4. КОМБИНАТОРНА ХЕМИЈА PDF

12.3.
2020
КОМБИНАТОРИСКА
ХЕМИJА
Проф. д-р Ана Поцева Пановска
Дизјанирање на кандидат
молекула за лек
Традиционална синтеза:
• Комплексни и долги синтетски постапки
• Мала различност во структурите (недоволно за откривање на нови
водечки соединенија)
• Висока цена (5000-10000 $ /соединение)
Комбинаторна хемија
Фармацевтски факултет-УКИМ
1
12.3.2020
Воведување на комбинаторна
хемија
 Средина на 1980-тите години
 Синтеза на нови структури со
паралелен пристап – синтеза
на сите можни комбинации на
супституенти во еден
синтетски експеримент
 Синтетизирани соединенија =
комбинаторна библиотека
Основни принципи
 Основен принцип на комбинаторна хемија е истовремена
синтеза на голем број на различни соединенија
 Различните соединенија се синтетизираат од почетни
соединенија т.н. градбени блокови (building blocks).
 сите можни комбинации при ковалентното поврзување на
градбените блокови, во исти реакциони услови даваат
различни молекули-продукти кои претставуваат една
 N = bx
 Број на синтетизирани молекули (N)
 Бр. на градбени блокови (b) во секој чекор
 Број на синтетски чекори (x)
2
12.3.2020
 Пр. Комбинаторна библиотека на сите пентапептиди

кои можат да се добијат од 20 аминокиселини ке биде
 N = 20 5 = 3 200 000 различни пептиди
 Постојат 1060 молекули со Мм <800 = структури што можат

да бидат искористени во откривање на нови лекови
 = ќе бидат потребни 1051 години за синтеза на 1.000.000
молекули дневно за да се достигне оваа бројка!!!
Споредба на стратегија во синтеза на лекови
Конвенционална Комбинаторна
• Синтеза на една молекула  Истовремена синтеза на
• Стотина молекули повеќе молекули
месечно  Илјадници молекули
• Споро пронаоѓање на месечно
водечко соединение  Брзо пронаоѓање на
• Висок ризик за водечки соединенија
неуспешност  Низок ризик за
неуспешност
• Синтеза –пречистување-
испитување  Синтеза – испитување-
пречистување
3
12.3.2020
Значење на комбинаторна хемија
• Веројатноста да се
пронајде молекула со
фармаколошка активноста е
пропорционална на бројот
на молекули кои учествуваат
во скрининг процесот
• Со комбинаторната синтеза Водечко соединение (lead compound) е појдовна

се добиваат молекули со структура која покажува извесна фармаколошка
мали разлики во структурата или биолошка активност и од која, со хемиски
модификации се добива соединение со подобрена
што е потребно за активност и фармакокинетски параметри
оптимизација на структурата
на водечкото соединение
Типови на комбинаторни библиотеки

 Примарни библиотеки
◦ синтетизираните соединенија се со различна структура,
поради што вака дизајнираните библиотеки се користат
најчесто за откривање на нови лекови (hit)
◦ поради структурната различност при испитување на
нивната потенцијална активност се користат биолошки
тестови за различни цели
◦ синтезата на примарните библиотеки се изведува на
цврста фаза (mix and split)
◦ големината на библиотеките најчесто е над 10 000
соединенија
◦ количината не синтетизиран продукт е мала (< 1 mg)
4
12.3.2020
 Насочени библиотеки
◦ се дизајнираат користејки веќе познати структури (пр.
познато активно соединение)
◦ синтетизираните соединенија имаа слична структура
односно овие библиотеки содржат структурно слични
молекули кои настануваат со додавање на грабени
блокови на точно определени позиции во избраната
структура
◦ се користат за откривање и оптимизација на водечко
соединение (lead)
◦ испитување на една потенцијална биолошка активност
која се поврзува со избраната структура
◦ синтезата на насочените бибилиотеки се изведува на
цврста или течна фаза (најчесто паралелна синтеза)
◦ големината на библиотеките е под 10 000 соединенија
◦ количината на синтетизираниот продукт е над 1 mg
Пример за комбинаторна библиотека
10
5
12.3.2020
Почетоци – синтеза на цврста фаза

 Merrifield-ова синтеза на пептиди на цврст носач (1963)
Цврст носач
Boc –заштитена амино к-на
Boc – бутил оксикрабонил
• Инертни полимерни сверни честички =полистирен вкрстено поврзан

со дивинил бензен
• Нобелова награда во 1984 год.
11
 на крајот на синтезата од цврстиот носач може да се

ослободи (хидролизира) продуктот на реакцијата во чиста
форма
12
6
12.3.2020
Синтеза на цврста фаза

+ лесно пречистување - по користење на различни р-рувачи,
миење, загревање итн. на крајот на синтезата цврстиот носач
може едноставно да се филтрира и од него да се ослободи
продуктот на реакцијата во чиста форма
- мал принос
13
Реакција на цврста фаза
14
7
12.3.2020
Компоненти на цврста фаза (I)

 Носачи
Полимерни сфери кои овозможуваат слободна дифузија на
р-рувач и реагенси во внатрешноста
◦ Материјали:
- полистиренски смоли
- полистирен + ПЕГ (ОН- групи)
- полиакриламидни смоли
- стаклени и керамички сфери
15
Полистиренски смоли
стирен дивинил бензен функционализиран

(за вркрстено поврзување) мономер
TentaGel смоли
16
8
12.3.2020
Цврст Реагенси/
носач бабрење растворувачи
Линкери
Својства на цврстиот носач:

• треба да е стабилен во реакционите услови
• да има бабречки својства
• да обезбедува брза кинетика на реакција
• да е компатибилен со р-рувачите и реагенсите
• да има поволен физички облик и стабилност
• да обезбедува висока количина на полнење (пр. 1
mmol/g)
• Најчесто реакцијата настанува во внатрешноста на
цврстиот носач
17
Компоненти на цврста фаза (II)

 Линкери
◦ обезбедуваат реверзибилно поврзување на првиот
реактант
◦ обезбедуваат простор за слободна ротација на молекулите
поврзани за полимерот
◦ потребно е да се стабилни во реакциони услови
◦ осетливи на услови при р-кцијата на раскинување и
слободување на продуктот
◦ се користат различни линкери
во зависност од функионалната
група која треба да се прикачи
18
9
12.3.2020
Типови на линкери
19
Изведување на цврсто-фазна синтеза
• Инертни полимерни сверни честички од цврстата фаза

може да се нанесени на колони, микротитарски плочи,
виали итн.
20
10
12.3.2020
Алтернативи – pins and crowns
 Врвовите на пластичните стапчиња се обложени со полимер,

линкер и соединение кои се модифицира
21
Алтернативи – ‘tea bags’

 Полиетиленски кесички слични на
кесички за чај , исполнети со цврст
носач се ставаат во различни
реакциони садови за да се изведе на
пр. реакцијата на поврзување на
амино киселини
 Пo секоја реакција кесичките се
собираат и се изведува нивно
заедничко миење и одстранување на
заштитните групи.
 Во овој метод кесичката има улога на
филтер и спречува мешање на
цврстиот носач помеѓу реакционите
чекори. Преку означување на секоја
кесичка синтетизираната структура
може да се идентификува.
22
11
12.3.2020
Цврсто-фазна синтеза на библиотека на 1,4-

бензодиазепини (1992 год.)
 Проф. J. Ellman (1992) го применил комбинаторниот приод и синтетизирал

библиотека од 192 бензодиазепински структури
23
Течно-фазна синтеза
 Синтеза на комбинаторна библиотека во растворувач во
реакционен сад
• Паралелна синтезата (истовремено) користејки сет на

реакциони садови
Апаратура за изведување на паралелна течно-фазна синтеза

24
12
12.3.2020
Растворливи полимерни фази
 Помеѓу цврсто-фазна и течно-фазна хемија
 Најчесто користени:
◦ PEG (полиетилен гликоли со терминални -ОН гр)
◦ Дендримери (големи високо разгранети молекули со
терминални амино групи)
◦ ‘течен тефлон’ (долги ланци на -CF2- поврзани со
силициумов атом)
25
Споредба на различните начини на изведување на

комбинаторната синтеза
предности Цврсто фазна Течно фазна Полимерна

Користење на
вишок на реагенс √ √
Лесно
пречистување √ √
Лесно следење на
реакцијата √ √
Едноставно
√
поставување на р- √
кцијата
Големи библиотеки √
Голема количина на
продукт
√ √
26
13
12.3.2020
Синтетски методи и техники

I Паралелна синтеза
 соединенијата се синтетизираат паралелно користејки
засебни простори/садови
 принцип: „еден сад-едно соединение“
 Се изведува на цврст носач или во течна фаза
Предности:
 Секое синтетизирано соединение е чисто
 Дефинираната локација ја дава структурата на секое
соединение
 Лесна биолошка евалуација
Недостатоци:
 Се користи само за средни по големина библиотеки (од
неколку илјади соединенија)
27
Дијаграм на техника за паралелна синтеза
28
14
12.3.2020
Дијаграм на техника за паралелна синтеза
29
Аликвоти (1-100); поврзување со амин (1/епрувета); редукција
Аликвоти (1-100); поврзување со киселина (1/епрувета);
Паралелна синтеза
едeн сад/перла - едно соединение
(one well/bead-one compound)
10 200 реакции
30
15
12.3.2020
II Mix and split (split and pool) синтеза

 соединенијата се синтетизираат паралелно на цврст носач
 принцип: секое синтетизирано соединение е врзано за
една партикла (сверна честичка) од цврстиот носач =
“едно соединение - една партикла“
 Mix and Split - синтезата се изведува само на цврст носач
Предности:
 Потребни се само неколку реакциони садови
 Метод од избор за создавње на големи библиотеки
Недостатоци:
 Потребна е три пати поголема количина на перли од
 Се синтетизираат мали количини на продукт
31
Дијаграм на mix and split техника
32
16
12.3.2020
Дијаграм на mix and split техника
33
1. Аликвоти (1-100);
2. Поврзување со амин (1/епрувета);
3. Редукција
4. Мешање (mix)
5. Разделување (split)
6. Аликвоти (1-100)
7. Реакција со киселина (1/епрувета)
Mix and split синтеза

едно соединение – едeн перла
(one well - one bead compound)
300 реакции
34
17
12.3.2020
Пронаоѓање на активна молекула во

=
35
Стратегии на извлекување (‘Pooling’ )

Повторлива деконволуција
Метод за утврдување на активна секвенца или редослед на
прикачените групи со повторена синтеза на помали смеси
(pool-ови)
1. На почеток се утврдува активната смеса (pool) во
библиотеката а потоа и градбениот блок на третата
(последната)позиција
2. Понатаму се синтетизира втора подбиблиотека во која
сите членови имаат ист градбен блок на трета позиција,
но секоја од синтетизираните групи содржи различни
градбени единици на втората позиција.
3. Овој процес се повторува до пронаоѓање на соодветна
градбена единица за секоја позиција.
36
18
12.3.2020
ПРИМЕР ЗА ПОВТОРЛИВА ДЕКОНВОЛУЦИЈА
37
ПРИМЕР ЗА ПОВТОРЛИВА ДЕКОНВОЛУЦИЈА

Чекор 1. Идентификување на активна смеса (pool) во библиотеката
(група 2 = супституент Y на позиција 3)
ГРУПА 1 ГРУПА 2 ГРУПА 3
Чекор 2. Синтеза на помaл pool и идентификување на активен супституент на

позиција 2 = X
Y Y Y
YXX- YXY- YXZ- YYX- YYY- YYZ- YZX- YZY- YZZ-
Чекор 3. Синтеза на 3 одделни структури за

YXX- YXY- YXZ- идентификување на активен супституент на позиција 1 = Y
38
19
12.3.2020
 Деконволуција на одземање
-Изоставување на функционални групи и следење на активноста =
помала активност укажува дека функционалната група има
поголемо влијание на активноста
• Ортогонално групирање A B C
- функционалните групи се групираат aa aa ab
во сетови ab ac ac
 Скенирање на позиција
◦ Се формираат подбиблиотеки со една градбена
единица на фиксна позиција додека останатите се
променливи.
◦ Преку избирање на најактивниот pool (подгрупа) за
секоја позиција се утврдува и најактивното соединение
39
Структурна карактеризација
Директни методи
• со ослободување на продуктот (off bead)
- еден продукт (IR,MS,NMR)
- смеса (HPLC / MS)
 директно на продукт врзан на носач (оn bead)

◦ FTIR, NMR, MS
40
20
12.3.2020
Кодирање на комбинаторни библиотеки

 Прикачување на обележувач/код (tag) за цврстиот
носач во секој чекор при синтеза на таргет молекула
?
41
• Секој обележувач е карактеристичен за соодветната

модификација и најчесто ковалентно се поврзува за
42
21
12.3.2020
Хемиско кодирање
-Паралелно со секој синтетски чекор се
внесуваат и молекули- обележувачи чиј
идентитет ги кодира внесените
градбени единици при синтезата на
библиотеките.
Со ослободување на
обележувачите и нивна анализа
може да се утврди структурата на
активното соединенија
43
Бинарно кодирање
 Присутво (1) или отсуство (0) на обележувач
(tag) е код за градбената единица
N бр. на обележувачи
кодираат
(2n-1) мономери
44
22
12.3.2020
Пример за бинарно кодирање
45
Декодирање
 Со соодветна анализа на обележувачите се добива информација за
градбените единица редоследот по кој истите се вградени во
молекулот
46
23
12.3.2020
Обележувачи кои се користат во кодирање
 Хемиско кодирање
◦ Олигонуклеотиди (PCR)
◦ Пептиди (МS)
◦ Полихалогенирани ароматични соединенија (GC-ECD, GC-
MS)
 Не-хемиско кодирање
◦ Оптичко кодирање
◦ Радиофрекфентно кодирање
47
High-throughput screening
Скенирање со висока резолуција
 Процес на брзо скенирање на комбинаторни библиотеки
за пронаоѓање на соединенија (погодоци – hits) со
потребна активност
 Процесот опфака:
1. избор на цел (рецепотор, ензим, хормон, јонски канал итн.) во
однос на кој ке се испитува активноста на соединенијата и
развивање, оптимизирање и валидирање на метод за ХТС
испитување
2. Избор на библиотеки и скриниг
48
24
12.3.2020
пример
читач
• UV/vis abs
• Fluorescence погодок ‘hit’
(100 000 x 0.1% =100)
• Luminescence
49
Вирутелен (In silico) скрининг
 Компјутерски испитувања за предвидување на

активноста/својствата на едно соединение со
користење на неговата дво-димензионална или
тродимензионална структура
 Потреба од in silico скрининг

◦ Трошоци и време за изведба на ХТС експерименти
◦ Мал процент на успешни погодоци од комбинаторните
програми
◦ Етички аспекти
50
25

4. КОМБИНАТОРНА ХЕМИЈА PDF

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

4. КОМБИНАТОРНА ХЕМИЈА PDF

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

12.3.

Проф. д-р Ана Поцева Пановска

 Пр. Комбинаторна библиотека на сите пентапептиди

 N = 20 5 = 3 200 000 различни пептиди

 Постојат 1060 молекули со Мм <800 = структури што можат

Споредба на стратегија во синтеза на лекови

Значење на комбинаторна хемија

• Со комбинаторната синтеза Водечко соединение (lead compound) е појдовна

Типови на комбинаторни библиотеки

Пример за комбинаторна библиотека

Почетоци – синтеза на цврста фаза

Boc – бутил оксикрабонил

• Инертни полимерни сверни честички =полистирен вкрстено поврзан

 на крајот на синтезата од цврстиот носач може да се

Синтеза на цврста фаза

Реакција на цврста фаза

Компоненти на цврста фаза (I)

стирен дивинил бензен функционализиран

Својства на цврстиот носач:

Компоненти на цврста фаза (II)

Изведување на цврсто-фазна синтеза

• Инертни полимерни сверни честички од цврстата фаза

Алтернативи – pins and crowns

 Врвовите на пластичните стапчиња се обложени со полимер,

Алтернативи – ‘tea bags’

Цврсто-фазна синтеза на библиотека на 1,4-

 Проф. J. Ellman (1992) го применил комбинаторниот приод и синтетизирал

• Паралелна синтезата (истовремено) користејки сет на

Апаратура за изведување на паралелна течно-фазна синтеза

Растворливи полимерни фази

 Помеѓу цврсто-фазна и течно-фазна хемија

Споредба на различните начини на изведување на

предности Цврсто фазна Течно фазна Полимерна

Синтетски методи и техники

Дијаграм на техника за паралелна синтеза

Дијаграм на техника за паралелна синтеза

Аликвоти (1-100); поврзување со амин (1/епрувета); редукција

Аликвоти (1-100); поврзување со киселина (1/епрувета);

II Mix and split (split and pool) синтеза

Дијаграм на mix and split техника

Дијаграм на mix and split техника

Mix and split синтеза

Пронаоѓање на активна молекула во

Стратегии на извлекување (‘Pooling’ )

ПРИМЕР ЗА ПОВТОРЛИВА ДЕКОНВОЛУЦИЈА

ПРИМЕР ЗА ПОВТОРЛИВА ДЕКОНВОЛУЦИЈА

ГРУПА 1 ГРУПА 2 ГРУПА 3

Чекор 2. Синтеза на помaл pool и идентификување на активен супституент на

YXX- YXY- YXZ- YYX- YYY- YYZ- YZX- YZY- YZZ-

Чекор 3. Синтеза на 3 одделни структури за

 директно на продукт врзан на носач (оn bead)

Кодирање на комбинаторни библиотеки

• Секој обележувач е карактеристичен за соодветната

Пример за бинарно кодирање

Обележувачи кои се користат во кодирање

Вирутелен (In silico) скрининг

 Компјутерски испитувања за предвидување на

 Потреба од in silico скрининг

You might also like