Godine 

1898. upleten je u "aferu Dreyfus" izravno pišući predsjedniku republike

(J'accuse - Optužujem!), u kojem je tražio reviziju procesa.
U posljednjim godinama stvaranja sve se više bavi društvenom problematikom potiskujući u sebi
romanopisca kako bi postao moralizator. Tada nastaju sljedeći ciklusi: trilogija Tri grada (Trois
Villes - Lourdes 1894., Rome 1896., Paris 1898.) i nedovršena tetrologija Četiri
evanđelja - Plodnost, Rad, Istina i Pravda (Les Quatres
Evangiles - Fécondité (1899.), Travail (1901.), Vérité (1903.),Justice (nedovršeno). Tvorac je
angažirane književnosti i borbenog društvenog novinarstva, a âam je bio plodan i aktivan novinar,
osobito do 1880. Pred kraj života proročki je najavio pobjedu narodnih masa i dolazak besklasnog
društva gdje će jedino mjerilo ljudske vrijednosti biti rad.
Premda je Zola nesumnjivo jedan od najznačajnijih francuskih književnika, visoku umjetničku
vrijednost dostiže jedino o opisima masovnih scena, gdje je pravom epskom snagom znao prikazati
instinkt gomile, dok mu je glavni nedostatak u površnoj karakterizaciji likova i pomanjkanju
psihološke uvjerljivosti.
Preselivši u Pariz da provede zimu, umro je otrovan plinom u šezdeset i drugoj godini, 29. rujna
1902. Sahranjen je 5. listopada u prisutstvu ogromne mase svijeta, u pogrebnom govoru Anatole
France nazvao ga je „čovjekom koji je u jednom trenutku predstavljao savjest čovječanstva”, a šest
godina kasnije, 6. lipnja 1908. njegov je pepeo prenesen u Panteon, grobnicu najslavnijih francuskih
ličnosti.