Fehérjék: tartalomjegyzék

1) Bevezető
2) A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosav sorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
3) A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
4) A fehérjék belső mozgékonysága
5) Bevezetés az enzimek világába
- oxidoreduktázok (az alkohol-dehidrogenáz)
- transzferázok
- hidrolázok (a szerinproteázok, a lizozim)
- liázok
- izomerázok
- ligázok
6) Érdekes fehérjék
https://www.youtube.com/watch?v=wvTv8TqWC48
 1) Bevezető
- az élő rendszerekben a víz után a fehérje a legelterjedtebb molekulatípus,
- a fehérjék lokális koncentrációja igen magas,
- sokrétű feladatot látnak el: motorfehérjék, enzimek, antitestek, hormonok, szállítanak, etc.
- a sejtben előforduló szinte összes kémiai átalakítást fehérjék végzik

RNS vírus: 1-25 gén

DNS vírus: 10-1 000 gén
Baktérium: 500-6 000 gén

ember (~3 000 000 000 bp):

23 000-24 000 gén
~100 000 fehérjét kódol
növény: > 50 000 gén

A fehérjék természetes lineáris polimerek: poliamidok

http://www.youtube.com/watch?v=B_zD3NxSsD8
Poliamid polimerek: kémiai összetétel

Egyetlen amino-karbonsavból is felépíthetünk lineáris poliamid rendszereket:

1 mol e-kaprolaktám poliaddíciós reakciója 1 mol vízzel elindítható, amely e-peptideket

eredményez (~260°C /N2 atmoszféra, 4-5 óra reakcióidő után az ismert műanyagot a poliamid
6-ot vagy más néven a Nylon 6-ot kapjuk).
Poliamid polimerek: az amidkötés téralkata

A határszerkezetek szemléltetik hogy 2 nem-

kötő elektronpár 3 centrumra (O, C’ és N)
delokalizálódik, így a C-N kötésnek is van
kettőskötés jellege, s ezért válik a peptidkötés
síkalkatúvá: 6 atom (Ca,C’,O és a Ca,
NNH,HNH) egy síkban van.

Az amidkötés adatai:

Az amid síkalkatú, s ennek következménye, hogy a polipeptidlánc

nem teljesen flexibilis. A főláncban az ismétlődő amidokat a Cα
atomok „kötik” össze. Az NNH-Cα és a Cα-C’ kovalens σ-kötések
mentén az elfordulás viszonylagosan szabad, annak mértékét a φ és
a ψ torziósszögek nagysága méri. (Az oldalláncok torziósszög
értékeit a χ(i) változók rögzítik.)
2) A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosavsorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
Az elsődleges szerkezet a fehérjét felépítő aminosavak sorrendje: balról jobbra, az
N-terminálistól a C-terminális felé írjuk és rajzoljuk a polipeptidláncot. A kémiai
összetételt, azaz az aminosavakat és azok sorrendjét a megfelelő gén(ek) kódolják.

H-Thr--His--Ile--Ser--Ser--Ile-Met-Pro-Leu-Glu-OH
http://www.youtube.com/watch?feature=endscreen&v=Q7dxi4ob2O4&NR=1
A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosavsorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
A szabályos (periodikus és aperiodikus) valamint szabálytalannak (fokozott
belső mozgásúnak leírt, rendezetlennek) mondott fehérjerészek együttese.
Elsőként Linus Pauling javasolta az a-hélix és a b-redőzött rétegek megjelölést.
E két fajta, valamint a többi tipikus konformációs építőelem a Ramachandran-
felület jellegzetes régióiban azonosítható. Meghatározásukhoz gyakran
ismétlődő alapalkatok (foldamer) és mintázatok (pl. H-híd) felismerése vezet.
a-hélix
b-redő

-kanyar

tipikus peptidkonformerek elhelyezkedése a Ramachandran-felületen:

0o  j,y 360o intervallum esetén a E=E(j, y) térképen
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.
Polipeptidek térszerkezete

szabályos,tipikus szabálytalan, atipikus

konformerek konformerek

periodikus, aperiodikus,
homo-konformerek hetero-konformerek

f(i) = f(i–1) és f(i) ≠ f(i–1) és

y(i) = y (i–1) y(i) ≠ y (i–1)

- 310-, a-, π- hélix, b-kanyar szerkezetek:

- b-redőzött réteg, - I (és I’) típusú
- kollagén-hélix - II (és II’) típusú
(PPII szerkezet) - VIa (és VIb) típusú
- VIII típusú
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.

- alfa hélix (α-hélix):

a természetes L-aminosavak esetében a C-terminális
jobb (csavar)menet téralkat a szokásos (rugó).
Itt minden (i+4). amidcsoport H-donor az i.
amid C=O felé.
alfa hélix: Pauling-Corey-Branson

jobbmenetes balmenetes
a-hélix a-hélix

N-terminális

f(i) = f(i–1) ~ –54º és

y(i) = y (i–1) ~ –45º

memo: a 2 db a-hélixből feltekeredő coiled-coil szerkezet, balmenetes

szupramolekuláris komplexet eredményez. => harmadlagos szerkezet
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.
Helikális vagy spirális téralkat:
lehet jobbmenetes vagy balmenetes
1) ha a spirális szerkezeti elemnek nincs kitüntetett vége (vagy eleje)
(pl. rugó) akkor is lehet a tükörképi párja.
2) ha a spirális szerkezeti elemnek van kitüntetett vége (vagy eleje):
pl. oszlop (töve és teteje), csavarhúzó (feje), peptid hélix (N- és C-term.)
N-term. C-term.

memo: Jobbkezesek a
fehérjékben található
tehát ez egy jobbmenetes csavar a-hélixek,a DNS A és
A jobbkéz B formái, stb.
szabály:
tehát ez egy jobbmenetes a-hélix

def.: Nézzük a hélixet a hossztengelye mentén. Ha a helikális elmozdulás, amely a

nézőtől távolodik az óramutató járásával megegyező irányú, akkor az a hélix
jobbmenetes. (Ezt a hélix típust szokás P-helixnek (plusznak) nevezni.)
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.

Az a-hélix tipikus geometriai jellemzői:

• jobbmenetes
• 3,6 aminosav menetenként
• 0,54 nm menetmagasság
• 0,15 nm emelkedés/aminosav
• periodikus: 5 csavar/18 aminosavrész után
• d = 1,05 nm
• R-csoportok a palástra merőlegesen kifelé
• H-kötések hélix tengellyel párhuzamosak

Robert Brainard Corey (1897 –1971)

Az a-hélix és a b-redő felfedezője

Animáció → http://www.youtube.com/watch?v=eUS6CEn4GSA
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.

A kollagén: (a görög kolla (‘enyv’)

és gennao (‘nemz, létrehoz’) X Y Gly
elemekből, tehát ‘enyvképző’. Y Gly X
Gly X Y
X Y Gly
a kollagén téralkata: Y Gly X
a természetes L-aminosavak Gly X Y
esetében az egyes szálak
balcsavarmenetűek.
Ideális aminosav összetétel: -
POG-.

a tropokollagén: memo: Testtömegünk közel negyedét

a három kollagén szál együttese, ez a fehérje teszi ki; hialuronsavval és
kondroitin szulfáttal „kiegészülve” a
amely jobbmenetes hélixet
bőr, a porc, az ín, az ízület és csont
eredményez! (1954) meghatározó komponense.
f(i) = f(i–1) ~ –60º és
y(i) = y (i–1) ~ +135º
Animáció →
http://www.youtube.com/watch?v=FYbe8hAWvjU
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.
b-redőzött réteg (vagy b-redő) téralkat esetén - antiparallel és
- parallel redőket
különböztetünk meg.
Ezen másodlagos szerkezeti forma a gerincatomok H-hidas
összekapcsolódásának következménye, – melyben az
oldalláncok csak közvetetten vesznek részt – s ezért sokfajta
aminosav azonosítható a a különböző b-redőkben. (Az
oldalláncok a redő síkja „alatt és felett” helyezkednek el)
- az antiparallel redőzött réteg térszerkezet:
f(i) = f(i–1) ~ –150º
y(i) = y (i–1) ~ +150º

Animáció→ http://www.youtube.com/watch?v=wM2LWCTWlrE
 N N
A parallel redőzött réteg térszerkezet: Ca
Ca
O C O C
N H N H
Ca Ca
C O C O
H N H N
Ca Ca
O C O C
N H N H

Egy érdekes példa: a selyemszál: - aminosav összetétele konzervatív

(Gly:Ala:Ser = 3:2:1)
- szekvenciális összetétele:
–Gly–Ala–Gly–Ala–Gly–Ser–
- térszerkezete jellegzetes b-szál

jellemzői:
feszes lánc — nem nyújtható
hajlékony — rétegek elcsúszhatnak
selyemfény — rétegek fénytörése
A másodlagos szerkezeti elemek: a-hélix, b-redő, stb.

-a b-kanyar térszerkezet: i+1 i+2

-a hurkok:

i i+3
A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosavsorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)

Egy fehérje harmadlagos szerkezete azonos az azt felépítő egyetlen polipeptidlánc

3D- vagy térszerkezetével. A másodlagos szerkezeti elemek feltekeredése következtében
létrejövő téralkat egy időátlagban “kvázi azonos” konformer. Jellegzetes hidrofób- és
ionos (só-híd) kölcsönhatások, illetve a diszulfid-hidak stabilizálják a kialakult 3D
szerkezetet.

A fehérjék téralkatát stabilizáló

5-fajta kötés:
– peptidkötés,
– hidrogén-híd (kötés),
– diszulfid kötés,
– ionos kötések,
– hidrofób erők (kötés)
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
Milyen erősek a fehérjéket összetartó kötések és erők?

Kovalens kötés Hidrogén-híd Ionos-kötés Van der Waals Hidrofób erők

~100 kcal/mol ~3 kcal/mol ~ 5 kcal/mol ~1 kcal/mol ~3 kcal/mol
„megosztott”
víz-víz teljes töltésátadás fluktuál nem igazi kötés
elektronok
H-híddal entrópia
szerves-vizes indukált dipól
kompetícióban vezérelt
erős „száraz” csak sztérikus csak vízben
szerves-szerves
kristályokban közelség esetén hatásos
gyenge, orientáció
erős vízben gyenge gyenge gyenge
érzékeny

A biomolekulák harmadlagos
szerkezetének kialakítása során
a gyenge kötések
(kölcsönhatások) összessége
igen jelentős.
 3
Van der Waals- V/ek r0= 2.58 Å
(hidrofób) potenciál 2,5

2
- „túl távol” aszimmetrikusan
polarizált elektronfelhők 1,5
vonzása (r0/r)-12
1
- „túl közel” elektronfelhők
egymásba hatolása taszítást 0,5 (r0/r)-12 - (r0/r)-6
okoz
0
r
2 2,5 3 3,5 4 4,5 5
-0,5
ideális (van der Waals)
-1 távolság
-(r0/r)-6
-1,5

-2
Johannes Diderik
van der Waals
(1837 - 1923)

túl közel ideális túl távol

taszítás egyensúly vonzás
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
a-domén szerkezetek:
coiled-coil
négyes hélixköteg (four-helix bundle)
GCN4
citokróm b562 (a légzési elektron-
transzkripciós
transzportlánc része)
faktor

Keratin fibrilláris szerkezeti fehérje http://www.youtube.com/watch?v=S8ddylPOn5w

a-keratin (haj, gyapjú, köröm) és
b-keratin (köröm, kagylóhéj,
teknőspáncél)

Aktin:
mikrofilament
monomer egysége

Miozin
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
b-redő topológiák

N C
aszpartát transzkarbamoiláz enzim
C

bab-motívumok
N
flavodoxin (redox fehérje)

Greek key motívum C N

C N

plasztocianin (elektrontranszporter)
tripszin (vágva)
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
A bab-motívum: C

N
részlet az alkohol
dehidrogenáz enzim
szerkezetéből
(szalagmodell)
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)

A globuláris fehérjék térszerkezete igen sokféle.

A fehérjék feltekeredése (vízben)
A szerkezeti biokémia „dogmája”
•Általánosan elfogadott, hogy az aminosav-szekvencia határozza meg a fehérje térszerkezetét.
• Bizonyíték: denaturációs-renaturációs kísérletek (Anfinsen).
• A fehérje natív térszerkezete az esetek túlnyomó többségében a globális energiaminimumnak
felel meg.
•Hogyan „találja meg” a fehérje a natív térszerkezetét?
• Levinthal-paradoxon:
• egy polipeptidlánc lehetséges konformációs állapotainak száma csillagászati:
(pl. 100 aminosav, 9 gerinckonformer/aminosav: 9100 ≈ 2.6 x 1095)
• Az ismert fehérjék néhány másodperc (vagy rövidebb idő) alatt feltekerednek: nincs idő a
lehetséges téralkatok töredékének kipróbálására sem (világegyetem kora < 1018 s)
• A feltekeredés adott útvonalon (útvonalakon) zajlik, lényeges a lokális kölcsönhatások és az
azok révén kialakuló szerkezeti „magok” szerepe
másodlagos
• Alapvető feltekeredési modellek: szerkezeti elemek
kialakulása
feltekeredett
(folded) fehérje
„hidrofób
összeomlás”

kitekeredett
(unfolded) feltekeredési mag
fehérje (folding nucleus)
A ribonukleáz redukciója és denaturálódása

Chrisian B. Anfinsen
1972 Nobel-díj
Ribonukleáz feltekeredése

A ribonukleáz renaturálódása

feltekeredés
“folding”
A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
Fehérjék denaturálásához használt reagensek: kaotróp molekulák

Fehérjék denaturálásához használt reagensek: az –SS- kötések redukciójához

A harmadlagos szerkezet (domének és modulok)

definíció: 50%-os feltekeredés:

amikor a molekulák fele feltekeredett, ám a másik fele kitekeredett marad.
memo: nincs félig feltekeredés!!!
A harmadlagos szerkezet:
a termostabilitás Cp,exp / (mJoC-1)
6
A hődenaturálás:
Ubiquitin (76 as., 8,5kDa) 3 Tm≈50oC
DSC: Differential Scanning Calorimetry
Θ/oC
0
30 45 60 75
Az Ubiquitin DSC termogramja alapján a fehérje 40oC alatt megtartja natív téralkatát,
aztán endotermikus konformáció változáson megy át.
Tm, olvadáspont (~50oC olvadási hőmérséklet, melting temperature) az a hőmérséklet,
ahol egy adott nyomáson a folyadék és a szilárd fázis egyensúlyban van.

Ribonukleáz T1 Tm= 47oC (320K). pH=7 és T=298K a

fehérje letekeredéshez szükséges DG mindössze 22.5
kJ.mol-1, ami alig több, mint egy erősebb H-híd (DG≈20
kJmol-1). Hogy lehet ez, amikor ugyanez a fehérje tele
van a-hélixszel és b-redővel, amely egy sor H-hidat
tartalmaz?
Atkins de Paula 118
 Ribonukleáz T1 Ha T=298K akkor a fehérje
letekeredéshez szükséges DG mindössze 22.5 kJ.mol-1,
ami alig több, mint egy H-híd (DG≈20 kJmol-1).

Kérdés: Hogy lehet ez, amikor ugyanez a fehérje tele

van a-hélixszel és b-redővel, amely egy sor H-hidat
tartalmaz?
Atkins de Paula 118
Példa:
Becsüljük meg a DH-t:
~ 4 menet hélix →3.6*4→ ~ 15 a.s → ~ 12 H-híd → ~ 12*2= 24 kcal.mol-1
~ 3 hosszabb b-redő → 3*8→ ~ 24 a.s → ~ 22 H-híd → ~ 22*2 = 44 kcal.mol-1
Σ DH > 68 kcal.mol-1
Becsüljük meg a DS-t:
1) Legyen a fehérje letekeredett állapotában minden aminosavnak 3 lehetséges és egyforma
valószínűséggel megjelenő gerinc konformere. Ekkor S = R ln (3100).
2) Ha feltekeredik egy ötös peptid rész (pl. kanyar) és annak már csak 1 lehetséges konformere
van, akkor S = R ln (395) már csak. (A változás Rln(35) ami szobahőn (T=25oC) ~ 3.2 kcal.mol-1.
3) Ha az egész feltekeredik, mit 20 db. pentapeptid darab, akkor az S ~ 20* 3.2 = 64 kcal.mol-1.

DG = DH-TDS = 68 - 64 = 4 kcal.mol-1
A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosavsorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
A fehérjék negyedleges szerkezetének kialakulása során több, akár eltérő,
akár azonos polipeptidlánc vagy fehérje kapcsolódik össze, s alkot
funkcionális egységet. A keletkező dimerek, trimerek, tetramerek stb.
akkor nevezzük homo-dimernek, homo-trimernek stb. ha a felépítő
egységek azonosak. Ha eltérőek, akkor a hetero- előtagot használjuk.

Az IL-8 biológiai szerepe: a legfontosabb a célsejteken (fehérvérsejteken) a kemotaxis kiváltása.

A negyedleges szerkezet A hemoglobin térszerkezete és működése:

eritrocita, thrombocita, leukocita

vörösvérsejt, vérlemezke, fehérvérsejt
kék: a-alegységek, sárga: b-alegységek, lila: vas centrumok
A hemoglobin a vörösvértest szállító metalo-fehérje, amely az oxigén transzportban
vesz részt. (A gerincesekben jellegzetes)

Egyetlen Glu→Val aminosav csere

befolyásolja a hemoglobin tészerkezetét
és működését, amely fiziológiás
koncentrációban a sarlósejtes anémia
betegségéhez vezet. (De a maláriával
szemben ellenállóbb a szervezet.)
sarló alakú vörösvérsejtek
A negyedleges szerkezet
Több doménből felépülő fehérjék
a működéshez elengedhetetlen a domének kooperativitása

sejt-mátrix kapcsolatot kialakító fehérjék (integrinek) aktiválódása

során jellegzetes makroszkopikus szerkezetváltozás következik be.

http://www.youtube.com/watch?v=FJ4N0iSeR8U
Fehérjék: tartalomjegyzék

1) Bevezető
2) A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosav sorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
3) A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
4) A fehérjék belső mozgékonysága
5) Bevezetés az enzimek világába
- oxidoreduktázok (az alkohol-dehidrogenáz)
- transzferázok
- hidrolázok (a szerinproteázok, a lizozim)
- liázok
- izomerázok
- ligázok
6) Érdekes fehérjék
3) A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
Fehérjék analitika és térszerkezet-vizsgálati módszerei:

Az atomi szintű szerkezetkutatás legfontosabb eszközei: - NMR-spektroszkópia

- röntgen-krisztallográfia
- molekula-modellezés
A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
Mit rejt a kristály?

Fehérje röntgen-
krisztallográfia:
kémiai Nobel-díj, 1962
Max Perutz, John Kendrew

kristályban az egyes atomok helye térben jól meghatározott  részletgazdag

térszerkezet
A negyedleges szerkezet
Mit rejt az oldat: NMR-spektroszkópia

Fehérje NMR:
kémiai Nobel-díj, 2002
Kurt Wüthrich

anyagszükséglet: 1 mM vizes oldatból 300-600 μl

szerkezeti sokaság
4) A fehérjék belső mozgékonysága
A makroszkopikus mozgás mikroszkopikus háttere: „ a táncrend”

10 0,1
cm mm

szervezet sejtek

1 0,1
nm m

fehérjemolekulák sejtalkotók
A fehérjék belső mozgékonysága
Minden fehérje határozott, belsőleg kódolt
mozgékonysággal rendelkezik:

szinkronizáltabb mozgás, szinkronizálatlan mozgás,

rendezettebb téralkat rendezetlenebb téralkat

memo: egymásba ágyazott, eltérő időskálájú mozgások

~ 1s 105 s ~ 1h 3. 107 s ~ 1év

A fehérjék belső mozgási időskálája hurkok és kanyarok
záródása
0.1ms ↔ 10ms

másodlagos szerkezeti
elemek 10ns ↔ 1ms

H/D Rex
feltekeredés Rot. Dif.
1ms ↔ 1h korrel. idő
1ns<tc< 10ns

gerinc dinamika
1ps ↔ 10ns

tlokális

aggregáció teffektiv= tC +tlok.

oldallánc forgás
1 s ↔ 1 év 0.1ps ↔ 10 ps
Fehérjék: tartalomjegyzék

1) Bevezető
2) A fehérjék szerkezeti hierarchiája:
- elsődleges szerkezet (aminosav sorrend)
- másodlagos szerkezet (a-hélix, b-redő, stb.)
- harmadlagos szerkezet (domének és modulok)
- negyedleges szerkezet (alegység-struktúrák)
3) A fehérjék térszerkezet-viszgálati módszerei
4) A fehérjék belső mozgékonysága
5) Bevezetés az enzimek világába
- oxidoreduktázok (az alkohol-dehidrogenáz)
- transzferázok
- hidrolázok (a szerinproteázok, a lizozim)
- liázok
- izomerázok
- ligázok
6) Érdekes fehérjék https://www.youtube.com/watch?v=UVeoXYJlBtI
https://www.youtube.com/watch?v=yk14dOOvwMk
5) Bevezetés az enzimek világába
a sejtben előforduló szinte összes kémiai átalakítást
biológiai katalizátorok, az enzimek végzik!
- a legtöbb enzim fehérje
- az átalakítás sebessége akár 106 -1012 szeres
lehet a biokatalízis hatására.
- így lehetséges, hogy a reakciók végbemennek már 37oC-on és neutrális pH-n.

memo: Arrhenius egyenlet (a sebességi egyenlet T

specificitás: az enzim nagy affinitással függése): k= A exp (–Ea/RT)
kötödik mind a saját szubsztrátjához,
k
mind a termékhez.

energia
Ea
(E. Fischer kulcs-zár modell növekvő Ea
megalkotása.)

reakció koordináta
Tipikus enzimreakció:
Keeler 138 T(K)

enzim + szubsztrát ↔ enzim-szubsztrát komplex ↔ enzim + termék

A reakció helye: az aktív hely („centrum”), ahová a szubsztrát tipikusan nem-kovalans

kötésen keresztül kötődik.
Az enzimreakciók leggyakrabban teljesen sztereospecifikusak.
Bevezetés az enzimek világába
példa: egy lipáz enzimmel történő észterhidrolízis:
alapreakció: a lipáz enzimek a zsírsavészterek szelektív hidrolízisében vesznek részt. A „glicerin” rész
megfelelő pontján hidrolizálnak:

sztereospecificitás: legyen az észter királis és használjunk egy racemátot

megfigyelés: az egyik enantiomer észter elhidrolizál, a másik nem vagy
csak nagyon lassan. (a jelenség neve: kinetikus rezolválás) O
O
lipáz C OEt
C OEt
H OH
F
F
(R)-(+)-2-fluorhexánsav-etil-észter
racemát észter >99% enantiomer túlsúly
kiindulási anyag O

C OH

(S)-(+)-2-fluorhexánsav
F
>69% enantiomer túlsúly
H O Et
magyarázat: - a lipáz aktív zsebébe nem fér be az (R)-enantiomer,
ezért az visszamarad és a hidrolízis során 99%-ig dúsul,
- míg az (S)-(-)-sav éppen 69%-ban keletkezik.
Geometriai specificitás megadja, hogy mennyire szigorúan csak egyetlen szubsztrátot fogad el az enzim:
pl: 1) Karboxipeptidáz A a polipeptidlánc C-terminálisáról lehasít egy aminosavat, ha az nem Arg, Lys, Pro és
a megelőző aminosav nem Pro. O
2) kimotripszin: észtert is, amidot is hidrolizál. R'
O
kimotripszin
O R N + H2O + HO R'
O R OH
R' kimotripszin
H
R N + H2O + H3N+ R' észter
R O
H
peptid
Inhibitor: molekula, amely az enzimműködésre negatívan hat, azt gátolja.
Kompetitív inhibitor: amelyik a szubsztráttal versenyez az aktív helyért
vagy annak bekötését oda gátolja.
Kofaktor: nem-fehérje jellegű, de az enzimhez ideiglenesen kötött
molekula/ion, olyan amelyik a katalízist segíti
(apoenzim [fehérje] + kofaktor = holoenzim)
Koenzim: (spec. kofaktor): olyan segédmolekula, mely Fe2+
nincs permanensen az enzimhez kötve pl. NAD
Prosztetikus csoport: (spec. kofaktor): olyan molekula, amely
permanensen az enzimhez van kötve pl. Fe-S centrum, hem, stb.
memo: sok vízoldható vitamin koenzim prekurzor:
nikotinsav → NAD, pantoténsav → CoA

O
Koenzim A
OH

N
niacin
Szerinproteázok (sok egymással nem - feltétlenül - rokon fehérje)
A fehérjék lebontó enzimek (proteázok): pl. kimotripszin, tripszin és elasztáz
(Azért szerinproteáz, mert van benne egy a katalízis szempontjából döntő fontosságú Ser.)

A Kimotripszin:
specificitása: főleg Trp, Tyr, Phe, de Leu, Met után is hasítja az amidkötést
memo: észtereket is hidrolizál
memo: a tripszin más specificitású: Arg vagy Lys után hasít.
Az inaktív kimotripszinogénből (245 as.) két dipeptid kihasadása és egy „refolding”
során képződik az enzim. A konformációs átrendeződés eredményeként sztérikusan
közel kerül a katalitikus triád 3 eleme.

A katalitikus triád: Asp…His…Ser

Szubsztrátkötő hely
Aktív hely, benne a katalitikus triáddal

ez a peptidkötés
oxianion üreg
fog elhasadni
szubsztrátkötő
zseb

egy aromás (R1)

csoporttal
rendelkező
szubsztrát N-
terminális része
Proteolízis, biodegradáció:
Amid-hidrolízis elemi (szereves
kémiai) reakciólépései:
- nukleofil addíció,
- elimináció.
A deprotonált aszpartát az imidazol
protonját vonzva, növeli az imidazol
másik nitrogénjének protonvonzó
képességét, minek hatására a Ser
oldalláncának H-O kötése lazul, s így
az oxigén jobb nukleofil lesz!
memo: „lombikban”, vízben az
amidkötés nem hidrolizál, felezési
ideje években mérhető, pedig a H2O
kb. olyan nukleofil mint a HO-
CH2- Ser oldallánca. (lásd peptidek
5-6 oldal)
 His
57
Asp
102
O CH2
Ser
H 2C C 195
O H N
memo: a hasítandó peptid
N CH2 acilezett időlegesen kovalensen kötődik az
H O szerin enzimhez: C-terminális acilezi a Ser
H O oldalláncát (észter), míg az
H2O N C elhasított amidkötés N-terminális
R R
része távozik az aktív centrumból.
Az aktív hely
regenerálódása

His
57
Asp
102
O CH2
Ser
H2C C 195
O H N

N CH2
memo: észter hidrolízise, AdNu
H O acilezett
szerin
O C O
RNH2
H R
 His
57
Asp
102 CH2
O
Ser
H 2C C 195
O H N

N CH2 tetraéderes
H O intermedier
O
O C
H R

His
57
Asp
102 CH2
O
Ser
H 2C C 195
O H N

N CH2 memo: lehet készíteni olyan enzimet,

regenerált
H O amelyik a fordított folyamatot katalizálja.
aktív centrum
O C O Feltehetőleg a riboszómán a
karbonsav H R fehérjeszintézis során (RNS-részek
termék közreműködésével) ilyen fordított
folyamat zajlik.
Összefoglalás:

A kimotripszin irreverzibilis
inhibitora: pl. DIPF
Lizozim: egy tipikus enzimműködés
(Lysozyme:= lyse: felold + enzyme)
A Lizozim feloldja (kilukasztja) a baktériumok
sejtfalát: katalizálja a sejtfal poliszacharid egy
adott részének hidrolízisét.
Alexander Fleming
Nag-Nam-Nag-Nam-Nag-Nam 1922-ben „megfázott”

R2 R1 R2 R1 R2 R1
HO O O O O O
OH A OR3 B OH C OR3 D OH E OR3 F
O O O O O O OH
1 2 1 2 1
R R R R R R2

R1 = CH2OH R2 = NHCOCH3 R3 = CH(CH3)COOH

HOCH2
O OH
OH
HO
NHCOCH3
b-D-N-acetil-glükozamin
(Nag)

HOCH2 CH3
O OH R: H
OR COOH
HO
NHCOCH3
b-D-N-acetil-muraminsav
(Nam)
A Lizozim biokatalizált glikozidkötés
hidrolízisének molekuláris háttere:
1) A D-E glükopiranóz gyűrűk elhidrolizálása:

David Chilton
Phillips
1924-99

memo: a D-gyűrű a bekötés következtében

konformációsan eltorzul, a térszerkezet „feszült” lesz.
https://www.youtube.com/watch?v=TK7onDEElYc

2) A molekuláris felismerés és a hexaszacharid (zöld) megkötésének atomi

részletei:
3) A hidrolízis
legvalószínűbb
mechanizmusának
kétfajta bemutatása:

memo: a természetes
védekezésünk fontos enzimje
tehát a Lizozim, amely patogének
(pl. Salmonella, E.coli vagy
Pseudomonas) ellen nyújt
védelmet.
Alkohollebontás (oxido-
redukció, aromatizáció):

A NADH egyensúlyi reakciója az

acetaldehidet etil-alkohollá redukálja.

A működés lépései és leírása:

1) A NADH és az aldehid megkötődik, alkohol-
utóbbit a Zn2+ koordinálja, dehidrogenáz enzim
(NADH + inhibitor
2) a nikotinsavamid nitrogénjének komplex)
nemkötő elektronpárja delokalizálódik,
a dihidropiridin gyűrű aromássá válik
az egyik C4-es hidrogénatomot
anionként leadva. (oxidáció)

3) A hidridion redukálja az
acetaldehidet, majd a képződő alkoholát
anion protonálódik. A cink mint Lewis-
sav fokozza a karbonil-szén pozitív
polározottságát, s így annak elektrofil
jellegét.

méregtelenítés: ha nagy az alkoholkoncentráció, akkor az egyensúlyi reakció megfordul és az etil-

alkohol acetaldehidé oxidálódik, amely mérgező és a vegyület a másnaposság legfőbb oka.
 memo: Miért mérgezők az alkohol
az alkohol-dehidrogenáz enzim
végzetes adalékai: metanol, etilénglikol?
apoenzim + koenzim + inhibitor
(80 kDa dimer, az emberben
legalább 6 variánsa van,
előfordulás, máj és gyomor)

feladatuk:
NH2
O H - egyensúlyt tartani az alkoholok aldehidek
és ketonok között.
N H2N
N
O O
- méregtelenítés (emlősben): a toxikus
N N O P O P O N alkoholból aldehidet csinál
O O
OH O H
H H
H - fermentálás (baci és élesztő): aldehidből
OH OH OH OH alkoholt készít (redukció)

A NAD+ (Nikotinsavamid-adenin-dinukleotid)
(az élő sejt egyik oxidáló vagy dehidrogénező szere)
 A ”kulcs & zár”
modell
(Emil Fischer)

Hogyan tervezzünk hatóanyagot vagy gyógyszert?

Minél többet meg kell tudnunk a fehérjék

dinamikus téralkatáról, annál nagyobb a sikeres
tervezés esélye!
6) Érdekes fehérjék

Újrahasznosítás: mit őrizzünk meg

és mit dobjunk ki?
Az Ubiquitin

Számos sejten belüli folyamat szabályzó és kontroláló

fehérjéje a viszonylag kicsi, egy doménből felépülő
Ubiquitin. Az evolúció során nem változott: az
élesztőben vagy a humán sejtekben rendre ugyanúgy
néz ki. Legfontosabb feladata, hogy megjelölje a
valamilyen okból sérült fehérjéket, amelyeket később a
sejt felismer, majd lebont. A lebontott fehérjék
aminosavai újrahasznosításra kerülnek, új peptidek
vagy fehérjék épülnek fel belőlük. (Nincs hulladék!)
Érdekes fehérjék
Sejten belüli kommunikáció és
információ-feldolgozás
A TNF-a: tumor nekrózis faktor-a

A sejtben sok molekula feladata a jelátadás vagy a jelfeldolgozás; melyre jó példa

a TNF-a. Olyan esetekben, amelyekben az organizmust külső támadás éri (pl.
baktériumok) az immunsejtek TNF-a-t termelnek és bocsájtanak ki. A TNF-a
túltermelődése a tumoros megbetegedés egy jele.
Érdekes fehérjék

An army of emergency doctors cares for the health of the proteins in each cell

Legend: The small heat shock protein – a chaperone

One of the most severe dangers for a cell is the loss of the 3-dimensional structure and
function of its proteins. This so-called denaturation can be caused by various influences,
among them aging or heat. Denaturation is also the reason why egg white becomes turbid
when cooked. Special proteins, the chaperones, rescue denatured proteins by re-folding them.
Chaperones thus are the molecular emergency doctors of the cell.
Érdekes fehérjék

Staples hold our body together

Legend: Cadherin

Our body consists of trillions of cells that all work together to keep us alive. Between the
cells there is a complex network of molecular cables and connection proteins that keep the
cells together. They prevent our body from falling apart. Cadherin is one of these connection
proteins. It is a long protein that staples together the membranes of two adjacent cells.
Érdekes fehérjék

A molecular drill

P22 tailspike protein. The semi-transparent surface shows the global shape of
the protein.

Viruses can infect not only higher organisms, such as birds or humans, but also bacteria.
Viruses of this type are called bacteriophages, or phages for short. The bacteriophage
P22 infects salmonella that cause, e.g., typhus. In order to infect bacteria, phages have
a special injection machine that drills through the membrane of the bacterium. These are
the so-called “tailspike” proteins.
Érdekes fehérjék

A bacterial defense against antibiotics (b-lactamase/inhibitor complex)

In the past years, alarming news about antibiotics-resistant bacteria repeatedly appeared in
the media. The enzyme beta-lactamase is one of the main defense mechanisms of bacteria
against the class of beta-lactam antibiotics such as the well-known penicillin. These
antibiotics have a chemical ring structure called beta-lactam. Beta-lactamase cleaves this ring
and hence deactivates the anti-bacterial activity of antibiotics.
Érdekes fehérjék

How is oxygen transported from the lungs to the cells and why is blood
red?

Legend: Hemoglobin and its pigment heme (in pink)

In our blood, hemoglobin is responsible for transporting oxygen. It consists of four

proteins and the red pigment heme. Hemoglobin thus is the reason for the red color
of blood. In the lungs, the hemoglobins are loaded with oxygen, which they then
transport to the cells of our body. The image shows an enlarged detail of hemoglobin
with the oxygen-carrying pigment heme shown in pink.
Érdekes fehérjék

Why are we hung over after a night of excessive drinking?

Legend: Alcohol dehydrogenase

Alcohol dehydrogenase is responsible for the degradation of alcohol in our liver. Each
molecule of alcohol that we drink ends up in the liver, where it is broken down to
acetaldehyde by this protein. The degradation product is, however, even more toxic than
alcohol itself, and it causes headaches and digestion problems. Fortunately our liver also has
a protein that degrades the toxic acetaldehyde. This protein, however, works slower than its
colleague alcohol dehydrogenase, providing one of the limits to our drinking capabilities.
Érdekes fehérjék

Where poisons attack us…

Legend: The star-like structure of the

nicotine-acetylcholine receptor
Nicotine-acetylcholine receptors (AChR)
are, e.g., responsible for muscle
contraction. In addition, they also play
essential roles in the processes of thinking
and learning in our brain. AChR are the
target of many naturally occurring poisons
such as, e.g., nicotine, which leads to the
production of adrenaline, or snake and
spider venoms that paralyze the muscles.
Also synthetic poisons such as the lethal
nerve gas Sarin, or clinically used
painkillers and anesthetics act through
AChR.

szarin
Érdekes fehérjék

Arteriosclerosis: touchy giant proteins transport fat

Legend: Two units of apolipoprotein B100 interact

In our blood, cholesterol is transported in so-called LDL particles. LDL particles contain
several lipids (fats) as well as a lipid membrane. They are kept together by apolipoprotein
B100, one of the largest proteins known. The lipids, as well as apoB, are very sensitive to
oxidation. When oxidized, LDL particles can stick together and deposit on the interior walls
of the blood vessels. The result is one of the most frequent causes of death in the western
world: arteriosclerosis.
Kinesin (a motor protein) pulling some kind
of vesicle along some kind of cytoskeletal
filament
A DNS-töl a fehérjéig:
https://www.youtube.com/watch?v=gG7uCskUOrA

Fehérjék élete / funkciója:

https://www.youtube.com/watch?v=u04oBGzQZPw

Fehérje lebontás:
https://www.youtube.com/watch?v=hvNJ3yWZQbE

Sejtalkotók, működésük:
https://www.youtube.com/watch?v=URUJD5NEXC8