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密级: Y3829595 论文编号:

◎中国兢血群童ro
学位论文

蜱源副流感病毒5型的分离鉴定及致病性分析

硕士研究生:马云云

学 号:8210ll观437

指 导 教 师:曲连东研究员

申请学位类别:农学硕士

专 业:预防兽医学

研 究 方向:动物疫苗与分子免疫学

培养 单位:哈尔滨兽医研究所

研究生院

2021年6月

万方数据
密级: 论文编号:

糊妇辩誊彭
学位论文

蜱源副流感病毒5型的分离鉴定及致病性分析

硕士研究生:马云云

学 号:82101182437

指 导 教 师:曲连东研究员

申请学位类别:农学硕士
专 业:预防兽医学

研究 方向:动物疫苗与分子免疫学
培养 单位:哈尔滨兽医研究所

研究生院

2021年6月

万方数据
Secrecy: N0.

Chinese Academy of Agricultural Sciences


Dissertation

Isolation,Identification and Pathogenicity Analysis of


Tick-borne Parainfluenza Virus Ty’pe 5

Candidate:MA Yunyun

Student ID:82101182437

Supervisor:Professor QU Liandong

Degree Type:Master of Science in Preventive


Veterinary Medicine

Major:Preventive Veterinary Medicine

Research Field:Animal Vaccines and Molecular


Immunology

Institution:Harbin Veterinary Research Institute

Graduate School

June 2021

万方数据
中国农业科学院
硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表
论文题目 蟀源副流感病毒5型的分离鉴定及致病性分析

动物疫苗与分子免
论文作者 马云云 专业/领域 预防兽医学 研究方向
疫学

指导教师 曲连东 培养单位 哈尔滨兽医研究所

‘\
硕(博)导 …
姓名 职称 单 位 专业 签名

评 硕导口
李广兴 教授 东北农业大学 基础兽医学
博导团

人 姜骞 副研究员
硕导团
博导口
哈尔滨兽医
研究所
预防兽医学 ‘\\

老一陪
辩 硕导口
李一经 教授 东北农业大学 预防兽医学
手 博导团

硕导口
唐丽杰 教授
博导团
东北农业大学 预防兽医学
砖k专,
贾洪林 研究员
硕导团
博导口
哈尔滨兽医
研究所
预防兽医学 么劲L V

硕导口 哈尔滨兽医
;●


刘明 研究员
博导团 研究所
预防兽医学
训孵
硕导团 哈尔滨兽医


刘家森 副研究员
博导口 研究所
预防兽医学
勾家禾‘
硕导口
博导口

硕导口
博导口

硕导口
博导口

会议记录(秘书). 杨鸣发

论文答辩时间地点 2021年5月20日综合楼7004室

万方数据
独创性声明
本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成
果。尽我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发

表或撰写过的研究成果,也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证
书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了
明确的说明并表示了谢意。

研究生签名:乌云云 时间: 矽2,J年Z,El∑日

关于论文使用授权的声明
本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定,即:中国农业科
学院有权保留送交论文的复印件和磁盘,允许论文被查阅和借阅,可以采用影印、缩
印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不
同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。

研究生签名:马云云 时间:w≯7年钿2日

时间:加叫年占月2日
导师躲\切
万方数据
摘要

蜱作为多种人兽共患病的传播媒介,严重影响人类健康和畜牧业持续稳定发展,在世界范围
内造成畜牧业经济损失日益增加。随着人类活动和动物贸易的增加,蜱的传播范围进一步扩大,
造成较大范围蜱传疾病的发生和流行。因此,为了保障人类生命安全和畜牧业健康稳定发展,进
行蜱携带病原的高通量分析,明确己知和未知病原体;进行重要病原体分离鉴定,遗传变异及致
病性研究十分必要。副流感病毒5型(Parainfluenza virus 5,PIV5)最初从猴子肾细胞中分离,
随着时间的推移越来越多数据表明PIV5对多种动物存在致病性,感染宿主范围逐渐增多;感染

宿主谱系逐渐从家养经济动物到野生动物,再到畜牧经济动物,逐渐引起人们的重视。目前还没
有关于媒介生物蜱携带PIV5的报道。PIV5主要经呼吸道途径传播,目前已知PIV5在临床上可
导致病犬发生急性支气管炎,并可引起继发感染等症状。此外,也发现该病毒还可引发犊牛肺部
呼吸困难和间质性肺炎等呼吸道疾病,感染PIV5也能引起牛非化脓性脑炎和神经症状,最终导
致患病动物死亡。随着PIV5引起越来越严重的临床症状,该病原受到广泛的关注和重视。

病毒宏基因组学(Metagenomics)是用于分析不同来源样本中直接富集病毒核酸混合物的一
种新方法,该方法不需要在组织培养物中进行体外扩增和培养就可以完成测序和功能注释,准确
性和灵敏度高且成本低。作为一种新的方法,在病原临床症状不明显的情况下,识别并发现病原,
最大程度地挖掘疑似样本中的潜在病原体,为病原的发现和分离鉴定提供技术支撑。
本研究对黑龙江省大兴安岭、黑河和伊春地区采集的全沟硬蜱进行病毒宏基因组学高通量测
序分析。首先应用人工布旗法采集蜱类样本,经形态学初步鉴定,选取全沟硬蜱进行液氮研磨处
理,加入PBS进行稀释后,通过高速离心和滤膜过滤除去杂质成分,利用核酸酶消化后,提取病
毒核酸利用随机引物进行扩增、浓缩和纯化后,将产物进行高通量测序分析。通过对原始数据中

质量低的序列进行筛查和过滤,将获得的高质量序列进行拼接组装,共获得390,455,830个读长,

然后用adaptor和quality分析程序对它们进行了修剪,高质量序列为385,965,588个,进一步比
较和组装后发现,其中3,642,653个序列与注释病毒开放阅读框(ORFs)的序列一致。主要包括
的病毒序列对应到布尼亚病毒科、副粘病毒科、痘病毒科、杆状病毒科、疱疹病毒科、呼肠孤病

毒科、轮状病毒科等。为进一步验证病毒宏基因组测序结果,应用细胞分离培养、PCR检测、电
镜观察形态、免疫荧光鉴定和病毒全长基因扩增等方法对病毒进行系统的分离鉴定和遗传进化分
析。首先将蜱处理液接种Vero细胞,第5 d出现了明显的病变,细胞出现拉丝、变圆脱落、细胞
聚集等现象。取病变细胞上清液和蜱样本处理液提取核酸进行RT-PCR扩增,结果可扩增出大小
约213 bp的片段,与预期结果相符。细胞培养物经反复冻融,继续盲传3代后收获病毒且取接种

第四代Vero细胞的病毒液利用Reed.Mueneh方法计算该分离株TCIDso为1×10”TCIDsdml。电
镜下观察到的病毒粒子直径在50~60 nm,完整的病毒粒子呈球形,有囊膜,符合PIV5的病毒粒
子电镜特征,且经免疫荧光鉴定能够看到特异性荧光,R:I’.PCR扩增该分离株的全长基因组序列
进行测序分析,证明媒介生物蜱中存在PIV5,命名为Tick/HLJ/2019,登录号为MW051776。通
过对病毒全长基因序列进行遗传进化分析表明,Tick/HLJ/2019分离株与国内小熊猫ZJQ.221分
离株、东北虎SR和HMZ分离株、穿山甲GDl8和CAN分离株以及韩国犬源1168.1分离株处
于同一进化分支,亲缘关系较近,而与其他猪源、牛源、猕猴肾细胞源、人源、马源等PIV5参

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考株不同,提示该病毒可能在野生动物之问跨物种传播。鼻腔接种Tick/HLJ/2019毒株的雪貂动
物模型出现严重的呼吸窘迫,并伴有肺炎和神经组织损伤性炎症。这些结果证实了媒介生物蜱中
存在PIV5,并表明这种节肢动物可能是PIV5的一个天然储藏者。进一步监测媒介生物蜱中PIV5
的循环传播,为有效控制P1V5在我国的发生和流行及疫苗研发提供了数据支撑。

本研究利用病毒宏基因组学高通量测序分析技术对全沟硬蜱携带的病毒群落进行研究,并对
提示的重要病原PIV5进行分离鉴定,遗传进化和致病性分析,以充分了解疾病的传播情况,并

制定有效的控制策略,为评估其对动物和人类健康的潜在风险奠定基础。

关键词:副流感病毒5型,全沟硬蜱,病毒宏基因组学,遗传进化分析

万方数据
Abstract

As a vector of various zoonoses,ticks have a serious impact on human health and the sustainable

and stable development of animal husbandry,causing increasing economic losses in animal husbandry

worldwide.With the impact of human activities and animal trade,the spread of ticks has been further

expanded,which may lead to the OCCUlTerlc庀and prevalence of a larger range of tick-borne diseases.

Therefore,in order to ensure the safety of human life and the healthy and stable development of animal

husbandry,it is necessary to master the animal vires community carried by ticks,identify the known and

unknown pathogens,isolate and identify the important pathogens indicated,and study the genetic

variation and pathogenicity.Parainfluenza virus type 5(PIV5)was initially isolated from monkey kidney

cells,with the passage of time more and more data suggest that PIV5 reports off animal pathogenic

infection and host range increase gradually,infected host spectrum gradually from the domestic economic

animals to wild animals and animal husbandry economy,forcing we gradually began to pay attention to

it.At present,there has been no report of PIV5 infection by ticks.PIV5 is mainly transmitted by

respiratory route and it is now known that PIV5 can lead to acute bronchitis in sick dogs clinically,and

cause secondary infection and other symptoms.In addition,the PIV5 has also been found to cause

respiratory diseases such as pulmonary dyspnea and interstitial pneumonia in calves,and PIV5 infection

can also cause nOn—suppurative encephalitis and neurological symptoms in cattle,resulting in death ofthe

infected animals.The disease has been widely paid attention to causing more and more serious clinical

symptoms.

Viral metagenomics,as a new method to study viruses,can analyze the samples directly enrichment

virus nucleic acid mixtures of different sources,which has high accuracy and high flux,high sensitivity

and low cost advantages,Call be done at the same time traditional genomics such as sequence and

annotation.and do not need to be done in tissue culture in vitro amplification and to develop.As a new

method,when the clinical symptoms ofthe pathogen are not obvious,it can identify and find the pathogen,

excavate the potential pathogen in the suspected sample to the greatest extent,and provide technical

suppoa for the discovery,isolation and identification of the pathogen.

In this study,with next-generation sequencing and virus metagenomic analyses used to assess the

viromes of&odes persulcatus.Firstiy,the ticks collected from the Greater Khingan Mountains,Heihe

and Yichun regions ofHeilongiiang province were sampled by flag method,with morphology preliminary

identifition,the ticks were grinded processing by liquid nitrogen and diluted in PBS,through high—speed

centrifugation and membrane filtration to remove impurity elements,after using the nuclease digestion,

extraction of virus nucleic acid using random primer amplification,concentration and purification,the

products were analyzed by high-throughput sequencing.The low-quality sequences in the original data

were screened and filtered,and the obtained high・quality sequences were assembled.A total of 390,455,

830 reads remained and then adaptor and quality trimmed them.The high quality reads were 385,965,

588.Following compared and assembled revealed that 3,642,653 reads showed identity to annotated

viral ORFs.It mainly includes virus sequences corresponding to Bunyavirida。Paramyxoviridae,

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Poxviridae,Baculoviridae,Ascoviridae,Siphoviridae,Nudiviridae,Herpesviridae,Polydnaviridae,

Panoravirus,Reov西_idae,Hypoviridae,Ortervirales and SO on.In order to further verify the results of

metagenomic sequencing,the virus was isolated and identified systematically by cell isolation and culture,

PCR detection,electron microscope observation,immunofluorescence identification and foil・length gene

amplification.First,the tick treatment solution Was inoculated into Vero cells.On the 5th day,there Were

obvious lesions,such as drawing,becoming round and shedding,and cell aggregation.Nucleic acids wera

extracted from the supematant of diseased cells and the treatment solution of tick samples for RT-PCR

amplification.The amplified fragment with a size of2 1 3 bp was obtained,which was consistent with the

expected result.The cell culture Was subjected to repeated freeze-thaw and blind transmission for 3

generations,after which the virus was harvested and inoculated with the virus venom of the fourth

generation Vero cells.the TCIDso of the isolate was calculated as l×1 05 TCIDsdmL by Reed-Muench

method.The diameter ofthe virions observed under electron microscopy was 50-60 nm,and the complete

virions wt目1.e spherical with capsule membrane,which was in line with the characteristics ofPIV5 virions

under electron microscopy,and specific fluorescence could be observed by immunofluorescence

identification.The full・length genome sequence of the isolated strain was amplified by RT-PCR for

sequencing analysis,and it was proved that there was PIV5 in the vector tick.It was named Tick/HLJ/20 19

and the login number was MW05 1 776.Genetic analysis of the full-length gene sequence of the virus

showedthattheTick/HLJ/2019isolateswereinthe sanle evolutionarybranchwiththeChinese redpanda


ZJQ-221 isolates,the siberian tiger SR and HMZ isolates,the pangolin GDl8 and Can isolates and the

Korean dog 1168・l isolates.and the genetic relationship was relatively close.Different from other P1V5

reference strains from pigs,cattle,macaque kidney cells,human and horse,it is suggested that the virus

may be transmissible among wild animals.Ferret animal model experimentally infected with

Tick/HU/2019 virus by intranasal inoculation developed severe respiratory distress with pneumonia and

neurologic tissue damage inflammation.The findings ofthis study confirm the presence of PIV5 in tick

and indicate tIIis arthropod as a possible natural reservoir.Further surveillance of the circulating

transmission of PIV5 in ticks is necessary for tick・borne disease control and vaccine research in China.

With high-throughput sequencing technology of virus metagenomic analyses was used to assess

virus community in Ixodes persulcatus,and the tip of the important pathogenic PIV5 separation

identification,genetic evolution and pathogenic analysis,in order to fully understand the spread of the

disease,and make effective control strategy,to assess the potential risk to lay the foundation for animal
and haman health.

Key words:Parainfiuenza virus 5,lxodespersulcatus,Viral metagenomics,Genetic evolution analysis

万方数据
目录
第一章绪论……………………………………………………………………………….1

1.1副流感病毒5型…………………………………………………………………….1

1.1.1 PIV5基因组结构………………………………………………………………..1

1.1.2 PIV5形态及生物学特性………………………………………………………。l

1.I.3 PIV5的蛋白功能………………………………………………………………一2

1.1.4 PIV5流行情况……………………………………………………………………2

1.1.5 PIV5的临床症状及诊断………………………………………………………一3

1.1.6 PIV5的防控……………………………………………………………………~4

1.2病毒宏基因组学…………………………………………………………………….4

1.3研究目的及意义…………………………………………………………………….5

第二章媒介生物蟀携带病毒的宏基因组学分析……………………………………….6

2.1实验材料…………………………………………………………………………….6

2.1.1蜱样本采集……………………………………………………………………..6

2.1.2主要试剂………………………………………………………………………..6

2.1.3仪器设备………………………………………………………………………~6

2.2实验方法…………………………………………………………………………….6

2.2.1样本预处理……………………………………………………………………。6

2.2.2蜱处理液总RNA的提取………………………………………………………6

2.2.3病毒宏基因组学测序…………………………………………………………一7

2.3实验结果…………………………………………………………………………….8

2.3.1病毒宏基因组测序结果…………………………………………………………8

2.4讨论……………………………………………………………………………………………………………..9

第三章蜱源副流感病毒5型的分离鉴定………………………………………………11

3.1实验材料……………………………………………………………………………11

万方数据
3.1.1实验样品………………………………………………………………………l 1

3.1.2实验试剂………………………………………………………………………l 1

3.1.3实验仪器………………………………………………………………………ll

3.2实验方法……………………………………………………………………………ll

3.2.1分离培养………………………………………………………………………l 1

3.2.2分子生物学检测………………………………………………………………1 2

3.2.3病毒含量的测定………………………………………………………………12

3.2.4间接免疫荧光试验……………………………………………………………12

3.2.5电镜观察………………………………………………………………………1 3

3.2.6病毒全长基因序列分析………………………………………………………13

3.3结果…………………………………………………………………………………1 5

3.3.1病毒分离鉴定…………………………………………………………………15

3.3.2 PIV5全长基因遗传进化分析…………………………………………………17

3.4讨论……………………………………………………………………………………………………………1 8

第四章PIV5分离毒株的致病性分析…………………………………………………..20

4.1实验材料……………………………………………………………………………20

4.1.I实验动物与毒株………………………………………………………………20

4.1.2主要试剂………………………………………………………………………20

4.1.3实验设备………………………………………………………………………20

4.2实验方法……………………………………………………………………………20

4.2.1实验分组及攻毒………………………………………………………………20

4.2.2临床症状观察…………………………………………………………………20

4.2.3样品采集及病毒载量测定……………………………………………………20

4.2.4血液学分析……………………………………………………………………2l

4.2.5细胞因子和趋化因子mRNA转录水平的检测………………………………2l

4.3实验结果……………………………………………………………………………22

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4.3.1雪貂存活率及体重体温变化…………………………………………………22

4.3.2病理解剖及病理组织学评价…………………………………………………23

4.3.3不同组织病毒载量的测定……………………………………………………24

4-3.4细胞因子和趋化因子mRNA表达动力学及血液学测定……………………25

4.4讨论……………………………………………………………………………………………………………26

第五章全文结论…………………………………………………………………………29

参考文献………………………………………………………………………………….30

致 谢……………………………………………………………………………………………………………..37

作者简介………………………………………………………………………………….38

万方数据
主要符号对照表

V¨I

万方数据
中国农业科学院颈士学位论文 第一章绪论

第一章绪论
帚一旱瑁比

1.1副流感病毒5型

副流感病毒5型(Parainfluenza virus 5,P1V5)是引起犬呼吸道疾病的重要病原体之一,感


染犬以后表现急性支气管炎,也可引起继发感染,对犬的影响严重,因此也称其为犬副流感病毒

(Canineparainfluenzavirus,CPIV)(CHEN etal.,2012)。最初从猴子肾细胞中分离,随着时间的
推移越来越多数据表明PIV5对多种动物存在致病性,感染宿主范围逐渐增多;感染宿主谱系逐
渐从家养经济动物到野生动物,再到畜牧经济动物,逐渐引起人们的重视。PIV5呈世界性分布,
可经呼吸道途径传播。目前已知P1V5在临床上可导致病犬发生“犬窝咳”,此外,2013年刘晔等

在吉林白城地区肉牛养殖场中发现该病毒还可引发犊牛肺部呼吸困难和间质性肺炎等呼吸道疾
病,也能引起牛非化脓性脑炎和神经症状,最终导致患病动物死亡。随着P1V5引起的临床症状
越来越严重,该病原受到更加广泛的关注和重视。目前,对PIV5的分子生物学特性,流行病学
特征及临床症状有了较为详细的了解,直接用于临床的快速诊断方法还需要进一步改进和完善,
未来对PIV5感染的病理生理学及免疫发病机制的深入研究,必将推动对PIV5的治疗和疫苗研制
的发展。

1.1.1 PIV5基因组结构

PIV5是副粘病毒科腮腺炎病毒属中的成员,其基因组是副粘病毒科中最小的,此外人副流感
病毒1 ̄4型、腮腺炎病毒、新城疫病毒、仙台病毒等都是腮腺炎病毒属成员(SAELAOetal.。2021),
为单股负链不分节段的RNA病毒,基因组大小为15246 nt,从3’端到5’端生成7种常见结构蛋

白,分别是核衣壳蛋白(Nucleoprotein,NP)、磷蛋白(Phosphoprotein,P)、基质蛋白(Matrix
protein,M)、融合蛋白(Fusion protein,F)、血凝素-丰中经氨酸酶蛋白(Hemagglutinin,I-IN)、聚

合酶蛋白(LaNeprotein,L)以及小疏水蛋白(Smallhydrophobieprotein,SH)(殷震等,1985;
RIMAB Ketal.,2014),其中SH蛋白存在于F蛋白与HN蛋白之间,是腮腺炎病毒成员所特有
的一个小疏水蛋白(师新川,2012)。该病毒基因组遵循“六碱基原则”(高菽蔓等,2016),副粘
病毒科成员中如新城疫病毒(LIu etal.,2019)和仙台病毒(BAJIMAYAetal.,2017)都遵循这个
原则,而副粘病毒科中的小反刍兽疫病毒的复制并不遵循此原则(MUNIRAJU etal.。2015)。

1.1.2 PIV5形态及生物学特性

PIV5病毒粒子形态多样,电镜下观察到完整的病毒粒子呈球形或椭圆形,直径大小为50-200
nm(TERRIERetal.,2009),外围囊膜由脂蛋白和糖类构成,血凝素.神经氨酸酶蛋白(HN)和F
蛋白是纤突的主要组成部分(方喜业,1995)。该病毒能在多种动物的原代肾细胞及Vero细胞上
增殖,因其复制周期不存在DNA阶段,故几乎不产生细胞病变(TOMPKINS etai.,2007)。PIV5

病毒对热不稳定(李长磊,2013),不耐酸,不耐醚,在低PH值条件下和乙醚存在时容易失活,

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第一章 绪论

可在低温条件下长期保存。4"C条件下可以凝集多种动物如豚鼠、鸡和猴等的红细胞,但是随着病
毒的不断传代,凝集红细胞的特性也会发生改变(ERLES et a1.,2004;姚月琴,2006)。

1.1.3 PIV5的蛋白功能

PIV5病毒编码NP、V/P、M、F、SH、HN、L共7种蛋白,NP蛋白为PIV5的核蛋白,是
PIV5核衣壳的主要组成部分,被M蛋白所包裹,含有510个氨基酸,该蛋白与病毒RNA相结合

后通过病毒RNA依赖的RNA聚合酶(Paramyxovirus RNA.dependent RNA—polymerase,RdRp)

的作用启动病毒的转录与复制(DOCHOW et a1.,2012 o P蛋白为高度磷酸化蛋白,以同源四聚


体形式存在(KATO et a1.,2006),包含N端和C端两部分,其中N端可与游离的NP蛋白结合,

可使NP蛋白以可溶性单体形式存在,这是RNA复制过程中核衣壳的形成所必需的(KSnZEK
et a1.,2003;FANG et a1.,2010)。P蛋白的C端可与L蛋白结合,进一步介导与核衣壳的结合。L
蛋白是副粘病毒科中分子量最大的蛋白,含有2256个氨基酸,该蛋白能够与P蛋白结合形成具
有RNA聚合酶作用的复合物(SLEAT etal.,1993)。HN蛋白存在于病毒表面,具有血凝素一神经
氨酸酶活性。故PIV5能够凝集多种动物的红细胞,经研究发现,I-IN蛋白与神经氨酸酶受体结合

会引起HN蛋白空间构象改变,使其得以释放,从而有助于HN蛋白颈部残基与F蛋白相结合
(WELCH et a1.,2013)。F蛋白在病毒出芽时获得,能够介导病毒与宿主细胞膜表面脂蛋白融合,
含有2256个氨基酸(STOPE et a1.,2001),F蛋白和HN蛋白之间含有一个富含疏水残基的免疫

球蛋白样结构域(Immunoglobulin.1ike(Ig.1ike)domam),该结构域可能能够介导F.HN蛋白相互
作用(BOSE et a1.,2013)。M蛋白是含量最高的蛋白,是病毒包膜的组成成分,可维持病毒完整
的结构。该蛋白在病毒装配、出芽和释放过程中发挥重要作用(TAKn订OT0etal.,2004;SCHMITT
etal.,2005),M蛋白还可以在HN蛋白和F蛋白的结合中维持其结构的稳定,从而对病毒成功入
侵宿主细胞奠定基础(TENG etal.,1998)。有些PIV5不含有SH蛋白,经研究发现,SV5(含SH
基因)缺失SH基因后的重组病毒(rSV5ASH)对动物的致病力减弱和致细胞病变效应明显,但

对病毒的复制并未产生影响,这与SH蛋白能够抑制TNF.旺介导的细胞凋亡有关(LIN etal.,2003;

WILSON et a1.,2006)。V蛋白并不是副粘病毒所特有的蛋白,如人源的副流感1型病毒(HPIv.
1),呼吸道合胞体病毒(RSV),新城疫病毒等不存在V蛋白,研究发现V蛋白能够与泛素连接
酶结合发生蛋白泛素化和降解(MOTZ et a1.,2013;RODRIGUEZ et a1.,2014)。PIV5感染细胞后
在细胞内大量增殖并被释放到细胞外环境,V蛋白能够延迟细胞的凋亡和复制周期,不会造成细
胞的大量崩解死亡(LIN et a1.,2000;SUN et a1.,2004;YANG et a1.,2015)。而在HPIV-2、3中除了
V蛋白还存在一种非结构蛋白C蛋白,该蛋白似乎能起到调控病毒的转录作用(MALUR et a1.,

2004)。

1.1.4 PlV5流行情况

科学家们于1956年首次在猴子肾细胞中分离出PIV5病毒,并将其命名为猿猴病毒5型
(Simian virus 5,SV5)(HULL et a1.,1956),随后该病毒在不同宿主犬、猫、仓鼠、豚鼠、猪、
人等均有感染报道,但多不发病,临床上呈隐性经过(CHATZ队NDREOU et a1.,2004;LEE et a1.,

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中国农业科学院硕士学位论文 第一章绪论

2013)。PIV5对犬的危害较大,主要通过侵害犬的呼吸道引起急性支气管炎,也存在引发机会菌
感染的风险,引发“犬窝咳”(MCCANDLISHetal.,1978),因此通常将其称为犬副流感病毒(Canine

parainfluenzavirus,CPIV)(CHENetal.,2012)。从最初只可以感染犬、豚鼠、小鼠、仓鼠,人,
随着时间推移PIV5感染宿主范围逐渐扩大,1998年德国科学家在感染猪繁殖与呼吸综合征
(Porcine ReproductiveandSyndrome,PRRS)的母猪肺中分离到一株PIV5病毒命名SER株、随
后201 1年韩国KNU.1株、2017年韩国Carina、M293和Rigel株相继在猪体内分离,该病毒波

及范围广泛,在我国呈流行趋势。2003年孙贺廷等研究发现未经疫苗免疫的虎血清中PIV5的
HIAB抗体阳性率达65.79%(孙贺廷等,2004)。

1.1.5 PIV5的临床症状及诊断

PIV5感染后动物表现为咳嗽、体温升高、流鼻涕等,严重时可引起继发感染,导致神经机能

出现异常、脑组织水肿甚至发生死亡(王凤雪等,2016)。1980年Evermanndeng等从犬脑脊液
中成功的分离到一株犬源PIV5,该病犬行为表现为后肢麻痹、运动失调。后续研究进一步证实
PIV5还可引起犬急性脑脊髓炎症和脑内积水,严重病犬最终导致后躯麻痹和瘫痪或死亡。2017
年罗满林和他的团队分别从动物园死亡的东北虎(SR株)、华南虎源(HMZ株)、穿山甲(GDl8

株)和(CAN株)、小熊猫(ZJQ-221株)中鉴定分离到PIV5;其中病死小熊猫肺组织存在小叶
性肺炎。患病虎表现出食欲减退、体温升高、呼吸困难、喘气、咳嗽、流涕等临床症状;特征性
病理变化为肺部表面有针尖状出血点(ZHAI etal.。2017)。2015年扈荣良等(HU etal.,2015)从

病死牛中分离到一株牛源PIV5命名BCl4株,病牛最初的l临床表征为分泌鼻粘液、厌食、鼻塞
和体重减轻、肺部呼吸困难和间质性肺炎可能是导致病牛死亡的主要原因。2020年Melanie等人

发现感染PIV5能引起牛非化脓性脑炎和神经症状,病牛最终死亡(MELANIE etal.,2020)。一般
情况下PIV5单独感染的情况不多见,常与其他致病原混合感染引起临床症状。
目前经典的诊断PIV5病毒感染的方法仍然是病毒的分离鉴定,主要通过细胞分离培养、血
吸附试验、血凝试验、电镜观察病毒颗粒来检测抗原。由于PIV5是一种隐性感染的病毒,感染
动物后很少观察到明显的临床症状,因此在采集样本的时间点上很难把握,此外还由于传统的病

毒分离和鉴定过程耗费时间,操作繁琐,临床诊断条件有限等缺点,无法实现病毒的早期快速诊
断和分子流行病学调查的需要。血清学诊断方法病毒特异性抗体很难获得,并且与其它副粘病毒
科的成员之间存在交叉反应,结果较难判定。PCR方法检测病毒核酸是一种既灵敏又特异的病毒
感染早期诊断手段,应用该方法研究PIV5流行病学情况,克服了目前常规方法的某些缺点,特
异性良好,可以检测动物组织样品、生物制品及常用传代细胞具有常规方法不可替代的优势,是
一种既简便快速又准确可靠的诊断方法。但是常规PCR方法的灵敏度可能无法适应现在临床诊
断的要求,而后续发展起来的实时荧光定量PCR方法能够实现该病毒的快速检测和诊断,与常
规PCR方法相比较,通过检测荧光信号实时监测模板的扩增,具有更高的敏感性和特异性,操作
也更简便,已成为病原检测的重要方法(冯育芳等,2013)。

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第一章绪论

1.1.6 PIV5的防控

PIV5属于负链RNA病毒,与正链RNA相比,其基因组结构更加稳定,此外,该病毒虽然

能感染多种动物,但是其毒力比较弱,不在人类中引起疾病,安全性好,是作为疫苗开发的理想
病毒载体,通过鼻腔接种动物,能够刺激机体产生有效的体液免疫和细胞免疫。含有PIV5的活

疫苗如四联苗、五联苗、六联苗等已经广泛应用于“犬窝咳”的治疗(CHENetal.,2012)。PIV5
载体已经广泛应用于重组流感病毒疫苗(ToMPKINS et a1.,2007)、重组痘病毒疫苗(CLARK et
a1.,2011)、重组狂犬病疫苗(C脏Netal.,2015)、呼吸道合胞体病毒疫苗(PHANetal.,2014)的
研制,具有广泛的应用价值,为防控这些病原提供了一个良好的应用前景。

1.2病毒宏基因组学

宏基因组学分析技术的出现推动了微生物研究领域的发展,该技术最初只应用于细菌和真菌
的研究,2002年Breitban M等将该技术用于研究海水中的病毒群落并首次发现海水中病毒组成

以噬菌体为主(BREITBARTetal.,2002)。直到2005年,EdwardsRA等第一次提出病毒宏基因
组学这一概念(EDWU①S et a1.,2005),截止目前,该技术己广泛应用于多种环境样本包括淡
水、土壤、动物的肠道等的研究(砌M et a1.,2013)。长期以来,动物和人类的病毒发现一直集
中在病原性感染和能够在细胞中易于培养且能引起明显的细胞病变效应的病毒上。病毒宏基因组

学(Metagenomics)是近年来发展起来的用来分析从各种来源直接富集病毒核酸混合物的一种新
方法,而不需要在组织培养物中进行扩增。病毒宏基因组学表征了从环境或生物样品中富集的病
毒颗粒的遗传组成,应用生物技术将样本中的病毒遗传物质进行分离与富集并对提取的核酸进行
高通量测序,将测序得到的结果与病毒数据库进行序列比对分析,最后借助于软件分析得到样本
中的病毒群落信息。由于低病毒核酸浓度,遗传表征首先需要非特异性核酸扩增,然后进行DNA

测序测序可以通过克隆质粒和Sanger测序或使用高度大规模平行测序技术进行,也称为下一代
测序(ALLANDERetal.,2001)。病毒宏基因组学或来自富集病毒颗粒制剂的核酸测序已经常用
于病毒发现(CHnJ,2013),也可用于检测生物产品如人和动物疫苗中的污染病毒,还可以通过
下一代测序技术来跟踪减毒疫苗病毒的突变谱和遗传稳定性(BIDzHIEvAetal.,2014)。病毒宏
基因组学方法可以对环境中的病毒直接进行表征,再结合病例对照提供与复杂传染病相关的候选
病原体,有效缩小研究范围。运用病毒宏基因组学技术挖掘环境和生物体中更多具有重要意义的
病毒,一方面丰富了病毒种类,另一方面扩张了病毒的宿主范围,对进一步病毒分离,溯源及流
行病学调查研究意义重大(曾茂芹等,2020)。
高通量测序技术目前正在给基因组学领域带来革命性的变化,并为病毒的检测和表征提供了
新的方法。利用宏基因组测序直接从临床样本中阐明病毒,尤其是测序RNA病毒的基因组序列
有以下优点。首先,宏基因组学使人们能够在事先不知道病原临床症状的情况下。将意想不到的
病毒或甚至是新病毒作为主要病原体或共同感染者进行鉴定和基因组表征(PARKER et a1.。2016;

KAFETZOPOULOU et a1.,2018;ntER et a1.,2018;WAMAITHA et a1.,2018),其次不需要对快


速进化或高度多样化的RNA病毒的引物和或探针进行持续优化(ANDERSEN et a1.,2015),最
后有助于常规监测和及早发现有别于当前流行毒株的新病毒株的暴发(FILLOUX et a1..2018)。

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中国农业科学院硕士学位论文 第一章绪论

通过高通量测序技术可以对微生物核糖体RNA(rRNA)基因的特定区域进行靶向测序(Targeted
sequencing),普查群落的具体组成结构,掌握其多样性变化规律,并揭示其中的优势物种;在此
基础上,还可以进一步开展宏基因组学和宏转录组学(Metatranscriptomics)研究,利用鸟枪法测
序技术(Shotgunsequencing)和全微生物组关联分析(Microbiome.WideAssociation Studies,MWAS)
相结合,分别从DNA和RNA水平全面展示微生物群落的功能和活性,进而从原理上阐明微生物
群落在生态系统中发挥作用的根本机制。

1.3研究目的及意义

自1956年在猴子肾细胞中首次发现PIV5的流行,之后随着时间的推移越来越多数据表明
PIV5在不同宿主犬、猫、仓鼠、豚鼠、猪、人等均有感染报道,感染宿主谱系逐渐从家养经济动
物到野生动物,再到畜牧经济动物,迫使我们逐渐开始重视。目前还没有关于媒介生物蜱感染PIV5

的报道。蜱作为多种人兽共患病的传播媒介,严重影响人类健康和畜牧业持续稳定发展,目前针
对蜱携带病原的本底情况知之甚少,因此本研究以黑龙江省边境地区媒介生物蜱为切入点,利用
病毒宏基因组学分析技术,旨在掌握该地区蜱携带的动物病毒群落,明确已知和未知病原体,并
对提示的重要病原体进行分离鉴定,遗传变异及致病性研究,为评估其对动物和人类健康的致病、
传播和流行风险奠定基础,也为疾病的研究和防控提供科学依据。

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中国农业科学院硕士学位论文 第二章媒介生物蜱携带病毒的宏基因组学分析

第二章媒介生物蜱携带病毒的宏基因组学分析

2.1实验材料

2.1.1蜱样本采集

本研究于2019年3~6月通过人工布旗法采集黑龙江省大兴安岭,伊春和黑河地区蜱类样本
1856份。根据蜱种类、采集时间和地点的不同按照每批lO~50只装于冻存管中,置于一80。C保存。

2.1.2主要试剂

gNase.Free Water、M-MLV反转录酶、DNase I、RNaseA等均购白Takara公司;AxyPrep


MukisourceTotalRNA小量制备试剂盒购自康宁生命科学(吴江)有限公司。

2.1.3仪器设备

高速离心机(上海力申有限公司);核酸电泳槽(Bio・Rad,USA);凝胶成像分析仪(1nvitrogen
公司);4"C台式离心机(Eppendorf,德国);电热恒温水槽(上海一维科技有限公司);-80"C超低
温冰箱(海尔公司);组织研磨仪(北京吴诺斯科技有限公司);超微量核酸分析仪(杭州奥盛仪
器有限公司)。

2.2实验方法

2.2.1样本预处理

2019年3-6月在黑龙江省大兴安岭,伊春和黑河地区,应用人工布旗法共采集蜱类样本1856
份,采集到的蜱样本通过形态学观察其假基头、盾板和气门板等部位进行初步分类(邓国藩等,
1991)。根据蜱种类、采集时间和地点的不同按照每批10~50只装于冻存管中,置于.80℃保存。
选取相同蜱种各15只左右分为一组,置于1.5 mL无RNase的离心管中,先用RNase—Free Water
冲洗三次减少污染。将处理过的蜱样本放入高温灭菌过的研钵,加入液氮进行研磨直至组织研碎。
加入2mL的高压灭菌的研磨液(无菌PBS,100U/mL青霉素,100 gg/mL链霉素),悬浮组织,
收集于2 mL无RNa.se的离心管中,将研磨后样品4℃、10000xg离心20 min,收集沉淀与上清,

将上清再一次4"C、10000×g离心30 min后进行收集,并先后通过O.45岬和O.22岬孔径的滤
膜过滤后暂放.80"C冰箱保存。全基因组鸟枪法(WholeGenome Shotgun,WGS)分析的上清液与
适量的DNase I和RNaseA混合,37℃孵育1 h,以清除宿主基因组DNA和其他游离核酸。剩余
上清液体用于病毒分离。

2.2.2蜱处理液总RNA的提取

取出.80。C冰箱暂存的蜱处理液,根据AxyPrep Multisource Total RNA Miniprep Kit试剂盒提


供的步骤提取其总RNA,具体步骤如下:

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中国农业科学院硕士学位论文 第二章媒介生物蜱携带病毒的宏基因组学分析

(1)取200IxL2.2.1中蜱组织处理液,加入400laLBufferR.I,转入试剂盒中备好的1.5mL
无菌离心管中。
(2)加入500止Buffer R-II,漩涡振荡15-30 s,4。C、12000×g离心5 min。

(3)提取的上清加入1.5 mL无菌离心管中,再滴加250此异丙醇,使其均匀混合。
(4)将上述步骤中的混合液加入2 mL离心管中的制备管,在4。C条件下、5000×g离心1
min。

(5)倒掉上一步离-t3后的废液,再在其中加入600止BufferWIA,在4"C条件下、11000xg
离心1 min。

(6)弃去废液,制备管重新置于2 mL离心管中,再加入700 gL Buffer W2,在4。C条件下、

11000×g离心1 min;再按照相同的离心条件重复此步骤一次。
(7)弃去废液,在4"C条件下、1 1000×g离心1 min。

(8)将上述制备管放入另一个干净的试剂盒中备好的1.5 mL离心管中,在膜的中央加50~100
uL Buffer TE(DNase&RNase-free)或RNase.free水。

(9)在室温下静置3 min后,4"C条件下、l 1000xg离心l min,最后获得RNA暂放。80"C保


存备用。

2.2.3病毒宏基因组学测序

选取全沟硬蜱组处理液进行病毒宏基因组学测序,取2.2.2中提取的总RNA利用M.MLV反
转录试剂盒说明书进行模板的制备,反应体系如下:
(1)反应混合液的制各

试剂 体积(止)
RNA 5

Random Primer l

RNase-free mO 6

(2)用枪轻轻混匀上述预混液,在70。C恒温水浴锅中反应10 min后置于冰上急冷5 min,

瞬离数秒使管壁上的液体沉入底部。
(3)反转录体系的配制

试剂 体积(乩)

上述反应液 12

5xMLV Buffer 4

dNTP Mixture 1

RNrise Inhibitor 0.25

RTase M—MLV 0.25

RNrise—free H20 2.5

(4)先于30"C恒温水浴锅保温10 min,然后再升温至42"C反应1 h,最后在70"C作用15


min,立即置于冰上延伸10 min,瞬离后通过乙醇沉淀法纯化制各的eDNA并利用微量分光光度
计测定其浓度后送至上海派森诺生物科技股份有限公司进行病毒宏基因组学分析,利用Illumina

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第j:章媒介生物蜱携带病毒的宏基因组学分析

HiSeq高通量测序平台,将制备好的总DNA进行质量验证,合格的DNA经随机打断形成短片
段,构建文库进行测序分析,将测序的结果通过质量筛选获得高质量数据集(Clean data),进行
病毒宏基因组学高通量测序分析(刘永相,2015)。利用NCBI核酸序列数据库(Nucleotide sequence

database,NT)和非冗余蛋白库(Non—redundantproteinsequencedatabase,NR)比对拼接序列,经
过滤和筛选后进行生物信息学分析。

2.3实验结果

2.3.1病毒宏基因组测序结果

本实验利用Ulumina HiSeq高通量测序平台,对黑龙江省大兴安岭,伊春和黑河地区蜱携带

病毒进行基因预测,对原始数据中质量低的序列进行筛查和过滤,将获得的高质量序列进行拼接

组装,共获得390,455,830个读长(Reads),然后用adaptor和quality分析程序对它们进行了修
剪。高质量序列为385,965,588,进一步比较和组装后发现,其中3,642,653(0.94%)个序列与
注释病毒开放阅读框(ORFs)的序列一致。根据序列的相似性将病毒划分为18个病毒科,包括

Bunyavirida, Arenaviridae,Paramyxoviridae,Togaviridae,Poxviridae,Polyomaviridae,

Phycodnaviridae, Baculoviridae,Papillomaviridae, Ascoviridae, Siphoviridae, Nudiviridae,

Herpesviridae,Polydnaviridae,Panoravirus,Reoviridae,Hypoviridae,Ortervirales和一小部分未知病
毒(图2.1)。本研究我们挑选注释量中等的副粘病毒,对其进行病毒分离鉴定,遗传进化和致病
性分折。
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图2.1病毒宏基因组分析结果

Fig!一l Results of viral metagenomic analysis

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中国农业科学院硕士学位论文 第二章媒介生物蜱携带病毒的宏基因组学分析

2.4讨论

病毒宏基因组学(Metagenomies)是用于分析不同来源样本中直接富集病毒核酸混合物的一
种新方法,该方法具有高准确性、高通量、高灵敏度和低成本等突出优点,可以同时完成传统基
因组学研究如测序和注释,且不需要在组织培养物中进行体外扩增和培养。作为一种新的方法,
在病原临床症状不明显的情况下,识别并发现病原,最大程度地挖掘疑似样本中的潜在病原体,

为病原的发现和分离鉴定提供技术支撑(KIMetal.,2013;曾茂芹,2020)。该技术己广泛应用于
多种环境样本包括淡水、土壤、大气、噬菌体及人类和脊椎动物等的病毒群落的研究,逐渐成为

人们获取未知病毒的有效工具。2007年,Bench等利用病毒宏基因组学方法对切萨皮克湾的浮游
病毒分析发现该地区存在大量未知病毒序列(BENCH et a1.,2007),2009年,Ng等在佛罗里达
绿海龟纤维乳头瘤组织中发现了一株新型的单链DNA病毒(NG etal.,2009),2015年,汪俭基
于该技术探究我国北黄海海洋病毒群落特征,发现肌尾病毒科的注释量最高(汪俭,2015),2016

年,夏骏等利用该技术分析我国渤海的海洋病毒群落组成,也是肌尾病毒科的注释量最高(夏骏
等,2016),表明病毒宏基因组技术能直接从样本中发现已知病毒和新型病毒,对进一步研究病
毒的遗传进化及对人类和动物致病性提供了技术手段。利用下一代测序技术充分获得样本内的病
毒核酸序列,进一步分析生物体和生态环境中的已知病毒和未知新型病毒并对其进行快速鉴定,
以便更好地了解它们的遗传及进化规律。长期以来,对于病毒的研究一直局限于传统的病毒分离,
因其操作繁琐,耗费时间,因此需要建立一种新的研究病毒的方法,病毒宏基因组学分析技术能
够对样本中的病毒核酸直接进行测序,快速鉴定样本中的病毒群落,逐渐成为了研究病毒的有效
工具。

蜱作为广泛分布的媒介生物之一,所携带病原种类较多,包括病毒,细菌和原虫等多种病原
体。大多数蜱传病为人兽共患传染病,主要通过吸血方式传播给易感宿主,给人类健康和畜牧业

稳定发展带来严重影响。随着人类和动物接触到蜱虫的机会增加,蜱传疾病的流行范围逐年扩大,
促使人们更多的关注蜱和蜱传疾病。研究媒介生物蜱携带病原的分布和流行情况,评估蜱传疾病
对公共卫生安全和健康养殖的影响,进行蜱携带病原的风险评估,可为媒介生物蜱携带病原的防
控提供科学依据,对预防和控制蜱传疾病有重要的意义。
本研究应用人工布旗法共采集蜱类样本1856份,经形态学初步鉴定,选取全沟硬蜱进行病

毒宏基因组学分析,首先对蜱样本进行液氮研磨处理,加入PBS进行稀释后,通过高速离心和滤
膜过滤,再加入适量的DNase I和RNase A混合以清除宿主基因组DNA和其他游离核酸等杂质

成分,利用核酸酶消化后,提取病毒核酸利用随机引物进行扩增、浓缩和纯化,达到病毒宏基因
组学高通量测序的质量要求后,将产物进行高通量测序分析。基于Illumina HiSeq高通量测序平
台,通过对原始数据中质量低的序列进行筛查和过滤,将获得的高质量序列进行拼接组装,共获

得390,455,830个读长,然后用adaptor和quali哆分析程序对它们进行了修剪,高质量序列为385,
965,588个,进一步比较和组装后发现,其中3,642,653个序列与注释病毒开放阅读框(ORFs)
的序列一致。主要包括的病毒序列对应到布尼亚病毒科、副粘病毒科、痘病毒科、杆状病毒科、
疱疹病毒科、呼肠孤病毒科、轮状病毒科等。通过病毒宏基因组学分析结果显示,大部分序列与
注释病毒开放阅读框(OItFs)的序列一致,但是这些序列一部分因测序深度不够,对应的序列长
度较短,可信度不高,所对应的病毒并不一定都存在于蟀样本中,因此需要更进一步检测和验证

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第二章媒介生物蜱携带病毒的宏基因组学分析

病毒的存在。在与数据库进行序列比对过程中发现还有一部分序列为未知序列,一方面可能是因
为建立的数据库信息不够全面,另一方面可能是存在新型病原,至今尚未被发现,这无疑为新型
病原的发现奠定了基础,还有一部分序列对应到了植物病毒,细菌和噬菌体,这可能是媒介生物
蜱本来在森林覆盖率高的自然环境下生存,接触的环境复杂多样,主要靠吸食宿主血液生存,故

蜱携带的病原种类繁多,不仅包括病毒,还有细菌,原虫和噬菌体等,测序到这些序列可能和蜱
样本去除杂质成分不彻底有关。总之,病毒宏基因组学分析方法发展迅速,已经广泛应用于各种
样本中病毒群落的研究。通过病毒宏基因组分析获得更多的生物媒介蜱携带的病原种类,明确己
知和未知病原体,并对提示的重要病原体进行分离鉴定,遗传变异及致病性研究,为评估其对动
物和人类健康的致病、传播和流行风险奠定基础,也为疾病的研究和防控提供了一定的指导意义,
使人们对新发与再发及突发疾病能够更好的预警。

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中国农业科学院硕士学位论文 第三章蜱源副流感病毒5型的分离鉴定

第三章蜱源副流感病毒5型的分离鉴定

3.1实验材料

3.1.1实验样品

2.2.1中处理过的蜱类样本上清液于.804C保存,非洲绿猴肾细胞(Vero)由哈尔滨兽医研究所
自然疫源性人兽共患病创新团队提供,PIV5阳性血清由本实验室制备并保存于.20℃。

3.1.2实验试剂

Exraq高保真酶、pMD.18T载体、DL2000DNAMarker、DL500DNAMarker、PrimeScript反
转录酶等均购自宝生物工程(大连)有限公司;兔抗貂IgG.FITC(Solable,北京,中国);Abcom
One step RT-PCR试剂盒、AxyPrep Multisource Total RNA小量制备试剂盒、AxyPrep PCR清洁试
剂盒及胶回收试剂盒等购自康宁生命科学(吴江)有限公司;质粒小量提取试剂盒购自Omega公
司;核酸染料购自哈尔滨擎科公司:DMEM培养基购自Hyclone公司;FBS胎牛血清购自Gibco
公司;所有引物均由吉林省库美生物科技有限公司合成。

3.1.3实验仪器

高速离心机(上海力申有限公司);称量天平(Denver,USA);4"C台式离心机(湖南湘仪有

限公司);核酸电泳槽(Bio-Pad,USA);凝胶成像分析仪(Invitrogen公司);电热恒温水浴槽(上
海一维科技有限公司);生物安全柜,3TC细菌培养箱(哈尔滨东联仪器制造有限公司);.80"C超

低温冰箱(海尔公司);常温离心机(eppendoff,6418);透射电镜(Hitachi),荧光显微镜(AMG
EVOS fl,Thermo Fisher公司,USA)。

3.2实验方法

3.2.1分离培养

将2.2.1中处理过的上清液取50止接种长满单层的Vero细胞,于37℃培养箱内培养观察细
胞病变(CPE),直至观察一周,将出现明显CPE的培养物经冻融3次,盲传3代仍有病变的细
胞培养物4"12,l 000×g离心10 min后收获病毒。取第四代适应细胞的病毒进行病毒蚀斑纯化,
具体步骤如下:
(1)于6孔板中培养Vero细胞,选取形成单层平铺满细胞的孔用作试验。

(2)取病毒液100laL加入1.5mL离心管中,再取900止DMEM加入离心管中漩涡震荡混
匀,此为10J梯度,从lOo梯度离心管中取100 laL加入另一个离心管中,加入900 laLDMEM漩
涡震荡混匀,此为lO七梯度,以此类推,稀释至104梯度并保存于4"12。(注:每稀释一个样品都
应放在冰上)
(3)接种前弃去细胞培养液,用5mLIxPBS缓冲液冲洗单层细胞,然后弃去冲洗液,再加

11

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第三章蜱源副流感病毒5型的分离鉴定

I-2 mL DMEM,放置一旁备用。
(4)取5个梯度的病毒液各50¨L加入6孑L板的各孔中,并设阴性对照(只加50uLDMEM),
置于37℃温箱吸附2 h(加入病毒液每15 min摇动一次,以便病毒均匀分布)。
准备:2%低熔点琼脂糖不需要高压,在外面称量好2 g加入100 mL无菌PBS或双蒸水中,
微拧开管盖,在微波炉中加热灭菌15 min,取出后置于40---45℃水浴锅中备用。
(5)将37"C温箱孵育后的含病毒培养基吸出,加DMEM冲洗一遍(目的是吸取未吸附的病
毒);将42℃水浴锅中的琼脂糖和2xDMEM维持液取出.1:l混合后,加入培养板各孔,每孔1.5
mL,置于室温下30 min左右使其冷却凝固。

(6)把培养板倒置,在37℃温箱继续培养48--72h。肉眼观察蚀斑情况。
(7)挑取区分明显的单个蚀斑溶于200止DMEM振荡,-80。C冻融一次,接种到预先准备
的培养单层细胞的24孔板或48孔板,观察CPE的形成。收集有CPE形成的细胞培养上清。重
复以上蚀斑3次得到纯化的病毒。

3.2.2分子生物学检测

取上述收获于细胞培养物的病毒上清液,按照2.2.2方法提取病毒液总RNA,反转录为cDNA,
根据病毒宏基因测序结果提示参考哺乳动物腮腺炎病毒M293(MK423241)设计引物(F:
ACCAAGGGGAAAATGAAGTGGT,R:CTCTGAT CrrGCAGTl℃兀’GA)进行PCR扩增,在反

应体系中依次加入dNTP2皿,,10xBuffer 5“L,上下游引物各1.5此,cDNA模板5此,Ex 7的
酶0.5止,用无RNase水补足至50曲总体积,于PCR仪上进行模板链的预变性,变性,退火和
延伸反应,最后用1.5%浓度的琼脂糖凝胶电泳检测目的条带,并将PCR产物送吉林省库美生物
科技有限公司进行序列测定。

3.2.3病毒含量的测定

取3.2.1纯化好的病毒液进行lO倍系列稀释,待Vcro细胞铺满96孔培养板,加入稀释好的
病毒液每孔100止,每个稀释度做8个重复,同时设立阴性对照组,置于37。C培养箱使其吸附作
用2 h,弃掉病毒上清,PBS清洗一次,加入2%的DIVlEM细胞维持液继续培养,每天观察,记

录每个稀释度出现CPE的孔数,并按照R∞d-Muench方法计算TCID50。

3.2.4间接免疫荧光试验

待96孔板中的Vero细胞贴壁5 h后,接种倍比稀释的病毒液,72 h弃去96孔板中的培养


液,用100uLPBST清洗2次,每次5 min;-20℃预冷的甲醇进行4"C过夜固定,然后用PBST洗
三次,每次5 min;各加入100uL稀释度为l:100的阳性血清作为一抗,用PBST稀释,4"C过夜
或室温1 h封闭;用PBST清洗三次,5 min/次;再加入荧光二抗,1:1000,用PBST稀释,室温

避光作用1 h;用PBST清洗三次,5 min/次;置于荧光显微镜下观察结果。

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中国农业科学院硕士学位论文 第三章蜱源副流感病毒5型的分离鉴定

3.2.5电镜观察

取一80。C保存的纯化好的病毒上清液,4"C,132000xg离心30min,弃部分上清,留100uL悬
浮沉淀,吸取15 uL悬液滴加至电镜铜网,室温条件下使其吸附10 min,用5 uL 2%的磷钨酸进
行染色并于透射电镜下观察,另将纯化的病毒液接种于Vero细胞,待病变达到40%~50%左右收
集细胞上清并浓缩,将浓缩的病毒液先进行柠檬酸铅染色10 min,双蒸水清洗3次,再用醋酸铀
染色30 min,双蒸水清洗3次,待干燥后,于透射电镜下观察病毒粒子的形态。

3.2.6病毒全长基因序列分析

3.2.6.1引物设计

参照GenBank中哺乳动物腮腺炎病毒M293(MK423241)序列,设计覆盖病毒基因组全长
的13对引物(见表3-1)。

表3.1 M293病毒基因组序列PCR扩增引物

Table 3-l The primers for PCR amplification ofM293 genome sequence

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中国农业科学院硕士学位论文 第三章蜱源副流感病毒s型的分离鉴定
■II—■■■■●—■■■■●■●■●■—■■■■■■●■—■——■■●■—●————■—■■■■●———■■■■■■■■■■■■——●■■■■■●

表3.1(续)

3.2.6.2 PCR扩增病毒全基因组

将提取的病毒基因组RNA先反转录为cDNA,操作同2.2.5模板的制备,对其进行PCR扩
增,50 uL扩增体系和程序如下所示:

体积(uL)

cDNA ,

10)(BU腩r ,

dNllP :

F(10UM) ●

R(10uM) ●

ExTaq 蛇,
ddH20 弧”

PCR反应程序如下所示:
94℃ ,mIn

94℃ 45 s ]

52℃ 45 s 30 cycles

72℃ I min .J

72℃ 5 min

3.2.6.3纯化PCR产物

将上述PCR产物加入浓度为1%的琼脂糖凝胶上进行核酸电泳,并对其大小合适的目的条带
进行胶回收,具体步骤如下:

(1)在紫外灯下将含有目的条带的凝胶切下后用无尘纸吸尽凝胶表面液体并切碎。置于天
秤上测量凝胶重量作为一个凝胶体积。
(2)加入体积为凝胶3倍的BufferDE.A,于75"C条件下加热混合液,每2-3 min取出震荡
混匀一下,直至凝胶完全融于其中(约6 ̄8 min)。

(3)加入上述混合液一半体积的Buffer DE.B,旋涡震荡混匀后可见混合液颜色变为黄色。
(4)转移黄色液体置2 mL离心管的DNA制备管中,l 1000×g离心l min,弃掉上层滤液。

(5)滴加500uLBufferWl于DNA制备管中,11000。g离心30 s,弃掉上层滤液。

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万方数据
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(6)再加入750 uLBuffer W2,11000×g离心30 s,弃掉上层滤液。以同样的离心条件再次

加入700 uLBuffer W2,l 100009离心l min。

(7)将制备管置回2 mL离心管中,11000×g空离l min。

(8)将DNA制备管放回另一干净的1.5 mL无菌离心管中,在膜中央滴加20 uL预热的洗


脱液,在室温下静置2 rain,I 1000“g离心1 min后收获DNA。

3.2.6.4克隆测序

PCR产物利用PCR清洁试剂盒进行纯化后,将目的条带连接至pMDl8-T载体,转入细菌细
胞DH5u中培养。经菌液PCR鉴定后将阳性质粒送吉林省库美生物科技有限公司序列测定,具

体步骤如下:
(1)连接体系

试剂 体积(uL)

pMDl8-T 0.5

Solution I 5

cDNA 2

ddH20 2.5

将上述共lO uL连接样置于16℃连接仪过夜连接。
(2)转化步骤
首先将10 llL连接样加入50 uL DH5a感受态细胞中,轻轻混匀,置于冰上作用30 min,再
转入42℃水浴锅中热击90 s,再冰浴3 min,加入800 uL无抗性的LB培养基,于37℃恒温摇床
培养50 min,取出4000xg,离心3 min后弃去700 uL上清,剩余液体悬浮菌体沉淀,取100 uL

均匀涂于氨苄抗性的琼脂平板,待其干燥后倒置于37"(2温箱培养过夜。
挑取单个菌落溶于10 uL ddH20中,各取5 uL液体进行菌液PCR鉴定,经鉴定为阳性结果
的菌液继续扩大培养于氨苄抗性的LB培养基中,37℃摇床过夜培养后送库美生物公司进行测序
并对测序结果进行剪切拼接得到病毒全长基因序列。

3.3结果

3.3.1病毒分离鉴定

根据病毒宏基因组学分析结果提示,将2.2.1中蜱样本处理液接种长满单层的Vero细胞,置
37"C培养,第5 d出现了明显的病变,细胞出现拉丝、变圆脱落、细胞聚集等现象(图3.IA)。
取病变细胞上清液和蜱样本处理液提取核酸进行RT-PCR扩增,结果可扩增出大小约2 1 3 bp的片
段(图3.IB),与预期结果相符。将细胞培养物通过反复冻融,继续盲传3代后收获病毒。取接
种第四代Vero细胞的病毒液利用Reed-Muench方法计算该分离株TCID50为1×10"TCID50/ml。
间接免疫荧光试验结果显示感染了该病毒的实验组可见特异性荧光,对照组未见荧光(图3.IC)。
电镜下观察到完整的病毒粒子呈球形,带囊膜,直径50--60 nln,与PIV5的病毒粒子形态及大小
基本一致,进一步验证分离株为PlV5(图3-ID)。根据设计的引物扩增PIV5的全长序列,凝胶

万方数据
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电泳显示出了与预期结果相符的阳性条带(图3.IE)。PCR产物利用PCR清洁试剂盒进行纯化,

将测序正确的目的条带连接至pMDl8一T载体,转入细菌细胞DH50t中培养。经PCR鉴定为阳性
结果的质粒进行测序分析,每个质粒序列测定重复3次,确定无误后利用DNASTAR软件将序列
进行拼接,大小约为15246 bp,并登录NCBI Blast进行比对分析,发现与PIV5的同源性最高,
证明分离的病毒是PIV5,命名为Tick/HLJ/2019,登录号为MW051776,进一步验证了病毒宏基
因组学分析结果。


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图3—1 PIV5分离与鉴定。A:分离株Tick/HLJ/2019造成的Vero细胞病变(标尺=200 am;a.Vero引起的细胞病

变;b.阴性对照);B:RT-PCR检测(M1.DL500 DNA相对分子质量标准;1.全沟硬蜱上清液;NC.阴性对

照;M2.DL2000 DNA相对分子质量标准;2.细胞上清液;NC.阴性对照);C:Tick/HLJ/2019株感染Vem细

胞的间接免疫荧光(标尺=200 nm;a.未感染组无荧光信号;b.感染组显示绿色荧光);D:PIV5电镜观察(a.

细胞培养上清负染。观察到包膜副粘病毒样颗粒,具有双层衣壳结构。标尺=200 nm;b.感染Vero细胞的超薄

切片显示典型的富含对比度的病毒颗粒,标尺=500 nm);E:PIV5全基因组扩增电泳图(M.DL2000 DNA相对

分子质量标准;卜13.各个片段的RT-PCR产物;NC.阴性对照)

Fig.3-1 Isolation and identification ofPIV5.A:CPE ofVero cells infected with virus of Ticl(/HLJ/2019 particles.fbar

=200 nm;a.CPE caused ofVero cell cultures;b.Non—infected Vero cells showed no CPE);B:RT-PCR detection(M1.

DL500 DNAmarker;1.RT-PCT products ofIxodespersulcatus;NC.Negative control;M2.DL2000 DNA marker;2.

RT-PCT products of Vero cell;NC.Negative contr01);C:Indirect immunofluorescence detection of PIV5 in Vero cells

infected with strain Tick/HLJ/20 I 9.fbar=200 nm;a.Non—infected Vero cells showed no fluorescent signal;b.

1mmunofluorescence showed positive green fluorescence signals in Tick/HLJ/20 1 9 infected cells);D:Electron

microscopic observation of PIV5(a.Negative staining of cell culture supernatant.Enveloped paramyxoviral—like particles

with double-layered capsid structure were observed,bar=200 nm;b.Ultra—thin sections of infected Vero cells displayed

typical contrast—rich virus particles,bar=500 nm);E:Amplification ofPIV5 complete genome by RT-PCR(M.DL2000

DNA marker;1—13.RT-PCR products ofsegments;NC.Negative contr01)

16

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3.3.2 PⅣ5全长基因遗传进化分析

为了追溯Tick/HLJ/2019株的起源和进化,从NCBI核酸数据库中检索了PIV5参考株的所有
基因组序列,与来自不同宿主的PIV5参考株相比,进化树显示PIV5株分为G1和G2两组,5个

分支。对该分离株Ticl(/HU/2019的基因组序列进行系统发育分析,结果表明该毒株属于G2组。
序列分析表明,Tick/HLJ/2019株与G2组分离株的同源性为96.94~99.85%,与G1组分离株的同
源性仅为97.44~97.97%。核苷酸序列分析结果表明,Tick/HLJ/2019株与犬源1 168.1株,东北虎

源HMZ,SR株,猪源SH/2015株,小熊猫源ZJQ.221株,穿山甲源GDl8和CAN株处于同一
进化分支,具有相同的遗传起源,亲缘关系相近,而与我国分离的马源XJ033株、犬源CPIV-

HEN0718株、牛源BC.14株和犬源CC.14株遗传差异较大。此外,有限的数据表明,在中国鉴
定的PIV5毒株表现出密切的亲缘关系,特别是在野生动物第5支系(图3-2A)。对新分离株的F
基因进行序列比对,核苷酸同源性96.32~99.88%。通过核苷酸序列比对发现,Tick/HLJ/2019的

N、V伊(V)、M、SH、HN和L蛋白的核苷酸序列相似性分别为96.86--99.87%、96.71~99.70%、
96.21~100%、85.38~100%、97.06--99.94%和98.08~99.91%,与来自不同宿主的其他PIV5参考株
的核苷酸序列相似(图3-2B)。

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17

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图3・2基于PIV5全基因组序列的系统进化分析。A-B:利用MegAlign软件比较Tick/HLJ/2019株(用红色三角

表示)与其它29株PIV5参考株的核酸序列。系统发育树采用MEGA7.0软件和邻域连接法,bootstrap重复1000

次。

Fig.3-2 Phylogenetic tree based on the full—length genomic sequences ofPIV5.A・B:Nucleotide sequences ofthe

Tick/HLl/2019 strain the font marked in red represented by triangle and 29 other PIV5 prototype strains Were compared

using MegAlign software.The phylogenetic tree Wits generated using MEGA 7.0 software and the Nei曲bour-joining

method with l 000 bootstrap replicates.

3.4讨论

科学家们于1956年首次在猴肾细胞中分离出PIV5,1967年Binn研究团队首次用犬肾和猴
’肾细胞从患犬呼吸道分离出PIV5(BINN et a1.,1967)。然而1972年,Hsiung等科学家们发现,
野生猴子的体内中并没有抗该病毒的抗体,而且当与人接触后,反而它们能被感染上这种病毒,
人类在自然条件下也能被这种病毒感染(HSIUNG,1972)。PIV5是犬重要的病原体之一,感染犬

以后表现急性支气管炎,也可引起继发感染,对犬的影响严重,因此也称其为犬副流感病毒(Canine

parainfluenza virus,CPIV)(CHEN et a1.,2012)。2011年韩国KNU.1株、2017年韩国Carina、

M293和Rigel株相继在猪体内分离,PIV5在感染猪后多数表现为神经系统和呼吸系统疾病.部
分病死猪诊断为间质性肺炎和脑炎同时伴随着细菌继发感染。2017年,罗满林和他的团队分别从
动物园死亡的东北虎(SR株)、华南虎(HMZ株)、穿山甲(GDl8株)和(CAN株)、小熊猫

(ZJQ.221株)中分离鉴定到PIV5(LUO etal.,2017)。2018年姜宁等在我国18个省收集137头
病死和腹泻猪样本,在这些猪小肠中分离到5株PIV5(J队NG et a1.,2018)。随着时间的推移越
来越多数据表明PIV5对动物的致病性和感染宿主范围报道逐渐增多,感染宿主谱系逐渐变广,
从家养经济动物到野生动物,再到畜牧经济动物,因此及时有效地掌握PIV5的遗传变异情况,

为防控PIV5提供科学依据。
本研究从全沟硬蜱中分离得到一株蜱源P1V5并对其进行了系统的分离鉴定和遗传进化分析,
包括常规PCR检测、细胞分离培养、电镜观察形态、免疫荧光鉴定和病毒全长基因扩增。将蜱处
理液接种Vero细胞,引起明显的细胞病变效应,细胞培养物经反复冻融,继续盲传3代后收获病
毒且取接种第四代Vero细胞的病毒液利用Reed.Muench方法计算该分离株TCID50为1×lOs。7
TCIDsdml。电镜下观察到的病毒粒子直径在50~60 nm,完整的病毒粒子呈球形,有囊膜,符合
PIV5的病毒粒子电镜特征,且经免疫荧光鉴定能够看到特异性荧光,RT-PCR扩增该分离株的全
长基因组序列进行测序分析,进一步验证了病毒宏基因组分析结果,证明媒介生物蜱中存在PIV5,
命名为Tick/HLJ/2019,登录号为MW051776。通过对病毒全长基因序列进行遗传进化分析表明,
Tick/IILJ/2019分离株与国内小熊猫ZJO.221分离株、东北虎SR和HMZ分离株、穿山甲GDl8
和CAN分离株以及韩国犬源1168.1分离株处于同一进化分支,亲缘关系较近,而与其他猪源、
牛源、猕猴肾细胞源、人源、马源等PIV5参考株不同。我们推测可能通过蜱虫叮咬吸血途径将
PIV5传播给各种野生动物并在其中跨物种传播。蜱叮咬是一种潜在的疾病传播途径,这可能是因
为蜱虫叮咬可能被忽视,或者其他途径起了作用,宿主暴露在病原体中,然后成为病原体携带者。
该病毒首次在我国黑龙江省全沟硬蜱中分离获得,且在不同的物种尤其是野生动物之问循环传播,

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中国农业科学院硕士学位论文 第三章蜱源副流感病毒s型的分离鉴定

因此蜱类被认为是PIV5对人和动物致病的重要宿主和传播媒介,同时也提示该病毒在我国的分
布可能不仅仅局限于目前所知的区域。蜱是传播多种病原的重要生物媒介之一,随着气候变暖和
人类活动的影响,蜱的繁衍也不再仅仅局限于特定的地区间,大量潜在传播媒介的存在可为病原
传播提供有利条件,可能造成较大范围的流行(李楠等,2020)。截止目前,关于PIV5的报道
相对较少,但仍在不断传播。中国的黑龙江、吉林、内蒙古、新疆和广东等省都发生了PIV5病
例。表明PIV5在中国可能有较高的患病率和广泛的地理分布。

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中国农业科学院硕士学位论文 第四章PIV5分离毒株的致病性分析

第四章PIV5分离毒株的致病性分析

4.1实验材料

4.1.1实验动物与毒株

12只雪貂均购自丹麦,于哈尔滨兽医研究所生物安全三级实验室负压隔离器中饲养3天左右
使其适应生活环境,总共隔离饲养14天,每天测量体重和体温。PIV5病毒液来自3.3.1分离纯化
得到的病毒。

4.1.2主要试剂

TB Green qPCR荧光染料、PrimeScript RT reagent Kit with gDNA Eraser反转录酶、Tnzol等


均购自Takara公司;病毒RNA基因提取试剂盒购自AXYGEN公司。

4.1.3实验设备

高速离心机(上海力申有限公司);称量天平(Denver,USA):4 0C台式离心机(湖南湘仪有
限公司);电热恒温水浴槽(上海一维科技有限公司);.80。C超低温冰箱(海尔公司);组织研磨

仪(北京吴诺斯科技有限公司)。手术刀,剪刀,镊子均高压灭菌,酒精棉球,无菌注射器。

4-2实验方法

4.2.1实验分组及攻毒

为研究PIV5分离株对雪貂的致病性,本实验将12只雪貂随机分为两组,分别为感染组和对
照组,每组各6只雪貂,为了避免交叉感染,感染组和对照组分别在不同的负压隔离器中饲养,
感染组通过鼻腔接种蚀斑纯化后的第十代病毒液各l×105,TCIDso/ml,对照组以相同途径接种对
应剂量的DMEM细胞培养基。

4.2.2临床症状观察

每天观察并记录感染组和对照组动物的食欲、精神状况、粪便及眼睑,结膜等部位的变化,

根据Vangeel等的方法对临床症状进行打分(Vangeeletal.,2007),各项临床症状指标的打分范围
在0-3分(未出现任何临床症状记为0,出现精神沉郁、厌食、流鼻涕、挤在一起、呼吸困难、
活动量低、咳嗽、发热、流泪、粪便变软等临床症状各记为l,/>3分代表动物发病),并绘制体
温体重变化曲线。

4.2.3样品采集及病毒载量测定

在感染的第0天起,攻毒组和对照组各取6只雪貂,尾部静脉采集全血500 IlL/只,每隔三
天采一次血,用于检测血清中的病毒载量。动物攻毒后,若出现死亡,及时进行尸检。收集鼻甲

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万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第四章PlV5分离毒株的致病性分析

骨、扁桃体、气管、肺、肝、小肠、肾、胰腺、脾脏、大脑等组织于-80℃保存。并将肉眼观察到
病变明显的组织如肺脏、大脑、脾脏等用10%的甲醛溶液4。C过夜固定,然后石蜡包埋处理,每
个标本获得4 um切片,进行HE染色,用于常规的病理组织学观察。
采用实时荧光定量PCR方法,取出.80℃保存的肺脏,大脑,脾脏,气管和小肠等病变明显
的组织,用无菌剪刀剪取0.1 g组织,加入300 gL的PBS,用组织研磨仪处理至匀浆,在.20℃中

反复冻融3次,8000×g离心3 rain,取上清,RNA提取步骤同2.2.3操作并进行反转录后用于测
定其病毒载量。

4.2.4血液学分析

在感染的第0天起,攻毒组和对照组各取6只雪貂,尾部静脉采集全血500 uL/只,每隔三
天采一次血,用于血常规的检测。

4.2.5细胞因子和趋化因子mRNA转录水平的检测

根据GenBank数据库中提供的雪貂lL-1p、IL-4、IL-6、IL-8、IL-10、IFN吖、TNF-d、GAPDH
的核酸序列,选取保守性高的序列发计特异性荧光定量引物(如表4.1所示),按照TB Green试
剂盒说明书进行反应体系的配置,如下所示:

试剂 体积(uL)

TBGteen II(2×) lO

F(um) 0.8

R(um) 0.8

PoxDve II 0.4

ddH20 6

cDNA 2

反应程序

95℃ 30 S

95℃ 5 S

60℃ 30 s 40 cycles

95℃ 15 s J
60℃ l min

95℃ 15 S

表4.1雪貂细胞因子和趋化因子的引物序列

Table 4-1 Primer sequence for ferrets eytokines and house keeping genes

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中国农业科学院硕士学位论文 第四章PIV5分离毒株的致病性分析

表4一l(续)

4.3实验结果

4.3.1雪貂存活率及体重体温变化

本实验将12只雪貂随机分为感染组和对照组,每组6只,在相同条件的隔离器中单独饲养,
进行为期14天的观察。在实验期间,为评价Tick/HLJ/2019株的致病性,每天观察雪貂的临床体

征。感染组和对照组的存活率均为100%(图4—1A)。感染组主要表现为抑郁、厌食、流鼻涕、挤

在一起、呼吸困难、活动量低、咳嗽,且感染组临床平均评分明显高于对照组(p<0.01),相比之
下,对照组雪貂在感染后o ̄14天没有任何临床症状(图4.1B)。动物在感染后第4天开始持续高

烧(>39"C),直到第8天,平均体温在感染后第6天达到最高,对照组雪貂在整个实验过程中体
温正常(图4—1C)。如图4.1D所示,感染Tick/HLJ/2019株的动物体重显著低于对照组。

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图4.1 PIV5感染雪貂的临床评价。A.D:每组六只雪貂接种病毒液100 uL。评估生存率(A)、临床评分(B)、

体温(C)和体重(D)。体温超过39。C(>39℃)定义为发热。

Fig.4-l Clinical evaluation for ferrets following inoculation with PIV5.A-D:Six ferrets in each group were inoculated

with l 00 uL virus.A:Survival;B:Clinical scores;C:Temperature;D:Body weight were assessed and are shown.Body

temperatures above 39℃(>39℃)were defined as fever.

4.3.2病理解剖及病理组织学评价

雪貂接种Tick/HU/2019株后,各个脏器组织出现了不同程度的病变,解剖发现与阴性对照
组相比,感染组雪貂的肺脏表面可见严重的间质水肿和弥漫性出血,感染肺实质较对照组更坚硬、
更重(图4—2A)。死亡的雪貂可见大脑充血和肿大(图4—2B)。感染的雪貂脾脏表现为严重肿胀、

出血和坏死(图4.2C)。在尸检时从对照动物收集的组织中没有观察到肉眼可见的损伤(图4—2
(D—F))。

组织病理学检查结果显示,对照组肺组织有轻微充血现象,肺泡结构正常,无明显的炎症反

应,感染组肺组织结构破坏,出现广泛性淤血,部分可见含铁血黄素沉积,肺泡上皮细胞增生及
炎性细胞浸润导致肺泡膈中等程度增宽(图4-2G)。大脑组织胶质细胞增生,部分神经元细胞变
性坏死,小血管周围可见胶质细胞围管性浸润(图4—2H)。脾脏中红髓部分可见含铁血黄素沉积,
幼稚性红细胞增生(图4.2I),对照组没有观察到肉眼可见的明显病变(图4.2(J.L))。



图4.2 PIV5感染后雪貂的眼观病变及病理组织学变化。A:严重的肺间质水肿和弥漫性出血;B:脑部充血和肿

大;C:脾脏严重肿大易碎出血坏死;D.F:对照组;G:广泛充血,含铁血黄素沉积、肺泡上皮细胞增生和炎

症细胞浸润导致肺泡隔增宽(苏木精伊红染色,bar=100 um);H:脑组织d、iln管周围可见胶质细胞增生和血管

23

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周围浸润(苏木精.伊红染色,bar=100¨m);I:红髓中有少量含铁血黄素沉积,脾脏有幼稚性红细胞增多(苏

木精.伊红染色,bar=100肛m);J-L:阴性对照(健康雪貂组织学变化,苏木精.伊红染色,bar=100 p.m)。

Fig.4-2 Gross lesions and histopathological changes in experimentally infected ferrets with PIV5.A:Severe interstitial

oedema and diffuse haemorrhage ofthe lung;B:Hyperemia and enlarged ofthe brain;C:Severe,enlarged,friable.

haemorrhage and necrosis of the spleen;D—F:The surface of lung,brain,spleen in the control group;G:Extensive

congestion with hemosiderin deposition,alveolar epithelial cell proliferation and inflammatory cell infiltration leading to

widening ofalveolar diaphragm oflungs(hematoxylin and eosin staining,bar=100肛m);H:Glial cell proliferation and

perivascular infiltration ofglial cells carl be seen around small blood vessels in brain tissue(hematoxylin and eosin

staining.bar=1 00“m):I:Red pulp contains a small amount ofhemosiderin deposition,infantile erythrocytosis in spleen

(hematoxylin and eosin staining,bar=100 lam);J—L:Negative control(histology changes in healthy ferret,hematoxylin

and eosin staining,bar=100“m).

4.3.3不同组织病毒载量的测定

为了检测感染PIV5雪貂的组织嗜性,我们分别收集感染后第3天,第6天和第14天雪貂的
鼻甲骨、气管、肺、肝、小肠、肾、胰腺、脾脏、大脑等组织和血清样本进行病毒载量的测定。
根据以往的研究报道,PIV5主要损害动物的呼吸器官和神经器官。为了进一步研究Tick/HLJ/2019
株在雪貂的呼吸道和大脑中是否复制,我们在第3天对两只雪貂分别实施安乐死,测定各个组织
中的病毒RNA。第3天时肺脏中的病毒RNA水平较高,其他组织中的病毒RNA水平较低(图
4.3A)。在第6天时感染组中2只雪貂陆续出现发热和食欲不振的症状,为了研究这些症状是否
由病毒引起,我们对两只雪貂实施了安乐死,收集各个组织器官用于病毒RNA检测。病毒RNA
在大脑组织和血清中含量相对较低,然而病毒RNA在肺和脾脏中显著升高(图4—3B)。所有的雪

貂在第14天全部安乐死,除了在感染组的雪貂肺部检测到较高的拷贝数(104-2copies/uL),在脾
脏、大脑和血清中的病毒RNA也有所升高,其他任何组织或器官均未检测到病毒RNA(图4-3C

和图4-3D)。感染后的第6天和第14天均在感染雪貂的肺中检测到较高的病毒RNA。肺是PIV5
最敏感的器官,在第14天时病毒载量最高。这些结果表明,Tick/HLJ/2019株可以在雪貂上呼吸
道和大脑中复制长达14天,动物不会发生死亡。结果显示PIV5主要在肺脏和大脑组织复制。这
与之前的病理解剖和组织切片观察结果相符合。

A l感染组 B
I感染组
+。・对照组 I对照组

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3 6 14 3 6 14

感染天数(d1 感染天数(d)

24

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感染天数《d J 感染天数《dJ

图4.3 PIV5感染雪貂各组织的病毒载量。A.D:感染后第3,6,14天,制备各器官组织匀浆,利用qPCR检测

病毒RNA。图中黑色虚线代表检测限。

Fig.4-3 Load viral RNA copies in tissues ofPlV5-infected ferrets.A・D:On 3.6 and 14 dpi.Each organ were collected

and homogenized for viral RNA detection by qPCR.The dashed black lines in these panels indicate the limit ofdetection

4.3.4细胞因子和趋化因子mRNA表达动力学及血液学测定

血液学参数是其主要临床诊断指标之一,如果被感染或储存病毒的蜱通过叮咬和吸血将P1V5
病毒传播给家畜和野生动物,这将是疾病传播的重要来源。我们收集了Tick/HLJ/2019株感染雪
貂的血液,比较了它们的动态平衡因子。结果显示感染雪貂的红细胞计数(RBC)、血红蛋白浓度
(HGB)、中性粒细胞(NEU)、嗜酸性粒细胞(EOS)和嗜碱性粒细胞(BASO)参数均正常(图
4-4(A.E))。与对照组相比,感染雪貂的白细胞(WBC)、血小板(PLT)、淋巴细胞(LYM)和
单核细胞(MONO)指标均出现异常。单核细胞参数在感染第6天下降到基线,在第14天恢复
到正常范围(图4.4F)。在感染的第3~6天,雪貂的淋巴细胞参数持续下降,低于正常范围,然

后在第14天迅速增加(图4。4G)。另外,在白细胞计数参数中也发现了类似的结果(图4-4H)。
与对照组相比,感染第3~14天试验组雪貂的血小板计数仍低于正常范围(图4.4I)。为探讨

Tick/HLJ/2019株的发病机制和免疫应答,利用qPCR检测细胞因子和趋化因子在mRNA水平的
表达。结果表明,与对照组相比,感染组雪貂细胞因子和趋化因子的表达有不同程度的增加。全

血PBMC中IL.4、IL一6、IL一8、IFN。13和TNF.0【的表达均上调,而IL.10与对照无显著差异(图
4.4J)。提示Ticl(/HLJ/2019感染组可能诱导炎症反应,细胞因子和趋化因子如IL一4、IL.6、IL.8、

IL.10、IFN.13和IFN一0【可能与疾病的严重程度有关。

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第四章PIV5分离毒抹的致病性分析

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图4.4 PIV5感染雪貂的血液生化分析和PBMCs免疫相关基因mRNA表达水平。A—I:采集第3,6。14天的雪

貂的血液,使用Celltac血液分析仪进行血液学检查。每项实验重复3次。J:第3、6、14天感染组和对照组雪

貂PBMCs中的相关细胞因子和趋化因子mRNA水平。采用实时定量RT-PCR检测各组细胞因子和趋化因子基

因mRNA水平。并与雪貂GAPDH的mRNA水平进行比较。采用2。△ct法进行mRNA的相对定量(RQ)和各

基因的相对倍数变化(Y轴)。

Fig.4-4 Haematologica Iparameters analysis and expression of immune—related gene mRNAs in PBMCs of PIV5-

inoculated ferrets.A—I:The blood from infected ferrets was collected and haematological examination were performed

using a Celltac hematology analyzer at 3,6,14 d.p.i.Each experiment was performed for three biological and three

technical repeats.J:The relative cytokine and chemokine mRNA levels in PBMCs of infected ferrets or uninfected

controls for 3,6,and 14 days.The mRNA level ofeach cytokine and chemokine gene were assessed by quantitative real-

time RT-PCR and normalized to that of ferret GAPDH.Relative quantities(RQ)ofmRNA accumulation were evaluated

using the 2。66。’method and the relative fold change of each gene fy-axis).

4.4讨论

1956年科学家首次在在恒河猴和食蟹猴肾细胞(Rhesus and cynomolgus monkey kidney—cell)

中成功分离出了SV5,认为该病原的天然宿主是猴子(HULLetal.,1956),然而1972年,Hsiung

26

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第四章PlY5分离霉株的致病性分析

等科学家们发现,人类在自然条件下也能被这种病毒感染(HSrL小G,1972),随后不同宿主感染
PIV5的病例时有报道,从家养经济动物再到野生动物感染(CHATzIANDREOu et a1.,2004;刘

永相,2015),地区及物种不断增多(CHUAet a1.。2000;NAGAO etal.,2012:CP。TRE.SOSSAH


et a1.,2016:高菽蔓等,2016),主要侵袭宿主的神经系统和呼吸系统(BAUMGARTNER et a1.,

1982;LIUetal.,2015)。1980年Everrnarm等从犬脑脊液中成功分离到一株犬源PIV5,该患犬行
为表现为后肢麻痹、运动失调(EVERMANN et a1.,1981)。后续研究进一步证实PIV5还可引起
犬急性脑脊髓炎症和脑内积水,严重患犬最终导致后躯麻痹和瘫痪或死亡(CHEN et a1.,2012)。

1998年在感染了猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,

PRRSV)的配种母猪的肺中发现了SER分离株(HEINENetal.。1998)。2015年扈荣良等(HU et
a1.,2015)从病死牛中分离到一株命名为BCl4牛源PW5,肺部呼吸困难和间质性肺炎可能是导
致病牛死亡的主要原因,提示PIV5与呼吸道感染有潜在的关联。虽然目前还没有关于PIV5引起

腹泻症状的相关报道。但是已有研究人员从我国各直辖市受腹泻影响的仔猪中分离到5株P1V5
毒株(LEE et a1.,2013)。2019年谢金鑫等(Xm et a1.,2020)首次在马的粪便样品中分离到一株
马源PIV5命名XJ033,在344份样品中,阳性样本数2l份感染率6.1%,这些阳性样品中大部分
都来自同一马术俱乐部的马种,提示PIV5可能在马中循环传播,系统发育分析表明,马源PIV5
与人源AGS分离株处于同一个单一的分支,但与其他动物源的PIV5株的谱系存在较大差异。表
明这可能是一种人源病毒。然而,PIV5与人类疾病的联系仍然存在争议,还没有达成明确的共识。
PIV5的疾病症状从急性到慢性病各不相同,健康的病毒携带者没有症状。同一宿主中不同P1V5

的毒力在不同分离株问可能存在差异。近年来世界各国养犬业不断发展,尤其是家养伴侣宠物数
量的不断增加,PIV5越来越引起人们的重视。因此,控制PIV5的感染不仅对畜牧业生产有重要
意义,对公共生物安全意义更重大,PIV5可能在未来的某一天将是人类面临的主要公共卫生问题
之一。

截止目前,还不清楚是否PIV5入侵中国并导致了这些毒株的流行。据我们所知,目前还没
有关于蜱类中PIV5的报道,它也可能起源于蜱类。所以我们利用雪貂进行了动物致病性实验。
本研究的目的是评价Tick/HLJ/2019分离株对实验感染雪貂的临床症状、各脏器的病毒载量和病
理组织学变化。通过鼻腔接种剂量为1×105一TCID50/ml的病毒液,于感染后第3天进行体征评
估和血清及脏器病毒载量的检测。我们记录了所有的微观和宏观损伤,通过病毒载量来分析PIV5
感染雪貂的组织嗜性。动物试验研究表明,Tick/HLJ/2019分离株在雪貂呼吸道和神经组织广泛复
制。感染Tick/HLJ/2019的雪貂在接种后3-6天开始出现轻微临床症状,包括发热、流鼻涕、蜷
缩在一起,随着时间的推移,症状逐渐显现,与健康对照组相比,感染Tiek/HLJ/2019株的雪貂
体重明显下降。与对照组相比,感染组主要的组织病理学表现为肺组织结构破坏,出现广泛性淤
血,部分可见含铁血黄素沉积,肺泡上皮细胞增生及炎性细胞浸润导致肺泡膈中等程度增宽。大
脑组织胶质细胞增生,部分神经元细胞变性坏死,小血管周围可见胶质细胞围管性浸润。脾脏中
红髓部分可见含铁血黄素沉积,幼稚性红细胞增生,表明PIV5在雪貂身上引起非常慢性的疾病
且未造成动物死亡;此外,感染前期在肺脏组织中观察到较高的病毒载量,说明该病毒可通过上
呼吸道向外排毒,这对了解PIV5传播途径有很大的意义,感染后期脾脏和大脑组织中病毒含量
较高。这些特征与PIV5感染其他动物如牛、犬、小熊猫等引起的临床症状及病理组织学变化相
似(LIU et a1.,2017;ZHAI et a1.,2017;MELANIE et a1.,2020)。感染Tick/HLJ/2019毒株的雪貂

27

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第四章PlY5分离毒株的致病性分析

出现严重的白细胞、血小板、淋巴细胞减少,并诱导B.干扰素(IFN.13)和促炎性细胞因子产生。
因此,雪貂动物模型感染实验进行血液学分析对于PIV5的诊断是必不可少的。我们推测如果被
感染或储存病毒的蜱能够通过叮咬和吸血将PIV5传播给家畜和野生动物,这将是疾病传播的重
要来源。综上所述,这些结果表明,PlV5在野生动物之间的跨物种传播是可能的。为了更好地了
解新的PIV5的流行病学特点和进化特征,需要对不同物种的PIV5进行进一步的监测。需要分离
和分析更多不同来源的病毒,以充分了解疾病的传播情况,并制定有效的控制策略。

万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 第五章全文结论

第五章全文结论

1.本研究以黑龙江省大兴安岭、黑河和伊春地区媒介生物蜱为研究对象,对其携带的病毒进行宏
基因组分析,获得了该地区全沟硬蜱携带病毒的本底情况,发现该地区全沟硬蜱样本中布尼亚病
毒科、副粘病毒科和肠道病毒科的注释量较高。
2.首次从全沟硬蜱中成功分离得到一株PIV5,命名为Tick/HLJ/2019。病毒全长基因遗传进化分
析表明,Tiek/HLJ/2019分离株与国内野生动物源PIV5亲缘关系较近,而与其他家畜分离的PIV5
参考株处于不同的进化分支。

3.动物试验研究表明,接种Yick/HLJ/2019毒株的雪貂动物模型出现严重的呼吸窘迫,并伴有肺
炎和神经组织损伤性炎症,且在呼吸器官和神经器官广泛性复制。

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万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 致谢

致 谢

光阴如箭,岁月如梭,三年时光转瞬即逝,回想起三年前,拖着行李箱,怀着心中的梦想,
初到“东方小巴黎”哈尔滨,在这座美丽的冰城,我开启了三年的硕士求学生涯。在这段短暂的
旅途中,我经历了实验出结果的喜悦,也感受了课题不顺的沮丧,也有为写论文彻夜未眠的焦虑,
幸运的是,有一群可敬可亲的老师和志同道合的好友陪伴着我,让我有了勇气去面对实验和生活
中遇到的挫折和困难,过关斩将,为我未来的人生之路积攒了宝贵经验。
三年的时光如此之短,在此论文完成之际,倍感交集,我首先要感谢我的导师曲连东研究员,

在论文选题,实验设计,中期考核和论文撰写过程中给予我耐心指导和督促,曲老师严谨的治学
态度和一丝不苟的科研精神无时无刻不在感染着我,激励着我,让我终身受益,非常感谢您对我
学习过程中的谆谆教诲。
感谢我的实验指导老师杨鸣发博士,在我每次实验进展不下去的时候,是您帮我重新整理思
路,并及时指出实验过程中的不足,教我分析总结实验失败的原因,在您的精心指导下,我得到

了很大的进步,能够独立去分析实验数据。在生活中,您更像一个师兄,虽然我们也曾为交流不
畅而争吵过,但是您教我的为人处世的态度使我受益匪浅。
衷心感谢自然疫源性人兽共患病创新团队提供的良好平台,感谢边境地区家养动物外来动物疫
情监测溯源技术研究项目(2017YFD0501801)和中央级公益性科研院所基本科研业务费专项
(Y2019YJ07.04)的资助,感谢刘家森老师,田进老师,姜骞老师,刘明老师,康洪涛老师,李
志杰老师,郭冬春老师给予我实验上的指导和生活中的关心。
感谢5011实验室的张继凯师兄,陈思师姐,薛雨佳师姐,刘晓晓师姐,左智敏师兄,于志亚
师妹,刘迪师妹,李茵师妹,潘玉迪师妹等在实验上的帮助和生活上的陪伴,也感谢我的舍友唐
棉依同学三年来的陪伴,相互激励,互诉心情,感谢你对我生活习惯的包容。

最后,我特别要感谢我的家人,感谢你们的理解和支持,是你们默默地付出和无私的爱,让
我可以没有后顾之忧的享受学生生活的快乐时光,感谢冯海鹏同学六年来的陪伴,让我在追梦的
道路上不在孤单,不忘初心,未来可期。

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万方数据
中国农业科学院硕士学位论文 作者简介

作者简介

马云云,女,汉族,1994年9月出生于甘肃省平凉市。2014年9月考入甘肃农业大学动物
医学院,攻读动物医学(兽医公共卫生)专业,2018年6月获农学学士学位;2018年9月进入
中国农业科学院哈尔滨兽医研究所攻读预防兽医学硕士学位,研究方向为动物疫苗与分子免疫学,
主要从事媒介生物蜱携带疫情监测溯源技术研究。

攻读硕士学位期问发表的学术论文:
马云云,于志亚,刘家森,康洪涛,姜骞,杨鸣发,曲连东,2021.大兴安岭全沟硬蜱携带哺乳

动物腮腺炎病毒5型的分离鉴定.中国预防兽医学报(已录用).
YANG M弋MA Y#,SONG M,WU H,JIANG Q,LIU J,QtJ L,2020.Identification and biochemical

characterisation ofa novel methionine aminopeptidase from the miga tick lxodes persulcatus.Ticks

Tick Borne Dis.12(1):101554.DOI:10.1016巧.ttbdis.2020.101554.

获奖情况:
荣获中国农业科学院研究生院2018级硕士研究生中期考核优秀奖。

万方数据

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