제 출 문

국가과학기술연구회 이사장 귀하

본 보고서를『출연(연) 세무처리 효율화 방안 연구』의

최종 성과물로 제출합니다.

2018. 11. 30.

동남회계법인
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 < 연 구 진 >

책임연구원 이 두 영 동남회계법인 공인회계사

참여연구원 박 형 근 이정회계법인 공인회계사

참여연구원 김 인 기 동남회계법인 공인회계사

참여연구원 허 웅 이정회계법인 공인회계사

참여연구원 허 대 성 바론세무회계컨설팅그룹 공인회계사

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 ◈ 목 차 ◈
제1절 연구 개요 ·
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1. 연구의 목적
2. 연구의 내용
3. 연구의 방법

제2절 출연(연) 세무해설서 작성을 위한 현황 분석 ·

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1. 출연(연) 세무 관련 법령 현황
2. 출연(연) 세무 실태 분석 : 기관별 상이한 세무처리 현황
3. 최근 과세사례 등 출연(연) 관련 주요 세무이슈

제3절 출연(연) 세무해설서 주요 내용 ·

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1. 출연(연) 관련 부가가치세
2. 출연(연) 관련 소득세
3. 출연(연) 관련 지방세
4. 출연(연) 관련 법인세
5. 출연(연) 관련 상속세및증여세
6. 기타 : 세무일정표, 체크리스트
7. 조세불복 및 세무조사

제4절 기대효과 및 정책제언 ·

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1. 기대효과
2. 정책제언

참고문헌 ·
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별첨 1. 출연(연) 세무해설서 ·
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제1절 연구 개요

1. 연구의 목적

□ 출연(연) 관련 세무환경 변화에 체계적으로 대응 필요

ㅇ 국세청의 세무정보 관련 전산시스템 및 데이터베이스 강화로 인하여 세무조사 범위가

증가하고, 세무 추징위험이 증가하고 있으며, 과세당국의 유사기관 간 비교분석 및
거래내역 분석 등이 용이해짐에 따라 세무위험의 노출 가능성이 확대되고 있음

- 출연(연)의 개별적인 노력으로는 최근 강화된 세무조사 대응에 한계가 존재하므로

전체 출연(연) 차원의 공동 대응책 마련이 필요함

ㅇ 한편 과거 정부는 출연(연) 등 비영리법인의 공익활동 증대를 위하여 세제상 다양한

면제･감면제도를 운용하는 등 간접적으로 지원해왔으나, 최근 비영리법인의 투명성
제고 및 민간 영리법인과의 과세 형평성 제고를 위해 비영리법인을 위한 지원을 축
소하고, 출연(연)에 대한 과세부과 기준 및 납세 협력의무의 법률을 엄격히 적용하고
있음

- 따라서 비영리법인 과세의무 강화 추세에 대응하여 출연(연)의 합리적인 세무전략

수립이 필요함

□ 출연(연) 특성에 적합한 세무처리지침 마련 필요

ㅇ 출연(연)은 기관의 특성 및 사업유형 등이 유사하여 세무상 실무적용에 있어서 종합

적인 대응책 마련이 필요함

- 여러 출연(연)에 산재되어 있는 세무정보를 공유하여 실무담당자 교육효과 제고를

포함한 기관 차원의 세무위험에 대한 사전 대비가 필요함

ㅇ 또한, 장기적인 세무역량 강화를 통해 세무위험을 감소시킴으로 안정적인 출연(연)

기관 운영에 기여

- 1 -
2. 연구의 내용

□ 출연(연) 세무해설서 작성을 위한 현황 분석

ㅇ 출연(연) 및 세무대리인 설문조사 등을 통해 세무해설서에 반영이 필요한 주요 사항

파악

ㅇ 출연(연)별 세무처리 실태 조사 및 주요 이슈사항 도출

ㅇ 세무당국의 최근 과세사례를 통한 쟁점사항 파악

□ 출연(연) 세무해설서 작성을 위한 규정 분석

ㅇ 출연(연) 관련 조세법령 분석

ㅇ 연구사업 관련 주요 심사청구, 심판청구 등 조사

□ 출연(연) 세무해설서 관련 설명회 및 교육

ㅇ 설명회 개최 등 출연(연) 의견 수렴

ㅇ 세무해설서 관련 교육 실시

□ 연구현장에 밀착된 출연(연) 세무해설서 발간

ㅇ 연구사업 전주기(프로세스)를 고려하여 실무상 해설이 필요한 출연(연) 고유의 세무처

리 항목 반영

ㅇ 주요 항목별로 과세당국의 최신 질의회신, 판례 등을 제시

- 2 -
3. 연구의 방법

□ 출연(연) 세무해설서 작성을 위한 현황 분석

ㅇ 기존 세무해설 자료 및 최근 출연(연) 세무신고자료 등을 사전 검토하고 이용자의 요

구사항 파악을 위한 서면조사 및 현장조사 병행

ㅇ 출연(연)의 주요 거래유형별로 사실관계 및 세무처리 현황을 파악하고, 발생 가능한

세무위험 구체적으로 확인

ㅇ 출연(연)별로 상이하게 처리하고 있는 세무 신고방식 또는 적용범위 등이 존재하는지

여부와 존재 시 그 사유 파악

ㅇ 세무처리 실태 조사결과를 바탕으로 출연(연)에서 공통적으로 적용되는 주요 세무 이

슈사항 도출

ㅇ 부가가치세 징수결정 등 최근 과세사례를 집계하여 세무당국과의 쟁점사항 도출

□ 출연(연) 관련 조세법령 분석

ㅇ 법인세법, 부가가치세법, 소득세법 등 법령에 대하여 법･시행령･시행규칙 및 기본통

칙 등을 분석하여 출연(연) 세무조직의 특징 등 세무해설서에 포함될 필수사항 파악

ㅇ 국제적인 연구활동이 증가함에 따라 인적용역, 사용료소득 등과 관련된 조세조약 등

검토

ㅇ 연구사업 관련 주요 심사청구, 심판청구 등 조사

□ 출연(연) 세무해설서 관련 설명회 및 교육

ㅇ 연구진행 과정에서 세무해설서 발간 추진배경 설명 및 기관별 의견 수렴･공유를 위

한 설명회 개최

ㅇ 출연(연) 실무 담당자의 업무 효율성 및 이해도 제고를 위한 세무해설서 관련 기초교

육 및 심화교육 실시

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□ 연구 현장에 밀착된 출연(연) 세무해설서 발간

ㅇ 연구사업 전주기(프로세스)를 고려하여 실무상 해설이 필요한 출연(연) 고유의 세무처

리항목 반영

- (연구시작단계) 연구사업유형별 수익사업 구분 및 부가세상 과세･면세 구분을 위한

순서도 및 체크리스트 제시

- (연구수행단계) 연구현장에서 발생하는 지출에 대하여 세무상 구비하여야 하는 지출

증빙(지급처별) 상세 설명

- (결산및세무신고단계) 국세･지방세의 미신고 및 지연신고･납부를 사전예방하기 위하

여 출연(연)에 특화된 연간 조세일정표 제시

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제2절 출연(연) 세무해설서 작성을 위한 현황 분석

1. 출연(연) 세무 관련 법령 현황

(1) 부가가치세

□ 부가가치세 관련 법령

ㅇ 부가가치세 관련 법령은 법・시행령・시행규칙・및 행정규칙(국세청훈령) 등으로 구성

되어 있음

구분 법령명 조문수

• 법 부가가치세법 75조

• 시행령 부가가치세법 시행령 121조

• 시행규칙 부가가치세법 시행규칙 78조

• 행정규칙(국세청훈령) 부가가치세 사무처리규정(*1) 145조

(*1) 부가가치세 업무 전반에 관한 기본사항과 사무처리 절차를 규정하여 국세청장이 고시함

□ 출연(연) 관련 부가가치세법 주요 내용

ㅇ 부가가치세법에서는 출연(연)과 관련하여 과세대상, 납세의무자/사업자등록 등을 규정

하고 있음

소주제 관련 법령 관련 유권해석

서면3팀-1661. 2016.8.1.
부가가치세법 제1조 부가, 부가가치세과-1269,
• 과세대상 부가가치세법 시행령 제1조, 2010.09.28.
제2조, 제3조 부가, 기획재정부
부가가치세제과-426, 2014.06.17

부가가치세법 기본통칙 3-0-1

부가가치세법 제2조 부가, 서면인터넷방문상담3팀-1748
• 납세의무자/사업자
부가가치세법 제5조 , 2005.10.11.
등록
부가가치세법 시행령 제7조 부가, 서면인터넷방문상담3팀-494 ,
2007.02.12.

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 소주제 관련 법령 관련 유권해석

부가, 서면인터넷방문상담3팀-1838
, 2005.10.21.
부가, 서면인터넷방문상담3팀-2600,
2004.12.21.
부가, 심사부가2002-2204,
2003.02.14.
부가, 부가46015-4993, 1999.12.22.

부가가치세법 제12조
부가가치세법 제11조
• 면세/면세의 포기 부가가치세법 시행령 제34조
부가가치세법 시행령 제35조
부가가치세법 시행령 제37조

• 매입세액 불공제 부가가치세법 제 17 조

부가, 부가46015-30, 2001.01.05.

부가, 서면인터넷방문상담3팀-2317,
2005.12.19.
부가, 부가가치세과-3945,
2008.10.31.
부가가치세법 시행령 제30조 부가, 부가가치세과-436,
부가가치세법 시행령 제37조 2010.04.07.
• 면세대상 재화･용역의
부가가치세법 제12조 제1항 부가, 조심2011중0461, 2011.04.13.
공급
제19호 부가, 조심2011서0689, 2011.06.01.
부가가치세법 제39조 부가, 부가가치세과-704,
2012.06.20.
부가, 부가가치세과-362,
2013.04.29.
부가, 부가가치세과-271,
2012.03.14.

부가, 부가가치세과-1269,
2010.09.28.
부가, 부가가치세과-718,
부가가치세 제12조 제2항
2009.05.26.
• 면세대상 재화의 수입 부가가치세법 시행령
기본통칙(부가가치세법[2015])
제41조, 제42조
26-45-2
부가, 부가가치세과-1236,
2012.12.18.

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 소주제 관련 법령 관련 유권해석

부가, 부가가치세과-125,
2014.02.17.
부가, 법규부가 2012-355,
2012.09.28.
• 조세특례제한법상
조세특례제한법 제106조
면세
• 부수 재화･용역의
부가가치세법 제12조 제3항
공급

(2) 소득세

□ 소득세 관련 법령

ㅇ 소득세 관련 법령은 법・시행령・시행규칙 및 행정규칙(국세청고시/국세청훈령) 등으로

구성되어 있음

구분 법령명 조문수

• 법 소득세법 175조

• 시행령 소득세법 시행령 226조

• 시행규칙 소득세법 시행규칙 103조

• 행정규칙(국세청훈령) 소득세 사무처리규정(*1) 156조

(*1) 소득세 업무 전반에 관한 기본사항과 사무처리 절차를 규정하여 국세청장이 고시함

□ 출연(연) 관련 소득세법 주요 내용

ㅇ 소득세법에서는 출연(연)과 관련하여 사업소득과 기타소득의 구분, 근로소득 세무처리

등을 규정하고 있음

소주제 관련 법령 관련 유권해석

소득세법 제19조
• 사업소득과 기타소득의
소득세법 제21조 소득 46011-2004, 1996.07.12.
구분
소득세법 시행령 제33조

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 소주제 관련 법령 관련 유권해석

소득세법 제20조
소득, 법인46013-3279, 1999.08.20.
소득세법 제12조
• 근로소득 세무처리 소득, 조심-2016-중-0653,
소득세법 시행령 제11조
2017.02.16.
소득세법 시행령 제12조

소득, 서면인터넷방문상담1팀-1476,
2007.10.29.
소득, 서면인터넷방문상담1팀-685,
2006.05.25.
국조, 서면인터넷방문상담2팀-434,
소득세법 제84조 2008.03.13.
• 원천징수제도
소득세법 제86조 국조, 서면인터넷방문상담2팀-1913,
2007.10.23.
국조, 국제조세제도과-25,
2016.01.19.
국조, 서면인터넷방문상담2팀-1320,
2007.07.12

(3) 지방세

□ 지방세 관련 법령

ㅇ 지방세 관련 법령(지방세 관계법)은 법・시행령・시행규칙 등으로 구성되어 있음

구분 법령명 조문수

지방세법 154조

지방세기본법 153조

• 법 지방세징수법 107조

지방세특례제한법 184조
제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을
481조
위한 특별법
지방세법 시행령 141조

지방세기본법 시행령 95조

• 시행령
지방세징수법 시행령 94조

지방세특례제한법 시행령 127조

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 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을
82조
위한 특별법
지방세법 시행규칙 75조

지방세기본법 시행규칙 55조

• 시행규칙
지방세징수법 시행규칙 74조

지방세특례제한법 시행규칙 10조

□ 출연(연) 관련 지방세 주요 내용

ㅇ 지방세 관계법에서는 출연(연)과 관련하여 취득세 및 재산세 감면, 기계장치 구매 시

취득세 납세의무 등을 규정하고 있음

소주제 관련 법령 관련 유권해석

서울고법 2008.09.09. 선고
2008누9456 판결
수원지법 2008.01.30. 선고
2007구합5500 판결
2000-0646(2000.07.27.) 취득세
지방세특례제한법
• 취득세 및 재산세 감면 지방세정팀-837(2006.02.28.) 취득세
제45조의2, 제177조의2
조심2015지0590(2017.01.03.) 취득세
조심2017지0477(2017.11.01.) 취득세
행심2007-659(2008.01.28.) 재산세
감심-2007-27(2007.04.04.), 재산세 등
지방세정팀-252(2007.05.03.), 재산세 등

• 기계장치 구매 시 취득세 지방세법 제6조

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납부의무 지방세법시행규칙 별표 1

(4) 법인세

□ 법인세 관련 법령

ㅇ 법인세 관련 법령은 법・시행령・시행규칙 및 행정규칙(국세청고시/국세청훈령)으로

구성되어 있음

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 구분 법령명 조문수

• 법 법인세법 122조

• 시행령 법인세법 시행령 165조

• 시행규칙 법인세법 시행규칙 82조

• 행정규칙(국세청훈령) 법인세 사무처리규정(*1) 172조

(*1) 법인세 업무 전반에 관한 기본사항과 사무처리 절차를 규정하여 국세청장이 고시함

□ 출연(연) 관련 법인세법 주요 내용

ㅇ 법인세법에서는 출연(연)과 관련하여 비영리법인의 개념, 수익사업의 범위, 수익사업과

목적사업의 구분경리, 고유목적사업준비금 손금산입 등을 규정하고 있음

소주제 관련 법령 관련 유권해석

• 법인세법상 법인세법 제1조

비영리법인의 개념 법인세법 제29조　

• 법인세법상
법인세법 제1조
정부출연(연)의 지위와
법인세법 제29조　
관련된 규정

법인세법기본통칙3-2···3
재경부 법인 46012-121, 2002.7.2
법인 46012-4281, 1999.12.13.
법인 46012-1466, 1998. 6. 3
법인세과-1378, 2009.12.04.
재법인-635, 2008.10.17.
• 법인세법상 수익사업의 법인세법 제3조
재법인-667, 2004.12.10.
범위 법인세법 시행령 제2조
서면2팀-862, 2007.05.07.,
재법인-30, 2005.01.1.
서이46012-12053, 2003.11.29.
법인46012-474, 2099.02.04.
법인46012-828, 1999.03.06.
서면2팀-713, 2007.04.24

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 소주제 관련 법령 관련 유권해석

법인세법 기본통칙 113-156…1

법인세법 기본통칙 113-156…2
• 수익사업과 법인세법 기본통칙 113-156…3
법인세법 제113조
고유목적사업의 법인세법 기본통칙 113-156…4
법인세법 시행규칙 제76조
구분경리 법인세법 기본통칙 113-156…5
국심2005부4085, 2006.03.08.
서면2팀-867, 2007.05.08

법인세법 기본통칙 29-56…3

법인세법 기본통칙 29-56…5
법인세법 기본통칙 29-56…7
사전-2016-법령해석법인-0560[법
령해석과-408], 2017.02.13.
서이 - 122, 2007.1.16.
서이 -2386, 2006.11.21.
서이 - 1135, 2004.6.2.
법인세제과 - 197, 2003.12.10.
서이 46012 - 11592, 2003.9.2
법인 46012 - 372, 2000.2.9.
법인세법 제29조
법인세과-24, 2010.01.12
• 고유목적사업준비금 법인세법 제61조
서면2팀-341, 2006.02.14.
손금산입 법인세법 시행령 제56조
서면2팀-1370, 2006.07.20
법인세법 시행령 제98조
서면2팀-786, 2006.05.09
재법인46012-81, 2003.05.12.
서면2팀-1347, 2006.07.14.
서면2팀-1115, 2005.07.18
서이46012-10969, 2002.05.07
재법인46012-115, 2001.06.12
서면2팀-844. 2004.04.22
법인46012-2758, 1998.09.25.
서이46012-10111, 2003.01.16
서면2팀-592, 2006.04.05
법인46012-372, 2000.02.09

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(5) 상속세및증여세

□ 상속세및증여세 관련 법령

ㅇ 상속세및증여세 관련 법령은 법・시행령・시행규칙 및 행정규칙(국세청고시/국세청훈령)

등으로 구성되어 있음

구 분 법령명 조문수

• 법 상속세 및 증여세법 86조

• 시행령 상속세 및 증여세법 시행령 87조

• 시행규칙 상속세 및 증여세법 시행규칙 25조

• 행정규칙(국세청고시) 상속세 및 증여세법에 의한 건물기준시가(*1) -

• 행정규칙(국세청훈령) 상속세 및 증여세 사무처리규정(*2) 69조

(*1) 상속세및증여세법 제61조제1항제2호에 따라 건물(오피스텔, 상업용 건물, 주택은 제외)의

신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고
시하는 가액임
(*2) 상속세 및 증여세 업무 전반에 관한 기본사항과 사무처리 절차를 규정하여 국세청장이
고시함

□ 출연(연) 관련 상속세및증여세 주요 내용

ㅇ 상속세및증여세법에서는 출연(연)과 관련하여 공익법인의 개념, 증여세 과세가액

불산입, 출연재산 보고서 등 제출 의무, 장부의 작성비치 의무 등을 규정하고 있음

소주제 관련 법령 관련 유권해석

• 공익법인의 개념 상증법 제12조 -

• 출연재산 보고서 등 상증법 제48조제5항, 제78조

-
제출의무 제3항

상증법 제50조의3, 제78조제

• 결산서류 등 공시의무 상증세과-177, 2013.6.4.
11항

• 장부의 작성・비치 의무 상증법 제51조, 제78조제5항 -

- 12 -
 소주제 관련 법령 관련 유권해석

재산-168, 2009.9.9.
• 외부전문가 세무확인서
상증법 제50조, 제78조제5항 재삼46014-174, 1999.1.25.
보고
재산세과-60, 2013.2.25.

• 외부회계감사를 받아야 할 상증법 제50조제3항, 제78조

-
의무 제5항

상증법 제50조의2, 제78조제 재산-3781, 2008.11.14.

• 전용계좌 개설･사용의무
10항 재산-2789, 2008.09.11.

• 공익법인회계기준 적용의무 상증법 제50조의4

• 기부금영수증 발급내역 법인세법 제112조의2

서면법규과-93. 2013.01.28.
작성･보관･제출 의무 소득세법 160조의3

• 계산서합계표 등 자료제출 법인세법 제120조의3

의무 부가가치세법 제54조

조심 2010구3122, ’11.5.17.
재산-3782, 2008.11.14.
재산-939, ’10.12.13.
재산-161, 2011.3.30.
• 공익법인 준수 의무 상증법 제48조
재산세제과-401, ’16.6.7.
법제처 16-0422, ’17.1.26.
재재산-827, ’11. 10. 4.
재산세과-4454, ’08. 12. 30.

- 13 -
2. 출연(연) 세무 실태 분석 : 기관별 상이한 세무처리 현황

(1) 법인세

□ 현재 국가과학기술연구회 및 연구회 소관 출연(연) 19개 기관(부설기관은 주관기관에

포함하여 법인세 신고)의 법인세 신고 현황에 대하여 분석함

ㅇ 2016년, 2017년도 귀속 사업연도 법인세 신고와 관련하여 “법인세세무조정계산서”를

징구하여 신고내역 및 주요 부속서류(구분재무상태표, 구분연구운영성과표 등)의 내
용을 상세 분석함

ㅇ 법인세 분석대상기관 현황 및 주요 검토서류

주요 검토서류
분석대상기관
세무조정계산서 구분재무상태표 구분연구운영성과표

한국과학기술연구원 ○ ○ ○
한국기초과학지원연구원 ○ ○ ○
한국천문연구원 ○ ○ ○
한국생명공학연구원 ○ ○ ○
한국과학기술정보연구원 ○ ○ ○
한국한의학연구원 ○ ○ ○
한국생산기술연구원 ○ ○ ○
한국전자통신연구원 ○ X(미제출) ○
한국건설기술연구원 ○ ○ ○
한국철도기술연구원 ○ ○ ○
한국표준과학연구원 ○ ○ ○
한국식품연구원 ○ ○ ○
한국지질자원연구원 ○ ○ ○
한국기계연구원 ○ ○ ○
한국항공우주연구원 ○ ○ ○
한국에너지기술연구원 ○ ○ ○
한국전기연구원 ○ ○ ○
한국화학연구원 ○ ○ ○
한국원자력연구원 ○ ○ ○

- 14 -
ㅇ 주요 분석대상 법인세 신고서식 등

연번 서식번호 서식명

1 제1호 법인세과세표준및세액신고서

2 제3호 법인세과세표준및세액조정계산서

3 제10호 원천납부세액명세서(갑)

4 제15호 소득금액조정합계표

5 제15호 부표1 과목별소득금액조정명세서(1)

6 제15호 부표2 과목별소득금액조정명세서(2)

7 제16호 수입금액조정명세서

8 제17호 조정후수입금액명세서

9 제20호(4) 감가상각비조정명세서합계표

10 제27호(갑) 고유목적사업준비금조정명세서(갑)

11 제27호(을) 고유목적사업준비금조정명세서(을)

12 제32호 퇴직급여충당금조정명세서

13 제50호(갑) 자본금과적립금조정명세서(갑)

14 제50호(을) 자본금과적립금조정명세서(을)

15 제51호 중소기업기준검토표

16 구분대차대조표

17 구분운영성과표

18 구분잉여금처분계산서

- 15 -
□ 법인세 과세표준 및 세액조정계산 내역 분석

1) 최근 2개년 법인세 신고내역

ㅇ 출연(연)의 2016년-2017년 법인세과세표준 및 세액조정계산서상 신고내역을 요약한

결과는 아래와 같음
(단위: 백만원)

구 분 2016 2017 증감 증감율

결산서상당기순손익 △100,651 △72,288 28,363 28.2%

익금산입 115,274 115,940 △666 -0.6%

손금산입 115,498 90,830 24,668 21.4%

차가감소득금액 △100,870 △47,181 53,689 53.2%

기부금한도초과액 19 - 19 100.0%

각사업연도소득금액 △100,851 △47,181 53,670 53.2%

이월결손금 25,632 12,548 13,084 51.0%

과세표준 △126,483 △59,729 66,754 52.8%

산출세액 501 1,143 △642 -128.1%

원천납부세액 5,007 4,742 265 5.3%

차감납부세액 △4,777 △4,415 362 7.6%

- 각사업연도의 소득금액은 2016년 △100,851백만원에서 2017년 △47,181백만원으로

53,670백만원 증가하였음

ㅇ 2016년 및 2017년 발생한 각사업연도소득금액(당기소득금액이 음수인 경우 제외)의

규모는 각각 28,327백만원, 18,463백만원이며, 이월결손금 공제를 적용한 과세표준의
규모는 2,605백만원, 5,915백만원임. 출연(연)별 각사업연도소득금액, 이월결손금공제액,
과세표준의 금액은 아래와 같음

(단위: 백만원)
2016 2017
구 분 각사업연도 이월 과세 각사업연도 이월 과세
소득금액 결손금 표준 소득금액 결손금 표준
한국과학기술연구원 1,515 1,515 - 1,817 1,817 -
한국기초과학지원연구원 　 　 　 1,509 1,509 -
한국천문연구원 479 479 - 　 　 　
한국생명공학연구원 348 348 - 341 341 -

- 16 -
 2016 2017
구 분 각사업연도 이월 과세 각사업연도 이월 과세
소득금액 결손금 표준 소득금액 결손금 표준
한국과학기술정보연구원 1,809 1,809 - 　 　 　
한국한의학연구원 281 281 - 267 267 -
한국생산기술연구원 　 　 　 　 　 　
한국전자통신연구원 13,024 10,419 2,605 7,458 1,849 5,609
한국건설기술연구원 　 　 　 　 　 　
한국철도기술연구원 1,424 1,424 - 　 　 　
한국표준과학연구원 1,790 1,790 - 　 　 　
한국식품연구원 　 　 　 306 - 306
한국지질자원연구원 27 27 - 　 　 　
한국기계연구원 　 　 　 　 　 　
한국항공우주연구원 7,504 7,504 - 6,474 6,474 -
한국에너지기술연구원 36 36 - 291 291 -
한국전기연구원 　 　 　 　 　 　
한국화학연구원 　 　 　 　 　 　
한국원자력연구원 　 　 　 　 　 　
합계 28,237 25,632 2,605 18,463 12,548 5,915

ㅇ 2016년 및 2017년 출연(연)의 산출세액 합계액은 각각 501백만원, 1,143백만원이며,

산출세액이 발생한 연구기관은 아래와 같이 한국전자통신연구원과 한국식품연구원임

(단위: 백만원)

2016 2017
구 분 원천 차가감 원천 차가감
산출세액 산출세액
납부세액 납부세액 납부세액 납부세액
한국전자통신연구원 501 728 △498 1,102 739 △453
한국식품연구원 　 　 　 41 325 △284
합계 501 728 △498 1,143 1,064 △737

- 2016년 및 2017년 출연(연)의 차감납부세액(산출세액에서 원천납부세액을 차감) 합계

액은 각각 △498백만원, △737백만원으로, 법인세 신고를 통하여 납부한 법인세액은
없으며, 원천납부세액의 일부를 환급 받음

- 17 -
 <2016년도 출연(연)별 법인세 과세표준 및 세액조정계산신고 내역 요약>

(단위: 백만원)

각사업연도 이월 과세 산출 원천 차감
구 분
소득금액 결손금 표준 세액 납부세액 납부세액

한국과학기술연구원 1,515 1,515 - 311 -311

한국기초과학지원연구원 -19,367 -19,367 230 -230

한국천문연구원 479 479 - 32 -32

한국생명공학연구원 348 348 - 136 -36

한국과학기술정보연구원 1,809 1,809 - 74 -74

한국한의학연구원 281 281 - 46 -46

한국생산기술연구원 -9,305 -9,305 206 -206

한국전자통신연구원 13,024 10,419 2,605 501 728 -498

한국건설기술연구원 -1,323 -1,323 98 -98

한국철도기술연구원 1,424 1,424 - 82 -82

한국표준과학연구원 1,790 1,790 - 93 -93

한국식품연구원 - 330 -330

한국지질자원연구원 27 27 - 105 -105

한국기계연구원 -48,461 -48,461 143 -143

한국항공우주연구원 7,504 7,504 - 1,195 -1,195

한국에너지기술연구원 36 36 - 144 -144

한국전기연구원 -475 -475 154 -154

한국화학연구원 - 144 -144

한국원자력연구원 -50,157 -50,157 756 -756

합계 -100,851 25,632 -126,483 501 5,007 -4,777

- 18 -
 <2017년도 출연(연)별 법인세 과세표준 및 세액조정계산신고 내역 요약>

(단위: 백만원)
각사업연도 이월 산출 원천 차감
구 분 과세표준
소득금액 결손금 세액 납부세액 납부세액
한국과학기술연구원 1,817 1,817 - - 324 -324

한국기초과학지원연구원 1,509 1,509 - - 185 -185

한국천문연구원 -206 - -206 - 28 -28

한국생명공학연구원 341 341 - - 120 -120

한국과학기술정보연구원 -163 - -163 - 131 -131

한국한의학연구원 267 267 - - 48 -48

한국생산기술연구원 -1,303 - -1,303 - 217 -217

한국전자통신연구원 7,458 1,849 5,609 1,102 739 -453

한국건설기술연구원 -1,721 - -1,721 - 81 -81

한국철도기술연구원 -8,514 - -8,514 - 93 -93

한국표준과학연구원 -586 - -586 - 83 -83

한국식품연구원 306 - 306 41 325 -284

한국지질자원연구원 -798 - -798 - 89 -89

한국기계연구원 -19,126 - -19,126 - 145 -145

한국항공우주연구원 6,474 6,474 - - 1,193 -1,193

한국에너지기술연구원 291 291 - - 129 -129

한국전기연구원 -328 - -328 - 136 -136

한국화학연구원 - - - - 116 -116

한국원자력연구원 -32,899 - -32,899 - 560 -560

합계 -47,181 12,548 -59,729 1,143 4,742 -4,415

- 19 -
□ 출연(연) 세무조정 현황

1) 세무조정 개요

ㅇ 법인세 신고 시 회계상 이익을 법인세법상 규정하는 세무상 소득으로 전환하는 세무

조정을 수행하는 바 출연(연)별 세무조정의 주요내역은 다음과 같음

구분 내용

- 출연잉여금과 상계되어 연구운영성과표에 감가상각비로 표시

되지 않은 감가상각비를 공통손금으로 보아 수익사업과 목적
• 감가상각비
사업의 매출액 비율로 안분된 수익사업부문 가액을 손금으로
산입하는 조정을 수행하고 있음

- 당기계상 고유목적사업준비금 중 한도초과액 손금불산입

* 한도액 : 이자소득금액(실제수령이자액) - (기타수익사업소득
금액 + 이월결손금)
• 고유목적사업준비금
전입액 - 손금산입 고유목적사업준비금 전입액 중 수익사업과 목적사업
의 매출액 비율로 안분된 수익사업부문가액 – 고유목적사업준
비금 전입액을 수익사업 및 목적사업에 공통으로 사용되는 것
으로 간주하여 처리함

• 연구비취득자산 - 수익사업 연구과제 집행액 중 자산취득가액을 손금불산입

• 퇴직급여충당부채 - 퇴직급여충당부채 계상액 중 세법상 한도초과액을 손금불산입

- 이자수익 계상액 중 실제 수납이자분만을 수익처리

• 이자수익 (결산상 계상한 기간경과분 미수이자는 익금불산입 처리하고,
전기 결산상 미수이자는 당기 익금산입 조정함)

2) 익금산입・손금불산입 조정 현황

ㅇ 2017년도 법인세 신고 시 익금산입・손금불산입 세무조정의 발생유형, 발생기관수 및

합계금액, 조정내용 등 내역은 아래와 같음

발생
과목 금액 처분 조 정 내 용
기관수
전기미수이자를 익금산입하고 유보로 처
미수이자 17 5,756 유보
분

- 20 -
 발생
과목 금액 처분 조 정 내 용
기관수

기타 고유목적사업준비금한도초과액을 손금불
고유목적사업준비금 17 47,520
사외유출 산입하고 기타사외유출로 처분

당기고유목적사업준비금사용액중 수익사
기타
고유목적사업준비금 3 135 업부문사용액을 손금불산입하고 기타사외
사외유출
유출로 처분

퇴직급여충당금설정 한도초과액을 손금불

퇴직급여충당부채 17 9,898 유보
산입하고 유보로 처분
기타 이자수익순액처리액을 익금산입하고 기타
이자수익 10 7,367
사외유출 사외유출로 처분
기타 이자수익타계정대체액을 익금산입하고 기
이자수익 -
사외유출 타사외유출로 처분
기타 이자수익중 부채계상액을 익금산입하고
이자수익 -
사외유출 기타사외유출로 처분

연구원가에 포함된 수익사업부문 연구비

기타
연구비취득자산 4 6,242 취득자산을 익금산입하고 기타사외유출로
사외유출
처분

법인세비용을 손금불산입하고 기타로 처

법인세비용 - 기타
분
목적사업손익 손금불산입하고 기타로처분
목적사업손익 - 기타
(기초)
기술료수익중 부채계상액을 익금산입하고
선수수익 - 유보
유보로 처분
기술지원사업수익중 부채계상액을 익금산
기술지원사업선수금 - 유보
입하고 유보로 처분
기반조성사업수익중 부채계상액을 익금산
기반조성사업선수금 - 유보
입하고 유보로 처분
감가상각비 한도초과액을 손금불산입하고
감가상각비한도초과 유보
유보로 처분
자산일시상각액을 손금불산입하고 기타로
감가상각비 - 기타
처분
당기 일시상각충당금 상각액을 손금불산
일시상각충당금 - 기타
입하고 기타로 처분
기타 업무용승용차 감가상각비 한도초과액을
업무용승용차 -
사외유출 손금불산입하고 기타사외유출로 처분
대손요건 미충족 상각비 손금불산입하고
대손상각비 - 유보
유보로 처분
대손충당금 한도초과액을 손금불산입하고
대손충당금 - 유보
유보로 처분

- 21 -
 발생
과목 금액 처분 조 정 내 용
기관수
기말 연구지원준비금, 연구개발준비금, 연
연구지원준비금 - 유보 구개발적립금, 기술개발준비금을 손금불
산입하고 유보로 처분
기타 외국납부세액을 익금산입하고 기타사외유
외국납부세액 -
사외유출 출로 처분

기타 접대비 한도초과액 손금불산입하고 기타

접대비 -
사외유출 사외유출로 처분
당기 자본잉여금 증가분을 익금산입하고
자본잉여금 - 기타
기타로 처분
수익인식시기차이로 당기손익계산서에 미
우주과학관수입 - 유보
인식한 수익을 익금산입하고 유보로 처분

3) 손금산입・익금불산입 조정 현황

ㅇ 2017년도 법인세 신고 시 손금산입 세무조정의 발생유형, 발생기관수, 합계금액 및

조정내용 등 내역은 아래와 같음

발생
과 목 금액 처 분 조 정 내 용
기관수

미수이자 17 4,218 유보 당기미수이자를 익금불산입하고 유보 처분

출연잉여금(시설잉여금)과 상계처리한 수익사업

감가상각비 14 49,594 기타
해당분 감가상각비를 손금산입하고 기타로 처분

전기 부인액을 초과하여 지급한 가액을 손금산

퇴직급여충당부채 14 5,825 유보
입하고 유보로 처분

고유목적사업준비금 전입 부인액중 당기지출액

고유목적사업준비금 3 13,240 유보
을 손금산입하고 유보로 처분

연구지원준비금 - 유보 전기연구지원금을 손금산입하고 유보로 처분

기부금 - 유보 전기미지급기부금을 손금산입하고 유보로 처분

- 22 -
ㅇ 2017년 법인세 신고 시 출연(연)별 주요 손금산입 조정액의 내용은 아래와 같음

감가상각비조정 퇴직급여 고유목적사업

구 분 감가상각비
명세서합계표 충당부채 준비금

한국과학기술연구원 3,081 ○ 46 -

한국기초과학지원연구원 3,611 X 99 -

한국천문연구원 705 ○ - -

한국생명공학연구원 1,398 ○ 70 -

한국과학기술정보연구원 1,463 ○ 75 -

한국한의학연구원 151 ○ 82 -

한국생산기술연구원 16,420 ○ 77 -

한국전자통신연구원 - X 1,809 11,876

한국건설기술연구원 1,473 ○ 1,032 -

한국철도기술연구원 347 ○ - -

한국표준과학연구원 4,662 ○ 23 -

한국식품연구원 - X - -

한국지질자원연구원 - ○ 67 -

한국기계연구원 4,356 ○ 661 -

한국항공우주연구원 1,920 ○ 120 -

한국에너지기술연구원 976 ○ 28 -

한국전기연구원 - X - 970

한국화학연구원 - X - 394

한국원자력연구원 9,031 ○ 1,636 -

합계 49,594 5,825 13,240

- 23 -
□ 구분경리 현황

1) 구분경리 기준

ㅇ 법인세 신고 시 수익사업 부문과 목적사업 부문을 구분경리하여 수익사업 부문에 대

하여만 법인세 신고하는 바, 구분경리 기준은 다음과 같음

- (재무상태표 구분기준) 자산・부채의 용도에 따라 수익사업과 그 외 사업에 속하는

것을 각각 구분하고, 수익사업과 그 외 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사
업에 속하는 것으로 함

- (연구운영성과표 구분기준)
• 개별적으로 구분가능한 수익사업과 목적사업 부문 관련 수익, 비용은 개별적으로
구분
• 수익사업과 목적사업에 공통되는 수익과 비용은 수익사업과 목적사업의 업종이 동
일한 경우에는 수입・목적사업의 매출액 비율로 안분
• 수익사업과 목적사업에 공통되는 수익과 비용은 수익사업과 목적사업의 업종이 다
른 경우에는 공통비용은 수익・목적 개별손금 비율로 안분

ㅇ 연구운영성과표 주요계정별 구분경리기준

구 분 과 목 수익사업 목적사업 비고

연구개발출연금수익 - ○ 개별

위탁기관수행 주관・참여기관 수행 개별
국가연구개발사업수익
참여기업으로부터 수령
연구 - 개별
하는 민간부담금
사업
수익 수탁연구사업수익 ○ - 개별

기술지원사업수익 ○ - 개별

기타(자체)연구사업수익 ○ ○ 개별

연구사업
연구사업직접원가 연구수익대응 원가를 수익의 구분에 의해 구분 개별
직접원가
연구사업 지원인력인건비 등 표준(안)에 따라 분류, 매출액 비율로 안분 공통
간접원가,
연구사업
연구개발능률성과급 등 표준(안)에 따라 분류, 개별 구분경리 개별
기타원가

- 24 -
 구 분 과 목 수익사업 목적사업 비고

이자, 장비사용수익 ○ - 개별

참여기업으로부터 수령
연구 기술료수익 ○ 개별
하는 정액기술료
사업외
수익 목적사업 3년미만 사용 목적사업 3년 이상
유형자산처분이익 개별
자산 처분 사용자산 처분

계속, 반복적인 사업성 지체상금, 연체료 및

잡수익 개별
수익 일시적 수익 발생

고유목적사업준비금
○ - 개별
전입액

목적사업 3년 미만 사용 목적사업 3년 이상 사용
연구 유형자산처분손실 개별
자산 처분 자산 처분
사업외
비용 기술료 대응경비 ○ - 개별

계속, 반복적인 사업성

잡손실 그 외 잡손실 개별
비용

2) 출연(연)별 구분경리 현황

ㅇ 2017년 법인세 신고 시 구분재무상태표와 구분운영성과표 첨부 여부 및 신고된 수익

사업 비율의 현황은 아래와 같음

구 분 구분재무상태표 구분운영성과표 수익사업 비율(%)

한국과학기술연구원 ○ ○ 9.29

한국기초과학지원연구원 ○ ○ 4.8

한국천문연구원 ○ ○ 4.7

한국생명공학연구원 ○ ○ 7.64

한국과학기술정보연구원 ○ ○ 5.05

한국한의학연구원 ○ ○ 2.67

한국생산기술연구원 ○ ○ 5.97

한국전자통신연구원 X(미첨부) ○ 9.92

한국건설기술연구원(*1) ○ ○ 22.48

한국철도기술연구원 ○ ○ 17.2

- 25 -
 구 분 구분재무상태표 구분운영성과표 수익사업 비율(%)

한국표준과학연구원 ○ ○ 18.74

한국식품연구원 ○ ○ 6.74

한국지질자원연구원 ○ ○ 4.82

한국기계연구원 ○ ○ 15.33

한국항공우주연구원 ○ ○ 2.92

한국에너지기술연구원 ○ ○ 6.94

한국전기연구원(*2) ○ ○ 10.11

한국화학연구원 ○ ○ 12.82

한국원자력연구원 ○ ○ 17.85

(*1) 수익부문 구분재무제표만 첨부 (비교식은 작성하지 아니함)

(*2) 수익부문 및 공익부문 재무제표 첨부 (비교식은 작성하지 아니함)

□ 기관별 주요 수익・원가의 구분경리 현황

ㅇ 출연(연)별 운영성과표상 주요 수익 및 원가의 구분경리 현황은 아래와 같으며, 출연

(연)별로 상이한 구분방식을 적용하고 있어, 각 수익과 원가에 대하여 추가적인 검토가
필요함

ㅇ (연구개발출연금수익) 연구개발출연금은 출연(연)이 주관기관 및 참여기관으로서 정부의

목적사업 및 기관의 고유목적사업을 위하여 정부로부터 반대급부 없이 수령하는 금액
이므로 법인세법상 비수익사업소득으로 판단됨

- (구분사례 1) 연구개발출연금 수익은 목적사업으로 구분하고, 대응되는 연구개발출

연금원가도 역시 목적사업으로 구분한 사례

- (구분사례 2) 연구개발출연금수익은 목적사업으로 구분하였으나, 대응되는 연구개발

출연금원가는 개별 구분경리에 따라 수익사업 및 목적사업으로 각각 구분한 사례
※ 해당기관 : 한국철도연구원, 한국기계연구원, 한국항공우주연구원, 한국에너지기술
연구원, 한국원자력연구원

- 26 -
 구분사례 1 구분사례 2
구 분
수익 목적 수익 목적

연구개발출연금수익 ○ ○
연구개발출연금원가 ○ ○ ○

※ 일부 출연연은 정부출연금을 재원으로 하여 수행하는 기본연구사업 및 국가 R&D사

업(기존에 수익사업으로 구분하지 아니한 사업) 원가 중 현재 및 장래 수익사업수익
발생이 유력한 사업원가를 수익사업 부문의 손금으로 계상함. 이를 통해 소득금액을
음의 가액으로 산정하여 법인세 산출세액이 발생하지 않도록 하는 절세방안을 시행
하고 있음

ㅇ (국가연구개발사업수익) 연구개발사업은 법인세법시행령 제2조제1항제2호에서 원칙적

으로 수익사업에서 제외하고 있으나, 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발
용역을 제공하는 사업은 수익사업에 포함되도록 규정하고 있음

따라서 연구개발출연금수익, 정부과제로서 주관기관 및 참여기관으로 수행하는 연구

개발사업, 공동연구과제 중 공동개발・공동소유하는 연구개발사업은 수익사업에서 제외
하나, 이를 제외한 정부과제 중 위탁기관으로 수행하는 사업과 민간으로부터 위탁을
받아 수행하는 민간과제사업, 공동연구과제 중 타방이 자금을 제공하고 일방이 단독
개발 후 연구결과물을 공동 소유하는 경우 등은 수익사업에 포함됨

- (구분사례 1) 국가연구개발사업수익은 수익사업 및 목적사업으로 구분하고, 대응되는

국가연구개발사업원가 또한 수익사업 및 목적사업으로 구분한 사례
※ 해당기관 : 한국과학기술연구원, 한국생명공학연구원, 한국표준과학연구원, 한국
식품연구원, 한국지질자원연구원, 한국에너지 기술연구원, 한국원자력연구원

- (구분사례 2) 국가연구개발사업수익은 목적사업으로 구분하고, 대응되는 국가연구개발

사업원가 또한 목적사업으로 구분경리한 사례
※ 해당기관 : 한국천문연구원, 한국과학기술정보연구원, 한국한의학연구원, 한국생산
기술연구원, 한국전자통신연구원, 한국철도기술연구원, 한국항공우주연구원, 한국
화학연구원

- (구분사례 3) 국가연구개발사업수익은 목적사업으로 구분하고, 대응되는 국가연구개발

사업원가는 수익사업 및 목적사업으로 구분한 사례
※ 해당기관 : 한국기계연구원

- 27 -
 구분사례 1 구분사례 2 구분사례 3
구 분
수익 목적 수익 목적 수익 목적

국가연구개발사업수익 ○ ○ ○ ○

국가연구개발사업원가 ○ ○ ○ ○ ○

ㅇ (수탁연구사업수익)

- (구분사례 1) 수탁연구사업수익은 수익사업으로 구분하고, 대응되는 수탁연구사업원

가 또한 수익사업으로 구분한 사례
※ 해당기관 : 한국과학기술연구원, 한국천문연구원, 한국생명공학연구원, 한국과학
기술정보연구원, 한국한의학연구원, 한국철도기술연구원, 한국표준과학연구원,
한국기계연구원, 한국지질자원연구원, 한국에너지기술연구원

- (구분사례 2) 수탁연구사업수익은 수익사업 및 목적사업으로 구분하고, 대응되는 수

탁연구사업원가 또한 수익사업 및 목적사업으로 구분경리한 사례
※ 해당기관 : 한국생산기술연구원, 한국전자통신연구원, 한국식품연구원, 한국항공
우주연구원, 한국화학연구원, 한국원자력연구원

구분사례 1 구분사례 2
구 분
수익 목적 수익 목적

수탁연구사업수익 ○ ○ ○

수탁연구사업원가 ○ ○ ○

ㅇ (기술지원사업수익) 기술지원사업은 출연(연)이 국가연구개발 활동을 수행함과 병행하

여 민간 및 공공의 필요에 따라 시험, 분석, 검정 등을 수행하는 사업임

기술지원사업수익은 법인세법상 수익사업에 해당되며, 해당 기술지원사업이 실비 또

는 무상으로 제공하는 용역에 해당된다면 부가가치세는 면세가 가능하고 이에 해당
되지 않는다면 부가가치세 과세 적용대상임

- (구분사례 1) 기술지원사업수익은 수익사업으로 구분하고, 대응되는 기술지원사업원

가 또한 수익사업으로 구분한 사례

- 28 -
 ※ 해당기관 : 한국과학기술연구원, 한국천문연구원(N/A), 한국생명공학연구원, 한국
과학기술정보연구원, 한국한의학연구원(N/A), 한국전자통신연구원,한국철도기술
연구원, 한국표준과학연구원

- (Case 2) 기술지원사업수익은 수익사업과 목적사업으로 구분하고, 대응되는 기술지원

사업원가 또한 수익사업과 목적사업으로 구분한 사례
※ 해당기관 : 한국생산기술연구원, 한국지질자원연구원, 한국식품연구원, 한국기계
연구원, 한국항공우주연구원, 한국에너지기술연구원, 한국화학연구원, 한국원자
력연구원

구분사례 1 구분사례 2
구 분
수익 목적 수익 목적

기술지원사업수익 ○ ○ ○

기술지원사업원가 ○ ○ ○

ㅇ (개선방안 수립필요) 출연(연)별 운영성과표상 주요 수익 및 원가의 구분경리 현황은

상기 서술한 바와 같이 기관별 처리가 상이하며 또한 수익비용 대응에 어긋나 향후
세무조사 시 논쟁의 여지가 있으므로 본 세무해설서에 제시한 구분재무상태표 표준
(안) 및 구분연구운영성과표 표준(안)을 참고하여, 각 기관별로 구분경리의 적정성에
대해 검토 보완할 필요가 있음.

□ 고유목적사업준비금 제도 적용 실태

1) 고유목적사업준비금 제도의 개요

ㅇ 비영리법인의 수익사업 소득을 목적사업에 5년 이내 사용하는 경우 법인소득금액 산정

시 일정금액을 손금으로 인정하는 제도로써 주요 내용을 요약하면 아래와 같음

구 분 내 용

ㆍ법인격이 있는 비영리내국법인
ㆍ법인으로 보는 단체 중 시행령 제36조 제1항 제1호에 해당하는 지정기부금
1. 설정대상 내국법인
대상단체
ㆍ법인으로 보는 단체 중 법령에 의하여 설치된 기금

2. 손금산입한도 ㆍ(이자소득 등 특정 소득금액 × 100%) + (기타수익사업소득금액 × 50%)

ㆍ손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내 고유목적사업 등에 사

3. 사용
용해야 함

- 29 -
 구 분 내 용

ㆍ사용한 금액은 먼저 계상한 고유목적사업준비금부터 사용한 것으로 봄

ㆍ직전 사업연도 종료일 현재의 잔액을 초과하여 지출한 금액은 해당 사업연
도에 계상하여 지출한 것으로 봄

ㆍ고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 사업에 관한 모든 권리와 의

무를 다른 비영리내국법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해
4. 승계
산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승
계할 수 있음

① 환입사유
1. 해산한 경우(고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외) 및 고유목적사
업을 전부 폐지한 경우
2. 법인으로 보는 단체가 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우
3. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이
되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우 (5년 내에 사용하지
아니한 잔액으로 한정)
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이
5. 환입 등 내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우

② 이자 상당액의 납부
위 3,4번째에 해당하는 사유 발생시 감면된 법인세와 함께 다음의 이자상
당액을 납부해야 함.
고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에
산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액 × 손금에 산입한 사업연도의 다음
사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간(일수)
× 3/10,000

ㆍ비영리내국법인 등이 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는

조세특례제한법에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는
6. 중복적용의 배제
세액감면(세액공제는 제외)을 적용받는 경우 고유목적사업준비금과 중복적
용을 배제함. 즉, 고유목적사업준비금과 다른 감면 등 중에서 선택하여야 함

ㆍ결산조정이 원칙이지만, 외부회계감사 대상 비영리내국법인은 잉여금 처분에

의한 신고조정이 가능함
7. 절차
ㆍ법인세과세표준 신고 시 고유목적사업준비금조정명세서(갑)(을)를 제출하여
야 함

- 30 -
2) 출연(연)별 고유목적사업준비금 제도 적용 현황

ㅇ 출연(연)의 2017년 법인세 신고 시 고유목적사업준비금 관련 회계결산 및 세무조정

내역을 요약한 결과는 아래와 같음
(단위: 백만원)
재무상태표 연구운영성과표 세무조정
이자
세무 고유목적
구분 환입액 전입액 수익 손금 손금
대리인 사업
(목적) (수익) 등(*1) 한도액 부인액
준비금
한국과학기술연구원 신한 2,537 - 2,560 2,314 - 2,560

한국기초과학지원연구원 삼덕 - - 2,861 920 2,429 432

한국천문연구원 신한 1,045 - 206 201 - 206

한국생명공학연구원 신한 133 - 862 860 - 862

한국과학기술정보연구원 신한 - 918 918 939 - 918

한국한의학연구원 신한 - 342 342 - - 342

한국생산기술연구원 신한 - 1,551 1,551 1,551 - 1,551

한국전자통신연구원 서동우 - 22,766 22,766 5,281 10,890 11,876

한국건설기술연구원 화우 - - 275 275 275 -

한국철도기술연구원 신한 - 667 667 667 - 491

한국표준과학연구원 신한 - 586 586 596 - 586

한국식품연구원 우리 - 2,320 2,320 2,320 2,473 -

한국지질자원연구원 신한 128 582 484 636 - 484

한국기계연구원 신한 - 1,034 1,034 1,034

1,034 -
한국항공우주연구원 신한 - 8,529 8,529 - - 8,523

한국에너지기술연구원 신한 70 3,633 920 920 - 920

한국전기연구원 태성 - - 972 1,000 1,000 -

한국화학연구원 예교 - 828 828 - 394 434

한국원자력연구원 신한 - 3,062 3,062 - - 3,062

(*1) 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)의 ⑤ 법인세법 제29조제1항제1호부터 제3호까지에 따

른 금액

- 31 -
□ 이월결손금 제도 적용 현황

1) 이월결손금 제도 개요

ㅇ 법인세는 사업연도 단위로 과세하므로, 어느 한 사업연도의 결손금은 다른 사업연도의

소득에서 공제하고 있음. 즉 결손금을 결손금 발생 이후 사업연도의 소득에서 공제하여
납부할 세액을 감소시키는 제도임.

과세표준 계산 시 공제하는 이월결손금은 해당 사업연도의 개시일부터 소급하여 10년

(2008.12.31. 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 5년) 이내에 개시한 사업연
도에서 발생한 세무상 결손금 중 미공제분(각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제
되지 아니한 금액)을 말함

ㅇ 고유목적사업준비금 적립 시 수익사업소득금액에서 이월결손금을 공제하도록 하고 있으

므로 고유목적사업준비금 한도를 감소시키는 것임. 다만, 준비금 손금산입 한도 계산서
결손금의 차감은 수익사업소득금액에서만 하는 것이고 그 밖의 이자소득 등에서는 차감
하지 아니하는 것임

2) 출연(연)별 이월결손금 제도의 이용현황

ㅇ 출연(연)의 2016년-2017년 법인세 신고 시 공제 받은 이월결손금 및 2017년말 이월결손금

잔액 규모를 요약한 결과는 아래와 같음

(단위: 백만원)
이월결손금공제액 2017년
구 분
2016년 2017년 이월결손금잔액

한국과학기술연구원 1,515 1,817 24,605

한국기초과학지원연구원 　- 1,509 24,276

한국천문연구원 479 - 208

한국생명공학연구원 348 341 5,670

한국과학기술정보연구원 1,809 - 13,464

한국한의학연구원 281 267 3,405

한국생산기술연구원 　- - 28,166

한국전자통신연구원 10,419 1,849 -

- 32 -
 이월결손금공제액 2017년
구 분
2016년 2017년 이월결손금잔액

한국건설기술연구원 　- - 98,212

한국철도기술연구원 1,424 - 11,059

한국표준과학연구원 1,790 - 3,517

한국식품연구원 　- - -

한국지질자원연구원 27 - 2,234

한국기계연구원 　- - 177,966

한국항공우주연구원 7,504 6,474 35,093

한국에너지기술연구원 36 291 7,230

한국전기연구원 　- - 6,988

한국화학연구원 　- - 6,401

한국원자력연구원 　- - 98,423

합계 25,632 12,548 546,917

□ 기타 신고내용 관련 현황

ㅇ (신고내용) 2017년 법인세 신고 시 법인세과세표준및세액신고서상 법인종류별 구분과

외부 감사대상에 대해 출연(연)별로 신고한 내역은 아래와 같으며, 출연(연)별로 상이한
내역이 있어 이에 대해서는 추가적인 검토가 필요한 것으로 판단됨

- 일부 출연(연)은 비영리중소기업 여부에 “94(비영리기타)”로 입력하였으며, 중소기업

검토표에도 해당되지 않는 것으로 입력함

- 또한 출연(연)은 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한

법률」(이하 과기출연기관법) 제16조에 따라 사업연도마다 연구회가 지정하는 공인
회계사의 외부 회계감사를 받기 때문에 외감법상 외부감사대상은 아니나 외부감사
대상에 “여”로 표시한 기관이 있음

- 33 -
 비영리 중소기업 외부감사
구 분 세무대리인
중소기업 여부 검토표 대상
한국과학기술연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국기초과학지원연구원 삼덕회계법인 60 ○ 부

한국천문연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국생명공학연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국과학기술정보연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국한의학연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국생산기술연구원 신한회계법인 60 ○ 여

한국전자통신연구원 서동우 94(비영리기타) X 여

한국건설기술연구원 세무법인화우 94(비영리기타) ○(부적합) 여

한국철도기술연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국표준과학연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국식품연구원 우리회계법인 94(비영리기타) X 부

한국지질자원연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국기계연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국항공우주연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국에너지기술연구원 신한회계법인 60 ○ 부

한국전기연구원 태성회계법인 60 ○ 부

한국화학연구원 회계법인예교 94(비영리기타) X 부

한국원자력연구원 신한회계법인 60 ○ 부

ㅇ (중소기업 해당여부) 비영리법인도 중소기업의 요건을 갖춘 경우에 해당되면 중소기업

과 관련한 조세법상의 혜택을 받을 수 있음

- 법인세법상 중소기업조세지원 요약

구 분 중소기업 중소기업 아닌 자

• 접대비 한도액 계산 시 18,000,000원

12,000,000원
기본금액의 범위 (‘15~’18 : 한시적 24,000,000원)

부도발생일 이전의
• 부도외상 매출금의 대손금 외상매출금으로서 6개월 이상
해당사항 없음
인정 지난 외상매출금은 대손금으로
인정(비망금액 1,000원 제외)

- 34 -
 구 분 중소기업 중소기업 아닌 자

납부기한 경과일로부터 2개월 납부기한 경과일로부터

• 법인세 분납기간
이내 분납 가능 1개월 이내 분납 가능
각사업연도소득의 80%
• 이월결손금 공제 한도 각사업연도소득의 100%
(‘18 : 70%, ’19 : 60%)
직전연도의 납부한 세액에 대해
• 결손금 소급공제에
당해연도의 결손금을 소급 해당사항 없음
따른 환급
공제하여 법인세 환급 선택 가능

- 조세특례제한법상 중소기업 조세 지원 : 중소기업에 대한 특별세액 감면, 연구인력개

발비에 대한 세액 공제 등

구 분 중소기업 중소기업 아닌자

ㆍ감면업종을 경영하는 경우
• 중소기업에 대한 2020. 12.31 이전에 발생
특별세액 감면 소득금액에 대해 지역과 규모를 ㆍ해당사항 없음
(조특법 제7조) 감안한 감면비율(5~30%)을
적용하여 세액감면

ㆍ신성장동력연구개발비 및
원천기술연구개발비 세액공제액
= 2018.12.31. 까지 발생한
신성장동력연구개발비 또는
ㆍ신성장동력연구개발비 및
원천기술연구개발비 X
원천기술연구개발비 세액공제액
Min[(20%+매출액 대비
= 2018.12.31.까지 발생한
신성장동력연구개발비
신성장동력연구개발비 또는
• 연구・인력개발비 비율X3), 30%]
원천기술연구개발비의 30%
에 대한 세액공
제 ㆍ일반연구· 인력개발비
ㆍ일반연구· 인력개발비
(조특법 제10조) 세액공제액 = Max[①,②]
세액공제액 = Max[①,②]
① 직전 사업연도(2개년 연평균)
① 직전 사업연도(2개년
초과 발생액의 40%
연평균) 초과 발생액의 50%
② 1) 중견기업 : 해당연도
② 해당연도 발생액의 25%
발생액의 8%
2) 그 외 : 해당연도 발생액X
Min(6%, 3%+매출액 대비
일반연구인력개발비비율*50%)

- 35 -
□ 법인세 신고 현황 분석의 시사점

ㅇ 2016년, 2017년도 귀속 사업연도 법인세 신고와 관련하여 법인세세무조정계산서를

취합하여 신고내역 및 주요 부속서류(구분재무상태표, 구분연구운영성과표 등)의 내
용을 상세 분석한 결과, 출연(연) 법인세 관련 주요 특징 및 내용을 아래와 같이 요
약하여 동 내역을 세무해설서에 반영 필요

구 분 특 징 비 고

영리법인과 달리 법인세법에서 열거하는 7가지

• 비영리법인의 특징
소득에 한정하여 법인세 신고의무 부과

법인세법 신고납부 범위에 해당하는 수익사업의

• 수익사업의 구분
구분에 대해 상세히 검토

수익사업과 목적사업을 구분경리하여 구분재무제표

• 구분경리 산출 후 수익사업부문 재무제표에 대하여 세무조정
후 법인세 신고

• 고유목적사업준비금 고유목적사업준비금 손금산입한도에 대해 기술

미수이자, 퇴직급여충당금, 감가상각비, 고유목적사

• 출연(연) 세무조정 업준비금 세무조정에 대해 회계와 세무의 차이 등
세무조정에 대해 사례를 포함하여 기술

- 36 -
[별첨1] 출연(연)별 2017년 소득금액조정명세서(갑)

한국과학 한국기초과학 한국천문 한국생명공학 한국과학기술 한국한의학 한국생산기술 한국전자통신 한국건설기술 한국철도기술
과 목
기술연구원 지원연구원 연구원 연구원 정보연구원 연구원 연구원 연구원 연구원 연구원

고유목적
2,560 431 206 862 918 342 1,551 23,753 　 490
사업준비금한도초과

고유목적사업준비금 4 　 9 　 　 　 　 　 　 　

퇴직급여충당부채 155 59 41 137 49 44 404 2,004 2,804 267

연구비취득자산 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　

미수이자 1,044 154 45 201 83 16 200 1,760 　 75

이자수익 742 　 2 262 　 48 184 　 　 　

접대비한도초과액 　 　 　 　 　 　 　 　 199 　

대손충당금 　 　 　 　 　 　 　 　 1,032 　

대손상각비 　 　 　 　 　 　 　 580 　 　

연구개발적립금 　 　 　 　 　 　 　 　 1,861 　

연구지원준비금 　 　 　 　 　 　 　 211 312 　

연구개발준비금 　 　 　 　 　 　 　 　 3 　

- 37 -
 한국과학 한국기초과학 한국천문 한국생명공학 한국과학기술 한국한의학 한국생산기술 한국전자통신 한국건설기술 한국철도기술
과 목
기술연구원 지원연구원 연구원 연구원 정보연구원 연구원 연구원 연구원 연구원 연구원

기술개발준준비금 　 　 　 　 　 　 　 　 2,329 　

자본잉여금 　 　 　 　 　 　 　 　 10,045 　

일시상각충당금 　 　 　 　 　 　 　 　 728 　

감가상각비 　 　 　 　 　 　 　 240 　 　

외국납부세액 　 　 　 　 　 　 　 1,757 　 　

업무용승용차 　 　 　 　 　 　 　 1 　 　

우주과학관수익 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　

선수수익 　 　 　 　 　 　 359 　 　 　
선수금기술지원사업
　 　 　 　 　 　 4,604 　 　 　
선수금
기반조성사업선수금 　 　 　 　 　 　 8,544 　 　 　

법인세비용 　 　 　 　 　 　 　 280 　 　

목적사업손익 　 4,743 　 　 　 　 　 　 　 　

합계 4,505 5,387 303 1,462 1,050 450 15,846 30,586 19,313 832

- 38 -
 한국식품 한국지질자원 한국기계 한국항공우주 한국에너지 한국전기 한국화학 한국원자력
과 목
연구원 연구원 연구원 연구원 기술연구원 연구원 연구원 연구원
고유목적
　 484 1,034 8,523 920 970 828 3,062
사업준비금한도초과

고유목적사업준비금 　 　 　 　 122 　 　 　

퇴직급여충당부채 　 176 968 171 102 52 　 2,392

연구비취득자산 　 　 3,557 1,396 855 　 　 　

미수이자 872 13 177 1,273 80 　 178 612

이자수익 　 69 179 5,862 14 　 　 　

접대비한도초과액 　 　 　 　 　 　 　 　

대손충당금 　 　 　 　 　 　 　 　

대손상각비 　 　 　 　 　 　 　 　

연구개발적립금 　 　 　 　 　 　 　 　

연구지원준비금 　 　 　 　 　 　 　 　

연구개발준비금 　 　 　 　 　 　 　 　

기술개발준준비금 　 　 　 　 　 　 　 　

- 39 -
 한국식품 한국지질자원 한국기계 한국항공우주 한국에너지 한국전기 한국화학 한국원자력
과 목
연구원 연구원 연구원 연구원 기술연구원 연구원 연구원 연구원

자본잉여금 　 　 　 　 　 　 　 　

일시상각충당금 　 　 　 　 　 　 　 　

감가상각비 　 　

외국납부세액 　 　

업무용승용차 　 　

우주과학관수익 150 　 　

선수수익 　 　
선수금기술지원사업
　 　
선수금
기반조성사업선수금 　 　

법인세비용 　 　

목적사업손익 　 　

합계 872 742 5,915 17,375 2,093 1,022 1,006 6,066

- 40 -
[별첨2] 출연(연)별 2017년도 소득금액조정명세서(을)
한국과학 한국기초과학 한국천문 한국생명공학 한국과학기술 한국한의학 한국생산기술 한국전자통신 한국건설기술 한국철도기술
과 목
기술연구원 지원연구원 연구원 연구원 정보연구원 연구원 연구원 연구원 연구원 연구원

감가상각비 3,081 3,611 705 1,398 1,463 151 16,420 　 1,473 347

고유목적사업준비금 　 　 　 　 　 　 　 11,876 　 　

퇴직급여충당부채 46 99 　 70 75 82 77 1,809 1,032 　

미수이자 1,713 137 50 389 61 10 270 1,369 　 37

대손충당금 　 　 　 　 　 　 　 　 1,038 　

연구개발적립금 　 　 　 　 　 　 　 　 1,578 　

일시상각충당금 　 　 　 　 　 　 　 　 10,046 　

연구지원준비금 　 　 　 　 　 　 　 387 387 　

기술개발준비금 　 　 　 　 　 　 　 　 2,310 　

자본잉여금 　 　 　 　 　 　 　 　 728 　

기부금 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　

위성영상수익 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　

합계 4,840 3,847 755 1,857 1,599 243 16,767 15,441 18,592 384

- 41 -
 한국식품 한국지질자원 한국기계 한국항공우주 한국에너지 한국전기 한국화학 한국원자력
과 목
연구원 연구원 연구원 연구원 기술연구원 연구원 연구원 연구원

감가상각비 4,662 　 　 4,356 1,920 　 　 9,031

고유목적사업준비금 　 　 　 　 　 970 394 　

퇴직급여충당부채 23 　 67 661 120 　 　 1,636

미수이자 28 25 33 203 177 　 151 491

대손충당금 　 　 　 　 　 　 　 　

연구개발적립금 　 　 　 　 　 　 　 　

일시상각충당금 　 　 　 　 　 　 　 　

연구지원준비금 　 　 　 　 　 　 　 　

기술개발준비금 　 　 　 　 　 　 　 　

자본잉여금 　 　 　 　 　 　 　 　

기부금 　 　 　 　 　 　 　 　

위성영상수익 　 　 　 　 473 　 　 　

합계 4,713 25 100 5,220 2,690 970 545 11,158

- 42 -
(2) 상속세 및 증여세

□ 출연(연)별 공익법인 결산서류 작성내용

ㅇ 출연연은 공익법인으로서, 사업연도 종료 후 3개월 이내에 국세청에 공익법인 결산

서류를 제출하고 있으나, 2017회계연도에 제출된 출연연 결산서류 공시자료를 검토
한 결과 기관별로 신고내용이 일부 상이함. 신고내용 중 상이한 주요 내용 및 시사
점은 아래와 같음

ㅇ (기부금단체 유형) 대부분 기관은 법정으로 기재하였으나 일부 기관은 지정으로 기재

⇨ 각 출연(연)은 기획재정부에서 지정한 기부금단체 유형을 파악하여 이와 동일하게
기재할 필요

ㅇ (자산보유현황) 대부분 기관은 공익사업과 수익사업의 자산금액을 각각 기재하였으나

일부기관은 수익사업의 자산금액을 0원 또는 1원으로 기재
⇨ 공익사업과 수익사업의 구분계리는 비영리법인 세무에서 중요한 내용이므로 각 사
업의 자산금액을 정확히 기재 필요

ㅇ (출연재산) 대부분 기관은 정부로부터의 출연금을 출연재산으로 기재하지 않았으나,

일부기관은 출연금 전체 금액 또는 일부 금액을 출연재산으로 기재함
⇨ 정부로부터의 출연금을 공익법인의 출연재산으로 관리해아 하는지에 대한 검토 필
요 및 출연(연)의 일관성 있는 작성 필요

ㅇ (구분경리) 대부분 기관은 공익사업과 수익사업의 대차대조표 및 손익계산서를 각각

기재하였으나 일부기관은 이를 구분하지 않고 공익사업 대차대조표 및 손익계산서만
작성함
⇨ 공익사업과 수익사업의 구분계리는 비영리법인 세무에서 중요한 내용이므로 각 사
업의 대차대조표와 손익계산서를 구분하여 작성하여야 함

ㅇ (고유목적사업준비금) 수익사업에서 고유목적사업준비금을 전입하고, 동 금액을 공익

사업에서 “수익사업출연수익”으로 인식하여야 하나, 대부분 기관에서 이를 명확히 표
시하지 않음
⇨ 공익사업과 수익사업의 손익계산서에서 고유목적사업준비금전입액과 수익사업출연
수익을 명확하게 표시할 필요가 있음

- 43 -
 <공익법인 결산서류 주요 항목의 입력사례 >

다수 기관의 소수 기관의
서류명 항목 항목
입력내용 입력내용
기부금(단체)
법정(대부분) 지정(일부)
유형
단체유형 공공기관(대부분) 기타(일부)
과학기술정보통신부 등
주무관청 미기재(일부)
1.기본사항 주무관청(대부분)

알리오 임원현황과 일치
0명
(대부분)
이사수 *알리오 임원현황과는
* 작성방법에는 등기사항
차이 발생
증명서상 이사 수 기재

토지, 건물, 주식 및 출자지분,

2.자산보유현 기타자산 1원, 총자산
수익사업 금융자산, 기타자산에 금액
황 1원 등으로 기재(일부)
기재(대부분)

고유목적-수입금
기타사업수입(대부분) 보조금(일부)
액

3.수입금액 및 고유목적-필요경 목적사업비, 일반관리비

목적사업비만 기재
필요경비 비 및 모금비를 각각 기재
공 익 법 인
현황
결산
흑자(일부)
서류 등의 수익사업_소득금
적자(대부분) *고유목적사업준비금의 적
공시 액
정한 설정 여부 확인 필요

4.세무확인과
세무확인 여부 여(대부분) 부(일부)
회계감사
알리오상 일반현황 중 주요
고유목적사업현 설립목적을 간단히 기재(일
기능 및 역할의 내용기재(대
황 부)
부분)
5.고유목적사
업 세부현황 사업대상 기타(대부분) 전체항목 선택(일부)

국내 주요 전국 선택 또는 일부지역
대전 등 소재지(대부분)
사업 지역 선택(일부)
기타고유목적사업수입(대부
보조금(일부)
분)
6.고유목적사
업 수입금액 기타고유목적사업수입을 “연
기타고유목적사업수입을 “잡
세부현황 구사업수익”, “연구사업외수
이익”, “유형자산처분이익”
익” 등으로 간략히 분류(대
등으로 상세히 분류(일부)
부분)

7.수익사업
기타수익사업에 이자・배당 “금융_기타”에 이자・배당
수입금액(필
공 익 법 인 이외의 수입금액 및 필요경 이외의 수입금액 및 필요경
요경비)
결산 비를 기재(대부분) 비를 기재(일부)
세부현황
서류 등의
공시 8.고유목적사 필요경비를 목적사업비와
필요경비를 목적사업비로만
업 필요경비 일반관리비 및 모금비로 구
분류
세부현황 분 기재

- 44 -
 다수 기관의 소수 기관의
서류명 항목 항목
입력내용 입력내용
필요경비를 “운영비 등”과
필요경비를 “운영비 등”과
“연구사업외비용” 외의 “잡
“연구사업외비용”으로 구분
손실” 등으로 세분화하여 기
기재(대부분)
재(일부)
기부금품의 1.기부금의
전기이월 기부금 잔액을 월
모집 및 지 수입・지출 해당사항 없음
별로 기재
출 명세서 명세

해당 명세서 미작성(일부)
주식 등의 보유현황 기재(대
전체 *알리오상 투출자법인
부분)
존재
1.주식 등의
보유현황
한국과학기술지주 보유경위
한국과학기술지주 보유경위
보유경위 를 “유상취득”으로 기재(대
를 “기타”로 기재(일부)
부분)

변동된 주식의 1주당 장부

주식가액 변동된 주식가액 전체를 기
가액(예: 5,000원)을 기재(일
(장부가액) 재(대부분)
부)
2.보유주식
주식 등의 1.주식 등의 보유현황상 보 1.주식 등의 보유현황상 보
변동사항
출 연 ・ 취 유경위와 2.보유주식 변동사 유경위와 2.보유주식 변동사
득 ・ 보 유 변동사유
항상의 변동사유가 일치(대 항상의 변동사유가 불일치
및 처분 명 부분) (일부)
세서
한국과학기술지주의 총발행 한국과학기술지주의 총발행
3.주식 등의
총발생주식 주식을 5,243,427주로 기재 주식을 5,125,727주로 기재
보유비율
(대부분) (일부)

5.주식 등의 공란으로 기재
의결권 행사 전체 * 실제 주총 등에 참석하지 않아서 의결권 행사를 전혀
결과 하지 않았는지 확인 필요

해당 명세서를 작성하지 않
해당 명세서를 기재 음(일부)
전체
(대부분) ＊기관 설립 시 출연자(기부
자)가 없는지 확인 필요
1.출연자(기부
자) 미기재(일부)
출연자 및 기재(대부분)
*재무상태표상 자본금 1백
이사 등 주 *다만 기재한 성명은 상이
성명(사업자명) 만원이 존재하는 경우 기
요 구성원 함: 정부, 대한민국, 박정희
재해야 하는 것 아닌지 확
현황 명세 등
인 필요
서
기본사항의 이사수와
2.이사 등 기본사항의 이사수와 주요 구성원 현황이 불일치
주요 구성원 성명 등 주요 구성원 현황이 일치(대 *이사수는 0명이나 주요
현황 부분) 구성원 현황에는 임원 성
명을 기재

당해연도 출연금 또는 설립
출 연 받 은
자출연금(1백만원)을 기재함
재산의 공
전체 미기재(대부분) (일부)
익목적사용
*당해연도 출연금은 당기
현황
중 직접공익목적사용금액

- 45 -
 다수 기관의 소수 기관의
서류명 항목 항목
입력내용 입력내용
으로 반영하고, 설립자출
연금은 당기 미사용으로
이월함

미수수익, 선급
수익사업으로 분류(대부분) 공익사업으로 분류(일부)
대차 법인세
대조표 –
공익사업, 수익사업으로 분류하거나
설립자출연금 공익사업으로 분류
수익사업, 공익/수익사업에 안분
총계 수익사업으로 분류하거나
특허권 공익사업으로 분류
공익/수익사업에 안분
손익
수익사업에서 고유목적사업준 수익사업에서 고유목적사업
계산서 – 고유목적사업준
비금을 전입하고, 동 금액을 준비금을 전입하였으나, 환
공익사업, 비금 전입액 및
공익사업에서 “수익사업출연 액입은 손익계산서에 구분
수익사업, 환입액
수익”으로 인식 하여 표시하지 않음
총계

- 46 -
 <공익법인 결산서류 주요 항목의 입력사례①(기관별) >

서류명 항목 소항목 9. 한국생산기술연구원 10. 한국전자통신연구원 14. 한국표준과학연구원 15. 한국식품연구원

기부금(단체) 유형 법정 지정 법정 기타
단체유형 기타 공공기관 공공기관 공공기관
1.기본사항
주무관청 미기재 과학기술정보통신부 미기재 과학기술정보통신부
이사수 1명(상임기관장) 2명(기관장, 감사) 0명 12명
수익사업은 기타자산 토지, 건물, 주식, 금융,
2.자산보유현황 수익사업 주식, 금융, 기타자산 토지, 건물, 금융, 기타
1원만 기재함 기타
고유목적_수입금액 기타사업수입 기타사업수입 기타사업수입 보조금, 기타사업수입
3.수입금액 및
고유목적_필요경비 목적사업비 목적사업비 목적사업비 목적사업비
필요경비 현황
수익사업_소득금액 적자 적자 흑자 적자
4. 세무확인과
공익법인 세무확인 여부 여 여 여 부
회계감사
결산 서류
등의 공시 고유목적사업현황 주요 기능 기재 주요 기능 기재 주요 기능 기재 간단히 주요 사업 기재
5.고유목적사업 사업대상 기타 기타 기타 기타
세부현황
서울, 대전, 광주, 대구,
국내 주요 사업 지역 전국 선택 전국 선택 전북
경기
보조금,
기타고유목적사업수입 기타고유목적사업수입 기타고유목적사업수입
6.고유목적사업 기타고유목적사업수입
수입금액 국연사, 수탁연구,
세부현황 연구사업과 연구사업수입 등 1줄로 연구사업과
　 연구개발적립금 등으로
연구사업외로만 구분 표시 연구사업외로만 구분
구분

7.수익사업
수입금액(필요경 기타수익사업에 기재 기타수익사업에 기재 기타수익사업에 기재 기타수익사업에 기재
비) 세부현황

- 47 -
 서류명 항목 소항목 9. 한국생산기술연구원 10. 한국전자통신연구원 14. 한국표준과학연구원 15. 한국식품연구원

목적사업비로만 분류 목적사업비로만 분류 목적사업비로만 분류 목적사업비로만 분류

8.고유목적사업
필요경비를 “운영비 등”과
필요경비 필요경비를 운영비와
필요경비를 운영비와 필요경비를 운영비와 “연구사업외비용” 외의
세부현황 　 연구사업외비용으로
연구외비용으로 구분 연구외비용으로 구분 "급여", “기타비용” 등으로
구분
세분화하여 기재
기부금품의
1.기부금의 전기이월 기부금 전기이월 기부금 잔액을
모집 및 미기재 미기재
수입・지출 명세 잔액을 월별로 기재 월별로 기재
지출 명세서
주식 보유현황 기재
(회사명인
전체 주식 보유현황 기재 주식 보유현황 기재 주식 보유현황 기재 한국과학기술지주를
1.주식 등의 기재하여야 하나
보유현황 ‘보통주’로 잘못 기재함)
전체 주식을 모두 기타로 기술지주만 유상취득, 그
보유경위 유상취득 유상취득
기재 외 주식은 기타로 기재
주식 등의 변동된 주식의 1주당
출연・취득 주식가액(장부가액) 주식가액 전체 기재 주식가액 전체 기재 장부가액(예: 5,000원)을 해당없음
2.보유주식
・보유 및 기재(일부)
변동사항
처분 명세서
변동사유 보유경위 일치 보유경위 일치 보유경위 일치 해당없음

한국과학기술지주의 한국과학기술지주의 한국과학기술지주의 한국과학기술지주의

3.주식 등의
총발생주식 총발행주식을 총발행주식을 총발행주식을 총발행주식을
보유비율
5,125,727주로 기재 5,243,427주로 기재 5,243,427주로 기재 5,043,485주로 기재
5.주식 등의
의결권 행사 전체 공란 공란 공란 공란
결과
출연자 및
전체 미작성 명세서를 기재 명세서를 기재 미작성
이사 등
1.출연자(기부자)
주요 구성원
성명(사업자명) 미작성 정부. 1백만원 대한민국. 1백만원 미작성
현황 명세서

- 48 -
 서류명 항목 소항목 9. 한국생산기술연구원 10. 한국전자통신연구원 14. 한국표준과학연구원 15. 한국식품연구원

불일치함(이사 1명으로
2.이사 등 주요
성명 등 미작성 일치함 기재하였으나 기본사항은 미작성
구성원 현황
0명임)

당해연도 출연금(516억원)
출연받은
당해연도 출연금(6,476억 을 출연재산으로 기재하
재산의
전체 미기재 원)을 출연재산으로 기재 미기재 고, 미사용금액(52억원)에
공익목적사
함 대하여 사유를 연구비집
용 현황
행잔액으로 기재함
공익사업으로 분류함.
대차대조표 미수수익, 선급법인세 수익사업으로 분류 수익사업은 전체를 수익사업으로 분류 수익사업으로 분류
– 공익사업, 1원으로만 기재함
수익사업, 설립자출연금 공익/수익 안분 공익사업으로 분류 수익사업으로 분류 공익사업으로 분류
총계
특허권 공익/수익 안분 공익사업으로 분류 공익/수익 안분 공익사업으로 분류
수익사업에서
손익계산서 고유목적사업준비금을
수익사업 전입 수익사업 전입 수익사업 전입
–공익사업, 고유목적사업준비금 전입하고, 동 금액을
환입액은구분하지표시 환입액은구분하지표시하 환입액은구분하지표시하
수익사업, 전입액 및 환입액 공익사업에서
하지않음 지않음 지않음
총계 “수익사업출연수익”으로
인식

- 49 -
 <공익법인 결산서류 주요 항목의 입력사례②(기관별) >

서류명 항목 소항목 20. 한국항공우주연구원 22. 한국전기연구원 23. 한국화학연구원 25. 한국원자력연구원

기부금(단체) 유형 법정 법정 법정 법정
단체유형 공공기관 공공기관 기타 공공기관
1.기본사항
주무관청 과학기술정보통신부 과학기술정보통신부 미기재 미기재
이사수 1명 1명 0명 0명
수익사업은 0원으로
2.자산보유현황 수익사업 토지, 건물, 금융, 기타 토지, 건물, 기타 건물, 주식, 금융, 기타
기재함
고유목적_수입금액 보조금 기타사업수입 기타사업수입 기타사업수입
3.수입금액 및 목적사업비, 일반관리비 목적사업비, 일반관리비 목적사업비, 일반관리비
고유목적_필요경비 목적사업비
필요경비 현황 및 모금비를 각각 기재 및 모금비를 각각 기재 및 모금비를 각각 기재
수익사업_소득금액 적자 적자 적자 적자

공익법인 4. 세무확인과
세무확인 여부 여 여 여 여
결산 서류 회계감사
등의 공시 고유목적사업현황 간단히 주요 사업 기재 간단히 주요 사업 기재 간단히 주요 사업 기재 간단히 주요 사업 기재
5.고유목적사업 사업대상 기타 기타 기타 모두해당
세부현황
국내 주요 사업 지역 대전, 전남 광주, 경기, 경남 전국 선택 대전

보조금 기타고유목적사업수입 기타고유목적사업수입 기타고유목적사업수입

6.고유목적사업
수입금액 기타고유목적사업수입을
세부현황 연구사업과 연구사업과 “잡이익”,
　 보조금 1줄로 표시
연구사업외로만 구분 연구사업외로만 구분 “유형자산처분이익”
등으로 상세히 분류(일부)
7.수익사업
수입금액(필요경 기타수익사업에 기재 기타수익사업에 기재 기타수익사업에 기재 금융-기타에 기재
비) 세부현황

- 50 -
 서류명 항목 소항목 20. 한국항공우주연구원 22. 한국전기연구원 23. 한국화학연구원 25. 한국원자력연구원

목적사업비로만 분류 목적사업비로만 분류 목적사업비로만 분류 목적사업비로만 분류

8.고유목적사업 필요경비를
필요경비를 “운영비 등”과
필요경비 준비금및적립금 전입,
필요경비를 운영비와 필요경비를 운영비와 “연구사업외비용” 외의
세부현황 　 기타의연구외비용,
연구외비용으로 구분 연구외비용으로 구분 "급여", “기타비용” 등으로
연구사업간접원가및연구
세분화하여 기재
사업기타원가로 구분
기부금품의
1.기부금의
모집 및 미기재 미기재 미기재 미기재
수입・지출 명세
지출 명세서

전체 미기재 주식 보유현황 기재 미기재 주식 보유현황 기재

1.주식 등의
보유현황

보유경위 미기재 유상취득 미기재 유상취득과 기타로 기재

주식가액(장부가액) 미기재 미기재 미기재 주식가액 전체 기재

주식 등의
출연・취득 2.보유주식
변동사항 1.주식 등의 보유현황상
・보유 및
보유경위와 2.보유주식
처분 명세서 변동사유 미기재 미기재 미기재
변동사항상의 변동사유가
불일치(일부)
한국과학기술지주의 한국과학기술지주의
3.주식 등의
총발생주식 미기재 총발행주식을 미기재 총발행주식을
보유비율
5,043,485주로 기재 5,243,427주로 기재
5.주식 등의
의결권 행사 전체 미기재 미기재 미기재 미기재
결과

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 서류명 항목 소항목 20. 한국항공우주연구원 22. 한국전기연구원 23. 한국화학연구원 25. 한국원자력연구원

전체 미작성 명세서를 기재 미작성 명세서를 기재

출연자 및 1.출연자(기부자)
이사 등 성명(사업자명) 미작성 대한민국 정부, 1백만원 미작성 박정희, 1백만원
주요 구성원
불일치함(이사 1명으로
현황 명세서 2.이사 등 주요
성명 등 일치함 일치함 미작성 기재하였으나 기본사항은
구성원 현황
0명임)

당해연도 출연금(580억원)
출연받은
을 출연재산으로 기재하
재산의 설립자출연금(1백만원)을
전체 미기재 고, 미사용금액(23억원)에 미기재
공익목적사 기재함
대하여 사유를 이월연구
용 현황
사업 사용 등으로 기재함

대차대조표 - 수익사업을
대차대조표 미수수익, 선급법인세 수익사업으로 분류 확인 불가 수익사업으로 분류
미첨부
– 공익사업,
수익사업, 설립자출연금 공익/수익 안분 공익사업으로 분류 공익사업으로 분류 공익사업으로 분류
총계
특허권 공익/수익 안분 공익사업으로 분류 공익사업으로 분류 공익/수익 안분

수익사업에서 고유목적 수익사업에서 고유목적사

손익계산서 수익사업에서 고유목적사
사업준비금을 전입하고, 업준비금을 전입하고, 동
–공익사업, 고유목적사업준비금 손익계산서 - 수익사업을 업준비금을 전입하였으나,
동 금액을 공익사업에 금액을 공익사업에서 “수
수익사업, 전입액 및 환입액 미첨부 환액입은 손익계산서에
서 “수익사업출연수익” 익사업출연수익”으로 인
총계 구분하여 표시하지 않음
으로 인식 식

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3. 최근 과세사례 등 출연(연) 관련 주요 세무이슈

(1) 부가가치세

□ 기술료수익에 대한 부가가치세 추징

ㅇ 국가연구개발사업 등의 연구개발사업 과제를 수행하는 과정에서 얻어지는 지식재산

권 등의 연구개발성과를 국가연구개발사업 등의 참여기관 또는 제3자에게 실시(사용·
양도·대여 또는 수출)하고 그에 대한 대가로 참여기관 또는 제3자로부터 기술료를 징
수함. 동 기술료가 출연(연)의 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 계산서를 발
급하고 관할 세무서장에게 매출·매입처별계산서합계표를 제출 및 신고함

ㅇ 그러나 감사원은 2015년 2월경 ‘정부출연연구기관에서 개발한 연구개발성과(기술연

구 결과)를 제3자에게 이전하거나 사용할 수 있는 권리(실시권)를 부여하여 활용(이
용)하게 하고 그 대가로 기술료 수입을 받는 경우 부가가치세 면세대상에 해당하지
않는다’는 이유로 대전지방국세청에 기술료에 대하여 부가가치세를 과세하는 방안을
마련하도록 통보한 바 있음

ㅇ 대전지방국세청의 기술료에 대한 부가가치세 과세 처분에 대하여 감사원 향 ‘부가가

치세 등 부과처분에 관한 심사청구’ (2015-심사-657) 결과 ‘17년 4월 28일에 기각처
리되었으며, ’17년 8월 대전지방법원에 북대전세무서장을 피고로 하여 “부가가치세부
과처분등취소” 소송을 제기하였으며 소송이 진행 중에 있음

□ 국세청의 부가가치세 신고서 분석을 통한 소명요청 빈번

ㅇ 국세청의 세무정보 관련 전산시스템 및 데이터베이스 강화로 인해 상시적으로 유사

기관 간 비교분석 및 거래내역분석 등이 용이해짐에 따라 부가가치세 신고서를 토대
로 세금계산서를 미발행하고 있는 연구수익에 대한 면세처리에 대한 소명 요청이 빈
번히 발생하고 있으며, 출연(연)의 해외송금 발생 건에 대해 부가가치세 대리납부 및
원천세 신고여부를 상시적으로 문의하고 있음

(2) 지방세

□ 지역자원시설세 면제 여부

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ㅇ 「지방세특례제한법」 개정(2017.12.26.) 이전에는 출연연구기관의 경우 동법 제45조(학
술연구단체 및 장학단체에 대한 감면)에 따라 취득세, 재산세 및 지역자원시설세를
2019년 12월 31일까지 면제 받아왔음

ㅇ 그러나 법 개정에 따라 신설된 제45조의2(기초과학연구 지원을 위한 연구기관 등에

대한 면제)에서는 취득세와 재산세만을 2020년 12월 31일까지 면제함에 따라 지역
자원시설세는 현재 감면대상에 반영되어 있지 않음

- 또한 개정된 제45조에서는 제45조의2에 따른 단체는 제외한다고 규정하고 있기 때

문에 기존 제45조 감면규정을 적용할 수 없는 것으로 판단됨.

□ 지게차 등 지방세법에 열거된 기계장치 구매 시 취득세 신고

ㅇ 「지방세법」에 열거된 기계장치 구매 시에는 취득세 납부의무가 발생함. 따라서 등록

의무가 없는 기계장치(지게차 등)라 하더라도 「지방세법시행규칙」 별표 1에서 열거
하고 있는 과세대상 기계장치의 범위에 해당되는 경우에는 취득 후 60일 이내에 자
진신고 납부를 하여야 함.

- 최근 지방세 세무조사 과정에서 취득세 대상 자산인 전동지게차를 누락한 경우 취

득세 미납에 대한 소명을 요청 받음

□ 건축물에 대한 자본적 지출 발생 시 취득세 검토 필요

ㅇ 건축물을 개수(증축 또는 대수선공사)를 한 경우에는 해당 취득비용이 취득세 신고대

상이 되는지를 검토하여야 함.

- 지방세법 제6조제6호에서는 건축물의 “개수”에 대하여 ① 「건축법」 제2조제1항제9

호에 따른 대수선, ② 건축물 중 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도
관시설, 급수·배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시
설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 수선하는 것, ③ 건축물에 딸린 시설
물 중 대통령령으로 정하는 시설물을 한 종류 이상 설치하거나 수선하는 것으로 정
의하고 있음

- 최근 지방세 세무조사 과정에서 전력조절장치를 취득하였으나 취득세를 미납한 경

우 이에 대한 소명을 요청 받음

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□ 부동산의 일부를 다른 용도로 사용하는 경우에 대한 검토 필요

ㅇ 부동산의 일부를 타 기관에서 사용하거나, 간접적인 용도로 사용하는 경우 이를 고유

업무에 직접 사용하는 것으로 판단할 수 있는지 검토가 필요함

- 예를 들어 연구기관의 목적사업에 「국내외 산・학・연간의 우수연구기관 유치 및

기술이전 사업육성」이 포함되어 있더라도 이를 통하여 유치된 연구소가 부동산의
일부를 사용하는 경우 업무에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없기 때문에 재산세
등의 감면대상에 해당되지 아니한다는 유권해석이 있었음

(3) 법인세

□ 일부 출연(연)에서 법인세 납부세액 발생

ㅇ 출연(연)의 법인세 납부세액 계산은 결산서상 당기순이익에서 세무조정(회계상의 이

익을 세법상의 소득으로 전환하는 과정으로, 익금산입 및 손금산입 조정)을 한 각사
업연도소득금액에서 이월결손금을 차감한 과세표준에 세율을 곱하여 산출됨

ㅇ 대부분의 출연(연)은 각사업연도소득금액이 음수이거나 이월결손금 공제로 인해 과세

표준이 발생하지 않음. 그러나 일부 출연(연)에서는 이월결손금이 소진됨에 따라 과
세표준 및 산출세액이 발생하고 있음

- 2016년에는 한국전자통신연구원, 2017년에는 한국전자통신연구원과 한국식품연구원

에서 법인세 산출세액이 발생하였음

(단위: 백만원)

2016년 2017년
구 분 원천 차가감 원천 차가감
산출세액 산출세액
납부세액 납부세액 납부세액 납부세액
한국전자통신연구원 501 728 △498 1,102 739 △453

한국식품연구원 　 　 　 41 325 △284

합계 501 728 △498 1,143 1,064 △737

ㅇ 2018년 이후 법인세 신고 시에도 출연(연) 중 한국전자통신연구원, 한국식품연구원은

법인세 산출세액이 발생할 가능성이 높으며, 향후 이월결손금 관리가 중요함.

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(4) 상속세및증여세

□ 공익법인회계기준 적용 여부

ㅇ 공익법인 등이 외부 회계감사의무(상증법 §50 ③), 결산서류 등의 공시의무(상증법§50

의3)를 이행할 때에는 기획재정부 「공익법인회계기준심의위원회」에서 정하는 회계기
준(이하 공익법인 회계기준)을 따라야 함

ㅇ 그러나, 출연(연)은 현재 과학기술연구회에서 제정하고, 과학기술정보통신부에서 적용

승인한 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 회계기준」을 적용함에 따라 그 회계기
준을 공익법인 회계기준에 우선하여 적용할 수 있음

□ 외부전문가의 세무확인서 보고 의무

ㅇ 공익법인 운영의 투명성을 확보하기 위하여 일정규모 이상인 공익법인 등은 과세기

간별 또는 사업연도별로 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역 등을 2명 이상의 외
부전문가로부터 세무확인을 받아 납세지 관할세무서장에게 보고하여야 함

ㅇ 자산 5억원 이상이거나 수입금액과 출연재산 합계가 3억원 이상인 공익법인은 세무

확인을 받아야 하나, 일부 출연(연)의 경우 세무확인서를 수령하지 않음

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제3절 출연(연) 세무해설서 주요 내용

1. 출연(연) 관련 부가가치세

□ 출연(연)의 부가가치세 일반

ㅇ 수입거래의 세무처리

1) 수입거래의 세무처리 판단

- 비영리조직인 출연(연)의 수입거래에 대한 회계 및 세무처리에 대한 판단은 법인세법상

과세소득 여부에 대한 판단과 상증법상 과세대상 여부에 대한 판단, 부가가치세법상
과세, 면세 또는 비과세 여부에 대한 판단이 이루어져야 함

- 출연(연)으로 유입되는 현금 등이 발생하면 동 수입이 재화나 용역을 제공하고 받게

되는 대가인지 여부를 우선 판단하여야 하며, 대가관계가 있다고 판단되면 사업상 독
립적으로 재화나 용역을 제공하였는지 아니면 일회성이거나 종속적으로 제공된 것
인지 여부를 판단하여야 함

<출연(연)의 수입거래 회계 및 세무처리 판단>

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- 사업성을 가지고 있는 경우

사업성을 가지고 있다면 동 거래에 대하여 법인세법상 수익사업으로 판단하고 수익사

업회계로 회계처리하며 부가가치세법상 과세대상인지 혹은 면세대상인지 여부를 판단
하여야 하며, 부가가치세 과세대상일 경우에는 세금계산서를 발부하고 면세대상일 경
우에는 계산서를 발부함

- 무상으로 제공받은 수입

대가관계 없이 무상으로 제공받은 수입은 법인세법상 비과세소득에 해당하고 동시에

부가가치세 과세대상에도 해당하지 않으므로 영수증(관련 청구 공문)을 발부하고 목적
사업회계로 회계처리함

2) 출연(연)의 사업수익과 비사업수익의 구분 기준

- 출연(연)은 학술연구를 주목적으로 하는 비영리법인으로서 출연(연)이 수행하는 연

구사업의 수익사업과 비수익사업구분은 법인세법 시행령 제2조 제1항 제 2호에 따
라 연구 및 개발용역이 대가를 받고 제공하느냐 아니면 대가관계 없이 제공하느냐
에 따라 결정됨

- 대가관계란 출연(연)에서 학술연구용역을 제공하는 것을 조건으로 하여 그 대가로

연구비를 수령하였는지를 말하며, 출연(연)이 발주처로부터 대가를 받고 연구용역을
수행하여 연구결과물을 제공하고 발주처가 이를 자기의 이익을 위하여 사용할 경우
출연(연)이 제공한 연구용역은 수익사업에 해당함

- 이와 달리 연구결과물에 대한 소유나 활용을 목적으로 하지 않고 국가적 정책이나

공익 목적으로 연구 장려ㆍ활성화를 위해 지원되는 연구비를 수령하는 경우 비수익
사업에 속한다고 볼 수 있음

3) 대가관계의 파악

- 연구결과물이 지식재산권인 경우

• 출연(연)이 수행하는 연구는 고도의 전문 인력 및 지식을 활용하게 되므로 지식재

산권이 발생하는 경우가 많으며, 지식재산권이란 특허권, 실용신안권, 디자인권,
상표권, 저작권 등을 의미하고 소프트웨어 등 신지식재산권도 포함됨. 그런데 지

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 식재산권에 대한 소유가 누구에게 귀속되는가를 기준으로 대가 관계를 파악하는
게 일반적이며 지식재산권에 대한 소유권이 연구용역 발주자에게 귀속된다면 대
가관계가 있다고 보아야 함

• 계약서에 지식재산권에 대한 소유권이 명확히 표시되지 않은 경우가 있는데 표현

이 불충분한 것인지 또는 대가성이 없는 것인지 확인할 필요가 있으며, 만약 표현
이 불충분한 경우라면 계약 체결 전에 지식재산권의 소유권에 대해 명확히 기재
하여야 사후 논란을 피할 수 있음

• 한편, 연구기자재, 연구시설 등 유형적 결과물은 연구성과물이 아니라 지식재산권

창출을 위해 사용되었고 연구 종료 후에도 다른 연구에 사용할 수 있는 잔여재산
을 의미한다고 볼 수 있으며 이러한 유형적 결과물은 계약이 종료 된 후에도 출
연(연)이 소유하는 경우가 많음

- 연구결과물이 시작(제)품 또는 연구결과보고서 등인 경우

• 예를 들어 중소기업이 출연(연)에 신제품 개발을 위한 시작(제)품 제작을 의뢰하였

을 경우 결과물은 지원기관의 소유가 될 것이며 대가성이 있는 연구로 보는 것이
일반적이며, 연구 내용이 지표조사, 타당성조사, 성분분석 등이라면 연구보고서는
대가를 받고 연구를 수행한 결과물이라고 보아야 할 것임

• 한편 출연(연)은 다른 출연(연)이나 기업체 등과 공동으로 연구를 진행하는 경우가

많으며, 이 경우 주관연구기관인 출연(연)이 전체 연구비를 수령하여 자기 연구비
를 제외한 나머지를 세부연구기관에 전달하는 경우가 일반적인데 이때 자기 몫에
해당하는 연구비만을 수익으로 인식하는 것이 보편적임

□ 출연(연)의 부가가치세 과세 여부 판단

ㅇ 국가연구개발사업의 부가가치세 세무처리

1) 국가연구개발사업수익 중 위탁연구과제

- 출연(연)이 공동으로 연구를 수행하고 있는 연구과제에 대하여 참여기업 등으로부터

연구용역 등을 위탁받은 경우 해당 참여기업이 산학협력단에게 용역을 제공하고 수
취하는 위탁연구개발비는 부가가치세 과세 대상임

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 구 분 협약 당사자 대가성 여부에 대한 판단기준 과세 여부

정부
정부(전문기관) 연구결과물의 소유권 대가성 기존과 동일
지원
- 주관기관 주관연구기관 귀속 없음 (법인세 및 부가가치세 과세제외)
과제

정부 부가가치세법 시행규칙 제32조

정부 연구결과물의 소유권
지원 대가성 새로운 학술 또는 기술개발(신이
(협동연구기관) 주관(협동)연구기관에
위탁 있음 론 방법 등에 관한 연구)에 한하
- 위탁연구기관 귀속
과제 여 부가가치세 면세

2) 국가연구개발사업수익 중 참여기업 민간부담금

- 국가연구개발사업 과제를 출연(연)이 주관기관으로 수행하면서 참여기업으로부터 민

간부담금을 수령하고 참여 기업은 연구결과물(특허권 등)에 대한 우선실시권을 갖는
경우의 참여기업으로부터 수령하는 민간부담금은 대가성 있는 수입으로 수익사업수
익에 해당됨(단, 수령예치 후 반환하는 형태의 민간부담금은 비대가성이므로 제외

- 실무적으로는 국가연구개발사업에 대하여 참여기업이 대응투자를 하면서 계산서를

요구하는 경우가 많은데 이 경우 국가로부터 수령하는 연구비는 대가관계가 없는
법인세법상 비수익사업으로 회계처리하고, 참여기업 대응투자금(민간부담분)은 대가
관계가 존재한다고 판단하여 법인세법상 수익사업으로 회계처리하고 관련 용역이
새로운 학술 또는 새로운 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또
는 공식 등에 관한 학술연구용역과 기술연구용역에 해당되므로 부가가치세 면세대
상으로 계산서를 발행하고 있음

- 산업체인 참여기업이 지원한 연구비와 지식재산권 소유, 발행증빙의 관계는 다음과

같음

연구활동 수행 법인세법상 수익/비수익 지식재산권 소유 발행 증빙

대금청구 공문에 의한
1) 참여기업 법인세법상 비수익사업 참여기업 소유
영수증 발행
연구활동 수행 (국가연구개발사업수익 계정) 또는 공동소유
(부가가치세 상 비과세)

2) 참여기업 법인세법상 수익사업 참여기업 소유 계산서 발행

연구활동 미수행 (국가연구개발사업수익 계정) 또는 공동소유 (부가가치세 상 면세대상)

3) 참여기업 법인세법상 수익사업 세금계산서 발행

출연(연) 소유
연구활동 미수행 (국가연구개발사업수익 계정) (부가가치세 상 과세대상)

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 <참여기업의 민간부담금 과세/면세 여부>

ㅇ 수탁연구사업의 부가가치세 세무처리

1) 수탁연구사업의 부가가치세 일반

- 수탁연구사업수익이란 출연(연)이 국가연구개발 활동을 수행하면서 민간의 과학기술

수요에 따라 중소기업 등의 민간기업의 생산 활동에 필요한 기술을 개발하는 데 소
요되는 연구비로 이 연구비의 원천은 국민의 세금과는 무관한 기업의 영업활동이익
등이 재원이며 자체 기술개발 능력이 부족할 때 출연(연)에 기술개발을 위탁하게 되
므로 연구비는 위탁자가 부담함.

- 수탁연구사업수익은 재원별로 아래와 같이 구분됨

㉠ 공공수탁 : 지방자치단체 및 기타 공공기관으로부터 발주받는 연구과제 또는 용역

㉡ 민간수탁 : 정부와 지방자치단체를 제외한 민간기업 등으로부터 발주받은 연구과제
또는 용역
㉢ 정부용역사업 : 정부로부터 발주받은 용역
- 지방자치단체, 공공기관 및 민간기업으로부터 발주받은 연구과제의 경우 대가관계
여부를 반드시 확인할 필요가 있으며, 통상적으로 대가관계가 성립한다고 판단하여
법인세법상 수익사업으로 분류하고 새로운 학술 또는 새로운 기술을 개발하기 위하
여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 학술연구용역과 기술연구용
역은 부가가치세가 면세될 것이나 학술 및 기술의 연구결과를 단순히 응용 또는 이

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 용하여 제공하는 수탁용역에 대해서는 부가가치세가 과세됨. 다만 동 수탁용역이
실비 또는 무상으로 제공하는 용역에 해당된다면 부가가치세가 면세 가능함

- 공익법인의 고유목적사업을 위하여 일시적 또는 실비 및 부상으로 제공하는 용역은

다음과 같음

구 분 부가가치세 과세/면세 여부 비 고

고유의 사업목적을 위한 용역 실비 여부는 이윤 포함 여부 및

실비여부에 따라 부가가치세
제공 대가로 수취한 수입인 외부 시장가격 대비 가격으로
과세 혹은 면세 여부 판단
경우 판단

부가가치세 기본통칙 26-45-2

고유의 사업목적과 관련이 실비여부와 관련 없이
【공익단체의 계속적 수익사업】
없는 경우 부가가치세 과세 대상
참조

2) 부가가치세 면세적용 실비 여부 판단

- 원칙적 실비 판단기준 : 해당 용역 수행에 소요된 직접비(실지소요 재료비 및 인건비)

+ 간접비(행정지원경비, 감가상각비 등)

- 간접비 원가 인정 범위 : 고유의 사업목적을 위해 제공한 용역의 대가 중 간접비는

객관적이고 합리적인 방법으로 개별적으로 산정된 가액으로 하되 통상 공통 운영비
를 전체 수입금액 대비 면세적용 실비 해당 수익비율로 안분한 가액을 말함

- 통상적으로 엔지니어링 단가 산정방식에 따른 수수료 산정의 경우에는 실비 초과로

과세관청이 판단하며 인증기관으로 지정되어 정부고시 또는 기준가격으로 수수료를
수령하는 경우에도 실비 초과로 판단하여 부가가치세 과세대상에 해당됨

ㅇ 기술지원사업의 부가가치세 세무처리

- 기술지원사업은 출연(연)이 국가연구개발 활동을 수행함과 병행하여 민간 및 공공의

필요에 따라 시험, 분석, 검정 등을 수행하는데 소요되는 예산임. 한편, 기술지원사
업수익은 법인세법 상 수익사업에 해당되며, 해당 기술지원사업이 실비 또는 무상으
로 제공하는 용역에 해당된다면 부가가치세가 면세 가능하고 이에 해당되지 않는다
면 부가가치세가 과세 적용대상임

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 ㅇ 기술료수입의 세무처리

- 출연(연)에서 국가연구개발사업 등을 통해 소유하게 된 연구개발성과(기술연구 결과)

에 대하여 이를 소유하지 않은 제3자에게 실시하게 될 때에는 기술실시 계약을 맺
게 되고 이미 개발된 연구개발성과를 사용할 수 있는 권한을 부여(실시권 허여)하여
이를 활용 혹은 이용하게 하고 그 대가로 사용료인 기술료수입을 얻는 경우 이는
재산적 가치가 있는 권리를 사용하게 하는 것이므로 용역의 공급에 해당하고 면세
대상 용역에도 해당하지 않으며, 연구개발성과의 소유권(실시권)을 이전하고 기술료
수입 등의 명목으로 그 대가를 받는 경우 이는 재화(권리)의 양도에 해당하고 면세
대상 재화에도 해당하지 않으므로 부가가치세 과세대상임

- 다만 출연(연) 고유의 사업목적을 위하여 기술료를 무상이나 실비로 공급하는 경우

에는 부가가치세가 면세되며 이 경우를 제외한 노하우와 기술 또는 연구결과물 이전 ·
대여에 따라 발생하는 수입은 법인세법 상 수익사업에 해당되며 부가가치세법 과세
적용대상임.

ㅇ 이자수익 및 부동산 임대료의 세무처리

- 여유자금 운용에 따른 이자수익은 금융소득에 해당되므로 부가가치세는 면세이며

법인세법 상 수익사업으로 고유목적사업준비금 100% 설정대상임. 부동산 임대료는
부가가치세 및 법인세 과세대상으로 출연(연) 고유의 사업목적과 관련이 없으므로
실비 여부를 판단하지 않음

□ 출연(연)의 부가가치세 실무적용

ㅇ 정부출연금으로 취득한 기계설비 등의 매입세액공제 여부

- 국가로부터 출연금을 받아 운영되는 출연(연)의 고유목적사업이 부가가치세 과세대

상에 해당되지 않는 경우에는 이와 관련한 매입세액을 공제대상 매입세액으로 보지
아니함. 다만 출연(연)이 수익사업을 겸영하는 경우에 매입세액의 실지귀속을 알 수
없는 공통매입세액은 비과세사업인 출연금과 수익사업의 공급가액으로 안분계산(1
차 안분)하여 비과세사업에 해당하는 매입세액은 불공제하고, 수익사업에 해당하는
공통매입세액은 수익사업의 과세, 면세 공급가액으로 다시 안분계산(2차 안분)하여
과세사업에 해당하는 매입세액만 공제받을 수 있음

ㅇ 기술료수익 관련 매입세액

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- 기술료수익이 발생하였거나 장래 발생될 것이 확실한 국가연구개발사업 과제의 경
우에는 법인세법상 수익사업 손금산입 대상이며, 부가가치세법상 매입세액공제가 가능
함

- 해당 국가연구개발사업 과제 결과물(특허 및 노하우 등)이 전부 기술이전(수익사업

에 사용)되는 경우에는 전체 연구비가 법인세법상 수익사업 손금산입 대상이며 부
가가치세법상 매입세액공제가 가능

- 해당 국가연구개발사업 과제 결과물(특허 및 노하우 등) 중 일부만이 기술이전(수익

사업에 사용)에 활용되고 그 외에는 목적사업(비수익사업에 사용)에 활용되는 경우
에는 해당 국가연구개발사업 과제 연구비가 법인세법상 공통손금에 해당되며 부가
가치세법상 공통매입세액에 해당되어 합리적인 기준에 따라 안분 계산된 수익사업
비율 해당액에 대하여만 법인세법상 손금산입 대상이며 부가가치세법상 매입세액공
제 대상임

- 국가연구개발사업 연구과제 수행시 수령한 정부출연금 중 기술료 계약 관련 연구수

행에 사용된 가액과 그 외 기술료계약이 이루어지지 않는 부문에 사용된 가액을 구
분하여 아래와 같이 공통 연구비를 안분할 것을 권고함

수익사업부문
손금 및 매입세액공제 대상가액 ＝

기술료수익
공통 연구비 집행액 × -------------------------------------------------
정부출연금 중 비수익사업 사용가액 +
기술료수익

※ 기술료가 발생한 실시계약서는 관리번호별로 기술료 실시계약명과 연구과제명이 관리가

필요하며, 기술료 및 연구개발 수익비율이 산출되고, 연구개발사업의 수익은 정부출연금
으로 면세(비과세) 대상에 해당하며, 정부의 연구과제를 관리하기 위하여 예실대비표(예산
항목 및 집행액)를 사용하여 관리하고, 관련 예산집행액의 세금계산서 및 신용카드 매출
전표 상 부가가치세 매입세액 관리가 필요함

- 64 -
□ 출연(연)의 부가가치세 대리납부제도

ㅇ 거래유형별 부가가치세 대리납부

대상
구분 내용 비고
여부

해외법인 등이 수행하는 공동연구가

연구비를 공동부담하고 연구를 공동
× 비대가성으로 부가가치세 과세대상이 아님
수행하며 연구결과물에 대한 권리를
공동소유함(실질적 공동연구)

연구 해외법인 등이 수행하는 위탁연구가

용역 연구결과물의 권리를 출연(연)에게 귀
속함
(예시) 주요사업비 혹은 국가연구개발 △
사업 과제에서 해외위탁연구비 외화
송금, 유럽 소비자 기호조사 용역 외
화송금
과세대상 용역(실비초과 단순연구)인 경우
부가가치세 대리납부 대상임
- 면세대상(학술·기술연구용역 또는 공익법
인이 제공하는 실비수준 단순연구) 인 경
우 부가가치세 대리납부 제외

연구용역 이외에 시스템 유지·보수를 과세대상 용역이므로 부가가치세 대리납부

위한 용역 등을 국내에서 제공받거나 대상임
△
국외에서 제공받더라도 용역결과물의 - 면세대상(공익법인이 제공하는 실비수준)
사용장소가 국내임 인 경우 부가가치세 대리납부 제외

외자
국외 데이터베이스를 온라인을 통하
용역
여 이용할 수 있는 권리를 제공받음
(예시) 주요사업비 혹은 국가연구개발 과세대상 용역이므로 부가가치세 대리납부
○
사업 과제에서 특허논문분석프로그램 대상임
사용료 외화송금, 시장정보DB 사용료
외화송금

범용화된 소프트웨어를 구입하고 통관절차를 거치지 않으므로 부가가치세 대

○
온라인으로 다운로드 받음 리납부 대상임

외자
물품 제작 또는 구입 후 국내에 반입 × 통관절차를 통해 관세·부가가치세를 납부함
물품

물품 제작 또는 구입 후 국외에서 활 소비지국이 국외이므로 부가가치세 과세대

×
용 상이 아님

- 65 -
 대상
구분 내용 비고
여부

ⓐ시설물 사용 용역이므로 부가가치세 과세

대상임
국외 망원경 관측시간을 배정받아 관
연구 ⓑ용역의 수행지가 국외인 경우라도 용역결
측수행 후 결과물인 관측데이터를 국
장비 △ 과물의 사용장소가 국내이므로 부가가치세
내로 가져와 논문작성 등 연구에 활
사용 대리납부 대상임
용함
- 면세대상(공익법인이 제공하는 실비수준)
인 경우 부가가치세 대리납부 제외

전문가 국외 전문가를 국내에서 활용한 후 개인 비사업자가 제공하는 인적용역의 경우

×
활용 항공료, 체재비, 자문료를 지급함 부가가치세 면세대상임(소득세 원천징수)

논문 국외학술지에 논문게재를 위한 비용을 소비지국이 국외이므로 부가가치세

×
게재 지급함 과세대상이 아님
전자
전자저널을 구독하기 위한 권한에
저널 × 도서의 경우 부가가치세 면세대상임
대한 대가를 지급함
구독

ㅇ 부가가치세 대리납부 지침

- 부가가치세 대리납부 의무는 통관절차를 거쳐 수입되는 물품 외의 용역대가를 지급

하는 경우 비거주자 또는 외국법인이 납부하여야 할 부가가치세를 지급하는 자가
원천징수하여 대리납부하는 것으로

- 대리납부 대상은 국외용역대가로서 그 용역결과물이 연구기관의 부가가치세 면세

또는 목적사업 부문에 사용되고, 국내 세법상 부가가치세 면제 대상에 해당되지 아
니한 경우임

• (사례1) 주요사업 혹은 국가연구개발사업 재원으로 비거주자 또는 외국법인으로부

터 SW 구입 및 유지보수에 대한 용역대가로 해외 송금
→ 과세사업 외(목적사업) 재원으로 외자용역을 제공받았으므로 대리납부의무 성립

• (사례2) 주요사업 혹은 국가연구개발사업 재원으로 비거주자 또는 외국법인으로부

터 전자저널구독료 구입 후 해외 송금
→ 비거주자 또는 외국법인의 재화•시설물 또는 권리를 우리나라에서 사용하고

- 66 -
 그 대가를 지급하는 자는 공급받은 용역을 과세사업에 제공하는 경우를 제외하고
는 대리납부를 하여야 하는 것임.

즉, 비거주자 또는 외국법인으로부터 제공받은 용역을 연구기관의 과세대상사업에

사용하는 경우에는 연구기관이 관련 매입세액을 공제받을 수 있는 바, 이 경우에
는 과세관청에서 부가가치세에 대한 대리납부를 할 실익이 없으므로 부가가치세
대리납부 대상에서 제외한 것임.

그러나 비거주자 또는 외국법인으로부터 제공받은 용역을 연구기관의 면세대상사

업 또는 비수익사업에 사용하는 경우에는 관련 매입세액을 공제받을 수 없으므로
따라서 이 경우에는 부가가치세 대리납부 의무가 발생되는 것임. 다만, 부가가치
세법 제26조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 경우에는 대리납부의 대상
이 되지 아니함

- 부가가치세법 시행령 제38조에서 기획재정부령이 정하는 전자출판물은 면세한다고

규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제26조에서 위 규정에 의한 전자출판물은 전자적
매체에 수록되어 컴퓨터 등 전자장치를 이용하고 그 내용을 보고 듣고 읽을 수 있
는 것으로서 문화체육관광부장관이 정하는 기준에 적합한 전자출판물을 말한다고
규정하고 있으며, 연구기관이 제공받는 전자출판물은 “문화체육관광부고시” 제
2008-7호 제1호 가, 나목에서 규정하는 전자출판물에 해당하는 것이므로, 연구기관
의 전자출판물 계약과 관련된 대가의 경우 부가가치세 대리납부 대상에 해당하지
않는 것임

• (사례3) 주요사업 혹은 국가연구개발사업 재원으로 비거주자 또는 외국법인 등에

게 해외 정보데이터베이스 사용료 해외 송금
→ 국내사업장이 없는 외국법인의 국내원천소득 중 조세조약상 과세할 수 있는
소득은 지급자에게 원천징수의무가 있는바(법인세법 제91조~99조), 각국과의 조세
조약의 대부분은 사용료소득에 대하여 원천징수대상으로 하고 있음

- 사용료소득이란 산업상, 상업상 또는 과학상의 지식, 경험에 관한 정보 또는 노하우

와 저작권 및 산업재산권의 권리에 대한 제공에 따른 소득으로, 이용자의 제한이 없
고 정형화된 자료의 제공은 사용료소득에 해당되지 않음. 해외법인이 구축한 D/B(전
자출판물 제외)를 온라인을 통하여 일정기간 이용할 수 있는 계약(저작권 및 노하우
등의 이전 없이 이용자의 제한이 없는 정형화된 사실적 내용을 검색, 열람, 출력 등)
을 체결하고 지급하는 가액은 사용료소득에 대한 대가가 아닌 사업소득 대가라 할
것임

- 67 -
 따라서 법인세법상 원천징수대상에는 해당되지 않으나 부가가치세 대리납부대상에는
해당되는 것임

• (사례4) 주요사업 혹은 국가연구개발사업 재원으로 비거주자 또는 외국법인 등에게

위탁연구비를 집행하기 위해 해외 송금
→ 해외법인 등이 수행하는 위탁연구가 학술기술연구에 해당되는 경우에는 부가
가치세 대리납부대상이 아니지만, 학술기술연구에 해당되지 않는 경우(단순연구에
해당되는 경우)에는 부가가치세 대리납부대상임

• (사례5) 주요사업 혹은 국가연구개발사업 재원으로 비거주자 또는 외국법인 등으

로부터 통계자료 내지 전문자료를 제공받고 그 대가로 해외 송금
→ 과세사업 외(목적사업) 재원으로 외자용역을 제공받았으므로 대리납부의무 성립

• (사례6) 해외 송금 시 부가가치세 대리납부대상이 아닌 사례

ⓐ 주요사업 혹은 국가연구개발사업 재원으로 해외에서 제공받은 용역(건설용역

등) : 해외 가공공장건축 준공검사신청 잔금
ⓑ 해외 물품구매는 통관절차를 거치므로 대리납부 대상이 아님
ⓒ 연회비, 등록비 등은 용역 제공에 대한 대가가 아니므로 대리납부 대상이 아님

□ 출연(연)의 법정 지출증빙

ㅇ 법정 지출증빙 서류

① 세금계산서(매입자발행세금계산서 포함)
② 계산서
③ 여신전문금융업법에 의한 신용카드 매출전표 : 직불카드 · 외국에서 발행된 신용카
드・기명식 선불카드를 포함하며, 다음의 경우도 지출증빙을 수취하여 보관하고 있
는 것으로 인정함
ⓐ 신용카드 및 직불카드 등의 월별 이용대금명세서
ⓑ 전사적 자원관리(ERP) 시스템에 보관되어 있는 신용카드 및 직불카드 등의 거래
정보(국세기본법 시행령 제65조의7 요건을 충족한 경우에 한함)
④ 현금영수증
⑤ 원천징수영수증

- 68 -
ㅇ 세금계산서

- 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우 부가가치세를 거래징수하고 이를 증명하

기 위하여 공급받는 자에게 발급하는 세금영수증을 말하며, 세금계산서를 작성 발급
할 때에는 다음에서 명시한 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 누락되어 있거나
허위로 기재된 경우에는 공급자에게는 세금계산서불성실가산세(공급가액의 2%)가
적용되고 공급받는 자에게는 매입세액이 공제되지 아니함

① 공급하는 사업자의 등록번호, 상호(법인명), 성명

② 공급받는 자의 등록번호. 다만 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가
아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
③ 공급가액과 부가가치세액
④ 작성연월일

※ 임의적 기재사항 : 세금계산서의 효력에 아무런 영향을 미치지 않는 사항

공급하는 자의 주소, 공급받는 자의 상호·성명·주소, 비고, 공급하는 자와 공급받는
자의 업태와 종목, 공급품목·규격·단가·수량, 공급연월일

ㅇ 세금계산서의 발급 시기

- 세금계산서는 원칙적으로 재화 또는 용역의 공급시기에 발급하며, 다음의 경우로 재

화 또는 용역의 공급일이 속하는 날의 다음달 10일(다음달 10일이 공휴일 또는 토
요일인 때에는 해당 일의 다음날)까지 세금계산서를 발급할 수 있음

① 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로

하여 세금계산서를 발급하는 경우. 예를 들면 6월 거래분을 6월 30일자로 7월
10일까지 발급하는 경우임

※ 1역월이라 함은 매월 1일부터 그 달의 말일까지를 의미하므로 월을 달리하여

공급된 부분까지 합계하여 월합계세금계산서를 발급할 수 없음(말일이 일요일,
공휴일인 경우에도 말일자로 월합계 발급)

② 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그

기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우. 예를 들면 6
월 10일부터 6월 24일까지의 거래분을 2주일 단위로 정산하기로 한 경우 거래
분을 합계하여 2주일의 말일(6월 24일)을 작성일자로 발급할 수 있는 경우임

③ 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작

성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우. 예를 들면 6월 15일 거래하였으
나 세금계산서를 발급하지 못한 경우 7월 10일까지 6월 15일을 작성일자로 발

- 69 -
 급하는 경우임

※ 이 규정에 의해 일반적으로 세금계산서는 다음달 10일까지 발급이 가능

ㅇ 수정세금계산서 발급사유 및 발급방법

작성 · 발급방법
구분 수정신고 유무 발급기한
방법 작성월일 비고란

환입금액분에 대하여
환입된 환입된 날
재화의 환입 부(-)의 세금계산서
날 수정일자가 다음달 10일
발급
당초 포함되는
부(-)의 세금계산서 계약해제 세금계산 과세기간분 계약해제일
계약의 해제
발급 일 서 부가세신고에 다음달 10일
작성일 포함하여 신고
증감되는 분에 대하여 변동사유
공급가액 변동사유 (수정신고 불필요)
정(+)/부(-)의 발생일
변동 발생일
세금계산서 발급 다음달 10일

필요적 기재 착오사실을
-
사항 착오 부(-)의 세금계산서 인식한 날
1장과 추가하여 정확한 확정신고
필요적 기재
세금계산서 1장 발급 - 기한까지
당초
사항 착오외 당초의 부가세
세금계산 발급
신고에 영향 있는
착오에 의한 부(-)의 세금계산서 서 착오사실을
- 경우 수정신고
이중발급 발급 작성일 인식한 날

부(-)의 세금계산서
세율을 잘못 착오사실을
1장과 추가하여 정확한 -
적용한 경우 인식한 날
세금계산서 1장 발급

ㅇ 과제 종료 후 정산 시 부가가치세 처리

- 부가가치세가 과세되는 과제의 경우 과제기간 종료 후 사업비에 대한 정산을 실시하

고 정산잔액을 반납하는 경우 이는 당초 계약금액에 추가 또는 차감되는 금액이 발
생된 경우에 해당되므로 정산금액이 확정된 날을 작성일자로 하여 수정세금계산서
(부(-)의 세금계산서)를 발행하며, 수정세금계산서 발급기한은 정산금액이 확정된 날
의 다음달 10일까지 확정된 날을 작성일자로 발급함. 이 경우 사업비 미집행액 이외
에 사업비 불인정 해당금액을 반납하는 경우에도 정산금액이 확정된 날을 작성일자
로 하여 수정세금계산서를 발행함

- 70 -
2. 출연(연) 관련 소득세

□ 출연(연)의 소득세 일반

ㅇ 소득세 일반

1) 소득의 구분과 과세방법

- 소득세법상 소득의 구분을 소득의 성격과 그 발생형태 등에 따라 종합소득･퇴직소득

및 양도소득으로 분류하고, 종합소득은 다시 이자소득･배당소득･사업소득･근로소득･
연금소득 및 기타소득으로 구분됨

소득의 종류 소득금액 과세표준

이자소득 총수입금액

배당소득 총수입금액
종 종합소득금액- 종합소득공제
합 사업소득 총수입금액 – 필요경비 ※ 분리과세 이자, 배당,
소 근로소득 총급여액 – 근로소득공제 근로, 연금, 기타 소득은
득 제외
연금소득 총연금액 – 연금소득공제

기타소득 총수입금액 – 필요경비

퇴직소득 퇴직일시금 등 퇴직소득 - 퇴직소득공제

양도가액 – 필요경비 – 양도소득금액 –

양도소득
장기보유특별공제 양도소득기본공제

- 거주자의 소득세의 과세방법은 소득의 종류에 따라 종합과세, 분리과세, 분류과세

방식이 있으며, 종합과세방식이란 원천별로 각 소득을 합산하여 소득세 과세표준과
세액을 계산하는 방법임. 종합과세대상소득 중에서도 이자소득, 배당소득, 근로소득,
연금소득 및 기타소득 중 세법상 규정한 특정소득(소법 §14③)은 원천징수로서 납세
의무가 종결되는(완납적 원천징수) 분리과세방식을 적용함

한편, 장기간에 걸쳐 형성되는 퇴직소득과 양도소득은 종합소득과는 별도로 구분하

여 분류과세함

- 71 -
2) 사업소득과 기타소득의 구분

- 소득종류에 따라 소득금액을 계산하는 구조가 다르고 신고납부 절차도 다르므로 소

득을 정확하게 구분하는 것은 매우 중요하며, 특히 기타소득으로 ｢소득세법｣에서 열
거된 소득이라 하더라도 그 소득이 계속적･반복적으로 발생되는 경우에는 사업소득
으로 구분되는 등 소득귀속자에 따라 달라지는 경우가 있음. 한편 기타소득과 구분
되는 사업소득의 특성은 다음과 같음

(가) 독립성 : 사업자등록 유무를 불문하고 사업과 관련하여 다른 사업자에게 종속

또는 고용되지 아니하고 대외적으로 독립하여 자기계산과 자기책임 하에 사업을 영
위하는 것을 말함

(나) 계속･반복성 : 동종의 행위를 계속적으로 반복하는 것을 말하며, 애초에 계속

적･반복적인 의사가 있었던 경우에도 사업소득으로 보는 것임

(다) 영리목적성 : 경제적 이익을 얻기 위한 직업적 의도를 가지고 행하는 것을 의

미함

- 사업소득과 기타소득 구분기준은 “계속적･반복적” 여부이며, 소득귀속자의 상태에

따라 달라지는 것으로 수차례, 수개월 또는 다수연도에 걸쳐 반복적으로 인적용역
을 제공하거나 직업으로 하는 경우 사업소득으로 구분하는 것이 실무상 편리함

- 한편 사업소득과 기타소득의 구분이 모호하여 원천징수의무자가 기타소득으로 원천

징수하였더라도 해당 소득이 사업소득인 경우, 소득자는 종합소득세 확정신고 시 기
타소득을 사업소득으로 신고하여야 사후점검에서 불이익을 받지 않음

<연구용역 소득에 대한 소득세법상 소득구분>

구 분 수행하는 사업

급여, 수당 등 명칭 여하에 불구하고 근로소득으로 과세(소득세법 제

20조)
출연(연)에서 연구목
※ 고용관계 여부 판단기준 : 업무에 대한 거부를 할 수 있는지, 시
적으로 고용한 연구
간적, 장소적 제약을 받는지, 업무수행과정에서 구체적 지시를
원 등이 받는 인건비
받는지, 복무규정의 준수의무가 있는지에 따라 종합적으로 판단
(소득46011-2004, 1996.07.12.)

연구목적의 고용관계 출연(연)과 고용관계 없는 대학원생 또는 다른 대학교 등 소속교수

없는 연구보조원 등 등이 연구업무를 수행하고 받는 금액은 기타소득으로 과세(소득세법
이 받는 인건비 제21조 제1항 제19호)

- 72 -
ㅇ 근로소득 세무처리

1) 출연(연) 인건비성 지급액에 대한 소득 구분

과세
구분 항목 적용 소득구분 비고
여부

기본세율(외국인의
특례세율 적용)
기본급여 정액급, 연구활동비 등 근로소득 과세
연구활동비 지급총액
급여
중 20만원한도 비과세

평가성과급, 속인성수당,
성과급여 근로소득 과세
기타 성과급

가족수당, 위험수당,
속인성수당 근로소득 과세
시간외수당,

중식보조비 근로소득 비과세 월 10만원 비과세

차량유지비 근로소득 과세

제수당 국내 근로소득 과세

파견수당 체제비, 이전비,

국외(출장 또는 파견) 경상비 비과세 항공료, 보험비 등
실비변상 성격
비상임감사
월정액 지급 근로소득 과세
수당

직책판공비
보직자 근로소득 과세
(직책보조비)

산업안전보건법에 의한
건강검진비 정기건강검진비 경상비 비과세
지원 및 검진

보조비 학자금 본인 경상비 비과세

보조비 자녀 근로소득 과세 중학교~고등학교

통신비 업무 관련성 입증시

보직자 근로소득 과세
지원 근로소득 제외

연구수당 참여연구원 인센티브 근로소득 과세

(연구과제
성과급) 수탁연구비(보조자-외부인, 학생) 기타소득 과세 80% 필요경비

직무발명보상금에
기술료
등록보상금,선급실시료,경상실시료 근로소득 과세 대하여 연간 300만원
인센티브
비과세

- 73 -
 과세
구분 항목 적용 소득구분 비고
여부
우수부서로 포상
우수직원 근로소득 과세 받더라도 개인에게
포상금 분배 시 포함
우수부서 경상비 비과세 증빙정산 없음
우수제안자 근로소득 과세 자발적 제안
선택적
포인트 사용금액 근로소득 과세 복지카드
복지제도
독립적 인적용역
외국인(강연, 초청수당, 심사료 등) 사업소득 비과세 소득으로 조세조약에
비고용자 따라 처리

내국인(심사, 일용직) 기타소득 과세 80% 필요경비

퇴직 정규, 중도퇴직 퇴직소득 과세

경조사비 내부인 경상비 비과세 원내규정

2) 보직자 핸드폰 사용료 지원비

- 임직원 개인소유 핸드폰 사용료에 대하여 일정액의 통신비를 지원하는 경우 원칙적

으로 근로소득에 포함하여야 함. 다만, 통신비 중에서 객관적인 자료에 의하여 업무
관련되어 지출한 사실이 입증되는 금액은 근로소득에서 제외함

3) 건강검진비

- 산업안전보건법상 사업주가 의무적으로 부담하는 건강검진비 외의 건강검진비 부담

액은 근로소득에 해당

4) 포상금

- 개인포상 : 현물, 현금 지급 유형에 관계없이 경진 ,체육대회 등 다수의 순위경쟁을

통한 선발자에게 지급되는 포상금은 근로소득이 아닌 기타소득(필요경비 80% 적용)
으로 구분하고, 우수직원 포상은 우수근로에 대한 대가 포상이므로 근로소득으로 구
분하여 과세

- 단체포상 : 해당 포상금을 소속부서 인원에 배분할 경우 그 배분가액에 따라 상기

개인 포상과 동일한 기준으로 과세하고, 회식비 등으로 공통 사용한 경우에는 관련
증빙 첨부시에는 기관 경비 처리 가능하나, 관련 증빙 입증이 되지 않는 경우 부서
직원수로 균등 안분한 가액을 각자의 소득으로 보아 과세

- 74 -
□ 출연(연)의 현행 소득세법에 따른 원천징수제도

ㅇ 원천징수제도의 개요

1) 거주자에 대한 원천징수

- 원천징수제도란 본래의 납세의무자(종업원 등)가 자신의 세금을 직접 납부하게 하지

않고, 소득을 지급하는 자(대표자, 사용자) 즉, 원천징수의무자(세법에 규정)가 일정
액을 징수하여 국가에 납부하는 제도이며, 국내에서 거주자에게 다음의 소득금액 혹
은 수입금액을 지급하는 자는 소득금액에 원천징수 세율을 적용하여 소득세를 원천
징수하고 다음 달 10일까지 정부에 납부하여야 함

원천징수
소득의 종류 내 용
여부 적용세율

일반적인 이자는 14%,

이자소득 ○ 14%, 25%
비영업대금의 이익에 대해서는 25%

배당소득 ○ 14%, 25% 일반적인 배당은 14%

부가가치세 면세대상 의료보건용역과

종합 사업소득 △ 3% 강사, 저술사 및 작곡가 등이 직업상
소득 제공하는 인적용역은 원천징수

근로소득 ○ 기본세율 간이세액표에 의해

3~5% 혹은
연금소득 ○ 간이세액표에 의해
기본세율

기타소득 ○ 20% 필요경비 공제 후

퇴직소득 ○ 6~42%

양도소득 X

2) 원천징수의무의 면제

① 과세최저한 소득에 대한 원천징수의무의 면제(소득세법 제84조)

② 소액부징수 소득에 대한 원천징수의무의 면제(소득세법 제84조)

- 75 -
3) 원천징수 관련 서류

① 원천징수영수증 : 원천징수의무자가 소득자에게 소득을 지급하였고, 동시에 소득자

로부터 원천징수세액을 징수하였을 것을 증명하기 위하여 교부하는 서류

② 원천징수이행상황신고서 : 매월 원천징수대상소득의 지급내용을 총괄적으로 요약하

여 기재하는 서식으로 원천징수의무자는 원천징수대상소득을 지급한 경우에는 원
천징수이행상황신고서를 작성하여 다음달 10일까지 관할 세무서장에게 보고하여야
함. 단, 반기 납부 승인을 받은 경우 반기가 종료하는 달의 다음달 10일까지 제출

③ 지급명세서 : 소득세 납부의미가 있는 개인에게 이자·배당·근로·퇴직·연금·기타소득

또는 원천징수 대상 사업소득에 대한 수입금액을 국내에서 지급하는 자가 그 지급
을 받는 소득별로 지급명세서를 관할관청에 제출하여야 함. 일반적으로 인적용역
의 대가가 원천징수 대상소득에 해당하는 경우에는 원천징수할 세액이 발생하지
않아도 지급명세서의 제출의무가 있음

ㅇ 비거주자에 대한 국내원천소득에 대한 원천징수

1) 거주자와 비거주자의 과세소득의 범위

- 거주자인지 또는 비거주자인지 여부는 국적과 관계없이 국내에 주소를 두거나 6개

월 이상 거소를 둔 개인인 경우에는 거주자로 판단하고, 그렇지 않은 경우에는 비거
주자로 판단하는 것임. 다만 소득세법에서는 국내에 주소가 있는지 여부 및 6월 이
상 거소가 있는지 여부를 가지고 판단하는 것으로 규정하고 있을 뿐 각각의 구체적
사안에 대해서는 명시적으로 언급하고 있지 아니하므로 국세청의 관련 예규에 따라
사안별로 거주자 여부를 판단할 수 밖에 없음

구 분 개념 과세소득의 범위

국내에 주소를 둔 개인 또는 국내외 모든 과세대상 소득

거 주 자
국내에 1년 이상의 거소를 둔 개인

비거주자 거주자가 아닌 개인 국내원천소득

3) 독립적 인적용역소득

- 출연(연)의 독립적 인적용역소득에 해당하는 용역은 대부분 국외에서 수행되고 있으

며, 국내에서 수행된다고 하더라도 1개월 미만의 유지보수, 단기간 세미나참석 등
국내에서 183일을 초과하여 용역을 제공하는 경우가 거의 없으므로 독립적인 인적

- 76 -
 용역소득에 대해 과세된 사례가 빈번하지 않음

- 그러나 고정시설(고정사업장)을 보유한 상태에서 독립적 인적용역을 제공될 경우

183일 초과 규정과 상관없이 과세될 수 있으므로 독립적 인적용역소득이라 할지라
도 해당 거래처 및 용역 수행 내역을 검토하여 고정시설 보유여부를 반드시 검토할
필요가 있음

- 또한 고정시설이나 183일 조건이외에 일정금액을 초과하거나 대가를 지급하는 국가

기준만으로도 국내에서 과세할 수 있으므로 국가별 용역수행지국 과세요건을 검토
하여야 함

4) 비거주자(외국인 또는 외국법인)에게 지급하는 경우(국내 및 해외송금)

- 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 용역의 대가를 지급하는 경우 부가

가치세 대리납부 및 소득, 법인세의 원천징수 의무를 이행하여야 하며 이를 이행하
지 아니하는 경우 본세 및 가산세 부과

- 부가가치세 대리납부 : 매분기 종료일의 다음달 25일까지 신고납부

㉠ 용역제공만 해당되며, 물품구매대가는 통관여부에 관계없이 제외(범용화된 S/W

구매)
㉡ 용역제공자가 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인이어야 하고
㉢ 제공받는 용역이 국내세법에 의한 과세용역이어야 하고
㉣ 제공받는 용역을 과세사업 외(면세사업, 목적사업)에 제공하며
㉥ 용역이 소비되거나 사용되는 장소가 국내이어야 함. 다만, 용역수행 장소가 국외
이어도 용역결과물의 사용장소가 국내이면 대리납부 의무 있음

- 소득세 · 법인세(지방소득세포함) 원천징수 : 분리과세 적용시 익월 10일까지 신고납부

① 사용료 소득 : 산업적, 학술적, 상업적 경험, 노하우(Know-how) 등 비밀적 기술,

비공개 기술정보 도입인 경우 사용료소득에 해당 → 조세조약 등 검토하여 제한
세율 범위 내에서 원천징수하여 익월 10일까지 신고·납부 완료
② 독립적 인적용역소득 : 전문적인 인적용역으로서 정형화되었거나 범용화된 통상
적이고 공개된 인적용역제공을 말하며, 국내에서 용역이 수행된 경우 일정요건
충족 시 20% 원천징수(해외에서 용역을 수행된 경우 국내원천소득에 해당되지
않으므로 원천징수대상에서 제외)

③ 사업소득 : 위 외의 용역은 사업소득으로 원천징수의무 없음

- 77 -
 - 비거주자(외국인 또는 외국법인)에게 지급하는 유형별 과세구분

과세구분
구 분 유 형 적 요 대리 원천 비 고
납부 징수
실질적 공동연구 : 연구비를
비대가성으로
공동부담하고 연구활동을 공동으로 (주1)
☓ 소득에 해당되지
수행하며 연구결과물에 대한 참조
않음
권리를 공동소유하는 경우
공동연구
형식적 공동연구 : 연구결과물의
연구용역
권리를 국내참여자에게 귀속시키는 (주1) ○ 사용료소득 또는
실질적으로 기술 도입성격의 참조 ☓ 인적용역소득(주2)
공동연구
연구결과물이 전적으로 의뢰자에게 (주1) ○ 사용료소득 또는
위탁연구
귀속 참조 ☓ 인적용역소득(주2)
물품구매,
S/W 구매 범용화된 S/W 구매 ☓ ☓
사업소득
사용료소득
S/W 및 시스템
기술도입대가 개별적 주문에 의한 개발 ○ ☓ 또는 인적용역
유지보수
소득
산업재산권,독점
기술료(로열티)에 해당 ○ ○ 사용료소득
권등의 사용대가
개별적 고도기술 know-how ○ ○ 사용료소득
법률 및
자문료 ○
기술자문 통상적, 일반화된 자문 및 기술지도 ☓ 인적용역소득
(주1)
사업소득
(단, 중국은
장비, 시설물, 해외에서 수행 ☓ ☓ 사용료소득으로
실물자산
건물 등의 구분되어
사용료
임차료, 사용료 원천징수대상임)
국내에서 수행 ○ ○

내국인의
해외소요경비 해외파견자 체재비, 경비 등 ☓ ☓ 자체경비의 일부
해외경비

통관절차 있음 해외제작 ☓ ☓ 세관장이 수행

사업소득이며
물품구매(주3) 소비자국이
해외구매물품을 해외현지에서사용,
통관절차 없음 ☓ ☓ 해외이므로
소비
부가세 과세권한
없음
영리사업자에게
○ ☓ 사업소득
지급
분석, 평가료
개인, 비영리
국외에서 수행 ☓ ☓ 인적용역소득
사업자 지급

- 78 -
 과세구분
구 분 유 형 적 요 대리 원천 비 고
납부 징수
도서 문서, 전자문서 등 형태 불문 ☓ ☓ 물품 구매

도서, 자료 정보, 기술제공 ○ ○ 사용료소득

이용료 자료 단순통계자료 등 제공 ☓ ☓ 도서구매 간주

저작권 사용료 ☓ ○ 사용료소득

국제기구 구성원으로서의
☓ ☓ 대가성소득 제외
비영리 통상적 의무에 따른 납부
가입, 협회비
국제기구에 납부
차별적 정보, 기술 제공을 위한
○ ○ 사용료소득
특별비(추가금액)

(주1) 제공되는 연구용역이 국내세법에 의한 부가가치세법상 면세용역인 경우 대리납부

의무 없음

※ 면세용역의 범위 : 대가성 있는 연구용역 중에서 새로운 이론․공법의 학술·기술연

구용역, 신제품 개발, 기존 제품의 성능․품질․용도 등의 개선은 면세용역 범위에
해당되며, 개인에게 지급되는 학술용역, 저작권사용료, 개인이 일의 성과에 따라
수당 등을 받는 용역 등을 말함

(주2) 사용료, 인적용역 소득의 구분은 일반적으로 용역수행에 따른 실비(원가)+이윤

정도의 대가지급인 경우 인적용역이며 용역수행비용을 상당히 초과하는 대가지급인
경우 사실상 기술도입 성격이므로 사용료소득에 해당됨

(주3) 물품구매, 용역대가 여부구분 : 외국이 보유한 기술을 적용 또는 응용한 장비제

작 의뢰 및 이와 관련된 기술이전이 수반된 복합된 대가지급인 경우에는 주된 대가의
성격에 따라 전체 지급대가를 그 계약의 주된 부분의 소득으로 봄

ㅇ 해외파견 임직원 및 외국인에 대한 소득 과세 여부

1) 해외파견 임직원 체제비의 근로소득 과세 여부

- 해외파견자에게 지급하는 체재비 등은 기본적으로 소득세 과세대상으로 구분하는

것(소득세법에 별도로 비과세항목으로 규정되어 있지 않음)이며, 관련 증빙에 의해
업무 관련성을 입증하고 정산과정을 거치는 경우에 한해서만 실비변상적 성격의 급
여로 보아 비과세대상 근로소득으로 처리 권고함

① 부임비용(이사비용) : 전근하는 종업원이 지급받는 부임수당(항공비용, 이사비용,

- 79 -
 여비 등)은 실비 변상적 성격의 급여로서 비과세 대상이나 이사비용 중 이사에
소요되는 비용상당액을 초과하는 부분과 숙박비 명목으로 지급받은 금액은 근로
소득에 해당되는 것임

② 해외근무에 따른 귀국휴가비 : 국외에 근무하는 내국인 근로자의 본국휴가에 따

른 여비는 다음의 조건과 범위내에서 실비 변상적 급여로 보는 것임

• 회사의 사규 또는 고용 계약서 등에 본국 이외의 지역에서 1년이상 근무한 근로

자에게 귀국 여비를 회사가 부담하도록 되어 있을 것
• 해외근무라고 하는 근무환경의 특수성에 따라 직무 수행상 필수적이라고 인정되
는 휴가일 것

※ 실비 변상적 급여로 보는 범위 : 왕복 교통비로서 가장 합리적 또는 경제적 이

라고 인정되는 범위내의 금액에 한하며 관광여행이라고 인정되는 부분의 금액
은 제외함

③ 해외파견임직원의 현지 체재비

㉠ 현지체재비 : 증빙에 의해 업무관련성이 입증되는 경우에만 기관의 경비로 처

리가 가능하며, 증빙에 의한 업무 관련성이 입증되지 않거나 월정액으로 지급하는
경우에는 과세대상 근로소득에 해당됨. 현지체재비 등은 과세대상 근로소득으로
처리하되, 소득세법의 국외근로소득 요건을 충족되는 경우에는 월 100만원 범위
내에서 비과세 처리

㉡ 주택임차료 : 거주비 명목(하숙비, 월세, 숙박비등)으로 직원에게 직접 지급하

는 금액은 근로소득으로 구분하는 것임. 따라서 출연(연)이 임대인과 직접 임대차
계약을 체결하고 출연(연)이 임대인에게 월세 등을 지급하는 경우에 한해서만 비
과세대상 근로소득으로 봄

㉢ 의료보험료 및 여행자보험료 : 해외파견자 본인에 대한 보험료 지원 금액은 근

로소득에 해당되지 않으나 해외파견자의 가족에 대한 보험료 지원 금액은 과세대
상 근로소득에 해당

2) 해외 초빙 전문가에게 지급한 체재료 등

① 국내 비영리 연구기관이 해외의 교수, 연구원 등 전문가를 초청하여 세미나, 강

연 등의 형태로 기술자문을 제공받고 용역대가 및 체재비, 항공료를 지급하는
경우, 당해 용역은 과학기술·경영관리 기타 이와 유사한 분야에 관한 전문적 지

- 80 -
 식 또는 특별한 기능을 가진 자가 당해 지식 또는 기능을 활용하여 제공하는 용
역으로서 소득세법 제119조 제6호 및 대한민국과 해당국간의 조세협약에서 규
정하는 독립적 인적용역소득에 해당됨.

이 경우 동 조세협약 요건 모두에 해당하지 아니하는 경우 동 인적용역소득은

대한민국에서 과세하지 않는 것이며 이 경우 별도의 비과세 또는 면제신청을 필
요로 하지 않음

② 상기와 같이 인적용역을 제공받는 자가 인적용역의 제공과 관련하여 항공회사·숙

박업자 또는 음식업자에게 직접 지급한 항공료·숙박비 또는 식사대는 비거주자의
국내원천소득 범위에 포함하지 않으며, 항공료 등을 항공회사 등에 직접 지급하
지 않고 비거주자인 초청전문가에게 지급하는 경우에는 비거주자의 국내원천소
득 범위에 포함됨

필요경비 원천징수
구 분 비고
인정여부 세율

거주자(기타소득
인정 4.4%
징수)

비거주자(독립적 개별 국가와의 조세협약에 따라

불인정 22%
인적용역 원천징수) 면제여부 판단

- 81 -
3. 출연(연) 관련 지방세

□ 지방세의 개요

ㅇ 지방세는 지역의 공공서비스를 제공하는 데 필요한 재원으로 쓰기 위하여 지방자치단체

(특별시·광역시·특별자치시·도·특별자치도·시·군·구)별로 각각 과세하는 세금으로 현행 지방
세의 세목별 분류는 다음과 같음

< 지방세의 분류 >

과세주체에 의한 분류* 조세성격에 따른 분류 세목

1. 취득세
보통세 2. 등록면허세(등록분)
(지방자치단체의 일반적 3. 등록면허세(면허분)
지출에 충당하기 위한 조세) 4. 레저세
도세
5. 지방소비세

목적세
1. 지역자원시설세
(특수한 목적에 사용하기 위해
2. 지방교육세
징수하는 특별세)

1. 담배소비세
2. 주민세
시군세 보통세 3. 지방소득세
4. 재산세
5. 자동차세

※ 특별(광역)시세 : 취득세, 레저세, 담배소비세, 지방소비세, 지방소득세, 자동차세, 지역자원시설세,

지방교육세, 주민세(광역시의 경우, 주민세(종업원분, 재산분)은 자치구세임)

※ 자치구세 : 등록면허세, 재산세

□ 취득세

ㅇ 정의 : 부동산, 차량, 기계장치, 골프회원권 등 과세물건의 취득에 대하여 그 취득자

에게 과세하는 지방세임

ㅇ 과세대상 : 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권,
승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권, 건축물
의 신축/증축/개수, 토지의 지목 변경, 선박・차량・기계장비의 종류 변경, 과점주주
지위의 취득

- 82 -
ㅇ 과세기준일 : 취득일

ㅇ 과세표준

- 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하는 것이 원칙임. 다만, 연부로 취득하

는 경우에는 연부금액으로 한다고 규정함

- 취득 당시의 가액이란 취득자가 신고한 가액에 의하고 있지만, 신고 또는 신고가액

의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 시가표준액에 의하
도록 하고 있음(무상취득 및 특수관계자와의 거래로 조세를 부당히 감소시키는 취
득은 제외)

- 건축물을 건축(신축과 재축은 제외)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박,

차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그
로 인하여 증가한 가액으로 함

ㅇ 납부방법 : 취득일로부터 60일 이내 자진 신고 납부

ㅇ 출연(연) 등에 대한 세제지원

- 취득세 면제 : 지방세특례제한법 제45조의2에 따라 학술연구단체 및 「과학기술분야

정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따른 연구기관은 그 고유
업무*에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2020년 12월
31일까지 면제하고 있음

* 고유업무에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 학술연구

단체 및 출연(연)의 사업목적과 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으
로 판단해야 함. 예를 들어 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인
활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단할 필요가 있음

- 취득세 면제 제한 : 지방세특례제한법 제45조의2에도 불구하고, 동법 제177조의2(지

방세 감면 특례의 제한)에 의해 감면율은 85%를 적용함. 따라서 감면 받지 못한
15%에 대해서는 취득세를 납부하여야 함.

ㅇ 취득세 관련 유의사항
- 신고의무 불이행 가산세 : 지방세 세목 중 신고납부 세목인 경우 지방세특례제한법
에 따라 납부를 면제 받더라도 해당 세목의 신고기한 내에 신고하지 않으면 산출세
액의 20%에 해당하는 가산세를 부과함(법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한

- 83 -
 후 신고를 한 경우 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면하고, 1개
월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 해당 가산세액의 100분의 20에 상당
하는 금액을 감면함)

- 건축물에 대한 자본적 지출 : 건축물을 개수(증축 또는 대수선공사)를 한 경우에는

해당 취득비용이 취득세 신고대상이 되는지를 검토하여야 함.

※ 지방세법 제6조제6호에서는 건축물의 “개수”에 대하여 ① 「건축법」 제2조제1항제9호에

따른 대수선, ② 건축물 중 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급
수·배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)
로서 대통령령으로 정하는 것을 수선하는 것, ③ 건축물에 딸린 시설물 중 대통령령으로
정하는 시설물을 한 종류 이상 설치하거나 수선하는 것으로 정의하고 있음

- 기계장치 구매 시 취득세 납부의무 여부 : 지방세법에 열거된 기계장치 구매 시에는

취득세 납부의무가 발생함. 따라서 등록 의무가 없는 기계장치(지게차 등)라 하더라
도 지방세법시행규칙 별표 1에서 열거하고 있는 과세대상 기계장치의 범위에 해당
되는 경우에는 취득 후 60일 이내에 자진신고 납부를 하여야 함

- 부동산의 일부를 타 기관에서 사용하거나 간접적인 용도로 사용하는 경우 : 고유업

무에 직접 사용하는 것으로 판단할 수 있는지 검토가 필요함. 예를 들어 연구기관의
목적사업에 「국내외 산・학・연간의 우수연구기관 유치 및 기술이전 사업육성」이
포함되어 있더라도 이를 통하여 유치된 연구소가 부동산의 일부를 사용하는 경우
업무에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없기 때문에 재산세 등의 감면대상에 해당
되지 아니한다는 유권해석이 있었음

- 감면된 취득세의 추징 : 부동산에 대한 감면을 적용할 때 지방세특례제한법에서 특

별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에
대해서는 감면된 취득세를 추징함

• 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지

아니하는 경우
• 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도
로 사용하는 경우

- 84 -
□ 등록면허세(등록분)

ㅇ 정의 : 재산권과 그 밖의 권리의 설정・변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하

거나 등록하는 자에게 과세하는 지방세임. 다만 취득을 원인으로 이루어지는 등기
또는 등록은 제외함

ㅇ 과세대상 : 재산권 등 권리의 변동사항을 공부에 등기・등록하는 행위

ㅇ 과세표준
- 부동산, 선박, 항공기, 자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세의 과세표준은
등록 당시의 가액으로 함
- 과세표준은 조례로 정하는 바에 따라 등록자의 신고에 따른다. 다만, 신고가 없거나
신고가액이 제4조에 따른 시가표준액보다 적은 경우에는 시가표준액을 과세표준으
로 함

ㅇ 납부방법 : 등기 또는 등록을 하기 전까지 신고・납부

□ 재산세

ㅇ 정의 : 매년 6월 1일(과세기준일) 현재 토지, 주택, 건축물, 선박, 항공기를 소유한 자

에게 과세하는 지방세임

ㅇ 납세의무자 : 과세기준일 현재(매년 6월 1일) 재산을 사실상 소유하고 있는 자

ㅇ 과세표준
- 토지・건축물・주택에 대한 재산세의 과세표준은 시가표준액에 부동산 시장의 동향
과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령
령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 함
① 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지
② 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

ㅇ 납기

7.16-31 주택의 1/2 건축물 선박・항공기

9.16-30 주택의 1/2 토지

- 85 -
 ※ 주택분재산세의 세액이 20만원 이하일 경우 조례로 정하는 바에 따라 7월에 전액고지 할
수 있음.

ㅇ 신고의무 : 재산에 변동이 있는 때는 과세기준일(6월1일)로부터 10일 이내에 당해 재

산 소재지 관할 시장·군수·구청장에게 신고

ㅇ 징수방법 : 관할 지방자치단체의 장이 세액을 산정하여 보통징수의 방법으로 부과・

징수함

ㅇ 출연(연) 등에 대한 세제지원

- 재산세 면제 : 지방세특례제한법 제45조의2에 따라 학술연구단체 및 「과학기술분야

정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따른 연구기관은 과세기
준일 현재 그 고유업무*에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 2020년 12월
31일까지 면제하고 있음

* 고유업무에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 출연(연)

등의 사업목적과 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단해
야 함. 예를 들어 기관 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인
활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단할 필요가 있음

- 재산세 면제 제한 : 지방세특례제한법 제45조의2에도 불구하고, 동법 제177조의2(지

방세 감면 특례의 제한)에 의해 감면율은 85%를 적용함. 따라서 감면이 제한된
15%에 대해서는 재산세를 납부할 의무가 있음

ㅇ 재산세 관련 유의사항

- 부동산의 일부를 타 기관에서 사용하거나 간접적인 용도로 사용하는 경우 : 고유업

무에 직접 사용하는 것으로 판단할 수 있는지 검토가 필요함. 예를 들어 연구기관의
목적사업에 「국내외 산・학・연간의 우수연구기관 유치 및 기술이전 사업육성」이
포함되어 있더라도 이를 통하여 유치된 연구소가 부동산의 일부를 사용하는 경우
업무에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없기 때문에 재산세 등의 감면대상에 해당
되지 아니한다는 유권해석이 있었음.

□ 주민세

ㅇ 정의 : 주민세는 지방자치단체의 구성원인 주민을 대상으로 과세되는 지방세로서 개

인 또는 법인에 대해 균등하게 부과되는 “균등분“, 사업소 연면적을 과세표준으로 부

- 86 -
 과하는 ”재산분“, 종업원의 급여총액을 과세표준으로 부과하는 ”종업원분“으로 구분
됨

ㅇ 납세의무자
- 균등분 : 매년 8월 1일 현재 시・군내에 주소를 둔 개인, 사업소를 둔 개인 및 법인
- 재산분 : 매년 7월 1일 현재 사업소를 둔 사업주 (사업소 면적 330㎡초과)
- 종업원분 : 종업원에게 급여를 지급하는 사업주 (최근 12개월간 종업원 급여총액의
월평균금액이 1억 3,500만원 초과)

ㅇ 납기
- 균등분 : 매년 8.16 ~ 8.31 (과세기준일 8.1)
- 재산분 : 매년 7.1 ~ 7.31 (과세기준일 7.1)
- 종업원분 : 매월 납부할 세액을 다음 달 10일까지 신고납부

□ 자동차세

ㅇ 정의 : 자동차 소유의 대한 자동차세는 자동차의 소유에 대하여 과세하는 재산세적인

성격과 도로이용, 손상 및 환경오염에 대한 부담금적 성격을 동시에 갖는 지방세

ㅇ 납세의무자 : 납기가 있는 달의 1일 현재(6.1/12.1)의 자동차 소유자

ㅇ 과세대상 : 자동차관리법의 규정에 의하여 등록 또는 신고된 차량과 건설기계관리법

의 규정에 의하여 등록된 덤프트럭 및 콘크리트믹서트럭

ㅇ 과세표준 : 자동차의 배기량, 승차정원, 적재정량

ㅇ 납기
기 분 과세기준일 납부기간 과세기간
제 1기분 6월 1일 6.16 ~ 6.30 1월 ~ 6월
제 2기분 12월 1일 12.16 ~ 12.31 7월 ~ 12월

ㅇ 자동차세 관련 유의사항

- 조기 납부 시 세액의 10% 감면: 납세의무자가 연세액을 한꺼번에 납부하려는 경우

에는 연세액(한꺼번에 납부하는 납부기한 이후의 기간에 해당하는 세액을 말한다)의
100분의 10을 공제한 금액을 연세액으로 신고 납부할 수 있음
• 1월 중에 신고납부하는 경우: 1월 16일부터 1월 31일까지

- 87 -
 • 제1기분 납기 중에 신고납부하는 경우: 6월 16일부터 6월 30일까지
• 분할납부기간에 신고납부하는 경우: 3월 16일부터 3월 31일까지 또는 9월 16일부
터 9월 30일까지

- 승계취득 시의 납세의무 : 과세기간 중에 매매·증여 등으로 인하여 자동차를 승계취

득한 자가 자동차 소유권 이전 등록을 하는 경우에는 같은 항에도 불구하고 그 소
유기간에 따라 자동차세를 일할계산하여 양도인과 양수인에게 각각 부과·징수함

□ 지역자원시설세

ㅇ 지역자원시설세는 지역의 균형개발 및 수질개선과 수자원보호 등에 드는 재원을 확

보하거나 소방시설, 오물처리시설, 수리시설 및 그 밖에 공공시설에 필요한 비용을
충당하기 위하여 부과하는 지방세

ㅇ 과세대상
- 특정자원 (발전용수 {양수발전 제외}, 지하수 {음용수,목욕용수,기타}, 지하자원, 컨테
이너를 취급하는 부두를 이용하는 컨테이너 및 원자력발전·화력발전)
- 특정부동산 (소방시설, 오물처리시설, 수리시설, 그 밖의 공공시설로 인하여 이익을
받는 자의 건축물, 선박 및 토지)

ㅇ 납세의무자
- 발전용수 : 흐르는 물을 이용하여 직접 수력발전(양수발전 제외)을 하는 자
- 지하수 : 지하수를 개발하여 먹는 물로 제조·판매하거나 목욕용수로 활용하는 등 지
하수를 이용하기 위하여 채수하는 자
- 지하자원 : 지하자원을 채광하는 자
- 컨테이너 : 컨테이너를 취급하는 부두를 이용하여 컨테이너를 입항·출항시키는 자
- 원자력발전 : 원자력을 이용하여 발전을 하는 자
- 화력발전 : 석탄·석유·천연가스 등 화석연료를 이용하여 발전을 하는 자
- 특정부동산 : 특정부동산의 소유자

ㅇ 납부방법
- 특정자원에 대한 지역자원시설세 : 신고납부의 방법으로 징수
- 특정부동산에 대한 지역자원시설세 : 재산세 관련 부과・징수 규정(지방세법 제114
조, 제115조, 제116조 및 제122조(제122조의 경우는 각 호 외의 부분 본문만 해당))
에 따라 징수

- 88 -
ㅇ 지역자원시설세 관련 유의사항

- 지방세특례제한법 개정에 따른 영향 : 지방세특례제한법 개정(2017.12.26.) 이전에는

출연연구기관의 경우 동법 제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면)에 따라
취득세, 재산세 및 지역자원시설세를 2019년 12월 31일까지 면제 받아왔음. 그러나
법 개정에 따라 신설된 제45조의2(기초과학연구 지원을 위한 연구기관 등에 대한
면제)에서는 취득세와 재산세만을 2020년 12월 31일까지 면제함에 따라 지역자원시
설세는 현재 감면대상에 반영되어 있지 않음. 또한 개정된 제45조에서는 제45조의2
에 따른 단체는 제외한다고 규정하고 있기 때문에 기존 제45조 감면규정을 적용할
수 없는 것으로 판단됨.

□ 지방교육세

ㅇ 정의 : 지방교육세는 지역사회 교육의 질적 향상에 소요되는 재원마련을 위하여 과세

되는 목적세로서 등록세 등 해당 지방세에 붙는 부가세 형태의 지방세임

ㅇ 납부방법
- 취득세, 담배소비세, 레저세에 대한 지방교육세 : 법정신고납부기한까지
- 주민세(균등분), 재산세, 자동차세에 대한 지방교육세 : 납부기한까지

ㅇ 납세의무자, 과세표준 및 세율

납세의무자 과세표준 및 세율

・부동산, 기계장비(자동차 등 제외), 항공기 및 선박

〔취득세 과세표준 × (취득세율-2%)〕의 100분의 20
취득세 납세의무자
・등록에 의한 등록면허세(자동차 등 제외)
등록분 납부세액의 100분의 20
납세의무자

・레저세의 납세의무자 레저세 납부세액의 100분의 40

・담배소비세의 납세의무자 담배소비세액의 10,000분의 4,399

균등분 납부세액의 100분의 10

・주민세 균등분의 납세의무자
(인구 50만 이상 시 100분의 25)

・재산세의 납세의무자 재산세 납부세액의 100분의 20

・비영업용 승용자동차에 대한 자동차세의

자동차세 납부세액의 100분의 30
납세의무자(국가, 지자체, 학교 제외)

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ㅇ 지방교육세 관련 유의사항

- 취득세를 감면하는 경우 산출방법 : 「지방세특례제한법」, 「조세특례제한법」 및 지방

세감면조례(이하 "지방세감면법령"이라 한다)에서 취득세를 감면하는 경우

• 지방세감면법령에서 취득세의 감면율을 정하는 경우: 지방교육세액을 해당 취득세

감면율로 감면하고 남은 금액
• 지방세감면법령에서 취득세의 감면율을 정하면서 지방세법 제13조제2항 본문 및
같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니하도록 정하는 경우: 지방교육세액을 해당
취득세 감면율로 감면하고 남은 금액

□ 지방소득세

ㅇ 정의 : 지방소득세는 소득세법과 법인세법에 따른 소득세 및 법인세 납세의무자에게

부과되는 지방세임

ㅇ 납부의무자

- 소득분(특별징수, 종합소득세분, 양도소득세분) : 소득세 납세의무가 있는 개인과 법인

- 법인세분 : 법인세 납세의무가 있는 법인

ㅇ 납기

납세의무자 닙기

특별징수분 매월분을 다음달 10일까지 신고납입

・소득분 종합소득세분 소득세 신고기간 만료일까지 (소득세와 동시징수)

양도소득세분 소득세 신고기간 만료일까지 (소득세와 동시징수)

・법인세분 법인세분 사업년도 종료일부터 4월 내

ㅇ 세율 : 소득세법 및 법인세법 상 소득별 과세표준규정 준용하여 소득세세율의 10%

수준의 독립세율을 적용함

- 90 -
4. 출연(연) 관련 법인세

□ 출연(연)의 법인세와 관련하여 주요한 내용은 아래와 같음.

ㅇ 출연(연)은 법인세법상 비영리법인으로 수익사업소득에 한정하여 납세의무를 짐. 즉,

비수익사업소득에 대하여는 신고 및 납세의무 없음

- 출연(연)은 수익사업소득에 대하여만 법인세 신고 대상이므로 수익사업과 비수익사

업을 구분하는 것이 매우 중요하며, 실무적으로 구분회계를 적용하여 수익사업과 비
수익사업의 재무제표를 작성하여야 함. 또한 재무제표 간에는 상호 연계성이 있어
매년 일관성 있게 작성이 되어야 함

ㅇ 비영리내국법인 등이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지

출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 경우 일정금액 범위 안에서 이
를 손금으로 산입하도록 하여 고유목적사업 등에 사용할 재원을 비영리법인 내에 유
보할 수 있도록 함

- 다만, 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년내 이를 사용하지 않을 경우 5년

이 되는 날이 속하는 사업연도에 익금산입함과 동시에 미사용잔액에 대한 이자상당
액을 감면된 법인세에 가산 납부하도록 하고 있음. 따라서 수익사업에서 과세소득이
발생할 것으로 예상되는 경우, 고유목적사업준비금을 설정하고, 5년간 지출할 수 있
도록 관리하여야 하는 것이 중요함

□ 법인세법상 출연(연)의 지위와 관련된 규정

ㅇ 비영리내국법인의 정의를 규정한 법인세법 제1조와 비영리내국법인의 고유목적사업

준비금 설정을 규정한 동법 제29조 및 고유목적사업준비금의 손금산입특례를 규정한
조세특례제한법 제74조에서 과기출연기관을 직접적으로 언급하고 있지 않음

ㅇ 관련 조문들을 종합해보면, 법인세법 제1조 제2호 나목에서 「사립학교법」이나 그 밖

의 특별법에 따라 설립된 법인으로 「민법」제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을
가진 법인을 “비영리내국법인”의 하나로 규정하고 있음

- 민법 제32조는 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는

사단 또는 재단의 법인 설립 허가와 관련된 조문임

- 과기출연기관의 설립목적은 “과학기술분야의 연구”를 주된 목적으로 하고 있으며

- 91 -
 (과기출연기관법 제 2 조) 과기출연기관이 해산하는 경우 잔여재산은 과기출연기관
법 제 13 조 5항에 따라 국고로 귀속되거나 다른 연구기관에 출연할 수 있다고 규
정하고 있음

ㅇ 따라서 과기출연기관은 영리법인과 달리 지분에 의하여 이익의 배당 또는 잉여금을

분배하지 아니하는 법인으로 법인세법상 비영리법인에 해당하며, 법인세법 제29조에
의한 고유목적사업준비금 설정대상임

□ 출연(연)의 법인세 개관

ㅇ 출연(연)의 법인세의 특징

- (출연(연)의 납세의무) 출연(연)은 법인세법상 비영리법인으로 수익사업소득에 대하여

납세의무를 짐. 즉, 비수익사업소득에 대하여는 신고 및 납세의무 없음

- (법인세의 계산구조)

연구운영성과표
세무조정 법인세
중 수익사업

연구/연구외 사업수익 + 익금산입·손금불산입 익 금

(-) 연구/연구외 사업비용 - 손금산입·익금불산입 (-) 손 금
당기연구운영성과 각사업연도소득금액
(-) 이월결손금
(-) 비과세소득
(-) 소득공제
과 세 표 준
(X) 세 율
산 출 세 액

- (법인세 신고와 관련하여 사업구분의 필요성) 출연(연)은 수익사업소득에 대하여만

법인세 신고 대상이므로 수익사업과 비수익사업을 구분하는 것이 매우 중요하며,
실무적으로 구분회계를 적용하여 수익사업과 비수익사업소득의 재무제표를 작성하
여야 함. 또한 재무제표 간에는 상호 연계성이 있어 매년 일관성 있게 작성이 되어
야 함

- 92 -
 [수익사업] ⇒ 법인세신고 대상

[수익사업 재무상태표] [수익사업 연구운영성과표]

차 변 대 변 차 변 대 변
부채
자산 비용 수익
순자산

[비수익사업] ⇒ 법인세신고 대상 아님

[비수익사업 재무상태표] [비수익사업 연구운영성과표]

차 변 대 변 차 변 대 변
부채
자산 비용 수익
순자산

- (고유목적사업준비금 관리의 중요성) 비영리내국법인 등이 각 사업연도에 그 법인의

고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금에 계
상한 경우 일정금액 범위 안에서 이를 손금으로 산입하도록 하여 고유목적사업 등
에 사용할 재원을 비영리법인 내에 유보할 수 있도록 함

다만, 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년내 이를 사용하지 않을 경우 5

년이 되는 날이 속하는 사업연도에 익금산입함과 동시에 미사용잔액에 대한 이자상
당액을 감면된 법인세에 가산 납부하도록 하고 있음. 따라서 수익사업에서 과세소득
이 발생할 것으로 예상되는 경우, 고유목적사업준비금을 설정하고, 5년간 지출할 수
있도록 관리하여야 하는 것이 중요함

□ 법인세법상 수익사업의 범위 (수익사업과 비수익사업의 구분)

ㅇ 비영리법인의 법인세법상 수익사업은 법인세법상 열거된 수익사업소득에 한하여 과

세됨. 영리법인은 법에서 비과세 등을 특별히 규정한 것을 제외하고 순자산증가설에
의하여 과세소득을 산정하는 반면, 비영리법인의 경우에는 법에서 열거한 소득에 한
정하여 과세소득으로 하고, 열거되지 않은 소득으로부터 생긴 소득에 대하여는 과세
하지 아니함

ㅇ 또한 법인세법상 수익사업을 판단함에 있어서 비영리법인의 정관상 고유목적사업여

부는 전혀 고려요소가 되지 않음. 수익사업의 판단은 당해 사업의 행위가 법인세법
에서 열거한 수익사업 행위에 해당하는지 여부를 고려해야 하는 것이며, 그 행위가
고유목적사업인지 또는 고유목적을 달성하기 위한 것인지 여부와는 전혀 무관한 것

- 93 -
 임. 따라서 주무관청이 허가하고 비영리법인의 정관상 고유목적사업이라 하더라도
법인세법상 수익사업 여부는 법인세법을 기준으로 다시 판단하는 것임
비영리법인의 법인세법상 수익사업의 범위는 법인세법 제3조 제3항에서 7가지 소득
으로 열거되어 있음

ㅇ 출연(연)의 사업수익의 수익사업 구분

- 출연(연)의 모든 수입거래는 출연(연)회계기준에 따라 회계상 연구사업수익 또는 연

구외사업수익으로 인식되며 동시에 법인세법상 과세소득을 구성하고 동 거래가 부
가가치세법상 과세인지 면세인지 여부만을 판단하여 세금계산서 또는 계산서를 발
부하면 됨. 이때 법인세법상 과세소득중 수익사업인지 비수익사업인지 여부의 판단
의 중요한 두가지 기준은 아래와 같음

- 출연(연)으로 유입되는 현금 등이 발생하면 동 수입이 재화나 용역을 제공하고 받게

되는 대가인지 여부를 우선 판단하여야 하며, 대가관계가 있다고 판단되면 사업상
독립적으로 재화나 용역을 제공하였는지 아니면 일회성이거나 종속적으로 제공된
것인지 여부를 판단하여야 함

- 사업성을 가지고 있다면 동 거래에 대하여 법인세법상 수익사업으로 판단하고 수익

사업회계로 회계처리하며 부가가치세법상 과세대상인지 혹은 면세대상인지 여부를
판단하여야 하며, 부가가치세 과세대상일 경우에는 세금계산서를 발부하고 면세대상
일 경우에는 계산서를 발부하면 됨

- 법인세법 제3조 제3항에서 사회서비스업 등 수익이 발생하는 사업에서 생기는 소득

은 법인세 과세대상이 된다고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제2조 제1항 제2
호에 따르면 사회서비스업 중 연구 및 개발업은 계약 등에 의하여 그 대가를 받고
연구 및 개발용역을 제공하는 사업은 수익사업에 해당하고 그 외의 연구 및 개발업
은 수익사업에서 제외된다고 규정하고 있음

- 출연(연)은 학술연구를 주목적으로 하는 비영리법인으로서 정부출연연구기관이 수행

하는 연구사업의 수익사업과 비수익사업구분은 법인세법 시행령 제2조 제1항 제 2
호에 따라 연구 및 개발용역이 대가를 받고 제공하느냐 아니면 대가관계 없이 제공
하느냐에 따라 결정됨

- 여기서 대가관계란 출연(연)에서 학술연구용역을 제공하는 것을 조건으로 하여 그

대가로 연구비를 수령하였는지를 말하며, 출연(연)이 발주처로부터 대가를 받고 연
구용역을 수행하여 연구결과물을 제공하고 발주처가 이를 자기의 이익을 위하여 사

- 94 -
 용할 경우 출연(연)이 제공한 연구용역은 수익사업에 해당함. 이와 달리 연구결과물
에 대한 소유나 활용을 목적으로 하지 않고 국가적 정책이나 공익 목적으로 연구
장려ㆍ활성화를 위해 지원되는 연구비를 수령하는 경우 비수익사업에 속한다고 볼
수 있음

ㅇ 대가관계의 파악

- 출연(연)의 수익사업과 비수익사업을 정확히 구분하기 위해서는 대가관계 여부의 파

악이 중요한데 연구발주처와 출연(연) 사이에 체결된 계약서 중 연구결과물에 대한
권리귀속 및 활용 등의 조항을 통해 확인할 수 있음

① 연구결과물이 지식재산권인 경우

• 출연연구기관이 수행하는 연구는 고도의 전문 인력 및 지식을 활용하게 되므로

지식재산권이 발생하는 경우가 많으며, 지식재산권이란 특허권, 실용신안권, 디자
인권, 상표권, 저작권 등을 의미하고 소프트웨어 등 신지식재산권도 포함됨. 그런
데 지식재산권에 대한 소유가 누구에게 귀속되는가를 기준으로 대가 관계를 파악
하는 게 일반적이며 지식재산권에 대한 소유권이 연구용역 발주자에게 귀속된다
면 대가관계가 있다고 보아야 함

• 이런 계약의 경우 연구기자재, 연구시설 등 유형적 결과물은 연구성과물이 아니라

지식재산권 창출을 위해 사용되었고 연구 종료 후에도 다른 연구에 사용할 수 있
는 잔여재산을 의미한다고 볼 수 있으며 이러한 유형적 결과물은 계약이 종료 된
후에도 출연(연)이 소유하는 경우가 많음

※ 연구결과물이 지식재산권인 경우 대가관계의 판단근거

유형적 결과물 (연구기자재 등) 대가관계 판단근거가 되지 않음

무형적 결과물 (지식재산권 등) 대가관계 판단근거가 됨

• 대가관계가 있는 계약서의 형태를 보면 다음과 같음

제××조 (결과물 등에 대한 권리귀속 및 활용) 본 계약에 따른 연구의 결과로 발생한

특허, 실용신안 및 의장을 포함한 지식재산권은 갑(발주처)의 소유로 한다. 단,

지식재산권의 출원, 등록 및 유지 그 외 제작비용과 관련된 모든 비용은 (갑)이

부담한다.

- 95 -
 • 위와 같은 계약은 갑(발주처)의 필요에 의하여 연구를 실행하고 그 결과물도 갑에
게 귀속되므로 대가관계가 있는 연구용역이라 할 수 있으며, 이에 따른 수익은 수
익사업 회계처리 대상임

• 이에 반하여 다음과 같은 계약 내용도 있음

제××조 (연구에 따른 결과물의 소유) ① 연구개발사업의 수행 결과로 얻어지는

연구기자재, 연구시설․장비, 시작품 및 연구노트 등 유형적 결과물은

을(정부출연연구기관)의 소유로 한다.

② 연구개발사업의 수행 결과로 얻어지는 지식, 연구보고서의 판권 등 무형적

결과물은 정부출연금 지분에 상당하는 부분은 을의 소유로 한다.

• 이러한 계약의 경우 발주처는 연구결과물에 대한 소유권을 주장하지 않으므로 대

가관계가 없이 연구용역을 의뢰한 것으로 보아 비수익사업 회계처리 대상임. 물론
이 경우에도 연구보고서라는 연구결과물을 발주처인 갑에게 제출하여야 하고 연
구내용과 연구비 사용내역에 대한 감사를 받기도 하나 이는 지원기관이 연구진행
및 결과를 감독하기 위한 조치일 뿐이며, 이를 가지고 대가관계에 있다고 보기는
어려우며 지식재산권이 (갑)과 (을)의 공동소유인 경우에도 대가성이 있는 것으로
보아야 함

• 종종 계약서에 지식재산권에 대한 소유권이 명확히 표시되지 않은 경우가 있는데

표현이 불충분한 것인지 또는 대가성이 없는 것인지 확인할 필요가 있으며, 만약
표현이 불충분한 경우라면 계약 체결 전에 지식재산권의 소유권에 대해 명확히
기재하여야 사후 논란을 피할 수 있음. 반면 대가성이 없는 경우라면 ‘지식재산권
의 소유는 ‘을’의 소유로 한다‘ 는 문구를 기재하도록 함.

② 연구결과물이 시작(제)품 또는 연구결과보고서 등인 경우

• 출연(연)이 수행하는 모든 연구에서 지식재산권이 발생할 수 있는 것은 아니며, 지

식재산권이 발생할 수 있는 연구가 수준 높은 지식을 필요로 한다면 이에 비해
비교적 간단한 연구용역도 발생할 수 있음.

예를 들어 중소기업이 출연(연)에 신제품 개발을 위한 시작(제)품 제작을 의뢰하였

을 경우 결과물은 당연히 지원기관의 소유가 될 것이며 대가성이 있는 연구로 보
는 것이 일반적임. 또한 연구 내용이 지표조사, 타당성조사, 성분분석 등이라면 연
구보고서는 대가를 받고 연구를 수행한 결과물이라고 보아야 할 것임

- 96 -
 • 한편 출연(연)은 다른 출연(연)이나 기업체 등과 공동으로 연구를 진행하는 경우가
많으며, 이 경우 주관연구기관인 출연(연)이 전체 연구비를 수령하여 자기 연구비
를 제외한 나머지를 세부연구기관에 전달하는 경우가 일반적인데 이때 자기 몫에
해당하는 연구비만을 수익으로 인식하는 것이 보편적임.

ㅇ 실비변상적 수입의 수익사업소득 여부

- 용역 등을 제공하고 실비변상적인 수입을 취득한 경우 이것이 비영리법인의 수익사

업에 해당하느냐에 대한 입장이 명확히 구분되어 있지 않아 논란의 여지를 가지고
있음. 하지만 법원의 입장은 일관적으로 비영리법인이 어떠한 사업을 수행함에 있어
그 사업이 고유목적사업에 해당하는지 여부와 상관없이 그 사업 자체에 수익성이
있거나 수익을 목적으로 하는 것이면 수익사업소득에 포함하는 것으로 판단하고 있
음

- 사업수행의 대가로 실비변상적 수익이 발생했느냐 영리법인과 견줄 만큼의 수익이

발생했느냐의 문제로 수익사업과 비수익사업으로 나누는 기준을 삼기보다 법령에서
열거하고 있고 수익사업에 대해서 각 사업연도 전기간, 상당기간에 걸쳐 계속적으로
행하여지는 사업으로 명시하고 있으므로 실비변상적인 수익이 발생하느냐의 여부와
상관없이 한국표준산업분류에 열거된 사업으로 인해 발생하는 계속적이며 반복적인
수입에 대해서 수익사업소득으로 구분하는 것이 옳다고 판단됨.

□ 수익사업과 비수익사업의 구분경리

ㅇ 자산, 부채 및 자본의 구분경리

- 구분경리의 대상이 되는 자산・부채가 각 사업별로 구분 파익이 가능한 경우 법인

은 이를 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 함. 비영리법인의
수익사업에 속하는 자산과 부채란 수익사업의 수익을 획득하기 위하여 직접 생산활
동에 공하거나 용역을 제공하는 자산과 수익사업소득을 발생시키는 원천에 직접 또
는 간접으로 관련하여 발생하는 부채를 말함(법인세법 제113조 제1항, 동법 시행규
칙 제76조). 또한 이익잉여금도 수익사업과 목적사업부문을 구분하여 관리하여야 수
익사업에서 발생한 잉여금으로 잉여금처분에 의한 고유목적사업준비금의 설정과 환
입을 할 수 있게 됨. 이 과정에서 목적사업부문의 잉여금이 혼재되지 않도록 주의하
여야 함

- 그러나, 자산·부채의 귀속이 불분명한 경우에는 다음과 방법에 의하여 구분경리하여

야 함(법인세법시행규칙 제76조)

- 97 -
 구 분 방 법

수익사업에 속하는 것으로 함(법인세법 시행규칙 제76조 제1항)

그러나 공통자산의 양도차익에 대한 과세문제는 최근 행정해석을 참조하여
야 함.
법규법인 2014-103, 2014. 4.22
비영리법인이 수익사업과 3년이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정
자산을 처분하는 경우 양도차익은 양도가액에서 세무상 장부가액을 차감하
공통자산 및 부채
여 산정하는 것이며, 이때 법인세법 시행규칙 제76조 제6항에 따라 수익사
업과 고유목적사업에 해당하는 양도차익을 안분하여 수익사업 부문에 해당
하는 금액을 익금에 산입하는 것임.

서면2팀-867, 2007. 5. 8
수익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산의 처분으로 인하여 생
기는 손익은 수익사업의 개별손익으로 하는 것임

비영리법인은 영리법인과 달리 자본금이라는 개념이 별도로 있지는 않지만,

수익사업의 자본금 세무조정 등에 필요하므로 다음 산식에 의하여 자본금을 산정함.
[ 수익사업의 자산 합계액 – 부채(충당금 포함) 합계액 ]

목적사업에 속하는 자
그 자산가액을 자본의 원입으로 경리함.
산을 수익사업에 지출
이 경우 자산가액은 시가에 의하며 시가가 불분명한 경우에는 법인세법 시
또는 전입한 경우(수
행령 제8조 제2항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의함.
익사업 자본증가)

ㅇ 손익의 구분경리

- 수익과 비용이 어느 사업부문에서 발생하였음이 분명한 개별손익은 각각 별도의 독

립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 함. 그러나, 공통손익은 사업연도 중에는
이를 사업별로 구분하지 아니하고 계정과목별로 기장하였다가 결산시 다음과 같은
공통손익의 구분계산 방법에 따라 수익사업과 기타사업에 각각 귀속시켜야 함(법인
세법 시행규칙 제76조 제6항)

구 분 방 법

공통익금 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우: 수익사업과 기타의 사업의

공통손금 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우: 수익사업과 기타의 사업의

- 98 -
 구 분 방 법
개별 손금액에 비례하여 안분계산
※ ‘개별손금액’이라 함은 매출원가와 판매관리비 및 영업외 비용 등 모든
개별손금의 합계액을 말함(법인 22601-798, 1988. 3.21)
※ 업종의 구분: 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되,
소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의함
개별손금이 없거나
기타의 사유로 안분 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하
계산방법을 적용할 는 작업시간･사용시간･사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산(현재 국세청
수 없거나 불합리한 장이 정하는 기준은 없음)
경우

ㅇ 출연(연)구분경리 기준(사례)

구분 과목 수익사업 목적사업 비고

연구개발출연금수익 ○ 개별

위탁기관수행 주관, 참여기관 수행 개별

국가연구개발사업수익
연구 참여기업으로부터
개별
수령하는 민간부담금
사업
수익 수탁연구사업수익 ○ 개별

기술지원사업수익 ○ 개별

기타(자체)연구사업
○ ○ 개별
수익

연구사업
연구사업직접원가 연구수익대응원가를 수익의 구분에 의해 구분 개별
직접원가

연구사업
지원인력인건비등 표준(안)에 따라 분류, 매출액비율로 안분 공통
간접원가,
연구사업 연구개발능률성과급
표준(안)에 따라 분류, 개별 구분경리 개별
기타원가 등

연구 이자, 장비사용수익 ○ 개별
사업외
참여기업으로부터
수익 기술료수익 ○ 개별
수령하는 정액기술료

- 99 -
 구분 과목 수익사업 목적사업 비고

목적사업 3년미만 목적사업 3년이상

유형자산처분이익 개별
사용자산 처분 사용자산 처분
계속, 반복적인 지체상금, 연체료 및
잡수익 개별
사업성수익 일시적 수익발생
고유목적사업준비금
○ 개별
전입액
연구 목적사업 3년미만 목적사업 3년 이상
유형자산처분손실 개별
사용자산 처분 사용자산 처분
사업외
비용 기술료대응경비 ○ 개별

계속, 반복적인
잡손실 그 외 잡손실 개별
사업성비용

□ 고유목적사업준비금 손금산입

ㅇ 비영리법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금을 지출하기 위하여 고유목적

사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 범위 안에서 소득금액 계산상 손금
에 산입할 수 있음(법인세법 제29조)

ㅇ 비영리내국법인 등이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지

출하기 위하여 고고유목적사업준비금을 손금에 계상한 경우 일정금액 범위 안에서
이를 손금으로 산입하도록 하여 고유목적사업 등에 사용할 재원을 비영리법인 내에
유보할 수 있도록 하였다. 이러한 고유목적사업준비금 제도를 요약 정리하면 다음과
같음

구 분 내 용

ㆍ법인격이 있는 비영리내국법인
ㆍ법인으로 보는 단체 중 시행령 제36조 제1항 제1호에 해당하는 지정기부금
1. 설정대상 대상단체
내국법인 ㆍ법인으로 보는 단체 중 법령에 의하여 설치된 기금
ㆍ법인으로 보는 단체 중 주택법 제2조 제2호에 따른 공동주택의 입주자대표
회의 또는 자치 관리기구

2. 손금산입 한도 ㆍ(이자소득 등 특정 소득금액 × 100%) + (기타수익사업소득금액 × 50%)

ㆍ손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내 고유목적사업 등에
3. 사용 사용해야 함.
ㆍ사용한 금액은 먼저 계상한 고유목적사업준비금부터 사용한 것으로 봄.

- 100 -
 구 분 내 용

ㆍ직전 사업연도 종료일 현재의 잔액을 초과하여 지출한 금액은 해당 사업

연도에 계상하여 지출한 것으로 봄.

ㆍ고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 사업에 관한 모든 권리와

의무를 다른 비영리내국법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에
4. 승계
는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법
인이 승계할 수 있음.

① 환입사유
1. 해산한 경우(고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외) 및 고유목적사
업을 전부 폐지한 경우
2. 법인으로 보는 단체가 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우
3. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이
되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우 (5년 내에 사용하
지 아니한 잔액으로 한정)
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이
5. 환입 등 내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한
경우

② 이자상당액의 납부
위 3,4번째에 해당하는 사유 발생시 감면된 법인세와 함께 다음의 이자상
당액을 납부해야 함.
고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금
에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액 × 손금에 산입한 사업연도의
다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기
간(일수) × 3/10,000

ㆍ비영리내국법인 등이 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는

조세특례제한법에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는
6. 중복적용의 배제 세액감면(세액공제는 제외)을 적용받는 경우 고유목적사업준비금과 중복
적용을 배제함. 즉, 고유목적사업준비금과 다른 감면 등 중에서 선택하여
야 함.

ㆍ결산조정이 원칙이지만, 외부회계감사 대상 비영리내국법인은 잉여금처분

7. 절차 에 의한 신고조정이 가능함. 법인세과세표준 신고시 고유목적사업준비금
조정명세서(갑)(을)를 제출해야 함.

- 101 -
□ 출연(연)의 법인세 과세표준과 그 계산

ㅇ 출연(연)의 법인세 과세표준 계산

- 다음은 비영리법인의 각 사업연도 소득금액과 과세표준 산출과정을 영리법인과 비

교한 것임

비영리법인(출연(연))
구 분 영리법인
수익사업 비수익사업

1. 사업소득
2. 이자소득
3. 배당소득
순자산증가설에 의하여 모
4. 주식양도수입
당기운영성과 든 소득이 과세됨(법인세법 해당사항없음
5. 고정자산처분수입
제14조)
6. 부동산에 관한 권리 등
양도수입
7. 채권 등 매매익

(+) 익금,손금불산입
세무조정 세무조정 해당사항없음
(-) 손금,익금불산입

세무조정 이후 1~7 까지의

각사업연도소득금액 해당사항없음
소득 합산

(-) 이월결손금(*1) 해당사항없음

(-) 비과세소득(*2) 해당사항없음
(-) 소득공제(*3) 해당사항없음
과세표준 해당사항없음

(*1) 이월결손금 : 비영리법인의 경우 수익사업의 소득금액을 각 사업연도의 금액으로 하며, 이월

결손금도 수익사업에서 생긴 이월결손금만을 차감함. 따라서 비수익사업인 고유목적사업에서
생긴 이월결손금은 수익사업의 법인세 과세표준을 계산할 때 공제하지 아니함 (법인세법 시
행규칙 제4조 제1항).
(*2) 비과세소득 : 비과세소득이란 공익상 또는 정책상의 이유로 과세하지 않는 것이 바람직하다고
판단하여 과세권을 포기한 소득임. 이러한 비과세 소득은 각 사업연도의 소득금액에서 이월
결손금을 공제한 잔액의 범위 내에서 공제하며 미공제된 잔액은 차기로 이월되지 않고 소멸
함(법인세법 시행규칙 제5조). 법인세법 제51조에서 규정하는 공익신탁의 신탁재산에서 생긴
소득에 대하여는 법인세를 과세하지 아니함.
(*3) 소득공제 : 과세대상이 되는 소득 중에서 특정소득에 대하여 일정액 또는 일정률을 과세표준
에서 공제함으로써 세부담을 경감시켜 주는 조세지원정책으로 현행법상 비영리법인에 해당하
는 사항은 없음

- 102 -
ㅇ 출연(연)의 세무조정

- 기업회계는 경제적 의사결정을 함에 있어서 경제 실체에 관한 유용한 재무적 정보

를 주주ㆍ채권자ㆍ투자자 등의 이해관계자에게 제공하는 기능을 수행하며 그 준거
기준으로 ‘일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 회계원칙(GAAP)’이 존재함. 반면,
세무회계는 공평한 조세부담과 과세소득 계산의 통일성을 위하여 세법의 규정에 따
라 과세소득과 세액에 관한 정보를 이해관계자에게 전달하는 기능을 수행함

- 이러한 기업회계와 세무회계의 목적의 차이 때문에 기업회계의 이익은 수익ㆍ비용

대응의 원칙을 토대로 하여 비용은 발생주의에 의하고 수익은 실현주의에 의하여
인식하는 반면, 세무회계상 과세소득은 권리ㆍ의무 확정주의에 의하여 기간과세소득
을 계산하는 것을 특징으로 함. 따라서 법인세법상 과세소득금액을 계산하기 위해서
는 기업회계상 이익을 세법상 인정하는 각 사업연도의 소득금액으로 변환하는 절차
가 필요하며, 이를 세무조정이라 함

- 출연(연) 세무조정 시 자주 발생하는 익금산입・손금불산입 조정항목은 아래와 같음

과 목 처 분 조 정 내 용

미수이자 유보 전기미수이자를 익금산입하고 유보로 처분

고유목적사업준비금한도초과액을 손금불산입하고 기타사외유출

고유목적사업준비금 기타사외유출
로 처분

당기고유목적사업준비금사용액중 수익사업부문사용액을 손금불

고유목적사업준비금 기타사외유출
산입하고 기타사외유출로 처분

퇴직급여충당부채 유보 퇴직급여충당금설정 한도초과액을 손금불산입하고 유보로 처분

이자수익 기타사외유출 이자수익순액처리액을 익금산입하고 기타사외유출로 처분

이자수익 기타사외유출 이자수익타계정대체액을 익금산입하고 기타사외유출로 처분

이자수익 기타사외유출 이자수익중 부채계상액을 익금산입하고 기타사외유출로 처분

연구원가에 포함된 수익사업부문 연구비취득자산을 익금산입하

연구비취득자산 기타사외유출
고 기타사외유출로 처분

법인세비용 기타 법인세비용을 손금불산입하고 기타로 처분

- 103 -
 과 목 처 분 조 정 내 용

목적사업손익 기타 목적사업손익 손금불산입하고 기타로처분 (기초)

선수수익 유보 기술료수익중 부채계상액을 익금산입하고 유보로 처분

기술지원사업선수금 유보 기술지원사업수익중 부채계상액을 익금산입하고 유보로 처분

기반조성사업선수금 유보 기반조성사업수익중 부채계상액을 익금산입하고 유보로 처분

감가상각비한도초과 유보 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하고 유보로 처분

감가상각비 기타 자산일시상각액을 손금불산입하고 기타로 처분

일시상각충당금 기타 당기 일시상각충당금 상각액을 손금불산입하고 기타로 처분

업무용승용차 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하고 기타사

업무용승용차 기타사외유출
외유출로 처분

대손상각비 유보 대손요건 미충족 상각비 손금불산입하고 유보로 처분

대손충당금 유보 대손충당금 한도초과액을 손금불산입하고 유보로 처분

기말 연구지원준비금, 연구개발준비금, 연구개발적립금, 기술개

연구지원준비금 유보
발준비금을 손금불산입하고 유보로 처분

외국납부세액 기타사외유출 외국납부세액을 익금산입하고 기타사외유출로 처분

접대비 기타사외유출 접대비 한도초과액 손금불산입하고 기타사외유출로 처분

자본잉여금 기타 당기 자본잉여금 증가분을 익금산입하고 기타로 처분

수익인식시기차이로 당기손익계산서에 미인식한 수익을 익금산

XXX수입 유보
입하고 유보로 처분

- 104 -
- 출연(연) 세무조정 시 자주 발생하는 손금산입・익금불산입 조정항목은 아래와 같음

과 목 처 분 조 정 내 용

미수이자 유보 당기미수이자를 익금불산입하고 유보 처분

출연잉여금(시설잉여금)과 상계처리한 수익사업 해당분 감가상

감가상각비 기타
각비를 손금산입하고 기타로 처분

전기 부인액을 초과하여 지급한 가액을 손금산입하고 유보로

퇴직급여충당부채 유보
처분

고유목적사업준비금 전입 부인액중 당기지출액을 손금산입하고

고유목적사업준비금 유보
유보로 처분

연구지원준비금 유보 전기연구지원금을 손금산입하고 유보로 처분

기부금 유보 전기미지급기부금을 손금산입하고 유보로 처분

- 105 -
5. 출연(연) 관련 상속세 및 증여세

□ 상속세 및 증여세와 관련하여 출연(연)에 적용되는 주요 내용은 공인법인으로서 받을

수 있는 지원, 공익법인의 납세협력의무 및 지켜야 할 일 등임

ㅇ 공익법인의 납세협력의무는 ①출연재산 보고서 등 제출의무, ②결산서류 등 공시의무,

③장부의 작성・비치 의무, ④외부전문가의 세무확인서 보고 의무, ⑤외부 회계감사를
받아야 할 의무, ⑥전용계좌 개설・사용의무, ⑦공익법인 등의 회계기준 적용의무, ⑧
기부금영수증 발급명세 작성・보관・제출의무, ⑨(세금)계산서합게표 등 자료 제출
의무 등이 있음

ㅇ 공익법인의 지켜야 알 일은 ①출연재산을 직접 공익목적사업 등에 사용, ②출연재산

매각대금을 직접 공익목적사업에 사용, ③출연재산 운용소득을 직접 공익목적에 사용,
④출연자 등의 이사 취임 시 지켜야 할 일, ⑤특정기업의 광고 등 행위 금지, ⑥ 자기
내부거래(Self-Dealing) 시 지켜야 할 일, ⑦특정계층에만 공익사업의 혜택이 제공될 경
우의 불이익 등이 있음

□ 공익법인의 범위

ㅇ 세법상 공익법인은 법인세법상 비영리법인 중 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”)

시행령 제12조 각호에 열거된 공익사업을 영위하는 법인을 말함. 법인세법 시행령
제36조제1항제1호에 따라 기획재정부장관이 지정기부금단체등으로 지정하여 고시한
출연(연)은 상증세법 및 법인세법시행령 제12조에 따라 공익법인에 해당하며 상증세
법상 공익법인에 부과되는 규정을 준수해야 할 의무가 있음

<법정기부금단체 중 공공기관 등의 범위(과기 출연연만)>

번호 법정기부금단체 지정기간

「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한

법률」 제8조제1항 및 별표에 따른 한국과학기술연구원, 한국기초과
2017. 1. 1.부터
학지원연구원, 한국천문연구원, 한국생명공학연구원, 한국과학기술정
32 2022. 12. 31.까
보연구원, 한국한의학연구원, 한국생산기술연구원, 한국철도기술연구
지
원, 한국표준과학연구원, 한국지질자원연구원, 한국기계연구원, 한국
전기연구원 및 한국화학연구원

* 2018년도 2/4분기 지정기부금단체 등 및 법정기부금단체의 지정·변경 고시 발췌(기획재정부)

** 각 기관별 지정기간까지 법정기부금단체로 인정, 지정기간 만료 후에는 지정기부금단체로 재
지정 신청 필요

- 106 -
□ 상속세 및 증여세법에 의한 지원

1) 공익목적 출연재산의 증여세 과세가액 불산입

ㅇ 비영리법인이 출연 받은 재산은 증여세 납세의무가 있음. 그러나 비영리법인 중 공익

법인은 국가가 해야 할 사회일반의 이익을 사업목적으로 하고 있으므로 공익법인 등
이 출연 받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니함. 이 경우 증여세가
부과되지 않는 출연재산의 범위(한도, 재산 종류 제한)에는 제한이 없음

2) 주식 출연 시 증여세 과세 기준

ㅇ 공익법인 등이 내국법인의 주식 또는 출자지분을 출연 받거나 출연 받은 재산(그 재

산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우 포함)
으로 내국법인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우로서 해당 내국법인의 의결권
있는 발행주식 총수 등의 5%(성실공익법인 등에 해당하는 경우 10%(20%)를 초과하
여 출연 받거나 취득하는 경우에는 그 초과부분에 대해서 증여세 과세가액에 산입하
여 증여세가 과세됨

□ 상속세 및 증여세법에 의한 공익법인의 납세협력의무

1) 출연재산 보고서 등 제출의무

ㅇ 재산을 출연 받은 공익법인은 납세지 관할 세무서장에게 결산에 관한 서류 및 공익

법인 출연재산 등에 대한 보고서를 사업연도 종료일로부터 3개월 이내에 제출하여야 함

① 출연재산·운용소득·매각대금의 사용계획 및 진도내역서(별지 제24호 서식)

② 출연받은 재산의 사용명세서(별지 제25호의2 서식)

③ 출연재산 매각대금 사용명세서(별지 제25호의3 서식)

④ 운용소득 사용명세서(별지 제25호의4 서식)

⑤ 주식(출자지분) 보유명세서 (별지 제26호 서식)

⑥ 이사 등 선임명세서(별지 제26호의2 서식)

⑦ 특정기업광고 등 명세서(별지 제26호의3 서식)

- 107 -
 ⑧ 출연재산을 3년 이내에 출연목적에 사용하지 못하고 그 사용에 장기간을 요하여 주무부장관이
이를 인정하는 경우에는 그 관련서류

☞ 주무부장관이 없는 경우 관할 세무서장의 인정 필요

(’13. 2. 15. 이후 주무부장관이 인정하는 분부터 적용)

ㅇ 공익법인은 결산에 관한 서류 및 출연재산 등에 대한 보고서를 사업연도 종료일부터

3개월 이내에 제출하여야 하며, 이 경우 공익법인의 사업연도는 당해 공익법인에 관
한 법률 또는 정관의 규정에 의하며, 사업연도가 따로 정하여져 있지 아니한 경우에
는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지로 함

ㅇ 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서에 출

연재산・운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재하여 사실을 확인
할 수 없는 경우에는 미제출분 또는 불분명한 부분의 금액에 상당하는 상속세액 또
는 증여세액의 1%를 가산세로 과세함

2) 결산서류 등 공시의무

ㅇ 총자산가액 5억원 이상이거나 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기

간 또는 사업연도에 출연받은 재산의 합계액이 3억원 이상인 공익법인은 결산서류
등을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청의 인터넷홈페이지에 게재*하는 방법
으로 공시하여야 함
＊국세청 홈택스(www.hometax.go.kr) → 공익법인공시 → 공시/공개 등록하기

ㅇ 공시대상 결산서류 등 : 공시의무가 있는 공익법인은 다음의 서류를 표준서식(상증규

칙 §25 ⑥, 별지 제31호)에 따라 공시하여야 함

① 기부금품의 모집 및 지출 명세서(별지 제31호 서식 부표 1)

② 주식 등의 출연・취득・보유 및 처분 명세서(별지 제31호 서식 부표 2)
③ 출연자 및 이사등 주요 구성원 현황 명세서(별지 제31호 서식 부표 3)
④ 출연 받은 재산의 공익목적사용 현황(별지 제31호 서식 부표 4)
⑤ 대차대조표, 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함)
☞ ’18. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터는 ‘재무상태표’, ‘운영성과표’
⑥ 외부회계감사 대상 공익법인의 경우 감사보고서
⑦ 상증법§50 ③에 따라 외부감사를 받는 공익법인등의 경우에는 출연받은 재산의

- 108 -
 공익목적사용현황 (’13. 2. 15. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용)
⑧ 내국법인의 의결권있는 주식 등을 그 내국법인의 발행주식총수등의 5%를 초과하여
보유하고 있는 성실공익법인의 경우 ‘보유주식에 대한 의결권의 행사 결과’
☞ ’17. 2. 7. 이 속하는 연도에 개시하는 사업연도에 의결권을 행사하는 분부터 적용

ㅇ 가산세 : 국세청장은 공익법인이 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 그 공시내용에

오류가 있는 경우에는 해당 공익법인 등에게 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도
록 하거나 오류를 시정하도록 요구할 수 있음. 국세청장은 공시요구를 하거나 오류
시정을 요구할 때에는 문서로 하여야 하며, 요구를 이행하지 아니하는 공익법인에
대해서는 가산세를 부과하고 해당 공익법인의 주무부장관에게 관련 사실을 통보함

- 국세청장의 공시요구 또는 시정요구를 지정된 기한 이내에 이행하지 아니하는 경우

공시하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 해당 공익법인의 대차대조표
상 자산총액(부동산인 경우 법 제60조, 법 제61조 및 법 제66조에 따라 평가한 가
액이 대차대조표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말함)의 1천분의 5에 상당하
는 금액을 가산세로 부과함

ㅇ 출연(연) 세무 적용지침(공익법인 공시자료 작성 가이드라인)

- 출연연은 공익법인으로서, 사업연도 종료 후 3개월 이내에 국세청에 공익법인 결산

서류를 제출하고 있으며, 출연연 결산서류 공시자료의 일관성 제고를 위하여 다수
기관의 작성사례를 기초로 공시자료 작성을 위한 가이드라인을 제시함

서류명 항목 항목 입력방법(A)
기획재정부의 기부금단체
기부금(단체) 유형 지정여부에 따라 ‘법정’ 또는
‘지정’ 기재

단체유형 공공기관
공익법인 결산
1.기본사항 과학기술정보통신부 등
서류 등의 공시 주무관청
주무관청
알리오 임원현황과 일치하도록
작성
이사수
*작성방법에는
등기사항증명서상 이사수

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 서류명 항목 항목 입력방법(A)
기재
토지, 건물, 주식 및 출자지분,
2.자산보유현황 수익사업 금융자산, 기타자산에 금액
기재

수입금액 기타사업수입

3.수입금액 및 목적사업비, 일반관리비

필요경비
필요경비 현황 및 모금비를 각각 기재
세무조정계산서상 수익사업
수익사업_소득금액
소득금액 기재
알리오상 일반현황 중 주요
고유목적사업현황
기능 및 역할의 내용기재
5.고유목적사업
사업대상 기타
세부현황
국내 주요
대전 등 본지사 소재지
사업 지역
기타고유목적사업수입
6.고유목적사업 기타고유목적사업수입을
수입금액 “연구사업수익”,
세부현황 “연구사업외수익” 등으로
간략히 분류

7.수익사업 기타수익사업에 이자・배당

수입금액(필요경 이외의 수입금액 및
비) 세부현황 필요경비를 기재
필요경비를 목적사업비와
공익법인 결산 일반관리비 및 모금비로 구분
서류 등의 공시 8.고유목적사업 기재
필요경비
필요경비를 “운영비 등”과
세부현황
“연구사업외비용”으로 구분
기재

기부금품의 1.기부금의
전기이월 기부금 잔액을
모집 및 지출 수입・지출
월별로 기재
명세서 명세

주식 등의 보유현황 기재
*알리오상 투출자법인
전체
주식 등의 존재하는 경우 해당 여부
1.주식 등의
출연・취득・보 검토 필요
보유현황
유 및 처분
명세서 한국과학기술지주 보유경위를
보유경위
“유상취득”으로 기재

2.보유주식 주식가액 변동된 주식가액 전체를 기재

- 110 -
 서류명 항목 항목 입력방법(A)

(장부가액)

변동사항 1.주식 등의 보유현황상

변동사유 보유경위와 2.보유주식
변동사항상의 변동사유가 일치
한국과학기술지주의
3.주식 등의
총발생주식 총발행주식을 5,243,427주로
보유비율
기재

공란으로 기재
5.주식 등의 * 실제 주총 등에 참석하지
전체
의결권 행사 결과 않아서 의결권 행사를 전혀
하지 않았는지 확인 필요

전체 해당 명세서를 기재
출연자 및 이사 1.출연자(기부자)
성명(사업자명) 기재
등 주요 구성원
현황 명세서 2.이사 등 기본사항의 이사수와
성명 등
주요 구성원 현황 주요 구성원 현황이 일치
출연받은
재산의
전체 해당 사건 발생 시 기재
공익목적사용
현황
미수수익,
대차 수익사업으로 분류
선급법인세
대조표 –
공익사업, 설립자출연금 공익사업으로 분류
수익사업, 총계
특허권 공익사업으로 분류
수익사업에서
손익
고유목적사업준비금을
계산서 – 고유목적사업준비금
전입하고, 동 금액을
공익사업, 전입액 및 환입액
공익사업에서
수익사업, 총계
“수익사업출연수익”으로 인식

3) 장부의 작성・비치 의무

ㅇ 공익법인은 사업연도별로 출연 받은 재산 및 공익사업 운용내용 등에 대한 장부를

작성하여야 하며 장부 및 관계있는 중요한 증명서류를 사업연도 종료일부터 10년간
보존하여야 함

- 장부의 작성방법 : 출연 받은 재산의 보유 및 운용 상태와 수익사업의 수입 및 지출

내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기 형식의 장부이어야 하며,
증빙서류에는 수혜자에 대한 지급명세가 포함되어야 함

- 111 -
 • 다만, 이중으로 대차 평균하게 기록된 전표와 증빙서류 또는 계산서(세금계산서 포
함)와 영수증에 의하여 재산의 보유, 운용상태와 수입・지출내용의 변동을 빠짐없
이 기록・보관하고 있는 경우에는 장부를 작성・비치하고 있는 것으로 봄
• 한편, 소득세법 제160조 및 법인세법 제112조 단서에 따라 공익법인의 수익사업에
관하여 작성・비치된 장부와 증빙서류는 상속세 및 증여세법에 따라 작성・비치된
것으로 보며, 장부와 증빙서류에는 마이크로필름・자기테이프・디스켓 또는 그 밖
의 정보 보존 장치에 저장된 것을 포함함

- 장부의 작성·비치의무 불이행 가산세 : 장부를 작성・비치하여야 할 공익법인이 그

장부의 작성・비치 의무를 불이행하였을 경우에는 다음 산식에 따라 계산한 가산세
를 납부하여야 함

(해당 사업연도 수입금액* + 출연재산가액** ) × 0.07%

* 장부의 작성 비치의무를 이행하지 아니한 사업연도의 수입금액 합계

** 그 과세기간 또는 사업연도에 출연 받은 재산가액

4) 외부전문가의 세무확인서 보고 의무

ㅇ 공익법인 운영의 투명성을 확보하기 위하여 일정규모 이상인 공익법인 등은 과세기

간별 또는 사업연도별로 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역 등을 2명 이상의 외
부전문가로부터 세무확인을 받아 납세지 관할세무서장에게 보고하여야 함

- 세무확인 대상 공익법인 : 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 5억원

이상이거나 해당 과세기간 또는 사업연도 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에
출연 받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인을 대상으로 함. 다만 세무당
국의 유권해석에 따르면 국가 또는 지방자치단체로부터 출연 받은 재산 외에 일반
개인이나 법인 등으로부터 출연 받은 재산이 없는 공익법인 등은 외부전문가의 세
무확인을 받아야 하는 공익법인 등에 포함 안 됨

- 세무확인 실시·보고 기한 : 외부전문가의 세무확인은 과세기간 또는 사업연도 종료

일부터 2개월 이내에 실시하여야 하며, 공익법인은 그 결과를 해당 과세기간 또는
사업연도 종료일부터 3월 이내에 관할 세무서장에게 보고하여야 함

- 112 -
- 외부전문가의 세무확인 보고 미이행 가산세 : 외부전문가 세무확인 대상 공익법인이
외부전문가의 세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 아니할 경우에는 다음 산식
에 따라 계산한 가산세를 납부하여야 함

MAX{(해당 사업연도 수입금액1) + 출연재산가액2)) × 0.07%, 100만원3)}

1) 외부전문가의 세무확인을 받지 않거나 보고를 이행하지 않은 사업연도 수입금액

2) 외부전문가의 세무확인에 대한 보고를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적 사업에 직접

사용하는 분을 차감함

(’04. 1. 1. 이후 상속세 또는 증여세를 결정하거나 경정하는 분부터 적용)

☞ 5천만원(중소기업기본법 §2 ①에 따른 중소기업이 아닌 기업은 1억원)을 한도로 함.

다만, 고의적으로 위반한 경우 한도 없음

3) 가산세 최저금액 100만원 신설(’14. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용)

- 외부전문가(2명 이상) : 외부전문가는 변호사・공인회계사・세무사를 말하며, 세무확

인을 받는 공익법인으로부터 업무수행상 독립되어야 함

- 세무 확인할 사항 : 외부전문가는 공익법인이 출연 받은 재산을 적정하게 공익목적

사업에 운용하고 있는지의 여부 등을 확인하여야 하는데 주요 확인사항은 다음과
같음

① 출연재산 및 그 운용에 관한 사항

② 자기내부거래에 관한 사항

③ 기타 공익법인 등의 운영에 관한 사항

④ 세무확인 보고

- 외부전문가의 세무확인서 작성 및 보고 : 외부전문가는 위 세무확인사항을 확인하여

공익법인 등이 작성한 상속세 및 증여세법 시행규칙 제25조 제1항 각호 서식의 적
정여부를 검증하고, 별지 제32호 서식의 세무확인서 등을 작성하여야 함
• 외부전문가 세무확인서 등은 공익법인 등이 비치하고 있는 장부, 결산보고서 및
그 부속서류, 기타 증빙서류 등에 의하여 정확하게 작성하여야 하며, 장부 등이
사실과 다른 경우에는 외부전문가가 확인한 사실에 따라 작성하여야 함

- 113 -
5) 외부 회계감사를 받아야 할 의무

ㅇ 개요 : 총자산가액이 100억원 이상인 공익법인은 과세기간별 또는 사업연도별로 「주

식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 함.
※ 2017.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 외부전문가 세무확인 보고 대상에 포함

- 다만, 출연(연)은 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한

법률」(이하 과기출연기관법) 제16조에 따라 사업연도마다 연구회가 지정하는 공인회
계사의 외부 회계감사를 받아야 하므로 상증세법에서 기준으로 규정한 총자산가액
과는 상관없이 외부감사를 받아야 함

ㅇ 감사보고서 제출 : 회계감사를 받은 공익법인은 감사인이 작성한 감사보고서를 과세

기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제출해야 함

ㅇ 의무 미이행시 불이익 : 회계감사 대상 공익법인이 의무를 이행하지 않은 경우 가산

세*를 부과하며, ‘07. 12. 31. 일 개정된 동일기업 주식출연・취득제한 완화(5% →
10%), 계열기업 주식보유 제한 완화(30% → 50%) 규정을 적용받기 위해서는 반드시
회계감사를 받아야 함

* (수입금액+출연재산가액)×0.07% ☞ '17. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

6) 전용계좌 개설·사용의무

ㅇ 개요 : 공익법인은 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출이

있는 경우에는 직접 공익목적사업용 전용계좌를 사용하여야 함. 여기서 전용계좌란
① 공익법인의 공익목적사업의 용도로만 사용되는 것으로서 ② 금융기관*에 개설한
계좌를 의미하며, 공익법인별로 둘 이상 개설할 수 있음
＊금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호에 해당하는 금융기관

- 다만, 세무당국의 유권해석에 따르면 국가 또는 지방자치단체로부터 출연 받은 재산

에 대하여는 그러하지 아니하는 것이며, 또한 공익법인 등이 출연 받은 재산을 정기
예금으로 운용하는 경우 당해 정기예금계좌는 직접 공익목적사업용 전용계좌에 해
당하지 아니하는 것임

- 114 -
ㅇ 전용계좌 사용의무 거래

① 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제 받는 경

우로서 다음의 경우를 포함함

- 송금 및 계좌간 자금이체

- 수표・어음으로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취

- 신용카드, 선불카드, 직불카드를 통하여 이루어진 거래대금의 지급 및 수취

② 기부금・출연금 또는 회비를 받는 경우

- 다만, 현금으로 직접 받은 경우로서 기부금・출연금 또는 회비를 지급 받는 날로부터 5일

까지 전용계좌에 입금하는 경우는 제외함. 이 경우 기부금・출연금 또는 회비의 현금수입
명세를 작성하여 보관하여야 함

③ 인건비・임차료를 지급하는 경우

④ 공익목적사업과 관련된 기부금・장학금・연구비・생활비 등을 지급하는 경우. 다만, 100만

원을 초과하는 경우로 한정함

⑤ 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입

(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우에 한함)하는 경우

ㅇ 전용계좌 외 거래명세서 작성 보관 : 전용계좌 사용대상거래가 아닌 경우 그 거래일

자, 거래상대방(확인이 가능한 경우에 한함) 및 거래금액 등을 기재한 전용계좌 외
거래명세서를 작성・보관하여야 함. 이 경우 전산처리된 테이프 또는 디스크 등에 수
록・보관하여 즉시 출력할 수 있는 상태에 둔 때에는 전용계좌 외 거래명세서(상증
법 시행규칙 별지 제29호 서식)를 작성하여 보관한 것으로 봄

□ 전용계좌 외 거래명세서 작성・보관 제외대상

① 소득세법 §160의2 ② 3호, 4호에 해당하는 증거서류를 갖춘 경우

② 거래건당 금액(VAT 포함)이 1만원(’08. 12. 31. 까지는 3만원) 이하인 수입과 지출 등

③ 증거서류를 받기 곤란한 거래 등으로서 소득세법 시행령 §208의2 ① 2호~8호, 소득세법 시

행규칙 §95의2 2호~4호, 7호, 8호의2~8호의6의 수입과 지출

ㅇ 전용계좌 개설, 변경 및 추가 : 공익법인은 최초로 공익법인에 해당하게 된 날부터 3

개월 이내에 전용계좌 개설(변경・추가) 신고서를 납세지(본점이나 주사무소) 관할 세
무서장에게 신고하여야 하며, 전용계좌를 변경・추가하는 때에는 사유발생일부터 1
개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 함
* (주의) 지점법인에서 지점관할 세무서장에게 전용계좌를 신고하지 않음

- 115 -
ㅇ 의무 위반 시 가산세
- 전용계좌 사용의무 대상거래에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경
우에는 전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1천분의 5
- 전용계좌를 개설・신고하지 아니한 경우 ⇒ MAX[⑴, ⑵]
• 개설・신고하지 아니한 각 과세기간 또는 사업연도의 직접공익목적사업과 관련한
수입금액(당해 공익법인 수입금액 총액에서 법인세가 과세되는 수익사업 관련 수
입금액을 차감) 총액의 1천분의 5에 상당하는 금액
• 전용계좌 사용의무대상 거래금액 합계액의 1천분의 5에 상당하는 금액

7) 공익법인 등의 회계기준 적용의무

ㅇ 개요 : 공익법인 등이 외부 회계감사의무(상증법 §50 ③), 결산서류 등의 공시의무(상

증법§50의3)를 이행할 때에는 기획재정부 「공익법인회계기준심의위원회」에서 정하는
회계기준(이하 공익법인 회계기준)을 따라야 함. 그러나, 출연(연)은 현재 과학기술연
구회에서 제정하고 과학기술정보통신부에서 적용 승인한 「과학기술분야 정부출연연
구기관 등의 회계기준」을 적용함에 따라 그 회계기준을 공익법인 회계기준에 우선하
여 적용할 수 있음

ㅇ 적용 제외 : 「의료법」에 따른 의료법인, 「사립학교법」에 따른 학교법인, 그 밖의 이

와 유사한 공익법인 등

◈ 수익・비수익과 공익・비공익의 차이 및 구분

□ 수익・비수익과 공익・비공익의 개념

ㅇ (수익・비수익) 출연(연)은 법인세법상 비영리법인으로 수익사업소득에 한정하여 신고

및 납세의무가 있으며, 비수익사업소득에 대해서는 신고 및 납세의무가 없으므로 수
익사업과 비수익사업을 구분하는 것이 중요함

- 법인세법상 비영리법인의 수익사업은 법인세법에 열거(제3조)된 수익사업으로 한정되며,

법인세법상 수익사업 판단에 있어 비영리법인의 정관상 고유목적사업 해당여부는 고
려요소가 아님

◈ 법인세법 제3조(과세소득의 범위)

- 116 -
 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "
수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비
스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기
는 수입
5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는
고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는
수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생
기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

ㅇ (공익・비공익) 공익법인회계기준에서는 사업수익을 공익목적사업수익과 기타사업수익

으로 구분하여 표시하고 있으며, 공익목적사업수익은 공익법인의 특성을 반영하여 기
부금수익, 보조금수익, 회비수익 등으로 구분하여 표시함

- 공익법인은 공익목적으로 수행할 사업을 정관에 기재하고 있으므로 정관에 기재된

공익목적사업과 관련된 자산・부채 및 수익・비용을 구분하여 공익목적사업부문으로
표시하고, 그 외는 기타사업부문으로 표시함

- 다만, 정관에 기재된 사업이라 하더라도 공익목적 활동으로 볼 수 없는 사업(예: 임대

사업, 카페운영, 적극적인 금융자산투자 등)은 기타사업부문으로 구분하는 것이 바람
직함(공익법인회계기준 실무지침서(안) 요약본 참조)

- 참고로 공익목적사업비용 중 사업수행비용은 공익법인이 추구하는 본연의 임무가 목

적을 달성하기 위해 수혜자, 고객, 회원 등에게 재화나 용역을 제공하는 활동에서 발
생하는 비용으로 정의하고 있으므로, 공익목적사업의 범위도 유사할 것으로 판단됨

8) 기부금영수증 발급명세 작성·보관·제출 의무

ㅇ 기부금영수증을 발급하는 법인은 기부자별 발급명세서를 작성하여 발급한 날부터 5

년간 보관하여야 하며, 기부금영수증 총 발급 건수 등이 적힌 기부금영수증 발급명

- 117 -
 세서를 제출하여야 함

ㅇ 기부자별 발급명세서 작성·보관의무 : 기부자*에게 기부금영수증을 발급하는 법인은

기부자의 성명, 주민등록번호 및 주소, 기부금액 등이 포함된 기부자별 발급명세서
(법규칙 75의2 서식)를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 함

ㅇ 기부금영수증 발급명세서 제출의무 : 기부금영수증을 발급하는 법인은 해당 사업연도

의 기부금영수증 총 발급건수 및 금액 등이 적힌 기부금영수증 발급명세서(법규칙
75의3 서식)를 해당 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할
세무서장에게 제출하여야 함

ㅇ 가산세 : 기부금영수증을 발급하는 자가 기부금영수증을 사실과 다르게 발급(기부금

액 또는 기부자의 인적사항 등 주요사항을 적지 아니하고 발급하는 경우 포함)하거
나 기부자별 발급명세를 작성・보관하지 아니한 경우에는 산출세액이 없더라도 가산
세가 부과됨

9) (세금)계산서합계표 등 자료 제출 의무

ㅇ 개요 : 과세자료는 거래 상대방의 세원을 포착하여 과세의 근거가 되게 하는 자료이

며 과세자료 제출의무는 국가・지방자치단체를 포함한 모든 납세의무자가 부담하고
있는 협력 의무임. 따라서 수익사업이 없는 비영리・공익법인의 경우에도 과세자료
제출의 납세협력 의무가 있으므로 수취한 (세금)계산서합계표등 과세자료를 과세당국
에 제출하여야 함

ㅇ 매입처별 세금계산서합계표 제출 : 세금계산서를 교부받은 국가・지방자치단체・지방

자치단체조합과 아래의 법인, 단체는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 매입처
별 세금계산서합계표를 해당 과세기간 끝난 후 25일 이내에 사업장 관할 세무서장에
게 제출하여야 함

• 부가가치세가 면제되는 사업자 중 소득세 또는 법인세의 납세의무가 있는 자

(조세특례제한법에 따라 소득세 또는 법인세가 면제되는 자를 포함한다)

• 「민법」 제32조의 규정에 따라 설립된 법인

• 특별법에 의하여 설립된 법인

• 각급학교 기성회・후원회 또는 이와 유사한 단체

- 118 -
 - 또한, 부가가치세가 면제되는 사업을 하는 법인이 재화나 용역을 공급받고 세금계산
서를 발급받은 경우 매년 2월 10일까지 매입처별 세금계산서합계표를 납세지 관할
세무서장에게 제출하여야 함. 다만 부가가치세법 §54 ⑤에 따라 제출한 경우는 그러
하지 아니함

ㅇ 계산서합계표 제출 : 법인이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역에 대한 계산서를

발급하였거나 발급받은 경우 매출・매입처별 계산서합계표를 매년 2월 10일까지 납
세지 관할 세무서장에게 제출하여야 함. 계산서를 작성・교부하지 아니하거나 매출・
매입처별 계산서합계표 제출 의무를 이행하지 아니한 경우에는 공급가액의 1,000분
의 5(재화 또는 용역의 공급 없이 계산서를 발급하는 등 법인세법 §76 ⑨ 4호에 해
당하는 경우 100분의 2)에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수함. 다만,
국가 및 지방자치단체, 비영리법인(수익사업과 관련된 부분은 제외)의 경우에는 그러
하지 아니함

□ 공익법인이 지켜야 할 일

ㅇ 세법에서는 기본적으로 공익사업 지원을 위하여 공익법인에게 다양한 조세 혜택을

제공하는 한편, 공익법인을 통한 조세회피 방지를 위해 출연재산 사용의무 등 공익
법인이 지켜야 할 사항을 규정하여 사후관리하고 있음. 따라서 공익법인이 그 목적
사업에서 벗어나 의무사항을 위반한 경우 해당 공익법인에게 증여세 또는 가산세 등
을 과세하게 됨

1) 출연재산을 직접 공익목적사업 등에 사용

ㅇ 공익법인이 재산을 출연 받은 때에는 출연 받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사

업 등에 전부 사용하여야 함

- 개요 : 「직접 공익목적사업 등에 사용」하는 것이라 함은 ① 출연 받은 재산을 해당

공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하거나, 직접 공익목적사업에 충당하기
위하여 해당 재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 것과 ② 출연 받은 재산
을 해당 공익사업의 효율적인 수행을 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법
인에 출연하는 경우를 포함함

- 119 -
 - 출연 받은 날부터 3년 이내에 사용 : 출연 받은 재산은 공익사업을 수행하는 재원으
로서 공익법인이 이를 임의로 장기간 방치하는 것은 조세지원 취지에 맞지 않으므
로 출연일부터 3년 이내에 전부 사용하도록 하고 있음. 그러나 출연 받은 재산을 직
접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로
인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받
은 자를 포함)이 인정한 경우에는 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 자산
을 직접 공익목적사업 등에 사용하여야 함(’11. 1. 1. 이후 상속・증여 분부터 적용)

- 이 경우 주무부장관이 인정한 사실을 출연재산의 사용계획 및 진도 보고서 등 출연

재산 보고서를 제출할 때 함께 납세지 관할 세무서장에게 보고하여야 하고 만약에
주무부장관이 인정한 서류를 제출하지 않는 경우에는 가산세가 부과됨

ㅇ 공익목적 외에 사용하거나 3년 이내 미사용 하는 경우 : 출연 받은 재산을 직접 공

익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로
운용하는 경우 포함) 외에 사용하거나 출연 받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적
사업 등에 사용하지 아니하는 경우에는 공익목적사업 등 외에 사용하였거나 미사용
된 재산가액을 증여가액으로 하여 공익법인에게 증여세가 과세됨

□ 증여세 과세가액 = (①+②)

① 직접 공익목적사업 외에 사용한 재산의 가액
② 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 미사용 또는 미달 사용한 재산의 가액

2) 출연재산 매각대금을 직접 공익목적사업에 사용

ㅇ 공익법인이 출연재산을 매각하는 경우에는 그 매각대금을 공익목적사업에 사용하여

야 하며, 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 1년 이내 매각
대금의 30%, 2년 이내 60%, 3년 이내 90% 이상을 「직접 공익목적사업」에 사용하여
야 함

ㅇ 개요 : 매각대금이란 「출연 받은 재산의 매각으로 증가한 재산을 포함한 총매각대금

에서 자산매각에 따라 부담하는 국세・지방세를 차감한 것」을 말하며, 직접 공익목
적사업에 사용한다는 의미는 매각대금으로 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익
사업용 재산을 취득하는 경우를 포함함. 그리고 ’00. 1. 1. 부터는 매각대금으로 일시
취득한 수익용 또는 수익사업용 재산으로서 그 운용기간이 6월 미만인 재산(예, 일시
적 요구불 예금 예치)은 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산에서 제외됨

- 120 -
ㅇ 매각대금을 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 : 공익목적사업에 사용하지 아니한
경우란 출연재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한
날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접 공
익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산
을 취득한 경우를 포함한다)이 매각대금의 90%에 미달하는 경우를 말하는 것임
- 따라서 출연재산 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날이 속하는 과
세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금의 90%에 미달하는 경우
공익법인에게 증여세가 부과됨
3) 출연재산 운용소득을 직접 공익목적에 사용

ㅇ 공익법인은 출연재산을 수익용 또는 수익사업용으로 사용하여 발생한 운용소득을 직

접 공익목적사업에 사용하여야 하며, 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도종료
일부터 1년 이내에 70%(성실공익법인 80%)에 상당하는 금액을 직접 공익목적사업에
사용하여야 함

ㅇ 개요 : 직접 공익목적사업에 사용이란 정관상의 고유목적에 사용함을 의미하는 것으

로 고유목적사업의 수행을 위해 직접 사용되는 자산을 취득하는데 소요된 비용을 포
함함. 다만, 종전에는 고유목적사업의 수행을 위한 사용인 인건비 전액을 직접 공익
목적사업에 사용한 것으로 보았으나, 상증령§38②항 1호가 신설(’12. 2. 2.)*되면서 다
음의 인건비는 직접 고유목적에 사용한 것으로 보지 않음
* ’12. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용

ㅇ 출연재산 운용소득 : 출연재산을 법인세법 제3조 제3항 각호에서 규정하는 수익사업

이나 예금 등 수익의 원천에 사용함으로써 발생한 소득금액(출연재산과 관련이 없는
수익사업에서 발생한 소득금액 및 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법 제29조
제1항에 규정하는 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적
사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함)을 말함
- 다만, 법인세가 부과되지 않는다는 등의 이유로 법인세 과세표준을 신고하지 아니하
는 경우에는 당해 공익법인의 결산 재무제표상 당기순이익을 기준으로 운용소득을
계산하되, 사업용 고정자산이나 기타 수익의 원천이 되는 자산을 처분하거나 평가함
으로써 생긴 소득은 운용소득에 포함하지 아니함[상증통칙 48-38···4 ①]

ㅇ 운용소득의 사용기준 : 출연재산을 수익사업에 사용한 결과 발생한 운용소득에 대하

- 121 -
 여는 해당소득에 대한 법인세 또는 소득세・농어촌특별세・주민세와 이월결손금을
공제한 금액의 70% 이상을 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터
1년 내에 직접 공익목적사업에 사용하여야 함

사용기준금액 = (Ⓐ - Ⓑ + Ⓒ) × 70%

Ⓐ 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액 등

(+) 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액
(-) 출연재산과 관계없는 수익사업에서 발생한 소득금액
(-) 출연재산 양도차익
(+) 고유목적사업준비금과 당해연도 고유목적사업비로 지출된 금액으로서
손금에 산입된 금액
(+) 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액(분리과세를
선택한 이자소득도 운용소득에 포함됨)
Ⓑ 당해 소득에 대한 법인세(소득세)․농어촌특별세․주민세 및 이월결손금
Ⓒ 직전연도 운용소득 미달사용금액 - 미달금액에 대한 가산세

ㅇ 사용의무의 탄력적 운용 : 운용소득의 사용의무 기준금액과 직접 공익목적사업에 사

용한 실적은 해당 사업연도와 직전 4개 사업연도와의 5년 간 평균금액을 기준으로
계산할 수 있음

- 공익법인 등이 운용소득을 공익사업에 사용함에 있어 사업연도별로 많이 지출하거

나 적게 지출할 수 있으므로 기준금액과 사용실적을 각각 5년 평균액을 기준으로
계산할 수 있도록 하고 있음
- 즉, 해당 사업연도의 사용실적이 기준금액에 미달하더라도 해당 사업연도와 직전 4
개 사업연도와의 5년 간의 평균 금액 기준으로 계산하여 사용실적이 기준금액에 미
달하지 않으면 적정하게 사용한 것으로 보는 것임. 다만, 사업개시 후 5년이 경과되
지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 적용할 수 있음

ㅇ 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우 : 수익용 또는 수익사업용으로 운용

하는 출연재산의 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우에는 공익목적사업
외에 사용한 금액이 운용소득에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 증여가액
으로 하여 공익법인에게 증여세가 과세됨

ㅇ 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용하는 경우 가산세 부과 : 운용소득 중 사용

기준금액에 미달하게 사용하는 경우에는 미달하게 사용한 운용소득의 100분의 10에

- 122 -
 상당하는 금액을 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과함

4) 출연자 등의 이사 취임 시 지켜야 할 일

ㅇ 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등(의료법인은 제외)의 현재 이사 수의 1/5

을 초과하여 이사가 되거나, 그 공익법인 등의 임·직원이 되는 경우에는 가산세를 부
과함

ㅇ 다음의 요건에 해당하는 경우 지출된 직・간접 경비 전액에 대해 가산세를 부과함

- 출연자 또는 그의 특수관계인이 시행령 제38조 제11항에서 규정하고 있는 공익법인
(의료법인 제외) 등의 현재 이사 수(5명 미만은 5명으로 봄)의 1/5을 초과하여 이사
가 되거나 임·직원(이사 제외)이 되는 경우

5) 특정기업의 광고 등 행위 금지

ㅇ ’00. 1. 1. 부터 공익법인이 특수관계에 있는 내국법인의 이익을 증가시키기 위하여

정당한 대가를 받지 아니하고 광고・홍보를 하는 경우에는 가산세를 부과함
- 특수관계 있는 내국법인의 범위 : ‘특수관계에 있는 내국법인의 범위’와 동일함
- 광고·홍보의 범위

ㅇ 가산세를 부과하는 광고・홍보는 다음에 해당하는 것을 말함

- 신문・잡지・텔레비전・라디오・인터넷 또는 전자광고판 등을 이용하여 내국법인을
위하여 홍보하거나 내국법인의 특정상품에 관한 정보를 제공하는 행위(다만, 내국법
인의 명칭만을 사용하는 홍보는 제외)
- 팜플렛・입장권 등에 내국법인의 특정상품에 관한 정보를 제공하는 행위(다만, 내국
법인의 명칭만을 사용하는 홍보는 제외)

6) 자기내부거래(Self-Dealing) 시 지켜야 할 일

ㅇ 자기내부거래라 함은 특수관계인 간에 내부거래를 통하여 이익을 무상으로 이전하는

것을 말하는 것으로, 공익법인이 출연 받은 재산을 정당한 대가를 받지 않고 출연자
및 그와 특수관계 있는 자에게 사용・수익하게 하는 경우에는 그 제공된 이익에 상

- 123 -
 당하는 가액을 공익사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 증여세를 과세함

ㅇ 과세대상 자기내부 거래 : 공익법인의 출연재산을 특수관계에 있는 자가 정당한 대가

를 지급하지 않고 사용・수익하는 경우(예：임대차, 금전소비대차, 사용대차 등)에는
공익법인이 증여받은 것으로 보아 증여세가 과세됨

ㅇ 과세대상에서 제외되는 경우 : 공익법인이 출연자 및 특수관계인에게 직접 공익목적

사업과 관련하여 용역을 제공하고 정상적인 대가를 지급받는 경우와 다음의 경우에
는 과세대상에서 제외함

7) 특정계층에만 공익사업의 혜택이 제공될 경우의 불이익

ㅇ 공익법인이 출연 받은 재산을 사회전체의 불특정다수인의 이익을 위하여 사용하지

아니하고 사회적 지위・직업・근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제
공하는 경우에는 출연받은 재산을 공익목적에 맞게 사용하지 아니한 것으로 보아 공
익법인에게 증여세를 과세함

ㅇ 공익법인에 대한 증여세 과세방법 : 특정계층에 제공된 재산가액이나 경제적 이익을

증여가액으로 하여 그 공익법인에게 증여세가 과세됨

ㅇ 증여세를 과세하지 않는 경우 : 해당 공익법인의 설립 또는 정관의 변경을 허가하는

조건으로 주무부장관이 기획재정부장관과 협의하여 공익사업 수혜자의 범위를 정하
는 경우에는 증여세 과세대상에서 제외함

- 124 -
6. 기타 : 세무일정표, 체크리스트

(1) 세무일정표

월 의무사항과 기한 의무이행 대상

· (세금)계산서합계표 제출
부가가치세 과세사업을 영위하거나
1월 · 부가가치세 신고(2기 확정,1/25)
(세금)계산서를 수취 또는 교부한 경우
(부가가치세 대리납부 포함)

· 계산서합계표 제출(매년 2/10)

계산서를 수취 또는 교부한 경우
2월 · 전년도 기타/사업소득 지급명세서
전년도 기타/사업소득 원천징수한 경우
제출(매년 2월말)

· 근로소득 연말정산 및 지급명세서

전년도 근로소득 원천징수한 경우
제출(매년 3/10)

· 출연재산 보고서 등 제출
(매년 3/31, 사업연도 종료일로부터 3개월 출연받은 재산이 있는 경우
이내)

· 외부전문가 세무확인 결과 보고
(매년 3/31, 사업연도 종료일로부터 3개월
총자산가액 5억원 이상 또는 수입금액과
이내)
3월 출연재산가액 합계액이 3억원 이상
* 세무확인은 사업연도 종료일로부터
2개월 이내 실시

· 기부금모금액 및 활용실적 공개(매년

3/31)
기획재정부장관이 지정한 기부금 단체
* 단체의 홈페이지와 국세청 홈택스에
각각 공개

· 수익사업에 대한 법인세 신고(매년 3/31) 수익사업을 영위하는 경우

· 부가가치세 신고(1기 예정,4/25)

부가가치세 과세사업을 영위하는 경우
(부가가치세 대리납부 포함)

4월 · 결산서류 등 공시
(4/30, 사업연도 종료일로부터 4개월 이내) 총자산가액 5억원 이상 또는 수입금액과
* 재무제표, 외부감사보고서, 출연재산, 출연재산가액 합계액이 3억원 이상
기부금 등

- 125 -
 월 의무사항과 기한 의무이행 대상

· 기부금영수증발급명세서 제출
6월 기부금영수증을 발급한 경우
- 사업연도 종료일로부터 6개월 이내

· (세금)계산서합계표 제출
부가가치세 과세사업을 영위하거나
· 부가가치세 신고(1기 확정,7/25)
(세금)계산서를 수취 또는 교부한 경우
(부가가치세 대리납부 포함)
7월
· 재산분 주민세 신고 및 납부
- 목적사업 사용하는 경우 감면, 주민세 납부 대상
신고의무 있으며 무신고시 가산세

· 종합부동산세 과세제외 신고(9.16∼9.30)

9월
- 납부는 12.1∼12.15

· 부가가치세 신고(2기 예정,10/25)

10월 부가가치세 과세사업을 영위하는 경우
(부가가치세 대리납부 포함)

- 126 -
(2) 체크리스트

□ 부가가치세 체크리스트(확정신고용)

확인
검토사항 비고
(Y, N/A)
1. 매출세액(가+나+다±라) 　
가. 과세 분
(세금계산서발급분+매입자발행세금계산서+
　
신용카드. 현금영수증발행분+기타 정규
영수증외 매출분)
ⓐ국세청 홈택스 전자세금계산서 공급가액
　
과 일치하는가?
ⓑ위장가공혐의를 의심할만한 매출액의 변 Ÿ 소수거래처에 집중적으로 발생한 거액거래 등
　
동추세가 있는가? 가공 혐의 거래에 유의
Ÿ 발급일 다음날(공휴일 등은 그 다음영업일)까
ⓒ전자세금계산서 전송일을 확인하였는가? 　
지 전송
ⓓ고정거래처와 월합계 세금계산서의 발행
　
분 매수를 확인하였는가?
Ÿ 완성도기준지급, 중간지급조건부의 경우 계약
서 내용과 세금계산서 작성일자 일치여부 확
ⓔ계약서등 증빙서류와 세금계산서상 공급
　 인
시기를 확인하였는가?
Ÿ 반출증, 인수증 증빙서류에 의해 공급시기 적
정성 검토
ⓕ신용카드발행내역 및 국세청 홈택스 현
　
금영수증발행내역과 일치하는가?
ⓖ신용카드발행분 및 영수증 발행분은 공 Ÿ 신용카드매출전표 등 발행금액 집계표는 공급
　
급가액(공급가액/1.1)으로 기재하였는가? 대가(부가가치세 포함)로 집계
Ÿ 공급시기에 신용카드매출전표를 먼저 발급한
경우에는 세금계산서를 발급할 수 없음
ⓗ신용카드 결제분의 세금계산서를 발급한 　
Ÿ 공급시기에 세금계산서를 먼저 발급하고 신용
경우는 없는가? 　
카드매출전표로 결제받는 경우에는 세금계산
서로 신고할 것
Ÿ 헬스클럽장 등 스포츠센터를 운영하는 사업자
가 연회비를 미리 받고 회원에게 시설을 이용
하는 등 일정한 용역을 둘 이상에 걸쳐 공급
ⓘ둘 이상 과세기간에 걸친 장기용역 제공 　
하는 경우에는 그 선불금을 안분계산하여 예
에 대하여 결제분이 있는가? 　
정신고기간 또는 과세기간 종료일을 공급시기
로 함. 다만, 신용카드 등으로 결제한 경우에는
발급하는 때를 공급시기로 봄
Ÿ 구입시 공통매입세액을 공급가액으로 안분계
산한 경우에는 직전과세기간의 공급가액비율
ⓙ 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사 로 안분계산하고, 공통매입세액을 사용면적비
　
용된 재화는 적절히 안분계산하였는가? 율로 안분계산한 경우에는 직전 과세기간의
사용면적비율로 안분계산
Ÿ 안분계산 생략기준 해당여부 확인
ⓚ 현금매출, 계좌이체, 핀테크 결제 등을
통해 비사업자로부터 받은 현금 매출분은
포함되었는가?

- 127 -
 확인
검토사항
(Y, N/A)
나. 영세율(수출)
(세금계산서 발급분 +기타 매출분)
ⓐ 관세청의 수출통관자료, 수출실적명세서,
내국신용장, 구매확인서 전자발급내역 등과 　
금액이 일치하는가?
ⓑ 부가가치세, 조세특례제한법에 따른 영 　
세율 제출 서류를 첨부하였는가? 　
ⓒ 외화를 적절하게 원화로 환산하였는가? 　
ⓓ 내국신용장(구매확인서)은 적절하게 개
　
설되었는가?
ⓔ 구매확인서의 기재사항(수출신용장등 근
거서류 및 그 번호, 선적기일)은 누락되지 　
않았는가?
ⓕ 대행수출의 경우 수출업자는 수출품 생
산업자로부터 받은 대행수수료에 대하여 세 　
금계산서를 발급였는가?
ⓖ 국내에서 비거주자 또는 외국법인에게
전문서비스업이나 사업시설관리 및 사업지
원서비스업의 용역을 영세율로 공급하는 경
우 상호주의 적용여부를 확인했는가?
ⓗ 수출업자와 직접 도급계약에 의하여 수
출재화 임가공용역을 제공하는 경우 주요자 　
재를 일부라도 부담하였는가?
다. 예정신고누락분 　
라. 대손세액 가감 　
2. 매입세액(마+바+사+아-자) 　
마. 세금계산서 수취분
(일반매입분-수출기업 　
수입부가세납부유예분+고정자산매입분)
- 128 -
비고
Ÿ 수출은 선적일 기준으로 신고할 것(관세청의
수출통관자료의 일자는 출항일이므로 수출내
역은 관세청의 자료와 다를 수 있으므로 관세
청 자료로 신고하면 안 됨)
Ÿ 영세율 첨부서류 미 제출시 영세율 과세표준
신고불성실가산세 부과(영세율과세표준의
0.5%)
Ÿ 법에서 정한 서류가 없거나 부득이하게 제출
할 수 없는 경우 외화획득명세서 제출
Ÿ 조기환급신고자는 신고기한까지 반드시 첨부
서류 제출
Ÿ 공급시기 전에 원화로 환가한 경우: 환가한 금
액
Ÿ 공급시기 이후에 외국통화나 외국환 상태로
보유하거나 지급받은 경우: 공급시기의 기준환
율 또는 재정환율로 환산
Ÿ 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 25일
(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로
다음 영업일을 말한다) 이내에 내국신용장이
개설되거나 구매확인서가 발급되면 영세율 적
용
Ÿ 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호, 선적기일
등 한가지라도 누락된 경우 영세율적용이 배
제됨
(유의사항)
Ÿ 수출품생산업자는 수출액을 영세율로 신고
Ÿ 수출업자는 대행수수료에 대하여 10% 세율로
세금계산서 발급
Ÿ 전문서비스업, 사업시설관리 및 사업지원서비
스업의 경우 영세율을 적용받으려면 상호주의
관련 서류(해당 국가의 법령 등의 서류)를 제
출하여야 함
Ÿ 주요 자재의 일부라도 부담하면 재화의 공급
이므로 수출재화임가공용역에 해당하지 않아
서 영세율이 적용되지 않음
Ÿ 재화의 공급은 내국신용장 또는 구매확인서가
개설·발급되어야 영세율을 적용함
Ÿ 과소신고가산세(수정신고로 인한 일부 감면됨)
및 납부불성실가산세 적용
Ÿ 공급일로부터 5년이 경과된 날이 속하는 과세
기간의 확정신고기한 내 대손확정여부 확인
Ÿ 부도발생일부터 6개월 경과여부 확인(중소기업
은 외상매출금 포함)
Ÿ 고정자산매입분과 일반매입분을 구분하여 기
재할 것
 확인
검토사항 비고
(Y, N/A)
ⓐ 법인사업자로부터 받은 종이세금계산서
　 Ÿ 종이세금계산서 수취분도 매입세액공제 가능
가 있는가?

Ÿ 선발급세금계산서: 선발급 요건 충족 여부 확
인
ⓑ 선발급세금계산서 또는 지연수취 세금계
　 Ÿ 지연수취 세금계산서: 확정신고기한까지 발급
산서가 있는가?
받으면 공제가능(발급시기가 지난 경우 지연수
취가산세 부과)

바. 매입자발행 세금계산서 　
사. 기타공제매입세액
(신용카드매출전표 등
+의제매입세액+재활용폐자원등
　
매입세액+과세사업전환매입세액+재고매입
세액+변제대손세액+외국인관광액에 대한
환급세액)
□ 신용카드매출전표 등 검토 　
Ÿ 신용카드매출전표 등 수령명세서를 제출해야
매입세액이 공제됨
ⓐ 신용카드 매출전표 수령명세서는 작성되
　 Ÿ 비영업용 소형승용차 관련, 접대비 관련 등 매
었는가?
입세액불공제대상은 신용카드매출전표 등을
수취해도 공제받지 못함
Ÿ 면세사업자, 간이과세자, 목욕, 이발, 미용업,
여객운송업(전세버스운송사업 제외). 입장권을
ⓑ 특정사업자로부터 신용카드매출전표 등
발행하여 영위하는 사업 등 세금계산서를 발
수령명세서를 수취하였는가?
급할 수 없는 사업자로부터 신용카드매출전
표 등을 수취한 경우 매입세액 불공제
Ÿ 세금계산서 중복 수취불가. 중복 수취한 경우
ⓒ 신용카드로 결제하고 세금계산서도 교부
세금계산서에 의해 공제받고 매출전표는 소명
받았는가?
자료로 활용
아. 공제받지 못할 매입세액 　
ⓐ 면세, 간이, 폐업한 사업자로부터 받은
　
세금계산서 등 관련 매입세액은 불공제하였
　
는가?
ⓑ 사업과 관련없는 지출 관련 매입세액은 　
Ÿ
불공제하였는가? 　
Ÿ 골프회원권의 매입세액: 접대용으로 구입한
ⓒ 접대비 관련 매입세액은 불공제하였는 　
경우 불공제, 복지후생용으로 구입한 경우 공
가? 　
제
ⓓ 토지 조성 등 자본적 지출 관련 매입세 　 Ÿ 통상 정지비용까지 지출된 매입세액은 불공제
액은 불공제하였는가? 　 됨에 유의
ⓔ 개별소비세 과세대상 비영업용 소형승용 Ÿ 차량구입시 개별소비세가 과세되면 불공제, 과
　
차 구입유지임차관련 매입세액은 불공제하 세되지 않으면 공제됨. 비영업용소형승용차와
　
였는가? 관련된 주차료, 주유비, 수리비 등도 불공제됨
ⓕ 사실과 다른 세금계산서 관련 매입세액 　 Ÿ 거래처 등록번호, 공급가액 오류, 누락여부 확
은 불공제하였는가? 　 인
Ÿ 과세기간종료 후 20일 이내 사업자등록신청을
ⓖ 사업자 등록 전 매입세액은 불공제하였 　
한 경우 주민등록번호로 교부받아 매입세액공
는가? 　
제가능

- 129 -
 확인
검토사항 비고
(Y, N/A)
Ÿ 과세·면세사업 공통사용 재화 또는 용역인지
확인
Ÿ 실지귀속에 따라 구분하고, 실지귀속을 구분할
ⓗ 과세사업과 면세사업을 겸업하는 경우
수 없는 것은 공급가액비율로 안분계산(공급가
공통매입세액을 적절하게 안분하였는가?
액비율 계산시 공통매입세액과 관련이 없는
공급가액 제외)
Ÿ 안분계산 생략기준 해당여부 확인
3. 납부(환급)세액(3=2-1)

4. 경감공제세액(4=차+카)

자. 신용카드매출전표 발행공제
Ÿ 영수증 교부사업자(부가령§73①,②에 따른 사
업영위)만 공제대상이나, 법인과 직전연도의
ⓐ 공제대상 사업자에 해당하는가? 부가가치세 과세되는 공급가액의 합계액이 사
업장별로 10억원을 초과하는 개인사업자는 제
외
Ÿ 연간 500만원을 초과하지 않았는지 확인할 것.
과세기간별 500만원이 아님
ⓑ 공제한도를 초과하지 않았는가?
Ÿ 해당 공제금액을 차감하기 전의 납부할 세액
을 초과하지 않았는지 확인

Ÿ 택시운송사업자는 납부세액의 99% 경감

카. 기타 경감공제세액
(90%는 택시운송종사자에게, 5%는 택시감차보
(전자신고세액공제+택시운송사업자
상재원관리기관에, 4%는 (재)일반택시운수종사
경감세액 +현금영수증사업자 세액공제)
자복지재단에 지급)

5. 예정신고 미환급세액분
ⓐ 확정신고 시 미환급세액 란에 예정신고
시 실제 환급받은 세액을 중복 기재하지 않
았는가?
6. 예정고지세액

7. 가산세액

8. 차가감 납부(환급)세액(8=3-4-5-6+7)
□ 첨부서류 확인
Ÿ 예식장업, 부동산중개업, 보건업, 전문직 사업
1. 현금매출명세서 제출대상자는 예정신고
자는 현금매출매출명세서를 제출하여야 함
또는 확정신고시 현금매출명세서를 신
Ÿ 미제출, 사실과 다른 제출시 미제출, 누락제출
고시 제출하는지 확인하였는가?
한 수입금액의 1% 가산세 부과
2. 부동산임대사업자인 경우 부동산공급가
Ÿ 미제출, 누락제출시 미제출, 누락제출한 수입금
액명세서를 제출하였는지 확인하였는
액의 1% 가산세 부과
가?
3. 영세율 과세표준에 대한 영세율 첨부서 Ÿ 미제출, 누락제출시 미제출, 누락제출한 영세율
류를 제출하였는지 확ㅇ니하였는가? 과세표준의 0.5% 가산세 부과

- 130 -
□ 법인세 체크리스트

확인
검토사항 비고
(Y, N/A)
1. 일반사항 및 위험관리 　

1) 세무조정 요약 및 주요 이슈사항 작성 　

ⓐ 세무조정 전에 세무조사, 경정청구,

　
수정신고사실이있는지확인하였는가?

2) 중소기업기준검토표 제51호 서식 　

ⓐ 중소기업 해당 업종 확인 (유의사항)소비성서비스업을 제외한 업종은

중소기업대상업종에 해당됨. 겸업시 사업별
(조특법시행령제2조제1항)
수입금액이 큰사업을 주된사업으로봄.
(개정세법)소기업 판단기준을 매출액기준으로
일원화 (조특법시행령제6조제5항,
중소기업기본법시행령별표3):2016.1.1.이후
ⓑ 중소기업 매출액 기준 확인 개시하는 과세연도분 부터적용. 단, 종전규정에
(조특법시행령제2조,중소기업기본법시 따른 소기업은 ‘19.1.1.속하는 과세연도까지
소기업으로 간주함.
행령별표1)
(주요오류사례)매출액 초과로
중소기업특별세액감면대상 기업이 아님에도
불구하고 감면 적용한 사례
(개정세법)종전에는 관계기업 평균매출액
초과(중소기업기본법시행령제3조제1항제2호다목)
© 독립성기준 해당여부 및 유예기간 에해당되어 독립성기준을 충족하지 못하게되는
여부확인 경우에는 유예기간적용을 즉시 배제 하였으나,
2015년2월3일 시행령개정시 평균매출액 초과
(조특법시행령제2조,중소기업기본법 관계기업도 중소기업유예기간을 적용하는 것으로
시행령제3조제1항제2호) 개정됨. 본개정 규정은 2015년1월1일 이후
최초로 중소기업에해당하지 아니하게 된 사유가
발생한 경우 부터 적용함.
ⓓ 중소기업 졸업기준 (자산총액5천억원
이상) 해당 여부 확인
　
(조특법시행령제2조, 중소기업기본법
시행령제3조제1항제1호)

5) 세액 감면 및 세액공제 제8호 서식 　

ⓐ 세액감면,세액공제등(제8호서식갑), (주요오류사례)①이월결손금이 많아
투자세액공제/물류비용세액공제를 적용하지 않은
비과세,익금불산입등(제8호서식을)이
사례
빠짐없이검토되었는가? ②고용창출투자세액공제계산누락

(유의사항)①세액감면/공제 중복 적용 배제 고려
②세액공제/감면시 소득금액구분계산에
유의(이자수익,자산처분이익등 비감면소득고려)
③세액공제 등에 대한 사후관리
ⓑ 세액감면/공제관련유의사항 (특히,고용과관련한세액공제,상시근로자감소여부)
④농어촌특별세 과세대상 여부 고려
⑤최저한세 적용 대상 감면/공제 여부 확인
⑥연구인력개발비 세액공제 계산시 인건비 중
"연구관리직원인건비"는 제외(2016.1.1이후)

- 131 -
 확인
검토사항 비고
(Y, N/A)

2.법인세과세표준및세액신고서제1호서식 　

ⓐ ①∼49항기재누락여부 　

3.법인세과세표준및세액조정계산서제3호서식 　

(개정세법)중소기업의 경우에는 과거와 동일하게

과세표준 범위내 이월결손금 전액 공제
(주요오류사례)① 전기발생한 이월결손금1억에
대하여 당기 각사업연도소득금액이 2억이
발생하였으나 5천만원만 공제하고 다음
ⓐ 이월결손금 공제액 확인 회계연도로 이월함. 이월결손금은 임의공제항목이
아님.
②전기 이전에 원가로 처리해야할 사항을 당기에
전기오류수정손실(이익잉여금)으로 처리하고
양편조정을 하지않고 손금산입만 하여
당기과세소득이 과소계상되는 오류가 발생함.

4.소득금액조정합계표제15호서식 　

ⓐ 전기유보처분된금액의당기중반영확인
ⓑ 조정금액의 소득처분의 적정성 확인
(유의사항) ①전기말
유보잔액(세무조사/경정청구등고려후)에 대하여는
당기에 실현여부를 반드시 확인하여 조정
(주요오류사례)①과점주주에대한 취득세부담액을
"배당"으로 처분하지 않고 "유보"로 처분함.
②관계회사에 대한 가지급금 인정이자를
"기타사외유출"로 처분하지아니하고 "유보"로
처분함
③업무용승용차관련 비용중 임차차량의
감가상각비 상당액 한도초과액에 대하여
"기타사외유출"로 처분하여야 하나 "유보"로
처분함.

ⓒ 법인세등의 손금불산입, 법인세추납액, (주요오류사례)①지방소득세 손금불산입조정 누락.

②영업외비용으로 계상되어 있는 법인세추납액에
환수액의조정확인 대하여 손금불산입조정을 누락함.

ⓓ 각서식에서 조정된 금액을 15호서식에 (주요오류사례) 26호 서식 지급이자손금불산입

정확하게 이기 여부 확인
ⓔ 서식은없으나 유가증권평가손실, 업무
무관비용등 재무제표에서 바로 조정해
야하는 항목이 누락되지 않도록 확인
조정을 해놓고 15호 서식에 제대로 반영하지
않아 과세표준 누락함.
(주요오류사례) ①영업외비용에 계상되어 있는
단기매매증권평가손실을 손금불산입 조정
누락함.
②업무무관부동산에 대한 각종지방세, 세금과공과,
감가상각비등관련비용의손금부인액조정을누락함.

5.주요세무조정항목확인 　

1)수입금액조정명세서제16호서식 　

ⓐ ③항과P/L금액과대조 　
ⓑ 전기 조정액 유보분의 ⑤항에 차감
　
확인

2)조정후수입금액명세서 제17호 서식 　

- 132 -
 확인
검토사항 비고
(Y, N/A)
ⓐ 12항 수입금액이 수입금액조정명세서
제16호서식의 조정후수입금액 ⑥항 란 　
과 일치하는가?

ⓑ VAT과세표준과 수입금액 차액이 적정 (주요오류사례) ① 중요한 금액을 세부검토 없이

히 규명되었는가? "기타"로 기록 / 차이를 조정하는 경우

(개정세법)혼합형 퇴직연금 부담금 손금산입 허용;

확정급여형(DB) 퇴직연금 한도 계산시
3) 퇴직급여충당금/연금부담금조정 확정기여형퇴직연금(DC)설정자를 제외하였으나
제32,33호 서식 2016.2.12.이후 신고분부터는 DC설정자를 포함
계산한 금액에서 DC퇴직연금으로 손금산입한
금액을 차감하는 방식으로 개정

ⓐ 당기설정액을 P/L, C/S, 잉여금 반영

관련 금액과 일치 확인

ⓑ 연금해약수령액(익금) 및 퇴직금 지급 (주요오류사례) 연금해약 수령액을

익금산입하면서 퇴직충당금부인액을 손금산입
액(손금)처리확인 조정 누락
(주요오류사례) 연금해약 수령액을 익금산입 및
ⓒ 위연금수령지급액을 32호 서식 지급 퇴직충당금부인액을 손금산입하면서
액에서 차감 기입 확인 퇴직금지급액에서 차감조정기입하지 않고 전액을
기입
(주요오류사례)퇴직금전환금이 있는데도 기입누락
ⓓ 충당금 누적 한도액 계산시 국민연금 및 추계액 과소 계상
전환금 합산 여부 (유의사항) 2016년이후0% (기존부인액은 향후
퇴직금지급에 따라 손금 추인)
ⓔ 장부 기말잔액과 충당금/연금잔액 (유의사항) B/S상연금 부담액 잔액과 유보잔액의
대조 완전성 확인 일치 여부 확인

4) 대손충당금 및 대손금 제34호 서식 　

(유의사항)대손상각비와 대손충당금 잔액을

ⓐ F/S상의 대손상각/충당금 금액과 대조 비교하여 직접 대손처리/충당금상계액의 존재
여부 고려

(주요오류사례) 대손충당금 서식을 임의로

ⓑ 대손충당금 기초 부인액 대조
작성하는 사례(보충액/설정액의 표시 등)
(유의사항) 설정대상 채권에의 해당여부 및
대손금 부인액의 대상채권에 포함 여부

(주요오류사례) ①대손충당금 설정 채권 에서
ⓒ 설정대상/제외 채권의 적정성 확인 부가세환급금이 제외 되어야 함
(대손금기부인액포함여부) (법인-216,2010.03.11.)에도 설정 대상 채권에
포함되어 대손충당금한도액 계산이 되어 소득이
과대계상됨.
②대손충당금설정대상 채권잔액산정시에 미수금
및 대손금 관련 유보잔액을 반영하지 아니함.
(유의사항)대손금조정시 시부인내역을 하단란에
ⓓ대손금처리액중채무보증구상채권대손 기재

금의유무및기재여부확인 (개정세법) 채무보증구상채권 대손금은

원칙적으로 손금불산입. 예외사유로 건설회사가

- 133 -
 확인
검토사항 비고
(Y, N/A)
특수관계인외의 자에게
건설사업(미분양주택유동화포함)과 직접 관련하여
제공한 채무보증구상채권은 대손인정하는 것으로
개정됨(2017.2.3.이후 대손금으로 손금에
산입하는분부터 적용)
5) 유·무형고정자산감가상각비조정 (주요오류사례)감가상각방법 및 내용연수신고서
제20호서식 미제출로 감가상각비 세무조정 오류

ⓐ 미상각잔액의B/S대조, 회사계산 상각
비의 P/L, 제조원가명세서 대조
ⓑ 자본적지출액의 상각기초가액에 포함
여부

ⓒ 전기말부인액의 한도계산 고려 확인

ⓓ 당기이전/당기의 제상각액 계상 (유의사항)세액공제 또는 감면받는 경우

상각범위금액을 손금산입
(감면분) (강제손금산입,시행령30조)
(개정세법) ①고유목적사업준비금 지출대상확대:
의료업을 영위하는 비영리법인이 지출하는
시행규칙으로 정하는 해외진출사업비
(2017.2.3.이후 고유목적사업준비금으로 지출하는
분부터 적용)
(예)건물 임차 및 인테리어비용, 의료기기 리스료,
6)준비금및특별비용조정제5,27,28,35호서식
전산기기 임차료 등
②보증보험의 비상위험준비금 누적한도액 확대:
단기손해보험에의한 경과보험료의 합계액의
100분의50 [자동차보험의 경우에는 100분의40,
보증보험의 경우 100분의150
(2017.2.3.이후과세표준을신고하는분부터적용)]

ⓐ F/S및잉여금을통한존재여부확인 　

ⓑ 특별비용한도계산, 설정 및 환입 대상 (주요오류사례) 환입대상 준비금을 환입하면서

연도/금액 확인 잉여금처분을 누락하여 기재한 사례

(주요오류사례) 준비금 등을 설정함에 있어서

ⓒ 최저한세적용 여부 검토
최저한세의 적용여부를 누락한 조정오류
7)자본금과 적립금 조정명세서 제50호
　
서식(갑)(을)
ⓐ 제15호 서식에 유보처분된 금액이
　
제50호 서식에 반영 여부 확인
ⓑ (갑)8-22의④항 증가란은 P/L상의법인
세등 계상액과 제3호서식(125)의 차액 　
만 기재

ⓒ 전년도 세무조정 계산서의 기말 유보

(주요오류사례) 기중 세무조사 등의 결과로
항목 및 금액과 당기 기초항목 및 금 인하여 유보사항이 수정되었음에도 불구하고
액과 대사/당기세무조사,경정청구등 당초 신고서의 유보사항만을 이월 반영하여
조정함에 따른 오류
항목이 유보사항에 반영 여부 확인

ⓓ 유보사항중 당기에 추인되는 항목 (유의사항) 외부회계감사 및 이연법인세 도입

법인의 경우 감사보고서상 이연법인세 주석과의
파악 및 추인 금액 계산 상관성 검토
8) 주요계정명세서 제47호 서식( 갑),(을) 　

- 134 -
 확인
검토사항 비고
(Y, N/A)
및 서식부표
ⓐ ④항 세무조정금액과 제15호 서식의
해당항목 ②항 또는 ⑤항과 일치 　
하는가?
9) 표준대차대조표, 표준손익계산서,
　
부속명세서
ⓐ 해당 계정과목이 없는 “기타”금액의
　
정확한계산

ⓑ 계정과목별 합계액의 계산 검증 및
　
재무제표와 대조

6. 세부사항검토 　
1)이월결손금: 전기신고서 및 수정신고,
(주요오류사례) 이월결손금과 다공제 및
경정청구등을 확인하여 세무계산상의
전기수정신고 등의 사항을 미반영사례가 있음
이월결손금 공제액 적정 여부 검토
(개정세법)①중소기업접대비한도확대(2,400만원)규
2)최저한세의적용(최저한세율7%)
정은최저한세적용대상(조특법제132조)
(주요오류사례)①중소기업연구개발비세액공제는
ⓐ 최저한세조정계산서 제4호 서식의 최저한세 대상이 아님에도 최저한세 계산한 사례
작성 확인 ②최저한세 계산시 대상인
익금불산입(출연금과세특례)항목을 누락함
3) 원천징수세액 명세서 제10호 서식 및
　
미수이자 조정
4) 중복지원 배제 규정 (주요오류사례) 중소기업 특별세액감면과
고용증가 사회보험료 세액공제 중복지원 배제
(조특법 제127조) 해당여부 확인 적용 안한 사례
5)선급비용, 미지급비용등 세무조정 여부 (주요오류사례) ① 미확정원가에 대해서는 손금
부인하였으나, 이에 대응하는 자산에 대해서는
확인 별도의 익금불산입 세무조정을 수행하지 아니함.
6) 기타충당금 조정 　
(주요오류사례)①자본증자시발생한등록세와교육세
7) 세금과공과금, 잡손실에 손금불산입 및법무사수수료를조세와공과에산입하고손금불산
입조정을누락함.
사항 확인 ②주주부담인과점주주취득세를세금과공과로계산
하고손금불산입(배당)조정누락함.
8) 가산세 및 과태료 　
9) 전기오류수정손익발생액중 세무조정 (주요오류사례) 전기오류수정손실 항목이 있는데
사항 확인 이에대하여 세무조정을 누락하여 손해배상
10) 국고보조금등 자본잉여금 증가액의 (주요오류사례) 국고보조금 세무조정오류로
세무조정확인 손해배상
(개정세법) ① 임직원 전용 자동차보험에
가입하였으나 운행기록을 작성하지 않은 경우
1천만원까지만 손금으로 인정함. 단,
부동산임대업을 주업으로 하는 등 일정요건을
모두 충족하는 내국법인의 경우 5백만원으로
11) 업무용승용차 관련비용 조정 제29호 축소함(2017.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터
적용).
서식 ②사업연도중 취득 또는 처분
(임차의경우임차개시 또는 종료)한 경우
업무용승용차의 감가상각손금산입한도액:
800만원×보유월수÷12(2018.1.1.이후신고하는분부
터적용)

- 135 -
 확인
검토사항 비고
(Y, N/A)
(주요오류사례)업무용승용차중 리스차량 1대에
대한 임차비용이 발생하여 감가상각비상당액
8백만원을 초과하는 금액에 대하여
손금불산입으로 조정하여야 하나 이를 누락함.

- 136 -
7. 조세불복 및 세무조사

(1) 조세불복 개요

□ 조세불복의 개념

ㅇ 국세 또는 지방세의 부과, 기타 공권력의 행사 등으로 과세관청과 납세자 간에 다툼이

있는 경우, 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여
권리나 이익을 침해당한 자 또는 이해관계인은 불복을 제기할 수 있음

□ 국세불복의 절차

ㅇ 국세불복은 행정부 단계에서는 과세처분 이전의 사전 불복절차인 과세전적부심사와

사후 불복절차인 행정심판으로 진행되며, 사법부 단계에서는 행정소송을 통하여 진
행됨

- 행정심판은 관할 세무서나 지방국세청에 제기하는 이의신청, 국세청에 제기하는 심

사청구, 조세심판원에 제기하는 심판청구 등이 있으며, 감사원 심사청구도 가능함.
다만, 심사청구, 심판청구, 감사원 심사청구는 각각 중복해서 청구할 수 없음

- 국세의 경우 세무서장・지방국세청장에게 이의신청을 하고, 심사청구(국세청장)나 심

판청구(조세심판원)를 선택하여 다시 할 수 있고, 이의신청 없이 심사청구나 심판청
구를 바로 할 수도 있음

- 국세는 행정심판전치주의를 채택하여 국세의 위법한 처분에 대한 행정소송은 국세

기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기
할 수 없음

- 행정소송은 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내

에 제기하여야 하며, 심사청구나 심판청구의 결정기간에 결정의 통지를 받지 못한
경우에는 그 결정기간이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있음

- 감사원의 심사청구를 거친 경우에도 90일 이내에 행정소송을 할 수 있음

- 137 -
 <국세불복의 절차>

(2) 조세불복의 종류

□ 경정청구

ㅇ 일반적 경정청구는 과세표준의 신고 당시에 그 사유가 발생하여 있었던 것에 대하여

청구하는 것으로서 5년 이내에 할 수 있음

- 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음의 어느 하나에 해당할 때에

는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고
기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있음

- 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음

을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지
난 후 5년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있음

ㅇ 과세표준신고를 한 후에 후발적으로 사유가 발생하는 경우에는 3개월 이내에 경정청

구를 할 수 있음

- 138 -
 - 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결
정을 받은 자는 다음의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가
발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있음

ㅇ 세무서장이 결정・경정청구를 받은 경우에는 2개월 이내에 그 결과를 통지해야 함

- 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과

세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는
뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 함

ㅇ 원천징수의무자도 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후에 경정청구

사유가 발생하였다면, 경정청구를 할 수 있음

- 다만, 원천징수의무자는 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출기한

까지 제출한 경우, 원천징수한 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한
경우, 원천징수한 법인세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우에 경
정청구를 할 수 있음

□ 과세전적부심사청구

ㅇ 세무관서가 세금고지 전에 과세할 내용을 납세자에게 미리 알려 주고 이에 이의가

있는 납세자는 과세전적부심사를 청구하도록 하여 심사결과 납세자의 주장이 타당한
경우에 세금고지 전에 시정하는 제도임

ㅇ 과세예고나 세무조사결과의 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지

를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관하여 과세전적부심사
를 청구할 수 있음

- 과세전적부심사청구를 할 수 있는 통지의 내용은 세무조사 결과통지, 과세예고통지

등임

- 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필

요한 경우 등에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있음

ㅇ 다음의 사항에 대해서는 과세전적부심사청구를 할 수 없음

- 139 -
 - 과세전적부심사청구를 배제하는 사유로는 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규
정하는 수시부과의 사유가 있는 경우,「조세범처벌법」위반으로 고발 또는 통고처분
하는 경우, 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간
의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우,「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조
세조약을 체결한 상대국이 상호합의 절차의 개시를 요청한 경우 등이 있음

ㅇ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사

위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구
인에게 통지하여야 함

- 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 불채택, 채택, 미심사 중 하나를 하게 됨

□ 이의신청

ㅇ 이의신청은 불복의 사유를 갖추어 해당 처분을 하였거나 하였어야 할 세무서장에게

하거나 세무서장을 거쳐 관할 지방국세청장에게 하여야 하며, 이의신청을 하지 아니
하고 바로 심사청구나 심판청구를 할 수 있음

- 그러나 지방국세청장의 조사에 따라 과세처분을 한 경우, 같은 지방국세청장의 관할

에 속하는 경우로서 조사한 세무서장과 과세한 세무서장이 서로 다른 경우, 세무서
장에게 과세전적부심사를 청구한 경우의 과세처분에 대하여는 지방국세청장에게 이
의신청을 하여야 함

ㅇ 이의신청은 해당 처분이 있음을 안 날 또는 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에

제기하여야 하며, 이의신청을 받은 세무서장과 지방국세청장은 각각 국세심사위원회
의 심의를 거쳐 30일 이내에 결정하여야 함

- 결정의 유형은 이의신청이 적법하지 아니하거나 청구기간이 지난 후에 청구되었거

나 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에 이를「각하」하는 결정, 이의신
청이 이유 없다고 인정될 때에 그 신청을「기각」하는 결정, 이의신청이 이유 있다고
인정될 때에 그 신청의 대상이 된 처분의「취소‧경정결정」을 하거나「필요한 처분」을
하도록 하는 결정이 있음

□ 심사청구

ㅇ 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터

- 140 -
 90일 이내에 제기하여야 함

- 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부

터 90일 이내에 제기하여야 하고, 이의신청 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못
한 경우에는 그 결정기간이 지난 날부터 심사청구를 할 수 있음

- 심사청구인이 기한연장의 사유가 발생하여 90일 이내에 심사청구를 할 수 없을 때

에는 그 사유가 소멸한 날부터 14일 이내에 심사청구를 할 수 있음

ㅇ 심사청구는 불복의 사유를 갖추어 해당 처분을 하였거나 하였어야 할 세무서장을 거

쳐 국세청장에게 하여야 함

- 심사청구서를 받은 세무서장은 이를 받은 날부터 7일 이내에 그 청구서에 의견서를

첨부하여 국세청장에게 송부하여야 하며, 지방국세청장의 조사‧결정한 사항이나 지
방국세청장에게 한 이의신청 결과에 불복하는 경우에는 그 지방국세청장의 의견서
를 첨부하여야 함

ㅇ 심사청구를 받으면 국세청장은 국세심사위원회의 심의를 거쳐 심사청구를 받은 날부

터 90일 이내에 결정을 하여야 함

□ 심판청구

ㅇ 이의신청이나 심사청구는 처분청 또는 상급 행정청에 하지만, 심판청구는 별도의 독

립된 기관인 국무총리실 산하의 조세심판원에서 처리함

- 심판청구에 대한 결정을 하기 위하여 국무총리 소속으로 조세심판원을 두며, 조세심

판원은 그 권한에 속하는 사무를 독립적으로 수행함

ㅇ 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날 또는 처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날

부터 90일 이내에 제기하여야 함

- 심판청구는 불복의 사유를 갖추어 그 처분을 하였거나 하였어야 할 처분청을 거쳐

조세심판원장에게 하여야 함

- 심판청구서를 받은 세무서장 등은 이를 받은 날부터 10일 이내에 그 청구서에 답변

서를 첨부하여 조세심판원장에게 송부하여야 함

- 141 -
 - 심판청구인은 송부 받은 처분청의 답변서에 대하여 항변하기 위하여 조세심판원장
에게 증거서류나 증거물을 제출할 수 있음

ㅇ 조세심판원장은 심판청구를 받으면 이에 관한 조사와 심리를 담당할 주심조세심판관

1명과 배석조세심판관 2명 이상을 지정하여 조세심판관회의를 구성하게 되며, 사용
인‧친척 등 공정한 심판을 할 수 없는 자는 심판에 관여할 수 없음

- 조세심판관회의는 주심조세심판관이 그 의장이 되며, 의장은 그 심판사건에 관한 사

무를 총괄함

- 조세심판관회의는 담당 조세심판관 3분의 2 이상의 출석으로 개의하고, 출석조세심

판관 과반수의 찬성으로 의결함

- 조세심판관회의는 원칙적으로 미공개로 하며, 조세심판관회의 의장이 필요하다고 인

정할 때에는 공개할 수 있음

- 조세심판관은 심판청구인 또는 불복관련 대리인, 친족, 사용인, 증인, 불복관련 내용

에 관한 감정인으로 관여한 경우 등 공정한 심판을 할 수 없다고 인정되는 경우에
심판관여로부터 제척되며, 또한 조세심판관은 스스로 주심조세심판관 또는 배석조세
심판관의 지정에서 회피하여야 함

- 담당 조세심판관에게 공정한 심판을 기대하기 어려운 사정이 있다고 인정될 때에는

심판청구인은 그 조세심판관의 기피신청을 할 수 있음

ㅇ 조세심판관은 심판사항을 병합심리하거나 병합된 심판을 분리심판을 할 수 있으며,

심판청구에 관련된 자들에게 질문검사권을 행사하여 사실을 판단하고, 조세심판관회
의에는 불고불리의 원칙과 불이익변경의 원칙이 적용됨

- 조세심판관은 필요하다고 인정하면 여러 개의 심판사항을 병합하거나 병합된 심판

사항을 여러 개의 심판사항으로 분리할 수 있음

- 조세심판관은 심판청구에 관한 조사와 심리를 위하여 필요하면 직권으로 또는 심판

청구인의 신청에 의하여 관련자에 대한 질문, 서류의 제출, 서류 등의 검사‧감정의뢰
등의 행위를 할 수 있음

- 조세심판관은 심판청구에 관한 조사 및 심리의 결과와 과세의 형평을 고려하여 자

- 142 -
 유심증으로 사실을 판단함

- 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의

처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의
결정을 하지 못하며(불고불리의 원칙), 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는
결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못함(불이익
변경금지의 원칙)

ㅇ 조세심판원장이 심판청구를 받았을 때에는 조세심판관회의의 심리를 거쳐 결정하며

다만, 심판청구의 대상이 3천만원(지방세는 1천만원)에 미치지 못하는 소액이거나 경
미한 것인 경우나 청구기간이 지난 후에 심판청구를 받은 경우에는 조세심판관회의
의 심리를 거치지 아니하고 주심조세심판관이 심리하여 결정할 수 있음

- 심판결정은 문서로 하는데 결정서에는 주문과 이유, 심리에 참석한 조세심판관의 성

명을 기재하여 해당 심판청구인과 세무서장 등 처분청에 송달하여야 함

ㅇ 조세심판원장의 결정은 관계 행정청을 기속하며, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해

당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 함

□ 행정소송

ㅇ 항고소송 중 취소소송이 조세행정청의 위법한 처분의 취소 또는 변경을 구하는 소송

으로 대표적인 조세행정소송이라 할 수 있음

ㅇ 조세소송의 불복원칙

- 행정심판 전치주의 : 국세소송을 제기하기 위해서는 당해 처분에 대한 행정심판의

재결을 반드시 거쳐야 함

- 3심제 : 조세소송의 제1심 관할법원은 피고인 처분청의 소재지를 관할하는 행정법원

이며 고등법원이 제2심이 되고 대법원이 제3심으로서 최종심이 됨

- 불복청구대상 : 조세소송의 대상이 되는 행정처분은 행정청이 행하는 구체적 사실에

관한 법집행으로서의 공권력의 행사 또는 그 거부와 이에 준하는 행정작용임

- 당사자 적격 : 행정소송법 제12조는 "취소소송은 처분 등의 취소를 구할 법률상의

- 143 -
 이익이 있는 자가 제기할 수 있다"라고 원고적격을 규정하고 있으며, 대법원 판례법
률상 개별적·직접적·구체적 이익이 있는 자에게만 원고적격을 인정하고 있음. 조세소
송에 있어 피고는 과세처분을 한 처분청을 말함

ㅇ 조세행정소송의 소 제기기한

- 조세행정소송은 원고인 납세자가 심판결정 또는 심사결정에 불복하는 경우 결정의

통지를 받은 날부터 90일 이내에 처분청(피고) 소재지 관할 행정법원에 소장을 제기
하여야 함. 다만, 심사·심판 결정기간인 90일 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에
는 결정의 통지를 받기전이라도 그 결정기간이 경과한 날부터 행정소송을 제기할
수 있음

□ 지방세

ㅇ 국세는 행정심판전치주의를 채택하여 심사청구나 심판청구를 거쳐 행정소송을 해야

하지만, 지방세는 법원에 바로 행정소송이 가능함

ㅇ 지방세기본법에서는 동 법에서 규정한 사항을 제외한 사항에 관하여 국세기본법상의

규정을 준용하도록 규정함

- 이의신청‧심사청구‧심판청구에 대하여 국세기본법 제7장(같은 법 제56조는 제외)을

준용하고, 심판청구의 대상이 되는 처분에 관하여는 국세기본법 제56조제1항을 준
용함

- 144 -
(3) 세무조사

□ 세무조사의 정의

ㅇ 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서

류 또는 그 밖의 물건(이하 장부등)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 경우(「조
세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함)를 세무조사라고 함

□ 세무조사권 남용 금지

ㅇ 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서

세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 안 됨

ㅇ 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은

과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없음

- 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

- 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
- 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
- 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정)
- 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한
경우
- 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

ㅇ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을

요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없
는 장부 등의 제출을 요구해서는 안 됨

□ 세무조사 시 조력을 받을 권리

ㅇ 납세자는 세무조사를 받는 경우에 변호사, 공인회계사, 세무사로 하여금 조사에 참여

하게 하거나 의견을 진술하게 할 수 있음

□ 세무조사의 통지와 연기신청

ㅇ 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기

- 145 -
 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사
항을 통지하여야 함

- 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경

우에는 그러하지 아니함

ㅇ 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사

를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게
조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있음

- 연기신청을 받은 관할 세무관서의 장은 연기신청 승인 여부를 결정하고 그 결과를

조사 개시 전까지 통지하여야 함

ㅇ 세무공무원은 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할

때 다음 각 호의 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부
하여야 함. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니함

- 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유 등

□ 세무조사 기간

ㅇ 세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간

이 최소한이 되도록 하여야 함. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조
사 기간을 연장할 수 있음

- 납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피

하는 행위가 명백한 경우
- 거래처 조사, 거래처 현지 확인 또는 금융거래 현지 확인이 필요한 경우
- 세금탈루 혐의가 포착되거나 조사 과정에서 조사유형이 「조세범 처벌절차법」에 따
른 조세범칙조사로 전환되는 경우
- 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우
- 납세자보호관 또는 담당관(이하 이 조에서 "납세자보호관등"이라 한다)이 세금탈루
혐의와 관련하여 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우
- 세무조사 대상자가 세금탈루혐의에 대한 해명 등을 위하여 세무조사 기간의 연장을
신청한 경우로서 납세자보호관등이 이를 인정하는 경우

- 146 -
ㅇ 세무공무원은 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는
양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납
세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 함

ㅇ 기간을 정한 세무조사를 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관

서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장
의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있음 다만, 다음에 해당하는 경우에
는 세무조사 기간의 제한 및 이 항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니함

- 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내

용에 대한 조사가 필요한 경우
- 국제거래를 이용하여 세금을 탈루(脫漏)하거나 국내 탈루소득을 해외로 변칙유출한
혐의로 조사하는 경우
- 명의위장, 이중장부의 작성, 차명계좌의 이용, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여
세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우
- 거짓계약서 작성, 미등기양도 등을 이용한 부동산 투기 등을 통하여 세금을 탈루한
혐의로 조사하는 경우
- 상속세ㆍ증여세 조사, 주식변동 조사, 범칙사건 조사 및 출자ㆍ거래관계에 있는 관
련자에 대하여 동시조사를 하는 경우

ㅇ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세

무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있음. 이 경우 그 중지기
간은 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니함

□ 세무조사 범위 확대의 제한

ㅇ 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되

는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중
세무조사의 범위를 확대할 수 없음

ㅇ 세무공무원은 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게

문서로 통지하여야 함

□ 장부 등의 보관 금지

ㅇ 세무공무원은 세무조사의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수

- 147 -
 없음

ㅇ 세무공무원은 국세기본법 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경

우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당
한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일
시 보관할 수 있음

ㅇ 세무공무원은 납세자의 장부 등을 세무관서에 일시 보관하려는 경우 납세자로부터

일시 보관 동의서를 받아야 하며, 일시 보관증을 교부하여야 함

ㅇ 세무공무원은 일시 보관하고 있는 장부등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 경우에

는 그 반환을 요청한 날부터 14일 이내에 장부 등을 반환하여야 함. 다만, 조사 목적
을 달성하기 위하여 필요한 경우에는 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 한 차례만 14
일 이내의 범위에서 보관 기간을 연장할 수 있음

ㅇ 세무공무원은 납세자가 일시 보관하고 있는 장부등의 반환을 요청한 경우로서 세무

조사에 지장이 없다고 판단될 때에는 요청한 장부등을 즉시 반환하여야 함

ㅇ 납세자에게 장부등을 반환하는 경우 세무공무원은 장부등의 사본을 보관할 수 있고,

그 사본이 원본과 다름없다는 사실을 확인하는 납세자의 서명 또는 날인을 요구할
수 있음

□ 통합조사의 원칙

ㅇ 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ㆍ납부의무가 있는 세목을

통합하여 실시하는 것을 원칙으로 함

ㅇ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특정한 세목만을 조사할 수 있음

- 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정

세목만을 조사할 필요가 있는 경우
- 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우
- 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할
필요가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

- 148 -
ㅇ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여
필요한 부분에 한정한 조사(이하 "부분조사"라 한다)를 실시할 수 있음

- 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 국세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우

- 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우
- 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우
- 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이
필요한 경우
- 명의위장, 차명계좌의 이용을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경
우
- 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항
목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

ㅇ 부분조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없음

□ 세무조사의 결과 통지

ㅇ 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조제1항

각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된
조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 함. 다만, 폐업 등 대통
령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니함

- 세무조사 내용
- 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거
- 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

□ 권리보호요청 제도

ㅇ 권리보호요청은 납세자의 권리 침해에 대한 사전적 구제를 위해 도입된 제도로서 세

무공무원의 재량 남용 등으로 국세행정 집행과정에서 납세자의 권리가 부당하게 침
해되는 경우 권리보호를 요청하면

- 납세자보호위원회 심의 또는 납세자보호담당관 시정요구 등을 통해 세무조사 철회

등 집행을 중지하도록 함으로써 납세자의 권리를 사전에 보호할 수 있음

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ㅇ 납세자는 국세행정 집행과정에서 위법・부당한 세무조사 또는 체납액 완납 이후 후속
조치 지연 등에 대하여 세무서장 또는 지방국세청장에게 권리보호요청을 할 수 있음

- 또한 권리보호요청에 대해 세무서장・지방국세청장으로부터 심의 결과 통지를 받은

날부터 7일 이내에 국세청장에게 그 결정의 취소・변경을 요청할 수 있음

- 150 -
제4절 기대효과 및 정책제언

1. 기대효과

□ 출연(연) 세무해설서 작성을 통해 출연(연), 과학기술연구회, 관련 부처, 세무당국, 타

연구기관에 실질적인 기여를 할 것으로 기대됨

ㅇ (출연(연)) 세무에 대한 불확실성 감소를 통해 기관의 고유목적인 연구성과 달성에만

역량을 집중할 환경 조성에 기여

- 비영리법인에 대한 과세의무 강화 등 세무환경 변화에 선제적으로 대응하여 미래에

발생 가능한 세무위험을 감소

- 연구현장에 밀착한 세무해설서 발간을 통해 세무 문제에 대한 연구자의 부담을 경

감하고, 연구활동에 적합한 환경 조성에 이바지

- 이용자가 쉽게 찾아볼 수 있도록 연구사업 전주기별로 세무해설을 작성하여 신속하

고 표준화된 업무처리가 가능해짐

- 출연(연) 세무에 대한 투명성 및 신뢰성을 증진시켜서 출연(연) 운영에 대한 대외적

인 인식 제고 가능

- 장기적인 세무역량 강화를 통해 안정적인 기관 운영에 기여

ㅇ (과학기술연구회 및 관련 부처) 기관에 재정적인 부담을 야기하는 가산세 등 발생

가능성을 감소시켜 안정적인 기관 관리 및 정책 목적 달성에 공헌

ㅇ (세무당국) 출연(연) 세무에 대한 종합적인 이해를 통해 합리적인 세정 운영에 기여하

고, 체계적인 세무감독 가능

ㅇ (타 연구기관) 향후 특정연구기관, 전문생산연구소 등 출연(연) 이외의 연구사업을 수

행하는 기관에서도 활용 가능한 세무해설서로 전파 가능

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2. 정책제언

□ 출연(연) 세무해설서에 대한 상설 태스크포스 운영 필요

ㅇ 출연(연)에 적용되는 세무법령 및 세무환경 변화에 신속히 대응할 수 있도록 출연(연)

세무해설서도 지속적으로 개선 필요

ㅇ 국가과학기술연구회 담당, 출연(연) 세무담당 및 세무전문가(공인회계사, 세무사 등)를

포함하여 출연(연) 세무해설서 개선을 위한 태스크포스를 정기적으로 운영 필요

□ 출연(연) 세무정보에 대한 데이터베이스 운영 필요

ㅇ 각 출연(연)에 산재되어 있는 세무 관련 정보(세무조사자료, 각종 진단자료)를 취합하

여 전체 출연(연)을 위한 정보로 활용할 수 있도록 데이터베이스를 구축하여 운영할
필요

□ 출연(연) 세무해설서에 대한 교육과정 지속 운영 필요

ㅇ 출연(연) 세무해설서에 대한 이해도 증진 및 출연(연) 전체 행정효율화를 위해 국가과

학기술연구회 주최 국가과학기술인력개발원 주관 출연(연) 세무·회계 교육과정 활성
화를 위한 노력을 지속적으로 참여 예정

ㅇ 출연(연) 세무해설서의 활용도 증진을 위해 부가가치세 등 연구자에게 필요한 세무지

식은 찾아가는 세무교육 실시 예정

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 참 고 문 헌

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별첨1 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 세무 해설서

- 154 -