Chương 2:

PHÂN GIẢI VÀ SINH TỔNG HỢP

AXIT NUCLEIC
 CÂU HỎI GỢI Ý CỦA CHƯƠNG

 DNA, RNA được tổng hợp và phân giải như thế

nào? (con đường, cơ chế)
 Các yếu tố kiểm soát tính chính xác quá trình nhân
đôi (sao chép/tái bản) của DNA.
 Các yếu tố điều hòa và kiểm soát tính chính xác quá
trình tổng hợp RNA.
 Làm thế nào để có thể nghiên cứu những vấn đề
này?
 Các ứng dụng của việc nghiên cứu quá trình sao
chép, phiên mã?
 SỰ PHÂN GIẢI AXIT NUCLEIC
(học viên tự nghiên cứu)
 Sự thuỷ phân axit nucleic và vai trò của các nuclease

 Sự phân giải tiếp tục của các mononucleotide

(vai trò của các nucleotidase)

 Sự phân giải base purine và pyrimidine

Các điểm cần lưu ý:
oAxit nucleic không phải là nguồn cung cấp năng lượng cho
hoạt động sống.
oPhân giải axit nucleic trong thức ăn và phân giải axit nucleic
của chính cơ thể sống?
 SINH TỔNG HỢP AXIT NUCLEIC

 Sinh tổng hợp các nucleotide (NTPs và dNTPs)

 Sinh tổng hợp chuỗi polynucleotide của DNA và RNA

 SINH TỔNG HỢP CÁC NUCLEOTIDE

• Con đường tận dụng (salvage pathway)

Đường ribose dạng được hoạt hóa (PRPP) + base

nitơ -> nucleotide

• Con đường tổng hợp mới (de novo pathway)

Đường ribose dạng được hoạt hoá (PRPP) + axit amin +
ATP + CO2 -> nucleotide
SINH TỔNG HỢP NUCLEOTIDE CHỨA PYRIMIDINE
SINH TỔNG HỢP NUCLEOTIDE CHỨA PURINE
 SINH TỔNG HỢP INOSINE MONOPHOSPHATE

Theo Lehninger Principles of Biochemistry, 5th edition

2008 W. H. Freeman and Company
 SỰ HÌNH THÀNH AMP VÀ GMP TỪ IMP

Theo Lehninger Principles of Biochemistry, 5th edidion

2008 W. H. Freeman and Company
SỰ TẠO THÀNH dNTPs từ NDPs
 SINH TỔNG HỢP DNA
Nguyên tắc:
Toàn bộ hệ gen được sao chép/tái bản
Theo nguyên tắc bán bảo tồn.
Bắt đầu từ vùng Ori, theo chiều 5’-3’.
Theo nguyên tắc ghép cặp bổ sung.
Nguyên liệu:
 DNA khuôn
 dNTPs
 RNA primase (tổng hợp mồi)
 Các DNA polymerase
 Mg2+
 Các enzyme và protein khác (topoisomerase, DNA helicase,
DNA ligase, protein bám sợi đơn...)
 QUÁ TRÌNH SINH TỔNG HỢP DNA
(SAO CHÉP-REPLICATION)

 Bắt đầu: Cấu tạo và vai trò của replisome

 Kéo dài chuỗi: sợi đi trước và sợi đi sau, các
đoạn Okazaki.
 Kết thúc.
 KÉO DÀI CHUỖI POLYNUCLEOTIDE

Đầu 5’

Đầu 3’
NGUYÊN TẮC BÁN BẢO TỒN
 VÙNG KHỞI ĐẦU SAO CHÉP
ORIGIN OF REPLICATION (Ori)

Biochemistry, 6th edition

2007 Freeman and Company
 KHỞI ĐẦU SAO CHÉP Ở E. coli

Biochemistry, 6th edition

2007 Freeman and Company
 KHỞI ĐẦU SAO CHÉP Ở EUKARYOTE

Biochemistry, 6th edition

2007 Freeman and Company
 CDK = Dbf4- depedendent Cdc-7 kinase
 Cdk= Cyclin dependent kinase
 PCNA= Poliferating cellular nuclear antigen
 CDC= Cell division cycle -7-related protein
kinase
 RF = Replication factor
SINH TỔNG HỢP CÁC CHUỖI ĐƠN CỦA DNA
VAI TRÒ CỦA TELOMERASE
 Telomerase tổng hợp một phần telomese

Telomerase: an RNA-
dependent DNA
polymerase

Image modified from "

Working principle of telomerase," by Fatma Uzbas (
 CÁC LOẠI SAI HỎNG/SAI SÓT CỦA DNA
• Ghép cặp sai do đưa nhầm nucleotide khác vào khi tổng hợp.
• Base dị thường do phản ứng loại gốc amin hoặc alkyl hóa.
• Các dimer pyrimidine tạo thành khi DNA tiếp xúc với ánh
sáng tử ngoại.
• Các tổn thương khung xương đường-phosphate khi tiếp xúc
với bức xạ ion hóa.
• Đứt gãy cả hai sợi đơn do một số tác nhân khác nhau như
chiếu xạ, hóa chất…
SỬA CHỮA GHÉP CẶP SAI VÀ VAI TRÒ CỦA
CÁC ENZYME, PROTEIN KHÁC NHAU
SỬA CHỮA CẮT BỎ BASE DỊ THƯỜNG
 SỬA CHỮA DIMER PYRIMIDINE NHỜ PHOTOLYASE

1) Một photon ánh sáng (xanh da trời 300-500 nm) được hấp thụ bởi MTHFpolyGlu. 2 Năng lượng kích
thích đi qua FADH- trong TTHĐ của enzyme, 3) FADH- nhường điện tử cho pyrimidine dạng dimer, 4)
sự sắp xếp lại điện tử sẽ phục hồi cấu trúc pyrimidine monomer, 5) điện tử chuyển trở lại cho gốc flavin
để tái tạo FADH-. Theo Lehninger Principles of Biochemistry, 6 th edidion 2008 W. H.

Freeman and Company. (MTHF: methenyltetrahydrofolate)

SỬA CHỮA TRỰC TIẾP LOẠI BỎ GỐC METYL

Theo Lehninger Principles of Biochemistry, 5th edidion

2008 W. H. Freeman and Company
SỬA CHỮA BẰNG CẮT BỎ NUCLEOTIDE
 CÁC CƠ CHẾ SỬA CHỮA DNA KHÁC

Các đứt gãy cả hai sơi đơn được sửa chữa bằng một số
cơ chế:
Tái tổ hợp tương đồng (homologous recombination)
Gắn các đầu không tương đồng (non-homologous end
joining)
Có thể còn những cơ chế sửa chữa khác chưa được
phát hiện.
SINH TỔNG HỢP RNA/QUÁ TRÌNH PHIÊN MÃ
Nguyên tắc:
•Chỉ một phần hệ gen được phiên mã
•Chỉ một sợi được sử dụng làm khuôn
•Được bắt đầu ở vùng sau promoter, theo
chiều từ 5’->3,’ không cần mồi.
•Theo nguyên tắc ghép cặp bổ sung,
•Có các vùng và cơ chế kết thúc.

Các yếu tố:

•DNA khuôn
•RNA polymerase phụ thuộc DNA
•Ion Mg2+
•Các NTP
•Các yếu tố phiên mã và các enzyme, protein khác.
 RNA POLYMERASE Ở PROCARYOTE
’và
Yếu tố quyết định phiên mã gen nào

CÁC LOẠI RNA POLYMERASE Ở EUCARYOTE

 RNA polymerase I tổng hợp RNA tiền thân của ribosome

 RNA polymerase II tổng hợp các mRNA
 RNA polymerase III tổng hợp các tRNA và một số RNA nhỏ
 RNA polymerase IV ở thực vật tổng hợp các siRNA
 RNA polymerase của ty thể.
CẤU TRÚC CỦA PROMOTER
MỘT SỐ PROMOTER Ở E. coli
KHỞI ĐẦU PHIÊN MÃ Ở NHÂN CHUẨN

Enhancer và silencer?
CTD: C- terminal domain of RNA pol
 VÍ DỤ VỀ ĐIỀU HÒA BIỂU HIỆN GEN ĐÁP ỨNG STRESS VỚI SỰ
THAM GIA CỦA MỘT MẠNG LƯỚI CÁC YẾU TỐ PHIÊN MÃ

Yếu tố phiên mã đáp ứng điều kiện hạn phụ thuộc ABA (màu đỏ) và không phụ
thuộc ABA (màu đen). Các nhân tố phiên mã hoạt hoá (mũi tên màu xanh)
hoặc ức chế (đường màu đỏ) sự biểu hiện của một số gen đích (ô màu vàng).
Theo Lindemose et al. (2013) Int. J. Mol. Sci., 14(3), pp. 5842-5878.
 KẾT THÚC QUÁ TRÌNH PHIÊN MÃ

 Ở VI KHUẨN (E. coli)

Có ít nhất 2 lớp tín hiệu kết thúc: Kết thúc không phụ thuộc
yếu tố rho () và kết thúc phụ thuộc yếu tố rho.

 Ở NHÂN CHUẨN: Chưa biết nhiều (trình tự AAUAAA)

 Transcription bubble
5’
Coding strand 3’

3’
3’

5’
RNA-polymerase

RNA
Template strand
5’

Transcription direction

DNA and RNA hybrid

Kết thúc phụ thuộc yếu tố rho: Gần cuối của gen, RNA polymerase gặp một đoạn trình tự G trên sợi khuôn, nó
dừng lại. Kết cục là protein rho gặp RNA polymerase và nó giải phóng mRNA ra khỏi bóng phiên mã.

5’
3’

3’
RNA-polymerase

RNA
5’

Hair pin structure

Kết thúc không phụ thuộc yếu to rho: ở gần cuối gen sẽ xuất hiện trình tự giàu CG trên sợi khuôn nó tạo
ra RNA có cấu trúc kẹp tốc, tiếp nối trình tự poly (A) , nó tạo ra trình tự poly(U), ghép cặp với poly(A),
cấu trúc kẹp tóc và mức độ kém bền của poly (A-U) làm cho cấu trúc RNA polymerase tách nhau ra đồng
thời giải phóng RNA.
 TÓM TẮT CHƯƠNG 2
 Các nucleotide, được tổng hợp theo hai con đường (tận dụng và
de novo), dNDP được tổng hợp từ NDP, GMP và AMP được
tổng hợp từ IMP.
 DNA và RNA được tổng hợp theo nguyên tắc ghép cặp bổ sung,
chiều từ 5’-3’ với sự tham gia của nhiều yếu tố khác nhau. DNA
bắt đầu được tổng hợp từ ori và cần mồi, cả hai sợi đều được làm
khuôn, RNA bắt đầu được tổng hợp sau sau trình tự promoter,
không cần mồi, chỉ một sợi được dùng làm khuôn.
 Các sai sót trong tổng hợp và quá trình tồn tại của DNA được
sửa chữa theo nhiều cơ chế khác nhau.
 Hiểu biết về tổng hợp và phân giải DNA, RNA là cơ sở phát
triển các kit chẩn đoán bệnh, thuốc điều trị bệnh, phát triển kỹ
nghệ gen…