You are on page 1of 90

FONAMENTS DE BIOLOGIA

MOLECULAR I CEL·LULAR

- Bioquímica i Biologia Molecular –

Grau en Química
FBiBM – Tema 1
Organització dels éssers vius

• Concepte general de Bioquímica

• Elements químics a la matèria viva

• Jerarquia estructural de les biomolècules

• La importància biològica de l’aigua

• Interaccions no covalents en medi aquós


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Concepte general de Bioquímica

Què és la Bioquímica?

La Bioquímica estudia la vida i els éssers vius des del


punt de vista molecular

Connecta la Biologia amb la Química

La vida, és un fenòmen bioquímic


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Concepte general de Bioquímica

La vida i els organismes vius, característiques comunes:


• Complexitat molecular i organització
• Sistemes d’obtenció, transformació i utilització d’energia
• Funcions específiques dins la globalitat del sistema
• Mecanismes per detectar, adaptar-se i respondre a canvis
ambientals
• Capacitat de replicar-se i agrupar-se
• Integració de canvis en el transcurs del temps
→ Evolució
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Concepte general de Bioquímica

La bioquímica tracta amb:

- Biomolècules i estructures biològiques


- Quines són les estructures químiques dels
compostos de la matèria viva?
- Com interaccionen aquests compostos per a donar
origen a estructures supramoleculars organitzades,
cèl·lules, teixits i organismes?
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Concepte general de Bioquímica

La bioquímica tracta amb:

- Biomolècules i estructures biològiques

- Processos metabòlics
Com extrauen els éssers vius la energia del seu
entorn?
Com es controlen les reaccions químiques dintre de la
cèl·lula?
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Concepte general de Bioquímica

La bioquímica tracta amb:

- Biomolècules i estructures biològiques

- Processos metabòlics

- Expressió i transmissió de l’informació


genètica
Com emmagatzemen i transmeten la informació que
necessiten per a créixer i reproduir-se?
FBiBM – Tema 1
Organització dels éssers vius

• Concepte general de Bioquímica

• Elements químics a la matèria viva

• Jerarquia estructural de les biomolècules

• La importància biològica de l’aigua

• Interaccions no covalents en medi aquós


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

• La Bioquímica és la ciència que estudia la química de la materia viva; dels éssers vius.
→ Quan va apareixer la matèria viva?
• Fa aproximadament 14 bilions d’anys l’univers es forma mitjançant una explosió que genera
calor, energia i partícules sub-atòmiques.
• Es formen els elements més senzills (heli i hidrogen).
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Abundància relativa dels elements química a la Terra

AMPA IPSE Bloc. L’Any Internacional de la Química, a la xarxa. 2011


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Els primers microorganismes extreien l’energia a partir de A partir dels primers organismes unicel·lulars es
compostos químics o de la llum solar desenvolupen organismes més complexes
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

• L’energia captada s’utilitzarà per crear una gran varietat de biomolècules, que
permetran, entre altres, emmagatzemar informació.

• L’increment de complexitat en l’ésser viu es tradueix en un increment de


l’entropia total.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Els organismes vius es caracteritzen per:


- Estructures internes compartimentalitzades
- Macromolècules amb funcions específiques
- Inmensa varietat de molècules i compostos
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Els organismes vius es caracteritzen per:


- Estructures internes compartimentalitzades
- Macromolècules amb funcions específiques
- Inmensa varietat de molècules i compostos

“Biochemistry bridges the gap between Chemistry and Biology”


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Si analitzem la composició atómica de l’UNIVERS, l’ESCORÇA TERRESTRE i del COS HUMÀ...

Materia viva

Món inanimat
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Si analitzem la composició atómica de l’UNIVERS, l’ESCORÇA TERRESTRE i del COS HUMÀ...

Materia viva

SELECCIÓ ESPECÍFICA DE

DETERMINATS ELEMENTS,
ELS BIOELEMENTS Món inanimat
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Els Bioelements Es coneixen 118 elements, 98 a la terra de forma natural


Només uns 30 aprox estan presents als éssers vius
Química de la vida basada en C, H, N, O
Elements químics a la matèria viva.
Es coneixen 118 elements.
98 elements es troben a la Terra de forma natural,
Només uns 70 estan presents als éssers vius (30 en quantitat significativa).
11 elements del 1er i 2on nivell són els més abundants als organismes vius
Oligoelements (necessaris en petites quantitats, 3er i 4rt nivell)
4 elements constitueixen el 99% dels àtoms presents al cos humà.

La química de la vida està, doncs, basada en la química dels elements més lleugers .
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Els Bioelements
La principal diferencia entre els éssers vius i la materia
inanimada es troba en l’abundància relativa dels elements
• 75% del pes: H i O (els més abundants 86%)
• 96% del pes: C, N, O, H (87.7 en sec)
• Presència de ions divalents i monovalents: Ca2+, Mg2+,
K+, Na+ i Cl-

C, N i H 75% del pes sec en l’ésser humà


C, N i H < 1% del pes sec de l’escorça terrestre

Per què??
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Els Bioelements

Els àtoms més abundants en els éssers vius són


també els àtoms més lleugers capaços de
formar enllaços covalents estables
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

El carboni, element essencial per la vida.


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

El carboni, l’element essencial per a la vida

1. És l’element més versàtil

Simple

Doble

Triple
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

El carboni, l’element essencial per a la vida

1. És l’element més versàtil


2. Capacitat de formar enllaços amb altres àtoms: H, N, O.. però també S, F
→selecció com a bloc estructural per a la construcció de les biomolècules dels éssers vius
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

El carboni, l’element essencial per a la vida

1. És l’element més versàtil


2. Capacitat de formar enllaços amb altres àtoms: O, H, N... però també S, F
→ selecció com a bloc estructural per a la construcció de les biomolècules dels éssers vius
3. L’enllaç C-C és molt estable: permet formar cadenes llargues i ramificades
→ Promou la diversitat macromolecular. (p.ex: DNA. 1 molécula = 250 milins pb = 8.5 cm)
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

...i perquè no el Silici (Si)?

El Si correspon al mateix grup del Carboni en la taula periòdica → Té el mateix nombre d’electrons de valència
Per tant, el Si té característiques semblants al C a l’hora de formar enllaços covalents

Però...
C-C 348 kJ/mol
El Si té un radi més gran → dificultat per aproximar dos àtoms de Si
Si-Si 177 kJ/mol
Per contra els enllaços Si-O són molt més estables

Especulacions sobre.. VIDA EXTRATERRESTRE?

Si-O 369 kJ/mol


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Grups funcionals
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Grups funcionals
Les molècules formades per esquelets d’àtoms de C poden portar una gran varietat de grups funcionals units
→ confereix a cada molècula unes característiques estructurals i de reactivitat i pròpies

En una mateixa biomolècula


podem tenir molts grups
funcionals
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Elements químics de la materia viva

Importància dels grups funcionals

L’estradiol és una hormona sexual femenina i la testosterona és masculina, en l’home i en altres vertebrats
Les dues tenen un esquelet carbonat molt semblant, però tenen diferents grups químics units
FBiBM – Tema 1
Organització dels éssers vius

• Concepte general de Bioquímica

• Elements químics a la matèria viva

• Jerarquia estructural de les biomolècules

• La importància biològica de l’aigua

• Interaccions no covalents en medi aquós


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules

Jerarquia estructural
Organismes ↔ teixits ↔ òrgans ↔ cèl·lules ↔ òrganuls ↔ complexes supramolèculars ↔ macromolècules
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules

Jerarquia estructural
cèl·lules ↔ òrganuls ↔ complexes supramolèculars ↔ macromolècules ↔ monomers ↔ grups functionals ↔ elements químics
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules
Cèl·lula PM
Construïnt complexitat estructural
Nucli, mitocondris, cloroplasts,…
Orgànuls
Les unitats mínimes seleccionades Complexes
Ribosomes, membranes, cromosomes, Supramoleculars
evolutivament
Complexes enzimàtics,…
106-1010
Combinació d’un nombre limitat de
Macromolècules
possibilitats
Proteïnes Acids nucleics Polisacàrids Lípids
=
104-109
infinitat de combinacions i espècies
diferents Monòmers
Amino acids Nucleòtids Monosacàrids Àcids grassos
20 4 10 20 100-400

Intermediaris: a-cetoàcids, bases nitrogenades, glicerol,…


Grups
funcionals 100-250

Bioelements
CO2, N2, H2O ...
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules

El llenguatge de la bioquímica Parlarem de macromolècules


proteïnes,
àcids nucleics
Cèl·lula
polisacàrids
lípids
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules

Macromolècules en la cèl·lula Eucariota i Procariota


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules

Macromolècules en el bacteri E. Coli


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules

Macromolècules cel·lulars com a heteropolímers

Unió covalent de monòmers


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Jerarquia estructural de les biomolècules

Macromolècules cel·lulars com a heteropolímers Els lípids són massa petits per ser
considerats macromolècules:

→ Molts d’ells poden interaccionar formant


membranes
(fosfolípids, formats per àcids grassos,
glicerol i fosfat, entre d’altres)

→ Els àcids grassos i el glicerol formen


part de molts lípids.

50 monòmers diferents són els precursors de la


majoria de macromolècules dels éssers vius.
FBiBM – Tema 1
Organització dels éssers vius

• Concepte general de Bioquímica

• Elements químics a la matèria viva

• Jerarquia estructural de les biomolècules

• La importància biològica de l’aigua

• Interaccions no covalents en medi aquós


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

L’Aigua i la seva importànica


• La vida es va iniciar en un sistema aquós (protecció dels UV. Determinant per l’evolució)
• Els organismos contenen aproximadament un 70-90% d’aigua
• Les reaccions químiques les trobem en el medi aquós
• L’aigua és critica per l’estructura i funció de les biomolècules
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Estructura química i geometria de la molècula d’Aigua


• La regla de l’octet → 4 parells d’e- al voltant d’un àtom d’oxigen (6 O + 2 H) en l’orbital sp3
• Dos parells es troben units covalentment a dos àtoms d’hidrogen
• Dos parells es troben com a electrons lliures
• Geometria 3D de l’aigua: tetraedre distorcionat, imperfecte

L’angle delimitat pels dos enllaços amb els H és una


mica inferior al 109.5 ˚ d’un tetràedre perfecte
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

L’Aigua és un dipol
• Molècula polar. Es comporta com un dipol
→ Els dos extrems de la molècula acumulen una densitat negativa i una positiva)

• Els electrons de l’hidrogen es veuen atrets per l’oxigen. L’oxigen és una espècie molt electronegativa.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

L’electronegativitat ens mesura la capacitat d’un àtom d’atreure electrons compartits cap a ell mateix
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

El pont d’hidrogen
• Els dipols de dues molècules d’aigua poden establir interaccions electrostàtiques
→ Utilitzen les densitats negatives i positives per orientar-se
→ L’hidrogen d’una molécula d’aigua interacciona amb el parell d’electrons d’una altra

Important: L’atracció entre les càrregues elèctriques


parcials és més gran quan els tres àtoms implicats en el
pont d’hidrogen estan alineats :
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

El pont d’hidrogen
• Els dipols de dues molècules d’aigua poden establir interaccions electrostàtiques
→ Utilitzen les densitats negatives i positives per orientar-se
→ L’hidrogen d’una molécula d’aigua interacciona amb el parell d’electrons d’una altra

L’aigua té:
2 donadors de pont d’hidrogen (H x 2)
2 acceptors de pont d’hidrogen (O 2e- x 2)

per tant...
Pot fer 4 ponts d’hidrogen
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Xarxa de ponts d’hidrogen


Encara que l’energia que es requereix per trencar un pont d’H sigui molt petita (20 kJ/mol)...
→ En una mostra d’aigua hi ha una gran quantitat de ponts d’hidrogen que expliquen les seves propietats

• En l’aigua líquida, els ponts d’H es formen i trenquen constantment, creant-se agrupacions transitòries de molècules,
en les que com a mitjana, cada molècula d’aigua està forma 3.4 ponts d’hidrogen
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Ponts d’hidrogen en aigua i gel El gel és menys dens!

Quan l’aigua es congela es crea una xarxa ordenada i rigida. Formació tetraèdrica, més oberta.

Gel: 4 ponts d’hidrogen per molècula


Aigua líquida: 3.4 ponts d’hidrogen
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Ponts d’hidrogen en aigua i gel El gel és menys dens!

Quan l’aigua es congela es crea una xarxa ordenada i rigida. Formació tetraèdrica, més oberta.

Gel: 4 ponts d’hidrogen per molècula


Aigua líquida: 3.4 ponts d’hidrogen
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Propietats de l’aigua que contribueixen a la seva importància per la vida

1. Cohesió entre les molècules d’aigua

2. Actua com amortidor de temperatura


Propietats transversals:
3. Densitat diferencial Aigua/Gel
Tant els organismes sencers com les
4. És el dissolvent universal biomolècules es beneficien de l’aigua

5. Actua com metabòlit


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

1. Cohesió entre les molècules d’aigua

• Com a resultat de la formació de ponts d’hidrogen, les molècules

d’aigua estan molt properes entre si

• Aquesta cohesió contribueix al transport d’aigua i nutrients dissolts en

contra de la gravetat en les plantes.

• En evaporar-se l’aigua a les fulles, els ponts d’hidrogen “estiren” altres

molècules de més avall i aquesta força es transmet fins a les arrels.

• L’adhesió de les molècules d’aigua a les molècules de les parets de

les cèl·lules també és important.


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

2. Amortidor de la temperatura
L’aigua té un elevat calor específic (quantitat d’energia per a que 1 gram de substància varïi la seva temperatura en 1 grau).
→ Degut a l’elevat nombre de ponts d’hidrogen, s’ha d’absorbir molta energia per trencar els ponts d’hidrogen.
Aquest elevat calor específic estabilitza les temperatures dels oceans i costes: entorn favorable per la vida.

Durant el dia pot absorbir molta


calor del Sol variant en molt pocs
graus la seva temperatura.

Calor específic de l’aigua


1 caloria per gram i per grau Celsius

Calor específic de l’etanol


0,6 calories per gram i per grau Celsius
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Amortidor de la temperatura

L’aigua té un elevat calor de vaporització (o d’evaporació): la quantitat d’energia necessària per a que un 1 gram de líquid es
converteixi en gas.

Per evaporar 1 gram d’aigua a 25 ºC:


580 calories (el doble que per 1 g d’etanol)

Abans que les molècules d’aigua líquida puguin escapar a la fase gasosa, s’han de trencar els seus ponts d’hidrogen.
Quan un líquid s’evapora, la seva superfície es refreda → Evaporació de l’aigua de les fulles d’una planta // suor
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Amortidor de la temperatura

A la cèl·lula la majoria de les reaccions estàn catalitzades per proteïnes, sensibles a la temperatura.
→ Alt calor específic: manté la temperatura de la cèl·lula compatible amb la vida

Punt d’ebullició, de fusió i calor de vaporització són anormalment elevats a casusa d’una alta calor específica.

De nou,
Ponts d’hidrogen…
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

3. Densitat diferencial Aigua/Gel

• El gel sura per damunt de l’aigua:


si el gel fos més dens, s’enfonsaria
cada hivern al fons dels llacs i oceans
i s’aniria acumulant amb els anys.
→ L’Aigua de la Terra congelada

• El fet de que el gel suri per damunt de


l’aigua permet la vida dels organismes
aquàtics.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

4. Aigua, dissolvent universal


Majoria de reaccions bioquímiques en l’aigua: tant els reactius com els productes de les reaccions bioquímiques, com els
nutrients i els productes de rebuig són transportats en medi aquós a dins i entre les cèl·lules.

El caràcter polar de l’aigua fa que sigui un dissolvent excel·lent per materials polars i iònics, que s’anomenen hidrofílics.
En canvi, les substàncies apolars són pràcticament insolubles en aigua, són hidrofòbiques.

Polar // Hidrofílica → conté dipols,


atracció aigua

Apolar // Hidrofòbica → No conté dipols,


rebuig aigua

Amfipàtica → regio polar i regió apolar


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Interaccions electrostàtiques amb ions carregats


L’aigua és capaç d’apantallar càrregues i hidratar ions carregats
→ constant dielèctrica molt alta (nº de dipols en el solvent)

F és la força entre dues càrregues


k .q1.q2 elèctriques, q1 i q2 separades per
F= una distància r, sent D la constant
D.r 2 dielèctrica del medi en que estan.
L’aigua té una D elevada.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Solubilitat de molècules polars


L’aigua també forma ponts d’hidrogen amb altres molècules polars
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Solubilitat de gasos
Per altra part, gasos no-polars com l’O2 i el N2 són molt poc solubles en aigua, amb el que molts organismes contenen
proteïnes transportadores d’O2 (com la Hemoglobina) per a facilitar el transport de l’O2 als teixits.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

El particular cas de les molècules apolars o hidrofòbiques


Quan una substància apolar s’afegeix a una dissolució aquosa, no es dissolt, sinó que més
aviat, l’aigua l’exclou. La tendència de l’aigua a minimitzar els seus contactes amb molècules
hidrofòbiques, es denomina efecte hidrofòbic. Per a maximitzar el nombre de ponts d’hidrogen
entre les molècules d’aigua, aquestes es disposen formant una “gàbia” al voltant de la molècula
hidrofòbica.

Les molècules apolars tendeixen a agregar-se perquè el nombre de molècules d’aigua


requerides per hidratar l’agregat és inferior al nombre de molècules d’aigua que es requeririen per
hidratar les molècules apolars dispersades. Per tant en la situació (b) hi ha menys molècules
d’aigua immobilitzades (i, per tant, més molècules d’aigua lliures), que en la situació (a). Es dóna
així un augment d’entropia en anar de (a) a (b), el que explica la agregació espontània de
substàncies apolars en aigua. Aquest efecte hidrofòbic és molt important en el plegament de
proteïnes i en l’assemblatge de bicapes lipídiques.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Amfipaticitat i solubilitat
Les molècules amfipàtiques són duals. Tenen regions polars i regions apolars. A l’intentar acomodar ambdues regions en
el solvent s’acostumen a formar miscel·les o bicapes.

Regió polar interacciona favorablement amb el dissolvent, mentre que la regió apolar tendeix a evitar el contacte amb l’aigua.
Les regions apolars tendeixen a unir-se per tal de presentar la menor àrea hidrofòbica al solvent, mentre que les regions polars es
disposen per a maximitzar la seva interacció amb el solvent.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius

Exemples de
Molècules
amfipàtiques

Una molècula amfipàtica té una part hidrofílica i una


altra hidrofòbica.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

5. L’aigua actua com a metabòlit


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Ionització de l’Aigua
• Les molècules d’aigua tenen una lleugera tendència a ionitzar-se donant H+ i OH-

H2O H+ + OH-

• Encara que normalment escrivim H+, en realitat els protons lliures no existeixen en dissolució,
sinó que són hidratats a H3O+
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Ionització de l’Aigua i pH

Producte iònic de l’aigua com Kw


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Biomolècules i pH

El pH afecta a la estructura i, per tant, a la funció de les biomolècules.

El pH citosòlic de la majoria de cèl·lules és proper a 7, que és en el que les


biomolècules estan als seus estats òptims.

El pH de la sang es manté proper a pH 7,4.

Quan està per sota d’aquest valor, s’anomena a aquesta condició com acidosi, quan
està per sobre, alcalosi.

Aquesta constància de pH s’assoleix mitjançant les solucions amortidores: barreges


d’àcids febles i de les seves bases conjugades (solucions tampó o tampons).

pH d’alguns fluids biològics.


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

pH dels líquids biològics més comuns

Les cèl·lules mantenen un pH citosòlic constant proper a pH 7,


òptim per les biomolècules.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Solucions amortidores
[H + ][CH 3COO - ]
HA ↔ A- + H+ [ A− ][ H + ] Ka = = 1.74 10 −5 M
Ka = [CH 3COOH]
[ HA]

+ [ A− ]
− log[ H ] = − log K a + log
[ HA]
Equació de Henderson-Hasselbach

[ A− ]
pH = pK a + log
[ HA]

La capacitat de tamponament és
màxima quan les concentracions
d’àcid feble (HA) i base conjugada
(A-) són iguals.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Corva de titració d’àcid acètic 0.1M amb NaOH 0.1M

Observem canvis en el valor de pH en funció NaOH afegit.


Com es veu, a la corba hi ha una zona (ombrejada de color blau) en la
que el pH varia molt poc en anar afegint NaOH.
El valor de pH en el que varia menys el pH en afegir NaOH, és al pH
igual al pKa de l’àcid acètic.
En aquest valor de pH les concentracions de HAc i de Ac- són iguals.
És el punt en el que la capacitat de tamponament és màxima, és a dir
quan pH = pKa
De totes formes la zona de tamponament del tampó àcid acètic/acetat
va de 3,76 a 5,76.
La regió de tamponament d’un tampó serà = pKa ± 1
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Importància biológica de l’Aigua

Corbes de titulació de 3
àcids dèbils

Cada sistema d’àcid feble i la seva


base conjugada tindrà el seu pKa
FBiBM – Tema 1
Organització dels éssers vius

• Concepte general de Bioquímica

• Elements químics a la matèria viva

• Jerarquia estructural de les biomolècules

• La importància biològica de l’aigua

• Interaccions no covalents en medi aquós


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

L’aigua determina l’estructura i la dinámica de les proteïnes


De la seqüència d’aminoàcids (1D) a la proteïna tridimensional (3D)

?
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Convivència molecular en la cèl·lula

En la cèl·lula hi trobem milers de molècules en un


espai molt petit, formant i mantenint estructures
supramoleculars que permeten la vida

Com poden mantenir supraestructures


moleculars?

Existència d’interaccions febles, no covalents que orienten i


fixen les molècules amb contactes intra- i inter-moleculars
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Interaccions febles no covalents: Tipus i força


De 10 a 100 vegades més febles que els enllaços covalents
• Interacció Iònica
Interacció electrostática entre dues espècies amb càrrega permanent, o entre un ió i
un dipol permanent
• Interaccions de dipols (Pont d’hidrogen)
Interacció electrostática entre molècules polars no carregades
• Interaccions de Van der Waals
Interaccions dèbils entre altres tipus d’àtoms
• Efecte Hidrofòbic
Fenòmen complex, associat a l’ordre de les molècules d’aigua envoltant substàncies
no polars
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Interaccions febles no covalents en biomolècules: Tipus i força

energía d’enllaç aproximada:

10 – 20 KJ/mol • Interaccions molt més dèbils que


l’enllaç covalent.
15 – 40 KJ/mol

4 – 8 KJ/mol • Tanmateix, l’acumulació de molts


contactes febles te una influència
determinant en la macromolècula
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Ponts d’hidrogen

2 àtoms electronegatius competeixen pel mateix àtom d’hidrogen


→ Contacte típic de l’aigua
→ Però altres molècules i grups també en poden fer
Només és necessari que hi hagi un donador i un acceptor
d’electrons

Els ponts d’hidrogen són direccionals → La disposició energética més favorable


és la lineal.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Ponts d’hidrogen, importancia biològica

Cel·lulosa
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Ponts d’hidrogen, importancia biològica

• Estructura i funció de proteïnes


• Estructura i funció del DNA
• Estructura i funció dels polisacàrids
• Unió dels enzims a substrats
• Reconeixement específic de lligand-receptor

Cel·lulosa
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Interaccions Iòniques
• Les interaccions iòniques nomenades també interaccions electrostàtiques.

• Les interaccions iòniques són interaccions electrostàtiques entre àtoms de càrrega


oposada.

• Són molt fortes en absència d’aigua, però en la seva presència, ho són molt menys,
perquè les molècules d’aigua “apantallen” la càrrega positiva i negativa, fent que la
atracció entre les càrregues oposades sigui molt menor.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

El pont salí

El pont salí combina dos tipus d’interaccions febles: pont d’hidrogen + interacció iònica
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Interaccions Hidrofòbiques
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Efecte hidrofòbic
• Les interaccions hidrofòbiques no són pròpiament interaccions.
El terme fa referència a la tendència a les molècules o regions
no polars a unir-se entre elles i excloure les molècules les
molècules d’aigua.

• L’absència d’interaccions entre els grups no polars i l’aigua


determina la interacció de grups no polars entre ells.

• L’efecte hidrofòbic és un dels factors principals en: plegament


de proteïnes, interaccions proteïna-proteïna, formació de
vesícules lipídiques, ...

• Es un procés afavorit termodinàmicament. Reducció nombre


molècules aigua ordenades i increment de l’entropia.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Interaccions de Van der Waals


• Són interaccions molt febles que només es donen entre àtoms molt
propers.

• Quan dos àtoms (que no formen ni enllaç covalent, ni pont d’H, ni


interacció iònica) es van apropant, l’energia de la seva interacció és igual
a la suma de l’energia d’atracció, en vermell, i de la de repulsió, en blau.

• S’observa una distància d’apropament límit, radi de Van der Waals (rv),
que és propera a la distància en que l’energia d’interacció és mínima, r0.
Aquest rv seria la suma dels radis de van der Waals de cada àtom.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Interaccions de Van der Waals

La Taula dóna els radis de van der


Waals (la mínima distància a la que
un àtom permet apropar-se un altre
àtom, amb el que no té cap més tipus
d’enllaç).
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Interaccions de Van der Waals

Les estructures de les molècules es solen representar mostrant els seus àtoms constituents com
esferes de radis iguals als seus radis de van der Waals.

Representacions del metà i de dues


molècules d’aigua. En el cas de les dues
molècules d’aigua, les esferes d’un H
d’una molècula i d’un O d’una altra, es
penetren, perquè formen pont d’hidrogen.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
Interaccions no covalents en el medi aquós

Interaccions de Van der Waals

• Són universals. Tenen lloc entre qualsevol parell d’àtoms que es


trobin propers.

• Estabilitzen les macromolecules biològiques

• Determinen la complementarietat estèrica.

• La suma d’un gran nombre d’interaccions dóna molta força i explica


molts fenòmens biològics. Per exemple permet al llangardaix córrer
per les parets sense caure.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós

Classificació de les interaccions en funció de càrrega i dipol

+
energia

-
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós

Distàncies i energies d’enllaç dels diferents tipus d’interacció


FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós

La suma fa la força
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós

La suma fa la força
Malgrat que les interaccions no covalents són febles (4 kJ/mol seria un valor típic d’ una interacció de van der waals),
el seu efecte acumulatiu fa que sigui decisiva alhora de determinat l’estructura de les biomolècules i la seva funció.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós

Solvatació molecular i implicació de l’aigua en l’estructura

Les molècules d’aigua unides a Les molècules d’aigua unides al centre d’unió
l’hemoglobina són essencials per la seva de la proteïna que uneix el sucre arabinosa
estructura són essencials per aquesta interacció
específica.
FBiBM – Tema 1: Organització dels éssers vius
La matriu de la vida: interaccions febles en medi aquós

Solvatació molecular i implicació de l’aigua en l’estructura

You might also like