Ang pag-alis ni Pepe ng bansa ay labis na di sinang-ayunan ng magulang ni Rizal dahil sa mapanganib noong panahong iyon ang mga Pilipinong likas ang katalinuhan at ang karagdagang katalingningan sa pag-aaral sa Europa ay maglalagay sa alinlangan at panganib ang pamilya Rizal. Ang planong pag-alis ni Rizal ay isinagawa niya sa tulong ng kanyang Kuya Paciano at pagtustos nito sa kanyang pag-aaral mula sa kinikita ng lupa ng kanyang Kuya sa Los Banos. Ang pagbabawal ng pagsasabi ng Cavite at Gomburza ay malinaw na kapaliwanagan na ayaw ng pamilya lalo ng magulang ni Rizal na lalong tumalino at humusay ang kanilang anak dahil maglalagay ito sa kanyang sariling kapamahakan at karampat na epekto nito sa buong pamilya. Kung kaya’t ang pag-alis ni Rizal ay naging natatanging lihim na dalawang magkapatid na lalake (Paciano Mercado) upang diumano’y malaman ang lagay ng pulitika, lipunan, ekonomiya at kung ang mga tao rin sa malalayong lugar na ito ay nakakaranas din ng paghihirap, pagmamalupit at labis na paniningil ng mga buwis. Ang kuya Paciano niya ang tumustos sa kanyang pag-aaral at paglalakbay sa Europa ngunit tumulong din ang tiyuhin si Don Antonio Rivera, ang ama ni Leonor. Nais ni Rizal na maglakbay papuntang Europa upang magamot ang mata ng kanyang ina na si Dona Teodora Alonso y Realonda. Ito ay sapagkat ang Optalmolohiya sa Pilipinas ay hindi pa tinuturing na pormal na bahagi ng Medisina (Pseudo-Medicine). 1) Tumasek/Singapura (Singapore)- ito ang unang destinasyon ni Rizal na sumakay sa barkong Salvadora noong ika-3 ng Mayo, 1882. Napansin ni Pepe na kritiko ng bansang Pilipinas ang mga nakasakay niya mula sa mga Espanol at ibang Europeong mangangalakal. Tumuloy si Rizal sa Hotel de Paz sa Singapore dahil sa dalawang araw na pagtigil ng barko upang kumuha ng mga mahalagang kasangkapan. Nakita ni Rizal ang mga magagandang arkitekturang Ingles sa mga gusaling pampahalaan, Museo at hardin Botanikal. 2) Colombo-nagpalit ng barko si Rizal at ang ngalan ng barko ay Djemnah, na mas malaki sa nauna. Napansin ni Rizal ay ang mga pasahero ay nagsasalita ng Pranses. Diumano napakain si Rizal ng kakaibang anghang na pagkain na halos ikasuka niya. 3) Aden- unang pagkakataon na makarating sa daungan (port ng Africa) at ito ay kilala sa kasalukuyang Yemen ng mapadaan siya sa Suez Canal. Nakita ni Rizal na maraming kinakalakal na balat ng hayop mula sa kontinenteng ito mula sa Leon at Leopar at mga tusko ng elepante. Si Rizal ay binangungot din sa lugar na ito dahil na rin sa pinaghubad siya at mga Asyanong sa nasabing barko maaaring magdala ng “tropical disease” sa Europa ngunit ang mga Europeo ay hinayaan lamang sa kanilang mga ginagawa. Upang makalimutan ang kahihiyan inabot ay gumuhit na lamang siya sa mga malalaking mansion na nakita nia sa gilid ng talampas ng Aden na tinawag niyang mga “Lumulutang na Mansion ng Aden (Floating Mansions of Aden).” 4) Napoli- isa sa pangunahing daungan ng Italya. Nabighani siya sa ganda ng tanawin ng dagat, arkitektura at mga gusaling pampubliko. Nakita niya ang mga kalsada’t kalye ay mga cobblestones ang apakan. Nakasabit din sa mga puno ang mga banners na nakalagay ang ngalan ni Giusseppe Garibaldi bilang tagapagbuo ng bagong kaharian ng Italya at isang dakilang Italyanong heneral. Nakalagay dito ang kanyang pagiging mataas na pinuno ng Masoneriya (katungkulan ng pagiging GrandMaster ng Grand Orient ng Italya). 5) Marseilles – nakarating din si Pepe sa pangunahing daungan ng Pransiya. Diumano matagal ang pananatili dito sa daungan na ito kaya tumuloy si Rizal sa Hotel de Marseilles, ang pinakamahal na Hotel sa lugar at dito kumain siya ng umagahan, tanghalian at hapunan dahil siya ay nasarapan sa handa. Ito naman ay ikinagalit ni Don Paciano sa labis na ginastos ni Rizal. Nakita din ni Rizal ang mga mapalamuting kalsadang cobblestones at mga banners na nakalagay ulit ang pagpupuri kay Garibaldi. Nakapunta din si Rizal sa Chateau D’If na naging mahalagang lugar na naging kulungan ng bida (Edmond Dantes) sa paboritong nobela ni Pepe ni Alexander Dumas na The Count of Monte Cristo. 6) Barcelona- nakarating din si Rizal sa pangunahing daungan ng Espanya na kapitolyo ng probinsiya ng Catalunya. Ito ayon kay Pepe ay may kadiliman at may karumihan. Nakipagkita si Rizal sa mga kapwa niya Ilustrado na nagbigay ng maliit na piging sa kanya sa isang kilalang Café sa Plaza de Cataluna. Sa Barcelona, ay nakapagsulat si Pepe ng maikling sanaysay na Amor Patrio na may ngalang siyang Laon Laan. 7) Madrid- ito ang pulitikal na kapitolyo ng Espanya at pangunahing destinasyon ni Rizal. Dahil sa lungsod na ito ay nakalagak ang Universidad Central de Madrid. Ang pangunahing Pamantasan sa Europa ayon sa mga Prayle na sentro ng karunungan sa mundo. Kung kaya’t dito na nag-aral si Rizal ng dalawang kurso; Medisina at Pilosopiya’t Literatura. Nag-aral din si Pepe ng Pranses, pagpipinta, iskultura at pagbaril ng pistola. Sa pag Ezcrima naman ay nag-aral siya sa Hall of Sanz and Carbonell. Ang gastos niya kada buwan ay umabot ng 30-35 pesos na ibinibigay ng patago ni Don Paciano sa kanya. Nalaman lamang ng buong pamilya Mercado ang pagpunta sa Madrid ng bunsong lalake ng pamilya noong ika-20 na ng Agosto, taong 1880 na mahigit tatlong buwan ng kanyang pag-alis. Nakatala ang mga detalye ng pagalis ni Rizal at mga unang taon niya sa Madrid sa kanyang “Memorias de un estudiante de Manila de P. Jacinto.” Ito ang diary ni Rizal na puno ng detalye sa kanyang mga paglalakbay, ginawa, sinulat at paghihinagpis.