3/7/2022

VIETNAM NATIONAL UNIVERSITY HCMC

UNIVERSITY OF SCIENCE
CHEMISTRY FACULTY – DEPARTMENT OF ORGANIC CHEMISTRY

CHEMISTRY OF NATURAL PRODUCTS

Ph.D Nguyễn Trí Hiếu 1

TÀI LIỆU THAM KHẢO

1
 3/7/2022

GIỮA KỲ:
- Hình thức: tự luận
THI CUỐI KỲ:
- Hình thức: trắc nghiệm + tự luận

LỊCH SỬ PHÁT TRIỂN

2
 3/7/2022

• 2900 B.C., Ebers Papyrus (Ai cập) liệt kê 700 loại thuốc từ
thực vật.
• 2600 B.C., những cư dân vùng Lưỡng Hà ( Mesopotamia)
đã sử dụng tinh dầu Cupressus sempervirens (Cypress)
and Commiphora species (myrrh) trị cảm, ho và viêm .
• 1100 B.C., một tài liệu về y học Trung Quốc có tên Wu Shi
Er Bing Fang (Ngự Binh Y Nông) mô tả 52 bài thuốc cổ
truyền. Trong sách y học của Thần Nông (Shennong
Herbal, ~100 B.C.) mô tả 365 bài thuốc và trong tài liệu
Tang Herbal (đời Đường, 659 A.D.) trình bày 850 bài
thuốc).
• Nhà y học nổi tiếng Hy Lạp, Theophrastus (~300 B.C.) ghi
chép lại những bài thuốc từ cây cỏ. Dioscorides, (100
A.D.) đã ghi lại 5 quyển sách về dược học.
5

CHỨA
CHẤT GÌ?

3
 3/7/2022

Catharanthus roseus

Madagascar

4
 3/7/2022

England

China

Cocaine

Brazil Erythroxylum coca

Epibatidine

Ecuador
10
Epipedobates tricolor

5
 3/7/2022

Taxus brevifolia
Taxol (Paclitaxel)

Hypericin
11
Hypericum perfolatum

HỢP CHẤT THIÊN

NHIÊN LÀ GÌ?

12

6
 3/7/2022

HỢP CHẤT HÓA HỌC

(CHEMICAL)

HỮU CƠ VÔ CƠ
ORGANIC INORGANIC

TỰ NHIÊN TỔNG HỢP

NATURAL SYNTHETIC
13

NATURAL
ORGANIC
COMPOUNDS

14

7
 3/7/2022

NATURAL ORGANIC CHEMISTRY

PRIMARY METABOLITES SECONDARY METABOLITES

- Cần thiết cho sự sống

của SV, liên quan trực
tiếp đến sự sinh
trưởng, phát triển và tái
sinh.
- Hiện diện phổ biến
- Có cấu trúc tương đồng

15

PRIMARY METABOLITES

16

8
 3/7/2022

NATURAL ORGANIC CHEMISTRY

PRIMARY METABOLITES SECONDARY METABOLITES

- Cần thiết cho sự sống - Tìm thấy giới hạn trong 1 loài
của SV, liên quan trực hoặc 1 số loài cùng đặc
tiếp đến sự sinh điểm, hình thái.
trưởng, phát triển và tái - Có cấu trúc khác biệt
sinh. - Không có vai trò cho sự phát
- Hiện diện phổ biến triển của SV nhưng 1 số có
- Có cấu trúc tương đồng vai trò sinh thái hoặc 1 chức
năng chuyên biệt nào đó
- Thường được tạo ra từ sự
chuyển hóa của HCTĐ bậc 1
17

18

9
 3/7/2022

VAI TRÒ CỦA HỢP CHẤT TỰ NHIÊN?

- Bảo vệ sinh vật khỏi sự tấn công của kẻ thù hay các yếu tố gây bệnh
- Hấp dẫn côn trùng gây thụ phấn cho hoa, điều hòa sinh trưởng, hormone
giới tính, ức chế viêm nhiễm, dẫn động thần kinh…
- Có chức năng nào đó chưa được biết đến

Nepenthaceae 19
Aquilaria

Natural
products

20

10
 3/7/2022

21

• 39% diện tích là rừng

• 13.000 loài thực vật
• 10.000 loài đã được
xác định
• 4000 loài được xem
như cây thuốc

22

11
 3/7/2022

23

CÔNG VIỆC CỦA NHỮNG NHÀ NGHIÊN CỨU HCTN:

• LỰA CHỌN ĐỐI TƯỢNG

NGHIÊN CỨU

• PHÂN LẬP CÁC HCTN

TINH KHIẾT

• XÁC ĐỊNH CẤU TRÚC

• THỬ NGHIỆM HOẠT TÍNH

SINH HỌC

• ĐIỀU CHẾ CÁC DẪN XUẤT

• BÁN TỔNG HỢP HAY

TỔNG HỢP TOÀN PHẦN

• (KHẢO SÁT QUÁ TRÌNH

SINH TỔNG HỢP)
24

12
 3/7/2022

25

LỰA CHỌN ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU

• Hướng ứng dụng: hương liệu, dược phẩm, phẩm

màu, thuốc bảo vệ thực vật…
• Loại hợp chất: terpenoid, flavonoid, xanthonoid,
alkaloid, steroid…
• Thực vật, động vật, nấm, địa y hay vi sinh vật?
• Thu mẫu
• Định danh

26

13
 3/7/2022

27

(Giới)

(Phylum, ngành)

(Hạt kín)
(Lớp)

(Hai lá mầm)
(Bộ)

(Bồ hòn)
(Họ)

(Điều, đào lộn hột)

(Chi)

(Xoài)
(Loài)

28

14
 3/7/2022

PHÂN LẬP (ISOLATION) CÁC HCTN

• Điều chế cao: sử dụng các phương pháp ly trích

Ngâm dầm
(trích nguội)

Soxhlet
(trích nóng)

29

Chưng cất
hơi nước

Trích bằng CO2 siêu tới hạn

Trích bằng vi sóng

30

15
 3/7/2022

Máy li tâm

Máy đông cô

Máy cô quay 31

• Phân lập các HCTN: các phương pháp sắc ký

SKBM (thin layer chromatography, TLC)
SK cột (column chromatography, CC)
SK hiệu năng cao HPLC (High Performance Liquid Chromatography)
SK cột nhanh MPC (Mini-pressure) / FC (Flash Chromatography)
SK từng phần li tâm CPC (Centrifugal Partion Chromatography)

TLC 32

16
 3/7/2022

XÁC ĐỊNH CẤU TRÚC (ELUCIDATION) CÁC HCTN

• Sử dụng các phương pháp phổ hiện đại (UV,
IR, NMR, MS, Xray, CD)

Máy đo phổ NMR Máy đo phổ MS 33

Máy đo phổ IR

UV (Ultra Violet)

34

17
 3/7/2022

IR (Infrared)

35

NMR (nuclear magnetic resonance)

1H NMR 36

18
 3/7/2022

13C NMR 37

COSY (COrrelation SpectroscopY)

38

19
 3/7/2022

HSQC (Heteronuclear single-quantum correlation)

39

HMBC (Heteronuclear multiple-bond correlation)

40

20
 3/7/2022

MS (Mass Spectrometry)

41

HR-MS (High resolution MS) 42

21
 3/7/2022

43

Máy đo phổ X-ray

44

22
 3/7/2022

CD (Circular dichroism)

- Hợp chất chứa C* và hệ

chromophore
- Dựa trên hiệu ứng
Cotton (cotton effect)

45

Atomic-scanning probe microscopy technique

46

23
 3/7/2022

XÁC ĐỊNH CẤU TRÚC KHÔNG PHẢI ĐIỀU DỄ DÀNG

Morphin, moät chaát giaûm ñau trích töø laù caây thuoác
phieän ñöôïc coâ laäp töø naêm 1804 nhöng maõi ñeán
naêm 1925 ngöôøi ta môùi coù theå xaùc ñònh hoaøn
toaøn caáu truùc cuûa noù. Töông töï, caàn hôn 100 naêm
ñeå xaùc ñònh caáu truùc cuûa cholesterol.

47

- Xác định cấu hình tương đối: ~là giai đoạn cuối cùng
trong việc xác định cấu trúc bằng phổ NMR.
Một PP để xác định HHLT: dựa vào hằng số ghép cặp của
các H kế cận (vicinal) vốn tùy thuộc vào góc nhị diện ().
VD: Trong cyclohexan
 Jaa lớn (~9-13 Hz) vì góc nhị diện ~180.
 Jae ~ Jee ~2-5 Hz: nhỏ hơn nhiều vì ~60.

Phương trình Karplus

48

24
 3/7/2022

 Sự định hướng tương đối của các proton không ghép cặp
có thể được xác định = hứ NOE (nuclear Overhauser effect).

Sự gia tăng hiệu ứng NOE: chịu ảnh hưởng của các tương
tác trong không gian, không chịu ảnh hưởng của tương tác
giữa các nối.

Có hứ NOE
 Cặp proton/nhóm
proton gần nhau về
mặt không gian.

49

NOE 50

25
 3/7/2022

51

Tuy nhiên, dựa trực tiếp vào vào phổ NMR => Không thể xác
định cấu hình tuyệt đối và thường người ta phải dựa vào:

- Độ quay riêng (năng lực triền quang)

- Tính tán sắc triền quang (CD)
- Biến đổi chất đó thành 1 chất có cấu hình tuyệt đối đã biết.
- Đ/v alcol bậc hai hoặc amin bậc hai: sử dụng PP Mosher

PP Mosher: Với alcol 2 => tạo dẫn xuất ester bằng cách cho
tác dụng với acid thủ tánh (R)- và (S)-α-methoxy-α-
trifluoromethylphenylacetic (MTPA) hay dẫn xuất clorua acid/
anhydrid acid của (R)- và (S)-MTPA
=> 2 xuyên lập thể phân => Đo phổ 1H NMR
=> tính toán độ sai biệt H trong các sp => Cấu hình tuyệt đối.
52

26
 3/7/2022

Để biết một hợp chất mới hay đã được báo cáo trước đó:
 Trước đây: Tra cứu Chemical Abstracts (CA), do
Chemical Abstracts Service (CAS) thuộc Hội Hóa học Mỹ
(American Chemical Society, ACS) xuất bản.
 Now: - SciFinder: là phiên bản online của CA
- Dictionary of Natural Products on DVD: do
Chapman & Hall/CRC phát hành cũng có thể phục vụ cho
mục đính này.

Cho đến nay, việc phân lập và xác định cấu trúc các HCTN
vẫn là mục đích chính của các nhà hóa học HCTN.
Vì lý do này hay lý do khác, việc nghiên cứu quá trình sinh
tổng hợp chưa được thực hiện nhiều.
53

KHẢO SÁT QUÁ TRÌNH STH (BIOSYNTHESIS)

• PP đơn giản nhất không đòi hỏi thực nghiệm là
phân tích cấu trúc dựa trên các đơn vị cơ bản và đề
nghị sự kết hợp các đơn vị này một cách hợp lý.

• Phương pháp đánh dấu đồng vị (isotop labeling)

+ Đồng vị phóng xạ: 14C và 3H
+ Đồng vị bền: 12C, 13C, 1H, 15N và 18O

Tác chất được

Xác định vị trí các
dán nhãn bằng Thực hiện phản
đồng vị trong cơ
cách thay thế một ứng hoặc cho
cấu sản phẩm bằng
vài nguyên tử vào môi trường
NMR, MS, IR hoặc
quan trọng bằng nuôi cấy
chu kỳ phân rã
đồng vị của chúng
54

27
 3/7/2022

55

56

28
 3/7/2022

57

58

29
 3/7/2022

59

60

30
 3/7/2022

THỬ HOẠT TÍNH SINH HỌC (BIOLOGICAL ASSAYS)

• Kháng khuẩn (antibacterial)

• Kháng nấm (antifungal)
• Kháng oxi hóa (antioxidate
• Kháng viêm, khối u
(anti-inflammatory)
• Kháng ung thư (anticancer)
• Kháng virus
• Kháng tiểu đường, stress, Alzheimer, Parkison
…
61

62

31
 3/7/2022

63

In vitro

• Enzymes
• Chemical
• Cell lines
• Microorganism (bacteria, fungi)

64

32
 3/7/2022

65

66

33
 3/7/2022

67

68

34
 3/7/2022

69

70

35
 3/7/2022

71

72

36
 3/7/2022

In vivo

73

In silico

74

37
 3/7/2022

http://autodock.scripps.edu/ 75

76

38
 3/7/2022

Machine learning

Computer-Aided Drug Design (CADD)

Pro. Regina Barzilay (MIT)

Halicin
77

Matt OConnor
(Reboot.ai)

78

39
 3/7/2022

79

Chemistry of natural products

• Phân loại HTCN dựa trên cấu trúc và tính chất
hóa học
• Nhận biết các nhóm HCTN
• Khảo sát cấu trúc các HCTN
• Tìm hiểu về con đường STH các HCTN
• Tổng hợp hóa học các HCTN
• Mối liên hệ giữa cấu trúc và hoạt tính

80

40
 3/7/2022

PHENOLICS

STEROIDS

TERPENOIDS

ALKALOIDS

81

• STH là quá trình tổng hợp các hợp chất HC xảy ra bên
trong SV dưới tác dụng của các gene, enzyme hoặc
coenzyme.

• Việc khảo sát quá trình STH các HCTN cho biết:
+ Cơ chế hình thành của các HCTN trong cơ thể sinh vật
+ Các yếu tố ảnh hưởng đến quá trình sinh tổng hợp
+ Hiểu thêm về cấu trúc cũng như vai trò của các HCTN.

82

41
 3/7/2022

• HCTN được STH trong nhiều bộ phận (cơ quan)

khác nhau của sinh vật
• Kiểu mẫu của HCTN phụ thuộc vào từng loài,
từng giai đoạn phát triển và trạng thái sinh lý của
sinh vật
• Một số HCTN chỉ được tìm thấy ở một số bộ phận
(cơ quan) chuyên biệt
• Những dạng HCTN khác nhau do sự quy định của
những gen mã hóa những enzyme STH, những
yếu tố di truyền và những protein vận chuyển.
• HCTN tồn tại trong mô hay tế bào tùy vào tính ái
nước hay ái dầu

83

(tế bào mủ)

(không bào)

(nguyên sinh chất)

(tế bào chất)

(nhân)
84

42
 3/7/2022

(long mao)
(nhựa/mủ cây)

(tế bào tinh dầu)

(biểu bì)

(ty thể)

(lỗ hỗng)

(màng tế bào)

(mô lưới)

85

• Quá trình STH các HCTN trải qua một chuỗi các phản ứng.
Thường được xúc tác bởi các enzyme

• HCTN được tạo nên từ các tiền chất khác nhau và qua các
trung gian. Tiền chất là một phân tử đóng vai trò như chất
nền và chuyển đổi thành sản phẩm bởi các enzyme
• Tiền chất cũng có thể là sản phẩm của một quá trình STH
• Chất trung gian có thể là tiền chất cho một sản phẩm khác

86

43
 3/7/2022

MVA (mevalonic Acid)

MEP (Methylerythritol-4-P)

87

88

44
 3/7/2022

• HCTN được STH từ một hoặc kết hợp nhiều con đường trên.
• Nhiều HCTN còn mang một hay nhiều phân tử chất trao đổi
bậc 1 như các gốc đường.

89

• Quá trình STH các HCTN xảy ra trong cơ thể sinh vật ở
nhiệt độ cơ thể, trong môi trường không dung môi và
thường đòi hỏi sự hiện diện của xúc tác acid-base
• Phản ứng trong quá trình STH (in vivo) thường được
so sánh với các phản ứng trong phòng thí nghiệm (in
vitro). Tuy nhiên chúng có một số biệt tính được quy
định bởi các enzyme.
• Hầu hết các enzyme đều kết hợp với một số
coenzyme/cofactor hay carbohydrate
• Enzyme là chất hữu cơ phức tạp có bản chất là
protein, được tế bào tổng hợp có vai trò xúc tác cho
các phản ứng sinh tổng hợp xảy ra trong cơ thể sống.

90

45
 3/7/2022

Phân loại enzyme

Glycosyltransferases Gắn nhóm đường vào

91

• Nhiều enzyme ngoài phần protein gọi là apoenzyme

thì còn có các thành phần khác không phải enzyme
gọi là cofactor.
• Cofactor có thể là chất vô cơ thường là các ion kim
loại như sắt, đồng, kẽm… hoặc có thể là chất hữu cơ,
thường được dẫn xuất từ các vitamin. Trong trường
hợp này, các cofactor hữu cơ được gọi là các
coenzyme.

92

46
 3/7/2022

• Coenzym không phải là một chất xúc tác mà nó tham gia

phản ứng, sau phản ứng cần có bước tiếp theo để đưa
coenzym về trạng thái ban đầu.

93

ATP

94

47
 3/7/2022

Coenzyme A

95

NAD(P)+/NAD(P)H, FAD/FADH2, FMN/FMNH2

96

48
 3/7/2022

97

Phản ứng oxi hóa - hoàn nguyên

98

49
 3/7/2022

99

100

50
 3/7/2022

101

102

51
 3/7/2022

Phản ứng alkyl hóa

103

104

52
 3/7/2022

105

Phản ứng chuyển vị aldol hóa – ngưng tụ Claisen

106

53
 3/7/2022

107

Phản ứng chuyển vị Wagner-Meerwein

108

54
 3/7/2022

109

110

55
 3/7/2022

111

112

56
 3/7/2022

113

114

57
 3/7/2022

115

116

58
 3/7/2022

ÔN TẬP
1. HCTN là gì? Đặc tính của nó?
2. Ứng dụng của HCTN? Cho ví dụ cụ thể.
3. Vai trò của HCTN đối với sinh vật?
4. Hóa học sinh thái là gì?
5. HCTN đóng vai trò gì trong hóa học sinh thái? Cho ví dụ
cụ thể trong từng mối liên hệ.
6. Sinh tổng hợp (STH) HCTN là gì?
7. Trình bày sơ đồ tóm tắt quá trình STH các HCTN từ các
chất trao đổi bậc 1.
8. Các phản ứng quan trọng trong STH các HCTN
9. Các loại enzyme và coenzyme tham gia vào quá trình
STH các HCTN
10. Các tiền chất tạo ra HCTN (alkaloid, phenol, terpenoid,
steroid)
117

59