Chất tăng cường bộ gen trong phát triển tim và bệnh

Chukwuemeka G. Anene-Nzelu1,2,3,4 ✉, Mick C. J. Lee 1,2,3, Wilson L. W. Tan1,2,3,

Albert Dashi1,2,3 and Roger S. Y. Foo 1,2,3 ✉

bản tóm tắt, Dự án Bộ gen người đã đánh dấu một cột mốc quan trọng trong
cộng đồng khoa học khi nó làm sáng tỏ 3 tỷ cơ sở là trung tâm của các khía
cạnh quan trọng của cuộc sống con người. Mặc dù thành tựu này, nó chỉ làm xước bề
mặt của việc hiểu mỗi nucleotide quan trọng như thế nào cả riêng lẻ và như một phần của một đơn
vị lớn hơn. Ngoài bộ gen mã hóa chỉ bao gồm 2 trong số toàn bộ bộ gen, các nhà khoa học đã nhận
ra rằng phần lớn bộ gen không được biết đến để mã hóa cho bất kỳ protein nào là rất quan trọng để

điều chỉnh các gen mã hóa. Phần lớn của bộ gen bao gồm bộ gen không mã hóa. Lịch sử của sự điều
hòa gen qua trung gian của các protein liên kết với bộ gen điều hòa không mã hóa bắt nguồn từ

nhiều thập kỷ đến những năm 1960. Tuy nhiên, định nghĩa ban đầu về chất tăng cường được sử
dụng lần đầu tiên vào đầu những năm 1980. Trong bài Đánh giá này, chúng tôi tóm tắt các nghiên
cứu điểm chuẩn đã lập bản đồ về vai trò của các chất tăng cường tim đối với bệnh tật và sự phát

triển. Chúng tôi làm nổi bật các trường hợp trong đó các biến thể di truyền bản địa hóa tăng cường
Yếu tố phiêngiải
mãthích
các protein
mối liênliên kết với
hệ còn thiếu với cơ chế bệnh sinh tim. Cuối cùng, chúng tôi truyền cảm hứng cho
DNA thườngđộc bằng
giảcách
xem nhận biết
xét giai các tiếp theo của việc khám phá liệu pháp gen dựa trên chất tăng cường cho
đoạn
bệnh tim mạch.
chuỗi DNA ngắn (mô típ) thường là 6-
10bp. Các yếu tố phiên mã mở đầu bổ
sung các protein liên kết DNA khác (chất

đồng hoạt hóa hoặc chất đồng tác

động) và góp phần điều hòa quá trình
phiên mã RNA.

Viện nghiên cứu tim mạch Hệ thống Y tế

Đại học Quốc gia Singapore Singapore

Chương trình Nghiên cứu Dịch chuyển

Tim mạch Đại học Quốc gia Singapore
Singapore Singapore

Viện gen của Cơ quan Nghiên cứu và

Công nghệ Khoa học Singapore
Singapore Singapore

Viện tim Montreal Montreal QC Canada

e-mail: mdccgoa@ nus.edu.sg;

roger.foo@ nus.edu.sg
https://doi.org/10.1038/ s41569-021-
00597-2
Mọi tế bào trong sinh vật đa bào đều chứa thông tin di truyền (DNA) giống nhau nhưng các loại tế bào chuyên
biệt khác nhau tạo ra các mô và cơ quan khác nhau với các chức năng riêng biệt. Sự chuyên hóa tế bào được củng
cố bởi các chương trình biểu hiện gen duy nhất, chủ yếu đạt được nhờ hoạt động xác định của các yếu tố điều
hòa bộ gen khác nhau chi phối sự biểu hiện không gian của các gen khác nhau trong các bối cảnh tế bào khác
nhau. Do đó, phiên mã gen ở sinh vật nhân thực là một quá trình phức tạp phụ thuộc vào các yếu tố điều hòa
trên toàn bộ bộ gen, lần lượt các yếu tố này sẽ kích hoạt hoặc kìm hãm các gen mục tiêu cụ thể để biểu hiện các
chương trình gen chuyên biệt. Chất nâng cao là một nhóm các yếu tố điều chỉnh hệ gen. Các chất tăng cường này
có thể được định nghĩa là các vùng ngắn của DNA trong bối cảnh tế bào và sinh vật gen nội sinh của chúng liên
kết với các protein làm tăng khả năng phiên mã của một hoặc nhiều gen nằm ở xa thông qua cơ chế điều hòa cis
(refs3-5). Do đó, các chất tăng cường là một phần của bộ gen không mã hóa cung cấp thêm một lớp kiểm soát điều
hòa gen (Hình 1a). Xem Hộp 1 để biết các ví dụ khác về các yếu tố điều hòa hệ gen. Hơn 2 triệu chất tăng cường
đã được xác định trong bộ gen của con người, phần lớn trong số đó có hoạt động cụ thể ở mô và là các yếu tố
điều chỉnh thường xuyên tạo ra các biến thể di truyền liên quan đến bệnh. Các chất tăng cường hoạt động bằng
cách tuyển chọn các thành phần cụ thể theo loại tế bào và điều kiện của bộ máy phiên mã,

chẳng hạn như các yếu tố phiên mã tới trình khởi động của gen mục tiêu (hoặc các gen), do đó thúc đẩy sự bùng
nổ phiên mã và kéo dài các gen mục tiêu. Các trạng thái của chất tăng cường khác nhau trong các loại tế bào
chuyên biệt và bối cảnh khác nhau và chức năng của chất tăng cường in-vivo phụ thuộc vào trạng thái nhiễm sắc
của chúng, các yếu tố phiên mã đặc hiệu kiểu tế bào cấu trúc nhiễm sắc 3D và các bối cảnh khác như sự hiện diện
của các biến thể di truyền và kích thích bên ngoài. Các chất tăng cường hoạt động độc lập với định hướng của
chúng và có thể nằm gần hoặc ở khoảng cách rất xa so với gen mục tiêu của chúng. Không nghi ngờ gì nữa, các
chất tăng cường vượt trội hơn đáng kể trong danh sách các gen mã hóa protein trong bộ gen của động vật có vú
và nhiều nghiên cứu đã chứng minh rằng mỗi gen có thể được điều chỉnh bởi nhiều chất tăng cường. Trong bài
Đánh giá này, chúng tôi tóm tắt các nghiên cứu đã làm sáng tỏ cách các chất tăng cường bộ gen ảnh hưởng đến
bệnh tim và sự phát triển. Các biến thể di truyền của con người được bản địa hóa thành các chất tăng cường tim
có thể tiết lộ những hiểu biết sâu sắc về y học chính xác trong bệnh tim. Hơn nữa, liệu pháp gen hướng vào chất

tăng cường có thể là một phương pháp điều trị mới cho bệnh tim mạch.

Đặc điểm bộ gen của các yếu tố tăng cường

Các thuộc tính quan trọng của chất tăng cường bao gồm

Tỷ lệ chiếm dụng thể nhân thấp được xác định bởi sự quá mẫn với DNase cho phép tiếp cận với sự liên kết của
các yếu tố phiên mã và các chất đồng hoạt hóa phiên mã
- Sự phong phú của các biến thể histone H3.3 và H2A.Z có liên quan đến sự không ổn định của
nucleosome

- Liên kết các yếu tố phiên mã và chất đồng hoạt hóa như p300CBP và phức hợp chất trung
gian2. Các phức hợp chất trung gian này giúp truyền tín hiệu từ các yếu tố phiên mã và các chất
đồng hoạt hóa liên kết với các chất tăng cường cho bộ máy phiên mã RNA polymerase. Các yếu tố
tăng cường thường chứa các mô típ trình tự ngắn được nhận biết bởi các yếu tố phiên mã8. Các yếu
tố phiên mã này thường đáp ứng tín hiệu và được biểu hiện theo cách thức đặc trưng cho từng loại
tế bào. Do đó, các yếu tố phiên mã có vai trò xác định chất tăng cường nào được kích hoạt trong các
bối cảnh khác nhau8. Hơn nữa, nhiều protein đồng hoạt hóa được tuyển dụng để tăng cường có
hoạt tính histone acetyltransferase.

- Sự hiện diện của các sửa đổi histone cụ thể như H3K4me1 H3K4me2 và H3K27ac27. Các sửa đổi
đuôi histone có chức năng như những dấu hiệu nhận biết chính của các locus chất tăng cường và
trạng thái của chất tăng cường. Trạng thái tăng cường có thể được phân loại thành trạng thái sẵn
sàng mồi không hoạt động hoặc hoạt động 910 (Hình 1b). Ở trạng thái không hoạt động, các chất
tăng cường nằm trong chất nhiễm sắc đóng khiến chúng không thể tiếp cận với DNase và không có
liên kết yếu tố phiên mã hoặc các biến đổi histone đặc trưng của chất tăng cường. Các chất tăng
cường hoạt động được đặc trưng bởi H3K4me1 và H3K27ac đánh dấu sự suy giảm nucleosome và
liên kết yếu tố phiên mã. Các chất tăng cường Poised thiếu dấu H3K27ac nhưng có H3K4me1 và dấu
H3K27me3 kìm hãm và sự suy giảm nucleosome và thường được tìm thấy nhất trong các tế bào gốc
phôi. Chất tăng cường mồi được đặc trưng bởi các vùng không có nucleosome bị ràng buộc bởi các
yếu tố phiên mã và chỉ có dấu hiệu H3K4me1910. Mặc dù hầu hết các nghiên cứu đều tập trung vào
H3K4me1 và H3K27ac để xác định chất tăng cường, các sửa đổi histone khác (chẳng hạn như
H3K4me3 và H3K9ac) cũng có mặt ở các chất tăng cường và có thể biểu thị các trạng thái biểu sinh
khác. Các biến đổi histone này đóng vai trò là nền tảng liên kết cho các đầu đọc nhiễm sắc như các
phức hợp chứa bromodomain tham gia vào các khía cạnh khác nhau của quá trình điều hòa phiên
mã (Hình 1c). Một bài đánh giá chi tiết hơn về các nhà văn và cục tẩy của trình đọc nhiễm sắc đã
được xuất bản trước đây10.

- DNA cytosine-methyl hóa đánh dấu ở chất tăng cường. Mặc dù các nghiên cứu về quá trình methyl
hóa DNA thường tập trung vào vùng khởi động và vùng gen Các mẫu DNA 5-methylcytosine cũng có
thể được sử dụng để xác định các chất tăng cường. Các chất tăng cường có mật độ CpG thấp và
thường được phân loại là các vùng metyl hóa thấp (LMR) 1113. Các chất tăng cường hoạt động được
làm giàu với 5-(hydroxymethyl) cytosine (5hmC) 5-formylcytosine và 5-carboxylcytosine là các sản
phẩm của con đường khử methyl DNA hoạt động được xúc tác bởi các enzyme chuyển vị mười mười
một (TET )12. Mối quan hệ giữa tình trạng methyl hóa và sự liên kết yếu tố phiên mã ở các chất tăng
cường chưa được hiểu rõ. Một cơ chế được đề xuất là việc tuyển dụng yếu tố phiên mã phục vụ để
duy trì mức độ methyl hóa cytosine thấp ở các chất tăng cường.

- Phiên mã ARN tăng cường (eRNA). Các chất tăng cường ở xa cũng có thể ảnh hưởng đến sự điều
hòa gen thông qua phiên mã của chính chúng tạo ra eRNAs25. Trong một số trường hợp, hoạt động
phiên mã locus tăng cường là yếu tố quan trọng để giữ cho locus tăng cường mở25. eRNA không mã
cho peptit nhưng có thể thay vào đó ổn định các tương tác của boosterpromoter (EP) giữa các chức
năng được đề xuất khác316. 
- Tương tác tầm xa với các chất xúc tiến ở xa235. Các chất nâng cao thường nằm ở xa các gen mục
tiêu của chúng và trong một số trường hợp có thể bỏ qua các gen liền kề gen tương tác với gen khởi
động mục tiêu của chúng. Do đó, các chất tăng cường lặp lại từ xa tới các chất xúc tiến thông qua
tương tác với proteinprotein đưa các locus gen ở xa vào gần nhau trong không gian, do đó tạo ra các
tương tác EP. Do đó chất tăng cường

Trang 2
Các điểm chính

Các công nghệ cấu hình chất nhiễm sắc trên toàn bộ gen đã tạo điều kiện thuận lợi cho việc lập bản đồ các vùng điều hòa trong hệ gen tim với độ phân giải cao và
thông lượng cao.

 Những thử nghiệm này đã tiết lộ cách thức hoạt động của chất tăng cường điều hòa hoặc liên kết với những thay đổi phiên mã được quan sát thấy trong quá trình
phát triển và bệnh của tim.

 Các chất tăng cường điều hòa các biến thể di truyền có thể liên quan đến cơ chế bệnh sinh của bệnh và có thể giúp xác định sự phát triển của bệnh theo con đường. 

Các chất tăng cường nhắm mục tiêu có thể mở ra con đường mới cho liệu pháp tim mạch

Nucleosome Hình 1 tổng quan về các chất tăng cường bộ gen và cấu trúc nhiễm sắc 3d.
Đơn vị cấu trúc cơ bản a/ Tim bao gồm các loại tế bào khác nhau bao gồm tế bào cơ tim tế bào nội mô tế bào cơ trơn
của quá trình đóng gói nguyên bào sợi cơ tim đại thực bào và tế bào thần kinh. Tổ chức 3D của chất nhiễm sắc (bảng
DNA ở sinh vật nhân trên) được nén chặt thành chất nhiễm sắc đóng (dị nhiễm sắc) và chất nhiễm sắc mở
chuẩn bao gồm một (euchromatin). Chất nhiễm sắc đóng thường nằm ở ngoại vi nhân. Chất nhiễm sắc được tổ
đoạn DNA được bao chức thành các miền liên kết theo cấu trúc liên kết (bảng điều khiển phía dưới của TAD). TAD
bọc xung quanh lõi là các vùng gen mà trình tự DNA trong TAD tiếp xúc vật lý với các trình tự DNA khác trong
của các protein cùng một TAD nhưng không với trình tự bên ngoài TAD. Các TAD được cách ly bởi các ranh
histone. giới được làm giàu để liên kết với các protein cấu trúc nhiễm sắc tố như chất ức chế phiên mã
CTCF và phức hợp gắn kết. Tương tác với Enhancerpromoter được tìm thấy trong mỗi TAD.
 Histone
acetyltransferase b/ Các trạng thái của trình tăng cường. Chất tăng cường mồi được đánh dấu bằng
monomethyl hóa ở histone 3 lysine 4 (H3K4me1) sửa đổi histone sự suy giảm nucleosome và
Một họ các enzym
liên kết với yếu tố phiên mã (TF). Các chất tăng cường hoạt động có H3K4me1 và sự acetyl
chuyển các nhóm
hóa ở histone 3 lysine 27 (H3K27ac) đánh dấu sự liên kết TF và sự suy giảm nucleosome. Các
acetyl đến các gốc
chất tăng cường được làm sẵn có các dấu hiệu H3K4me1 và H3K27me3 bị kìm hãm. c Chất tái
lysine của protein
tạo nhiễm sắc thể. Các chất văn như histone acetyltransferase (HATs) và histone
histone. Các biến đổi
methyltransferase (HMTs) lần lượt thêm các nhóm acetyl và methyl vào đuôi histone. Tẩy xóa
histone Các biến đổi
loại bỏ các nhóm metyl hoặc acetyl khỏi đuôi histone và được gọi là histone demethylases
cộng hóa trị sau dịch
(HDMs) và histone deacetylases (HDACs). Người đọc nhận ra các sửa đổi đuôi của lịch sử và
mã của protein
hỗ trợ việc tuyển dụng các đồng yếu tố khác cho trình tăng cường và quảng cáo.
histone bao gồm
methyl hóa acetyl hóa
histone và phosphoryl
hóa. H3K27ac và
H3K4me1 là các sửa
đổi histone thường
được kết hợp nhất với
các chất tăng cường.

 RNA tăng cường

(eRNA). Một phân tử
ARN không mã hóa
được phiên mã từ
trình tự ADN của các
locus tăng cường.