Αμινοξέα, Πεπτίδια και Πρωτεΐνες

1
 Αμινοξέα, Πεπτίδια και Πρωτεΐνες και
Πεπτίδια και Πρωτεΐνες
Εκπαιδευτικοί στόχοι
• Γνώση της δομής και ονομασίας των 20 αμινοξέων
• Γνώση της δομής και των ιδιοτήτων των πεπτιδίων και
ιδιαίτερα της δομής του πεπτιδικού δεσμού
• Μορφές ιοντισμού αμινοξέων και πεπτιδίων σε διάφορα pH.
• Τιμές pKa των αμινοξέων: καρβοξυλικές αμινικές και
πλευρικών R-ομάδων.

2
Πρωτεΐνες: Ενζυμα. Πρωτεΐνες πρόσδεσης,
Δομικές πρωτεΐνες– δομικές μονάδες τα
Αμινοξέα

3
 Αμινοξέα:
Δομικές μονάδες των πρωτεϊνών

• Οι πρωτείνες είναι γραμμικά ετεροπολυμερή των α-

αμινοξέων
• Τα αμινοξέα έχουν ιδιότητες που είναι προσαρμοσμένες
για την διεξαγωγή ποικίλων βιολογικών λειτουργιών
– Ικανότητα πολυμερισμού
– Χρήσιμες οξεοβασικές ιδιότητες
– Ποικίλες φυσικές ιδιότητες
– Ποικιλομορφία στην χημική λειτουργικότητα

4
Τα αμινοξέα έχουν πολλά κοινά χαρακτηριστικά
αλλά διαφέρουν στην πλευρικής R ομάδα

5
 Σύστημα αρίθμησης ανθράκων

6
 Ταξινόμηση αμινοξέων

5 βασικές ομάδες που σχετίζονται με την πλευρική

ομάδα R :
• Μη πολικά, αλειφατικά (7)
• Αρωματικά (3)
• Πολικά, χωρίς φορτίο (5)
• Θετικά φορτισμένα (3)
• Αρνητικά φορτισμένα(2)

7
Invented the One Letter
Amino Acid Code.

8
9
10
11
12
13
Η κυστείνες δύνανται να σχηματίζουν
δισουλφιδικούς δεσμούς

14
 Λειτουργική σπουδαιότητα…

• Υδρόφοβα αμινοξέα: ανευρίσκονται στο εσωτερικό των

πρωτεϊνών προστατευμένα από την άμεση επαφή με
το νερό
• Υδρόφιλα αμινοξέα:γενικά ευρίσκονται στο εξωτερικό
των πρωτεϊνών καθώς επίσης και στο ενεργό κέντρο
των ενζύμων
 Η ομάδα του ιμιδαζολίου:δρά ως δότης ή δέκτης
πρωτονίου στο φυσιολογικό pH (κέντρα αντίδρασης
των ενζύμων)
• Πρωτοταγείς αλκοoλικές ομάδες και ομάδες θειόλης:
δρούν ως νουκλεόφιλα κατά την ενζυμική κατάλυση
(δισουλφιδικοί δεσμοί)
Ρόλος των αμινοξέων στην γενική οξεοβασική κατάλυση
pKa Αμινοξέων με μια ιονιζόμενη ομάδα -R

α-COOH α-NH3+ Πλευρική

Amino Acid pKa1 αλυσίδα pI
pKa2 pKa3

Arginine 2.00 9.00 13.20 11.15

Histidine 1.82 9.17 6.04 7.59

Lysine 2.17 9.00 10.80 9.65

Aspartic Acid 2.01 9.82 3.83 2.80

Cysteine 1.71 10.78 8.33 5.02

Glutamic Acid 2.19 9.67 4.25 3.22

Tyrosine 2.20 9.11 10.07 5.66

Μη συνήθη αμινοξέα

18
 Τα αμινοξέα στις πρωτεΐνες μπορούν να
υποστούν τροποποίηση μη αντιστρεπτή

19
A
Μη πρωτεϊνικά αμινοξέα

20
 Toξικά αμινοξέα!

Yunnan Θάνατοι από το συγκεκριμενο μανιτάρι

21
Trogia venenata Zhu L
Ποια μορφή βρίσκεται στο νερό?

22
Σύγκριση αμινοξέων με τα απλά καρβοξυλικά οξέα
και τις αμίνες

23
Ογκομέτρηση Γλυκίνης

24
Το γλουταμικό έχει 3 pKa

25
Η ιστιδίνη έχει 3 pKa

26
Oξεοβασική συμπεριφορά των αμινοξέων. Τα αμινοξέα
βρίσκονται σε μορφή zwitterion: ένα διπολικό ιόν με ένα θετικό
και ένα αρνητικό φορτίο (αθροιστικά μηδεν φορτίο).

pKa ~ 5 pKa ~ 9

Τα αμινοξέα είναι αμφοτερικά-αμφολύτες:

Ισοηλεκτρικό σημείο (pI): Το pH της επικρατούσας ισοηλεκτρικής

μορφής

27
 Υπολογισμός του ισοηλεκτρικού σημείου pI
αμινοξέος

• Εντοπισμός της ισοηλεκτρικής μορφής (καθαρό

φορτίο 0)
• Εντοπισμός των εκατέρωθεν της ισοηλεκτρικής
μορφής pKa (pk1,pK2)
• Λήψη του μέσου όρου των τιμών των pKa

28
pH της ενδιάμεσης μορφής

1
pH= ( pK 1 +pK 2 )
2
 pKax + pKay
pI =
2

pKa1 + pKa2
pI =
2
pI = 6.0

pKa1 + pKa3
pI =
2
pI = 2.7

pKa2 + pKa3
pI =
2
pI = 9.7

30
 Σχηματισμός Πεπτιδικού δεσμού

31
 Δομή ενός απλού πεπτιδίου
Ξεκινώντας από το Ν-αμινο τελικό άκρο

Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu or SGYAL
32
 Ονομασία πεπτιδίων:

• Χρησιμοποιούμε τα πλήρη ονόματα των

αμινοξέων
– Serylglycyltyrosylalanylleucine
• Χρήση της συντομογραφίας με τρία
γράμματα
– Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu
• Για μεγάλα πεπτίδια και πρωτεΐνες
χρησιμοποιούμε την συντομογραφία ενός
γράμματος
– SGYAL 33
AEGK

34
Υπολογισμός pI στις πρωτεΐνες
μέσω του WWW
 Ασπαρτάμη

A
36
 Πεπτίδια: Ποικίλες λειτουργίες
• Ορμόνες και φερομόνες
– ινσουλίνη (σχετ σάκχαρο)
– ωκυτοκίνη (σχ αναπαραγωγή)
– sex-peptide (melSP, δροσόφιλα)

• Νευροπεπτίδια
– ουσία P (substance P) ( εκδήλωση πόνου )

• Αντιβιοτικά
– πολυμυκίνη (polymyxin B) (Gram – βακτήρια)
–βακιτρακίνη (Gram + βακτήρια)

• Τοξίνες
– αμανιτίνη (μανιτάρια)
– κονοτοξίνη (θαλασσινό είδος)
– χλωροτοξίνη (σκορπιός)
37
 Οι πρωτεΐνες είναι:
• Πολυπεπτίδια + πιθανώς:
• συμπαράγοντες
 λειτουργικό μη αμινοξικό συστατικό
 μεταλλικά ιόντα ή οργανικά μόρια
• συνένζυμα
 οργανικοί συμπαράγοντες
 NAD+ στην γαλακτική αφυδρογονάση
• προσθετικές ομάδες
 ομοιοπολικά προσαρτημένοι συμπαράγοντες
 αίμη στην μυοσφαιρίνη
• άλλες τροποποιήσεις

38
39
40
41
Πρωτεîνες, Αμινοξέα, και pH
 Υπερδιατάξεις της πρωτεϊνικής δομής
Μια λειτουργική πρωτεΐνη δεν είναι μια μόνον μια
πολυπεπτιδική αλυσίδα, αλλά ένα ή περισσότερα πολυπεπτίδια που
εμπεριέχουν στροφές, αναδιπλώσεις, έλικες σε ένα μόριο με
ακρίβεια με αποτέλεσμα ένα μόριο μοναδικού σχήματος
(διαμόρφωση). Αυτή η διαμόρφωση είναι ουσιώδης για κάποια
πρωτεινική λειτουργία πχ καθιστά ικανή μια πρωτείνη να
αναγνωρίζει και να προσδένεται ειδικά σε ένα άλλο μόριο, όπως
ορμόνη/υποδοχέας, ένζυμο/υπόστρωμα και αντίσωμα/αντιγόνο).
•
Δευτεροταγής δομή:
Προκύπτει από τον σχηματισμό
δεσμού υδρογόνου μεταξύ του υδρογόνου
της ομάδας –NH του πεπτιδικού δεσμού
και του οξυγόνου του καρβονυλίου ενός
άλλου πεπτιδικικού δεσμού. Ανάλογα με
την Η-υδρογονοδεσμική σύνδεση έχουμε
δύο κυρίως μορφές δευτεροταγούς
δομής:
α-έλικα:. Είναι μια σπειροειδής δομή που
προκύπτει από την υδρογονοδεσμική
σύνδεση μεταξύ ενός πεπτιδικού δεσμού και
του τετάρτου ανάλογου
β-πτυχωτό φύλλο: είναι μια άλλη μορφή
δευτεροταγούς δομή στην οποία δύο ή
περισσότερα πολυπεπτίδια (ή τμήματα
της ίδιας πολυπεπτιδικής αλυσίδας)
συνδέονται με υδρογονοδεσμό μεταξύ
του Η- του ΝΗ-της μιας αλυσίδας και
του καρβονυλικού οξυγόνου της
γειτονικής αλυσίδας (ή τμήματος)
Υδρογονοδεσμική σύνδεση στην α-έλικα: Στην α-έλικα το CO του
ενός αμινοξικού καταλοίπου σχηματίζει Η-δεσμό με το ΝΗ του τετάρτου
καταλοίπου.

Υπερδευτεροταγής δομή ή μοτίβα :

Γίνεται με συνδυασμό της δευτεροταγούς δομής.
Ο συνδυασμός μπορεί να είναι: α-έλικα- στροφή- α-έλικα -στροφή…κλπ
Ή: β-φύλλο -στροφή- β-φύλλο-στροφή………κλπ
Ή: α-έλικα- στροφή- β-φύλλο-στροφή- α-έλικα
Στροφή: είναι ένα μικρό τμήμα πολυπεπτιδίων (3-4 αμινοξέα) που
συνδέει διαδοχικές δευτεροταγείς δομές.
πχ. β-στροφή: είναι ένα μικρό πολυπεπτίδιο που συνδέει διαδοχικές
αλυσίδες β-φύλλου.
• Η τριτοταγής δομή
καθορίζεται από το σύνολο
διαφόρων αλληλεπιδράσεων
(σχηματισμός δεσμού) μεταξύ
των R ομάδων και μεταξύ των R
ομάδων και του πολυπεπτιδικού
σκελετού.
a. Οι ασθενείς αλληλεπιδράσεις
περιλαμβάνουν :
 Υδρογονοδεσμούς μεταξύ των
πολικών πλευρικών αλυσίδων
 Ιοντικές αλληλεπιδράσεις
μεταξύ των φορτισμένων R
ομάδων (βασικών και όξινων
των αμινοξέων)
 Υδρόφοβες αλληλεπιδράσεις
μεταξύ υδρόφοβων (μη
πολικών) R ομάδων
b. Οι ισχυροί ομοιοπολικοί δεσμοί περιλαμβάνουν τις
δισουλφιδικές γέφυρες, που σχηματίζονται μεταξύ των
σουλφυδριλικών ομάδων (SH) των μονομερών της
κυστείνης , και σταθεροποιούν την δομή.
• Τεταρτοταγής δομή: προκύπτει από τον συνδυασμό δύο ή
περισσοτέρων πολυπεπτιδικών υπομονάδων που συγκρατούτνται
μεταξύ τους με μη –ομοιοπολικού τύπου αλληλεπιδράσεις όπως
Η-δεσμούς, ιοντικές αλληλεπιδράσεις ή υδρόφοβες
αλληλεπιδράσεις.
• Παραδείγματα τεταρτοταγούς δομής:
– Το κολλαγόνο είναι μια ινώδης πρωτείνη από τρία πολυπεπτίδια (τριμερής)
που επικρατεί υπερελικοεδής διάταξη όπως στο σχοινί.
•Αυτό προσδίδει την δομική ισχύ για τον ρόλο στον συνδετικό ιστό.
– Η αιμοσφαιρίνη είναι μια σφαιρική πρωτείνη με τέσσερις πολυπεπτιδικές
αλυσίδς (τετραμερές)
Η ινσουλίνη: δύο πολυπεπτιδικές αλυσίδες (διμερές)
 συνέχεια…To κολλαγόνο είναι αδιάλυτο σε όλους τους διαλύτες
και δεν πέπτεται.

• Όταν το κολλαγόνο θερμαίνεται με νερό ή αραιό. HCl

μετατρέπεται σε ζελατίνη η οποία είναι διαλυτή και
χωνεύσιμη..Η ζελατίνη είναι προϊόν υδρόλυσης του κολλαγόνου
Νοσηματα του κολλαγόνου:

1- Σκορβούτο: νόσος που οφείλεται στην έλλειψη της βιταμίνης C

η οποία είναι σημαντικό συνένζυμο για την μετατροπή της
προλίνης σε υδροξυπρολίνη και της λυσίνης σε υδροξυλυσίνη.
Επομένως η σύνθεση του κολλαγόνου είναι μειωμένη και αυτό έχει
επίπτωση σε μη ομαλή οστική ανάπτυξη, αιμορραγία , απώλεια
δοντιών, ουλίτιδα.
2- Ατελής Οστεογένεση[(Osteogenesis Imperfecta (OI)}: Νόσος
που προκαλείται από μια γενετική ατέλεια ή μετάλλαξη στο
γονίδιο που το υπεύθυνο για την σύνθεση κολλαγόνου τύπου Ι και
οδηγεί σε ανώμαλο σχηματισμό των οστών και συχνό σπάσιμο των
C- Ελαστίνη: βρίσκεται στα τοιχώματα των μεγάλων αιμοφόρων
αγγείων (όπως η αορτή). Είναι πολύ σημαντική για τους
πνεύμονες δέρμα, χόνδρο, ..

Δομή: αποτελείται από 4 πολυπεπτιδικές αλυσίδες (τετραμερες) όμοια με

το κολλαγόνο έχοντας 33% γλυκίνη και πλούσια σε
προλίνη-χαμηλή υδροξυπρολίνη και χωρίς υδροξυλυσίνη.

Εμφύσημα: είναι μια χρόνια αποφρακτική πάθηση του πνεύμονα

(απόφραξη των αεραγωγών) που προκύπτει από την
ανεπάρκεια σε α1-αντιθρυψίνη ειδικά στους καπνιστές
Ο ρόλος της α1-αντιθρυψίνης: Η ελαστίνη είναι μια πρωτεΐνη των
πνευμόνων. Ο καπνός διεγείρει ένα ένζυμο
την ελαστάση που εκκρίνεται από τα
ουδετερόφιλα (στον πνεύμονα). Η ελαστάση
καταστρέφει την ελαστίνη στον πνεύμονα.
Η α1-αντιθρυψίνη (εκκρίνεται από το ήπαρ) και αναστέλλει την
ελαστάση και εμποδίζει την καταστροφή της ελαστίνης. Επομένως η
ανεπάρκεια σε α1-αντιθρυψίνη ειδικά στους καπνιστές οδηγεί σε
αλλοίωση και καταστροφή των πνευμόνων (απώλεια της ελαστικότητας
του πνεύμονα, νόσος που ονομάζεται εμφύσημα).
Συζευγμένες πρωτεΐνες

Με υδρόλυση αποδίδουν το πρωτεϊνικό μέρος και το μη πρωτεϊνικό

υποκατηγορίες:

1- Φωσφο πρωτεΐνες : Αυτές οι πρωτεΐνες είναι συζευγμένες με

φωσφορική ομάδα. Τα φωσφορικά προσαρτώνται σε ομάδα της σερίνης
ή θρεονίνης
πχ η καζεΐνη του γάλακτος, η βιτελίνη του αυγού
2- Λιποπρωτεΐνες:
Aυτές οι πρωτεΐνες είναι συζευγμένες με λιπίδια.
Λειτουργίες: a- βοηθούν τα λιπίδια στην μεταφορά στο αίμα
b- Εισέρχονται στην κυτταρική μεμβράνη βοηθώντας
τις ουσίες τις διαλυτές στα λιπίδια να διαπερνούν τις κυτταρικές
μεμβράνες.
3- Γλυκοπρωτεΐνες:
Πρωτεΐνες συζευγμένες με σάκχαρα (υδατάνθρακες)
πχ. – μυκίνη
- μερικές ορμόνες όπως η ερυθροποιητίνη
- βρίσκονται στην δομή της κυτταρικής μεμβράνης
- ομάδες αίματος
4- Νουκλεοπρωτεΐνες: Αυτές είναι βασικές πρωτεΐνες (πχ ιστόνες)
συζευγμένες με νουκλεινικά οξέα(DNA RNA).
πχ. a- χρωμοσώματα: πρωτεΐνες συζευγμένες με DNA
b- ριβοσώματα: πρωτεΐνες συζευγμενες με RNA
5- Μεταλλοπρωτεΐνες : Αυτές είναι πρωτεΐνες συζευγμένες με
μέταλλα όπως σίδηρο, χαλκό, ψευδάργυρο…
a- Πρωτεΐνες που περιέχουν σίδηρο: Σίδηρος στην αίμη όπως
- αιμοσφαιρίνη (Hb)
- μυοσφαιρίνη ( πρωτεΐνη του σκελετικού μυός και του καρδιακού
μυός),
- κυτοχρώματα,
- καταλάση, υπεροξειδάση (καταστρέφει το H2O2)
- πυρρολάση της τρυπτοφάνης (καταστρέφει τον ινδολικό δακτύλιο
της τρυπτοφάνης).

Ο σίδηρος μπορεί να βρίσκεται ελεύθερος (όχι στην αίμη) όπως σε:

- φερριτίνη : Κύρια πηγή σιδήρου στον οργανισμό. Η φερριτίνη
βρίσκεται στο ήπαρ, σπλήνα και μυελό στων οστών.
- αιμοσιδηρίνη: άλλη αποθήκη σιδήρου.
- τρασφερρίνη :είναι η μεταφορική πρωτεΐνη του σιδήρου στο
πλάσμα.
b- πρωτεΐνες που περιέχουν χαλκό:
πχ - Η σερουλοπλασμίνη που οξειδώνει τα ιόντα σιδήρου από Fe2+ σε
Fe3+.
- Oι οξειδάσες τα ένζυμα όπως η οξειδάση του κυτοχρώματος.

c- πρωτεΐνες που περιέχουν Zn : πχ η ινσουλίνη και η καρβονική

ανυδράση
d- πρωτεΐνες που περιέχουν Mg : πχ οι κινάσες και οι φωσφατάσες

6-χρωμοπρωτεΐνες: Αυτές είναι πρωτεΐνες συζευγμένες με χρωστική

πχ
- Όλες οι πρωτεΐνες που περιέχουν αίμη (Hb, μυοσφαιρίνη)
- Μελανο πρωτεΐνη :πχ πρωτεΐνες των μαλλιών και της ίριδας που
περιέχουν μελανίνη

Επεξεργασμένης πρωτεΐνες
Παράγονται από την υδρόλυση απλών πρωτεινών.
πχ. - ζελατίνη: από την υδρόλυση του κολλαγόνου