1694 elején Bécsbe, majd Magyarországra utazott, hogy május 25-én elfoglalja Sáros

vármegye örökös főispáni székét. Abban az évben a Rajna mellékére ment, a

Franciaország ellen harcoló császári sereghez; ekkor Kölnben megismerte a hessen–
wanfriedi őrgróf leányát, Hessen–Wanfriedi Sarolta Amáliát, és őt az osztrák udvar
fondorkodása ellenére, szeptember 25-én feleségül vette. Jó ideig a sárospataki
várban, Szerencsen, majd eperjesi házában és azon kisebb váraiban lakott, amelyek
nem voltak megrakva osztrák katonasággal. Egyébiránt a közügyekbe nem avatkozott
be, csak magánéletet élt. A császáriak persze nem bíztak benne, ahogy egyébként a
magyarok sem. 1696-ban megszületett első fia, akit a keresztapául felkért I. Lipót
nevére kereszteltetett.

1697-ben nagy nehezen elérte, hogy a római szent birodalmi hercegi rangot, ha
utódaira nem is, de legalább az ő személyére elismerjék. Lipót, aki ekkor már tíz
éve nem hívott össze országgyűlést, Kollonichék abszolutisztikus szellemében
kormányzott. Az országban az elégedetlenség nőttön nőtt.

1697. július 1-jén Thököly Imre bujdosó kurucai a közhangulatot felhasználva éppen
Rákóczi birtokán, a Hegyalján szerveztek felkelést. Meglepték, és elfoglalták
Tokaj, Patak meg Újhely várát, és Rákóczit akarták megnyerni vezérüknek. Ő azonban
kitért a szervezetlen, parasztlázadás-szerű mozgalom elől. Sietve Bécsbe távozott,
ahol az udvar előtt megpróbálta tisztázni magát még a gyanú alól is.

Egyes történetírók ekkorra datálják Kollonich Lipót elhíresült mondását, hogy

„Magyarországot előbb rabbá, aztán koldussá, végre katolikussá fogom tenni”.[7][8]
A felkelő magyarok a haza szabadságának megmentésére, vagyis a régi, Ausztriától
független Magyarországért harcoltak, de a felkelést a megyei nemesség és a magyar
főurak támogatásával a császári hadsereg rövid idő alatt elfojtotta. Ebben
segédkezett Bercsényi Miklós gróf is, de később a nemesi-rendi elégedetlenség
fokozódása idején fokozatosan szembefordult Lipóttal, és mint a Rákóczi-birtokokkal
szomszéd birtokos, egyre szorosabb barátságot ápolt Rákóczival. Összejöveteleiken
megállapodtak abban, hogy a kedvező idő beálltával azonnal megragadják az alkalmat
és ha kell, akár fegyverrel szereznek érvényt közös akaratuknak.

Az 1699. január 26-án megkötött karlócai béke Thökölyt és Zrínyi Ilonát

száműzetésbe kényszerítette. A fiatal Rákóczi Bécsben maradt, a császár keze alatt.

1700 őszén a spanyol örökösödési háború küszöbén XIV. Lajos francia király Ferriol
őrgrófot(wd) küldte Rákóczihoz, aki a király nevében biztatta, hogy álljon az
elégedetlenkedő magyarok élére jelentékeny pénz- és fegyveres segítséget ígérve.
Rákóczi Bercsényivel együtt elérkezettnek látta az időt és november 1-jén (éppen
azon a napon, amelyen II. Károly spanyol király meghalt), levelet írt a Habsburgok
ellenségeként számon tartott XIV. Lajos francia királynak – akivel felesége révén
rokonságban is állt – és külügyminiszterének: „Franciaország jóléte és érdeke,
úgymond, azonos Magyarország jólétével és érdekeivel; a rendek elégedetlenek a
bécsi udvar törvénytelen eljárásával; most inkább, mint bármikor, célt lehet érni,
ha Franciaország a magyaroktól meg nem vonja segélyét”. A Bourbon–Habsburg ellentét
kiéleződésére már csak a megüresedő spanyol trónért folytatott versengés (spanyol
örökösödési háború) okán is számítani lehetett, Rákóczi lépése ezért önmagában
logikusnak tűnhetett, ám a Napkirályhoz írott leveleit rosszul megválasztott
bizalmasa, egy Longueval nevű császári tiszt a bécsi udvar kezébe juttatta.

Rákóczi nagysárosi kastélyából könnyen menekülhetett volna, de beteg nejét nem

akarta elhagyni. Solari császári tábornok 1701. április 18-án éjjel felsőbb
parancsra elfogta, és előbb Eperjesre, majd Kassán, Miskolcon, Budán és
Mosonmagyaróváron át a bécsújhelyi várbörtönbe szállították. Itt ugyanazon börtönbe
zárták, melyből nagyapja, Zrínyi Péter 30 évvel azelőtt a vérpadra lépett. A
kormány, semmibe se véve Rákóczi tiltakozását, osztrák urakból alkotta meg a
rendkívüli törvényszéket. A vizsgálat során kiderült, hogy az ítélet (éppúgy, mint
annak idején nagyapja, Zrínyi Péter esetén) csak halálos lehet. Felesége Rákóczi
elfogatása után azonnal Bécsbe ment, ahol a külföldi követek az ő közbenjárására
utasítást kaptak Rákóczi támogatására; még a jezsuiták is, francia érdekből
kifolyólag támogatták Rákóczi ügyét. Megnyerték a börtönparancsnokot, Gottfried
Lehmann dragonyos kapitányt, aki november 7-én éjjel Rákóczit dragonyos közlegényi
ruhában megszöktette.[9] A fiatal főúr egyik apródja, Berzeviczy Ádám kíséretében
Lengyelországba menekült, ahol védelmet és második otthont talált. Rákóczi élete
azonban még itt is veszélyben forgott, főképp a fejére kitűzött 10 000 forintnyi
vérdíj miatt, úgyhogy jónak látta rokonánál, Sieniawski herceg koronahetman
nejénél, Elżbieta Lubomirska hercegnőnél elrejtőzködni.

Találkozott Bercsényivel Varsóban és újra felvették a kapcsolatot a francia

udvarral. XIV. Lajossal közölt tervük szerint, lengyel segítséggel tör be Rákóczi
Magyarországra, hogy seregeit a már Linzig előrenyomult bajor választófejedelmi
haddal egyesítse.