Tập 202, Số 09, 2019

Tập 202, Số 09, 2019

 T¹p chÝ Khoa häc vµ C«ng nghÖ
202(09)
Journal of Science and Technology
N¨m 2019

CHUYÊN SAN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP – LÂM NGHIỆP – Y DƯỢC

Môc lôc Trang
Chu Đức Hà, Trần Thị Thu Thủy, Phạm Phương Thu, Phạm Thị Lý Thu, Phạm Thị Xuân, La Việt Hồng -
Phân tích tính đặc thù trong cấu trúc của tiểu phần nuclear factor-ya ở cây họ đậu 3

Nguyễn Văn Hiếu, Đinh Thị Hải Yến - Dẫn liệu về côn trùng nước ở suối Séo Mý Tỷ và suối Nậm Cang thuộc
vườn quốc gia Hoàng Liên, tỉnh Lào Cai, Việt Nam 9

Lê Thị Huyền Trinh, Lê Thanh Tùng - Ngưỡng nguy cơ của một số hội chứng rối loạn nhiễm sắc thể khi sử
dụng công thức 3T trong triple test tại Nam Định 15
Đỗ Thị Lan Phương, Nguyễn Thị Kim Lan, Nguyễn Thị Ngân - Tình hình mắc bệnh gạo (Swine Cysticercosis)
trên đàn lợn tại một số huyện của tỉnh Điện Biên 23
Trương Quang Vinh, Trịnh Đình Khá, Nguyễn Xuân Hưởng - Nghiên cứu định danh chủng Bacillus subtilis LS6 29

Hoàng Thị Thu Yến, Nguyễn Thị Yến, Huỳnh Thị Thu Huệ, Nguyễn Hải Đăng - Tối ưu biểu hiện CsLAR1 tái
tổ hợp trong vi khuẩn E. Coli rosetta và phân tích hoạt tính 37

Nguyễn Xuân Thành - Nghiên cứu một số đặc tính của màng 3D-nano-cellulose hấp phụ berberin định hướng
dùng bọc thực phẩm tươi sống 45

Nguyễn Việt Hưng, Phạm Văn Chương - Nghiên cứu ảnh hưởng của tuổi cây, vị trí trên thân cây đến một số
thành phần hoá học của luồng (Dendrocalamus barbatus Hsueh et D. Z. Li) tại Thanh Hoá 53

Nguyễn Minh Tuấn, Luân Thị Đẹp, Hà Minh Tuân, Hứa Thị Toàn, Nguyễn Khánh Phượng - Nghiên cứu
khả năng sinh trưởng, phát triển của giống quýt ngọt không hạt (Citrus Unshiu Marc) tại Bắc Kạn và Thái Nguyên 59

Nguyễn Thị Bích Đào, Nguyễn Đức Trường, Nguyễn Thu Trang, Đặng Thị Mai Lan - Ảnh hưởng của thông
tin trong lập khẩu phần đến năng xuất của gà Ross 508 67

Nguyễn Thị Tuyên, Nguyễn Việt Hưng - Nghiên cứu sử dụng dịch chiết từ sả Java (Cymbopogon Winteriaus)
trong bảo quản gỗ thông (Pinus Latteri) 73

Quyền Thị Dung - Chế độ tưới và diễn biến hàm lượng phốt pho dễ tiêu trong đất trồng lúa 79

Bùi Minh Hồng, Nguyễn Thanh Vân, Lê Trung Dũng - Nghiên cứu thành phần loài côn trùng gây hại và côn
trùng ngoại lai ở xã Hoàng Hoa Thám, thành phố Chí Linh, Hải Dương 85

Thongkham LAPHASY, Phạm Thị Thanh Nhàn - Nghiên cứu tạo rễ in vitro và giá thể ngoài vườn ươm của
cây râu mèo (Orthosiphon aristatus) 93

Trần Văn Thăng, Nguyễn Thị Lan, Tạ Văn Cần, Nguyễn Văn Đại - Xác định giá trị dinh dưỡng của một số
loại thức ăn phổ biến nuôi trâu bằng phương pháp in vitro gas production 99

Lò Thị Mai Thu, Trịnh Thị Thủy, Chu Hoàng Mậu - Định danh loài bằng mã vạch DNA và phân tích trình tự
vùng ITS và đoạn gen rpoC1 của mẫu lan kim tuyến thu tại huyện Thuận Châu, tỉnh Sơn La, Việt Nam 107

Cao Phi Bằng, Trần Thị Thanh Huyền, Chu Thị Bích Ngọc, Trần Thị Mai Lan, Nguyễn Thị Thanh Hương,
Lê Thị Mận, Nguyễn Phương Quý, Trần Trung Kiên, Bùi Thị Hải Yến - Ảnh hưởng của các nồng độ NPK tới
sinh trưởng và một số chỉ tiêu sinh lí của cây lan Dendrobium lùn (Dendrobium sp.) 115
Nguyễn Xuân Thành - Phát triển và thẩm định phương pháp phân tích định lượng curcumin trong huyết tương thỏ 121

Phan Thị Hồng Phúc, La Văn Công, Trần Nhật Thắng, Nguyễn Thế Anh Tuấn - Tình hình nhiễm bệnh do
Demodex canis gây ra ở chó nghiệp vụ trong tổng số chó mắc bệnh ngoài da nuôi tại trường trung cấp 24 biên phòng
và dùng thuốc điều trị 129
Trần Thị Quí, Ngô Thị Lưu Mỹ, Nguyễn Thị Vân Anh, Dương Thị Thu Trang, Trương Thị Phương, Võ
Hữu Công - Tích lũy kim loại nặng và đánh giá rủi ro sức khỏe tại vùng trồng rau huyện Phú Xuyên, Hà Nội 135
Đinh Minh Quang, Diệp Thị Ngọc Yến, Trần Chí Cảnh, Nguyễn Hữu Đức Tôn - Xây dựng bộ tư liệu ảnh giải
phẫu chuột đồng nhỏ Rattus losea (Swinhoe, 1871) và thỏ nhà Oryctolagus cuniculus (Linnaeus, 1758) 143

Nguyễn Thị Ngọc Lan, Nguyễn Thị Hải Yến, Đỗ Thanh Kim Hường, Vì Thị Xuân Thủy, Chu Hoàng Mậu -
Thiết kế vector chuyển gen thực vật mang gen mã hóa protein DREB7 của cây đậu tương 151
Trần Thị Ngọc Hằng, Đinh Thị Phượng - Nghiên cứu đa dạng cây thuốc ở xã Cúc Đường, huyện Võ Nhai, tỉnh
Thái Nguyên 159

Trần Thanh Mến, Nguyễn Đình Hải Yến, Huỳnh Thị Kim Nguyên, Phạm Kim Yến, Nguyễn Phương Anh
Thư, Đái Thị Xuân Trang - Xây dựng mô hình ruồi giấm (Drosophila melanogaster) để nghiên cứu dược liệu có
hoạt tính kháng oxy hóa 165

Lê Anh Vũ, Phan Thị Cẩm Quyên, Nguyễn Thúy Hương - Mô hình hóa tương đồng và ứng dụng trong thiết kế thuốc 173
Huỳnh Xuân Phong, Hà Phú Quý, Nguyễn Ngọc Thạnh, Bùi Hoàng Đăng Long, Ngô Thị Phương Dung - Lên
men ethanol từ dịch ép mía sử dụng nấm men chịu nhiệt 185
Phạm Văn Anh, Bùi Thị Thanh Loan, Hoàng Văn Ngọc, Nguyễn Quảng Trường - Thành phần thức ăn của
loài ếch cây đầu to Polypedates megacephalus Hallowell, 1861 ở huyện Sìn Hồ, tỉnh Lai Châu 193
Nguyễn Chí Hiểu, Trần Lệ Thị Bích Hồng, Nguyễn Thị Phương Oanh, Lê Thị Kiều Oanh, Dương Thị
Nguyên, Nguyễn Thị Như Hoa - Ảnh hưởng của mật độ trồng và phân bón đến sinh trưởng và bệnh vàng lá thối
rễ cây ba kích (Morinda officinalis How.) tại Thái Nguyên 199
Nguyễn Quang Tính, Nguyễn Văn Giang - Nghiên cứu một số đặc tính sinh vật học của vi khuẩn Salmonella ở
thịt lợn tiêu thụ tại thành phố Lào Cai 205
Vũ Thị Phương Ngoan, Đặng Thị Hương Hà, Phó Thị Thúy Hằng - Nghiên cứu khả năng đồng hoá nitơ ở một
số loài thuỷ sinh vật 213
Đỗ Thị Lan Phương, Nguyễn Thị Kim Lan - Một số đặc điểm bệnh lý, lâm sàng của bệnh gạo trên lợn gây
nhiễm thực nghiệm 219
Đặng Thị Hương Hà, Vũ Thị Phương Ngoan, Phó Thị Thúy Hằng - Phân tích đa hình một số gene liên quan
đến tính trạng sinh sản của đàn lợn Móng Cái bố mẹ phục vụ cho công tác chọn giống 227
Dương Ngọc Yên, Đỗ Thị Lan - Đánh giá hiệu quả sử dụng đất sản xuất nông nghiệp tại ba xã thí điểm dồn điền
đổi thửa của huyện Phú Bình, tỉnh Thái Nguyên 233
Nguyễn Thị Hương Giang, Nguyễn Thị Kim Lan - Một số đặc điểm dịch tễ bệnh giun tròn đường tiêu hóa ở lợn
nuôi tại tỉnh Bắc Giang 241
Nguyễn Văn Quảng, Bùi Thu Uyên, Nguyễn Thế Hùng, Lê Sỹ Hưng - Loại dinh dưỡng khác nhau và những
ảnh hưởng tới năng suất của cây rau muống trái vụ (Ipomoean Aquatica) bằng phương pháp thủy canh 247
202(09)
oµ soT T¹p chÝ Khoa häc vµ C«ng nghÖ
N¨m 2019 Journal of Science and Technology
AGRICULTURE – FORESTRY – MEDICINE & PHARMACY
Content Page
Chu Duc Ha, Tran Thi Thu Thuy, Pham Phuong Thu, Pham Thi Ly Thu, Pham Thi Xuan, La Viet Hong -
3
Analysis of the conserved structure of nuclear factor-ya subunits in legumes
Nguyen Van Hieu, Dinh Thi Hai Yen - Data on aquatic insects in the Seo My Ty and Nam Cang streams, Hoang
Lien national park, Lao Cai province, Viet Nam 9
Le Thi Huyen Trinh, Le Thanh Tung - Cut-off value of some chromosome disorders when applying 3T fomula
in triple test in Nam Dinh 15
Do Thi Lan Phuong, Nguyen Thi Kim Lan, Nguyen Thi Ngan - Situation of infection Swine Cysticercosis on
some districts of Dien Bien province 23
Truong Quang Vinh, Trinh Dinh Kha, Nguyen Xuan Huong - Study on indentification of Bacillus subtilis
strain LS6 29
Hoang Thi Thu Yen, NguyenThi Yen, Huynh Thi Thu Hue, Nguyen Hai Dang - Optimization of recombinant
CsLAR1 expression in E. Coli rosetta and activity analysis 37
Nguyen Xuan Thanh - Study on some properties of berberine adsorbed 3D-nano-cellulose membranes for
application in fresh food packaging 45
Nguyen Viet Hung, Pham Van Chuong - The effects of age and height position on the chemical of bamboo
(Dendrocalamus barbatus Hsueh et D. Z. Li) 53
Nguyen Minh Tuan, Luan Thi Dep, Ha Minh Tuan, Hua Thi Toan, Nguyen Khanh Phuong - Study the
growth and development of mandarin citrus seedless (Citrus unshiu Marc) at Bac Kan and Thai Nguyen province 59
Nguyen Thi Bich Dao, Nguyen Duc Truong, Nguyen Thu Trang, Dang Thi Mai Lan - Effect of diet formulation
strategies on broiler production performance, caloric efficiency, carcass characteristics and economic indices 67
Nguyen Thi Tuyen, Nguyen Viet Hung - The use of biological products from cymbopogon winterianus in the
pinus latteri preservation 73
Quyen Thi Dung - Water regime and changes in phophorus mineralization in rice soil 79
Bui Minh Hong, Nguyen Thanh Van, Le Trung Dung - Study on species composition of insect pets and alien
insect pests at Hoang Hoa Tham commune, Chi Linh city, Hai Duong province 85
Thongkham LAPHASY, Pham Thi Thanh Nhan - Study on creation of in vitro roots and substrates in the
arboretum of Orthosiphon aristatus plantlets 93
Tran Van Thang, Nguyen Thi Lan, Ta Van Can, Nguyen Van Dai - Determination nutrient value of some
common feed raising buffaloes by in vitro gas production method 99
Lo Thi Mai Thu, Trinh Thi Thuy, Chu Hoang Mau - The species identification with dna barcode and the
sequence analysis of ITS and rpoC1 of Anoectochilus sample collected at Thuan Chau, Son La, Viet Nam 107
Cao Phi Bang, Tran Thi Thanh Huyen, Chu Thi Bich Ngoc, Tran Thi Mai Lan, Nguyen Thi Thanh Huong,
Le Thi Man, Nguyen Phuong Quy, Bui Thi Hai Yen - Effects of NPK concentrations on growth and some
physiological indices of miniature Dendrobium orchid (Dendrobium sp.) 115
Nguyen Xuan Thanh - Development and validation of an UPLC method for quantitative analysis of curcumin in
rabbit plasma 121
Phan Thi Hong Phuc, La Van Cong, Tran Nhat Thang, Nguyen The Anh Tuan - Current situation of the
disease caused by Demodex canis in service dogs in the total of dermatological dogs breed at technical school of
24 border guard and its treatment medicine 129
Tran Thi Qui, Ngo Thi Luu My, Nguyen Thi Van Anh, Duong Thi Thu Trang, Truong Thi Phuong, Vo Huu
Cong - Heavy metals accumulation and health risk assessment in vegetable production area, Phu Xuyen, Hanoi 135
Dinh Minh Quang, Diep Thi Ngoc Yen, Tran Chi Canh, Nguyen Huu Duc Ton - Designing the anatomy atlas
of lesser ricefield rat Rattus losea (Swinhoe, 1871) and european rabbit Oryctolagus cuniculus (Linnaeus, 1758) 143
Nguyen Thi Ngoc Lan, Nguyen Thi Hai Yen, Do Thanh Kim Huong, Vi Thi Xuan Thuy, Chu Hoang Mau -
Design of plant transgenic vector carrying the gene encodes DREB7 protein of soybean plants 151
Tran Thi Ngoc Hang, Dinh Thi Phuong - A study on medicinal plants diversity in Cuc Duong commune, Vo
Nhai district, Thai Nguyen province 159
Tran Thanh Men, Nguyen Dinh Hai Yen, Huynh Thi Kim Nguyen, Pham Kim Yen, Nguyen Phuong Anh
Thu, Dai Thi Xuan Trang - Drosophila melanogaster model for study antioxidative subtances 165
Le Anh Vu, Phan Thi Cam Quyen, Nguyen Thuy Huong - Homology modeling and its applications to drug design 173
Huynh Xuan Phong, Ha Phu Quy, Nguyen Ngoc Thanh, Bui Hoang Dang Long, Ngo Thi Phuong Dung -
Ethanol production from sugar-cane juice by using thermotolerant yeasts 185
Pham Van Anh, Bui Thi Thanh Loan, Hoang Van Ngoc, Nguyen Quang Truong - Diet of Polypedates
megacephalus Hallowell, 1861 from Sin Ho district, Lai Chau province 193
Nguyen Chi Hieu, Tran Le Thi Bich Hong, Nguyen Thi Phuong Oanh, Le Thi Kieu Oanh, Duong Thi
Nguyen, Nguyen Thi Nhu Hoa - Effects of different plant densities and fertilizers on root rot disease of indian
mulberry (Morinda officinalis How.) in Thai Nguyen 199
Nguyen Quang Tinh, Nguyen Van Giang - Study biological characteristics of Salmonella originated from porks
in Lao Cai city 205
Vu Thi Phuong Ngoan, Dang Thi Huong Ha, Pho Thi Thuy Hang - Study on nitrogen assimilation ability in
some species of aquatic organisms 213
Do Thi Lan Phuong, Nguyen Thi Kim Lan - Some clinical, pathological characteristics of swine Cysticercosis
on experimental infection pigs 219
Dang Thi Huong Ha, Vu Thi Phuong Ngoan, Pho Thi Thuy Hang - Polymorphic analysis of some genes
related to reproductive traits of Mong Cai pig parents to serve the work of selected breeds 227
Duong Ngoc Yen, Do Thi Lan - Evaluation of the efficiency of agricultural land use in three community points to
complete the waste of Phu Binh district, Thai Nguyen province 233
Nguyen Thi Huong Giang, Nguyen Thi Kim Lan - Some epidemiological characteristics of swine
gastrointestinal nematode disaese in Bac Giang province 241
Nguyen Van Quang, Bui Thu Uyen, Nguyen The Hung, Le Sy Hung - The effects of different nutrient types on
the productivity of off-season water spinach in hydroponics 247
 ISSN: 1859-2171
TNU Journal of Science and Technology 202(09): 3 - 8
e-ISSN: 2615-9562

PHÂN TÍCH TÍNH ĐẶC THÙ TRONG CẤU TRÚC CỦA TIỂU PHẦN
NUCLEAR FACTOR-YA Ở CÂY HỌ ĐẬU
Chu Đức Hà1*, Trần Thị Thu Thủy1,2, Phạm Phương Thu2,
Phạm Thị Lý Thu1, Phạm Thị Xuân3, La Việt Hồng2
1
Viện Di truyền Nông nghiệp, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam,
2
Khoa Sinh - Kỹ thuật nông nghiệp, Đại học Sư phạm Hà Nội 2,
3
Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam

TÓM TẮT
Trong nghiên cứu này, tiểu phần NF-YA đã được phân tích ở 6 loài cây họ Đậu, bao gồm đậu
tương (Glycine max), đậu gà (Cicer arietinum), đậu cô ve (Phaseolus vulgaris), cỏ linh lăng
(Medicago truncatula), lạc (Arachis hypogaea) và đậu xanh (Vigna radiata). Kết quả đã xác định
được 7 và 8 gen mã hóa NF-YA ở lạc và đậu xanh. Với những dữ liệu trước đây, có thể thấy rằng
họ NF-YA ở các cây họ Đậu là họ đa gen với số lượng gen thành viên đa dạng. Các gen NF-YA ở
cây họ Đậu có chứa từ 4 - 7 exon, đa số các gen đều được cấu trúc bởi 5 exon và 4 intron. Tiếp
theo, các NF-YA ở cây họ Đậu có kích thước khá đa dạng, chủ yếu > 300 axít amin và có tính
bazơ. Kết quả phân tích tương quan trên cây phân loại cho thấy, vai trò của các gen NF-YA thuộc
nhánh i của phân nhóm 1a.1 và phân nhóm 1b có thể liên quan đến sự phát triển nốt sần, trong khi
các gen còn lại ở nhánh ii của phân nhóm 1a.1, phân nhóm 1a.2 và phân nhóm 2a có thể tham gia
vào quá trình quang hợp ở các cơ quan trên mặt đất như thân, hạt, lá và hoa. Nghiên cứu này nhằm
cung cấp những dẫn liệu quan trọng định hướng cho các phân tích chức năng gen tiếp theo.
Từ khóa: Tin sinh học;Nuclear factor-YA; cấu trúc; họ Đậu; cây phân loại

Ngày nhận bài: 10/4/2019; Ngày hoàn thiện: 02/5/2019;Ngày đăng: 16/6/2019

ANALYSIS OF THE CONSERVED STRUCTURE OF NUCLEAR

FACTOR-YA SUBUNITS IN LEGUMES

Chu Duc Ha1*, Tran Thi Thu Thuy1,2, Pham Phuong Thu2,
Pham Thi Ly Thu1, Pham Thi Xuan3, La Viet Hong2
1
Agricultural Genetics Institute, Vietnam Academy of Agricultural Sciences
2
Faculty of Biology - Agricultural technology, Hanoi Pedagogical University 2
3
Vietnam Academy of Agricultural Sciences

ABSTRACT
In this study, NF-YA subunits have been analyzed in 6 legumes species, including soybean
(Glycine max), chickpea (Cicer arietinum), common bean (Phaseolus vulgaris), barrel clover
(Medicago truncatula). peanut (Arachis hypogaea) and mung bean (Vigna radiata). As a result, a
total of 7 and 8 genes encoding NF-YA has been identified in peanut and mung bean, respectively.
Based on the previous data, we confirmed that the NF-YA gene family in Legumes is a multiple
family with the various members. NF-YA genes in Legumes contained from 4 to 7 exons, with the
majority was formed by 5 exons and 4 introns. Next, the lengths of most of the NF-YAs in
legumes are more than 300 amino acids and basic. Our phylogeny analysis showed that the
function of NF-YA genes in the branch i of subgroup 1a.1 and 1b might be related to the nodule
development, while the remaining genes in the branch ii of subgroup 1a.1, 1a.2 and 2a could act in
the photosynthetic organs, such as stem, seed, leaf and flower. Taken together, our results could
provide an important understanding in order to orientate the further functional characterization of
NF-YA genes.
Keywords: Bioinformatics; Nuclear factor-YA; structure; legumes; phylogenetic tree

Received: 10/4/2019; Revised: 02/5/2019; Published: 16/6/2019

* Corresponding author. Email: hachu_amser@yahoo.com

http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn 3

 Chu Đức Hà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN
1. Giới thiệu
Họ Đậu (Fabaceae) là một trong những nhóm
có ý nghĩa quan trọng trong sản xuất nông
nghiệp hiện nay. Các cây họ Đậu được sử
dụng phổ biến như nguồn thực phẩm giàu
dinh dưỡng, nguyên liệu chế biến thức ăn gia
súc, nhiên liệu sinh học và cải tạo đất [1], [2].
Vì thế, đây được xem là những đối tượng
được quan tâm nghiên cứu nhiều nhằm hướng
đến sản xuất nông nghiệp bền vững, thân
thiện với môi trường. Tuy nhiên, các quá trình
sinh lý diễn ra trong các cây họ Đậu đến nay
vẫn chưa được ghi nhận một cách đầy đủ.
Về bản chất, sự biểu hiện của các gen tham
gia vào phản ứng sinh lý nội bào luôn chịu sự
điều hòa của các nhóm protein điều hòa, đặc
biệt là các họ nhân tố phiên mã (TF). Trong
đó, Nuclear factor-Y (NF-Y), được cấu tạo từ
ba tiểu phần NF-YA, NF-YB và NF-YC, là
họ TF phổ biến nhất, có mặt ở tất cả các loài
thực vật trong sinh giới [3]. Điều đáng chú ý
là tiểu phần NF-YA được đặc trưng bởi hai
vùng bảo thủ riêng biệt với nhiệm vụ tương
tác với NF-YB/NF-YC ('NF-YB/NF-YC
interaction' domain) và bám trên ADN ('DNA
binding' domain), gọi chung là CBFB_NFYA
(Pfam, PF02045) [3]. Đến nay, tiểu phần NF-
YA đã được tìm hiểu trên nhiều loài thực vật
quan trọng, có thể kể đến như lúa gạo (Oryza
sativa) [4], lúa mỳ (Triticum aestivum) [5],
ngô (Zea mays) [6] và một số cây họ Đậu
(Fabaceae), bao gồm đậu tương (Glycine
max) [7], đậu gà (Cicer arietinum) [8], đậu cô
ve (Phaseolus vulgaris) [9] và cỏ linh lăng
(Medicago truncatula) [3].
Trong nghiên cứu này, tiểu phần NF-YA tiếp
tục được xác định trên cây lạc (Arachis
hypogaea) và đậu xanh (Vigna radiata). Đồng
thời, dữ liệu về NF-YA trên G. max, C.
arietinum, M. truncatula và P. vulgaris được
khai thác để xác định các đặc tính cơ bản, từ
đó đưa ra những đặc thù trong cấu trúc của
tiểu phần NF-YA ở họ Đậu nói chung.
2. Phương pháp nghiên cứu
2.1. Dữ liệu nghiên cứu
Hệ gen và hệ protein của A. hypogaea và V.
radiata trên Phytozome [4].
4 http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn
202(09): 3 - 8
Dữ liệu của họ NF-YA ở G. max [7], C.
arietinum [8], P. vulgaris [9] và M.
truncatula [3] được thu thập trong những
nghiên cứu gần đây.
2.2. Phương pháp nghiên cứu
2.2.1. Phương pháp xác định tiểu phần NF-
YA ở lạc và đậu xanh
Vùng bảo thủ PF02045 [3] được sử dụng để
truy vấn BlastP vào hệ protein của A.
hypogaea và V. radiata trên Phytozome [10].
Các ứng viên được chú giải trên hệ gen tương
ứng của hai loài để rà soát và định danh đầy
đủ gen mã hóa NF-YA.
2.2.2. Phương pháp phân tích đặc tính của
tiểu phần NF-YA ở các cây họ Đậu
Trình tự amino acid (aa) của GmNF-YA [7],
CaNF-YA [8], PvNF-YA [9] và MtNF-YA
[3], cùng với AhNF-YA và VrNF-YA được
phân tích các đặc tính cơ bản trên ExPaSY
Protparam [11].
2.2.3. Phương pháp xác định cấu trúc gen mã
hóa NF-YA ở các cây họ Đậu
Trình tự vùng mã hóa (CDS) và vùng gen
(gDNA) (.fasta) của các gen GmNF-YA [7],
CaNF-YA [8], PvNF-YA [9] và MtNF-YA [3],
cùng với AhNF-YA và VrNF-YA được sử
dụng để khai thác cấu trúc exon/intron trên
GSDS [12].
2.2.4. Phương pháp xây dựng cây phân loại
cho NF-YA ở các cây họ Đậu
Trình tự aa của GmNF-YA [7], CaNF-YA
[8], PvNF-YA [9], MtNF-YA [3], AhNF-YA
và VrNF-YA được sử dụng để thiết lập cây
phân loại theo phương pháp Neighbor-Joining
trên MEGA [13] với giá trị bootstrap là 1000.
3. Kết quả và bàn luận
3.1. Xác định tiểu phần NF-YA ở cây lạc và
đậu xanh
Để xác định NF-YA ở A. hypogaea và V.
radiata, toàn bộ các protein có vùng bảo thủ
PF02045 [3] được sàng lọc bằng thuật toán
BlastP trên hệ protein của loài tương ứng. Kết
quả đã xác định được 7 và 8 protein ứng viên
 Chu Đức Hà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN
cho họ NF-YA ở A. hypogaea và V. radiata
(Bảng 1). Thông tin của 2 họ NF-YA lần lượt
được xác định và mô tả trong Bảng 1.
Trước đó, tiểu phần NF-YA đã được xác định
ở một số loài cây trồng quan trọng [5-7],
trong đó có các cây họ Đậu [3, 8-9] (Bảng 2).
Cụ thể, 11 thành viên trong họ OsNF-YA đã
được xác định ở O. sativa [4] (Bảng 2). Họ
gen mã hóa NF-YA cũng được phân tích trên
T. aestivum (10 thành viên) [5] và Z. mays (14
thành viên) [6]. Trong khi đó, số lượng gen
mã hóa NF-YA ở các cây họ Đậu tương đối
giống nhau, khoảng 7÷8 thành viên, ngoại trừ
ở G. max (21 gen) [7] (Bảng 2).
Bên cạnh đó, các gen NF-YA được xác định
không phụ thuộc vào số lượng nhiễm sắc thể
và kích thước hệ gen của loài. Ví dụ như ở G.
max, 21 gen NF-YA được tìm thấy trong hệ
gen của loài (~984 Mb) [7], trong khi chỉ có
10 thành viên của họ gen mã hóa NF-YA
được xác định trong hệ gen của T. aestivum
(~16000 Mb) [5] (Bảng 2). Có thể thấy rằng,
số lượng gen mã hóa NF-YA ở mỗi loài thực
vật không có quan hệ tuyến tính với tính chất
của hệ gen của loài.
3.2. Xây dựng cây phân loại và phân tích
đặc tính của NF-YA ở các cây họ Đậu
Để đánh giá mối tương quan và mức độ gần
gũi của các NF-YA, cấu trúc gen, đặc tính
protein và mức độ biểu hiện đặc thù trong các
mô được phân tích dựa trên sự sắp xếp của
NF-YA theo cây phân loại. Đầu tiên, cây
phân loại Neighbor-Joining được thiết lập dựa
trên trình tự protein của họ NF-YA ở sáu cây
họ Đậu. Kết quả cho thấy 61 thành viên thuộc
sáu họ NF-YA được chia thành hai nhánh
chính, nhóm 1 gồm ba phân nhóm 1a.1, 1a.2
và 1b, nhóm 2 gồm hai phân nhóm 2a và 2b
(Hình 1).
Tiếp theo, cấu trúc của các họ gen NF-YA ở
cây họ Đậu được tìm hiểu và sắp xếp dựa theo
thứ tự trên cây phân loại Neighbor-Joining.
Trong đó, cấu trúc gen của CaNF-YA và
PvNF-YA được khai thác trong nghiên cứu
trước đây [8, 9], trong khi CDS và gDNA của
http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn
202(09): 3 - 8
AhNF-YA, VrNF-YA, GmNF-YA và MtNF-YA
được sử dụng để truy vấn trên GSDS nhằm
phân tích trật tự exon/intron. Có thể thấy
rằng, các gen nằm cùng nhánh trong một phân
nhóm thường có kích thước và cấu trúc
exon/intron tương tự nhau (Hình 1). Hầu hết
các gen NF-YA đều có 5 exon (44 gen), 13
gen có cấu trúc 4 exon/3 intron và bốn gen có
7 và 6 exon (Hình 1).
Dựa trên trình tự aa sẵn có, đặc tính của NF-
YA đã được phân tích và phân nhóm theo cây
phân loại. Phân nhóm 1a.1 có sự tương đồng
về đặc tính protein trong các nhánh. Cụ thể,
hầu hết NF-YA trong phân nhóm 1a.1 (14
thành viên) có kích thước > 300 aa. Các NF-
YA có giá trị điểm đẳng điện dao dộng từ
bazơ (tập trung trong nhánh i) đến axít (tập
trung trong nhánh ii) (Hình 1, Bảng 3). Các
thành viên trong phân nhóm 1a.2 (9 NF-YA)
có kích thước > 200 aa, ngoại trừ Ahy016660
(136 aa) (Hình 1, Bảng 3). Đa số các thành
viên trong nhóm 1b (12 thành viên) đều > 300
aa, tương tự như NF-YA ở nhóm 1a.1, giá trị
điểm đẳng điện ở ngưỡng axít (ngoại trừ
PvNF-YA9) (Bảng 3, Hình 1). Phân nhóm 2a
cho thấy sự tương đồng và bảo thủ cao về
kích thước (> 200 aa) và điểm đẳng điện
(bazơ) giữa các NF-YA (Bảng 3, Hình 1). Kết
quả này cũng được ghi nhận tương tự trong
phân nhóm 2b, ngoại trừ bốn NF-YA có kích
thước < 300 aa (Bảng 3, Hình 1). Tóm lại,
hầu hết các NF-YA ở các cây họ Đậu có kích
thước khoảng > 300 aa và có tính bazơ.
Cuối cùng, mức độ biểu hiện của các gen NF-
YA được khai thác để dự đoán chức năng của
các nhóm phân loại. Trong các gen thuộc
nhánh i của phân nhóm 1a.1, CaNF-YA05 có
biểu hiện đặc thù ở rễ [8], PvNF-YA7 được
tăng cường phiên mã ở nốt sần [9], trong khi
GmNF-YA2 và GmNF-YA20 có đáp ứng tăng
ở nốt sần [7] (Hình 1). Tương tự, PvNF-YA1
và PvNF-YA9 có biểu hiện đặc thù ở nốt sần
trong rễ cây đậu cô ve [9], trong khi biểu hiện
của GmNF-YA1 có đáp ứng tăng ở nốt sần khi
xử lý với vi khuẩn cố định đạm
5
 Chu Đức Hà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN 202(09): 3 - 8

Bradyrhizobium japonicum (Hình 1). Mặt phẩm của gen (protein) có đặc tính giống
khác, nhánh ii của phân nhóm 1a.1, phân nhau, gợi ý rằng các gen này có thể chia sẻ
nhóm 1a.2 và phân nhóm 2a chứa các gen cùng chức năng. Kết quả này đã đặt ra những
NF-YA ở G. max, P. vulgaris và M. truncatula dự đoán về chức năng của các gen mã hóa
có đáp ứng phiên mã ở các cơ quan quang NF-YA ở các cây họ Đậu liên quan đến quá
hợp trên mặt đất như thân, hạt, lá và hoa trình phát triển nốt sần hoặc bộ phận khác
(Hình 1). Như vậy, các gen nằm cùng một trên cây.
phân nhánh có cấu trúc tương tự nhau, sản
Bảng 1. Thông tin về họ gen mã hóa tiểu phần NF-YA ở cây lạc và đậu xanh
STT Loài Mã gen Mã protein Mã locus
1 Ahy001549 XP_025630903 LOC112723675
2 Ahy002194 XP_025638053 LOC112733343
A. hypogaea

3 Ahy009687 XP_025690366 LOC112791664

4 Ahy010248 XP_025624296 LOC112716579
5 Ahy015859 XP_025613723 LOC112706567
6 Ahy016660 XP_025694280 LOC112796164
7 Ahy022042 XP_025615360 LOC112707688
8 Vradi02g14460 XP_014493349 LOC106755674
9 Vradi03g05190 XP_014494812 LOC106756762
10 Vradi05g21240 XP_022637188 LOC106761897
V. radiata

11 Vradi06g00750 XP_014505025 LOC106765051

12 Vradi07g19460 XP_022639449 LOC106769072
13 Vradi08g01210 XP_014511333 LOC106770029
14 Vradi09g02290 XP_014516040 LOC106773801
15 Vradi10g03110 XP_014518788 LOC106776012
Bảng 2. Họ NF-YA ở một số loài cây trồng
STT Tên loài Tên khoa học NF-YA
NST Hệ gen (Mb) Nguồn
1 Lúa gạo O. sativa 11
12 373 [4]
2 Lúa mỳ T. aestivum 10
21 16000 [5]
3 Ngô Z. mays 14
10 2103 [6]
4 Đậu tương G. max 21
20 984 [7]
5 Cỏ linh lăng M. truncatula 8 8 419 [3]
6 Đậu cô ve P. vulgaris 9
11 535 [9]
7 Đậu gà C. arietinum 8 8 530 [8]
8 Lạc A. hypogaea 7
20 2545
9 Đậu xanh V. radiata 8
11 459
Ghi chú: NST - Nhiễm sắc thể, Mb - Megabyte
Bảng 3. Đặc tính của các NF-YA ở sáu loài cây họ Đậu
Nhóm NF-YA aa mW pI Nhóm NF-YA aa mW pI
Vradi10g03110 338 37,04 6,12 GmNF-YA1 330 36,39 9,18
Ahy009687 339 36,81 6,40 MtNF-YA1 332 36,39 8,57
PvNF-YA7 338 37,02 6,01 Ahy010248 327 35,73 8,91
CaNF-YA05 337 36,54 6,22 CaNF-YA03 333 36,16 9,43
1b (tiếp)

GmNF-YA20 338 37,08 6,43 MtNF-YA6 333 36,15 9,41

GmNF-YA7 336 37,06 6,11 CaNF-YA04 335 36,84 9,17
1a.1

MtNF-YA5 329 35,83 6,10 Vradi03g05190 360 39,47 9,60

Vradi06g00750 209 23,20 9,51 PvNF-YA1 330 36,11 9,23
PvNF-YA5 304 33,69 8,38 GmNF-YA21 346 37,91 9,16
GmNF-YA14 307 33,89 6,84 GmNF-YA3 328 35,90 8,89
GmNF-YA2 307 34,10 6,87 MtNF-YA3 235 25,97 9,56
2a

MtNF-YA8 294 32,99 9,35 CaNF-YA08 244 26,93 9,86

6 http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn

 Chu Đức Hà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN 202(09): 3 - 8

Ahy022042 376 41,85 8,96 GmNF-YA17 228 25,19 9,26

CaNF-YA07 332 37,40 9,41 GmNF-YA9 228 25,22 9,59
Vradi02g14460 289 32,58 9,15 Ahy001549 256 27,90 9,71
PvNF-YA6 291 32,90 9,30 GmNF-YA19 213 22,99 9,40
GmNF-YA13 304 34,01 9,03 GmNF-YA12 233 25,32 9,98
GmNF-YA11 303 34,06 9,50 PvNF-YA4 235 25,80 9,71
Vradi07g19460 229 25,50 7,79 MtNF-YA7 318 34,79 8,70
PvNF-YA2 206 22,90 6,75 MtNF-YA4 347 38,76 8,49
GmNF-YA6 206 23,03 6,70 Vradi09g02290 351 38,41 9,41
GmNF-YA4 217 24,27 8,91 Vradi05g21240 278 31,45 9,47
Ahy016660 136 15,32 9,72 Ahy015859 279 30,68 9,27
1a.2

Ahy002194 206 22,75 6,15 GmNF-YA18 319 35,34 9,10

2b
MtNF-YA2 207 22,90 6,79 GmNF-YA15 272 30,59 8,90
CaNF-YA02 206 22,76 6,79 GmNF-YA5 348 37,68 8,86
GmNF-YA16 205 22,87 6,71 PvNF-YA8 348 38,07 9,59
GmNF-YA8 219 24,48 5,73 PvNF-YA3 294 32,85 8,89
Vradi08g01210 293 32,47 9,73 CaNF-YA01 339 37,64 8,45
1b

PvNF-YA9 315 33,99 6,49 CaNF-YA06 313 34,32 8,70

GmNF-YA10 327 36,29 9,34
Ghi chú: aa - axít amin, mW - trọng lượng phân tử, pI - điểm đẳng điện

Hình 1. Cấu trúc của họ gen mã hóa tiểu phần NF-YA ở các cây họ Đậu

http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn 7

 Chu Đức Hà và Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN
4. Kết luận
Đã xác định được họ gen mã hóa tiểu phần
NF-YA ở lạc và đậu xanh gồm 7 và 8 thành
viên. Họ gen mã hóa NF-YA ở cây họ Đậu là
họ đa gen với số lượng gen thành viên không
phụ thuộc vào hệ gen của từng loài.
Họ NF-YA ở các cây họ Đậu có thể được chia
thành hai nhóm chính gồm 5 phân nhóm phụ.
Trong đó, cấu trúc phổ biến nhất của các gen
NF-YA chứa 5 exon/4 intron. Hầu hết các NF-
YA ở cây họ Đậu có kích thước > 300 axít
amin và có tính bazơ. Dựa trên dữ liệu biểu
hiện của một số gen NF-YA đã biết, vai trò
của các nhóm gen NF-YA được dự đoán có
thể tham gia vào quá trình phát triển nốt sần
hoặc bộ phận khác trên cây họ Đậu.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
[1]. M. Aslam, I. A. Mahmood, M. B. Peoples, G.
D. Schwenke, D. F. Herridge, "Contribution of
chickpea nitrogen fixation to increased wheat
production and soil organic fertility in rain-fed
cropping", Biol. Fertil Soils, Vol. 38, No. 1, pp.
59-64, 2003.
[2]. P. M. Gresshoff, S. Hayashi, B. Biswas, S.
Mirzaei, A. Indrasumunar, D. Reid, S. Samuel, A.
Tollenaere, B. van Hameren, A. Hastwell, P.
Scott, B. J. Ferguson, "The value of biodiversity in
legume symbiotic nitrogen fixation and nodulation
for biofuel and food production", J. Plant Physiol,
Vol. 172, pp. 128-136, 2015.
[3]. T. Laloum, S. De Mita, P. Gamas, M. Baudin,
A. Niebel, "CCAAT-box binding transcription
factors in plants: Y so many?", Trends Plant Sci.,
Vol. 18, No. 3, pp. 157-166, 2013.
[4]. W. Yang, Z. Lu, Y. Xiong, J. Yao, "Genome-
wide identification and co-expression network
analysis of the OsNF-Y gene family in rice", Crop
J., Vol. 5, No. 1, pp. 21-31, 2017.
[5]. T. J. Stephenson, C. L. McIntyre, C. Collet, G.
P. Xue, "Genome-wide identification and
expression analysis of the NF-Y family of
8 http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn
202(09): 3 - 8
transcription factors in Triticum aestivum", Plant
Mol. Biol., Vol. 65, No. 1-2, pp. 77-92, 2007.
[7]. Z. Zhang, X. Li, C. Zhang, H. Zou, Z. Wu,
"Isolation, structural analysis, and expression
characteristics of the maize Nuclear factor Y gene
families", Biochem Biophys Res. Commun, Vol.
478, No. 2, pp. 752-758, 2016.
[8]. T. N. Quach, H. T. Nguyen, B. Valliyodan, T.
Joshi, D. Xu, H. T. Nguyen, "Genome-wide
expression analysis of soybean NF-Y genes
reveals potential function in development and
drought response", Mol Genet Genomics, Vol.
290, No. 3, pp. 1095-1115, 2015.
[9]. H. D. Chu, K. H. Nguyen, Y. Watanabe, D. T.
Le, T. L. T. Pham, K. Mochida, L. P. Tran,
"Identification, structural characterization and
gene expression analysis of members of the
nuclear factor-Y family in chickpea (Cicer
arietinum L.) under dehydration and abscisic acid
treatments", Int. J. Mol. Sci., Vol. 19, No. 11, pp.
E3290, 2018.
[10]. C. Ripodas, M. Castaingts, J. Clua, F.
Blanco, M. E. Zanetti, "Annotation, phylogeny
and expression analysis of the nuclear factor Y
gene families in common bean (Phaseolus
vulgaris)", Front Plant Sci., Vol. 5, No. 761, pp.
1-13, 2014.
[11]. D. M. Goodstein, S. Shu, R. Howson, R.
Neupane, R. D. Hayes, J. Fazo, T. Mitros, W.
Dirks, U. Hellsten, N. Putnam, D. S. Rokhsar,
"Phytozome: A comparative platform for green
plant genomics", Nucleic Acids Res., Vol. 40,
(Database issue), pp. D1178-D1186, 2012.
[12]. E. Gasteiger, A. Gattiker, C. Hoogland, I.
Ivanyi, R. D. Appel, A. Bairoch, "ExPASy: The
proteomics server for in-depth protein knowledge
and analysis", Nucleic Acids Res., Vol. 31, No. 13,
pp. 3784-3788, 2003.
[13]. B. Hu, J. Jin, A. Y. Guo, H. Zhang, J. Luo,
G. Gao, "GSDS 2.0: An upgraded gene feature
visualization server", Bioinformatics, Vol. 31, No.
8, pp. 1296-1297, 2015.
[14]. S. Kumar, G. Stecher, K. Tamura, "MEGA7:
Molecular evolutionary genetics analysis version
7.0 for bigger datasets", Mol. Biol. Evol., Vol. 33,
No. 7, pp. 1870-1874, 2016.