Аналіз частот генних мутацій та

популяційних частот генних

поліморфізмів методом ДНК чипів

підготувала студентка 11105 групи Бриль Олександра

інтенсивний розвиток новітніх біотехнологій
розширив спектр методів ідентифікації мутаційНа
сьогодні для масового скринінгу поширених мутацій
що являють собою однонуклеотидні заміни SNP
застосовують метод ДНК-чіпів (array baset analysis)
 Що таке ДНК чип?

ДНК-ЧИПИ — ЦЕ СУЧАСНА ТЕХНОЛОГІЯ БІОЛОГІЧНИХ ДОСЛІДЖЕНЬ, ЯКА ІНТЕНСИВНО

РОЗВИВАЄТЬСЯ. НА ПЛОСКУ ПОВЕРХНЮ НЕЙЛОНОВОЇ МЕМБРАНИ (МАКРОЧІПИ) АБО
ПРЕДМЕТНЕ СКЛО (МІКРОЧІПИ) НАНОСЯТЬ ТА ІММОБІЛІЗУЮТЬ ВЕЛИКУ КІЛЬКІСТЬ ДНК-
ЗОНДІВ. ЗАЛЕЖНО ВІД ПОСТАВЛЕНОГО ЗАВДАННЯ, СКЛАДНІСТЬ ЧІПА (КІЛЬКІСТЬ
ІММОБІЛІЗОВАНИХ ЗОНДІВ І ЩІЛЬНІСТЬ ЇХНЬОГО РОЗТАШУВАННЯ) МОЖЕ ВАРІЮВАТИ В
ШИРОКИХ МЕЖАХ. ЗОНДИ — ШТУЧНО СИНТЕЗОВАНІ ОЛІГОНУКЛЕОТИДИ, КОМПЛЕМЕНТАРНІ
НОРМАЛЬНИМ АБО МУТАНТНИМ ПОСЛІДОВНОСТЯМ ДОСЛІДЖУ ВАНИХ ЗРАЗКІВ ДНК.
 Існує два основні напрямки створення ДНК-чіпів.
Історично першими були методи розміщення на чіпах попередньо хімічно
синтезованих олігонуклеотидів або отриманих за допомогою полімеразної
ланцюгової реакції (ПЛР) одноланцюгових фрагментів ДНК. Щільність розміщення
ДНК на таких чіпах не може перевищувати кількох десятків тисяч на 1 см2.

Іншим перспективним напрямком є ​застосування розроблених для потреб

мікроелектроніки літографічних технологій з використанням ультрафіолетового
випромінювання. Така технологія дозволяє синтезувати олігонуклеотиди
безпосередньо на поверхні чипа. При цьому щільність становить кілька мільйонів
на 1 см2.
 Сутність методу
03

В основі методу ДНК-чипів лежить принцип гібридизації.На

поверхню ДНК-чіпа з розміщеними на ній відомими
мутантними послідовностями попередньо позначеними
різними флуорохромами зондами наносять зразок ДНК
досліджуваної особи і якщо існує конкретна мутаціято
відбувається реакція гібридизаціїзв’язування на
чипі.Послідовності, які містять мутацію ідентифікують за
допомогою відеокамери й аналізують з використанням
спеціальної комп’ютерної програми
Сутність методу
НА СЬОГОДНІ РОЗРОБЛЕНО ТРИ ТИПИ ТАКИХ ДНК-ЧІПІВ

Вони відрізняються один від одного:

МАТЕРІАЛОМ НА ЯКОМУ СПОСОБАМИ ФІКСАЦІЇ( ХІМІЧНИЙ

ФІКСУЮТЬ ПОСЛІДОВНОСТІ ДНК АБО ПІД ДІЄЮ ЕЛЕКТРИЧНОГО
(СКЛО, АГАРОЗНИЙ ГЕЛЬ ) СТРУМУ)
 Мікрочіп на основі поліакриламідного гелю являє собою
скляну пластинку (предметне скло), на якій знаходяться
гельові комірки. Кожна комірка є прямокутним або
циліндричним блоком. Розміри комірки можуть бути
100×100×20 мкм або менше. Такий мікрочіп може містити
до кількох тисяч комірок. По суті, кожна гельова комірка є
маленькою пробіркою об’ємом менше одного нанолітра.
Комірки ізольовані одна від одної.

У комірки вносять набір різних ДНК-зондів і

використовують для вивчення ДНК описаною раніше
методикою. Гельові ДНК-мікрочіпи використовуються
також для проведення ПЛР. Для цього в комірки вміщують
різні праймери, що дозволяє тестувати досліджувану ДНК
одразу за великою кількістю мутацій, здійснювати швидке
секвенування великих фрагментів ДНК
 ПЕРЕВАГИ МЕТОДУ

На сьогоднішній день ДНК-чіпи можна використовувати

для детекції однонуклеотидного поліморфізму,
генотипуванні, секвенуванні мутантних геномів,
вивченні екзон-інтронної будови генів, аналізі
диференційної генної експресії.НаявністьДНК-чіпів
дозволяє дуже швидко і ефективно здійснювати безліч
процедур аналізу індивідуальних організмів.
 ЗА ДОПОМОГОЮ ДНК ЧИПІВ У ХВОРОГО МОЖНА
ШВИДКО ВИЯВИТИ КІЛЬКА ДЕСЯТКІВ ГЕНЕТИЧНИХ
ПОЛІМОРФІЗМІВ, ЩО ВИЗНАЧАЮТЬ ЧУТЛИВІСТЬ ДО ТИХ
ЧИ ІНШИХ ЛІКАРСЬКИХ ЗАСОБІВ. ОДИН ТАКИЙ
ФАРМАКОГЕНЕТИЧНИЙ ДНК-ЧИП ДОЗВОЛЕНО ДО
ЗАСТОСУВАННЯ В ЄВРОПІ (АМПЛІЧІП Р-450), І ВІН
СТВОРЕНИЙ ДЛЯ ВИБОРУ НЕЙРОЛЕПТИКІВ І
АНТИДЕПРЕСАНТІВ,
А ТАКОЖ РЕЖИМІВ ЇХ ДОЗУВАННЯ. ЙМОВІРНО, НЕЗАБАРОМ
БУДУТЬ СТВОРЕНІ КАРДІОЛОГІЧНІ, ПУЛЬМОНОЛОГІЧНІ,
ГАСТРОЕНТЕРОЛОГІЧНІ, ОНКОЛОГІЧНІ, ПСИХІАТРИЧНІ ТА
ІНШІ ЧИПИ. ЙДЕТЬСЯ ПРО СТВОРЕННЯ В
НЕДАЛЕКОМУ МАЙБУТНЬОМУ ФАРМАКОГЕНЕТИЧНОГО
ПАСПОРТА ПАЦІЄНТА. ПРИ ЦЬОМУ ЛІКАР, НАВІТЬ ПРИ
ПЕРШІЙ ЗУСТРІЧІ З ПАЦІЄНТОМ, ЗА ДОПОМОГОЮ ЙОГО
ФАРМАКОГЕНЕТИЧНИХ ДАНИХ МОЖЕ ОБРАТИ НАЙБІЛЬШ
ЕФЕКТИВНИЙ І БЕЗПЕЧНИЙ ПРЕПАРАТ В ОПТИМАЛЬНОМУ
ДОЗУВАННІ
 Дослідження
Багаторічні медико-генетичні дослідження
лікарів-генетиків населення республіки Саха (Якутія)
свідчать про наявність мажорних мутацій, характерних для якутської етнічної групи,
частота яких у багато разів вища за показники світових популяцій. Варто гостра
потреба у проведенні
масового репродуктивного молекулярно-генетичного скринінгу на гетерозиготне
носійство з наступною пренатальною діагностикою для профілактики поширення
спадкових захворювань
у популяції, яка вже широко практикується в деяких країнах. Такі заходи виявилися
дуже ефективними, знизивши частоти народження β-таласемії,
серповидно-клітинної анемії на 70% у популяціях
Середземномор'я, на 90% захворюваність на TSD (хворобу Тея-Сакса) у
єврейського населення у Сполучених Штатах Америки та Канаді.
Мета дослідження – оцінка частоти гетерозиготного носія п'яти частих спадкових
хвороб у здорових індивідів якутської етнічної групи з використанням розробленого
ДНК-мікрочіпа.
 В результаті спільної роботи з
компанією
Gene In був розроблений
олігонуклеотидний біочіп, який
дозволяє проводити одномоментну
детекцію точкових мутацій:
4582_4583insT в гені
CUL7, с.5741G>A в гені NBAS, с.806С>Т у
гені DIA1,
c.1090G>C в гені FAH, c.-23+1G>A в гені
GBJ2, що викликають 3-М синдром,
SOPH синдром, спадкову ензимопенічну
метгемоглобінемію 1 типу,
тирозинемію типу 1, спадкову
несиндромальну глухоту типу 1А,
відповідно.
Результати
Досліджено зразки ДНК (n=120)
здорових людей із неспоріднених
сімей якутської етнічної групи. В
результаті
проведеного аналізу були отримані
такі дані: число гетерозигот за
мутацією 4582_4583insT у гені CUL7
склало 2% (5 носіїв), с.5741G>A у гені
NBAS – 1,6% (4 носія), с.806С>Т у
гені DIA1 –
2,5% (6 носіїв), c.-23+1G>A у гені
GBJ2 – 3,3 %
(8 носіїв).

Сфери використання цієї технології

1) визначення стійкості мікроорганізмів до

антибіотиків (ДНК-чіпи дозволяють одномоментно
тестувати штам мікроорганізмів за великою кількістю
мутацій, відповідальних за антибіотикостійкість);
2) діагностика лейкозів,муковісцидозу,раку молочної
залози та інших пухлин, аналіз так званого
«генетичного портрета пухлини»;
3) діагностика вірусних інфекцій, виявлення вірусів у
навколишньому середовищі.