Genová vazba

a mapování chromozomů
 Vazba genů

Geny na 1 chromozomu
- neplatí volná kobinovatelnost
genů

- William Bateson (1861 – 1926)

- Thomas Hunt Morgan (1866 – 1945)
četnost rekombinací souvisí se vzdáleností
genů na chromozomu

- Alfred Henry Sturtevant (1891 – 1970)

žák Morgana, lze poznat i pořadí genů
 Vazba genů

W. Bateson, R. C. Punnett
- hrachor - 1. důkaz vazby genů
F2 - generace jiný než očekávaný
poměr
- více rodičovských fenotypů
- navrhli nesprávné vysvětlení
 Vazba genů

T. H. Morgan
- pokusy na octomilce
(Drosophila melanogaster)
- na X chromozomu dva znaky
- zakrnělá křídla, bílé oko
(recesivní mutace)
Vazba genů
 Vazba genů
Geny na různých chromozomech
- nezávislý rozchod do gamet
 Vazba genů
2 geny na 1 chromozomu
- do gamet se rozcházejí společně
 Vazba genů
2 geny na 1 chromozomu - vazbová skupina
vazba úplná
- 2 znaky, štěpný poměr v F2 generaci jako u 1 genu
 Vazba genů
2 geny na 1 chromozomu - vazbová skupina
vazba úplná
- 2 znaky, štěpný poměr jako u 1 genu - zpětné křížení
 Vazba genů
2 geny na 1 chromozomu - vazbová skupina
vazba neúplná
- výměna chromatid v meiozi v pachytene
(profáze 1. meiotického dělení)
 Dědičnost a proměnlivost
vazba neúplná
- výměna chromatid v meiozi v pachytene
(profáze 1. meiotického dělení)
crossing-over - homologická rekombinace
- endonukleáza - jednořetězcové zlomy
- helikáza a další proteiny
- kovalentní jednořetězcový můstek
Hollidayův model
-1964, aktualizovaný
- chí struktura

http://youtu.be/U2Ug9UhIkSg
 Dědičnost a proměnlivost
vazba neúplná
- výměna chromatid v meioze v pachytene
(profáze 1. meiotického dělení)
crossing-over
- podobnost sekvencí DNA
- endonukleáza
rušení jednořetězcového můstku
dvě možnosti
- rekombinované nebo rodičovské chromozomy

http://youtu.be/gQFKdA3VgEg
 Vazba genů
2 geny na 1 chromozomu - vazbová skupina
neúplná vazba
- chiazmata
 Vazba genů
2 geny na 1 chromozomu - vazbová skupina
neúplná vazba
- rekombinace v meiozi
(pachytene, diplotene)
- výměna nesesterských chromatid
- chiazmata
 Vazba genů

Dvouchromatidová výměna
- poloha crossing - overu
- nemusí se projevit
 Vazba genů

Dvouchromatidová výměna
- poloha crossing - overu
- neúplná vazba
 Vazba genů
Geny na 1 chromozomu
- rekombinace v meiozi
- neúplná vazba
 Vazba genů
Geny na 1 chromozomu
- více rodičovských (nerekombinovaných gamet)
- méně rekombinovaných gamet
 Vazba genů
Geny na 1 chromozomu
- rekombinační frekvence stanoví relativní vzdálenost mezi geny
průměrný počet crossing - overů
(počet rekombinovaného potomstva)

- rekombinační mapování - z frekvencí v B1 generaci

- mapová jednotka - u 1 ze sta gamet dojde k rekombinaci
 Vazba genů
Geny ve vazbové skupině ve fázi cis nebo trans
- vazbová fáze cis - AB/ab
- vazbová fáze trans - Ab/aB
 Vazba genů
Síla vazby
- v B1 generaci
- Batesonův koeficient
Σ gamet s rodičovským uspořádáním
c=
Σ gamet s rekombinovaným uspořádáním

- Morganovo číslo

Σ gamet s rekombinovaným uspořádáním

p= M, cM, %
Σ všech gamet
 Vazba genů
Síla vazby

- Batesonův koeficient
- v rozmezí intervalu 0 až ∞
- Morganovo číslo
- v rozmezí intervalu 0 až 0,5
- 0 = úplná vazba, 0,5 = volná kombinovatelnost
- převodní vztahy:
p = 1/(1+c) c = (1- p)/p
 Vazba genů
Síla vazby

- Batesonův koeficient
Σ gamet s rodičovským uspořádáním
c=
Σ gamet s rekombinovaným uspořádáním

- výpočet síly vazby v B1 generaci

AB Ab aB ab AB Ab aB ab
cis: c:1:1:c trans: 1 : c : c : 1
 Vazba genů
Síla vazby - ideální štěpný poměr
frekvence gamet
AB Ab aB ab AB Ab aB ab
cis: c:1:1:c trans: 1 : c : c : 1
výpočet v F2 generaci AB Ab aB ab
cis: c 1 1 c trans: 1 c c 1
c c 2 c c c2 AB 1 1 c c 1
1 c 1 1 c Ab c c c2 c2 c
1 c 1 1 c aB c c c2 c2 c
c c2 c c c2 ab 1 1 c c 1
 Vazba genů
Dvoubodový test
- Drosophila, X chromozom
- vzdálenost mezi dvěma lokusy
- určení počtu rekombinovaných
potomků v B1 generaci
(Morganovo číslo) B1
 Vazba genů
Dvoubodový test
- Drosophila, X chromozom: y - žluté tělo, w - bílé oko, m - zakrslá křídla
- y-w - 0,5, w-m - 34,5 y-m - 35,4

- více dvoubodových testů - odhad pořadí lokusů

 Vazba genů
Dvojnásobný crossing - over
 Vazba genů
Tříbodový test
- geny y, w, ec - echinus eyes
- dvojnásobný crossing - over
 Vazba genů
Tříbodový test
 Vazba genů
Tříbodový test
určení pořadí genů:
- dvojnásobný
crossing - over,
- výměna alel
prostředního genu
 Vazba genů
Dvojnásobný crossing - over
- čím větší vzdálenost genů, tím větší pravděpodobnost,
že crossing-over nebude zachycen
- do cca 20 cM lineární závislost
 Vazba genů
Dvojnásobný crossing - over
- dvouvláknový
 Vazba genů
Dvojnásobný crossing - over
- trojvláknový
 Vazba genů
Dvojnásobný crossing - over
- čtyřvláknový
 Vazba genů
Vícečetný crossing - over
 Vazba genů
Vícečetný crossing - over
- dvojnásobný crossing - over
- trojnásobný crossing - over
- čyřnásobný crossing - over
- crossing - over mezi
sesterskými chromatidami
 Vazba genů
Vícečetný crossing - over, více chromatid
 Vazba genů
Genetické mapování
- popis uspořádání lokusů v genomu
- lineární

Druhy genetických map:

rekombinační (vazbová, genetická) mapa
- studiem frekvence rekombinovaného potomstva
- 2 a více alel
- křížení - hybridizační analýza

cytogenetická (chromozomová) mapa

- pruhovací techniky

fyzická mapa
- sekvenace DNA
 Vazba genů

Rekombinační mapy

Parciální genetická mapa

4 chromozomů
Drosophila melanogaster
 Vazba genů

Rekombinační mapy

Parciální genetická mapa

Drosophila melanogaster
 Vazba genů

Rekombinační mapy

Parciální genetická mapa

u rajčete
 Vazba genů

Rekombinační mapy

- rekombinační mapy x fyzické mapy (sekvenace)

shoduje se pořadí, ne vždy vzdálenost
 Vazba genů

Druhy genetických map

 Vazba genů

Druhy genetických map

 Vazba genů

Frekvence rekombinací

Interference
- již uskutečněná rekombinace brání vzniku další
- překážky při novém překřížení chromatid

- koeficient koincidence (C, c):

C = podíl pozorované a teoretické četnosti dvojitých crossing-overů
- interference = 1 - C
 Vazba genů

Frekvence rekombinací

- vliv genetického pozadí

- vliv pohlaví

- rekombinační horká místa

- malé oblasti, od sebe vzdálené
- může být až 90% rekombinací
- do 0,2 cM se neprojeví
- rozdíly mezi genotypy

- rekombinačně chladná místa - centromery, telomery…

 Vazba genů

Analýza tetrád u Neurospora crassa

 Vazba genů
Analýza tetrád u Neurospora crassa
 Vazba genů

Mitotická rekombinace

mutantní tkáně u samic octomilky

- výsledek mitotické rekombinace
 Vazba genů

Mitotická rekombinace
indukovaná mitotická rekombinace
myš