9.3 Systematics Phylogenetics

WHAT DO BIO-SYSTEMATICS AND
PHYTOGENETICS MEAN?
PGS.TS. Đinh Đoàn Long

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
KHOA Y DƯỢC
VIETNAM NATIONAL UNIVERSITY-HANOI
SCHOOL OF MEDICINE AND PHARMACY
KHOA Y DƯỢC
VNU SCHOOL OF MEDICINE AND PHARMACY
KHOA Y DƯỢC
KHOA Y DƯỢC
2 TYPES OF SCIENTIFIC INVESTIGATION

➢ Basic vs Applied RESEARCH
• Basic Research / Invention (phát minh / mô tả - WHY?)
➢ Quan sát
➢ Phân tích dữ liệu (định tính / định lượng)
Hồi cứu
➢ Lập luận quy nạp (điểm chung từ số lượng lớn quan sát)
• Applied Research /Innovation (sáng chế / giải thích – HOW?)
➢ Lập luận suy diễn (logic “nếu … thì”; ngược chiều Lập luận quy nạp)
➢ Hình thành giả thuyết Tiến cứu

➢ Thiết kế thí nghiệm
(chọn đối tượng, biến độc lập/phụ thuộc; đối chứng/thí nghiệm ...)
➢ Tiến hành thí nghiệm
Đinh Đoàn Long
(các phương pháp điều tra – phân tích: lý - hóa – sinh, tin …)
➢ Thu thập số liệu và xử lý thống kê
(các phương pháp tính, thống kê, biểu diễn số liệu - bảng/hình …)
➢ Diễn giải kết quả thí nghiệm
(kết luận; nhận định; hình thành câu hỏi/giả thuyết mới)
KHOA Y DƯỢC

➢ RESEARCH / DISCOVERY vs INNOVATION / INVENTION
Đinh Đoàn Long
KHOA Y DƯỢC

➢ RESEARCH vs INNOVATION / INVENTION
GIẢI PHÁP
NĂNG LỰC ÁP DỤNG
YES Kiến thức, Kĩ năng (t/p NĂNG LỰC)
VẤN ĐỀ
NO
Suy đoán LẬP LUẬN
Lý thuyết, Học thuyết
SUY DIỄN
NĂNG LỰC
LẬP LUẬN
TÌM HIỂU –
QUY NẠP Hình thành Giả thuyết
KHÁM PHÁ
KHOA HỌC
Diễn giải kết quả thí nghiệm
(Phát minh
(Kêt luận, Nhận định,
và Sáng chế)
Đặt câu hỏi / Giả thuyết mới) Thiết kế thí nghiêm
Đinh Đoàn Long
Phân tích, So sánh, Tổng hợp số liệu

Tiến hành thí nghiêm
Thu thập số liệu,

Xử lý thống kê
KHOA Y DƯỢC
CHỦ ĐỀ 4. KIỂM TRA ĐÁNH GIÁ HSG SINH HỌC THAY ĐỔI THẾ NÀO?
➢ RESEARCH vs INNOVATION / INVENTION

GIẢI PHÁP
KHẢ NĂNG ÁP DỤNG
YES Kiến thức, Kĩ năng
VẤN ĐỀ
NO
Suy đoán LẬP LUẬN
Lý thuyết, Học thuyết
SUY DIỄN
NĂNG LỰC
LẬP LUẬN
TÌM HIỂU –
QUY NẠP Hình thành Giả thuyết
KHÁM PHÁ
KHOA HỌC
Diễn giải kết quả thí nghiệm
(Phát minh
(Kêt luận, Nhận định,
và Sáng chế)
Đặt câu hỏi / Giả thuyết mới) Thiết kế thí nghiêm
Đinh Đoàn Long
Phân tích, So sánh, Tổng hợp số liệu

Tiến hành thí nghiêm
Thu thập số liệu,

PHÂN TÍCH, Xử lý thống kê CÔNG NGHỆ,
TỔNG HỢP, KỸ THUẬT
ĐÁNH GIÁ
KHOA Y DƯỢC
WHAT DOES BIOSYSTEMATICS MEAN?

➢ HỆ THỐNG HỌC SINH HỌC LÀ GÌ? WHY? HOW?
Carl Linneaus (1707 - 1778) Phân

➢ 1758 “phát minh” khóa định loại loại học
lưỡng phân sinh học
HỆ THỐNG HỌC SINH HỌC

Darwin(1809-1882)Wallace(1823–1913) Tiến
➢ 1868 đồng công bố “tiến hóa hóa học
nhờ chọn lọc tự nhiên” hiện đại
Gregor Mendel (1822 - 1884) Cơ sở

➢ 1867 công bố “hai qui luật di truyền” tiến hóa
Đinh Đoàn Long
và phát
Friedrich Miescher (1844 - 1895) sinh
➢ 1869 phân lập được Nuclein (chất sinh
giới Tiến
nhiễm sắc) từ nhân tế bào
Hồi cứu cứu
Sự tiến hóa các hệ gen
PowerPoint® Lecture Presentations for
Biology
Eighth Edition
Neil Campbell and Jane Reece
Lectures by Chris Romero, updated by Erin Barley with contributions from Joan Sharp
Copyright © 2008 Pearson Education, Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings
Novel key concepts from Human Genome Projects
1. Những phát hiện bất ngờ về hệ gen người (số

lượng gen ít một cách bất ngờ)
2. Vai trò của ET trong tiến hóa
3. Tiến hóa các họ gen (ví dụ hemoglobin)
4. Tiến hóa gen FOXP2 ở người
5. Đồng hồ phân tử
Copyright © 2008 Pearson Education Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings

• Hệ gen học (Genomics) nghiên cứu về toàn bộ
các gen và mối tương tác giữa chúng
• Tin sinh học (Bioinformatics) ứng dụng máy tính
trong lưu giữ và phân tích các dữ liệu sinh học
• Các công cụ phân tích Tin sinh học:
– Trong tâm Công nghệ Thông tin (NCBI) thuộc Viện Sức khỏe
Hoa kỳ (NIH)
– PTN SHPT Châu Âu (EMBL)
– Ngân hàng Dữ liệu ADN Nhật Bản (DDBJ)
• Cho phép tìm trong Genbank:

– Trình tự ADN đặc thù
– Trình tự Protein dự đoán / suy diễn
– Các đoạn trình tự aa phổ biến / đặc trưng protein
– Cấu trúc 3D của tất cả các protein đã xác định

Fig. 21-4
Fig. 21-5
Các protein
Fig. 21-7
Các Exon (mã hóa protein
hoặc rARN hay tARN) (1.5%)
ADN lặp lại

gồm cả Intron và
Yếu tố di truyền các trình tự
Vận động (ET) điều hòa
và các trình (24%)
tự liên quan
(44%)
Trình tự
ADN không mã
L1 hóa đơn nhất
(17%) ADN lặp (15%)
lại không
liên quan
ET (15%)
Alu
(10%)
Trình tự ADN Lặp đoạn lớn (5–6%)
lặp đơn giản (3%)
Fig. 21-11
NST 16 của người
Các khối ADN
Các khối ADN tương ứng ở 4 NST của chuột

7 8
16
17
Tiến hóa các gen và chức năng liên quan: sự hình
thành các họ gen (vd: Các gen Globin của người)
• Tiến hóa từ gen tiền thân globin chung, lặp và
phân ly khoảng 450–500 triệu năm trước
• Sau khi lặp, đột biến được tích lũy tạo gia họ
gen gồm các gen khác nhau

Fig. 21-13
Gen globin tiền thân
Lặp gen
Đột biến ở
Thời gian tiến hóa
2 bản sao  
Vận động tới các NST

khác nhau
 
Tiếp tục lặp và
đột biến
    
    2 1   G A
  
2 1
Họ gen -Globin Họ gen -Globin
trên NST 16 trên NST 11
Đồng hò phân tử của Hemoglobin (mức thay đổi tương đối ổn định qua 500 triệu năm)
Fig. 21-15
Vi khuẩn
Tổ tiên chung
gần nhất
của tất cả
Eukarya
các dạng
sống
Archaea
4 3 2 1 0
Tỉ năm trước
Tinh tinh
Người
Chuột
70 60 50 40 30 20 10 0
Triệu năm trước
• Hệ gen người và tinh tinh khác nhau khoảng
1,2% bởi các SNP và khoảng 2,7% do mất
hoặc thêm đoạn
• Một số gen ở người tiến hóa nhanh hơn ở tinh
tinh, gồm các gene bảo vệ cơ thể chống lại sốt
rét và lao phổi, điều hòa kích thước não bộ, và
các gen mã các yếu tố phiên mã
• Gen FOXP2 giải thích người giao tiếp được
bằng ngôn ngữ vượt trội so với tinh tinh

So sánh hệ gen người
• Người xuất sứ từ “Adam & Eva” khoảng 120.000

- 200.000 năm trước với mức biến dị thấp
• Chủ yếu là SNP; một số ít là lặp, mất và thêm
đoạn NST
• Quan trọng trong phân tích dịch tễ học
(epidemiology)

Công cụ quan trọng của hệ
thống học: Vẽ và ứng dụng
Cây phát sinh chủng loại
Các khái niệm then chốt
Cây phả hệ (pedigree tree) vs Cây quan hệ di truyền (genetic
distance tree) vs Cây phát sinh chủng loại (phylogenetic tree)
Các khái niệm then chốt
1) Mọi dạng sống đều quan hệ với nhau qua lịch sử tiến
hóa (cách đọc/diễn giải các loại cây phát sinh chủng
loại)
2) Xây dựng cây quan hệ di truyền và cây phát sinh

chủng loại từ đặc điểm phát sinh của các taxon
(đơn vị phân loại bất kỳ) (cách vẽ cây quan hệ di
truyền và cây phát sinh chủng loại)
3) cây phát sinh chủng loại là cơ sở cho Sinh học so

sánh và Sinh học dự đoán (ứng dụng của cây phát
sinh chủng loại)
Khái niệm 1.
Mọi dạng sống đều có quan hệ với nhau qua lịch sử tiến hóa
Một cây phát sinh chủng loại có thể được dùng để

phản ánh lịch sử tiến hóa của:
• Tất cả các dạng sống
• Các nhóm tiến hóa lớn
• Các nhóm tiến hóa nhỏ (các loài gần gũi)
• Giữa các cá thể
• Giữa các quần thể
• Giữa các gen
(trừ gen, được gọi chung là các đơn vị phân loại)
Khái niệm 1.
Một cách phổ biến, khoảng cách giữa các nhánh về

chiều dọc (cây chiều ngang) không có ý nghĩa
thông tin; Thứ tự các dòng dõi theo chiều dọc chỉ
có tính ngẫu nhiên.
Khái niệm 1.
Taxon (Đơn vị phân loại) - nhóm các quần thể/

loài/gen có thể được chỉ định bằng một tên nhất định
Clade (Nhóm huyết thống/Nhánh) – một đơn vị phân

loại gồm tất cả hậu duệ của cùng một tổ tiên chung
Để xác định Nhóm huyết thống, hãy xác định một điểm
phân li trên cây rồi “gộp” tất cả các dòng dõi hậu duệ
(con, cháu) từ điểm phân li đó.
Khái niệm 1.
Loài chị, em (Sister species): hai loài có quan hệ gần

nhất (chung 1 loài tổ tiên)
Nhóm huyết thống chị, em (Sister clades): hai nhóm

huyết thống có quan hệ gần nhất (chung 1 loài tổ tiên)
Các Nhóm huyết thống biểu diễn tất cả hậu duệ (con, cháu) của một Tổ tiên chung
Khái niệm 1.
Mỗi đặc điểm của một cơ thể/loài đều tiến hóa từ

trạng thái này (tính trạng tổ tiên/ancestral trait) tới
trạng thái khác (tính trạng phái sinh - derived
trait).
Các tính trạng phái sinh được chia sẻ chung (giống

nhau) cung cấp bằng chứng về tổ tiên chung của
một nhóm được gọi là đặc điểm/tính trạng phái
sinh chung (synapomorphies).
Cột sống là tính trạng phái sinh chung của Nhóm

động vật có xương sống. Tính trạng tổ tiến là dạng
ống đỡ không phân đốt.
Khái niệm 1.
Các đặc điểm tương đồng (Homologous features)

có tính chất:
• Cùng giống nhau ở hai hay nhiều taxon
• Được truyền lại (di truyền) từ một tổ tiên chung
Chúng có thể là bất cứ “tính trạng” nào, như “trình tự

ADN”, cấu trúc protein, đặc điểm giải phẫu hay kiểu
hành vi (kiểu hình tập tính)
Khái niệm 1.
Mặc dù vậy các tính trạng có thể giống nhau

xuất hiện ở những đơn vị phân loại không có
quan hệ gần gũi (đặc điểm tương tự)
Tiến hóa đồng quy/hội tụ - khi những tính

trạng cực kỳ giống nhau xuất hiện ở những
dòng dõi tiến hóa độc lập
Xương là tính trạng tương đồng, nhưng cánh là đặc điểm tương tự
Khái niệm 2.
Xây dựng cây quan hệ di truyên và cây phát sinh chủng loại
Nguyên lý vẽ cây quan hệ di truyền
Nguyên lý / Mô tả
Phương pháp
Ma trận khoảng Cây “tối ưu” được vẽ thông qua tính khoảng cách di truyền
cách - UPGMA giữa từng cặp taxon. Cặp taxon có sự tương đồng di truyền
(Distant matrix & cao nhất nhiều khả năng có tổ tiên chung gần nhất. Từ đó
Neighbor joining)
khoảng cách giữa tổ tiên chung này được tính lại với các
taxon còn lại. Các khoảng cách này có thể được dùng để
xác định cách phân nhánh và chiều dài mỗi nhánh hậu duệ.
Theo nguyên tắc đó, cây quan hệ di truyền (genetic distant
tree) thường là cây suy diễn “duy nhất”
* Mở rộng thêm Nguồn: evolution.berkeley.edu

Khái niệm 2.
Xây dựng cây quan hệ di truyên và cây phát sinh chủng loại
Nguyên lý vẽ cây phát sinh chủng loại
Nguyên lý / Mô tả
Phương pháp
Tiết kiệm tối đa Cây “tối ưu” là cây cần ít sự kiện tiến hóa (phát sinh) nhất
(Parsimony)
Khả năng cao Nguyên lý liên quan đến “cây tiết kiệm tối đa”; nhưng cây
nhất được chọn là cây có “khả năng cao nhất” (xác suất cao nhất
(Maximum khi tập hợp nhiều dữ liệu quan sát được khác nhau)
likelihood)
Bayesian* Nguyên lý liên quan đến “cây Khả năng cao nhất”; nhưng
cây được chọn không chỉ dựa trên xác suất cao nhất (về
thống kê) khi tập hợp các dữ liệu quan sát được mà các
bằng chứng tiến hóa (bổ sung) được dùng để cập nhật hoặc
suy luận ra xác suất cho việc một giả thuyết có thể đúng.
* Mở rộng thêm Nguồn: evolution.berkeley.edu

Khái niệm 2.
Xây dựng cây phát sinh chủng loại từ các tính trạng/đặc điểm
Cây có gốc (rooted tree) - loài tổ tiên được xác định
NR = (2n – 3)!/[2n-2 (n - 2)!]
Vd: n = 5  NR = 105
Cây không gốc (unrooted tree) - loài tổ tiên chưa/

không được xác định
Nu = (2n – 5)!/[2n-3 (n - 3)!]
Vd: n = 5  Nu = 15
Khái niệm 2.
Khái niệm 2.
Để xây dựng cây phát sinh chủng loại:
Thành viên trong nhóm (Ingroup) – nhóm các

taxon được quan tâm chính.
Thành viên ngoài nhóm (Outgroup) – taxon

hoặc nhóm các taxon có quan hệ gần nhưng về
mặt chủng loại phát sinh nằm ngoài nhóm được
quan tâm chính (độc lập với tổ tiên chung gần
nhất của các loài trong nhóm).
Khái niệm 2.
Các dạng cây phát sinh chủng loại:
Cây phân nhánh Cây phân ly thời gian Cây phát sinh chủng loại
Khái niệm 2.
Cây phân nhánh Cây cộng hợp Cây cân đối

Khái niệm 2.
Cây phân nhánh Cây cộng hợp Cây cân đối

Khái niệm 2.
Cây cân đối
(Ma trận khoảng cách cân đối)
Đối với từng cặp Taxon giá trị
trong bảng ma trận khoảng
cách đúng bằng tổng độ dài
các nhánh chia đều (cân đối)
cho 2 nhánh từ điểm phân ly
Cây cộng hợp

(Ma trận cộng hợp)
Đối với từng cặp Taxon giá trị
trong bảng ma trận khoảng
cách đúng bằng tổng độ dài
các nhánh dọc theo 2 nhánh từ
điểm phân ly
VÍ DỤ
Diễn giải (suy luận) từ cây phát sinh chủng loại
Khái niệm 2.
Nguyên tắc “tiết kiệm tối đa” (parsimony) – Cây

phát sinh chủng loại cần ít sự kiện phái sinh nhất
Điều này có nghĩa, số sự kiện thay đổi tiến hóa cần

thiết tính chung cho tất cả các tính trạng, tất cả các
nhóm là ít nhất.
Giả thiết nhiều khả năng xảy ra nhất là giả thiết cần
số lượng tính trạng đồng loại ít nhất.
Khái niệm 2.
Các đặc điểm phát sinh có thể dùng
để vẽ cây PSCL
• Hình thái
• Sinh học phát triển
• Cổ sinh vật học (hóa thạch)
• Hành vi
• Ngôn ngữ
• DỮ LIỆU PHÂN TỬ
Trình tự ADN giờ đây đã trở thành dữ liệu
được sử dụng phổ biến nhất để xây
dựng các cây phát sinh chủng loại.
Thông tin về sản phẩm của gen (trình tự
ARN hoặc aa trong protein) cũng có thể
được sử dụng.
Phương pháp vẽ cây quan hệ di truyền (UPGMA)
Phương pháp vẽ cây quan hệ di truyền (UPGMA)
Tính tốc độ tiến hóa theo cây UPGMA:
+ Khái niệm “thời gian tiến hóa T”: 1 2 3
T = 2K/r (từ pt 10.3)
K = T/2r (từ pt 10.3)
+ Dùng Taxon ngoài nhóm (outgroup)
A
để tính tốc độ tiến hóa trong nhóm
d12 = dA1 + dA2
d13 = dA1 + dA3
d23 = dA2 + dA3
 Vậy ta có:
dA1 = (d12 + d13 – d23)/2
dA2 = (d12 + d23 – d13)/2
dA3 = (d13 + d23 – d12)/2
Ví dụ về tính tốc độ tiến hóa tương đối:
 Vậy ta có: X
dXM = (dMR + dMQ – dQR) / 2 = 2% Y
dXQ = dMQ – dXM = 6% – 2% = 4%
dZN = (dNR + dNP – dRP) / 2 = 6%
dZP = dNP – dZN = 8% – 6% = 2%
Z
=X
=X
X
 ta tính Y
dXY = (d(MQ)N +d (MQ)R–dNR–dMQ) / 2 = 2%
dYR = d MR–dxM–dxy = 8 – 2 – 2 = 4%
=X =Z
=X
=Z
X
Y
 ta tính:
dYZ = dMP – dXM – dXy – dZP = 6%
Z
Khái niệm 2.
Xây dựng cây phát sinh chủng loại (phương pháp Parsimony)
Các bước
1) Chọn đơn vị phân loại được quan tâm (vd: các loài trong chi, các chi
trong họ, các họ trong bộ, v.v.)
2) Xác định các đặc điểm có/không có; số lượng (phân đoạn, phân đốt); phổ
biến là Hình thái / Giải phẫu / Phân tử (lưu ý đặc điểm “tương đồng”)
3) Xác định trật tự tiến hóa của các đặc điểm có thể dựa vào “loài ngoài
nhóm”, đặc điểm tổ tiên (bằng chứng hóa thạch), cây CLPS đã biết…
4) Xác định nhóm huyết thống dựa vào đặc điểm/tính trạng phái sinh
chung
5) Kiểm chứng bằng các phương pháp khác nhau (Parsimony / Maximum
likely hood / Bayern)
6) Vẽ cây phát sinh chủng loại (Tất cả các điểm phân nhánh phải chứa các
đặc điểm tiến hóa phái sinh là đặc điểm chung của các taxon hậu duệ;
Hầu hết các đặc điểm tiến hóa phái sinh chỉ xuất hiện một lần, trừ khi có
bằng chứng về “tiến hóa song song”)
Lưu ý: Để khẳng định giả thiết có thể tự hỏi: Liệu tính trạng phái sinh có
phải do tiến hóa đồng quy? Ý nghĩa tiến hóa của các đặc điểm phân tích?
Khái niệm 2.
KỸ THUẬT (vẽ cây Không gốc)

Taxon 1 Taxon 2 Taxon 3 Taxon 4
3 cây giả thuyết
Taxon 1 Taxon 3 Taxon 1 Taxon 2 Taxon 1 Taxon 2
1) Vẽ các cây PSCL giả thuyết có thể có Taxon 2 Taxon 4 Taxon 3 Taxon 4 Taxon 4 Taxon 3
(Nu = (2n – 5)!/[2n-3 (n - 3)!]  n = 4, N = 3) Các đặc điểm phát sinh
1 2 3 4 5 6
Taxon 1
Taxon 2
2) Lập bảng các đặc điểm phát sinh của các taxon Taxon 3
(Ví dụ ở đây là trình tự ADN) Taxon 4
3) Dựa vào mỗi đặc điểm phát sinh tìm cây PSCL theo
nguyên lý tiết kiệm tối đa (ở đây vẽ cây theo từng đặc
điểm phát sinh)
4) KẾT LUẬN: Cây PSCL tiết kiệm tối đa là cây 1 vì chỉ

cần 7 sự kiện, còn 2 cây còn lại cần 8 sự kiện.
Khái niệm 2.
KỸ THUẬT (vẽ cây có gốc, dựa vào Taxon ngoài nhóm)

Taxon 1 Taxon 2 Taxon 3
3 cây giả thuyết
1) Vẽ các cây PSCL giả thuyết có thể có
(NR = (2n – 3)!/[2n-2 (n - 2)!]  n = 4, N = 3)
Các đặc điểm phát sinh

1 2 3 4 5 6
2) Lập bảng các đặc điểm phát sinh của các taxon (Ví Taxon 1
dụ ở đây là trình tự ADN) Taxon 2
Taxon 3
Taxon ngoài nhóm
3) Dựa vào mỗi đặc điểm phát sinh tìm cây PSCL theo
nguyên lý tiết kiệm tối đa (ở đây là cây 1 chỉ cần 1 sự
kiện, trong khi 2 cây còn lại cần 2 sự kiện)
4) Tiếp tục dựa vào các đặc điểm phát sinh còn lại (2 –
6) bổ sung vào cây sao cho tất cả các đặc điểm phát
sinh được biểu diễn trên cây (ở đây chỉ vẽ các đặc
điểm phát sinh 2 - 4)
5) KẾT LUẬN: Cây PSCL tiết kiệm tối đa là cây 1 vì chỉ

cần 7 sự kiện, còn 2 cây còn lại cần 8 sự kiện.
Khái niệm 3.
Sử dụng cây phát sinh chủng loại
Ứng dụng cây phát sinh chủng loại
• Tái lập các sự kiện quá khứ:
▪ Dịch bệnh ở động vật (sự lây truyền vào người
từ động vật) để dự đoán khi nào và ở đâu, bằng
cách nào bệnh có thể truyền vào người.
▪ Ví dụ điển hình: HIV
➢ Cây phát sinh chủng loại phản ánh sự đa dạng của
các chủng HIV đang lưu hành và xác định nguồn
gốc các chủng virut HIV ở người.
➢ Theo đó người đã bị gây nhiễm HIV-1 từ Tinh tinh
và HIV-2 từ Khỉ đột.
Cây phát sinh chủng loại của HIV
Phân tích cây phát sinh chủng loại trong điều tra hình sự
• Đồng hồ phân tử (molecular clock):
• Tốc độ thay đổi ở cấp phân tử đủ ổn định để có thể
dự đoán thời điểm các dòng dõi tách li (phân li).
• Đồng hồ phân tử dùng tốc độ thay đổi trung bình ở
một gen hay protein nhất định để dự đoán thời điểm
tách li.
• Đồng hồ phân tử được “hiệu chỉnh” bằng các dữ
liệu độc lập – hóa thạch hoặc địa sinh học.
Một số công thức tham khảo (Ch 10, CSDTPT&TB):
+ Xác suất thay thế nu:
PC(t) = 1/4 + (3/4)e-4 (phương trình 10.1)
+ Số thay thế nu tại 1 vị trí (giữa 2 taxon)
K = – 3/4 ln [1 – (4/3)p] (phương trình 10.2)
+ Tốc độ thay thế nu (qua thời gian tiến hóa):
r = K/(2T) (phương trình 10.3)
Ví dụ cách tính tốc độ tiến hóa:
+ Xác suất thay thế nu:

PAB = 0,06 (pt 10.1)
+ Số thay thế nu tại 1 vị trí (giữa 2 taxon)
KAB = – 3/4 ln [1 – (4/3)0,06] (pt 10.2)
= – 3/4 ln [0,92] = 3/4 * 0,08 = 0,06
+ Tốc độ thay thế nu (qua thời gian tiến hóa):
rAB = 0,06/(2*1.000.000 năm) = 3*10-8 năm (pt 10.3)
Đồng hò phân tử của Hemoglobin (mức thay đổi tương đối ổn định qua 500 triệu năm)
Khái niệm 3.
Sử dụng cây phát sinh chủng loại
▪ Đồng hồ phân tử giúp ước tính thời điểm

HIV-1 lần đầu nhiễm vào người từ Tinh tinh.
▪ Đồng hồ được tinh chỉnh bằng các mẫu thu
thập vào các năm 1983 - 1998, rồi kiểm
chứng bằng mẫu thu vào những năm 1959.
▪ Từ đó xác định được virut HIV-1 tổ tiên xuất
hiện vào khoảng năm 1930.
Cây phát sinh chủng loại HIV-1 ở người
Cây phát sinh chủng loại HIV-1 ở người
Cây phát sinh chủng loại Covid-19 (báo cáo WHO, 2021)
Cây PSCL phục vụ sinh học dự đoán nguồn gốc SARS-CoV2









Q&A

9.3 Systematics Phylogenetics

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

9.3 Systematics Phylogenetics

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

WHAT DO BIO-SYSTEMATICS AND

PGS.TS. Đinh Đoàn Long

2 TYPES OF SCIENTIFIC INVESTIGATION

➢ Hình thành giả thuyết Tiến cứu

2 TYPES OF SCIENTIFIC INVESTIGATION

2 TYPES OF SCIENTIFIC INVESTIGATION

Phân tích, So sánh, Tổng hợp số liệu

Thu thập số liệu,

➢ RESEARCH vs INNOVATION / INVENTION

Phân tích, So sánh, Tổng hợp số liệu

Thu thập số liệu,

WHAT DOES BIOSYSTEMATICS MEAN?

Carl Linneaus (1707 - 1778) Phân

HỆ THỐNG HỌC SINH HỌC

Gregor Mendel (1822 - 1884) Cơ sở

PowerPoint® Lecture Presentations for

1. Những phát hiện bất ngờ về hệ gen người (số

Copyright © 2008 Pearson Education Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings

• Cho phép tìm trong Genbank:

Copyright © 2008 Pearson Education Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings

ADN lặp lại

Các khối ADN

Các khối ADN tương ứng ở 4 NST của chuột

Copyright © 2008 Pearson Education Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings

Gen globin tiền thân

Vận động tới các NST

Copyright © 2008 Pearson Education Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings

• Người xuất sứ từ “Adam & Eva” khoảng 120.000

Copyright © 2008 Pearson Education Inc., publishing as Pearson Benjamin Cummings

2) Xây dựng cây quan hệ di truyền và cây phát sinh

3) cây phát sinh chủng loại là cơ sở cho Sinh học so

Một cây phát sinh chủng loại có thể được dùng để

Một cách phổ biến, khoảng cách giữa các nhánh về

Taxon (Đơn vị phân loại) - nhóm các quần thể/

Clade (Nhóm huyết thống/Nhánh) – một đơn vị phân

Loài chị, em (Sister species): hai loài có quan hệ gần

Nhóm huyết thống chị, em (Sister clades): hai nhóm

Mỗi đặc điểm của một cơ thể/loài đều tiến hóa từ

Các tính trạng phái sinh được chia sẻ chung (giống

Cột sống là tính trạng phái sinh chung của Nhóm

Các đặc điểm tương đồng (Homologous features)

• Cùng giống nhau ở hai hay nhiều taxon

• Được truyền lại (di truyền) từ một tổ tiên chung

Chúng có thể là bất cứ “tính trạng” nào, như “trình tự

Mặc dù vậy các tính trạng có thể giống nhau

Tiến hóa đồng quy/hội tụ - khi những tính

* Mở rộng thêm Nguồn: evolution.berkeley.edu

* Mở rộng thêm Nguồn: evolution.berkeley.edu

Cây có gốc (rooted tree) - loài tổ tiên được xác định

NR = (2n – 3)!/[2n-2 (n - 2)!]

Cây không gốc (unrooted tree) - loài tổ tiên chưa/

Nu = (2n – 5)!/[2n-3 (n - 3)!]

Để xây dựng cây phát sinh chủng loại:

Thành viên trong nhóm (Ingroup) – nhóm các

Thành viên ngoài nhóm (Outgroup) – taxon

Cây phân nhánh Cây cộng hợp Cây cân đối

Cây phân nhánh Cây cộng hợp Cây cân đối

Cây cộng hợp

Nguyên tắc “tiết kiệm tối đa” (parsimony) – Cây

Điều này có nghĩa, số sự kiện thay đổi tiến hóa cần

KỸ THUẬT (vẽ cây Không gốc)

4) KẾT LUẬN: Cây PSCL tiết kiệm tối đa là cây 1 vì chỉ

KỸ THUẬT (vẽ cây có gốc, dựa vào Taxon ngoài nhóm)

Các đặc điểm phát sinh