Alt Solunum yolu enfeksiyonları

mikrobiyolojisi
1
HEDEFLER
• Toplumsal kökenli pnömonilerde en sık ve/veya özelliği
olan etken mikroorganizmaları açıklayabilmeli
• Pnömonide etken mikroorganizmaların yerleşmelerini
engelleyen veya kolaylaştıran konağa ait faktörleri
sayabilmeli
• Solunum sisteminde pnömoni gelişmesini engelleyen doğal
savunma mekanizmalarını açıklayabilmeli

2
 HEDEFLER
• Pnömoni predispozan faktörler ve risk faktörlerini
açıklayabilmeli.
• S. pneumoniae’nin mikrobiyolojik özelliklerini
söyleyebilmeli
• Hastalık oluşturmada etkene ait özellikler-virulans
faktörlerini sayabilmeli

3
HEDEFLER
• Diğer tipik (H. İnfluenza, M.catarrhalis) ve atipik
pnömoni(Legionella spp. C.pneumoniae ve M.
pneumoniae) etkenlerinin mikrobiyolojik özelliklerini
söyleyebilmeli
• Hastalık oluşturmada etkene ait özellikler-virulans
faktörlerini sayabilmeli
• Hastane kökenli pnömonide etkenlerini isimlerini bilmeli

4
HEDEFLER
• Hastalık oluşturmada etkene ait özellikleri ve virulans
faktörlerinin listeyebilmeli
• İnfluenza virusunun mikrobiyolojik özelliklerini ve
virulans faktörlerini açıklayabilmeli
• Parainfluenza, MERS, RSV, Metapneumoniavirusun
mikrobiyolojik özellkilerini açıklayabilmeli

5
6
Alt Solunum Yolu İnfeksiyonları
• Trakeit, trakeobronşit
• Bronşit
• Bronşiolit
• Bronkopnömoni
• Pnömoni

7
 PNÖMONİ
• Akciğer parankiminin enfeksiyon ve enfeksiyon dışı
nedenlerle inflamasyonu
• 0-4 yaş ilk sırada ölüm nedeni

8
Pnömoni gelişmesini engelleyen
mekanizmalar
• Akciğerlerin savunma sistemi; yapısal defans
mekanizmaları, antimikrobiyal moleküller, alveoler
makrofajlar, nötrofiller, natürel killer hücreler ve dentritik
hücrelerden oluşmaktadır

9
Pnömoni gelişmesini engelleyen
mekanizmalar
• Üst solunum yolları ve ana bronşlar öksürük refleksi,
mukosiliyer refleks ve sekretuvar IgA ile ilişkili
anatomik bariyerlerle akciğeri korurken, aşağıda
mukozanın yüzeysel katmanlarındaki dendritik hücreler
oluşturdukları sıkı bir ağ tabakası ile istilacı herhangi bir
organizmayı hissetmekte ve yakalayarak lenf
düğümlerine iletmektedir.

10
Pnömoni gelişmesini engelleyen
mekanizmalar
• Solunum kısmında, respiratuar bronşiyollerin
ötesinde, IgG, kompleman,surfaktan ve
fibronektinden zengin bir ortamda, partiküller
alveoler makrofajlar tarafından yakalanır

11
Pnömoni gelişmesini engelleyen
mekanizmalar

12
Bronş ve alveollerde savunma
mekanizmaları

13
 Pnömonilerde hazırlayıcı faktörler
• Solunum yolları mekanik savunma
barajının bozulması
• Obstrüktif pnömonitis
• Üst solunum yollarında kronik
süpürasyonların bulunması
• Akciğer parankiminin ödemli
olması
• Sık geçirilen viral infeksiyonlar
• Organizmanın spesifik ya da
nonspesifik direncinin kırılması
Yüksek risk faktörleri
<2 yaş, >65 yaş
Aspleni / Hipospleni
Alkolizm
Diabetes Mellitus
Geçirilmiş influenza infeksiyonu
Humoral immünitede defekt
(kompleman / immünoglobülin)
HIV infeksiyonu
Son dönemde yeni bir virulan
suş kazanılması
Orta risk faktörleri
Genetik polimorfizm (örn.
Kompleman, MBL, IRAK-4,
Mal, MyD88)
İzole popülasyonlar
Düşkünlük, engelli olma,
pnömokok aşısının az kullanımı
Sigara içmek
Kronik akciğer hastalığı
Ciddi KC hastalığı
Diğer geçirilmiş viral
infeksiyonlar
Mukosilier fonksiyonda azalma
Düşük risk faktörleri
Son dönemde antibiyotik
kullanımı
Hücresel immünite ve nötrofil
defektleri
Öksürük refleksinin bozulması,
aspirasyon pnömonisi
Proton pompa inhibitörü ve
diğer gastrik asit inhibitörlerinin
kullanımı
Üst solunum yollarında fazla
organizma yükü
Kreşe gitme
Risk faktöleri
• Eşlik eden hastalık
• KOAH,, bronşektazi, kistik
fibroz
• Diyabet
• Neoplastik hastalık
• Karaciğer Hastalığı
• Konjestif Kalp Yetmezliği
• Serebrovasküler Hastalık
• Kronik Böbrek Yetmezliği
• 65 yaş ve üzeri
•Son 1 ay içinde 7 günden uzun
geniş spektrumlu antibiyotik
kullanımı
•Aspirasyon şüphesi
•Alkolizm
•Malnütrisyon
•Splenektomi
•Bakımevinde yaşama
•Pnömoni geçirme öyküsü (1 yıl
içinde)

16
 PNÖMONİ TÜRLERİ
Etiyolojik Morfolojik Süre Klinik
•İnfektif •Lober •Akut •Primer
Bakteriyel •Segmenter •Kronik •Sekonder
Viral •İntersitisyel •Toplum
Fungal kökenli/Hastane
Tüberküloz kaynaklı/İmmün
•Non infektif yetmezlikli
hastalarda
Toksin
Kimyasal
Aspirasyon

17
 PNÖMONİ ETKENLERİ
• BAKTERİYEL; *Gram pozitif; Streptococcus,
Staphylococcus
*Gram negatif; Klebsiella, Pseudomonas
auroginosa, Haemophilus influenzae, Legionella
pneumophila
• VİRAL; İnfluenza; Respiratory syncytial virus
(RSV), Parainfluenza, Adenovirus, Varisella,
Kızamık, CMV
• Diğerleri; Mycoplasma pneumoniae, Rickettsia,
Chlamydia psittaci, Varisella, Rubella,
Pneumocystis jirovecii (carinii),Funguslar,
Tüberküloz…
18
PNÖMONİ ETKENLERİ
• 0-2 ay; B grubu Streptokok, Gram negatif
bakteri
• 2 ay-5 yaş; H.influenza Tip b, S.pneumoniae,
S.aureus, viruslar
• 5 yaş üstü; S.pneumoniae, M.pneumoniae,
C.pneumoniae, Viruslar

19
PNÖMONİ
• Yatılı okullar ve askeri kışlalar gibi yarı kapalı
topluluklardaki salgınlarda;M.pneumoniae,
C.pneumoniae
• Huzurevlerinde ; Klebsiella pneumonia gibi gram
negatif basiller
• Grip sonrası bakteriyel pnömonilerde; S.aureus,
H.influenzae, S.pneumoniae
• Papağan gibi kuşlarla temas; C.psittaci
• KOAH’da; S.pneumoniae, H.influenza,
M.catarrhalis

20
KLİNİK OLARAK PNÖMONİ
• Toplum kökenli pnömoni (TKP)
• Hastane kökenli (nozokomiyal) pnömoni (HKP)
• Bağışıklığı baskılanmış konaktaki pnömoni

21
Toplum Kökenli Pnömoniler

• TKP’in % 37’si çocukluk çağında

• Etkenler % 20 – 60 belirlenemez.

• Hastalık olguların % 8 – 30’unda “karışık” infeksiyon

biçiminde
 Toplum kökenli pnömoniler
S.pneumonia
e

H.influenza
e

Othe
r
Anaerobes
L.pneumophili
a
M.pneumonia C.pneumonia
e e
•Bağışıklık yetmezliği bulunmayan toplum bireylerinde günlük yaşamı sırasında ortaya
23
çıkan pnömoni
Toplum kökenli pnömoni
a) Gelişmekte olan ülkelerde;
S.pneumoniae, H.influenzae, S.aureus
%40 virus
Diğerleri; Mycoplasma, Chlamydia, Moraxella
b) Gelişmiş ülkelerde;
Viruslar; RSV, Adenovirus, Parainfluenza,
influenza
Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae
Bakteriyel; %5-10

24
 Hastanede gelişen (nozokomiyal)
Pnömoni
• Hastaneye yatan hastalarda; %0.5- 2
• Yatıştan sonra en az 48 saat veya çıktıktan sonraki ilk 48 saatte
• Orofarinkste kolonize mikroorganizmaların aspirasyonu,
İnhalasyon yolu, Hematojen yol,
• Erken; Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae ve
metisiline duyarlı Staphylococcus aureus.
• Geç (5. günden sonra); Gram negatifler, S. aureus, Metisiline
dirençli S.aureus(MRSA)
• Hastane gelişen enfeksiyonlardan en sık mortalite nedeni

25
 İmmünsüpresif hastalarda
• ETKENLER; Gram negatif, S.aureus,
Pneumocytis jirovecii, M.tuberculosis
**BAL’da
• Fungal boyama ve kültür
• Mycobacterial boyama ve kültür
• Viral etkenlere yönelik
• Pneumocystis jirovecii (methanamin gümüş
boyası) AIDS (en sık görülen fırsatçı
infeksiyonlardan)
• Legionella kültür

26
 ALT SOLUNUM YOLU
İNFEKSİYONLARINDA TANI
• Akciğer grafisi
• Rutin kan tetkikleri
• Balgam boyama
• Balgam kültürü
• Kan kültürü
• Seroloji
• Antijen tespiti
• Nükleik asit amplifikasyon yöntemleri (Polimeraz
zincir reaksiyonu-PCR) 27
ALT SOLUNUM YOLU
İNFEKSİYONLARINDA İNCELENECEK
ÖRNEKLER
• Balgam
• İndükte balgam
• Mide suyu
• Endotrakeal aspirat
• Transtrakeal aspirasyon
• Bronkoalveolar lavaj (BAL)
• Akciğer biopsi örnekleri

28
 Balgam toplanması
• Hasta eğitimi
– Balgam toplanmasından 1-2 saat öncesi gıda
alınmaması
– Sabah balgamı tercih
– Ağzın su ile çalkalanması
– Öksürük ile derinden gelen balgam
– Balgam örneğinin steril kaba alımı
• Hızla laboratuvara ulaştırma
• Balgam örneğini bekletmeden boyama ve ekim
• Balgam işlenmesi gecikecekse, buzdolabında bekletme

29
 İNCELENMESİ ÖNERİLMEYEN
BALGAM ÖRNEKLERİ
• 2 ml’den az balgam örneği (pürülan örnek olmadıkça)
• Belirgin olarak tükrükten oluşan balgam
• Balgamın pürülan yerinden yapılan Gram
boyamasında 10X alanda 10’dan fazla skuamöz epitel
hücresi

30
UYGUN BALGAM ÖRNEĞİ
• Gram boyalı preparatta küçük büyütmeli objektifle
(10x) 10’dan az epitel hücresi
• 10x büyütmede ortalama lökosit sayısının 25 ve daha
fazla olması

31
BALGAMIN MAKROSKOPİK
İNCELEMESİ
• Balgamın hacminde artış (akciğer absesi,
bronşektazi)
• Pürülan balgamda çizgi şeklinde kan (Tbc)
• Kahverengimsi kanlı görünüm (Akc.gangreni)
• Pas ve çikolata renginde balgam (Pnömokok
pnömonisi)
• Pürülan, yeşilimsi balgam (Pseudomonas, abse,
neoplazm)
• Kötü kokulu balgam (Akc.gangreni, bronşektazi)

32
BALGAMIN MİKROSKOPİK
İNCELEMESİ
• Pürülan kısımdan
• Öze ile
• Alevden geçirilmiş
lama
• Transtrakeal ve
bronşiyal aspirasyon
sıvıları direk

33
BOYASIZ PREPARAT
• Lam üzerine konulan bir öze balgamın lamel
kapatılarak 40X büyütmede incelenmesi
• Parazitler (Strongyloides, askaris)
• Kist hidatik bronşa açılırsa skoleks
• Charcot Leyden kristalleri (bozulmuş eozinofilik
granüller)
• Akciğer mikozunda 1 damla %10 KOH damlatılması ile
mantar hif ve elemanları

34
GRAM BOYAMA
• Öze ile steril lama alınan balgamın
homojen ve ince tabaka halinde
yayılımı
• Havada kurutma
• Alevde tespit
• Gram yöntemi ile boyama

35
GRAM BOYAMA YÖNTEMİ
• Preparat üzerine kristal viyole 1 dk.
• Boyanın uzaklaştırılması
• Lugol 1-2 dk
• Distile su ile yıkama
• %96’lık etil alkol 10-15 sn
• Distile su ile yıkama
• Sulu fuksin 15 sn
• Distile su ile yıkama
• Havada kurutma
• İmmersiyon yağı damlatıp, 100’lük objektifte
inceleme
• Mor renkli bakteriler; Gram pozitif
• Pembe-kırmızı renkli bakteriler; Gram negatif

36
 Kristal
viyole

Lugo
l

Alkol

Sulu fuksin
37
GRAM BOYAMA
• PMNL yoğunluğu ve predominant
mikroorganizma türü (Gram pozitif
kok…)
• Bol lökosit içeren balgamda
predominant görülen bakteri (görülen
mikroorganizmaların> %75’i);
Hastalık etkeni
• Streptococcus pneumoniae,
Escherichia coli, Stafilokok, Klebsiella
pneumoniae, Candida, Haemophilus
influenza 38
BALGAM KÜLTÜRÜ
*Balgam ve bronş aspiratlarında; anaerob kültür
yapılmaz; flora elemanları
*Transtrakeal aspirattan anaerob kültür
• Kanlı agar
• McConkey agar
• Çikolatamsı agar (H.influenza)
• EMB agar
• BCYE (Buffered charcoal yeast extract agar)
Legionella pneumophila
• PPLO agar (Mycoplasma pneumoniae)

39
KÜLTÜR
• Mycobacterium tuberculosis; Löwenstein-Jensen agar,
Middlebrook 7H11 agar, Bactec kültür sistemi..
• Mantar infeksiyonu; Sabouraud Dekstroz agar
(SDA)…

40
 Balgam Kültürü
• Hastaneye yatırılması gereken hastalarda
balgam kültürü
• Hastane dısında tedavi edilen hastalarda, ilk
tedaviye yanıtsızlık durumunda balgam kültürü
• Bazı solunum yolu patojenleri farinkste flora
üyesi olarak da bulunabildikleri için balgam
kültüründe üremeleri, alt solunum yolu
enfeksiyonu etkeni olduklarını kanıtlamaz

41
 KÜLTÜR
• Bakteriyel etiyolojide; normal flora ile kontaminasyon
riski olduğundan balgam kültürü ve Gram yayması
birlikte değerlendirilmeli
• Akut pnömonide; alt solunum yolu örneği ve kan
kültüründe eş zamanlı üreme; tanıyı kesinleştirme
• Bakteriyel pnömoni kuşkusunda antimikrobiyal
başlamadan önce mutlaka kan kültürü

42
EKİM
• Balgamın pürülan, müköpürülan veya
kanlı kısımlarından
• Akut bakteriyel infeksiyonlarda; tek
koloni ekimi
• %5-10 CO2’li ortamda 35-37ºC’de 24-
48 sa. inkübasyon

43
EKİM
• Her çizişte çaprazlayarak ekim
yöntemi
• Öze her çaprazlamadan sonra yakılır
• Bakteri seyreltilmiş olur
• Baskın olan koloniler
• Balgam kültürü sonuçları Gram
boyaması sonuçları ile birlikte
yorumlanma

44
Streptococcus pneumoniae
(Pnömokoksik pnömoni)
• Hastaneye yatırılması gereken toplum
kaynaklı pnömonilerin en sık nedeni
• Tüm pnömonilerin %10-35’i
• İnfluenza infeksiyonu sonrası
• Öksürük, pas rengi balgam, plöretik
gögüs ağrısı,ateş, taşikardi, takipne
• Lökositoz, sedimentasyonda artış

45
Figure 21.21
 Laboratuvar Tanı
• Mikroskobi; Gram boyama
• Kültür
• Antijen saptanması;
Lateks aglütinasyonu
CIE (Counter immunoelectrophoresis)
Balgamda Streptococcus pneumoniae

GRAM POSİTİF ZİNCİRLİ

DİPLOKOKLAR
Streptococcus pneumoniae pnömonisi
(Gram boyama)
• Gram pozitif diplokok ve PMNL, mum alevi veya
lanset şeklinde, virulansında polisakkarid kapsül
önemli

49
 Streptococcus pneumoniae
• MiKROSKOPİK
MORFOLOJİ Gram pozitif
diplokok mum alevi şeklinde
Streptococcus
pneumoniae
– Kanlı agarda alfa hemoliz
– Katalaz negatif
– Safra ve safra tuzlarıyla kolayca
lizis
– Optokine duyarlı
– İnülin fermentasyonu
-Deney hayvanına verilirse 48
saatte ölüm
-Kapsül şişme
reaksiyonu
51
 Streptococcus pneumoniae
• Kanlı agarda alfa
hemolitik koloniler
 Laboratuar Tanı:
Streptococcus pneumoniae
• Optokine duyarlı
İdentifikasyon Şeması

S. Pneumoniae’nın diğer a-
hemolitik streptokoklardan
ayrılması
Streptococcus pneumoniae
S.pneumoniae Viridans streptokoklar
_______________ __________________

Safra veya Erir Erimez

Sodyum deoksikolat’da

Optokine Duyarlı Dirençli

İnülin fermantasyonu Pozitif Negatif

Fareler için Virulan Etkisiz

Quellung reaksiyonu Pozitif Negatif

• penisilin duyarlılığı Oksasilin diski(1µg) kullanılarak belirlenir

• Oksasilin zonu;
≥20 mm ise penisiline duyarlı
≤19mm ise penisilin ve seftriakson/sefotaksim/meropenem MIK
değerleri belirlenir
• ~90 serotip

• Tüm serotipler aynı oranda invaziv değil

• Çocuk 6A, 14, 19F ve 23F serotipleri

(4,6A,6B,9V,12F,14,18C,19F,19a,23F)

• Erişkin 3, 19F ve 6A serotipleri

• Serotipler ile antibiyotik direnci arasında da bir ilişki
bulunmaktadır.

• Penisiline yüksek düzeyde dirençli suşların çoğunlukla

6,9,14,19 ve 23 serogruplarından olduğu bildirilmektedir.

Bogaert D, Groot de R, Hermans PWM Streptococcus pneumoniae colonisation:

Lancet Infect Dis, 2004
KORUNMA
• Multivalan pnömokok aşısı önemli
• Konjuge ve polisakkarit pnömokok aşısı

60
Staphylococcus aureus
• Toplum kökenli pnömonilerin %5’den azı
• Erişkinlerde influenza salgını sonrası,
çocuklarda kızamık infeksiyonu sonrası
• IV madde bağımlılığı,terminal böbrek hastalığı,
Florokinolon gibi antibiyotik kullanımı
• Ateş, kanlı balgam

61
 Balgamda Staphylococcus aureus
(Gram boyama)
• Üzüm salkımı şeklinde Gram pozitif koklar

62
Staphylococcus aureus
• Kanlı agar
• Sarı pigmentli, hemolitik koloni
• Katalaz pozitif
• Koagülaz pozitif (KNS ayrımı)

63
Haemophilus influenzae
• Küçük, Gram negatif kokobasil ve
PMNL
• Tip b
• 3-12 ay pik (3 ay-3 yaş)
• KOAH ve sigara erişkinde risk

64
Haemophilus influenzae
• Çikolatamsı agar, X faktör (hemin) and V faktör
(NAD, NADP) gerekli
• Aerob ortam veya %5 CO2 35-37oC
• Düz, 1-2 mm çaplı gri-kahverengi koloni

65
Moraxella (Branhamella) catarrhalis
• Küçük, Gram negatif diplokok, Bol
PMNL içinde veya dışında
• KOAH, DM, KS tedavisi
• Katalaz ve oksidaz pozitif
• Deoksiribonükleaz (DNase)
• Nitrat redüksiyon testi

66
 Gram negatif basil
• Alkolizm, DM,yaşlı,
hastane kaynaklı
pnömoni, nadiren
TKP
• Pseudomonas
auroginosa,
Escherichia coli,
Klebsiella
pneumoniae

67
CANDİDA, NOCARDIA

68
•Balgam örneğinde bol PNL
varlığına karşın mikroorganizma
görülmemesi;
*Antibiyotik kullanımı
*Mycoplasma pneumoniae
*Chlamydia pneumoniae
*Solunum yolu virusları
*Legionella pneumophilia

69
Mycoplasma pneumoniae
• Toplu yaşanan yerlerde, gençlerde
• En sık primer atipik pnömoni etkeni, ayakta
geçirilen pnömoni
• Ateş, titreme, kuru öksürük, başağrısı
• Lökosit normal olabilir
• Büllöz mirinjit (dış kulak yolu ve zarda
hemorajik büller), otoimmün hemoliz

70
Mycoplasma pneumoniae
• Seroloji, klinik
• İzolasyon
• Soğuk aglütinin (eritrosit antijenlerine karşı oluşan IgM
antikorları. Eritrositleri +4º’de aglütine etme -7. günden)
• Kompleman birleşmesi
• ELISA

71
Legionella pneumophila
• İleri yaş, malignite, KOAH, Sigara
• Yakın zamanda konaklamalı seyahat, otel, ofis
ortamında kalma
• Ev su tesisatında değişiklik, su kaynaklı
• Ateş antipiretikle düşmeyebilir
• Sol sis dışı bulgular; diare, BY, Hematüri, başağrısı,
konvülsiyon, miyalji, artralji
• Buffered charcoal yeast extract agar
• İdrarda antijen, immünfloresan, izolasyon
72
Chlamydia pneumoniae
• Toplum kökenli pnömonilerin %5’inden azı, segmenter
pnömonit
• 5 yaş üzeri
• Akc. grafisi bulguları FM’den fazla
• Boğaz ağrısı, öksürük, ses kısıklığı
• Mikroimmünofloresan testi; IgM veya IgG antikorlarında
titre artışı
• Hücre kültürü; Chlamydial inklüzyon cis. Elementer cisimcik

73
 TKP düşünülerek değerlendirmeye alınan hastalarda yapılması
önerilen laboratuvar tetkikleri
Birinci Poliklinik/ Yatan Hasta
Basamak Acil
Akciğer grafisi ± + +
Kan sayımı ± + +
Biyokimya ± + +
Balgamın Gram boyaması ± + +
Balgam kültürü - - +
Kan kültürü - - +
Seroloji - - ±
İdrarda Legionella antijeni - - ±
Torasentez - - +
Oksijen satürasyonuölçümü - + +
74
.
Seroloji ve Diğer Testler
• Mycoplasma, Chlamydia, Legionella ve Coxiella
enfeksiyonlarında akut dönemde IgM antikorlarının
gösterilmesi ya da sınır değerin üzerindeki yüksek IgG
titresinin saptanması tanıyı destekler.
• Erken ve iyilesme döneminde alınan serum örneklerinde dört
kat titre artısının veya serokonversiyonun gösterilmesi
retrospektif tanıda yararlıdır.
• Yoğun bakıma yatış gerektiren, hastane dışında başlangıç
tedavisine cevap vermeyen, alkolik veya plevral efüzyonu olan
hastalarda idrarda pnömokok ve Legionella antijen testleri
ayırıcı tanıda yararlıdır
Seroloji ve Diğer Testler
• Legionella pnömonisi için balgam ve solunum yolu
sekresyonlarında Legionella kültürü, direkt flueoresan
antikor (DFA) testleri yapılabilir.
• Legionella enfeksiyonu riskini artıran durumların
varlığında idrarda Legionella antijeni bakılmalıdır
VİRAL PNÖMONİ
• RSV (öz. 2 yaş altı)
• Parainfluenza
• Metapneumovirus
• İnfluenza
• SARS
• MERS

77
 RSV
• Paramyxoviridae ailesi
• 150-200 nm boyunda pleomorfik yapıda viruslardır
• Tek iplikçik (-) polariteli RNA

• Üredikleri hücre kültürlerinde sinsityal dev hücreler

oluşturdukları için “Respiratory Syncytial Virus” adını
almıştır
• Antijenik yapıları sabittir
• Nükleusu helikal simetrili kapsid çevreler
• Dışarda lipid zarfı mevcuttur
78
RSV

79
RSV
• Hücre yüzeyinde 10 nm boyunda iki farklı proteini
vardır(G,F)
• F protein:
• Füzyon özelliği kazandırır
• G proteini:
• Diğer paramyxoviruslarda bulunan HN proteinin yerine
RSV nin yapısında bulunur
• HN aktivitesi göstermez. Sadece hücreye bağlanmadan
sorumludur

80
 RSV
• Solunum yolu ile bulaşır
• Virus normalde burun ve boğazın muköz membranlarında
üremekte iken çok genç ve çok yaşlılarda alveollere kadar
uzanacak düzeyde alt solunum yollarında kolonize
olabilirler
• Bebek ve çocuklarda fatal seyredebilen alt solunum
yolu infeksiyonu (pnömoni ve bronşit) oluşturur
• Hastane infeksiyonu yapması açısından
önemlidir
• Çocuk kliniklerinde önemli salgınlara yol açar
• 1 yaş altında pnömoni %25 81
RSV

82
PARAİNFLUENZA
• Paramyxoviridea familyası
• Genellikle bebek ve çocuklara
solunum yollarıyla bulaşıp çeşitli
hastalıklara yol açarlar
• Tek sarmallı, negatif polariteli RNA
• Tümü antijenik olarak sabittir.

83
 PARAİNFLUENZA
• HN glikoproteini:
• Virusun konak hücre yüzeyinde
sialik asit içeren reseptörlere
bağlanmasını sağlar.
• Hemaglutinin ve nöraminidaz
aktiviteleri vardır.
• F glikoproteini:
• Virüsün hücre içine
penetrasyonu ve konak hücreler
arasındaki sinsitya oluşumu ile
ilişkili
84
PARAİNFLUENZA
• Genel olarak zararsız üst solunum yolu
infeksiyonlarına neden olmaktadırlar
• Ancak bu viruslar özellikle ilk 6 ay olmak üzere
çocuklarda krup (laringotrakeobronşit), bronşiolit,
pnömoni gibi ciddi hastalıklara yol açabilirler
• Tip 3; alt solunum yolu enfeksiyonu;
(bronkopnömoni, bronşiolit)

85
İnsan metapneumovirüsleri
• İlk kez 2001 yılında solunum sistemi hastalığına yol açan
bir etken olarak tanımlanmıştır .
• Alt solunum yolu enfeksiyonları içerisindeki sıklığı % 1,5-
% 24.
• Preterm doğmuş süt çocukları mortalite ve morbidite
açısından en riskli grup

Van den Hoogen BG, Nat Med 2001;7:719-24

Principi N, Clin Microbiol Infect 2006; 12(4):301-8.

İNFLUENZA

• İnfluenza virüsleri antijenik özelliklerine göre A, B,

ve C tiplerine ayrılırlar.
• A tipi insanlarda ve hayvanlarda, özellikle ciddi
hastalığa neden olur ve pandemiler yapabilir.
• A tipi virüsler iki yüzey glikoproteinine, hemagglütinin (H)
ve nöraminidaza (N) göre alt tiplere ayırılırlar.
• B tipleri sadece insanlarda; B ve C tipleri daha hafif
bir hastalıktan sorumludurlar
• Orthomiyxoviridae ailesi
• Helikal simetrili,zarflı
• Tek iplikçili RNA virüsleri
• Viral genom içinde antijenik yapıdan sorumlu
nikleoproteinler var
• Nükleik asid genomunu kapsid çevreler
• Kapsidin diışında matriks protenin , en dışta da lipid
yapısında bir zarf bulunur
• Zarfın dışında çıkıntılar glikoprotein yapıda olup,
hemaglütinasyon(HA) ve nöraminidaz (NA) yapma
özelliği kazandırır. 88
 ……INFLUENZA

Panel B: © Dennis Kunkel

Microbiology: A Clinical Approach © Garland Science
 İNFLUENZA
• Patogenez:
• HA: Hücreye tutunma, nötralizan antikorların hedefi
• 5 antijenik bölge
• NA: Müsini yumuşatma
• Hücreden salınımı sağlama
• PB1: İnsandan insana bulaş yeteneği
• M: Matriks proteinleri:
• M1: viral bir araya gelme
• M2: Uncoating, iyon kanalı
90
İNFLUENZA
• Kuş/Domuz Gribi (avian/swine influenza)
• A(H9N2), A(H7N7), A(H5N1), A(H7N9), vb
• Pandemik Grip (pandemic influenza)
• A(H1N1)pdm 09
• Mevsimsel Grip (seasonal influenza)
• A(H3N2), A(H1N1)
• Varyant/zoonotik İnfluenza
• A(H5N1), A(H7N9), A(H3N2)v, A(H1N1)

91
İNFLUENZA
• ANTİJENİK DRİFT: (H) ve (N) gibi glikoproteinlerde
(kayma) meydana gelen nokta mutasyonlar sonucu ortaya
çıkan küçük antijenik değişiklikler
• İnf A ve İnf B
• Yeni subtip oluşmaz, epidemilere yol açar
• ANTİJENİK SHİFT: Genomu oluşturan 8 nükleik asit
(sapma) parçasının yeniden düzenlenmesi sonucu ortaya
çıkan büyük değişiklikler
• Genetik reassortment;HA ve/ve NA da büyük ve ani genetik
varyasyonlar
• 2009 H1N1 pandemik suşu avian, insan ve domuz inf
viruslarının bir reassortment virusudur 92
İNFLUENZA

93
İNFLUENZA

94
SARS

• İlk kez Kasım 2002’de Guangdong’da (Çin) bir tür

atipik pnömoni salgını.
• Etkenin coronavirüsler olduğu daha sonraları
saptanabilmiştir (SARS-CoV).
• Bu salgında, 1 yılda 8000’den fazla kişi SARS
nedeniyle kaybedilmiştir.
SARS
• Etken coronaviridae familyası, Coronavirüs cinsine ait
virüslerdir. Bu virüse, zarfında bulunan topuz şeklindeki
çıkıntılar nedeniyle bu isim verilmiştir.
• Pleomorfik yapıda, zarflı, pozitif iplikli, tek zincir RNA'ya
sahiptir.
• Eter,asit ve ısıya duyarlıdırlar.
• SARS-CoV insanlarda ciddi hastalığa neden olan ilk
Coronavirüs olarak düşünülmektedir.
• Genom yapısı SARS-CoV’ün bilinen coronavirüslerin mutantı
veya rekombinantı olmadığını göstermiştir

96
 MERS CoV
• The Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus
(MERS-CoV) ilk olarak Ürdün’de Nisan 2012’de ortaya
çıktı
• 60 yaşındaki pnömoni ve renal yetmezlikli bir hastada
eylül 2012’de yeni bir virüs olarak tanımlandı
• Orta büyüklükte, zarflı, RNA virüsüdür. Bilinen en büyük
viral genoma sahiptir

97
MERS CoV

98
 MERS CoV
• Kaynak
• Tam olarak bilinmemektedir.
• Yarasa ve develerle ilgili öngörüler mevcuttur.
• Genetik sekanslama sonuçlarına göre yarasa virüsleri ile çok
yakın olduğu saptanmıştır
• Hayvanları da enfekte edebilir.
• Hastalık Arabistan yarımadasında görülmektedir.
• Suudi Arabistan, Ürdün, Katar ve Birleşik Arap Emirlikleri.
• Tunus, İtalya, Almanya, Fransa ve İngiltere’de de doğrulanmış
vakalar vardır

99
 MERS CoV
• MERS klinik bulgular
• İnkübasyon periyodu 9-12 gündür.
• Semptom ve bulgular
• Ateş, öksürük, dispne ve solunum amplitünde azalma
ilebirlikte pnömoni
• İmmün yetmezlikli hastalarda diyare gibi atipik semptomlar
görülmüştür
• Şiddetli pnömoni
• Akut solunum yetmezliği sendromu
• Mekanik ventilasyon, ekstrakorporal membran
oksijenizasyonu
100
 MERS CoV
• Akut böbrek hasarı
• Gastrointestinal semptomlar
• Perikardit
• DIC
• %21 olgu orta ya hiç semptomsuz
• %96 altta yatan hastalık mevcut
• DM %68, HT %34, KKH %28 ve KBY %49

101
MERS CoV
• Laboratuvar
• Lökopeni, lenfopeni,
• Trombositopeni,
• ALT ve AST yükseklikleri,
• LDH yüksekliği,
• BUN, kreatinin yükseklikleri,
• DIC ve hemoliz bulguları
• Bu laboratuvar anormallikleri hastalarda %50 ile 10
arasında saptanmıştır.

102
MERS CoV
• Tanı
• Tavsiye edilen testler
• RT-PCR
• Nükleik asit sekanslama

• Tavsiye edilen örnekler

• Alt solunum yolu örnekleri-balgam, endotrakeal aspirat, BAL
• Üst solunum yolu örnekleri-nazofaringeal ve orofaringeal swab ya da
nazofaringeal aspirat
• Kan, gaita, idrar
• Farklı zamanlarda, farklı yerlerden çok sayıda örnek alınması
• Akut ve konvalesan faz serum örnekleri-2 ile 3 haftadan daha fazla
zaman aralığı

103
MERS CoV
• Salgına genel bakış
• Genel olarak Arabistan yarımadası etkilendi.
• Bütün hastalarda seyahat ya da seyahat eden kişi ile
temas öyküsü vardır.
• İnsandan insana bulaşmaktadır.
• Mortalitesi yüksektir.
• İleri yaş ve altta yatan hastalıklarla ve erkek cinsiyetle
birliktedir.
• Özellikle akciğer tutulumu belirgindir.

104
MERS CoV
• •

105
SARS-CoV-2
• Koronavirüs hastalığı 2019 (COVID-19)
şiddetli akut solunum sendromu
koronavirüsü 2 (SARS-CoV-2)'nin neden
olduğu bulaşıcı bir hastalıktır.
• İlk vaka ile Çin'in Hubei eyaletinin Vuhan
şehrinde Aralık 2019 tarihinde
karşılaşılmıştır.
• .
SARS-CoV-2
• Covid-19 semptomları genellikle değişkendir fakat ateş,
öksürük, yorgunluk, nefes almakta zorluk, anozmi (koku
alma duyusunda kayıp) ve tat alma duyusunda kayıp gibi
semptomlar sıkça görülen semptomları arasındadır.
• Semptomlar virüsle temastan bir ile on dört gün içerisinde
görülmektedir.
• Enfekte olan kişilerden yaklaşık olarak beş kişiden birinde
herhangi bir belirti görülmemektedir.
• Çoğu insanda hafif semptomlar görülmesine karşın bazı
insanlarda akut solunum sıkıntısı sendromu (ARDS)'nin
görülmesine neden olabilmektedir.
• ARDS sitokin fırtınalarına, çoklu organ yetmezliğine,
sepsise ve tromboza neden olabilmektedir. (Özellikle
SARS-CoV-2
• Organlarda uzun vadeli hasarlar gözlemlenmiştir.
• Hastalığın akut evresini geçirmiş olmalarına rağmen çeşitli
etkileri aylarca yaşamaya devam eden kayda değer sayıda
hastanın bulunması endişelere neden olmaktadır. Bu
durum ayrıca Long Covid olarak da bilinmektedir.
• Bu etkiler arasında şiddetli yorgunluk, hafıza kaybı da
dahil olmak üzere bilişsel problemler, düşük derecelerde
ateş, kaslarda güçsüzlük ve nefes darlığı bulunmaktadır