Professional Documents
Culture Documents
Aminokwasy
Wszystkie aminokwasy (oprócz glicyny, ponieważ jej atom węgla budowa aminokwasu
Alfa aminokwas
wiąże się z dwoma atomami wodoru) są związkami chiralnymi,
świadczy o tym połączenie węgla z 4 różnymi podstawnikami.
Chiralność
Chiralność polega na tym, że odbicie lustrzane cząsteczki nie enangomery
pokrywa się z samym obiektem w płaskim zwierciadle - tak jak
prawa i lewa ręka (lewa to obiekt, a prawa odbicie i vice versa).
L D
chiralność aminokwasu
Płaszczyzna światła spolaryzowanego jest zawsze prostopadła do kierunku jego rozchodzenia (jako że światło ma
charakter falowy, to przy drganiach np. pionowych rozchodzi się poziomo - płaszczyzny prostopadłe).
Enancjomery
Są to stereoizomery (izomery przestrzenne - ten sam skład związku, ale inne rozłożenie w przestrzeni) o następujących
właściwościach:
enancjomery mają takie same właściwości chemiczne i fizyczne, różni je tylko kąt skręcania płaszczyzny światła
spolaryzowanego - kąt jest taki sam, ale w przeciwnych kierunkach
ze względu na charakter zmiany kąta skręcania płaszczyzny światła spolaryzowanego (ta sama wartość i przeciwne
kierunki), równomolowa mieszanina enancjomerów jest mieszaniną racemiczną i sumaryczna wartość skręcalności
optycznej wynosi 0
λ - długość [m]
f - częstotliwość drgań [Hz = 1/s]
A - amplituda, czyli maksymalne odchylenie [m]
W świetlne naturalnym (np. pochodzącym od słońca) drgania zarówno pola magnetycznego jak i elektycznego rozchodzą
się równomiernie we wszystkich kierunkach, samo światło również rozchodzi się w każdym możliwym kierunku (jak
zapalimy żarówkę w pokoju to “świeci wszędzie” a nie tylko np. w dół).
polaryzacja światła, czerwone strzałki oznaczają kierunki drgań pola magnetycznego i elektrycznego
Światło spolaryzowane ma uporządkowany kierunek drgań pola magnetycznego i elektrycznego, dzieje się tak za pomocą
polaryzatora. Stosuje się je do technologii laserowych, telefonó komórkowych, rzutników, skanerów i większości urządzeń
codziennego użytku.
Światło laserowe jest światłem spolaryzowanym o bardzo wysokiej energii, używane w zabiegach medycznych
wymagających wysokiej precyzji.
Naturalne filtry polaryzacyjne występują w narządach wzroku niektórych owadów, dzięki temu manipulowana jest ostrość
oraz barwa obrazu.
Inne zapachy
Klasyfikacja aminokwasów
α-aminokwasy naturalne posiadają 1 asymetryczny atom węgla, w zależności od sposobu ustawienia jego podstawników
w przestrzeni mogą wykazywać konfigurację L lub D. Te, które występują w białkach zwierzęcych i ludzkich należą do
szeregu L. D-aminokwasy występują bardzo rzadko - głównie wchodzą w składniki ścian komórkowych niektórych
bakterii.
W organizmie człowieka jest 20 aminokwasów biogennych, czyli wchodzących w skład białek. Zależnie od podstawnika R
dzieli się je na niepolarne, polarne i mające postać zjonizowaną.
endogenne - organizm dostarcza je w egzogenne - organizm nie jest w stanie ich wyprodukować,
wystarczającej ilości w wyniku biosyntezy: lub robi to w niewystarczających ilościach
Aminokwasy łączą się za pomocą wiązań peptydowych, w wyniku utworzenia n wiązań peptydowych i połączenia n
aminokwasów powstaje łańcuch peptydowy. W graficznym przedstawieniu łańcucha wolna grupa aminowa znajduje się
po lewej stronie, a karboksylowa - po prawej.
Łańcuch zwierający 100 lub więcej reszt aminokwasowych jest białkiem, a mniej -
polipeptydem.
Białka
Białka stanowią ok 3/4 suchej masy tkanek miękkich i pełnią różnorodne funkcje w organizmie:
transportowa (globuliny)
ochronna (przeciwciała)
Białka natywne (czyli takie, które są zbudowane i funkcjonują prawidłowo) mają konkretne konformacje (budowę
przestrzenną), która wynika z sekwencji aminokwasów - kolejności w łańcuchu białkowym.
W wyniku pofałdowania łańcuchów polipeptydowych białka tworzą skomplikowane struktury przestrzenne, które nie są
przypadkowe i wykazują odpowiedni stopień organizacji wewnętrznej.
Struktura II rzędowa
Wyróżnia się 2 główne struktury II-rzędowe: α-helisę oraz strukturę β (zwana harmonijkową lub pofałdowaną kartką).
Obydwie struktury są regularnie pofałdowane w przestrzeni.
Struktura beta jest bardziej rozciągnięta niż α-helisa, nie występują w niej wiązania wodorowe w obrębie tego samego
łańcucha (zbyt duże odległości). Wiązania wodorowe powstają jedynie między sąsiednimi odcinkami równoległych
łańcuchów białkowych.
antyrównoległą - bardziej stabilna, na końcach łańcuchów są różne grupy funkcyjne (aminowa i karboksylowa)
α-helisa oraz struktura beta często występują w prostych i trwałych kombinacjach przestrzennych - motywach
naddrugorzędowych. Strzałki symbolizują łańcuch struktury harmonijkowej, spirala oznacza α-helisę, a zaokrąglona
kreska - krótki odcinek polipeptydowy.
Ten poziom organizacji białek reprezentuje przestrzenne ułożenie całego łańcucha białkowego oraz wzajemnego
oddziaływania poszczególnych domen polipeptydowych białka. Odpowiednie ułożenie tych domen jest możliwe dzięki
stabilizacji za pomocą wiązań:
disiarczkowych (mostki)
wodorowych
jonowych
hydrofobowych
tworzy rodzaj baryłki, wewnątrz której przyłączony poszczególne fragmenty polipeptydowe są luźno
może być ligand (tutaj czerwona cząsteczka - wit. A) “upakowane”
taką budowę wykazują szczególnie białka w błonie długie i giętkie pętle polipeptydowe
komórkowej, które transportują małe cząsteczki (np.
występują w błonie komórkowej
monocukry) lub wiążą małe, niepolarne ligandy
dzięki luźnej strukturze łatwo dostosowują
konformację do kształtu danego liganda
Pętle polipeptydowe:
mają mały wpływ na stabilizację konformacji białka, więc zmiana struktury I rzędowej w niewielkim stopniu wpływa na
podałdowanie i aktywność biologiczną białka
Białka transbłonowe (rodzaj białek błony komórkowej) mogą mieć również struturę helikalną, która sprzyja utworzeniu
wielu wiązań wodorowych w łańcuchu głównym (który stabilizuje białko):
struktura IV rzędowa
Rysunek 1 przedstawia laminę, która zbudowana jest z 3 heteromerycznych podjednostek (oznaczenie α, β , γ ) oraz 14
łańcuchów polipeptydowych o różnym pofałdowaniu (różne kolory).
jonowe
wodorowe
disiarczkowe
oddziaływania hydrofobowe
Wiązania jonowe
Powstaje wskutek oddziaływań elektrostatycznych między jonami o przeciwnych ładunkach. W cząsteczce białkowej
anionem jest grupa karboksylowa (ładunek ujemny), a kationem jest grupa aminowa (dodatni).
Wiązania wodorowe
Jest słabsze od wiązań jonowych i disiarczkowych, ale jest ich tak dużo w cząsteczkach białkowych, że pełnią główną rolę
w stabilizacji struktur III i IV rzędowych. Występuje między akceptorem wodoru (tlen w grupie karbonylowej, tlen w
hydroksylowej lub azot w aminowej) a donorem (azot w aminowej lub tlen w hydroksylowej).
Siły van der Waalsa działają pomiędzy chwilowo utworzonymi dipolami, które powstały w wyniku zmiany rozkładu
ładunków w atomach (podczas zbliżania się atomów w cząsteczce).
aminokwasy hydrofobowe
Sposób pofałdowania białek wpływa na ich aktywność (troche tak jak wcześniej o enancjomerach było).
Denaturacja białek
Denaturacją nazywamy nagłe i niekontrolowane rozfałdowanie białka - w wyniku tego niszczona jest struktura II, III i IV-
rzędowa. W trakcie tego procesu rozrywane są wiązania wodorowe i disiarczkowe, a białko traci aktywność biologiczną
wskutek zmiany struktury przestrzennej.
Czynniki denaturujące mogą być chemiczne (np. mocznik, SDS, 2-me, etanol) lub termiczne, a sama denaturacja
odwracalna lub nieodwracalna.
Fałdowanie białek
Struktura I rzędowa determinuje sposób fałdowania białka in vivo, a właściwe fałdowanie zachodzi przy udziale
chaperonów (białka pomocnicze, tzw. molekularni opiekunowie):
Chaperony:
kształtem przypominają walec z pokrywką (patrz rysunek ↑ ), w którego wnętrzu tworzy się kompleks z fałdującym się
białkiem (energia potrzebna pochodzi z hydrolizy ATP)
Energia częściowo rozfałdowanych białek rośnie (tutaj przypomne, że w biologii i chemii wszystko na ogół dąży do
zminimalizowania energii), a tym samym rośnie tendencja do osiągnięcia najbardziej stabilnej konformacji (natywna).
Jeżeli zachodzi to (dążenie do formy natywnej) zbyt spontanicznie, bez udziału chaperonów powstają tzw. agregaty
białkowe i włókna amyloidowe. Te struktury polimerowe gromadzą się w komórkach lub środowisku
międzykomórkowym i powodują patologiczne zmiany funkcji narządów.
Złogi amyloidowe mogą skutkować uszkodzeniem tkanek Przykłady białek natywnych o strukturze amyloidu:
oraz chorobami takimi jak:
amfoteryna
amyloidoza
Pmel17 (ssaki)
choroba Alzheimera
fibronektyna domena III (mysz)
stany zapalne naczyń krwionośnych
PrPC - białko o dużym udziale α-helisy, rozpuszczalne w wodzie i podatne na enzymy peoteolityczne
PrPSc - pofałdowanie w formie β -helisy, tworzy włókne agregaty, nierozpuszczalna w wodzie, nie ulega degradacji pod wpływem proteaz, nie
denaturuje pod wpływem alkoholu, formaldehydu czy naświetlania, powoduje zakażenia i symptomy choroby prionowej
Zakażenie polega na wprowadzeniu patogennego białka PrPSc do organizmu i zetknięcia się z jego natywną formą,
wskutek tego następuje zmiana pofałdowania z α- na β -helisę. Do zakażenia białkiem prionowym, które jest odporne na
degradację w warunkach sterylizacji może dojść podczas operacji gdy są używane narzędzia lub przy przetaczaniu krwi
chorego na encefalopatię gąbczastą
Struktura mioglobiny
Tworzy ją pojedyncza cząsteczka białka (tzw. podjednostka α). W skład jej wnętrza wchodzą aminokwasy niepolarne:
Leu, Val, Met, Phe. Struktura przestrzenna samej mioglobiny jest definiowana przez sekwencję aminokwasów oraz
połączoną z nią grupą hemową (znajdującej się wewnątrz hydrofobowej przestrzeni mioglobiny).
hemoglobina jest białkiem o strukturze IV rzędowej (składa się z 4 podjednostek α2 β2 ), a mioglobina składa się z
podjednostki α - czyli ma strukturę III rzędową
jedna cząteczka hemu może przyłączyć jedną cząsteczkę O2 - czyli mioglobina może przyłączyć 1, a hemoglobina 4
powinowactwo mioglobiny do tlenu jest niezależne od pH, ale hemoglobiny do tlenu już tak
wiązanie hemoglobiny do cząsteczki O2 jest kooperatywne - przywiązanie kolejnej cząsteczki z grupami hemowymi
podjednostek jest łatwiejsze od poprzednich
Kation żelaza na +2 stopniu utlenienia tworzy kompleks z cząsteczką tlenu (od hemo- lub mioglobiny). Hem znajduje się
w hydrofobowym wnętrzu białka (globiny) połączony z jego resztami aminokwasowymi.
Powinowactwo kompleksu (np. tutaj - między jonem żelaza, a cząsteczką tlenu) zależy od oddziaływań chemicznych
między cząsteczką hemu a łańcuchami białkowymi globiny.
zależność między stopniem jonizacji katinu żelaza i rodzajem przyłączonem cząsteczki, a powstałym kompleksem
Karboksyhemoglobina powstaje w wyniku zatrucia czadem, ten kompleks jest ok. 300x trwalszy od kompleksu z tlenem i
dlatego CO nie jest wypierane przez O2 . Przy stężeniu 60-80% karboksyhemoglobiny we krwi następuje zgon.
Kolagen
białko fibrylarne (struktura włóknista), występuje w tkance łącznej i stanowi 1/3 wszystkich białek w organizmie
człowieka
włókna kolagenowa występują w skórze, kościach, zębach, ścięgnach, chrząstkach i tworzą elementy podporowe
narządów
do jego prawidłowego działania niezbędna jest witamina C (służy m.in. do hydroksylacji lizyny i proliny wskutek czego
powstaje odpowiednio hydroksylizyna i hydroksyprolina), nieprawidłowa hydroksylacja wywołuje np. szkorbut
Jednostki kolagenu tworzą mikrowłókna, które składają się na włókna kolagenowe - właśnie dzięki takiej budowie kolagen
jest tak elastyczny i wytrzymały mechanicznie. Włókno o średnicy 1 mm wytrzymuje obciążenie do 10 kg .
Włókna kolagenu zbudowane są z szeregu przestawionych względem siebie cząstek tropokolagenu. Łańcuchy
tropokolagenu stanowią podstawową jednostkę budulcową ustawione są w rzędach, w których każdy jest przesunięty
względem siebie o ok. 1/4 długości tropokolagenu. Cząsteczki tropokolagenu nie wiążą się na końcach, a jedynie wiążą
się z sąsiednimi rzędami za pomocą wiązań kowalencyjnych.
Kości również zbudowane są z kolagenu, z tą różnicą, że w odstępach między końcami tropokolagenu znajdują się
kryształy hydroksyapatytu, czyli uwodnionego fosforanu wapnia [Ca10 (PO4 )6 (OH)2 ].
chondrodysplazję (nieprawidłowe kostnienie chrząstek, które powoduje zaburzenie rozwoju pewnych kości i
karłowatość)
syndrom Ehlersa-Danlosa (nadmierna elastyczność stawów i skóry oraz trudności w gojeniu ran)
syndrom Alporta (głuchota i nefropatia - uszkodzenie struktury nerek i zaburzeniu ich funkcjonalności)