ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

BỘ MÔN VI SINH KÝ SINH

TIỂU NHÓM SỐ 32
TRẦN QUỲNH GIAO
ĐỖ THỊ NGÂN HÀ
NGUYỄN NGỌC KHÁNH HÀ
NGUYỄN HÙNG HÀ

VAI TRÒ CỦA AMINACYL-TARN-SYNTHETASE TRONG

DỊCH MÃ VÀ ỨNG DỤNG AMINACYL-TARN-
SYNTHETASE NHƯ ĐÍCH TÁC ĐỘNG TRONG NGHIÊN
CỨU VÀ PHÁT TRIỂN CÁC LOẠI THUỐC KHÁNG VI
SINH VẬT MỚI

CHUYÊN ĐỀ HỌC PHẦN SINH

Hồ Chí Minh - 2021

MỤC LỤC

DANH MỤC VIẾT TẮT:.............................................................................................III

DANH MỤC HÌNH ẢNH:...........................................................................................IV

1. AMINOACYL – TARN SYNTHETASE VÀ VAI TRÒ TRONG DỊCH MÃ........1

1.1. Aminoacyl – tARN synthetase là gì?...........................................................................................................1

1.2. Vai trò của Aminoacyl – tARN synthetase trong dịch mã.....................................................................1

2. CƠ CHẾ CỦA QUÁ TRÌNH AMINOACYL HÓA...............................................2

3. TẦM QUAN TRỌNG VÀ THỰC TRẠNG CỦA CÁC THUỐC KHÁNG VI

SINH VẬT HIỆN NAY.................................................................................................3

3.1. Tầm quan trọng của thuốc kháng sinh......................................................................................................3

3.2. Vấn đề kháng thuốc kháng sinh...................................................................................................................4

3.2.1. Thực trạng kháng thuốc kháng sinh........................................................................................................... 4
3.2.2. Nguyên nhân của kháng thuốc kháng sinh..............................................................................................4
3.2.2.1. Lạm dụng......................................................................................................................................................... 4
3.2.2.2. Kê đơn không phù hợp............................................................................................................................... 4
3.2.2.3. Sử dụng rộng rãi trong nông nghiệp..................................................................................................... 5
3.2.2.4. Giá trị kinh tế của thuốc kháng sinh..................................................................................................... 5
3.2.2.5. Rào cản quy định........................................................................................................................................... 5

3.3. Hậu quả của kháng thuốc kháng sinh........................................................................................................5

4. MỘT SỐ ĐÍCH TÁC ĐỘNG CỦA THUỐC KHÁNG VI SINH VẬT VÀ TIỀM
NĂNG CỦA AMINOACYL – TARN SYNTHETASE NHƯ LÀ ĐÍCH TÁC ĐỘNG
ĐÓNG VAI TRÒ QUAN TRỌNG................................................................................6

4.1. Một số đích tác động của thuốc kháng vi sinh vật...................................................................................6

4.2. Tại sao Aminoacyl tARN lại có vai trò quan trọng trong sản xuất thuốc kháng sinh?..................6

4.3. Cơ chế của việc ứng dụng aminoacyl – tARN synthetase như là đích tác động của kháng sinh..7
4.3.1. Đích tác động ở vị trí liên kết hoạt động của enzym............................................................................8
4.3.1.1. Đích tác động là vị trí gắn của Amino Acid trên aaRS..................................................................8
4.3.1.2. Đích tác động là vị trí gắn của ATP trên aaRS.................................................................................8
4.3.1.3. Đích tác động là vị trí gắn của Amino Acid trên aaRS , ngăn cản đầu 3’ tARN gắn vào
vị trí hoạt động.................................................................................................................................................................... 9

i
 4.3.1.4. Đích tác động là vị trí gắn ATP gắn lên aaRS , ngăn cản đầu 3’ tARN gắn vào vị trí
hoạt động 11
4.3.1.5. Đích gắn Amino acid và vị trí phụ trợ trên aaRS..........................................................................11
4.3.1.6. Đích tác động là vị trí gắn của Aminoacyl- Adenylate trên aaRS...........................................12
4.3.2. Đích tác động là vị trí chỉnh sửa trên aaRS........................................................................................... 14
4.3.3. Đích tác động trên tARN hoặc xen vào phức hợp aaRS–tARN....................................................14

5. TỔNG HỢP KẾT LUẬN VÀ MỞ RỘNG VẤN ĐỀ............................................16

TÀI LIỆU THAM KHẢO:..........................................................................................18

ii
Danh mục viết tắt:

aaRS aminoacyl-tRNA synthetase

ADN deoxyribonucleic acid

AMP cyclic adenosine monophosphate

AMPPNP adenylyl-imidodiphosphate

AP auxiliary pocket

ATP adenosine triphosphate

HGT horizontal gene transfer

HTS high-throughput screening

IIeRS isoleucyl-tRNA synthetase

mARN messenger RNA

MDR multidrug-resistant

MetRS methionyl-tRNA synthetase

MRSA methicillin-resistant

PheRS phenylalanyl-tRNA synthetase

ProRS prolyl-tRNA synthetase

tARN transfer RNA

TrpRS tryptophanyl-tRNA synthetase

ValRS valyl-tRNA synthetase

Danh mục hình ảnh:
Hình 1.1. Quá trình aminoacyl hóa và dịch mã trong tế bào....................................2
Hình 2.1. Cơ chế xúc tác của quá trình aminoacyl hóa bởi aminoacyl – tARN
synthetase.................................................................................................................. 3
Hình 4.1. Công thức hóa học của Indolmycin...........................................................8
Hình 4.2. Sự chồng chất cấu trúc bậc ba của B. stearothermophilus TrpRS trong
phức hợp với indolmycin và ATP..............................................................................8
Hình 4.3. Cấu trúc hóa học của cladosporin.............................................................9
Hình 4.4. Cấu trúc của P. falciparum LysS trong phức hợp với cladosporin............9
Hình 4.5. Cấu trúc hóa học của Halofuginone và Halofuginol...............................10
Hình 4.6. Cấu trúc bậc ba của P. falciparum ProRS trong phức hợp với
halofuginone và AMPPNP......................................................................................10
Hình 4.7. Cấu trúc hóa học của ASP 3026 và cấu trúc bậc ba của phức hợp Pf-
LysRS với lysine và chất ức chế ASP 3026 ở ký sinh trùng Plasmodium falciparum
................................................................................................................................ 11
Hình 4.8. Công thức hóa học của REP 8839...........................................................11
Hình 4.9. Công thức hóa học 1320..........................................................................12
Hình 4.10. Sự mở rộng túi Met và hình thành túi AP..............................................12
Hình 4.11. Công thức hóa học của Mupirocin........................................................12
Hình 4.12. So sánh sự liên kết của Mupirocin (nguyên tử C màu đỏ) và isoleucin -
adenylate (nguyên tử C màu xanh) trong liên kết với HeRS....................................13
Hình 4.13. Thuốc thử chống nấm AN2690 nhắm vào vị trí hoạt động chỉnh sửa của
nấm men bằng cách bẫy tARN Leu..........................................................................14
Hình 4.14. Công thức hóa học của Halofuginone...................................................14
Hình 4.15. Công thức hóa học của Neomycin.........................................................15
Hình 4.16. Cấu trúc liên kết giữa tARNPhe với neomycin B...................................15

iv
1. AMINOACYL – tARN SYNTHETASE VÀ VAI TRÒ TRONG DỊCH MÃ
1.1. Aminoacyl – tARN synthetase là gì?
Aminoacyl – tARN synthetase được biết đến là một enzyme rất quan trọng trong
hoạt động sống của tế bào. Đây là loại enzyme giúp tARN gắn đúng với amino acid
phù hợp để tạo phức hợp amino acid – tARN tham gia vào dịch mã. Enzyme này
được nhiều nhà nghiên cứu cho rằng có rất nhiều vai trò quan trọng khác ngoài quá
trình dịch mã[1]. Tuy nhiên, ở chuyên đề này, chúng ta chủ yếu đề cập đến vai trò
của aminoacyl – tARN synthetase trong dịch mã.
1.2. Vai trò của Aminoacyl – tARN synthetase trong dịch mã
Một loại amino acid có thể có tới vài loại tARN để vận chuyển nhưng một
aminoacyl - tARN synthetase chỉ dùng cho duy nhất một loại amino acid. Vì vậy,
mỗi loại enzyme aminoacyl – tARN synthetase sẽ xúc tác cho một phản ứng
aminoacyl hóa. Cho đến nay, người ta đã tìm thấy 36 aminoacyl – tARN synthetase
khác nhau trong tế bào người, các enzyme này xúc tác cho quá trình aminoacyl hóa
ở tất cả các tARN trong cơ thể người[2].
Trong quá trình dịch mã, aminoacyl-tARN-synthetase đóng vai trò như một chìa
khóa. Vai trò chủ đạo của aminoacyl-tARN synthetase trong dịch mã chính là gắn
amino acid thích hợp lên tARN tương ứng để tạo ra phức hợp amino acid – tARN.
Để tạo được phức hợp aminoacyl – tARN phù hợp, các giai đoạn diễn ra trong tế
bào sẽ bao gồm:
- Bước đầu là nhận diện chính xác amino acid cần gắn với tARN, enzym aminoacyl
– tARN synthetase nhận diện được chính xác là nhờ vào sự khác biệt kích thước,
hình dạng, điện tích, nhóm chức hóa học của các amino acid.
- Nhận diện được các tARN tương ứng với amino acid dựa vào base đặc biệt trong
nhánh gắn amino acid và vòng antincodon trên tARN.
- Aminoacyl-tARN synthetase sau đó tham gia xúc tác cho liên kết giữa tARN và
amino acid để tạo nên phức hợp aminoacyl-tARN.
Một vai trò quan trọng khác của aminoacyl-tARN synthetase là thực hiện “đọc sửa
sai” khi thực hiện quá trình aminoacyl hóa. Việc “đọc sửa sai” có tính quyết định
trong độ chính xác của sản phẩm được tạo ra sau quá trình dịch mã. Đây là bước
quan trọng bởi sau giai đoạn aminoacyl hóa, bước “đọc sửa sai” này sẽ không được
thực hiện nữa, sau khi phức hợp aminoacyl – tARN gắn vào ribosom, ribosom chỉ
đảm bảo sự ăn khớp giữa codon trên mARN với anticodon trên tARN chứ không
kiểm tra xem tARN đã gắn đúng với amino acid tương ứng hay không[3].
 Hình 1.1. Quá trình aminoacyl hóa và dịch mã trong tế bào

2. CƠ CHẾ CỦA QUÁ TRÌNH AMINOACYL HÓA

Phản ứng tạo phức hợp aminoacyl – tARN chủ yếu gồm 2 bước:
Đầu tiên là hình thành aminoacyl – adenylate hoạt hóa:
Một amino acid và một adenosine triphosphate (ATP) dưới sự xúc tác của enzyme
aminoacyl – tARN synthetase sẽ kết hợp tạo thành aminoacyl – adenylate hoạt
hóa[4].
ATP + Amino acid Aminoacyl – AMP + PP i 2Pi
Aminoacyl tARN H2O
Synthetase
Trong phản ứng này, pyrophosphate (PPi) tạo ra bị thủy giải tạo ra 2 phân tử
phosphate vô cơ, nhờ vậy, chiều của phản ứng sẽ nghiêng về phía tạo ra aminoacyl
– AMP.
Sau đó là hình thành aminoacyl – tARN:
tARN thích hợp sẽ liên kết với aminoacyl – tARN synthetase thông qua vùng liên
kết đối mã của nó, amino acid được chuyển đến trình tự CCA ở đầu 3’ của tARN
với sự giải phóng AMP.
Aminoacyl – AMP + tARN Aminoacyl – tARN + AMP

Aminoacyl – tARN
Synthetase

2
 Hình 2.1. Cơ chế xúc tác của quá trình aminoacyl hóa bởi aminoacyl – tARN
synthetase
3. TẦM QUAN TRỌNG VÀ THỰC TRẠNG CỦA CÁC THUỐC KHÁNG VI
SINH VẬT HIỆN NAY
3.1. Tầm quan trọng của thuốc kháng sinh
Kỷ nguyên của thuốc kháng sinh bắt đầu với sự phát hiện ra penicillin của Sir
Alexander Fleming vào năm 1928. Từ đó đến nay, thuốc kháng sinh đã thay đổi nền
y học hiện đại và cứu sống hàng triệu người. Thuốc kháng sinh lần đầu tiên được kê
đơn để điều trị các bệnh nhiễm trùng nghiêm trọng vào những năm 1940. Trong đó,
Penicillin đã thành công trong việc kiểm soát nhiễm trùng do vi khuẩn cho những
người lính trong Thế chiến II[5].
Thuốc kháng sinh không chỉ cứu sống bệnh nhân mà còn đóng vai trò quan trọng
trong việc đạt được những tiến bộ lớn trong y học và phẫu thuật. Chúng đã ngăn
ngừa hoặc điều trị thành công các bệnh nhiễm trùng có thể xảy ra ở những bệnh
nhân đang được điều trị bằng hóa trị liệu, những người mắc các bệnh mãn tính như
tiểu đường, viêm khớp dạng thấp,...hoặc những người đã trải qua các cuộc phẫu
thuật phức tạp như cấy ghép nội tạng, thay khớp hay phẫu thuật tim.

3
3.2. Vấn đề kháng thuốc kháng sinh
3.2.1. Thực trạng kháng thuốc kháng sinh
Vào những năm 1950, tình trạng kháng penicillin đã trở thành một vấn đề nghiêm
trọng, dẫn đến nhiều tiến bộ của thập kỷ trước bị đe dọa. Ngay sau đó, các kháng
sinh beta-lactam mới đã được phát hiện, nghiên cứu và phát triển, khôi phục các
thành tựu trước đó của thuốc kháng sinh. Tuy nhiên, trường hợp Staphylococcus
aureus kháng methicillin đầu tiên (MRSA) đã được xác định trong cùng thập kỷ, ở
Vương quốc Anh vào năm 1962 và ở Hoa Kỳ vào năm 1968[5].
Mặc dù từ cuối những năm 1960 đến đầu những năm 1980, ngành công nghiệp
dược phẩm đã đưa ra nhiều loại kháng sinh mới để giải quyết vấn đề cạn kiệt thuốc
kháng sinh nhưng sự kháng thuốc cuối cùng đã được chứng kiến đối với hầu hết các
loại kháng sinh đã được phát triển. Kết quả là, vào năm 2015, nhiều thập kỷ sau khi
những bệnh nhân đầu tiên được điều trị bằng thuốc kháng sinh, nhiễm trùng do vi
khuẩn, lại một lần nữa trở thành mối đe dọa[6].
3.2.2. Nguyên nhân của kháng thuốc kháng sinh
3.2.2.1. Lạm dụng
Việc lạm dụng thuốc kháng sinh rõ ràng đã thúc đẩy sự tiến triển của tình trạng
kháng thuốc. Các nghiên cứu dịch tễ học đã chứng minh mối quan hệ trực tiếp giữa
việc tiêu thụ kháng sinh và sự xuất hiện của các chủng vi khuẩn kháng thuốc. Ở vi
khuẩn, các gen có thể được di truyền từ họ hàng hoặc có thể được thu nhận từ các
gen không tương quan trên các yếu tố di truyền di động như plasmid. Sự di truyền
ngang (HGT - horizontal gene transfer) này có thể cho phép chuyển gen kháng
kháng sinh giữa các loài vi khuẩn khác nhau[7].
Sự kháng thuốc cũng có thể xảy ra một cách tự phát do đột biến. Thuốc kháng sinh
loại bỏ các vi sinh vật nhạy cảm với thuốc, để lại vi khuẩn kháng thuốc do chọn lọc
tự nhiên làm cho sự kháng thuốc diễn ra nhanh chóng hơn. Ở nhiều quốc gia, thuốc
kháng sinh không được kiểm soát và bán tự do không cần kê đơn, chính điều này
dẫn đến việc thuốc kháng sinh dễ tiếp cận, phong phú và rẻ tiền, thúc đẩy việc sử
dụng quá mức.
3.2.2.2. Kê đơn không phù hợp
Thuốc kháng sinh được kê đơn không chính xác cũng góp phần thúc đẩy sự kháng
thuốc. Các nghiên cứu đã chỉ ra rằng việc chỉ định điều trị, lựa chọn tác nhân hoặc
thời gian điều trị kháng sinh là không chính xác trong 30% đến 50% trường hợp[8].
Thuốc kháng sinh được kê đơn không chính xác mang đến nhiều vấn đề trong điều
trị và cũng khiến bệnh nhân phải đối mặt với các biến chứng tiềm ẩn của liệu pháp

4
này. Nồng độ kháng sinh trị liệu ở mức thấp có thể thúc đẩy sự phát triển của kháng
kháng sinh bằng cách hỗ trợ các thay đổi di truyền, chẳng hạn như thay đổi biểu
hiện gen, sự di truyền ngang và đột biến. Những thay đổi trong biểu hiện gen do
kháng sinh gây ra có thể làm tăng độc lực, trong khi tăng đột biến gen thúc đẩy sự
kháng thuốc và lây lan.
3.2.2.3. Sử dụng rộng rãi trong nông nghiệp
Thông qua 3 sự kiện sau mà thuốc kháng sinh sử dụng trong chăn nuôi là một trong
nguyên nhân gây nên sự kháng kháng thuốc sinh khi điều trị cho con người[9]:
- Sử dụng kháng sinh trong động vật sản xuất thực phẩm giết chết hoặc ngăn chặn
vi khuẩn nhạy cảm, cho phép vi khuẩn kháng kháng sinh phát triển mạnh
- Vi khuẩn kháng thuốc được truyền sang người qua nguồn cung cấp thực phẩm.
- Những vi khuẩn này có thể gây nhiễm trùng ở người có thể dẫn đến những hậu
quả bất lợi cho sức khỏe.
3.2.2.4. Giá trị kinh tế của thuốc kháng sinh
Việc phát triển các loại thuốc kháng sinh mới của ngành công nghiệp dược phẩm,
một chiến lược đã có hiệu quả chống lại vi khuẩn kháng thuốc trước đây, về cơ bản
đã bị đình trệ do những trở ngại về kinh tế và quy định, thực tế cho thấy rất nhiều
công ty Dược phẩm lớn đã từ bỏ lĩnh vực kháng sinh[9].
Thêm vào đó, thuốc kháng sinh được sử dụng trong thời gian tương đối ngắn, giá
thành lại tương đối thấp nên việc phát triển thuốc kháng sinh thiếu hấp dẫn về mặt
kinh tế.Thậm chí tính sẵn có, dễ sử dụng và giá thành chung đã làm cho người tiêu
dùng và cả cộng đồng có những đánh giá thấp về giá trị của thuốc kháng sinh[6].
3.2.2.5. Rào cản quy định
Ngay cả đối với những công ty sẵn sàng theo đuổi việc khám phá ra các loại thuốc
kháng sinh mới, việc nhận được sự chấp thuận của cơ quan quản lý thường là một
trở ngại. Từ năm 1983 đến 200, số lượng kháng sinh mới được phê duyệt đã giảm
đáng kể[10]. Những khó khăn trong việc theo đuổi sự chấp thuận theo quy định đã
được ghi nhận bao gồm: tình trạng quan liêu, thiếu sự rõ ràng, sự khác biệt về yêu
cầu thử nghiệm lâm sàng giữa các quốc gia, những thay đổi trong các quy tắc quản
lý và cấp phép, và các kênh liên lạc không hiệu quả.
3.3. Hậu quả của kháng thuốc kháng sinh
Nhiễm trùng - hậu quả to lớn do kháng kháng sinh hoặc đa kháng thuốc (MDR -
multidrug-resistant) là gánh nặng kinh tế và sức khỏe to lớn không chỉ đối với hệ
thống chăm sóc sức khỏe cộng đồng mà còn đối với bệnh nhân và gia đình của họ.

5
Một đánh giá gần đây do chính phủ Vương quốc Anh ước tính rằng số ca tử vong
trên toàn cầu do vấn đề kháng kháng sinh có thể tăng từ khoảng 700.000 ca hàng
năm lên gần 10 triệu ca tử vong vào năm 2050 và dẫn đến tổn thất tích lũy 100
nghìn tỷ USD cho nền kinh tế toàn cầu nếu những bệnh nhiễm trùng này không
được điều trị [6]. Những tác nhân lây nhiễm này đã gây ra những thách thức y tế
đáng kể bao gồm thời gian nằm viện lâu hơn, thất bại trong điều trị, tăng chi phí y
tế, thời gian hồi phục lâu hơn,… Do đó, những bệnh nhiễm trùng như vậy đang rất
cần những biện pháp khắc phục mới hiệu quả.
4. MỘT SỐ ĐÍCH TÁC ĐỘNG CỦA THUỐC KHÁNG VI SINH VẬT VÀ
TIỀM NĂNG CỦA AMINOACYL – tARN SYNTHETASE NHƯ LÀ ĐÍCH
TÁC ĐỘNG ĐÓNG VAI TRÒ QUAN TRỌNG
4.1. Một số đích tác động của thuốc kháng vi sinh vật
Trên lâm sàng hiện nay đã và đang nghiên cứu những đích tác động khác nhau để
điều chế các loại thuốc kháng sinh, phần lớn các đích tác động đó liên quan đến
chức năng hoặc quá trình tăng trưởng của vi khuẩn. Cụ thể về một số cơ chế tác
động của thuốc kháng sinh: Chúng có tác động vào giai đoạn sinh sản trong ngăn
cản hình thành thành tế bào của vi khuẩn ví dụ beta lactam, vancomycin; gắn lên và
làm biến đổi tính thấm hoặc làm thoái hóa có chọn lọc màng tế bào chất; ức chế
sinh tổng hợp protein thông qua gắn lên tiểu đơn vị ngăn cản sự cố định của mARN,
phức hợp tARN- amino acid lên ribosome hay ức chế sự hình thành liên kết peptide
giữa các amino acid; ức chế tổng hợp acid nucleic như acid nalidixic, griseofulvin
(tác động lên quá trình sao chép của ADN), actinomycin (cản trở tổng hợp ARN
phụ thuộc ADN)...[11]
4.2. Tại sao Aminoacyl tARN lại có vai trò quan trọng trong sản xuất thuốc
kháng sinh?
Yêu cầu đối với một thuốc kháng sinh là có độc tính mạnh nhắm vào mục tiêu sinh
lý, sinh hóa thiết yếu của vi khuẩn nhằm kìm hãm hoặc tiêu diệt hoàn toàn vi khuẩn
dựa vào các đích tác động đã nêu. Trong khi đó, các mục tiêu tác động này lại khác
nhau hoặc không tồn tại ở tế bào người nên sẽ không gây tác dụng phụ rõ ràng ảnh
hưởng đến hoạt động sinh lý của bệnh nhân đang điều trị.
Sinh tổng hợp protein là rất thiết yếu trong quá trình tồn tại và phát triển của sinh
vật sống nói chung và của vi khuẩn nói riêng. Vì vậy, nghiên cứu dịch mã nhằm tìm
ra vai trò của các thành phần tham gia, các loại enzyme ảnh hưởng đến các quá
trình. Từ đó có thể chọn lọc điểm tác động hiệu quả nhất để khai thác trong sản xuất
thuốc điều trị.

6
Và, Aminoacyl- tARN synthetase trong những thập kỷ qua là một đối tượng nghiên
cứu tuyệt vời được khám phá và khai thác không những vì vai trò tạo ra chất nền
trong sinh tổng hợp protein như chúng ta đã đề cập mà còn vì những đặc điểm nổi
bật, thuận lợi của nó đáp ứng yêu cầu khác nhau được xác định trong ngành công
nghiệp dược:
- Một Aminoacyl- tARN synthetase không bao giờ gắn 2 loại amino acid lên cùng
một loại tARN. Tính đặc hiệu của nó thể hiện ở: có 20 loại amino acid khác nhau
thì đồng thời cũng có 20 loại Aminoacyl- tARN synthetase tương ứng. Có trường
hợp đặc biệt là ở một số vi khuẩn ví dụ như Helicobacter pylori, do không có
Glutaminyl- tARN synthase tương ứng với tARN Gln nên lúc này quá trình dịch mã
sẽ sử dụng Glutamin bằng cách, aminoacyl hóa tARN Gln bằng Glutamat- tARN
synthase với Glutamat sau đó có một enzym làm nhiệm vụ chuyển Glutamat đã gắn
thành Glutamin. Điều này hoàn toàn đúng so với khẳng định ban đầu chúng ta đưa
ra và đặc tính này sẽ đưa cho chúng ta những lựa chọn về đích tác động một cách
mở rộng và hiệu quả.
- Sự khác biệt giữa enzym tARN tế chất và tế bào nhân sơ là cơ sở tạo ra chất tác
động ức chế chọn lọc, không gây ảnh hưởng đến Aminoacyl- tARN synthetase của
người- mục tiêu quan trọng của sản xuất thuốc kháng sinh.
- Qua thời gian dài nghiên cứu chúng ta đã có được những dữ liệu phong phú về
nhiều cấu trúc Aminoacyl- tARN synthetase của người cũng như vi khuẩn, đó là
tiền đề quan trọng cho thiết kế cấu trúc hợp chất thuốc dựa trên sàng lọc ảo bằng
máy tính. Đồng thời cơ chế, quá trình hoạt động của aaRSs cũng đã được sáng tỏ
nên chúng ta có thể tìm ra được những giai đoạn có thể tác động lên quá trình thực
hiện aminoacyl hóa của nó.
- Các Aminoacyl- tARN synthetase tổng hợp dùng trong nghiên cứu có tính bảo
tồn cao với nhiều loại vi khuẩn gây bệnh khác nhau nên phục vụ cho việc tìm ra các
kháng sinh phổ rộng. Bên cạnh đó aaRSs trong phương pháp nghiên cứu sàn lọc cao
(HTS) có tính chất hòa tan, ổn định và dễ tinh chế thuận lợi cho việc thực hiện các
thí nghiệm.
- Qua nhiều năm thì aaRSs đã được nghiên cứu và tạo ra nhiều loại thuốc có nguồn
gốc tự nhiên và tổng hợp đây là có thể làm nến móng, cơ sở cho việc tiếp tục đào
sâu và tối ưu hóa hóa hơn nữa cho việc phát triển thuốc[12].

7
4.3. Cơ chế của việc ứng dụng aminoacyl – tARN synthetase như là đích tác
động của kháng sinh
4.3.1. Đích tác động ở vị trí liên kết hoạt động của enzym

4.3.1.1. Đích tác động là vị trí gắn của Amino Acid trên aaRS

Một số chất tương tự Amino Acid nhau đã được xác định hoạt động như đối thủ
cạnh tranh của các Amino Acid, cụ thể trong vị trí hoạt động của các aaRS tương
ứng. Một chất ức chế bắt chước Amino Acid có đặc điểm nổi bật là indolmycin,
một chất tương tự tryptophan tự nhiên được tạo ra bởi Streptomyces griseus, thể
hiện hoạt động ức chế chọn lọc tuyệt vời chống lại E. coli TrpRS và Helicobacter
pylori TrpRS. Gần đây, một nghiên cứu động học đã chứng minh rằng B.
stearothermophilus TrpRS (Bs-TrpRS) và TrpRS tế bào người (Hc-TrpRS) cho thấy
ái lực tương đương với tryptophan cơ chất, nhưng Bs-TrpRS thể hiện ái lực với
indolmycin cao hơn 1500 lần so với tryptophan[12].

Hình 4.1. Công thức hóa học của Indolmycin

Hình 4.2. Sự chồng chất cấu trúc bậc ba của B. stearothermophilus TrpRS trong phức
hợp với indolmycin và ATP
Ngoài ra, các chất tương tự Amino Acid khác bao gồm icofungipen (còn được gọi là
PLD-118, nhắm mục tiêu IIeRS), ochratoxin A (một chất tương tự phenylalanin

8
nhắm mục tiêu PheRS) và SB-219383 (một chất tương tự tyrosine nhắm mục tiêu
TyrRS) đã được khai thác làm chất ức chế aaRS tương ứng.
4.3.1.2. Đích tác động là vị trí gắn của ATP trên aaRS
ATP-mimetic cladosporin là chất chuyển hóa thứ cấp được phân lập từ một số chi
nấm như Aspergillus , Cladosporium, và những loài khác. Nó đã được chứng minh
rằng có đặc hiệu hơn 100 lần trong việc nhắm mục tiêu LysRS tế bào P. falciparum
(Pf-LysRS) so với tương đồng của con người. Cấu trúc tinh thể của cả trạng thái
liên kết apo và chất ức chế của Pf-LysRS cho thấy cladosporin chiếm vị trí liên kết
adenosine của enzym, vị trí này cạnh tranh với liên kết của cơ chất ATP. Nhóm
isocoumarin của cladosporin được xếp chồng lên nhau với chuỗi bên của Phe342
bằng tương tác π – π. Các nhóm 6-OH và 8-OH hình thành liên kết H với chuỗi bên
của Glu332 và khung carbon của Asn339, bắt chước các tương tác qua trung gian
N1 và N6 của adenin của ATP. Song song vào đó, nhóm 1-xeton của chất ức chế
thiết lập các tương tác với Asp558 và Arg559 thông qua cầu nối nước tương tự như
N3 của adenin.

Hình 4.3. Cấu trúc hóa học của cladosporin

Hình 4.4. Cấu trúc của P. falciparum LysS trong phức hợp với cladosporin

4.3.1.3. Đích tác động là vị trí gắn của Amino Acid trên aaRS , ngăn cản đầu 3’
tARN gắn vào vị trí hoạt động
Halofuginone được phát hiện là có khả năng ngăn chặn sự phát triển của ký sinh
trùng Plasmodium rất cao bằng cách tương tác cụ thể và ức chế ProRS tế bào chất
của nó. So sánh cấu trúc tinh thể của P. falciparum ProRS ở trạng thái không có

9
phối tử và liên kết với halofuginone đã chứng minh rằng halofuginone chiếm các túi
liên kết của proline và đầu 3’ tận cùng ở nuclotide A76 của tARN cognate với sự hỗ
trợ của ATP. Tuy nhiên, tính chọn lọc kém của phân tử này đã loại trừ khả năng
phát triển lâm sàng của nó để điều trị bệnh sốt rét. Do đó, một số dẫn xuất
halofuginone đã được nghiên cứu và phát hiện ra một hợp chất mới (2′S, 2R, 3S) -
halofuginol có tính chọn lọc đối với P. falciparum ProRS cao hơn 65 lần so với vị
trí tương đồng ở người mà vẫn bảo toàn hiệu lực cao của chúng[12].

Hình 4.5. Cấu trúc hóa học của Halofuginone và Halofuginol

Hình 4.6. Cấu trúc bậc ba của P. falciparum ProRS trong phức hợp với halofuginone
và AMPPNP

10
Hình 4.7. Cấu trúc hóa học của ASP 3026 và cấu trúc bậc ba của phức hợp Pf-LysRS
với lysine và chất ức chế ASP 3026 ở ký sinh trùng Plasmodium falciparum

4.3.1.4. Đích tác động là vị trí gắn ATP gắn lên aaRS , ngăn cản đầu 3’ tARN
gắn vào vị trí hoạt động
ASP 3026 được biết đến như một chất được sử dụng trong các thử nghiệm lâm sàng
trong điều trị những bệnh nhân có khối u tiến triển dương tính với ALK và kháng
thuốc với điều trị bằng crizotinib (các khối u rắn và ung thư hạch bạch huyết tế bào
B)[13]. Qua nhiều thử nghiệm, sàng lọc một nhóm nghiên cứu đã phát hiện ra khả
năng ức chế mạnh Pf- LysRS mạnh bằng cách cạnh tranh với ATP để liên kết với
Pf- LysRS điều đó được bộc lộ qua cấu trúc tinh thể ở độ phân giải cao. Bên cạnh
đó, nhóm nghiên cứu cũng chỉ ra trên thử nghiệm, ASP 3026 ngăn chặn sự phát
triển của ký sinh trùng nhưng không ức chế quá trình dịch mã tạo protein ở động vật
có vú. Loại thứ hai có khả năng gây xung đột mạnh mẽ, ngăn cản đầu 3’ của tARN
vào vị trí hoạt động.
4.3.1.5. Đích gắn Amino acid và vị trí phụ trợ trên aaRS

Hình 4.8. Công thức hóa học của REP 8839

REP 8839 do Replidyne phát triển, được biết đến là một chất ức chế có chọn lọc
methionyl-tARN synthase bằng cách cạnh tranh với methionin. Tuy nhiên, theo
thực nghiệm không có sự cạnh tranh giữa REP 8839 với ATP, nên khi ATP ở mức
cao sinh lý sẽ làm cho chất ức chế này gắn chặt với Met-tARN synthetase. MetRS
chia thành hai loại: MetRS1 được biểu hiện chủ yếu ở các vi khuẩn gram dương
như Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes và loại MetRS2 có mặt ở vi
khuẩn gram âm, tế bào chất nhân thật loại này ít nhạy cảm với chất ức chế hơn so
với loại 1. Khi nghiên cứu về sự tác động của REP 8839 lên tế bào chất của tế bào
người thì hầu như là không xảy ra, cho thấy tính chọn lọc cao của nó so với khi ức
chế lên mục tiêu là vi khuẩn[14].

11
 Hình 4.9. Công thức hóa học 1320

Chất ức chế có cùng tác động chứa nhóm benzyl/phenyl liên kết với aminoquinoline
(1320) hoặc với benzimidazole (1331). Khi chất ức chế thay thế methionin gắn vào
một tiểu đơn vị trên MetRS thì nhóm benzyl/phenyl sẽ chiếm túi Met lớn hơn gọi là
“túi Met mở rộng”( EMP). Đối với gốc aminoquinoline hay benzimidazole thì sẽ
đưa vào “túi phụ” (AP) gần đó ( được gọi như vậy vì nó chưa xuất hiện trong cấu
trúc trước đây). Hai yếu trên đã tạo ra sự thay đổi trên Met-tARN synthetase và hoạt
động của nó.

Hình 4.10. Sự mở rộng túi Met và hình thành túi AP

4.3.1.6. Đích tác động là vị trí gắn của Aminoacyl- Adenylate trên aaRS

Hình 4.11. Công thức hóa học của Mupirocin

12
 Hình 4.12. So sánh sự liên kết của Mupirocin (nguyên tử C màu đỏ) và isoleucin -
adenylate (nguyên tử C màu xanh) trong liên kết với HeRS
Mupirocin là một chất kháng sinh tự nhiên có phổ rộng được phân lập từ
Pseudomonas fluorescens, được biết đến là một chất ức chế hoạt động của
isoleucyl-tARN synthase của vi khuẩn. Nó sẽ mô phỏng cho giống với chất trung
gian trong phản ứng aminoacyl hóa: Aminoacyl- AMP, cụ thể ở đây là isoleusin-
adenylate sau đó gắn vào IIeRS; hoặc, nó sẽ liên kết với túi chất nền sinh học
Aminoacyl- AMP để nhằm kìm hãm hoạt động aminoacyl hóa của aaRS liên quan
từ đó tác động đến quá trình phiên mã của vi khuẩn. Chất ức chế này sử dụng chống
lại vi khuẩn gram dương và một số vi khuẩn gram âm như: Neisseria meningitidis,
Haemophilus influenzae,....

13
4.3.2. Đích tác động là vị trí chỉnh sửa trên aaRS
Một số aaRS như LeuRS, ValRS và IIeRS thực hiện chức năng đọc thử trong miền
chỉnh sửa bổ sung nằm cách xa vị trí hoạt động và đầu 3'-CCA được aminoacyl hóa
của tARN cognate được ưu tiên chuyển vị trí từ vùng xúc tác đến vị trí chỉnh sửa -
nơi sản phẩm nạp sai sẽ được thủy phân[12]. Việc nghiên cứu các hợp chất nhắm
vào vị trí chỉnh sửa nhằm ngăn chặn sự liên kết của tARN hoặc bẫy nó trong miền
này là một cách tiếp cận thay thế để ức chế hoạt động aminoacyl hóa của aaRS.
Trường hợp thành công đầu tiên là AN2690 5-fluoro-1,3-dihydro-1-hydroxy-2,1-
benzoxaborol, được gọi là tavaborole, được FDA chấp thuận vào năm 2014 để điều
trị lâm sàng bệnh nấm móng [15] vì AN2690 không tạo ra tác dụng phụ trong các
thử nghiệm lâm sàng giai đoạn I và giai đoạn II. Độ đặc hiệu cao của AN2690 đối
với enzym nấm có thể là do sự xâm nhập kém hiệu quả của màng tế bào tế bào
người. Về cơ chế phân tử, AN2690 ức chế đặc biệt LeuRS của nấm bằng cách hình
thành một chất ổn định tARN Leu -AN2690 trong vị trí chỉnh sửa. Do đó, nó bẫy
đầu tận cùng 3’ của thụ thể tARN Leu, ngăn cản sự luân chuyển xúc tác LeuRS tiếp
theo, dẫn đến ức chế sự tổng hợp protein.
4.3.3. Đích tác động trên tARN hoặc xen vào phức hợp aaRS–tARN

Hình 4.13. Thuốc thử chống nấm AN2690 nhắm vào vị trí hoạt động chỉnh sửa của
nấm men bằng cách bẫy tARN Leu.

Hình 4.14. Công thức hóa học của Halofuginone

14
Mục đích tác động của chất ức chế lên hoạt động của aaRS mang nhiều ưu điểm
nhưng chưa được khai thác nhiều đó chính là tác động lên tARN cũng như quá trình
hình thành tARN – aaRS. Một ví dụ về kết quả nghiên cứu mang đặc tính nói trên là
Halofuginone- chất ức chế phụ thuộc ATP. Nó ức chế các men làm tích tụ tARN
chưa được tích điện, cũng đồng thời cũng chiếm hai vị trí liên kết với cơ chất khác
nhau trên ProRS. Vai trò của ATP là khóa và định hướng hai phần của
Halofuginone, một phần sẽ bắt chước amino acid proline trong liên kết và phần
khác sẽ bắt chước ProRS[16].

Hình 4.15. Công thức hóa học của Neomycin

Hình 4.16. Cấu trúc liên kết giữa tARNPhe với neomycin B

Neomycin B là một kháng sinh nhóm aminoglycoside, nhóm này được chứng minh
là có khả năng liên kết với tARN và can thiệp vào chức năng của nó. Cụ thể, vị trí
liên kết Neomycin B chồng lên vị trí liên kết ion kim loại hóa trị II trong tARNPhe ở

15
nấm men từ đó ngăn chặn sự tương tác giữa nó với PheRS, làm ảnh hưởng đến sự
tổng hợp protein[17].
5. TỔNG HỢP KẾT LUẬN VÀ MỞ RỘNG VẤN ĐỀ
Aminoacyl-tARN synthetase là một enzym đóng vai trò quan trọng trong quá trình
sinh tổng hợp protein bằng cách xúc tác hình thành aminoacyl- tARN qua hai vòng:
nhận diện chính xác amino acid và nhận diện chính xác tARN cùng họ. Liên kết
ester aminoacyl được hình thành giữa chúng có dự trữ một năng lượng cao đóng vai
trò quan trọng cho việc tạo cầu nối peptide trong quá trình dịch mã. Vì vậy nếu ức
chế hoạt động của enzym Aminoacyl- tARN synthetase sẽ làm quá trình sinh tổng
hợp protein ngừng lại dẫn đến suy giảm sự phát triển của vi khuẩn.
Ngoài ra những nghiên cứu mới cho thấy có vai trò của Aminoacyl-tARN
synthetase trong các quá trình điều hòa cân bằng nội môi, truyền tín hiệu, phiên mã..
Vì những điều trên, ta thấy được đây là một đích quan trọng trong nghiên cứu sản
xuất thuốc kháng sinh để điều trị các bệnh khác nhau.
Từ khi xuất hiện đến nay, thuốc kháng sinh được coi là một bước phát triển vượt
bậc, thay đổi nền y học. Nó đã ngăn chặn hay chữa trị thành công các bệnh về
nhiễm trùng xảy ra ở những bệnh nhân mắc bệnh mãn tính, bệnh nhân đang được
điều trị bằng hóa chất hay trải qua các ca phẫu thuật phức tạp như cấy ghép nội
tạng, phẫu thuật tim…Tuy nhiên, đồng thời, thế giới cũng đang đối mặt sự xuất hiện
của các chủng kháng thuốc đang ngày một gia tăng kèm theo đó là các bệnh nhiễm
trùng kháng thuốc trong cộng đồng, làm tăng các rủi ro đến sức khỏe và tính mạng
của người bệnh, việc lây lan trở nên khó xác định và kìm hãm, ảnh hưởng đến cuộc
sống đặc biệt là về mặt y tế, thú y và nông nghiệp và các lĩnh vực khác. Có thể nói,
kháng kháng sinh đang là vấn đề cấp bách là một nguy cơ đòi hỏi chúng ta phải nỗ
lực tìm cách giải quyết. Ngoài cách điều chỉnh thói quen lạm dụng thuốc, quy định
chặt chẽ về việc kê đơn chữa và sử dụng kháng sinh trong nông nghiệp thì nghiên
cứu và đẩy mạnh phát triển các loại thuốc mới cũng vô cùng quan trọng. Khám phá
ra aaRS và nghiên cứu về vai trò của nó trong quá trình tổng hợp protein: từ việc tạo
aminoacyl- AMP trung gian qua phản ứng của amino acid với ATP đến hình thành
aminoacyl- tARN chất nền trong quá trình dịch mã. Điều đó cho chúng ta thấy được
tiềm năng về việc tạo ra chất với cơ chế tác động khác nhau trong hoạt động aaRS.
Thực tiễn cho thấy, các nhà khoa học đi trước đã khai thác được rất nhiều về khía
cạnh này để tạo ra nhiều loại thuốc với hiệu quả tốt. Đồng thời, dựa trên những hiểu
biết và nghiên cứu có sẵn về cấu trúc, chức năng, cơ chế, đặc điểm hóa học ,…
chúng ta có thể lấy làm cơ sở để tiếp tục: khai phá để tìm ra một loại thuốc mới ức
chế aaRS; giảm thiểu tối đa sự phát sinh các chủng kháng thuốc; tăng cường khả
năng xâm nhập và tiêu diệt vi khuẩn để đạt hiệu quả cao; đồng thời nâng cao khả

16
năng chọn lọc, hạn chế các tác dụng phụ ảnh hưởng đến các hoạt động sinnh lý
trong cơ thể con người. Với những nỗ lực không ngừng nghiên cứu và tìm tòi, sự
phát triển mạnh mẽ của khoa học, chúng tôi hy vọng sản xuất chất ức chế aaRS
ngày càng được đào sâu và giải pháp y học hiệu quả trong sản xuất kháng sinh.

17
TÀI LIỆU THAM KHẢO:
A. Nội dung

1. Angel M. , Gomez R. , and Ibba M., “Aminoacyl – tRNA synthetases”,

PubMed Central – National Center for Biotechnology Information, Aug. 2020.
[Online]. Available:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7373986/.
[Accessed: July. 28, 2021]
2. Nie A. , Sun B. , Fu Z. , Yu D., “Role of aminoacyl - tRNA synthetases in
immune regulation and immune diseases”, Cell Death & Disease, Nov. 2019.
[Online]. Available: https://www.nature.com/articles/s41419-019-2145-5.
[Accessed: July. 28, 2021]
3. Pang Y. L. J., Poruru K., Martinis S. A., “tARN synthetase: tARN
aminoacylation and beyond”, PubMed Central – National Center for
Biotechnology Information, Jul. 1, 2015. [Online]. Available:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4062602/.
[Accessed: July. 28, 2021]
4. Berg J. M., Tymoczko J. L., Stryer L., Biochemistry, W H Freeman, New
York.
5. Sengupta S, Chattopadhyay M.K. , Grossart H.P., “The multifaceted roles of
antibiotics and antibiotic resistance in nature”, Frontiers in Microbiology,
Mar. 12, 2013. [Online]. Available:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3594987/.
[Accessed: July. 28, 2021]
6. C. Lee Ventola, “The Antibiotic Resistance Crisis”, National Center for
Biotechnology Information, Sep 16, 2014. [Online]. Available:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4165128/.
[Accessed: July. 28, 2021]
7. Michael CA, Dominey-Howes D, Labbate M., “The antibiotic resistance
crisis: causes, consequences, and management”, Frontiers in Public Health,
Sep. 16, 2014. [Online]. Available:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4165128/.
[Accessed: July. 28, 2021]

18
8. “Biggest Threats and Data”, Centers for Disease Control and Prevention,
Office of Infectious Disease Antibiotic resistance threats in the United States,
Apr, 2013. [Online]. Available: http://www.cdc.gov/drugresistance/threat-
report-2013.
[Accessed: July. 28, 2021]
9. Bartlett JG, Gilbert DN, Spellberg B., “Seven ways to preserve the miracle of
antibiotics”, Clin Infect Dis, Feb. 12, 2013. [Online]. Available:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23403172/.
[Accessed: July. 28, 2021]
10. Itani KM, Shorr A.F., “FDA guidance for ABSSSI trials: implications for
conducting and interpreting clinical trials”, Clin Infect Dis, Jan, 2014.
[Online]. Available:  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24343831/
[Accessed: July. 28, 2021]
11. Hà Hoàng Kiêm (2013), Thực hành cấp cứu và điều trị bệnh nội khoa, NXB Y
học, Hà Nội, tr.187- 189.
12. Pang, Luping, Stephen D.W., Arthur V.A., 2021, “Aminoacyl-tRNA
Synthetases as Valuable Targets for Antimicrobial Drug Discovery”,
International Journal of Molecular Sciences, Feb. 10, 2021. [Online].
Available: https://www.mdpi.com/1422-0067/22/4/1750/htm
[Accessed: July. 28, 2021]
13. Li, T., LoRusso, P., Maitland, M. L., Ou, S. H., Bahceci, E., Ball, H. A., Park,
J. W., Yuen, G., & Tolcher, A., “First-in-human, open-label dose-escalation
and dose-expansion study of the safety, pharmacokinetics, and antitumor
effects of an oral ALK inhibitor ASP3026 in patients with advanced solid
tumors”, Journal of hematology & oncology, Mar. 10, 2016. [Online].
Available: https://doi.org/10.1186/s13045-016-0254-5
[Accessed: July. 28, 2021]
14. Louis S. xanh, James M. Bullard, Wendy Ribble, Frank Dean, David F. Ayers,
Urs A. Ochsner, Neiboisa Janijic, Thale C. Jarvis, “Inhibition of Methionyl-
tARN Synthetase by REP 8839 and Effects of Resistance Mutations on
Enzyme Activity”, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Vol.53, số 1,
ASM Journals, Dec. 17, 2020. [Online]. Available:
https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/AAC.00275-08.
[Accessed: July. 28, 2021]
15. Peng Yao, Paul L. F, “Aminoacyl-tRNA synthetases in medicine and disease”,
Embo Molecular Medicine, Feb. 21, 2013[Online]. Available:

19
 https://www.embopress.org/doi/full/10.1002/emmm.201100626
[Accessed: July. 28, 2021]
16. Zhou, H., Sun, L., Yang, XL. et al., “ATP-directed capture of bioactive herbal-
based medicine on human tRNA synthetase”, Nature, Dec. 23, 2012. [Online].
Available: https://doi.org/10.1038/nature11774
[Accessed: July. 28, 2021]
17. Mikkelsen, N., Johansson, K., Virtanen, A. et al., “Aminoglycoside binding
displaces a divalent metal ion in a tRNA–neomycin B complex”, Nature
Structural Biology, Jun, 2001.  [Online]. Available:
https://doi.org/10.1038/88569
[Accessed: July. 28, 2021]
B. Hình ảnh
1. Hình 1.1: Quá trình aminoacyl hóa và dịch mã trong tế bào. Truy xuất nguồn
tại: https://www.researchgate.net/figure/Protein-translation-Aminoacyl-tRNA-
synthetases-aaRS-aminoacylate-cognate-tRNAs-with_fig3_306318891
[Accessed: July. 28, 2021]
2. Hình 2.1: Cơ chế xúc tác của quá trình aminoacyl hóa bởi aminoacyl – tARN
synthetase. Truy xuất nguồn tại: https://www.mdpi.com/1422-
0067/16/7/15872/htm [Accessed: July. 28, 2021]

3. Hình 4.1 - 4.17: Các hình ảnh lấy từ bài báo điện tử: Pang, Luping, Stephen
D.W., Arthur V.A., 2021, “Aminoacyl-tRNA Synthetases as Valuable Targets
for Antimicrobial Drug Discovery”, International Journal of Molecular
Sciences, Feb. 10, 2021. [Online]. Available: https://www.mdpi.com/1422-
0067/22/4/1750/htm [Accessed: July. 28, 2021]

20