Professional Documents
Culture Documents
të pergjithshme te enzimave
◆ Mekanizmi kinetik i reaksioneve enzimatike.
◆ Kuptimi dhe përcaktimi i Km dhe Vmax
◆ Inhibimi i aktivitetit enzimatik
◆ Rregullimi i aktivitetit enzimatik.
◆ Nomeklatura dhe klasifikimi i enzimave
◆ Enzimat jane proteina te paisura me
aktivitet katalitik.
Enzimat mund te
jene:
1.) Te thjeshta aktiviteti
enzimatik varet vetëm nga struktura
proteinore
2.) të konjuguara ku kërkohet
edhe ndërhyrja e përbërësve jo
proteinorë të quajtur “kofaktorë”
Paraqitje skematike e veprimit te
enzimave
◆ Pjesa proteinore që mbetet kur nga një enzimë
largohet kofaktori quhet “apoenzimë” dhe sistemi
◆ apoenzimë + kofaktor “holoenzimë”.
◆ Kofatorët janë të bashkuar me apoenzimën me
lidhje të natyrave të ndryshme e të fortësive të
ndryshme; në qoftë se koenzima bashkohet
shumë fort me enzimën zakonisht ajo tregohet
me termin “grupi prostetik”
◆ Largimi i kofaktorit sjell si pasojë humbjen e
aktivitetit enzimatik
◆ Meqenëse enzimat
janë katalizatorë, ato
nuk ndryshojnë
ekuilibret e
reaksioneve në të cilat
marrin pjesë, por
përshpejtojnë në
mënyrë të dukshme
edhe në miliona herë,
arritjen e gjendjes së
ekuilibrit.
◆ Kjo ndodh me anë të
një mekanizmi, me
anë të të cilit grupi
proteinor i lejon
enzimës të lidhet me
një substrat të dhënë,
transformim i të cilit
katalizohet nga
veprimi i kofaktorit
Specifiteti I aktivitetit enzimatik.
◆ Një enzimë katalizon
në përgjithësi një
reaksion të vetëm
kimik ose një seri
reaksionesh
ngushtësisht të lidhur
me njëri tjetrin.
◆ Shkalla e specifitetit
mund të ndryshojë,
por pergjithësisht
është e lartë dhe
ndonjëherë është
madje absolute.
◆ Zonat e një enzime në të cilat ngjitet substrati quhen
“site aktive”
◆ Këto janë pjesë relativisht të vogla të molekulës së plotë
enzimatike, ku grupe kimike që i përkasin sekuencës
lineare të aminoacideve janë të vendosur në hapësirë në
mënyrë të tillë që përputhen në mënyrë të përsosur me një
substrat të dhënë.
Ku gjenden enzimat?
◆ Enzimat gjenden të
lokalizuara jo vetëm në Mund të kemi :
protoplazmën qelizore, por
edhe ne elementët
nënqelizorë, siç janë ◆ “ekzoenzima”
bërthamat, mitokondritë
dhe mikrozomet. veprojnë jashtë qelizave që i
prodhojnë ato
◆ Çdo qelizë ka aftësinë të
përpunojë enzimat e afta
për të vepruar mbi
substancat specifike që ajo ◆ dhe “endoenzima”
prodhon, kështu që këto
enzima shfaqen kur ka
nevojë për veprimin e tyre. veprojnë në të njejtat
qeliza që i kanë prodhuar
këto qeliza.
Ndikimi i temperaturës mbi aktivitetin
katalitik
◆ Ekziston një temperaturë
optimale që përgjithësisht
përfshihet midis 3040° C,
tek e cila kemi
maksimumin e aktivitetit
katalitik.
◆ Duke zvogëluar
temperaturën, aktiviteti
katalitik ulet deri në
ndalimin e tij të plotë,
sepse me ftohjen dhe për
pasojë me varfërimin e
molekulave me energji
kinetike, pakësohen
ndërveprimet midis
enzimës dhe substratit.
◆ Në temperatura më të larta
se temperatura optimale
(5060°C), vihen re rënie
të shpejta të aktivitetit
katalitik për shkak të
denatyrimit të enzimës
Aktiviteti enzimatik dhe pH
◆ Vlera e pHit ndikon në
mënyrë të ndjeshme mbi
aktivitetin e enzimave.
Për çdo enzimë ekziston
në fakt një pH optimal i
përcaktuar mirë, ose një
diapazon i ngushtë i pH
it, në korepsondencë të
të cilit enzima shfaq
aktivitetin e saj
maksimal.
◆ Kjo sjellje i detyrohet
natyrës proteinore e për
pasojë amfotere të
enzimave
Mekanizmi kinetik i reaksioneve
enzimatike.
◆ Kur në një
reaksion
enzimatik
studjohet
shpejtësia e
reaksionit (V), në
vartësi të
ndryshimit të
përqëndrimit të
substratit ( [S] ),
vihet re një ecuri
karakteristike e
tipit të sjellë në
figurën e
meposhtme.
◆ Siç mund të shihet tek
diagrama, për përqëndrime
të ulta të substratit,
shpejtësia e reaksionit është
praktikisht proporcionale me
përqëndrimin e substratit;
me rritjen e përqëndrimit,
shpejtësia e reaksionit tenton
të bëhet e pavarur, derisa
më në fund merr një vlerë
maksimale konstante (Vmax).
◆ Në këto kushte, enzima
është e ngopur me substratin
e saj, d.m.th. të gjitha sitet
aktive të saj janë të zëna,
kështu që rritjet e
mëtejshme të përqëndrimit
të substratit nuk shkaktojnë
më rritje të shpejtësisë së
reaksionit.
◆ Ky fenomen i “ngopjes”,
është tipik i proçeseve
enzimatike
◆ Përqëndrimi i substratit i nevojshëm për të arritur këtë ngopje
ndryshon shumë nga enzima në enzimë. Kjo sjellje ka
sugjeruar hipotezën që, mekanizmi i veprimit të enzimave të
konsistojë në formimin në mënyrë të kthyeshme të një
kompleksi midis enzimës dhe substratit i cili përfaqëson një
fazë të ndërmjetme thelbësore në zhvillimin e reaksionit të
katalizuar.
◆ Mbi bazën e kësaj hipoteze, L.Michaelis e M.L.Menten,
zhvilluan një teori që përshkruan në mënyrë të përsosur
mekanizmin kinetik të reaksioneve enzimatike
◆ Pranohet që enzima (E), kombinohet, në një çast të parë, me
substratin për të formuar një kompleks enzimësubstrat (ES)
dhe pastaj ky kompleks të ridisocohet në E+S ose të formojë
produktin (P), duke ripërtëritur në të njejtën kohë enzimën
sipas modelit që vijon :
k 1 k 3
E+S ES P + E
k2
Për të mbërritur në një ekuacion, që të
lidhë shpejtësinë e reaksionit me
përqëndrimin e substratit dhe të enzimës,
është e nevojshme të fillojmë nga vrojtimi, Meqenëse nuk mund të
sipas të cilit shpejtësia fillestare e përcaktohen drejtpërdrejt as k3
reaksionit është proporcionale me dhe as [ES], ato duhet të
shpejtësinë me të cilën kompleksi enzimë shprehen në funksion të
substrat ndahet (shpërbëhet), duke termave të përcaktueshëm
evoluar në drejtim të formimit të produktit;
eksperimentalisht
sipas barazimit që vijon :
k1
V = k 3 [ES] [ES] = [E]
(1) [S] (2)
k 2+k3
I gjithë faktori konstant
(k 2+k3)/k1
tregohet me termin Km
të quajtur konstante të Michaelisit
Në bazë të përkufizimit të kësaj
konstante të re kemi :
Për të vlerësuar entitetin
e [E] dhe të [S], kemi:
Për të vlerësuar entitetin e
[E] dhe të [S], kemi :
◆ Shprehja e mesiperme mund të
transformohet në mënyrë algjebrike :
◆
◆
◆ dhe më në fund kemi :
◆
◆
dhe merret :
Shpejtësia maksimale, siç u tha
me lart arrihet në kushtet e ◆ Në qoftëse shprehjen
ngopjes, gjë që ndodh kur [S] (7) e zëvëndësojmë te
është shumë e lartë,
kështu që Km bëhet e
pika (6), marrim të
papërfillshme në lidhje me [S]. ashtuquajturin
ekuacion të
Në këto kushte:
Michaelis-Menten-it :
[S]/ Km+[S] =1 dhe:
Vmax =k 3 [Et] (7)
Kuptimi dhe përcaktimi i
Km dhe Vmax
◆ Km dhe Vmax janë Konstantja e Michaelisit
përfaqëson përqëndrimin e
parametrat kinetike substratit me të cilin
karakteristikë të një shpejtësia e reaksionit arrin
gjysmën e vlerës maksimale të
enzime. saj
◆ Ato ndryshojnë me
ndryshimin e temperaturës
dhe të pH-it të mjedisit dhe në Vmax
qoftë se e njejta enzimë është --------- = Km = [S]
në gjendje të veprojë mbi 2
shumë substrate, atëherë
këto parametra marrin vlera
të ndryshueshme për çdo
substrat
◆ Km konsiderohet një masë e përafërt e afinitetit të
enzimës për substratin e saj;
- një afinitet më i lartë nënkupton një vlerë më të ulët të
Km.
- është e pavarur nga përqëndrimi i enzimës dhe
shprehet në molaritet;
- ajo ndryshon shumë nga enzima në enzimë në një
interval midis 10 −1 dhe 10−6 M.
◆ Në këto raste, zakonisht, vlerësohet aktiviteti
enzimatik i indit ose i preparatit në fjalë.
◆ Si “njësi” enzimatike konsiderohet sasia e
preparatit që shkakton transformimin e një moli
të substratit në sekondë (katal).
◆ Përkufizohet “aktivitet specifik” i një enzime
numri i “njësive” enzimatike (ose katal) në një
miligram proteine.
◆ Për përcaktimin eksperimental
të Vmax dhe Km, ekuacioni i
MichaelisMentenit :
mund të transformohet
në forma më të dobishme. i cili transformohet ne:
Duke përdorur ekuacionin
e përmbysur dhe duke bërë
rregullime algjebrike përftohet
ekuacioni i Lineweaver –Burk :
Paraqitja e ekuacionit të
Lineweaver Burk
◆ Duke përcaktuar
eksperimentalisht
vlerat e shpejtësisë të
reaksionit që
përftohen me
përqëndrime të
ndryshme të
substratit dhe duke
përdorur ekuacionin
e Lineweaver-Burk-ut,
mund të nxirren
vlerat e Km dhe Vmax
me një saktësi më të
madhe në krahasim
me ekuacionin
fillestar të Michaelis-
Menten-it, i cili
paraqet një ecuri
hiperbolike dhe
Inhibimi i aktivitetit enzimatik
◆ Një ndër mekanizmat kryesorë të kontrollit
dhe të rregullimit të metabolizmit të
ndërmjetëm në sistemet biollogjike i
detyrohet inhibimit të aktivitetit enzimatik
nga ana e metabolitëve specifikë të përbërë
nga molekula të vogla ose nga jone metalikë;
◆ Proçeset e inhibimit mund të jenë:
1.) të kthyeshëm kompetitiv
jokompetitiv
inkompetitiv
2.) ose të pakthyeshëm
Inhibimi kompetitiv.
◆ Molekula e inhibitorit
ngjan me atë të
substratit e për këtë
arsye mund të lidhet me
sitin aktiv të enzimës
duke zhvendosur
substratin natyral të saj
E + S ES→ E+ P
+ I
↓↑
EI
Inhibimi kompetitiv
◆ Një inhibitor kompetitiv e
pakëson aktivitetin katalitik
duke pakësuar numrin e
molekulave të enzimës që
mund të lidhen me
substratin.
◆ Ky tip inhibimi rritet me
ritjen e përqëndrimit të
inhibitorit
◆ Eksperimentalisht dallohet
lehtë, sepse mund të
eleminohet duke rritur në
mënyrë të përshtatshme
përqëndrimin e substratit
◆ Nga figura del se prania e
inhibitorit kompetitiv nuk
modifikon Vmax, por rrit
vlerën e Km.
Inhibimi jo kompetitiv.
◆ Ndodh kur
inhibitori mnd të
kombinohet si
me enzimën
ashtu edhe me
kompleksin
enzimësubstrat
duke ndryshuar
reaktivitetin e të
dyve sipas
skemës së
mëposhtme :
Inhibimi jo kompetitiv
◆ Ky tip inhibimi i
detyrohet veprimit të
përbërjeve kimike në
gjendje të
kombinohen në
mënyrë të kthyeshme
me ndonjë grup
funksional të enzimës
që nuk bën pjesë në
sitin aktiv, por që
është i domosdoshëm
për aktivitetin
katalitik;
◆ Inhibimi është pra
krejtësisht i pavarur nga
përqëndrimi i substratit
Inhibimi inkompetitiv.
◆ Inhibimi
inkompetitiv
ndodh kur
inhibitori nuk
kombinohet me
enzimën e lirë, por
me kompleksin
enzimesubstrat
duke formuar me
këtë të fundit një
kompleks të ri
enzimësubstrat
inhibitor (ESI)
Inhibimi inkompetitiv.
◆ Në këtë rast një rritje
e përqëndrimit të
substratit përcakton
një rritje të inhibimit,
sepse rritet
përqëndrimi i ES që
nga ana e saj ushqen
ESI.
◆ Grafiku tregon që ecuria e dy
reaksioneve është paralele,
prandaj në këtë tip inhibimi si
Km ashtu edhe Vmax janë
zvogëluar me të njejtën
entitet që është proporcional
me përqëndrimin e inhibitorit.
Rregullimi i aktivitetit enzimatik.
◆ Disa enzima, të quajtura
“allosterike” kanë përgjithësisht
një strukturë komplekse që
zakonisht formohet nga më
shumë nënnjësi proteinore në të
cilat është e pranishme përveç
“sitit” katalitik edhe një sit tjetër.
◆ Në këtë të fundit ngjiten, në
mënyrë të kthyeshme, përbërje
kimike specifike të quajtura
“modulatorë” ose “efektorë”.
◆ Kur efektori i bashkohet enzimës
në sitin e dytë, për të cilin
paraqet një shkallë afiniteti
analog me atë të substratit, për
sitin katalitik, struktura e
enzimës ndryshon dhe për pasojë
aktiviteti katalitik zvogëlohet
(efektor negativ) ose rritet
(efektor pozitiv).
Ecuria kinetike e enzimave
allosterike
◆ Enzimat allosterike nuk
ndjekin modelin e
MichalelisMentenit,
sepse sjellja e tyre
kinetike rezulton e
ndikuar nga ndryshimet
e përqëndrimit të
modulatorit.
◆ Herëherë, në grafikun
që shpreh shpejtësinë e
reaksionit V në funksion
të përqëndrimit të
substratit [S], paraqitet
një ecuri sigmoide në
vend të ecurisë
hiperbolike.
◆ Të një rëndësie të madhe janë mekanizmat e rregullimit
allosterik që ndërhyjnë në proçeset metabolike.
◆ Proçeset e tilla në përgjithësi, zhvillohen nëpërmjet
reaksioneve në seri të katalizuar nga sisteme
multienzimatike (E1, E2, E3, etj), në të cilat produkti i
enzimës së parë është substrat i enzimës së dytë e kështu
me rradhë.
◆ Në mënyrë frekuente në këto sisteme multienzimatike
përfshihen enzima allosterike, prandaj mund të ndodhë që
produkti përfundimtar mund të veprojë si efektor negativ
mbi enzimën e parë duke kontrolluar kështu gjithë
proçesin
E1 E2 E3
SUBSTRATI → A → B → P
EFEKTORI
Karakteristika te enzimave
(permbledhje)
◆ Enzimat katalizojne reaksionet metabolike
◆ Gjithmone jane te perbera nga proteinat
◆ Jane efektive ne perqendrime shume te vogla
◆ Nuk perdoren ne reaksion
◆ Nuk jane as produkt dhe as substrat I reaksionit qe
katalizojne
◆ Jane specifike per cdo reaksion
◆ Jane te paqendrueshme ndaj nxehtesise
◆ Veprojne duke ulur energjine e aktivizimit te reaksionit
Nomeklatura dhe klasifikimi i
enzimave
◆ Emertimi I enzimave behet ne baze te:
enzimave
CH – OH
1.2 që veprojnë mbi
C = O
3.1 estere 1.3 që veprojnë mbi
C = CH
◆ 1. Oksiodoreduktazat (reaksione 3.2 lidhje glukozidike
1.4 që veprinë mbi
3.3 etere
të oksido –reduktimit) 3.4 lidhje peptidike CH – NH2
3.5 lidhje të tjera C – N 1.5 që veprojnë mb
3.6 anhidridet acide CH – NH
1.6 që veprojnë mbi
◆ 2. Transferazat (transferim i NADH; NADPH
grupeve funksionale) 2.1 grupe me një atom karboni
2.2 grupe aldehidike ose ketonikë
2.3 grupe acilë
◆ 3. Hidrolazat (reaksione të 2.4 grupe glukozidikë
2.5 grupe alkilikë ose arilikë
hidrolizës) 2.6 grupe aminikë 4.1 aktive mbi lidhjet C –
2.7 grupe fosforikë C
4.2 aktive mbi lidhjet C –
◆ 4. Liazat (reaksione të shtimit O
4.3 aktive mbi lidhjet C –
dhe të eleminimit) N
5.1 raceme dhe epimerë 4.4 aktive mbi lidhjet C – S
5.2 izomeria cis – trans
◆ 5. Izomerazat (reaksione të 5.3 izomeria keto – 6.1 C – O
izomerizimit) enolike 6.2 C – S
5.4 transferime brenda
molekulare 6.3 C – N
◆ 6. Ligazat (formim i lidhjeve me 6.4 C – C
ndërhyrje të ATP)