Professional Documents
Culture Documents
MOLECULAR I CEL·LULAR
Grau en Química
FBiBM – Tema 1
Organització dels éssers vius
Què és la Bioquímica?
- Processos metabòlics
Com extrauen els éssers vius la energia del seu
entorn?
Com es controlen les reaccions químiques dintre de la
cèl·lula?
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Concepte general de Bioquímica
- Processos metabòlics
• La Bioquímica és la ciència que estudia la química de la materia viva; dels éssers vius.
→ Quan va apareixer la matèria viva?
• Fa aproximadament 14 bilions d’anys l’univers es forma mitjançant una explosió que genera
calor, energia i partícules sub-atòmiques.
• Es formen els elements més senzills (heli i hidrogen).
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva
Els primers microorganismes extreien l’energia a partir de A partir dels primers organismes unicel·lulars es
compostos químics o de la llum solar desenvolupen organismes més complexes
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva
• L’energia captada s’utilitzarà per crear una gran varietat de biomolècules, que
permetran, entre altres, emmagatzemar informació.
Materia viva
Món inanimat
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva
Materia viva
SELECCIÓ ESPECÍFICA DE
≠
DETERMINATS ELEMENTS,
ELS BIOELEMENTS Món inanimat
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva
La química de la vida està, doncs, basada en la química dels elements més lleugers .
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva
Els Bioelements
La principal diferencia entre els éssers vius i la materia
inanimada es troba en l’abundància relativa dels elements
• 75% del pes: H i O (els més abundants 86%)
• 96% del pes: C, N, O, H (87.7 en sec)
• Presència de ions divalents i monovalents: Ca2+, Mg2+,
K+, Na+ i Cl-
Per què??
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva
Els Bioelements
Simple
Doble
Triple
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva
El Si correspon al mateix grup del Carboni en la taula periòdica → Té el mateix nombre d’electrons de valència
Per tant, el Si té característiques semblants al C a l’hora de formar enllaços covalents
Però...
C-C 348 kJ/mol
El Si té un radi més gran → dificultat per aproximar dos àtoms de Si
Si-Si 177 kJ/mol
Per contra els enllaços Si-O són molt més estables
Grups funcionals
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva
Grups funcionals
Les molècules formades per esquelets d’àtoms de C poden portar una gran varietat de grups funcionals units
→ confereix a cada molècula unes característiques estructurals i de reactivitat i pròpies
L’estradiol és una hormona sexual femenina i la testosterona és masculina, en l’home i en altres vertebrats
Les dues tenen un esquelet carbonat molt semblant, però tenen diferents grups químics units
FBiBM – Tema 1
Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural
Organismes ↔ teixits ↔ òrgans ↔ cèl·lules ↔ òrganuls ↔ complexes supramolèculars ↔ macromolècules
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules
Jerarquia estructural
cèl·lules ↔ òrganuls ↔ complexes supramolèculars ↔ macromolècules ↔ monomers ↔ grups functionals ↔ elements químics
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules
Cèl·lula PM
Construïnt complexitat estructural
Nucli, mitocondris, cloroplasts,…
Orgànuls
Les unitats mínimes seleccionades Complexes
Ribosomes, membranes, cromosomes, Supramoleculars
evolutivament
Complexes enzimàtics,…
106-1010
Combinació d’un nombre limitat de
Macromolècules
possibilitats
Proteïnes Acids nucleics Polisacàrids Lípids
=
104-109
infinitat de combinacions i espècies
diferents Monòmers
Amino acids Nucleòtids Monosacàrids Àcids grassos
20 4 10 20 100-400
Bioelements
CO2, N2, H2O ...
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules
Macromolècules cel·lulars com a heteropolímers Els lípids són massa petits per ser
considerats macromolècules:
L’Aigua és un dipol
• Molècula polar. Es comporta com un dipol
→ Els dos extrems de la molècula acumulen una densitat negativa i una positiva)
• Els electrons de l’hidrogen es veuen atrets per l’oxigen. L’oxigen és una espècie molt electronegativa.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
L’electronegativitat ens mesura la capacitat d’un àtom d’atreure electrons compartits cap a ell mateix
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
El pont d’hidrogen
• Els dipols de dues molècules d’aigua poden establir interaccions electrostàtiques
→ Utilitzen les densitats negatives i positives per orientar-se
→ L’hidrogen d’una molécula d’aigua interacciona amb el parell d’electrons d’una altra
El pont d’hidrogen
• Els dipols de dues molècules d’aigua poden establir interaccions electrostàtiques
→ Utilitzen les densitats negatives i positives per orientar-se
→ L’hidrogen d’una molécula d’aigua interacciona amb el parell d’electrons d’una altra
L’aigua té:
2 donadors de pont d’hidrogen (H x 2)
2 acceptors de pont d’hidrogen (O 2e- x 2)
per tant...
Pot fer 4 ponts d’hidrogen
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
• En l’aigua líquida, els ponts d’H es formen i trenquen constantment, creant-se agrupacions transitòries de molècules,
en les que com a mitjana, cada molècula d’aigua està forma 3.4 ponts d’hidrogen
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
Quan l’aigua es congela es crea una xarxa ordenada i rigida. Formació tetraèdrica, més oberta.
Quan l’aigua es congela es crea una xarxa ordenada i rigida. Formació tetraèdrica, més oberta.
2. Amortidor de la temperatura
L’aigua té un elevat calor específic (quantitat d’energia per a que 1 gram de substància varïi la seva temperatura en 1 grau).
→ Degut a l’elevat nombre de ponts d’hidrogen, s’ha d’absorbir molta energia per trencar els ponts d’hidrogen.
Aquest elevat calor específic estabilitza les temperatures dels oceans i costes: entorn favorable per la vida.
Amortidor de la temperatura
L’aigua té un elevat calor de vaporització (o d’evaporació): la quantitat d’energia necessària per a que un 1 gram de líquid es
converteixi en gas.
Abans que les molècules d’aigua líquida puguin escapar a la fase gasosa, s’han de trencar els seus ponts d’hidrogen.
Quan un líquid s’evapora, la seva superfície es refreda → Evaporació de l’aigua de les fulles d’una planta // suor
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
Amortidor de la temperatura
A la cèl·lula la majoria de les reaccions estàn catalitzades per proteïnes, sensibles a la temperatura.
→ Alt calor específic: manté la temperatura de la cèl·lula compatible amb la vida
Punt d’ebullició, de fusió i calor de vaporització són anormalment elevats a casusa d’una alta calor específica.
De nou,
Ponts d’hidrogen…
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
El caràcter polar de l’aigua fa que sigui un dissolvent excel·lent per materials polars i iònics, que s’anomenen hidrofílics.
En canvi, les substàncies apolars són pràcticament insolubles en aigua, són hidrofòbiques.
Solubilitat de gasos
Per altra part, gasos no-polars com l’O2 i el N2 són molt poc solubles en aigua, amb el que molts organismes contenen
proteïnes transportadores d’O2 (com la Hemoglobina) per a facilitar el transport de l’O2 als teixits.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
Amfipaticitat i solubilitat
Les molècules amfipàtiques són duals. Tenen regions polars i regions apolars. A l’intentar acomodar ambdues regions en
el solvent s’acostumen a formar miscel·les o bicapes.
Regió polar interacciona favorablement amb el dissolvent, mentre que la regió apolar tendeix a evitar el contacte amb l’aigua.
Les regions apolars tendeixen a unir-se per tal de presentar la menor àrea hidrofòbica al solvent, mentre que les regions polars es
disposen per a maximitzar la seva interacció amb el solvent.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Exemples de
Molècules
amfipàtiques
Ionització de l’Aigua
• Les molècules d’aigua tenen una lleugera tendència a ionitzar-se donant H+ i OH-
→
H2O H+ + OH-
• Encara que normalment escrivim H+, en realitat els protons lliures no existeixen en dissolució,
sinó que són hidratats a H3O+
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
Ionització de l’Aigua i pH
Biomolècules i pH
Quan està per sota d’aquest valor, s’anomena a aquesta condició com acidosi, quan
està per sobre, alcalosi.
Solucions amortidores
[H + ][CH 3COO - ]
HA ↔ A- + H+ [ A− ][ H + ] Ka = = 1.74 10 −5 M
Ka = [CH 3COOH]
[ HA]
+ [ A− ]
− log[ H ] = − log K a + log
[ HA]
Equació de Henderson-Hasselbach
[ A− ]
pH = pK a + log
[ HA]
La capacitat de tamponament és
màxima quan les concentracions
d’àcid feble (HA) i base conjugada
(A-) són iguals.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua
Corbes de titulació de 3
àcids dèbils
?
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós
Ponts d’hidrogen
Cel·lulosa
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós
Cel·lulosa
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós
Interaccions Iòniques
• Les interaccions iòniques nomenades també interaccions electrostàtiques.
• Són molt fortes en absència d’aigua, però en la seva presència, ho són molt menys,
perquè les molècules d’aigua “apantallen” la càrrega positiva i negativa, fent que la
atracció entre les càrregues oposades sigui molt menor.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós
El pont salí
El pont salí combina dos tipus d’interaccions febles: pont d’hidrogen + interacció iònica
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós
Interaccions Hidrofòbiques
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós
Efecte hidrofòbic
• Les interaccions hidrofòbiques no són pròpiament interaccions.
El terme fa referència a la tendència a les molècules o regions
no polars a unir-se entre elles i excloure les molècules les
molècules d’aigua.
• S’observa una distància d’apropament límit, radi de Van der Waals (rv),
que és propera a la distància en que l’energia d’interacció és mínima, r0.
Aquest rv seria la suma dels radis de van der Waals de cada àtom.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós
Les estructures de les molècules es solen representar mostrant els seus àtoms constituents com
esferes de radis iguals als seus radis de van der Waals.
+
energia
-
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós
La suma fa la força
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós
La suma fa la força
Malgrat que les interaccions no covalents són febles (4 kJ/mol seria un valor típic d’ una interacció de van der waals),
el seu efecte acumulatiu fa que sigui decisiva alhora de determinat l’estructura de les biomolècules i la seva funció.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós
Les molècules d’aigua unides a Les molècules d’aigua unides al centre d’unió
l’hemoglobina són essencials per la seva de la proteïna que uneix el sucre arabinosa
estructura són essencials per aquesta interacció
específica.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós