Sinh học phân tử 2

TS. Lê Trà My
Bộ môn sinh học Tế bào
Email: my.letra@gmail.com

1
Nucleosome, Chất nhiễm sắc và
Nhiễm sắc thể

2
Sự tổ chức của vật chất di truyền
trong nhân tế bào nhân thật

3
 Nucleosome được tìm ra như thế nào?

chromatin fiber
from interphase
under electron
microscopy

Added salt

4
 Thí nghiệm tìm ra độ dài của DNA quấn quanh nucleosome
và mối

Micrococcal Nuclease cắt DNA

không liên kết với protein (free DNA)

5
Box 8- 1, Molecular Biology of Gene
Nucleosome

6
 Lõi nucleosome

• Là đơn vị cấu trúc của nhiễm sắc thể

• Là khối trụ với đường kính là 11 nm
• Có đối xứng quanh hai trục
• Được xoắn quanh bởi sợi DNA với
chiều dài là 147 nt
• DNA xoắn phải

Figure 4.23, Molecular Biology of the Cell 7

8
 Đặc điểm chung của protein histone lõi

• Là những protein có tính kiềm cao, tích điện dương, có độ dài từ 102–135
amino acids
• Trình tự khá bảo toàn
• Hơn 1/5 là amino acid lysine và arginine
• Được chia làm hai nhóm H2A, H2B và H3, H4
• Có chung motif cấu trúc, được gọi là xoắn histone fold, được hình thành bới 3
xoắn α helices được nối với nhau thông qua các đoạn nối (linker)

9
Figure 4.24, Molecular Biology of the Cell
 Đặc điểm chung của protein histone

Molecular Biology of the Gene 10

 Tương tác giữa Histone và DNA tương tác không đặc hiệu

142 tương hydro giữa histone lõi và DNA:

• Một nửa số tương tác là tương tác giữa gốc
amino group trên trục khung amino acid và
trục khung đường và phosphate của DNA

• Bên cạch đó các chuỗi bên của amino acid

như lysine và arginine tương tác DNA

Những tương tác còn là tương tác kị nước và

những liên kết muối.

11
 Tương tác giữa histone và DNA

Sheena et. al 2013, Biochim Biophys Acta. 2013 ; 1819(0): 211–221 12

 Histone tương tác với đầu vào và đầu ra của DNA làm
ổn định cấu trúc nucleosome

N – H3

Sheena et. al 2013, Biochim Biophys Acta. 2013 ; 1819(0): 211–221 13

 Để xoắn quanh histone lõi, DNA bị bẻ cong DNA

Figure 4.24, Molecular Biology of the Cell 14

Quá trình hình thành phức hợp giữa histone và DNA

Lõi histone chỉ hình thành khi có mặt của DNA

15
 Nucleosome là cấu trúc động

1. Quá trình tháo DNA không mất năng lượng: Các đầu DNA trên nucleosom
thường xuyên tách khỏi nucleosome khoảng 4 lần/phút
2. Quá trình tháo DNA mất năng lượng:
• xúc tác bởi phức hệ Chromatin remodeling complexes
• Tiêu hao năng lượng ATP

16
 Chromatin remodeling complexes kết hợp với histone
chaperon giúp thay lõi histone bán phần hay toàn phần

Figure 4.27, Molecular Biology of the Cell 17

 Các nucleosome được nối với nhau bởi
linker DNA

Molecular Biology of the Gene

Molecular Biology of the Cell 18
Cấu trúc của chất nhiễm sắc

19
 Histone H1 làm DNA quấn chặt hơn

Protein sequence: NKKPGEVKEK APRKRATAAK PKKPAAKKPA AAAKKPKKAA

AVKKSPKKAKKPAAAATKKAAKSPKKAAKAGRPKKAAKSPAKAKAVKPKAAKP
KATKPKAAKAKKTAAKKK-COOH

Histone H1

Molecular Biology of the Gene

Molecular Biology of the Cell 20
 Histone H1 làm cho nucleosome trên sợi nhiễm
sắc sắp xếp trật tự, có tổ chức
Sự sắp xếp trật tự của nucleosome khi có mặt H1

Không có H1 Có H1

chromatin fiber

30 nm

Molecular Biology of the Gene 21

Sự tổ chức của vật chất di truyền
trong nhân tế bào nhân thật

22
 Hai mô hình xoắn của sợi nhiễm sắc (30 nm)

Molecular Biology of the Gene 23

 Hai mô hình xoắn của sợi nhiễm sắc (30 nm)

Figure 3.2, Funcdamental molecular Biology, 24

 Mô hình vai trò của các đầu chuỗi protein trong
histone đóng vai trò trong việc nén DNA

Figure 4-29, Molecular Biology of the Cell 25

 Chất nhiễm sắc (chromatin)
Chất nhiễm sắc tồn tại dưới 2 dạng:
Nguyên nhiễm sắc (Euchromatin): ít nén và được phiên mã (~ 10
nm)
Dị nhiễm sắc (Heterochromatin): DNA nén chặt và thường là
vùng không phiên mã ( >=30 nm )

26
 Những sửa đổi ở đuôi trong histone protein làm cho các cấu trúc
nucleosome trong sợi nhiễm sắc tương tác với nhau chặt hơn hoặc
lỏng lẻo hơn

Figure 4–34, Molecular Biology of the Cell 27

 Những sửa đổi amino acid ở đuôi của histone protein

Figure 4–33, Molecular Biology of the Cell 28

 Những vùng sửa đổi trên
histone được nhận biết ở các
phức hệ đọc và dẫn đến
những thay đổi trong hoạt
động của gen

Figure 4–38, Molecular Biology of the Cell 29

Figure 4–38, Molecular Biology of the Cell 30
Sự tồn tại các barrier protein
giúp phân vùng nguyên nhiễm
sắc và dị nhiễm sắc

Figure 4–41, Molecular Biology of the Cell 31

Phức hệ đọc có thể kéo dài
vùng dị nhiễm sắc

Figure 4–40, Molecular Biology of the Cell 32

 Các dị nhiễm sắc trong sợi nhiễm sắc có thế di truyền trong quá
trình nhân lên của DNA

Figure 4–44, Molecular Biology of the Cell 33

The cause of position effect variegation in Drosophila

34
 Chromatin Acquires Additional Variety Through the Site-Specific
Insertion of a Small Set of Histone Variants

Figure 4–35, Molecular Biology of the Cell 35

 Sự phân bố của vùng nguyên nhiễm sắc và dị
nhiễm sắc trong nhân tế bào người ở pha phân kì

Heterochromatin

euchromatin

36
 Sợi nhiễm sắc tương tác
với protein khung tạo nên
~ 300 các vòng loop, tạo nên
nm cấu trúc với đường kính
300 nm

Các cấu trúc này tiếp tục

xoắn tạo nên cấu trúc có
đường kính là 700 nm

Figure , Molecular Biology of the Cell

37
 Tóm tắt

Figure 11-5, Genetics: conceptual Approach, third edition 38

Nhiễm sắc thể (chromosome) tại các kì
trong tế bào nhân chuẩn

39
 Những vùng chức năng trên nhiễm sắc thể
của sinh vật nhân chuẩn

1.Tâm tái bản (replication origin): Đó là vùng mà DNA polymerases

and và các protein khác bắt đầu quá trình nhân bản
2.Tâm động (centromere): Là vùng mà ở đó hai nhiễm sắc thể chị
em đính vào nhau (sister-chromatids), và chúng phải được tách ra vào
cuối kì phân chia .
3.Đầu mút (Telomere): nằm ở hai đầu tận cùng của nhiễm sắc thể, có
chức năng ngăn cản việc ngắn lại của nhiễm sắc thể.

40
 Tâm tái bản (Replication origin)
• Tâm tái bản là những vị trí đặc biệt trên DNA của nhiễm sắc thể nơi quá trình
tái bản có thể bắt đầu
• Các protein tham gia vào quá trình tái bản (Protein O) liên kết đặc hiệu với tâm
tái bản
• Nằm cạnh vùng giàu nucleotide A+T
• Tương tác giữa tâm tái bản và protein đặc hiệu (Protein O) sẽ làm phân hủy
cục bộ và tháo xoắc vùng A+T lân cận

41
Nat Rev Mol Cell Biol. 2010 Oct;11(10):728-38.
 Đặc điểm tâm tái bản ở sinh vật nhân chuẩn

42
Nat Rev Mol Cell Biol. 2010 Oct;11(10):728-38.
Các loại tâm tái bản

43
 Tâm động
- Là vị trí đính của hai nhiễm sắc tử trong quá trình phân bào.
- Là vùng bắt màu đậm khi được nhuộm .
- Chứa các đoạn ADN lặp lại, không mã hóa cho protein.
- Là nơi bám của các protein tâm động, nhờ đó các thoi vô sắc có thể bám vào các protein
này trong quá trình phân bào.

44
Figure 4–43, Molecular Biology of the cell
 Sự khác biệt tâm
động giữa các loài

45
Geneviève et. al. Nature Reviews Genetics volume18, pages192–208 (2017)
 Mô hình của một cấu trúc tâm động đơn giản ở
Saccharomyces cerevisiae

Figure 4–42, Molecular Biology of the Cell 46

 Ba mô hình tương tác giữa hệ thống phân chia nhiễm sắc
thể với tâm động

Nat Rev Mol Cell Biol. 2011 May ; 12(5): 320–332 47

 48
DOI: 10.1038/s41467-018-06545-y
 Đầu mút (Telomere)
• Nằm ở hai đầu tận cùng của nhiễm sắc thể.
• Có vai trò ngăn không cho hai nhiễm sắc thể dính vào nhau
• Giúp cho quá trình nhân đôi của đầu tận cùng của nhiễm sắc thể không
bị ngắn dần đi của nhiễm sắc thể qua mỗi kỳ phân bào
• Bảo về sợi DNA khỏi bị phân hủy bởi các DNase
• Hầu hết các đầu mút được cấu tạo bởi những trình tự lặp lại gồm G-rich
tandem repeats: TTAGG (insects); TTAGGG (vertebrates); TTTAGGG
(plants),

49
 Đầu mút của nhiễm sắc thể ở người

Doi: 10.1016/j.sbi.2014.02.003 50
 Đầu mút của nhiễm sắc thể được bảo vệ

• Sequence and proteins conserved across taxa, mammals to plants

https://doi.org/10.1038/s41576-019-0099-1 51
Tái bản ở đầu mút giúp duy trì độ dài của nhiễm sắc thể ở
protozoan Tetrahymena

Tái bản tại đầu mút 52

Figure 8-33, 34, Molecular Cell Biology
 Đầu mút của tế bào và quá trình lão hóa

• Trong nhiều tế bào, các đầu mút bị ngắn dần đi,

quá trình này gọi là quá trình lão hóa

• Mỗi tế bào bình thường của người có thể phân

chia 52 trước khi chúng mất khả năng phân chia
(Giới hạn Hayflick)

53
 Nhiễm sắc thể dưới kính hiển vi

Figure 8-17, Molecular Biology of the Gene 54

 Cấu trúc điển hình của mhiễm sắc thể tại
trung kì (metaphase) trong tế bào nhân chuẩn

55
 Một vài đặc điểm của nhiễm sắc thể ở kì trung gian

Figure 4–49, Molecular Biology of the Cell 56

Nhiễm sắc thể chổi rửa
trong trứng lưỡng cư

57
Nhiễm sắc thể khổng lồ (polyloid) trong tế bào polytene ở ruồi giấm cho
phép quan sát sợi nhiễm sắc ở kì trung gian

58
Các vùng phồng lên của nhiễm sắc thể

59
Các vùng nhiễm sắc đậm mầu và những vùng trung
gian quan sát được trên nhiễm thể khổng lồ ở ruồi
Dấm

Nơi tổng hợp RNA

60
 Mỗi nhiễm sắc thể chiếm một
vùng xác trong nhân tại kì trung
gian

Figure 4–53, Molecular Biology of the Cell

61
Nhiễm sắc thể có thể di chuyển đến các vị trí đặc biệt
trong nhâm làm thay đổi sự biểu hiện của gene

62
Việc phân vùng trong nhân mà không nhờ đến lớp
màng (khoang phụ - subcompartment)

63
 Bộ nhiễm sắc thể

• Mỗi loài có một bộ nhiễm

sắc tại trung kì phân chia
đặc trưng bới số lượng,
kích thước, hình dạng

• Mỗi nhiễm sắc đặc trưng

bởi hình dạng, chiều dài,
vị trí tâm động và band
pattern trên nhiễm sắc
thể
• Có hai loại nhiễm sắc thể:
Nhiễm sắc thể thường và
nhiễm sắc thể giới tính
64
 Bộ nhiễm sắc thể của người được nhuộm bằng huỳnh quang

spectral karyotyping

Figure 4-10, Molecular Cell Biology 65

Giải nhuộm của nhiễm sắc thể gần
như không thay đổi qua quá trình
tiến hóa

66
Việc chuyển vị của nhiễm sắc thể có thể phân tích
được sựa trên tô mầu nhiễm sắc thể

67
 Cấu trúc hệ gen ở sinh vật nhân sơ

• Tìm thấy ở vùng nhân (nucleoid)

• Tồn tại ở dạng vòng, không có
đầu tự do
• Kích hệ gen lớn so với tế bào,
tạo thành các loop xoắn làm
giảm chiều dài của hệ gen (DNA
phải được nén chặt khoảng
1000 lần nhờ có sự tạo thành
các cấu trúc vòng)

68
Cấu hình của nhiễm sắc thể vi khuẩn

Negatively supercoiling

69
 Cấu hình của nhiễm sắc thể vi khuẩn

Nature Reviews Genetics volume14, pages191–203 (2013)

70
Nature Reviews Microbiology volume8, pages185–195 (2010)
 DNA-bending protein
a DNA-wrapping protein

Histone-like nucleoid-structuring protein (H-NS)

Nature Reviews Microbiology (8), pages185–195 (2010) 71