מיקרוביולוגיה סיכומונה

lOMoARcPSD|6228193
‫ היגולויבורקימ‬- ‫ איגש רחש‬- 2016
‫ןב תטיסרבינוא( היגולויבורקימ‬-‫)בגנב ןוירוג‬
StuDocu is not sponsored or endorsed by any college or university

Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com)
‫‪lOMoARcPSD|6228193‬‬
‫מיקרוביולוגיה ‪2016‬‬
‫מרצה‪ :‬פרופ' יצחק פישוב וד"ר איל גור‬
‫סיכם‪ :‬שחר שגיא‬
‫‪#‬חסרה הרצאה ‪-10‬מאקרופאג'ים‪#‬‬
‫‪#‬השתדלתי להוסיף כמה שיותר פרטים אך לא עברתי על הסיכום כמקשה אחת‪ .‬לתשומת‬
‫לבכם‪#‬‬
‫‪1‬‬
‫)‪Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com‬‬

‫תוכן העניינים‪:‬‬
‫הרצאה ‪ -1‬מבוא למיקרוביולוגיה‪........................................................... ................................‬עמ' ‪3‬‬
‫הרצאה ‪ -2‬דופן תא החיידק ‪....................................................................................................‬עמ' ‪8‬‬
‫הרצאה ‪ -3‬ממברנה‪............................................................... ...............................................‬עמ' ‪20‬‬
‫הרצאה ‪ -4‬תזונה של חיידקים ‪..............................................................................................‬עמ' ‪34‬‬
‫הרצאה ‪ -5‬גידול חיידקים‪.....................................................................................................‬עמ' ‪43‬‬
‫הרצאה ‪ -6‬מחזור תא החיידק ‪...............................................................................................‬עמ' ‪55‬‬
‫הרצאה ‪ -7‬אנטיביוטיקה‪......................................................................................................‬עמ' ‪59‬‬
‫נספח אנטיביוטיקות ‪.............................................................................................................‬עמ' ‪76‬‬
‫הרצאה ‪ -8‬חיידקים מחוללי מחלות‪......................................................................................‬עמ' ‪77‬‬
‫הרצאה ‪ -9‬בקרת ביטוי גנטי‪...................................................... ..........................................‬עמ' ‪98‬‬
‫הרצאה ‪ -11‬רקומבינציה ‪....................................................................................................‬עמ' ‪114‬‬
‫הרצאה ‪ -12‬חיידקים חברתיים‪.................................................................................... .......‬עמ' ‪135‬‬
‫‪2‬‬

‫הרצאה ‪ -1‬מבוא למיקרוביולוגיה‪:‬‬
‫מהי מיקרוביולוגיה?‬
‫*מדע של המיקרואורגניזמים‪.‬‬
‫*דיסיפלינה בגיל של קצת יותר ממאה אחת‪.‬‬
‫*גרמה לזינוק בביולוגיה מולקולרית ובביוטכנולוגיה‪.‬‬
‫מאפיינים‪-‬‬
‫אין ממברנות תוך תאיות‪ .‬אין מידור‪.‬‬
‫ישנו ארגון פנימי מסודר בחיידקים‪.‬‬
‫יש גרעין‪ ,‬מטוכונדריה‪ ,‬ליזוזומים‬

‫ואברונים כיוב' עם פונקציות מסוימות‪.‬‬
‫בחיידקים אין גרעין אך יש נוקלאואיד‪-‬‬

‫מירכוז הדנא‪.‬‬
‫‪3‬‬

‫וירוסים‪-‬‬
‫*מיקרואורגניזמים קטנים מאוד‬

‫שאינם תאים‪.‬‬
‫*מערכות סגורות לא דינמיות‪.‬‬
‫*אין מטאבוליזם‪.‬‬
‫*מבנה קבוע‪ .‬מתנהגים‬

‫כחלקיקים למעט כאשר תוקפים‬
‫את המארח‪.‬‬
‫*מכילים גנים אך ללא מנגנונים‬

‫ביוסינטטיים (אין יצירת חלבונים‬
‫עצמונית)‪.‬‬
‫*תלויים באורגניזם הפונדקאי כדי להתרבות‪.‬‬
‫*וירוסים של חיידקים‪ -‬בקטריופאג'ים‪.‬‬
‫מה היא הגדרת החיים?‬
‫כל מערכת חיה היא מערכת פתוחה‪-‬לא יכולה‬

‫להתקיים ללא החלפת חומר ואנרגיה עם‬
‫הסביבה‪.‬‬
‫כמו כן יש החלפת אינפורמציה‪.‬‬
‫כל המערכות החיות מסוגלות לבצע פונקציות‬

‫כמו‪ :‬התרבות‪...‬‬
‫‪4‬‬

‫סינתזה של מרכיבי התא וגידול התא‪ -‬יכולת‬

‫להתחלק וליצור ‪ 2‬תאי בת‪.‬‬
‫המאפיין החשוב של מערכות חיות‪.‬‬
‫התמחות‪-‬‬
‫כאן רואים הווצרות נבגים (ספורות)‪ .‬הם יכולים לשרוד‬

‫בתנאים קשים יותר מאשר תא וגטטיבי‪ .‬כשישתנו‬
‫התנאים ויעשו אופטימליים הנבג יתמיין לתא וגטטיבי‪.‬‬
‫זה דורש קבלת אינפורמציה מהסביבה וחומרים‬

‫מהסביבה‪.‬‬
‫יצורים חיים יכולים בדרך כלל להחליף‬

‫אינפורמציה‪( .‬גם אצל חיידקים פרוקריוטים!)‬
‫השפה הינה כימיה‪.‬‬
‫ביופילם‪ -‬אחד התנאים להתקפה של חיידקים‬

‫על אורגניזם‪ .‬זוהי התנהגות כמו מושבה‪.‬‬
‫בביוב למשל ריכוזי הלכלוך הם ביופילם‬

‫(מושבות)‪.‬‬
‫כך החיידקים מדברים אחד אל השני‪.‬‬
‫המספר שלהם יוצר איכות חדשה שלא קיימת‬

‫כבודד‪.‬‬
‫‪5‬‬

‫את כל תהליכים ניתן לחלק ל‪ 2‬קבוצות‪:‬‬
‫זרימת האינפורמציה אשר רשומה בדנא‪ .‬האינפורמציה עוברת התמרה לחלבונים שהם לרוב‬ ‫‪.1‬‬
‫אנזימים שיכולים לזרז ריאקציות מסובכות‪.‬‬
‫הריאקציות האלו הן הבסיס לחילוף החומר והאנרגיה (רבייה וכדומה)‬
‫בתא החיידק אין מוח‪ ,‬ולכן מדהים שזה מנוהל על ידי ארגון עצמי‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫אפילו הוירוס שהוא מבנה פשוט במיוחד‪-‬עובר הרכבה‬

‫עצמית בתא הפונדקאי‪.‬‬
‫גורמי תמותה עיקריים לפי שנים (מאה)‪:‬‬
‫‪6‬‬

‫השפעות המיקרוביולוגיה על האדם (מה שחשוב מורחב בשיעורים הבאים)‪:‬‬
‫‪7‬‬

‫הרצאה ‪ -2‬דופן תא החיידק‪:‬‬
‫התא האאוקריוטי לעומת התא הפרוקריוטי‬
‫הבדלים‪:‬‬
‫גודל‪ ,‬גרעין‪ ,‬אברונים‪ ,‬צורת דנ"א‪ ,‬כמות‬

‫הכרומוזומים (אחד מעגלי בפרוקריוטי)‪,‬‬
‫היסטונים בתא אאוקריוטי‬
‫תמיד תהיה דופן בפרוקריוטים‪ ,‬והיא שונה בהרכבה הכימי מאשר‬

‫דופן באאוקריוטים‪.‬‬
‫מעטפת התא‬
‫מעטפת התא (‪ – )cell envelope‬כל השכבות המקיפות את התא‬
‫מעטפת התא מורכבת מ‪ 3‬אלמנטים‪:‬‬
‫ממברנה פלסמטית‪ ,‬דופן התא וקפסולה‬

‫פוליסכרידית (לא קיימת בכל החיידקים)‪-‬בעיקר‬
‫בחיידקים פתוגנים‬
‫דופן תא החיידק (‪)cell wall‬‬
‫מבנה קשיח המקיף את קרום התא‬
‫תפקידי דופן התא‪:‬‬
‫הגנה בפני לחץ מכני‬ ‫•‬
‫הגנה בפני לחץ אוסמוטי‬ ‫•‬
‫‪#‬מושגים בכחול צריך לדעת‪#‬‬
‫חיידקים הם חד תאיים בדר"כ הקיימים בסביבה וחשופים לכל‬

‫מיני לחצים מכאניים‪ .‬הדופן מקנה להם את היכולת הזו‪...‬‬
‫גם ברב תאיים יש לעתים דופן (שמרים למשל)‬
‫הגנה מפני לחץ אוסמוטי‪-‬הדופן מגנה על החיידק מלחץ‬

‫אוסמוטי גבוה וכך בסביבה דלת מלחים הוא לא יתפוצץ‪ .‬פגיעה‬
‫בדופן בתנאים פיזיולוגיים משמעותה פיצוץ החיידק‪.‬‬
‫‪8‬‬

‫תפקיד נוסף הוא עיצוב צורת החיידק‪.‬‬
‫עגולים נקראים קוקים‪ .‬מתגים נקראים רוד‪.‬‬
‫ספיריליום הם מעין ספירלות‪ .‬פילמנטוס נראים מאורכים‬

‫וכו'‪.‬‬
‫מבנה וסינתזה של דופן תא החיידק‬
‫דופן התא החיידקי בנוי מפולימר בשם‬

‫פפטידוגליקן (‪ )peptidoglycan‬המורכב‬
‫ממולקולות סוכריות ומפפטידים‪ .‬זהו‬
‫אלמנט (תת יחידה) שחוזר על עצמו‬
‫פעמים רבות‪.‬‬
‫הדופן מורכבת ממספר רב של תת יחידות‬

‫הקשורות זו לזו בקשרים קוולנטיים‬
‫תת‪-‬היחידות החוזרות ‪ G‬ו ‪ m‬וארבעת‬

‫ה"חרוזים"‪ .‬בין היחידות יש קשרים קוולנטיים‪.‬‬
‫‪ (NAG) N-acetylglucosamine‬הינו גלוקוז עם‬

‫קבוצת אמין שמחובר לצד אחד של אצטיל‪.‬‬
‫‪ (NAM) N-acetylmuramic acid‬החלק המסומן באדום (ללא הקשר)‬

‫תת היחידה החוזרת‬
‫הינו חומצה לקטית שמחוברת ל‪.nag‬‬
‫‪9‬‬

‫בין הסוכרים נאג ונאם יש קשר גליקוזידי‪.‬‬
‫הליזוזים נמצא בחלבון של הביצה (הלבן) והינו אנזים‬

‫שיודע לשבור את הקשר הזה (כלומר הוא יכול לפרק‬
‫את דופן החיידק ולכן נקרא אנזים אנטי בקטריאלי)‪.‬‬
‫שרשרת החרוזים הינה פפטיד של ‪ 4‬חומצות אמינו‪.‬‬
‫חומצות האמינו בגוף ובטבע הן בקונפורמציה ‪L‬‬
‫אך כאן מדובר על כיראליות!‬
‫בדר"כ מולקולות מוגדרות מבחינה כיראלית ‪ R‬ו‪.S‬‬
‫יש עוד ‪ 2‬הגדרות בכימיה אורגנית ואחת מהן היא ‪ D‬ו‪.L‬‬
‫מכאן יוצא שכל חומצות האמינו בקונפורמציה ‪ L‬ותמונת הראי שלהן נקראת ‪.D‬‬
‫בדופן החיידקים מוצאים גם ‪ D‬וגם ‪.L‬‬
‫הפפטידוגליקן מכיל חומצות אמינו שאינן‬

‫מופיעות בסינטזת חלבונים‪:‬‬
‫‪ .1‬ח' אמינו בקונפורמציית ‪D‬‬
‫אין פה גם רצף של ‪ L-L‬או ‪ D-D‬אלא רק לסירוגין‪.‬‬
‫‪10‬‬

‫הסיבה היא שיש בטבע המון פפטיאזות ופרוטאזות (אנזימים מפרקים)‪.‬‬
‫כאן הן רואות משהו שהן לא מכירות‪.‬‬
‫כמובן שזו השערה וייתכן שזו לא הסיבה האמיתית‪.‬‬
‫הדרך שבה זה נוצר היא היפוך של ‪ L‬ל‪.D‬‬
‫‪)DAP( meso-diaminopimelic acid .2‬‬
‫‪#‬אימביקואיטים‪ -‬מולקולה שמוצמדת לשיירי ליסין‪#‬‬
‫‪ DAP‬מאוד דומה לליסין פרט לקבוצת קרבוניל נוספת‪ .‬היא‬

‫החומצה האמינית השנייה‬
‫קבוצת הצד האמינית של הליזין או של ה‪ DAP -‬משמשת ליצירת‬

‫קשר איזופפטידי עם הקרבוקסיל של ה‪D-alanine -‬‬
‫בין פפטיד לפפטיד ישנם קשרי צילוב בין אלאנין ל‪.DAP‬‬
‫‪+R2H2NOR1OHC‬‬
‫אין קשר יותר נפוץ מקשר זה בביולוגיה‬
‫אמידים משמשים הרבה בתור נוקלאופילים‪,‬‬

‫האלקטרונים תוקפים את הקרבוקסיל וכתוצאה‬
‫מכך נוצר קשר אמידי‪( .‬חשוב לביולוגיה!)‬
‫קשר כזה דורש השקעת אנרגיה‪ ,‬שבד"כ נוצר‬

‫מהידרוליזה של ‪ATP‬‬
‫‪11‬‬

‫סינטזת פפטידוגליקן‬
‫בניית קבוצת ‪UDP-NAG‬‬
‫הרמה אנרגטית של המולקולה יותר גבוהה מאשר זו שללא ה‪UDP‬‬
‫בניית קבוצת ה ‪NAM‬‬
‫הוספת‬
‫‪phosphoenolpyruvate‬‬
‫ל‪ ,UDP-NAG -‬מובילה‬
‫ליצירת ‪UDP-NAM‬‬
‫בניית הפנטפפטיד של תת היחידה הבסיסית‬
‫כל שלב ביצירת הפטטיד דורשת אנרגיה‬
‫‪12‬‬

‫מעבר של תת היחידה הבסיסית מן הציטופלסמה אל מחוץ לתא‬
‫הבקטופרנול נע‬
‫בחופשיות בתוך‬
‫הממברנה פרט לראש‬
‫הליפידי ומתחבר ל‪UDP‬‬
‫‪L‬‬
‫*במצגת יש אנימציה‬
‫ממש מובנת*‬
‫זהו מנגנון כללי של‬

‫יצירת הדופן‬
‫) אינקורפורציה לתוך הפפטידוגליקן הנבנה?‬ ‫כיצד עוברת תת היחידה הבסיסית (‬
‫אינקורפורציה‪ -‬שילוב‬
‫אניזימים הקרויים אוטוליזינים (‪ )autolysins‬מנתקים קשרים גליקוזידיים (‪ )NAM-NAG‬ואיזופפטידיים‬

‫(‪ DAP-D-Ala‬או ‪ )L-Lys-D-Ala‬בדופן‪ ,‬על מנת לאפשר איחוי של תת היחידה החדשה‪.‬‬
‫*יש אנימציה באתר*‬
‫השלבים באופן כללי‪:‬‬
‫‪ )1‬האנזים אוטוליזינים (פירוק) שעושים פירוק עצמי של הדופן‪ .‬כך התא יכול להתרחב‪ .‬יש כמה‬
‫סוגים של אוטוליזינים‪ -‬אלו שמפרקים את הקשרים הגליקוזידים ואלו שמפרקים את קשרי‬
‫הצילוב‪.‬‬
‫‪ )2‬טרנסליקוזידות‪ -‬אנזימים שמקטלזים איחוי קשרים גליקוזידים בין יחידות שונות‬
‫‪)3‬יש אנזים שקוראים לו פפטידאז והם בונים את קשרי הצילוב‬
‫אנזימים הקרויים טרנסגליקוזידזות (‪ )transglycosidases‬מקטלזים איחוי קשרים גליקוזידיים בין‬

‫הסוכרים של תת היחידה החדשה לתת היחידות הישנות‪.‬‬
‫‪13‬‬

‫אנזימים הקרויים טרנספפטידזות (‪ )transpeptidases‬מקטלזים בניית קשר איזופפטידי בין ה ‪D-Ala‬‬

‫ה"לפני‪-‬אחרון" של תת היחידה החדשה ל ‪( DAP‬או לליזין) של תת יחידה קיימת‪ .‬בתהליך זה‬
‫משתחרר ה ‪ D-Ala‬האחרון של תת היחידה החדשה‪.‬‬
‫פניצילין‪ -‬אנטיביוטיקה שמעכבת סינתזת דופן‪ ,‬היא נקשרת לטרנספפטידות ומעכבת את פעילות‬
‫הטרנספפטידזות‬
‫האוטוליזין בא להתחיל הרחבה ואז הדופן קורסת‬
‫‪14‬‬

‫ה‪ ala-D‬משתחרר בתור קבוצה עוזבת טובה וגורם לתהליך‬

‫להיות ספונטני‪( .‬בעצם התא הכין את המולקולה מראש‬
‫והשקיע את ה‪ ATP‬ביצירת ‪)ALA-D‬‬
‫הפריפלסמה‪-‬‬
‫התווך שבין קרום התא ובין דופן התא‬
‫הפריפלסמה מכילה חלבונים רבים המבצעים מגוון תפקידים – רבים מן החלבונים מבצעים תפקידים‬
‫הקשורים למעבר חומרים דרך הממברנה‪ .‬חלבונים אלה כוללים כמורצפטורים‪ ,‬הידרולאזות‪,‬‬
‫פוספטאזות ועוד‪.‬‬
‫כמו כן‪ ,‬נמצאים בפריפלסמה האנזימים המשתתפים בבניית הפפטידוגליקן ומספר לא מבוטל של‬
‫צ'פרונים ופרוטאזות‪.‬‬
‫בפריפלסמה אין ‪ ,ATP‬ולפיכך מוגבל מגוון התהליכים הפריפלסמיים דורשי האנרגייה‪.‬‬
‫שונות בדופן החיידקים‬
‫ניתן לחלק את החיידקים לשתי קבוצות עיקריות על פי מאפייני הדופן שלהם‪.‬‬
‫לפני התפתחות הביולוגיה המולקולרית ניתן היה להבדיל בין שתי קבוצות אלה על ידי צביעת‬
‫החיידקים בתהליך שפותח (‪ )1884‬על ידי המדען האנס כריסטיאן גראם (‪.)Gram stain‬‬
‫בתהליך הצביעה‪ ,‬חיידקים מטיפוס אחד סופחים צבען‪ ,‬בעוד הטיפוס האחר אינו סופח‪.‬‬
‫לפיכך‪ ,‬טיפוס אחד מכונה ‪ Gram+‬ואילו‬

‫הטיפוס האחר מכונה ‪Gram-‬‬
‫חלוקת ‪ 2‬קבוצות עיקריות של חיידקים‬

‫לפי דופן (על שם גרהם שגילה זאת ע"י‬
‫צביעה)‬
‫גרהם חיובי וגרהם שלילי‬
‫גרהם‪-‬חיוביים‪ :‬שכבה מאוד עבה של‬

‫פפטידוגליקן‬
‫גרהם‪-‬שליליים‪ :‬שכבה אחת בלבד של‬

‫פפטידוגליקן שהיא לא מספיק חזקה ולכן‬
‫מעליה יש עוד ממברנה הנקראת ‪outer‬‬
‫‪membrane‬‬
‫‪15‬‬

‫‪Gram positive cells‬‬
‫טיכואיק אסיד‪ -‬מקנה יציבות‬
‫חומצה טיכואית (‪)teichoic acid‬‬
‫חומצה טיכואית‪ -‬שלילית ומסייעת בהחזרת קטיונים‬

‫(צריך לדעת שהיא שם בגרהם חיוביים בלבד)‬
‫חומצות טיכואיות בעלות מבנה בסיסי של‬

‫פוליכוהלים‬
‫(גליצרול או רביטול) וקבוצות פוספט‪.‬‬
‫לח‪ .‬הטיכואיות קשורות מולקולות של סוכרים‬

‫וחומצות אמיניות‪.‬‬
‫תפקיד של ח‪ .‬טיכואיות‪:‬‬
‫‪ .1‬מעניקות לדופן תוספת חוזק‬
‫‪ .2‬סיוע בהחדרת קטיונים לתא‪ ,‬בגלל מטענם השלילי‬
‫הקשר בין הפפטיד לפפטיד אחר ומהפפטיד לאלאנין‬
‫בגרהם חיוביים הפפטיד הזה מחבר בין ‪ ALA-D‬ל ‪LYS-L‬‬
‫לא נמצא בגרהם שליליים‬
‫‪Gram negative cells‬‬

‫‪GRAM-‬‬
‫זהים במבנה הפפטידי‬
‫‪GRAM+‬‬
‫שונים במבנה‬
‫הפפטידי‪,‬‬
‫שונים ברצף של‬
‫‪interbridge‬‬
‫ואף חסרי ‪interbridge‬‬
‫הדופן והאאוטר ממבריין בגרהם שליליים‬
‫הדופן היא כמו מסננת עם חורים מאוד גדולים‪ .‬חלבונים גדולים לא יעברו אך קטנים יעברו‪ -‬היא לא‬
‫נחשבת כמחסום חדירות‪ .‬עם זאת‪ ,‬הממברנה החיצונית כן נחשבת מחסום חדירות ולכן יש בה‬
‫תעלות‪-‬פורינים) והיא סלקטיבית‬
‫‪16‬‬

‫ישנן תעלות שונות (למלחים‪ ,‬יונים)‬
‫הממברנה החיצונית בנויה מצד אחד‬

‫מ‪ lypopolysacharide -LPS‬אשר הוא‬
‫שומן שאליו מחובר פוליסכריד (שאינו‬
‫נפוץ בביולוגיה) ומאפשר בניית עץ‬
‫סוכרים עליו‪.‬‬
‫יצורים חיים מעולים בהתמודדות‬

‫בהתמודדות עם חלבונים‪ ,‬אך לא עם‬
‫סוכרים‪ ,‬ולכן זה יתרון‪.‬‬
‫מאפיינים נוספים של ה ‪LPS‬‬
‫ה ‪ LPS‬מספק חוזק מכני ומחסום חדירות‪.‬‬

‫(בחיידקים גראם חיוביים‪ ,‬שכבת‬
‫הפפטידוגליקן העבה מבצעת תפקידים אלה)‪.‬‬
‫ה ‪ LPS‬מספק הגנה בפני מערכת החיסון שלנו אשר מתמחה בזיהוי חלבונים ופחות בזיהוי סוכרים‬
‫יחד עם זאת‪ ,‬כאשר מערכת החיסון שלנו מזהה ‪ ,LPS‬היא עלולה להגיב באופן קיצוני (‪,)septic shock‬‬
‫שמתאפיין בסנסיטיזציה של מערכת החיסון‪ ,‬עלייה בחום הגוף ובקצב הנשימה‪ ,‬וירידה בלחץ הדם‪.‬‬
‫כפי הנראה‪ ,‬תגובה זו התפתחה באבולוציה כיוון שנוכחות ‪ LPS‬בגוף היא עדות לזיהום‪ .‬במקרים‬
‫קיצוניים עלולה תגובה זו להתפתח לכדי חוסר תפקוד של איברים שונים ומוות‪ .‬בשל כך‪ ,‬ה ‪ LPS‬נקרא‬
‫גם בשם ‪.endotoxin‬‬
‫מערכת החיסון שלנו מכירה את ‪ .LPS‬כשהיא מזהה מעט ‪ LPS‬מתחילה השתוללות והיא מאוקטבת‬
‫ברמה שמכניסה את הגוף לשוק‪Septic shock .‬‬
‫‪17‬‬

‫אחת הבעיות החמורות הינה צניחה מטורפת בלחץ הדם‪.‬‬
‫השם ‪ endotoxin‬הוא שם ישן‬
‫פורינים (‪)porins‬‬
‫תעלות חלבוניות בקוטר של כ ‪ 1 nm‬החוצות את ה ‪ LPS‬והממברנה‬

‫החיצונית ומאפשרות מעבר מולקולות הידרופיליות קטנות (‪.)600-700 Da‬‬
‫קיימים סוגים שונים של פורינים‪ ,‬המתאימים למעבר חמרים שונים‪.‬‬
‫מיקובקטריה‬
‫קיימת קבוצת חיידקים לא גרהם שלילית ולא גרהם‬

‫חיובית‪ .‬פילוגנטית היא יותר דומה לגרהם חיובית‪ ,‬אך‬
‫התפתחה בה ממברנה חיצונית המכילה חומר בשם‬
‫חומצה מיקולית‪ -‬שרשראות מאוד ארוכות‬
‫והידרופוביות‪ .‬מאפיינות מיקובקטריה‪ -‬חיידקים‬
‫שמאופיינים במבנה שדומה לפטריות‪.‬‬
‫הן לא יצבעו במעבדה כגרהם חיוביים או שליליים‪.‬‬
‫חיידקים מקבוצת המיקובקטריה (‪ )Mycobacteria‬אינם‬

‫נצבעים היטב בצביעת גראם בגלל מבנה מיוחד של‬
‫מעטפת התא‪.‬‬
‫לקבוצת חיידקים זו שייך חיידק השחפת‬

‫(‪ )Mycobacterium tuberculosis‬וחיידק הצרעת‬
‫(‪.)Mycobacterium leprae‬‬
‫השלד הפחמני הארוך של החומצה המיקולית מקנה‬

‫למושבות המיקובקטריה מראה פטרייתי (משום כך הם‬
‫נקראים מיקובקטריה (מיקו = פטריית קורים)‪.‬‬
‫‪Acid fast‬‬
‫צביעה יעילה לזיהוי תאי מיקובקטריה מבוססת על שימוש בצבען בעל אפיניות לחומצה מיקולית‬
‫(‪.)carbol fuchsin‬‬
‫שטיפה (‪ )decolorization‬באלכוהול חומצי מסירה את הצבען ממרבית החיידקים‪.‬‬
‫לעומת זאת‪ ,‬חיידקי מיקובקטריה אינם מאבדים את הצבען‪ .‬הם חסינים לדקולוריזציה ומשום כך‬
‫נקראים ‪ .acid-fast bacteria‬הצביעה נקראת ‪ .acid-fast stain‬הצביעה נקראת גם ‪ Ziehl-Neelsen‬על‬
‫שם החוקרים שהמציאו אותה (‪)Franz Ziehl & Friedrich Neelsen‬‬
‫‪18‬‬

lOMoARcPSD|6228193
‫צביעת גראם‬
19

‫הרצאה ‪ -3‬ממברנה‪:‬‬
‫‪Structure of the Prokaryotic Cell‬‬
‫פנים (ציטופלסמה)‬ ‫•‬
‫גרעינון‬ ‫–‬
‫ריבוזומים‬ ‫–‬
‫פלסמידים‬ ‫–‬
‫‪Storage granules‬‬ ‫–‬
‫חוץ‬ ‫•‬
‫‪Pili‬‬ ‫–‬
‫‪Flagella‬‬ ‫–‬
‫קפסולה‬ ‫–‬
‫שכבות ביניים‬ ‫•‬
‫ממברנה ציטופלסמטית‬ ‫–‬
‫דופן התא‬ ‫–‬
‫לתאים גראם חיוביים יש שכבת פפטידוגליקן עבה‪ ,‬בעוד שלגראם שליליים היא דקה‪ .‬אך חשוב מכך‪-‬‬
‫לגראם שליליים יש ממברנה חיצונית‪.‬‬
‫אפשר לצבוע בצבעים ספציפיים דברים שונים בתוך התא‪ ,‬כולל הממברנה‪ ,‬ואפשר גם בעזרת הנדסה‬
‫גנטית לצבוע חלבון פלורסנטי ולקבל צביעה ברורה של הממברנה (פלואורסנציה יותר נפוצה כיום)‪.‬‬
‫ציור של אומן‪ -‬חלק מתא החיידק ‪.E.COLLI‬‬
‫אפשר לראות בכתום רנ"א פולימראז באמצע‪,‬‬
‫ריבוזומים בתרגום‪ ,‬מנוע ‪atp‬‬
‫מה תפקידי דופן התא והמעטפת?‬
‫ראשית‪ ,‬להפריד את התכולה של התא מהחוץ (סביבה) שיכולה‬

‫להיות מאוד שונה מהתכולה‪.‬‬
‫‪20‬‬

‫התפקיד השני הינו לחבר ולהעביר חומר‪ ,‬אנרגיה ואינפורמציה‪...‬‬

‫תפקיד דואלי\מנוגד לתפקיד הראשון‪...‬‬
‫הממברנה הינה מבנה גאוני ("לא פחות מדנ"א")‪ .‬כדי שהמערכת‬

‫תוכל להתקדם חייבים גם להפריד וגם לחבר‪.‬‬
‫ממה אפשר לבנות אותה? מוצק לא יהיה גמיש ויהיה קשה לשנות‬
‫אותו‪.‬‬
‫המהנדס בחר בחומר שמאוד מתאים‬
‫למה חיידקים קטנים? מה היתרון?‬
‫יחס שטח‪-‬נפח‪ .‬השקופית מראה דוגמא גיאומטרית‪ .‬יחס‬

‫שטח לנפח הפוך פרופורציונית לקוטר‪.‬‬
‫ממברנה‪-‬‬
‫הממברנה בנוייה מליפידים‪.‬‬
‫איך אפשר להפריד שני חללים מימיים? משהו הידרופובי‪.‬‬

‫עליו להסתדר עם מים משני הצדדים‪ .‬ולכן הליפידים הן‬
‫מולקולות אמפיפיליות‪.‬‬
‫סבון הינה דוגמא נוספת למולקולה אמפיפילית‪.‬‬
‫חומרים אמפיפיליים יכולים להסתדר עם מים וסביבה הידרופובית‪.‬‬
‫מיצלות זה הצד העגול ההידרופילי‪ .‬כאשר המבנה הינו דו שכבתי שני הצדדים הידרופילים‪.‬‬
‫‪21‬‬

‫‪Phospholipid bilayer:‬‬
‫‪key component of‬‬ ‫•‬

‫)‪cytoplasmic (and other‬‬
‫‪membranes‬‬
‫אפשר לבנות משהו עגול וכדורי‬

‫כך שמים לא יפריעו ותהיה‬
‫הפרדה בין חוץ לפנים‪.‬‬
‫פוספוליפידים‪-‬‬
‫פוספוליפידים‪ :‬מולקולת גליצרול כאשר הפחמנים במצב ‪ 2‬ו‪ 3‬מחוברים לחומצות שומן והפחמן‬
‫המחובר במצב ‪ 1‬מחובר לפוספט‬
‫הקשר בין שייר של חומצת שומן‪-‬‬

‫קשר אסטרי‪.‬‬
‫מי שחורג מהכלל הם הארכיאה‬

‫(קשר אתרי)‬
‫‪22‬‬

‫מבנה הממברנה של ארכיאה‪:‬‬
‫מבנה דו שכבתי מאפיין‬

‫אאוקריוטים וחיידקים‪.‬‬
‫לעומת זאת ארכיאה‬

‫מאופיינים בחיים של תנאים‬
‫קיצוניים‪ .‬בארכיאה ‪2‬‬
‫מולקולות גליצרול מחוברות‬
‫על ידי חומצת שומן אחת‪.‬‬
‫כך הממברנה יותר יציבה‪.‬‬
‫מה ההיקף של‬

‫פוספוליפידים‪:‬‬
‫ניתן לראות השוואה בין‬

‫ממברנה פלסמתית של תאי‬
‫דם אדומים לבין ממברנה‬
‫של מילין ולבין ממברנה של‬
‫מיטוכונדריה ולבין ‪e.coli‬‬
‫מגוון של פוספוליפידים מגוון יותר בחיידקים ??‬
‫במיטוכונדריה יש הרבה קרדיוליפיד שמאפיין את הלב זה מאוד תואם את התיאוריה‬

‫האנדוסימביונטית‪.‬‬
‫איך הפוספוליפידים מסודרים בממברנה?‬
‫הסדר חשוב לתכונות ממברנה‪.‬‬
‫הזנבות של חומצות השומן די גמישים והגמישות‬

‫תלויה בטיבן של חומצות השומן‬
‫מה שמאפיין את הממברנה זו היכולת להיות‬

‫בשני מצבים שונים ‪ :‬ג'לי או נוזלי‪.‬‬
‫בטמפ נמוכה תהיה במצב ג'לי ובטמפ גבוהה‬

‫נוזלי‪.‬‬
‫מה קובע את טמפ המעבר? אורך של‬

‫שרשראות השומן ומידת הרוויה‪.‬‬
‫מה שמסייע הינו הכולסטרול שעוזר בעזרת המרפק לטווח תנועה‪.‬‬
‫כל קשר כפול בחומצות השומן מעלה את טמפרטורת ההתכה‪.‬‬
‫‪23‬‬

‫לכן אורך חומצות השומן וההרכב בחיידקים משתנה בהתאם לצורך לפי הטמפרטורה בחוץ (בניגוד‬
‫לאאוקריוטים ששומרים לרוב על סביבה פנימית בטמפ אחידה)‪.‬‬
‫חלבונים בממברנה‬
‫לא רק פוספוליפידים‬
‫מרכיבים ממברנה‪ ,‬אלא גם‬
‫חלבונים‪.‬‬
‫מה ניתן להגיד על‬

‫החלבונים הללו במבט‬
‫ראשוני? יש כאלו‬
‫אינטגרלים שבתוך‬
‫הממברנה ורק דטרגנט או‬
‫המסה של הממברנה‬
‫תוציא אותם‪ .‬ישנם גם‬
‫חלבונים פריפריאליים שיכולים להיות בתוך או חוץ התא בהתאם לתפקיד שלהם‪.‬‬
‫‪peripheral proteins‬‬ ‫•‬
‫‪loosely associated with the membrane and easily removed‬‬ ‫–‬
‫‪integral proteins‬‬ ‫•‬
‫‪embedded within the membrane and not easily removed‬‬ ‫–‬
‫אינטגרליים ימצאו גם על פני הממברנה וגם בתוך הציטופלסמה‪.‬‬
‫החלבונים הטרנס ממברנליים מאופיינים על ידי כך שהם הידרופוביים (בשל חומצות אמינו מסויימות)‪.‬‬
‫הן ה‪ beckbone‬של חלבונים טרנסממבראנליים‪.‬‬
‫מה צריך להיות האורך של הרצף ההידרופובי כדי שנוכל לזהות ולסמן אותו? הוא צריך להיות כזה‬
‫שכאשר הוא בצורה של אלפא הליקס שיהיה בעובי של הממברנה‪.‬‬
‫בממוצע‪ ,‬עובי הממברנה הכולל הינו ‪ 60‬אנגסטרום\‪ 6‬ננומטר‪.‬‬
‫העובי כולל שני חלקים הידרופיליים (‪ 15‬ו‪ 15‬כל אחד)‪ .‬כלומר שעובי החלק הידרופובי הינו ‪30‬‬
‫אנגסטרום‪ .‬לכן צריך לחפש האלפא הליקס מה שנותן אורך של ‪ 30‬אנגסטרום‪.‬‬
‫מספר החומצות האמיניות בחלק הטראנסממברנלי הינו בין ‪ 19‬ל‪ 23‬חומצות אמינו‪.‬‬
‫‪24‬‬

‫מיקרו ביולוגיה היא קורס סינתטי וכולל בתוכו‬

‫הרבה תחומים אחרים‪.‬‬
‫היחס במשקל בתאים אאוקריוטים הינו בדרך‬

‫כלל (במשקל) חצי חצי חלבונים ופוספוליפידים‪.‬‬
‫בחיידקים וארכיאה הינו ¾ חלבונים ו ¼‬

‫פוספוליפידים‪.‬‬
‫רק ‪!25%‬‬
‫כל מקטע טרנסממברנלי עטוף במספר גדול‬

‫של פוספוליפידים‪ .‬מספר הפוספוליפידים‬
‫המינימלי הינו גבוה יותר! ניתן להסיק‬
‫שהממברנה מאד עמוסה בחלבונים‪ ,‬ורוב‬
‫הממברנה אינה ממברנה נטו‪.‬‬
‫מודל המוזאיקה (פסיפס) של הממברנה‬
‫בתוך הפוספוליפידים נעים חלבונים באופן חופשי‬

‫בממברנה חופשית‪ .‬על פי מודל המקורי החלבונים נעו‬
‫באקראיות‪.‬‬
‫היום ידוע שאורך הממברנה משפיע האם חלבון מסתדר‬

‫יותר או פחות (וגם תלוי מטען)‬
‫הממברנה היא נוזלית אך מאוד מאורגנת! למרות שאינה‬

‫אחידה‬
‫תפקיד הממברנה הוא קודם כל להפריד‪.‬‬
‫השני הינו להעביר באופן ספציפי‪.‬‬
‫מה שמבטיח את הספציפיות של החדירות הינם החלבונים שבממברנה‪ .‬הם מבטיחים מעבר של‬
‫חומר‪ ,‬אינפורמציה‪ ,‬סיגנלים‪ ,‬הפרשת חלבונים החוצה‪...‬‬
‫חלבונים רבים צריכים טיפול של חומרים מהסביבה ולכן מופרשים החוצה‪.‬‬
‫ישנן גם מערכות התפלת אנרגיה וזה חש וב גם למעבר חומרים וגם לפונקציות אחרות של תא‬
‫החיידק‪.‬‬
‫שלושה מנגנוני העברת חומרים בחיידקים‪:‬‬
‫דיפוזיה מזורזת‬
‫מעבר אקטיבי‬
‫והעברת קבוצות‬
‫‪25‬‬

‫מה הינה החדירות נטו של ממברנה‪:‬‬
‫גזים וחומרים קטנים לא טעונים עוברים בחופשיות‪.‬‬
‫השכבה ההידרופובית לא מתנגדת להעברתם‪.‬‬
‫אוראה ואתנול יעברו את הממברנה בקלות‪.‬‬
‫מים לא עוברים באופן חופשי‪ -‬מולקולה קטנה אך‬

‫פולרית‪ .‬לכן החדירות קטנה‪ .‬מעבר מים הינו באוסמוזה‪.‬‬
‫קצב החדירות פרופורציוני למקדם החדירות כפול ריכוז‬
‫מים במים‪.‬‬
‫הריכוז של מים הינו ‪ 55‬מולר‪.‬‬
‫גלוקוז הינו פולרי וגדול‪.‬‬
‫יונים הם בעלי מטען‬
‫חומרים טעונים‪ /‬גדולים‬
‫כל אלו לא עוברים בחופשיות‪.‬‬
‫גליצרול לא טעון אך פולרי ובקושי עובר‪.‬‬
‫ניתן לראות כל מיני יכולות חדירות של חומרים‪ .‬גליצרול נכנס פי ‪ 1000‬פחות מאשר מים‪.‬‬
‫אלו שיכולים לעבור עוברים במנגנון הפשוט של דיפוזיה‪ .‬ללא השקעת אנרגיה מטאבולית (!) [כל‬
‫תהליך צורך אנרגיה]‪ .‬המעבר הינו לפי מפל הריכוזים‪.‬‬
‫אנו נבדוק עבור כל מנגנון‪ :‬מה מעניק לחומר חדירות? מה הכח המניע להעברה של החומר? ומה‬
‫קובע את הכיוון?‬
‫בדיפוזיה הכח המניע והכיוון הינו מפל הריכוזים‬
‫דיפוזיה פשוטה‬
‫בשיוויון ריכוזים ישנו מעבר חומרים באותו הקצב‪( .‬זה לא שאין‬

‫מעבר חומרים)‪.‬‬
‫דיפוזיה מזורזת‬
‫דיפוזיה מזורזת אינה שיטה יעילה כדי לקבל חומרים מבחוץ‪ .‬אם‬
‫החומרים מבחוץ הם בריכוז גבוה יותר הם לא יעברו‪ ,‬ולא תמיד‬
‫החומרים יצליחו לעבור‪.‬‬
‫לכן בעזרת חלבונים תזורז הדיפוזיה‪.‬‬
‫כאשר בודקים באופן ניסיוני חדירה של ‪ 2‬ממברנות‪ -‬אחת סינתטית רק מפוספוליפידים ואחת רגילה‬
‫שמים לב שיש הבדל גדול בסדר הדיפוזיה‪.‬‬
‫‪26‬‬

‫אין מקור אנרגיה נוסף (הם עוברים את הממברנה על ידי דיפוזיה) אך יש משהו שמעניק את היכולת‬
‫הזו של מעבר חומרים‪.‬‬
‫לנתרן ואשלגן לא רואים זירוז משמעותי‪ ,‬אך לגלוקוז וכלור ניתן לראות כמעט ‪ 6‬סדרי גודל!‬
‫במקרו מולקולה אפשר לזהות בקלות לפי גודל‪/‬מטען‪/‬תכונות אחרות‬
‫דיפוזיה מזורזת מתבססת על קיומן של תעלות‪ ,‬זהו עדיין מעבר שמתבסס על מפל ריכוזים‪ ,‬עדיין אין‬
‫השקעה של אנרגיה מטאבולית ולכן המעבר נקרא מעבר פסיבי (מבחינת אנרגיה מטאבולית)‪.‬‬
‫השימוש הוא בחלבונים נשאים‪ .‬הדיפוזיה מתקיימת במפלים קטנים והיא יותר ספציפית‪.‬‬
‫המנגנון יותר מאפיין תאים אאוקריוטים שהם נמצאים בתאים בסביבה קבועה מאשר פרוקריוטים‬
‫הקשר בין קצב הדיפוזיה לבין ריכוז חיצוני בדיפוזיה‬

‫וטרנספורס‪:‬‬
‫הקצב הרבה יותר גבוה במפל יותר נמוך‪ ,‬אך די מהר קצב‬
‫הדיפוזיה מגיע לרוויה בגלל רוויה של הנשאים (מגבילים את‬
‫קצב השינוי)‪.‬‬
‫מה שמאפיין דיפוזיה מזורזת הינו הגעה לרויה (שהיא בעצם‬

‫מגבלה במספר הטרנספורטרים)‬
‫ישנם סוגים שונים של טרנספורטרים‪.‬‬
‫יוניפורטר מעביר רק מולקולה אחת (והוא הכי נפוץ)‪ .‬אין לו‬

‫כיווניות מובנית והוא תלוי במפל הריכוזים‪.‬‬
‫תעלות גם הן לא קובעות את הכיוון‪ .‬מה שקובע הוא מפל‬

‫הריכוזים והפרש‬
‫הפוטנציאלים החשמליים על‬
‫הממברנה (מטען)‪.‬‬
‫כאשר מדברים על מעבר של‬

‫יונים חייבים לקחת בחשבון‬
‫גם את מפל הריכוזים וגם את‬
‫הפוטנציאל החשמלי (המפל)‬
‫הדיפוזיה המזורזת הינה מאוד‬

‫ספציפית עבור החומר העובר‬
‫מעבר פעיל‪ -‬הריכוז שונה בחוץ ולכן החלבון נכנס אפילו "נגד" מפל הריכוזים‪.‬‬
‫העברת חומרים אקטיביות משתמשות בחומרים מטאבוליים להעברת חומרים כנגד המפל (חוץ‬
‫מאנרגיה של ‪) ATP‬‬
‫נדלג על ההסבר של שרשרת של מעבר אלקטרונים ואיך היא בונה פוטנציאל חשמלי‪.‬‬
‫‪27‬‬

‫‪Proton Motive Force‬‬
‫מערכת ציטופלסמתית של הממברנה בונה מערך‬

‫שלם של חמצון‪-‬חיזור של חלבון‪ .‬התעלות‬
‫הפרוטוניות מעבירות פרוטונים דרך הממברנה‬
‫אצל חיידקים המנגנונים נמצאים בממברנה‬

‫הציטופלסמתית‪ .‬עבור גרם‪-‬שליליים זה קורה‬
‫בממברנה הפנימית‪.‬‬
‫בנוכחות חמצן קיים פוטנציאל אלקטרו‪-‬כימי על‬

‫הממברנה‪.‬‬
‫זה טוב כדי להפעיל טרנספורטרים‪-‬אנטי פורטרים וסימפורטרים‬
‫מערכות הטרנספורט‪-‬‬
‫‪-‬אנטיפורטרים‬
‫‪-‬סימפורטרים‬
‫‪-‬מעבר קבוצות (‪)Group Translocation‬‬
‫‪-‬מערכת ‪ABC‬‬
‫‪Antiporters‬‬
‫זה קורה בו זמנית‪ .‬כאשר יש מפל ריכוזים מי שנמצא‬

‫בפוטנציאל חיובי יכול להעביר את השלילי למנגנון המנוגד‪ .‬זהו‬
‫כיווון שנקבע על ידי התרמודינמיקה‪ -‬יש ‪ 2‬מפלים‪ ,‬המפל‬
‫שיותר גדול הוא זה שקובע את הכיוון! העיגולים בציור עוברים‬
‫לפי מפל הרכוזים וזה יכול להכניס את הריבועים ירוקים נגד‬
‫מפל הריכוזים‪ .‬זה תלוי איזה מהמפלים (של ירוקים או‬
‫אדומים) יותר גדול‪ ,‬וימשיך עד לאיזון בין המפלים‪.‬‬
‫‪Symporters‬‬
‫סימפורטרים מעבירים בצימוד ‪ 2‬חומרים לאותו הכיוון‪ .‬מי‬

‫שבמפל יותר גבוה קובע את כיוון התהליך‪.‬‬
‫כאשר אחד מהמשתתפים הוא פרוטון ויש מפל ריכוזים של‬

‫פרוטונים על ממברנה על ידי מעבר אלקטרונים‪ ,‬השקעת‬
‫האנרגיה באה מאנרגיה מטאבולית שבונה את הפוטנציאל‬
‫החשמלי על הממברנה‪.‬‬
‫אפשר וניתן להשקיע אנרגיה מטאבולית כדי להוציא נתרן‬

‫מתוך התא!‬
‫לחיידק שנמצא במי ים ריכוז הנתרן גבוה ועל מנת להוציא‬

‫אותו הוא משתמש בפוטנציאל אלקטרו‪-‬כימי של אלקטרונים‬
‫על ממברנה שנבנה בעזרת השקעת אנרגיה מטאבולית‪.‬‬
‫‪28‬‬

‫זהו מעבר פעיל!!!!!!!!!!!!!!! על ידי השקעה מטאבולית‪.‬‬
‫העברת קבוצה‪-‬‬
‫טריק מאוד חכם‪ ,‬בתוך הממברנה של‬

‫החיידק נמצא קומפלקס של חלבונים‬
‫(טרנסממבראנליים ולא‬
‫טרנסממברנליים) שמזהה את הגלוקוז‬
‫בחוץ‪ ,‬קושר אותו‪ ,‬חלק אחר של‬
‫הקומפקס קושר פוספואנול פירובט‬
‫(מתוצרי הגליקוליזה) שממחובר על ידי‬
‫קשר עתיר אנרגיה‪ ,‬מחבר אותו לתעלה‬
‫וכשהגלוקוז עובר הפוספט מוצמד אליו‬
‫ונוצר גלוקוז פוספט‪.‬‬
‫‪Group Translocation‬‬
‫זה חכם כי מצמידים לגלוקוז פוספט והוא לא‬

‫יכול לברוח‪ .‬כמו כן אנחנו מרמים את המערכת‪-‬‬
‫המערכת התרמודינמית לא מזהה את הגלוקוז‬
‫והגלוקוז עובר פנימה בלי יכולת לברוח‪ .‬בעצם‬
‫צירפנו לו קבוצת פוספט וזה כבר לא גלוקוז‪.‬‬
‫‪ABC transporters‬‬
‫‪ATP-Binding Cassette transporters‬‬
‫גם בחיידקים‪ ,‬גם בארכיאה וגם ואאוקריוטים‪.‬‬
‫‪29‬‬

‫החלבון שהוא טרנספורטר שמשתמש ב‪ ATP‬לא‬

‫מזהה את החומר עצמו אלא את החלבון המסייע‬
‫שמביא לו חומר להעביר‪.‬‬
‫אותו מגוון של חלבונים‪-‬נשאים יכול לקשור סוכרים‪.‬‬

‫יש כמה סוגים בודדים שמזהים את החלבונים‬
‫בהתאם למספר חומצות אמינו אבל כולם מזוהים‬
‫על ידי הטרנספורטר‪.‬‬
‫יש לו חלק שהוא יכול לקשור ולעשות שימוש ב‪ATP‬‬
‫החלבון נקשר‪ ,‬הצורה משתחררת לתוך התעלה וזה‬

‫מה שמפעיל את ה‪ATPase‬‬
‫הוא מעביר את הסחורה פנימה ואז מתפנה למעבר של "סחורה" חדשה‪.‬‬
‫יש לו ‪ 3‬חלקים – המעביר עצמו שמעביר ‪ ,ATP‬החלק השני שמעביר את החומרים המיועדים לבניית‬
‫הממברנה ‪ ####‬לא ברור מה רצה להגיד‪.‬‬
‫במקרה זה ‪ ADP‬הופך ל‪ATP‬‬
‫‪The three classes of membrane-transporting systems‬‬
‫‪30‬‬

‫מעבר פעיל‬
‫ממברנה פרוקריוטית‬
‫אם נטפל באנטיביוטיקה או ליזוזים‬

‫שגורמים להפסקת הסינתזה של הדופן‪.‬‬
‫מה שקורה בלחץ אוסמוטי נמוך‬
‫הממברנה יוצרת חור והיא מתפוצצת‪.‬‬
‫אפשר גם במנגנון זה לקבל ממברנה‬
‫שלמה לא חדירה ללא הדופן‪.‬‬
‫קצת על אוסמוזה‪...‬‬
‫תהליך מאוד חשוב בהישרדות‬

‫של חיידקים ומדגיש את‬
‫התפקיד (מנגנון) של‬
‫אנטיביוטיקות כגון פניצילין‪.‬‬
‫מכיוון שממברנה חדירה למים‬
‫אם נשים חיידקים בלחץ‬

‫אוסמוטי נמוך קיצוני‪ .‬זה מצב‬
‫שבו מים נכנסים לתא החיידק‬
‫(ריכוז גבוה של מלחים)‪ .‬התא‬
‫לא יכול להתנפח הודות לדופן‪.‬‬
‫האלסטיות הרבה יותר נמוכה‬
‫מאשר האלסטיות של‬
‫הממברנה‪.‬‬
‫בלחץ אוסמוטי גבוה מים יוצאים‬

‫החוצה והממברנה‬
‫מתכווצת‪.‬‬
‫‪31‬‬

lOMoARcPSD|6228193
:‫ציורים לסקירה נוספת של החומר‬
Teichoic acids: Gram positive cell wall:
Gram negative cell wall:
Gram negative outer membrane:
porins: transmembrane protein channels that allow small molecules to cross outer membrane
Lipopolysaccharide (LPS):
32

‫‪Schematic structure of LPS‬‬
‫חשיבות ה‪:LPS‬‬
‫שמירה מהגנות הפונדקאי (אנטיגן‬

‫‪.)O‬‬
‫נותן מטען שלילי לפני התא‪.‬‬
‫מסייע בייצוב הממברנה החיצונית‪.‬‬
‫משמש כאקסוטוקסין (‪.)Lipid A‬‬
‫‪33‬‬

‫הרצאה ‪ -4‬תזונה של חיידקים‪:‬‬
‫השאלה‪-‬מה אוכלים חיידקים? התשובה‪ :‬מה לא?!‬
‫תזכורת‪ :‬חיידקים הם מערכת פתוחה‪ ,‬החלפת אנרגיה בחומר עם‬

‫העקרון‪ -‬כל האנרגיה שנכנסת בצורה של חומרים עתירי אנרגיה‪,‬‬

‫חומרים בעלי פוטנציאל חמצון חיזור גבוה‪ .‬כל האנרגיה הולכת‬
‫בעיקר לסנתוז ‪ ATP‬שמשמש למגוון פעילויות‪ :‬סינתזה‪ ,‬מעבר‬
‫חומרים‪ ,‬מעבר אינפורמציה וכו'‪.‬‬
‫יש פוטנציאל אלקטרו כימי על הממברנה‪.‬‬
‫מקורות אנרגיה‪ :‬חיידקים פוטוטרופים וחיידקים‬

‫כמוטרופיים (חומרים אורגניים‪ -‬גם חומרים אי‬
‫אורגניים יכולים להתאים)‪.‬‬
‫החומרים יכולים לספק אלקטרון עם פוטנציאל‬

‫חמזור גבוה ע"י מעבר למקום עם פוטנציאל‬
‫חמזור נמוך‪.‬‬
‫חייב להיות תורם אלקטרונים ומקבל‪ .‬כאשר‬

‫התורם הוא חמצן התהליך נקרא נשימה אירובית‪.‬‬
‫כאשר התורם אינו חמצן התהליך נקרא נשימה‬
‫אנאירובית‪.‬‬
‫מקור הפחמן‬
‫בנוסף לאנרגיה‪ ,‬יש צורך בחומרי בניין תוך תאיים‪ .‬מקור הפחמן יכול להיות ‪( CO2‬קיבוע בעזרת‬
‫אנרגיה) ואז ייקראו אוטוטרופיים‪ .‬רוב האוטוטרופיים הם גם פוטוטרופיים ולכן נקראים‬
‫פוטואוטוטרופיים שאינם תלויים במערכות חיצוניות‪.‬‬
‫בנוסף ישנם הטרוטרופיים‪ -‬שימוש בחומרים אורגניים לקיבוע הפחמן‪.‬‬
‫כמוליטוטרופיים‪ -‬שימוש בתרכובות אי אורגניות‪.‬‬
‫‪ 4‬קבוצות בעקבות החלוקה‪:‬‬
‫‪34‬‬

‫אילו תרכובות דרושות לחיידק כדי‬

‫להתקיים?‬
‫כל המיקרואורגניזמים מתקיימים בסביבה‬

‫מימית ולכן יכולים להשתמש בחומרים‬
‫מסיסים במים‪.‬‬
‫ישנם יסודות שהחיידק חייב ולכן צריך‬

‫תרכובות אורגניות שמכילות אותם‪.‬‬
‫‪#‬האלמנטים הנדרשים באופן מוחלט‪.‬‬
‫מאקרונוטריינטים‬
‫מיקרונוטריינטים‪ -‬חומרים שצריך רק בכמות מועטת‪ .‬לחץ‬

‫אוסמוטי נשמר על ידי יונים קטנים (נתרן‪ ,‬אשלגן וכו')‪.‬‬
‫אלו בעיקר מתכות‪ ,‬תפקיד עיקרי הינו קו‪-‬אנזימים‪ ,‬קבוצות‬

‫קטליטיות של אנזימים רבים‪ .‬בלי החומרים הללו האנזימים לא יהיו‬
‫פעילים‪.‬‬
‫מיקרונוטריינטים‬
‫נוספים‪.‬‬
‫חלקם יכולים להיות‬

‫רעילים בריכוזים‬
‫גבוהים‪.‬‬
‫‪35‬‬

‫גורמי גידול‪ -‬לא כל החיידקים זקוקים לחומרים הללו‪.‬‬
‫הם גם קו‪-‬פקטורים של אנזימים רבים‪ .‬יש חיידקים שחיים בתוך אורגניזמים עילאיים שויתרו על‬
‫חומרים אלו ומקבלים אותם מהאורגניזם המארח‪.‬‬
‫החומרים הללו לא יימצאו בקרקעית הים או איזורים מרוחקים אחרים‪ ,‬אך חומרים אלו נפוצים‬
‫באורגניזם המאכסן‪.‬‬
‫מצע לתרבית‬
‫המון חיידקים נחשבים ‪ unculturable‬כיוון שאנחנו לא יודעים מה דרוש להם כדי להתקיים‪.‬‬
‫רוב סוגי חיידקים חיים בים (ובמידת הצורך בסביבה מימית)‪ .‬אלו שחיים בים גדלים בסימביוזה‬
‫משמעותית עם אורגניזמים אחרים‪ .‬מה אלמוג נותן לחיידקים? קשה נורא לבודד את הגורמים הללו‪.‬‬
‫אנו מחלקים את מצעי הגידול לשני סוגים‪ :‬מצע מוגדר ומצע עשיר (‪ ,)complex‬למשל בשמרים‬
‫(ההנחה שהשמרים צורכים אותם החומרים שצורכים חיידקים אחרים)‪.‬‬
‫הסיבה שהחיידקים צורכים חומרים דומים לשמרים היא הדמיון הגנטי ביניהם‪ ,‬ולכן ההנחה שהמצע‬
‫יתאים לחיידקים הינה מבוססת ולא מופרכת‪.‬‬
‫עבור חיידקים מסויימים אנחנו יכולים לשים מצע מוגדר ולשאול שאלות נוספות על תפקוד החיידקים‪.‬‬
‫‪36‬‬

‫אפשר להכין מצע נוזלי או מוצק (ג'לי)‪ .‬ריכוז אגר במצע מוצק‪ 15( .1.5%-‬גרם לליטר)‪ ,‬ו‪ 98.5%‬מים!!!‬
‫אגר הוא פוליסוכר ומתאים לתזונה‬

‫של חיידקים רבים‪.‬‬
‫הוא אינו חומר אוניברסלי‪ ,‬ישנם‬

‫חיידקים שכן יכולים לפרק אותו‪.‬‬
‫טריפטון‪ -‬קזאין‪ ,‬החלבון העיקרי‬

‫בחלב‪ ,‬לאחר פירוק בעזרת טריפסין‪.‬‬
‫הטריפסין חותך את החלבון‬
‫לפפטידים‪.‬‬
‫חליצת שמרים בנוסף נותנת עוד‬

‫חומרים‪.‬‬
‫השאלה היא‪ -‬האם הרכב חומצות‬

‫האמינו בממוצע בחיידק דומה להרכב‬
‫חומצות האמינו בקזאין? התשובה‬
‫היא לא! כמו כן‪ ,‬קצב הצריכה השונה‬
‫של חומצות אמינו בין חיידקים‪ .‬לכן‪ ,‬הטריפטון כמצע עשיר הוא לא מצע טוב (ישנן חומצות אמינו‬
‫מסויימות במיעוט ולא ניתן להתרבות ללא סיתנוז של חומצות אמינו חדשות)‪ .‬קצב הגדילה אינו קבוע‪.‬‬
‫זה מצע עשיר רק בהתחלה‪.‬‬
‫הפוספטים משמשים כבופר ששומר על ה‪.pH‬‬
‫אמוניום כלוריד‪ -‬מקור לחנקן‪.‬‬
‫סוכר‪ -‬מקור לפחמן‪.‬‬
‫מגנזיום‪ -‬מיקרונוטריינט שהוא קו‪-‬אנזים הכרחי‪.‬‬
‫שאר החומרים הנחוצים (מיקרונוטריינטים) נמצאים במים‪ .‬לצערנו הרכב המים בברז שונה מהטבעי‪,‬‬
‫כלומר מוסיפים לו כלור וכו‪ ,‬ונשתמש במים מזוקקים‪.‬‬
‫אך לא נוסיף את החומרים במיוחד! החומרים נמצאים גם במים מזוקקים בכמות מספקת (כי לא ניתן‬
‫לזקק אותם בכמות משמעותית)‪.‬‬
‫האם קצב הגידול ומאפיינים של חיידקים יהיו זהים ב‪ 2‬המצעים הללו?‬
‫התשובה היא שהחיידק יקבל מה שהוא צריך אך במצע המינימלי הוא צריך לסנתז את החומרים‬
‫מחדש! עליו להשקיע יותר אנרגיה בשביל לייצר את אותה הכמות של ביומסה‪ .‬לכן קצב הגידול יהיה‬
‫שונה‪.‬‬
‫‪37‬‬

‫בעזרת השינוי של מקורות הפחמן ומקורות אנרגיה אנחנו יכולים להשפיע על קצב הגידול ויצירת‬
‫הגנים‪.‬‬
‫סקירה של מטאבוליזם תאי‪:‬‬
‫אנאבולי‪ -‬דורש אנרגיה‪.‬‬
‫קטבולי‪ -‬משחרר אנרגיה‪.‬‬
‫מטאבוליזם‪ -‬כל הריאקציות הביוכימיות‬

‫בתא‪.‬‬
‫אנאבוליזם‪ -‬סינתזת מולקולות‬

‫מורכבות ממולקולות פשוטות יותר‪.‬‬
‫קטבוליזם‪ -‬פירוק מולקולות מורכבות‬

‫למולקולות פשוטות יותר‪.‬‬
‫מטאבוליזם של‬
‫כמואורגנוטרופים‪:‬‬
‫כמואורגנוטרופים מנצלים חלק‬

‫מהסוכר כמקור אנרגיה‬
‫(אלקטרונים עוברים מדונור‬
‫לאקספטור)‪ .‬התהליך נקרא‬
‫נשימה‪.‬‬
‫שחרור האנרגיה הולך בדרך כלל‬

‫לבניית פוטנציאל אלקטרו כימי על הממברנה של התאים ולאחר מכן לסינטזת ‪( .ATP‬ע"י‬
‫‪.)ATPsinthetase‬‬
‫החלק הנוסף של הסוכר הולך למטאבוליזם‪.‬‬
‫ניתן לחלק ל‪ :2‬קטאבוליזם (תהליכי יצירת אנרגיה) ואנאבוליזם (סינתזה מחדש של מאקרומולקולות‪-‬‬
‫חלבונים‪ ,‬דנ"א ורנ"א ופוספוליפידים)‪.‬‬
‫החלק הזה הולך לסינתזה ולפירוק מלא (קטבוליזם)‪.‬‬
‫‪38‬‬

‫כימוליטוטרופים‪:‬‬
‫משתמשים באותו החומר ליצירת אנרגיה‪.‬‬
‫הם צריכים מקור פחמן לקיבוע ‪ CO2‬שמביאה לסינתזה של חומרים‪.‬‬
‫סקירה של המטאבוליזם‪:‬‬
‫תא צריך להכפיל את הביומסה‪ -‬זאת על‬

‫ידי ?‬
‫מתוך ‪ 4000‬הגנים של ‪ e.coli‬רק ‪50%‬‬

‫מבוטאים‪ .‬כלומר בתא יש כ ‪ 2000‬סוגים‬
‫של חלבונים‪ .‬חלקם מבניים‪ ,‬חלק גדול‬
‫יותר הינם אנזימים (אחראים על מסלולים‬
‫מטאבוליים של פירוק מזון‪ ,‬סינתזות וכו')‪.‬‬
‫את התהליך של ניצול מזון אפשר לחלק‬

‫ל‪ :‬אנרגיה‪ ,‬ביוסינתזה‪ ,‬הרכבת מולקולות‬
‫ובניית התא‪.‬‬
‫מה שדרוש עוד הינו פוטנציאל חימזור‬

‫מאוד גבוה‪ .‬החיידק לוקח חומר פשוט ומשתמש בו לסנתוז חומר יותר מורכב‪ .‬מאותו הגלוקוז צריך‬
‫לסנתז חומצות גרעין‪ ,‬חלבונים וכו'‪.‬‬
‫החומרים שבגוף נורא מחוזרים! רוב האורגניזמים משתמשים ב ‪( NADH‬ניקוטין אמיד דינוקלאוטיד)‪.‬‬
‫הפוטנציאל שלו מספיק גבוה כדי לשמש כמחזר טוב??‬
‫החומרים המטאבוליטיים משמשים בריאקציות אסימילציה‪ -‬זרחן או חנקן שנמצאים בצורה שונה‬
‫בסביבה כדי להיכנס למטאבוליזם‪.‬‬
‫המטאבוליזם שלהם מאוד גמיש‪ .‬הם יכולים לגדול עם או בלי חמצן (תסיסה‪-‬נשימה אנאירובית)‪.‬‬
‫‪39‬‬

‫דוגמאות לשימוש בתסיסה‬
‫שמרים‪ -‬לחם‪ ,‬בירה‪ ,‬יין‬
‫חיידקים‪ -‬לחם שיפון‪ ,‬חמאת חלב‪,‬‬

‫יוגורט‪ ,‬גז מימן ועוד‪...‬‬
‫קיבוע חנקן‬
‫כיצד חיידקים יכולים להכניס חנקן‬

‫למטאבוליזם? ‪Nitrogen assimilation‬‬
‫אמוניה יכולה להכנס לריאקציה עם‬

‫‪ .Ketoglutarate a‬בעזרת ‪NADPH‬‬
‫ו‪ GDH‬הופכים לגלוטמאט‪.‬‬
‫הם יכולים לקלוט חומצות אמינו‬

‫מוכנות או כחומרים מפורקים‬
‫(גמישות גבוהה)‪.‬‬
‫ישנו מעגל של יצירת אמוניה מחנקן‬

‫וחנקן מאמוניה (‪ 80%‬מהאטמוספרה)‪.‬‬
‫כיצד חיידקים יכולים להכניס חנקן למטאבוליזם?‬

‫‪Nitrogen assimilation‬‬
‫אמוניה יכולה להכנס לריאקציה עם ‪.Ketoglutarate a‬‬

‫בעזרת ‪ NADPH‬ו‪ GDH‬הופכים לגלוטמאט‪.‬‬
‫הם יכולים לקלוט חומצות אמינו מוכנות או כחומרים‬

‫מפורקים (גמישות גבוהה)‪.‬‬
‫ישנו מעגל של יצירת אמוניה מחנקן וחנקן מאמוניה‬

‫(‪ 80%‬מהאטמוספרה)‪.‬‬
‫‪40‬‬

‫‪You are what you eat‬‬
‫סוג מעניין של חיידקים‪ -‬אוכלי אבנים‬

‫(ליטוטרופים)‬
‫למשל‪ :‬חיידקים שהם ‪Hydrogen bacteria‬‬
‫יש להם פוטנציאל חמצון חיזור גבוה‪ .‬מקור‬

‫האנרגיה שלהם שונה‪ .‬מקורות אלקטרונים שונים!‬
‫למשל‪ ,‬יש חיידק שבעזרת אלקטרודת חשמל הוא‬

‫יכול לקבל אנרגיה‪.‬‬
‫כיצד הם יוצרים ‪ ?NADH‬הברזל תורם אלקטרון‬

‫בעזרת אותו הכח הפרוטוני‪ .‬הוא מקפיץ את‬
‫האלקטרון מברזל ל‪.NADH‬‬
‫הברזל התלת ערכי הולך לאלקטרודה המינוס‬

‫ומקבל אלקטרון‪.‬‬
‫פוטוטרופיים‪ -‬יש כרומופור (מולקולה‬

‫צבעונית שקולטת אור)‪ .‬היא באה לידי ביטוי‬
‫על ידי קליטת אלקטרון מהאור‪.‬‬
‫מקבל האלקטרון הינו אותו הכלורופיל‬

‫שאיבד את האלקטרון‪ .‬האנרגיה לא מתפזרת‬
‫אלא מנוצלת לבנית פוטנציאל על הממברנה‪.‬‬
‫כיצד מסונתז ‪ ?ADPH‬אותו אלקטרון עובר‬

‫‪...........‬‬
‫החמצן לא משתתף‪ .‬הוא מקבל פחמן ממקור‬

‫אורגני‪ .‬זוהי פוטוסינתזה אנאוקסיג'ן‪.‬‬
‫‪41‬‬

‫פוטוסינתזה אוקסיג'ן‪ -‬יצירת חמצן‬

‫בסוף!‬
‫לוקחים אלקטרון ממקור עם אנרגיה‬

‫נמוכה (מים) מפרקים את המים ונוצר‬
‫חמצן גזי‪ .‬מקבל האלקטרונים הוא‬
‫‪.NADP‬‬
‫זה כבר חיידקים שנקראים‬

‫ציאנובקטריה‪ -‬צבעוניים (כלורופיל‬
‫וכרומופור) שיודעים לקלוט אורך גל כ‬
‫‪ 550‬ננומטר (ירוק)‪ .‬הם נמצאים נמוך‬
‫בשרשרת המזון! הם יודעים לקבע ‪CO2‬‬
‫ולנצל אנרגית אור‪.‬‬
‫המכשיר הכי פשוט נקרא בקטריה רודופסין‬

‫(נמצא בארכיאה)‪ .‬הוא נמצא בים המלח‪ .‬הוא‬
‫אוהב ריכוז מלח גבוה‪ .‬החלבון שלו‬
‫הבקטריורודופסין דומה לרודופסין‪ ,‬החלבון‬
‫העיקרי שאחראי לקליטת האור בעין‪ .‬אבל‬
‫תפקידו לקלוט אור‪ ,‬לעבור למצב מעורר עם‬
‫עודף אנרגיה ולהעביר בעזרתו פרוטונים דרך‬
‫הממברנה‪ .‬זהו בעצם משאבת פרוטונים שמקור‬
‫האנרגיה שלה הוא אור‪.‬‬
‫אנחנו משתמשים בחלבון כדי לתרגם את האור לאותות חשמליים‪.‬‬
‫זהו כלי עזר לאורגניזמים כאשר אין מספיק תרכובות אורגניות‪.‬‬
‫תפקיד החיידקים במעבר יסודות במערכות אקולוגיות‬
‫זהו התפקיד של חיידקים במערכות אקולוגיות‬

‫(ביוספרה‪-‬כדה"א)‪.‬‬
‫מעגל החנקן‪ ,‬אך גם העברת כל האלמנטים‬

‫העיקריים‪ .‬יש המון חיידקים‪ 50% -‬מהביומסה‬
‫על כדה"א‪ .‬הם אחראים עם הצמחים על‬
‫קיבוע ‪ .CO2‬ניצול של חומרים אי אורגניים‬
‫שהם מקורות לזרחן‪ ,‬גופרית‪ ,‬מהקרקע‬
‫לתרכובות אורגניות‪ .‬הם מספקים את‬
‫החומרים הללו לצמחים‪ .‬החומרים נמצאים‬
‫בכמויות גדולות בקרקע בצורה לא מסיסה‪,‬‬
‫וישנם חיידקים שיכולים להפריש חומרים‬
‫מסוימים שיכולים לגרום להמסה של חומרים‬
‫לא מסיסים‪ .‬על הדרך הם מספקים אותם‬
‫לצמחים‪ .‬לכן‪ ,‬הרכב החיידקים בקרקע הינו‬
‫מאוד קריטי‪.‬‬
‫דשנים בקטריולוגיים הינם חשובים מאוד וזהו תחום מתפתח‪.‬‬
‫‪42‬‬

‫הרצאה ‪ -5‬גידול חיידקים‪:‬‬
‫גידול חיידקים‪:‬‬
‫"החלום של כל תא הוא להפוך ל‪ 2‬תאים"‪ ,‬פרנסיס ג'ייקוב‪.‬‬
‫אפשר להסביר את הגידול ב‪ 2‬דרכים לפחות‪:‬‬
‫גידול במסה ובמרכיבי התא‪ .‬מלווה בעלייה במספר תאים ו\או בגודל התא‪.‬‬
‫פטרייה היא אאוקריוטי‪.‬‬
‫ישנן פטריות שיכולות להתפתח לתא אחד ענק מלא בגרעינים ואז להתחלק לתאים פלנקוטוניים‪.‬‬
‫תאים מתחלקים חלוקה בינארית‪-‬‬
‫סכמטית נראה כמו בשקופית‪.‬‬
‫‪ 3‬תהליכים מתרחשים במחזור התא‪:‬‬
‫גידול‪ ,‬הכפלת דנ"א וסגירת המחיצה‪.‬‬
‫מתקבלים ‪ 2‬תאים זהים לתא האם‪ ,‬בהנחה שכל‬

‫התנאים החיצוניים קבועים הם זהים‪.‬‬
‫התהליך נקרא ‪( primary fission‬חלוקה בינארית)‪.‬‬
‫בעצם כולם נמצאים באותם התנאים באותה‬

‫התופעה הינה ידועה וברור שהתאים זהים מבחינה גנטית‪-‬כל תא בת קיבל העתק מדויק של החומר‬
‫התורשתי מתא האם‪.‬‬
‫התופעה נקראת ‪ -phenotypic variability‬שונות פנוטיפית על אותו החומר הגנטי‪.‬‬
‫משפט פישוב ‪" :‬החוקר במעבדה רואה אותם דברים שרואה אדם רגיל אך מזהה הרבה יותר ושואל‬
‫מדוע תופעה מתרחשת‪".‬‬
‫איך מודדים מספר תאים‪:‬‬
‫ספירה ישרה‪ -‬נעשית במספר מכשירים (מיקרוסקופ‪/‬מכשיר אלקטרוני‪/‬פילטרים ממבראנליים)‪.‬‬
‫ספירה חיה‪ -‬זריעה על מצע מוצק ולפי מספר מושבות‪ ,‬גם בעזרת פילטרים ממבראנליים‪( .‬נקרא כך‬
‫לפי כמה תאים חיים היו במקור)‪.‬‬
‫משתמשים בתא ספירה עם נפח‪???....‬‬
‫העקרון הוא שבין זכוכית המכסה יש מרווח עם משבצות בגודל ידוע‪ ,‬ולכן כאשר מכניסים בין הזכוכיות‬
‫הללו תרבית חיידקים אנחנו יודעים איזה נפח נכנס בין הזכוכיות (אפשר לצבוע את התאים או‬
‫להשתמש בניגודיות במיקרוסקופ פאזות)‪.‬‬
‫‪43‬‬

‫יודעים את השטח ואת הנפח וניתן לספור את התאים‪.‬‬
‫החיסרון‪ :‬לא ניתן להבדיל בין תא חי לתא מת (לא מדויק‪ -‬אם‬

‫משתמשים בצבעים פלורוסנטים שיכולים להבדיל בין תא חי‬
‫לתא מת‪.)...‬‬
‫מכשיר נוסף שיכול לספור תאים‪ -‬מונה אלקטרוני‪.‬‬
‫יתרון גדול‪ -‬הספירה אינה סזיפית‪ ,‬לא צריך למנות כל תא‬

‫בנפרד (לספור את התאים בעין זה קשה ‪)‬‬
‫המונה האלקטרוני יכול לספור תאים‪ ,‬הם מועברים דרך פתח‬

‫צר מאוד (כ‪ 30‬מיקרון) והתאים עוברים אותו אחד אחד (בעצם‬
‫לא כל תא אלא כל חלקיק!) וכל חלקיק שעובר משנה את‬
‫הזרם החשמלי‪ ,‬כך שכל קפיצה בזרם החשמלי מראה‬
‫שחיידק עבר‪-‬וזה אפילו מאפשר לספור את גודל התאים!!‬
‫הוא נוח‪ ,‬מהיר‪ ,‬טוב סטטיסטית‪ ,‬אין צורך בצביעה‪.‬‬
‫החיסרון‪ -‬הוא לא מבדיל בין חי למת ולא מבדיל בין תאים לסתם חלקיקים‪...‬‬
‫השיטה לא כל כך מתאימה לתאים שגדלים בצברים‪ .‬הצבר נספר כאיזשהו חלקיק גדול!‬
‫‪ -Flow cytometery‬צביעה של חלבון מסויים (השקופית לא נמצאת במצגת)‪...‬‬
‫מאפשר ספירת תאים ובהתאם לגודל החלקיק‪ .‬שיטה יעילה ואינפורמטיבית והמכשירים יכולים‬
‫להכיל עד ‪ 3‬לייזרים‪...‬‬
‫פילטר ממברנאלי‪ -‬משתמשים בד"כ לבדיקות של כל מיני נוזלים או תוצרים שונים מהסביבה‪.‬‬
‫כשלוקחים דגימת נוזל כדי לבדוק כמה חיידקים נמצאים בו אפשר לסנן כמות מסויימת של החומר‬
‫דרך הפילטר‪ .‬לפי גודל הנקבובי ות של הפילטר אפשר לסנן חיידקים שגדולים מהחור ולצבוע אותם‬
‫ולהסתכל במיקרוסקופ ולספור‪ .‬כהמשך אפשר להניח את הפילטר על מצע מוצק ולראות איזה‬
‫מושבות יגדלו על המצע‪.‬‬
‫ספירה חיה‪ -‬שיטת כדי למדוד אך ורק מספר תאים חיים‪ ,‬או לפחות תאים שמסוגלים לגדול במצע‬
‫מסויים ליצירת מושבות‪.‬‬
‫מכיוון שאנו יוצאים מהנחה שכל תא יכול להיות מקור למושבה אך אנו לא בטוחים בכך‪ ,‬אנחנו‬
‫מאפיינים את המספר כ ‪( CFU‬כמות חיידקים מינימלית ליצירת המושבה)‪.‬‬
‫עושים מיהול מתאים‪ ,‬מפזרים את החיידקים באופן אחיד על המשטח וסופרים מושבות‪ .‬מכיוון שאין‬
‫הבטחה כי כל מושבה נוצרה מחיידק אחד התוצאה תהיה ב‪ CFU‬ולאו דווקא כמספר התאים בתרבית‬
‫המקורית‪.‬‬
‫לאחר הכיול של ספירה חיה וספירה במיקרוסקופ אנחנו יכולים להגיד האם ה‪ CFU‬משקף טוב את‬
‫מספר התאים החיים באוכלוסייה‪.‬‬
‫קיימים ‪ 14‬תאים בתמונה שבמצגת לפי ספירה‪ .‬ניתן לחשוב שאחד בחלוקה ולכן ‪.15‬‬
‫הסרטון מראה שהתאים התחלקו והתאחדו כמה מושבות!‬
‫אם ידענו את ההיסטוריה של המושבות יכולנו לדעת כמה תאים היו במקור‪ ,‬אך ייתכן והמושבה‬
‫התחילה בכמה תאים! אם היינו מוהלים יותר ונותנים מספיק שטח לכל תא היינו יכולים שכל תא‬
‫יהיה מושבה בודדת‪.‬‬
‫זהו החסרון של השיטה!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!‬
‫‪44‬‬

‫במעבדה נזרע על כל צלחת מיהולים שונים‪ ,‬כך שחלק מהמיהולים לא יספיקו‪ .‬הסיכוי לחפיפה גדל‬
‫עם מספר החיידקים‪.‬‬
‫השקופית הקודמת מוכיחה שתא אחד יכול לייצר מושבה‪##‬‬
‫אנחנו יכולים לספור מה הכמות של המושבה‪.‬‬
‫‪#‬לא עקבתי‪#‬‬
‫שיטת מדידת עכירות‪-‬‬
‫‪-‬משקל יבש (לוקח זמן ואין רגישות גבוהה)‬
‫‪-‬כמות חלקיקים (מתאים כאשר כל התאים בעלי אותה המסה)‬
‫‪-‬שיטות טורבידומטריות (פיזור אור)‪ -‬מהיר קל ורגישות גבוהה‪.‬‬
‫מדידה טורבידומטרית‬
‫לוקחים את התרחיף (לא את התמיסה‪-‬התמיסה‬

‫היא שקופה או צבעונית ובעלת בליעה של אורך‬
‫גל מסויים)‪ -‬התרחיף הוא תמיד עכור ולא שקוף‬
‫יכול להיות עם בליעה באורך גל מסויים (אם הם‬

‫מכילים חלבונים כרומופורים‪-‬משנה צבע) ולכן‬
‫הבדיקה היא לא לבליעת אור אלא לפיזור אור‪.‬‬
‫האור שמתפזר נחלש‪ ,‬וזה מה שמודדים כצפיפות‬

‫אופטית‪.‬‬
‫ניתן להסיק שככל שיש יותר חיידקים הם‬

‫מפזרים יותר אור‪ -‬הצפיפות יותר גבוהה‪ .‬ניתן‬
‫להשתמש בפיזור אור כדי לזהות מספר חיידקים‪ .‬עם זאת‪ ,‬פיזור האור הוא רב פעמי בגדלים שאנחנו‬
‫משתמשים ולכן לא נוכל למדוד בדיוק כמה תאים קיימים‬
‫אנחנו כן יכולים לקבל איזשהו מדד לכמות ולגודל התאים‪.‬‬
‫תרבית תאים היא גם תרחיף תאים‪ ,‬לוקחים דגימה מהתרבית וממנה מוהלים‪.‬‬
‫גידול אוכלוסייה‬
‫אם הגידול מתרחש בתנאים קבועים ניתן להגדיר זמן דור כזמן שעובר בין ההכפלות‪ ,‬ברמה של תא‬
‫אחד זה ברור‪-‬מתא מקבלים ‪ 2‬תאים (זה זמן דור)‪ .‬באותו המושג משתמשים בשביל אוכלוסיית תאים‪-‬‬
‫הזמן שנדרש להכפיל מספר תאים בתרבית‪ /‬כמות הביומסה‪.‬‬
‫בתא בודד שנמצא בתנאים סביבתיים קבועים‪ ,‬כעבור זמן דור אחד נקבל ‪ 2‬תאים‪ ,‬אחר כך ‪...16 ,8 ,4‬‬
‫‪.2^n‬‬
‫‪growth rate = change in cell number (or cell mass) / time‬‬
‫‪generation time (g) = time for formation of two cells from one = doubling time‬‬
‫‪45‬‬

‫האם יכול להיות תא שמתחלק ל‪ ?3‬כל תא צריך לקבל העתק של אותם המרכיבים כולל הדנ"א‪ .‬עקב‬
‫אופן השכפול של הדנ"א חלוקה חייבת להיות ל‪ .2‬מקרים חריגים ייקרו במצב לא תקין בלבד! (למשל‬
‫כאשר תא לא סיים חלוקה וכבר התחיל חלוקה נוספת‪)...‬‬
‫לכן הגידול הוא אקספוננציאלי‪ 2 -‬בחזקת ‪.N‬‬
‫עקומת גידול‬
‫אנו יכולים לעקוב אחרי גידול של תרבית‪ -‬למשל‬

‫ניקח נפח מסויים של מצע‪ ,‬נערבב‪ ,‬נחמם‪,‬‬
‫ונעקוב אחר השינוי בכמות הביומסה‪ .‬זוהי‬
‫תרבית מנתית‪ -‬התרבית קיבלה כמות מסוימת‬
‫של נוטריינטים‪.)batch culture( .‬‬
‫בעזרת צפיפות אופטית של התרבית ניתן לזהות‬

‫שלב התחלתי בו כמעט ואין עלייה במספר‬
‫התאים (יכולה להיות עלייה בביומסה)‪lag -‬‬
‫‪.phase‬‬
‫השלב הבא הינו גידול אקטיבי ואקספוננציאלי‪ -‬גם במספר התאים וגם בביומסה‪ .‬למה קו ישר?‬
‫יוצרים גרף סמילוגריתמי‪ ,‬כאשר ציר ‪ y‬לוגריתמי וציר ‪ x‬הוא ליניארי‪( .‬כמו באקולוגיה) וזה נראה בקו‬
‫ישר‪**** .exponential phase -‬הוא אמר ש‪ log phase‬זה שם לא נכון!****‬
‫לאחר מכן עצירה מוחלטת בכמות הביומסה‪ .‬לאחר זמן די ממושך יש ירידה במספר התאים החיים או‬
‫ירידה בכלל בביומסה‪.‬‬
‫אנחנו מבודדים את קצב הגידול המקסימלי האפשרי לגדלים מסוימים‪-‬חיידקים יוצאים לקצב גידול‬
‫מקסימלי שאפשרי בתנאים מסוימים‪.‬‬
‫כשלא חסר כלום אפשר לגדול בקצב שהינו מרבי‪ ...‬אך במציאות החיידקים גדלים בקצב הגידול‬
‫המרבי תמיד כמו מכונה כתלות בסוג המצע ותנאי הסביבה!‬
‫הגידול המרבי עובד בצורה מדויקת ולא סוטה בכלל ("כמו שעון שוויצרי"‪.).‬‬
‫זה עדיין לא כל כך ברור אך ניתן לאפיון‪ -‬מדוע החיידקים בוחרים בכל טקטיקה ‪( r\K‬הם משתמשים‬
‫בטקטיקה ‪ .)r‬אך ברור שהם בוחרים בטקטיקה הזו בהתאם למצע‪.‬‬
‫לכן‪ ,‬חשוב לאפיין את המצע הביולוגי עליו מגדלים אותם‪.‬‬
‫‪-Lag phase‬‬
‫מופיע כאשר תאים שהוכנסו למצע טרי היו לפני זה במצב פיזיולוגי אחר שאינו תואם את התנאים‬
‫הסביבתיים החדשים‪ .‬אם מעבירים תאים שהיו במצע גידול אקספוננציאלי יהיה ‪ lag phase‬כי הם‬
‫צריכים להסתגל לתנאים החדשים‪ .‬אם ניקח תאים מהשלב הסטציונרי ונעביר אותם למצע הטרי‪,‬‬
‫ייקח זמן להסתגל‪.‬‬
‫בד"כ בזמן ה‪ lag phase‬אין חלוקות תאים‪ ,‬אך מתאפשרים שינויים בגודל‪.‬‬
‫‪-Exponential phase‬‬
‫פאזה אקספוננציאלית (לא ‪-)!log phase‬‬
‫קצב הגידול כמעט קבוע‪ .‬מכיל את המצב הפיזיולוגי המתאים לרוב המוחלט של התאים וכולם‬
‫מתרבים באותו הקצב‪.‬‬
‫‪46‬‬

‫אם מסתכלים על עקומת הגידול ניתן לראות שהעקומה היא חלקה‪ .‬למה היא לא עקבית?‬
‫‪ .Phenotypic variability‬בדברים הקטנים התאים לא זהים!‬
‫עוד משהו שקורה הוא שישנם תהליכים סטוכסטיים‪ -‬אין תכנית שקיימת ומחייבת חלוקה בקצב‬
‫מסוים‪ ,‬ויש סיכוי שאירוע כזה או אחר יתרחש כעבור זמן מסוים‪ ,‬זה לאו דווקא אומר שהחלוקה תהיה‬
‫באותו הקצב (לא תהליכים דטרמיניסטיים)‪.‬‬
‫אבל‪ ,‬בכל זאת יש סיכוי להתחלק תוך זמן ממוצע‪ .‬תא‬

‫אחד יתחלק תוך ‪ 20‬דקות‪ ,‬אחר ב‪ 22‬דקות‪ ,‬אחר ב‪19‬‬
‫דקות וכו'‪ ...‬בממוצע האוכלוסייה תגדל באותו הקצב אך‬
‫רנדומלית‪.‬‬
‫לכן עקומת הגידול היא חלקה‪.‬‬
‫אם ניקח דגימות בקצב גידול יותר קטן של כל התאים‬

‫נראה עקומה חלקה‪.‬‬
‫קצת מתמטיקה‪:‬‬
‫כאן רואים עקומת גידול ואנו רוצים לאפיין אותה בצורה‬

‫מספרית (זה אקספוננט)‪ .‬אם ניקח את השיפוע בין ‪2‬‬
‫נקודות מדידה‪ ,‬האם זה משקף קצב אמיתי? לא‪ ,‬זהו‬
‫הממוצע‪ .‬לכן צריך לקחת נגזרת בכל נקודה!‬
‫בכל נקודה נגזור אך יצא שיפוע אחר‪ .‬אך כדי למצוא את‬
‫קבוע הקצב נצטרך לעשות לגרף ליניאריזציה ונקבל את‬
‫משוואת הישר‪.‬‬
‫‪A. Aritmetic plot of exponential increase in cell number for three generations (t =1h). The‬‬
‫‪curve shows that absolute growth rate increases with increase in cell number. Line a indicates‬‬
‫‪the average growth rate (1/t) over one generation; line b indicates the instantaneous growth‬‬
‫‪rate at t=0. B. Semi-logarithmic plot of the same points as shown in A gives a straight line with‬‬
‫‪a slope of log2/t.‬‬
‫‪47‬‬

‫זמן דור‬
‫‪=C0‬ריכוז התחלתי‬
‫‪Cn=C0*2n‬‬
‫מהמשוואה ניקח לוג ונחשב את ‪ n‬שהוא מספר הדורות‪ .‬מהנוסחא הנוספת נוכל לחשב ‪ -G‬זמן דור‬
‫אחד‪.‬‬
‫‪G = t/n‬‬
‫בקואורדינטות סמי לוגריתמיות נוכל לחשב‬

‫בהתאם למשוואה הליניארית כמו בשקופית‪.‬‬
‫כך נחשב זמן דור‪.‬‬
‫כאן בדוגמא‪ -‬זמן למול גידול אקספוננציאלי‪ .‬נכפיל‬

‫במספר התאים‪ /‬פרמטר אחר ונחשב זמן דור‪.‬‬
‫דוגמא לחישוב זמן דור‪.‬‬
‫‪ -K‬מספר ההכפלות ליחידת זמן‪.‬‬
‫‪Xt = X0 •2kt‬‬
‫בצורה מתמטית‪ .‬זו המשוואה שמאפיינת קצב ריאקציה מסדר ראשון‪.‬‬
‫קצב הריאקציה תלוי במגיב אחד‪.‬‬
‫‪dN/dt = µ Nt‬‬
‫גידול אקספוננציאלי‪N = N02n -‬‬
‫‪48‬‬

‫החיידק גדל באופי גידול אקספוננציאלי באופן אידיאלי‪ ,‬אך אין מספיק אוכל!!!!!!!!!!!!!!!!‬
‫מהר מאוד הם נכנסים לשלב הסטציונרי‪.‬‬
‫במצגת דוגמאות של זמני דור עבור חיידקים שונים‪ E.coli .‬שיאן בקצב גידול‪.‬‬
‫יש חיידקים שלוקח להם שעות רבות ויש כאלה שלוקח להם דקות ספורות‪.‬‬
‫צריך לקחת בחשבון שהכל תלוי בתנאים סביבתיים‪.‬‬
‫החיידקים מאוד גמישים מבחינה פיזיולוגית ולכן הם יכולים לשנות את זמן הדור שלהם בטווח מאוד‬
‫רחב (למשל ‪ E.coli‬בין ‪ 18-20‬דקות זמן דור בתנאים אופטימליים ועד מספר שעות בתנאים של מצע‬
‫מגביל)‪.‬‬
‫‪Cell size depends on the growth rate‬‬ ‫‪Microbial Growth Curve in a Closed System‬‬
‫האם קיים קשר בין קצב הגידול לבין המצע?‬
‫כל מצע גידול קובע באופן חד משמעי את קצב הגידול של חיידקים‪ ,‬מכיוון שחיידקים בתרבית נוזלית‬
‫אשר לא מוגבלים בזמינות הנוטריינטים גדלים בקצב מירבי‪.‬‬
‫לצורך גדילה כזו המצע צריך להתאים (לחיידק ולסביבה)‪.‬‬
‫כיצד הרכב המצע מתקשר להרכב החיידק? "התשובה היא כן" (פישוב לא מרוכז‪)...‬‬
‫נבחן את המסה של החיידק לפי מסה כוללת‪ DNA ,RNA -‬ומסה ממוצעת‪.‬‬
‫פרמטרים אלו מוצגים בגרפים כתלות כל אחד מהם בזמן‪ .‬לפי המשוואה התלות הינה חזקה מאוד‪-‬‬
‫תלות אקפוננציאלית‪.‬‬
‫אלאנין מהווה כאן מקור פחמן ואנרגיה‪ ,‬והוא מצע עני‪...‬‬
‫ההבדל בעשר דקות גידול הינו כפי ‪...6-7‬‬
‫בתמונה המופיעה‪ -‬חיידקים שגודלו במצע עני הם החיידקים הרזים והחיידקים הגדולים והשמנים‬
‫גודלו במצע עשיר‪.‬‬
‫‪#‬אלאנין הוא מצע עני כי הוא רק חומצה אמינית אחת וממנה צריך לסנתז חומרים ואנרגיה‪.‬‬
‫לחיידקים הגדולים יש יותר דנ"א ויותר רנ"א מאשר חיידקים הקטנים‪.‬‬
‫על מנת לגדול מהר יותר‪ -‬צריך יותר אנזימים‬
‫‪49‬‬

‫המרכיב העיקרי בתא החיידק הוא חלבון‪ .‬כלומר‪ ,‬חיידק צריך להכפיל את כמות החלבונים בזמן קצר‬
‫יותר‪ .‬הסיטנזה של החלבונים נעשית בריבוזומים‪ .‬על מנת להגביר את הקצב צריך לייעל את פעילות‬
‫האנזימים‪ ,‬אך הגיוני יותר להגדיל את כמות האנזימים‪ .‬אם ניתן להגביר את היעילות של כל יחידה‬
‫כדאי מאוד גם לעשות זאת‪.‬‬
‫החיידקים נורא יעילים‪ -‬הם לא מחזיקים דבר שלא מתפקד באותו הרגע‪ .‬מערכת האספקה של‬
‫החיידקים בנויה כך שהם עובדים יותר מהר ומספקים למערכות הסינתזה של חלבונים שפע של אבני‬
‫בניין‪ .‬מבחינה ביוכימית הסינתזה של מאקרומולקולות תמיד יימצאו במצב של רוויה ביחס‬
‫לסובסטרט‪.‬‬
‫קצב מירבי של פעילות אנזימטית בחיידקים היא כ‪16-‬‬

‫חומצות אמינו בשנייה (במצב של אספקה לא מוגבלת‬
‫באנרגיה‪ ,‬חומצות אמינו ו‪.)tRNA‬‬
‫הקצב של רנ"א פולימראז הינו כ‪ 50-‬בסיסים בשנייה‪.‬‬

‫כלומר‪ -‬קצב השכפול של דנ"א וסינתזת חלבונים הוא‬
‫אותו הקצב! (כל ‪ 3‬בסיסים מיוצרים בזמן שמיוצרת‬
‫חומצת אמינו אחת)‪.‬‬
‫המרחק בין ריבוזום ראשון לרנ"א פולימראז לא משתנה‬

‫כי הם תמיד באותו קצב שכפול‪.‬‬
‫אם תא החיידק הסתגל לתנאי הסביבה (המצע) כל‬

‫החלבונים שלו פועלים בקצב מירבי‪.‬‬
‫‪........ -Origin Of Chromosome -ORIC‬גורם לפתיחה של‬

‫הדו‪-‬גדיל וגורם לפתיחה של הגדילים לשכפול הדנ"א‪.‬‬
‫שתי יחידות השכפול נפגשות ב‪ terminus‬בו‪ -‬זמנית (כי‬
‫הקצב שלהם זהה‪-‬למרות ה‪.)lagging strand‬‬
‫בקצבי גידול שונים הזמן הדרוש לשכפול דנ"א לא‬

‫משתנה‪ .‬כלומר‪ ,‬למשל ב‪ e.coli‬זה ייקח עד ‪ 40‬דקות‪ .‬אורך‬
‫הכרומוזום של ‪ e.coli‬הוא ‪ bp 800 -4*10^6‬לשנייה! יותר מהר בהרבה‬
‫מרנ"א פולימראז‪.‬‬
‫‪ -Replisome‬קומפלקס שגורם לשכפול הדנ"א‪.‬‬
‫בגרף הראשון ניתן לראות שבשלב מסוים החיידק גדל בקצב קבוע עד‬
‫שמשהו גורם לו להשתכפל בקצב גבוה הרבה יותר! הדבר הזה הוא‬
‫מצע עשיר יותר מהמצע הקודם‪ .‬ניתן לראות שהוא מיד מתחיל לעלות‬
‫במסה אך לוקח לו זמן הסתגלות להעלות את הקצב של שכפול הדנ"א‪.‬‬
‫בגרף השני בשלב מסוים מעלים את הטמפרטורה ומיד מתחיל לעלות‬

‫קצב השכפול‪ .‬הסיבה היא התרמודינמיקה שהיא יותר יעילה! לפי אהרניוס אם נעלה את‬
‫הטמפרטורה קצב התגובה יעלה בהתאם‪.‬‬
‫רק כאשר חיידק לכמות הביומסה לכל תא שהוא צריך‪ ,‬השכפול עובר לקצב קבוע מקסימלי‪.‬‬
‫בסוף השכפול המקסימלי יש כניסה לשלב הסטציונרי (כלומר אין יותר חלוקה כי המצע רווי)‪ .‬שימו‬
‫לב‪ :‬התאים ממשיכים להתחלק באותו הקצב אך יורדים במסה לכל חיידק! אם כך‪ ,‬כאשר החיידקים‬
‫נכנסו למצב הסטציונרי הם התחילו להתחלק לקטנים יותר וממוצע המסה לחיידק קטן בהתאם‪.‬‬
‫* שימו לב‪ :‬אם המצע הפיסיולוגי בניסוי לא מאופיין היטב‪ ,‬הניסוי לא יצליח!!!‬
‫‪50‬‬

‫‪Balanced growth‬‬
‫מה זאת אומרת מצע מאופיין היטב? באילו מאפיינים צריך להתמקד כדי לאפיין מצע כראוי?‬
‫שני סוגי מאפיינים‪ :‬אקסטנציביים ואינטנציביים‪ .‬אם מחלקים את המערכת וערך המאפיינים מתחלק‬
‫בהתאם המאפיין הוא אקסטנציבי (ריכוזו נשאר אותו הריכוז גם בנפח קטן יותר)‪ .‬כאשר מתייחסים‬
‫לכמות מאפיין פר תא‪ -‬המאפיין הוא אינטנציבי‪.‬‬
‫תחילה השתמשו במצע של גידול אקספוננציאלי‪ .‬קמפבל הציע את המושג ‪ -Balanced growth-‬גידול‬
‫מאוזן‪ .‬במצע זה יש איזון מטאבולי בתוך התאים והמצע לא יוצר גידול אקספוננציאלי אלא מצע עם‬
‫גידול ליניארי‪.‬‬
‫‪Unbalanced growth‬‬
‫גידול לא מאוזן‪-‬‬
‫יכול להתרחש במצע עשיר (חסרונות של ‪ ,LB‬כמויות חומצות אמינו שונות נמצאות בהרכב שונה‬
‫וחומצות מסוימות ייגמרו הרבה לפני חומצות אמינו אחרות)‪ .‬כל שינוי בתנאי הסביבה גורם לגידול לא‬
‫מאוזן‪.‬‬
‫מהו ‪?steady state‬‬
‫מצב בו כל המאפיינים האקסטנציביים נשא רים קבועים‪ .‬אוכלוסיית החיידקים היא לא הומוגנית (הם‬
‫הומוגניים בגנים)‪ -‬ההטרוגניות היא בהתפלגות הגילאים‪.‬‬
‫זה אומר שבאוכלוסייה תמיד יש תאים שרק התחלקו ויש תאים באמצע ואף בסוף החלוקה‪# .‬זו לא‬
‫התפלגות נורמלית‪.‬‬
‫ההגדרה היא שההתפלגויות של כל המאפיינים האינטנציביים נשארות קבועות לאורך הזמן‪.‬‬
‫אם ניקח את אותן עקומות הגידול של המסה‪ -‬ונחלק אחד חלקי‬

‫השני‪ -‬נקבל מאפיין אינטנציבי‪ -‬הביומסה הממוצעת לתרבית‪.‬‬
‫בהתחלה הביומסה הממוצעת עולה ואז יש שלב שבו המצב נשאר‬

‫קבוע (‪ 2‬המאפיינים משתנים באותו הקצב)‪ .‬עד לנקודה בה הגרף יורד‪.‬‬
‫מצב פיזיולוגי המאופיין היטב ‪.‬‬
‫זהו מצב משעמם! כל הדברים המעניינים מתרחשים במצב לא מאוזן‪.‬‬
‫סיבות אפשריות לכניסה למצב סטציונרי‬
‫‪-‬הגבלה של מזון‬
‫‪-‬זמינות חמצן מוגבלת‬
‫‪-‬הצטברות של פסולת‬
‫‪ -‬הגעה לכמות הקריטית של צפיפות אוכלוסייה‬
‫התגובה לרעב‬
‫מה התגובה הפיזיולוגית של החיידקים למגבלה במקור פחמן? תגובות מאוד מורכבות ומגוונות‪.‬‬
‫‪51‬‬

‫אם קיים מחסור באמינו יופעל מסלול המקודד לחומצות אמינו‪.‬‬
‫‪ -S.O.S system‬מערכת של גנים שמופעלת במצב של חוסר משמעותי (אחראים להכנסה למצב‬
‫חסכון בחיידק)‪-‬הכנה של התא למצב הרדמה‪.‬‬
‫גופים ספיציפיים מתאימים למצב שלא מתאים לגידול‪-‬ספורות‪ ,‬נבגים (כל מה שמיותר מחוסל)‪.‬‬
‫האם תמיד התאים נכנסים למצב הסטציונרי? לא‪ ,‬לעתים יש מצב של כניסה לגידול דיאאוקסי‪.‬‬
‫מעבר בין ‪ 2‬מקורות פחמן‬
‫מצב גידול דיאאוקסי‪ -‬בוחרים בסוכר שנותן תפוקה‬

‫יותר גבוהה‪.‬‬
‫‪ -Catabolite repression‬אייל יספר בעתיד מה זה‪.‬‬

‫(בקרה שגורמת לחיידק להסתגלות לתנאים חדשים)‪.‬‬
‫כאשר גלוקוז נמצא בסביבה התנאים הם כאלו‬

‫שמשתקים ביטוי גנים שאחראים לצריכת לקטוז‪ .‬בטא‬
‫גלקטוזידאז‪ -‬גורם לסינתוז אנזימים האחראים לפירוק‬
‫לקטוז‪.‬‬
‫כעבור זמן מה הגידול מתחדש בקצב יותר נמוך מאשר כאשר גלוקוז משמש כמקור לאנרגיה‪.‬‬
‫חיידקים שמשתמשים בגלוקוז כמקור פחמן ‪.......‬‬
‫שלב התמותה‪.‬‬
‫אם הוא ליזיס יש ירידה ב"איכות החיים"‪.‬‬
‫ללא ליזיס‪ -‬יש ירידה במספר התאים‪.‬‬
‫זמן החיים במצב הרדמה של חיידקים מוגבל‪.‬‬
‫הנזקים מצטברים ובסופו של דבר זה יגרום לאיבוד היכולת לגדול ולהתחלק‪.‬‬
‫עוד פקטורים משפיעים על קצב‬

‫הגידול‪-‬‬
‫‪\yeald‬ניצולת‪ -‬כמה ‪ ...‬אפשר לנצל‬

‫במצב מסויים‪.‬‬
‫ריכוז הנוטריינטרים‪ ,‬חמצן‪,pH ,‬‬

‫טמפרטורה ועוד‪...‬‬
‫‪52‬‬

‫ההשפעה של ריכוז נוטריינטים על הגידול‬
‫בגידול אקספוננציאלי חיידקים לא‬

‫מוגבלים מבחינת ריכוז של נוטריינטים‪.‬‬
‫כל הנוטריינטים נמצאים ברוויה‪.‬‬
‫הגרף מזכיר את מודל מיכאליס מנטן‪.‬‬

‫החיידק מתנהג כמו אנזים גדול! יש טווח‬
‫ריכוזים של נוטריינטים שמגביר את‬
‫קצב הגידול‪.‬‬
‫עד שהריכוז יגיע למגבלה אנחנו בשלב‬

‫אקספוננציאלי‪ ,‬עד המגבלה בריכוז הנוטריינט שם נכנסים למצב הסטציונרי‪.‬‬
‫לעומת זאת‪ ,‬כמות התאים הינה תלויה כמעט ליניארית בכמות המצע‪ ,‬עד שמגיעים למקסימום של‬
‫ניצול של אותו הנוטריינט (במצב שיש גורם אחר כבר שמגביל)‪.‬‬
‫כאשר טווח הריכוזים שמגביל את קצב הגידול הינו קצר‬

‫מאוד‪ ...‬אמר משהו‪.‬‬
‫לאנזימים טובים יש זיקה טובה לסובסטרט‪ .‬בדרך כלל מה‬

‫שמגביל הוא הטרנספורטר שמוביל את האנזים‪ .‬כמו כן‬
‫הגלוקוז מגביל בטווח של עד ‪ 1‬מיקרומולר‪.‬‬
‫בשלב ה‪ -steady state‬אין הגבלה על קצב גידול עדיין (קווזי‬

‫סטדי סטייט)‪.‬‬
‫אם לקחנו חיידקים בניסוי והם כבר מתקרבים למיצוי המצע‬

‫אבל אנחנו מעוניינים בניסוי של המצב ‪,steady state‬‬
‫אפשר לקחת את החיידקים ולמהול אותם במצע עשיר‬
‫אחר‪ ,‬כך שהם יישארו במצב זה‪ .‬אנחנו נקבל תרבית‬
‫רציפה עם קצב גידול מירבי‪ .‬המערכת נקראת‬
‫‪.Turbidostat‬‬
‫הטורבידוסטט‬
‫קצב המיהול=קצב הגידול‪.‬‬
‫אנחנו תמיד נוסיף כמות מצע טרי בהתאם לעלייה‬

‫בצפיפות האוכלוסייה‪ .‬המשאבה עובדת לפי מחשב שמקבל‬
‫אותו על מצב האוכלוסייה בתרבית‪ .‬התנאים תמיד תואמים‬
‫לקצב גידול מירבי!‬
‫הכמוסטט‬
‫מוסיפים מצע טרי עם כמות נוטריינט פחותה‪ .‬אם עושים חישוב‬

‫של קצב הצריכה של הנוטריינט לעומת קצב האספקה של הנוטריינט אפשר להגיע לקצב גידול‬
‫מוגבל (בהתאם לרוויה קטנה יותר)‪ .‬החיידקים צורכים יותר לאט‪ ,‬לכאורה הריכוז של הנוטריינט‬
‫עולה‪ ,‬אך אז החיידקים מגבירים את קצב הצריכה‪ -‬ונוצר איזון! מצב יציב שנוצר באופן ספונטני‬
‫במערכת הזו‪.‬‬
‫‪53‬‬

‫אנו שולטים בקצב הגידול‪ .‬טווח ריכוזי הסובסטרט הוא באיזור ה ‪.Km‬‬
‫קצב המיהול וקצב‬

‫גידול‬
‫‪#‬הערה‪ :‬לא הספיק לנתח את מחזור תא החיידק‪ .‬בדיון‬

‫הבא הוא י סביר לכולם‪ .‬אולי‪ .‬לא ברור על מה הוא מדבר‪,‬‬
‫כנראה שהשבוע‪#...‬‬
‫*הכוונה לדיון מעבדה שהוא הסביר על החיידקים*‬
‫כימוסטאט‪ -‬ריכוז התאים‪ ,‬זמן הדור‪ ,‬ריכוז הנוטריינט וקצב הגידול נראים לפי הגרף‪ .‬המגבלה‬
‫בנוטריינטים היא המודל של כימוסטאט‪ .‬ניתן להחזיק את קצב הגידול למשך זמן ארוך‪.‬‬
‫פרמנטור מעבדתי‪.‬‬ ‫דוגמאות לפרמנטורים‪ :‬חבית בירה‬
‫‪54‬‬

lOMoARcPSD|6228193
:‫ מחזור תא החיידק‬-6 ‫הרצאה‬
‫ זהו שיעור שפישוב‬.‫לא סיכמתי את הפרק הנוכחי ולכן הוא מכיל רק תמונות והערות מהמצגת‬#
.ICD ‫ מודל‬-‫ החלק החשוב‬.‫העביר במסגרת הדיון המעבדה‬
The "Baby Machine" -‫אלוציה דרך ממברנה‬
A cycling cell is a growing cell and a growing

cell is a cycling cell.
The constant rate of discontinuous processes
55

lOMoARcPSD|6228193
Chromosome replication time - 40 min For E. coli:
Septum formation - 20 min
“Rules” given by the Cooper-Helmstetter model for the construction of a bacterial cell
cycle:
(a) D min before cell division, termination takes place •
(b) C min before termination, initiation takes place •
(c) I (=TD) min after initiation a new round of replication is initiated (in this case •
coincident with termination).
I + C + D ‫מודל‬
I = 70 min, C = 40
min, D = 20 min
56

lOMoARcPSD|6228193
I = 30 min, C = 40 min, D = 20
min
‫ יחסי מסה‬-‫גידול התאים‬
‫מסה התחלתית‬
57

‫גידול אוכלוסייה‪ -‬ניסוי שינוי מקור פחמן‬
‫ניסוי שינוי מקור פחמן עבור תא בודד‬
‫‪58‬‬

‫הרצאה ‪ -7‬אנטיביוטיקה‪:‬‬
‫למה מלמדים מיקרוביולוגיה? מודל מחקר‪ ,‬נמצאים בסביבה‪ ,‬בסיס לתהליכים‪ ,‬תרופות‪...‬‬
‫‪ 2‬השיעורים הקרובים מדברים על תרופות וחיידקים‪ .‬חיידקים הם מחוללי מחלות בעיני האוכלוסייה‪.‬‬
‫השיעור ידבר על תרופות אנטיביוטיות‪ ,‬והבא אחריו ידבר על מנגנוני מחלות‪..‬‬
‫לפני המאה ה‪ 20-‬זיהומים חיידקיים היו גורמים למגיפות‪( .‬ראה תמונה‪ -‬מחלת הדבר‪ ,‬שהכחידה‬
‫כשליש מאוכלוסיית אירופה)‬
‫מחלות חיידקיות אחרות מופיעות במצגת‪ -‬מחלות חיידקיות ידועות‬

‫לשמצה אשר גרמו לשעור תמותה גבוה‪ :‬דיפטריה‬
‫(‪ ,)Corynebacterium diphtheriae‬שחפת ( ‪Mycobacterium‬‬
‫‪ ,)tuberculosis‬כולרה (‪ ,)Vibrio cholera‬דיזינטריה ( ‪Salmonella,‬‬
‫‪ ,)Shigella, dysenteriae‬דלקת ראות ( ‪Streptococcus pneumoniae,‬‬
‫‪.)Mycoplasma Chlamydiae pneumonia‬‬
‫כולרע זה שם של חיידק!‬
‫חלק מהחיידקים הם גורמי תמותה מאוד משמעותיים‪ ,‬בעיקר‬

‫בעולם השלישי‪.‬‬
‫דבר‪-‬דומה לאבעבועות שחורות (אבעבועות שחורות זה נגיף)‬
‫מה שהביא מזור לאנושות זה לא אנטיביוטיקה אלא ההבנה בבני‬

‫אדם שיש לשמור על כללי היגיינה נאותים‪ .‬ברגע שהבינו זאת‪ ,‬פתרו‬
‫חלק גדול מהבעיות שגורמת מגיפת הכולרע‪ .‬השקופית היא‬
‫מתחילת המאה העשרים‪ .‬מנסים לשכנע אנשים לנהוג לפי אמות‬
‫מידה שמובילות אותם לאושר‪ .‬הגיעו למסקנה שצריך היגיינה‬
‫בסקס‬
‫פוסטר ממלחמת העולם ה‪...2-‬‬
‫‪ -Axis‬ציר הרשע ‪‬‬
‫‪VD = venereal diseases = sexually transmitted diseases‬‬
‫הקפדה על היגיינה הפחיתה מאוד את שיעורי התמותה בעולם‪.‬‬
‫אבל‪ ,‬ברגע שאנשים נדבקו בחיידקים אלימים הרפואה לא ידעה מה לעשות‪ .‬רוב‬
‫בני האדם שמערכת החיסון שלהם תקינה מתמודדים בהצלחה עם חיידקים‪.‬‬
‫הבעיה העיקרית היום היא שהמערכת החיסונית די חלשה בזקנים‪ ,‬אוכלוסיות‬
‫רעבות‪ ,‬חיילים רחוק מהבית בתנאים קשים – תנאים הגורמים למערכת‬
‫החיסונית להיות חלשה‪ .‬פציעה מסוימת הייתה משאירה את האדם תלוי בחסדי‬
‫שמיים‪.‬‬
‫היה צורך בתרופה שתרפא זיהומים חיידקיים‬
‫‪ -Sulfa drug‬תרופת הפלא‬
‫בגרמניה התחיל פרויקט להתמודדות עם זיהומי חיידקים‪ .‬הם עשו‬

‫סריקה של אלפי מולקולות‪ .‬ב‪ 1932‬החוקר מצא חומר שהוא קרא לו פרונטוסיל והיה טוב נגד‬
‫חיידקים‪ .‬זו האנטיביוטיקה הראשונה (הרבה פחות יעילה מפניצילין)‪.‬‬
‫הסתבר שהיא שייכת לקבוצת ‪ sulfanilamide‬ונקראות תרופות סולפה‪.‬‬
‫‪59‬‬

‫מנגנון העיכוב על ידי תרופות ‪sulfa‬‬
‫מנגנון העיכוב‪ -‬תרכובות סולפה הן אנאלוגיות‬

‫למטאבוליט שנמצא בחיידקים‪.‬‬
‫החיידקים מסנתזים איתו חומצה פולית (שגם‬

‫אנחנו משתמשים בה לבניית חומצות גרעין)‪.‬‬
‫תרופות ה ‪ sulfa‬הן תרכובות אנלוגיות למטבוליט‬

‫‪.)PABA( para-aminobenzoic acid‬‬
‫בתאי חיידקים ‪ PABA‬משמש לסינטזת חומצה פולית (‪ )folic acid‬החיונית לבנייה של חומצות גרעין‪.‬‬
‫איך הסולפה מעכב?‬
‫ישנו אנזים שמגיב את ‪ PABA‬עם חומר אחר שביחד‬

‫הם מגיבים בעזרת האנזים לחומצה פולית‪ .‬כשיש‬
‫סולפה האנזים מחבר אותו בטעות עם סולפה במקום‬
‫עם ‪.PABA‬‬
‫האנזים השני לא טועה ולא נוגע בחומר השגוי‪.‬‬
‫חומצה פולית מסונטזת מ ‪ PABA‬בשתי ריאקציות‬

‫אנזימתיות‪:‬‬
‫מדוע תרכובות סולפה פוגעות בחיידקים‪ ,‬אך לא בבני‬

‫אדם?‬
‫בני אדם אינם יכולים לסנתז חומצה פולית (לכן זהו מרכיב תזונתי חשוב)‪.‬‬
‫חיידקים חייבים לסנטז חומצה פולית‪ .‬הם אינם יכולים לקבלה מן החוץ‪ ,‬כיוון שקרום התא החיידקי‬
‫אינו חדיר לחומצה פולית‪.‬‬
‫לפיכך‪ ,‬עיכוב הסינטזה של חומצה פולית פוגע בחיידקים‪ ,‬אך לא בבני אדם‪.‬‬
‫‪#‬בדרך כלל אם נצליח לעכב את החיידק מערכת החיסון תעשה את שאר העבודה ותחסל אותו‪#‬‬
‫תרופות ה ‪ sulfa‬מדגימות שני עקרונות מרכזיים של פעולת החומרים האנטיביוטיים‪:‬‬
‫עיכוב תהליך החיוני לחיי החיידק‪ .‬זה נכון בכל אנטיביוטיקות הקלאסיות‪ ,‬אך לא נכון לחלק‬ ‫‪.1‬‬
‫מהמודרניות‪ .‬מה עוד ניתן לעכב? ניתן לעכב את מנגנון האלימות של החיידק כך שהוא לא‬
‫יזיק לגוף ומערכת החיסון תטפל בו‪.‬‬
‫סלקטיביות (פגיעה בחיידק‪ ,‬אך לא במאכסן)‬ ‫‪.2‬‬
‫מגרעות של תרופות ה ‪sulfa‬‬
‫יש חסרונות לסולפה‪ ,‬פניצילין מפורסם יותר לא סתם‪:‬‬
‫הוא לא עוזר נגד חלק גדול מהחיידקים‪ ,‬במקרים רבים היא גורמת לאלרגיות חמורות ויש לה מסיסות‬
‫מאוד נמוכה‪-‬קשה להנגיש אותה לגוף ולהעלות את ריכוזה בדם‪.‬‬
‫‪60‬‬

‫בשל מגרעות אלה‪ ,‬תרופות ‪ sulfa‬לא סיפקו מענה הולם ברבים ממקרי הזיהום החיידקי‪.‬‬
‫פניצילין ‪‬‬
‫פלמינג‪ -‬קצת אחרי הסולפה‪ ,‬הוא היה רופא בהתחלה‪ ,‬בכלל‬

‫העיסוק בחיידקים התחיל מכיוון הרפואה ורק אז התחילו‬
‫ללמוד את המיקרוביולוגיה מכיוונים אחרים‪.‬‬
‫אלכסנדר פלמינג גילה את הפניצילין במקרה‪ -‬חקר‬

‫סטפילוקוקים שנמצאים על הגוף כל הזמן‪ .‬הגיע הקיץ‪,‬‬
‫פלמינג הניח את החיידקים בפינת השולחן‪ .‬חזר מהחופשה‬
‫וראה שחלק מהפלטות מזוהמות בעובש‪.‬‬
‫לפני שזרק אותן חבר המעבדה אמר לו להסתכל לחיידקים‬

‫בקרבת העובש‪ .‬החיידקים בסביבת העובש עברו ליזיס!‬
‫(התפרקות)‬
‫פניציליום ‪‬‬
‫פטרייה שכל החיידקים מסביבה לא גדלו‪.‬‬
‫הוא שמר את הפטרייה כזן מבודד‪ .‬החומר הבקטריוליטי נקרא‬

‫פניצילין‪* .‬חובה לדעת את המושגים בכחול*‬
‫בקטריוליטים‪ -‬חומרים שמפוצצים חיידקים‪.‬‬
‫הוא עשה אפיו ן התחלתי של החומר הזה ושל ההפרשה שלו ע"י הפטרייה‪ .‬הוא ידע שבמצע נוזלי‬
‫שהיא מגיעה למצב סטציונרי היא מפרישה את זה‪ .‬ואז הוא עזב את‪ ,‬הוא לא היה מדען אלא רופא ולא‬
‫היו לו כישורים להתמודד עם זה‪ .‬שני חוקרים אחרים התחילו להתעסק עם המחקר‪ .‬הם החליטו‬
‫למצוא תרכובות אנטיביוטיות‪.‬‬
‫למזלם‪ ,‬אי‪-‬הניקיונות שהיו באבקת הפניצילין הראשונית לא היו רעילים לעכברים‪ .‬אלמלא כך‪,‬‬
‫המחקר היה מסתיים בנקודה זו‪.‬‬
‫הם הבינו שהחומר הזה הרבה יותר חזק מהסולפה‪.‬‬
‫הם טיפלו ב‪ 6‬בני אדם בפניצילין‪ 5 .‬שרדו ו‪ 1‬מת‪ .‬בדיעבד ה‪ 1‬שמת זה בגלל שהוא חדל את הטיפול‪.‬‬
‫באחד מהם הטיפול הופסק לאחר ‪ 5‬ימים‪ ,‬המחלה חזרה‬

‫והחולה מת‪.‬‬
‫במקרה שני המחלה חזרה מספר שבועות לאחר הטיפול‪.‬‬

‫בשאר המקרים הייתה החלמה מלאה‪.‬‬
‫לכאורה הממשלה הייתה צריכה להתנפל על זה‪ ,‬אבל אמצע‬

‫מלחמת העולם ה‪ ,2‬בריטניה על סף קריסה‪ ,‬כלכלת מלחמה‪,‬‬
‫פנו לארה"ב וזכו למימון ממשרד החקלאות‪ .‬הקצו להם מפעל‬
‫להפקת סירופ מתירס‪ .‬מסתבר שהאמצעים שם היו אידיאליים‬
‫להפקת החומר בקנה מידה תעשייתי (הפטרייה אוהבת סירופ‬
‫תירס)‪ .‬האמריקאים שלחו את התרופה מיד לשדה הקרב‬
‫לחיילים‪.‬‬
‫‪61‬‬

‫החברה האלה יחד עם פלמינג זכו בפרס נובל‪ .‬ואז מצאו את מבנה החומר‪.‬‬
‫יש שם טבעת לא מאוד יציבה! הטבעת ה‪ β‬לקטאם‪ .‬הקשר לא יציב‪ ,‬אך‬
‫מספיק זמן כדי להישאר כך בתמיסה‪ .‬האנטיביוטיקה מחזיקה ימים במבחנה‬
‫בטמפרטורת החדר‪ .‬זה הקשר שמותקף ע"י האנזים הרגיש‪ .‬איך זה נוצר?‬
‫תולדה של חיבור ציסטאין וואלין‪.‬‬
‫זו מולקולת השלד של פניצילין עם קבוצת‬

‫‪ R‬שיכולה להשתנות‪.‬‬
‫את מי מעניינות הנגזרות האלו? (אף אחד‪,‬‬

‫רק את גבריאל ‪)‬‬
‫חיידקים מסוימים יכולים באופן טבעי להתמודד עם פניצילין (עמידים)‪.‬‬

‫זה נותן מגוון של תרכובות לטיפול בחיידקים‪.‬‬
‫קבוצות ‪ R‬שונות באנטיביוטיקות בטא לקטאמיות שונות‬
‫פניצילין מעכב את סינתזת דופן (פפטידוגליקן)‪ -‬דיברנו בשיעור‬

‫הראשון‪)Nam-Nag-Nam-Nag( -‬‬
‫קבוצת הצד האמינית של הליזין או של ה ‪ DAP‬משמשת ליצירת קשר‬

‫איזופפטידי עם הקרבוקסיל של ה ‪D-alanine‬‬
‫יש את שרשרת החרוזים שיוצרת קשרי צילוב עם החרוזים בשרשרת המקבילה והפניצילין לא נותנת‬
‫לקשרי הצילוב להיווצר בין ‪( D-ala‬הקרבוקסיל שלו) עם ליסין בשרשרת המקבילה‪.‬‬
‫לפני יצירת הקשר אין ‪ D-Ala‬אלא עוד ‪ .D-Ala‬כתוצאה מיצירת הקשר עף אלאנין אחד‪.‬‬
‫‪62‬‬

‫פניצילין הוא מעכב ספציפי של האנזימים האחראים על יצירת‬

‫הגשר הבין פפטידי – הטרנספפטידזות (‪.)transpeptidases‬‬
‫הפניצילין הוא אנלוג של ה‪.D-Ala-D-Ala -‬‬
‫אם עושים סופרפוזיציה ל‪ 2‬המולקולות (מניחים אחד על‬

‫השני) רואים שהן נורא דומות מרחבית‪.‬‬
‫במהלך התגובה המזורזת על ידי‬

‫הטרנספפטידזות‪ ,‬נוצר קשר קוולנטי בין‬
‫האנזים לסובסטרט‬
‫הטרנספפטידאז יש לו ‪.active site serine‬‬

‫הסרין תוקף את הקרבוקסיל וכתוצאה מכך‬
‫ה‪ ALA-D‬השני הוא קבוצה עוזבת טובה‪.‬‬
‫בשלב הבא מגיעה הקבוצה האמינית של‬
‫הליזין מהשרשרת השכנה ותוקפת את‬
‫קשר הקרבוניל‪ ,‬והאנזים נהיה קבוצה‬
‫עוזבת טובה‪ .‬נותרנו עם קשר צילוב בין‬
‫שרשרת אחת למקבילה‪.‬‬
‫הטרנספפטידזות מזהות את האנטיביוטיקות‬

‫הבטא‪-‬לקטמיות כסובסטרטים ויוצרות איתן‪,‬‬
‫כמו עם הסובסטרט האמיתי‪ ,‬קשר קוולנטי‪.‬‬
‫אולם החלק השני של התגובה‪ ,‬הכולל את‬

‫שחרור האנזים‪ ,‬אינו יכול להתבצע‬
‫והטרנספפטידזות נשארות מחוברות לאנטיביוטיקה‪.‬‬
‫טרנספפטידזות מכונות גם ‪.penicillin binding proteins – PBPs‬‬
‫לפיכך‪ ,‬אנטיביוטיקה בטא לקטמיות מתפקדת כמעכב תחרותי בלתי הפיך‪.‬‬
‫אנטיביוטיקה בטא לקטמית מתפקדת כמעכב תחרותי בלתי הפיך‪.‬‬
‫מצב יציב מבחינה תרמודינמית‪ .‬עוד לפני שידעו עליהן משהו ידעו שהן נקשרות לאיזה חלבון על‬
‫הדופן‪.‬‬
‫החיידק לא יכול לסנתז יותר דופן בגלל לחצים אוסמוטיים‪ -‬הוא כל הזמן מפרק חלקים בדופן אך לא‬
‫יודע ליצור קשרים חדשים‪ -‬והחיידק מתפוצץ‪.‬‬
‫*סרטון של חיידקים המושפעים מפניצילין‪ ...‬החיידקים נעלמים! מתרחש פיצוץ!‬
‫פועלות נגד סינטזת פולינוקלאוטידים ‪/‬סינטזת חלבונים ‪/‬קרום התא ‪/‬אנזים מטבולי ‪/‬דופן‬
‫החיידק‬
‫‪63‬‬

‫אנטיביוטיקות נוספות‬
‫לאחר הפניצילין‪ ,‬התגלו אנטיביוטיקות נוספות‪ .‬ביניהן ‪,kanamycin ,chloramphenicol ,streptomycin‬‬

‫‪ erithromycin ,tetracyclin‬ו‪.rifampicin -‬‬
‫ככלל‪ ,‬אנטיביוטיקות קלאסיות פועלות כנגד אחת מחמש מטרות‪/‬תהליכים בחיידק‪:‬‬
‫סינטזת פולינוקלאוטידים (‪( )RNA, DNA‬למשל ‪.)Rifampicin; Chloroquine‬‬ ‫‪.1‬‬
‫סינטזת חלבונים (למשל ‪.)Tetracyclines; Chloramphenicol‬‬ ‫‪.2‬‬
‫קרום התא (למשל ‪.)Polyenes; Polymyxin‬‬ ‫‪.3‬‬
‫אנזים מטבולי (למשל ‪.)sulfa drugs‬‬ ‫‪.4‬‬
‫דופן החיידק (למשל ‪)Penicillin; Vancomycin‬‬ ‫‪.5‬‬
‫אנטיביוטיקות התפתחו באבולוציה כנגד תהליכים בסיסיים ייחודיים לחיידקים‬
‫‪64‬‬

‫חשוב לזכור‪ -‬כל אנטיביוטיקה ניתן לדעת לכמה חיידקים היא ספציפית‪ .‬למשל‪ ,‬טטרה ציקלינים‬
‫שפועלות על טווח רחב‪.‬‬
‫פפטידים אנטימיקרוביאלים (‪)antimicrobial peptides‬‬
‫פפטידים אנטימיקרוביאלים (‪ )antimicrobial peptides = AMPs‬הם שרשראות חומצות אמינו קצרות‬

‫בעלות מטען כולל חיובי (עפ"י רוב)‪ .‬הם בעלי תכונות אמפיפיליות (‪ = amphiphylic‬גם הידרופוביים‬
‫וגם הידרופיליים)‪ .‬בשל כך‪ ,‬הם קלי תמס בממסים מימיים אך יכולים לחדור את קרום תא החיידק‪.‬‬
‫לאחר כניסתם לממברנה‪ ,‬הם הורגים את החיידק במגוון מנגנונים‪.‬‬
‫‪ AMPs‬מיוצרים בכל סוגי האורגניזמים ( מחיידקים ועד לבני‪-‬אדם)‪.‬‬
‫‪ AMPs‬מופרשים בבע"ח אל שכבות הגוף החיצוניות (העור ודרכי‬

‫העיכול)‪.‬‬
‫‪ AMPs‬מיוצרים ביתר באזורי פציעה‪.‬‬
‫במודל המודגם באיור‪ ,‬מנגנון ההרג מבוסס על יצירת נקבים בקרום‬

‫תא החיידק‪.‬‬
‫‪65‬‬

‫סיווג אנטיביוטיקות‬
‫חומרים בקטריוסטטיים (‪ – )bactriostatic‬גורמים לעיכוב של גידול החיידק‪ .‬גורמים לעיכוב מבלי‬

‫להרוג‪ .‬אחרי שמסלקים את האנטיביוטיקה החיידק יכול לחזור ולהתחלק‪.‬‬
‫חומרים בקטריוצידיים (‪ – )bactricidal‬גורמים להרג החיידק‪ .‬נלקח מהחיידק משהו חשוב והוא לא‬
‫יכול לחזור ולהתחלק‪.‬‬
‫חומרים בקטריוליטיים (‪ – )bactriolytic‬גורמים לפיצוץ החיידק‪.‬‬
‫‪Bacteriostatic‬‬
‫עקומת גידול‪-‬‬
‫בתנאי מעבדה במבחנה בנוכחות‬

‫האנטיביוטיקה החל משלב מסוים‪ .‬בגרף‬
‫מופיע זמן הגידול ולוגריתם של מספר‬
‫החיידקים‪ .‬עושים מדידה במיקרוסקופ ( ‪total‬‬
‫‪ )count‬וספירה חיה (האם החיידקים יכולים‬
‫לגדול)‪.‬‬
‫מבצעים את שתי הבדיקות‪ .‬מספר החיידקים‬

‫לא משתנה לאחר הוספת האנטיביוטיקה‪.‬‬
‫אותם החיידקים ששהו בנוכחות‬

‫אנטיביוטיקה בתרבית הנוזלית‬
‫מתפתחות במצע‪ .‬אך מכיוון‬
‫שהאנטיביוטיקה נשארה בתרבית‪ ,‬אין‬
‫שינוי בכמות החיידקים על המצע‪.‬‬
‫‪Bacteriocidal‬‬
‫אנטיביוטיקה בקטריוצידית‪-‬‬
‫‪ Total count‬לא ישתנה כי לא מבחינים‬

‫בין חיים או מתים‪.‬‬
‫בספירה החיה נגלה שהחיידקים שהיו‬

‫חשופים לאנטיביוטיקה מתו‪.‬‬
‫‪Bacteriolytic‬‬
‫אנטיביוטיקה בקטריוליטית‪-‬‬
‫גם בהסתכלות מיקרוסקופית נראה‬

‫שנעלמו תאים שמתו‪.‬‬
‫‪66‬‬

‫יעילות האנטיביוטיקה מושפעת מהגורמים הבאים‪-‬‬
‫אפיניות החומר האנטיביוטי למטרה‬
‫רעילות לחיידק‬
‫חלק גדול מהתרופו ת רעיל גם למאכסן (פניצילין בריכוז גבוה לא יפגע ברוב האוכלוסייה)‪.‬‬
‫תרופה טובה היא כזו שצריך מינון נמוך כדי שתשפיע‬
‫מסיסות התרופה‬
‫זמן עד שהתרופה מתפרקת‪ -‬אם מכניסים לגוף והיא נעלמת מהר מדי היא לא תועיל‬
‫יכולת התרופה להגיע‪ -‬למשל בדלקת קרום המוח צריך לעבור מחסום דם משמעותי‪.‬‬
‫אנטיביוטיקה מוצלחת היא בעלת רעילות גבוהה לחיידק בריכוזים מאד נמוכים‪ ,‬אך אינה משפיעה על‬
‫המאכסן אפילו בריכוזים גבוהים‪.‬‬
‫היא גם בעלת מסיסות גבוהה במים ובעלת יכולת דיפוזית גבוהה‪.‬‬
‫‪Minimal Inhibitory Concentration = MIC‬‬
‫ריכוז האנטיביוטיקה הנמוך ביותר בה ניתן לזהות עיכוב גידול‬
‫‪Minimal Lethal Concentration = MLC‬‬
‫ריכוז האנטיביוטיקה הנמוך ביותר בה ניתן לזהות הרג של החיידקים‬
‫‪Antibiotic assay by tube dilution, permitting detection of the MIC‬‬
‫עושים סדרת מיהולים‬

‫לאנטיביוטיקות ובודקים מה‬
‫הריכוז הנמוך ביותר שהובילו‬
‫לעיכוב גידול‪ .‬יש כמות כל כך‬
‫קטנה של חיידקים עד שלא‬
‫רואים עכירות בעין‪.‬‬
‫התרבית השמאלית היא עם‬

‫ריכוז נמוך מאוד של‬
‫אנטיביוטיקה כך שהחיידקים‬
‫חיים כרגיל‪ .‬במבחנות‬
‫הימניות יש ריכוז גבוה מדי‬
‫של אנטיביוטיקה מכדי שיגדלו‬
‫החיידקים‪ .‬העיכוב הוא לא‬
‫מוחלט‪ -‬עדיין גדלים אך רק‬
‫מעט‪...‬‬
‫איך מדרגים ‪ ?MIC‬מבצעים סדרת מהולים של אנטיביוטיקות ובודקים איפה היה ואיפה לא היה‬
‫עיכוב גידול‪ .‬הריכוז הנמוך ביותר בו רואים עיכוב גידול הוא המעניין אותנו‪.‬‬
‫‪67‬‬

‫ב‪ MLC‬אנחנו לא מסתפקים בעיכוב גידול‪ ,‬אלא בהרג חיידקים!!!!!!‬
‫יש לזרוע את החיידקים ולראות האם נוצרות מושבות‪ .‬לוקחים מכל מבחנה דגימה וזורעים‪.‬‬
‫מבחן דיסקיות‪ :‬לוקחים דיסקית נייר\ ספוג ובודקים גידול של חיידקים‪ .‬רואים גידול וטבעת הרג‪.‬‬
‫דיסק נייר ספוג אנטיביוטיקה מונח על פלטת המכילה "דשא" של חיידקים על מצע גידול‬ ‫•‬
‫האנטיביוטיקה מפעפעת מן הדיסק אל מצע הגידול‪ ,‬ונוצר מדרג (גרדיאנט) אנטיביוטיקה‬ ‫•‬
‫סביב הדיסק‬
‫טבעות הרג סביב הדיסק מעידות על רעילות האנטיביוטיקה‬ ‫•‬
‫‪68‬‬

‫בכל אחת מהדיסקיות אנטיביוטיקה אחרת‪ .‬כל‬

‫טבעת הרג מראה אילו חיידקים מתו‪.‬‬
‫חשוב לזכור‪ :‬אנטיביוטיקות הן לרוב מעכבים של אנזימים חיידקיים‬
‫לפיכך‪ ,‬ניתן למדוד את האפיניות שלהן לאנזימים (‪ )KD‬ואת קבוע העיכוב (‪.)Ki‬‬
‫דרך יותר ביוכימית לדרג אנטיביוטיקות‪ .Ki -‬חקר מעכבים מקביל לחקר אנטיביוטיקות‪.‬‬
‫עמידות חיידקים לאנטיביוטיקה‪:‬‬
‫מדברים על עידן הפריאנטיביוטי‪ -‬האנטיביוטיקות לא יהיו עמידות לאנטיביוטיקה‪ .‬בבתי חולים יש‬
‫חיידקים שעמידים כמעט לכל מה‬
‫שיש לנו‪ .‬השימוש באנטיביוטיקה‬
‫יוצר לחץ אבולוציוני נגד חיידקים‪.‬‬
‫מוטציות בוררות את החיידקים‬
‫העמידים‪ .‬כאשר משתמשים‬
‫באנטיביוטיקה‪ ,‬אלה שרגישים‬
‫נעלמים מהאוכלוסייה‪ ,‬נשארים‬
‫המוטנטים‪ ,‬ואם מערכת החיסון‬
‫שלנו לא תהרוס אותם הם יצרו‬
‫אוכלוסייה שעמידה‬
‫באנטיביוטיקה‪ -‬ברירה טבעית\‬
‫לחץ סלקטיבי‪.‬‬
‫השימוש הנרחב שנעשה בחומרים‬

‫אנטיביוטיים יוצר לחץ סלקטיבי‬
‫חזק לטובת חיידקים עמידים‬
‫לאנטיביוטיקה‬
‫אם מסתכלים על חיידקים עמידי פניצילין רואים אחוז בין חולי בית חולים מודבקים בחיידקים עמידים‬
‫לפניצילין‪.‬‬
‫מדדו את עמיד ות החיידקים בבתי חולים‪ .‬ואז בדקו לאורך השנים בבריטניה איך יש עלייה בבתי חולים‪.‬‬
‫סביר להניח שאם נבדוק היום את הגרף השמאלי סביר שהמצב יהיה חמור יותר‪ .‬פעם היו אוכלוסיות‬
‫שלא עמידות וכאלו שעמידות‪ .‬בזמן הזה היה לאוכלוסייה העמידה זמן להתפתח במקום‪.‬‬
‫‪69‬‬

‫אם מסתכלים על חיידקים עמידי פניצילין רואים אחוז בין חולי בית חולים מודבקים בחיידקים עמידים‬
‫לפניצילין‪.‬‬
‫מדדו את עמידות החיידקים בבתי חולים‪ .‬ואז בדקו לאורך השנים בבריטניה איך יש עלייה בבתי חולים‪.‬‬
‫סביר להניח שאם נבדוק היום את הגרף השמאלי סביר שהמצב יהיה חמור יותר‪ .‬פעם היו אוכלוסיות‬
‫שלא עמידות וכאלו שעמידות‪ .‬בזמן הזה היה לאוכלוסייה העמידה זמן להתפתח במקום‪.‬‬
‫בעיה חמורה בבתי חולים היום‪ -‬חולים נכנסים לבתי חולים ויש סכנה שהם יישארו מעבר לזמן שהיה‬
‫נחוץ כדי לטפל בבעיה שלהם כי צריך לטפל בבעיה זיהומית חדשה שנוצרה להם‪ .‬זה עולה מיליונים‬
‫למדינות‪ .‬הרבה מקרים של חולים שנכנסו לטיפול בבעיה פשוטה וחטפו חזק מהחיידקים‪ .‬באנשים‬
‫שהם מראש מוחלשים זה יותר משמעותי‪ ,‬פחות באנשים שבאים מבחוץ לבקר‪ .‬בבתי חולים יש‬
‫חיידקים רבים שעמידים לאנטיביוטיקות‪ ,‬ויש להם ספורות שמחזיקות להרבה זמן‪.‬‬
‫מנגנוני עמידות‬
‫"המאבק בחיידק מתחיל אצלך בכף היד"‬
‫לרופא אסור לגעת בחולה לפני שחיטא את הידיים שלו‪.‬‬
‫מנגנוני עמידות‪-‬‬
‫‪ . 1‬מוטציה שמונעת קישור לאנטיביוטיקה‪ .‬כאן רואים ריבוזום המעוכב ע"י סטרפטומיצין‪ .)12S( .‬יש‬
‫מוטציה ב‪ S12‬שמונעת קישור לסטרפטומיצין‪.‬‬
‫‪70‬‬

‫‪ .2‬טרנספורטר ממברנלי‪ -‬הוא ספציפי למספר רב של חומרים‪ ,‬ביניהם אנטיביוטיקה‬
‫‪ .3‬האנזים המפרק חומר אנטיביוטי‬
‫‪ .4‬אנזים המשנה ומנטרל אנטיביוטיקה‬
‫שלושת מנגנוני העמידות האחרונים מודגמים באיור‬

‫הבא‪:‬‬
‫לפלסמיד יש גן שמקודד לעמידות‪ -‬אנזים בטא‬

‫לאקטאמאז שמפרק את האנטיביוטיקה והופך אותה‬
‫ללא פעילה‪.‬‬
‫רבים מהחיידקים העמידים לפניצילין מבטאים אנזים‬

‫הקרוי ‪.b-lactamase‬‬
‫‪ b-lactamase‬מבקע את הטבעת‬
‫ה ‪ b‬לקטמית‪:‬‬
‫התפשטות העמידות‪-‬‬
‫א‪ .‬התחלקות של תאי בת עמידים‪.‬‬
‫ב‪ .‬לחיידקים דרך נוספת להעברת גנים – ‪ -horizontal gene transfer‬מתא אחד לתא אחד סמוך לו!‬
‫חיידקים ממינים שונים יכולים להעביר מאחד לשני גנים (המנגנון בהמשך)‪.‬‬
‫גורם משמעותי להפצת העמידות בין חיידקים‪.‬‬
‫‪71‬‬

‫בני אדם משתמשים באנטיביוטיקות בענפים רבים‪ -‬דגה‪ ,‬רפת‪ ,‬משק וכו'‪.‬‬
‫החיידקים מעבירים מאחד לשני ואנו מקבלים אוכלוסיות שלמות של חיידקים העמידים‬
‫לאנטיביוטיקה‪.‬‬
‫לאחר שחיידק הפך להיות עמיד לאנטיביוטיקה‪ ,‬הגנים המקנים עמידות יעברו בתורשה לצאצאים‪.‬‬
‫בנוסף‪ ,‬ישנה העברה של גנים מחיידק אחד למשנהו – הן מאותו המין והן בין מינים שונים‪ .‬סוג הורשה‬
‫זה נקרא‬
‫‪.horizontal gene transfer‬‬
‫שימוש אינטנסיבי ולא מבוקר בחומרים אנטיביוטיים גרם להאצה של הופעת עמידות נרכשת‬
‫בחיידקים‬
‫כלל מס' ‪ :1‬להשתמש באנטיביוטיקה רק במידת הצורך!‬
‫אנטיביוטיקה אינה יעילה כנגד נגיפים למשל ובכל זאת‪ ,‬ללא הנחיות מתאימות וללא פיקוח‪ ,‬חולים‬
‫השתמשו באנטיביוטיקה כנגד כמעט כל מחלה‪.‬‬
‫בישראל לא טובים בזה‪ ,‬אך חובה לתת לחולה אנטיביוטיקה רק אם בוודאות אין יכולת להתמודד עם‬
‫החיידק!‬
‫כלל מס' ‪ :2‬להשתמש במינון גבוה!‬
‫כאשר מתעורר הצורך להשתמש באנטיביוטיקה‪ ,‬יש להקפיד על מינון מתאים‪ .‬מינון נמוך מדי עלול‬
‫להוביל להופעת מוטנטים!‬
‫להרוג את האוכלוסייה בבת אחת!‬
‫‪72‬‬

‫כלל מס' ‪ :3‬להשתמש לפרק זמן מתאים!‬
‫אנטיביוטיקה יעילה כנגד חיידקים מתחלקים‪ .‬חיידק שגדל לאט – מת‬

‫לאט‪ .‬חיידק השחפת (‪ )Mycobacterium tuberculosis‬מתחלק אחת ל‬
‫‪ 12‬שעות בתנאים אופטימליים (= גידול איטי מאד)‪ .‬טיפול אנטיביוטי‬
‫בשחפת אורך חצי שנה לפחות‪.‬‬
‫להשתמש לפרק זמן מתאים שלא תהיה הישרדות‪ .‬במידה ולא נקפיד‬
‫לקחת את האנטיביוטיקה מספיק זמן המוטנטים ישרדו‪.‬‬
‫בענף הדגה והלול‪ ,‬על מנת לגדל את בעלי החיים בצפיפות רבה‪,‬‬
‫אנטיביוטיקה הפכה להיות חלק קבוע בדיאטה של בע"ח‪ .‬בענף הרפת‬
‫זה פחות בעייתי‪ .‬מגודלים עופות ודגים עם כמות אנטיביוטיקות עצומה‪,‬‬
‫כדי לגדל אותם בצפיפות גדולה מאוד‪ .‬בפרות זה פחות בעייתי‪ ,‬כי‬
‫הפרות אוכלות חיידקים (בבטן הפרה)‪ .‬היא אוכלת עשב והחיידקים‬
‫מעכלים את העשב בשבילה (חיידקים שמפרקים תאית)‪ .‬לכן צריך להיות זהירים מאוד מאנטיביוטיקה‬
‫בפרה – היא לא תוכל לחיות‪.‬‬
‫"ארה"ב‪ :‬איסור על מתן אנטיביוטיקה לחיות מאכל‬
‫מינהל המזון והתרופות האמריקאי הורה לחקלאים להפסיק להאכיל בקר ועופות בחומרים‬
‫אנטיביוטיים המזרזים את הגדילה‪ .‬בישראל טוענים‪ :‬אנחנו ממילא נותנים אנטיביוטיקה רק כשהחיות‬
‫חולות"‬
‫פיתוח חומרים אנטיביוטים חדשים‪ -‬לא למבחן! (המשך המצגת)‪.‬‬
‫גישות לפיתוח תרופות אנטיביוטיות חדשות‬
‫מודיפיקציה של תרופות קיימות – למשל שינוי קבוצת ה ‪ R‬של פניצילין‬
‫יתרונות‪ :‬פיתוח מהיר (= זול)‬

‫חסרונות‪ :‬עמידות חיידקים מתפתחת בקלות כנגד התרופה החדשה‬
‫פיתוח תרופה חדשה לגמרי‬
‫יתרונות‪ :‬עמידות חיידקים אינה מתפתחת בקלות‬
‫חסרונות‪ :‬פיתוח ממושך‪ ,‬יקר ובעל סיכון כלכלי רב (אין ערובה להצלחה)‬
‫בחירת מטרות עיכוב חדשות‬
‫אנטיביוטיקות קלאסיות מעכבות תהליכים פיסיולוגיים חיוניים לגידול החיידק (סינטזת דופן‪ ,‬סיטזת‬
‫חלבונים וכו')‪.‬‬
‫גישה מודרנית‪ :‬עיכוב תהליכים השייכים למנגנון הוירולנטיות!‬
‫אין צורך להרוג את החיידק – ניתן להסתפק בנטרול הוירולנטיות ומערכת החיסון והפלורה הטבעית‬
‫ידאגו לשאר (היינו‪ ,‬הרג החיידק הפולש)‪.‬‬
‫איתור מולקולות היכולות לשמש כתרופות אנטיביוטיות‬
‫‪73‬‬

‫גישה קלאסית‪ :‬חומרים אנטיביוטיים התפתחו בטבע כאמצעי של חיידקים ופטריות לדחוק מתחרים‬
‫מן הנישה האקולוגית שלהם‪ .‬לפיכך‪ ,‬ניתן לבודד מיקרואורגניזמים המייצרים אנטיביוטיקה מסביבה‬
‫בה גדלים מיקרואורגניזמים‪ .‬למשל‪ ,‬מן הקרקע‪.‬‬
‫גישות מודרניות‪:‬‬
‫‪ .1‬עיצוב רציונאלי של מולקולות במטרה לעכב תהליך ביולוגי‪.‬‬
‫‪ .2‬סריקה רחבת היקף של מולקולות קיימות‪ ,‬במטרה לאתר באופן אקראי מעכבים‬
‫פוטנציאלים‪.‬‬
‫עיצוב רציונאלי של תרופות‬

‫מתוך לימוד והבנה של אינטראקציות אנזים‪-‬סובסטרט‪ ,‬ניתן לתכנן מולקולות שידמו סובסטרט‪,‬‬
‫ייקשרו לאתר הפעיל של האנזים ויעכבו את פעילותו‪.‬‬
‫גישה דומה ניתנת ליישום גם לגבי אינטראקציות מסוג רצפטור – ליגנד‪.‬‬
‫סריקה של ספריות מולקולות‬
‫ישנן מיליוני מולקולות בטבע שלא הותאמו במכוון כנגד חיידקים‪ ,‬אולם ייתכן שבאקראי חלקן יכולות‬
‫לפעול באופן סלקטיבי כנגד חיידקים‪.‬‬
‫באמצעות מבחני עיכוב מתאימים ואוטומציה ניתן לבחון ביעילות את האפקט האנטיביוטי של כמות‬
‫אדירה של מולקולות‪.‬‬
‫קיימות היום ספריות מוכנות של מאות אלפי "מולקולות קטנות" ומכוני מחקר המתמחים בסריקתן‪.‬‬
‫שלבים בפיתוח תרופה‬
‫תהליך קדם‪-‬קליני של פיתוח תרופה כולל מספר שלבים אופייניים‬
‫‪74‬‬

‫כדי שתרופה תהייה מאושרת לייצור מסחרי ושימוש‪ ,‬יש צורך באישור של ה ‪ FDA‬האמריקאי ( ‪U.S.‬‬
‫‪.)Food and Drug Administration‬‬
‫ה ‪ FDA‬קבע כללים מאד מחמירים כדי להגן על בריאות הציבור‪.‬‬
‫על מנת שתרופה תזכה לאישור ה ‪ ,FDA‬היא נדרשת לעבור תהליך ארוך מאד ובו היא נבחנת‬
‫בשלושה שלבים נודעים ‪ Phase 2 ,Phase 1 :‬ו‪.Phase 3 -‬‬
‫שלבים בפיתוח תרופה‬
‫טרם כניסה לתהליך אישור התרופה על ידי ה ‪ ,FDA‬נדרשת חברת התרופות לספק ראיות מעבדתיות‬
‫לכך שהתרופה הנבח נת בעלת פוטנציאל רפואי ואינה רעילה לתרביות תאים ובעלי חיים‪.‬‬
‫לאחר ששלב זה הוכתר בהצלחה‪ ,‬מתחיל התהליך הארוך של שלושת השלבים שמטרתו לאתר‬
‫תופעות לוואי של התרופה בבני‪-‬אדם‪:‬‬
‫‪ – Phase 1‬בחינה מבוקרת של התרופה על בני‪-‬אדם (מתנדבים) בריאים‪.‬‬
‫‪ – Phase 2‬בחינה מבוקרת של התרופה על בני‪-‬אדם (מתנדבים) חולים‪.‬‬
‫‪ – Phase 3‬בחינה מבוקרת ולא‪-‬מבוקרת של התרופה על בני‪-‬אדם בקנה מידה רחב‪.‬‬
‫‪75‬‬

‫נספח אנטיביוטיקות‪:‬‬
‫פניצילין‪ -‬בקטריוליטית‪ .‬בטא‪-‬לקטאם‪ ,‬אנאלוג לקשר ‪ D-Ala-D-Ala‬ויוצרת קשר קוולנטי עם‬

‫הטראנס פפטידאזות‪ ,‬כאשר התא גדל לא נוצר ה‪ Interbridge-‬והדופן נחלשת‪ >-‬התא מתפוצץ‪.‬‬
‫גראם חיובי‪ ,‬קצת שלילי וקצת ‪.chlamydias‬‬
‫סטרפטומיצין‪ -‬בקטריוצידית‪ .‬נקשרת לתת היחידה הקטנה בריבוזום‪ -‬מפריעה לסינתזת חלבונים‬
‫וגורמת לקריאה לא נכונה של ‪ .mRNA‬גראם חיובי‪ ,‬שלילי‪ ,‬מיקובקטריה‪.‬‬
‫כלוראמפניקול‪-‬בקטריוסטטית‪ .‬נקשרת לתת היחידה הגדולה בריבוזום‪ -‬חוסמת יצירת קשר פפטידי‬
‫על ידי עיכוב פפטידיל טראנספראז‪ .‬גראם חיובי‪ ,‬שלילי‪.chlamydia ,rickettsia ,‬‬
‫ריפאמפיצין‪ -‬בקטריוסטטית‪ .‬מונעת סינתזת ‪ RNA‬על ידי קישור לרנ"א פולימראז‪ .‬גראם חיובי‪,‬‬
‫שלילי ומיקובקטריה‪.‬‬
‫טטרציקלין‪-‬בקטריוסטטית‪ .‬נקשרת לתת היחידה הקטנה ומפריעה לקישור ‪.aminoacyl-tRNA‬‬

‫גראם חיובי‪ ,‬שלילי‪.chlamydia ,rickettsia ,‬‬
‫אריתרומיצין‪ -‬בקטריוסטטית‪ .‬נקשרת לתת היחידה הגדולה בריבוזום ומונעת התארכות של‬
‫שרשרת הפפטיד‪ .‬טווח צר! גראם חיובי ומיקופלסמה‪.‬‬
‫אמפיצילין‪ -‬בקטריוליטית‪ .‬בטא‪-‬לקטאם כמו פניצילין‪ .‬גראם חיובי וקצת שלילי‪.‬‬
‫סולפה‪ -‬בקטריוסטטית‪ .‬מונעת יצירת חומצה פולית‪ -‬מתחרה עם ‪ PABA‬על האנזים הראשון‬
‫ונקשרת אליו קוולנטית‪ .‬גראם חיובי ושלילי‪.‬‬
‫מושגים‪:‬‬
‫‪ -Lithotroph‬אנרגיה מתרכובות אנאורגניות‪.‬‬
‫‪ -Autotroph‬מייצר חומרים מזינים בעצמו‪.‬‬
‫‪76‬‬

‫הרצאה ‪ -8‬חיידקים מחוללי מחלות‪:‬‬
‫לגביי השיעור הקודם‪ .‬אמנם נאמר שקבוצות סולפה רלוונטיות רק לחיידקים‪ ,‬אך בביולוגיה אין ‪100%‬‬
‫אף פעם‪ ,‬לעתים יש סינתזת נוקלאוטידים גם בבני אדם‪.‬‬
‫אנשים אלו מרגישים רע כשהם נחשפים לסולפה‪.‬‬
‫לגביי היום‪:‬‬
‫המשך של שבוע שעבר‪ -‬חיידקים מחוללי מחלות‪.‬‬
‫ככלל‪ ,‬חיידקים מותאמים לגידול בנישות אקולוגיות ספציפיות‪.‬‬
‫לדוגמא‪:‬‬
‫‪ Escherichia coli‬מותאם לגידול במעיים‬ ‫•‬
‫‪ Thermotoga maritima‬מותאם לגידול במעיינות חמים (‪)70C‬‬ ‫•‬
‫‪ Lactococcus lactis‬מותאם לגידול בחלב‬ ‫•‬
‫‪ Helicobacter pylori‬מותאם לגידול בקיבה (‪)pH 2-3‬‬ ‫•‬
‫הנישה האקולוגית הייחודית של חיידקים מחוללי מחלות היא גוף המאכסן שלהם‪.‬‬ ‫•‬
‫חיידקים מותאמים לגידול בנישות אקולוגיות ספציפיות באופן עקרוני‪ .‬יש להם תכונות שהופכות‬
‫אותם לכאלה שיעילים באכלוס נישה מסוימת אך לא בנישה אחרת‪ .‬למשל ‪ e.coli‬מותאם לפעילות‬
‫במעיים‪ .‬קצב הגידול הגבוה שלו מאפשר שמירה יחסית יציבה על כמות חיידקים למרות שאנו‬
‫מוציאים אותם מגופנו בתדירות גבוהה‪ .‬בעצם במעיים ישנה תרבית רציפה!‬
‫חיידקים מחוללי מחלות הם מקרה פרטי‪ ,‬כאשר הנישה שלהם הוא גוף המאכסן (ובפרט גוף האדם)‪.‬‬
‫*מה שבכחול צריך לזכור*‬
‫חיידק פתוגני (‪ – )pathogen‬חיידק שעלול לגרום למחלה‬
‫פתוגניות (‪ – )pathogenesis‬היכולת לגרום למחלה‬
‫וירולנטיות (‪ – )virulence‬מידת הפתוגניות‬
‫‪ = Greek; pathos[ Pathogenesis‬מחלה‪ = genesis ,‬בריאה‪ ,‬יצירה]‬
‫איך קובעים האם חיידק הוא פתוגני או לא?‬
‫רוברט קוך היה רופא‪ ,‬רופאים היו המיקרוביולוגים הראשונים כי הם התעניינו בפתרון בעיות‬
‫זיהומיות‪.‬‬
‫‪ 4‬הפוסטולטים שלו‪ 4 ,‬קריטריונים לקביעת הקשר בין חיידק למחלה‪.‬‬
‫במידה והחיידק מקיים אותם הוא חיידק פתוגני‪.‬‬
‫למבחן‪ -‬מה הם הפוסטולטים של קוך?‬
‫החיידק נמצא בכל החולים במחלה (אך לא בבריאים)‪.‬‬ ‫‪.1‬‬
‫החיידק בודד מבע"ח חולה וגודל בתרבית הומוגנית‪ ,‬כלומר הוא גודל בתרבית כמו שאנו‬ ‫‪.2‬‬
‫מגדלים במעבדה‪.‬‬
‫‪77‬‬

‫אפשר לקחת חיידקים מהתרבית הזו ולהדביק איתם בע"ח חיים בריא (ועלולים לגרום‬ ‫‪.3‬‬
‫למחלה)‪ .‬התפתחות המחלה תלויה גם בפתוגן וגם ביכולתו של הנדבק להתגבר על המחלה‪.‬‬
‫החיידק בודד מבעלי החיים המודבקים וניתן לבודד מהם את החיידקים (ולוודא שהם אלו‬ ‫‪.4‬‬
‫החיידקים המקוריים)‪.‬‬
‫סיפור מעניין‪ -‬החיידק של האולקוס הליקובקטור פילורי‪ .‬חשבו שאולקוס נגרם מחומציות יתר של‬
‫המעי‪ .‬בא חוקר וגילה שמדובר בחיידק שגורם לאולקוס! אף אחד לא האמין לו והתנגדו לתיאוריה‬
‫שלו‪ .‬לכן הוא הדגים את ‪ 4‬הפוסטולטים של קוך על עצמו ‪ .O:‬הוא הראה שהוא נרפה ע"י‬
‫אנטיביוטיקה‪.‬‬
‫כיצד מודדים את הוירולנטיות (מידת הפתוגניות) של פתוגן?‬
‫נניח וזיהינו שחיידק הוא פתוגן‪.‬‬

‫איך נקבעת מידת הוירולנטיות‬
‫שלו?‬
‫מדד ‪,50 lethal dose -50LD‬‬

‫המינון של החיידקים שגורמת‬
‫לתמותה של ‪ 50%‬מהפרטים‬
‫המודבקים (בדרך כלל עכברים)‪.‬‬
‫ככל שהחיידק יותר וירולנטי צריך‬
‫פחות חיידקים כדי להגיע ל‪50%‬‬
‫תמותה‪.‬‬
‫הצירים –אחוז התמותה אל מול‬

‫מספר החיידקים ליחידת זמן‪.‬‬
‫יחסי גומלין של חיידקים עם גוף המאכסן‬
‫חיידקי המיקרוביוטה הטבעית‬
‫זהו נושא סבוך ומורכב‪.‬‬
‫אנו נמצאים תמיד ביחסי גומלין עם חיידקים‪ .‬יש יותר‬

‫חיידקים על גופנו מאשר תאי גוף‪.‬‬
‫החיידקים מרכיבים כמעט את כל מה שנקרא הפלורה‬

‫הטבעית (‪ )indigenous microbiota‬ויש להם חלק משמעותי‬
‫ביכולת שלנו להתמודד עם חיידקים אחרים ונגיפים‪ ,‬וקובע‬
‫הרבה על ההתנהגות שלנו‪ ,‬הריח שלנו וכו'‪.‬‬
‫בעלי חיים נמצאים במגע מתמיד עם חיידקים‬
‫במעטפת החיצונית של גוף האדם (ובכלל זה מערכת‬

‫העיכול והחלק העליון של מערכת הנשימה) ישנם יותר תאי‬
‫חיידקים מתאי הגוף כולו‪.‬‬
‫רובם נמצא במעי‪ ,‬חלקם על העור ובחלל הפה‪ .‬ניתן לראות‬

‫כמויות בציור‪.‬‬
‫‪78‬‬

‫הטבלה מציינת סוגים שונים של חיידקים במקומות שונים בגוף‪.‬‬
‫באדם בריא פנים הגוף נקי מחיידקים! אך מערכת העיכול היא חוץ הגוף (חולייתנים)‪ .‬רקמות הגוף‬
‫עצמן נקיות מחיידקים‪.‬‬
‫מערכת הנשימה חשופה במידה מסוימת לחוץ‪ .‬במערכת הנשימה יש חיידקים‪ ,‬למשל הפה‪ .‬קנה‬
‫הנשימה יש בו מעט חיידקים ובריאות אין (תפקיד של הושט למנוע הגעת חיידקים לריאות)‪ .‬חיידקים‬
‫בריאות יגרמו לדלקת ריאות‪.‬‬
‫הימצאות חיידקים בדם נקראת בקטרמיה (‪ .)bacteremia‬זה קורה רק בשלבים מתקדמים של מחלה‬
‫ונחשב למצב קריטי שעלול להוביל לספסיס (‪.)sepsis‬‬
‫יחסי סימביוזה (‪)symbiosis‬‬
‫החיידקים הללו מקיימים יחסי סימביוזה עם הגוף שלנו (החיים ביחד)‪.‬‬
‫סוגי סימביוזה‪:‬‬
‫הדדיות (מוטואליזם)‪ -‬הם מרוויחים נישה אקולוגית ואנחנו הגנה למשל‪ .‬גם המאכסן וגם ה"דייר"‬
‫יוצאים נשכרים‪.‬‬
‫קומנסליזם‪ -‬האחד נהנה והשני אינו נפגע‪.‬‬
‫פרזיטיזם‪ -‬האחד נהנה והשני נפגע‪ .‬חיידקים פתוגנים הם פרזיטים!‬
‫חיידקים פתוגנים הם פרזיטים שיחסיהם עם המאכסן מתאפיינים בהתפתחות מחלה‬
‫פתוגנים אובליגטורים הם כאלה שהדרך יחידה שלהם להיות בגוף היא על ידי גרימת מחלה‪.‬‬
‫קבוצה ‪ :1‬אופורטוניסטים‪ .‬חלק מהמיקרוביוטה הטבעית‪ .‬בד"כ לא מזיקים‪ ,‬אך כשהגוף חלש הם‬
‫פולשים למקומות שלא אמורים להיות בהם‪.‬‬
‫*הפוסטולט הראשון של קוך אומר שחיידק פתוגני נמצא בבני האדם החולים אך לא בבריאים‪ -‬לא‬
‫נכון לאופורטוניסטים!‬
‫‪79‬‬

‫התיקון‪ :‬החיידקים הפתוגנים ימצאו באיברים החולים אך לא בבריאים‪.‬‬
‫למשל סטפילוקוקוס בדם הוא פתוגן‪ ,‬אך נמצא על העור תמיד לא כפתוגן‪.‬‬
‫סטרפטוקוקוס גורם ל‪ 95%‬ממקרי דלקת הריאות‪.‬‬
‫מערכת הגוף נמצאת תמיד במלחמה עם חיידקי המיקרובקטריה הטבעית כדי לשמור שיישארו בגבול‬
‫הנכון שלהם!‬
‫בד"כ באדם בריא הכול במקום אך בחולה יש נסיגה של מערכת החיסון והחיידק יכול להפוך לפתוגן‪.‬‬
‫החיידק פנאומוניה ימצא בריאות של אדם חולה אך לא בריאות של אדם בריא‬
‫‪ – Staphylococcus aureus‬אחד הפתוגנים הנפוצים ביותר באדם‪ .‬נמצא באופן טבעי ברוב אזורי הגוף‬
‫החשופים לחמצן‪.‬‬
‫‪ – Streptococcus pneumoniae‬שוכן קבע בחלל הפה ובחלק העליון של מערכת הנשימה בחצי‬
‫מאוכלוסיית בני האדם‪ .‬גורם לדלקת ריאות (‪ )pneumonia‬כאשר הוא מגיע לחלק התחתון של‬
‫מערכת הנשימה‪ .‬אחראי ל ‪ 95%‬ממקרי דלקת הריאות ממקור חיידקי‪.‬‬
‫מערכת החיסון פועלת באופן מתמיד על מנת לשמור את המיקרוביוטה הטבעית בגבולותיה‬
‫כשאנו לוקחים אנטיביוטיקה‪ ,‬שיעילה נגדם‪ ,‬וגם במערכת חיסון בריאה‪ ,‬יש השמדה של החיידקים‬
‫שלא במקום וישנה חזרה למצב הטבעי‪.‬‬
‫קבוצה ‪ :2‬אובליגטורים‪ .‬אלה אינם נמצאים בגוף המאכסן‪ ,‬אלא באסוציאציה עם מחלה‪ .‬אלו הם‬
‫חיידקים שנמצאים בגוף רק של אדם חולה‪ .‬למשל סלמונלה‪.‬‬
‫הם אינם חלק מהמיקרוביוטה הפנימית שלנו‪.‬‬
‫‪ – Salmonella typhi‬אינה חלק‬

‫מהמיקרוביוטה הטבעית! גורמת לטיפוס‬
‫(קלקול קיבה חריף)‪.‬‬
‫‪ – Mycobacterium tuberculosis‬חיידק‬
‫השחפת‪ .‬אינו חלק מהמיקרוביוטה הטבעית!‬
‫סכמה של פתוגניות חיידקית‪>-‬‬
‫‪80‬‬

‫התפתחות המחלה היא תופעת לוואי ובעלת משמעות מנקודת המבט של המאכסן‪ ,‬אך לא בהכרח‬
‫של החיידק‬
‫החיידק צריך איכשהו להתיישב על הרקמות ולפעמים אפילו להיכנס לפנים הגוף‪.‬‬
‫אך ללא היכולת שלהם להתרבות הם לא יכולים להתפתח‪.‬‬
‫חיידקים פתוגניים מצוידים במנגנוני אלימות (‪ )virulence mechanisms‬שמאפשרים את שלושת‬

‫השלבים הללו‪.‬‬
‫קולוניזציה‬ ‫•‬
‫פלישה לרקמות ו‪/‬או לתוך תאי המאכסן‬ ‫•‬
‫התמודדות עם מערכת החיסון של המאכסן‬ ‫•‬
‫נשתמש בחיידקים הללו להדגמת העקרונות הללו‪.‬‬
‫הנזק שעושים הטוקסינים הוא מה שנקרא מחלה‪.‬‬
‫במקרים רבים מנגנוני האלימות כוללים הפרשת רעלנים (‪ )toxins‬הגורמים נזק רב למאכסן‪.‬‬
‫קולוניזציה‬
‫‪ 2‬סוגי קולוניזציה‪:‬‬
‫הצמדות לא ספציפית לרקמה‪ -‬לא אומר שזה לא יעיל‪ .‬מבוססת על אינטראקציות הידרופוביות‬
‫ואלקטרוסטטיות‪.‬‬
‫הצמדות ספציפית‪ -‬הטבע המציא רצפטורים כדי לקלוט הורמונים‪/‬סוכרים וכו'‪ ,‬והחיידקים לפעמים‬
‫מנצלים את הרצפטורים האלו ומחקים את פעילות הסובסטרט כדי להקשר לרצפטור‪.‬‬
‫היצמדות ספציפית‪adhesins :‬‬
‫המולקולות שהחיידקים יודעים לבטא להצמדות נקראות‬

‫אדהזינים‪.‬‬
‫הקישור הזה אינו קוולנטי אבל הוא בד"כ קישור באפיניות מאוד‬
‫גבוהה‪ ,‬ולכן אינו הפיך‪.‬‬
‫קישור החיידק אל הקולטנים מתבצע בתיווך ‪- adhesins‬‬

‫מקרומולקולות המבוטאות על פני מעטפת החיידק‬
‫קישור בין קולטן ל ‪ adhesin‬מבוסס על התאמה מרחבית ( ‪lock‬‬

‫‪)and key‬‬
‫ההתאמה זו קובעת את הספציפיות של החיידק למין (‪)species‬‬
‫המאכסן ולרקמת המאכסן‬
‫הקשר בין ה ‪ adhesin‬לקולטן אינו קוולנטי‪ ,‬אך האפיניות ביניהם גבוהה מאד (כתוצאה מן ההתאמה‬
‫המרחבית) וכתוצאה מכך הסיכוי לניתוק החיידק מן התא המאכסן נמוך מאד בתנאים פיסיולוגיים‬
‫‪81‬‬

‫אנטיביוטיקות קלאסיות פוגעות במנגנונים הכרחיים לחיים של החיידק‪ .‬אנטיביוטיקות מודרניות‬

‫יכולה לגרום לאי ביטוי של אדהזינים בלי לפגוע בחיידק‪ .‬כך‪ ,‬רק בתוך הגוף זה יבוטא בכך שהחיידק‬
‫לא יוכל להדביק אותנו במחלה בעוד שבמבחנה לא יקרה לו כלום‪.‬‬
‫דוגמאות‪:‬‬
‫אדהזינים מהווים ‪( pili‬שערות)‪ ,‬לרוב נקשרים לשיירי ‪ .d-manose‬חיידקים‬

‫רבים מבטאים על פני המעטפת סוגים שונים של ‪( pili‬רבים של ‪)pilus‬‬
‫ובשמם האחר‪ .fimbriae :‬אלה הם אוליגומרים חלבוניים באורך של‬
‫מיקרומטרים בודדים ובקוטר של ‪ 3-10‬ננומטר‪.‬‬
‫חלקם מתפקד כ ‪.adhsins‬‬
‫למשל‪ Type-I fimbriae ,‬של ‪ E. coli‬ושל ‪ Salmonella enterica‬קושרים שיירי ‪D-‬‬

‫‪( manose‬סוכר) על פני תאים אאוקריוטים‪.‬‬
‫חלבונים בעלי יכולת קישור לסוכרים נקראים בשם הכללי לקטינים (‪.)lectins‬‬
‫חיידקי השעלת (‪ )Bordetella pertusis‬מבטאים על פני מעטפת התא חלבון‬

‫סיבי בשם ‪.hemagglutinin‬‬
‫‪ hemagglutinin‬קושר באפיניות גבוהה גליקוליפיד (‪ )glycolipid‬בשם‬
‫‪.sulfatide‬‬
‫כיוון שמולקולות ‪ sulfitide‬מצויות בשכיחות גבוהה על פני תאי‬

‫‪ cilia‬במערכת הנשימה‪ B. pertusis ,‬מדביק תאים אלה באופן‬
‫סלקטיבי‪.‬‬
‫חיידקים בשקופית זו מבטאים חלבון בשם המגלוטמין שקושרים‬

‫גליקוליפיד בשם סולפטיד‪ .‬הגליקוליפיד לא מבוטא באותה‬
‫השכיחות בכל התאים‪ ,‬הוא מבוטא בעיקר בתאי הסילייה‪,‬‬
‫שמונעים כניסה של אבק‪ .‬החיידק מאכלס את תאי הסילייה‬
‫ומפריע להם לתפקד‪ ,‬כך שגורם לשיעול אופייני‪.‬‬
‫גמרנו עם אדהזיה‪.‬‬
‫פלישה‪ -‬כדי שחיידק יצליח לפלוש מהחוץ לפנים‪ ,‬או ממערכת העיכול לפנים הגוף עליו לפרק רקמות‬
‫חיבור‪.‬‬
‫‪invasion‬‬
‫על מנת לפלוש לרקמות המאכסן‪ ,‬רבים מן החיידקים הפתוגנים מפרישים חלבונים השייכים לקבוצת‬
‫ה ‪.invasins‬‬
‫אלה הם אנזימים הגורמים נזק לתאי המאכסן ומאפשרים את חדירת החיידק מן החוץ אל הפנים‪,‬‬
‫ולאחר מכן את התפשטות החיידק בגוף המאכסן‪.‬‬
‫לקבוצת ה ‪ invasins‬שייכים טוקסינים ופקטורי התפשטות‪ .‬השקפים הבאים דנים בסוגים אלה‪.‬‬
‫‪82‬‬

‫פקטורי התפשטות (‪)spreading factors‬‬
‫אנזימים המפרקים רקמת חיבור (‪ )intracellular matrix‬ומאפשרים לחיידק להתפשט בין תאי‬
‫המאכסן‬
‫רקמת החיבור מורכבת מרשת של סיבים חלבוניים ופחמימניים‪.‬‬
‫בין השאר‪ ,‬מורכבת רקמת החיבור מפולימרים של ‪ hyaluronic acid‬ושל ‪( collagen‬החלבון הנפוץ‬
‫ביותר ברקמת החיבור)‪.‬‬
‫רקמת החיבור מורכבת מקולגן הנפוץ וגם מהיילורוניק אסיד‪ .‬ישנם חיידקים שמפרישים קולוגנאז‬
‫והיילורונידאז‪.‬‬
‫‪ – Collagenase‬אנזים המפרק קולגן‪ .‬מופרש על ידי חיידקים ממשפחת ה ‪.Clostridiae‬‬
‫‪ – Hyaluronidase‬אנזים המפרק ‪ .hyaluronic acid‬מופרש על ידי ‪ Streptococci‬ו‪.Staphylococci-‬‬
‫‪ Streptococcus pyogens‬מפריש ‪ .hyaluronidase‬ללא טיפול נאות וכאשר מערכת החיסון מוחלשת‬

‫מסוגל חיידק זה להתקדם במהירות בגוף תוך כדי עיכול רקמת חיבור‪.‬‬
‫בשל כך זכה חיידק זה לכינוי "החיידק הטורף"‪.‬‬
‫למרות הכינוי המבהיל‪ ,‬מערכת החיסון באדם בריא מתמודדת עם חיידק זה‬
‫בהצלחה רבה‪ .‬בנוסף‪ ,‬טיפול אנטיביוטי יעיל מאד כנגדו‪.‬‬
‫אחד המפורסמים הוא החיידק הטורף שמפריש היולורונידאז שמפריש אותו מאוד מהר ולכן יכול‬
‫להיכנס לגוף מהר‪ .‬ייקרה רק באדם בעל מערכת חיסון מאוד מוחלשת‪ .‬אדם בריא מתמודד איתו‬
‫מעולה‪ .‬באדם בריא שהותקף בחיידק זה לא תהיה הדבקות חמורה‪ .‬מערכת החיסון פועלת בהצלחה‬
‫מסחררת נגד פתוגנים!‬
‫הפרשת רעלנים‬
‫החיידקים מפרישים רעלנים למטרות שונות‪ .‬רעלנים הם מולקולות שגורמות לאפקט טוקסיני בגוף‬
‫שלנו‪ 2 .‬קבוצות‪:‬‬
‫‪ )1‬אנדוטוקסין‪ -‬אלה הן מולקולות המהוות חלק בלתי נפרד מתא החיידק ופוגעות במאכסן‪)LPS( .‬‬
‫אותו החלק באאוטר ממבריין של חיידקים גראם שלילים (מהשיעור השני)‪ .‬הגוף מגיב בחריפות‬
‫רבה ל‪.LPS‬‬
‫זה מוביל מהר מאוד לספסיס‪ .‬לאו דווקא חיידק וירולנטי או פתוגני יכניס את זה לגופנו (למשל ‪)e.coli‬‬
‫‪ )2‬אקסוטוקסין‪ -‬רעלנים אלה הם לרוב אנזימים הגורמים נזק למאכסן ופעמים רבות אחראים‬
‫לסימפטומים של המחלה‪ .‬חיידקים מייצרים אותם כדי "לגרום לנו למחלה"‪ .‬בפועל זה כדי לבצע‬
‫פעילות שקשורה לפתוגניות שלהם‪.‬‬
‫הרעלן המוכר ביותר‪ :‬ויבריו כולרע‪.‬‬
‫זהו חיידק מימי גראם שלילי עם שוטון שגורם למחלת מעיים חריפה‪ -‬שלשול שיכול לגרום למוות‬
‫בגלל חוסר מים בשלשול‪ -‬משהו כמו ‪ 4‬ליטרים בשעה!‬
‫לסימפטומים המאוד חריפים גורם הרעלן שמופרש ע"י החיידק‪.‬‬
‫הזיהום מגיע בד"כ ממי שתייה מזוהמים (שקופית ממלחמת המפרץ הראשונה)‪ .‬בתמונה שבמצגת‬
‫הכולרע רודפת אחרי העיראקי‪.‬‬
‫‪83‬‬

‫למה אחרי מלחמת המפרץ (היו עוד הרבה מגיפות כולרע בעולם)? הם שותים מהפרת והטורקים‬
‫הקימו סכר שמאט את הפרת ומאפשר את גידול החיידק‪.‬‬
‫רעלן הכולרה‬
‫הכולרע מתקיים גם במקווי מים וגם בגוף שלנו‪ .‬הוא חשוף ליותר נוטריינטים במעיים שלנו‪ .‬יכולתו‬
‫להתרבות עולה בעשרות מונים שם‪.‬‬
‫רעלן הכולרע‪ -‬מורכב מ‪ 3‬חלקים‪:‬‬
‫‪ B5‬שהוא הטרומר של ‪ 5‬תת יחידות‪.‬‬
‫‪ 1A‬ו‪.2A -‬‬
‫כל החלקים מורכבים יחדיו ליצירת הרעלן השלם‬

‫(טוקסין)‪.‬‬
‫הרעלן נקשר לקולטן ספיציפי בתאי המעי שלנו‪ .‬יש‬

‫חיקוי והתאמה לקולטן הזה‪ .‬כתוצאה מהקישור יש‬
‫אינטרנ ליזציה של הרעלן בוסיקולה כזאת‪ .‬בעזרת‬
‫וסיקולר טרנספורט זה מגיע לגולג'י ומשם ל‪.ER‬‬
‫ברשתית האנדופלסמתית זה מתפרק ומשתחררת‬
‫יחידת ‪ 1A‬לציטופלזמה‪ .‬שם הוא מבצע את הפעילות‬
‫הרעילה שלו‪ ,‬שהיא הפעלה של אדנילאז ציקלאז‬
‫(האנזים שמייצר ‪.)cAMP‬‬
‫תפקיד ‪ 5B‬להיקלט ברצפטור ותפקיד ‪ 2A‬להחזיק את‬

‫‪ 1A‬בתוך ‪.5B‬‬
‫‪ cAMP‬ו‪Adenylyl cyclase -‬‬
‫‪)cyclic adenosine monophosphate( cAMP‬‬
‫שחקן מרכזי בהעברת אותות תוך תאיים בכל היצורים החיים‬
‫יש לו תפקיד מרכזי בהעברת אותות‪ .‬תת היחידה ‪A1‬‬

‫מאקטבת את האנזים הזה‪.‬‬
‫האנזים לוקח את החמצן של הפוספאט ומחבר אותו ל‪OH‬‬

‫אחר‪ ,‬יוצר מולקולת מים‪ ,‬והקשר גורם ליצירת טבעת‪.‬‬
‫)‪AMP (adenosine monophosphate‬‬
‫‪84‬‬

‫)‪cAMP (cyclic adenosine monophosphate‬‬
‫‪ cAMP‬משפיע מאוד על התא ויש עליה בקרות רבות‪.‬‬
‫‪ adenylyl cyclase‬הוא אנזים טרנס ממבראנלי ואתר הפעיל שלו נמצא בציטופלסמה‪.‬‬
‫האנזים מקושר לרצפטור שמגיב לאותות מבחוץ‪.‬‬

‫אדניליל ציקלאז חש באותות הרצפטור ומגיב ליצירת‬
‫‪ .cAMP‬זאת בעזרת מתווך‪ .protein G -‬האנזים בד"כ לא‬
‫פעיל אלא אם הוא קושר ‪ G protein‬שקשור ל‪.GTP‬‬
‫הרצפטור מקבל אות – ‪ G‬פרוטאין מעכב אדניליל‬
‫ציקלאז‪ -‬אדניליל ציקלאז מסנתז ‪ .cAMP‬זה לא קורה‬
‫להרבה זמן כי ‪ GTP‬הופך ל ‪.GDP‬‬
‫מה עושה הטוקסין של כולרע? מונע הידרוליזה ל‪.GTP‬‬
‫נוצר סיגנאל‪-‬ה‪ G‬פרוטאין קושר ‪ -GTP‬מאקטב אדניליל‬

‫ציקלאז‪ -‬המצב נשמר לאורך זמן‪ -‬נוצר מלאאאאא‬
‫‪.cAMP‬‬
‫מנגנון זה יוצר חלון זמן קצר מאד שבו ‪ AC‬פעיל (כל עוד ה ‪ G protein‬טעון ב ‪.)GTP‬‬
‫כל עוד נמשך הסיגנל החוץ‪-‬תאי‪ ,‬נוצרים חלונות זמן נוספים לפעילות ‪ .AC‬כשפוסק הסיגנל‪ ,‬פוסקת‬
‫גם פעילותו של ‪.AC‬‬
‫עלייה בריכוז ה ‪ cAMP‬בתאי המעי הדק משפעל תעלות ממברנליות המאפשרות בריחה מאסיבית‬
‫של יוני כלור מפנים התא אל חלל המעי‪.‬‬
‫בתגובה לכך‪ ,‬יוני נתרן ומים יוצאים מן התאים בניסיון ליצור איזון אוסמוטי‪.‬‬
‫את המחסור התוך‪-‬תאי במים ובאלקטרוליטים משלימים תאי המעי מזרם הדם‪.‬‬
‫למעשה‪ ,‬הופכים תאי המעי המודבקים למשאבות המרוקנות את הגוף ממים ומאלקטרוליטים‪.‬‬
‫‪85‬‬

‫הטיפול המיידי לנפגעי כולרה הוא עירוי נוזלים (אינפוזיה)‪ .‬שתיית נוזלים אינה מועילה(!)‪ ,‬כיוון שתאי‬
‫המעי אינם במצב ספיגה‪.‬‬
‫הביטוי הכי גדול הוא שפעול תעלות כלור‪ .‬התא זורק‬

‫כלור‪ -‬מאבד מומסים והמטען מתערער‪ .‬כיוון שמאזן‬
‫המומסים והיונים מתערער התא מנסה לתקן‪ ,‬הוא‬
‫משווה את המטען על ידי פליטת נתרן‪ .‬כדי לאזן את‬
‫המומסים הוא מוציא מים החוצה‪ .‬יצא כלור‪-‬ירד‬
‫ריכוז המומסים בתא‪ -‬זורק מים החוצה‪.‬‬
‫בתאים שליד יש הרבה מים‪ ,‬התאים עוברים דיפוזיה‬

‫לתוך תאי המעי‪ ,‬אשר מתפקדים כמשאבות‬
‫שפולטות מים לחלל המעי כל הזמן‪ .‬הסימפטום הוא‬
‫שלשול חריף‪ ,‬כמויות אדירות של מים‪ .‬חולי כולרע‬
‫עלולים למות מהתייבשות‪.‬‬
‫דרך ההתמודדות אינה שתייה מרובה‪ ,‬תאי המעי לא במצב ספיגה‪.‬‬
‫התמודדות יעילה עם הכולרע‪ -‬אינפוזיה‪.‬‬
‫מה הרוויח החיידק מהרעלן? מה חשוב לו?‬
‫הוא יצר את הטוקסין כדי להפיץ את עצמו ולמצוא מאכסן חדש‪.‬‬
‫אופורטוניסטים בונים על כך שלא יזרקו אותם מהגוף‪.‬‬
‫הטכניקה השנייה של חיידקים שפוגעים במאכסן שלהם היא כזו שמשמשת להפצה עצמית למאכסן‬
‫הבא‪.‬‬
‫ישנם חיידקים שמשתמשים ב‪ 2‬הטכניקות‪ -‬למשל שחפת‪ ,‬לרוב רדום (שליש מאוכלוסיית העולם‬
‫נושאת חיידק לשחפת‪ ,‬לא בישראל)‪ .‬ברגע שמתפתחת המחלה נוצר שיעול‪.‬‬
‫במקומות שיש את הכולרע קשה מאוד להימנע מהחיידק‪ ,‬שמלכתחילה פרץ במקום שבו רמת‬
‫ההיגיינה נמוכה יחסית‪.‬‬
‫רעלנים נוספים‪:‬‬
‫‪ )1‬הבוטולינום (‪ -)BTX‬החיידק קלוסטרינום גראם חיובי אנאירובי שיוצר ספורות‪ .‬הרעלן הוא‬
‫נוירו טוקסין‪ .‬מעכב את יכולת אצטיל חולין לגרום לכיווץ שרירים‪ ,‬כלומר בנוכחותו רפיון‬
‫שרירים‪ .‬במערכת הנשימה גורם למוות‪.‬‬
‫‪86‬‬

‫זהו גם הבוטוקס‪ -‬גורם לאי יכולת להראות הבעות‬

‫פנים‪ .‬מזריקים אותו למצח בדרך כלל במינון נמוך‬
‫מאוד‪ .‬הוא אחד‬
‫הטוקסינים הכי פוטנטים‬
‫(חזקים‪ ,‬בעלי השפעה‬
‫חזקה במינון נמוך)‪.‬‬
‫‪ )2‬טטנוס‪ -‬קלוסטרידיום טטני‪ ,‬גראם חיובי אנאירובי ויוצר ספורות‪" .‬אל תדרכו על מסמר חלוד"‪.‬‬
‫בחול יש ספורות של קלוסטרידיום טטני‪ .‬הן נובטות בעור כף הרגל‪ ,‬כי עור זה הוא עבה ולא‬
‫מגיעים אליו כלי דם‪ -‬הוא אנאירובי ומאפשר התפתחות החיידק שמפריש את הטוקסין‪ .‬הטוקסין‪-‬‬
‫גורם להתכווצות בלתי פוסקת של השרירים‪.‬‬
‫‪87‬‬

‫ציור של חייל סובל מטטנוס‪.‬‬
‫החיסון שאנו מקבלים הוא למעשה רעלן‬

‫לא פעיל שמוזרק לדם‪ .‬מערכת החיסון לא‬
‫נפגעת מהרעלן אך מזהה אותו כגוף זר‬
‫ומתפתחת אליו תגובה חיסונית‪ .‬אם אנו‬
‫נדבקים בדבר האמיתי מערכת החיסון‬
‫משתלטת על הרעלן ומנטרלת אותו‪ .‬היא‬
‫לא פוגעת בהכרח בחיידק!‬
‫‪ Clostridium tetani‬הוא חיידק אנאירובי‬

‫יוצר ספורות הנמצאות לרוב בעפר ואלה‬
‫עלולות לחדור לגוף לאחר פציעה‪.‬‬
‫חיסון כנגד טטנוס הוא למעשה רעלן בלתי פעיל הניתן לילדים כחלק‬
‫מחיסון ה ‪ DTP‬המשולש (דיפטריה‪ ,‬טטנוס‪ ,‬פרטוסיס)‬
‫‪Clostridium difficile )3‬‬
‫גראם חיובי יוצר ספורות‪ ,‬יכול להשתקע בריאות האדם‪.‬‬
‫המחלה שהוא מעורר היא ‪ ,CDAD‬שלשול שמשויך לחיידק‪ .‬מי שאחראי למחלה טוקסין ‪ A‬וטוקסין ‪B‬‬
‫שמעכבים ‪ ,GTPase‬פחות נחקר מהכולרע אז פחות ידוע‪.‬‬
‫נפגעים במיוחד אנשים שטופלו באנטיביוטיקה! נכנס אדם עם פצע ביד או ברגל לבית חולים (עם‬
‫מערכת מוחלשת אחרת לא היה צריך בית חולים) ומטופל מיד באנטיביוטיקה‪ .‬אם מערכת החיסון לא‬
‫חזקה צריך הרבה זמן אנטיביוטיקה‪ .‬גם המיקרוביוטה שלנו נפגעת ולחיידק יש אפשרות בעזרת‬
‫ספורות (המשונעות במערכת האוורור לרוב) ומתיישב בגוף שם כמות החיידקים נמוכה יחסית למתי‬
‫שנכנסו לבית החולים‪ .‬האדם משלשל מאוד וזה מחליש את האדם מאוד‪.‬‬
‫פגיעים במיוחד אנשים שעברו טיפול אנטיביוטי ממושך‪.‬‬

‫במקרים אלה‪ ,‬נפגעת המיקרוביוטה הטבעית‪ ,‬דבר המאפשר‬
‫ל‪ C. diff -‬להתיישב במעיים‪.‬‬
‫מסתבר שפתרון הוא השתלת צואה‪ .‬לוקחים צואה מתורם‬

‫ומשתילים למעי של חולה‪.‬‬
‫צואה מאדם בריא מושתלת במעיים של חולה על מנת לשקם‬

‫את המיקרוביוטה הטבעית של המעי וע"י כל לדחוק את‬
‫חיידקי ה‪ C. diff -‬האלימים‪.‬‬
‫הפלורה הטבעית שלנו דוחקת טוב את החיידקים הללו‪ .‬אך הטיפול חודרני ופחות אהוב‪.‬‬
‫‪88‬‬

‫פתרון אחר הוא בידוד חיידקים לכדור ונותנים לחולים המשלשלים‪ .‬לא ברור אם זהו פתרון טוב כמו‬
‫הפתרון הקודם‪ .‬מסתבר שאם מכניסים מספר מינים שהמעיים זו הנישה שלהם הם דוחקים את‬
‫החיידק החוצה‪.‬‬
‫התמודדות פתוגנים עם מערכת החיסון‬
‫התמודדות עם מערכת החיסון‪:‬‬
‫למערכת החיסון תאים בולעניים‪ ,‬נוגדנים ומערכת המשלים‪.‬‬
‫*מומלץ ללכת לאימונולוגיה*‪.‬‬
‫התמודדות עם התאים הבולעניים‪ :‬התאים הבולעניים מזהים את הגורם הזר ומתרבים שם‪ ,‬מה‬
‫שגורם לאדמומיות‪ .‬חיידק שלא מתמודד עם התקיפה לא יתמודד עם מערכת החיסון‪.‬‬
‫‪89‬‬

‫פאגוציטוזה‪ -‬חיידק נצמד לתא‬

‫הבולען‪ ,‬נכנס לפאגוזום‪ ,‬הפאגוזום‬
‫מפריש חומצה‪ ,‬הפאגוזום מתאחד עם‬
‫הליזוזום ויש החמצה נוספת‬
‫שממשיכה לליזיס של החיידק‪.‬‬
‫פתוגנים מתמודדים עם פאגוציטוזה‬

‫באחת משלוש דרכים‪:‬‬
‫הימנעות ממגע עם תאים‬ ‫‪.1‬‬

‫בולעניים‬
‫עיכוב הבליעה‬ ‫‪.2‬‬
‫הישרדות בתוך התא הבולע‬ ‫‪.3‬‬
‫הימנעות ממגע עם תאים בולעניים‬
‫תאים בולעניים מזהים חיידקים על פי נוכחות מולקולות "חיידקיות" הנמצאות על דופן החיידקים‪.‬‬
‫אלה כוללים מרכיבים ב ‪ ,LPS‬חומצה טיכואית‪ ,‬אוליגוסוכרים הנמצאים על מעטפת החיידק ועוד‪.‬‬
‫פתוגנים רבים עטופים בקפסולה פוליסכרידית (‪)polysaccharide capsule‬‬

‫המסתירה את האנטיגנים החיידקיים‪ .‬בנוסף‪ ,‬לעיתים קרובות הקפסולה היא בעלת‬
‫הרכב כימי דומה מאד לזה הקיים בפוליסכרידים של רקמות המאכסן ואז היא לא‬
‫מזוהה על ידי התאים הבולעניים‪.‬‬
‫דרך נוספת להימנע ממגע עם תאים בולעניים היא להחליש את התגובה החיסונית‪.‬‬
‫המערכת שלנו מזהה חלבונים טוב אך לא סוכרים‪ .‬החיידק מתעטף בסוכרים והתא‬
‫הבולע לא רואה חלבונים של החיידק‪.‬‬
‫עיכוב הבליעה‬
‫אחדים מן הפתוגנים מבטאים מולקולות אשר‪ ,‬לאחר מגע עם תא בולען‪ ,‬מונעות את בליעת החיידק‪.‬‬
‫פתוגנים אחרים מונעים בליעה על ידי הרג הפאגוציט‪.‬‬
‫‪ ,Streptococcus pyogenes‬הפתוגן האחראי למרבית דלקות הגרון‪ ,‬מפריש את הרעלן ‪– streptolysin‬‬

‫חלבון הנקשר לגליקוגן בממברנות תאי המאכסן ויוצר תעלה‪ .‬יעיל במיוחד כנגד תאי דם לבנים – בהם‬
‫הוא גורם לזליגה של תכולת הליזוזום לתוך התא ועקב כך להרג התא‪.‬‬
‫ברגע שיש מגע והתא הבולען מנסה לבלוע החיידק משחרר חומר לפיצוץ התא הבולע‪.‬‬
‫‪( Hemolysins‬המוליזינים) – רעלנים המפוצצים כדוריות דם אדומות‬
‫‪( Leukolysins‬לאוקוליזינים) – רעלנים המפוצצים תאי דם לבנים‬
‫‪90‬‬

‫הישרדות בתוך התא הבולע‬
‫לאחר פאגוציטוזה‪ ,‬יושמד הפתוגן אם לא יצליח להתחמק מעיכול‬

‫ליזוזומלי‪.‬‬
‫ידועים מס' מנגנונים‪:‬‬
‫יציאה מן הפאגוזום אל הציטופלסמה‪.‬‬ ‫‪.1‬‬
‫מניעת החמצה (‪ )acidification‬של הפאגוזום‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫מניעת איחוי הפאגוזום עם הליזוזום‪.‬‬ ‫‪.3‬‬
‫בכל השלבים אפשר לנטרל את התהליך‪ .‬למשל בריחה‬

‫מהפאגוזום לתוך בציטופלסמה‪ .‬אפשר למנוע החמצה של‬
‫הפאגוזום‪ ,‬או מניעת איחוי הפאגוזום והליזוזום‪.‬‬
‫התמודדות עם נוגדנים‬
‫חיקוי אנטיגנים של המאכסן (‪)molecular mimicry‬‬
‫פתוגן יזוהה ביעילות נמוכה אם האנטיגנים המוצגים על פני המעטפת שלו דומים מאד לאנטיגנים של‬
‫המאכסן‪.‬‬
‫הסוואה‬
‫כיוון שנוגדנ ים יעילים מאד בזיהוי חלבונים אך הרבה פחות בזיהוי סוכרים‪ ,‬קפסולה פוליסכרידית‬
‫מפחיתה את הסיכוי לזיהוי על ידי נוגדנים‪ .‬בנוסף‪ ,‬לעיתים הקפסולה היא בעלת הרכב כימי דומה מאד‬
‫לזה הקיים בפוליסכרידים של רקמות המאכסן ואז הסיכוי לזיהוי נמוך עוד יותר‪.‬‬
‫הקפסולה מגינה על החיידקים‪.‬‬
‫הפרעה מרחבית לקישור נוגדנים‬
‫החיידק ‪( Staphylococcus aureus‬פתוגן אופורטוניסטי) מבטא על פני המעטפת שלו‬

‫חלבון בשם ‪ .Protein A‬חלבון זה קושר את הקצה ה‪ Fc -‬של הנוגדנים ובכך יוצר‬
‫הפרעה מרחבית לתקיפתו על ידי נוגדנים אחרים‪.‬‬
‫‪ Streptococcus pyogenes‬מבטא על פני המעטפת שלו חלבון בשם ‪ Protein G‬ולו‬

‫תכונות דומות‪.‬‬
‫סטפילוקוקוס מבטא חלבון ‪ PROTEIN A‬שקושר את הנוגדן הפוך ומציג על פני הממברנה עץ נוגדנים‬
‫שמפריעים לנוגדנים אחרים להקשר לחלבון הזה‪.‬‬
‫ניתן לשקע בעזרתו בביוטכנולוגיה את האנטיגן‪.‬‬
‫המנעות ממגע עם נוגדנים‬
‫חלק מן הפתוגנים פולשים לסביבה שאליה הנוגדנים אינם יכולים להגיע‪ .‬הדוגמא הטובה ביותר לכך‬
‫היא התרבות הפתוגן בתוך תאי המאכסן‪.‬‬
‫‪91‬‬

‫הפתוגן ‪ Listeria monocytogenes‬תוקף דרך מערכת‬

‫העיכול‪ ,‬לאחר אכילת מזון נגוע‪.‬‬
‫בפרטים בעלי מערכת חיסון חלשה מצליח הפתוגן לחדור‬

‫לתאי המעי ומשם להתפשט לתאים אחרים‪ ,‬לזרם הדם‬
‫(‪ )sepsis‬ולמח‪.‬‬
‫‪ Listeria‬מתרבה בתאי המאכסן ומשתמשת באקטין‬

‫הנמצא בתאים כדי לנוע בהם ומתא אחד למשנהו‪.‬‬
‫ליסטריה מצליח לטייל חופשי בציטופלסמה של התא‪.‬‬
‫שם הנוגדן לא יתפוס אותו! הנישה שלהם היא תא‬

‫המאכסן‪ -‬פתוגן אינטרה‪ -‬צלולריים‬
‫‪Salmonella – induced internalization‬‬
‫חיידקי ‪ Salmonella‬שייכים למשפחת חיידקי המעיים (‪ )Enterobacteriace‬וידועים‬

‫כגורמי מחלות מעיים קשות‪.‬‬
‫קיימים מספר מינים‪ ,‬אך הנפוץ ביותר הוא ‪ Salmonella enterica‬ולו מספר תבדידים‬
‫(‪ )serovars‬אלימים‪ .‬התבדיד האלים ביותר נקרא ‪.S. enteritica ser. typhi‬‬
‫כ ‪ 17‬מיליון בני אדם נתקפים על ידי ‪ Salmonella‬מדי שנה‪ .‬כ ‪ 600,000‬מתים‪ .‬מועדים‬
‫לפורענות אזורים נחשלים‪.‬‬
‫חיידקי ‪ Salmonella‬תוקפים את תאי המעי הדק ומפרישים טוקסין הגורם לתאי המעי להפריש מים‬
‫ואלקטרוליטים במידה מוגברת וקיצונית‪ .‬כאשר הסימפטומים אינם חריפים‪ ,‬נקראת המחלה‬
‫‪.Salmonellosis‬‬
‫במקרים קשים יותר‪ ,‬חודרים חיידקי ה ‪ Salmonella‬אל מערכת הלימפה והדם ומשם לאיברים שונים‪.‬‬
‫אז המחלה קשה הרבה יותר ונקראת ‪.Typhoid‬‬
‫חיידקי ‪" Salmonella‬מזריקים" אפקטור חלבוני (‪ )SPI-1‬הגורם לפלמור אקטין סביב החיידק ולהכנסתו‬
‫לפנים התא‪.‬‬
‫המזרק שנוצר ‪ .TYPE 3 SECRETION SYSTEM‬התא מזריק חלבונים‪.‬‬
‫המזרק שנוצר ‪ .TYPE 3 SECRETION SYSTEM‬התא מזריק חלבונים‪.‬‬
‫‪92‬‬

‫המזרק שנוצר ‪.TYPE 3 SECRETION SYSTEM‬‬

‫התא מזריק חלבונים‪.‬‬
‫הזרקת האפקטור על ידי ‪ Salmonella‬לתא‬

‫המטרה מתבצע על ידי קומפלקס חלבוני גדול‬
‫הנקרא ‪.)TTSS( Type III secretion system‬‬
‫חיידקים פתוגניים רבים משתמשים ב ‪ TTSS‬על‬

‫מנת לפגוע בתאי המטרה שלהם באמצעות‬
‫אפקטורים שונים ו‪/‬או טוקסינים‪.‬‬
‫לפיכך‪ TTSS ,‬נחשב ל ‪.virulence factor‬‬
‫טיפוהיד מרי‪ -‬בנקאי בארה"ב יצא לחופשה עם משפחתו ושכר דירה ושכר צוות של מנקים וטבחים‪.‬‬
‫מרי מלון הייתה הטבחית‪ .‬במהלך החופשה ‪ 6‬מתוך ‪ 11‬חלו בטיפוס המעיים‪ .‬המשכיר הוטרד מירידת‬
‫ערך הנכס וביקש מחוקר לגלות מה קרה‪ .‬הוא חקר והגיע למסקנה שמרי כנראה הייתה טבחית בכל‬
‫מיני מקרים ואיפה שהייתה חלו אנשים בטיפוס‪ .‬היא תמיד הייתה בריאה אך סביבה היו מקרי טיפוס‪,‬‬
‫ומוות אחד‪ .‬היא לא הסכימה לתת צואה אז הוא הלך למחלקה בראשות העיר (ניו יורק) והכריחו‬
‫אותה לתת דגימות צואה‪ .‬נמצא שהיא חיובית לסלמונלה‪ .‬התברר שחלק מהאוכלוסייה יכול להיות‬
‫נשא למחלה‪ .‬כנראה שהיא לא הקפידה לשטוף ידיים במטבח ואיכשהו אלו שקיבלו ממנה אוכל חלו‬
‫מדי פעם‪ .‬הכניסו אותה להסגר! ואז הייתה סערה ציבורית שהחליטו לשחרר אותה ואמרו לה למצוא‬
‫עבודה אחרת‪ .‬הבעיה הייתה שהיא לא יכלה לעבוד כעוזרת בית (תחום שפחות מכניס כסף)‪ .‬היא‬
‫חזרה לעבוד במטבח והוחזרה להסגר‪.‬‬
‫‪( Tuberculosis‬שחפת)‬
‫סימפטומים של מחלת השחפת‪:‬‬
‫שיעול יבש‪ ,‬כאבים בחזה‪ ,‬חום‪ ,‬איבוד משקל‬
‫גורם המחלה‪M. tuberculosis :‬‬
‫פתוגן גרם חיובי חסר יכולת תנועה הגורם למספר הרב ביותר של מקרי מוות ממקור חיידקי‪.‬‬
‫‪93‬‬

‫‪ M. tuberculosis‬הוא חיידק אירובי אובליגטורי ובהתאמה‪ ,‬מתיישב באיבר החשוף ביותר‬

‫לחמצן‪ :‬הריאות‪.‬‬
‫זוהי רחל‪ .‬חיידק אירובי אובליגטורי ולכן הוא מתיישב באיבר הכי חשוב לחמצן בגופנו‪-‬‬
‫הוא לא יכול לחיות מחוץ לגוף‪.‬‬
‫ארגון הבריאות העולמי‬
‫שלוחה של האו"מ שתפקידה‪:‬‬
‫להתריע בפני בעיות בריאות עולמיות‬ ‫•‬
‫לבצע מעקב אחר התפשטות מחלות ולזהות מגמות‬ ‫•‬
‫לקבוע נורמות לטיפול בבעיות בריאות עולמיות‬ ‫•‬
‫לסייע למדינות נחשלות בענייני בריאות‬ ‫•‬
‫‪ WHO‬הציע איך לטפל במגפה‪ .‬הוא עשה מחקר של ניתור תופעות‪.‬‬
‫כשליש מאוכלוסיית העולם חשופה אליו‪ ,‬בעולם השלישי ובעולם המתפתח הוא הורג כ‪ 3-‬וחצי מיליון‬
‫אנשים‪ .‬אבל אין אמביציה חזרה לטפל בו (אין כסף)‪.‬‬
‫כשליש מאוכלוסיית העולם נגועה בחיידק השחפת מבלי להראות סימפטומים ( ‪asymptotically‬‬
‫‪!!!)infected‬‬
‫באפריקה לא ישלמו‪ ,‬לא מפתחים תרופות לעניים‪.‬‬
‫החיידק לא רגיש לאנטיביוטיקה כי יש לו המון זנים עמידים‪ ,‬וגם קצב החיים שלו איטי (נשימה‪,‬‬
‫רבייה)‪ ....‬אין אפקט לאנטיביוטיקה!‬
‫מחלת השחפת מתפתחת בחמישה שלבים אופייניים‪.‬‬
‫ברוב מקרי ההדבקה מערכת החיסון בולמת את המחלה בשלבים המוקדמים‪ .‬רק במיעוטם המחלה‬
‫מגיעה לשלבים המתקדמים‪.‬‬
‫שלב ‪ - 1‬הדבקה‬
‫הדבקה מתרחשת כתוצאה משאיפת אירוסולים המכילים‬

‫חיידקי שחפת (כשלושה חיידקים בכל אירוסול)‬
‫חולה שחפת פולט כ ‪ 3000‬אירוסולים אינפקטיבים בעת‬

‫שיעול‬
‫‪94‬‬

‫שחפת נשימתית (‪ )pulmonary tuberculosis‬לא תיתכן‪,‬‬

‫אלא אם כן החיידק הצליח להגיע לנאדיות הריאה‬
‫(‪.)alveoli‬‬
‫חיידקים שהגיעו לנאדיות נבלעים ע"י מאקרופאג'ים‪.‬‬

‫חלקם מתים‪ ,‬אך אחרים מצליחים לשרוד‪ ,‬לעכב את‬
‫בליעתם‪ ,‬ולהתרבות בתוך המאקרופאג'‪.‬‬
‫שלב ‪ – 2‬גירוי מערכת החיסון‬
‫חיידקי שחפת מתרבים במאקופאג'ים עד שאלה מתפוצצים (שבוע עד שלושה ממועד ההדבקה)‪.‬‬
‫תגובה זו גורמת למאקרופאג'ים (ולתאים נוספים של מערכת החיסון) נוספים להגיע לאזור המודבק‪.‬‬
‫שלב ‪Tubercle formation – 3‬‬
‫תאי מערכת החיסון מקיפים את החיידקים ואת המאקרופאג'ים המפוצצים‪.‬‬
‫מרכז ה ‪ tubercle‬חומצי ו"גבינתי" (‪ )caseous‬ומונע מן החיידקים להתרבות‪ ,‬אך הם יכולים לשרוד‬

‫בתנאים אלה זמן ממושך‪.‬‬
‫שלב ‪ – 4‬גידול בממדי ה‪Tubercle -‬‬
‫החיידקים מדביקים מאקרופאג'ים נוספים‪ ,‬מתרבים בתוכם‪ ,‬מפוצצים אותם וחוזר חלילה‪ .‬בו בזמן‬
‫מגויסים תאים לבנים נוספים אל ה‪ tubercle -‬והוא גדל‪.‬‬
‫‪95‬‬

‫בשלב זה עלול ה ‪ tubercle‬להגיע לזרם הדם ומשם לאיברים שונים בגוף (ידועה במיוחד שחפת‬
‫בעצמות)‪.‬‬
‫שלב ‪ – 5‬פיצוץ ה‪Tubercle -‬‬
‫מסיבה לא ידועה המרכז ה"גבינתי" של ה‪ tubercle -‬מאבד מצמיגותו והופך להיות נוזלי‪ .‬תהליך זה‬
‫מכונה ‪.liquefaction‬‬
‫תהליך זה מעודד התרבות של החיידקים ובעטייה‪ ,‬פיצוץ ה‪.tubercle -‬‬
‫לאחר פיצוץ ה‪ tubercle -‬מופצים החיידקים לאזורים אחרים של הריאות ומתחילים מחזורי הדבקה‬
‫נוספים הפוגעים בסופו של דבר בתפקוד הריאות‪.‬‬
‫מנגנוני האלימות של ‪M. tuberculosis‬‬
‫מבנה הדופן‬
‫‪ M. Tuberculosis‬הוא ‪ acid-fast bacteria‬ולפיכך בעל מבנה דופן שונה הן מגרם חיוביים והן מגרם‬
‫שליליים‪ .‬תכולת הנגזרות השומניות בדופן גבוהה במיוחד ומגיעה לכ‪.60%-‬‬
‫הדופן המיוחדת של ‪ M. Tuberculosis‬מקנה‪:‬‬
‫עמידות בפני אנטיביוטיקות‬ ‫•‬
‫שרידות בסביבה חומצית ובסיסית‬ ‫•‬
‫עמידות בפני מערכת המשלים‬ ‫•‬
‫עמידות בפני מחמצנים‬ ‫•‬
‫שרידות במאקרופאג'ים‬ ‫•‬
‫יכולת היצמדות למאקרופאג'ים‬ ‫•‬
‫גליקוליפידים המכילים מנוז (‪)manosylated glycolipids‬‬

‫מאפשרים ל ‪ M. Tuberculosis‬להיצמד לקולטני מנוז של‬
‫מאקרופאג'ים‪.‬‬
‫‪96‬‬

‫שיבוש מערכת העברת אותות (‪)signal transduction‬‬

‫במאקרופאג' במספר דרכים‪ .‬בין השאר‪ ,‬על ידי‬
‫סינטזה של ‪ cAMP‬והפרשתו לציטופלסמת‬
‫המאקרופאג'‪.‬‬
‫‪97‬‬

‫הרצאה ‪ -9‬בקרת ביטוי גנטי‪:‬‬
‫חלק ניכר ממה שכתוב בספרות המקצועית הוא מידע שלמעשה נגזר ממחקר בחיידקים‪.‬‬
‫השיעור ידבר על בקרת ביטוי גנטית‪ .‬חוקרי חיידקים חוקרים מערכות בחיידקים כדי להבין תהליכים‪.‬‬
‫לכן‪ ,‬עליהם לדעת טוב בקרת ביטוי גנטית‪.‬‬
‫זהו כלי מחקר חשוב‪.‬‬
‫מי שעוסק בביולוגיה מולקולרית חייב לדעת את המידע הזה‪ ,‬והוא הבסיס שתקף גם כדי להבין‬
‫תהליכים מורכבים יותר (כמו באאוקריוטים)‬
‫תאים חיים חיים בסביבה משתנה בדרך כלל‪ ,‬והסביבה מחייבת אותם להגיב לשינויים‪ .‬גם תא‬
‫אאוקריוטי שחי בתנאים יחסית קבועים (הורמונים‪ ,‬חיידקים‪ ,‬ציטוקינים‪.)...‬‬
‫כמובן שחיידקים צריכים להגיב לשינויים גדולים יותר! מליחות בקרקע‪ ,‬טמפרטורה וכו' ‪.‬‬
‫עליהם לשמור על הומיאוסטזיס בתא‪.‬‬
‫לכן‪ ,‬על חיידקים לבקר ביטוי גנים‬

‫(השיעור קשור לשיעור המקביל במגן‬
‫לחלבון)‬
‫ג'ק מונוד פיתח את המודל על פי‬

‫ה‪ lac operon‬וזו העקומה שהתקבלה‪.‬‬
‫בגידול חיידקי ‪ e.coli‬הוא שם לב‬

‫שהוא מגדל אותם ב‪ 2‬מקורות פחמן‬
‫שונים (כאן למשל גלוקוז וגלאקטוז)‬
‫מתקיים שינוי פאזה (‪2 growth -TGP‬‬
‫‪)phases‬‬
‫את ההסבר מדוע דווקא אופרון‬

‫הלקטוז הוא המודל שבו בחר ז'ק‬
‫מונוד‪ -‬יש ללמוד לבד!‬
‫)‪Diauxie (= two growth phase‬‬
‫זו הייתה העקומה הראשונה שמדגימה ומסבירה‬

‫מנגנון של בקרת ביטוי גנטי‪.‬‬
‫עם השנים התברר שבקרת ביטוי גנטי קיימת‬

‫פוטנציאלית בכל צומת של מעבר אינפורמציה‬
‫מדנ"א לחלבון‪ .‬בקרה של ביטוי גנטי יכולה להיות‬
‫גם בקרה על פעילות ורמת האנזים‪( .‬כל חלבון סופו‬
‫להתפרק‪ ,‬וגם את זה אפשר לבקר)‪.‬‬
‫תאים לא מחמיצים שום הזדמנות לבקר תהליכים‬

‫(למרות שישנם תהליכים שמבוקרים יותר או‬
‫פחות)‬
‫‪98‬‬

‫ניתן לחלק את דרכי הבקרה בחיידקים לשלוש‬

‫קטגוריות‪:‬‬
‫בקרת שעתוק ( ‪transcriptional‬‬ ‫‪.1‬‬

‫‪)regulation‬‬
‫בקרת תרגום (‪)translational regulation‬‬ ‫‪.2‬‬
‫בקרה שלאחר התרגום (‪)post translational regulation‬‬ ‫‪.3‬‬
‫בקרת שעתוק בחיידקים‬
‫בקרת שעתוק‪ -‬האם נוצר ‪ mRNA‬או לא‬
‫בקרת תרגום‪ -‬האם הדנ"א מתורגם או לא‬
‫בקרה שלאחר התרגום‪ -‬נוצר ה‪ ,mRNA‬נוצר החלבון‪ ,‬האם החלבון‬

‫פעיל או לא?‬
‫בהמשך נדון בדוגמאות (איך ניתן לבקר פעילות וביטוי חלבונים?)‬
‫שעתוק גנים בחיידקים מתבצע על ידי ‪DNA-dependent RNA‬‬

‫‪ polymerase‬יחיד‬
‫ה‪ core RNA-polymerase -‬הוא בעל ההרכב‪bb’a2w :‬‬
‫‪99‬‬

‫ה‪ core RNA-polymerase -‬קושר תת יחידה נוספת שנקראת‪.alternating s factor :‬‬
‫תת יחידה זו נקראת כך כיוון שישנם מספר הומולוגים שלה בכל חיידק וה‪ core enzyme -‬יכול לקשור‬
‫כל אחד מהם‪.‬‬
‫הדוגמאות נוגעות לפרוקריוטים‪.‬‬
‫‪ -Core RNA Polymerase‬האנזים שאחראי על שעתוק‪.‬‬
‫תת היחידות כאן מרכיבות את הפולימראז‪ .‬החלק תת יחידה סיגמא לא שייכת‬

‫לו‪ ,‬היא נקראת ‪ .sigma factor‬קיימת במספר שונה במינים שונים‪ ,‬פקטור‬
‫סיגמא יכול לקשור כל פעם יחידת פולימראז אחת והיא מכתיבה את הקישור‬
‫לפרומוטור‪ -‬היא בעצם זו שגורמת לו להקשר לדנ"א‪ .‬לאחר תחילת השעתוק‬
‫אין בה צורך‪ ,‬אך בלעדיה השעתוק לא מתחיל‪.‬‬
‫אם הסיגמא פקטור נקשר לפרומוטור באפיניות גבוהה יקרא פרומוטור חזק (וכך ההיפך)‪-‬מכאן‬
‫שפרומוטור חזק יגרום להרבה שעתוק וחלש יגרום למעט שעתוק‪.‬‬
‫ללא סיגמא יהיה שעתוק זניח בלבד‪( .‬לא ייקרה)‬
‫ה‪ s factor -‬קובע את האפיניות של ‪ RNA polymerase‬אל‬

‫הפרומוטר ובכך גם את מידת השעתוק של הגן‪.‬‬
‫הן ‪ RNA polymerase‬והן ה‪ s factors -‬נמצאים‬

‫בציטופלסמה בריכוז מגביל‪ .‬לפיכך‪ ,‬פרומוטרים בעלי‬
‫אפיניות גבוהה ל‪" s factor-‬יזכו" במספר רב של התחלות‬
‫שעתוק ביחידת זמן‪ ,‬לעומת פרומוטרים בעלי אפיניות‬
‫נמוכה ל‪.s factor -‬‬
‫ב‪ ,e.coli-‬מלבד הסיגמא פקטור העיקרי (סיגמא ‪ -70‬לפי משקלו המולקולרי ‪ 70‬קילו דלתון)‪ -‬יש ‪6‬‬
‫אחרים‪ ,‬שכל אחד מגדיר תפקיד מסוים ופועל על מקום מסוים‪.‬‬
‫למשל סיגמא ‪ 32‬גורם לשעתוק גנים להתמודדות עם מכת חום‪ .‬יש פרומוטורים שקושרים באפיניות‬
‫גבוהה רק את סיגמא ‪ -32‬אלו גנים שעוזרים לחיידק להתמודד עם עקת חום‪.‬‬
‫הטבלא מציגה תפקודי פקטורי סיגמא אחרים‪.‬‬
‫הסיגמא פקטור שאחראי על המצב הסטציונרי‪( sigma s -‬חלבונים המשועתקים בעזרתו עוזרים‬
‫להתמודד עם מחסור במזון)‪.‬‬
‫סיגמא ‪ -F‬השוטון מצריך ביטוי של קבוצה גדולה של חלבונים‪ .‬אם ‪ e.coli‬רוצה לפתח שוטון הוא‬
‫ישתמש בסיגמא ‪.F‬‬
‫‪100‬‬

‫סיגמא ‪ -70‬מה שנקרא פעם ‪ .house keeping genes‬הרבה גנים שנחוצים לאחזקה הכללית של תא‬
‫החיידק‪ .‬למה כבר לא משתמשים בשם הזה? כי ישנם המון גנים שלא צריך תמיד (למשל ‪-Z LAC‬‬
‫שאינו דרוש באופן טבעי אבל מקודד ע"י סיגמא ‪ ,70‬לא תמיד צריך פירוק לקטוז)‪ .‬לכן‪ ,‬סיגמא ‪ 70‬יוגדר‬
‫כפקטור שאחראי על שעתוק הגנים בחיידק בשגרה ובתנאים משתנים‪ ,‬שלא משועתקים ע"י הסיגמא‬
‫פקטורים האחרים‪ .‬רוב הגנים המוחלט יבוטאו ע"י אחת מהסיגמא פקטורים‪ ,‬חלקם יבוטאו ע"י כמה‬
‫סיגמא פקטורים‪.‬‬
‫אין להסיק מכך שגנים‪ ,‬ששעתוקם מאותחל ע"י ‪ ,s70‬מתבטאים באופן קונסטיטוטיבי!‬
‫לכן סיגמא ‪ 70‬ייקרא‪.the Principal sigma factor -‬‬
‫באמצעות ‪ alternating sigma factors‬יבוקרו גנים אחרים‪ -‬למשל‪ ,‬אם סיגמא ‪ 70‬ישופעל‪ ,‬רוב הגנים‬
‫יעבדו‪.‬‬
‫האפיניות לסיגמא פקטור נקבעת ע"י רצף דנ"א‪ ,‬לרוב ע"י ‪ -10‬ו ‪ -35‬לפני אתר תחילת השעתוק‪( .‬כמו‬
‫שלמדנו במגן לחלבון‪ -10 .)Upstreem ,‬הוא ה‬
‫‪.TATA BOX‬‬
‫אך הרצף הוא טיפה משתנה‪ -‬היתרון הוא‬

‫אפיניות משתנה ליחידות סיגמא‪.‬‬
‫למשל‪ LAC Z ,‬ו ‪ 2 -LAC I‬פרומוטורים שונים‪.‬‬

‫‪ LAC I‬לרוב משועתק פעם אחת במחזור חיי‬
‫החיידק‪ ,‬אך ‪ LAC Z‬משועתק פעמים רבות‪.‬‬
‫הסיבה היא שהפקטור סיגמא של שניהם‪ ,‬סיגמא‬
‫‪ ,70‬נקשר הרבה יותר טוב לפרומוטור של ‪Lac Z‬‬
‫לעומת הפרומוטור של הרפרסור (‪.)Lac I‬‬
‫פרומוטורים שונים הותאמו באבולוציה לצרכים שונים לפי הצורך‪.‬‬
‫חלבונים שצריך מהם הרבה מאוד ולכן הפרומוטורים שלהם יהיו מאוד חזקים‪ :‬ריבוזומים‪-‬עם הכמות‬
‫הכי גדולה (בית חרושת לייצור חלבונים)‪.‬‬
‫בכדי להגביר ביטוי גנים‪ ,‬הרבה פעמים נשתמש בפרומוטורים של ריבוזומים!‬
‫אם נרצה ממש להשתולל בשעתוק חלבונים נשתמש בפרומוטורים של וירוס‪ -‬וירוסים הם בעלי חלון‬
‫זמן קצר שבו הם צריכים לשכפל את החלבונים שלהם ממש מהר! (יוסבר בשיעור על וירוסים)‬
‫למשל‪ ,‬ה‪ Lac repressor -‬משועתק ברמה נמוכה מאד (בערך פעם אחת במחזור החלוקה של‬
‫החיידק)‪.‬‬
‫‪101‬‬

‫לעומתו‪ lacZ ,‬משועתק על ידי ‪ s70‬בקצב גבוה הרבה יותר בהיעדר רפרסיה‪.‬‬
‫מכך ניתן לשער שפרומוטורים חיידקיים שונים הותאמו באבולוציה‪ ,‬באמצעות שינויים ברצף‬
‫הקונצנזוס‪ ,‬כדי להתאים רמת שעתוק לדרישות פיסיולוגיות‪.‬‬
‫איך גורמים לסיגמא ‪ 32‬לבטא חלבונים בעת עקת חום‪:‬‬
‫חשיפה של חיידקים לטמפרטורה גבוהה מסכנת את החיידקים (חלבונים עוברים דנטורציה‪,‬‬

‫הממברנה בסכנה‪)..‬‬
‫חלבונים מסוימים מטפלים בחלבונים שנפגעו‪ .‬ניתן לחלק אותם ל‪ 2‬קבוצות‪:‬‬
‫‪ )1‬שפרונים – חלבונים שנצמדים לחלבונים אחרים‪ ,‬או שהם מונעים מהם לאבד את המבנה‬
‫השלישוני‪ ,‬או שהם מקפלים אותם מחדש‪.‬‬
‫‪ )2‬פרוטאזות‪ -‬אנזימים פרוטאוליטים שמתמחים בזיהוי חלבונים שאינם מקופלים כדי להשמיד‬
‫אותם‪.‬‬
‫כשחלבון עובר ‪ Unfolding‬יש סיכוי גדול שהוא יפגע בתפקוד התא‪.‬‬
‫חלבונים אלה נקראים ‪ heat-shock proteins‬ובקיצור‪.Hsp’s :‬‬
‫אחד השפרונים המוכרים‪ -‬דנ"א ‪( K‬באאוקריוטים ‪ .)HSP7‬חיידקים לא יכולים לחיות ללא החלבון‪.‬‬
‫‪Chaperones‬‬
‫אחד הצ'פרונים הבולטים מאד בחיידקים הוא ‪ .DnaK‬צ'פרון זה שייך למשפחת ה ‪ .Hsp70‬חלבונים‬
‫ממשפחה זו מופיעים בכל תא חי ובכל מדור שמכיל ‪.ATP‬‬
‫ל ‪ DnaK‬תפקיד מרכזי ביותר‬

‫בבקרת איכות של חלבונים‬
‫(‪.)protein quality control‬‬
‫מבנה מרחבי של דנ"א ‪K‬‬
‫כדוגמה נוספת‪ ,‬האיור (למטה)‬

‫מתאר את פעילותו של קומפלקס חלבוני גדול בשם ‪.GroESL‬‬
‫צ'פרון זה שייך לחלבונים ממשפחת ה‬

‫‪ Hsp60‬השמורה היטב באבולוציה‬
‫ומופיעה בכל החיידקים‪ ,‬המיטוכונדריה‬
‫והכלורופלסטים‪.‬‬
‫‪ -GroESL‬אוליגומר‪ ,‬כל טבעת ‪ 7‬תת‬

‫יחידות ויוצר מעין חבית המאפשרת‬
‫לחלבונים לא מקופלים להיכנס לתוכו וכך‬
‫הם לא יכולים לעשות נזק‪ .‬אז מעין כובע‬
‫סוגר את החבית באמצעות אנרגיה‬
‫שמופקת מאנרגית ‪ ATP‬הוא גורם לקיפול‬
‫מרחבי‪ ,‬ואז החלבון יוצא בחזרה‬
‫לציטופלסמה‪.‬‬
‫‪102‬‬

‫פרוטאזות‪ -‬גם במעיים שלנו יש פרוטאזות‪ .‬אז הפרוטאזות האלה לא מבוקרות והן מפרקות כל‬
‫חלבון שמגיע‪.‬‬
‫בתוך התא פרוטאזה כזו יכולה להרוג את התא‪.‬‬
‫התאים לא ויתרו על האפשרות לפרק חלבונים‪,‬‬

‫הם פשוט מבקרים את פעילותם והתאים‬
‫הפרוטאוליטים נמצאים בתוך מבנה החבית‬
‫המתואר‪ ,‬ורק בפנים הן מפרקות‪.‬‬
‫ע"מ לפרק קשר פרוטאוליטי לא צריך ‪ ,ATP‬אך‬

‫הוא צורך ‪ ATP‬לצורכי בקרה‪.‬‬
‫הצ'פרונים דואגים לקפל מחדש חלבונים שאיבדו את מבנם השלישוני והפרוטאזות (אלה שמיועדות‬
‫לכך) מפרקות את החלבונים שאינם מצליחים להתקפל מחדש‪.‬‬
‫כך שומרות שתי קבוצות חלבונים אלה על הומיאוסטזיס של קיפול חלבונים בציטופלסמה‪.‬‬
‫בכל תת‪-‬קבוצה ישנם חלבונים רבים נוספים שתפקידם לווסת את פעילות הפרוטאזות והצ'פרונים‪.‬‬
‫בכל תא חי ישנו ביטוי מוגבר של מגוון החלבונים הנ"ל לאחר‬

‫עליית הטמפרטורה‪.‬‬
‫הסיגמא פקטור האחראי על שעתוק הגנים של עקת חום‬

‫הינו סיגמא ‪ .32‬רצף הקונצנזוס שלו שונה מזה של סיגמא‬
‫‪ .70‬איך הם משועתקים רק בטמפ גבוהה?‬
‫ב‪ E. coli -‬אופיינה היטב תגובת הלם החום‪.‬‬
‫השעתוק של ‪ heat-shock genes‬מאותחל על ידי ‪.s32‬‬
‫הפרומוטרים של ה‪ heat-shock genes -‬מכילים רצפי‬

‫קונצנזוס של ‪( s32‬שונים מאלה של ‪.)s70‬‬
‫כשאין עקת חום‪ :‬סיגמא ‪ 32‬כמעט ולא נמצאת‬

‫בציטופלסמה! למה? כי ‪ ,DNA K‬השפרון שמקפל חלבונים‪,‬‬
‫מזהה וקושר אותה כסובסטרט‪ ,‬ו‪ FtsH‬מפרק אותה (רק‬
‫כשסיגמא ‪ 32‬מחוברת ל‪.)K DNA‬‬
‫כיוון שסיגמא ‪ 32‬מפורקת אין ביטוי של הגנים של עקת חום‪.‬‬
‫בתנאים שאינם תנאי עקה‪" DnaK ,‬מוביל" את ‪ s32‬לפירוק על‪-‬ידי פרוטאזה בשם ‪.FtsH‬‬
‫כתוצאה מכך‪ ,‬אין שעתוק של ‪.heat-shock genes‬‬
‫‪103‬‬

‫בעקת חום ‪ DNA k‬לא פנוי לקשור סיגמא ‪( 32‬הוא מוצף‬

‫בחלבונים שאינם מקופלים)‪ .‬עקת החום גורמת לפרימת‬
‫חלבונים ונוצרת תחרות על חיבור ל‪( !DNA k‬מדהים!!)‬
‫ל‪ K DNA‬יש מבנה יחסית יציב‪ ,‬כך שהיא עוברת פחות‬

‫דנטורציה‪( ...‬אם נעלה את הטמפרטורה יותר מדי גם‬
‫פרקציה גדולה של חלבוני התא יעברו דנטורציה וגם ‪DNA‬‬
‫‪ K‬יעבור דנטורציה‪( .‬גם ל‪ GroESL‬יש תפקיד חשוב‪ ,‬אך הוא‬
‫פחות חשוב‪).‬‬
‫בעצם התא מיצר מלא סיגמא ‪ 32‬ומבזבז מלא ‪ ATP‬עליה‪,‬‬

‫ובסוף הוא מפרק אותם כשאין חום‪ .‬היתרון הוא שהתגובה‬
‫לעקת חום צריכה להתרחש מהר!‬
‫האפיניות של סיגמא ‪ 32‬יותר גבוהה מסיגמא ‪ 70‬לרנ"א‬

‫פולימראז‪.‬‬
‫יחד עם זאת‪ ,‬לסיגמא ‪ 32‬יש פרומוטור של סיגמא ‪ ,70‬וכך‬

‫משועתקת גם בתנאים שאין עקת חום‪ ,‬כלומר משועתקת‬
‫תמיד ע"י סיגמא ‪( 70‬ואז מפורקת)‪ .‬יש לה גם פרומוטור של‬
‫סיגמא ‪ .32‬כך‪ ,‬כשישנה עקת חום והיא מפסיקה להיות‬
‫מפורקת יש שעתוק מוגבר של סיגמא ‪!32‬‬
‫בקרת שעתוק‪ -‬עד כה הדוגמא הייתה כיצד סוללה של גנים משועתקת או לא משועתקת ע"י שליטה‬
‫בריכוז הציטופלסמי של החלבון‪.‬‬
‫מנגנון בקרת שעתוק דומה אך שונה של קבוצת גנים גדולה יכולה להתקיים על ידי רפרסור‪ .‬התגובה‬
‫נקראת ‪ .SOS RESPONSE‬התגובה ש ‪ e.coli‬משתמש על מנת להתגונן מפני קרינה (למשל ‪.)UV‬‬
‫‪The SOS response‬‬
‫דוגמא לבקרה גלובלית באמצעות עיכוב שעתוק‬
‫כתוצאה מנזקי ‪ DNA‬בקנה מידה נרחב (למשל‪ ,‬לאחר חשיפה לקרינת ‪ UV‬בעוצמה גבוהה) מבוטאים‬
‫בחיידקים קבוצה גדולה של גנים שתפקידם להתמודד עם נזקי הקרינה‪ .‬הביטוי המבוקר של גנים‬
‫אלה נקרא ‪.SOS response‬‬
‫נזקי קרינה הם בעייתים מאוד לחיידק‪.‬‬
‫דרך אחת למנוע נזקים היא לעצור חלוקות‪ ,‬לא להמשיך ולהתרבות בתנאים שיש נזקים‪ .‬החלבון‬
‫שאחראי לעכב את חלוקת התא נקרא ‪sul A‬‬
‫‪ – SulA .1‬זהו חלבון המעכב את חלוקת התא עד תום תיקון הנזקים‪ .‬פעילותו מונעת הורשה של ה‬
‫‪ DNA‬הפגוע לתאי הבת‪ .‬ביטויו יגרום להפסקת חלוקה‪.‬‬
‫‪104‬‬

‫‪ UmuC .2‬ו‪– )Umu=U.V. Mutagenesis( UmuD -‬חלבונים אלה הם תת‬

‫יחידות של ‪ .DNA polymerase V‬זהו ‪ DNA polymerase‬בעל יכולת‬
‫שכפול של קטעי ‪ DNA‬המכילים בסיסים פגועים (‪ .)lesions‬פולימראז ‪5‬‬
‫יכול לשכפל דנ"א גם אם יש נזקים בדנ"א‪ ,‬למשל בעקבות קרינה ‪UV‬‬
‫יכולה להווצר צימוד בין שני טימידינים‪ .‬כשדנ"א פולימראז ‪ 3‬מפלמר‬
‫ונתקל בצימוד הוא לא יודע מה לעשות‪ .‬כשדנ"א פולימראז ‪ 5‬מגיע הוא‬
‫יכול להכניס בסיסים גם כשבטמפלייט יש שינויים כימיים‪.‬‬
‫ליכולת זו של ‪ DNA pol V‬יש מחיר‪" DNA pol V :‬מכניס שגיאות" בהסתברות גבוהה יותר מזו של‬
‫‪ .DNA pol III‬לפיכך נקראת פעילותו ‪.error prone TLS‬‬
‫(‪)TLS = trans lesions‬‬
‫ל ‪ DNA pol‬אין ‪ template‬נורמאלי בקטע הפגוע כיוון שבסיסי ה ‪ DNA‬בעלי מבנה כימי שונה (זוהי‬
‫למעשה מהות הנזק) ואינם מוכרים על ידי ‪ PolV .DNA pol III‬יכול להתגבר על הבעיה כיוון שהוא‬
‫פחות בררני לגבי זהות ה ‪ template‬ולפיכך יכול לגרום להופעת מוטציה‪.‬‬
‫לפעילות ה ‪ TLS‬של ‪ polV‬משמעות אבולוציונית‬

‫חשובה‪ :‬השריית מוטציות בתנאי עקה יכולה להוביל‬
‫לעלייה ב ‪!fitness‬‬
‫לא חייב לקרות כשיש צימוד‪ ,‬יכולה להיות פשוט‬

‫פגיעה כלשהי‪ .‬הוא מכניס משהו‪ ,‬ויוצר ‪error free‬‬
‫נוקלאוטיד‪ .‬הוא יכול להכניס מוטציה‪ ,‬אך זהו מצב‬
‫עדיף על מצב בו לא ניתן ליצור שכפול‪ .‬כלומר‪ ,‬בתנאים‬
‫של נזקים כאלה בדנ"א יש עלייה של ההסתברות‬
‫למוטגנזה (מוטציה)‪ .‬יש לזה חשיבות אבולוציונית‬
‫חשובה! אולי השינוי יעזור לו להתמודד עם הקרינה‬
‫בסביבה‪ .‬לא מומלץ להשתמש בפולימראז הזה כי הוא‬
‫טועה הרבה יותר מפולימראז רגיל‪.‬‬
‫בתנאים רגילים לא כדאי להשתמש בו‪ .‬אי אפשר לתקן‬

‫את הטעות‪.‬‬
‫‪105‬‬

‫‪ – RecA .3‬חלבון הנקשר ל ‪DNA‬‬

‫חד‪-‬גדילי (לאחר פגיעה ב ‪DNA‬‬
‫נוצרים קטעי חד‪-‬גדיל)‪ .‬ל ‪RecA‬‬
‫מספר רב של תפקידים הכולל‬
‫קטליזה של רקומבינציה‬
‫הומולוגית (מכאן שמו)‪.‬‬
‫נחוץ באופן כללי לרקומבינציה‪.‬‬

‫במקרה זה חשיבותו היא שהוא‬
‫נקשר ראשית לחד גדיל‪ ,‬כשיש‬
‫נזקי דנ"א יש הרבה פעמים‬
‫שבירות כמו הריסה של מקטעים‪,‬‬
‫ונוצר מצב לא נורמלי של חד גדיל‪.‬‬
‫‪ RecA‬יודע להתפלמר על חד גדיל‬
‫כזה‪.‬‬
‫בתגובת ה ‪ SOS‬יש ל ‪ RecA‬תפקיד בקרתי חשוב‪.‬‬
‫כיצד מבוקרת תגובת ה ‪?SOS response‬‬
‫נוצרים פולימרים על חד הגדיל‪.‬‬
‫הרפרסור ‪ -LexA‬הומודימר‪ ,‬כל תת יחידה בנוייה ‪ 2‬דומיינים‪ .‬הדומיינים מחוברים אחד לשני בפפטיד‬
‫לינקר‪ ,‬אין לזה מבנה מוגדר אז הוא נקרא ‪ .LOOP‬ה‪ loop‬עובר ביקוע פרוטאוליטי‪.‬‬
‫הביטוי של ה‪ SOS genes -‬נשלט על ידי רפרסור בשם ‪.LexA‬‬
‫‪ LexA‬נקשר לאופרטור (רצף קונצנזוס הנקרא ‪ )SOS box‬של ה‪ SOS genes -‬ומונע את שעתוקם‪.‬‬
‫ה‪ SOS genes -‬אינם מאורגנים במבנה של אופרון‪.‬‬
‫הם פזורים על פני הכרומוזום החיידקי ולכולם ישנה יחידת‬

‫בקרה זהה‪ :‬האופרטור (אליו נקשר הרפרסור ‪ ;LexA‬צהוב‬
‫בתמונה)‪.‬‬
‫ארגון בקרתי כזה נקרא רגולון (‪.)regulon‬‬
‫הוא רפרסור של גנים ‪( SOS‬בתכלת)‪ .‬יש גנים מסוימים‬

‫שמשועתקים ביתר במצב ‪ .SOS‬החלק הצהוב הם אופרטורים‬
‫אליהם נקשר ‪ .LEX A‬מבנה כזה שיש רפרסור שנקשר למספר‬
‫אופרטורים נקרא רגולון‪ ,‬להבדיל מאופרון‪( .‬רגולון‪ -‬מבנה‬
‫בקרתי שבו רגולטור אחד יכול להקשר למספר אופרטורים על‬
‫גבי הדנ"א של החיידק‪).‬‬
‫‪ Lex A‬נקשר למספר רב של אופרטורים‪.‬‬
‫איך מתרחשת הבקרה‪:‬‬
‫בתנאים רגילים ‪ lex A‬נקשר לאופרטורים ונוצר מעט מאוד‬

‫מהגנים האלו‪.‬‬
‫‪106‬‬

‫כאמור‪ ,‬נזקי ‪ DNA‬מלווים ביצירת קטעי ‪ DNA‬חד גדילי ואלה נקשרים על ידי ‪.RecA‬‬
‫כאשר ‪ RecA‬קשור ל‪ DNA -‬חד‪-‬גדילי‪ ,‬הוא‬

‫משפעל פעילות חיתוך עצמי של ‪.LexA‬‬
‫כתוצאה מכך משתחררת הרפרסיה על‬

‫שעתוק ‪.SOS genes‬‬
‫אם נוצרים גדילי דנ"א שהם חד גדיל ‪rec A‬‬

‫מתפלמר עליהם מה שגורם לרפרסור ‪Lex‬‬
‫‪ A‬לבצע פעילות‬
‫אוטוקטליטית\אוטופרוטיאוליטית (מפרק‬
‫את עצמו‪ ,‬את הלינקר בין של הגדילים)‪.‬‬
‫מרגע שהוא חותך את עצמו אין יותר‬
‫השתקה של הגנים ע"י הרפרסור והגנים‬
‫של עקת חום משועתקים‪.‬‬
‫כיצד מבוקרת חזרה לשגרה לאחר תיקון הנזקים?‬
‫ללא ‪ DNA‬חד גדילי ‪ RecA‬אינו משפעל ‪ autocleavage‬של ‪.LexA‬‬ ‫•‬
‫‪ LexA‬נקשר ל ‪.SOS boxes‬‬ ‫•‬
‫שעתוק ה ‪ SOS genes‬מעוכב‪.‬‬ ‫•‬
‫ואולם‪ ,‬זה אינו מספיק‪ ,‬כיוון שגם לאחר עיכוב השעתוק עדיין קיימים בציטופלסמה חלבוני ‪SOS‬‬
‫שנוצרו במהלך תגובת ה ‪.SOS‬‬
‫חלקם רעילים ומסוכנים לתא‪ ,‬ואסור שימשיכו את פעולתם לאחר תיקון הנזקים‪.‬‬
‫למשל‪:‬‬
‫‪ SulA‬מונע חלוקה!‬ ‫•‬
‫‪ DNA PolV‬גורם להיווצרות מוטציות!‬ ‫•‬
‫חלבונים אלה מפורקים על ידי פרוטאזות תלויות ‪ ATP‬וכך‪ ,‬לאחר תיקון הנזקים‪ ,‬נמנעת פעילותם של‬
‫חלבונים אלה ללא דיחוי‪.‬‬
‫ברגע שהחיידק הצליח לתקן את עצמו ‪ lex A‬מתפקד שוב כרפרסור ואין שעתוק של החלבונים לעקת‬
‫חום‪ .‬אך הם תמיד מפורקים על ידי פרוטאזות כך שכשמופסקת הסינתזה הם מפורקים (בניגוד לבטא‬
‫גלאקטוזידאז שנשאר בציטופלסמה)‪ .‬מכאן התא חוזר לשגרה‪.‬‬
‫שוב‪ ,‬זהו מבנה של רגולון‪.‬‬
‫‪Negative vs. positive control‬‬
‫‪ 2‬סוגי הבקרות‪ -‬רפרסור ואקטיבטור‪.‬‬
‫בקרה שלילית‬
‫פעילות הבקר (רפרסור) מובילה לירידה ברמת הביטוי של הגן המבוקר‪.‬‬
‫בקרה חיובית‬
‫פעילות הבקר (אקטיבטור) מובילה לעליה ברמת הביטוי של הגן המבוקר‪.‬‬
‫‪107‬‬

‫‪Inducible vs. repressed genes‬‬
‫‪Inducible‬‬
‫הרפרסור אינו פעיל בנוכחות בנוכחות‬

‫המשרן (‪.)inducer‬‬
‫למשל‪ ,‬אופרון הלקטוז‪.‬‬
‫‪ IPTG‬נקשר לרפרסור (אופרון הלקטוז) וכך‬

‫האפיניות של הרפרסור לדנ"א יורדת‪ -‬זוהי‬
‫בקרה חיובית‪.‬‬
‫‪repressed‬‬
‫הרפרסור פעיל רק בנוכחות בנוכחות הקו‪-‬רפרסור (‪.)co-repressor‬‬
‫למשל‪ ,‬אופרון הטריפטופן‪.‬‬
‫כאן‪ ,‬הקישור של האופרטור לדנ"א תלוי‬

‫בקישור למולקולה קטנה‪ .‬הפוך מאופרון‬
‫הלקטוז‪ .‬רפרסור אופרון הטריפטופן נקשר‬
‫לרפרסור כשעולה ריכוז הטריפטופן ואז יש‬
‫לו אפיניות גבוהה לדנ"א‪ .‬זוהי בקרה‬
‫שלילית‪.‬‬
‫אופרון הטריפטופן נתון לבקרה שלילית‬

‫על ידי הרפרסור ‪TrpR‬‬
‫מסתבר‪ ,‬שבחיידקים שאין להם רפרסור של‬

‫טריפטופן (מוטנטים) עדיין יש ביטוי מותנה‬
‫בהתאם לריכוז הטריפטופן! יש מערכת נוספת‬
‫שמכתיבה שעתוק מותנה של אופרון זה ( בנוסף‬
‫למערכת הקודמת)‪.‬‬
‫‪Attenuation and the trp operon‬‬
‫(אטנואציה = החלשה‪ ,‬דילול‪ ,‬כיבוי)‬
‫התגלה ע"י צ'רלס יאנופסקי‬
‫שעתוק בחיידקים מצומד לתרגום‬
‫המנגנון נקרא אנטנואציה שקיים רק בחיידקים‪ .‬התכונה שקיימת רק בחיידקים ונקראת צימוד בין‬
‫שעתוק לתרגום היא חשובה כאן‪ .‬באאוקריוטים ה‪ mRNA‬צריך לצאת מהציטופלסמה ורק אז הוא‬
‫יכול להתחיל לשעתק‪ .‬בחיידקים הרנ"א פולימראז יכול מיד להתחיל לפעול‪ .‬ניתן לראות בתמונה‬
‫שהריבוזום התקדם תוך כדי שהרנ"א נבנה‪ .‬ככל שהמסנג'ר רנ"א מתארך כך יש עליו יותר ריבוזומים‬
‫‪108‬‬

‫שמכפילים אותו‪ .‬כל ריבוזום מתחיל שעתוק בנקודה נפרדת‪ .‬הריבוזום יפול מהרנ"א כשיגיע לנקודת‬
‫סיום תרגום‪ .‬השעתוק בחיידקים מצומד לתרגום! באאוקריוטים זה לא כך‪ mRNA ,‬קודם ייבנה על ידי‬
‫הרנ"א פולימראז‪ ,‬יצא מהגרעין אל‬
‫הרשתית האנדופלסמתית‪ ,‬שם‬
‫יפגוש ריבוזומים ויתחיל תרגום‬
‫לחלבון‪.‬‬
‫מעבדתו של ‪ Yanofsky‬גילתה ש‪-‬‬

‫‪ deletions‬שכללו את קטע ה‪DNA -‬‬
‫שבין האופרטור ל‪ ,trpE -‬גרמו‬
‫לעלייה (פי ‪ 4‬עד פי ‪ )8‬בביטוי‬
‫האופרון‪.‬‬
‫הצימוד בין שעתוק לתרגום בחיידקים מנוצל לבקרה‪ .‬יצורים לא מפספסים הזדמנויות לבקר!‬
‫אופרון הטריפטופן‪ -‬הגן הראשון ‪ trpE‬ואז עוד גנים‪ .‬הקטע בין ה ‪ trpE‬לפרומוטור והאופרטור שהוא‬
‫חשוב לאמצעי הבקרה‪ .‬ללא החלק הזה יש יותר ביטוי של הגנים‪ .‬קראו לו ‪ )LEADER( trp L‬שיכול‬
‫ליצור מבנים שניוניים ברנ"א!‬
‫מוטציות החסר התמפו לקטע ‪ DNA‬אשר משועתק ל‪mRNA -‬‬

‫(להבדיל מהאופרטור והפרומוטר)‪.‬‬
‫קטע ‪ DNA‬זה נקרא ‪ leader‬והועלתה ההשערה שאיזור זה‬

‫אחראי ל‪!transcription termination -‬‬
‫ה‪ mRNA -‬של ה‪ leader sequence -‬יכול ליצור שני מבנים אלטרנטיביים‪:‬‬
‫שני ‪ stem&loop‬באמצעות היברידיזציה של רצף מס' ‪ 1‬ורצף מס' ‪ 2‬ובאמצעות היברידיזציה‬ ‫•‬
‫של רצף מס' ‪ 3‬ורצף מס' ‪.4‬‬
‫‪ stem&loop‬בין רצף מס' ‪ 2‬לרצף מס' ‪.3‬‬ ‫•‬
‫יכול ליצור שני מבנים אלטרנטיבים‪ .‬המבנה מכיל ‪ 4‬חלקים‪ .‬החלקים יכולים לעבוד היברדיזציה זה עם‬
‫זה‪ .‬החלק השמאלי יהיה היברדיזציה של ‪ 1‬עם ‪ 2‬ו‪ 3‬עם ‪ .4‬המבנה האלטרנטיבי (מבנה ימני) הוא‬
‫היברדיזציה של ‪ 2‬עם ‪.3‬‬
‫‪ 2‬המצבים נוגדים זה את זה ונתונים לבקרה של נוכחות טריפטופן‪.‬‬

‫שורש העניין נעוץ בכך שהמבנים האלה הם אלטרנטיבים‪ 3 .‬ו‪4-‬‬
‫יווצר רק בתנאי ש‪ 2‬לא נצמד ל‪( 3‬וכך גם צימוד ‪ 1‬ו‪ .)2‬אין הבדל‬
‫באפיניות החלקים‪ ,‬אז משהו אחר משפיע על הבקרה (מנגנון‬
‫שמוכתב ע"י טריפטופן)‪.‬‬
‫‪ 3-4 stem&loop‬הוא טרמינטור המונע את המשך שעתוק אופרון‬

‫הטריפטופן!‬
‫‪109‬‬

‫הבקרה היא כזו שבנוכחות טריפטופן‪ ,‬נוצר הטרמינטור ולפיכך נמנע שעתוק של ה ‪Trp‬‬
‫‪Terminator (attenuator) .biosynthetic genes‬‬
‫בהיעדר טריפטופן נוצר המבנה האלטרנטיבי ונמשך שעתוק הגנים הביוסינטתיים‪.‬‬
‫כיצד נוצרים המבנים השניוניים הנ"ל בתגובה לנוכחות טריפטופן?‬
‫אנליזה של הרצף זיהתה ‪ orf‬היפותטי באורך ‪ 14‬ח' אמינו‬
‫המבנים השניוניים‪:‬‬
‫ה‪ LEADER‬מקודד לפפטיד קצר (הריבוזום‬

‫מתיישב עליו ב‪ AUG‬ויש לו סטופ קודון‪ ,‬הוא‬
‫מקודד לחומצות האמינו הכתובות)‪ .‬לפפטיד‬
‫אין תפקיד‪ ,‬אך יש עליו ‪ 2‬קודוני טריפטופן‬
‫(החומצה האמינית הנדירה ביותר)‪ .‬אם‬
‫מסתכלים על אופרונים אחרים רואים למשל תריאונין (שהיא נפוצה אך מקודדת כ‪ 10‬פעמים!)‪ .‬תפקיד‬
‫הטריפטופנים היא להגיב לנוכחות טריפטופן או להעדרו‪ .‬הריבוזום מתחיל סינתזה של ה ‪LEADER‬‬
‫והטריפטופנים מסתדרים בלולאה מספר ‪.1‬‬
‫אם יש מעט מאוד טריפטופן הריבוזום מתחיל לתרגם את‬

‫ה‪ mRNA‬של הלידר ונתקע בלולאה אחת (כי אין‬
‫טריפטופן)‪ .‬הפולימראז ממשיך בינתיים‪ ,‬נוצר הקידוד‬
‫למספר ‪ ,2‬אך חלק ‪ 1‬לא יכול להתחבר ל‪ 2‬כי על חלק ‪1‬‬
‫יש ריבוזום‪ ,‬ואז מתחבר ‪ 2‬ו‪.3‬‬
‫כשיש הרבה טריפטופן הריבוזום לא משתהה ו‪2‬‬

‫מסונתז‪ ,‬אך ‪ 3‬חסום לו ויכול לעבור היברדיזציה עם ‪.4‬‬
‫זה יוצר טרמינציה של השעתוק כך שרנ"א פולימראז‬
‫לא יכול לשעתק‪ .‬התהליך נקרא אטנואציה (נאמר‬
‫כבר)‪.‬‬
‫‪110‬‬

‫*עכשיו סרטון*‬
‫במצב הנוכחי יש טריפטופן והריבוזום שתרגם את ‪ 1‬יתחיל לתרגם את ‪ .2‬בו זמנית כבר יווצרו ‪ 3‬ו‪4-‬‬
‫שיתחברו לפני ש‪ 2‬יוכל להקשר ל‪.3‬‬
‫‪Riboswitch‬‬
‫בקרת תרגום בחיידקים‬
‫בקרת ביטוי באוקריוטים נעשית‬

‫באופן אינטנסיבי ברמת ה ‪.mRNA‬‬
‫ככלל‪ ,‬בחיידקים בקרה ברמת‬

‫התרגום אינה דומיננטית‪.‬‬
‫ואולם‪ ,‬ישנם מקרים בהם מווסת‬

‫תרגום ה ‪ mRNA‬בהתאם לתנאים‬
‫פיסיולוגיים שונים‪.‬‬
‫במקרים אלה‪ ,‬ה‪ )5’ UTR =( 5’ untranslated region -‬של ה‪mRNA -‬‬
‫יוצר מבנים שניוניים אלטרנטיבים בהתאם לקישור מטבוליט‪.‬‬
‫מבנים אלה קרויים ‪ Riboswitch‬וקובעים את מידת הנגישות של‬

‫הריבוזום לאזור תחילת התרגום‪.‬‬
‫דוגמא‪ :‬סינטזת ‪ thiamin‬ב‪ Bacilus subtillis -‬מבוקרת על ידי קישור של‬

‫‪ thiamin‬ל‪ 5’ UTR -‬של גנים לביוסינטזה של ‪.thiamine‬‬
‫כיצד חש התא שינויים בתנאי הסביבה?‬
‫למדנו כיצד יכול התא החיידקי לחוש בשינוי של ריכוז מטבוליטים‬

‫(לקטוז‪ ,‬גלוקוז‪ ,‬טריפטופן וכו')‪.‬‬
‫למדנו גם כיצד יכול התא החיידקי לחוש בשינויים פיסיקליים (טמפרטורה)‪.‬‬
‫כיצד חשים חיידקים בסיגנלים שאינם מגיעים לפנים התא? למשל‪ ,‬בשינוי ריכוז של חומרים שאינם‬
‫חודרי ממברנה‪.‬‬
‫‪111‬‬

‫‪Two-component systems‬‬
‫אלה הן מערכות פשוטות להעברת מסרים מן‬

‫החוץ אל הפנים‪.‬‬
‫הן מורכבות משני חלבונים‪:‬‬
‫‪ Sensor kinase‬טרנס‪-‬ממברנלי‬ ‫‪.1‬‬
‫‪ Response regulator‬ציטופלסמטי‬ ‫‪.2‬‬
‫ה‪ sensor kinase -‬חש בסיגנל ומזרחן‬ ‫‪.1‬‬

‫את עצמו על שייר היסטידין‪.‬‬
‫ה‪ sensor kinase -‬המזורחן מעביר את‬ ‫‪.2‬‬

‫הפוספט שלו לשייר אספרטט של ‪.response regulator‬‬
‫ה‪ response regulator -‬משופעל בעקבות הזרחון ובמצב זה הוא משפעל ביטוי גנטי‪.‬‬ ‫‪.3‬‬
‫זוהי הדגמה סכמטית פשוטה של‬

‫העברת הסיגנל‪.‬‬
‫‪112‬‬

lOMoARcPSD|6228193
‫האיור מתאר מגוון‬

Two- ‫מערכות‬
‫ ואת‬component
.‫תפקידיהן‬
113

‫הרצאה ‪ -11‬רקומבינציה‪:‬‬
‫‪#‬לא נכחתי בהרצאה ‪ 10‬על בקטריופאג'ים ולכן אין סיכום של הרצאה זו‪.‬‬
‫‪Horizontal gene transfer‬‬
‫בחוברת זה נקרא ‪Genetic‬‬

‫‪ ,accomodation‬אך זהו שם פחות מדויק‪.‬‬
‫השיעור די כבד‪ .‬במהלך השיעור נעבור על‬

‫כל מיני שלבים‪.‬‬
‫השיעור מאוד חשוב מ‪ 2‬טעמים‪:‬‬
‫חשוב להבנה של איך חיידקים מעבירים‬

‫גנים מאחד לשני (הורשה בחיידקים)‬
‫יש לתהליכים האלה חשיבות גבוהה‬

‫בתכונות של חיידקים בטבע‪.‬‬
‫עד היום כשדיברו על חיידקים דיברו על‬

‫‪ – Vertical gene transfer‬הורשה במנגנון‬
‫של חלוקה בינארית‪ .‬החיידק עובר מיטוזה‪.‬‬
‫במקרה הזה נדבר על הורשה פחות טריוויאלית ואינה כוללת בתוכה‬

‫רקומבינציה של המטען הגנטי‪ -‬אין בו שינוי‪ .‬בגלל זה חיידקים נחשבו לפני‬
‫הרבה זמן כיצורים חסרי גנים (כי גנים היו תמיד באאוקריוטים באסוציאציה עם‬
‫רקומבינציה)‪ .‬זהו ‪( horizontal gene transfer‬הורשה במאוזן)‪ ...‬הורשה מתא‬
‫אחד לתא שלידו‪.‬‬
‫מנגנוני הורשה הוריזונטלית‬
‫בעץ הפילוגנטי ניתן לראות כי בנוסף להתפצלות מינים אנכית יש גם מעבר‬

‫מאוזן של תכונות‪ ,‬שני האירועים המעצבים הם למשל מעבר מאוזן של‬
‫כלורופלסטים ומיטוכונדריה לתוך החיידקים‪ .‬שכיחות אירועים כאלה היא‬
‫אסטרונומית! יחד עם המעבר במאונך של הגנים ישנה המון החלפה של‬
‫תכ ונות בין אוכלוסיות של חיידקים‪ .‬עד כדי כך שקשה לפעמים להבין מיהו האב‬
‫הקדמון המשותף‪.‬‬
‫‪ 3‬המנגנונים המאפשרים זאת‪:‬‬
‫טרנסדוקציה (‪)transduction‬‬ ‫‪.1‬‬
‫טרנספורמציה (‪)transformation‬‬ ‫‪.2‬‬
‫קוניוגציה (‪)conjugation‬‬ ‫‪.3‬‬
‫‪Phage transduction‬‬
‫מנגנון המערב פאג'ים‪.‬‬
‫‪Generalized‬‬ ‫‪.1‬‬
‫‪Specialized‬‬ ‫‪.2‬‬
‫‪114‬‬

‫‪Generalized transduction‬‬
‫מחזור החיים של פאג' אלים (‪)lytic phage‬‬
‫מנגנון החיים של תא אלים‪ ,‬תוך כדי מנגנון זה‬

‫יש עיכול של הכרומוזום החיידקי‪.‬‬
‫בטרנסדוקציה קורה משהו אחר מאשר‬

‫המעגל הרגיל‪* -‬הראה לנו סרטון*‬
‫הפאג' נצמד לרצפטורים על פני תא החיידק‬

‫ומזריק את החומר הגנטי‪ .‬בשלב הבא יש‬
‫ביטוי של הגנים הנגיפיים‪ ,‬עיכול הכרומוזום‬
‫החיידקי ולעתים יש אריזה של דנ"א של‬
‫החיידק!!!‬
‫זה לא מפריע למנגנון ההדבקה‪ .‬התא יתפוצץ‬

‫והבקטריופאג'ים ילכו להדביק תאים חדשים‪.‬‬
‫גם הבקטריופאג' עם הדנ"א החיידקי יוכל‬
‫לתקוף‪.‬‬
‫תתרחש הדבקה אך הדנ"א החיידקי יוזרק לתוך התא‬

‫המקבל החדש‪ .‬כעת יכולה להתרחש רקומבינציה‪ ,‬במידה‬
‫והמטען הגנטי זהה בדיוק למטען החיידק לא נוכל לזהות‪,‬‬
‫אך במידה והדנ"א החדש שייך למין אחר או שעבר מוטציה‬
‫נראה שינוי בתכונות הדנ"א בחיידק המקבל‪.‬‬
‫במידה והחיידק אינו אותו החיידק ישנה השאלה האם הפאג'‬

‫יכול להדביק חיידקים ממינים שונים (חלקם יכולים)‪ .‬אם‬
‫ישנה הומולוגיה בין ‪ 2‬מקטעי הדנ"א תתכן רקומבינציה‬
‫וייתכן שינוי המטען הגנטי‪.‬‬
‫‪115‬‬

‫‪Specialized transduction‬‬
‫מחזור החיים של פאג' ליזוגני‬
‫טרנסדוקציה ספציפית‪ -‬כאן מדובר בפאג'ים‬

‫שהם מתונים (לא אלימים) – הכרומוזום‬
‫שלהם יודע להשתלב בכרומוזום החיידק‪.‬‬
‫בתנאים מסוימים הוא יודע גם לצאת ויכולה‬
‫להתרחש טעות‪.‬‬
‫כשהוא‬
‫יוצא‬
‫יכולה‬
‫להתרחש רקומבינציה ויכול לטעות ולקחת איתו חלק‬
‫מהכרומוזום החיידקי‪ .‬מכאן הוא הולך להדביק חיידק חדש‬
‫בדנ"א הנגיפי עם חלק מכרומוזום החיידק ויכולה להתרחש‬
‫רקומבינציה והחיידק החדש יישא עליו חתיכה שמקורה‬
‫בחיידק הקודם‪ .‬כאן המעבר לא אקראי וחייב לקרות בסמוך‬
‫למעבר הדנ"א הנגיפי‪.‬‬
‫אם ה‪ DNA -‬של הפאג' יעבור אינטגרציה לגנום חיידק חדש‪,‬‬

‫יעבור אינטגרציה גם ה ‪ DNA‬ש"נלקח" מן החיידק התורם‪.‬‬
‫בנוסף‪ ,‬אם ה ‪ DNA‬המוזרק הומולוגי ל ‪ DNA‬של החיידק‬

‫המקבל‪ ,‬תיתכן רקומבינציה הומולוגית ושחלוף גנים‪.‬‬
‫‪Transformation‬‬
‫כמו במגן לחלבון‪:‬‬
‫טרנספורמציה‪ -‬הסיפור התחיל ב‪ ,'28-‬רופא ביצע ניסוי בסטרפטוקוקוס ושם לב ל‪ 2‬מופעים של‬
‫החיידק‪ .‬אחד ‪( smooth‬חלק כי יש להם קפסולה)‪ ,‬ללא הקפסולה החיידק לא אלים ולא יכול‬
‫להתמודד בהצלחה עם מערכת החיסון של המאכסן‪ ,‬ומופעו שונה על פני הפלטות ומבעד‬
‫למיקרוסקופ‪ ,‬זהו מבנה מאוד מנופח ורירי‪ ..‬השני הוא ‪ -Rough‬הם נראים מאוד קטנים כי אין להם את‬
‫הקפסולה‪.‬‬
‫‪116‬‬

‫‪Smooth colonies (S) – pathogenic to‬‬

‫‪mice‬‬
‫‪Rough colonies (R) – non pathogenic‬‬
‫הניסוי של ‪Griffith‬‬
‫כאשר מזריקים לעכברים חיידקי ‪ S. pneumoniae‬בעלי מופע מחוספס‪,‬‬ ‫‪.1‬‬

‫העכברים חיים‪.‬‬
‫הוא הזריק לעכברים סטרפטוקוקוס את אלו שלא מדביקים טוב‪ ,‬בעלי‬

‫המופע המחוספס‪ .‬מזריקים לעכברים והם חיים (קבוצת ביקורת)‪.‬‬
‫‪ .2‬כאשר מזריקים חיידקים בעלי מופע חלק‪ ,‬העכברים מתים‪.‬‬
‫בהזרקה של חלקים העכברים מתים (גם ביקורת)‪.‬‬
‫‪ . 3‬כאשר מרתיחים את החיידקים בעלי המופע החלק טרם הזרקתם‪ ,‬העכברים‬

‫חיים‪.‬‬
‫כאשר מזריקים את החיידקים לאחר הרתחת החיידקים העכברים חיים‬

‫(החיידקים מתים)‪.‬‬
‫‪ .4‬כאשר מרתיחים את החיידקים בעלי המופע החלק‪ ,‬לאחר ההרתחה מערבבים‬

‫אותם עם בעלי מופע מחוספס ומזריקים לעכברים ‪ -‬העכברים מתים!‬
‫הניסוי הלא צפוי! מרתיחים חיידקים בעלי מופע חלק‪ ,‬לאחר מכן מערבבים‬
‫אותם עם חיידקים בעלי מופע מחוספס‪ ,‬לכאורה לא צפוי לקרות דבר‬
‫והעכברים אמורים לחיות‪ .‬אך כמובן שזה לא נכון‪ ,‬העכברים מתו!‬
‫כשהוא לקח את הטחול של העכברים ראה את החיידקים בעלי המופע‬

‫החלק! כלומר‪ ,‬בעלי המופע המחוספס למדו את המופע החלק‪.‬‬
‫‪117‬‬

‫‪ Griffith‬קרא לתופעה טרנספורמציה (= שינוי צורה)‪.‬‬
‫גריפית הבין שאיזשהו חומר מהחיידקים המתים עבר לתוך המחוספסים ושינה‬
‫את צורתם מה שהפך אותם לפתוגניים (אז עוד לא ידעו שדנ"א הוא החומר‬
‫התורשתי)‪.‬‬
‫שש שנים מאוחר יותר‪ ,‬ב ‪ ,1944‬חוקר בשם ‪ Oswald Avery‬הראה שה‪-‬‬
‫‪ transforming agent‬הוא ‪ .DNA‬זו הייתה העדות הראשונה לכך שה‪ DNA-‬הוא‬
‫החומר התורשתי!‬
‫אייברי פתר את התעלומה‪ -‬הוא הראה שה‪ transforming agent‬הוא ‪ .DNA‬הוא‬

‫שכלל את הניסוי‪.‬‬
‫‪ Avery‬הרתיח תרבית חיידקים חלקים‪ ,‬ולאחר מכן סינן‬

‫את תרחיף התאים המורתחים לקבלת ליזאט (‪)lysate‬‬
‫הומוגני‪.‬‬
‫לאחר הרתחת החיידקים לקח את הליזאט שלהם‬

‫והרתיח‪.‬‬
‫לאחר מכן‪ Avery ,‬חילק את הליזאט למספר מבחנות‬

‫ולכל אחת מהן הוסיף אנזים הידרוליטי שונה ( ‪RNAse,‬‬
‫‪.)DNAse, Protease‬‬
‫הוא טיפל בחיידקים בדנ"א בלבד והתרחשה טרנספורמציה‪ ,‬אם הוא הרס רנ"א הייתה טרנספורמציה‬
‫אך בעזרת ‪ Dnase‬לא הייתה טרנספורמציה‪ .‬כלומר‪ ,‬דנ"א הוא החומר המועבר‪.‬‬
‫לאחר מכן‪ ,‬הוסיף ‪ Avery‬את הליזאטים המטופלים לתרביות חיידקים מחוספסים‪.‬‬
‫לאחר מכן‪ ,‬הוסיף ‪ Avery‬את הליזאטים‬

‫המטופלים לתרביות חיידקים מחוספסים‪.‬‬
‫המסקנה מרחיקת הלכת של הניסוי לא הכתה גלים מיד בשל ספקנות רבה של הקהילייה המדעית‪.‬‬
‫חלפו ‪ 8‬שנים‪ ,‬בהן נצברו עדויות נוספות להיותו של ה‪ DNA -‬החומר התורשתי‪ ,‬עד להכרה בעבודתו‬
‫של ‪ Avery‬כפורצת דרך‪.‬‬
‫‪118‬‬

‫לגבי הורשה בחיידקים‪ ,‬הניסויים של ‪ Griffith‬ו‪ Avery -‬היו העדות הראשונה לכך שחיידקים (לא כולם)‬
‫יכולים לקבל ‪ DNA‬מן הסביבה‪ .‬ה ‪ DNA‬יכול‬
‫לעבור אינטגרציה לגנום החיידק ולהביא‬
‫לביטוי של תכונות חדשות‪.‬‬
‫התברר מנגנון של מעבר גנים הוריזונטלי‪.‬‬

‫כלומר‪ ,‬יש מעבר חומר גנטי בין חיידקים‪ .‬ב‬
‫‪ E.coli‬אין את זה אך ברוב חיידקים זה קיים‪.‬‬
‫‪Conjugation‬‬
‫קוניוגציה‪ -‬מעבר התכונות המשמעותי ביותר בין חיידקים‪.‬‬
‫לפני הרבה זמן חיידקים נחשבו ליצורים חסרי גנים והמונח גן‬
‫היה קיים תמיד באסוציאציה עם רקומבינציה‪ .‬בחיידקים היה‬
‫מעבר של הכרומוזום מתא אם לתא בת ללא כל שינוי‪ .‬רק לאחר‬
‫הרבה זמן הבינו שהדנ"א הוא החומר התורשתי‪.‬‬
‫ההשערות‪:‬‬
‫גנים חיידקיים שונים במהותם מגנים אאוקריוטים‪.‬‬ ‫‪.1‬‬
‫רקומבינציה מתרחשת גם בחיידקים‪ ,‬אך טרם התגלתה‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫ג'ושוע מייל לדרברג החליט לבדוק היתכנות רקומבינציה ב‪.e.coli‬‬
‫ערבבו שני מיני חיידקים וההנחה עד אותו הזמן שלא היה זיווג בין חיידקים שונים‪ .‬האם ייתכן שתא‬
‫יכיל חומר זהה לשני המינים?‬
‫האם התהליך הבא מתרחש בחיידקים?‬
‫בעיה‪ :‬אם ישנם רקומביננטים‪ ,‬הסיכוי להופעתם אינו גבוה מהסיכוי להופעה של רברטנטים‬
‫(‪ .)revertants‬היינו‪ ,‬לא ניתן לזהות הופעת של רקומביננטים‪.‬‬
‫שינוי תכונה הוא למשל עמידות לאנטיביוטיקה‪,‬‬

‫בשלב הזה העדיפו לבדוק האם חיידקים יכולים‬
‫לגדול ללא ח‪.‬אמינו מסוימת‪ .‬למשל ‪ thr-‬צריך‬
‫טריאונין במצע‪ .‬חיידק שהוא ‪ met-‬חייב מתיונין‪.‬‬
‫הוא זרע חיידקים במצע שלא מכיל לא טריאונין‬
‫ולא מתיונין‪ .‬רק אם הצאצא יוכל לסנתז את‬
‫שניהם יגדלו חיידקים‪.‬‬
‫התוצאה‪ -‬מכל ‪ 10^7‬חיידקים מצאו אחד‬

‫פרוטוטרוף (שעבר ערבוב)‪ .‬כלומר בתדירות הזו‬
‫לא הייתה רקומבינציה‪ .‬התוצאה הייתה תוצר‬
‫של רברסיה במוטציה!‬
‫‪119‬‬

‫על מנת לתקן זאת‪ ,‬הוא בדק שלושה משתנים וכך הסיכוי למוטנטים רברטנטים של ‪ 3‬ח‪.‬אמינו לא‬
‫סביר שייקרה‪.‬‬
‫רק כשהוא ערבב אותם מצא ‪ 1‬ל‪10^7 -‬‬

‫רברטנטים! מסקנתו הנכונה‪ ,‬תתכן‬
‫רקומבינציה של תכונות גנטיות‬
‫בחיידקים‪ .‬האם הוא צדק או שמא‬
‫התרחשה טרנספורמציה‪ ,‬כלומר חלק‬
‫מהחיידקים התפרקו והדנ"א עבר למוטנט‬
‫השני (כלומר זה לא מנגנון שלא ידעו!)‬
‫מסקנה‪ :‬תיתכן רקומבינציה של תכונות‬

‫גנטיות בחיידקים‬
‫מה הסיבה להופעת פרוטוטרופים?‬
‫האם התרחשה טרנספורמציה?‬
‫לחילופין‪ ,‬האם חל תהליך של ‪?cross-feeding‬‬

‫היינו‪ ,‬האם מוטנט מטיפוס אחד מפריש‬
‫מטבוליטים המנוצלים על ידי המוטנט האחר?‬
‫הוא ביצע ניסוי חדש‪ .‬פילטר לחיידקים גדולים‬

‫שלא יכולים לעבור‪ ,‬ואז אין רקומביננטים! כלומר‪,‬‬
‫חייב בשביל רקומבינציה שיהיה מגע בין‬
‫חיידקים‪ -‬לא מתרחשת טרספורמציה אלא‬
‫משהו חדש‪ -‬קוניוגציה!!!‬
‫מסקנה‪ :‬בניסוי של ‪ ,Lederberg‬הופעת‬

‫רקומביננטים מותנית במגע בין החיידקים‪.‬‬
‫‪ Ledegberg‬כינה את התהליך ‪.Conjugation‬‬
‫זכה בנובל ‪‬‬
‫זוכרים את האיור הזה?‬
‫‪120‬‬

‫זה מה שלדרברג חשב והוא הניח שנוצרת איזושהי זיגוטה שבה כל הכרומוזום של חיידק אחד‬
‫מתערבב עם חיידק שני‪ .‬הוא לא הצליח לפתור את זה‪ .‬ביל הייז היה זה שפתר את זה‪.‬‬
‫הניסוי של ביל הייז‪ :‬לקח מוטנט אחד בלי טריאונין ובלי לאוצין ומוטנט כפול אחד‪ .‬במקום לערבבם‬
‫הוא לקח את מוטנט ‪ A‬וטיפל בו בסטרפטומיצין שהיא אנטיביוטיקה בקטריוצידית שהורגת את‬
‫החיידק ושטף אותה (החיידק עדיין מת)‪ .‬אך היא אינה בקטריוליטית ותא החיידק עדיין שלם!‬
‫הריבוזומים שלו משותקים והוא לא יכול לסתנז חלבונים‪ .‬כששם אותו על מצעים שונים ואף בערבוב‬
‫עם החיידק השני אין מושבות‪.‬‬
‫מסקנה‪ :‬זן ‪ A‬צריך להיות בחיים כדי שיתקבלו רקומביננטים‬
‫כשמחליפים בין הטיפול בחיידקים התרחשה רקומבינציה למרות שזן ‪ B‬היה מת בעת הקוניוגציה!‬
‫מסקנה‪ :‬זן ‪ B‬אינו צריך להיות בחיים כדי שיתקבלו רקומביננטים!‬
‫לזן ‪ A‬ולזן ‪ B‬תפקידים שונים בקוניוגציה‬
‫‪ Hayes‬הציע‪ :‬זן ‪ A‬מקבל את התכונות מזן ‪ .B‬היינו‪ ,‬זן ‪ A‬הוא ה ‪ recipient‬ואילו זן ‪ B‬הוא ה ‪.donor‬‬
‫ניסיונות מבריקים אחרים הראו שתפקידיהם שונים ובן זוג אחד תורם שבריר לתוך בין הזוג השני‪,‬‬
‫כלומר רק מספר מצומצם של תכונות מהתורם עובר למקבל‪ .‬זה לא ששניהם יוצרים תא אחד‪ ,‬אלא‬
‫חיבור רגעי מאפשר מעבר של חלק מה תכונות של החיידק הראשון (שנשאר ללא שינוי) ובעזרת‬
‫רקומבינציה החיידקים השניים השתנו‪ .‬היכולת לתרום נקראת ‪ Fertility‬וחיידק תורם הוא ‪ F+‬וחיידק‬
‫מקבל הוא ‪ .F-‬החיידקים המקוריים היו אוקסוטרופים והרקומביננטים פרוטוטרופיים‪.‬‬
‫‪121‬‬

‫לימים‪ ,‬התברר שלתכונת הפוריות אחראי‬

‫פלסמיד מעגלי שנקרא ‪.F‬‬
‫התגלה פלסמיד שמאפשר שכפול ומתקיים‬

‫במקביל לכרומוזום החיידקי בעקרון‪ .‬זהו‬
‫הפלסמיד הראשון שהתגלה והוא די גדול‪ .‬עליו‬
‫יש ‪ oriV‬ו‪ ,oriT‬יש לו קבוצת גנים שלמה‬
‫שנקראת ‪ tra Genes‬המקודדים לכל החלבונים‬
‫הנחוצים לקוניוגציה ויש לו רצפים ‪IS3 ,IS2‬‬
‫ועוד כמה‪.‬‬
‫פלסמיד (‪ = )plasmid‬רפליקון (‪)replicon‬‬
‫על מנת להתקיים בתא החיידק‪ ,‬חייבים פלסמידים להיות בעלי יכולת שכפול‪.‬‬
‫לפיכך‪ ,‬חייבים פלסמידים להיות בעלי רצף‬

‫‪.)ori( Origin of replication‬‬
‫כמו כן‪ ,‬פלסמידים מקודדים לחלבונים מועטים‬

‫(בד"כ אחד או שניים) המזהים את ה ‪ ori‬שלהם‬
‫ומגייסים את מערכת השכפול של התא‪.‬‬
‫‪ -oriV‬כאן מתחילה הכפלת הפלסמיד‪.‬‬

‫הרפליקון צריך ‪ ori‬שנבדל מה‪ ori‬החיידקי וזהו הנפוץ בפלסמידים‪ .‬הוא מכתיב מנגנון דו שלבי בשם‬
‫תטא רפליקיישן שהוא נראה בצורה של תטא (האות היוונית)‪ .‬זוהי הכפלה בכיוונים מנוגדים‪.‬‬
‫ל ‪ F-plasmid‬יש ‪ )oriV( ori‬המכתיב שכפול דו‪-‬כווני‪ ,‬על ידי יצירה של שני מזלגות הכפלה‪.‬‬
‫מנגנון הכפלה זה נפוץ בפלסמידים רבים (קיים גם ב ‪ DNA‬הכרומוזומלי) ונקרא ‪Theta replication‬‬
‫כיוון שנוצרת צורה הדומה לאות היוונית ‪.)q( theta‬‬
‫‪ .Theta replication‬במקביל גם ה‪ F‬מכפיל את עצמו ע"י שכפול מה‪.oriV‬‬
‫‪tra genes‬‬
‫‪122‬‬

‫ה ‪ F plasmid‬נמצא בחיידק התורם ועובר בקוניוגציה אל התא המקבל‪.‬‬
‫ליכולת זו אחראים גנים הנמצאים על ה ‪.F plasmid -‬‬
‫לגנים אלה קוראים ‪ tra genes‬כיוון שהם אחראים ל ‪ transfer‬של‬

‫הפלסמיד‪.‬‬
‫גנים אלה מקודדים לחלבוני מערכת ה‪mating pair =( Mpf -‬‬

‫‪.)formation system‬‬
‫הפלסמיד נמצא בחיידק התורם והפלסמיד עצמו עובר מהתא‬

‫הקודם לתא המקבל‪ .‬חיידק שיש לו ‪ F‬פלסמיד הוא ‪ .F+‬תא תורם‬
‫ותא מקבל‪ -‬הפלסמיד מועבר‪.‬‬
‫בסוף התהליך מתקבלים ‪ 2‬חיידקים שהם ‪ .+F‬ליכולת אחראים‬

‫גנים שהם ‪.tra genes‬‬
‫אחד המאפיינים הבולטים של מערכת ה ‪ Mpf‬הוא ה‪ ,F pilus -‬או בשמו האחר‪.sex pilus :‬‬
‫ה‪ F pilus -‬נמצא בחיידק התורם וחיוני לקוניוגציה‪.‬‬
‫ה‪ F‬פילוס תופס את התא המקבל‪ ,‬מתקצר ונוצר גשר ציטופלסמתי שדרכו עובר הפלסמיד‪.‬‬
‫חשוב‪ :‬ה ‪ DNA‬אינו עובר‬

‫דרך ה ‪!F-pilus‬‬
‫‪123‬‬

‫ה‪ F pilus -‬בנוי מיחידות חוזרות של החלבון ‪ .Pilin‬חלבון‬

‫זה מקודד על ידי הגן ‪.traA‬‬
‫גנים רבים נוספים מעורבים בטרנספורט של ה ‪Pilin‬‬

‫(מן הציטופלסמה אל מחוץ לדופן) ובבניית מערכת ה‬
‫‪.Mpf‬‬
‫ישנה קבוצה שלמה של חלבונים שמשתתפת בתהליך‬

‫הקוניוגציה ומקודדים על ידי ה‪ ,tra genes‬לא צריך‬
‫לדעת אילו חלבונים אך יש לדעת שפילוס אינו היחיד‬
‫המעורב בכך‪.‬‬
‫העיגולים הירוקים הם בקטריופאג'ים הנצמדים לפילוס‪.‬‬
‫בעזרת סמן פלואורסנטי על הבקטריופאג'ים ניתן לעקוב אחר‬

‫תנועת הפילוס לעבר חיידק אחר‪.‬‬
‫*הראה ‪ 2‬סרטים קצרים* של התארכות הפילוס‪ ,‬מציאת חיידק‬

‫אחר‪.‬‬
‫על ידי שימוש בפאג' ‪ R17‬מהונדס המחובר לפלואורופור (ירוק‬

‫בתמונה)‪ ,‬ניתן לעקוב אחר דינמיקה של התארכות וכיווץ ה ‪F-‬‬
‫‪.pilus‬‬
‫החיידקים מבטאים חלבון פלואורסצנטי הפולט אור באורך גל‬

‫שונה (אדום בתמונה)‪.‬‬
‫*אנימציה נוספת*‬
‫ה‪ F‬פלסמיד עובר מ‪ +F‬ל ‪.-F‬‬
‫קיימים רצפטורים חשובים על פני‬

‫דופן התא המקבל שאליהם ייקשר‬
‫ה‪ F‬פילוס‪ .‬יש איזשהו אנדונוקלאז‬
‫שפותח ‪ origin of transfer‬שגורם‬
‫לשכפול ובתוך התא השני‬
‫מושלמת הכפלתו‪ .‬כך‪ ,‬נוצר פלסמיד חדש בחיידק ה‪-F‬‬
‫ל ‪ F-plasmid‬יש שני ‪:origin of replication‬‬
‫האחד‪ oriV ,‬משמש להכפלה בתוך החיידק התורם ללא‬

‫קשר לקוניוגציה‪.‬‬
‫השני משמש להכפלת הפלסמיד במהלך הקוניוגציה והוא‬

‫נקרא ‪.)origin of transfer =( oriT‬‬
‫‪ oriV‬הוא זה שמאפשר את שכפול כל התא הרגיל‪ ,‬אך‬

‫‪ oriT‬הוא זה שגורם לשכפול הדנ"א במנגנון שכפול שונה‬
‫משכפול תטא‪.‬‬
‫כאמור‪ oriV ,‬מאתחל הכפלה במנגנון ‪.q‬‬
‫‪124‬‬

‫לעומת זאת‪ oriT ,‬מאתחל הכפלה במנגנון של ‪.rolling circle‬‬
‫מנגנון העברת ה ‪ DNA‬בקוניוגציה‬
‫תא תורם ומקבל‪ ,‬כאשר אנדונוקלאז מתחיל בחיתוך אחד הגדילים‬

‫באיזור ה‪.oriT‬‬
‫בשלב הבא חלק מהחלבונים שמקורם ב ‪tra‬‬

‫‪ Genes‬גורמים למעבר של הפלסמיד החדש החד‬
‫גדילי ומעבירים אותו לתא המקבל‪ .‬המנגנון נקרא‬
‫‪ ,rolling circle‬כמו כשמושכים נייר טואלט והוא‬
‫ממשיך להסתובב‪XP ...‬‬
‫בזכות מנגנון זה‪ ,‬ברגע שהגדיל הפנימי מופרד‬

‫מהגדיל הישן החיצוני‪ ,‬דנ"א פולימראז רץ על‬
‫הגדיל הפנימי ומשכפל אותו‪.‬‬
‫התנועה היא כך שה ‪ oriT‬הוא החלק הראשון‬

‫שיוצא‪.‬‬
‫כשהחד גדיל מגיע לתא השני נוצרים מקטעי‬

‫אוקאזקי (מפני שהפלסמיד החודר מתחיל‬
‫בקצה ‪ '5‬בגלל השכפול)‪ .‬נוצר מצב שבו חצי‬
‫מהפלסמיד המקורי נמצא ב‪ 2‬החיידקים‪.‬‬
‫‪125‬‬

‫התוצר הוא חצי פלסמיד ישן שהוא חיצוני בתא‬

‫התורם ופנימי בתא המקבל – כמו בציור‪.‬‬
‫כיצד עוברים גנים כרומוזומליים מן החיידק התורם‬

‫לחיידק המקבל?‬
‫אינטגרציה של ה ‪ F-plasmid‬לכרומוזום החיידק התורם‪:‬‬
‫ב ‪ F-plasmid‬ישנם קטעי ‪ DNA‬בעלי רצף זהה לקטעי ‪DNA‬‬

‫בכרומוזום החיידק‪.‬‬
‫רצפים אלה נקראים ‪ insertion sequences‬והם נמצאים‬

‫במספר עותקים בכרומוזום‪.‬‬
‫למשל‪ IS2 ,‬נמצא בגנום של ‪ E. coli‬בחמישה עותקים‪.‬‬
‫‪ .IS- Insertion Sequences‬נמצאים בכרומוזום החיידקי‬

‫ומאפשרים ‪ site specific recombination‬לאתר ספציפי‪.‬‬
‫ה ‪ insertion sequences‬משמשים לרקומבינציה‬

‫הומולוגית בין ה‪ F-plasmid -‬והכרומוזום החיידקי‪.‬‬
‫כתוצאה משחלוף כזה‪ ,‬עובר ה‪ F-plasmid -‬אינטגרציה‬

‫לכרומוזום‪.‬‬
‫פלסמיד בעל יכולת אינטגרציה לכרומוזום נקרא אפיזום‬

‫(‪.)episome‬‬
‫כל הפלסמיד הופך ללא מעגלי (אינטגרציה) לתוך‬

‫הכרומוזום בגלל הרקומבינציה! בכל קצה יש ‪.IS2‬‬
‫פלסמיד ‪ F‬הוא הבולט מהפלסמידים שיודעים לעבור‬
‫אינטגרציה ויכולת זו מקנה לו את השם אפיזום‪.‬‬
‫ישנם הרבה אתרי ‪ Insertion sequence‬ולכן הוא‬

‫יכול לעבור אינטגרציה בהרבה מקומות (שלא‬
‫כמו בקטריופאג')‪.‬‬
‫‪126‬‬

‫הוא עובר אינטגרציה אך משמר את היכולת לקודד לחלבוני ה‪ ,tra‬נוצר פילוס גם כשה‪ F‬פלסמיד‬
‫בכרומוזום ומתרחשת העברה גם כשה ‪ F‬פלסמיד בכרומוזום‪ .‬במידה ונתחיל ב‪ oriT‬כשיש חיבור‬
‫לכרומוזום זה יגרום למעבר של כלללל הכרומוזום החיידקי‪* .‬סרטון*‬
‫תא שהכרומוזום שלו עבר אינטגרציה על ידי הפלסמיד נקרא תא ‪ -HFR‬יוסבר בהמשך‪.‬‬
‫במצב החדש מתרחשת העברה של הפלסמיד ביחד עם הגנים של הכרומוזום אך בגלל שהכרומוזום‬
‫ארוך מאוד זה לוקח המון זמן‪ ,‬ובפועל עם הזמן המבנה הזה מתפרק והדנ"א המועבר נשבר לפני תוך‬
‫ההעברה (לרוב תהליך של מעבר כל הכרומוזום לוקח כ ‪ 90‬דקות אך רק אחרי דקות אחדות יש‬
‫פירוק)‪.‬‬
‫במנגנון הזה ה‪ tra genes‬לא עברו והחיידק המקבל לא יכול להיות ‪ +F‬למרות שקיבל גנים אחרים‪.‬‬
‫הוא מסתובב עם דנ"א בתא שיכול לעבור עיכול ע"י אנדונוקלאזות שבתא‪ .‬רק אם ישנה הומולוגיה בין‬
‫החלק הזה לגנים של החיידק יכולה להתרחש רקומבינציה‪ ...‬מתקבל שינוי תכונות‪-‬וזה מה שלדרברג‬
‫ראה‪ -‬אוקסוטרוף הפך להיות פרוטוטרוף‪.‬‬
‫בניסוי הקוניוגציה של ‪( Lederberg‬מתואר בשקפים‬

‫קודמים) התקבלו רקומביננטים בתדירות נמוכה של‬
‫‪ .1:107‬מבלי לדעת זאת‪ ,‬עבד ‪ Lederberg‬עם תרבית ‪F+‬‬
‫המכילה מספר פרטים שבהם עבר ה ‪F-plasmid‬‬
‫אינטגרציה לכרומוזום‪.‬‬
‫‪127‬‬

‫רק חלק קטן מאוכלוסייה של חיידקי ‪ +F‬הם כאלה שבהם ה‪ F‬פלסמיד עבר אינטגרציה לתוך‬
‫הכרומוזום‪ .‬כלומר‪ ,‬רוב התאים באוכלוסייה הזאת הם‬
‫כאלה שבהם הפלסמיד הוא אפיזום מעגלי מחוץ‬
‫לכרומוזום‪ ,‬אך ישנם תאים בודדים בהם הפלסמיד עבר‬
‫אינטגרציה לתוך הכרומוזום‪ .‬לדרברג לא עבד עם‬
‫אוכלוסייה הומוגנית‪ ,‬אלא עם מיעוט שהוא בעל פלסמיד‬
‫בתוך הכרומוזום‪ ,‬ורק אלה (המיעוט) יכלו להעביר תכונות‪.‬‬
‫רוב החיידקים העבירו את ה‪ F‬פלסמיד‪ .‬הוא לא איתר‬
‫מעבר של פלסמיד וראה רק את התוצאה של קוניוגציה‬
‫בין התאים האלה לתאי המקבל‪.‬‬
‫רק פרטים אלה יכלו להעביר ‪ DNA‬כרומוזומלי ולגרום‬

‫להופעת רקומביננטים!‬
‫לאחר מספר שנים חוקרים בודדו אוכלוסייה שלמה שבהם‬

‫כל הפרטים הם עם פלסמיד בנמצא באינטגרציה‬
‫לכרומוזום‪ ,‬בקירוב כמעט ‪ 100%‬מהאוכלוסייה הם תורמים שיכולים להעביר דנ"א כרומוזומלי‪ .‬כאן‬
‫יעילות הרקומבינציה גבוהה יותר בערך פי ‪!1000‬‬
‫הזנים האלה נקראו ‪ ,High Frequency of Recombination‬ובקיצור‪.Hfr :‬‬
‫באוכלוסיית ‪ HFR‬כמעט בכל התאים הפלסמיד ‪ F‬נמצא באינטגרציה לכרומוזום‪.‬‬
‫זן ‪ Hfr‬הוא תבדיד שנוצר מחיידק בודד שבו ה ‪ F-plasmid‬באינטגרציה לכרומוזום‪.‬‬
‫לפיכך‪ ,‬בזני ‪ Hfr‬נמצא ה ‪ F‬במיקום זהה בכרומוזום בכל הפרטים באוכלוסיה!‬
‫ה‪ tra genes‬הם הראשונים שעוברים‪ ,‬אך כאשר מדובר בכרומוזום‬

‫שלם ה ‪ tra genes‬עוברים בסוף‪ ...‬כך שלא קורה כמעט שהם‬
‫עוברים‪.‬‬
‫כתוצאה ממיקום ה‪ tra genes -‬על ה ‪ F-plasmid‬ביחס ל ‪,oriT‬‬

‫גנים אלה עוברים אחרונים בקוניוגציה‪.‬‬
‫כאשר התורם הוא ‪ ,Hfr‬המגע בין החיידקים ניתק בד"כ לפני שה‪-‬‬
‫‪ tra genes‬עוברים למקבל‪.‬‬
‫כתוצאה מכך‪ ,‬בתום קוניוגציית ‪ ,Hfr‬המקבל נשאר ‪.F-‬‬
‫מידע על וריאציה של קוניוגציה שלא דיברנו עליה‪( .‬השקף הזה‬

‫שנוצרת ישות בשם ‪:)'F‬‬
‫כאמור‪ ,‬ה‪ F-plasmid-‬יכול לעבור אינטגרציה לכרומוזום דרך ה‬

‫‪ .Insertion sequences‬באותו אופן‪ ,‬יכול ה ‪ F‬לצאת מן הכרומוזום‪.‬‬
‫‪128‬‬

‫כיוון שישנם מספר ‪ IS‬בכרומוזום‪ ,‬ה‪ F -‬יכול‬

‫לצאת ו"לסחוב" איתו חלק מן הכרומוזום‪ .‬אז‬
‫הוא נקרא ’‪( F‬מבטאים‪ F" :‬פריים")‪.‬‬
‫’‪ F‬יכול להעביר למקבל גנים אשר בד"כ לא‬

‫מועברים על ידי ה ‪ Hfr‬המקורי‪ .‬למשל‪ ,‬הגן ‪a‬‬
‫באיור‪.‬‬
‫‪Interrupted mating‬‬
‫כדי להבין את המנגנון של העברת גנים כרומוזומליים בקוניוגציה‪ ,‬בחנו שני חוקרים צרפתיים‪Elie ,‬‬
‫‪ Wollman‬ו‪ ,Francois Jacob -‬את הקינטיקה של הופעת רקומביננטים בקוניוגציה‪.‬‬
‫הם ביצעו את ההכלאה הבאה‪:‬‬
‫)‪HfrH(aziRtonRlac+gal+strS) X F-(aziStonSlac-gal-strR‬‬
‫ובחנו הופעת רקומביננטים כפונקציה של זמן הקוניוגציה‪.‬‬
‫בפרקי זמן שונים במהלך הניסוי נלקחו דגימות ונזרעו על פלטות סלקטיביות‪.‬‬
‫כל דגימה עורבלה בבלנדר מטבח לפני הזריעה כדי למנוע המשך קוניוגציה‪.‬‬
‫פרנסואה ז'קו‪ -‬אופרון הלקטוז‪ .‬לפני שחקר את האופרון חקר קונוגציה‪ .‬הם היו מעוניינים להבין את‬
‫מנגנון הקונוגציה וביצעו את ההכלאה הזו‪.‬‬
‫‪ HFRH‬ותכונותיו והכליאו אותו עם הסמנים ההופכיים לו‪.‬‬
‫מתקיים פה תהליך קינטי שתלוי בזמן‪ .‬ככל‬

‫שעובר הזמן ניתן לראות כמה זמן לוקח‬
‫לקונוגציה בתהליך הטבעי‪.‬‬
‫החוקרים החליטו לבדוק שבירה של‬

‫הכרומוזום בכל מיני נקודות זמן במבחנת‬
‫קונוגציה‪ .‬הם פשוט הכניסו אותו לבלנדר‪.‬‬
‫לאחר מכן זרעו על פלטות סלקטיביות‬
‫והניסוי נקרא ‪.interrupted mating‬‬
‫ישנו הזמן לפני הפסקת הקונוגציה ורואים‬

‫את אחוז הרקומביננטים מסוג מסוים‪.‬‬
‫‪129‬‬

‫לאחר ‪ 8‬דקות יש הרבה עמידים לאזי אך לא לגלקטוז‪ -‬כלומר אזי הוא הראשון שנכנס‪ .‬מכאן שאפשר‬
‫לסמן את הסמנים על פני הגנום החיידקי‪ .‬בשל הדרך הזו למיפוי פעם מיפו את הגנום לפי זמן‪.‬‬
‫ז'קו ווולמן לא ידעו שהכרומוזום עגול‬

‫אך בעזרת ניסיונות שימוש בכל מיני‬
‫‪ HFR‬קיבלו רצפים שונים‪.‬‬
‫ניסוי ה‪ interrupted mating -‬לימד‬

‫שאפשר למפות את הגנום של ‪E. coli‬‬
‫על פי זמן הופעת הסמנים השונים‬
‫בקוניוגציה‪.‬‬
‫ניתן לקבוע את סדר הגנים ואת ה"מרחק" בינם בדקות‪.‬‬
‫למשל‪:‬‬
‫ובאמצעות זני ‪ Hfr‬שונים מופה כל הגנום‬

‫של ‪E. coli‬‬
‫‪130‬‬

‫ב ‪ 1957‬היו ידועים מספר מועט של סמנים גנטיים והמפה הגנטית נראתה כך‪:‬‬
‫זה הכל על קונוגציה עם פלסמיד ‪ F‬שהיה הראשון שהתגלה אך‬

‫אינו היחיד‪.‬‬
‫אין על פלסמיד ‪ F‬לכאורה גנים שתורמים לחיידק! הוא לא‬

‫מזיק לחיידק אך לא מועיל כי הוא מעביר את עצמו בלבד‪.‬‬
‫לעומת זאת קיימים פלסמידים שמעבירים עמידות‬

‫לאנטיביוטיקה ואלו הם מנגנונים שעוזרים לו להעביר עמידות‬
‫לסביבתו והפלסמיד הראשון שהתגלה הוא ‪ pBR322‬שאין עליו‬
‫המון ‪ tra genes‬כמו ב‪ .F‬הוא לא יודע לעשות הכל לבד‪ ,‬אך יש‬
‫לו דבר אחד שמאפשר לו מעבר מחיידק אחד לשני‪ .oriT -‬פלסמיד ה‪ F‬יקודד לכל מה שצריך אך יזהו‬
‫את הפלסמיד הזה בזכות ה‪ oriT‬והוא מקודד לעמידות לאנטיביוטיקה‪ ,‬כך נוצרה עמידות‬
‫לאנטיביוטיקה בבתי חולים‪ .‬ללא לחץ סלקטיבי (סביבה שמשתמשים באנטיביוטיקה) יש לו חסרון‬
‫שיש לו גן לאנטיביוטיקה‪ -‬ייצור חלבון מיותר וכו‪ ,‬ולכן נפוץ רק בבתי חולים שם היה לזה יתרון‪.‬‬
‫פלסמידים נושאי גנים לעמידות ‪Resistance Factors -‬‬
‫)‪R factors (plasmids‬‬ ‫•‬
‫‪have genes for resistance to antibiotics‬‬ ‫•‬
‫‪some are conjugative‬‬ ‫•‬
‫‪usually do not integrate into chromosome‬‬ ‫•‬
‫‪ R-factor‬הראשון )‪ (pBR322‬התגלה בבית חולים ב‪.1968-‬‬
‫הופעת החיידקים העמידים תלויה בתדירות העברת הפלסמיד ולא בתדירות של מוטציה‪.‬‬
‫לחיידק בעל פלסמיד יש יתרון אך ורק כאשר יש לחץ סלקציה וחיסרון בלי לחץ סלקציה (שכפול‪,‬‬
‫שעתוק‪ ,‬תרגום הפלסמיד וחלבונים המקודדים עליו) בהשוואה לחיידקים חסרי הפלסמיד‪.‬‬
‫‪131‬‬

‫‪ pBR322‬אינו בעל יכולת קוניוגציה עצמאית‪.‬‬

‫הוא אינו מקודד ל ‪ ,tra genes‬אך יש לו ‪.oriT‬‬
‫לכן‪ ,‬בנוכחות פלסמיד קוניוגטיבי (כמו ה ‪F-‬‬

‫‪" pBR322 )plasmid‬יתפוס טרמפ"‪ ,‬יעבור‬
‫לחיידק המקבל‪ ,‬ואיתו העמידות לאנטיביוטיקה‪.‬‬
‫‪Incompatibility groups‬‬
‫ללא לחץ סלקטיבי‪ ,‬שני פלסמידים שונים יוכלו‬

‫לשמור על מספר עותקים קבוע בחיידק‪ ,‬אם‬
‫הם שייכים לקבוצות אי‪-‬התאמה (‪)incompatibility groups‬‬
‫שונות‪.‬‬
‫שני פלסמידים שונים שייכים לקבוצות אי‪-‬התאמה שונות‪ ,‬אם‬

‫הם אינם מתחרים על פקטורי הכפלה‪ .‬היינו‪ ,‬לכל אחד יש‬
‫מערכת הכפלה (ובקרת מספר עותקים) משלו‪.‬‬
‫הכפלה של פלסמיד בחיידק‪ -‬האם גם פלסמיד ‪ F‬וגם ה‪PBR‬‬

‫יכולים להתקיים ביחד? כן‪ ,‬רק אם הם לא שייכים לאותה‬
‫קבוצת ‪ ,Incompatibility‬כלומר הם לא מתחרים על פקטורי‬
‫הכפלה ויכולים להיות משוכפלים בנפרד‪.‬‬
‫‪132‬‬

‫אם ל‪ 2‬הפלסמידים אותו ‪ori‬‬

‫ומוכפלים על ידי אותם פקטורים‬
‫ואותו מנגנון‪ ,‬הבקרה לא יודעת‬
‫לשכפל את שניהם ולא מזהה את‬
‫ההבדל ביניהם והתא יכול למצוא‬
‫את עצמו ללא אחד מהם‪ .‬אם‬
‫קיימת הכפלה נפרדת ביניהם‬
‫התא שומר על אותה כמות‬
‫העותקים של כל פלסמיד‪.‬‬
‫כאשר שני פלסמידים השייכים‬

‫לאותה קבוצת אי‪-‬התאמה‬
‫נמצאים בחיידק‪ ,‬אחד מהם עלול‬
‫לעבור ‪"=( curing‬ללכת לאיבוד")‬
‫במהלך חלוקות תא החיידק‪.‬‬
‫‪Addiction systems‬‬
‫ישנם פלסמידים יותר מתוחכמים‪ -‬הם מקודדים ל‪ -Addiction systems‬לכאורה החיידק מתמכר‬
‫לפלסמיד‪ ,‬אם הוא הולך לאיבוד בעקבות מוטציה למשל החיידק מת‪ .‬איך הפלסמיד יוצר מצב כזה?‬
‫הפלסמיד מקודד ל‪ 2‬חלבונים‪ -‬חלבון שמזיק לחיידק והורג אותו‪ ,‬הוא חלבון יציב תרמודינמית ונשאר‬
‫למש ך זמן רב במבנה השלישוני התקין‪ ,‬ולצידו משועתק אנטיטוקסין שמנטרל את הטוקסין ואינו יציב‬
‫(מפורק על ידי פרוטאזות באופן בלתי פוסק)‪ .‬אם הלך לאיבוד הפלסמיד הטוקסין נשאר ללא‬
‫האנטיטוקסין והתא נעלם מהאוכלוסייה‪ .‬כלומר‪ ,‬תאים שעבור ‪ curing‬של הפלסמיד לא שורדים‬
‫באוכלוסייה והאוכלוסייה נושאת את הפלסמיד‪.‬‬
‫ישנם פלסמידים המונעים ‪ curing‬באמצעות מערכות ‪toxin-‬‬

‫‪:antitoxin‬‬
‫טוקסין יציב‪.‬‬ ‫‪.1‬‬
‫אנטיטוקסין לא יציב (מפורק על ידי פרוטאזות)‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫כל עוד הפלסמיד נמצא בחיידק‪ ,‬מתבטאים שני החלבונים ולא‬

‫נגרם נזק לחיידק‪.‬‬
‫כאשר יש ‪ curing‬של הפלסמיד‪ ,‬אין ביטוי מחודש של הטוקסין‬

‫והאנטיטוקסין‪ .‬כיוון שהאנטיטוקסין אינו יציב‪ ,‬ריכוזו יורד במהרה‪.‬‬
‫מאידך‪ ,‬הטוקסין יציב‪ ,‬ריכוזו נשאר גבוה ובהעדר האנטיטוקסין‬
‫הוא הורג את התא‪.‬‬
‫תוצאה‪ :‬תאים שעברו ‪ curing‬של הפלסמיד אינם שורדים‪.‬‬
‫‪133‬‬

‫מנגנונים של החלפת גנים בין חיידקים‪ -‬טרנספורמציה‪ ,‬טרנסדוקציה וקונוגציה‪ .‬לכן נכון להגדיר‬
‫אוכלוסיות חיידקים ולא מיני חיידקים (לא אוכלוסיות חיידקים ממין אחד)‪.‬‬
‫‪134‬‬

‫הרצאה ‪ -12‬חיידקים חברתיים‪:‬‬
‫היווצרות ביופילם וקוורום סנסינג‪-‬‬
‫האם חיידקים חיים בטבע כפרטים בודדים‪ ,‬או כאוכלוסיות?‬
‫כשאנו רואים מושבות ‪ ,‬האם נקרא להן אוכלוסיות חיידקים? אין הגדרה מדויקת‪ ,‬אך ננסה להבין למה‬
‫הכוונה באוכלוסיות חיידקים‪.‬‬
‫כשמגדלים חיידקים במעבדה מתייחסים אליהם כאילו כל פרט גדל באופן שלא תלוי בפרטים מסביבו‪.‬‬
‫כאילו שהחיידקים לא מתפקדים ביחד‪.‬‬
‫בטבע ישנן דוגמאות לכך שחיידקים מקיימים אוכלוסיות בהן הם חיים יחד כשסביבם נמצאים בני‬
‫מינם ומתקשרים איתם ומבצעים יחד פעולות שהפרט הבודד לא מסוגל לבצע‪.‬‬
‫הדוגמא הראשונה כנראה שגילו לחיידק שמקיים אוכלוסייה‪ .‬שמו‬

‫‪( Myxococcus xanthus‬גרהם חיובי) שניזון מ‪ E.Coli‬והמושבות‬
‫שלו מקימות גופי מטרייה (או גופי פרי‪ )fruiting bodies -‬שהיה‬
‫ברור לחוקרים שבגופי החיידקים ישנם שני סוגי חיידקים מאותו‬
‫המין( הם מתמיינים לצורות שונות) חלקם יוצרים את הבסיס‬
‫וחלקם את החלק העליון‪ ...‬זה תלוי בכמות המזון שיש לחיידקים‪.‬‬
‫מאפיין מאוד בולט בטבע נקרא יצירת ביופילם‪ -‬ביופילם הוא משטח ביולוגי‬
‫(פטריות‪/‬חיידקים)‪.‬‬
‫ביופילם נמצא בפה (על השיניים‪-‬פלאקים)‪ ,‬בטבע‪ ,‬הג'יפה בצנרת (הרירי בביוב)‪,‬‬
‫על פילטרים‪...‬‬
‫אחד החיידקים שמאופיינים בביופילם הוא הפסאודומונס‪...‬‬
‫הגדרות‬
‫ביופילם‪ -‬אוכלוסיות מיקרואורגניזמים היוצרים‬

‫משטח‪.‬‬
‫ישנם שני סוגי חיידקים היוצרים ביופילם‪:‬‬
‫‪ -Planktonic cells )1‬אינם צמודים‬
‫‪ -Sessile cells )2‬נצמדים למשטח‪.‬‬
‫לרוב‪ ,‬יהיה מורכב ממינים רבים של חיידקים‪.‬‬
‫היתרונות לחיידק בביופילם‪-‬‬
‫החיידקים נמצאים בסמיכות למקור המזון‪ .‬החיידקים בפה למשל לא נשטפים בקלות‬ ‫•‬
‫למעיים עם כל כוס מים‪ .‬היכולת של יצירת ביופילם מסייעת בשמירת האוכלוסייה ליד מקור‬
‫מים זמין‪ .‬לחיידק עולה הרבה כדי להיצמד למשטח‪ ,‬הביופילם יכול להראות בעין! חיידק בודד‬
‫‪135‬‬

‫לא ישקיע את המשאבים לבנות בית‪ ,‬ההצמדות למשטח מלווה בכמה תהליכים של בנייה‬
‫שהן מעבר ליכולות של חיידק אחד לעשות זאת בצורה יעילה‪.‬‬
‫הגנה חלקית בפני תנאי סביבה משתנים‪.‬‬ ‫•‬
‫הגנה מפני אנטיביוטיקות‪-‬לעתים הביופילם מהווה מחסום חדירות לאנטיביוטיקה‪.‬‬ ‫•‬
‫בפנים הגוף אין חיידקים‪ ,‬יצירת ביופילם היא בעיה‬

‫רצינית‪ .‬משטחים מלאכותיים כגון קטטר מקטינים‬
‫את החדירות של פנים הגוף ???‬
‫‪CF, Pseudomonas aeruginosa & biofilm‬‬

‫‪formation‬‬
‫חולי ‪ )CF( cystic fibrosis‬נושאים מוטציה בגן‬

‫המקודד לתעלת כלור בשם ‪ .CFTR‬המוטציה פוגעת‬
‫בתפקוד התעלה‪.‬‬
‫בדרכי הנשימה‪ ,‬חוסר פעילות התעלה מוביל‬

‫להצטברות ריר סמיך‬
‫המקשה על הנשימה‪.‬‬
‫פסאודומונאס הוא חיידק‬

‫פתוגן שמסוכן במיוחד לחולי‬
‫ציסטיק פיברוזיס שזו מוטציה‬
‫לגן המקודד לתעלת כלור‬
‫שפוגעת בתפקודה‪ .‬בדרכי‬
‫הנשימה שלהם המוטציה‬
‫גורמת להצטברות ריר‬
‫בטרכיאות אשר מקשה על‬
‫הנשימה בלי קשר לחיידק אך‬
‫גם גורם לכך שלחיידק קל‬
‫יותר להדבק לטרכיאות‪ .‬פסאודומונאס מתקשה להיצמד באדם בריא‪.‬‬
‫בנוסף‪ ,‬הריר הרב מקל על פתוגן אופורטוניסטי בשם‬
‫‪ Pseudomonas aeruginosa‬ליצור ביופילם בדרכי הנשימה של חולי ‪.CF‬‬
‫התגובה החיסונית כנגד החיידקים גורמת להפרשת נוספת של ריר‪ ,‬דבר‬

‫שמחמיר את קשיי הנשימה של החולים‪.‬‬
‫כאשר הגוף מזהה חיידק זר ופועל נגדו הפעולה גורמת להפרשה חזקה של‬
‫הריר אז חוסם את הריאות ולרוב חולי ציסטיק פיברוזיס מתים בגיל צעיר‪.‬‬
‫קל יחסית לחקור את החיידק כי הוא לא כל כך פוגע בבני אדם בריאים ולכן הפך למודל חקר ביופילם‪.‬‬
‫אפשר בעזרת דוגמא זו להבין את העקרונות‪.‬‬
‫‪136‬‬

‫כיצד ניתן לחקור התפתחות ביופילם?‬
‫קשיים בחקר התפתחות ביופילם‪ -‬בתרבית נוזלית לא ניתן לחקור ביופילם ושיטות המחקר‬
‫הסטנדרטיות של חיידקים מאפשרות יצירת מודלים נורא פשוטים (למשל זמן דור בשל חלוקה‬
‫בינארית ברורה)‪ .‬כל זה לא קיים באוכלוסייה הנצמדת למשטח‪.‬‬
‫לכן‪ ,‬בחקר ביופילם נשתמש הרבה במערכת של תרבית‬

‫רציפה (לא מנתית) כמו בציור‪ .‬מדיום נוזל נכנס לתרבית‬
‫ומדיום ישן יוצא‪ .‬ישנה משאבת אוויר (פסאודומונאס הוא‬
‫חיידק אירובי) והמערכת נקראת ‪flow-cell microscopy‬‬
‫– מכיוון שהקפילרה (נימה) נמצאת תמיד תחת הסתכלות‬
‫של החוקרים‪.‬‬
‫זה לא תחליף מושלם לגידול חיידקים בתרחיף אך זה‬

‫מאפשר לראות ביופילם נבנה עם הזמן‪.‬‬
‫התפתחות ביופילם מאופיינת בשלבי היצמדות‬

‫(‪ ,)attachment‬גידול‪/‬הבשלה (‪ )maturation/growth‬ולבסוף התנתקות (‪.)detachment‬‬
‫בניתוח בפרקי זמן מסוימים רואים מאפיינים של החיידקים‪.‬‬
‫‪-‬שלב ההצמדות‬
‫‪-‬שלב הגידול‬
‫‪-‬שלב ההתנתקות‬
‫הצמדות‬
‫שלב ההצמדות הוא שלב של אינטראקציה לא ספציפית‪ .‬כל מיני‬

‫מבנים של החיידק שנצמדים בשלב הראשוני‪ ,‬החיידקים הם בעלי‬
‫שוטון בשלב זה‬
‫‪137‬‬

‫תאים פלנקטוניים הם הראשונים שנצמדים ומאבדים את‬

‫השוטון‪ .‬במקום לשחות ע"פ המשטח הם זוחלים עליו‪ .‬הם‬
‫מבטאים אדהזינים‪ -‬מולקולות שנקשרות לאלמנטים על גבי‬
‫האאוקריוטים באופן לא קוולנטי אך עם אפיניות מאוד גבוהה‪-‬‬
‫המאפשרים הצמדות די חזקה (צריך לשפשף טוב טוב עם‬
‫הסקוצ' כדי לנתק אותם)‪.‬‬
‫גידול‬
‫לאחר הצמדות הם מתרבים וגדלים‪ .‬מסביבם ובתוכם נוצר חומר‬

‫אפור בשם ‪EPS‬‬
‫חומרי ה )‪Extracellular polymeric substances (EPS‬‬
‫הריריים מורכבים מ‪:‬‬
‫*פוליסוכרים (מחזיקים הרבה מים ויוצרים ריריות)‬
‫*‪ eDNA‬שהוא פולימר שמחזיק את המטריקס (לא משמש כאן כחומר גנטי!)‬
‫*חלבונים נוספים‬
‫זה מאפשר לחיידקים להיצמד למשטח‪.‬‬

‫הפרשת ‪ EPS‬דורשת אנרגיה! חיידק בודד‬
‫לא יעשה זאת אלא אם הוא יודע שיש‬
‫אחרים סביבו שעושים אותו הדבר!‬
‫מתפתחות תעלות במטריקס שנוצר וזה מאפשר‬

‫לחיידקים שבתוך הביופילם לקבל מזון‪ .‬זה שונה‬
‫מאוד מהמבנה של מושבות פשוטות כמו שראינו‬
‫במעבדות (בהן למשל לחיידקי ‪ E.coli‬במושבה יש‬
‫פחות מזון וחמצן בחלקים מסוימים)‬
‫ה‪ EPS‬גורמים נזק כלשהו לרקמות המאכסן‪ .‬כאשר‬

‫הדיפוזיה לא אידיאלית והמבנה גדול מדי חיידקים‬
‫יתחילו להתנתק מהביופילם‪ ,‬לבנות שוטונים‬
‫(התמיינות בהתאם)‬
‫‪138‬‬

‫התנתקות‬
‫כאשר מספר התאים חוצה את הרף שמעבר ליכולת הביופילם לתמוך‬

‫בגידול‪ ,‬מתחילים חלק מן התאים לגדל שוטון‪.‬‬
‫אלה פורצים מן הביופילם ועוזבים את הקן‪ .‬חלקם ייסדו מושבות ביופילם‬

‫חדשות‪.‬‬
‫חיידקים ממוינים יעזבו את הביופילם ויקימו ביופילם חדש בסמוך‪.‬‬
‫בניית ביופילם מחייבת ביטוי מבוקר של מספר רב של גנים‪.‬‬
‫בנוסף‪ ,‬בניית ביופילם מחייבת תאום פעולות בין חיידקים‪.‬‬
‫ב‪ ,P. aeruginosa -‬תאום זה תלוי בתקשורת בין תאי החיידקים‪.‬‬
‫תקשורת בין חיידקים קרויה ‪Quorum sensing‬‬
‫יש כאן חישה‪ ,‬התמיינות עם ביקור גנים מבוקר‪ ,‬בזבוז אנרגיה‪ .‬זה מחייב‬
‫תיאום פעולות מדויק בין החיידקים כדי שזה יהיה יעיל לחיידקים! אם‬
‫החיידקים לא יהיו מסונכרנים לא יצא מזה דבר‪.‬‬
‫לפיכך יש צורך של החיידקים להבין האם יש מספיק חיידקים מסביב כדי ליישם את זה‪ .‬הם צריכים‬
‫לחוש כמה בני מינם יש מסביבם‪.‬‬
‫החישה הזו נקראת ‪.Quorum sensing‬‬
‫‪Quorum sensing‬‬
‫חיידק שיכול ליצור ביופילם יכול ליהנות מנישה של אוכל זמין שלא הייתה זמינה לו ללא הביופילם‪.‬‬
‫התקשורת בין החיידקים‬
‫‪ -Quorum‬מספר האנשים הנמוך ביותר שחייב להיות בפגישה על מנת לקבל החלטה ‪‬‬
‫‪Vibrio fischeri‬‬
‫החיידק הראשון שהיה כמודל לתקשורת הזו הוא חיידק שפולט אור‪.‬‬
‫הוא חיידק ימי ביולומיניסנטי‪ .‬כלומר‪ ,‬הוא לא פלואורסנטי‪-‬‬
‫פלואורסנציה זה מצב שבו מולקולה מסוימת קולטת אור באורך גל‬

‫מסוים ופולטת אור באורך גל ארוך יותר‪.‬‬
‫ביולומיניסנציה זו תופעה בה מתחוללת ריאקציה כימית ביצורים‬

‫ביולוגיים (אנזימטית) שהתוצר שלה הוא אור! הסובסטרט הוא‬
‫מטאבוליט והתוצר הוא אור‪.‬‬
‫האור הכחול של ‪ Vibrio fischeri‬הוא אור שנוצר מביולומיניסנציה‪.‬‬
‫האלנמאייר מלא בחיידקים מאירים‪.‬‬
‫לא רק חיידקים עושים ביולומיניסנציה‪ ,‬אלא הם רק העיקריים‪ .‬ברוב היצורים המאירים יש חיידקים‬
‫כאלו‪.‬‬
‫רפאל דובואה חקר גחליליות וגם רכיכה בשם ‪Crypridina‬‬
‫‪139‬‬

‫הוא גילה ב‪ 1885‬שאם הוא טובל את איבר האור במים חמים הוא הורס את פליטת האור והוא הורס‬
‫אותו‪.‬‬
‫הוא לקח את איבר ההארה וטחן אותו‪ ,‬האור המשיך לזמן מה ואז חדל‪ -‬כלומר החומר מתכלה‪.‬‬
‫הוא לקח ליז אט (תוצר פירוק) של איבר הארה לא מורתח שלא מאיר וערבב אותו עם ליזאט מורתח‬
‫והתחדשה ההארה‪ -‬כלומר התגובה היא אנזימטית‪( .‬היה גם סובסטרט וגם אנזים תקין)‬
‫האנזים נקרא ‪ Luciferase‬והסובסטרט ‪Luciferin‬‬
‫יש להם שמות נוספים‬
‫למה לוציפראז? בלטינית זה השם שניתן לונוס‪-‬כוכב השחר‪.‬‬
‫‪The bacterial Luciferase‬‬
‫ה‪ Luciferase -‬החיידקי מורכב משתי יחידות לא זהות (‪ a‬ו‪.)b -‬‬
‫שתי תת היחידות מקודדות על ידי שני גנים שונים‪ luxA :‬ו‪.luxB -‬‬
‫האנזים מורכב מ‪ 2‬תת יחידות לא זהות‪ ,‬כלומר ‪ 2‬גנים נפרדים מקודדים לאנזים הזה‪.‬‬
‫תת יחידה אחת מקודדת ע"י הגן ‪luxA‬‬

‫ונקראת אלפא‬
‫השנייה ע"י ‪ luxB‬ונקראת בטא‬
‫הריאקציה שמקטלז לוציפראז‪ FMNH2 .‬מגיב‬

‫עם חמצן וחומצת שומן (אלדהידית)‬
‫שספציפית רק לחיידקים לומיניסנטים‪.‬‬
‫‪ 2‬המגיבים מחזרים את החמצן (מתחמצנים)‬

‫והאנרגיה נפלטת כאור בצבע טורקיז ב‪490‬‬
‫ננומטר‬
‫שני המימנים הולכים‪ .‬כשמחמצנים אלדהיד‬

‫מקבלים קבוצה קרבוקסילית ‪ .-COO‬החמצן‬
‫שחוזר הופך למים‪.‬‬
‫מחזור החומרים שגורמים ליצירת האור‪.‬‬
‫בחזרת הפרוטונים לתא מקבלים ‪ .ATP‬זה לא‬

‫משפיע על האור‪.‬‬
‫אבל חלק מהאלקטרונים מוטים למסלול‬

‫הריאקציה שתואר קודם‪ .‬במקום להרוויח‬
‫‪ ATP‬הם מוטים ומשמשים לחיזור ‪( FMN‬הופך‬
‫‪ .)FMNH2‬הוא בתורו מתחמצן בחזרה ל‪FMN‬‬
‫לא במסלול הציטוכרומים וכתוצאה מכך נוצר‬
‫אור‪.‬‬
‫האלקטרונים משרשרת הנשימה מוטים כדי‬

‫לחזר חמצן במסלול שיוצר אור‪.‬‬
‫‪140‬‬

‫‪A bacteria-squid symbiosis‬‬
‫)‪The Howaiian bobtail squid (Euprymna scolopes‬‬
‫מה עושה החיידק בטבע?‬
‫בין השאר חי בסימביוזה עם הדיונון הזה (קטן)‬
‫הוא חי באיבר הארה של הדיונון‪ ,‬באמצעות הלומיניסנציה של‬

‫החיידקים הדיונון נראה כפולט אור‪.‬‬
‫הדיונון מרוויח יכולת טובה יותר לטרוף דגים קטנים ורכיכות‪ .‬הוא פעיל לילה‪,‬‬
‫ביום הוא מתחפר בחול מתחת לאדמה ובלילה הוא שוחה ויכול לבוא מעל‬
‫הדגים וע"י ההארה שלו הוא מעלים את הצל שלו‪ ,‬כלומר הוא מסתיר את הצל‬
‫שלו‪.‬‬
‫מה מרוויח החיידק? נישה אקולוגית ללא מתחרים! החיידק היחיד שמאכלס את‬
‫איבר ההארה של הדיונון‪.‬‬
‫איבר ההארה של ‪E. scolopes‬‬
‫איבר ההארה כולל חלל בו גדלים החיידקים ורקמות המתפקדות כרפלקטור‪,‬‬

‫עדשות ופילטרים‪.‬‬
‫בנוסף‪ ,‬שק הדיו של הדיונון יכול להתכווץ ולהתרחב סביב‬

‫איבר ההארה ולתפקד כצמצם‪.‬‬
‫מורפולוגיה זו מאפשרת לדיונון לשלוט על מידת ההארה‪.‬‬
‫בשעות הראשונות של חיי הדיונון הצעיר הוא סופח ‪V.‬‬

‫‪ fischeri‬מן הסביבה‪ .‬הקליטה היא סלקטיבית ואינה‬
‫מאפשרת חדירה של מיני חיידקים אחרים‪.‬‬
‫לאחר קליטתם‪ ,‬משתכנים החיידקים באיבר‬

‫שיתפתח בבוגר לאיבר ההארה‪.‬‬
‫לחיידק אין מתחרים באיבר זה‪ .‬כשהוא צעיר הוא‬

‫סופח את החיידקים באופן סלקטיבי מהמים‪ .‬הוא‬
‫מאפשר להם להתפתח בתוך איבר ההארה ומספק‬
‫לו מזון‪.‬‬
‫מסתבר שהסימביוזה ביניהם מקיימת שגרה שבה‬

‫פעם אחת ביממה הדיונון מרוקן כמעט את כל‬
‫החיידקים (‪ )95%‬ובמהלך שאר היממה הם‬
‫מצטברים שם מחדש‪ .‬החיידקים משתמשים בדיונון‬
‫כאינקובטור זמני כדי להתרבות‪ .‬זה קורה בשעות‬
‫הלילה המאוחרות (לפנות בוקר) הדיונון פולט את‬
‫החיידקים ומתחבא בחול‪ .‬בזמן שהוא מתחבא החיידקים מתרבים‪ .‬בשעות הערב הוא יוצא מהחול וצד‬
‫(מאיר)‪.‬‬
‫‪141‬‬

‫אחת ליממה מרוקן הדיונון את איבר‬

‫ההארה ופולט אל הים כ‪ 95% -‬מן‬
‫החיידקים‪ .‬במשך היממה מתרבים ה ‪5%‬‬
‫הנותרים בתוך איבר ההארה וחוזר חלילה‪.‬‬
‫מדוע החיידקים מאירים רק בלילה‪,‬‬

‫למרות שישנם חיידקים באיבר ההארה בכל שעות היום?‬
‫אהא!‬
‫היום משתמשים בחיידק דומה ללימוד ‪ Quorum sensing‬ויצירת ביופילם‪.‬‬
‫בחיידק זה הוא לא לצורך יצירת ביופילם‪ .‬החיידקים מאירים רק בלילה‪ ,‬כלומר בכל שלבי הגדילה‬
‫שלהם הם לא מאירים! כשהדיונון פולט אותם החוצה הם לא מאירים‪ .‬בעצם הם מאירים רק בתוך‬
‫איבר ההארה‪.‬‬
‫חוקרים עשו עקומת גידול של החיידק בתרחיף‪ ,‬גידלו במצע‬

‫מינימאלי ב‪ 25-‬מעלות צלזיוס‪ ,‬ונוצרה עקומת גידול די‬
‫סטנדרטית‪.‬‬
‫עוצמת ההארה כפונקציה של הזמן‪.‬‬
‫הסיגנל הינו עכירות באורך גל ‪ .nm660‬עם חיידק זה‪ ,‬בניגוד‬

‫ל‪ ,e.coli‬אפשר גם לבדוק את ההארה שלו! על מנת לבדוק את‬
‫ההארה שלו צריך ‪ OD‬באורך גל שמתאים ללומיניסנציה‬
‫שהחיידקים האלה פולטים (‪ .)450nm‬כיוונו את‬
‫הספקטרופוטומטר על שני אורכי הגל‪ ,‬הגל הארוך לעכירות‬
‫והגל הנמוך להארה‪ .‬אם כל חיידק מאיר נקבל ‪ 2‬עקומות‬
‫שנראות אותו הדבר‪.‬‬
‫בניגוד לצפי‪ ,‬כך נראות העקומות‪.‬‬
‫בתחילה‪ ,‬החיידקים נמהלו לתוך ארלנמאייר עם מצע טרי‪ ,‬כך‬

‫שהעכירות עולה כתרבית מנתית‪ .‬אך הלומיניסנציה יורדת לאט‬
‫לאט ולא משתנה באופן דרמטי עם ההתרבות‪ .‬רק כשהחיידקים‬
‫מגיעים לגודל אוכלוסייה ממש משמעותי מתחילה עלייה ממש‬
‫חדה בלומיניסנציה‪.‬‬
‫לכן‪ ,‬בוצע הניסוי הבא‪.‬‬
‫נלקחה תרבית עכורה מאירה של חיידקים‪ .‬החיידקים סורכזו‬

‫והופרדו הנוזל העליון והפלט (שבו החיידקים המאירים)‪ .‬לקחו‬
‫את ה ‪( supernatant‬המדיום בו גדלו החיידקים המאירים)‪,‬‬
‫והוסיפו לארלנמאייר ריק‪ .‬לארלנמאייר עם הנוזל המשומש מהלו‬
‫חיידקים‪( .‬הביקורת הייתה חיידקים חדשים שנמהלו למדיום‬
‫חדש)‪.‬‬
‫בניסוי ראו שהחיידקים בצפיפות הנמוכה לא האירו אך במדיום הישן התחוללה הארה מידית של‬
‫חיידקים בכניסה למדיום!‬
‫‪142‬‬

‫‪ 2‬הסברים‪:‬‬
‫חומר המעכב את ההארה נמצא במדיום החדש ומתפרק‪ ,‬רק אז ניתן לבצע הארה‪.‬‬ ‫‪.1‬‬
‫ההסבר האלטרנטיבי‪ -‬החיידקים מייצרים חומר שנפלט לתמיסה וגורם לתחילת ההארה‬ ‫‪.2‬‬
‫מסתבר ש‪ 2‬ההסברים נכונים במידה מסוימת!‬
‫החומר המעכב את ההארה הוא גלוקוז ‪ ‬כמו שהוא מעכב אינדוקציה של בטא גלאקטוזידאז‪.‬‬
‫ב‪ 1981 -‬התברר שהמשרן הוא מולקולה‬

‫קטנה‪ ,‬נגזרת של ‪acyl homoserine lactone‬‬
‫ובקיצור ‪.AHL‬‬
‫‪ -AHL‬תגלית משמעותית ב‪quorum sensing‬‬

‫בחיידקים‪ .‬כל החיידקים הגראם שליליים‬
‫משתמשים במשהו דומה‪.‬‬
‫הומוסרין דומה לסרין אך נוסף לה ‪CH2‬‬

‫בשייר הצדי‪.‬‬
‫כאשר סרין מכיל קשר אסטרי נוצר‬

‫הומוסרין‪-‬לקטון‪.‬‬
‫קבוצת האציל היא שייר של חומצת‬

‫השומן‪.‬‬
‫ישנו אציל‪-‬הומוסרין‪-‬לקטון‬
‫‪143‬‬

‫כיצד מבקר ‪ AHL‬לומינסנציה ב‪?V. fischeri -‬‬
‫על מנת שתתקיים לומיניסנציה (בשקופית)‬

‫‪ FMNH2‬מחוזר ומגיב עם אלדהיד‪-‬חומצת שומן‬
‫בעזרת לוציפראז‪.‬‬
‫‪The lux operon‬‬
‫אופרון ה ‪ -lux‬מקודדים בהתאם לשקופית‪.‬‬
‫‪ 2‬גנים ל‪ 2‬תתי היחידות של‬

‫האנזים‪.‬‬
‫חומצת השומן נוצרת על ידי‬

‫קומפלקס של ‪ 3‬חלבונים‬
‫שבונים את חומצות השומן‪-‬‬
‫אלדהיד‪.‬‬
‫ביטוי של ה ‪ lux operon‬בחיידקים‬

‫שאינם לומינסנטיים (כמו ‪ )E. coli‬יגרום‬
‫בחיידקים המהונדסים ללומינסנציה‬
‫התלויה בבקרת האופרון‪.‬‬
‫כך ניתן לגרום ל‪ e.coli‬להאיר‪ .‬בעזרת‬

‫‪ IPTG‬ניתן לגרום להארה (אינדוסר)‬
‫חומר מרכזי נוסף שחשוב לבקרה‪ -‬מקודד על ידי ‪.luxI‬‬
‫בנוסף ‪ luxR‬חשוב לבקרה אך הוא לא נמצא על אותו הגן ומשועתק בכיוון השני‪.‬‬
‫‪ -luxI‬יוצר אנזים מסתנז הומוסרין‪-‬לקטון‬
‫‪ -luxR‬מקודד לאקטיבטור של גן‪ .‬הוא‬

‫קשור לאופרטור רק אם ‪ luxI‬קשור אליו‬
‫‪ LuxI‬מקודד להומוסרין‪-‬לקטון‪ .‬ממנו מיוצר‬

‫מעט גם כשהאופרון לא נמצא במצב של‬
‫שעתוק אקטיבי (כמו באופרון הלקטוז)‪.‬‬
‫‪ LuxR‬הוא האקטיבטור הדרוש‬

‫לאקטיבציה‪ ,‬פועל כשהומוסרין‪-‬לקטון‬
‫קשור אליו‪.‬‬
‫‪144‬‬

‫במידה והחיידק לא נמצא בים אלא באיבר ההארה האנזים הומוסרין‪-‬לקטון שנמצא רק באיבר‬
‫ההארה הוא לא יאיר‪ .‬רק בריכוז גבוה מספיק של הומוסרין‪-‬לקטון הוא יחדור לתאים ויגרום‬
‫לאקטיבציה של השעתוק של הגן‪.‬‬
‫במקרה של שעתוק יקודדו חומצת השומן‬

‫האלדהידית‪ ,‬האנזים ‪ luciferase‬והמשרן ‪.AHL‬‬
‫זהו ‪ positive feedback‬שבאקטיבציה שלו גורם‬
‫לאקטיבציה יותר משמעותית‪.‬‬
‫המשרן חוצה את הממברנה ונכנס מן החוץ אל‬

‫פנים התאים‬
‫זו הדרך של החיידק לחוש שיש סביבו הרבה‬

‫חיידקים! חיידק בודד לא ייצור מספיק משרן‪ ,‬אך‬
‫כאשר בסביבתו ייווצר הרבה משרן וכך יבוטא‬
‫הגן‬
‫בתוך התא‪ ,‬המשרן נקשר ל‪LuxR -‬‬
‫בנוכחות המשרן נקשר ‪ LuxR‬אל הפרומוטר‬

‫ומאקטב התחלת שעתוק של ה‪lux operon -‬‬
‫ושל ‪.luxR‬‬
‫נוצרת לולאת משוב חיובי‪:‬‬
‫סינטזת משרן גורמת לאקטיבציה של סינטזת‬

‫משרן‪.‬‬
‫משרן (‪ )inducer‬המסונטז בעקבות הביטוי הגנטי‬

‫אותו הוא משפעל נקרא ‪ autoinducer‬ובקיצור ‪.AI‬‬
‫‪145‬‬

‫‪Quorum sensing‬‬
‫כשיהיה רק חיידק אחד תהיה‬

‫צפיפות נמוכה ולא תהיה‬
‫הארה‪ .‬כשהם מתרבים כל‬
‫אחד מפריש רק קצת משרן‪.‬‬
‫כרגע אין הרבה הפרשה‪ .‬לאט‬
‫לאט במהלך היממה נבנה‬
‫האור עד שלב מסוים שבו ריכוז‬
‫המשרן עולה עד כדי כך שהוא‬
‫נקשר לאקטיבטור ובפרק זמן‬
‫יחסית קצר (שעות הערב‬
‫המוקדמות במקרה של הדיונון)‬
‫ישנו ייצור משמעותי של‬
‫שעתוק אופרון ה ‪.lux‬‬
‫הדרך היחידה להפסיק ‪ positive feedback loop‬היא להעיף את אחד המרכיבים‪.‬‬
‫בטבע (בדיונון) בבת אחת כל החיידקים עפים מאיבר ההארה‪ ,‬המשרן נמהל באוקיאנוס והחיידקים‬
‫לא מרגישים יותר את המשרן ובבת אחת פוסקת ההארה של החיידקים!!! (זו גם הסיבה שהדיונון‬
‫פולט אותם בסוף הלילה הפרוע שלהם יחד )‬
‫ההשלכה הפיסיולוגית של ‪ QS‬ב‪V. fischeri -‬‬
‫זו התנהגות חברתית של חיידקים‪ ,‬המאפשרת להם לאמוד את מידת הכדאיות של ביצוע פעילות‬
‫אנזימטית‪.‬‬
‫לומינסנציה דורשת אנרגיה‪.‬‬
‫ייצור אור בצפיפות תאים נמוכה תהייה חסרת תועלת‪ .‬לעומת זאת‪ ,‬בצפיפות תאים גבוהה תהיה‬
‫הלומינסנציה בעלת אפקט משמעותי‪.‬‬
‫מנגנון ה‪ quorum sensing -‬מאפשר לחיידקים לזהות את מידת הצפיפות שבה הלומינסנציה תהיה‬
‫יעילה‪.‬‬
‫החיידק מרוויח מהחישה הזו? הוא לא מאיר במהלך היום כי זה עולה לו באנרגיה (אלקטרונים‬
‫ממסלול שהיה נותן לו ‪ .)ATP‬אין בזה שום יתרון כשהדיונון מתחפר מתחת לאדמה‪.‬‬
‫‪ QS‬בחיידקים אחרים‬
‫בחיידקים גרהם שליליים המנגנון דומה‪-‬‬
‫בפסאודומונאס יש ‪ QS‬לטובת יצירת ביופילם‪.‬‬
‫‪146‬‬

‫בגרהם חיוביים המנגנון טיפה שונה‪ ,‬לרוב‬

‫המולקולה אינה הומוסרין לקטון אך במקום יש‬
‫הפרשה החוצה של פפטידים שלא יכולים‬
‫להיכנס פנימה‪ .‬באחד השיעורים הקודמים‬
‫מתוארת מערכת חישה בחיידקים ( ‪2‬‬
‫‪* -)component system‬הסביר מהר מדי*‬
‫ה‪ response regulator‬גורם לאקטיבציה‪ .‬לכן‪,‬‬

‫בחיידקים גרהם חיוביים בדרך כלל מולקולה היא‬
‫פפטיד שנקשר לטרנספורטר‪............‬‬
‫תהליכים שמבוקרים ע"י ‪Quorum ( QS‬‬

‫‪-)Sensing‬‬
‫למשל קוניוגציה‪ -‬רק אם לחיידק יש כל מה‬

‫שמתאים‪.‬‬
‫‪-‬ביולומיניסנציה‬
‫‪-‬בניית ביופילם‬
‫‪-‬מוטיליות (כושר תנועה)‬
‫‪-‬קונוגציה‬
‫‪-‬קומפטנציה‬
‫‪-‬ספורולציה‬
‫‪-‬וירולנטיות‬
‫מנסים לפתח אנטיביוטיקות שתוקפות את ה‪"( QS‬כמו ל"א של חיידקים חיחי") וכך לפגוע בפתוגנים‬
‫של חיידקים‪.‬‬
‫הרעיון הכללי‪:‬‬
‫חיידקים מתנהגים גם כאוכלוסיות‪ ,‬לא רק כפרטים בודדים ב‪LB -‬‬ ‫•‬
‫‪ QS‬הוא מנגנון המאפשר לחיידקים לאמוד את גודל האוכלוסיה‬ ‫•‬
‫חיידקים משתמשים ב ‪ QS‬כדי לתזמן פעילויות המצריכות שיתוף פעולה של מספר תאים רב‬ ‫•‬
‫החיידקים מתנהגים גם כאוכלוסיות‪ .‬אמנם ב‪ e.coli‬לא מצאו ‪ QS‬אך הם מתאימים למחקר של דברים‬
‫אחרים‪.‬‬
‫חיידקים באוכלוסיות לרוב מצוידים במנגנון ‪ QS‬כדי לתזמן פעילויות רק כשמשתלם לפרט לבצע אותן‬
‫(בכדי לא לבזבז אנרגיה)‬
‫‪Microbiology-Out.‬‬
‫החומר יכלול שני חלקים‪:‬‬
‫החומר של השיעורים והחומר של המעבדות‪.‬‬
‫החלק האחרון של המבחן זו טבלה של נכון‪/‬לא נכון‪.‬‬
‫‪147‬‬

מיקרוביולוגיה סיכומונה

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

מיקרוביולוגיה סיכומונה

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

lOMoARcPSD|6228193

‫ היגולויבורקימ‬- ‫ איגש רחש‬- 2016

‫ןב תטיסרבינוא( היגולויבורקימ‬-‫)בגנב ןוירוג‬

StuDocu is not sponsored or endorsed by any college or university

‫מרצה‪ :‬פרופ' יצחק פישוב וד"ר איל גור‬

‫סיכם‪ :‬שחר שגיא‬

‫‪#‬חסרה הרצאה ‪-10‬מאקרופאג'ים‪#‬‬

‫)‪Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com‬‬

‫הרצאה ‪ -1‬מבוא למיקרוביולוגיה‪........................................................... ................................‬עמ' ‪3‬‬

‫הרצאה ‪ -2‬דופן תא החיידק ‪....................................................................................................‬עמ' ‪8‬‬

‫הרצאה ‪ -3‬ממברנה‪............................................................... ...............................................‬עמ' ‪20‬‬

‫הרצאה ‪ -4‬תזונה של חיידקים ‪..............................................................................................‬עמ' ‪34‬‬

‫הרצאה ‪ -5‬גידול חיידקים‪.....................................................................................................‬עמ' ‪43‬‬

‫הרצאה ‪ -6‬מחזור תא החיידק ‪...............................................................................................‬עמ' ‪55‬‬

‫הרצאה ‪ -7‬אנטיביוטיקה‪......................................................................................................‬עמ' ‪59‬‬

‫נספח אנטיביוטיקות ‪.............................................................................................................‬עמ' ‪76‬‬

‫הרצאה ‪ -8‬חיידקים מחוללי מחלות‪......................................................................................‬עמ' ‪77‬‬

‫הרצאה ‪ -9‬בקרת ביטוי גנטי‪...................................................... ..........................................‬עמ' ‪98‬‬

‫הרצאה ‪ -11‬רקומבינציה ‪....................................................................................................‬עמ' ‪114‬‬

‫הרצאה ‪ -12‬חיידקים חברתיים‪.................................................................................... .......‬עמ' ‪135‬‬

‫)‪Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com‬‬

‫הרצאה ‪ -1‬מבוא למיקרוביולוגיה‪:‬‬

‫*דיסיפלינה בגיל של קצת יותר ממאה אחת‪.‬‬

‫*גרמה לזינוק בביולוגיה מולקולרית ובביוטכנולוגיה‪.‬‬

‫אין ממברנות תוך תאיות‪ .‬אין מידור‪.‬‬

‫ישנו ארגון פנימי מסודר בחיידקים‪.‬‬

‫יש גרעין‪ ,‬מטוכונדריה‪ ,‬ליזוזומים‬

‫בחיידקים אין גרעין אך יש נוקלאואיד‪-‬‬

‫)‪Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com‬‬

‫*מיקרואורגניזמים קטנים מאוד‬

‫*מערכות סגורות לא דינמיות‪.‬‬

‫*מבנה קבוע‪ .‬מתנהגים‬

‫*מכילים גנים אך ללא מנגנונים‬

‫*תלויים באורגניזם הפונדקאי כדי להתרבות‪.‬‬

‫*וירוסים של חיידקים‪ -‬בקטריופאג'ים‪.‬‬

‫מה היא הגדרת החיים?‬

‫כל מערכת חיה היא מערכת פתוחה‪-‬לא יכולה‬

‫כמו כן יש החלפת אינפורמציה‪.‬‬

‫כל המערכות החיות מסוגלות לבצע פונקציות‬

‫)‪Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com‬‬

‫סינתזה של מרכיבי התא וגידול התא‪ -‬יכולת‬

‫המאפיין החשוב של מערכות חיות‪.‬‬

‫כאן רואים הווצרות נבגים (ספורות)‪ .‬הם יכולים לשרוד‬

‫זה דורש קבלת אינפורמציה מהסביבה וחומרים‬

‫יצורים חיים יכולים בדרך כלל להחליף‬

‫השפה הינה כימיה‪.‬‬

‫ביופילם‪ -‬אחד התנאים להתקפה של חיידקים‬

‫בביוב למשל ריכוזי הלכלוך הם ביופילם‬

‫כך החיידקים מדברים אחד אל השני‪.‬‬

‫המספר שלהם יוצר איכות חדשה שלא קיימת‬

‫)‪Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com‬‬

‫את כל תהליכים ניתן לחלק ל‪ 2‬קבוצות‪:‬‬

‫הריאקציות האלו הן הבסיס לחילוף החומר והאנרגיה (רבייה וכדומה)‬

‫אפילו הוירוס שהוא מבנה פשוט במיוחד‪-‬עובר הרכבה‬

‫גורמי תמותה עיקריים לפי שנים (מאה)‪:‬‬

‫)‪Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com‬‬

‫השפעות המיקרוביולוגיה על האדם (מה שחשוב מורחב בשיעורים הבאים)‪:‬‬

‫)‪Downloaded by ???? ???? (miri.2all@gmail.com‬‬

‫הרצאה ‪ -2‬דופן תא החיידק‪:‬‬

‫התא האאוקריוטי לעומת התא הפרוקריוטי‬

‫גודל‪ ,‬גרעין‪ ,‬אברונים‪ ,‬צורת דנ"א‪ ,‬כמות‬

‫תמיד תהיה דופן בפרוקריוטים‪ ,‬והיא שונה בהרכבה הכימי מאשר‬

‫מעטפת התא (‪ – )cell envelope‬כל השכבות המקיפות את התא‬

‫יש אנימציה באתר‬