ĐỊNH NGHĨA CẤU TRÚC 3D VÀ MỤC TIÊU THUỐC

ĐỊNH NGHĨA

1. Cấu trúc 3D của phân tử thuốc

Cấu trúc 3D của phân tử thuốc là cấu trúc không gian ba chiều được xây dựng từ các
nguyên tố và các liên kết cấu tạo nên phân tử đó.

Cấu trúc 3D của phân tử thuốc có thể xoay cấu trúc theo các trục khác nhau (Ox, Oy và Oz),
giúp nghiên cứu cấu dạng của cấu trúc ở nhiều góc độ khác nhau.

Hình 1.1. Cấu trúc 3D của aspirin (C 9H8O4) theo các trục khác nhau
Cấu trúc 3D có thể biển diễn ở các dạng định dạng khác nhau như: nối đôi hình trụ, cấu trúc
dây, que, hình cầu kết hợp que và lắp đầy không gian.

Dạng dây Dạng hình cầu kết hợp que Dạng lắp đầy không gian
(wire frame) (ball and stick) (spacefill)
Hình 1.2. Cấu trúc 3D của aspirin (C 9H8O4) ở các định dạng khác nhau
Với các chất có cấu trúc tương tự nhau, dựa trên cấu trúc 3D của phân tử thuốc ta có thể
dự đoán khả năng gắn kết với đích tác động. Ái lực của hoạt chất với mục tiêu thuốc thay đổi
tùy thuộc các yếu tố: bề mặt tiếp xúc, khả năng tích tĩnh điện…
 Hình 1.3. Cấu trúc ảnh hưởng đến ái lực của hoạt chất với đích tác động

Nguồn tham khảo:

1. Sách Hóa Dược 1, PGS.TS. Lê Minh Trí, TS. Huỳnh Thị Ngọc Phương.
2. “Aspirin (Molecule of the Month for November 2000)”, Karl Harrison

Available: https://www.3dchem.com/Aspirin.asp#

MỤC TIÊU TÁC ĐỘNG CỦA THUỐC

Mục tiêu thuốc thường có bản chất là protein, bao gồm:

Enzyme

- Chất ức chế enzyme: là chất tác động trực tiếp trên enzyme, làm giảm vận tốc xúc tác
của enzyme.
- Điểm gắn kết của chất ức chế với enzyme
- Ức chế tương tranh và ức chế không tương tranh
 Ức chế tương tranh: các chất ức chế có cấu trúc gần giống với cơ chất  cạnh
tranh với cơ chất để liên kết với trung tâm hoạt động của enzym.
 Ức chế không tương tranh: chất ức chế liên kết với trung tâm khác trung tâm
hoạt động của enzyme  thay đổi cấu trúc không gian của enzyme  giảm hoạt
tính của enzyme.
 Hình 2.1. Ức chế tương tranh Hình 2.2. Ức chế không tương tranh

- Ức chế thuận nghịch và không thuận nghịch

 Ức chế thuận nghịch: có 2 loại là ức chế thuận nghịch cạnh tranh và ức chế thuận
nghịch không cạnh tranh.
 Ức chế không thuận nghịch: chất ức chế liên kết không thuận nghịch với enzyme,
làm bất hoạt enzyme.

Thụ thể (receptor)

- Trung gian thần kinh và hormone

- Thụ thể nằm trên màng tế bào:
 Trong kiểu truyền tín hiệu này, phối tử không cần đi qua màng tế bào mà tương
tác ngay tại bề mặt. Do đó, các phân tử có kích thước lớn hay ưa nước cũng có
thể hoạt động như phối tử.
 Chia làm 3 loại:
1. Thụ thể liên kết với enzyme (thường gặp như tyrosine kinase) (Hình
2.3)
2. Thụ thể liên kết với kênh ion (ligand – gated ion channels) (Hình 2.4)
3. Thụ thể liên kết với protein G (G protein – couple receptors) (Hình 2.5)
 Hình 2.4

Hình 2.3 Hình 2.5

- Thụ thể bên trong tế bào:

 Trong kiểu truyền tín hiệu này, các phối tử cần vượt qua được màng tế bào,
thường là các phối tử nhỏ, kỵ nước.
 Được chia làm 2 loại
1. Thụ thể nhân tế bào
2. Thụ thể tế bào chất
 Hình 2.6. Thụ thể bên trong tế bào

- Chất chủ vận, chất đối vận, chủ vận từng phần
 Chất chủ vận là chất gắn và hoạt hóa receptor cho đáp ứng tối đa
 Chất đối kháng là chất gắn với receptor nhưng không hoạt hóa receptor, làm
ngăn chặn đáp ứng
 Chất chủ vận từng phần là chất gắn và hoạt hóa receptor nhưng không cho đáp
ứng tối đa. Ngoài ra, nó đóng vai trò là chất đối kháng khi có sự hiện diện của
chất chủ vận do sự cạnh tranh receptor.

Hình 2.7. Chất chủ vận, chất đối vận và chất chủ vận từng phần

Protein vận chuyển

- Ức chế quá trình tái hấp thu

 - Vận chuyển bằng đánh lừa protein vận chuyển

Protein cấu trúc, acid nucleic (DNA, RNA), lipid, carbohydrat

Hình 2.8. Các mục tiêu thuốc khác.

Nguồn tham khảo:

1. “Difference between competitive and noncompetitive inhibitor”, Differencebetween.

Available: https://www.differencebetween.com/difference-between-competitive-and-vs-
noncompetitive-inhibition/

2. “Ligands and receptors”, Khan Academy.

Available: https://www.khanacademy.org/science/ap-biology/cell-communication-and-cell-
cycle/signal-transduction/a/signal-perception