A fehérjeszerkezet-vizsgálat korszerű módszerei

1. Előadás

Bevezetés: a fehérjék azonosítása,

általános fizikai és szerkezeti tulajdonságaik I.
 A fehérjék általános jellemzői
- Egy átlagos emberi sejt tömegének kb. 20%-a, míg a sejtet alkotó molekulák számának kb.
0.01 %-a fehérje.
- Globuláris és fibrilláris fehérjék
- Funkcionális fehérjék: - katalízis (enzimek)
- felismerés, kötés, kötődés
(transzportfehérjék, antitestek, receptorok, hormonok, stb.)
- kapcsolók (on/off állapotnak megfelelően különböző
jelátviteli folyamatokban vesz részt a fehérje)

GDP, “off” GTP, “on”

 A fehérjék általános jellemzői

- szerkezeti fehérjék (pl. kollagén, aktin, stb.)

~ 42 kDa
Aminosavak: a fehérjék építőelemei

* *

- oldallánctól eltekintve semleges molekulák

- “zwitterion”
- gerinc atomok: N, C*, C, O(H)
- oldallánc: R változatos lehet
Aminosavak: a fehérjék építőelemei

szelenocisztein pirrolizin
Aminosavak: a fehérjék építőelemei
A peptid kötés
 A fehérjék szerkezete

-“rugalmas”, “elasztikus”
- hierarchikus felosztás:
elsődleges szerkezet: szekvencia, konstitúció, a fehérjét alkotó aminosavak
kapcsolódási sorrendje.
másodlagos szerkezet: peptidsíkok egymáshoz képest történő elfordulása
útján kialakuló, a peptidgerinc intramolekuláris kölcsönhatások által stabilizált
lokális (legalább négy aminosavra kiterjedő) rendezettsége.
harmadlagos szerkezet: egy fehérjelánc teljes térbeli szerkezete.
negyedleges szerkezet: több láncból álló fehérjék egyes alegységeinek térbeli
elrendeződése.
A másodlagos szerkezet
A másodlagos szerkezet
A másodlagos szerkezet
a-helix (periodikus)
A másodlagos szerkezet
b-konformáció (periodikus)
A másodlagos szerkezet

b-kanyarok (aperiodikus)
A másodlagos szerkezet
 A másodlagos szerkezet
A Ramachandran diagram:
 A harmadlagos szerkezet

Motívumok v. szupermásodlagos szerkezetek:

A másodlagos szerkezeti elemek lineáris, szekvenciamenti, valamint

térbeli elrendeződése olyan összetett felületet hoz létre, amely lehetővé
teszi, hogy a fehérje kölcsönhasson kis molekulákkal, vagy más
biomakromolekulákkal, amelyek szintén rendelkeznek hasonló,
komplementer karakterű felülettel.

FUNKCIÓ

Domain:

A fehérjelánc olyan egysége, mely a fehérje többi részétől függetlenül

önálló felgombolyodásra, funkcióra és evolúcióra képes.
 A harmadlagos szerkezet

b-hajtű:
 A harmadlagos szerkezet

Különböző b-redő
topológiák:
 A harmadlagos szerkezet

b-hordó szerkezet:
 A harmadlagos szerkezet

Helix-kanyar-helix motívum:

DNS-kötő Ca2+-kötő EF-kéz

 A harmadlagos szerkezet

Cink-ujjak:

Két Cys és két His oldallánc által koordinált Zn 2+ ion

stabilizálja a szerkezetet.
 A harmadlagos szerkezet

Leucin-cipzár:

A helikális szerkezetű lánc

szekvenciájának minden 7.
pozíciójában leucin található

A két szomszédos helix leucin

oldalláncai közötti hidrofób
kölcsönhatás stabilizálja a
szerkezetet
 A harmadlagos szerkezet

A Trp-kalitka:

20 aminosavból álló peptid, amely

Stabil harmadlagos szerkezettel
rendelkezik.

A szerkezetet Pro és Tyr oldáncok

által “kalitkába zárt” Trp oldallánc
útjan létrejövő hidrofób mag
stabilizálja.
 A negyedleges szerkezet

•több láncból álló fehérjék egyes alegységeinek térbeli elrendeződése

•ezek a láncok lehetnek szerkezetileg teljesen azonosak, vagy akár teljesen

különbözőek
•Az alegységeket nemkötő kölcsönhatások tartják össze.

•Az egyes alegységek funkcionálhatnak külön-külön, vagy kooperativan is (pl.

hemoglobin)

Gfehérje-kapcsolt
•

m-opioid receptor
hipotetikus
homotetramer
modellje
 A negyedleges szerkezet

• HIV-1 proteáz: homodimer, monomerként nem funkcionál