Artėjančio karo nuojauta sustiprėjo 1939–40 sukurtuose eilėraščiuose.
SSRS okupavus Lietuvą parašė Poemą apie Staliną (1940 31951), 1940–41 – prosovietines poemas Bolševiko kelias (skirta Leninui) ir Keturi (skirta 1926 sušaudytų Lietuvos komunistų vadų atminimui). Tautosakos motyvais pagrįstose poemose Eglė žalčių karalienė (1940 92020), Našlaitė (1940 42000) perteikiami lietuvių liaudies pasaulėjautos bruožai. Maskvoje išėjo eilėraščių rinkinys Dainuok, širdie, gyvenimą (1943). S. Nėris sudarė karo metų eilėraščių rinkinį Prie didelio kelio (išleistas 1994), kur žmogaus gyvenimo dramatizmas karo metais itin išryškintas, tačiau leidykla knygą pertvarkė pagal sovietinei poezijai keliamus reikalavimus ir išleido pavadinimu Lakštingala negali nečiulbėti (1945). Karo metų eilėraščiuose, be privalomo tam laikui kvietimo į kovą, priešų pasmerkimo, ryškus žmogaus ryšio su gimtąja žeme motyvas, motiniška užuojauta einantiems į mūšį ir pasmerktiems žūti kariams. Iš troškimo gyventi ir suvokimo, kad mirtis neišvengiama, kylanti įtampa yra daugelio eilėraščių pagrindas. Derindama tautosakines ir originalias raiškos priemones kalbėjo apie savo vienišumą svetimame krašte, paliktų namų ilgesį. Viena esminių karo meto poezijos temų – savo gyvenimo permąstymas, dramatiškas savųjų klaidų suvokimas ir tikėjimas, kad tėvynė priglaus ir atleis.