A FEHÉRJÉK

SZERKEZETÉNEK
ALAPJAI
2016

Gergely Pál
E-mail: gpal@med.unideb.hu
 Glikogén foszforiláz:
példa egy allosztérikusan szabályozott enzimre
A FEHÉRJÉK SZERKEZETÉNEK
SZERVEZŐDÉSI SZINTJEI
Elsődleges: aminosavsorrend Másodlagos: -hélix, β-szerkezet,
hurkok stb.

Harmadlagos: a polipeptidlánc Negyedleges: több polipeptidlánc

térszerkezete elhelyezkedése
MÁSODLAGOS SZERKEZET

• A fehérjék másodlagos szerkezetében háromféle típust

különböztetünk meg:

b-szerkezet
-hélix Egyéb – pl. hurok (loop)
(redőzött lemez)
-HÉLIX: L. PAULING (1951)

• 5-40 aminosavmaradék hozza létre

általában az -hélixet.

• 3,6 aminosavmaradék/hélix-fordulat.

• H-kötések alakulnak ki: az n peptidkötés

C=O része és az n+4 peptidkötés NH
része között és stabilizálják a hélixet.
3,6 aminosav
5,4 Å
• Az oldalláncok kifelé tekintenek.
-HÉLIX

H-kötések a polipeptidláncon belül

 Az aminosav-oldalláncok befolyásolják az
-hélix stabilitását

• Nem minden polipeptidlánc

szakaszból képződhet -hélix
• A kisméretű hidrofób
oldalláncok, mint pl. az Ala és
Leu erős hélix-képzők
• Pro hélix-törő, mivel az N-C
kötés körül nem alakulhat ki
rotáció
• Gly is hélix-törő, mivel a
kicsiny R-csoport más
konformációkat is lehetővé
tesz
b-SZERKEZET: PAULING AND COREY (1951)

• A polipeptidlánc egyes szakaszai egymás mellé kerülnek,

kapcsolatukat hidrogénkötések stabilizálják.

• A polipeptidlánc ily módon

rendezett szakaszait b-szerkezetnek
nevezik, legalább 5-10 aminosav-
maradékból áll.

b-szerkezet
REDŐZÖTT LEMEZ VAGY b-SZERKEZET

H-kötések a két polipeptidlánc között vannak

 3.47Å
REDŐZÖTT LEMEZ

4.6Å (a) Antiparallel

(b) Parallel

3.25Å

Az egymáshoz kapcsolódó 4.6Å

polipeptidlánc-részek alkotják a
b-szerkezetet.
 b-redőzött lemezek
• A polipeptidlánc váza (N–C—
C–N) a y kötés körül csak a
90 < y < 180 tartományban
lehetséges
• A peptidkötés sík jellege és a
tetraéderes geometriájú -
szénatom alakítja ki a redőzött
lemez szerkezetet
• A redőzött lemez szerkezetet
igen távoli amidkötések
(hidrogénkötések) stabilizálják
• Az oldalláncok váltakozva („fel
és le”) találhatók a b-
szerkezetben
 b-kanyar (hajtű kanyar)
• b-kanyarok – többek között - a redőzött lemezek (b-lemezek)
irányváltásánál találhatóak
• A 180° fordulatot 4 aminosav alkotja
• A b-kanyar stabilitását hidrogénkötés alakítja ki (az 1. helyzetű
aminosav karbonil-oxigénatomja és a 4. helyzetű aminosav amid-
protonja között)
• Prolin a 2. helyzetben és glicin a 3. helyzetben gyakran fordul elő
b-kanyarokban
HURKOK

• A fehérjék fontos másodlagos szerkezeti elemei, nem mutatnak

periodikus rendezettséget, mint az -hélixek vagy a b-szerkezetek.

• Különböző hosszúságúak és alakúak lehetnek.

• Általában a fehérjék felszínén fordulnak elő, ezért fontos szerepük

van a fehérjék biológiai funkcióiban (fehérje-fehérje kölcsön-
hatásokban, felismerési folyamatokban, kötődésben sejtalkotókhoz
stb.).

• A fehérjék evolúciós fejlődése során az -hélixek és a b-szerkezetek

nagymértékben konzerválódtak, míg az egyéb másodlagos szerkezeti
elemek (pl. hurkok) változtak.
A FEHÉRJÉK SZERKEZETÉNEK
MEGHATÁROZÁSA

• 1934: Bernal és Hodgkin kristályosította a pepszint és röntgen-

sugárzással megvizsgálta a kristályok diffrakcióját. A kristályok szabályos
szerkezetre utaló jeleket adtak.

• Ez igazolta először, hogy a fehérjék rendezett szerkezettel

jellemezhetőek.

• 1950-1960: a polipeptidláncok térszerkezetének tanulmányozása

termodinamikai módszerekkel. (A lehetséges térszerkezetek egyúttal
energiaminimumot is jelentenek – lokálisan vagy teljesen.)

• Egyre több fehérje szerkezetét ismerik meg röntgenkrisztallográfiával

(csak a megfelelő méretű kristályokat alkotó fehérjéket lehet vizsgálni).
 CHRISTIAN ANFINSEN KÍSÉRLETE
C. ANFINSEN – KÉMIAI NOBEL-DÍJ, 1972

Tanulmányozta a ribonukleáz
denaturációját és renaturációját.

C. Anfinsen bebizonyította, hogy a fehérjék elsődleges szerkezete

(aminosavsorrendje) meghatározza a harmadlagos szerkezetet,
fehérjék térszerkezetét.
FEHÉRJÉK SZERKEZETE

• A mai fehérjék sok millió év fejlődését tükrözik.

• Megállapítható, hogy a térszerkezet (3D szerkezet)

sokkal jobban megőrződött az evolúció során, mint
az aminosavsorrend (szekvencia).

• A hasonló szerkezetek (szekvenciák) összevetése,

illetve felismerése a fehérjecsalád biológiai szerepének
feltárásában segíthet.
HOGYAN HATÁROZHATÓ MEG A FEHÉRJÉK
TÉRSZERKEZETE?

1. Kísérleti megközelítés (a legjobb):

• röntgenkrisztallográfia.
• NMR (magmágneses rezonancia).
• ….
2. In silico módszerek
• számítógépes modellezés – pl. hasonló szerkezetek
felhasználása
• illesztés hasonló és már ismert szerkezetekhez – komplex
folyamat, sokféle program segíti a legjobb szerkezet
megtalálását.
• Ab-initio szerkezet jóslás – kevésbé sikeres.
KÍSÉRLETI MÓDSZEREK A FEHÉRJÉK
3D SZERKEZETÉNEK MEGHATÁROZÁSÁRA

• röntgenkrisztallográfia
• NMR spektroszkópia
RÖNTGENKRISZTALLOGRÁFIA

1. Rendezett szerkezetű fehérjekristály:

2. Nagyenergiájú röntgensugár:

A fehérjekristály A röntgensugár ütközése a fehérjében

bombázása található elektronokkal jellegzetes
röntgensugárzással diffrakciós képet hoz létre.
RÖNTGENKRISZTALLOGRÁFIA

3. A diffrakciós képből elektronsűrűségi kép (eloszlás)

létrehozása.

4. Az ismert aminosavsorrend illesztése az

elektroneloszláshoz (a kapcsolódó atomok felderítése
- a hidrogénatomok nem látszanak!).
A FEHÉRJEMOLEKULA ATOMJAINAK
ILLESZTÉSE

elektroneloszlás a lánc végső

(elektrondenzitás) egyes atomjainak modell
illesztése
 Egy fehérje proton-NMR spektruma

Amidok Aromások Alfa-hélixek Alifások Metilcsoportok

NMR SZERKEZETMEGHATÁROZÁS ALAPJAI
NOE
NOE
- térbeli távolságok (<5Å) 4.1Å
- különböző atomok között is

2.9Å
Csatolási állandó (J)
- kötések mentén J NH CaH
- kötésszögek meghatározása

Kémiai eltolódás CaH NH

- a kapcsolódó csoportokra

D
Dipól kölcsönhatások (D)
- a kötés irányát adja meg
 Röntgenkrisztallográfia

Szükséges lépések:
• Fehérje tisztítás
• Fehérje kristályosítás
• Diffrakciós adatok gyűjtése
• Elektrondenzitás
megállapítása
• Oldalláncok illesztése az
elektrondenzitásra

Előnyök:
• Nagy fehérjékre is alkalmas
• Jól kidolgozott

Hátrányok:
• Membránfehérjékre
bonyolult
• Nem látszódnak a
hidrogénatomok
 Biomolekulák NMR vizsgálata
Szükséges lépések:
• Fehérje tisztítása
• Fehérjeoldat készítése
• NMR adatgyűjtés
• NMR jelek azonosítása
• Szerkezet megállapítás

Előnyök:
• Nem kell a fehérjét kristályosítani
• Rengeteg hidrogénatomot „lát”

Hátrányok:
• Oldhatatlan fehérjék
• Kis molekulatömegű fehérjékre
alkalmazható (kb. 30-50 ezer)
 RÖNTGEN- NMR
KRISZTALLOGRÁFIA
 Kémiai Nobel-díj (1962)
Max Ferdinand Perutz
John Cowdery Kendrew
Globuláris fehérjék szerkezetének
meghatározása röntgenkrisztallográfiával

Kémiai Nobel-díj (1991)

Richard R. Ernst
Nagy felbontóképességű NMR módszerek
kifejlesztéséért és alkalmazásáért

Kémiai Nobel-díj (2002)

Kurt Wüthrich
NMR módszerek kidolgozásáért a biológiailag
fontos makromolekulák 3D szerkezetének
meghatározására oldatban
A FEHÉRJÉK TÉRSZERKEZETE

Negyedleges szerkezet:
Harmadlagos szerkezet: több polipeptidlánc egyesített
egyetlen polipeptidlánc térszerkezete térszerkezete
 HARMADLAGOS SZERKEZET
• A harmadlagos szerkezet az atomok térbeli elrendeződését mutatja be a
polipeptidláncban
• A fehérjéknek két nagy csoportja van:
– fibrilláris fehérjék
¤ általában oldhatatlanok; egyetlen másodlagos szerkezet építi fel
– globuláris fehérjék
¤ vízoldható globuláris fehérjék
¤ lipid-oldékony membránfehérjék
 Fibrilláris fehérjék:
szerkezet-funkció kapcsolata

Funkció Szerkezet Példa

erős, merev keresztkötött -hélixek -keratin

(köröm, szarv) kovalens S—S kötések

húzásnak ellenálló, keresztkötött hármas-hélixek kollagén

nem nyújtható flexibilis kötések
(ízület, szalag) (pl. Lys és hidroxi-Lys között)

lágy, flexibilis, b-redőzött lemezek

nem nyújtható London-féle erők selyem
(pókháló)
 A kollagén szerkezete
• A kollagén a kötőszövetek fontos alkotója: ízületek, szalagok, csontok, a szem
üvegtestje…
• Minden kollagénlánc gazdag Gly és Pro aminosavakban: ”balra” csavarodó hélix
• Három kollagénlánc alkot egy ”jobbra” csavarodó szuperhélixet (hármas hélixet)
• A szuperhélix húzóerőknek jobban ellenáll, mint egy azonos átmérőjű acélszál!
• Sok szuperhélix alkotja a kollagénrostokat
HARMADLAGOS SZERKEZET

A fehérje harmadlagos szerkezetében mindegyik atom pontos helyzete

ismert.

Domének:
• a fehérje részben független szerkezeti egysége
• jellegzetes térszerkezettel rendelkeznek
• általában 100-150 aminosavmaradékból állnak
• a több domént tartalmazó fehérjékben (multidomén fehérjék) a doméneket
gyakran hurkok kötik össze (a hurkoknak nincs jellegzetes másodlagos szerkezetük).

A lizozim jellegzetes -doménje

(globin egysége)
/b-DOMÉNEK
A TRIÓZFOSZFÁT-IZOMERÁZBAN
ÉS A PIRUVÁT-KINÁZBAN

A b-szerkezetek (piros nyilakkal jelölve) alkotják a domén közepén a

jellegzetes b-hordót, míg az -hélixek a domén felületén helyezkednek el.
Figyeljük meg a b-szerkezetek parallel elhelyezkedését
/b-DOMÉKBEN TALÁLHATÓ b-SZERKEZETEK
CSAVART ELRENDEZŐDÉST MUTATNAK
A LAKTÁT-DEHIDROGENÁZBAN
ÉS A FOSZFOGLICERÁT-KINÁZBAN

A b-szerkezetek a domén belsejében, az -hélixek a felületen találhatóak.

A b-szerkezetek parallel lefutásúak.
Miért alakul ki nagyon gyorsan
a fehérjék térszerkezete?
 A fehérjék mikroszekundum-
szekundum időtartományban alakítják
ki térszerkezetüket.
 Az összes lehetséges szerkezet
„kipróbálása” véletlenszerűen
elképzelhetetlen a biológiai időskálán
(Levinthal paradoxonja).
 Az energiaminimumra törekvést, a
natív térszerkezet kialakítását a
termodinamikailag legkedvezőbb
állapot segíti elő (lokális
energiaminimumkon át).
 Chaperonok (dajkafehérjék)
elősegíthetik a folyamatot vagy
gátolhatják hibás térszerkezet
kialakulását.
PDB: PROTEIN DATA BANK
FEHÉRJE ADATBÁZIS

• Biológiailag fontos makromolekulák adatait tartalmazza (fehérje, RNS,

DNS).
• Minden adat hozzáférhető a kutatók számára.
• A fehérjeszerkezetek 84%-át röntgenkrisztallográfiával határozták meg
a többit (16%) NMR spektroszkópiával.
• A világ összes laboratóriumából küldik be a szerkezeteket (ez a közlés
feltétele is).

• 1971-ben alapították (Brookhaven National Laboratory, New York).

• Jelenleg több mint 55000 szerkezetet tartalmaz.
PDB - MODELL

• A modell leírja az atomok pontos helyzetét (3D pozícióját).

• Fehérje, fehérjekomplexek fehérje-DNS vagy

fehérjerészletek (domének) egyaránt megtalálhatóak
az adatbázisban.

• A bemutatott modellek feltüntetik a kapcsolódó ligandokat

(pl. gyógyszereket), fémionokat és oldószermolekulákat is.
PDB – PROTEIN DATA BANK

http://www.rcsb.org/pdb/
PDB STRUCTURE RETRIEVAL

Query field:
PDB ID or any other
keyword. Or author
 Organism

Ligand
Download the PDB file
NEGYEDLEGES SZERKEZET

Azoknak a fehérjéknek van Példa: hemoglobin

negyedleges szerkezete,
amelyek több
polipeptidláncból állnak.

Ezeket a polipeptidláncokat
alegységeknek is nevezik.
Nagy fehérjeszerkezetek

• A polipeptidláncokból óriás
struktúrák is kialakulhatnak
• Például a szerkezetet
létrehozó polipeptidláncoknak
két-két kötőhelyük van
• Az aktin filamentumok (F-aktin
az izomban) sok ezer azonos
aktinmolekulából (G-aktin)
épülnek fel
A GLIKOGÉN SZERKEZETE

glikogén-
foszforiláz
(GLÜKÓZ)n + Pi (GLÜKÓZ)n-1 + G-1-P

Az enzim a glikogén (1-4) kötéseinek foszforolízisével hozza létre a terméket:

a glükóz-1-foszfátot.
A folyamat kb. 4 glükóz-egységgel az (1-6)-elágazás előtt leáll.
Ekkor lép működésbe a debranching – elágaztatást megszüntető – enzim,
ezt követően a foszforiláz folytathatja katalitikus működését.
A HETEROTRIMER G-FEHÉRJE SZEREPE
AZ ADENILÁT-CIKLÁZ AKTIVÁLÁSÁBAN:
A GLIKOGÉN LEBONTÁS STIMULÁLÁSA ADRENALINNAL
(EPINEPHRINE-NEL)
A GLIKOGÉNLEBONTÁS
HÁROM ENZIMET IGÉNYEL

A. glikogén-foszforiláz (1-4) kötéseket hasít

glikogén + Pi glikogén + glükóz-1-P
n glükóz egység n-1 glükóz egység

B. glikogén debranching enzim

(1-4)glikozil-transzferáz és (1-6)glükozidáz aktivitással rendelkezik,
hatására glükóz-1-P és glükóz (Glc) keletkezik.

C. foszfoglukomutáz
glükóz-1-P glükóz-6-P
Glükóz-6-foszfatáz glükózzá alakítja
át és így a májból exportálódhat.
 H O
O C
Piridoxál 5’-foszfát (PLP), O H2
B6-vitamin származék, P C OH
O
a glikogén-foszforiláz O
prosztetikus csoportja. 
N CH3
H
pyridoxal phosphate (PLP)
 Enz
lysine
H (CH2)4
H3N+ C COO N+
O HC H
CH2 O H2
P C O
CH2 O
O
CH2

N CH3
CH2 H
 NH3 Enzyme (Lys)-PLP Schiff base

A PLP az enzim aktívhelyén található és Schiff-bázis kötéssel kapcsolódik

a PLP aldehid-csoportja a foszforiláz lizinmaradékának e-aminocsoportjával.
A PLP foszfátcsoportja protondonor/akceptor mechanizmussal részt vesz
a glikogén foszforiláz által katalizált reakcióban.
A glikogén foszforiláz
allosztérikusan szabályozott,
két alegységből álló
dimer enzim.
FEHÉRJE FOSZFORILÁCIÓ
ÉS DEFOSZFORILÁCIÓ

KINÁZ

INAKTÍV AKTÍV

FOSZFATÁZ

KINÁZ
AKTÍV INAKTÍV

FOSZFATÁZ
A GLIKOGÉN-FOSZFORILÁZ A NEM
INZULINDEPENDENS DIABETES MELLITUS
KEZELÉSÉBEN ÚJ TARGETMOLEKULA

GLIKOGENOLÍZIS
GLÜKÓZ

GLÜKONEOGENEZIS
GLIKOGÉN GLÜKÓZ-1-P GLÜKÓZ-6-P

LAKTÁT,
ALANIN…
A II-típusú diabetes
(nem-inzulin-függő
diabetes) terápiájában
új célpont a glikogén-
foszforiláz.
Az enzim allosztérikus
gátlása megfelelő
inhibitormolekulákkal
csökkenti a vércukor-
szintet.

A leghatékonyabb
inhibitorok a két
monomer kapcsolódási
helyére kötődnek (az
ábrán CP320626) és
stabilizálják az enzim
inaktív konformációját.
 Ajánlott irodalom

Fehérjék szerkezete
Szerves és bioorganikus kémia
(Gergely Pál szerk.) 5. kiadás, 2006
pp. 233-242.

Orvosi biokémia
(Ádám Veronika szerk.) 2. kiadás, 2002
pp. 7-17.

Glikogén-foszforiláz
L.N. Johnson and D. Barford:
Glycogen Phosphorylase – Minireview
The Journal of Biological Chemistry,
vol. 265 pp. 2409-2412, 1990.
A közlemény elérhető az interneten:
http://www.jbc.org/cgi/reprint/265/5/2409