Dapat madama ng lahat na ligtas ang pagpasok sa paaralan. Ngunit sa Pilipinas, ang pambu- bully, diskriminasyon, kawalan ng edukasyon tungkol sa mga isyu ng LGBT, at paminsan- minsan ay pisikal o sekswal na pag-atake, ay nakakaapekto sa mga estudyanteng kinikilala bilang lesbian, gay, bisexual, o transgender (LGBT). Ang mga maling gawaing ito ay may potensyal na seryosong makaapekto sa kakayahan ng mga mag-aaral na magpatuloy sa edukasyon, na ginagarantiyahan ng parehong batas ng Pilipinas at internasyonal. Sa Pilipinas, ang mga gumagawa ng patakaran at mga opisyal ng paaralan ay nakabuo ng mga hakbangin upang harapin ang pangunahing isyu ng pambu-bully sa mga kabataang LGBT sa mga nakaraang taon. Isang Child Protection Policy ang ipinatupad ng Department of Education (DepEd), na responsable sa pangangasiwa sa mga elementarya at sekondaryang paaralan, noong 2012 upang labanan ang bullying at diskriminasyon sa mga paaralan, kabilang ang batay sa oryentasyong sekswal at pagkakakilanlang pangkasarian. Ang Anti-Bullying Law ng 2013 ay niratipikahan ng Kongreso sa sumunod na taon, at ang mga patakaran at regulasyon nito sa pagpapatupad ay naglilista ng oryentasyong sekswal at pagkakakilanlang pangkasarian bilang mga ipinagbabawal na katwiran para sa pananakot at panliligalig. Sa pamamagitan ng pagpapatibay ng mga regulasyong ito, ang mga institusyong pang-edukasyon ay nagpapadala ng isang malinaw na mensahe na ang pananakot at diskriminasyon ay kasuklam-suklam at hindi dapat pabayaan. Gayunpaman, sa kabila ng magandang hitsura sa papel, ang mga patakarang ito ay hindi naipatupad nang maayos. Marami pa ring kabataang LGBT ang nakakaranas ng pambu-bully at panliligalig sa paaralan sa kawalan ng wastong pagpapatupad at pagsubaybay. Ang mga gawaing may diskriminasyon na naninira at nag-aalis ng karapatan sa mga estudyanteng LGBT gayundin ang kakulangan ng mga kasangkapan at kaalaman sa mga isyu ng LGBT sa mga paaralan ay nagsisilbing magpapalala sa negatibong pagtrato na nararanasan ng mga estudyanteng LGBT mula sa mga kaklase at guro. Ang mga natuklasan ng pag-aaral na ito ay batay sa malalim na mga panayam at focus group sa 76 na mga mag-aaral sa sekondarya o kamakailang mga nagtapos na kinilala bilang LGBT o may mga katanungan tungkol sa kanilang sekswal na oryentasyon, 22 mga mag-aaral o kamakailang nagtapos na hindi, 46 mga magulang, guro, tagapayo, mga administrator, service provider, at mga eksperto sa edukasyon sa 10 lungsod sa mga pangunahing isla ng Pilipinas ng Luzon at Visayas. Tinitingnan nito ang tatlong pangunahing isyu na kinakaharap ng mga estudyante ng LGBT—ang pananakot at panliligalig, diskriminasyon batay sa oryentasyong sekswal at pagkakakilanlang pangkasarian, at kakulangan ng kaalaman at mapagkukunan—at gumagawa ng mga rekomendasyon para sa mga aksyon na maaaring gawin ng mga mambabatas, DepEd, at mga administrador ng paaralan upang suportahan ang LGBT karapatan ng mga mag-aaral sa isang ligtas at nagpapatibay na kapaligiran sa pag-aaral. Para sa mga batang transgender, na madalas na itinuturing na may kasarian na ibinigay sa kanila sa kapanganakan kaysa sa kanilang pagkakakilanlan ng kasarian, ang mga patakarang ito ay partikular na mapaghamong. Gayunpaman, maaari rin silang magbigay ng mga paghihirap para sa mga bata na nakikilala bilang hindi sumusunod sa kasarian at pinipiling ipahayag ang kanilang sarili o makisali sa mga aktibidad na itinuturing ng paaralan na hindi angkop para sa kanilang kasarian. Ang paaralan ay maaaring maging isang mapaghamong o mapang-api na kapaligiran habang ang mga bata ay humaharap sa mga paghihirap na ito, maging indibidwal man o sama-sama. Isinaad ng mga mag-aaral kung paanong ang pananakot, diskriminasyon, at pagbubukod ay nagdulot sa kanila ng pagkawala ng pokus, paglaktaw sa klase, o pagtatangkang lumipat ng mga paaralan, na lahat ay nakasagabal sa kanilang karapatan sa isang edukasyon bilang karagdagan sa nagdudulot sa kanila ng pisikal at sikolohikal na pinsala. Ang mga guro, administrador, at mambabatas ay dapat makipagtulungan sa mga LGBT campaigner upang lumikha ng mga paaralan ng isang ligtas at nakakaengganyang kapaligiran para makapag-aral ang mga batang LGBT kung ang karapatan sa edukasyon ay magkaroon ng anumang halaga para sa lahat ng mga mag-aaral— kabilang ang mga estudyante ng LGBT.