TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

KHOA SINH HỌC – CÔNG NGHỆ SINH HỌC

MÔN: PROTEIN – CẤU TRÚC, CHỨC NĂNG

& CÔNG NGHỆ

PROTEIN DOMAIN-PROTEIN MOTIFS

& CẤU TRÚC BẬC 4

CBGD: TS. NGUYỄN TRÍ NHÂN

HV: Nguyễn Phương Anh – 19C67025
Hứa Thị Hiền – 19C67030
Khóa: K29

1
 PROTEIN DOMAIN
Fibrous vs Globular proteins
Fibrous protein Globular protein
- Các chuỗi polypeptide kéo dài theo - Các chuỗi polypetide gấp cuộn nhỏ gọn
một hướng

Keratin Collagen Myoglobin Lac repressor binding DNA

2
 Globular proteins
- Protein có kích thước phân tử từ hàng ngàn tới cả triệu Dalton
- Protein kích thước <20KDa: chỉ có 1 khối cầu
- Protein kích thước >20KDa: nhiều hơn 2 khối cầu

Pyruvate kinase, (PDB: 1PKN​). 57.98KDa Protein c-MYB, DNA binding protein (

PDB: 1MBH). 6.3 KDa 3
 Domain
- Domain là một khu vực cấu trúc nhỏ gọn, thường được tạo thành tự một
đoạn liên tục của chuỗi polypeptide và có khả năng gấp cuộn đủ ổn
định để tồn tại độc lập
- Kích thước trung bình của domain khoảng từ 51 – 150 acid amin

Lac repressor binding DNA có 2 Domains: 1-60: Domain 1: binding DNA; 61 – 357: Domain
4
2
 Ví dụ: Domain có trình tự trên chuỗi polypeptide không liên tục

Domain insertion in E. coli enzyme RNA 3′- Sơ đồ biểu diễn các loại chèn Domain
terminal phosphate cyclase (PDB 1qmhA)
5
- Domain có lõi kỵ nước cần thiết cho sự ổn định của Domain

=> Giảm thiểu số lượng tương tác bất lợi (Ví dụ: tương tác của nhóm
kỵ nước và nước…)
=> Tối đa hóa số lượng tương tác Van der Waals giữa các nhóm kị
nước
Ví dụ: Cấu trúc Myoglobin https://www.rcsb.org/3d-view/1MNK
6
Multidomain có thể được tiến hóa nhờ sự hợp nhất của các gen đã từng
mã hóa cho các protein riêng biệt

Structures of thioesterase and thioester dehydrase

(a) Structure of E. coli thioesterase, a protein composed of two nearly identical domains
(dark and light orange) fused together. (PDB 1c8u) Each domain resembles the subunit
of thioester dehydrase (PDB 1mkb)
(b) a protein composed of two identical subunits.

7
 PROTEIN MOTIFS
Protein motifs có thể được xác định bởi motif trình tự hoặc motif cấu trúc
Motif trình tự: Trình axit amin đặc trưng cho chức năng sinh hóa đặc biệt

Zinc finger motif

• Liên kết giữa 2 histidines và
2 cysteines với 1 ion kẽm.
• Có sự lặp lại ở nhiều protein
khác nhau.

8
 Zinc finger motif CXX(XX)CXXXXXXXXXXXXHXXXH

Structure of the zinc finger of Klf4 bound to Zif268, a fragmentderived from a

its target DNA mouse gene regulatory protein

9
Identifying motifs from sequence is not straightforward

The catalytic triad of aspartic acid,

histidine and serine
(a) subtilisin, một protease serine của
vi khuẩn
(b) chymotrypsin, một protease serine
của động vật có vú

 Convergent evolution 10
 Domain Motif

Domain và motif phải bảo tồn

Có khả năng tự gấp cuộn Không có khả năng

Hoàn toàn có chức năng cụ Có những motif có, những

thể motif không

Domain có thể có nhiều

motif

11
 Common motifs:
• up-and-down structural motif
• four-helix bundle

Myohemerthin Neuraminidase beta-propeller domain

- four antiparallel strands

- oxygen-storage protein in marine worms
- found in the enzyme neuraminidase
- a bundle of four antiparallel alpha helices
from the influenza virus

12
 CẤU TRÚC BẬC BỐN
Protein được tạo thành từ nhiều hơn một chuỗi polypeptide

Difinitions:
monomer: a single subunit: in a protein,
this is a folded polypeptide chain.
oligomer: an assembly of more than one
subunit: in a protein, the subunits are
individual folded polypeptide chains.

Homo - : Các Oligomer tạo thành từ một

loại monomer
Hetero - : Các Oligomer được tạo thành
từ các monomer khác nhau

13
Một số ví dụ về cách sắp xếp bậc 4 của protein:

Hemoglobin: Hetero-Tetramer: được tạo ra Acetylcholine: Heteropentamer được tạo thành

từ 2 homo-dimer (2 gen khác nhau) từ 5 chuỗi polypeptide (4 gen khác nhau)

14
Một số ví dụ về cách sắp xếp bậc 4 của protein:

15
Một số ví dụ về cách sắp xếp bậc 4 của protein:

16
Protein gắn với các đại phân tử khác

Protein binding DNA Enzyme – Cơ chất

17
Để ổn định các phức hợp, độ bền của các liên kết phải lớn => tối đa hóa
các bề mặt tiếp xúc
=> Tăng số lượng các liên kết

Trình tự Heptad
Tương tác Coiled-coil xoắn alpha của Theo mô hình HPPHCPC (H: kỵ nước; P: phân
protein Tropomyosin cực; C: tích điện)

18
 Tất cả sự tương tác đặc hiệu nội phân tử phụ thuộc vào tính bổ sung giữa
các bề mặt tương tác

Interleukin-4 receptor

Hình dạng “Open book” của interleukin-4

(bên trái) và receptor (bên phải).
Đỏ: tích điện âm, xanh đậm: tích điện
dương; xanh nhạt: histidine; lục lam:
glutamine và asparagine; màu tím: tyrosine;
vàng: serine/threonine; xanh lá cây: kỵ nước
Tính bổ sung bề mặt tương tác
của interleukin-4 và receptor
19
Tất cả sự tương tác đặc hiệu nội phân tử phụ thuộc vào tính bổ sung giữa
các bề mặt tương tác

Tính bổ sung giữa các bề mặt ở họ Leucine zipper

20
 TÀI LIỆU THAM KHẢO

[1] Gregory A Petsko, Dagmar Ringe (2004), Protein structure

and function, Primers in Biology, 1-14 (30-31), 1-16 (34-36), 1-
19 (40-41)
[2] R. Aroul-Selvam et al (2009), Domain Insertions in Protein
Structures, Europe PMC Author Manuscripts, 338 (4): 633 – 641
[3] Gottfied J Palm et al (2000), Crystal structure of RNA 3′-
terminal phosphate cyclase, a ubiquitous enzyme with unusual
topology, Cell, 8 (1), 13-23

21