Kryžiaus formos DNR struktūros ( Cruciform)

1. Kartais klaidingai vadinamos palindromais – žodžiai, kuriuos skaitant iš

abiejų pusių gaunamas tas pats žodis. Taip nutinka, nes kryžiaus formos
struktūroms būdinga atvirkštiniai pasikartojimai - tai identiškos bazių
sekos komplementariose grandyse. Šios sekos skaitant tiek iš vienos
pusės, tiek iš kitos yra vienodos. Kryžiaus formos DNR persitvarko taip,
kad kiekvienas pasikartojimas jungtųsi su tos pačios DNR grandies
kompliementariom sekom. Tam reikalingi šešių (6) ar daugiau nukleotidų
pasikartojimai.

Kryžiaus formos DNR susidarymas, palyginti su B formos susidarymu, yra

energetiškai nepalankus. Išstumti tokias struktūras iš DNR spiralės reikia
energijos, kuri yra neigiamai superspiralizuotoje DNR. Kryžiaus formos
DNR lengviau susiformuoja daug A ir T nukleotidų porų turinčioje DNR.

2. Skiriamos trys tokios struktūros dalys: išsišakojimo taškas, atšaka ir

kilpelė, kurios dydis priklauso nuo atstumo tarp atvirkščiai
pasikartojančių motyvų. Tai labai paveikia DNR geometriją ir toliau viena
nuo kitos esančios sekos atsiduria arčiau.

3. Yra nustatyti trys kryžiaus formos DNR išsidėstymo būdai, galintys kisti ir
tapti vienas kitu. Pirmas yra išklotinis „unfolded“, labiausiai panašus į
kryžių. Antras – lenktas (bent), kai išsišakojimai yra palinkę link
pagrindinės DNR grandies. Trečias – „stacked“, kai išsišakojimai
užsilenkia ir labai priartėja prie pagrindinės grandies.

4. In vitro tokios struktūros stebėtos žiedinėje plazmidžių ir bakteriofagų

DNR. Nustatyta, kad kryžiaus formos struktūros susidarymas, pvz., ties
bakterijų promotoriais, daro įtaką genų transkripcijai. Jų išsidėstymas
genome dažnai yra ne atsitiktinis. Jų lokalizacija siejama su chromosomų
lūžių vietomis, kurios siejamos su genetinėmis ligomis.

5. Šių dienų genomo sekų analiziniai tyrimai rodo, kad genomo

nestabilumai, atsiradę dėl nekanoninėmių DNR struktūrų įtakos, ne tik
lemia didesnį polinkį sirgti genetinėms ligomis, bet ir prisideda prie
sparčių evoliucinių pokyčių. Ypač vystymosi ir reguliacinių funkcijų
genuose. Eksperimentiniai tyrimai leido daryti prielaidą, kad kryžiaus
formos DNR struktūros gali atlikti reguliacinę funkciją DNR replikacijoje ir
genų raiškoje įvairiuose prokariotuose ir eukariotuose.
 Įrodyta, kad kryžiaus formos nekanoninės struktūros gali sukelti
mutacijas, tokias kaip padidėjimas, delecija ir translokacija.
Taip pat ši DNR struktūra įtakoja ir DNR superspiralizacijos laipsnį,
nukleosomų padėtį in vitro ir antrinės DNR struktūros formaciją.
Įtariama, jog kryžiaus formos DNR gali turėti įtakos ir tokioms ligoms
kaip vėžys ar Varnerio (ankstyvaus senėjimo) sindromas.

6. Apibendrinimas

Nekanoninės DNR struktūros: paslinktoji, kryžiaus formos, triguba DNR

spiralė ir DNR kvadrupleksas gali lemti įvairius chromosomų genomo
pokyčius ir kitas mutacijas bei ligas. Daugiau nei 40 genetinių ligų
išsivysto kaip tik dėl šių neįprastų DNR struktūrų.