Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .

org/makale/156

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır?

26 Haz, 11:39 (Pazar, 26 Haz ran 2011, 11:39:00) – Yazdır

Tweet (https://tw tter.com/share)

Evr msel b yoloj n n b ze açtığı en temel ufuğun, var olmuş, var olan ve var olacak tüm canlıların b rb r yle akraba
olduğu gerçeğ olduğunu b l yoruz. Evet, türler n b rb rler yle akraba olduklarını b lmek öneml b r adım; ancak bu
akrabalık l şk ler n nasıl göstereceğ z? İşte burada b l msel b r metodoloj n n tak p ed lmes gerekmekted r. Bu
makalem zde s zlere en lk n evr m ağacı oluşturma ve f logen yaratma yöntemler nden b r n adım adım öğretmeye
çalışacağız. Bu anal z m zde genlere ve daha kapsamlı anal zlere g rmeyecek, sadece el n zde bell sayıda tür
varken, bunları dış görünümler ne bakarak hang sırayla evr mleşt kler n ve b rb rler yle olan akrabalık l şk ler n b r
evr m ağacı üzer nde göstereb lmen z sağlayacak kadar b lg vereceğ z. Dolayısıyla b l n z k modern evr msel
b yoloj de burada öğretecekler m zden kat kat daha der n ve kapsamlı yöntemler kullanılmaktadır; ancak bunlardan
en bas t n öğrenmen n, evr mle lg lenen b rçok k ş ç n faydalı b r b lg olacağını düşünüyoruz.

F z ksel Benzerl klere Göre Sınıflandırma ve Sorunlar

G r ş kısmında da bel rtt ğ m z g b , burada göstereceğ m z anal z genet kte pek doğrudan kullanılmamaktadır. B zler
genlere değ l, canlıların dış görünümler ne bakarak b r sınıflandırma yapacağız. Bu, gerçek anal zler n
sabetl l ğ nden farklı sonuçlar vereb l r. Çünkü dış görünüm aldatıcıdır. B rb r nden tamamen farklı gözüken canlılar
aynı türün b reyler olab leceğ g b , b rb rler n n tıpatıp aynısı gözüken canlılar evr m ağacının k apayrı dalı üzer nde
bulunuyor olab l r. Örneğ n taksonom n n babası olarak b l nen L nne b le, sadece dış görünüşlere bakarak
sınıflandırma yaptığı ç n, Agela us phoen cus türünün erkeğ le d ş s n b rb r nden farklı türler olarak sınıflandırmış
ve büyük b r hataya düşmüştü. Çünkü bu kuş türünün k c ns yet b rb r nden tamamen farklı gözükmekted r; ancak
aslında aynı türe a tt rler. Benzer b r şek lde, M crocebus c ns ne a t lemurların bazıları farelere büyük oranda
benzemekted rler. Çok d kkatl yapılmayan b r anal zde bu k tür kolayca b rb r ne yakın akraba olarak kabul
ed leb lecekt r. Ancak genet k anal zler sayes nde em n olab lmektey z k , fareler le lemurlar evr m ağacının k ayrı
dalında yer almaktadırlar.

İşte tüm bu sıkıntılardan ötürü dış görünümlere bakarak yapılacak b r taksonom mutlaka öyle veya böyle eks k,
sıkıntılı, hatalı olacaktır. Y ne de, ded ğ m z g b , bu b r başlangıç olarak görüleb l r. Sınıflandırmanın nasıl yapıldığına
da r h çb r f kre sah p olmamaktansa, el m zde 3-4 farklı tür varken bunları en azından dış görünüşler ne bakarak
nasıl evr msel açıdan kategor ze edeb leceğ m z öğrenmek faydalı olacaktır d ye düşünüyoruz.

Fenet k ve Klad st k Taksonom

Sadece dış benzerl klere göre yapılan taksonom ye fenet k taksonom adını vermektey z. Az sonra göreceğ m z g b ,
eğer k bu dış benzerl kler, "dış grup" olarak adlandırılan ve ncelemek sted ğ m z türlere uzak (ama çok da uzak
olmayan) b r akraba le kıyaslanarak yapılacak olursa, buna klad st k taksonom adını vereceğ z. Fenet k
taksonom de dış gruba pek ht yaç yoktur; ancak klad st k anal z ç n çok büyük öneme sah pt r. Az sonra bunu
göreceğ z; ancak ş md dış grubun tam olarak ne olduğunu tanımlayalım:

Dış grup, ncelemek stenen b r canlı grubunun h çb r ne çok yakın akraba olmayan; ancak heps ne görecel olarak
d ğer canlılara nazaran yakın akraba olan türlerd r. Genell kle dış grubun, ncelemek ve sınıflandırmak sted ğ m z
gruptak canlılar le arasında f z ksel bazı benzerl kler bulunur. Evr msel açıdan baktığımızda, dış gruptak tür (veya

1 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

türler) genell kle ncelenmek stenen türler n son ortak atasına evr msel olarak çok yakın akraba olan türlerd r. B r
örnek verel m: d yel m k nsan, şempanze, gor l ve orangutan türler n n b rb r yle evr msel akrabalık l şk ler n ortaya
çıkarmak ve b r f logenet k ağaç ç zmek st yoruz. Dış grup olarak seçeceğ m z tür eğer k muz b tk s ya da at olursa,
sıkıntı çeker z. Çünkü bu dış grup le ncelemek sted ğ m z türler arasında devasa farklar vardır. Evet, bu canlıların
heps b rb r yle akrabadır, bu kaçınılmaz. Ancak ncelemek sted ğ m z bu pr matlar le muzun ya da atın ortak atası
çok esk den yaşamıştır. Dolayısıyla bu k tür y b rer dış grup değ ld r. Bunun yer ne g bonlar g b daha yakın akraba
olan ama çok da benzer canlılar olmayan türler seçmek mantıklı olacaktır. Örneğ n nsan, şempanze, gor l ve
orangutanı ncelerken, Bonobo maymunları g b şempanzelere aşırı yakın akraba olan b r türü dış grup seçmek
hatalı olacaktır.

Ş md , kolay anlaşılması açısından hayal b r örnek yaratalım. Aşağıdak 5 canlıyı sınıflandırmak sted ğ m z
düşünel m:

Sınıflandırılmak stenen canlılar...

Bu canlılardan b r n dış grup olarak seçmem z gerek yor. S zce hang s n seçmek mantıklı olacaktır?

Aslında eğer k h çb r ön b lg n z yoksa, mecburen rastgele veya eğ t ml b r tahm nle dış grubu seçmen z
gerekmekted r. Çünkü nsan, şempanze, gor l, orangutan ve g bon grubu le lg l olarak daha önceden h çb r b lg
yoksa, bunların hang s n n "dış grup" olduğunu bel rlenmen z mümkün değ ld r. Ancak çok sayıda anal z yapıp, çok
sayıda olası evr m ağacı çıkararak, en mantıklı sonuca ulaşmanız mümkündür. B z burada, en sağda bulunan ( sm
E olsun) canlıyı dış grup olarak seçeceğ z. Dolayısıyla d ğer dördünün (soldan sağa s mler A, B, C ve D olsun)
ortak atasına en yakın akraba olan türün 5. olduğunu varsayalım. Ded ğ m z g b bu, her zaman b r varsayım olmak
zorunda değ ld r. K m zaman el m zde olan ön b lg ler sayes nde eğ t ml b r tahm n de yapab l r z.

Sonrasında yapmamız gereken, bazı ayırt ed c özell kler bel rlemekt r. Örneğ n gaga benzer yapının ucundan çıkan
kıvrımlı karaktere "uzun d l" d yel m. Bu, ayırt ed c b r karakterd r. Ş md , b r tablo oluşturacağız. Bu tabloya karakter
matr s adı ver l r. İlk karakter le b rl kte tablo şöyle gözükecekt r:

2 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

Karakter matr s n n oluşturulması...

Sonrasında yapmamız gereken, olab ld ğ nce çok sayıda karakter bel rleyerek bu tabloyu tamamlamaktır. Normalde
tabloyu b rçok farklı şek lde doldurab l rs n z. Örneğ n kuş türler n sınıflandırıyor olsaydık, farklı renklere farklı kodlar
vererek çok detaylı b r anal z yapab l rd k. Ancak az sonra göreceğ n z g b , b r özell ğ n durumu ne kadar çeş tl
olursa (örneğ n 20 farklı renk ç n 20 farklı kodlama yapacak olursanız), anal z n z elle yapmanız o kadar zor
olacaktır. Çoğu zaman b yologlar bu anal zler yapmak ç n b lg sayar kullanırlar. Hatta eğer k tür ve karakter sayısı
çok fazlaysa, süperb lg sayarların kullanımına ht yaç olab l r. Çünkü anal zler çok fazla sayıda olasılık çer r ve
bunların her b r n n şlenmes (en azından kısa sürede şlenmes ) normal b r of s b lg sayarında aylar alab l r.
Taksonom amacıyla yapılan k m süperb lg sayar anal zler n n b le haftalarca süreb ld ğ b l nmekted r. Dolayısıyla
evr msel anal z n kolay ve ucuz b r ş olduğu asla sanılmamalıdır.

Dolayısıyla, mümkünse 2 durumlu (b nary) olacak şek lde seç mler yapılmalıdır. En bas t fades yle "var" ya da "yok"
d yeb leceğ m z özell kler seç lmel d r. Bel rtt ğ m z g b , anal z n ne kadar detaylı ve sabetl olmasının stend ğ ne
bağlı olarak bu terc h değ şecekt r. İstersen z her b r özell k ç n 20 durumlu b r anal z de yapab l rs n z. Ancak bunu
beyn n z le yapmanız yıllarınızı alab l r ve sonunda tamamen hatalı b r sonuca varab l rs n z. Örneğ n aşağıda, her
b r özell ğ n "var" (+) ya da "yok" (-) den lerek bel rlend ğ b r karakter matr s görmektes n z.

Karakter matr s n n doldurulması... Her b r artı, o özell ğ n o canlıda var olduğunu, her b r eks se o özell ğ n o
canlıda var olmadığını göstermekted r.

Ş md , lk olarak fenet k taksonom y görel m. Bunun ç n tek yapmanız gereken, nceled ğ m z her b r canlı le her b r

3 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

d ğer canlı arasındak ortak özell k sayısını bel rlemekt r. Bu, oldukça bas t b r şt r. Sonrasında bulgunuzu
tablolaştırab l rs n z. Aşağıda B canlısı le C canlısı arasında yapılan kıyasın neden 5 sonucunu verd ğ n b r örnekle
göstermektey z. D ğerler n de kend n z kontrol ederek bulab l rs n z.

Fenet k Benzerl k Anal z ...

D kkat ed lmes gereken en öneml şeylerden b r s , b r özell k k canlıda da bulunmuyorsa b le bunun "ortak
karakter" olarak sayılması gerekt ğ d r. Yan k canlıda da b r özell k eks olarak gözüküyorsa, bu da ortak b r
karakter olarak kabul ed l r. Alt taraftak tablo, her b r türün b rb r yle ortak karakter sayısını vermekted r.
Görüleb leceğ g b sol taraftak sütundak B le, üst sıradak C kes şt r l rse, ortak özell k sayısının 5 olduğu
anlaşılacaktır. B r d ğer örnek, C le D arasındak ortak özell k sayısının 6 olmasıdır. Tablonun alt kısmı, üst kısmın
s metr ğ olacağı ç n yazılmamıştır. Yazılmasına da gerek yoktur.

Eğer bunu anladıysak, klad st k b r anal z n nasıl yapılab leceğ n görel m. Tab k daha fenet k anal z m z b tmed ,
sadece aradak farkı göstermek ç n aynı basamağı klad st k üzer nden göstermek st yoruz.

Klad st k anal zde de yapacağımız türler (ya da el m zdek canlılar) arasındak benzerl kler saymak. Ancak burada
ufak b r fark var. Klad st k anal zde evr msel süreç çer s nde evr mleşen yen karakterler n ve bu yen karakterlerden
b rden fazla tür tarafından paylaşılanların sayısı öneml d r. Dolayısıyla y ne b r sayım yapacağız ama b r farkla: dış

4 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

grup har c ndek her b r türün, her b r d ğer tür le ortak olarak paylaştıkları özell kler bel rleyeceğ z. Sonrasında, bu
ortak özell ğ n dış grupta bulunup bulunmadığına bakacağız. Eğer hem ncelenen k türde de, hem de dış grupta da
bulunuyorsa, bu evr mleşm ş b r karakter (s napomorf ) değ ld r; dolayısıyla klad st k anal zde kullanılamaz. Ancak
eğer k k türün ortak özell ğ ortak atasında yoksa, o zaman s napomorf k b r karakterden bahsed yoruz demekt r ve
anal z m ze dah l edeb l r z. S napomorf n n önem , süreç çer s nde evr m n olduğunu göster yor olmasıdır ve bu
yüzden klad st k anal z buna odaklanır. Tahm n ed leb leceğ g b klad st k anal z fenet k anal ze göre daha tutucudur
ve dolayısıyla daha sabetl sonuçlar ver r. Ancak yapması da buna doğru orantılı olarak b raz daha zordur. Ş md
şema üzer nden g derek nasıl yapacağımızı anlayalım:

Klad st k Anal z ve Benzerl k Matr s

Y ne B ve C'ye bakalım. Ortak özell kler tesp t ett kten sonra, fenet k anal zden farklı olarak bu defa dış grubun aynı
özell ğ n de kontrol etmek durumundayız. Eğer k k türümüzde de var olan özell ğ m z dış grupta yoksa, sonradan
evr mleşen b r karakterden, yan b r s napomorf den bahsed yoruz demekt r ve hesabımıza dah l etmem z gerek r.
Eğer b r özell k hem nceled ğ m z 2 türde, hem de dış grupta varsa sonradan evr mleşen b r özell kten
bahsetm yoruz demekt r; bu durumda hesabımıza katmayız (fenet k anal zde böyle b r kıyas yoktu). Benzer şek lde,
eğer b r özell k nceled ğ m z 2 canlıda yoksa ama dış grupta varsa, y ne s napomorf k b r özell kten, bu defa b r
özell ğ n evr msel süreçte y t r m nden bahsed yoruz demekt r ve y ne hesaba katmamız gerek r.

5 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

Bunun prat k karşılığı se şudur: eğer k k türümüzde b r özell k (+) se ve dış grupta aynı özell k (-) se klad st k
anal ze dah l eder z. Aynı şek lde, k türde b r özell k (-) se ama dış grupta aynı özell k (+) se bunu da anal ze dah l
eder z. Eğer k b r özell k hem k türde, hem de dış grupta (+) se veya heps nde (-) se bunu klad st k anal z m ze
katmayız. Örneğ n yukarıdak tabloda gözler 3 grupta da var olduğu ç n bu s napomorf değ ld r, anal ze dah l
ed lmez. Ancak uzun d l, sırt kılı, benekler ve alt çene, k tür le dış grup arasıda zıt olduğu ç n s napomorf d r. İşte
bu sebepe B le C arasında 4 s napomorf k özell k var demekt r.

Sağ alttak benzerl k matr s de bunu göstermekted r. Tıpkı fenet k benzerl k matr s nde olduğu g b , klad st k
benzerl k matr s nde de, soldak sütundan b r tür le üsttek sıradan b r türü alarak s napomorf k benzerl kler n
bulab l r z. Örneğ n A le D'n n tek b r tane s napomorf k benzerl ğ vardır. İlk tablodan bakacak olursanız o tek
benzerl k alt çened r. Çünkü hem A'da, hem de D'de alt çene yoktur, ancak dış grupta alt çene vardır. Dolayısıyla bu
1 adet s napomorf eder ve bundan başka s napomorf yoktur.

Sonrak Adımlar: Ağacın İlk Dalları

Pek , ş md ne yapacağız? Bu tabloları adım adım küçültmeye ve en çok benzerl k barındıranları b rleşt rmeye
başlayacağız. Fenet k benzerl k matr s n tekrar ele alalım. Eğer matr se (tabloya) bakacak olursanız, en büyük
benzerl ğ n 7 adet benzerl k le A ve B türler arasında olduğunu, d ğer tüm sayıların bundan küçük olduğunu
göreceks n z. Bu b ze şunu söyler: A ve B türler b rb r ne en yakın türlerd r. Dolayısıyla bunları d rekt b rb r ne
bağlayab l r z. Bunu aşağıda göstermektey z:

B rb r ne en benzeyen türler olan A le B'y b rleşt reb l r z.

6 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

Sonrak adımda, fenet k benzerl k matr s m z daraltacağız, çünkü artık A ve B'n n en yakın akrabalar olduklarını
b l yoruz. Bunu yapmak ç n çok bas t b r adım uygulayacağız. A ve B'y tek b r türmüş g b varsayacak ve tabloyu
buna göre tekrar ç zeceğ z. B r satır ve b r sütün daralacağı ç n, ger ye kalan sayıların lg l olanlarının ortalamasını
alacağız. Bunu yen b r tabloda gösterel m:

Fenet k Benzerl k Matr s 'n n İk nc Adımı

Bu adımı anlamak lk bakışta kolay olmayab l r. Fakat A+B'n n tek b r tür olduğunu düşünürsen z ve lk tabloyu buna
göre okursanız, ne demek sted ğ m z anlayacaksınız. İlk fenet k tablomuzda, A ve B'n n C le benzerl ğ n bulmaya
çalışın. 4 ve 5' n ortalaması olması gerekt ğ n göreceks n z. İşte bu yüzden 4.5 yazmaktayız. Aynı şek lde, A ve
B'n n D le benzerl ğ de 2 ve 3'ün ortalamasıdır, yan 2.5'tur. Fakat C ve D'n n benzerl ğ n n A ve B'n n tek tür olması
le alakası yoktur, bu sebeple 6 olarak bırakırız. Böylece k nc adımda daha ufak b r benzerl k tablosu elde eder z.

Yen benzerl k tablomuzdak en büyük sayı 6'dır. 6 sayısı da, C ve D'n n benzerl k sayısını göstermekted r.
Dolayısıyla C ve D, şu anda tabloda olan d ğer tüm gruplardan b rb r ne daha fazla benzerd r. Dolayısıyla C ve D,
kend ç nde bağlanmalıdır. Henüz A ve B'ye gelmed k ama hemen geleceğ z. Son durumu şöyle gösterel m:

İk nc adım sonucunda elde ed len ağaçlar...

Zaten dış grup har c nde 4 türümüz olduğu ç n ve dış grubumuzun da en dışarıda olması gerekt ğ n b ld ğ m z ç n,
f logenet k ağacımız otomat k olarak tamamlanmış olur. Yapab leceğ n z tek bağlantı, A ve B'n n ortak atası le C ve
D'n n ortak atasını b rleşt rmek ve bu ortak atadan E'y , yan dış grubu ayırmaktır. Bu durumda başlangıçtak dış grup
da dah l 5 grubun f logen s şöyle olur:

7 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

A, B, C, D ve E (dışgrup) türler n n f logen s ...

Bu seçt ğ m z türler ve seçt ğ m z bu karakterler ve fenet k anal z dah l nde başka b r f logen mümkün değ ld r.
Dolayısıya en azından fenet k olarak ağacımızın doğru olduğunu söyleyeb l r z. Pek ya klad st k anal z bu ağacı
doğrulayacak mı? Aynı sonuca mı varacağız? Unutmayınız k klad st k anal z genell kle daha hassas sonuçlar ver r.
Böylece b ze h potez m z test etme mkanı sunar. Çoğu zaman fenet k anal zler hatalı olduğu ç n klad st k anal zler
desteklemek ve h potez gel şt rmek ç n kullanılır. Bakalım klad st k benzerl k matr s nden g tsek ne g b b r sonuç
alacaktık...

Eş t Benzerl k Durumu ve Ağaç Uzayı

Klad st k benzerl k matr s m z hatırlayalım.

Klad st k Benzerl k Matr s

Görüleb leceğ g b en büyük benzerl k 5 puan le C ve D arasındadır. Dolayısıyla tıpkı b r öncek anal zde olduğu
g b , C ve D'y lk olarak b rb r ne bağlayab l r z. Bu durumda:

8 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

C ve D'y b rb r ne bağlayab l r z.

Artık C ve D arasındak l şk y b l yoruz. Bu k s ne tek b r tür g b davranarak matr s m z küçülteb l r z. Y ne

ortalamaları alacağız:

C ve D'y tek tür olarak kabul edeb l r ve k nc adımı atab l r z.

İlk matr se bakacak olursanız, A ve B'n n benzerl ğ n n C ve D'y tek tür saymakla b r alakası yoktur. Bu durumda 3
sayısı değ şmeyecekt r. C ve D'n n B le ortak özell kler se, b r öncek matr se göre 4 ve 2'n n ortalaması olacaktır.
Yan 3'tür. C ve D'n n A le s napomorf k özell k m ktarı se 3 ve 1' n ortalamasıdır, yan 2. Bunları tabloya
ekled ğ m zde, lg nç b r sonuç ortaya çıkar: A ve B'n n b rb r yle akrabalık l şk s le C ve D'n n B le akrabalık l şk s
eş t m ktardadır. Çünkü k s de 3'tür ve 3, bu tablodak en büyük sayıdır. Bu durumda 2 farklı ağaç ç zeb l r z
demekt r: ya A ve B'y önce b rb r ne bağlayacak ve sonra onları C ve D'ye b rleşt receğ z (dolayısıyla fenet k
anal zdek yle aynı ağacı elde edeceğ z); ya da C ve D'ye önce B'y bağlayacak, sonra A'yı heps ne bağlayacağız.
Çünkü bu 2 olasılığın değer b rb r ne eş tt r. Bu olasılıklar şu k ağacı ver r:

İk ayrı f logen ht mal bulunmaktadır. Hang s doğrudur?

9 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

İşte bu durumda, felsefen n ve dolayısıyla b l m n meşhur Occam'ın Usturası İlkes devreye g rer. Occam'ın
Usturası şunu söyler: b r konuyla lg l , b rb r ne benzer metotlarla elde ed len k açıklamadan, en az sayıda
varsayıma dayananı daha gerçekç d r. Yan b r şey açıklamak ç n fazla m ktarda varsayıma başvuruyorsak
muhtemelen hata yapıyoruz demekt r. En az sayıda varsayımla yapılab len açıklama, daha gerçekç olacaktır. Buna
aynı zamanda en yüksek pars mon lkes adı da ver l r. Pek bu k ağaçtan hang s en az sayıda varsayıma
dayanır? Bunu nasıl b leceğ z?

Occam'ın Usturasıyla Budanan Evr m Ağaçları

Bunu anlayab lmen n tek yolu k ağacın da evr msel anal z n yapmaktır. Hang dalda hang özell k kazanılmış, hang
ayrımda bu özell kler y t r lm ş, evr msel süreçte kaç defa değ ş m olmuş, vs. Evr mde değ ş m zor b r şt r. Ne kadar
az sayıda değ ş m varsa, o kadar az sayıda varsayıma başvuruyoruz demekt r. Dolayısıyla, k eş t olasılıklı evr m
ağacından en az sayıda değ ş m gerekt ren ağaç, gerçeğe daha yakın olacaktır. Elbette gerçek o olmayab l r, daha
fazla değ ş m gösteren ağaç, gerçekte bu türler arasındak l şk y ver yor olab l r. İşte bunun keşf genet k anal zlere
kalmaktadır. Bunu daha sonrak b r yazımızda zah edeceğ z; ancak ş md l k halen dış görünüşe sadık kalalım.

Bunu yapmak ç n seçt ğ m z tüm karakterler tek tek olası evr m ağaçları üzer ne, değ ş m noktalarına erleşt rmem z
gerek r. Örneğ n 1 numaralı özell ğ m z , yan uzun d ll olmayı ele alalım. A ve B'de uzun d l bulunurken, E'de (dış
grupta) bulunmamaktadır. Dolayısıyla lk ağacımızda bu evr m A ve B'n n ortak atasının E ve d ğerler nden ayrıldığı
noktadan sonra gerçekleşm şt r. Benzer şek lde C'de de uzun d l vardır, dolayısıyla uzun d ll l k ayrıca C'ye g den
dalda da b r defa evr mleşm şt r. Bunu aşağıda, sol taraftak ağaçta görmektes n z.

Maks mum pars mon y tesp t edeb lmek ç n tek tek özell kler ağaçlara yerleşt rmem z gerek yor.

İk nc ağacımıza göreyse evr m şöyle olmuştur: dış grubun ayrılmasından sonra, tüm türlere (A, B, C ve D) g decek
şek lde uzun d ll l k evr mleşm şt r. Ancak D türü bu özell ğ sonradan y t rm şt r. Dolayısıyla bu durum, yukarıdak
ağaçlardan sağ tarafta göster lmekted r.

İşte bu şek lde, tek tek tüm olasılıklar ağaçlar üzer ne şlen r. Bu durumda, aşağıdak g b k ağaç ortaya çıkar:

10 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

Tüm özell kler yerleşt r ld kten sonra k olasılık ağacı...

D kkatl b r anal z, sol taraftak ağacın 10 değ ş m gerekt r rken, sağ taraftak ağacın 9 değ ş m gerekt rd ğ n tesp t
edecekt r. İşte bu durumda, Occam'ın Usturası b z m sağ taraftak f logen y seçmem z gerekt ğ n söyler. Bu
durumda, fenet k anal z m zle elde ett ğ m z ağaç, yan klad st k anal z n 10 değ ş m gösteren ağacı muhtemelen
hatalıdır. Sağ taraftak g b b r f logen , şu etapta daha muhtemeld r. Tab k bunu kest rmek her zaman kolay değ ld r.
Çoğu zaman her b r türde bulunan çok sayıda gen n benzer anal zler ne ht yaç duyarız. Fakat bu yöntem, b ze
kabaca b r f k r verecekt r.

Pek burada 4 tür vardı. Ya 10 tür olsaydı? Ya 20 tür? 50 tür? 1000 tür? 50 tür, çoğu a len n anal z ç n çok küçük b r
sayıdır. B z burada sadece 4 türü b le tanımlarken b r sürü sıkıntı çekt k. Ya 50 türümüz olsaydı?

Bas t b r matemat ksel anal zle bunu bulab l r z. Aşağıda bu sayı göster lmekted r:

11 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

Tür sayısına göre olası evr m ağacı sayısı... Yukarıdak formülasyon, b r tür çarpım şlem d r. "s", d z lemek
sted ğ n z tür sayısını göster r. Örneğ n 10 tür varsa, bu formüle göre 1'den 15'e kadar olan sayıları çarpmanız
gerek r. Bulduğunuz sayı, olası evr m ağacı sayısını verecekt r.

Evet, 50 farklı türün evr msel anal z n yapmak ç n 10 üzer 148 farklı ağacın taranması gerekeb l r (en kötü
koşulda). Bu sayının yanında galaks m zdek yıldız sayısı b r el n parmakları kadar kalmaktadır. İşte evr msel
anal zde araştırmamız gereken evr m ağacı alanına ağaç uzayı adını ver r z. Bu uzayın tek tek taranması ve en
yüksek olasılıklı evr msel dallanma ağacının çıkarılması gerekmekted r. Bunu elle yapmak 4-5 türden sonra çok
güçtür. 6-7 türden sonra b lg sayarlara ht yaç duymaya başlarız. 50 türden sonra se artık süperb lg sayarlara
başvurmak gerek r.

Sonuç

Günümüzde b yoloj , özell kle de evr msel b yoloj her geçen gün daha da matemat ksel b r arkaplana sah p olan,
daha da s stemat kleşen ve karmaşıklaşan b r b l m dalı hal ne gelmekted r. Hala ülkem zde evr m var mı, yok mu bu
tartışıladursun, sayısız araştırmacı evr msel b yoloj n n matemat ksel alt yapısını güçlend rmekte ve bu gerçeğ
kullanarak türler n anal z n yapab lmekte, özell kler n ortaya koyab lmekte ve bu özell kler nasıl kullanab leceğ m z
üzer ne s stemler gel şt reb lmekted r.

Umuyoruz k evr msel b yoloj n n laf dalaşına dönmeye muhtaç polem klerden çok daha fazlası olduğunu görmen z
azıcık da olsun başarab lm ş zd r.

İlerleyen yazılarımızda bu konuyu daha da der nleşt receğ z. Sanıyoruz k bu yazı sayes nde ola k d z lemek

12 -> 13 12.7.2014 15:46

Evr m Ağacı Nasıl Yaratılır? – Evr m Ağacı http://evr magac .org/makale/156

sted ğ m z 10-15 farklı türümüz olsaydı veya her b r özell k ç n "var" ya da "yok" yer ne daha fazla durumumuz
olsaydı ş m z n ne kadar zor olacağını anlayab lm şs n zd r.

En çten saygılarımızla.

Yazan: ÇMB (Evr m Ağacı)

Kaynak: TTU (http://www.faculty.b ol.ttu.edu/r ce/evolut on/evolsyl.html)

Et ketler:

Paylaş & yorum yap

Tweet (https://tw tter.com/share)

13 -> 13 12.7.2014 15:46