2.

A FEHÉRJEMŰKÖDÉS, A SZERKEZET-FUNKCIÓ ÖSSZEFÜGGÉSEK

BEMUTATÁSA. ENZIMMŰKÖDÉS. A FEHÉRJESZABÁLYOZÁS ALAPELVEI.

Fibrózus fehérjék:

Fontos tulajdonságuk, hogy a szerkezetüket másodlagos szerkezeti típus dominálja. Szerkezeti

funkcióval rendelkeznek (alfa-keratin, selyem, kollagén) és mindig több alegységesek ->
negyedleges szerkezetük van, de nincs világosan elkülönülő harmadlagos szerkezeti szint. Itt
a keratin példája lesz kiemelve. A keratin elszarusodó felhámban és annak képződményeiben
található nagy mennyiségben (köröm, haj), két jobbmenetes alfa-hélix balmenetes
szuperhélixe. Mind az N és C terminálison is van egy-egy kisméretű globuláris „fej”,
(abcdefg)n ismétlődés (heptád) van benne, az a és a d aminosavak hidrofóbok, ezek egymás
felé fordulva alkotnak egy hidrofób varratot. A heptád elrendeződés azért előnyös, mert a
fehérje tulajdonságából adódóan 7 aminosavanként megy két fordulatot a hélix és pontosan
átfednek egymással az azonos aminosavak így. A szálak protofilamentumokba rendeződnek,
majd az egymás mellett elhelyezkedő dimerekben a sok ciszteinnek köszönhetően
diszulfidhidak alakulnak ki. Redukálószerekkel oldhatók ezek a hidak, ezt a hatást használja
ki a dauerolás. A selyem fibroin egyenesen nyújtott béta-redő láncokból áll, (Gly-Ser-Gly-
Ala-Gly-Ala)n szekvencia ismétlődik benne. A glicinek és az alaninok egymásra való
lapolódásával töltik ki a teret. A selyemszövetben nincsenek ciszteinek, emiatt redukálószerek
hatására nem mennek keresztül azon a változáson, mint amin a haj. A kollagén egy
extracelluláris kötőszöveti fehérje, (Gly-X-Y)n szekvenciával rendelkezik, ahol az X Y
általában prolin, de néha lizin (egy enzim módosítja őket, hidroxi-prolin, vagy hidroxi-lizin
lesz, ennek a koenzime az aszkorbinsav). Balmenetes hélix (nem alfa-hélix!), elnyújtott
szerkezetű. Három szál hoz létre egy jobbmenetes szuperhélixet. Minden harmadik pozíció
befelé fordul, glicinek néznek egymás felé, nagyon kis hely van köztük. A kezdeti
prokollagén formában vízoldékony globuláris fej van mindkét végen, ez később lehasítódik, a
háromláncú prokollagén már nem oldódik vízben. A láncok között a lizineken és hidroxi-
lizineken keresztül kovalens kötések alakulnak ki, a tropokollagén szerkezete a sok prolin
miatt merev. A rostok nem nyújthatók és nagy a szakítószilárdságuk, az életkor
előrehaladtával a lizinek között egyre több kötés alakul ki, ami csökkenti a rostok
hajlékonyságát.

Globuláris fehérjék általános tulajdonságai:

A globuláris fehérjék alapvető közös tulajdonsága, hogy egy hidrofób maggal és hidrofil
felszínnel rendelkeznek. A hidrofób mag a feltekeredésüket is nagyban segíti, lényegében
„összeesik” a fehérje vizes közegben. Bennük nincsenek rések, a térkitöltés közel tökéletes. A
bálna mioglobin vizsgálatánál derült ki, hogy összes hidrogénhíd képzésére képes molekula a
fehérje belsejében valóban hidrogénhidat képez. A teljes fehérje motívumon belül léteznek
kisebb térszerkezeti egységek, amik másdodlagos szerkezeti elemek adott elrendeződésű
kombinációi, úgy nevezett motívumok. Ezekből a kisebb motívumokból aztán nagyobb
motívumok jöhetnek létre az egymás mellé rendeződésükből, vagyis a globuláris fehérjék
felépítése hierarchikus. Egy ilyen motívum az EF-kéz, ami egy Ca2+ kötő motívum és
számos Ca2+ kötő fehérjében megtalálható (kalmodulin), a leucin-cipzár (transzkripciós
faktorok), ezekben az esetekben a motívumok a negyedleges szerkezet létrejöttét elősegítő
egységek. További a hajtűkanyar, vagy görög váza motívum, egy összetett, bonyolult
motívum. Bizonyos motívumok csak egy feladatot látnak el (EF-kéz), míg más motívumok
egymáshoz való rendeződésükkel számos feladat ellátására képesek. Sok globuláris
fehérjében vannak kompakt, önmagukban is globuláris jellegű egységek, ezek a domének. A
domének a másodlagos és harmadlagos szerkezeti egységek közti átmenet legmagasabb
szintje, ezek autonóm feltekeredésre képesek. Esetenként a doméneknek lehet külön funkciója
(pl. a kalmodulinon 2 EF-kéz domén, mindkettő önálló Ca2+ kötési képességgel).
Proteolitikus emésztés során a több doménes fehérjék elsőre doménekre bomlanak, ezt
követően kezdenek el emésztődni.

Anfinsen-kísérlet jelentősége:

Anfinsen a kísérletével azt bizonyította, hogy a fehérjék térszerkezetét az elsődleges szerkezet

kódolja. Egy kis méretű globuláris fehérjét, az RNázt használta. A fehérje enzimaktivitása
jelzi a natív szerkezet meglétét, így alkalmas ennek vizsgálatára, mert az is mérhető, hogy a
molekulák hányada van aktív állapotban. Kis mennyiségű redukálószer (pl. merkaptoetanol)
hozzáadásával a fehérjében található diszulfidhidakat fel lehet bontani, így a fehérje
letekeredik, de a lánc sértetlen marad. Amikor a merkaptoetanolt dialízissel eltávolította, a
fehérje újra fel tudott tekeredni és visszanyerte az aktivitását, ráadásul ha mindezt gyorsan
csinálta, a fehérje sokszor szabálytalanul tekeredett fel, kis mennyiségű merkaptoetanol
mellett viszont nagy mértékben megnőtt a feltekeredés hatékonysága, mert a natív állapotban
van a fehérjének szabadentalpia minimuma, amennyiben van kevés redukálószer, a hibás
szerkezet fel tud bomlani, hogy az annál stabilabb szerkezet vegye át a helyét. Bebizonyította,
hogy a folding a denaturációt kiváltó okok megszűntével spontán végbemegy és az
aminosavsorrend meghatározza a térszerkezetet. Élő szervezetben dajkafehérjék (chaperonok)
segítik a feltekeredés hatékonyságát, ugyanakkor csak aminosavsorrendből nem lehet
meghatározni fehérjeszerkezeteket a tudomány jelenlegi állása szerint.

Affinitás:

Az affinitás egy nagy szelektivitású molekuláris felismerést jelent. Számos biomolekula képes
egy másik fehérjéhez, vagy kismolekulához kötni, az affinitásuk szabja meg, hogy milyen
mértékben kötnek egymáshoz. Egy ellenanyag egy kötőhelye és az antigén egyetlen epitópja
között kialakuló kapcsolat erősségét nevezzük az ellenanyag affinitásának.

Aviditás:

A polivalens (több kötőhellyel rendelkező) antigén és az ellenanyag közöt több pontban

kialakuló kötés erősségét nevezzük aviditásnak, minél több kötőhely köt valamit, annál
nagyobb az aviditás.

Allosztérikus szabályozás:

Allosztérikus szabályozásról beszélünk, ha egy fehérjén több kötőhely található és ezek

ligandumkötése hatással van a többi kötőhelyre. Kooperativitásról beszélünk, ha azonos
ligandumok kötnek a helyekre és az első kötése hatására a többi erősebben fog kötni. A
jelhordozót allosztérikus effektornak (vagy modulátornak) nevezzük, ami ált. kis-,
makromolekula, vagy ion. A pozitív effektorok aktivátorok, a negatívak inhibitorok. A
lingandum hatásával megegyező jelek homotróp effektorok, amik más hatást váltanak ki,
heterotróp effektorok. A molekuláris szabályozás a következő séma alapján valósul meg: jel
kötése -> konformációváltozás -> biológiai válasz. Amennyiben egy fehérje telítési/aktivitási
görbéje a ligandum/szubsztrát koncentrációja növekedése mellett nem hiperbola, hanem
szigmoid görbe, nagy valószínűséggel allosztéria jelensége áll a háttérben. Ált. negyedleges
szerkezetűek, vagy ha nem, több domént tartalmaznak. Allosztérikus enzimeknél a katalitikus
funkció és a reguláció különböző alegységekhez köthető. Minimum 2 konformációs állapotuk
van, a tense (T), amikor a ligandum kisebb affinitással köt és relaxed (R), amikor nagyobb
affinitással. A működési modell szerint a pozitív effektorok a két állapot közötti egyensúlyt
tolják el R irányába, a negatív effektorok T irányába. Az összhehangolt modell szerint az
allosztérikus fehérje alegységei funkcionálisan vagy T, vagy R állapotban vannak, amikor a
ligandum beköt az egyik helyre, az összes hely R állapotba vált. Ez a modell szerint a
kooperativitás két homotróp hely között csak pozitív lehet. A szekvenciális modell lényege,
hogy az első ligandum kötése olyan konformációváltozást eredményez, ami a többi
kötőhelyre is kiterjed, itt több átmeneti állapotot is felvehet a fehérje és már elképzelhető
negatív kooperativitás is.

Ellenanyagok szerkezeti és funkcionális egységei:

Az ellenanyagok vagy antitestek globulintermészetű fehérjék, egységesen

immunglobulinoknak (Ig) nevezzük őket. Jellegzetes doménstruktúrájú polipeptidláncokból
felépülő molekulák, amelyek szerkezete a felismerést és az effektor funkciók kiváltását
egyaránt lehetővé teszi. A szekretált Ig fehérjék képezik a vér szérumfehérjéinek nagy részét
és a humorális immunválasz fontos szereplői. 2 könnyű és 2 nehézláncból állnak, ezeket
jellegzetes Y formában szokták ábrázolni, ahol az Y két felső szára a variábilis domén (pl. ez
ismeri fel a kórokozót, antigénkötés), az alsó szár pedig a konstans domén, ezek az effektor
funkciókért felelnek. A láncok ciszteineken keresztül, diszulfidhidak képzésével
kapcsolódnak egymáshoz. Egy Ig fehérje izotípusa a H és az L lánc konstans szekvenciái által
meghatározott jellemzői. A nehézláncok izotípusa alapján 5 féle humán Ig-t tudunk felsorolni:
IgA, IgD, IgE, IgG és IgM. A könnyűláncoknak a kappa és a lambda izotípusa ismert.
Legnagyobb mennyiségben az emberi szervezetben az IgG található.

Mioglobin:

A mioglobin egy a gerincesekben előforduló fehérje, ami főleg az izomszövetekben található.

Funkciója az o2 ideiglenes tárolása. Egy polipeptid láncból áll, ami egy hem csoportot
tartalmaz, vagyis hemoprotein. A hemoglobinhoz hasonlóan itt is található egy proximális
hisztidin, ami az o2 kötést destabilizálja. CO molekula is nagy affinitással köt a hemhez
(fehérje nélkül 20ezerszeresen), azonban a hem a fehérje közepébe van ágyazva, így már
„csak” 200szor erősebben köti. Erről főleg egy disztális hisztidin tehet, aminek a CO
kötésekor el kell mozdulnia, ami energetikailag kedvezőtlen. Az oxigén a fehérje „légzése”
során tud bejutni, mert a hem el van rejtve a fehérje hidrofób magjába. A hemoglobin és a
mioglobin szerkezete nagyban hasonlít, a szekvenciájuk 18%-ban egyezik meg. A
hemoglobin és a mioglobin közös őstől származik valószínűleg, mivel egy szervezetben
találhatók, ezért paralógok. A mioglobin jóval nagyobb affinitással köti az oxigént, mint a
hemoglobin, ebben a hemoglobin kooperativitásának van szerepe. A mioglobin kötési ereje
mellett a szövetekben mindössze az o2 10%-a kerülne leadásra, azonban ez a tulajdonság
segít abban, hogy jól működő tartalék o2 forrás legyen az izmokban, mivel csak nagyon nagy
parciális nyomás esés esetén adja le az o2-t.

A hemoglobin alegységeinek kooperatív oxigénkötése:

Az ideális szállítófehérje magas ligandumkoncentráció mellett erősen köti azt, alacsony

esetében pedig gyengén. Ez az effektus csak több kötőhely esetén valósulhat meg, amikor az
első ligandum kötése hatással van a többi kötésére. Az ábrán a piros sáv a tüdőben, a kék sáv
a szövetekre jellemző o2 parciális nyomást mutatja. A szigmoid görbe annak eredménye,
hogy a gyengén kötőből a hemoglobin átvált egy erősen kötő formára a kötött ligandum
mennyiségének növekedésével.
A szekvenciális és az összehangolt modellel is lehet magyarázni a hemoglobin működését,
mivel itt pozitív kooperativitásról van szó. A hemoglobin telítődése jól mérhető szabályozott
közegben is, mert az oxihemoglobinnak piros, a deoxihemoglobinnak lilás színe van. Ennek
köszönhetően spektrométerrel könnyen megállapítható a kettő aránya.

Kémiai reakciók sebességének értelmezése az átmeneti állapot alapján:

Egy enzimreakció végtelenül egyszerűsítve leírható A és B anyagok reakciójával, aminek

végeredménye P termék. A folyamat kétirányú ezen a ponton, ugyanolyan sebességgel zajlik
a reakció az egyik irányba, mint a másikba, egyensúlyban vannak. Ebben az esetben
mindössze a reakció sebessége a termékkoncentráció időbeli változásának üteme. A
koncentráció is számít, kétszeres koncentrációnál kétszer akkora az esélye, hogy A és B
molekula ütközni fognak egymással, ami növeli a reakció sebességét, ez a sebességi állandó.
Ez a következő módon írható le:

V = d[P]/dt = k[A][B]

A V a reakció sebessége, d[P] a termék változása dt időváltozás alatt, a k pedig A és B közti

reakció sebességi állandója, ami a kettő koncentrációjának függvényében fogja megadni a
reakció sebességét. Következőnek értelmezni kell a k sebességi állandót, hogy az mitől függ:
a legegyszeűbb modell erre az, ha bevezetünk egy új tényezőt, az átmeneti állapotot. Ebben a
modellben a két egyensúlyra vezető folyamatban kialakul egy X* molekula, ami az egymással
reagáló molekulákhoz képest „aktivált állapotban” van, vagyis magasabb a szabadentalpia
szintje. Ebben a leírásban az X* molekula alakul át P termékké. Az átmeneti molekula
létrejöttének is van sebessége, erre lesz bevezetve egy új, erre vonatkozó sebességi állandó
(k’). Ahhoz, hogy az átmeneti állapot létre tudjon jönni, legalább egy kémiai kötésnek fel kell
szakadnia. A k’ sebességi állandó így főként azt mutatja, milyen gyakorisággal
(frekvenciával) képes az adott kötés felszakadni. Ahogy az első sebességi állandó és a kezdeti
molekulák koncentrációja szorzata megadta a reakció sebességét, úgy az átmeneti állapot és
az arra vonatkozó sebességi állandó szorzata is.

V = d[P]/dt = k[A][B] = k’[X*]

Az aktiválási szabadentalpia (Gibbs- szabadenergia) jelentése:

Az átmeneti állapot egyensúlyban van a reakció során a kiindulási anyagokkal, amit egy K*
egyensúlyi állandóval lehet jellemezni. Ez a szám az X* molekula és a két kiindulási
molekula koncentrációja szorzatának a hányadosa (K* = [X*]/[A][B]). Ezzel el is jutottunk a
termodinamikához, ugyanis a K* egyensúlyi állandóra felírható a kémiai reakciók egyensúlyi
állandója, ami pedig megadja nekünk a kémiai reakciót kísérő standard
szabadentalpiaváltozást:

-RT ln K* = ΔG*

ahol a ΔG* az a szabadentalpia különbség, ami a kiindulási A és B molekulák és az X*

átmeneti állapot szabadentalpia értékei között van. Ez a szám a reakcióra jellemző aktiválási
szabadentalpia, amit hibásan „aktiválási energiának” is szoktak nevezni. Egy reakció
sebessége így függ a k’ sebességi állandótól, a kiindulási molekulák koncentrációjától és az
aktiválási szabadentalpiától. Minél nagyobb az adott reakcióra vonatkozó szabadentalpia
száma, annál lassabb lesz a reakció (csúnyán összegezve: minél nagobb a ΔG*, annál nagyobb
energia befektetése szükséges ahhoz, hogy végbemenjen a reakció).

Az enzimműködés és a termodinamikai egyensúly viszonya:

A reakciókban a kiindulási anyag és a termék termodinamikai egyensúlyban vannak

egymással, viszont a reakciók végtelen idő alatt mennének önmaguktól végbe (a cukor a co2
és víz molekulákkal termodinamikai egyensúlyban van, de enzim nélkül nem alakul át
egyikből a másikba). Amit az enzimek csinálnak, az az, hogy ezeket a reakciókat katalizálják,
így felgyorsítva a lényegében amúgy is termodinamikai egyensúlyban lévő átalakulásokat.

Az enzimműködés értelmezése az átmeneti állapot és az aktiválási szabadentalpia

fogalmaival:

Az enzimműködés során a kialakuló átmeneti állapothoz nagy szabadentalpia szint változás

szükséges. Ebből következik, hogy a köztes termék egy instabil molekula, aminek
termodinamikailag kedvező a jóval stabilabb termékké átalakulnia. Ez az aktiválási
szabadentalpia viszont egy jelentős mennyiség, komoly energiabefektetést igényel a köztes
termék létrehozása. Az enzimek szerepe, hogy ezt az aktiválási szabadentalpiát lecsökkentsék.

A látható ΔG’° a reakciót kísérő standard szabadentalpia változás, ami az egyensúlyi

állapotban kialakuló reagensek arányát jellemzi. Ez független az aktiválási szabadentalpia
értékétől. Látszik az ábrán, hogy amennyiben terméktől akarnánk visszajutni az átmeneti
állapothoz (és úgy a kiindulási anyagokhoz), még nagyobb energiabefektetésre lenne szükség,
a reakció visszafelé játszva nagyobb aktiválási szabadentalpiával rendelkezik. A ΔG*
csökkentésének megértéséhez elő kell venni az összefüggést az entalpia, a hőmérséklet és az
entrópia között:

ΔG* = ΔH* - TΔS*

A magas ΔH* (entalpia) érték azt jelenti, hogy a reakció termodinamikailag kedvezőtlen,
mivel nagy energiabefektetést igényel, vagyis az átmeneti állapot kis mennyiségben jelenik
meg. Az enzim azon a módon csökkenti a ΔH* tagot, hogy stabilizálja az átmeneti állapotot,
azzal kedvezőbb vonzó kölcsönhatásokat alakít ki, mint a szubsztráttal.

A kimotripszin működésének lényegi lépései:

A kimotripszin (egy szerin-proteáz) működésének alapja a kovalens katalízis. Bizonyos

enzimek polarizálják a molekula kötéseit, vagy protonokat vesznek fel tőle (sav-bázis, és
fémion katalízis), a kimotripszin esetében azonban egy kovalens kapcsolat alakul ki a
molekula és az enzim között, emellett a sav-bázis katalízis is szerepet játszik benne. A szerin-
proteázok élő szervezetben peptidkötések hidrolízisét katalizálják, de képesek észterkötések
hidrolízisére is, a nevüket egy különösen reakcióképes szerin-oldalláncról kapták. Az enzim
erősen pH függő, ez arra utalt, hogy a katalizációban egy hisztidinnek is fontos szerepe lehet,
valamint később az enzim röntgendiffrakciós képe feltárta, hogy egy aszparaginsavnak is
elengedhetetlen szerepe van. Ez a három aminosav (Ser, His, Asp) a katalitikus triád. A
folyamat két fő szakaszra bontható: acilezés és ennek elbomlását eredményező dezacilezés.
Az acilezés végére alakul ki az enzimhez a reaktív szerin oldalláncon keresztül kovalensen
kötő átmeneti termék (acilenzim), ez bomlik a dezacilezés során hidrolízissel. Az enzim
szerepe itt is a korábban leírtaknak megfelelően a kedvezőtlenül magas energiájú, töltéssel
rendelkező átmeneti állapot, amit az enzim stabilizál. Az enzimen emellett jól elkülöníthető a
szubsztrátkötő zseb, valamint a katalízis helyszíne, az aktív hely. A szubsztrátkötő zseb
feladata, hogy a hasítandó kötést pozicionálja a katalitikus apparátushoz. Alapállapotban a
katalitikus triádban a Ser OH-csoportja és a His oldalláncának egyik N-atomja között
hidrogénhíd van. Első lépésben az enzim megköti a szubsztrátot, a kötőhelyen egy hidrofób
kötőzseb miatt leghatékonyabban a Tyr, Phe és Trp aminosavakat tudja befogadni. A
hasítandó kötés karbonil C-atomja közel kerül a szerin OH-csoportjához. Ez a nem-kovalens
Michaelis-komplex.

A következőben egy tetraéderes átmeneti állapot alakul ki. Az Asp és a His között
hidrogénhíd van, ami bázikussá teszi a His oldalláncot, ami így protont von el a Ser
oldallánctól (bázis katalízis), az így aktivált Ser oldallánc támadja a szubsztrát karbonil
szénatomját. A végeredmény a nagyenergiájú, labilis, tetraéderes átmeneti állapot, amit az
oxianion kötőhely (ez köti a betámadandó karbonilcsoportot) stabilizál 2 H-kötéssel,
mindkettő egy-egy peptidkötés N-atomon keresztül (egyik a katalitikus triád Ser
peptidkötésén, a másik egy glicin kötésén).
A tetraéderes állapot olyan rövidéletű, hogy izolálni és detektálni sem sikerült eddig, létezését
elméleti számítások támasztják alá, továbbá az, hogy átmeneti állapotot imitáló molekulák
hatékonyan képesek gátolni az enzimet. Következőben a His által felvett proton H-hidat
létesít a tetraéderes átmeneti állapot nitrogénjével (a hasítandó peptidkötés nitrogénje), majd a
következőben leadja neki a protont, így létrejön az első termék távozó csoportja. Ez egy
általános sav-katalízis lépés, a polipeptid C-terminális része távozik az enzimről.

A másik csoport egy észterkötésen keresztül továbbá is kötve van, ez az acilenzim. Egy
átmeneti termék, ami izolálható is, az acilezés szakasz ezzel lezárult. Következőnek egy
vízmolekula lép be a dezacilezés kezdetén. Ezt a vízmolekulát a His egy H-híd
kölcsönhatáson keresztül aktiválja, ami így nukleofil támadást intéz az szubsztrát és az enzim
között kialakult észterkötés C-atomján.

Ennek köszönhetően kialakul egy újabb negatív töltésű tetraéderes átmeneti állapot, amit
szintén az oxianion kötőhely stabilizál (mint az első esetben is). A vízmolekuláról az egyik
proton rákerül a His-re, ami H-hidat alakít ki a Ser oxigénjével.
Következőben a His hidrogénhíd kölcsönhatásban szereplő protonja átkerül a Ser
oldalláncára, így felbomlik a kötés és kialakul a második termék, ami megfelel az eredeti
fehérje N-terminális részének, ami ezzel új C-terminálist kapott. Utolsó lépésként távozik a
termék. (összesen 7 lépés)
A Michaelis-Menten kinetika alapjai (vizuális ábrázolás):

Az enzimkatalizált reakció termékkoncentráció-idő grafikonja:

Elsőrendű kémiai reakciónál (nem enzimkatalizált) a reakció sebességének elméletben

mindössze [S] szab határt (bal oldali kép), elméletben az a végtelenségig növelhető.
Enzimkatalizált reakció esetében kicsit más a helyzet. Itt egy állandó [E] mellett kis [S]
értékeknél a reakció sebessége kezdetben lineárisan növekszik, majd egyre laposabb lesz a
görbe (jobb oldal). A maximális érték felé tart, ahol Vmax azt jelöli, hogy minden enzim
komplexben van a szubsztráttal. Mivel adott mennyiségű az enzim, egy idő után nem
növelhető tovább a reakció sebessége. Ez a szubsztráttelítési görbe.
A Michaelis- Menten kinetika alapegyenlete:

V0 = Vmax[S]/(KM + [S])

Ahol a V0 a kiindulási sebesség, Vmax a reakció maximális sebesége, KM a Michaelis-konstans,

S pedig a szubsztrát koncentrációja.

A Vmax, KM, kcat és kcat/Km fogalmak értelmezése:

A Vmax egy enzimreakció maximális sebessége, ami akkor következik be, ha minden enzim
komplexben van egy ligandummal, vagyis a szubsztrát telíti a molekulákat.

KM a Michaelis-konstans, azt a szubsztrátkoncentrációt jelöli, ahol a reakció sebessége a V max

fele.

kcat egy reakcióra vonatkozó ES komplex (enzim+szubsztrát) termékké bomlásának üteme, a

katalitikus sebességi állandó

kcat/KM hányados egy másodrendű reakció sebességi állandója, ez mutatja meg, hogy egy
„legnehezebb szituációban”, amikor nagyon alacsony a [S], mennyire hatékony az enzim,
emiatt ezt a hányadost szokták emlegetni „katalitikus hatékonyságnak” is. A k1 sebességi
állandó az, ami azt mutatja, milyen ütemben találkozik enzim szubsztráttal, a k 2 pedig a
termékké bomlás sebességét. A k-1 annak az üteme, amikor az ES komplex újra enzimmé és
szubsztráttá bomlik. Ha k2 >> k-1, akkor szinte csak termék irányba történik bomlás, ilyenkor
megközelíthetőleg megegyezik k1 értékével, vagyis a reakció sebességét szinte csak az ES
komplex kialakulás sebessége szabja meg. Ennél gyorsabb nem is lehet a reakció igazából,
mivel nem keletkezhet gyorsabban termék, mint ahogy ES komplex képződik (először
találkozniuk kell, csak utána képződhet).

Reverzibilis foszforiláció:

A nem kovalens allosztérikus szabályozás mellett a leggyakoribb molekuláris szabályozó

mechanizmus. Kovalens szabályozási mód, egy foszforilcsoport kapcsolódik a fehérjéhez,
ennek donorja minden esetben ATP. Foszforilációt protein-kinázok (alapvetően két csoport:
Ser/Thr kinázok és Tyr kinázok, mindegyik az OH-csoportot foszforilálja), a defoszforilációt
pedig protein-foszfatázok végzik. Az ATP hidrolízis (savanhidrid kötés bomlik) -30 kJ/mol
szabadentalpia változással jár, ennek a fele megőrződik a fehérje foszforilációjakor létrejövő
észterkötésben. Ennek a hidrolízise további -15 kJ/mol szabadentalpiaváltozással jár, ez
gyakorlatilag elég ahhoz, hogy a reakciót irreverzibilissé tegye. Egy reakció egyensúlyi
állandójának eltolása egy nagyságrenddel 5,69 kJ/mol szabadentalpia változással jár, ami azt
jelenti, hogy az egyensúly a foszforiláció-defoszforiláció esetében erősen a foszforiláció
irányába van eltolva. Ennek a kulcsa a kötések típusában van, foszforiláció során egy nagy
belső energiájú savanhidrid kötés hasad és egy kisebb belső energiájú észterkötés jön létre, a
savanhidrid kötés hasadásával járó szabadentalpia változás elég az észterkötés létrehozására,
viszont az észterkötés hasításával járó szabadentalpia változás nem elegendő a savanhidrid
kötés létrehozására. Emiatt nem játszódhat le a foszforiláció folyamata visszafelé, egy más
enzimnek kell végeznie a defoszforiláció folyamatát, ami hidrolízissel fog történni. Fontos,
hogy mert nem termodinamikai értelemben reverzibilis a foszforiláció, hanem két ellentétes
irányú, önmagában irreverzibilis folyamat, amiket enzimek katalizálnak. Hatékony
szabályozási mód, az új foszfátcsoport töltéseket adhat/semlegesíthet, valamint segítségükkel
a fehérje több H-híd létrehozására lesz képes, ezekkel konformációváltozást lehet előidézni.
Az allosztériához képest hosszabb életű, a bekapcsolás/kikapcsolás időtartamát az enzimek
további szabályozásával lehet a továbbiakban finomhangolni. Tipikus példák erre a protein
kaszkádok, ezek egymás foszforilásával jelátviteli útvonalakat hoznak létre (pl. MAPK
útvonal).

Összefoglaló kérdések:

1. Hasonlítsa össze a fibrózus és globuláris fehérjék tulajdonságait, mutassa be, hogy az
aminosav- szekvencia miként szabja meg a térszerkezetet, utóbbi a fehérjék fizikokémiai
tulajdonságait, amelyek ezen keresztül a fehérje biológiai funkcióit. Értelmezze az
Anfinsen-kísérlet jelentőségét.

2. Fejtse ki, hogy mit értünk affinitás alatt. Milyen viszonyban áll az affinitás a
funkcióval? Ismertessen olyan példákat, ahol a nagy, és olyanokat, ahol az alacsony
affinitás kell a funkció ellátásához. Ismertessen példákat arra, hogyan lehet egyes
kölcsönhatások affinitását szabályozni.

3. Az ellenanyagok példáján keresztül mutassa be, hogy egyes funkciók miként

különülhetnek el egyes fehérjerészek közt. Magyarázza el, mit értünk aviditás alatt, és
ennek a biológiai jelentősége miként érhető tetten pl. ellenanyagok esetében.
4. Miért jó példa a hemoglobin (és a mioglobin) a fehérjék szerkezet-funkció
összefüggéseinek bemutatására. A hemoglobin esetében milyen szabályozási
mechanizmusok biztosítják az optimális élettani funkciókat?

5. Foglalja össze, hogy termodinamikai értelemben az enzimek hogyan gyorsítják a

biokémiai reakciókat és milyen katalitikus mechanizmusokkal érik ezt el (példaenzim).
Hogyan tudná fotometriás mérés alapján meghatározni egy reakció kezdeti sebességét,
maximális sebességét és Michaelis-állandóját?

6. Példákon keresztül ismertesse és hasonlítsa össze a fehérjeműködés szabályozási

lehetőségeit.