin 9 aa hormone of posterior pituitary that

stimulates uterine contractions

bradikinina 1 aa hormone that inhibits inflammation via

smooth muscle contarction

Faktori clirues 3 aa peptide of hypothalmus that stimulates

tirotrop release of thyrotropin

enkefalinat CNS peptides that bind to brain cell

receptors...
have analgesic reaction of pain
deadening
Arthrobacter globiformis I42 Glucodextranase (1UG9, 1ULV)
► The megalin- and cubilin-mediated uptake of three vitamin
carrier protein complexes: vitamin D binding protein (DBP)-
vitamin D3, transcobalamin (TC)-vitamin B12, and retinol
binding protein (RBP)-retinol in renal proximal tubule.
Following receptor-mediated endocytosis via apical coated pits, the
complexes accumulate in lysosomes for degradation of the proteins,
while the receptors recycle to the apical plasma membrane via dense
apical tubules. As illustrated here and detailed in the text, megalin
mediates the uptake of cubilin and its ligands. Whether the two
receptors are constitutively associated in the plasma membrane and
remain associated during recycling in dense apical tubules is not
known. Whereas TC and RBP apparently bind exclusively to megalin,
DBP binds with similar affinity to both megalin and cubilin. The
intracellular processing of the vitamins may include modifications such
as hydroxylation of 25(OH)D3 to 1,25-(OH)2D3, and metabolism of
B12. The mechanisms for the cellular release of the vitamins remain to
be clarified
► Oligosaccharide and carbohydrate-binding protein arrays. (a)
Oligosaccharide microarrays are used to detect and characterize
carbohydrate-binding proteins. They are constructed by (1) spotting
known oligosaccharides (either synthetic or naturally isolated) onto a
solid surface such as a treated glass slide in a predetermined array.
Whole cells can be bound to the array (2), but it is more common to
first fractionate cells or tissues to isolate (3) putative carbohydrate-
binding proteins. (b) Arrays of known carbohydrate-binding proteins
(either lectins or monoclonal antibodies) are used to detect and
characterize oligosaccharides. They are produced by printing spots of
the proteins onto a suitable surface (1). Again, whole cells (2) can be
bound to the array, but more usually (3) their cell-surface
oligosaccharides will be isolated and used. Both types of array can be
used for a variety of purposes.
► Campbell and Yarema Genome Biology 2005 6:236 doi:10.1186/gb-
2005-6-11-236
► 1.Polimeraza - gjendet- lloi I ARN-
ndijshmeria
► Polimeraza I nukleus-- ARN r -
Resistent
► nukleolus –

► Polimeraza II- nukleus -hn ARN -

shume I ndijshem

► Polimeraza III- nukleus ARN e vogel -

pak senzitiv
Aspergillus niger Isoplullanase (1WMR)
Human and mouse Iba1
Pseudomonas cichorii Tagatose
epimerase
► The TATA binding protein (TBP) is a
transcription factor that binds specifically to a DNA
sequence called the TATA box. This DNA sequence
is found about 25-30 base pairs upstream of the
transcription start site in some eukaryotic gene
promoters.[1] TBP, along with a variety of TBP-
associated factors, make up the TFIID, a general
transcription factor that in turn makes up part of
the RNA polymerase II preinitiation complex.[2